NA ----> NA

Intron 1 GCACTTAAAA ... TCCATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	38.98	18	4	19
A2	40	6	2	6
A3	53.33	7	6	10
A4	41.82	16	3	20
A5	75	1	1	5
A6	40.65	46	30	33
A7	38	31	12	26
A8	45.7	41	40	29
A9	38.46	64	32	48
A10	40.21	29	10	29

>TRINITY_DN37273_c0_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

AGCTATTACATTCGCTTTTGCACACATTTTTGGTTTCGAGCACAGTGTTATTCCGTTTGCTTTTGCACCCAGTGTAAGCAGCAAACGAGGTCGCTTAATCTGACCTCATTTACACACTCACGGTCAATATTATCATAGCGTCGTTGGAAAACAACATTGCTACGTCACACATCCACGCTGCTTGCGATTATGTTGACCAC
AAATATGGAGACGGGATCCTTGCCTGAGCTTGTGATTGTCCATTACGCTCCGAAACGGCAGGGAGGAGTACGGGTGAAAGATGGCAGTGCTGTCTTCTGCGCCAAAATCCTGGTTGCATAGTCAACCTTTCTGTCACCGTTCTTACCCTAAGATTCCTGGGGCAAATGATGGCATTTTATCTGGGCCGGTTCGGCGTTCC
TGGGGAGTGGTGCAATTGCCCCTCTTAAGCTATTCGCACGATCGCAGGATGCATCTAGCAACGGCTTCATCGGAGGTGCCAGACTACTTACCAGCAACATGGGTTGACTCTCGTGAGAAAAGACCTATTGGTCCAAGACTTGATGTATGCTCTGTAAATGTCCTCTATTGCAAATTCTGAAGGAGGAACTTATTGTGACC
TTAAGCTAACTGTGGAAGAAACTATACATTGCCAGCTTGAGGCACTAAAATATAACAATGAGCCACATCAAGACCATGGGGTTGAAGTAATGTACAGGTTTGCCAGTTTTGACCCTTTTGAGCGTTCCAAATATTTTGGACCATTTTTTGATCTTGGTCAGTTCGAAAGATTTAGGCGGATCTTCCACCATTCTGCTTAC
AGAGTGCTGCTTTCTCACAAAGAAAGAAAGATCTTGAGCAGCTTGTATGTCAGGGAAAACTGCTTCAAGCAAAGAGTTTGGATGAGAGGATCACGCCCGGAAGAGGAAGAGATATTTGAGTTTACCATGGTTCAGCGGGTTGGTGGTTTTTGGGATGGCTATTGGCTAACTGAAAGTCTACGCCATGACGGTGTTACAGG
AGCTATAGCTTACTGATAATAAAATACATGGTTTTCTAGGTAGTAAATATTTGAGGTTTCATTATTGGGAAAAATGTTTTGTAATACTTTTACAATGTTTGACTTGTGGAGCTTACAAAAAAAGGTAAAACATACACTATTCCTTTAATACTTGTAATATAGTGGTACAAGTCTGGTACATGTTCGGTATTGTTTTCCAA
GTATATATATAATCATATTCATTGGCAATGCCACATTTAAAAATGTAGGCTTGTTGCGAAGCTACAATCCTGTTCTCATGGTGGTTGTCAGATCTGCCCACCCCCTAAATCCTTATAGATACTGTGTGCTTCCCGTACGGATCCATGCATAATTGTACTAGATACAACCTGTACGGATTCTATCATGTATCCCCAAGAAA
TCATTATGCACATTATGTAGTGTTTTTTATATGGATATTTTTGAAAAATTATAGCTATGTTAAGTGGAAGAACTTCTACTGCTCATTAAAAATTGCGCCATTCGACTGGACACCACGTACTTACCAACTTAAAAGTCATCAAGGATTTGATAGTTCAACTGAACTGAATAAAGAATATATCTAATTTGCCAG

>TRINITY_DN37273_c0_g1_i5 from sample A9 / Example unspliced isoform:

