sp|Q0WVX5|SSY4_ARATH ----> Probable starch synthase 4, chloroplastic/amyloplastic

Intron 1 GTAGTTGAAA ... ATCCTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	7.8	130	11	2
A2	15.12	146	26	3
A3	13.61	127	20	0
A4	14.52	106	18	1
A5	20.97	49	13	13
A6	5	19	1	0
A7	15.34	138	25	4
A8	15.09	45	8	4
A9	10.85	115	14	2
A10	11.95	140	19	2

>TRINITY_DN98620_c0_g1_i3 from sample A5 / Example spliced isoform

CGGAATGTGAAATTTTAACATTTAGTTGGACATGATGCATTATTGATTTTTACCACCGAGCTCATTGCGAGATTTGGCTGGCTGGCTGGCTAGTTGGCTTCAAGAGAGTTCCACCGCCATGAATACGCCTGTGATGGGGACCTTGACCAAGCTCGTGATGCCATCGCCCTTGTTCTGTAAAAAGGAAATCGGCCATTTTC
GCAATTCAACTAATAAAATTTTCGTTGTTTCATGCTCAAGGGAGGATTACAATGGCAGAGACTTTTCAGGATATCCAAAGTTTGAGGGGAACGGTGCAGATATTCTTCAGGCTCCATTTCTATCTCCAGATAAAGGATCACTGACAAATCCTAATGATATTGCAAAACTCTTTAACGATGCACAACAGAATATCCTCTAC
CTGAACAAACAACGCCTAATGGCTATGGAGGAGCTCAAAAAAGTTCACAGAGAAAAAGAATTATTGCTTGCTAAGCTGGGTAAGCAAGAGGCAGAAGCACAGTCAAATATTGCAGAGTGCGAAGTTTTAAAACAAAAACTCAATCTAGTGGAGACTACAATGACGACTGGTGGTACTTGGAACCTTCAGAAAAGCAAGAA
GCATAGCAGGGTTAAGGTAGATCCATCACCATTATTCAGTGAGATATTACTACGGATTGATTCAATGGCCTTGGTGGGCGATATTACTAAAACACAGGCATCTGAGATGAGAAAATTAGTTGTCAACAAGGATCCTGTACTAGCTGAAACATTTTGTAATCTTAAGCACATGAATGACAAAGAGCTTGCTGCAGGTCTTC
TTCTTCTTTTGGACCCAAAGCAAAGGCAGGGTTTACACATTGTGCACATTTGTACTGAAATGGCACCAATCACAAAAGTTGGACCTGTGGCATCACACGTGAAAGATTTATGTCGTGCATTGCAAAGGAGGAAGAATTTAGTGGAAGTCATTTTGCCCAAGTATAAATCTATGGACTTGAATGAAGTGCAGGGTCTACAA
GAAGTTGAAGCTGATTTTTATTCTTACTTTGGAGGAGAGTGGCACAGAAATAAAATCTGGACAGGGATTAGTTATGGCATTGCAGTGACATTCATTGAACCTTTTCATCCCAGTGGTTTTTTTGACCGGGACCTTCTTTATGGGTATGAGGATGACTTTGAAAGGTTTACATATTTTTGCCGTGCGTCATTAGATTATCT
TTTGAAGTCTGGAAAGCAGCCTGACATCCTACATCTACACAATTGGCAAACTGCAGCTGTGGCACCATTGTTTTGGGATATATTTGTCAATCAGGGCTTAGGAAGCACTAGAATATTATTCACCTGTCATAATTTTGAATTTCAGTGTGTGGAAAAACCTAGAAAGCTTAGACTCTGTGGATTGGATCCTGAACGACTGC
ATCGTCCTGATCGATTGCAAGATAATCTTGATCCGGGACTTGTTAATCTAATAAAGGGCGGAATTGTATATTCCAACAGTGTAGTGACAATATCCACTCCATTTGTGAAGGCTAAAACGACAAAAGAGAATAGTCATGGACTGGAGTCTACATTAGCCATACACAAAAATAAGGTCATAAGTGCCCCATATGGTTTAGAT
GATACTGTATGGGATCCTGCAAAGGATAAATATCTCCCTGCAACATACTCAGCTGAAGATCTTTCTGGAAAAGCTATCTGCAAGGTAGCGTTAAGGCGACGTGTTGGTTTATCTGAAACTCAAGCATCTACTGCCATTGTTGGATGTGTGTGTATGGACATGTCAGATGCAGAATTGAATTATATGAAGTTGTATTTGAC
ATCTGCACTGAGAAATGGAGCTCAGTTTGTTCTCATGGGCACAAGTAAAAATCCAAGATTGCAAGCTGGTTTGGAAGATCTGCAAAAGGAATTTAAGGAAAATGTCAGAGTGGTTGGCAAGCATGATGAAGGCATGCTACATTTACTAATAGCTGGATCTGATATTCTTCTATGTTCGTCATTTCATGACCCGGAAAATC
AAATGCCGCTCAAAGCATTGAAGTATGGTGCAGTCCCTATAGCAAGGAGTGGAGAGAGTATGAGTTTTGCGTTGCACTCTACCAAATTTTCTGATGAAGCATTATCCTGGACTCAGGTTTTTAATCGAATGAAGGATGATCCGATAGGCTGGACTAATCTGGTCAAGGGTGGAATGGTGAAAGATTTTTCATGGGATGCA
GAATGTGCTGAGATATATACTGCTTCATATTGGTCCATACATCAGCTGTAAGATTACATGTACATCTAGAGAACAACTCAGTATTCTGGGTTGTGTACCTTATCAACATGATCACAATAAGCTCATGCAGAGGCCGCTCTATAGAGCAACAAGGAGGTTATGCACACTCAGAGGAGCAATAAACACCTACATGGCTGATG
ATGATCCAGAAGAACTTATCCAGCATCATAATACAGGGGAGCTATAAGAACACAGCCCAAAGAGGAATATGATAATATTGCAGAATATCCCTACAAAAGAAGCTTTAAGCGTGGGACTTGGACTAATGCTTCCTCTTCATATAATATGTCAACAACAAATAATGTCATATTGCTTATTGTTGTAACCTAACCAGTGGATT
ATTTTAGGTATCTTTCATATTCATTTTAGCCATACTGGTTTAATACAAATGAGCTCCATGGTCATTTGTTTGTTGACACCCGTATTATGAGAATGTAATTGCAGTATGAATTTCACTTTATTGAGGC

