sp|Q9C5L3|GLPT1_ARATH ----> Putative glycerol-3-phosphate transporter 1

Intron 1 GTAACATTTA ... TTTCTCGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	58.62	12	25	9
A2	68	8	28	6
A3	81.82	6	37	17
A4	85.71	2	16	8
A5	88.24	1	7	8
A6	67.86	9	19	19
A7	70.59	15	42	30
A8	60.87	9	14	14
A9	57.14	21	37	19
A10	67.41	22	58	33

>TRINITY_DN46657_c0_g1_i2 from sample A10 / Example spliced isoform

CAAACATCAGAGAAGGCAGGGAGGGTCTATCCGTGTTTGCACCCGCTGCGTTTTTCAGGCTTATTTATTGCCGTTTTGTTTCAGTTGAATAATTATTCAGAGAGACGCACGGGAAAATTCAATGTCTCATGCGTTATGAAGTCTCAAGCTCCAGAAACCGATTCGGTGAAGAATTTGAAGAAATCTTGCTTTAAGTTGGA
TTTGGCAGAGGACTTAATCCCGCTGATATCCTGCAAGACTCAGTAGAAGTGTCGATGCCTAGATTTGAAGAAGAAAGTATGGGCTCTAAAGTTCCTCCTGGTGTCAGGCTCATTTCAAGATTGAAGTCCTGCAAACCGAGCCGCAGCGCATACCGAACTTCTGTTCTGATATTGACCTTCATCGCATATGCATCCTACCA
TGCTTCGAGAAAGCCTTCCTCTATTGTTAAAAGTGCCCTGGATCCTCATAATACCAAATCTTTGACAACGAGGGATAGCGGTGTATTGACTAATACATATCCTTGGCTTCTGGATCGTATCTCCATCGAACACTCTGATTCAAACCTTCTGCAATTTGGGGGAAATCAATCTGTTAGCCTAGCAAACCTGAAGGATGGAT
GGGCTCCATTTAATGGAACTGATGGAACGGCTATTCTGGGAGAGATTGACGTGGCGTTCTTGGCTGTTTATTCACTGGGTATGTATTTTGCAGGACATCTCGGTGACCGCCTTGATCTGCGTATGCTTTTAACATTTGGTATGATTGGCAGCGGGGCCTGCGTTGCCTTGTTTGGGCTGGGCTACTGGTGGAATATACAT
AATTTCTCTTACTACCTAGTCGTTCAGATGATGGCGGGGCTATTTCAAGCGACTGGCTGGCCTTCCGTAGTTGCAGTAGTTGGGAATTGGTTTGGCAAGAGCAAGCGGGGACTGATAATGGGTATCTGGAATGCCCATACCTCTATTGGTAATATATGTGGCTCGCTTATTGCTGCCAGTGTTTTGCAGTATGGTTGGGG
TTGGTCTTTTGTTCTTCCTGGAGTTTTGGTAGCTTTTGCAGGAGTGACAGTCTTCATGTTCTTGGTGGTCACGCCCGAGGATGTTGGGTTTTCATCTACTTATGATCAGGATGCAGAGGGCATTCCAGCTAGAGATGCAAATAAAACGTTATTAGGAGATGTGGAAGATGGACTATCAGAGTCACCCCGAAAGCTAGTTG
