sp|Q9C5X9|HAC1_ARATH ----> Histone acetyltransferase HAC1
Intron 1 GTAAGAAATG ... TTACATACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.36 | 81 | 18 | 26 |
| A2 | 18.67 | 61 | 5 | 23 |
| A3 | 15.38 | 88 | 19 | 13 |
| A4 | 20.63 | 25 | 10 | 3 |
| A5 | 13.33 | 13 | 4 | 0 |
| A6 | 16.54 | 159 | 25 | 38 |
| A7 | 16.18 | 171 | 34 | 32 |
| A8 | 19.13 | 279 | 46 | 86 |
| A9 | 20.37 | 170 | 37 | 50 |
| A10 | 16.67 | 135 | 28 | 26 |
>TRINITY_DN111258_c0_g1_i10 from sample A4 / Example spliced isoformGAGCTTTCCATGTCCCACCTTTTTTCTAATTAAATCCCCTCCCATAGCTTCTTCCGTCGCTCATTCGTTCGTTCCAAATTGCCGCTTTTCGGCTTATGTCCGTGAGTCCCTTTGCCATTATTGCTTATAAATACCTCATCACTCAAAAATTCAGGCTCGTACTGATTTCTTCCCCCAAAATTCCTAACCCGATTTGTCCG
TGCCCACTCTCTCCAGGTGTGGTGTGGTTGTGTGTGCTCTCTTGGAGATAACCGCGCGGCCCTTTTCGCCAAATTGCCTGCTTCTCGTTGGGCGGTTCCCGACTGGCGTGGTTCGAACTCTGCACCTCGTCATGCCGCCGCTGCTCGTTACTTTTAATTTAATTTAATCAAATCATATAACTTTATGGATTTCAAGGTGA
TTTTGGATCTGCGTGGGGACGCCCCTTAAATCGTGGATTCCTGGCGGAAGCCGTAGCTCGTGTAGGCATAAGGGTTTCTGATCGGCTGCTGGATTACTTCAATTCTTTACAAATTATCGGGTATCTGTGCCGACCATAGGTGGTATTTTTGATCAATGGGCAGCTTTAGTTGACTTCCATGCAGTGGCAGAATATGACAA
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ATCGAAGATGAGAGCATTTTTGTCAGGGTATTATATTAGATTACGTTTCTGGGTGTGAGAAATGTGCGTACTGCATCAGTTGTTATGTCACATAAGTAACAGAGAAGTAGATGGCAGAGAACCTTTTGTTCAGAATATAGTGTGAAAAAGTACTTTAGGTATTAAAACACAGTGAGACAAGATGCAGGCTCAGGCGCAGA
TTCCAGGTCAGGTGTCTGCTCAAGCTGGAGGACAGCTGGCTGATTTGGCACAACAGAATGGGAGCAGTTTATCATCACAAACATCAAATCTGGGAGGCATACGAAGGTCATGGCATATGGAGTTTACTGAAACTGATATATATCAACTGCGGCAATTTATCACAGAGAAAATCTTGCATGTATTCCGTGGGCCAATTTCT
TTAGAATGGCAACAACGGCTGCCCAACCTTGTGAGGCGCTTGGAGGAAGCTCTATTCAAGGAGGCTGCTTCAAAGGAAGAATACATGAACTTGAGCACTTTGGAGCGGCGTTTGACCACTTTGATGAAACGGTTTCAACATAATCGTAACCAGAGTCTTAGTCATCACAATCCTCATGTTGGAACAATGATACCAACTCC
AGGATTGCAACAAAGTGGAAATGTAAGTGCAATGATTCCTACTCCAGGTACTGATATTTCTACCGTTAATGGTCCTGGCACAAGCACTGCGGTCCCCAACACAGTTGGTATGGGAAACATGCTGCCAAATACTAATGAAAATGTTAGTTTATTACAAGGTAACTCAGTACTGGCAGCAGATAATAACTCAAGCAAAATGA
TGCCTACCCCTGGCCTCAGCAACAATGCTTTCCCTATTTCTGGTGACAATATGTCTTCCCTCCCGGGACCTTTAAATAATGCATTCCAGTCCCAGCAAAGTATTTCCACAGGTACAGGCAGCATGATGCCTACAATGGGTTTGGCAAGAGTTGGAAGCCAGATGATTCCAACACCTGGACTAAATACTCCACATTCTATG
CCCATGAGTTCTACAGGCTCTGGTGGATTGAGTCACTCTAATGTTGATGCTGTGACAGCTGCTCAACAGCACCAGTTGCAACATCAGAAACAGCAACAACAGAAACAGCTGCAACAACTGCATCAGCAACAGATGCAATTTACTGGAGGGCAAAACAGCCGCATTTATCATAACATGAATGGTCAGATGGGTGGTACAAT
GGGCATCAACATGCCACAGAAAAATTCTTCTTATGGGCTATTAAATGGAGGCATGAATAACGGGATGCAGCTTTTGAGTGGCAATCAACATTTTGTGAATGGAACTACCCCACATCCTAACACAGGAAGCTACCTGACTCCTTCCCGATTTAGCAATCTACAAATGCCTTCTCAACAGCATGTTCAAAGGCAACGGCATT
TAGTGCAACCAGCATTGTCTCATCAAATGAGTGATGGATATGCAATGAATGCGGCTGATCTTGCTGGGGCGGGAAACTTATATAATCCTGTAACATCCGGTGGAGTTGCAGCTGCGAGTAACTTCAATTCAAACTCTTTAGGGTTACAATCAAAAATGACTCCTGTCGCTGGTTTATCCCCTCAACAATCAAACTTGCAC
ACACAGCAGCAGGTCCAACAGCATAAGTCTCAGGGTCTTGATCATTCTCCGCAAAGAAATTTTCAATTGCCAAGGGCTCAATTAATTCAGCAATATTCACAACAGCTGCAACAACCACACCAGCAAAACACACAACATCAACCTCACCAGCAACAGCAGTATCAACAGCAGCATCACAATCATCTACAAAATCAACAGAG
TCAACATCAGCAACCATTATTGTTAAAGAGTGAGGATGTACAGCAGAACCAGTTGACTTCAAAATTGTCTGGCCAGAAACATTTGGGCATTAGTTTGCAGCCCCAAAATGAAACATTGCAGCATCATACTATTCCACAACCCTCAAATGAACAACTGCAGCCACAGGTTACTGGTGCACAAATGCAGCCATCTCAGTCTG
GAGGACTGCTGATGCATCAGGACTCACCTAATAGTCAGCTGTTGTGCCGTCAACTATCTCAAAAATCACAGCAGCAGCAGGTACCATCCCCACAACAGCAACAACAAAGCCAGTCGCAAAATGATTCAAATAGTTTTCCAATTGAAGTACAGCCAGAGGCTGTGTTGCAAGGATTGCAGGAGTCACAATCCCAGGAGAAA
TTTCAGGTACCAGAGCAGGTTGCACACTCAGAAGATCACCGACAGTTACAACACGAAGTTGAACAAAGTATGGAAATTCATGATGATGCTCATAATGCTGAGCAGCCACATCAATCACCTGTAAGTGGAACAGTGTCAACTGTAACAAATCAAACCAGAGTTGAAACATCATCTGGAGCCACTGTATCAACTGGACAACC
AAGCACCATTGCTGAGTCACGACAACAACAATATGTCAAACAACAACGTTGGTTGCTCTTTTTGCGCCATGCTAGTAAATGTTCAGCTCCTGAAGGCCAATGCCAAACGATACATTGTTCAACCGCACAGCAGTTATGGGCACACATTACAAAGTGCCGTGATCCTGAATGTACTTATCTTAGGTGTCATGCTTCTAGGA
CTCTTCTGCGGCACCATCAAAATTGTCGTGACTTACATTGTCCTGTTTGTGGTCCAGTTCGGCAAATCATATTGCAACAGCGCATGGGATATGTTCAATCATCAAACTCAAGGGAGACAGGTCTCACAAATGGTGTGAGAAAGTTTGCCAATGCTACAAATAGAGTTGAGACCAATGTAACTCTGGCATCAAAATCTGGA
AATTCTGTTGAAGAAGAAGCTCAAATTCTGCAACCTCCTCTCAAGAAAGCAAAGATTGAGCCTTTCTCGCCAAGTTGTGCATTGACACAAGTTGAAACTTCACAGGCATCTACCCCAACTTCGAGCAAGACACAGATAGCCTTCCAGGTGCAGCCTCAAGTCTCCCAGCAGATTGGACAGTGCCCATCTGCAATAAAATC
TGAAATAGCCAACTCTGCAAGAGTAGATCCCACACCCGTGAAAATAGAGCCGGCTAGGAGTTTGACCCAAAGTATTTCTCAGAAATCTTCTGAGTTAAAGAAAGATGCTGCAGTTGAGCATGATCAGTCATTGTGTCAAGCAGTGAAGCCTGAGACTTCTTTTGTTTCTATAACCAAAATCCCTGTGCAGGATAAACAAG
AAGTTGTGTCAGTTAAGAAAGAATCTGTACTGGTCAAATCTGAATCTGGACAGTTTAAACAAGAAGTCACAACGGCAGTACTCCCACCTGATAATTCAGCAGCATCAAAATTGGGAAAACCAAAAATCAAAGGTGTTTCGCTGACTGAACTGTTCACACCAGAGCAAATTAGGGAGCATATTAGAGGGCTGCGTCAGTGG
GTTGGTCAGAGCAAAGCAAAGGTTGAAAAGAACCAGGCTATGGAAAATCAAATGAGTGAGAATTCATGTCAATTGTGTGCAGTGGAGAAACTTACATTTGAGCCACCTCCTATTTATTGCACACCATGTGGGGCTCGCATAAAACGAAATGCCATGTATTATACCATTGGCAGTGGTGAGACACGCCATTATTTTTGCAT
ACCTTGTTATAATGAAGTCCGAGGTGACACTGTTGAGGTAGATGGATTCTCTTTTCCGAAGTTGAGGCTAGAGAAGAGGAAGAATGATGAAGAAACAGAAGAGGCGTGGGTCCAGTGTGATAAATGTGAGGCCTGGCAACATCAAATATGCACTCTCTTCAATGGTAGAAGGAATGAAGGTGGGCAAGCAGAGTATACCT
GTCCAAATTGTTACGTAGCTGAAGTGGAAAGCGGTGAGCGAAAGCCCTTACCTCAGAGTGCTGTCCTTGGTGCAAAAGATTTACCAAAGACACATTTGAGTGACCACATTGAGCAGAGGCTATTTCGACGATTGAAACAGGAAAGGCAAGAAAGGGCAAGGGGTCTTGGCAAGAGCTACGAAGAGGTCCCAGGAGCAGAA
GCTCTTGTTGTGAGAGTCGTGTCATCTGTTGACAAGAAATTGGAAGTCAAGCAGCGTTTCTTAGAGATTTTTCAAGAGGAAGATTACCCCACTGAATATCCCTACAAGTCAAAGGTTCTGTTGTTGTTCCAGAAAATTGAAGGTGTAGAGGTCTGCCTTTTTGGCATGTATGTTCAGGAATTTGGGTCAGAGTGTGCTCA
TCCAAATCAGCGACGTGTTTATCTTTCTTACTTGGATTCTGTGAAGTACTTCAGGCCTGATGTGAAAACTGTCACTGGAGAGGCACTTCGAACCTTTGTTTACCACGAAATCTTGATTGGGTATCTGGAATACTGCAAGAAACGAGGCTTGACAAGTTGTTATATATGGGCCTGCCCTCCTTTGAAGGGAGAAGATTATA
TTCTTTATTGCCACCCTGAGATACAGAAGACACCAAAATCTGATAAGCTCAGAGAATGGTATCTTGCAATGTTGCGTAAGGCCACGAAGGAGAACATTGTCGTGGAGCTCACTAATCTATATGATCAGTTTTTTGTGTCCACTGGTGAAAGCAAGGCTAAGGTTACTGCAGCTCGCTTGCCATATTTTGATGGCGACTAT
TGGCCGGGGGCTGCAGAAGACATGATAATGCAACTTCAGCAAGCAGAAGAGGATGGCCGGAAACACCAAAAAAAGGGAAAGACCAAGAAGACTGCAACCAAAAGAGCGTCGAAAGCTGCATCACAAGCTGAACTTGCAAGCAATGCCTCGAAGGATGCTTTATTAATGCAGAAACTTGGGGAGTCCATATCTCCCATGAA
AGAAGACTTTATTATGGTTCATTTGCAATATGCGTGTTCTTATTGTTGTCACTTTATTGTTTGTGGTAAACGCTGGGCTTGCAGCCAGTGTAAGAATTTTCAGCTATGCAATAAATGTTACGAGGCACAACAAAAGCTTGACGAAAGGGACTGGCATCCTATCAACAGCAGGGAAAAACATGCTTTTTATTCTGTTGAAG
TAACGGATGTTCCTGCAGATACTAAGGATAAGGATGAGATTTTGGAGAGTGAATTCTTTGATACCCGTCAGGCATTTCTTAGCCTTTGTCAAGGAAATCACTACCAATATGACACATTGCGTCGTGCCAAGCATTCTTCCATGATGGTTCTCTATCACCTGCATAATCCTACAGCACCTGCATTTGTAACGACATGCAAC
ACGTGCCACCATGATATTGAGACAGGGCAGGGATGGCGCTGTGAAACATGCCCTGATTTTGACATATGTAATGCTTGCTATCAAAAAGATGGCAGTTCAGCTCATCCTCATAAGCTGACAACTCACCCATCTACGGCTGATCGTGATGCACAAAATAAAGAAGCTCGACAGCAAAGGGTACATCAGTTCCGGACAATGTT
GGATCTTCTGGTGCATGCTTCTCAGTGTGGCTATTCTCCGTGCCAGTGCCAGTATCCGAATTGTCGGAGAGTGAAAGGGCTCTTTCGACATGGAATGCAGTGTAGGACTCGTGCTTCAGGAGGCTGCCTTCTTTGCAAGAAGATGTGGTATCTCTTACAATTGCATGCTCGAGCTTGCAAGGAATCTGACTGCCGGGTTC
CTCGTTGCAGGGATTTGAAAGAGCACTTGCGAAGGTTGCAACAACAAATGGAATCACGGCGTAGAGCTGCAGTTATGGAAATGATGAGACAGCGTGCTGCAGAGGTTGCTAGCAATGCTTGATTGAGTGAATGTACATGCAGTTTAAAGCTCATATAGAAGCAAATGCTTCTCAACTGCTAATGGGGGTCGAAATAACAT
TTGGAAGGATGGGATTAACCTGGTTCTTATCAAAATTAAAGTTTGCAACTGCGTCACTGGCTTCACATGGAAATTCGAAAGAGCATATCCAAGAGTTGGAAAGATTTCCCATCCAGCATTTCCTGTCTCGTATCTCCAAATCAGATTAGAGTTGTATCATGTCCTTTATATTTCGGCATGTATGATTATGGACTCTAATT
TTAACATATCCTTGTAGAATTACACCTAATGGTTTTCCGCCCGAAACAATTTGGGTAGAGTAATTCATTAATTTTTGCAGTTCATAGGATGGTTAATGATATATCTAGGACAGGAGGTACAGAAAAGCATATTCATTATTTTTTTGGGGTTAGGCATTGGCCCCTTCTGGAAAATTTTGATTTTGTACTACTTTTCCAAG
CATGTTCGATGACTAGCCTAAAATTAATACAGTATATGATCGCCCATAAAAATTCAGAAATTCTTTGGAGACAGGCAGGCGGGAGTGAATAAACTGTTGATAATGTCTAAAAGTCACTCCATTTCTATATTTTTTAAATTCTCGCAGCCCAACATTGGGTTTCAACTTTCAACCGATTTCCCAAGCACACTTCAAATAAA
CAAACATGTGCGGCGATGCCCTACAAGCAGAGGCAAGTCTAAATTTGCCCTTGAAAGAACAACCGTTGGGGCTGGTCCTTCGTGGAACAATCATCAACTGCTATATTTCATCCATTCATCTTGAAAATGGACCGGCAATGATTTGAAACAGTAGGGAGATACCAGTGGGCAGTTCAGTTTTTCATTCTTTATGGGGGCGT
CCGGTGGCTGCCAGTTGATGCATGCGGCAAACTGGTGAAGCATAATGGCATTATAATCAATCTGGCTTATCTGGATCGGAGTTGTATGGTTAACGGAGTGACATACTTGACAGATTAGTGGTCTCTTGCCTAATTTTGAAACTCCAAACTGTAATGAAATGTTTCAATAAGCCATCACAAAATAAAGGTTTGTAAATTAA
ACGAAATTCCTCCACAATATTTACCTTTTTCAGTTAATAATCCTATTTCTTCAATATTCATAATTTCAATTCAAGAACTTTTTGCCTTTGAAGGGACTGTATTGGGCGCACTTCCACTTTTAGCTTGAAAATTTGTGGGCAAGGGATGGAAAATATATTATTGACAAATATAGTTTTCGTTAGTCCATCATGCCACCATG
AACTGTAATAATGTGTAATTATTTCAATAATTCTCCCGTGAAGTTGAAATTTGATTGATAAAAAAAATTCACACCGTTAGTGGCAACTCGGTTGCTTTAATTGTGTGACTGGCTGCTTATCACTGATAAATCAGTTGGTTAGTGGTTGAAAAC
>TRINITY_DN111258_c0_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:GAGCTTTCCATGTCCCACCTTTTTTCTAATTAAATCCCCTCCCATAGCTTCTTCCGTCGCTCATTCGTTCGTTCCAAATTGCCGCTTTTCGGCTTATGTCCGTGAGTCCCTTTGCCATTATTGCTTATAAATACCTCATCACTCAAAAATTCAGGCTCGTACTGATTTCTTCCCCCAAAATTCCTAACCCGATTTGTCCG
TGCCCACTCTCTCCAGGTGTGGTGTGGTTGTGTGTGCTCTCTTGGAGATAACCGCGCGGCCCTTTTCGCCAAATTGCCTGCTTCTCGTTGGGCGGTTCCCGACTGGCGTGGTTCGAACTCTGCACCTCGTCATGCCGCCGCTGCTCGTTACTTTTAATTTAATTTAATCAAATCATATAACTTTATGGATTTCAAGGTGA
TTTTGGATCTGCGTGGGGACGCCCCTTAAATCGTGGATTCCTGGCGGAAGCCGTAGCTCGTGTAGGCATAAGGGTTTCTGATCGGCTGCTGGATTACTTCAATTCTTTACAAATTATCGGGTATCTGTGCCGACCATAGGTGGTATTTTTGATCAATGGGCAGCTTTAGTTGACTTCCATGCAGTGGCAGAATATGACAA
TTTGAAGTAAAGAGGTGGCTTTTGAATATTTGAAGAAGGGTCATTTAAATCTTTAATATGGGTGTATGCTATAGTGACATCGATCATGGTTTGTCTATTTCACTTGTTGGAAGGCTTCACGAGATTCAGGCTGTTAGAGATGAGTAGTGATTTGGGTATTGTATTGTGCGATGATGATGGCACAGTTAACAAGGCAATGA
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TTCCAGGTCAGGTGTCTGCTCAAGCTGGAGGACAGCTGGCTGATTTGGCACAACAGAATGGGAGCAGTTTATCATCACAAACATCAAATCTGGGAGGCATACGAAGGTCATGGCATATGGAGTTTACTGAAACTGATATATATCAACTGCGGCAATTTATCACAGAGAAAATCTTGCATGTATTCCGTGGGCCAATTTCT
TTAGAATGGCAACAACGGCTGCCCAACCTTGTGAGGCGCTTGGAGGAAGCTCTATTCAAGGAGGCTGCTTCAAAGGAAGAATACATGAACTTGAGCACTTTGGAGCGGCGTTTGACCACTTTGATGAAACGGTTTCAACATAATCGTAACCAGAGTCTTAGTCATCACAATCCTCATGTTGGAACAATGATACCAACTCC
AGGATTGCAACAAAGTGGAAATGTAAGTGCAATGATTCCTACTCCAGGTACTGATATTTCTACCGTTAATGGTCCTGGCACAAGCACTGCGGTCCCCAACACAGTTGGTATGGGAAACATGCTGCCAAATACTAATGAAAATGTTAGTTTATTACAAGGTAACTCAGTACTGGCAGCAGATAATAACTCAAGCAAAATGA
TGCCTACCCCTGGCCTCAGCAACAATGCTTTCCCTATTTCTGGTGACAATATGTCTTCCCTCCCGGGACCTTTAAATAATGCATTCCAGTCCCAGCAAAGTATTTCCACAGGTACAGGCAGCATGATGCCTACAATGGGTTTGGCAAGAGTTGGAAGCCAGATGATTCCAACACCTGGACTAAATACTCCACATTCTATG
CCCATGAGTTCTACAGGCTCTGGTGGATTGAGTCACTCTAATGTTGATGCTGTGACAGCTGCTCAACAGCACCAGTTGCAACATCAGAAACAGCAACAACAGAAACAGCTGCAACAACTGCATCAGCAACAGATGCAATTTACTGGAGGGCAAAACAGCCGCATTTATCATAACATGAATGGTCAGATGGGTGGTACAAT