>TRINITY_DN98620_c0_g1_i2 from sample A5 / Example unspliced isoform:

CGGAATGTGAAATTTTAACATTTAGTTGGACATGATGCATTATTGATTTTTACCACCGAGCTCATTGCGAGATTTGGCTGGCTGGCTGGCTAGTTGGCTTCAAGAGAGTTCCACCGCCATGAATACGCCTGTGATGGGGACCTTGACCAAGCTCGTGATGCCATCGCCCTTGTTCTGTAAAAAGGAAATCGGCCATTTTC
GCAATTCAACTAATAAAATTTTCGTTGTTTCATGCTCAAGGGAGGATTACAATGGCAGAGACTTTTCAGGATATCCAAAGTTTGAGGGGAACGGTGCAGATATTCTTCAGgtagttgaaaattgtgaccattcatatgaaaatcctctcgtttgtgtactaacattgcagtattagcatattatttcacactttccgctg
attcaggtagcatcctttcagGCTCCATTTCTATCTCCAGATAAAGGATCACTGACAAATCCTAATGATATTGCAAAACTCTTTAACGATGCACAACAGAGTAAGGGTTGAAGCTTTAGGTTTTCAAG

Intron 2 GTAATTGCAA ... ATTTGGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.51	96	30	29
A2	21.88	125	51	19
A3	26.95	103	36	40
A4	25.79	82	27	30
A5	24.79	44	13	16
A6	20.93	17	7	2
A7	23.08	120	43	29
A8	22	39	10	12
A9	21.66	85	24	23
A10	22.62	130	48	28