TTGTAGTCGATTCGGAGCCTTCTTGTGATCGTACCAATCGAAAGAACGAGGGGGAAGAAGCTTTGAAAATCCCTCTTCTTCTATCCTTGGGAAGTTCATCCACCAAAACGGAGTGTGAGGCTATTGGGTTCATAGAGGCCTGGAAAATCCCTGGAGTAGCCCCTTTTGCATTATGCCTCTTTTTCTCCAAGCTTGTTGCC
TACACGTTTCTTTACTGGTTGCCATTCTACATCAGTCACGCAGCCATTGACGGTGAATATTTGTCAAATGAGACTGCGGGGAACCTATCGACACTATTTGATTTGGGTGGAGTAGTCGGTGGGATTCTGGCAGGACATATCTCTGATAAGCTTAATGCCAGGGCTATTACTGCAGCCAGCTTTATGTACTGTTCCATTCC
TGCGCTGTACTTGTATAGGATTTATGGGAGCGTTTCATTGCCCGTGAACATTGCACTGATGATGTTGGCGGGAATGCTTGTGAATGGACCCTACGCTCTTATCACAACAGCAGTTTCTGCTGATCTTGGCACACACAGCTCACTCAAAGGAAACTCACGGGCTTTAGCTACAGTGACAGCTATAATTGATGGAACTGGCT
CAGTGGGAGCGGCATTGGGTCCATTTTTGACAGGCTTTATTTCAGCCCAAGGGTGGAATGGAGTGTTCAATATGCTTATGGTTGCAGCATTCATTGCTGGGCTTCTTCTCACACGCCTGGTTATGGCGGAAATCATGGACAAAGTTCAGACGGCAAGGGACCATTCCCAAGAAAATTACGGAACATGATATTTCAGGTTG
GACTAACAGTTAATGTTAGGCACCAAGGTACCTTCGTTGCATTAGTCCTTCCATGTGTAAGGAACTTATACCACGCGTTGAGGAGGTCGTACGCCATATAAAGGAACGACAGCCCTTTTTTGTGGTTTTGGACGCTGGCAAAATGCCTATGAGGTTGGAAAGATTGTATAGAGTGGATAAACCAACCCTGTATTGTGGGT
TGTTGTTTCTATTTTCTTGTGAACAAGTATATGAATAGATCATTGTACATTGTTACCACCCATCTAGATAAAATCGAAAATTGATCAGGTTTCAATATCGTAACTATTGCGGCGGTGTTGTCATTTGCAATGTTGGGGGCGCTAGCGGGAGACTGGGAGTAGCTAGAGAGTTACGATGTCCTTTACATTAAGTCCCCCAG
TACTTTTGTTTCTATATTTCAAGACCTTCAGGGAAAGGTGAAAGGTGTATAGGTAGCACTTGTTGGCTACGTACCATGACTAACTACTCATTTGTCCTTAACGTTTTATATTGAATGGAGAAATCTTCATTTGATCTCCCTTTTTGGGGAGTTCACCATTGTATACAATATTGTGGAAAATAAAATTAGTTTGTAATTTG
AAAAAACAGAG