AGCTATTACATTCGCTTTTGCACACATTTTTGGTTTCGAGCACAGTGTTATTCCGTTTGCTTTTGCACCCAGTGTAAGCAGCAAACGAGGTCGCTTAATCTGACCTCATTTACACACTCACGGTCAATATTATCATAGCGTCGTTGGAAAACAACATTGCTACGTCACACATCCACGCTGCTTGCGATTATGTTGACCAC
AAATATGGAGACGGGATCCTTGCCTGAGCTTGTGATTGTCCATTACGCTCCGAAACGGCAGGGAGGAGTACGGGTGAAAGATGGCAGTGCTGTCTTCTGCGCCAAAATCCTGGTTGCATAGTCAACCTTTCTGTCACCGTTCTTACCCTAAGATTCCTGGGGCAAATGATGGCATTTTATCTGGGCCGGTTCGGCGTTCC
TGGGGAGTGGTGCAATTGCCCCTCTTAAGCTATTCGCACGATCGCAGGATGCATCTAGCAACGGCTTCATCGGAGGTGCCAGACTACTTACCAGCAACATGGGTTGACTCTCGTGAGAAAAGACCTATTGGTCCAAGACTTGATGTATGCTCTGTAAATGTCCTCTATTGCAAATTCTGAAGGAGGAACTTATTGTGACC
TTAAGgcacttaaaaaatctagagaacttgtggcttggatacgactgtctcgttgatttcaatcaataaaattatttggggttttaatcaaagcgttgtttccatttttctacagaaacaatttgtgacatgtgctttgtaccattatagaaaatgcttatactgattttctatggacacttttgcttctgttttgtcca
tttcagCTAACTGTGGAAGAAACTATACATTGCCAGCTTGAGGCACTAAAATATAACAATGAGCCACATCAAGACCATGGGGTTGAAGTAATGTACAGGTTTGCCAGTTTTGACCCTTTTGAGCGTTCCAAATATTTTGGACCATTTTTTGATCTTGGTCAGTTCGAAAGATTTAGGCGGATCTTCCACCATTCTGCTTA
CAGAGTGCTGCTTTCTCACAAAGAAAGAAAGATCTTGAGCAGCTTGTATGTCAGGGAAAACTGCTTCAAGCAAAGAGTTTGGATGAGAGGATCACGCCCGGAAGAGGAAGAGATATTTGAGTTTACCATGGTTCAGCGGGTTGGTGGTTTTTGGGATGGCTATTGGCTAACTGAAAGTCTACGCCATGACGGTGTTACAG
GAGCTATAGCTTACTGATAATAAAATACATGGTTTTCTAGGTAGTAAATATTTGAGGTTTCATTATTGGGAAAAATGTTTTGTAATACTTTTACAATGTTTGACTTGTGGAGCTTACAAAAAAAGGTAAAACATACACTATTCCTTTAATACTTGTAATATAGTGGTACAAGTCTGGTACATGTTCGGTATTGTTTTCCA
AGTATATATATAATCATATTCATTGGCAATGCCACATTTAAAAATGTAGGCTTGTTGCGAAGCTACAATCCTGTTCTCATGGTGGTTGTCAGATCTGCCCACCCCCTAAATCCTTATAGATACTGTGTGCTTCCCGTACGGATCCATGCATAATTGTACTAGATACAACCTGTACGGATTCTATCATGTATCCCCAAGAA
ATCATTATGCACATTATGTAGTGTTTTTTATATGGATATTTTTGAAAAATTATAGCTATGTTAAGTGGAAGAACTTCTACTGCTCATTAAAAATTGCGCCATTCGACTGGACACCACGTACTTACCAACTTAAAAGTCATCAAGGATTTGATAGTTCAACTGAACTGAATAAAGAATATATCTAATTTGCCAG

Intron 2 GTATGCTCTG ... TCCATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	32.2	40	19	19
A2	18.28	38	11	6
A3	23.08	65	29	10
A4	23.16	73	24	20
A5	24.44	34	17	5
A6	21.95	224	93	33
A7	20.07	223	86	26
A8	23.05	202	92	29
A9	24.41	226	98	48
A10	22.24	201	86	29