>TRINITY_DN95734_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoform

ACTCAAGCCAATTTCTCTAAGTAAAAAAGTTTTGGCGGGGATAATGGCTCCCACCCATCTATCTCTTTCTCGGGATTCGTGATATTTTGCTAACTGTTTGCCTTGCGTGAATCGGAATGTGAAATTTTAACATTTAGTTGGACATGATGCATTATTGATTTTTACCACCGAGCTCATTGCGAGATTTGGCTGGCTGGCTG
GCTAGTTGGCTTCAAGAGAGTTCCACCGCCATGAATACGCCTGTGATGGGGACCTTGACCAAGCTCGTGATGCCATCGCCCTTGTTCTGTAAAAAGGAAATCGGCCATTTTCGCAATTCAACTAATAAAATTTTCGTTGTTTCATGCTCAAGGGAGGATTACAATGGCAGAGACTTTTCAGGATATCCAAAGTTTGAGGG
GAACGGTGCAGATATTCTTCAGGCTCCATTTCTATCTCCAGATAAAGGATCACTGACAAATCCTAATGATATTGCAAAACTCTTTAACGATGCACAACAGAATATCCTCTACCTGAACAAACAACGCCTAATGGCTATGGAGGAGCTCAAAAAAGTTCACAGAGAAAAAGAATTATTGCTTGCTAAGCTGGGTAAGCAAG
AGGCAGAAGCACAGTCAAATATTGCAGAGTGCGAAGTTTTAAAACAAAAACTCAATCTAGTGGAGACTACAATGACGACTGGTGGTACTTGGAACCTTCAGAAAAGCAAGAAGCATAGCAGGGTTAAGGTAGATCCATCACCATTATTCAGTGAGATATTACTACGGATTGATTCAATGGCCTTGGTGGGCGATATTACT
AAAACACAGGCATCTGAGATGAGAAAATTAGTTGTCAACAAGGATCCTGTACTAGCTGAAACATTTTGTAATCTTAAGCACATGAATGACAAAGAGCTTGCTGCAGGTCTTCTTCTTCTTTTGGACCCAAAGCAAAGGCAGGGTTTACACATTGTGCACATTTGTACTGAAATGGCACCAATCACAAAAGTTGGACCTGT
GGCATCACACGTGAAAGATTTATGTCGTGCATTGCAAAGGAGGAAGAATTTAGTGGAAGTCATTTTGCCCAAGTATAAATCTATGGACTTGAATGAAGTGCAGGGTCTACAAGAAGTTGAAGCTGATTTTTATTCTTACTTTGGAGGAGAGTGGCACAGAAATAAAATCTGGACAGGGATTAGTTATGGCATTGCAGTGA
CATTCATTGAACCTTTTCATCCCAGTGGTTTTTTTGACCGGGACCTTCTTTATGGGTATGAGGATGACTTTGAAAGGTTTACATATTTTTGCCGTGCGTCATTAGATTATCTTTTGAAGTCTGGAAAGCAGCCTGACATCCTACATCTACACAATTGGCAAACTGCAGCTGTGGCACCATTGTTTTGGGATATATTTGTC
AATCAGGGCTTAGGAAGCACTAGAATATTATTCACCTGTCATAATTTTGAATTTCAGTGTGTGGAAAAACCTAGAAAGCTTAGACTCTGTGGATTGGATCCTGAACGACTGCATCGTCCTGATCGATTGCAAGATAATCTTGATCCGGGACTTGTTAATCTAATAAAGGGCGGAATTGTATATTCCAACAGTGTAGTGAC
AATATCCACTCCATTTGTGAAGGCTAAAACGACAAAAGAGAATAGTCATGGACTGGAGTCTACATTAGCCATACACAAAAATAAGGTCATAAGTGCCCCATATGGTTTAGATGATACTGTATGGGATCCTGCAAAGGATAAATATCTCCCTGCAACATACTCAGCTGAAGATCTTTCTGGAAAAGCTATCTGCAAGGTAG
CGTTAAGGCGACGTGTTGGTTTATCTGAAACTCAAGCATCTACTGCCATTGTTGGATGTGTGTGTATGGACATGTCAGATGCAGAATTGAATTATATGAAGTTGTATTTGACATCTGCACTGAGAAATGGAGCTCAGTTTGTTCTCATGGGCACAAGTAAAAATCCAAGATTGCAAGCTGGTTTGGAAGATCTGCAAAAG
GAATTTAAGGAAAATGTCAGAGTGGTTGGCAAGCATGATGAAGGCATGCTACATTTACTAATAGCTGGATCTGATATTCTTCTATGTTCGTCATTTCATGACCCGGAAAATCAAATGCCGCTCAAAGCATTGAAGTATGGTGCAGTCCCTATAGCAAGGAGTGGAGAGAGTATGAGTTTTGCGTTGCACTCTACCAAATT
TTCTGATGAAGCATTATCCTGGACTCAGGTTTTTAATCGAATGAAGGATGATCCGATAGGCTGGACTAATCTGGTCAAGGGTGGAATGGTGAAAGATTTTTCATGGGATGCAGAATGTGCTGAGATATATACTGCTTCATATTGGTCCATACATCAGCTGTAAGATTACATGTACATCTAGAGAACAACTCAGTATTCTG
GGTTGTGTACCTTATCAACATGATCACAATAAGCTCATGCAGAGGCCGCTCTATAGAGCAACAAGGAGGTTATGCACACTCAGAGGAGCAATAAACACCTACATGGCTGATGATGATCCAGAAGAACTTATCCAGCATCATAATACAGGGGAGCTATAAGAACACAGCCCAAAGAGGAATATGATAATATTGCAGAATAT
CCCTACAAAAGAAGCTTTAAGCGTGGGACTTGGACTAATGCTTCCTCTTCATATAATATGTCAACAACAAATAATGTCATATTGCTTATTGTTGTAACCTAACCAGTGGATTATTTTAGGTATCTTTCATATTCATTTTAGCCATACTGGTTTAATACAAATGAGCTCCATGGTCATATGTTTGTTGACACCCGTATTAT
GAGAATGTAATTGCAGTATGAATTTCACTTTATTGAGGCTGTGCTTCTATCATTATAATAAGAAACACACTATTATTCAATGT