GGGCATCAACATGCCACAGAAAAATTCTTCTTATGGGCTATTAAATGGAGGCATGAATAACGGGATGCAGCTTTTGAGTGGCAATCAACATTTTGTGAATGGAACTACCCCACATCCTAACACAGGAAGCTACCTGACTCCTTCCCGATTTAGCAATCTACAAATGCCTTCTCAACAGCATGTTCAAAGGCAACGGCATT
TAGTGCAACCAGCATTGTCTCATCAAATGAGTGATGGATATGCAATGAATGCGGCTGATCTTGCTGGGGCGGGAAACTTATATAATCCTGTAACATCCGGTGGAGTTGCAGCTGCGAGTAACTTCAATTCAAACTCTTTAGGGTTACAATCAAAAATGACTCCTGTCGCTGGTTTATCCCCTCAACAATCAAACTTGCAC
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GAGGACTGCTGATGCATCAGGACTCACCTAATAGTCAGCTGTTGTGCCGTCAACTATCTCAAAAATCACAGCAGCAGCAGGTACCATCCCCACAACAGCAACAACAAAGCCAGTCGCAAAATGATTCAAATAGTTTTCCAATTGAAGTACAGCCAGAGGCTGTGTTGCAAGGATTGCAGGAGTCACAATCCCAGGAGAAA
TTTCAGGTACCAGAGCAGGTTGCACACTCAGAAGATCACCGACAGTTACAACACGAAGTTGAACAAAGTATGGAAATTCATGATGATGCTCATAATGCTGAGCAGCCACATCAATCACCTGTAAGTGGAACAGTGTCAACTGTAACAAATCAAACCAGAGTTGAAACATCATCTGGAGCCACTGTATCAACTGGACAACC
AAGCACCATTGCTGAGTCACGACAACAACAATATGTCAAACAACAACGTTGGTTGCTCTTTTTGCGCCATGCTAGTAAATGTTCAGCTCCTGAAGGCCAATGCCAAACGATACATTGTTCAACCGCACAGCAGTTATGGGCACACATTACAAAGTGCCGTGATCCTGAATGTACTTATCTTAGGTGTCATGCTTCTAGGA
CTCTTCTGCGGCACCATCAAAATTGTCGTGACTTACATTGTCCTGTTTGTGGTCCAGTTCGGCAAATCATATTGCAACAGCGCATGGGATATGTTCAATCATCAAACTCAAGGGAGACAGGTCTCACAAATGGTGTGAGAAAGTTTGCCAATGCTACAAATAGAGTTGAGACCAATGTAACTCTGGCATCAAAATCTGGA
AATTCTGTTGAAGAAGAAGCTCAAATTCTGCAACCTCCTCTCAAGAAAGCAAAGATTGAGCCTTTCTCGCCAAGTTGTGCATTGACACAAGTTGAAACTTCACAGGCATCTACCCCAACTTCGAGCAAGACACAGATAGCCTTCCAGGTGCAGCCTCAAGTCTCCCAGCAGATTGGACAGTGCCCATCTGCAATAAAATC
TGAAATAGCCAACTCTGCAAGAGTAGATCCCACACCCGTGAAAATAGAGCCGGCTAGGAGTTTGACCCAAAGTATTTCTCAGAAATCTTCTGAGTTAAAGAAAGATGCTGCAGTTGAGCATGATCAGTCATTGTGTCAAGCAGTGAAGCCTGAGACTTCTTTTGTTTCTATAACCAAAATCCCTGTGCAGGATAAACAAG
AAGTTGTGTCAGTTAAGAAAGAATCTGTACTGGTCAAATCTGAATCTGGACAGTTTAAACAAGAAGTCACAACGGCAGTACTCCCACCTGATAATTCAGCAGCATCAAAATTGGGAAAACCAAAAATCAAAGGTGTTTCGCTGACTGAACTGTTCACACCAGAGCAAATTAGGGAGCATATTAGAGGGCTGCGTCAGTGG
GTTGGTCAGAGCAAAGCAAAGGTTGAAAAGAACCAGGCTATGGAAAATCAAATGAGTGAGAATTCATGTCAATTGTGTGCAGTGGAGAAACTTACATTTGAGCCACCTCCTATTTATTGCACACCATGTGGGGCTCGCATAAAACGAAATGCCATGTATTATACCATTGGCAGTGGTGAGACACGCCATTATTTTTGCAT
ACCTTGTTATAATGAAGTCCGAGGTGACACTGTTGAGGTAGATGGATTCTCTTTTCCGAAGTTGAGGCTAGAGAAGAGGAAGAATGATGAAGAAACAGAAGAGGCGTGGGTCCAGTGTGATAAATGTGAGGCCTGGCAACATCAAATATGCACTCTCTTCAATGGTAGAAGGAATGAAGGTGGGCAAGCAGAGTATACCT
GTCCAAATTGTTACGTAGCTGAAGTGGAAAGCGGTGAGCGAAAGCCCTTACCTCAGAGTGCTGTCCTTGGTGCAAAAGATTTACCAAAGACACATTTGAGTGACCACATTGAGCAGAGGCTATTTCGACGATTGAAACAGGAAAGGCAAGAAAGGGCAAGGGGTCTTGGCAAGAGCTACGAAGAGGTCCCAGGAGCAGAA
GCTCTTGTTGTGAGAGTCGTGTCATCTGTTGACAAGAAATTGGAAGTCAAGCAGCGTTTCTTAGAGATTTTTCAAGAGGAAGATTACCCCACTGAATATCCCTACAAGTCAAAGGTTCTGTTGTTGTTCCAGAAAATTGAAGGTGTAGAGGTCTGCCTTTTTGGCATGTATGTTCAGGAATTTGGGTCAGAGTGTGCTCA
TCCAAATCAGCGACGTGTTTATCTTTCTTACTTGGATTCTGTGAAGTACTTCAGGCCTGATGTGAAAACTGTCACTGGAGAGGCACTTCGAACCTTTGTTTACCACGAAATCTTGATTGGGTATCTGGAATACTGCAAGAAACGAGGCTTGACAAGTTGTTATATATGGGCCTGCCCTCCTTTGAAGGGAGAAGATTATA
TTCTTTATTGCCACCCTGAGATACAGAAGACACCAAAATCTGATAAGCTCAGAGAATGGTATCTTGCAATGTTGCGTAAGGCCACGAAGGAGAACATTGTCGTGGAGCTCACTAATCTATATGATCAGTTTTTTGTGTCCACTGGTGAAAGCAAGGCTAAGGTTACTGCAGCTCGCTTGCCATATTTTGATGGCGACTAT
TGGCCGGGGGCTGCAGAAGACATGATAATGCAACTTCAGCAAGCAGAAGAGGATGGCCGGAAACACCAAAAAAAGGGAAAGACCAAGAAGACTGCAACCAAAAGAGCGTCGAAAGCTGCATCACAAGCTGAACTTGCAAGCAATGCCTCGAAGGATGCTTTATTAATGCAGAAACTTGGGGAGTCCATATCTCCCATGAA
AGAAGACTTTATTATGGTTCATTTGCAATATGCGTGTTCTTATTGTTGTCACTTTATTGTTTGTGGTAAACGCTGGGCTTGCAGCCAGTGTAAGAATTTTCAGCTATGCAATAAATGTTACGAGGCACAACAAAAGCTTGACGAAAGGGACTGGCATCCTATCAACAGCAGGGAAAAACATGCTTTTTATTCTGTTGAAG
TAACGGATGTTCCTGCAGATACTAAGGATAAGGATGAGATTTTGGAGAGTGAATTCTTTGATACCCGTCAGGCATTTCTTAGCCTTTGTCAAGGAAATCACTACCAATATGACACATTGCGTCGTGCCAAGCATTCTTCCATGATGGTTCTCTATCACCTGCATAATCCTACAGCACCTGCATTTGTAACGACATGCAAC
ACGTGCCACCATGATATTGAGACAGGGCAGGGATGGCGCTGTGAAACATGCCCTGATTTTGACATATGTAATGCTTGCTATCAAAAAGATGGCAGTTCAGCTCATCCTCATAAGCTGACAACTCACCCATCTACGGCTGATCGTGATGCACAAAATAAAGAAGCTCGACAGCAAAGGGTACATCAGTTCCGGACAATGTT
GGATCTTCTGGTGCATGCTTCTCAGTGTGGCTATTCTCCGTGCCAGTGCCAGTATCCGAATTGTCGGAGAGTGAAAGGGCTCTTTCGACATGGAATGCAGTGTAGGACTCGTGCTTCAGGAGGCTGCCTTCTTTGCAAGAAGATGTGGTATCTCTTACAATTGCATGCTCGAGCTTGCAAGGAATCTGACTGCCGGGTTC
CTCGTTGCAGGGATTTGAAAGAGCACTTGCGAAGGTTGCAACAACAAATGGAATCACGGCGTAGAGCTGCAGTTATGGAAATGATGAGACAGCGTGCTGCAGAGGTTGCTAGCAATGCTTGATTGAGTGAATGTACATGCAGTTTAAAGCTCATATAGAAGCAAATGCTTCTCAACTGCTAATGGGGGTCGAAATAACAT
TTGGAAGGATGGGATTAACCTGGTTCTTATCAAAATTAAAGTTTGCAACTGCGTCACTGGCTTCACATGGAAATTCGAAAGAGCATATCCAAGAGTTGGAAAGATTTCCCATCCAGCATTTCCTGTCTCGTATCTCCAAATCAGATTAGAGTTGTATCATGTCCTTTATATTTCGGCATGTATGATTATGGACTCTAATT
TTAACATATCCTTGTAGAATTACACCTAATGGTTTTCCGCCCGAAACAATTTGGGTAGAGTAATTCATTAATTTTTGCAGTTCATAGGATGGTTAATGATATATCTAGGACAGGAGGTACAGAAAAGCATATTCATTATTTTTTTGGGGTTAGGCATTGGCCCCTTCTGGAAAATTTTGATTTTGTACTACTTTTCCAAG
CATGTTCGATGACTAGCCTAAAATTAATACAGTATATGATCGCCCATAAAAATTCAGAAATTCTTTGGAGACAGGCAGGCGGGAGTGAATAAACTGTTGATAATGTCTAAAAGTCACTCCATTTCTATATTTTTTAAATTCTCGCAGCCCAACATTGGGTTTCAACTTTCAACCGATTTCCCAAGCACACTTCAAATAAA
CAAACATGTGCGGCGATGCCCTACAAGCAGAGGCAAGTCTAAATTTGCCCTTGAAAGAACAACCGTTGGGGCTGGTCCTTCGTGGAACAATCATCAACTGCTATATTTCATCCATTCTTCTTGAAAATGGACCGCAATGATTTGAAACAGgtaagaaatggatttatttcctttgtttcatacttgtttattagcagttt
gtttattttgtgtctgacttgtgctgatgtttacatacagTAGGGAGATACCAGTGGGCAGTTCAGTTTTTCATTCTTTATGGGGGCGTCCGGTGGCTGCCAGTTGATGCATGCGGCAAACTGGTGAAGCATAATGGCATTATAATCAATCTGGCTTATCTGGATCGGAGTTGTATGGTTAACGGAGTGACATACTTGAC
AGATTAGTGGTCTCTTGCCTAATTTTGAAACTCCAAACTGTAATGAAATGTTTCAATAAGCCATCACAAAATAAAGGTTTGTAAATTAAACGAAATTCCTCCACAATATTTACCTTTTTCAGTTAATAATCCTATTTCTTCAATATTCATAATTTCAATTCAAGAACTTTTTGCCTTTGAAGGGACTGTATTGGGCGCAC
TTCCACTTTTAGCTTGAAAATTTGTGGGCAAGGGATGGAAAATATATTATTGACAAATATAGTTTTCGTTAGTCCATCATGCCACCATGAACTGTAATAATGTGTAATTATTTCAATAATTCTCCCGTGAAGTTGAAATTTGATTGATAAAAAAAATTCACACCGTTAGTGGCAACTCGGTTGCTTTAATTGTGTGACTG
GCTGCTTATCACTGATAAATCAGTTGGTTAGTGGTTGAAAAC
Intron 2 GTAAAGTTCT ... CTGTGTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.38 | 77 | 17 | 30 |
| A2 | 24.1 | 74 | 36 | 11 |
| A3 | 23.16 | 73 | 29 | 15 |
| A4 | 20.25 | 63 | 19 | 13 |
| A5 | 24.53 | 40 | 11 | 15 |
| A6 | 23.26 | 33 | 8 | 12 |
| A7 | 16.07 | 94 | 19 | 17 |
| A8 | 17.39 | 57 | 13 | 11 |
| A9 | 18.92 | 60 | 11 | 17 |
| A10 | 20.9 | 53 | 16 | 12 |
>TRINITY_DN132592_c0_g2_i7 from sample A1 / Example spliced isoformCAAATTGCCGCTTTTCGGCTTATGTCCGTGAGTCCCTTTGCCATTATTGCTTATAAATACCTCATCACTCAAAAATTCAGGCTCGTACTGATTTCTTCCCCCAAAATTCCTAACCCGATTTGTCCGTGCCCACTCTCTCCAGGTGTGGTGTGGTTGTGTGTGCTCTCTTGGAGATAACCGCGCGGCCCTTTTCGCCAAAT
TGCCTGCTTCTCGTTGGGCGGTTCCCGACTGGCGTGGTTCGAACTCTGCACCTCGTCATGCCGCCGCTGCTCGTTACTTTTAATTTAATTTAATCAAATCATATAACTTTATGGATTTCAAGGTGATTTTGGATCTGCGTGGGGACGCCCCTTAAATCGTGGATTCCTGGCGGAAGCCGTAGCTCGTGTAGGCATAAGGG
TTTCTGATCGGCTGCTGGATTACTTCAATTCTTTACAAATTATCGGGTATCTGTGCCGACCATAGGTGGTATTTTTGATCAATGGGCAGCTTTAGTTGACTTCCATGCAGTGGCAGAATATGACAATTTGAAGTAAAGAGGTGGCTTTTGAATATTTGAAGAAGGGTCATTTAAATCTTTAATATGGGTGTATGCTATAG
TGACATCGATCATGGTTTGTCTATTTCACTTGTTGGAAGGCTTCACGAGATTCAGGCTGTTAGAGATGAGTAGTGATTTGGGTATTGTATTGTGCGATGATGATGGCACAGTTAACAAGGCAATGAATCGAAGATGAGAGCATTTTTGTCAGGGTATTATATTAGATTACGTTTCTGGGTGTGAGAAATGTGCGTACTGC
ATCAGTTGTTATGTCACATAAGTAACAGAGAAGTAGATGGCAGAGAACCTTTTGTTCAGAATATAGTGTGAAAAAGTACTTTAGGTATTAAAACACAGTGAGACAAGATGCAGGCTCAGGCGCAGATTCCAGGTCAGGTGTCTGCTCAAGCTGGAGGACAGCTGGCTGATTTGGCACAACAGAATGGGAGCAGTTTATCA
TCACAAACATCAAATCTGGGAGGCATACGAAGGTCATGGCATATGGAGTTTACTGAAACTGATATATATCAACTGCGGCAATTTATCACAGAGAAGATCTTGCATGTATTCCGTGGGCCAATTTCTTTAGAATGGCAACAACGGCTGCCCAACCTTGTGAGGCGCTTGGAGGAAGCTCTATTCAAGGAGGCTGCTTCAAA
GGAAGAATACATGAACTTGAGCACTTTGGAGCGGCGTTTGACCACTTTGATGAAACGGTTTCAACATAATCGTAACCAGAATCTTAGTCATCACAATCCTCATGTTGGAACATTGATACCAACTCCAGGATTGCAACAAAGTGGAAATGTAAGTGCAATGATTCCTACTCCAGGTACTGATATTTCTACCGTTAATGGTC
CTGGCACAAGCACTGCGGTCCCCAACACAGTTGGTATGGGAAACATGCTGCCAAATACTAATGAAAATGTTAGTTTATTACAAGGTAACTCAGTACTGGCAGCAGATAATAACTCAAGCAAAATGATGCCTACCCCTGGCCTCAGCAACAATGCTTTCCCTATTTCTGGTGACAATATGTCTTCCCTCCCGGGACCTTTA
AATAATGCATTCCAGTCCCAGCAAAGTATTTCCACAGGTACAGGCAGCATGATGCCTACAATGGGTTTGGCAAGAGTTGGAAGCCAGATGATTCCAACACCTGGACTAAATACTCCACATTCTATGCCCATGAGTTCTACAGGCTCTGGTGGATTGAGTCACTCTAATGTTGATGCTGTGACAGCTGCTCAACAGCACCA
GTTGCAACATCAGAAACAGCAACAACAGAAACAGCTGCAACAACTGCATCAGCAACAGATGCAATTTACTGGAGGGCAAAACAGCCGCATTTATCATAACATGAATGGTCAGATGGGTGGTACAATGGGCATCAACATGCCACAGAAAAATTCTTCTTATGGGCTATTGAATGGAGGCATGAATAACGGGATGCAGCTTT
TGAGTGGCAATCAACATTTTGTGAATGGAACTACCCCACATCCTAACACAGGAAGCTACCTGACTCCTTCCCGATTTAGCAATCTACAAATGCCTTCTCAACAGCATGTTCAAAGGCAACGACATTTAGTGCAACCAGCATTGTCTCATCAAATGAGTGATGGATATGCAATGAATGCGGCTGATCTTGCTGGGGCGGGA
AATTTATATAATCCTGTAACATCCGGTGGAGTTGCAGCTGCGAGTAACTTCAATTCAAACTCTTTAGGGTTACAATCAAAAATGACTCCTGTCGCTGGTTTATCCCCTCAACAATCAAACTTGCACACACAGCAGCAGGTCCAACAGCATAAGTCTCAGGGTCTTGATCATTCTCCGCAAAGAAATTTTCAATTGCCAAG
GGCTCAATTAATTCAGCAATATTCACAACAGCTGCAACAACCACACCAGCAAAACACACAACATCAACCTCACCAGCAACAGCAGTATCAACAGCAGCATCACAATCATCTACAAAATCAACAGAGTCAACATCAGCAACCATTATTGTTAAAGAGTGAGGATGTACAGCAGAACCAGTTGACTTCAAAATTGTCTGGCC
AGAAACATTTGGGCATTAGTTTGCAGCCCCAAAATGAAACATTGCAGCATCATACTATTCCACAACCCTCAAATGAACAACTGCAGCCACAGGTTACTGGTGCACAAATGCAGCCATCTCAGTCTGGAGGACTGCTGATGCATCAGGACTCACCTAATAGTCAGCTGTTGTGCCGTCAACTATCTCAAAAATCACAGCAG
CAGCAGGTACCATCCCCACAACAGCAACAACAAAGCCAGTCGCAAAATGATTCAAATAGTTTTCCAATTGAAGTACAGCCAGAGGCTGTGTTGCAAGGATTGCAGGAGTCACAATCCCAGGAGAAATTTCAGGTACCAGAGCAGGTTGCACACTCAGAAGATCACCGACAGTTACAACACGAAGTTGAACAAAGTATGGA
AATTCATGATGATGCTCATAATGCTGAGCAGCCACATCAATCACCTGTAAGTGGAACAGTGTCAACTGTAACAAATCAAACCAGAGTTGAAACATCATCTGGAGCCACTGTATCAACTGGACAACCAAGCACCATTGCTGAGTCACGACAACAACAATATGTCAAACAACAACGTTGGTTGCTCTTTTTGCGCCATGCTA
GTAAATGTTCAGCTCCTGAAGGCCAATGCCAAACGATACATTGTTCAACCGCACAGCAGTTATGGGCACACATTACAAAGTGCCGTGATCCTGAATGTACTTATCTTAGGTGTCATGCTTCTAGGACTCTTCTGCGGCACCATCAAAATTGTCGTGACTTACATTGTCCTGTTTGTGGTCCAGTTCGGCAAATCATATTG
CAACAGCGCATGGGATATGTTCAATCATCAAACTCAAGAGAGACAGGTCTCACAAATGGTGTGAGAAAGTTTGCCAATGCTACAAATAGAGTTGAGACCAATGTAACTCTGGCATCAAAATCTGGAAATTCTGTTGAAGAAGAAGCTCAAATTCTGCAACCTCCTCTCAAGAAAGCAAAGATTGAGCCTTTCTCGCCAAG
TTGTGCATTGACACAAGTTGAAACTTCACAGGCATCTACCCCAACTTCGAGCAAGACACAGATAGCCTTCCAGGTGCAGCCTCAAGTCTCCCAGCAGATTGGACAGTGCCCATCTGCAATAAAATCTGAAATAGCCAACTCTGCAAGAGTAGATCCCACACCCGTGAAAATAGAGCCGGCTAGGAGTTTGACCCAAAGTA
TTTCTCAGAAATCTTCTGAGTTAAAGAAAGATGCTGCAGTTGAGCATGATCAGTCATTGTGTCAAGCAGTGAAGCCTGAGACTTCTTTTGTTTCTATAACCAAAATCCCTGTGCAGGATAAACAAGAAGTTGTGTCAGTTAAGAAAGAATCTGTACTGGTCAAATCTGAATCTGGACAGTTTAAACAAGAAGTCACAACG
GCAGTACTCCCACCTGATAATTCAGCAGCATCAAAATTGGGAAAACCAAAAATCAAAGGTGTTTCGCTGACTGAACTGTTCACACCAGAGCAAATTAGGGAGCATATTAGAGGGCTGCGTCAGTGGGTTGGTCAGAGCAAAGCAAAGGTTGAAAAGAACCAGGCCATGGAAAATCAAATGAGTGAGAATTCATGTCAATT
