sp|O82279|CG160_ARATH ----> Protein CONSERVED ONLY IN THE GREEN LINEAGE 160, chloroplastic

Intron 1 GTGATAATGT ... CCTGTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.22	26.2	4.6	11.2
A2	4.16	12.5	0	1
A3	22.48	11.7	0.7	6
A4	32.92	9.1	3.6	5.2
A5	6.32	22.3	2	1
A6	5.8	72.3	1.8	7
A7	10.98	60.3	4.6	10
A8	10.88	70	5	11.7
A9	8.81	57.9	2.1	9
A10	2.38	52.3	1.3	1.3

>TRINITY_DN123061_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGTAAAACTCATCGCGATAATGTTGCAGATATTTATTCCAACGGGACCAGATGATATAATAATAATAATAATAATTACGACATTCTCGTGCTTGCTATTCACCAGAAATGGAAACCCTGCAGCTAAATACCTTCAGTCGTTCGGTTCACCACCCCAGCTTTGGCAGAAAGCAGCCATTACACTCAACTTACCGGAGATG
GAGAATCCTTGCTGTCACTAAAACTACTCGCCCTGTTAAAAAGGGAGCTTTTGCTTATTACAGCTGGTATTGCAGCAGCTTGCAGTGGTTACTGCTTCTTTATTTTCTCTCCCCAGGTTGCTTTGAGTTACACAGTGGGGGCTGTTGCCAGCTTCTTGTATCTTCAACTTCTTTATCACCACACGGATAATATATCCAAG
GAGAAGTTGGCAGAAGTCTTTACTCGCAAGAGAATCAAGAAGATTGGCATCCGCAGTGATGATCTAAGGGATGCATTTGAGAAAACTGTGAGAGGAAGTGCTATAGCTCTTTCGTCTCCTCGCTTGGTAATCCCAGCTGCAATATTTGGTTTTTGGTCTTTATCAAAACATTACTTTGGTGAATCCTTTGACTTCCAGCT
TGCGCCAGCAGTTCTTGGGTTATTTGCATACAAAGGTGCAGCACTGGTTCAAGCTTATCGGGACAATGAGGATTTGCTCATCATATTTCCCAAAGATGAAGAAATTTAGAGGGTGAAAAGCATCGGCAGAAATCTGTTAATCATAATGACAATAGCTTCTCAGTTTTCTTCATTTCAAACGATGGCAGTGGCATGCTCTT
ATGGTGGGATTTTGTTCCACATTATCTCCTCATTCAGATAGAGACTAGCAATTTTGCTCTCTGCATCAGACTGAAGAACAAATTTTACGAAGGTTGTGCAATTCAATATAAAGTCAACTATGTCTCCAAGAGATTTGCGATGTAATTTTTTATATGTAAACAGATGGAAAAGTTGTACAATCTCCTTTGGCTCCTTGCTA
GTTCAGTTGCAACTACTAGGTAACCTCATACATCTGTAGACAATTTATGAATGCGGGGTATGAGATGGAGCTTACTATTGAAGGCAAGATTTTAATTTATTGATTAACCCTTGTATTTATTCATGAAAGGTGAAAGAACCAGGAGTCGTCGTTTCTTAATCCAATAAATGATATTATCATCACTGTCGTGTTTGTTGGTT
TGCGTGCAGTATTATGACCATTTTAACATTGGTGCTTGCTTTATTCCCGACCCTGTAATTTTTCATGTCATAAAAGAGCTTACGTTGTGACATGTGATGTCTGAATACCTATAAAGGGAAAATCTCATCCG

>TRINITY_DN123061_c0_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGTAAAACTCATCGCGATAATGTTGCAGATATTTATTCCAACGGGACCAGATGATATAATAATAATAATAATAATTACGACATTCTCGTGCTTGCTATTCACCAGAAATGGAAACCCTGCAGCTAAATACCTTCAGTCGTTCGGTTCACCACCCCAGCTTTGGCAGAAAGCAGCCATTACACTCAACTTACCGGAGATG
GAGAATCCTTGCTGTCACTAAAACTACTCGCCCTGTTAAAAAGGGAGCTTTTGCTTATTACAGCTGGTATTGCAGCAGCTTGCAGTGGTTACTGCTTCTTTATTTTCTCTCCCCAGgtgataatgtgtttgggaattgcttttatcaaattttgttgacagagaattgtataccagtattgttatatatgaagtaggctt
ttagttcgaggaagtgaaacctttgttaactgacactatgtcatgaatataaatgggtctacttgtatgcttgtataaatttcttggaactcatttcatgtattcttgatgtcccctgtgacagGTTGCTTTGAGTTACACAGTGGGGGCTGTTGCCAGCTTCTTGTATCTTCAACTTCTTTATCACCACACGGATAATA
TATCCAAGGAGAAGTTGGCAGAAGTCTTTACTCGCAAGAGAATCAAGAAGATTGGCATCCGCAGTGATGATCTAAGGGATGCATTTGAGAAAACTGTGAGAGGAAGTGCTATAGCTCTTTCGTCTCCTCGCTTGGTAATCCCAGCTGCAATATTTGGTTTTTGGTCTTTATCAAAACATTACTTTGGTGAATCCTTTGAC
TTCCAGCTTGCGCCAGCAGTTCTTGGGTTATTTGCATACAAAGGTGCAGCACTGGTTCAAGCTTATCGGGACAATGAGGATTTGCTCATCATATTTCCCAAAGATGAAGAAATTTAGAGGGTGAAAAGCATCGGCAGAAATCTGTTAATCATAATGACAATAGCTTCTCAGTTTTCTTCATTTCAAACGATGGCAGTGGC
ATGCTCTTATGGTGGGATTTTGTTCCACATTATCTCCTCATTCAGATAGAGACTAGCAATTTTGCTCTCTGCATCAGACTGAAGAACAAATTTTACGAAGGTTGTGCAATTCAATATAAAGTCAACTATGTCTCCAAGAGATTTGCGATGTAATTTTTTATATGTAAACAGATGGAAAAGTTGTACAATCTCCTTTGGCT
CCTTGCTAGTTCAGTTGCAACTACTAGGTAACCTCATACATCTGTAGACAATTTATGAATGCGGGGTATGAGATGGAGCTTACTATTGAAGGCAAGATTTTAATTTATTGATTAACCCTTGTATTTATTCATGAAAGGTGAAAGAACCAGGAGTCGTCGTTTCTTAATCCAATAAATGATATTATCATCACTGTCGTGTT
TGTTGGTTTGCGTGCAGTATTATGACCATTTTAACATTGGTGCTTGCTTTATTCCCGACCCTGTAATTTTTCATGTCATAAAAGAGCTTACGTTGTGACATGTGATGTCTGAATACCTATAAAGGGAAAATCTCATCCG