>TRINITY_DN46657_c0_g1_i4 from sample A10 / Example unspliced isoform:

CAAACATCAGAGAAGGCAGGGAGGGTCTATCCGTGTTTGCACCCGCTGCGTTTTTCAGGCTTATTTATTGCCGTTTTGTTTCAGTTGAATAATTATTCAGAGAGACGCACGGGAAAATTCAATGTCTCATGCGTTATGAAGgtaacatttaatgattccttcgattcttggcgccccgctgccattttagtttaaaatca
ttgattctattggatatagtcaaattgaccagaacaagcagattaggtgccataaatggctgaaatcttcatcaggaagcattgtgttggagcgagaaaagtgactgcggattgaggtttctgcgtatctttttctcgcagTCTCAAGCTCCAGAAACCGATTCGGTGAAGAATTTGAAGAAATCTTGCTTTAAGTTGGA
TTTGGCAGAGGACTTAATCCCGCTGATATCCTGCACGACTCAGTAGAATTATCGATGCCTAGATTTGAAGAAGAAAGTATGGGCTCTAAAGTTCCTCCTGGTGTCAGGCTCATTTCAAGATTGAAGTCCTGCAAACCGAGCCGCAGCGCATACCGAACTTCTGTTCTGATATTGACCTTCATCGCATATGCATCCTACCA
TGCTTCGAGAAAGCCTTCCTCTATTGTTAAAAGTGCCCTGGATCCTCATAATACCAAATCTTTGACAACGAGGGATAGCGGTGTATTGACTAATACATATCCTTGGCTTCTGGATCGTATCTCCATCGAACACTCTGATTCAAACCTTCTGCAATTTGGGGGAAATCAATCTGTTAGCCTAGCAAACCTGAAGGATGGAT
GGGCTCCATTTAATGGAACTGATGGAACGGCTATTCTGGGAGAGATTGACGTGGCGTTCTTGGCTGTTTATTCACTGGGTATGTATTTTGCAGGACATCTCGGTGACCGCCTTGATCTGCGTATGCTTTTAACATTTGGTATGATTGGCAGCGGGGCCTGCGTTGCCTTGTTTGGGCTGGGCTACTGGTGGAATATACAT
AATTTCTCTTACTACCTAGTCGTTCAGATGATGGCGGGGCTATTTCAAGCGACTGGCTGGCCTTCCGTAGTTGCAGTAGTTGGGAATTGGTTTGGCAAGAGCAAGCGGGGACTGATAATGGGTATCTGGAATGCCCATACCTCTATTGGTAATATATGTGGCTCGCTTATTGCTGCCAGTGTTTTGCAGTATGGTTGGGG
TTGGTCTTTTGTTCTTCCTGGAGTTTTGGTAGCTTTTGCAGGAGTGACAGTCTTCATGTTCTTGGTGGTCACGCCCGAGGATGTTGGGTTTTCATCTACTTATGATCAGGATGCAGAGGGCATTCCAGCTAGAGATGCAAATAAAACGTTATTAGGAGATGTGGAAGATGGACTATCAGAGTCACCCCGAAAGCTAGTTG
TTGTAGTCGATTCGGAGCCTTCTTGTGATCGTACCAATCGAAAGAACGAGGGGGAAGAAGCTTTGAAAATCCCTCTTCTTCTATCCTTGGGAAGTTCATCCACCAAAACGGAGTGTGAGGCTATTGGGTTCATAGAGGCCTGGAAAATCCCTGGAGTAGCCCCTTTTGCATTATGCCTCTTTTTCTCCAAGCTTGTTGCC
TACACGTTTCTTTACTGGTTGCCATTCTACATCAGTCACGCAGCCATTGACGGTGAATATTTGTCAAATGAGACTGCGGGGAACCTATCGACACTATTTGATTTGGGTGGAGTAGTCGGTGGGATTCTGGCAGGACATATCTCTGATAAGCTTAATGCCAGGGCTATTACTGCAGCCAGCTTTATGTACTGTTCCATTCC
TGCGCTGTACTTGTATAGGATTTATGGGAGCGTTTCATTGCCCGTGAACATTGCACTGATGATGTTGGCGGGAATGCTTGTGAATGGACCCTACGCTCTTATCACAACAGCAGTTTCTGCTGATCTTGGCACACACAGCTCACTCAAAGGAAACTCACGGGCTTTAGCTACAGTGACAGCTATAATTGATGGAACTGGCT
CAGTGGGAGCGGCATTGGGTCCATTTTTGACAGGCTTTATTTCAGCCCAAGGGTGGAATGGAGTGTTCAATATGCTTATGGTTGCAGCATTCATTGCTGGGCTTCTTCTCACACGCCTGGTTATGGCGGAAATCATGGACAAAGTTCAGACGGCAAGGGACCATTCCCAAGAAAATTACGGAACATGATATTTCAGGTTG
GACTAACAGTTAATGTTAGGCACCAAGGTACCTTCGTTGCATTAGTCCTTCCATGTGTAAGGAACTTATACCACGCGTTGAGGAGGTCGTACGCCATATAAAGGAACGACAGCCCTTTTTTGTGGTTTTGGACGCTGGCAAAATGCCTATGAGGTTGGAAAGATTGTATAGAGTGGATAAACCAACCCTGTATTGTGGGT
TGTTGTTTCTATTTTCTTGTGAACAAGTATATGAATAGATCATTGTACATTGTTACCACCCATCTAGATAAAATCGAAAATTGATCAGGTTTCAATATCGTAACTATTGCGGCGGTGTTGTCATTTGCAATGTTGGGGGCGCTAGCGGGAGACTGGGAGTAGCTAGAGAGTTACGATGTCCTTTACATTAAGTCCCCCAG
TACTTTTGTTTCTATATTTCAAGACCTTCAGGGAAAGGTGAAAGGTGTATAGGTAGCACTTGTTGGCTACGTACCATGACTAACTACTCATTTGTCCTTAACGTTTTATATTGAATGGAGAAATCTTCATTTGATCTCCCTTTTTGGGGAGTTCACCATTGTATACAATATTGTGGAAAATAAAATTAGTTTGTAATTTG
AAAAAACAGAG