>TRINITY_DN95734_c0_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:

ACTCAAGCCAATTTCTCTAAGTAAAAAAGTTTTGGCGGGGATAATGGCTCCCACCCATCTATCTCTTTCTCGGGATTCGTGATATTTTGCTAACTGTTTGCCTTGCGTGAATCGGAATGTGAAATTTTAACATTTAGTTGGACATGATGCATTATTGATTTTTACCACCGAGCTCATTGCGAGATTTGGCTGGCTGGCTG
GCTAGTTGGCTTCAAGAGAGTTCCACCGCCATGAATACGCCTGTGATGGGGACCTTGACCAAGCTCGTGATGCCATCGCCCTTGTTCTGTAAAAAGGAAATCGGCCATTTTCGCAATTCAACTAATAAAATTTTCGTTGTTTCATGCTCAAGGGAGGATTACAATGGCAGAGACTTTTCAGGATATCCAAAgtaattgca
acctattgtttttatcatttggagcaaaagttaatctttttgtatcactaatgttgtatttgtttggtttttaatcatttggtcagGTTTGAGGGGAACGGTGCAGATATTCTTCAGGCTCCATTTCTATCTCCAGATAAAGGATCACTGACAAATCCTAATGATATTGCAAAACTCTTTAACGATGCACAACAGAATAT
CCTCTACCTGAACAAACAACGCCTAATGGCTATGGAGGAGCTCAAAAAAGTTCACAGAGAAAAAGAATTATTGCTTGCTAAGCTGGGTAAGCAAGAGGCAGAAGCACAGTCAAATATTGCAGAGTGCGAAGTTTTAAAACAAAAACTCAATCTAGTGGAGACTACAATGACGACTGGTGGTACTTGGAACCTTCAGAAAA
GCAAGAAGCATAGCAGGGTTAAGGTAGATCCATCACCATTATTCAGTGAGATATTACTACGGATTGATTCAATGGCCTTGGTGGGCGATATTACTAAAACACAGGCATCTGAGATGAGAAAATTAGTTGTCAACAAGGATCCTGTACTAGCTGAAACATTTTGTAATCTTAAGCACATGAATGACAAAGAGCTTGCTGCA
GGTCTTCTTCTTCTTTTGGACCCAAAGCAAAGGCAGGGTTTACACATTGTGCACATTTGTACTGAAATGGCACCAATCACAAAAGTTGGACCTGTGGCATCACACGTGAAAGATTTATGTCGTGCATTGCAAAGGAGGAAGAATTTAGTGGAAGTCATTTTGCCCAAGTATAAATCTATGGACTTGAATGAAGTGCAGGG
TCTACAAGAAGTTGAAGCTGATTTTTATTCTTACTTTGGAGGAGAGTGGCACAGAAATAAAATCTGGACAGGGATTAGTTATGGCATTGCAGTGACATTCATTGAACCTTTTCATCCCAGTGGTTTTTTTGACCGGGACCTTCTTTATGGGTATGAGGATGACTTTGAAAGGTTTACATATTTTTGCCGTGCGTCATTAG
ATTATCTTTTGAAGTCTGGAAAGCAGCCTGACATCCTACATCTACACAATTGGCAAACTGCAGCTGTGGCACCATTGTTTTGGGATATATTTGTCAATCAGGGCTTAGGAAGCACTAGAATATTATTCACCTGTCATAATTTTGAATTTCAGTGTGTGGAAAAACCTAGAAAGCTTAGACTCTGTGGATTGGATCCTGAA
CGACTGCATCGTCCTGATCGATTGCAAGATAATCTTGATCCGGGACTTGTTAATCTAATAAAGGGCGGAATTGTATATTCCAACAGTGTAGTGACAATATCCACTCCATTTGTGAAGGCTAAAACGACAAAAGAGAATAGTCATGGACTGGAGTCTACATTAGCCATACACAAAAATAAGGTCATAAGTGCCCCATATGG
TTTAGATGATACTGTATGGGATCCTGCAAAGGATAAATATCTCCCTGCAACATACTCAGCTGAAGATCTTTCTGGAAAAGCTATCTGCAAGGTAGCGTTAAGGCGACGTGTTGGTTTATCTGAAACTCAAGCATCTACTGCCATTGTTGGATGTGTGTGTATGGACATGTCAGATGCAGAATTGAATTATATGAAGTTGT
ATTTGACATCTGCACTGAGAAATGGAGCTCAGTTTGTTCTCATGGGCACAAGTAAAAATCCAAGATTGCAAGCTGGTTTGGAAGATCTGCAAAAGGAATTTAAGGAAAATGTCAGAGTGGTTGGCAAGCATGATGAAGGCATGCTACATTTACTAATAGCTGGATCTGATATTCTTCTATGTTCGTCATTTCATGACCCG
GAAAATCAAATGCCGCTCAAAGCATTGAAGTATGGTGCAGTCCCTATAGCAAGGAG