Intron 2 GTATGGTCTT ... TGCATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	40	33	22	12
A2	28	18	7	7
A3	44	14	11	4
A4	36.96	29	17	12
A5	31.25	11	5	1
A6	17.91	110	24	3
A7	21.21	156	42	0
A8	15.09	90	16	0
A9	19.74	122	30	3
A10	15.79	112	21	4

>TRINITY_DN123061_c0_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGTAAAACTCATCGCGATAATGTTGCAGATATTTATTCCAACGGGACCAGATGATATAATAATAATAATAATAATTACGACATTCTCGTGCTTGCTATTCACCAGAAATGGAAACCCTGCAGCTAAATACCTTCAGTCGTTCGGTTCACCACCCCAGCTTTGGCAGAAAGCAGCCATTACACTCAACTTACCGGAGATG
GAGAATCCTTGCTGTCACTAAAACTACTCGCCCTGCCAATGAGCTCTCGGGGCAAGATCTGTTTGAATTATTTTTGCAAGAAAGACGGATTACTGGAGATTTTGTCTCCAAAACTTCTGATATGCTTTGGAAAAAGGAAGTTTTGGAAGTGGAGGAGTCCAGAAGAGTGGATTTGAAAGAAAAACTTCAACAGCCTCAAA
AGATAACTGATGGTGAAAGTGGAGGAGGCTTCTTGAAGCTAAGTGGTGCCAGAAAGTGGGTTTCTGGTGATGGTGAAGTTCCAGTAAATGAAACTGCTTCTACAGTTCAATGGAAAACAGATCGCGTAAATAGGAAGAGGATGGGGCTTCTGGAGTATGAAGCTTTAAAAAGGGAGCTTTTGCTTATTACAGCTGGTATT
GCAGCAGCTTGCAGTGGTTACTGCTTCTTTATTTTCTCTCCCCAGGTTGCTTTGAGTTACACAGTGGGGGCTGTTGCCAGCTTCTTGTATCTTCAACTTCTTTATCACCACACGGATAATATATCCAAGGAGAAGTTGGCAGAAGTCTTTACTCGCAAGAGAATCAAGAAGATTGGCATCCGCAGTGATGATCTAAGGGA
TGCATTTGAGAAAACTGTGAGAGGAAGTGCTTTAGCTCTTTCTTCTCCTCGATTGGTAATCCCAGCTGCAATATTTGGTTTTTGGTCTTTATCAAAACATTACTTTGGTGAATCCTTTGACTTCCAGCTTGCGCCAGCAGTTCTTGGGTTATTTGCATACAAAGGTGCAGCACTGGTTCAAGCTTATCGGGACAATGAGG
ATTTGCTCATCATATTTCCCAAAGATGAAGAAATTTAGAGGGTGAAAAGCATTGGCAGAAATCTGTTAATCATAGTGACAATAGCTTCTCAGTTTTCTTCATTTCAAACGATGGCAGTGGCATGCTCTTATGGTGGGATTTTGTTCCACATTATCTCCTCATTCAGATAGAGACTAGCAATTTTGCTCTCTGCATCAGAC
TGAAGAACAAATTTTACGAAGGTTGTGCAATTCAATATAAAGTCAACTATGTCTCCAAGAGATTTGCGATGTAATTTTTTATATGTAAACAGATGGAAAAGTTGTACAATCTCCTTTGGCTCCTTGCTAGTTCAGTTGCAACTACTAGGTAACCTCATACATCTGTAGACAATTTATGAATGCGGGGTATGAGATGGAGC
TTACTATTGAAGGCAAGATTTTAATTTATTGATTAACCCTTGTATTTATTCATGAAAGGTGAAAGAACCAGGAGTCGTCGTTTCTTAATCCAATAAATGATATTATCATCACTGTCGTGTTTGTTGGTTTGCGTGCAGTATTATGACCATTTTAACATTGGTGCTTGCTTTATTCCCGACCCTGTAATTTTTCATGTCAT
AAAAGAGCTTACGTTGTGACATGTGATGTCTGAATACCTATAAAGGGAAAATCTCATCCG