>TRINITY_DN40963_c0_g1_i4 from sample A6 / Example spliced isoform

ATTTTCCTTTGCAACAATGGCTATAGCTATTACATTCGTTTTTGCACACATTTTTGGTTTCGAGCACAGTGTTATTCCGTTTGCTTTTGCACCCAGTGTAAGCAGCAAACGAGGTCGCTTAATCTGACCTCATTTACACACTCACGGTCAATATTATCATAGCGTCGTTGGAAAACAACATTGCTACGTCACACATCCAC
GCTGCTTGCGATTATGTTGACCACAAATATGGAGACGGGATCCTTGCCTGAGCTTGTGATTGTCCATTACGCTCCGAAACGGCAGGGAGGAGTACGGGTGAAAGATGGCAGTGCTGTCTTCTGCGCCAAAATCCTGGTTGCATAGTCAACCTTTCTGTCACCGTTCTTACCCTAAGATTCCTGGGGCAAATGATGGCATT
TTATCTGGGCCGGTTCGGCGTTCCTGGGGAGTGGTGCAATTGCCCCTCTTAAGCTATTCGCACGATCGCAGGATGCATCTAGCAACGGCTTCATCGGAGGTGCCAGACTACTTACCAGCAACATGGGTTGACTCTCGTGAGAAAAGACCTATTGGTCCAAGACTTGATCTAACTGTGGAAGAAACTATACATTGCCAGCT
TGAGGCACTAAAATATAACAATGAGCCACATCAAGACCATGGGGTTGAAGTAATGTACAGGTTTGCCAGTTTTGACCCTTTTGAGCGTTCCAAATATTTTGGACCATTTTTTGATCTTGGTCAGTTCGAAAGATTTAGGCGGATCTTCCACCATTCTGCTTACAGAGTGCTGCTTTCTCACAAAGAAAGAAAGATCTTGA
GCAGCTTGTATGTCAGGGAAAATTGCTTCAAGCAAAGAGTTTGGATGAGAGGATCACGCCCGGAAGAGGAAGAGATATTTGAGTTTACCATGGTTCAGGTTTCTCTTCTCATCCTTCCAGTGATATTTTCTCTTTTGTATTTTATCATCAATGTGATTAACTAGCACTTTACAATCCGTTCTCTTCGTCCAGCGGGTTGG
TGGTTTTTGGGATGGCTATTGGCTAACTGAAAGTCTACGCCATGACGGTGTTACAGGAGCTATAGCTTACTGATAATAAAATACATGGTTTTCTAGGTAGTAAATATTTGAGGTTTCATTATTGGGAAAAATGTTTTGTAATACTTTTACAATGTTTGACTTGTGGAGCTTACAAAAAAAGGTAAAACATACACTATTCC
TTTAGTACTTGTAATATAGTGGTACAAGTCTGGTACATGTTCGGTATTGTTTTCCAAGTATATATATAATCATATTCATTGGCAATGCCACATTTAAAAATGTAGGCTTGTTGCGAAGCTACAATCCTGTTCTCATGGTGGTTGTCAGATCTGCCCACCCCCTAAATCCTTATAGATACTGTGTGCTTCCCGTACGGATC
CATGCATAATTGTACTAGATACAACCTGTACGGATTCTATCATGTATCCCCAAGAAATCATTATGCACATTATGTAGTGTTTTTTATATGGATATTTTTGAAAAATTATAGCTATGTTAAGTGGAAGAACTTCTACTGCTCATTAAAAATTGCGCCATTCGACTGGACACCACGTACTTACCAACTTAAAAGTCATCAAG
GATTTGATAGTTCAACTGAACTGAATAAAGAATATATCTAATTTGCC

>TRINITY_DN40963_c0_g1_i6 from sample A6 / Example unspliced isoform:

ATTTTCCTTTGCAACAATGGCTATAGCTATTACATTCGTTTTTGCACACATTTTTGGTTTCGAGCACAGTGTTATTCCGTTTGCTTTTGCACCCAGTGTAAGCAGCAAACGAGGTCGCTTAATCTGACCTCATTTACACACTCACGGTCAATATTATCATAGCGTCGTTGGAAAACAACATTGCTACGTCACACATCCAC
GCTGCTTGCGATTATGTTGACCACAAATATGGAGACGGGATCCTTGCCTGAGCTTGTGATTGTCCATTACGCTCCGAAACGGCAGGGAGGAGTACGGGTGAAAGATGGCAGTGCTGTCTTCTGCGCCAAAATCCTGGTTGCATAGTCAACCTTTCTGTCACCGTTCTTACCCTAAGATTCCTGGGGCAAATGATGGCATT
TTATCTGGGCCGGTTCGGCGTTCCTGGGGAGTGGTGCAATTGCCCCTCTTAAGCTATTCGCACGATCGCAGGATGCATCTAGCAACGGCTTCATCGGAGGTGCCAGACTACTTACCAGCAACATGGGTTGACTCTCGTGAGAAAAGACCTATTGGTCCAAGACTTGATgtatgctctgtaaatgtcctctattgcaaatt
ctgaaggaggaacttattgtgaccttaaggcacttaaaaaatctagagaacttgtggcttggatacgactgtctcgttgatttcaatcaataaaattatttggggttttaatcaaagcgttgtttccatttttctacagaaacaatttgtgacatgtgctttgtaccattatagaaaatgcttatactgattttctatgg
acacttttgcttctgttttgtccatttcagCTAACTGTGGAAGAAACTATACATTGCCAGCTTGAGGCACTAAAATATAACAATGAGCCACATCAAGACCATGGGGTTGAAGTAATGTACAGGTTTGCCAGTTTTGACCCTTTTGAGCGTTCCAAATATTTTGGACCATTTTTTGATCTTGGTCAGTTCGAAAGATTTAG
GCGGATCTTCCACCATTCTGCTTACAGAGTGCTGCTTTCTCACAAAGAAAGAAAGATCTTGAGCAGCTTGTATGTCAGGGAAAATTGCTTCAAGCAAAGAGTTTGGATGAGAGGATCACGCCCGGAAGAGGAAGAGATATTTGAGTTTACCATGGTTCAGGTTTCTCTTCTCATCCTTCCAGTGATATTTTCTCTTTTGT
ATTTTATCATCAATGTGATTAACTAGCACTTTACAATCCGTTCTCTTCGTCCAGCGGGTTGGTGGTTTTTGGGATGGCTATTGGCTAACTGAAAGTCTACGCCATGACGGTGTTACAGGAGCTATAGCTTACTGATAATAAAATACATGGTTTTCTAGGTAGTAAATATTTGAGGTTTCATTATTGGGAAAAATGTTTTG
TAATACTTTTACAATGTTTGACTTGTGGAGCTTACAAAAAAAGGTAAAACATACACTATTCCTTTAGTACTTGTAATATAGTGGTACAAGTCTGGTACATGTTCGGTATTGTTTTCCAAGTATATATATAATCATATTCATTGGCAATGCCACATTTAAAAATGTAGGCTTGTTGCGAAGCTACAATCCTGTTCTCATGG
TGGTTGTCAGATCTGCCCACCCCCTAAATCCTTATAGATACTGTGTGCTTCCCGTACGGATCCATGCATAATTGTACTAGATACAACCTGTACGGATTCTATCATGTATCCCCAAGAAATCATTATGCACATTATGTAGTGTTTTTTATATGGATATTTTTGAAAAATTATAGCTATGTTAAGTGGAAGAACTTCTACTG
CTCATTAAAAATTGCGCCATTCGACTGGACACCACGTACTTACCAACTTAAAAGTCATCAAGGATTTGATAGTTCAACTGAACTGAATAAAGAATATATCTAATTTGCC

Intron 3 GCTAACTGTG ... TAATGTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60	16	23	25
A2	60.53	15	22	24
A3	65.77	19	26	47
A4	85.71	5	31	29
A5	56.52	5	2	11
A6	62.09	76	93	156
A7	63.37	63	87	131
A8	63.93	55	71	124
A9	67.35	64	100	164
A10	61.11	63	76	122