Intron 2 GCAGAGGACT ... GATATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	90	2	9	18
A2	100	0	12	18.5
A3	77.46	8	17	27.5
A4	65.85	14	10	27
A5	71.43	4	6	10
A6	85.07	20	25	114
A7	83.44	26	39	131
A8	77.99	35	16	124
A9	81.22	23	24	99.5
A10	73.4	25	50	69

>TRINITY_DN46933_c0_g2_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

GGTGCCATAAATGGCTGAAATCTTCATCAGGAAGCATTGTGTTGGAGCGAGAAAAGTGACTGCGGATTGAGGTTTCTGCGTATCTTTTTCTCGCAGTTTCAAGCTCCAGAAACCGATTCGGTGAAGAATTTGAAGAAATCTTGCTTTAAGTTGGATTTGGTTGGACTAACAGTTAATGTTAGGCACCAAGGTACCTTCGT
TGCATTAGTCCTTCCATGTGTAAGGAACTTATACCACGCGTTGAGGAGGTCGTACGCCATATAAAGGAACGACAGCCCTTTTTTGTGGTTTTGGACGCTGGCAAAATGCCTATGAGGTTGGAAAGATTGTATAGAGTGGATAAACCAACCCTGTATTGTGGGTTGTTGTTTCTATTTTCTTGTGAACAAGTATATGAATA
GATCATTGTACATTGTTACCACCCATCTAGATAAAATCGAAAATTGATCAGGTTTCAATATCGTAACTATTGCGGCGGTGTTGTCATTTGCAATGTTGGGGGCGCTAGCGGGAGACTGGGAGTAGCTAGAGAGTTACGATGTCCTTTACATTAAGTCCCCCAGTACTTCTGTTTGTTTCTATATTTCAAGACCTTCAGGG
AAAGGTGAAAGGTGTATAGGTAGCACTTGTTGGCTACGTACCATGACTAACTACTCATTTGTCCTTAACGTTTTATATTGAATGGAGAAATCTTCATTTGATCTCCCTTTTTGGGGAGTTCACCATTGTATACAATATTGTGGAAAATAAAATTAGTTTGTAATTTGAAAATGATTGCATGGATAGTAG