>TRINITY_DN123061_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGTAAAACTCATCGCGATAATGTTGCAGATATTTATTCCAACGGGACCAGATGATATAATAATAATAATAATAATTACGACATTCTCGTGCTTGCTATTCACCAGAAATGGAAACCCTGCAGCTAAATACCTTCAGTCGTTCGGTTCACCACCCCAGCTTTGGCAGAAAGCAGCCATTACACTCAACTTACCGGAGATG
GAGAATCCTTGCTGTCACTAAAACTACTCGCCCTGCCAATGAGCTCTCGGGGCAAGATCTGTTTGAATTATTTTTGCAAGAAAGACGGATTACTGGAGATTTTGTCTCCAAAACTTCTGATATGCTTTGGAAAAAGGAAGTTTTGGAAGTGGAGGAGTCCAGAAGAGTGGATTTGAAAGAAAAACTTCAACAGCCTCAAA
AGATAACTGATGGTGAAAGTGGAGGAGGCTTCTTGAAGCTAAGTGGTGCCAGAAAGTGGGTTTCTGGTGATGGTGAAGTTCCAGTAAATGAAACTGCTTCTACAGTTgtatggtcttccctttctcaccctatctttttcctttccacctgacatgaatttttatttattttttgttccatttttagagtggaagaagaa
ttaaattaaatggaatttttggagtaattgtatgcatgctcgtcatttcccagcattgcttatcaaatccagtttttcctttaattgcagactcttgtgattttaatatccaatttggggcctatttatgcctcattgcctatgctaaacgaaagaaagctatattcttgcacaagtgtgtgaacttctttgcataagtg
tgtgaaagaaagctatattcttgcataagggtgtgattttgttttaccttagttctctactacagcagaggactcttatgcctgggatactttctcatctcatgggattatggtatgtttttgacccatttcttctgaagaggaaaggttccttttctcccaaggattttgagaaagtgatgaaatagaggtcttattgc
ttagatcttaattgaatgctaagcatctcttcagttacaagtggaatatatattttacctaaataaaattataaaataagatgatttttgttatatcagcctaataaggccatggagacgatttttcaatcatttcaaattgcatttctgtttttcttttagaaatgctttccccaatggaactactctatgaaggcatt
atggaggtaccatagtattgataggaaatgtcactgcgttagaaattgagtgctctttggaattccagaaaaatctcgtcaaacctctatattttggaaagtatgcaatctagttatatcatagtagatcaattgcataattgatgtggcatgattttgtgtgttgtgcattgcagCAATGGAAAACAGATCGCGTAAAT
AGGAAGAGGATGGGGCTTCTGGAGTATGAAGCTGTAAGAAATACTGACATGCAAACTCATCACATGTACACAAAATTGGCATATTTCCACCAAGTTGAAAGGAATTTCTCTTGCATTATATCGAGATTCAATTGAAATCCTTAGATTGTAGTGTTGGATGTGAGTTAACCACAGTGTTTGAATATGGTTTGCATAAGCAT
GAAAAATGTTTTGCTCGCTTTGGCAGTAACTACTATGCTTTTCAATTGCACAGCTTCTAGGTTTATTTATACATGAGTTTTTTTTAGAACACTTGGCACCACTCTTTAGGAGTACTAGGAGTCTAGGACAATCTGGGG

Intron 3 GTATTTATAC ... ACTACCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	31.58	24	17	5.2
A2	56.1	9	18	5
A3	39.13	14	11	7
A4	41.18	10	11	3
A5	44.44	5	4	4
A6	37.21	71	44	40.2
A7	36.23	82	61	32.2
A8	39.92	79	61	44
A9	37.86	64	56	22
A10	40.12	50	48	19