>TRINITY_DN39515_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

CATTCGTTTTTGCACACATTTTTGGTTTCGAGCACAGTGTTATTCCGTTTGCTTTTGCACCCAGTGTAAGCAGCAAACGAGGTCGCTTAATCTGACCTCATTTACACACTCACGGTCAATATTATCATAGCGTCGTTGGAAAACAACATTGCTACGTCACACATCCACGCTGCTTGCGATTATGTTGACCACAAATATGG
AGACGGGATCCTTGCCTGAGCTTGTGATTGTCCATTACGCTCCGAAACGGCAGGGAGGAGTACGGGTGAAAGATGGCAGTGCTGTCTTCTGCGCCAAAATCCTGGTTGCATAGTCAACCTTTCTGTCACCGTTCTTACCCTAAGATTCCTGGGGCAAATGATGGCATTTTATCTGGGCCGGTTCGGCGTTCCTGGGGAGT
GGTGCAATTGCCCCTCTTAAGCTATTCGCACGATCGCAGGATGCATCTAGCAACGGCTTCATCGGAGGTGCCAGACTACTTACCAGCAACATGTTTGCCAGTTTTGACCCTTTTGAGCGTTCCAAATATTTTGGACCATTTTTTGATCTTGGTCAGTTCGAAAGATTTAGGCGGATCTTCCACCATTCTGCTTACAGAGT
GCTGCTTTCTCACAAAGAAAGAAAGATCTTGAGCAGCTTGTATGTCAGGGAAAACTGCTTCAAGCAAAGAGTTTGGATGAGAGGATCACGCCCGGAAGAGGAAGAGATATTTGAGTTTACCATGGTTCAGCGGGTTGGTGGTTTTTGGGATGGCTATTGGCTAACTGAAAGTCTACGCCATGACGGTGTTACAGGAGCTA
TAGCTTACTGATAATAAAATACATGGTTTTCTAGGTAGTAAATATTTGAGGTTTCATTATTGGGAAAAATGTTTTGTAATACTTTTACAATGTTTGACTTGTGGAGCTTACAAAAAAAGGTAAAACATACACTATTCCTTTAGTACTTGTAATATAGTGGTACAAGTCTGGTACATGTTCGGTATTGTTTTCCAAGTATA
TATATAATCATATTCATTGGCAATGCCACATTTAAAAATGTAGGCTTGTTGCGAAGCTACAATCCTGTTCTCATGGTGGTTGTCAGATCTGCCCACCCCCTAAATCCTTATAGATACTGTGTGCTTCCCGTACGGATCCATGCATAATTGTACTAGATACAACCTGTATGGATTCTATCATGTATCCCCAAGAAATCATT
ATGCACATTATGTAGTGTTTTTTATATGGATATTTTTGAAAAATTATAGCTATGTTAAGTGGAAGAACTTCTACTGCTCATTAAAAATTGCGCCATTCGACTGGACACCACGTACTTACCAACTTAAAAGTCATCAAGGATTTGATAGTTCAACTGAACTGAATAAAGAATATATCTAATTTGCCAGTAAATGTTTGTAG
CTTTTGGAGTTGGT