GTGTGCAGTGGAGAAACTTACATTTGAGCCACCTCCTATTTATTGCACACCATGTGGGGCTCGCATAAAACGAAATGCCATGTATTATACCATTGGCAGTGGTGAGACACGCCATTATTTTTGCATACCTTGTTATAATGAAGTCCGAGGTGACACTGTTGAGGTAGATGGATTCTCTTTTCCGAAGTTGAGGCTAGAGA
AGAGGAAGAATGATGAAGAAACAGAAGAGGCGTGGGTCCAGTGTGATAAATGTGAGGCCTGGCAACATCAAATATGCACTCTCTTCAATGGTAGAAGGAATGAAGGTGGGCAAGCAGAGTATACCTGTCCAAATTGTTACGTAGCTGAAGTGGAAAGCGGTGAGCGAAAGCCCTTACCTCAGAGTGCTGTCCTTGGTGCA
AAAGATTTACCAAAGACACATTTGAGTGACCACATTGAGCAGAGGCTATTTCGACGATTGAAACAGGAAAGGCAAGAAAGGGCAAGGGGTCTTGGCAAGAGCTACGAAGAGGTCCCAGGAGCAGAAGCTCTTGTTGTGAGAGTCGTGTCATCTGTTGACAAGAAATTGGAAGTCAAGCAGCGTTTCTTAGAGATTTTTCA
AGAGGAAGATTACCCCACTGAATATCCCTACAAGTCAAAGGTTCTGTTGTTGTTCCAGAAAATTGAAGGTGTAGAGGTCTGTCTTTTTGGCATGTATGTTCAGGAATTTGGGTCAGAGTGTGCTCATCCAAATCAGCGACGTGTTTATCTTTCTTACTTGGATTCTGTGAAGTACTTCAGGCCTGATGTGAAAACTGTCA
CTGGAGAGGCACTTCGAACCTTTGTTTACCACGAAATCTTGATTGGGTATCTGGAATACTGCAAGAAACGAGGCTTGACAAGTTGTTATATATGGGCCTGCCCTCCTTTGAAGGGAGAAGATTATATTCTTTATTGCCACCCTGAGATACAGAAGACACCAAAATCTGATAAGCTCAGAGAATGGTATCTTGCAATGTTG
CGTAAGGCCACGAAGGAGAACATTGTCGTGGAGCTCACTAATCTATATGATCAGTTTTTTGTGTCCACTGGTGAAAGCAAGGCTAAGGTTACTGCAGCTCGCTTGCCATATTTTGATGGCGACTATTGGCCGGGGGCTGCAGAAGACATGATAATGCAACTTCAGCAAGCAGAAGAGGATGGCCGGAAACACCAAAAAAA
GGGAAAGACCAAGAAGACTGCAACCAAAAGAGCGTCGAAAGCTGCATCACAAGCTGAACTTGCAAGCAATGCCTCGAAGGATGCTTTATTAATGCAGAAACTTGGGGAGTCCATATCTCCCATGAAAGAAGACTTTATTATGGTTCATTTGCAATATGCGTGTTCTTATTGTTGTCACTTTATTGTTTGTGGTAAACGCT
GGGCTTGCAGCCAGTGTAAGAATTTTCAGCTATGCAATAAATGTTACGAGGCACAACAAAAGCTTGACGAAAGGGACTGGCATCCTATCAACAGCAGGGAAAAACATGCTTTTTATTCTGTTGAAGTAACGGATGTTCCTGCAGATACTAAGGATAAGGATGAGATTTTGGAGAGTGAATTCTTTGATACCCGTCAGGCA
TTTCTTAGCCTTTGTCAAGGAAATCACTACCAATATGACACATTGCGTCGTGCCAAGCATTCTTCCATGATGGTTCTCTATCACCTGCATAATCCTACAGCACCTGCATTTGTAACGACATGCAACACGTGCCACCATGATATTGAGACAGGGCAGGGATGGCGCTGTGAAACATGCCCTGATTTTGACATATGTAATGC
TTGCTATCAAAAAGATGGCAGTTCAGCTCATCCTCATAAGCTGACAACTCACCCATCTACGGCTGATCGTGATGCACAAAATAAAGAAGCTCGACAGCAAAGGGTACATCAGTTCCGGACAATGTTGGATCTTCTGGTGCATGCTTCTCAGTGTGGCTATTCTCCGTGCCAGTGCCAGTATCCGAATTGTCGGAGAGTGA
AAGGGCTCTTTCGACATGGAATGCAGTGTAGGACTCGTGCTTCAGGAGGCTGCCTTCTTTGCAAGAAGATGTGGTATCTCTTACAATTGCATGCTCGAGCTTGTAAGGAATCTGACTGCCGGGTTCCTCGTTGCAGGGATTTGAAAGAGCACTTGCGAAGGTTGCAACAACAAATGGAATCACGGCGTAGAGCTGCAGTT
ATGGAAATGATGAGACAGCGTGCTGCAGAGGTTGCTAGCAATGCTTGATTGAGTGAATGTACATGCAGTTTAAAGCTCATATAGAAGCAAATGCTTCTCAACTGCTAATGGGGGTCGAAATAACATTTGGAAGGATGGGATTAACCTGGTTCTTATCAAAATTAAAGTTTGCAACTGCGTCACTGGCTTCACATGGAAAT
TCGAAAGAGCATATCCAAGAGTTGGAAAGATTTCCCATCCAGCATTTCCTGTCTCATATCTCCAAATCAGATTAGAGTTGTATCATGTCCTTTATATTTCGGCATGTATGATTATGGACTCTAATTTTAACATATCCTTGTAGAATTACACCTAATGGTTTTCCGCCCGAAACAATTTGGGTAGAGTAATTCATTAATTT
TTGCAGTTCATAGGATGGTTAATGATATATCTAGGACAGGAGGTACGGAAAAGCATATTCATTATTTTTTTGGGGTTAGGCATTGGCCCCTTCTGGAAAATTTTGATTTTGTACTACTTTTCCAAGCATGTTCGATGACTAGCCTAAAATTAATACAGTATATGATCGCCCATAAAAATTCAGAAATTCTTTGGAGACAG
GCAGGCGGGAGTGAATAAACTGTTGATAATGTCTAAAAGTCACTCCATTTCTATATTTTTTAAATTCTCGCAGCCCAACATTGGGTTTCAACTTTCAACCGATTTCCCAAGCACACTTCAAATAAACAAACATGTGCGGCGATGCCCTACAAGCAGAGGCAAGTCTAAATTTGCCCTTGAAAGAACAACCGTTGGGGCTG
GTCCTTCGTGGAACAATCATCAACTGCTATATTTCATCCATTCTTCTTGAAAATGGACCGCAATGATTTGAAACAGTAGGGAGATACCAGTGGGCAGTTCAGTTTTTCATTCTTTATGGGGGCGTCCGGTGGCTGCCAGTTGATGCATGCGGCAAACTGGTGAAGCATAATGGCATTATAATCAATCTGGCTTATCTGGA
TCGGAGTTGTATGGTTAACGGAGTGACATACTTGACAGATTAGTGGTCTCTTGCCTAATTTTGAAACTCCAAACTGTAATGAAATGTTTCAATAAGCCATCACAAAATAAAGGTTTGTAAATATAATGAAATTCCTCCACAATATTTACCTTTTTCAGTTAATAATCCTATTTCTTCAATATTCATAATTTCAATTCAAG
AACTTTTTGCCTTTGAAGGGACTGTATTGGGCGCACTTCCACTTTTAGCTTGAAAATTTGTGGGCAAGGGATGGAAAATATATTATTGACAAATATAGTTTTCGTTAGTCCATCATGCCACCATGAACTGTAATAATGTGTAATTATTTCAATAATTCTCCCGTGAAGTTGAAATTTGATTGATAAAAAAAATTCACACC
GTTAGTGGCAACTCGGTTGCTTTAATTGTGTGACTGGCTGCTTATCACTGATAAATCAGTTGGTTAGTGGTTGAAAACAAGCC
>TRINITY_DN132592_c0_g2_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGTATCTTGCAATGTTGCGTAAGGCCACGAAGGAGAACATTGTCGTGGAGCTCACTAATCTATATGATCAGTTTTTTGTGTCCACTGGTGAAAGCAAGGCTAAGGTTACTGCAGCTCGCTTGCCATATTTTGATGGCGACTATTGGCCGGGGGCTGCAGAAGACATGATAATGCAACTTCAGCAAGCAGAAGAGGATGGC
CGGAAACACCAAAAAAAGGGAAAGACCAAGAAGACTGCAACCAAAAGAGCGTCGAAAGCTGCATCACAAGCTGAACTTGCAAGCAATGCCTCGAAGGATGCTTTATTAATGCAGAAAgtaaagttctgctctattgtcgtctttactttcacatatatccaacgtacttatctgttgtccttgtcatatattatattatt
ctttatctctggcagtcactttacttaccattttcttgttgtgatgctgtgtacagCTTGGGGAGTCCATATCTCCCATGAAAGAAGACTTTATTATGGTTCATTTGCAATATGCGTGTTCTTATTGTTGTCACTTTATTGTTTGTGGTAAACGCTGGGCTTGCAGCCAGTGTAAGAATTTTCAGCTATGCAATAAATGT
TACGAGGCACAACAAAAGCTTGACGAAAGGGACTGGCATCCTATCAACAGCAGGGAAAAACATGCTTTTTATTCTGTTGAAGTAACGGATGTTCCTGCAGATACTAAGGATAAGGATGAGATTTTGGAGAGTGAATTCTTTGATACCCGTCAGGCATTTCTTAGCCTTTGTCAAGGAAATCACTACCAATATGACACATT
GCGTCGTGCCAAGCATTCTTCCATGATGGTTCTCTATCACCTGCATAATCCTACAGCACCTGCATTTGTAACGACATGCAACACGTGCCACCATGATATTGAGACAGGGCAGGGATGGCGCTGTGAAACATGCCCTGATTTTGACATATGTAATGCTTGCTATCAAAAAGATGGCAGTTCAGCTCATCCTCATAAGCTGA
CAACTCACCCATCTACGGCTGATCGTGATGCACAAAATAAAGAAGCTCGACAGCAAAGGGTACAT
Intron 3 GTAAGTGATG ... CTTTTGTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.69 | 149.5 | 49 | 18 |
| A2 | 28.5 | 120.5 | 48 | 3 |
| A3 | 28.22 | 163 | 64 | 7 |
| A4 | 34.92 | 76.5 | 41 | 12 |
| A5 | 15.05 | 56.5 | 10 | 1 |
| A6 | 39.77 | 316 | 208.5 | 29 |
| A7 | 35.52 | 394 | 217 | 22 |
| A8 | 50.69 | 268.5 | 276 | 34 |
| A9 | 38.59 | 358.5 | 225 | 18 |
| A10 | 33.95 | 325 | 167 | 25 |
>TRINITY_DN47488_c0_g3_i3 from sample A10 / Example spliced isoformTTTAAATATAATTCAATTGTGAAGAGTGCTCACTTGTCATTCGATTATTTTGTCCTTATCTTATCTTTTTGCTCACATTTTTACCCGTAGTTGCTGTAGTATGTGCTTGGCAAACCCTCTCATCTGAAAGAACGAAGGGTTAGCAAATAAGCAATCTGCGTTTTATCTTCTTAGAAATACAGAACGCAAAGGAAAGGCAC
TGCAGCATTTTCTGTGGTTGAAACAGGTCACAGCTCAGAAATTTCAATTAGAGCTCTGAGCAGTACGCAGAGGGTGTTTGTGTCGATCTGAGGAGGCAGATGGATGGAGGTATACCAAGGTCATGGCGTGCAAACATGGACTTATATGCAGTGCGGCCATATACCATAGAGAGGATCTTGCAATTATTTCATCAGCATCC
AGTTTCTGACGAATGGCAACAGCGGCTGCCCGCTTTTGTGAGGCGCTTGGAAGAAGGTCTATTCATCGAAGCTACTTCACAGGAAGAATACATGAACTTGAATACTTTGGAGCCACGCTTGCAATCTTTGATGCAGGGGTTAACACAAAATGGGAGCAGTGAATCTTCCCAAACAGCAAATCTGGGAGGTATACGCAGGT
CATGTCATACGGACACTGATTTATATGCAGTGCGGAAATATATGATCGAGAGGATCTTGCAATTATTTCATCGGCAGCCAGTTTCTCCCGAATGGCAACAGCAGCTACCCGATTTTGTGAGGCGCTTGGAGGAAGGTCTATTCAACGAAGCTGCTTCACAGGAAGAATACATGGACTTGAATAATTTGGAGCAGCGCTTA
CAATCTTTGATGCGAAGGTTAACGCAGAATGGGAGCAGTGTATCTTCCCAAACATCAAATCCGGGAGGTGTACAAAGGTCATCTTCCCAAACATCAAATCAGGGAGGTGTACAAAGCTCATGGCGTACAGACGCTGATTTGAACACAGTGCGGCAATATATCATACAGAGGATCTTGCAAGTATTTCACCGACAGCCAAT
TTCTTCAGATTGGCAACAGCGGCTACCCAACTTTGTGAGGTTCGTGGAGGAAGGTCTATTCAACGAGGCTGCTTCAAAGGAAGAATACATGAACTTGAGCACTTTGGAGCGGCGTTTGACCACTTTGATGAAACGGTTTCAACATAATCGTAACCAGAGTCTTAGTCATCACAATCCTCATGTTGGAACATTGATACCAA
CTCCAGGATTGCAACAAAGTGGAAATGTAAGTGTCATCACAATCCTCATGTTGGAACATTGATACCAACTCCAGGATTGCAACAAATTGGAAATGTAGGTACAATGATTCCTACTCCAGGTACTGATATTTCTACCGTTAATGGTCCTGGCACAAGCACTGCGGTCCCCAACACAGTTGGTATGGGAAACATGCTGCCAA
ATACTAATGAAAATGTTAGTTTATTACAAGGTAACTCAGTACTGGCAGCAGATAATAACTCAAGCAAAATGATGCCTACCCCTGGCCTCAGCAACAATGCTTTCCCTATTTCTGGTGACAATATGTCTTCCCTCCCGGGACCTTTAAATAATGCATTCCAGTCCCAGCAAAGTATTTCCACAGGTACAGGCAGCATGATG
CCTACAATGGGTTTGGCAAGAGTTGGAAGCCAGATGATTCCAACACCTGGACTAAATACTCCACATTCTATGCCCATGAGTTCTACAGGCTCTGGTGGATTGAGTCACTCTAATGTTGATGCTGTGACAGCTGCTCAACAGCACCAGTTGCAACATCAGAAACAGCAACAACAGAAACAGCTGCAACAACTGCATCAGCA
ACAGATGCAATTTACTGGAGGGCAAAACAGCCGCATTTATCATAACATGAATGGTCAGATGGGTGGTACAATGGGCATCAACATGCCACAGAAAAATTCTTCTTATGGGCTATTGAATGGAGGCATGAATAACGGGATGCAGCTTTTGAGTGGCAATCAACATTTTGTGAATGGAACTACCCCACATCCTAACACAGGAA
GCTACCTGACTCCTTCCCGATTTAGCAATCTACAAATGCCTTCTCAACAGCATGTTCAAAGGCAACGGCATTTAGTGCAACCAGCATTGTCTCATCAAATGAGTGATGGATATGCAATGAATGCGGCTGATCTTGCTGGGGCGGGAAATTTATATAATCCTGTAACATCCGGTGGAGTTGCAGCTGCGAGTAACTTCAAT
TCAAACTCTTTAGGGTTACAATCAAAAATGACTCCTGTCGCTGGTTTATCCCCTCAACAATCAAACTTGCACACACAGCAGCAGGTCCAACAGCATAAGTCTCAGGGTCTTGATCATTCTCCGCAAAGAAATTTTCAATTGCCAAGGGCTCAATTAATTCAGCAATATTCACAACAGCTGCAACAACCACACCAGCAAAA
CACACAACATCAACCTCACCAGCAACAGCAGTATCAACAGCAGCATCACAATCATCTACAAAATCAACAGAGTCAACATCAGCAACCATTATTGTTAAAGAGTGAGGATGTACAGCAGAACCAGTTGACTTCAAAATTGTCTGGCCAGAAACATTTGGGCATTAGTTTGCAGCCCCAAAATGAAACATTGCAGCATCATA
CTATTCCACAACCCTCAAATGAACAACTGCAGCCACAGGTTACTGGTGCACAAATGCAGCCATCTCAGTCTGGAGGACTACTGATGCATCAGGACTCACCTAATAGTCAGCTGTTGTGCCGTCAACTATCTCAAAAATCACAGCAGCAGCAGGTACCATCACCACAACAGCAACAACAAAGCCAGTCGCAAAATGATTCA
AATAGTTTTCCAATTGAAGTACAGCCAGAGGCTGTGTTGCAAGGATTGCAGGAGTCACAATCCCAGGAGAAATTTCAGGTACCAGAGCAGGTTGCACACTCAGAAGATCACCGACAGTTACAACACGAAGTTGAACAAAGTATGGAAATTCATGATGATGTCCATAATGCTGAGCAGCCACATCAATCACCTGTAAGTGG
AACAGTGTCAACTGTAACAAATCAAACCAGAGTTGAAACATCATCTGGAGCCACTGTATCAACTGGACAACCAAGCACCATTGCTGAGTCACGACAACAACAATATGTCAAACAACAACGTTGGTTGCTCTTTTTGCGCCATGCTAGTAAATGTTCAGCTCCTGAAGGCCAATGCCAAACGATACATTGTTCAACCGCAC
AGCAGTTATGGGCACACATTACAAAGTGCCGTGATCCTGAATGTACTTATCTTAGGTGTCATGCTTCTAGGACTCTTCTGCGGCACCATCAAAATTGTCGTGACTTACATTGTCCTGTTTGTGGTCCAGTTCGGCAAATCATATTGCAACAGCGCATGGGATATGTTCAATCATCAAACTCAAGGGAGACAGGTCTCACA
AATGGTGTGAGAAAGTTTGCCAATGCTACAAATAGAGTTGAGACCAATGTAACTCTGGCATCAAAATCTGGAAATTCTGTTGAAGAAGAAGCTCAAATTCTGCAACCTCCTCTCAAGAAAGCAAAGATTGAGCCTTTCTCGCCAAGTTGTGCATTGACACAAGTTGAAACTTCACAGGCATCTACCCCAACTTCGAGCAA
GACACAGATAGCCTTCCAGGTGCAGCCTCAAGTCTCCCAGCAGATTGGACAGTGCCCATCTGCAATAAAATCTGAAATAGCCAACTCTGCAAGAGTAGATCCCACACCCGTGAAAATAGAGCCGGCTAGGAGTTTGACCCAAAGTATTTCTCAGAAATCTTCTGAGTTAAAGAAAGATGCTGCAGTTGAGCATGATCAGT
CATTGTGTCAAGCAGTGAAGCCTGAGACTTCTTTTGTTTCTATAACCAAAATCCCTGTGCAGGATAAACAAGAAGTTGTGTCAGTTAAGAAAGAATCTGTACTGGTCAAATCTGAATCTGGACAGTTTAAACAAGAAGTCACAACGGCAGTGCTCCCACCTGATAATTCAGCAGCATCAAAATTGGGAAAACCAAAAATC
AAAGGTGTTTCGCTGACTGAACTGTTCACACCAGAGCAAATTAGGGAGCATATTAGAGGGCTGCGTCAGTGGGTTGGTCAGAGCAAAGCAAAGGTTGAAAAGAACCAGGCCATGGAAAATCAAATGAGTGAGAATTCATGTCAATTGTGTGCAGTGGAGAAACTTACATTTGAGCCACCTCCTATTTATTGCACACCATG
TGGGGCTCGCATAAAACGAAATGCCATGTATTATACCATTGGCAGTGGTGAGACACGCCATTATTTTTGCATACCTTGTTATAATGAAGTCCGAGGTGACACTGTTGAGGTAGATGGATTCTCTTTTCCGAAGTTGAGGCTAGAGAAGAGGAAGAATGATGAAGAAACAGAAGAGGCGTGGGTCCAGTGTGATAAATGTG
AGGCCTGGCAACATCAAATATGCACTCTCTTCAATGGTAGAAGGAATGAAGGTGGGCAAGCAGAGTATACCTGTCCAAATTGTTACGTAGCTGAAGTGGAAAGCAGTGAGCGAAAGCCCTTACCTCAGAGTGCTGTCCTTGGTGCAAAAGATTTACCAAAGACACATTTGAGTGACCACATTGAGCAGAGGCTATTTCGA
CGATTGAAACAGGAAAGGCAAGAAAGGGCAAGGGGTCTTGGCAAGAGCTACGAAGAGGTCCCAGGAGCAGAAGCTCTTGTTGTGAGAGTCGTGTCATCTGTTGACAAGAAATTGGAAGTCAAGCAGCGTTTCTTAGAGATTTTTCAAGAGGAAGATTACCCCACTGAATATCCCTACAAGTCAAAGGTTCTGTTGTTGTT