>TRINITY_DN123061_c0_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGTAAAACTCATCGCGATAATGTTGCAGATATTTATTCCAACGGGACCAGATGATATAATAATAATAATAATAATTACGACATTCTCGTGCTTGCTATTCACCAGAAATGGAAACCCTGCAGCTAAATACCTTCAGTCGTTCGGTTCACCACCCCAGCTTTGGCAGAAAGCAGCCATTACACTCAACTTACCGGAGATG
GAGAATCCTTGCTGTCACTAAAACTACTCGCCCTGCCAATGAGCTCTCGGGGCAAGATCTGTTTGAATTATTTTTGCAAGAAAGACGGATTACTGGAGATTTTGTCTCCAAAACTTCTGATATGCTTTGGAAAAAGGAAGTTTTGGAAGTGGAGGAGTCCAGAAGAGTGGATTTGAAAGAAAAACTTCAACAGCCTCAAA
AGATAACTGATGGTGAAAGTGGAGGAGGCTTCTTGAAGCTAAGTGGTGCCAGAAAGTGGGTTTCTGGTGATGGTGAAGTTCCAGTAAATGAAACTGCTTCTACAGTTCAATGGAAAACAGATCGCGTAAATAGGAAGAGGATGGGGCTTCTGGAGTATGAAGCTTTAAAAAGGGAGCTTTTGCTTATTACAGCTGGTATT
GCAGCAGCTTGCAGTGGTTACTGCTTCTTTATTTTCTCTCCCCAGGTTGCTTTGAGTTACACAGTGGGGGCTGTTGCCAGCTTCTTGTATCTTCAACTTCTTTATCACCACACGGATAATATATCCAAGGAGAAGTTGGCAGAAGTCTTTACTCGCAAGAGAATCAAGAAGATTGGCATCCGCAGTGATGATCTAAGGGA
TGCATTTGAGAAAACTGTGAGAGGAAGTGCTTTAGCTCTTTCTTCTCCTCGATTGGTAATCCCAGCTGCAATATTTGGTTTTTGGTCTTTATCAAAACATTACTTTGGTGAATCCTTTGACTTCCAGCTTGCGCCAGCAGTTCTTGGGTTATTTGCATACAAAGGTGCAGCACTGGTTCAAGCTTATCGGGACAATGAGG
ATTTGCTCATCATATTTCCCAAAGATGAAGAAATTTAGAGGGTGAAAAGCATTGGCAGAAATCTGTTAATCATAGTGACAATAGCTTCTCAGTTTTCTTCATTTCAAACGATGGCAGTGGCATGCTCTTATGGTGGGATTTTGTTCCACATTATCTCCTCATTCAGATAGAGACTAGCAATTTTGCTCTCTGCATCAGAC
TGAAGAACAAATTTTACGAAGGTTGTGCAATTCAATATAAAGTCAACTATGTCTCCAAGAGATTTGCGATGTAATTTTTTATATGTAAACAGATGGAAAAGTTGTACAATCTCCTTTGGCTCCTTGCTAGTTCAGTTGCAACTACTAGGTAACCTCATACATCTGTAGACAATTTATGAATGCGGGGTATGAGATGGAGC
TTACTATTGAAGGCAAGATTTTAATTTATTGATTAACCCTTGTATTTATTCATGAAAGGTGAAAGAACCAGGAGTCGTCGTTTCTTAATCCAATAAATGATATTATCATCACTGTCGTGTTTGTTGGTTTGCGTGCAGTATTATGACCATTTTAACATTGGTGCTTGCTTTATTCCCGACCCTGTAATTTTTCATGTCAT
AAAAGAGCTTACGTTGTGACATGTGATGTCTGAATACCTATAAAGGGAAAATCTCATCCG

>TRINITY_DN123061_c0_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGTAAAACTCATCGCGATAATGTTGCAGATATTTATTCCAACGGGACCAGATGATATAATAATAATAATAATAATTACGACATTCTCGTGCTTGCTATTCACCAGAAATGGAAACCCTGCAGCTAAATACCTTCAGTCGTTCGGTTCACCACCCCAGCTTTGGCAGAAAGCAGCCATTACACTCAACTTACCGGAGATG
GAGAATCCTTGCTGTCACTAAAACTACTCGCCCTGCCAATGAGCTCTCGGGGCAAGATCTGTTTGAATTATTTTTGCAAGAAAGACGGATTACTGGAGATTTTGTCTCCAAAACTTCTGATATGCTTTGGAAAAAGGAAGTTTTGGAAGTGGAGGAGTCCAGAAGAGTGGATTTGAAAGAAAAACTTCAACAGCCTCAAA
AGATAACTGATGGTGAAAGTGGAGGAGGCTTCTTGAAGCTAAGTGGTGCCAGAAAGTGGGTTTCTGGTGATGGTGAAGTTCCAGTAAATGAAACTGCTTCTACAGTTCAATGGAAAACAGATCGCGTAAATAGGAAGAGGATGGGGCTTCTGGAGTATGAAGCTTTAAAAAGGGAGCTTTTGCTTATTACAGCTGGTATT
GCAGCAGCTTGCAGTGGTTACTGCTTCTTTATTTTCTCTCCCCAGGTTGCTTTGAGTTACACAGTGGGGGCTGTTGCCAGCTTCTTGTATCTTCAACTTCTTTATCACCACACGGATAATATATCCAAGGAGAAGTTGGCAGAAGTCTTTACTCGCAAGAGAATCAAGAAGATTGGCATCCGCAGTGATGATCTAAGGGA
TGCATTTGAGAAAACTGTGAGAGGAAGTGCTTTAGCTCTTTCTTCTCCTCGATTGGTAATCCCAGCTGCAATATTTGGTTTTTGGTCTTTATCAAAACATTACTTTGGTGAATCCTTTGACTTCCAGCTTGCGCCAGCAGTTCTTGGGTTATTTGCATACAAAGGTGCAGCACTGGTTCAAGCTTATCGGGACAATGAGG
ATTTGCTCATCATATTTCCCAAAGATGAAGAAATTTAGAGGGTGAAAAGCATTGGCAGAAATCTGTTAATCATAGTGACAATAGgtatttatacaaccaccagttccaagtaaaagtaataattgattaacaggaagtcaatcattctactggtattgaaattagtctgcccatcaatttatttgtagtggcattatgtt
ccctgcattgggaaattgtacttttatgtcttaacatgtgtatgtgtatgcagtcttagaaactacaagttgcgttcctgtatgtaagatggattgaccgcttccagtttatctgtcaattttttagtaatgatatgtgtgtgcaaaagaggcaatggacatatctaacatgttgcaacaagaggatttattgttttgaa
tcaatttgtttattaactacaaacttttctactacctcagCTTCTCAGTTTTCTTCATTTCAAACGATGGCAGTGGCATGCTCTTATGGTGGGATTTTGTTCCACATTATCTCCTCATTCAGATAGAGACTAGCAATTTTGCTCTCTGCATCAGACTGAAGAACAAATTTTACGAAGGTTGTGCAATTCAATATAAAGTC
AACTATGTCTCCAAGAGATTTGCGATGTAATTTTTTATATGTAAACAGATGGAAAAGTTGTACAATCTCCTTTGGCTCCTTGCTAGTTCAGTTGCAACTACTAGGTAACCTCATACATCTGTAGACAATTTATGAATGCGGGGTATGAGATGGAGCTTACTATTGAAGGCAAGATTTTAATTTATTGATTAACCCTTGTA
TTTATTCATGAAAGGTGAAAGAACCAGGAGTCGTCGTTTCTTAATCCAATAAATGATATTATCATCACTGTCGTGTTTGTTGGTTTGCGTGCAGTATTATGACCATTTTAACATTGGTGCTTGCTTTATTCCCGACCCTGTAATTTTTCATGTCATAAAAGAGCTTACGTTGTGACATGTGATGTCTGAATACCTATAAA
GGGAAAATCTCATCCG