>TRINITY_DN39515_c0_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CATTCGTTTTTGCACACATTTTTGGTTTCGAGCACAGTGTTATTCCGTTTGCTTTTGCACCCAGTGTAAGCAGCAAACGAGGTCGCTTAATCTGACCTCATTTACACACTCACGGTCAATATTATCATAGCGTCGTTGGAAAACAACATTGCTACGTCACACATCCACGCTGCTTGCGATTATGTTGACCACAAATATGG
AGACGGGATCCTTGCCTGAGCTTGTGATTGTCCATTACGCTCCGAAACGGCAGGGAGGAGTACGGGTGAAAGATGGCAGTGCTGTCTTCTGCGCCAAAATCCTGGTTGCATAGTCAACCTTTCTGTCACCGTTCTTACCCTAAGATTCCTGGGGCAAATGATGGCATTTTATCTGGGCCGGTTCGGCGTTCCTGGGGAGT
GGTGCAATTGCCCCTCTTAAGCTATTCGCACGATCGCAGGATGCATCTAGCAACGGCTTCATCGGAGGTGCCAGACTACTTACCAGCAACATgctaactgtggaagaaactatacattgccagcttgaggcactaaaatataacaatgagccacatcaagaccatggggttgaagtaatgtacagGTTTGCCAGTTTTGA
CCCTTTTGAGCGTTCCAAATATTTTGGACCATTTTTTGATCTTGGTCAGTTCGAAAGATTTAGGCGGATCTTCCACCATTCTGCTTACAGAGTGCTGCTTTCTCACAAAGAAAGAAAGATCTTGAGCAGCTTGTATGTCAGGGAAAACTGCTTCAAGCAAAGAGTTTGGATGAGAGGATCACGCCCGGAAGAGGAAGAGA
TATTTGAGTTTACCATGGTTCAG

Intron 4 GTATGCTCTG ... TGACCTTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	31.03	40	18	18
A2	16.48	38	9	6
A3	20.25	65	26	7
A4	20.22	73	21	16
A5	20	34	16	1
A6	21.82	224	79	46
A7	19.49	223	77	31
A8	22.16	202	75	40
A9	25.29	226	89	64
A10	21.33	201	80	29

>TRINITY_DN40940_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

AATTTTCCTTTGCAACAATGGCTATAGCTATTACATTCGTTTTTGCACACATTTTTGGTTTCGAGCACAGTGTTATTCCGTTTGCTTTTGCACCCAGTGTAAGCAGCAAACGAGGTCGCTTAATCTGACCTCATTTACACACTCACGGTCAATATTATCATAGCGTCGTTGGAAAACAACATTGCTACGTCACACATCCA
CGCTGCTTGCGATTATGTTGACCACAAATATGGAGACGGGATCCTTGCCTGAGCTTGTGATTGTCCATTACGCTCCGAAACGGCAGGGAGGAGTACGGGTGAAAGATGGCAGTGCTGTCTTCTGCGCCAAAATCTTGGTTGCATAGTCAACCTTTCTGTCACCGTTCTTACCCTAAGATTCCTGGGGCAAATGATGGCAT
TTTATCTGGGCCGGTTCGGCGTTCCTGGGGAGTGGTGCAATTGCCCCTCTTAAGCTATTCGCACGATCGCAGGATGCATCTAGCAACGGCTTCATCGGAGGTGCCAGACTACTTACCAGCAACATGGGTTGACTCTCGTGAGAAAAGACCTATTGGTCCAAGACTTGATCTAACTGTGGAAGAAACTATACATTGCCAGC
TTGAGGCACTAAAATATAACAATGAGCCACATCAAGACCATGGGGTTGAAGTAATGTACAGGTTTGCCAGTTTTGACCCTTTTGAGCGTTCCAAATATTTTGGACCATTTTTTGATCTTGGTCAGTTCGAAAGATTTAGGCGGATCTTCCACCATTCTGCTTACAGAGTGCTGCTTTCTCACAAAGAAAGAAAGATCTTG
AGCAGCTTGTATGTCAGGGAAAACTGCTTCAAGCAAAGAGTTTGGATGAGAGGATCACGCCCGGAAGAGGAAGAGATATTTGAGTTTACCATGGTTCAGCGGGTTGGTGGTTTTTGGGATGGCTATTGGCTAACTGAAAGTCTACGCCATGACGGTGTTACAGGAGCTATAGCTTACTGATAATAAAATACATGGTTTTC
TAGGTAGTAAATATTTGAGGTTTCATTATTGGGAAAAATGTTTTGTAATACTTTTACAATGTTTGACTTGTGGAGCTTACAAAAAAAGGTAAAACATACACTATTCCTTTAGTACTTGTAATATAGTGGTACAAGTCTGGTACATGTTCGGTATTGTTTTCCAAGTATATATATAATCATATTCATTGGCAATGCCACAT
TTAAAAATGTAGGCTTGTTGCGAAGCTACAATCCTGTTCTCATGGTGGTTGTCAGATCTGCCCACCCCCTAAATCCTTATAGATACTGTGTGCTTCCCGTACGGATCCATGCATAATTGTACTAGATACAACCTGTACGGATTCTATCATGTATCCCCAAGAAATCATTATGCACATTATGTAGTGTTTTTTATATGGAT
ATTTTTGAAAAATTATAGCTATGTTAAGTGGAAGA