CCAGAAAATTGAAGGTGTAGAGGTCTGCCTTTTTGGCATGTATGTTCAGGAATTTGGGTCAGAGTGTGCTCATCCAAATCAGCGACGTGTTTATCTTTCTTACTTGGATTCTGTGAAGTACTTCAGGCCTGATGTGAAAACTGTCACTGGAGAGGCACTTCGAACCTTTGTTTACCACGAAATCTTGATTGGGTATCTGG
AATACTGCAAGAAACGAGGCTTGACAAGTTGTTATATATGGGCCTGCCCTCCTTTGAAGGGAGAAGATTATATTCTTTATTGCCACCCTGAGATACAGAAGACACCAAAATCTGATAAGCTCAGAGAATGGTATCTTGCAATGTTGCGTAAGGCCACGAAGGAGAACATTGTCGTGGAGCTCACTAATCTATATGATCAG
TTTTTTGTGTCCACTGGTGAAAGCAAGGCTAAGGTTACTGCAGCTCGCTTGCCATATTTTGATGGCGACTATTGGCCGGGGGCTGCAGAAGACATGATAATGCAACTTCAGCAAGCAGAAGAGGATGGCCGGAAACACCAAAAAAAGGGAAAGACCAAGAAGACTGCAACCAAAAGAGCGTCGAAAGCTGCATCACAAGC
TGAACTTGCAAGCAATGCCTCGAAGGATGCTTTATTAATGCAGAAACTTGGGGAGTCCATATCTCCCATGAAAGAAGACTTTATTATGGTTCATTTGCAATATGCGTGTTCTTATTGTTGTCACTTTATTGTTTGTGGTAAACGCTGGGCTTGCAGCCAGTGTAAGAATTTTCAGCTATGCAATAAATGTTACGAGGCAC
AACAAAAGCTTGACGAAAGGGACTGGCATCCTATCAACAGCAGGGAAAAACATGCTTTTTATTCTGTTGAAGTAACGGATGTTCCTGCAGATACTAAGGATAAGGATGAGATTTTGGAGAGTGAATTCTTTGATACCCGTCAGGCATTTCTTAGCCTTTGTCAAGGAAATCACTACCAATATGACACATTGCGTCGTGCC
AAGCATTCTTCCATGATGGTTCTCTATCACCTGCATAATCCTACAGCACCTGCATTTGTAACGACATGCAACACGTGCCACCATGATATTGAGACAGGGCAGGGATGGCGCTGTGAAACATGCCCTGATTTTGACATATGTAATGCTTGCTATCAAAAAGATGGCAGTTCAGCTCATCCTCATAAGCTGACAACTCACCC
ATCTACGGCTGATCGTGATGCACAAAATAAAGAAGCTCGACAGCAAAGGGTACATCAGTTCCGGACAATGTTGGATCTTCTGGTGCATGCTTCTCAGTGTGGCTATTCTCCGTGCCAGTGCCAGTATCCGAATTGTCGGAGAGTGAAAGGGCTCTTTCGACATGGAATGCAGTGTAGGACTCGTGCTTCAGGAGGCTGCC
TTCTTTGCAAGAAGATGTGGTATCTCTTACAATTGCATGCTCGAGCTTGCAAGGAATCTGACTGCCGGGTTCCTCGTTGCAGGGATTTGAAAGAGCACTTGCGAAGGTTGCAACAACAAATGGAATCACGGCGTAGAGCTGCAGTTATGGAAATGATGAGACAGCGTG
>TRINITY_DN47488_c0_g3_i15 from sample A10 / Example unspliced isoform:TTTAAATATAATTCAATTGTGAAGAGTGCTCACTTGTCATTCGATTATTTTGTCCTTATCTTATCTTTTTGCTCACATTTTTACCCGTAGTTGCTGTAGTATGTGCTTGGCAAACCCTCTCATCTGAAAGAACGAAGGGTTAGCAAATAAGCAATCTGCGTTTTATCTTCTTAGAAATACAGAACGCAAAGGAAAGGCAC
TGCAGCATTTTCTGTGGTTGAAACAGGTCACAGCTCAGAAATTTCAATTAGAGCTCTGAGCAGTACGCAGAGGGTGTTTGTGTCGATCTGAGGAGGCAGATGGATGGAGGTATACCAAGGTCATGGCGTGCAAACATGGACTTATATGCAGTGCGGCCATATACCATAGAGAGGATCTTGCAATTATTTCATCAGCATCC
AGTTTCTGACGAATGGCAACAGCGGCTGCCCGCTTTTGTGAGGCGCTTGGAAGAAGGTCTATTCATCGAAGCTACTTCACAGGAAGAATACATGAACTTGAATACTTTGGAGCCACGCTTGCAATCTTTGATGCAGGGGTTAACACAAAATGGGAGCAGTGAATCTTCCCAAACAGCAAATCTGGGAGGTATACGCAGGT
CATGTCATACGGACACTGATTTATATGCAGTGCGGAAATATATGATCGAGAGGATCTTGCAATTATTTCATCGGCAGCCAGTTTCTCCCGAATGGCAACAGCAGCTACCCGATTTTGTGAGGCGCTTGGAGGAAGGTCTATTCAACGAAGCTGCTTCACAGGAAGAATACATGGACTTGAATAATTTGGAGCAGCGCTTA
CAATCTTTGATGCGAAGGTTAACGCAGAATGGGAGCAGTGTATCTTCCCAAACATCAAATCCGGGAGGTGTACAAAGGTCATCTTCCCAAACATCAAATCAGGGAGGTGTACAAAGCTCATGGCGTACAGACGCTGATTTGAACACAGTGCGGCAATATATCATACAGAGGATgtaagtgatgaaagacattctaatagt
tacagcaataacaatcaagtttatttcaaagtttgcccttttttatgtaattttttcataaaaaccaagaaaatcaaattgtgctgcatatagggaaattagttaacatcaagcatatcatacacaacagctgctattgcaaaacccagtattatattataactttttatttaatagtatgcttggttgaacactgtttg
ttcagtaaattcttgctttctatttagttttatgggctaaagcatgcgttctacaatttggacagtcaaaaactttcttatatgctttcctttagttgttttccaaagatgtttcacataagaaccaaaaaacaaggatccaagtgttgaaccaagaaaattaaattgtacttcatgtagagaaattagttaaccatgaa
acttttgaagtcatgcacaatagctgttgctgcaaatcctttcatttattatgactttgttatctaagattatacttagttgaacgatgttggtccaataatattcaattttagggattaagaacatgtattctacaatttggactgcgagaaactttcttgtgtgctttcctttctttttatccaaacatgtttcaggt
gagagccacaagaagtttggttttaggggatgaatgccccaggaagcacttcctttaaactggttgatttttaggtgatgactgcagggagtggggtccatgttatacgattaaaaatatatcttgccttcaggattctctaaattctcttaaaggataggtttaccgcaagtacatttgagtttattaaaaggattgtt
ccgagtgctcgtgagaagtaggtcactggttcaagtcaaattggcagctgctcatgagttggccatataattattcctaggtgaaccgggtttgagtcaaattggcagctgctcatcagttggccatagcattatttttaggcgaacctactatataatctgcttacctaaggggtgagcttattataatattctcatca
gaactgggattccattaaaatgagcgcattataatattctcctcggggctgggactctaccatcataacgagaacaaaaatgagttcattaattttaatttcttttgtcagCTTGCAAGTATTTCACCGACAGCCAATTTCTTCAGATTGGCAACAGCGGCTACCCAACTTTGTGAGGTTCGTGGAGGAAGGTCTATTCA
ACGAGGCTGCTTCAAAGGAAGAATAC
Intron 4 GTTTGTGGTT ... ACCTTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.01 | 141 | 42 | 52 |
| A2 | 25.27 | 102 | 33 | 36 |
| A3 | 21.23 | 96.5 | 16 | 36 |
| A4 | 17.65 | 91 | 17 | 22 |
| A5 | 27.71 | 30 | 11 | 12 |
| A6 | 21.57 | 40 | 11 | 11 |
| A7 | 20 | 93 | 19.5 | 27 |
| A8 | 24.81 | 50 | 17 | 16 |
| A9 | 19.81 | 83 | 21 | 20 |
| A10 | 19.03 | 83 | 15 | 24 |
>TRINITY_DN124448_c0_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoformAATAACTGAGGGGGCAATTTCTCCGTGGAAACCAAGAAGGGAATCATAATATGGCAGAGGAACTTTGTTTGATGTGACATTGGAATAAATACTATCCGTAAGGACGAGCATAAGCCTCTACTGCTCGTCAATTATCATCACTAAAAAATTTCAGGGTCGTACTGACTTCTTCCAAAAATACTTACTTCTTCTTCCAAAAA
CCGTAACCAGATTTGTCCGGGACCACTTTCTCAAGGACTGGTGTCGTTGACTCGTTTGCGTGTTCTGTTGGAGTTAACAGCGCGACCCATTTCGCAAAATTGCCTGCTTGTAGTTGGGCGGGGTTCGAAATCTGCAACTCGAATTATCGGGGGTATCTGTGTCGACCGCAGTGAGACAAGATGCCGGGTCGAGTACAGAT
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AACAGAAACAGCTGCAACAACTGCATCAGCAACAGATGCAATTTACTGGAGGGCAAAACAGCCGCATTTATCATAACATGAATGGTCAGATGGGTGGTACAATGGGCATCAACATGCCACAGAAAAATTCTTCTTATGGGCTATTGAATGGAGGCATGAATAACGGGATGCAGCTTTTGAGTGGCAATCAACATTTTGTG
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TGGAGTTGCAGCTGCGAGTAACTTCAATTCAAACTCTTTAGGGTTACAATCAAAAATGACTCCTGTCGCTGGTTTATCCCCTCAACAATCAAACTTGCACACACAGCAGCAGGTCCAACAGCATAAGTCTCAGGGTCTTGATCATTCTCCGCAAAGAAATTTTCAATTGCCAAGGGCTCAATTAATTCAGCAATATTCAC
AACAGCTGCAACAACCACACCAGCAAAACACACAACATCAACCTCACCAGCAACAGCAGTATCAACAGCAGCATCACAATCATCTACAAAATCAACAGAGTCAACATCAGCAACCATTATTGTTAAAGAGTGAGGATGTACAGCAGAACCAGTTGACTTCAAAATTGTCTGGCCAGAAACATTTGGGCATTAGTTTGCAG
CCCCAAAATGAAACATTGCAGCATCATACTATTCCACAACCCTCAAATGAACAACTGCAGCCACAGGTTACTGGTGCACAAATGCAGCCATCTCAGTCTGGAGGACTACTGATGCATCAGGACTCACCTAATAGTCAGCTGTTGTGCCGTCAACTATCTCAAAAATCACAGCAGCAGCAGGTACCATCACCACAACAGCA
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AAAGAGCGTCGAAAGCTGCATCACAAGCTGAACTTGCAAGCAATGCCTCGAAGGATGCTTTATTAATGCAGAAACTTGGGGAGTCCATATCTCCCATGAAAGAAGACTTTATTATGGTTCATTTGCAATATGCGTGTTCTTATTGTTGTCACTTTATTGTTTGTGGTAAACGCTGGGCTTGCAGCCAGTGTAAGAATTTT
CAGCTATGCAATAAATGTTACGAGGCACAACAAAAGCTTGACGAAAGGGACTGGCATCCTATCAACAGCAGGGAAAAACATGCTTTTTATTCTGTTGAAGTAACGGATGTTCCTGCAGATACTAAGGATAAGGATGAGATTTTGGAGAGTGAATTCTTTGATACCCGTCAGGCATTTCTTAGCCTTTGTCAAGGAAATCA
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CTCATCCTCATAAGCTGACAACTCACCCATCTACGGCTGATCGTGATGCACAAAATAAAGAAGCTCGACAGCAAAGGGTACATCAGTTCCGGACAATGTTGGATCTTCTGGTGCATGCTTCTCAGTGTGGCTATTCTCCGTGCCAGTGCCAGTATCCGAATTGTCGGAGAGTGAAAGGGCTCTTTCGACATGGAATGCAG
TGTAGGACTCGTGCTTCAGGAGGCTGCCTTCTTTGCAAGAAGATGTGGTATCTCTTACAATTGCATGCTCGAGCTTGTAAGGAATCTGACTGCCGGGTTCCTCGTTGCAGGGATTTGAAAGAGCACTTGCGAAGGTTGCAACAACAAATGGAATCACGGCGTAGAGCTGCAGTTATGGAAATGATGAGACAGCGTGCTGC
AGAGGTTGCTAGCAATGCTTGATTGAGTGAATGTACATGCAGTTTAAAGCTCATATAGAAGCAAATGCTTCTCAACTGCTAATGGGGGTCGAAATAACATTTGGAAGGATGGGATTAACCTGGTTCTTATCAAAATTAAAGTTTGCAACTGCGTCACTGGCTTCACATGGAAATTCGAAAGAGCATATCCAAGAGTTGGA
AAGATTTCCCATCCAGCATTTCCTGTCTCATATCTCCAAATCAGATTAGAGTTGTATCATGTCCTTTATATTTCGGCATGTATGATTATGGACTCTAATTTTAACATATCCTTGTAGAATTACACCTAATGGTTTTCCGCCCGAAACAATTTGGGTAGAGTAATTCATTAATTTTTGCAGTTCATAGGATGGTTAATGAT
ATATCTAGGACAGGAGGTACGGAAAAGCATATTCATTATTTTTTTGGGGTTAGGCATTGGCCCCTTCTGGAAAATTTTGATTTTGTACTACTTTTCCAAGCATGTTCGATGACTAGCCTAAAATTAATACAGTATATGATCGCCCATAAAAATTCAGAAATTCTTTGGAGACAGGCAGGCGGGAGTGAATAAACTGTTGA
TAATGTCTAAAAGTCACTCCATTTCTATATTTTTTAAATTCTCGCAGCCCAACATTGGGTTTCAACTTTCAACCGATTTCCCAAGCACACTTCAAATAAACAAACATGTGCGGCGATGCCCTACAAGCAGAGGCAAGTCTAAATTTGCCCTTGAAAGAACAACCGTTGGGGCTGGTCCTTCGTGGAACAATCATCAACTG
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ATTGGGCGCACTTCCACTTTTAGCTTGAAAATTTGTGGGCAAGGGATGAAAAATATATTATTGACAAAT
>TRINITY_DN124448_c0_g1_i11 from sample A2 / Example unspliced isoform:AATAACTGAGGGGGCAATTTCTCCGTGGAAACCAAGAAGGGAATCATAATATGGCAGAGGAACTTTGTTTGATGTGACATTGGAATAAATACTATCCGTAAGGACGAGCATAAGCCTCTACTGCTCGTCAATTATCATCACTAAAAAATTTCAGGGTCGTACTGACTTCTTCCAAAAATACTTACTTCTTCTTCCAAAAA
CCGTAACCAGATTTGTCCGGGACCACTTTCTCAAGGACTGGTGTCGTTGACTCGTTTGCGTGTTCTGTTGGAGTTAACAGCGCGACCCATTTCGCAAAATTGCCTGCTTGTAGTTGGGCGGGGTTCGAAATCTGCAACTCGAATTATCGGGGGTATCTGTGTCGACCGCAGTGAGACAAGATGCCGGGTCGAGTACAGAT
TCCAGGTCAGGTGTTTGGTGAAGCTGGAGGACAGCTGGCTGATTTGGCACAACAAAATGGGAGCAGTTTATCTTCACAAGCATCATATCTGGGAGGTACACAAAGGTCATGGCATACGGACCTTTTTTCTAATTAAATCCCCTCCCATAGCTTCTTCCGTCGCTCATTCGTTCGTTCCAAATTGCCGCTTTTCGGCTTAT
GTCCGTGAGTCCCTTTGCCATTATTGCTTATAAATACCTCATCACTCAAAAATTCAGGCTCGTACTGATTTCTTCCCCCAAAATTCCTAACCCGATTTGTCCGTGCCCACTCTCTCCAGGTGTGGTGTGGTTGTGTGTGCTCTCTTGGAGATAACCGCGCGGCCCTTTTCGCCAAATTGCCTGCTTCTCGTTGGGCGGTT
CCCGACTGGCGTGGTTCGAACTCTGCACCTCGTCATGCCGCCGCTGCTCGTTACTTTTAATTTAATTTAATCAAATCATATAACTTTATGGATTTCAAGGTGATTTTGGATCTGCGTGGGGACGCCCCTTAAATCGTGGATTCCTGGCGGAAGCCGTAGCTCGTGTAGGCATAAGGGTTTCTGATCGGCTGCTGGATTAC
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TTTCACTTGTTGGAAGGCTTCACGAGATTCAGGCTGTTAGAGATGAGTAGTGATTTGGGTATTGTATTGTGCGATGATGATGGCACAGTTAACAAGGCAATGAATCGAAGATGAGAGCATTTTTGTCAGGGTATTATGTTAGATTACGTTTCTGGGTGTGAGAAATGTGCGTACTGCATCAGTTGTTATGTCACATAAGT
AACAGAGAAGTAGATGGCAGAGAACCTTTTGTTCAGAATATAGTGTGAAAAAGTACTTTAGGTATTAAAACACAGTGAGACAAGATGCAGGCTCAGGCGCAGATTCCAGGTCAGGTGTCTGCTCAAGCTGGAGGACAGCTGGCTGATTTGGCACAACAGAATGGGAGCAGTTTATCATCACAAACATCAAATCTGGGAGG
CATACGAAGGTCATGGCATATGGAGTTTACTGAAACTGATATATATCAACTGCGGCAATTTATCACAGAGAAAATCTTGCATGTATTCCGTGGGCCAATTTCTTTAGAATGGCAACAACGGCTGCCCAACCTTGTGAGGCGCTTGGAGGAAGCTCTATTCAAGGAGGCTGCTTCAAAGGAAGAATACATGAACTTGAGCA
CTTTGGAGCGGCGTTTGACCACTTTGATGAAACGGTTTCAACATAATCGTAACCAGAATCTTAGTCATCACAATCCTCATGTTGGAACAATGATACCAACTCCAGGATTGCAACAAAGTGGAAATGTAAGTGCAATGATTCCTACTCCAGGTACTGATATTTCTACCGTTAATGGTCCTGGCACAAGCACTGCGGTCCCC
AACACAGTTGGTATGGGAAACATGCTGCCAAATACTAATGAAAATGTTAGTTTATTACAAGGTAACTCAGTACTGGCAGCAGATAATAACTCAAGCAAAATGATGCCTACCCCTGGCCTCAGCAACAATGCTTTCCCTATTTCTGGTGACAATATGTCTTCCCTCCCGGGACCTTTAAATAATGCATTCCAGTCCCAGCA
AAGTATTTCCACAGGTACAGGCAGCATGATGCCTACAATGGGTTTGGCAAGAGTTGGAAGCCAGATGATTCCAACACCTGGACTAAATACTCCACATTCTATGCCCATGAGTTCTACAGGCTCTGGTGGATTGAGTCACTCTAATGTTGATGCTGTGACAGCTGCTCAACAGCACCAGTTGCAACATCAGAAACAGCAAC
AACAGAAACAGCTGCAACAACTGCATCAGCAACAGATGCAATTTACTGGAGGGCAAAACAGCCGCATTTATCATAACATGAATGGTCAGATGGGTGGTACAATGGGCATCAACATGCCACAGAAAAATTCTTCTTATGGGCTATTGAATGGAGGCATGAATAACGGGATGCAGCTTTTGAGTGGCAATCAACATTTTGTG
AATGGAACTACCCCACATCCTAACACAGGAAGCTACCTGACTCCTTCCCGATTTAGCAATCTACAAATGCCTTCTCAACAGCATGTTCAAAGGCAACGACATTTAGTGCAACCATTGTCTCATCAAATGAGTGATGGATATGCAATGAATGCGGCTGATCTTGCTGGGGCGGGAAATTTATATAATCCTGTAACATCCGG
TGGAGTTGCAGCTGCGAGTAACTTCAATTCAAACTCTTTAGGGTTACAATCAAAAATGACTCCTGTCGCTGGTTTATCCCCTCAACAATCAAACTTGCACACACAGCAGCAGGTCCAACAGCATAAGTCTCAGGGTCTTGATCATTCTCCGCAAAGAAATTTTCAATTGCCAAGGGCTCAATTAATTCAGCAATATTCAC