Intron 4 GTATGATATT ... AATTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	32.47	52	25	3
A2	20.36	35.3	9	7
A3	31.29	30.8	14	4
A4	34.45	34.3	18	8
A5	43.68	15.5	12	2
A6	18.72	87.3	20	0
A7	19.38	155	37	4
A8	24.93	66.5	22	0
A9	24.75	110	36	0
A10	27.03	111	41	1

>TRINITY_DN104057_c3_g1_i2 from sample A4 / Example spliced isoform

GTGTTCTCAGCTTATGTACAGTCAAATTTAGAGTATATTTTCTTTGTTCATGGAATTTTCTTTTGAAATTATCTTAGTCAAAAGAGTTTCTGACATGGCATATGGCAGCCAATGAGCTCTCGGGGCAAGATCTGTTTGAATTATTTTTGCAAGAAAGACGGATTACTGGAGATTTTGTCTCCAAAACTTCTGATATGCTT
TGGAAAAAGGAAGTTTTGGAAGTGGAGGAGTCCAGAAGAGTGGATTTGAAAGAAAAACTTCAACAGCCTCAAAAGATAACTGATGGTGAAAGTGGAGGAGGCTTCTTGAAGCTAAGTGGTGCCAGAAAGTGGGTTTCTGGTGATGGTGAAGTTCCAGTAAATGAAACTGCTTCTACAGTTCAATGGAAAACAGATCGTGG
AAATAGAAAGAGGATGGGGCTTCTGGAGTATGAAGCTTTAAAAAGGGAGCTTTTGCTTATTACAGCTGGTATTGCAGCAGCTTGCAGTGGTTACTGCTTCTTTATTTTCTCTCCCCAGGTTGCTTTGAGTTACACAGTGGGGGCTGTTGCCAGCTTCTTGTATCTTCAACTTCTTTATCACCACACGGATAATATATCCA
AGGAGAAGTTGGCAGATGTCTTTACTCGCAAGAGAATCAAGAAGATTGGCATCCGCAGTGATGATCTAAGGGATGCATTTGAGAAAACTGTGAGAGGAAGTGCTTTAGCTCTTTCTTCTCCTCGATTGGTAATCCCAGCTGCAATATTTGGTTTTTGGGCTTTATCAAAACATTACTTTGGTGAATCCTTTGACTTCCAG
CTTGCGCCAGCAGTTCTTGGGTTATTTGCATACAAAGGTGCAGCACTGGTTCAAGCTTATCGGGACAATGAGGATTTGCTCATCATATTTCCCAAAGATGAAGAAATTTAGAGGGTGAAAAGCATCGGCAGAAATCTGTTAATCATAATGACAATAGTGGCATGCTCTTATGGTGGGATTTTGTTCCACATTATCTCCTC
ATTCAGATAGAGACTAGCAATTTTGCTCTCTGCATCAGACTGAAGAACAAATTTTACGAAGGTTGTGCAATTCAATATAAAGTCAACTATGTCTCCAAGAGATTTGCGATGTAATTTTTTATATGTAAACAGATGGAAAAGTTGTACCATCTCCTTTGGCTCCTTGCTAGTTCAGTTGCAACTACTAGGTAACCTCAGAC
ATCTGTAGACAATTTATGAATGCGGGGTATGAGATGGAGCTTACTATTGAAGGCAAGATTTTAATTAATTGATTAACCCTTGTATTTATTCATGAAAGGTGAAAGAACCAGGAGTCGTCGTTTCTTAATCC

>TRINITY_DN104057_c3_g1_i8 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GTGTTCTCAGCTTATGTACAGTCAAATTTAGAGTATATTTTCTTTGTTCATGGAATTTTCTTTTGAAATTATCTTAGTCAAAAGAGTTTCTGACATGGCATATGGCAGCCAATGAGCTCTCGGGGCAAGATCTGTTTGAATTATTTTTGCAAGAAAGACGGATTACTGGAGATTTTGTCTCCAAAACTTCTGATATGCTT
TGGAAAAAGGAAGTTTTGGAAGTGGAGGAGTCCAGAAGAGTGGATTTGAAAGAAAAACTTCAACAGCCTCAAAAGgtatgatattatcgactgaattcactgacacataaaattttttctgattgagtttgccagtactttttgtagctcccttaagaagatttatggaatctatagtgcctctttatttcatatggacc
agttggaagctaactgttcttttatgtgagaaatttttcagATAACTGATGGTGAAAGTGGAGGAGGCTTCTTGAAGCTAAGTGGTGCCAGAAAGTGGGTTTCTGGTGATGGTGAAGTTCCAGTAAATGAAACTGCTTCTACAGTTGTATGGTCTTCCCTTTCTCACCCTATCTTTTTCCTTTCCACCTGACATGAATTT
TTATTTATTTTTTGTTCCATTTTTAGAGTGGAAGAAGAATTAAATTAAATGGAATTTTTGGAGTAATTGTATGCATGCTCGTCATTTCCCAGCATTGCTTATCAAATCCAGTTTTTCCTTTAATTGCAGACTCTTGTGATTTTAATATCCAATTTGGGGCCTATTTATGCCTCATTGCCTATGCTAAACGAAAGAAAGCT
ATATTCTTGCACAAGTGTGTGAACTTCTTTGCATAAGTGTGTGAAAGAAAGCTATATTCTTGCATAAGGGTGTGATTTTGTTTTACCTTAGTTCTCTACTACAGCAGAGGACTCTTATGCCTGGGATACTTTCTCATCTCATGGGATTATGGTATGTTTTTGACCCATTTCTTCTGAAGAGGAAAGGTTCCTTTTCTCCC
AAGGATTTTGAGAAAGTGATGAAATAGAGGTCTTATTGCTTAGATCTTAATTGAATGCTAAGCATCTCTTCAGTTACAAGCGGA