>TRINITY_DN40940_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AATTTTCCTTTGCAACAATGGCTATAGCTATTACATTCGTTTTTGCACACATTTTTGGTTTCGAGCACAGTGTTATTCCGTTTGCTTTTGCACCCAGTGTAAGCAGCAAACGAGGTCGCTTAATCTGACCTCATTTACACACTCACGGTCAATATTATCATAGCGTCGTTGGAAAACAACATTGCTACGTCACACATCCA
CGCTGCTTGCGATTATGTTGACCACAAATATGGAGACGGGATCCTTGCCTGAGCTTGTGATTGTCCATTACGCTCCGAAACGGCAGGGAGGAGTACGGGTGAAAGATGGCAGTGCTGTCTTCTGCGCCAAAATCTTGGTTGCATAGTCAACCTTTCTGTCACCGTTCTTACCCTAAGATTCCTGGGGCAAATGATGGCAT
TTTATCTGGGCCGGTTCGGCGTTCCTGGGGAGTGGTGCAATTGCCCCTCTTAAGCTATTCGCACGATCGCAGGATGCATCTAGCAACGGCTTCATCGGAGGTGCCAGACTACTTACCAGCAACATGGGTTGACTCTCGTGAGAAAAGACCTATTGGTCCAAGACTTGATgtatgctctgtaaatgtcctctattgcaaat
tctgaaggaggaacttattgtgaccttaagCTAACTGTGGAAGAAACTATACATTGCCAGCTTGAGGCACTAAAATATAACAATGAGCCACATCAAGACCATGGGGTTGAAGTAATGTACAGGTTTGCCAGTTTTGACCCTTTTGAGCGTTCCAAATATTTTGGACCATTTTTTGATCTTGGTCAGTTCGAAAGATTTAG
GCGGATCTTCCACCATTCTGCTTACAGAGTGCTGCTTTCTCACAAAGAAAGAAAGATCTTGAGCAGCTTGTATGTCAGGGAAAACTGCTTCAAGCAAAGAGTTTGGATGAGAGGATCACGCCCGGAAGAGGAAGAGATATTTGAGTTTACCATGGTTCAGCGGGTTGGTGGTTTTTGGGATGGCTATTGGCTAACTGAAA
GTCTACGCCATGACGGTGTTACAGGAGCTATAGCTTACTGATAATAAAATACATGGTTTTCTAGGTAGTAAATATTTGAGGTTTCATTATTGGGAAAAATGTTTTGTAATACTTTTACAATGTTTGACTTGTGGAGCTTACAAAAAAAGGTAAAACATACACTATTCCTTTAGTACTTGTAATATAGTGGTACAAGTCTG
GTACATGTTCGGTATTGTTTTCCAAGTATATATATAATCATATTCATTGGCAATGCCACATTTAAAAATGTAGGCTTGTTGCGAAGCTACAATCCTGTTCTCATGGTGGTTGTCAGATCTGCCCACCCCCTAAATCCTTATAGATACTGTGTGCTTCCCGTACGGATCCATGCATAATTGTACTAGATACAACCTGTACG
GATTCTATCATGTATCCCCAAGAAATCATTATGCACATTATGTAGTGTTTTTTATATGGATATTTTTGAAAAATTATAGCTATGTTAAGTGGAAGA

Intron 5 GTTTCTCTTC ... CTTCGTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	31.75	19	8.8	8.1
A2	26.32	28	10	13.7
A3	25.53	35	12	13.2
A4	28.57	10	4	0.8
A5	0	12	0	5.1
A6	20.55	201.8	52.2	63.2
A7	18.71	183	42.1	76.9
A8	20.17	247	62.4	79.6
A9	13.74	169.6	27	68.7
A10	26.78	144.3	52.8	36.8