Intron 3 GTTCTTGGAC ... TTGGCATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.08	122	0	20
A2	12.5	105	3	15
A3	15.25	100	0	18
A4	23.15	83	0	25
A5	15.38	33	0	6
A6	17.76	88	0	19
A7	16.46	330	0	65
A8	22.53	282	0	82
A9	18.62	271	0	62
A10	21.93	299	0	84

>TRINITY_DN109855_c0_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoform

GTTTTGGCGGGGATAATGGCTCCCACCCATCTATCTCTTTCTCGGGATTCGTGATATTTTGCTAACTGTTTGCCTTGCGTGAATCGGAATGTGAAATTTTAACATTTAGTTGGACATGATGCATTATTGATTTTTACCACCGAGCTCATTGCGAGATTTGGCTGGCTGGCTGGCTAGTTGGCTTCAAGAGAGTTCCACCG
CCATGAATACGCCTGTGATGGGGACCTTGACCAAGCTCGTGATGCCATCGCCCTTGTTCTGTAAAAAGGAAATCGGCCATTTTCGCAATTCAACTAATAAAATTTTCGTTGTTTCATGCTCAAGGGAGGATTACAATGGCAGAGACTTTTCAGGATATCCAAAGTTTGAGGGGAACGGTGCAGATATTCTTCAGGCTCCA
TTTCTATCTCCAGATAAAGGATCACTGACAAATCCTAATGATATTGCAAAACTCTTTAACGATGCACAACAGAATATCCTCTACCTGAACAAACAACGCCTAATGGCTATGGAGGAGCTCAAAAAAGTTCACAGAGAAAAAGAATTATTGCTTGCTAAGCTGGGTAAGCAAGAGGCAGAAGCACAGTCAAATATTGCAGA
GTGCGAAGTTTTAAAACAAAAACTCAATCTAGTGGAGACTACAATGACGACTGGTGGTACTTGGAACCTTCAGAAAAGCAAGAAGCATAGCAGGGTTAAGGTAGATCCATCACCATTATTCAGTGAGATATTACTACGGATTGATTCAATGGCCTTGGTGGGCGATATTACTAAAACACAGGCATCTGAGATGAGAAAAT
TAGTTGTCAACAAGGATCCTGTACTAGCTGAAACATTTTGTAATCTTAAGCACATGAATGACAAAGAGCTTGCTGCAGGTCTTCTTCTTCTTTTGGACCCAAAGCAAAGGCAGGGTTTACACATTGTGCACATTTGTACTGAAATGGCACCAATCACAAAAGTTGGACCTGTGGCATCACACGTGAAAGATTTATGTCGT
GCATTGCAAAGGAGGAAGAATTTAGTGGAAGTCATTTTGCCCAAGTATAAATCTATGGACTTGAATGAAGTGCAGGGTCTACAAGAAGTTGAAGCTGATTTTTATTCTTACTTTGGAGGAGAGTGGCACAGAAATAAAATCTGGACAGGGATTAGTTATGGCATTGCAGTGACATTCATTGAACCTTTTCATCCCAGTGG
TTTTTTTGACCGGGACCTTCTTTATGGGTATGAGGATGACTTTGAAAGGTTTACATATTTTTGCCGTGCGTCATTAGATTATCTTTTGAAGTCTGGAAAGCAGCCTGACATCCTACATCTACACAATTGGCAAACTGCAGCTGTGGCACCATTGTTTTGGGATATATTTGTCAATCAGGGCTTAGGAAGCACTAGAATAT
TATTCACCTGTCATAATTTTGAATTTCAGTGTGTGGAAAAACCTAGAAAGCTTAGACTCTGTGGATTGGATCCTGAACGACTGCATCGTCCTGATCGATTGCAAGATAATCTTGATCCGGGACTTGTTAATCTAATAAAGGGCGGAATTGTATATTCCAACAGTGTAGTGACAATATCCACTCCATTTGTGAAGGCTAAA
ACGACAAAAGAGAATAGTCATGGACTGGAGTCTACATTAGCCATACACAAAAATAAGGTCATAAGTGCCCCATATGGTTTAGATGATACTGTATGGGATCCTGCAAAGGATAAATATCTCCCTGCAACATACTCAGCTGAAGATCTTTCTGGAAAAGCTATCTGCAAGGTAGCGTTAAGGCGACGTGTTGGTTTATCTGA
AACTCAAGCATCTACTGCCATTGTTGGATGTGTGTGTATGGACATGTCAGATGCAGAATTGAATTATATGAAGTTGTATTTGACATCTGCACTGAGAAATGGAGCTCAGTTTGTTCTCATGGGCACAAGTAAAAATCCAAGATTGCAAGCTGGTTTGGAAGATCTGCAAAAGGAATTTAAGGAAAATGTCAGAGTGGTTG
GCAAGCATGATGAAGGCATGCTACATTTACTAATAGCTGGATCTGATATTCTTCTATGTTCGTCATTTCATGACCCGGAAAATCAAATGCCGCTCAAAGCATTGAAGTATGGTGCAGTCCCTATAGCAAGGAGTGGAGAGAGTATGAGTTTTGCGTTGCACTCTACCAAATTTTCTGATGAAGCATTATCCTGGACTCAG
GTTTTTAATCGAATGAAGGATGATCCGATAGGCTGGACTAATCTGGTCAAGGGTGGAATGGTGAAAGATTTTTCATGGGATGCAGAATGTGCTGAGATATATACTGCTTCATATTGGTCCATACATCAGCTGTAAGATTACATGTACATCTAGAGAACAACTCAGTATTCTGGGTTGTGTACCTTATCAACATGATCACA
ATAAGCTCATGCAGAGGCCGCTCTATAGAGCAACAAGGAGGTTATGCACACTCAGAGGAGCAATAAACACCTACATGGCTGATGATGATCCAGAAGAACTTATCCAGCATCATAATACAGGGGAGCTATAAGAACACAGCCCAAAGAGGAATATGATAATATTGCAGAATATCCCTACAAAAGAAGCTTTAAGCGTGGGA
CTTGGACTAATGCTTCCTCTTCATATAATATGTCAACAACAAATAATGTCATATTGCTTATTGTTGTAACCTAACCAGTGGATTATTTTAGGTATCTTTCATATTCATTTTAGCCATACTGGTTTAATACAAATGAGCTCCATGGTCATTTGTTTGTTGACACCCGTATTATGAGAATGTAATTGCAGTATGAATTTCAC
TTTATTGAGGCTGTGCTTCTATCATTATAATAAGAAACACACTATTATTC