Intron 5 GTATTTATAC ... ACGATGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60	7	17	4
A2	58.97	8	18	5
A3	50	12	11	13
A4	46.67	8	11	3
A5	37.93	9	4	7
A6	45.62	59	44	55
A7	43.59	66	61	41
A8	51.97	55	61	58
A9	46.37	48	56	27
A10	42.68	45	48	19

>TRINITY_DN111286_c3_g2_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

AAAAACATGAAAAAACTCGACGGGGCAGTAACTAACAAAAACAAAAATAACAAAATAGTTCACTGCATTTATGTAAAACCCTAGGGATAAGCCTGGTGAGAACGGGTAAAACTCATCGCGATAATGTTGCAGATATTTATTCCAACGGGACCAGATGATATAATAATAATAATAATAATTACGACATCCTCGTGCTTGCT
ATTCACCAGAAATGGAAACCCTGCAGCTAAATACCTTCAGTCGTTCGGTTTACCACCCCAGCTTTGGCAGAAAGCAGCCATTACCCTCAACTTACCGGAGATGGAGAATCCTTGCTGTCACTAAAACTACTCGCCCTGCCAATGAGCTCTCGGGGCAAGATCTGTTTGAATTATTTTTGCAAGAAAGACGGATTACTGGA
GATTTTGTCTCCAAAACTTCTGATATGCTTTGGAAAAAGGAAGTTTTGGAAGTGGAGGAGTCCAGAAGAGTGGATTTGAAAGAAAAACTTCAACAGCCTCAAAAGATAACTGATGGTGAAAGTGGAGGAGGCTTCTTGAAGCTAAGTGGTGCCAGAAAGTGGGTTTCTGGTGATGGTGAAGTTCCAGTAAATGAAACTGC
TTCTACAGTTCAATGGAAAACAGATCGTGGAAATAGAAAGAGGATGGGGCTTCTGGAGTATGAAGCTTTAAAAAGGGAGCTTTTGCTTATTACAGCTGGTATTGCAGCAGCTTGCAGTGGTTACTGCTTCTTTATTTTCTCTCCCCAGGTTGCTTTGAGTTACACAGTGGGGGCTGTTGCCAGCTTCTTGTATCTTCAAC
TTCTTTATCACCACACGGATAATATATCCAAGGAGAAGTTGGCAGAAGTCTTTACTCGCAAGAGAATCAAGAAGATTGGCATCCGCAGTGATGATCTAAGGGATGCATTTGAGAAAACTGTGAGAGGAAGTGCTATAGCTCTTTCGTCTCCTCGCTTGGTAATCCCAGCTGCAATATTTGGTTTTTGGTCTTTATCAAAA
CATTACTTTGGTGAATCCTTTGACTTCCAGCTTGCGCCAGCAGTTCTTGGGTTATTTGCATACAAAGGTGCAGCACTGGTTCAAGCTTATCGGGACAATGAGGATTTGCTCATCATATTTCCCAAAGATGAAGAAATTTAGAGGGTGAAAAGCATTGGCAGAAATCTGTTAATCATAGTGACAATAGTGGCATGCTCTTA
TGGTGGGATTTTGTTCCACATTATCTCCTCATTCAGATAGAGACTAGCAATTTTGCTCTCTGCATCAGACTGAAGAACAAATTTTACGAAGGTTGTGCAATTCAATATAAAGTCAACTATGTCTCCAAGAGATTTGCGATGTAATTTTTTATATGTAAACAGATGGAAAAGTTGTACCATCTCCTTTGGCTCCTTGCTAG
TTCAGTTGCAACTACTAGGTAACCTCAGACATCTGTAGACAATTTATGAATGCGGGGTATGAGATGGAGCTTACTATTGAAGGCAAGATTTTAATTAATTGATTAACCC