AACAGCTGCAACAACCACACCAGCAAAACACACAACATCAACCTCACCAGCAACAGCAGTATCAACAGCAGCATCACAATCATCTACAAAATCAACAGAGTCAACATCAGCAACCATTATTGTTAAAGAGTGAGGATGTACAGCAGAACCAGTTGACTTCAAAATTGTCTGGCCAGAAACATTTGGGCATTAGTTTGCAG
CCCCAAAATGAAACATTGCAGCATCATACTATTCCACAACCCTCAAATGAACAACTGCAGCCACAGGTTACTGGTGCACAAATGCAGCCATCTCAGTCTGGAGGACTACTGATGCATCAGGACTCACCTAATAGTCAGCTGTTGTGCCGTCAACTATCTCAAAAATCACAGCAGCAGCAGGTACCATCACCACAACAGCA
ACAACAAAGCCAGTCGCAAAATGATTCAAATAGTTTTCCAATTGAAGTACAGCCAGAGGCTGTGTTGCAAGGATTGCAGGAGTCACAATCCCAGGAGAAATTTCAGGTACCAGAGCAGGTTGCACACTCAGAAGATCACCGACAGTTACAACACGAAGTTGAACAAAGTATGGAAATTCATGATGATGTCCATAATGCTG
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TGCCAAACGATACATTGTTCAACCGCACAGCAGTTATGGGCACACATTACAAAGTGCCGTGATCCTGAATGTACTTATCTTAGGTGTCATGCTTCTAGGACTCTTCTGCGGCACCATCAAAATTGTCGTGACTTACATTGTCCTGTTTGTGGTCCAGTTCGGCAAATCATATTGCAACAGCGCATGGGATATGTTCAATC
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CACAGGCATCTACCCCAACTTCGAGCAAGACACAGATAGCCTTCCAGGTGCAGCCTCAAGTCTCCCAGCAGATTGGACAGTGCCCATCTGCAATAAAATCTGAAATAGCCAACTCTGCAAGAGTAGATCCCACACCCGTGAAAATAGAGCCGGCTAGGAGTTTGACCCAAAGTATTTCTCAGAAATCTTCTGAGTTAAAG
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AGCATCAAAATTGGGAAAACCAAAAATCAAAGGTGTTTCGCTGACTGAACTGTTCACACCAGAGCAAATTAGGGAGCATATTAGAGGGCTGCGTCAGTGGGTTGGTCAGAGCAAAGCAAAGGTTGAAAAGAACCAGGCTATGGAAAATCAAATGAGTGAGAATTCATGTCAATTGTGTGCAGTGGAGAAACTTACATTTG
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TACCACGAAATCTTGATTGGGTATCTGGAATACTGCAAGAAACGAGGCTTGACAAGTTGTTATATATGGGCCTGCCCTCCTTTGAAGGGAGAAGATTATATTCTTTATTGCCACCCTGAGATACAGAAGACACCAAAATCTGATAAGCTCCGAGAATGgtttgtggttgttcattgaattttttggatgaagcaaagatg
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TTGCCATATTTTGATGGCGACTATTGGCCGGGGGCTGCAGAAGACATGATAATGCAACTTCAGCAAGCAGAAGAGGATGGCCGGAAACACCAAAAAAAGGGAAAGACCAAGAAGACTGCAACCAAAAGAGCGTCGAAAGCTGCATCACAAGCTGAACTTGCAAGCAATGCCTCGAAGGATGCTTTATTAATGCAGAAACT
TGGGGAGTCCATATCTCCCATGAAAGAAGACTTTATTATGGTTCATTTGCAATATGCGTGTTCTTATTGTTGTCACTTTATTGTTTGTGGTAAACGCTGGGCTTGCAGCCAGTGTAAGAATTTTCAGCTATGCAATAAATGTTACGAGGCACAACAAAAGCTTGACGAAAGGGACTGGCATCCTATCAACAGCAGGGAAA
AACATGCTTTTTATTCTGTTGAAGTAACGGATGTTCCTGCAGATACTAAGGATAAGGATGAGATTTTGGAGAGTGAATTCTTTGATACCCGTCAGGCATTTCTTAGCCTTTGTCAAGGAAATCACTACCAATATGACACATTGCGTCGTGCCAAGCATTCTTCCATGATGGTTCTCTATCACCTGCATAATCCTACAGCA
CCTGCATTTGTAACGACATGCAACACGTGCCACCATGATATTGAGACAGGGCAGGGATGGCGCTGTGAAACATGCCCTGATTTTGACATATGTAATGCTTGCTATCAAAAAGATGGCAGTTCAGCTCATCCTCATAAGCTGACAACTCACCCATCTACGGCTGATCGTGATGCACAAAATAAAGAAGCTCGACAGCAAAG
GGTACATCAGTTCCGGACAATGTTGGATCTTCTGGTGCATGCTTCTCAGTGTGGCTATTCTCCGTGCCAGTGCCAGTATCCGAATTGTCGGAGAGTGAAAGGGCTCTTTCGACATGGAATGCAGTGTAGGACTCGTGCTTCAGGAGGCTGCCTTCTTTGCAAGAAGATGTGGTATCTCTTACAATTGCATGCTCGAGCTT
GTAAGGAATCTGACTGCCGGGTTCCTCGTTGCAGGGATTTGAAAGAGCACTTGCGAAGGTTGCAACAACAAATGGAATCACGGCGTAGAGCTGCAGTTATGGAAATGATGAGACAGCGTGCTGCAGAGGTTGCTAGCAATGCTTGATTGAGTGAATGTACATGCAGTTTAAAGCTCATATAGAAGCAAATGCTTCTCAAC
TGCTAATGGGGGTCGAAATAACATTTGGAAGGATGGGATTAACCTGGTTCTTATCAAAATTAAAGTTTGCAACTGCGTCACTGGCTTCACATGGAAATTCGAAAGAGCATATCCAAGAGTTGGAAAGATTTCCCATCCAGCATTTCCTGTCTCATATCTCCAAATCAGATTAGAGTTGTATCATGTCCTTTATATTTCGG
CATGTATGATTATGGACTCTAATTTTAACATATCCTTGTAGAATTACACCTAATGGTTTTCCGCCCGAAACAATTTGGGTAGAGTAATTCATTAATTTTTGCAGTTCATAGGATGGTTAATGATATATCTAGGACAGGAGGTACGGAAAAGCATATTCATTATTTTTTTGGGGTTAGGCATTGGCCCCTTCTGGAAAATT
TTGATTTTGTACTACTTTTCCAAGCATGTTCGATGACTAGCCTAAAATTAATACAGTATATGATCGCCCATAAAAATTCAGAAATTCTTTGGAGACAGGCAGGCGGGAGTGAATAAACTGTTGATAATGTCTAAAAGTCACTCCATTTCTATATTTTTTAAATTCTCGCAGCCCAACATTGGGTTTCAACTTTCAACCGA
TTTCCCAAGCACACTTCAAATAAACAAACATGTGCGGCGATGCCCTACAAGCAGAGGCAAGTCTAAATTTGCCCTTGAAAGAACAACCGTTGGGGCTGGTCCTTCGTGGAACAATCATCAACTGCTATATTTCATCCATTCATCTTGAAAATGGACCGGCAATGATTTGAAACAGTAGGGAGATACCAGTGGGCAGTTCA
GTTTTTCATTCTTTATGGGGGCGTCCGGTGGCTGCCAGTTGATGCATGCGGCAAACTGGTGAAGCATAATGGCGTTATAATCAATCTGGCTTATCTGGATCGGAGTTGTATGGTTAACGGAGTGACATACTTGACAGATTAGTGGTCTCTTGCCTAATTTTGAAACTCCAAACTGTAATGAAATGTTTCAATAAGCCATC
ACAAAATAAAGGTTTGTAAATATAATGAAATTCCTCCACAATATTTACCTTTTTCAGTTAATAATCCTATTTCTTCAATATTCATAATTTCAATTCAAGAACTTTTTGCCTTTGAAGGGACTGTATTGGGCGCACTTCCACTTTTAGCTTGAAAATTTGTGGGCAAGGGATGAAAAATATATTATTGACAAAT
Intron 5 GTAATGCATT ... TTCTGAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.06 | 172 | 42 | 39 |
| A2 | 21.4 | 112 | 24 | 37 |
| A3 | 19.86 | 115 | 33 | 24 |
| A4 | 19.69 | 104 | 28 | 23 |
| A5 | 20 | 38 | 12 | 7 |
| A6 | 20 | 34 | 8 | 9 |
| A7 | 19.69 | 102 | 29 | 21 |
| A8 | 20 | 44 | 12 | 10 |
| A9 | 25.71 | 52 | 18 | 18 |
| A10 | 16.76 | 72 | 18 | 11 |
>TRINITY_DN132592_c0_g2_i7 from sample A1 / Example spliced isoformCAAATTGCCGCTTTTCGGCTTATGTCCGTGAGTCCCTTTGCCATTATTGCTTATAAATACCTCATCACTCAAAAATTCAGGCTCGTACTGATTTCTTCCCCCAAAATTCCTAACCCGATTTGTCCGTGCCCACTCTCTCCAGGTGTGGTGTGGTTGTGTGTGCTCTCTTGGAGATAACCGCGCGGCCCTTTTCGCCAAAT
TGCCTGCTTCTCGTTGGGCGGTTCCCGACTGGCGTGGTTCGAACTCTGCACCTCGTCATGCCGCCGCTGCTCGTTACTTTTAATTTAATTTAATCAAATCATATAACTTTATGGATTTCAAGGTGATTTTGGATCTGCGTGGGGACGCCCCTTAAATCGTGGATTCCTGGCGGAAGCCGTAGCTCGTGTAGGCATAAGGG
TTTCTGATCGGCTGCTGGATTACTTCAATTCTTTACAAATTATCGGGTATCTGTGCCGACCATAGGTGGTATTTTTGATCAATGGGCAGCTTTAGTTGACTTCCATGCAGTGGCAGAATATGACAATTTGAAGTAAAGAGGTGGCTTTTGAATATTTGAAGAAGGGTCATTTAAATCTTTAATATGGGTGTATGCTATAG
TGACATCGATCATGGTTTGTCTATTTCACTTGTTGGAAGGCTTCACGAGATTCAGGCTGTTAGAGATGAGTAGTGATTTGGGTATTGTATTGTGCGATGATGATGGCACAGTTAACAAGGCAATGAATCGAAGATGAGAGCATTTTTGTCAGGGTATTATATTAGATTACGTTTCTGGGTGTGAGAAATGTGCGTACTGC
ATCAGTTGTTATGTCACATAAGTAACAGAGAAGTAGATGGCAGAGAACCTTTTGTTCAGAATATAGTGTGAAAAAGTACTTTAGGTATTAAAACACAGTGAGACAAGATGCAGGCTCAGGCGCAGATTCCAGGTCAGGTGTCTGCTCAAGCTGGAGGACAGCTGGCTGATTTGGCACAACAGAATGGGAGCAGTTTATCA
TCACAAACATCAAATCTGGGAGGCATACGAAGGTCATGGCATATGGAGTTTACTGAAACTGATATATATCAACTGCGGCAATTTATCACAGAGAAGATCTTGCATGTATTCCGTGGGCCAATTTCTTTAGAATGGCAACAACGGCTGCCCAACCTTGTGAGGCGCTTGGAGGAAGCTCTATTCAAGGAGGCTGCTTCAAA
GGAAGAATACATGAACTTGAGCACTTTGGAGCGGCGTTTGACCACTTTGATGAAACGGTTTCAACATAATCGTAACCAGAATCTTAGTCATCACAATCCTCATGTTGGAACATTGATACCAACTCCAGGATTGCAACAAAGTGGAAATGTAAGTGCAATGATTCCTACTCCAGGTACTGATATTTCTACCGTTAATGGTC
CTGGCACAAGCACTGCGGTCCCCAACACAGTTGGTATGGGAAACATGCTGCCAAATACTAATGAAAATGTTAGTTTATTACAAGGTAACTCAGTACTGGCAGCAGATAATAACTCAAGCAAAATGATGCCTACCCCTGGCCTCAGCAACAATGCTTTCCCTATTTCTGGTGACAATATGTCTTCCCTCCCGGGACCTTTA
AATAATGCATTCCAGTCCCAGCAAAGTATTTCCACAGGTACAGGCAGCATGATGCCTACAATGGGTTTGGCAAGAGTTGGAAGCCAGATGATTCCAACACCTGGACTAAATACTCCACATTCTATGCCCATGAGTTCTACAGGCTCTGGTGGATTGAGTCACTCTAATGTTGATGCTGTGACAGCTGCTCAACAGCACCA
GTTGCAACATCAGAAACAGCAACAACAGAAACAGCTGCAACAACTGCATCAGCAACAGATGCAATTTACTGGAGGGCAAAACAGCCGCATTTATCATAACATGAATGGTCAGATGGGTGGTACAATGGGCATCAACATGCCACAGAAAAATTCTTCTTATGGGCTATTGAATGGAGGCATGAATAACGGGATGCAGCTTT
TGAGTGGCAATCAACATTTTGTGAATGGAACTACCCCACATCCTAACACAGGAAGCTACCTGACTCCTTCCCGATTTAGCAATCTACAAATGCCTTCTCAACAGCATGTTCAAAGGCAACGACATTTAGTGCAACCAGCATTGTCTCATCAAATGAGTGATGGATATGCAATGAATGCGGCTGATCTTGCTGGGGCGGGA
AATTTATATAATCCTGTAACATCCGGTGGAGTTGCAGCTGCGAGTAACTTCAATTCAAACTCTTTAGGGTTACAATCAAAAATGACTCCTGTCGCTGGTTTATCCCCTCAACAATCAAACTTGCACACACAGCAGCAGGTCCAACAGCATAAGTCTCAGGGTCTTGATCATTCTCCGCAAAGAAATTTTCAATTGCCAAG
GGCTCAATTAATTCAGCAATATTCACAACAGCTGCAACAACCACACCAGCAAAACACACAACATCAACCTCACCAGCAACAGCAGTATCAACAGCAGCATCACAATCATCTACAAAATCAACAGAGTCAACATCAGCAACCATTATTGTTAAAGAGTGAGGATGTACAGCAGAACCAGTTGACTTCAAAATTGTCTGGCC
AGAAACATTTGGGCATTAGTTTGCAGCCCCAAAATGAAACATTGCAGCATCATACTATTCCACAACCCTCAAATGAACAACTGCAGCCACAGGTTACTGGTGCACAAATGCAGCCATCTCAGTCTGGAGGACTGCTGATGCATCAGGACTCACCTAATAGTCAGCTGTTGTGCCGTCAACTATCTCAAAAATCACAGCAG
CAGCAGGTACCATCCCCACAACAGCAACAACAAAGCCAGTCGCAAAATGATTCAAATAGTTTTCCAATTGAAGTACAGCCAGAGGCTGTGTTGCAAGGATTGCAGGAGTCACAATCCCAGGAGAAATTTCAGGTACCAGAGCAGGTTGCACACTCAGAAGATCACCGACAGTTACAACACGAAGTTGAACAAAGTATGGA
AATTCATGATGATGCTCATAATGCTGAGCAGCCACATCAATCACCTGTAAGTGGAACAGTGTCAACTGTAACAAATCAAACCAGAGTTGAAACATCATCTGGAGCCACTGTATCAACTGGACAACCAAGCACCATTGCTGAGTCACGACAACAACAATATGTCAAACAACAACGTTGGTTGCTCTTTTTGCGCCATGCTA
GTAAATGTTCAGCTCCTGAAGGCCAATGCCAAACGATACATTGTTCAACCGCACAGCAGTTATGGGCACACATTACAAAGTGCCGTGATCCTGAATGTACTTATCTTAGGTGTCATGCTTCTAGGACTCTTCTGCGGCACCATCAAAATTGTCGTGACTTACATTGTCCTGTTTGTGGTCCAGTTCGGCAAATCATATTG
CAACAGCGCATGGGATATGTTCAATCATCAAACTCAAGAGAGACAGGTCTCACAAATGGTGTGAGAAAGTTTGCCAATGCTACAAATAGAGTTGAGACCAATGTAACTCTGGCATCAAAATCTGGAAATTCTGTTGAAGAAGAAGCTCAAATTCTGCAACCTCCTCTCAAGAAAGCAAAGATTGAGCCTTTCTCGCCAAG
TTGTGCATTGACACAAGTTGAAACTTCACAGGCATCTACCCCAACTTCGAGCAAGACACAGATAGCCTTCCAGGTGCAGCCTCAAGTCTCCCAGCAGATTGGACAGTGCCCATCTGCAATAAAATCTGAAATAGCCAACTCTGCAAGAGTAGATCCCACACCCGTGAAAATAGAGCCGGCTAGGAGTTTGACCCAAAGTA
TTTCTCAGAAATCTTCTGAGTTAAAGAAAGATGCTGCAGTTGAGCATGATCAGTCATTGTGTCAAGCAGTGAAGCCTGAGACTTCTTTTGTTTCTATAACCAAAATCCCTGTGCAGGATAAACAAGAAGTTGTGTCAGTTAAGAAAGAATCTGTACTGGTCAAATCTGAATCTGGACAGTTTAAACAAGAAGTCACAACG
GCAGTACTCCCACCTGATAATTCAGCAGCATCAAAATTGGGAAAACCAAAAATCAAAGGTGTTTCGCTGACTGAACTGTTCACACCAGAGCAAATTAGGGAGCATATTAGAGGGCTGCGTCAGTGGGTTGGTCAGAGCAAAGCAAAGGTTGAAAAGAACCAGGCCATGGAAAATCAAATGAGTGAGAATTCATGTCAATT
GTGTGCAGTGGAGAAACTTACATTTGAGCCACCTCCTATTTATTGCACACCATGTGGGGCTCGCATAAAACGAAATGCCATGTATTATACCATTGGCAGTGGTGAGACACGCCATTATTTTTGCATACCTTGTTATAATGAAGTCCGAGGTGACACTGTTGAGGTAGATGGATTCTCTTTTCCGAAGTTGAGGCTAGAGA
AGAGGAAGAATGATGAAGAAACAGAAGAGGCGTGGGTCCAGTGTGATAAATGTGAGGCCTGGCAACATCAAATATGCACTCTCTTCAATGGTAGAAGGAATGAAGGTGGGCAAGCAGAGTATACCTGTCCAAATTGTTACGTAGCTGAAGTGGAAAGCGGTGAGCGAAAGCCCTTACCTCAGAGTGCTGTCCTTGGTGCA
AAAGATTTACCAAAGACACATTTGAGTGACCACATTGAGCAGAGGCTATTTCGACGATTGAAACAGGAAAGGCAAGAAAGGGCAAGGGGTCTTGGCAAGAGCTACGAAGAGGTCCCAGGAGCAGAAGCTCTTGTTGTGAGAGTCGTGTCATCTGTTGACAAGAAATTGGAAGTCAAGCAGCGTTTCTTAGAGATTTTTCA
AGAGGAAGATTACCCCACTGAATATCCCTACAAGTCAAAGGTTCTGTTGTTGTTCCAGAAAATTGAAGGTGTAGAGGTCTGTCTTTTTGGCATGTATGTTCAGGAATTTGGGTCAGAGTGTGCTCATCCAAATCAGCGACGTGTTTATCTTTCTTACTTGGATTCTGTGAAGTACTTCAGGCCTGATGTGAAAACTGTCA
CTGGAGAGGCACTTCGAACCTTTGTTTACCACGAAATCTTGATTGGGTATCTGGAATACTGCAAGAAACGAGGCTTGACAAGTTGTTATATATGGGCCTGCCCTCCTTTGAAGGGAGAAGATTATATTCTTTATTGCCACCCTGAGATACAGAAGACACCAAAATCTGATAAGCTCAGAGAATGGTATCTTGCAATGTTG
CGTAAGGCCACGAAGGAGAACATTGTCGTGGAGCTCACTAATCTATATGATCAGTTTTTTGTGTCCACTGGTGAAAGCAAGGCTAAGGTTACTGCAGCTCGCTTGCCATATTTTGATGGCGACTATTGGCCGGGGGCTGCAGAAGACATGATAATGCAACTTCAGCAAGCAGAAGAGGATGGCCGGAAACACCAAAAAAA
GGGAAAGACCAAGAAGACTGCAACCAAAAGAGCGTCGAAAGCTGCATCACAAGCTGAACTTGCAAGCAATGCCTCGAAGGATGCTTTATTAATGCAGAAACTTGGGGAGTCCATATCTCCCATGAAAGAAGACTTTATTATGGTTCATTTGCAATATGCGTGTTCTTATTGTTGTCACTTTATTGTTTGTGGTAAACGCT