>TRINITY_DN46933_c0_g2_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGTGCCATAAATGGCTGAAATCTTCATCAGGAAGCATTGTGTTGGAGCGAGAAAAGTGACTGCGGATTGAGGTTTCTGCGTATCTTTTTCTCGCAGTTTCAAGCTCCAGAAACCGATTCGGTGAAGAATTTGAAGAAATCTTGCTTTAAGTTGGATTTGgcagaggacttaatcccgctgatatcctgcacgactcagta
gaattatcgatgcctagatttgaagaagaaagtatgggctctaaagttcctcctggtgtcaggctcatttcaagattgaagtcctgcaaaccgagccgcagcgcataccgaacttctgttctgatattgaccttcatcgcatatgcatcctaccatgcttcgagaaagccttcctctattgttaaaagtgccctggatcc
tcataataccaaatctttgacaacgagggatagcggtgtattgactaatacatatccttggcttctggatcgtatctccatcgaacactctgattcaaaccttctgcaatttgggggaaatcaatctgttagcctagcaaacctgaaggatggatgggctccatttaatggaactgatggaacggctattctgggagaga
ttgacgtggcgttcttggctgtttattcactgggtatgtattttgcaggacatctcggtgaccgccttgatctgcgtatgcttttaacatttggtatgattggcagcggggcctgcgttgccttgtttgggctgggctactggtggaatatacatcatttctcttactacctagtcgttcagatgatggcagggctattt
caagcgactggctggccttccgtagttgcagtagttgggaattggtttggcaagagcaagcggggactgataatgggtatctggaatgcccatacctctattggtaatatatgtggctcgcttattgctgccagtgttttgcagtatggttggggttggtcttttgttcttcctggagttttggtagcttttgcaggagt
gacagtcttcatgttcttggtggtcacgcccgaggatgttgggttttcatctacttatgatcaggatgcagagggcattccagctagagatgcaaataaaacgttattaggagatgtggaagatggactatcagagtcaccccgaaagctagttgttgtagtcgattcggagccttcttgtgatcgtaccaatcgaaaga
acgagggggaagaagctttgaaaatccctcttcttctatccttgggaagttcatccaccaaaacggagtgtgaggctattgggttcatcgaggcctggaaaatccctggagtagccccttttgcattatgcctctttttctccaagcttgttgcctacacgtttctttactggttgccattctacatcagtcacgcagcc
attgacggtgaatatttgtcaaatgagactgcggggaacctatcgacactatttgatttgggtggagtagttggtgggattctggcaggacatatctctgataagcttaatgccagggctattactgcagccagctttatgtactgttccattcctgcgctgtacttgtataggatttatgggagcgtttcattgcccgt
gaacattgcactgatgatgttggcgggaatgcttgtgaatggaccctacgctcttatcacaacagcagtttctgctgatcttggcacacacagctcactcaaaggaaactcacgggctttagctacagtgacagctataattgatggaactggctcagtgggagcggcattgggtccatttttgacaggctttatttcag
cccaagggtggaatggagtgttcaatatgcttatggttgcagcattcattgctgggcttcttctcacacgcctggttatggcggaaatcatggacaaagttcagacggcaagggaccattcccaagaaaattacggaacatgatatttcagGTTGGACTAACAGTTAATGTTAGGCACCAAGGTACCTTCGTTGCATTAG
TCCTTCGTTGCATTAGTCCTTCCATGTGTAAGGAACTTATACCACGCGTTGAGGAGGTCGTACGCCATATAAAGGAACGACAGCCCTTTTTTGTGGTTTTGGACGCTGGCAAAATGCCTATGAGGTTGGAAAGATTGTATAGAGTGGATAAACCAACCCTGTATTGTGGGTTGTTGTTTCTATTTTCTTGTGAACAAGTA
TATGAATAGATCATTGTACATTGTTACCACCCATCTAGATAAAATCGAAAATTGATCAGGTTTCAATATCGTAACTATTGCGGCGGTGTTGTCATTTGCAATGTTGGGGGCGCTAGCGGGAGACTGGGAGTAGCTAGAGAGTTACGATGTCCTTTACATTAAGTCCCCCAGTACTTTTGTTTCTATATTTCAAGACCTTC
AGGGAAAGGTGAAAGGTGTATAGGTAGCACTTGTTGGCTACGTACCATGACTAACTACTCATTTGTCCTTAACGTTTTATATTGAATGGAGAAATCTTCATTTGATCTCCCTTTTTGGGGAGTTCACCATTGTATACAATATTGTGGAAAATAAAATTAGTTTGTAATTTGAAAATGATTGCATGGATAGTAG

Intron 3 GCAGAGGACT ... AGTCACGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	76.74	5	9	24
A2	74.19	4	12	11
A3	56.86	11	17	12
A4	53.85	9	10	11
A5	58.33	5	6	8
A6	55.79	21	25	28
A7	55	36	39	49
A8	57.14	21	16	40
A9	67.92	17	25	47
A10	67.27	27	50	61