>TRINITY_DN111286_c3_g2_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AAAAACATGAAAAAACTCGACGGGGCAGTAACTAACAAAAACAAAAATAACAAAATAGTTCACTGCATTTATGTAAAACCCTAGGGATAAGCCTGGTGAGAACGGGTAAAACTCATCGCGATAATGTTGCAGATATTTATTCCAACGGGACCAGATGATATAATAATAATAATAATAATTACGACATCCTCGTGCTTGCT
ATTCACCAGAAATGGAAACCCTGCAGCTAAATACCTTCAGTCGTTCGGTTTACCACCCCAGCTTTGGCAGAAAGCAGCCATTACCCTCAACTTACCGGAGATGGAGAATCCTTGCTGTCACTAAAACTACTCGCCCTGCCAATGAGCTCTCGGGGCAAGATCTGTTTGAATTATTTTTGCAAGAAAGACGGATTACTGGA
GATTTTGTCTCCAAAACTTCTGATATGCTTTGGAAAAAGGAAGTTTTGGAAGTGGAGGAGTCCAGAAGAGTGGATTTGAAAGAAAAACTTCAACAGCCTCAAAAGATAACTGATGGTGAAAGTGGAGGAGGCTTCTTGAAGCTAAGTGGTGCCAGAAAGTGGGTTTCTGGTGATGGTGAAGTTCCAGTAAATGAAACTGC
TTCTACAGTTCAATGGAAAACAGATCGTGGAAATAGAAAGAGGATGGGGCTTCTGGAGTATGAAGCTTTAAAAAGGGAGCTTTTGCTTATTACAGCTGGTATTGCAGCAGCTTGCAGTGGTTACTGCTTCTTTATTTTCTCTCCCCAGGTTGCTTTGAGTTACACAGTGGGGGCTGTTGCCAGCTTCTTGTATCTTCAAC
TTCTTTATCACCACACGGATAATATATCCAAGGAGAAGTTGGCAGAAGTCTTTACTCGCAAGAGAATCAAGAAGATTGGCATCCGCAGTGATGATCTAAGGGATGCATTTGAGAAAACTGTGAGAGGAAGTGCTATAGCTCTTTCGTCTCCTCGCTTGGTAATCCCAGCTGCAATATTTGGTTTTTGGTCTTTATCAAAA
CATTACTTTGGTGAATCCTTTGACTTCCAGCTTGCGCCAGCAGTTCTTGGGTTATTTGCATACAAAGGTGCAGCACTGGTTCAAGCTTATCGGGACAATGAGGATTTGCTCATCATATTTCCCAAAGATGAAGAAATTTAGAGGGTGAAAAGCATTGGCAGAAATCTGTTAATCATAGTGACAATAGgtatttatacaac
caccagttccaagtaaaagtaataattgattaacaggaagtcaatcattctactggtattgaaattagtctgcccatcaatttatttgtagtggcattatgttccctgcattgggaaattgtacttttatgtcttaacatgtgtatgtgtatgcagtcttagaaactacaagttgcgttcctgtatgtgagatggattga
ccgcttccagtttatctgtcaattttttagtaattatatgtgtgtgcaaaagaggcagtggacatatctaacatgttgcaacaagaggatttattgtattgaatcaatttgtttattaactacaaacttttctacctacctcagcttctcagttttcttcatttcaaacgatggcagTGGCATGCTCTTATGGTGGGATT
TTGTTCCACATTATCTCCTCATTCAGATAGAGACTAGCAATTTTGCTCTCTGCATCAGACTGAAGAACAAATTTTACGAAGGTTGTGCAATTCAATATAAAGTCAACTATGTCTCCAAGAGATTTGCGATGTAATTTTTTATATGTAAACAGATGGAAAAGTTGTACCATCTCCTTTGGCTCCTTGCTAGTTCAGTTGCA
ACTACTAGGTAACCTCAGACATCTGTAGACAATTTATGAATGCGGGGTATGAGATGGAGCTTACTATTGAAGGCAAGATTTTAATTAATTGATTAACCC

Intron 6 GTATTTATAC ... ACGATGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A5	37.93	9	4	7
A6	45.62	59	44	55
A7	43.59	66	61	41
A8	51.97	55	61	58
A9	46.37	48	56	27
A10	42.68	45	48	19

>TRINITY_DN44753_c0_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoform

TATGTCCATGCTGTAGATCGTGTTAGTTCTAGTTATTTGTTAAAGAAAGAAAAGACAAAGGTTCATTTTTAAATTCTGATCAAAGCTTATATCTTGTGCAGCTTCTTGTATCTTCAACTTCTTTATCACCACACGGATAATATATCCAAGGAGAAGTTGGCAGATGTCTTTACTCGCAAGAGAATCAAGAAGATTGGCAT
CCGCAGTGATGATCTAAGGGATGCATTTGAGAAAACTGTGAGAGGAAGTGCTTTAGCTCTTTCTTCTCCTCGATTGGTAATCCCAGCTGCAATATTTGGTTTTTGGGCTTTATCAAAACATTACTTTGGTGAATCCTTTGACTTCCAGCTTGCGCCAGCAGTTCTTGGGTTATTTGCATACAAAGGTGCAGCACTGGTTC
AAGCTTATCGGGACAATGAGGATTTGCTCATCATATTTCCCAAAGATGAAGAAATTTAGAGGGTGAAAAGCATTGGCAGAAATCTGTTAATCATAGTGACAATAGTGGCATGCTCTTATGGTGGGATTTTGTTCCACATTATCTCCTCATTCAGATAGAGACTAGCAATTTTGCTCTCTGCATCAGACTGAAGAACAAAT
TTTACGAAGGTTGTGCAATTCAATATAAAGTCAACTATGTCTCCAAGAGATTTGCGATGTAATTTTTTATATGTAAACAGATGGAAAAGTTGTACCATCTCCTTTGGCTCCTTGCCAGTTCAGTTGCAACTACTAGGTAACCTCATACATCTGTAGACAATTTATGAATGCGGGGTATGAGATGGAGCTTACTATTGAAG
GCAAGATTTTAATTAATTGATTAACCCTTGTATTTATTCATGAAAGGTGAAAGAACCAGGAGTCGTCGTTTCTTAATCCAATAAATGATATTATCATCACTGTCGTGTTTGTTGGTTTGCGTGCAGTATTATGACCATTTTAACATTGGTGCTTGCTTTATTCCCGACCCTGTAATTTTTCATGTCACAAAAGAGCTTAC
GTTGTGACATGTGATGTCTGAATACCCATAAAGGGAAAATCTCATCCGTTCCAAAACATTTCTAGTAATGTACCACAATGCTCTATTGAGTTTTCAAATGGTTGTGTTCTCTCCCATCACATAAACACATGTTAAAACAATATTTACAACTGGCATGCAACTTATTTCGCATTTTCCCC