>TRINITY_DN109855_c0_g1_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTGCACTGAGAAATGGAGCTCAGgttcttggacataatggctctttttggcttctatttgagcaaacctttcttttgttttatgattgaattactcttacatatttcatatgtcctttttgtcctttggcattagTTTGTTCTCATGGGCACAAGTAAAAATCCAAGATTGCAAGCTGGTTTGGAAGATCTGCAAAAGGA
ATTTAAGGAAAATGTCAGAGTGGTTGGCAAGCATGATGAAGGCATGCTACATTTACTAATAGCTGGATCTGATATTCTTCTATGTTCGTCATTTCATGACCCGGAAAATCAAATGCCGCTCAAAGCATTGAAGTATGGTGCAGTCCCTATAGCAAGGAGTGGAGAGAGTATGAGTTTTGCGTTGCACTCTACCAAATTTT
CTGATGAAGCATTATCCTGGACTCAGGTTTTTAATCGAATGAAGGATGATCCGATAGGCTGGACTAATCTGGTCAAGGGTGGAATGGTGAAAGATTTTTCATGGGATGCAGAATGTGCTGAGATATATACTGCTTCATATTGGTCCATACATCAGCTGTAAGATTACATGTACATCTAGAGAACAACTCAGTATTCTGGG
TTGTGTACCTTATCAACATGATCACAATAAGCTCATGCAGAGGCCGCTCTATAGAGCAACAAGGAGGTTATGCACACTCAGAGGAGCAATAAACACCTACATGGCTGATGATGATCCAGAAGAACTTATCCAGCATCATAATACAGGGGAGCTATAAGAACACAGCCCAAAGAGGAATATGATAATATTGCAGAATATCC
CTACAAAAGAAGCTTTAAGCGTGGGACTTGGACTAATGCTTCCTCTTCATATAATATGTCAACAACAAATAATGTCATATTGCTTATTGTTGTAACCTAACCAGTGGATTATTTTAGGTATCTTTCATATTCATTTTAGCCATACTGGTTTAATACAAATGAGCTCCATGGTCATTTGTTTGTTGACACCCGTATTATGA
GAATGTAATTGCAGTATGAATTTCACTTTATTGAGGCTGTGCTTCTATCATTATAATAAGAAACACACTATTATTC

Intron 4 GTAGTTGAAA ... GCTGATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	10.28	96	11	2
A2	17.69	121	26	3
A3	16	105	20	0
A4	17.31	86	18	1
A5	24.53	40	13	13
A6	6.67	14	1	0
A7	17.73	116	25	4
A8	16.67	40	8	4
A9	12.96	94	14	2
A10	13.48	122	19	2