>TRINITY_DN44341_c0_g1_i9 from sample A6 / Example spliced isoform

CATCAGAGAAGGCAGGGAGGGTCTATCCGTGTTTGCACCCGCTGCGTTTTTCAGGCTTATTTATTGCCGTTTTGTTTCAGTTGAATAATTATTCAGAGAGACGCACGGGAAAATTCAATGTCTCATGCGTTATGAAGGTAACATTTAATGATTCCTTCGATTCTTGGCGCCCCGCTGCCATTTTAGTTTAAAATCATTGA
TTCTATTGGATATAGTCAAATTGACCAGAACAAGCAGATTAGGTGCCATAAATGGCTGAAATCTTCATCAGGAAGCATTGTGTTGGAGCGAGAAAAGTGACTGCGGATTGAGGTTTCTGCGTATCTTTTTCTCGCAGTTTCAAGCTCCAGAAACCGATTCGGTGAAGAATTTGAAGAAATCTTGCTTTAAGTTGGATTTG


CCATTGACGGTGAATATTTGTCAAATGAGACTGCGGGGAACCTATCGACACTATTTGATTTGGGTGGAGTAGTCGGTGGGATTCTGGCAGGACATATCTCTGATAAGCTTAATGCCAGGGCTATTACTGCAGCCAGCTTTATGTACTGTTCCATTCCTGCGCTGTACTTGTATAGGATTTATGGGAGCGTTTCATTGCCC
GTGAACATTGCACTGATGATGTTGGCGGGAATGCTTGTGAATGGACCCTACGCTCTTATCACAACAGCAGTTTCTGCTGATCTTGGCACACACAGCTCACTCAAAGGAAACTCACGGGCTTTAGCTACAGTGACAGCTATAATTGATGGAACTGGCTCAGTGGGAGCGGCATTGGGTCCATTTTTGACAGGCTTTATTTC
AGCCCAAGGGTGGAATGGAGTGTTCAATATGCTTATGGTTGCAGCATTCATTGCTGGGCTTCTTCTCACACGCCTGGTTATGGCGGAAATCATGGACAAAGTTCAGACGGCAAGGGACCATTCCCAAGAAAATTACGGAACATGATATTTCAGGTTGGACTAACAGTTAATGTTAGGCACCAAGGTACCTTCGTTGCATT
AGTCCTTCCATGTGTAAGGAACTTATACCACGCGTTGAGGAGGTCGTACGCCATATAAAGGAACGACAGCCCTTTTTTGTGGTTTTGGACGCTGGCAAAATGCCTATGAGGTTGGAAAGATTGTATAGAGTGGATAAACCAACCCTGTATTGTGGGTTGTTGTTTCTATTTTCTTGTGAACAAGTATATGAATAGATCAT
TGTACATTGTTACCACCCATCTAGATAAAATCGAAAATTGATCAGGTTTCAATATCGTAACTATTGCGGCGGTGTTGTCATTTGCAATGTTGGGGGCGCTAGCGGGAGACTGGGAGTAGCTAGAGAGTTACGATGTCCTTTACATTAAGTCCCCCAGTACTTCTGTTTTTTTCTATATTTCAAGACCTTCAGGGAAAGGT
GAAAGGTGTATAGGTAGCACTTGTTGGCTACGTACCATGACTAACTACTCATTTGTCCTTAACGTTTTATATTGAATGGAGAAATCTTCATTTGATCTCCCTTTTTGGGGAGTTCACCATTGTATACAATATTGTGGAAAATAAAATTAGTTTGTAATTTGA