>TRINITY_DN113973_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

AAATATGGAGACGGGATCCTTGCCTGAGCTTGTGATTGTCCATTACGCTCCGAAACGGCAGGGAGGAGTACGGGTGAAAGATGGCAGTGCTGTCTTCTGCGCCAAAATCCTGGTTGCATAGTCAACCTTTCTGTCACCGTTCTTACCCTAAGATTCCTGGGGCAAATGATGGCATTTTATCTGGGCCGGTTCGGCGTTCC
TGGGGAGTGGTGCAATTGCCCCTCTTAAGCTATTCGCACGATCGCAGGATGCATCTAGCAACGGCTTCATCGGAGGTGCCAGACTACTTACCAGCAACATGGGTTGACTCTCGTGAGAAAAGACCTATTGGTCCAAGACTTGATCTAACTGTGGAAGAAACTATACATTGCCAGCTTGAGGCACTAAAATATAACAATGA
GCCACATCAAGACCATGGGGTTGAAGTAATGTACAGGTTTGCCAGTTTTGACCCTTTTGAGCGTTCCAAATATTTTGGACCATTTTTTGATCTTGGTCAGTTCGAAAGATTTAGGCGGATCTTCCACCATTCTGCTTACAGAGTGCTGCTTTCTCACAAAGAAAGAAAGATCTTGAGCAGCTTGTATGTCAGGGAAAATT
GCTTCAAGCAAAGAGTTTGGATGAGAGGATCACGCCCGGAAGAGGAAGAGATATTTGAGTTTACCATGGTTCAGCGGGTTGGTGGTTTTTGGGATGGCTATTGGCTAACTGAAAGTCTACGCCATGACGGTGTTACAGGAGCTATAGCTTACTGATAATAAAATACATGGTTTTCTAGGTAGTAAATATTTGAGGTTTCA
TTATTGGGAAAAATGTTTTGTAATACTTTTACAATGTTTGACTTGTGGAGCTTACAAAAAAAGGTAAAACATACACTATTCCTTTAGTACTTGTAATATAGTGGTACAAGTCTGGTACATGTTCGGTATTGTTTTCCAAGTATATATATAATCATATTCATTGGCAATGCCACATTTAAAAATGTAGGCTTGTTGCGAAG
CTACAATCCTGTTCTCATGGTGGTTGTCAGATCTGCCCACCCCCTAAATCCTTATAGATACTGTGTGCTTCCCGTACGGATCCATGCATAATTGTACTAGATACAACCTGTACGGATTCTATCATGTATCCCCAAGAAATCATTATGCACATTATGTAGTGTTTTTTATATGGATATTTTTGAAAAATTATAGCTATGTT
AAGTGGAAGAACTTCTA

>TRINITY_DN113973_c0_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGTTTTAATCAAAGCGTTGTTTCCATTTTTCTACAGAAACAATTTGTGACATGTGCTTTGTACCATTATAGAAAATGCTTATACTGATTTTCTATGGACACTTTTGCTTCTGTTTTGTCCATTTCAGCTAACTGTGGAAGAAACTATACATTGCCAGCTTGAGGCACTAAAATATAACAATGAGCCACATCAAGACCAT
GGGGTTGAAGTAATGTACAGGTTTGCCAGTTTTGACCCTTTTGAGCGTTCCAAATATTTTGGACCATTTTTTGATCTTGGTCAGTTCGAAAGATTTAGGCGGATCTTCCACCATTCTGCTTACAGAGTGCTGCTTTCTCACAAAGAAAGAAAGATCTTGAGCAGCTTGTATGTCAGGGAAAATTGCTTCAAGCAAAGAGT
TTGGATGAGAGGATCACGCCCGGAAGAGGAAGAGATATTTGAGTTTACCATGGTTCAGgtttctcttctcatccttccagtgatattttctcttttgtattttatcatcaatgtgattaactagcactttacaatccgtcctcttcgtccagCGGGTTGGTGGTTTTTGGGA