>TRINITY_DN44753_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CGACGGGGCAGTAACTAACAAAAACAAAAATAACAAAATAGTTCACTGCATTTATGTAAAACCCTAGGGATAAGCCTGGTGAGAACGGGTAAAACTCATCGCGATAATGTTGCAGATATTTATTCCAACGGGACCAGATGATATAATAATAATAATAATAATTACGACATTCTCGTGCTTGCTATTCACCAGAAATGGAA
ACCCTGCAGCTAAATACCTTCAGTCGTTCGGTTCACCACCCCAGCTTTGGCAGAAAGCAGCCATTACACTCAACTTACCGGAGATGGAGAATCCTTGCTGTCACTAAAACTACTCGCCCTGCCAATGAGCTCTCGGGGCAAGATCTGTTTGAATTATTTTTGCAAGAAAGACGGATTACTGGAGATTTTGTCTCCAAAAC
TTCTGATATGCTTTGGAAAAAGGAAGTTTTGGAAGTGGAGGAGTCCAGAAGAGTGGATTTGAAAGAAAAACTTCAACAGCCTCAAAAGATAACTGATGGTGAAAGTGGAGGAGGCTTCTTGAAGCTAAGTGGTGCCAGAAAGTGGGTTTCTGGTGATGGTGAAGTTCCAGTAAATGAAACTGCTTCTACAGTTCAATGGA
AAACAGATCGCGTAAATAGGAAGAGGATGGGGCTTCTGGAGTATGAAGCTTTAAAAAGGGAGCTTTTGCTTATTACAGCTGGTATTGCAGCAGCTTGCAGTGGTTACTGCTTCTTTATTTTCTCTCCCCAGGTTGCTTTGAGTTACACAGTGGGGGCTGTTGCCAGCTTCTTGTATCTTCAACTTCTTTATCACCACACG
GATAATATATCCAAGGAGAAGTTGGCAGATGTCTTTACTCGCAAGAGAATCAAGAAGATTGGCATCCGCAGTGATGATCTAAGGGATGCATTTGAGAAAACTGTGAGAGGAAGTGCTTTAGCTCTTTCTTCTCCTCGATTGGTAATCCCAGCTGCAATATTTGGTTTTTGGGCTTTATCAAAACATTACTTTGGTGAATC
CTTTGACTTCCAGCTTGCGCCAGCAGTTCTTGGGTTATTTGCATACAAAGGTGCAGCACTGGTTCAAGCTTATCGGGACAATGAGGATTTGCTCATCATATTTCCCAAAGATGAAGAAATTTAGAGGGTGAAAAGCATTGGCAGAAATCTGTTAATCATAGTGACAATAGgtatttatacaaccaccagttccaagtaaa
agtaataattgattaacaggaagtcaatcattctactggtattgaaattagtctgcccatcaatttatttgtagtggcattatgttccctgcattgggaaattgtacttttatgtcttaacatgtgtatgtgtatgcagtcttagaaactacaagttgcgttcctgtatgtaagatggattgaccgcttccagtttatct
gtcaattttttagtaattatatgtgtgtgcaaaagaggcagtggacatatctaacatgttgcaacaagaggatttattgtattgaatcaatttgtttattaactacaaacttttctactacctcagcttctcagttttcttcatttcaaacgatggcagTGGCATGCTCTTATGGTGGGATTTTGTTCCACATTATCTCC
TCATTCAGATAGAGACTAGCAATTTTGCTCTCTGCATCAGACTGAAGAACAAATTTTACGAAGGTTGTGCAATTCAATATAAAGTCAACTATGTCTCCAAGAGATTTGCGATGTAATTTTTTATATGTAAACAGATGGAAAAGTTGTACCATCTCCTTTGGCTCCTTGCCAGTTCAGTTGCAACTACTAGGTAACCTCAT
ACATCTGTAGACAATTTATGAATGCGGGGTATGAGATGGAGCTTACTATTGAAGGCAAGATTTTAATTAATTGATTAACCCTTGTATTTATTCATGAAAGGTGAAAGAACCAGGAGTCGTCGTTTCTTAATCCAATAAATGATATTATCATCACTGTCGTGTTTGTTGGTTTGCGTGCAGTATTATGACCATTTTAACAT
TGGTGCTTGCTTTATTCCCGACCCTGTAATTTTTCATGTCACAAAAGAGCTTACGTTGTGACATGTGATGTCTGAATACCCATAAAGGGAAAATCTCATCCGTTCCAAAACATTTCTAGTAATGTACCACAATGCTCTATTGAGTTTTCAAATGGTTGTGTTCTCTCCCATCACATAAACACATGTTAAAACAATATTTA
CAACTGGCATGCAACTTATTTCGCATTTTCCCC