>TRINITY_DN44341_c0_g1_i11 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GGTGCCATAAATGGCTGAAATCTTCATCAGGAAGCATTGTGTTGGAGCGAGAAAAGTGACTGCGGATTGAGGTTTCTGCGTATCTTTTTCTCGCAGTTTCAAGCTCCAGAAACCGATTCGGTGAAGAATTTGAAGAAATCTTGCTTTAAGTTGGATTTGgcagaggacttaatcccgctgatatcctgcaagactcagta
gaagtgtcgatgcctagatttgaagaagaaagtatgagctctaaagttcctcctggtgtcaggctcatttcaagattgaagtcctgcaaaccgagccgcagcgcataccgaacttctgttctgatattgaccttcatcgcatatgcatcctaccatgcttcgagaaagccttcctctattgttaaaagtgccctggatcc
tcataataccaaatctttgacaacgagggatagcggtgtattgactaatacatatccttggcttctggatcgtatctccatcgaacactctgattcaaaccttctgcaatttgggggaaatcaatctgttagcctagcaaacctgaaggatggatgggctccatttaatggaactgatggaacggctattctgggagaga
ttgacgtggcgttcttggctgtttattcactgggtatgtattttgcaggacatctcggtgaccgccttgatctgcgtatgcttttaacatttggtatgattggcagcggggcctgcgttgccttgtttgggctgggctactggtggaatatacataatttctcttactacctagtcgttcagatgatggcggggctattt
caagcgactggctggccttccgtagttgcagtagttgggaattggtttggcaagagcaagcggggactgataatgggtatctggaatgcccatacctctattggtaatatatgtggctcgcttattgctgccagtgttttgcagtatggttggggttggtcttttgttcttcctggagttttggtagcttttgcaggagt
gacagtcttcatgttcttggtggtcacgcccgaggatgttgggttttcatctacttatgatcaggatgcagagggcattccagctagagatgcaaataaaacgttattaggagatgtggaagatggactatcagagtcaccccgaaagctagttgttgtagtcgattcggagccttcttgtgatcgtaccaatcgaaaga
acgagggggaagaagctttgaaaatccctcttcttctatccttgggaagttcatccaccaaaacggagtgtgaggctattgggttcatagaggcctggaaaatccctggagtagccccttttgcattatgcctctttttctccaagcttgttgcctacacgtttctttactggttgccattctacatcagtcacgcagCC
ATTGACGGTGAATATTTGTCAAATGAGACTGCGGGGAACCTATCGACACTATTTGATTTGGGTGGAGTAGTCGGTGGGATTCTGGCAGGACATATCTCTGATAAGCTTAATGCCAGGGCTATTACTGCAGCCAGCTTTATGTACTGTTCCATTCCTGCGCTGTACTTGTATAGGATTTATGGGAGCGTTTCATTGCCCGT
GAACATTGCACTGATGATGTTGGCGGGAATGCTTGTGAATGGACCCTACGCTCTTATCACAACAGCAGTTTCTGCTGATCTTGGCACACACAGCTCACTCAAAGGAAACTCACGGGCTTTAGCTACAGTGACAGCTATAATTGATGGAACTGGCTCAGTGGGAGCGGCATTGGGTCCATTTTTGACAGGCTTTATTTCAG
CCCAAGGGTGGAATGGAGTGTTCAATATGCTTATGGTTGCAGCATTCATTGCTGGGCTTCTTCTCACACGCCTGGTTATGGCGGAAATCATGGACAAAGTTCAGACGGCAAGGGACCATTCCCAAGAAAATTACGGAACATGATATTTCAGGTTGGACTAACAGTTAATGTTAGGCACCAAGGTACCTTCGTTGCATTAG
TCCTTCGTTGCATTAGTCCTTCCATGTGTAAGGAACTTATACCACGCGTTGAGGAGGTCGTACGCCATATAAAGGAACGACAGCCCTTTTTTGTGGTTTTGGACGCTGGCAAAATGCCTATGAGGTTGGAAAGATTGTATAGAGTGGATAAACCAACCCTGTATTGTGGGTTGTTGTTTCTATTTTCTTGTGAACAAGTA
TATGAATAGATCATTGTACATTGTTACCACCCATCTAGATAAAATCGAAAATTGATCAGGTTTCAATATCGTAACTATTGCGGCGGTGTTGTCATTTGCAATGTTGGGGGCGCTAGCGGGAGACTGGGAGTAGCTAGAGAGTTACGATGTCCTTTACATTAAGTCCCCCAGTACTTCTGTTTTTTTCTATATTTCAAGAC
CTTCAGGGAAAGGTGAAAGGTGTATAGGTAGCACTTGTTGGCTACGTACCATGACTAACTACTCATTTGTCCTTAACGTTTTATATTGAATGGAGAAATCTTCATTTGATCTCCCTTTTTGGGGAGTTCACCATTGTATACAATATTGTGGAAAATAAAATTAGTTTGTAATTTGA