GGGCTTGCAGCCAGTGTAAGAATTTTCAGCTATGCAATAAATGTTACGAGGCACAACAAAAGCTTGACGAAAGGGACTGGCATCCTATCAACAGCAGGGAAAAACATGCTTTTTATTCTGTTGAAGTAACGGATGTTCCTGCAGATACTAAGGATAAGGATGAGATTTTGGAGAGTGAATTCTTTGATACCCGTCAGGCA
TTTCTTAGCCTTTGTCAAGGAAATCACTACCAATATGACACATTGCGTCGTGCCAAGCATTCTTCCATGATGGTTCTCTATCACCTGCATAATCCTACAGCACCTGCATTTGTAACGACATGCAACACGTGCCACCATGATATTGAGACAGGGCAGGGATGGCGCTGTGAAACATGCCCTGATTTTGACATATGTAATGC
TTGCTATCAAAAAGATGGCAGTTCAGCTCATCCTCATAAGCTGACAACTCACCCATCTACGGCTGATCGTGATGCACAAAATAAAGAAGCTCGACAGCAAAGGGTACATCAGTTCCGGACAATGTTGGATCTTCTGGTGCATGCTTCTCAGTGTGGCTATTCTCCGTGCCAGTGCCAGTATCCGAATTGTCGGAGAGTGA
AAGGGCTCTTTCGACATGGAATGCAGTGTAGGACTCGTGCTTCAGGAGGCTGCCTTCTTTGCAAGAAGATGTGGTATCTCTTACAATTGCATGCTCGAGCTTGTAAGGAATCTGACTGCCGGGTTCCTCGTTGCAGGGATTTGAAAGAGCACTTGCGAAGGTTGCAACAACAAATGGAATCACGGCGTAGAGCTGCAGTT
ATGGAAATGATGAGACAGCGTGCTGCAGAGGTTGCTAGCAATGCTTGATTGAGTGAATGTACATGCAGTTTAAAGCTCATATAGAAGCAAATGCTTCTCAACTGCTAATGGGGGTCGAAATAACATTTGGAAGGATGGGATTAACCTGGTTCTTATCAAAATTAAAGTTTGCAACTGCGTCACTGGCTTCACATGGAAAT
TCGAAAGAGCATATCCAAGAGTTGGAAAGATTTCCCATCCAGCATTTCCTGTCTCATATCTCCAAATCAGATTAGAGTTGTATCATGTCCTTTATATTTCGGCATGTATGATTATGGACTCTAATTTTAACATATCCTTGTAGAATTACACCTAATGGTTTTCCGCCCGAAACAATTTGGGTAGAGTAATTCATTAATTT
TTGCAGTTCATAGGATGGTTAATGATATATCTAGGACAGGAGGTACGGAAAAGCATATTCATTATTTTTTTGGGGTTAGGCATTGGCCCCTTCTGGAAAATTTTGATTTTGTACTACTTTTCCAAGCATGTTCGATGACTAGCCTAAAATTAATACAGTATATGATCGCCCATAAAAATTCAGAAATTCTTTGGAGACAG
GCAGGCGGGAGTGAATAAACTGTTGATAATGTCTAAAAGTCACTCCATTTCTATATTTTTTAAATTCTCGCAGCCCAACATTGGGTTTCAACTTTCAACCGATTTCCCAAGCACACTTCAAATAAACAAACATGTGCGGCGATGCCCTACAAGCAGAGGCAAGTCTAAATTTGCCCTTGAAAGAACAACCGTTGGGGCTG
GTCCTTCGTGGAACAATCATCAACTGCTATATTTCATCCATTCTTCTTGAAAATGGACCGCAATGATTTGAAACAGTAGGGAGATACCAGTGGGCAGTTCAGTTTTTCATTCTTTATGGGGGCGTCCGGTGGCTGCCAGTTGATGCATGCGGCAAACTGGTGAAGCATAATGGCATTATAATCAATCTGGCTTATCTGGA
TCGGAGTTGTATGGTTAACGGAGTGACATACTTGACAGATTAGTGGTCTCTTGCCTAATTTTGAAACTCCAAACTGTAATGAAATGTTTCAATAAGCCATCACAAAATAAAGGTTTGTAAATATAATGAAATTCCTCCACAATATTTACCTTTTTCAGTTAATAATCCTATTTCTTCAATATTCATAATTTCAATTCAAG
AACTTTTTGCCTTTGAAGGGACTGTATTGGGCGCACTTCCACTTTTAGCTTGAAAATTTGTGGGCAAGGGATGGAAAATATATTATTGACAAATATAGTTTTCGTTAGTCCATCATGCCACCATGAACTGTAATAATGTGTAATTATTTCAATAATTCTCCCGTGAAGTTGAAATTTGATTGATAAAAAAAATTCACACC
GTTAGTGGCAACTCGGTTGCTTTAATTGTGTGACTGGCTGCTTATCACTGATAAATCAGTTGGTTAGTGGTTGAAAACAAGCC
>TRINITY_DN132592_c0_g2_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:CAAATTGCCGCTTTTCGGCTTATGTCCGTGAGTCCCTTTGCCATTATTGCTTATAAATACCTCATCACTCAAAAATTCAGGCTCGTACTGATTTCTTCCCCCAAAATTCCTAACCCGATTTGTCCGTGCCCACTCTCTCCAGGTGTGGTGTGGTTGTGTGTGCTCTCTTGGAGATAACCGCGCGGCCCTTTTCGCCAAAT
TGCCTGCTTCTCGTTGGGCGGTTCCCGACTGGCGTGGTTCGAACTCTGCACCTCGTCATGCCGCCGCTGCTCGTTACTTTTAATTTAATTTAATCAAATCATATAACTTTATGGATTTCAAGGTGATTTTGGATCTGCGTGGGGACGCCCCTTAAATCGTGGATTCCTGGCGGAAGCCGTAGCTCGTGTAGGCATAAGGG
TTTCTGATCGGCTGCTGGATTACTTCAATTCTTTACAAATTATCGGGTATCTGTGCCGACCATAGGTGGTATTTTTGATCAATGGGCAGCTTTAGTTGACTTCCATGCAGTGGCAGAATATGACAATTTGAAGTAAAGAGGTGGCTTTTGAATATTTGAAGAAGGGTCATTTAAATCTTTAATATGGGTGTATGCTATAG
TGACATCGATCATGGTTTGTCTATTTCACTTGTTGGAAGGCTTCACGAGATTCAGGCTGTTAGAGATGAGTAGTGATTTGGGTATTGTATTGTGCGATGATGATGGCACAGTTAACAAGGCAATGAATCGAAGATGAGAGCATTTTTGTCAGGGTATTATATTAGATTACGTTTCTGGGTGTGAGAAATGTGCGTACTGC
ATCAGTTGTTATGTCACATAAGTAACAGAGAAGTAGATGGCAGAGAACCTTTTGTTCAGAATATAGTGTGAAAAAGTACTTTAGGTATTAAAACACAGTGAGACAAGATGCAGGCTCAGGCGCAGATTCCAGGTCAGGTGTCTGCTCAAGCTGGAGGACAGCTGGCTGATTTGGCACAACAGAATGGGAGCAGTTTATCA
TCACAAACATCAAATCTGGGAGGCATACGAAGGTCATGGCATATGGAGTTTACTGAAACTGATATATATCAACTGCGGCAATTTATCACAGAGAAGATCTTGCATGTATTCCGTGGGCCAATTTCTTTAGAATGGCAACAACGGCTGCCCAACCTTGTGAGGCGCTTGGAGGAAGCTCTATTCAAGGAGGCTGCTTCAAA
GGAAGAATACATGAACTTGAGCACTTTGGAGCGGCGTTTGACCACTTTGATGAAACGGTTTCAACATAATCGTAACCAGAATCTTAGTCATCACAATCCTCATGTTGGAACATTGATACCAACTCCAGGATTGCAACAAAGTGGAAATGTAAGTGCAATGATTCCTACTCCAGGTACTGATATTTCTACCGTTAATGGTC
CTGGCACAAGCACTGCGGTCCCCAACACAGTTGGTATGGGAAACATGCTGCCAAATACTAATGAAAATGTTAGTTTATTACAAGGTAACTCAGTACTGGCAGCAGATAATAACTCAAGCAAAATGATGCCTACCCCTGGCCTCAGCAACAATGCTTTCCCTATTTCTGGTGACAATATGTCTTCCCTCCCGGGACCTTTA
AATAATGCATTCCAGTCCCAGCAAAGTATTTCCACAGGTACAGGCAGCATGATGCCTACAATGGGTTTGGCAAGAGTTGGAAGCCAGATGATTCCAACACCTGGACTAAATACTCCACATTCTATGCCCATGAGTTCTACAGGCTCTGGTGGATTGAGTCACTCTAATGTTGATGCTGTGACAGCTGCTCAACAGCACCA
GTTGCAACATCAGAAACAGCAACAACAGAAACAGCTGCAACAACTGCATCAGCAACAGATGCAATTTACTGGAGGGCAAAACAGCCGCATTTATCATAACATGAATGGTCAGATGGGTGGTACAATGGGCATCAACATGCCACAGAAAAATTCTTCTTATGGGCTATTGAATGGAGGCATGAATAACGGGATGCAGCTTT
TGAGTGGCAATCAACATTTTGTGAATGGAACTACCCCACATCCTAACACAGGAAGCTACCTGACTCCTTCCCGATTTAGCAATCTACAAATGCCTTCTCAACAGCATGTTCAAAGGCAACGACATTTAGTGCAACCAGCATTGTCTCATCAAATGAGTGATGGATATGCAATGAATGCGGCTGATCTTGCTGGGGCGGGA
AATTTATATAATCCTGTAACATCCGGTGGAGTTGCAGCTGCGAGTAACTTCAATTCAAACTCTTTAGGGTTACAATCAAAAATGACTCCTGTCGCTGGTTTATCCCCTCAACAATCAAACTTGCACACACAGCAGCAGGTCCAACAGCATAAGTCTCAGGGTCTTGATCATTCTCCGCAAAGAAATTTTCAATTGCCAAG
GGCTCAATTAATTCAGCAATATTCACAACAGCTGCAACAACCACACCAGCAAAACACACAACATCAACCTCACCAGCAACAGCAGTATCAACAGCAGCATCACAATCATCTACAAAATCAACAGAGTCAACATCAGCAACCATTATTGTTAAAGAGTGAGGATGTACAGCAGAACCAGTTGACTTCAAAATTGTCTGGCC
AGAAACATTTGGGCATTAGTTTGCAGCCCCAAAATGAAACATTGCAGCATCATACTATTCCACAACCCTCAAATGAACAACTGCAGCCACAGGTTACTGGTGCACAAATGCAGCCATCTCAGTCTGGAGGACTGCTGATGCATCAGGACTCACCTAATAGTCAGCTGTTGTGCCGTCAACTATCTCAAAAATCACAGCAG
CAGCAGGTACCATCCCCACAACAGCAACAACAAAGCCAGTCGCAAAATGATTCAAATAGTTTTCCAATTGAAGTACAGCCAGAGGCTGTGTTGCAAGGATTGCAGGAGTCACAATCCCAGGAGAAATTTCAGGTACCAGAGCAGGTTGCACACTCAGAAGATCACCGACAGTTACAACACGAAGTTGAACAAAGTATGGA
AATTCATGATGATGCTCATAATGCTGAGCAGCCACATCAATCACCTGTAAGTGGAACAGTGTCAACTGTAACAAATCAAACCAGAGTTGAAACATCATCTGGAGCCACTGTATCAACTGGACAACCAAGCACCATTGCTGAGTCACGACAACAACAATATGTCAAACAACAACGTTGGTTGCTCTTTTTGCGCCATGCTA
GTAAATGTTCAGCTCCTGAAGGCCAATGCCAAACGATACATTGTTCAACCGCACAGCAGTTATGGGCACACATTACAAAGTGCCGTGATCCTGAATGTACTTATCTTAGGTGTCATGCTTCTAGGACTCTTCTGCGGCACCATCAAAATTGTCGTGACTTACATTGTCCTGTTTGTGGTCCAGTTCGGCAAATCATATTG
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TTGTGCATTGACACAAGTTGAAACTTCACAGGCATCTACCCCAACTTCGAGCAAGACACAGATAGCCTTCCAGGTGCAGCCTCAAGTCTCCCAGCAGATTGGACAGTGCCCATCTGCAATAAAATCTGAAATAGCCAACTCTGCAAGAGTAGATCCCACACCCGTGAAAATAGAGCCGGCTAGGAGTTTGACCCAAAGTA
TTTCTCAGAAATCTTCTGAGTTAAAGAAAGATGCTGCAGTTGAGCATGATCAGTCATTGTGTCAAGCAGTGAAGCCTGAGACTTCTTTTGTTTCTATAACCAAAATCCCTGTGCAGGATAAACAAGAAGTTGTGTCAGTTAAGAAAGAATCTGTACTGGTCAAATCTGAATCTGGACAGTTTAAACAAGAAGTCACAACG
GCAGTACTCCCACCTGATAATTCAGCAGCATCAAAATTGGGAAAACCAAAAATCAAAGGTGTTTCGCTGACTGAACTGTTCACACCAGAGCAAATTAGGGAGCATATTAGAGGGCTGCGTCAGTGGGTTGGTCAGAGCAAAGCAAAGGTTGAAAAGAACCAGGCCATGGAAAATCAAATGAGTGAGAATTCATGTCAATT
GTGTGCAGTGGAGAAACTTACATTTGAGCCACCTCCTATTTATTGCACACCATGTGGGGCTCGCATAAAACGAAATGCCATGTATTATACCATTGGCAGTGGTGAGACACGCCATTATTTTTGCATACCTTGTTATAATGAAGTCCGAGGTGACACTGTTGAGGTAGATGGATTCTCTTTTCCGAAGTTGAGGCTAGAGA
AGAGGAAGAATGATGAAGAAACAGAAGAGGCGTGGGTCCAGTGTGATAAATGTGAGGCCTGGCAACATCAAATATGCACTCTCTTCAATGGTAGAAGGAATGAAGGTGGGCAAGCAGAGTATACCTGTCCAAATTGTTACGTAGCTGAAGTGGAAAGCGGTGAGCGAAAGCCCTTACCTCAGAGTGCTGTCCTTGGTGCA
AAAGATTTACCAAAGACACATTTGAGTGACCACATTGAGCAGAGGCTATTTCGACGATTGAAACAGGAAAGGCAAGAAAGGGCAAGGGGTCTTGGCAAGAGCTACGAAGAGGTCCCAGGAGCAGAAGCTCTTGTTGTGAGAGTCGTGTCATCTGTTGACAAGAAATTGGAAGTCAAGCAGCGTTTCTTAGAGATTTTTCA
AGAGGAAGATTACCCCACTGAATATCCCTACAAGTCAAAGGTTCTGTTGTTGTTCCAGAAAATTGAAGGTGTAGAGGTCTGTCTTTTTGGCATGTATGTTCAGGAATTTGGGTCAGAGTGTGCTCATCCAAATCAGCGACGTGTTTATCTTTCTTACTTGGATTCTGTGAAGTACTTCAGGCCTGATGTGAAAACTGTCA
CTGGAGAGGCACTTCGAACCTTTGTTTACCACGAAATCTTGgtaatgcattgttctgcagaagagaaactgaaatgatgtctgaacatgattgttcgagggagttttattttcagatgtccaataaagagtgaaattttttcaaagcagtcatgccctttttctctcccataatgcgggttttctttgctggatttaatg
tattatattttctgaacagATTGGGTATCTGGAATACTGCAAGAAACGAGGCTTGACAAGTTGTTATATATGGGCCTGCCCTCCTTTGAAGGGAGAAGATTATATTCTTTATTGCCACCCTGAGATACAGAAGACACCAAAATCTGATAAGCTCCGAGAATGGTTTGTGGTTGTTCATTGAATTTTTTGGATGAAGCAAA
GATGTTGCAATGCATAAATTGTATAGGAAGATTTCTATTCATGTGTTTGTCAAATCCAGGTTAATACAAATATTTTACCTTTTCAGGTATCTTGCAATGTTGCGTAAGGCCACGAAGGAGAACATTGTCGTGGAGCTCACTAATCTATATGATCAGTTTTTTGTGTCCACTGGTGAAAGCAAGGCTAAGGTTACTGCAGC
TCGCTTGCCATATTTTGATGGCGACTATTGGCCGGGGGCTGCAGAAGACATGATAATGCAACTTCAGCAAGCAGAAGAGGATGGCCGGAAACACCAAAAAAAGGGAAAGACCAAGAAGACTGCAACCAAAAGAGCGTCGAAAGCTGCATCACAAGCTGAACTTGCAAGCAATGCCTCGAAGGATGCTTTATTAATGCAGA
AA
Intron 6 GTAATGCATT ... TTCTGAACAG
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| A5 | 15.56 | 38 | 2 | 7 |
| A6 | 20.93 | 34 | 0 | 9 |
| A7 | 17.07 | 102 | 0 | 21 |
| A8 | 18.52 | 44 | 0 | 10 |
| A9 | 25.71 | 52 | 0 | 18 |
| A10 | 13.25 | 72 | 0 | 11 |
>TRINITY_DN124448_c0_g1_i11 from sample A2 / Example spliced isoformAATAACTGAGGGGGCAATTTCTCCGTGGAAACCAAGAAGGGAATCATAATATGGCAGAGGAACTTTGTTTGATGTGACATTGGAATAAATACTATCCGTAAGGACGAGCATAAGCCTCTACTGCTCGTCAATTATCATCACTAAAAAATTTCAGGGTCGTACTGACTTCTTCCAAAAATACTTACTTCTTCTTCCAAAAA
CCGTAACCAGATTTGTCCGGGACCACTTTCTCAAGGACTGGTGTCGTTGACTCGTTTGCGTGTTCTGTTGGAGTTAACAGCGCGACCCATTTCGCAAAATTGCCTGCTTGTAGTTGGGCGGGGTTCGAAATCTGCAACTCGAATTATCGGGGGTATCTGTGTCGACCGCAGTGAGACAAGATGCCGGGTCGAGTACAGAT
TCCAGGTCAGGTGTTTGGTGAAGCTGGAGGACAGCTGGCTGATTTGGCACAACAAAATGGGAGCAGTTTATCTTCACAAGCATCATATCTGGGAGGTACACAAAGGTCATGGCATACGGACCTTTTTTCTAATTAAATCCCCTCCCATAGCTTCTTCCGTCGCTCATTCGTTCGTTCCAAATTGCCGCTTTTCGGCTTAT
GTCCGTGAGTCCCTTTGCCATTATTGCTTATAAATACCTCATCACTCAAAAATTCAGGCTCGTACTGATTTCTTCCCCCAAAATTCCTAACCCGATTTGTCCGTGCCCACTCTCTCCAGGTGTGGTGTGGTTGTGTGTGCTCTCTTGGAGATAACCGCGCGGCCCTTTTCGCCAAATTGCCTGCTTCTCGTTGGGCGGTT
CCCGACTGGCGTGGTTCGAACTCTGCACCTCGTCATGCCGCCGCTGCTCGTTACTTTTAATTTAATTTAATCAAATCATATAACTTTATGGATTTCAAGGTGATTTTGGATCTGCGTGGGGACGCCCCTTAAATCGTGGATTCCTGGCGGAAGCCGTAGCTCGTGTAGGCATAAGGGTTTCTGATCGGCTGCTGGATTAC
TTCAATTCTTTACAAATTATCGGGTATCTGTGCCGACCATAGGTGGTATTTTTGATCAATGGGCAGCTTTAGTTGACTTCCATGCAGTGGCAGAATATGACAATTTGAAGTAAAGAGGTGGCTTTTGAATATTTGAAGAAGGGTCATTTAAATCTTTAATATGGGTGTATGCTATAGTGACATCGATCATGGTTTGTCTA
TTTCACTTGTTGGAAGGCTTCACGAGATTCAGGCTGTTAGAGATGAGTAGTGATTTGGGTATTGTATTGTGCGATGATGATGGCACAGTTAACAAGGCAATGAATCGAAGATGAGAGCATTTTTGTCAGGGTATTATGTTAGATTACGTTTCTGGGTGTGAGAAATGTGCGTACTGCATCAGTTGTTATGTCACATAAGT
AACAGAGAAGTAGATGGCAGAGAACCTTTTGTTCAGAATATAGTGTGAAAAAGTACTTTAGGTATTAAAACACAGTGAGACAAGATGCAGGCTCAGGCGCAGATTCCAGGTCAGGTGTCTGCTCAAGCTGGAGGACAGCTGGCTGATTTGGCACAACAGAATGGGAGCAGTTTATCATCACAAACATCAAATCTGGGAGG
CATACGAAGGTCATGGCATATGGAGTTTACTGAAACTGATATATATCAACTGCGGCAATTTATCACAGAGAAAATCTTGCATGTATTCCGTGGGCCAATTTCTTTAGAATGGCAACAACGGCTGCCCAACCTTGTGAGGCGCTTGGAGGAAGCTCTATTCAAGGAGGCTGCTTCAAAGGAAGAATACATGAACTTGAGCA
CTTTGGAGCGGCGTTTGACCACTTTGATGAAACGGTTTCAACATAATCGTAACCAGAATCTTAGTCATCACAATCCTCATGTTGGAACAATGATACCAACTCCAGGATTGCAACAAAGTGGAAATGTAAGTGCAATGATTCCTACTCCAGGTACTGATATTTCTACCGTTAATGGTCCTGGCACAAGCACTGCGGTCCCC