>TRINITY_DN98620_c0_g1_i4 from sample A5 / Example spliced isoform

CGGAATGTGAAATTTTAACATTTAGTTGGACATGATGCATTATTGATTTTTACCACCGAGCTCATTGCGAGATTTGGCTGGCTGGCTGGCTAGTTGGCTTCAAGAGAGTTCCACCGCCATGAATACGCCTGTGATGGGGACCTTGACCAAGCTCGTGATGCCATCGCCCTTGTTCTGTAAAAAGGAAATCGGCCATTTTC
GCAATTCAACTAATAAAATTTTCGTTGTTTCATGCTCAAGGGAGGATTACAATGGCAGAGACTTTTCAGGATATCCAAAGTTTGAGGGGAACGGTGCAGATATTCTTCAGGTAGCATCCTTTCAGGCTCCATTTCTATCTCCAGATAAAGGATCACTGACAAATCCTAATGATATTGCAAAACTCTTTAACGATGCACAA
CAGAATATCCTCTACCTGAACAAACAACGCCTAATGGCTATGGAGGAGCTCAAAAAAGTTCACAGAGAAAAAGAATTATTGCTTGCTAAGCTGGGTAAGCAAGAGGCAGAAGCACAGTCAAATATTGCAGAGTGCGAAGTTTTAAAACAAAAACTCAATCTAGTGGAGACTACAATGACGACTGGTGGTACTTGGAACCT
TCAGAAAAGCAAGAAGCATAGCAGGGTTAAGGTAGATCCATCACCATTATTCAGTGAGATATTACTACGGATTGATTCAATGGCCTTGGTGGGCGATATTACTAAAACACAGGCATCTGAGATGAGAAAATTAGTTGTCAACAAGGATCCTGTACTAGCTGAAACATTTTGTAATCTTAAGCACATGAATGACAAAGAGC
TTGCTGCAGGTCTTCTTCTTCTTTTGGACCCAAAGCAAAGGCAGGGTTTACACATTGTGCACATTTGTACTGAAATGGCACCAATCACAAAAGTTGGACCTGTGGCATCACACGTGAAAGATTTATGTCGTGCATTGCAAAGGAGGAAGAATTTAGTGGAAGTCATTTTGCCCAAGTATAAATCTATGGACTTGAATGAA
GTGCAGGGTCTACAAGAAGTTGAAGCTGATTTTTATTCTTACTTTGGAGGAGAGTGGCACAGAAATAAAATCTGGACAGGGATTAGTTATGGCATTGCAGTGACATTCATTGAACCTTTTCATCCCAGTGGTTTTTTTGACCGGGACCTTCTTTATGGGTATGAGGATGACTTTGAAAGGTTTACATATTTTTGCCGTGC
GTCATTAGATTATCTTTTGAAGTCTGGAAAGCAGCCTGACATCCTACATCTACACAATTGGCAAACTGCAGCTGTGGCACCATTGTTTTGGGATATATTTGTCAATCAGGGCTTAGGAAGCACTAGAATATTATTCACCTGTCATAATTTTGAATTTCAGTGTGTGGAAAAACCTAGAAAGCTTAGACTCTGTGGATTGG
ATCCTGAACGACTGCATCGTCCTGATCGATTGCAAGATAATCTTGATCCGGGACTTGTTAATCTAATAAAGGGCGGAATTGTATATTCCAACAGTGTAGTGACAATATCCACTCCATTTGTGAAGGCTAAAACGACAAAAGAGAATAGTCATGGACTGGAGTCTACATTAGCCATACACAAAAATAAGGTCATAAGTGCC
CCATATGGTTTAGATGATACTGTATGGGATCCTGCAAAGGATAAATATCTCCCTGCAACATACTCAGCTGAAGATCTTTCTGGAAAAGCTATCTGCAAGGTAGCGTTAAGGCGACGTGTTGGTTTATCTGAAACTCAAGCATCTACTGCCATTGTTGGATGTGTGTGTATGGACATGTCAGATGCAGAATTGAATTATAT
GAAGTTGTATTTGACATCTGCACTGAGAAATGGAGCTCAGTTTGTTCTCATGGGCACAAGTAAAAATCCAAGATTGCAAGCTGGTTTGGAAGATCTGCAAAAGGAATTTAAGGAAAATGTCAGAGTGGTTGGCAAGCATGATGAAGGCATGCTACATTTACTAATAGCTGGATCTGATATTCTTCTATGTTCGTCATTTC
ATGACCCGGAAAATCAAATGCCGCTCAAAGCATTGAAGTATGGTGCAGTCCCTATAGCAAGGAGTGGAGAGAGTATGAGTTTTGCGTTGCACTCTACCAAATTTTCTGATGAAGCATTATCCTGGACTCAGGTTTTTAATCGAATGAAGGATGATCCGATAGGCTGGACTAATCTGGTCAAGGGTGGAATGGTGAAAGAT
TTTTCATGGGATGCAGAATGTGCTGAGATATATACTGCTTCATATTGGTCCATACATCAGCTGTAAGATTACATGTACATCTAGAGAACAACTCAGTATTCTGGGTTGTGTACCTTATCAACATGATCACAATAAGCTCATGCAGAGGCCGCTCTATAGAGCAACAAGGAGGTTATGCACACTCAGAGGAGCAATAAACA
CCTACATGGCTGATGATGATCCAGAAGAACTTATCCAGCATCATAATACAGGGGAGCTATAAGAACACAGCCCAAAGAGGAATATGATAATATTGCAGAATATCCCTACAAAAGAAGCTTTAAGCGTGGGACTTGGACTAATGCTTCCTCTTCATATAATATGTCAACAACAAATAATGTCATATTGCTTATTGTTGTAA
CCTAACCAGTGGATTATTTTAGGTATCTTTCATATTCATTTTAGCCATACTGGTTTAATACAAATGAGCTCCATGGTCATTTGTTTGTTGACACCCGTATTATGAGAATGTAATTGCAGTATGAATTTCACTTTATTGAGGC

>TRINITY_DN98620_c0_g1_i2 from sample A5 / Example unspliced isoform:

CGGAATGTGAAATTTTAACATTTAGTTGGACATGATGCATTATTGATTTTTACCACCGAGCTCATTGCGAGATTTGGCTGGCTGGCTGGCTAGTTGGCTTCAAGAGAGTTCCACCGCCATGAATACGCCTGTGATGGGGACCTTGACCAAGCTCGTGATGCCATCGCCCTTGTTCTGTAAAAAGGAAATCGGCCATTTTC
GCAATTCAACTAATAAAATTTTCGTTGTTTCATGCTCAAGGGAGGATTACAATGGCAGAGACTTTTCAGGATATCCAAAGTTTGAGGGGAACGGTGCAGATATTCTTCAGgtagttgaaaattgtgaccattcatatgaaaatcctctcgtttgtgtactaacattgcagtattagcatattatttcacactttccgctg
attcagGTAGCATCCTTTCAGGCTCCATTTCTATCTCCAGATAAAGGATCACTGACAAATCCTAATGATATTGCAAAACTCTTTAACGATGCACAACAGAGTAAGGGTTGAAGCTTTAGGTTTTCAAG