AACACAGTTGGTATGGGAAACATGCTGCCAAATACTAATGAAAATGTTAGTTTATTACAAGGTAACTCAGTACTGGCAGCAGATAATAACTCAAGCAAAATGATGCCTACCCCTGGCCTCAGCAACAATGCTTTCCCTATTTCTGGTGACAATATGTCTTCCCTCCCGGGACCTTTAAATAATGCATTCCAGTCCCAGCA
AAGTATTTCCACAGGTACAGGCAGCATGATGCCTACAATGGGTTTGGCAAGAGTTGGAAGCCAGATGATTCCAACACCTGGACTAAATACTCCACATTCTATGCCCATGAGTTCTACAGGCTCTGGTGGATTGAGTCACTCTAATGTTGATGCTGTGACAGCTGCTCAACAGCACCAGTTGCAACATCAGAAACAGCAAC
AACAGAAACAGCTGCAACAACTGCATCAGCAACAGATGCAATTTACTGGAGGGCAAAACAGCCGCATTTATCATAACATGAATGGTCAGATGGGTGGTACAATGGGCATCAACATGCCACAGAAAAATTCTTCTTATGGGCTATTGAATGGAGGCATGAATAACGGGATGCAGCTTTTGAGTGGCAATCAACATTTTGTG
AATGGAACTACCCCACATCCTAACACAGGAAGCTACCTGACTCCTTCCCGATTTAGCAATCTACAAATGCCTTCTCAACAGCATGTTCAAAGGCAACGACATTTAGTGCAACCATTGTCTCATCAAATGAGTGATGGATATGCAATGAATGCGGCTGATCTTGCTGGGGCGGGAAATTTATATAATCCTGTAACATCCGG
TGGAGTTGCAGCTGCGAGTAACTTCAATTCAAACTCTTTAGGGTTACAATCAAAAATGACTCCTGTCGCTGGTTTATCCCCTCAACAATCAAACTTGCACACACAGCAGCAGGTCCAACAGCATAAGTCTCAGGGTCTTGATCATTCTCCGCAAAGAAATTTTCAATTGCCAAGGGCTCAATTAATTCAGCAATATTCAC
AACAGCTGCAACAACCACACCAGCAAAACACACAACATCAACCTCACCAGCAACAGCAGTATCAACAGCAGCATCACAATCATCTACAAAATCAACAGAGTCAACATCAGCAACCATTATTGTTAAAGAGTGAGGATGTACAGCAGAACCAGTTGACTTCAAAATTGTCTGGCCAGAAACATTTGGGCATTAGTTTGCAG
CCCCAAAATGAAACATTGCAGCATCATACTATTCCACAACCCTCAAATGAACAACTGCAGCCACAGGTTACTGGTGCACAAATGCAGCCATCTCAGTCTGGAGGACTACTGATGCATCAGGACTCACCTAATAGTCAGCTGTTGTGCCGTCAACTATCTCAAAAATCACAGCAGCAGCAGGTACCATCACCACAACAGCA
ACAACAAAGCCAGTCGCAAAATGATTCAAATAGTTTTCCAATTGAAGTACAGCCAGAGGCTGTGTTGCAAGGATTGCAGGAGTCACAATCCCAGGAGAAATTTCAGGTACCAGAGCAGGTTGCACACTCAGAAGATCACCGACAGTTACAACACGAAGTTGAACAAAGTATGGAAATTCATGATGATGTCCATAATGCTG
AGCAGCCACATCAATCACCTGTAAGTGGAACAGTGTCAACTGTAACAAATCAAACCAGAGTTGAAACATCATCTGGAGCCACTGTATCAACTGGACAACCAAGCACCATTGCTGAGTCACGACAACAACAATATGTCAAACAACAACGTTGGTTGCTCTTTTTGCGCCATGCTAGTAAATGTTCAGCTCCTGAAGGCCAA
TGCCAAACGATACATTGTTCAACCGCACAGCAGTTATGGGCACACATTACAAAGTGCCGTGATCCTGAATGTACTTATCTTAGGTGTCATGCTTCTAGGACTCTTCTGCGGCACCATCAAAATTGTCGTGACTTACATTGTCCTGTTTGTGGTCCAGTTCGGCAAATCATATTGCAACAGCGCATGGGATATGTTCAATC
ATCAAACTCAAGAGAGACAGGTCTCACAAATGGTGTGAGAAAGTTTGCCAATGCTACAAATAGAGTTGAGACCAATGTAACTCTGGCATCAAAATCTGGAAATTCTGTTGAAGAAGAAGCTCAAATTCTGCAACCTCCTCTCAAGAAAGCAAAGATTGAGCCTTTCTCGCCAAGTTGTGCATTGACACAAGTTGAAACTT
CACAGGCATCTACCCCAACTTCGAGCAAGACACAGATAGCCTTCCAGGTGCAGCCTCAAGTCTCCCAGCAGATTGGACAGTGCCCATCTGCAATAAAATCTGAAATAGCCAACTCTGCAAGAGTAGATCCCACACCCGTGAAAATAGAGCCGGCTAGGAGTTTGACCCAAAGTATTTCTCAGAAATCTTCTGAGTTAAAG
AAAGATGCTGCAGTTGAGCATGATCAGTCATTGTGTCAAGCAGTGAAGCCTGAGACTTCTTTTGTTTCTATAACCAAAATCCCTGTGCAGGATAAACAAGAAGTTGTGTCAGTTAAGAAAGAATCTGTACTGGTCAAATCTGAATCTGGACAGTTTAAACAAGAAGTCACAACGGCAGTGCTCCCACCTGATAATTCAGC
AGCATCAAAATTGGGAAAACCAAAAATCAAAGGTGTTTCGCTGACTGAACTGTTCACACCAGAGCAAATTAGGGAGCATATTAGAGGGCTGCGTCAGTGGGTTGGTCAGAGCAAAGCAAAGGTTGAAAAGAACCAGGCTATGGAAAATCAAATGAGTGAGAATTCATGTCAATTGTGTGCAGTGGAGAAACTTACATTTG
AGCCACCTCCTATTTATTGCACACCATGTGGGGCTCGCATAAAACGAAATGCCATGTATTATACCATTGGCAGTGGTGAGACACGCCATTATTTTTGCATACCTTGTTATAATGAAGTCCGAGGTGACACTGTTGAGGTAGATGGATTCTCTTTTCCGAAGTTGAGGCTAGAGAAGAGGAAGAATGATGAAGAAACAGAA
GAGGCGTGGGTCCAGTGTGATAAATGTGAGGCCTGGCAACATCAAATATGCACTCTCTTCAATGGTAGAAGGAATGAAGGTGGGCAAGCAGAGTATACCTGTCCAAATTGTTACGTAGCTGAAGTGGAAAGCGGTGAGCGAAAGCCCTTACCTCAGAGTGCTGTCCTTGGTGCAAAAGATTTACCAAAGACACATTTGAG
TGACCACATTGAGCAGAGGCTATTTCGACGATTGAAACAGGAAAGGCAAGAAAGGGCAAGGGGTCTTGGCAAGAGCTACGAAGAGGTCCCAGGAGCAGAAGCTCTTGTTGTGAGAGTCGTGTCATCTGTTGACAAGAAATTGGAAGTCAAGCAGCGTTTCTTAGAGATTTTTCAAGAGGAAGATTACCCCACTGAATATC
CCTACAAGTCAAAGGTTCTGTTGTTGTTCCAGAAAATTGAAGGTGTAGAGGTCTGTCTTTTTGGCATGTATGTTCAGGAATTTGGGTCAGAGTGTGCTCATCCAAATCAGCGACGTGTTTATCTTTCTTACTTGGATTCTGTGAAGTACTTCAGGCCTGATGTGAAAACTGTCACTGGAGAGGCACTTCGAACCTTTGTT
TACCACGAAATCTTGATTGGGTATCTGGAATACTGCAAGAAACGAGGCTTGACAAGTTGTTATATATGGGCCTGCCCTCCTTTGAAGGGAGAAGATTATATTCTTTATTGCCACCCTGAGATACAGAAGACACCAAAATCTGATAAGCTCCGAGAATGGTTTGTGGTTGTTCATTGAATTTTTTGGATGAAGCAAAGATG
TTGCAATGCATAAATTGTATAGGAAGATTTCTATTCATGTGTTTGTCAAATCCAGGTTAATACAAATATTTTACCTTTTCAGGTATCTTGCAATGTTGCGTAAGGCCACGAAGGAGAACATTGTCGTGGAGCTCACTAATCTATATGATCAGTTTTTTGTGTCCACTGGTGAAAGCAAGGCTAAGGTTACTGCAGCTCGC
TTGCCATATTTTGATGGCGACTATTGGCCGGGGGCTGCAGAAGACATGATAATGCAACTTCAGCAAGCAGAAGAGGATGGCCGGAAACACCAAAAAAAGGGAAAGACCAAGAAGACTGCAACCAAAAGAGCGTCGAAAGCTGCATCACAAGCTGAACTTGCAAGCAATGCCTCGAAGGATGCTTTATTAATGCAGAAACT
TGGGGAGTCCATATCTCCCATGAAAGAAGACTTTATTATGGTTCATTTGCAATATGCGTGTTCTTATTGTTGTCACTTTATTGTTTGTGGTAAACGCTGGGCTTGCAGCCAGTGTAAGAATTTTCAGCTATGCAATAAATGTTACGAGGCACAACAAAAGCTTGACGAAAGGGACTGGCATCCTATCAACAGCAGGGAAA
AACATGCTTTTTATTCTGTTGAAGTAACGGATGTTCCTGCAGATACTAAGGATAAGGATGAGATTTTGGAGAGTGAATTCTTTGATACCCGTCAGGCATTTCTTAGCCTTTGTCAAGGAAATCACTACCAATATGACACATTGCGTCGTGCCAAGCATTCTTCCATGATGGTTCTCTATCACCTGCATAATCCTACAGCA
CCTGCATTTGTAACGACATGCAACACGTGCCACCATGATATTGAGACAGGGCAGGGATGGCGCTGTGAAACATGCCCTGATTTTGACATATGTAATGCTTGCTATCAAAAAGATGGCAGTTCAGCTCATCCTCATAAGCTGACAACTCACCCATCTACGGCTGATCGTGATGCACAAAATAAAGAAGCTCGACAGCAAAG
GGTACATCAGTTCCGGACAATGTTGGATCTTCTGGTGCATGCTTCTCAGTGTGGCTATTCTCCGTGCCAGTGCCAGTATCCGAATTGTCGGAGAGTGAAAGGGCTCTTTCGACATGGAATGCAGTGTAGGACTCGTGCTTCAGGAGGCTGCCTTCTTTGCAAGAAGATGTGGTATCTCTTACAATTGCATGCTCGAGCTT
GTAAGGAATCTGACTGCCGGGTTCCTCGTTGCAGGGATTTGAAAGAGCACTTGCGAAGGTTGCAACAACAAATGGAATCACGGCGTAGAGCTGCAGTTATGGAAATGATGAGACAGCGTGCTGCAGAGGTTGCTAGCAATGCTTGATTGAGTGAATGTACATGCAGTTTAAAGCTCATATAGAAGCAAATGCTTCTCAAC
TGCTAATGGGGGTCGAAATAACATTTGGAAGGATGGGATTAACCTGGTTCTTATCAAAATTAAAGTTTGCAACTGCGTCACTGGCTTCACATGGAAATTCGAAAGAGCATATCCAAGAGTTGGAAAGATTTCCCATCCAGCATTTCCTGTCTCATATCTCCAAATCAGATTAGAGTTGTATCATGTCCTTTATATTTCGG
CATGTATGATTATGGACTCTAATTTTAACATATCCTTGTAGAATTACACCTAATGGTTTTCCGCCCGAAACAATTTGGGTAGAGTAATTCATTAATTTTTGCAGTTCATAGGATGGTTAATGATATATCTAGGACAGGAGGTACGGAAAAGCATATTCATTATTTTTTTGGGGTTAGGCATTGGCCCCTTCTGGAAAATT
TTGATTTTGTACTACTTTTCCAAGCATGTTCGATGACTAGCCTAAAATTAATACAGTATATGATCGCCCATAAAAATTCAGAAATTCTTTGGAGACAGGCAGGCGGGAGTGAATAAACTGTTGATAATGTCTAAAAGTCACTCCATTTCTATATTTTTTAAATTCTCGCAGCCCAACATTGGGTTTCAACTTTCAACCGA
TTTCCCAAGCACACTTCAAATAAACAAACATGTGCGGCGATGCCCTACAAGCAGAGGCAAGTCTAAATTTGCCCTTGAAAGAACAACCGTTGGGGCTGGTCCTTCGTGGAACAATCATCAACTGCTATATTTCATCCATTCATCTTGAAAATGGACCGGCAATGATTTGAAACAGTAGGGAGATACCAGTGGGCAGTTCA
GTTTTTCATTCTTTATGGGGGCGTCCGGTGGCTGCCAGTTGATGCATGCGGCAAACTGGTGAAGCATAATGGCGTTATAATCAATCTGGCTTATCTGGATCGGAGTTGTATGGTTAACGGAGTGACATACTTGACAGATTAGTGGTCTCTTGCCTAATTTTGAAACTCCAAACTGTAATGAAATGTTTCAATAAGCCATC
ACAAAATAAAGGTTTGTAAATATAATGAAATTCCTCCACAATATTTACCTTTTTCAGTTAATAATCCTATTTCTTCAATATTCATAATTTCAATTCAAGAACTTTTTGCCTTTGAAGGGACTGTATTGGGCGCACTTCCACTTTTAGCTTGAAAATTTGTGGGCAAGGGATGAAAAATATATTATTGACAAAT
>TRINITY_DN124448_c0_g1_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:CCTTTGTTTACCACGAAATCTTGgtaatgcattgttctgcagaagagaaactgaaatgatgtctgaacatgattgttcgagggagttttattttcagatgtccaataaagagtgaaattttttcaaagcagtcatgcccttttttctctcccataatgcgggttttctttgctggatttaatgtattatattttctgaac
agATTGGGTATCTGGAATACTGCAAGAAACGAGGCTTGACAAGTTGTTATATATGGGCCTGCCCTCCTTTGAAGGGAGAAGATTATATTCTTTATTGCCACCCTGAGATACAGAAGACACCAAAATCTGATAAGCTCAGAGAATGGTTTGTGGTTGTTCATTGAATTTTTTGGATGAAGCAAAGATGTTGCAATGCATAA
ATTGTATAGGAAGATTTCTATTCATGTGTTTGTCAAATCCAGGTTAATACAAATATTTTACCTTTTCAGGTATCTTGCAATGTTGCGTAAGGCCACGAAGGAGAACATTGTCGTGGAGCTCACTAATCTATATGATCAGTTTTTTGTGTCCACTGGTGAAAGCAAGGCTAAGGTTACTGCAGCTCGCTTGCCATATTTTG
ATGGCGACTATTGGCCGGGGGCTGCAGAAGACATGATAATGCAACTTCAGCAAGCAGAAGAGGATGGCCGGAAACACCAAAAAAAGGGAAAGACCAAGAAGACTGCAACCAAAAGAGCGTCGAAAGCTGCATCACAAGCTGAACTTGCAAGCAATGCCTCGAAGGATGCTTTATTAATGCAGAAACTTGGGGAGTCCATA
TCTCCCATGAAAGAAGACTTTATTATGGTTCATTTGCAATATGCGTGTTCTTATTGTTGTCACTTTATTGTTTGTGGTAAACGCTGGGCTTGCAGCCAGTGTAAGAATTTTCAGCTATGCAATAAATGTTACGAGGCACAACAAAAGCTTGACGAAAGGGACTGGCATCCTATCAACAGCAGGGAAAAACATGCTTTTTA
TTCT
Intron 7 GTAAGTGATG ... GTGGCGTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
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| A2 | 15.46 | 123 | 25 | 20 |
| A3 | 14.65 | 169 | 38 | 20 |
| A4 | 16.67 | 80 | 23 | 9 |
| A5 | 14.71 | 58 | 14 | 6 |
| A6 | 17.84 | 327 | 76 | 66 |
| A7 | 15.16 | 403 | 81 | 63 |
| A8 | 20.47 | 272 | 71 | 69 |
| A9 | 11.48 | 374 | 59 | 38 |
| A10 | 16.45 | 334 | 63 | 68.5 |
>TRINITY_DN47488_c0_g3_i3 from sample A10 / Example spliced isoformTTTAAATATAATTCAATTGTGAAGAGTGCTCACTTGTCATTCGATTATTTTGTCCTTATCTTATCTTTTTGCTCACATTTTTACCCGTAGTTGCTGTAGTATGTGCTTGGCAAACCCTCTCATCTGAAAGAACGAAGGGTTAGCAAATAAGCAATCTGCGTTTTATCTTCTTAGAAATACAGAACGCAAAGGAAAGGCAC
TGCAGCATTTTCTGTGGTTGAAACAGGTCACAGCTCAGAAATTTCAATTAGAGCTCTGAGCAGTACGCAGAGGGTGTTTGTGTCGATCTGAGGAGGCAGATGGATGGAGGTATACCAAGGTCATGGCGTGCAAACATGGACTTATATGCAGTGCGGCCATATACCATAGAGAGGATCTTGCAATTATTTCATCAGCATCC
AGTTTCTGACGAATGGCAACAGCGGCTGCCCGCTTTTGTGAGGCGCTTGGAAGAAGGTCTATTCATCGAAGCTACTTCACAGGAAGAATACATGAACTTGAATACTTTGGAGCCACGCTTGCAATCTTTGATGCAGGGGTTAACACAAAATGGGAGCAGTGAATCTTCCCAAACAGCAAATCTGGGAGGTATACGCAGGT
CATGTCATACGGACACTGATTTATATGCAGTGCGGAAATATATGATCGAGAGGATCTTGCAATTATTTCATCGGCAGCCAGTTTCTCCCGAATGGCAACAGCAGCTACCCGATTTTGTGAGGCGCTTGGAGGAAGGTCTATTCAACGAAGCTGCTTCACAGGAAGAATACATGGACTTGAATAATTTGGAGCAGCGCTTA
CAATCTTTGATGCGAAGGTTAACGCAGAATGGGAGCAGTGTATCTTCCCAAACATCAAATCCGGGAGGTGTACAAAGGTCATCTTCCCAAACATCAAATCAGGGAGGTGTACAAAGCTCATGGCGTACAGACGCTGATTTGAACACAGTGCGGCAATATATCATACAGAGGATCTTGCAAGTATTTCACCGACAGCCAAT
TTCTTCAGATTGGCAACAGCGGCTACCCAACTTTGTGAGGTTCGTGGAGGAAGGTCTATTCAACGAGGCTGCTTCAAAGGAAGAATACATGAACTTGAGCACTTTGGAGCGGCGTTTGACCACTTTGATGAAACGGTTTCAACATAATCGTAACCAGAGTCTTAGTCATCACAATCCTCATGTTGGAACATTGATACCAA
CTCCAGGATTGCAACAAAGTGGAAATGTAAGTGTCATCACAATCCTCATGTTGGAACATTGATACCAACTCCAGGATTGCAACAAATTGGAAATGTAGGTACAATGATTCCTACTCCAGGTACTGATATTTCTACCGTTAATGGTCCTGGCACAAGCACTGCGGTCCCCAACACAGTTGGTATGGGAAACATGCTGCCAA
ATACTAATGAAAATGTTAGTTTATTACAAGGTAACTCAGTACTGGCAGCAGATAATAACTCAAGCAAAATGATGCCTACCCCTGGCCTCAGCAACAATGCTTTCCCTATTTCTGGTGACAATATGTCTTCCCTCCCGGGACCTTTAAATAATGCATTCCAGTCCCAGCAAAGTATTTCCACAGGTACAGGCAGCATGATG
CCTACAATGGGTTTGGCAAGAGTTGGAAGCCAGATGATTCCAACACCTGGACTAAATACTCCACATTCTATGCCCATGAGTTCTACAGGCTCTGGTGGATTGAGTCACTCTAATGTTGATGCTGTGACAGCTGCTCAACAGCACCAGTTGCAACATCAGAAACAGCAACAACAGAAACAGCTGCAACAACTGCATCAGCA
ACAGATGCAATTTACTGGAGGGCAAAACAGCCGCATTTATCATAACATGAATGGTCAGATGGGTGGTACAATGGGCATCAACATGCCACAGAAAAATTCTTCTTATGGGCTATTGAATGGAGGCATGAATAACGGGATGCAGCTTTTGAGTGGCAATCAACATTTTGTGAATGGAACTACCCCACATCCTAACACAGGAA
GCTACCTGACTCCTTCCCGATTTAGCAATCTACAAATGCCTTCTCAACAGCATGTTCAAAGGCAACGGCATTTAGTGCAACCAGCATTGTCTCATCAAATGAGTGATGGATATGCAATGAATGCGGCTGATCTTGCTGGGGCGGGAAATTTATATAATCCTGTAACATCCGGTGGAGTTGCAGCTGCGAGTAACTTCAAT
TCAAACTCTTTAGGGTTACAATCAAAAATGACTCCTGTCGCTGGTTTATCCCCTCAACAATCAAACTTGCACACACAGCAGCAGGTCCAACAGCATAAGTCTCAGGGTCTTGATCATTCTCCGCAAAGAAATTTTCAATTGCCAAGGGCTCAATTAATTCAGCAATATTCACAACAGCTGCAACAACCACACCAGCAAAA
CACACAACATCAACCTCACCAGCAACAGCAGTATCAACAGCAGCATCACAATCATCTACAAAATCAACAGAGTCAACATCAGCAACCATTATTGTTAAAGAGTGAGGATGTACAGCAGAACCAGTTGACTTCAAAATTGTCTGGCCAGAAACATTTGGGCATTAGTTTGCAGCCCCAAAATGAAACATTGCAGCATCATA
CTATTCCACAACCCTCAAATGAACAACTGCAGCCACAGGTTACTGGTGCACAAATGCAGCCATCTCAGTCTGGAGGACTACTGATGCATCAGGACTCACCTAATAGTCAGCTGTTGTGCCGTCAACTATCTCAAAAATCACAGCAGCAGCAGGTACCATCACCACAACAGCAACAACAAAGCCAGTCGCAAAATGATTCA
AATAGTTTTCCAATTGAAGTACAGCCAGAGGCTGTGTTGCAAGGATTGCAGGAGTCACAATCCCAGGAGAAATTTCAGGTACCAGAGCAGGTTGCACACTCAGAAGATCACCGACAGTTACAACACGAAGTTGAACAAAGTATGGAAATTCATGATGATGTCCATAATGCTGAGCAGCCACATCAATCACCTGTAAGTGG
AACAGTGTCAACTGTAACAAATCAAACCAGAGTTGAAACATCATCTGGAGCCACTGTATCAACTGGACAACCAAGCACCATTGCTGAGTCACGACAACAACAATATGTCAAACAACAACGTTGGTTGCTCTTTTTGCGCCATGCTAGTAAATGTTCAGCTCCTGAAGGCCAATGCCAAACGATACATTGTTCAACCGCAC
AGCAGTTATGGGCACACATTACAAAGTGCCGTGATCCTGAATGTACTTATCTTAGGTGTCATGCTTCTAGGACTCTTCTGCGGCACCATCAAAATTGTCGTGACTTACATTGTCCTGTTTGTGGTCCAGTTCGGCAAATCATATTGCAACAGCGCATGGGATATGTTCAATCATCAAACTCAAGGGAGACAGGTCTCACA
AATGGTGTGAGAAAGTTTGCCAATGCTACAAATAGAGTTGAGACCAATGTAACTCTGGCATCAAAATCTGGAAATTCTGTTGAAGAAGAAGCTCAAATTCTGCAACCTCCTCTCAAGAAAGCAAAGATTGAGCCTTTCTCGCCAAGTTGTGCATTGACACAAGTTGAAACTTCACAGGCATCTACCCCAACTTCGAGCAA
GACACAGATAGCCTTCCAGGTGCAGCCTCAAGTCTCCCAGCAGATTGGACAGTGCCCATCTGCAATAAAATCTGAAATAGCCAACTCTGCAAGAGTAGATCCCACACCCGTGAAAATAGAGCCGGCTAGGAGTTTGACCCAAAGTATTTCTCAGAAATCTTCTGAGTTAAAGAAAGATGCTGCAGTTGAGCATGATCAGT
CATTGTGTCAAGCAGTGAAGCCTGAGACTTCTTTTGTTTCTATAACCAAAATCCCTGTGCAGGATAAACAAGAAGTTGTGTCAGTTAAGAAAGAATCTGTACTGGTCAAATCTGAATCTGGACAGTTTAAACAAGAAGTCACAACGGCAGTGCTCCCACCTGATAATTCAGCAGCATCAAAATTGGGAAAACCAAAAATC
AAAGGTGTTTCGCTGACTGAACTGTTCACACCAGAGCAAATTAGGGAGCATATTAGAGGGCTGCGTCAGTGGGTTGGTCAGAGCAAAGCAAAGGTTGAAAAGAACCAGGCCATGGAAAATCAAATGAGTGAGAATTCATGTCAATTGTGTGCAGTGGAGAAACTTACATTTGAGCCACCTCCTATTTATTGCACACCATG
TGGGGCTCGCATAAAACGAAATGCCATGTATTATACCATTGGCAGTGGTGAGACACGCCATTATTTTTGCATACCTTGTTATAATGAAGTCCGAGGTGACACTGTTGAGGTAGATGGATTCTCTTTTCCGAAGTTGAGGCTAGAGAAGAGGAAGAATGATGAAGAAACAGAAGAGGCGTGGGTCCAGTGTGATAAATGTG
AGGCCTGGCAACATCAAATATGCACTCTCTTCAATGGTAGAAGGAATGAAGGTGGGCAAGCAGAGTATACCTGTCCAAATTGTTACGTAGCTGAAGTGGAAAGCAGTGAGCGAAAGCCCTTACCTCAGAGTGCTGTCCTTGGTGCAAAAGATTTACCAAAGACACATTTGAGTGACCACATTGAGCAGAGGCTATTTCGA
CGATTGAAACAGGAAAGGCAAGAAAGGGCAAGGGGTCTTGGCAAGAGCTACGAAGAGGTCCCAGGAGCAGAAGCTCTTGTTGTGAGAGTCGTGTCATCTGTTGACAAGAAATTGGAAGTCAAGCAGCGTTTCTTAGAGATTTTTCAAGAGGAAGATTACCCCACTGAATATCCCTACAAGTCAAAGGTTCTGTTGTTGTT
CCAGAAAATTGAAGGTGTAGAGGTCTGCCTTTTTGGCATGTATGTTCAGGAATTTGGGTCAGAGTGTGCTCATCCAAATCAGCGACGTGTTTATCTTTCTTACTTGGATTCTGTGAAGTACTTCAGGCCTGATGTGAAAACTGTCACTGGAGAGGCACTTCGAACCTTTGTTTACCACGAAATCTTGATTGGGTATCTGG
AATACTGCAAGAAACGAGGCTTGACAAGTTGTTATATATGGGCCTGCCCTCCTTTGAAGGGAGAAGATTATATTCTTTATTGCCACCCTGAGATACAGAAGACACCAAAATCTGATAAGCTCAGAGAATGGTATCTTGCAATGTTGCGTAAGGCCACGAAGGAGAACATTGTCGTGGAGCTCACTAATCTATATGATCAG
TTTTTTGTGTCCACTGGTGAAAGCAAGGCTAAGGTTACTGCAGCTCGCTTGCCATATTTTGATGGCGACTATTGGCCGGGGGCTGCAGAAGACATGATAATGCAACTTCAGCAAGCAGAAGAGGATGGCCGGAAACACCAAAAAAAGGGAAAGACCAAGAAGACTGCAACCAAAAGAGCGTCGAAAGCTGCATCACAAGC
TGAACTTGCAAGCAATGCCTCGAAGGATGCTTTATTAATGCAGAAACTTGGGGAGTCCATATCTCCCATGAAAGAAGACTTTATTATGGTTCATTTGCAATATGCGTGTTCTTATTGTTGTCACTTTATTGTTTGTGGTAAACGCTGGGCTTGCAGCCAGTGTAAGAATTTTCAGCTATGCAATAAATGTTACGAGGCAC
AACAAAAGCTTGACGAAAGGGACTGGCATCCTATCAACAGCAGGGAAAAACATGCTTTTTATTCTGTTGAAGTAACGGATGTTCCTGCAGATACTAAGGATAAGGATGAGATTTTGGAGAGTGAATTCTTTGATACCCGTCAGGCATTTCTTAGCCTTTGTCAAGGAAATCACTACCAATATGACACATTGCGTCGTGCC
AAGCATTCTTCCATGATGGTTCTCTATCACCTGCATAATCCTACAGCACCTGCATTTGTAACGACATGCAACACGTGCCACCATGATATTGAGACAGGGCAGGGATGGCGCTGTGAAACATGCCCTGATTTTGACATATGTAATGCTTGCTATCAAAAAGATGGCAGTTCAGCTCATCCTCATAAGCTGACAACTCACCC
ATCTACGGCTGATCGTGATGCACAAAATAAAGAAGCTCGACAGCAAAGGGTACATCAGTTCCGGACAATGTTGGATCTTCTGGTGCATGCTTCTCAGTGTGGCTATTCTCCGTGCCAGTGCCAGTATCCGAATTGTCGGAGAGTGAAAGGGCTCTTTCGACATGGAATGCAGTGTAGGACTCGTGCTTCAGGAGGCTGCC
TTCTTTGCAAGAAGATGTGGTATCTCTTACAATTGCATGCTCGAGCTTGCAAGGAATCTGACTGCCGGGTTCCTCGTTGCAGGGATTTGAAAGAGCACTTGCGAAGGTTGCAACAACAAATGGAATCACGGCGTAGAGCTGCAGTTATGGAAATGATGAGACAGCGTG
>TRINITY_DN47488_c0_g3_i5 from sample A10 / Example unspliced isoform:TTTAAATATAATTCAATTGTGAAGAGTGCTCACTTGTCATTCGATTATTTTGTCCTTATCTTATCTTTTTGCTCACATTTTTACCCGTAGTTGCTGTAGTATGTGCTTGGCAAACCCTCTCATCTGAAAGAACGAAGGGTTAGCAAATAAGCAATCTGCGTTTTATCTTCTTAGAAATACAGAACGCAAAGGAAAGGCAC
TGCAGCATTTTCTGTGGTTGAAACAGGTCACAGCTCAGAAATTTCAATTAGAGCTCTGAGCAGTACGCAGAGGGTGTTTGTGTCGATCTGAGGAGGCAGATGGATGGAGGTATACCAAGGTCATGGCGTGCAAACATGGACTTATATGCAGTGCGGCCATATACCATAGAGAGGATCTTGCAATTATTTCATCAGCATCC
AGTTTCTGACGAATGGCAACAGCGGCTGCCCGCTTTTGTGAGGCGCTTGGAAGAAGGTCTATTCATCGAAGCTACTTCACAGGAAGAATACATGAACTTGAATACTTTGGAGCCACGCTTGCAATCTTTGATGCAGGGGTTAACACAAAATGGGAGCAGTGAATCTTCCCAAACAGCAAATCTGGGAGGTATACGCAGGT
CATGTCATACGGACACTGATTTATATGCAGTGCGGAAATATATGATCGAGAGGATgtaagtgatgaaagtcattatagcctttacatcaataacaactaagtcctatttcaaagttcagagtgtttgaaccaagaaaatcaaattgtgcttcaggtaaggaaattagttaaccatcaagcatttgtagtcatgcacagca
gctgcctctgcaaaacccagtgattcattatgacaagtatgcttggtggaacaatgtttgtcccatgctttttcccatgcttttttattcagttttatgggctaaagcatgtatgctacactttggagaggcaggaaatatcttgtatgctgtatgttttcccttctttattcccaaagatgtttcaggtgagagccaaa
acaagtgagatgttagggggatgaatgcagcacactttccttaacttcttgatttctaggtgctaaatgcaaggagtgaggtcaattattatatgataatgtttttcatgttttcggattctctaaattttctctttacagggtagttttgcaagtacattttcagttcattggtttattgtattttcattttcatttgt
ggcgtcagCTTGCAATTATTTCATCGGCAGCCAGTTTCTCCCGAATGGCAACAGCAGCTACCCGATTTTGTGAGGCGCTTGGAGGAAGGTCTATTCAACGAAGCTGCTTCACAGGAAGAATACATGGACTTGAATAATTTGGAGCAGCGCTTACAATCTTTGATGCGAAGGTTAACGCAGAATGGGAGCAGTGTATCTTC
CCAAACATCAAATCCGGGAGGTGTACAAAGGTCATCTTCCCAAACATCAAATCAGGGAGGTGTACAAAGCTCATGGCGTACAGACGCTGATTTGAACACAGTGCGGCAATATATCATACAGAGGATCTTGCAAGTATTTCACCGACAGCCAATTTCTTCAGATTGGCAACAGCGGCTACCCAACTTTGTGAGGTTCGTGG
AGGAAGGTCTATTCAACGAGGCTGCTTCAAAGGAAGAATACATGAACTTGAGCACTTTGGAGCGGCGTTTGACCACTTTGATGAAACGGTTTCAACATAATCGTAACCAGAGTCTTAGTCATCACAATCCTCATGTTGGAACATTGATACCAACTCCAGGATTGCAACAAAGTGGAAATGTAAGTGTCATCACAATCCTC
ATGTTGGAACATTGATACCAACTCCAGGATTGCAACAAATTGGAAATGTAGGTACAATGATTCCTACTCCAGGTACTGATATTTCTACCGTTAATGGTCCTGGCACAAGCACTGCGGTCCCCAACACAGTTGGTATGGGAAACATGCTGCCAAATACTAATGAAAATGTTAGTTTATTACAAGGTAACTCAGTACTGGCA
GCAGATAATAACTCAAGCAAAATGATGCCTACCCCTGGCCTCAGCAACAATGCTTTCCCTATTTCTGGTGACAATATGTCTTCCCTCCCGGGACCTTTAAATAATGCATTCCAGTCCCAGCAAAGTATTTCCACAGGTACAGGCAGCATGATGCCTACAATGGGTTTGGCAAGAGTTGGAAGCCAGATGATTCCAACACC
TGGACTAAATACTCCACATTCTATGCCCATGAGTTCTACAGGCTCTGGTGGATTGAGTCACTCTAATGTTGATGCTGTGACAGCTGCTCAACAGCACCAGTTGCAACATCAGAAACAGCAACAACAGAAACAGCTGCAACAACTGCATCAGCAACAGATGCAATTTACTGGAGGGCAAAACAGCCGCATTTATCATAACA
TGAATGGTCAGATGGGTGGTACAATGGGCATCAACATGCCACAGAAAAATTCTTCTTATGGGCTATTGAATGGAGGCATGAATAACGGGATGCAGCTTTTGAGTGGCAATCAACATTTTGTGAATGGAACTACCCCACATCCTAACACAGGAAGCTACCTGACTCCTTCCCGATTTAGCAATCTACAAATGCCTTCTCAA
CAGCATGTTCAAAGGCAACGGCATTTAGTGCAACCAGCATTGTCTCATCAAATGAGTGATGGATATGCAATGAATGCGGCTGATCTTGCTGGGGCGGGAAATTTATATAATCCTGTAACATCCGGTGGAGTTGCAGCTGCGAGTAACTTCAATTCAAACTCTTTAGGGTTACAATCAAAAATGACTCCTGTCGCTGGTTT
ATCCCCTCAACAATCAAACTTGCACACACAGCAGCAGGTCCAACAGCATAAGTCTCAGGGTCTTGATCATTCTCCGCAAAGAAATTTTCAATTGCCAAGGGCTCAATTAATTCAGCAATATTCACAACAGCTGCAACAACCACACCAGCAAAACACACAACATCAACCTCACCAGCAACAGCAGTATCAACAGCAGCATC
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GCAGGAGTCACAATCCCAGGAGAAATTTCAGGTACCAGAGCAGGTTGCACACTCAGAAGATCACCGACAGTTACAACACGAAGTTGAACAAAGTATGGAAATTCATGATGATGCTCATAATGCTGAGCAGCCACATCAATCACCTGTAAGTGGAACAGTGTCAACTGTAACAAATCAAACCAGAGTTGAAACATCATCTG
GAGCCACTGTATCAACTGGACAACCAAGCACCATTGCTGAGTCACGACAACAACAATATGTCAAACAACAACGTTGGTTGCTCTTTTTGCGCCATGCTAGTAAATGTTCAGCTCCTGAAGGCCAATGCCAAACGATACATTGTTCAACCGCACAGCAGTTATGGGCACACATTACAAAGTGCCGTGATCCTGAATGTACT
TATCTTAGGTGTCATGCTTCTAGGACTCTTCTGCGGCACCATCAAAATTGTCGTGACTTACATTGTCCTGTTTGTGGTCCAGTTCGGCAAATCATATTGCAACAGCGCATGGGATATGTTCAATCATCAAACTCAAGGGAGACAGGTCTCACAAATGGTGTGAGAAAGTTTGCCAATGCTACAAATAGAGTTGAGACCAA
TGTAACTCTGGCATCAAAATCTGGAAATTCTGTTGAAGAAGAAGCTCAAATTCTGCAACCTCCTCTCAAGAAAGCAAAGATTGAGCCTTTCTCGCCAAGTTGTGCATTGACACAAGTTGAAACTTCACAGGCATCTACCCCAACTTCGAGCAAGACACAGATAGCCTTCCAGGTGCAGCCTCAAGTCTCCCAGCAGATTG
GACAGTGCCCATCTGCAATAAAATCTGAAATAGCCAACTCTGCAAGAGTAGATCCCACACCCGTGAAAATAGAGCCGGCTAGGAGTTTGACCCAAAGTATTTCTCAGAAATCTTCTGAGTTAAAGAAAGATGCTGCAGTTGAGCATGATCAGTCATTGTGTCAAGCAGTGAAGCCTGAGACTTCTTTTGTTTCTATAACC
AAAATCCCTGTGCAGGATAAACAAGAAGTTGTGTCAGTTAAGAAAGAATCTGTACTGGTCAAATCTGAATCTGGACAGTTTAAACAAGAAGTCACAACGGCAGTGCTCCCACCTGATAATTCAGCAGCATCAAAATTGGGAAAACCAAAAATCAAAGGTGTTTCGCTGACTGAACTGTTCACACCAGAGCAAATTAGGGA
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GAAGGTGGGCAAGCAGAGTATACCTGTCCAAATTGTTACGTAGCTGAAGTGGAAAGCAGTGAGCGAAAGCCCTTACCTCAGAGTGCTGTCCTTGGTGCAAAAGATTTACCAAAGACACATTTGAGTGACCACATTGAGCAGAGGCTATTTCGACGATTGAAACAGGAAAGGCAAGAAAGGGCAAGGGGTCTTGGCAAGAG
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AGGAATTTGGGTCAGAGTGTGCTCATCCAAATCAGCGACGTGTTTATCTTTCTTACTTGGATTCTGTGAAGTACTTCAGGCCTGATGTGAAAACTGTCACTGGAGAGGCACTTCGAACCTTTGTTTACCACGAAATCTTGATTGGGTATCTGGAATACTGCAAGAAACGAGGCTTGACAAGTTGTTATATATGGGCCTGC
CCTCCTTTGAAGGGAGAAGATTATATTCTTTATTGCCACCCTGAGATACAGAAGACACCAAAATCTGATAAGCTCAGAGAATGGTATCTTGCAATGTTGCGTAAGGCCACGAAGGAGAACATTGTCGTGGAGCTCACTAATCTATATGATCAGTTTTTTGTGTCCACTGGTGAAAGCAAGGCTAAGGTTACTGCAGCTCG
CTTGCCATATTTTGATGGCGACTATTGGCCGGGGGCTGCAGAAGACATGATAATGCAACTTCAGCAAGCAGAAGAGGATGGCCGGAAACACCAAAAAAAGGGAAAGACCAAGAAGACTGCAACCAAAAGAGCGTCGAAAGCTGCATCACAAGCTGAACTTGCAAGCAATGCCTCGAAGGATGCTTTATTAATGCAGAAAC
TTGGGGAGTCCATATCTCCCATGAAAGAAGACTTTATTATGGTTCATTTGCAATATGCGTGTTCTTATTGTTGTCACTTTATTGTTTGTGGTAAACGCTGGGCTTGCAGCCAGTGTAAGAATTTTCAGCTATGCAATAAATGTTACGAGGCACAACAAAAGCTTGACGAAAGGGACTGGCATCCTATCAACAGCAGGGAA
AAACATGCTTTTTATTCTGTTGAAGTAACGGATGTTCCTGCAGATACTAAGGATAAGGATGAGATTTTGGAGAGTGAATTCTTTGATACCCGTCAGGCATTTCTTAGCCTTTGTCAAGGAAATCACTACCAATATGACACATTGCGTCGTGCCAAGCATTCTTCCATGATGGTTCTCTATCACCTGCATAATCCTACAGC
ACCTGCATTTGTAACGACATGCAACACGTGCCACCATGATATTGAGACAGGGCAGGGATGGCGCTGTGAAACATGCCCTGATTTTGACATATGTAATGCTTGCTATCAAAAAGATGGCAGTTCAGCTCATCCTCATAAGCTGACAACTCACCCATCTACGGCTGATCGTGATGCACAAAATAAAGAAGCTCGACAGCAAA
GGGTACATCAGTTCCGGACAATGTTGGATCTTCTGGTGCATGCTTCTCAGTGTGGCTATTCTCCGTGCCAGTGCCAGTATCCGAATTGTCGGAGAGTGAAAGGGCTCTTTCGACATGGAATGCAGTGTAGGACTCGTGCTTCAGGAGGCTGCCTTCTTTGCAAGAAGATGTGGTATCTCTTACAATTGCATGCTCGAGCT
TGCAAGGAATCTGACTGCCGGGTTCCTCGTTGCAGGGATTTGAAAGAGCACTTGCGAAGGTTGCAACAACAAATGGAATCACGGCGTAGAGCTGCAGTTATGGAAATGATGAGACAGCGTG