Intron 4 GTAGAGTTCT ... AATGCTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.33	24	12	12
A2	31.25	11	2	8
A3	20	12	0	6
A4	26.67	11	2	6
A5	44.83	8	5	8
A6	23.29	28	1	16
A7	29.5	49	8	33
A8	22.33	40	7	16
A9	13.51	48	6	9
A10	18.12	61	7	20

>TRINITY_DN44014_c0_g1_i15 from sample A8 / Example spliced isoform

CATCAGAGAAGGCAGGGAGGGTCTATCCGTGTTTGCACCCGCTGCGTTTTTCAGGCTTATTTATTGCCGTTTTGTTTCAGTTGAATAATTATTCAGAGAGACGCACGGGAAAATTCAATGTCTCATGCGTTATGAAGGAAGCATTGTGTTGGAGCGAGAAAAGTGACTGCGGATTGAGGTTTCTGCGTATCTTTTTCTCG
CAGTCTCAAGCTCCAGAAACCGATTCGGTGAAGAATTTGAAGAAATCTTGCTTTAAGTTGGATTTGGCAGAGGACTTAATCCCGCTGATATCCTGCACGACTCAGTAGAATTATCGATGCCTAGATTTGAAGAAGAAAGTATGGGCTCTAAAGTTCCTCCTGGTGTCAGGCTCATTTCAAGATTGAAGTCCTGCAAACCG
AGCCGCAGCGCATACCGAACTTCTGTTCTGATATTGACCTTCATCGCATATGCATCCTACCATGCTTCGAGAAAGCCTTCCTCTATTGTTAAAAGTGCCCTGGATCCTCATAATACCAAATCTTTGACAACGAGGGATAGCGGTGTATTGACTAATACCTATCCTTGGCTTCTGGATCGTATCTCCATCGAACACTCTGA
TTCAAACCTTCTTCAATTTGGGGGAAATCAATCTGTTAGCCTAGCAAACCTGAAGGATGGATGGGCTCCATTTAATGGAACTGATGGAACGGCTATTCTGGGAGAGATTGACGTGGCGTTCTTGGCTGTTTATTCACTGGGTATGTATTTTGCAGGACATCTCGGTGACCGCCTTGATCTGCGTATGCTTTTAACATTTG
GTATGATTGGCAGCGGGGCCTGCGTTGCCTTGTTTGGGCTGGGCTACTGGTGGAATATACATCATTTCTCTTACTACCTAGTCGTTCAGATGATGGCAGGGCTATTTCAAGCGACTGGCTGGCCTTCCGTAGTTGCAGTAGTTGGGAATTGGTTTGGCAAGAGCAAGCGGGGACTGATAATGGGTATCTGGAATGCCCAT
ACCTCTATTGGTAATATATGTGGCTCGCTTATTGCTGCCAGTGTTTTGCAGTATGGTTGGGGTTGGTCTTTTGTTCTTCCTGGAGTTTTGGTAGCTTTTGCAGGAGTGACAGTCTTCATGTTCTTGGTGGTCACGCCCGAGGATGTTGGGTTTTCATCTACTTATGATCAGGATGCAGAGGGCATTCCAGCTAGAGATGC
AAATAAAACGTTATTAGGAGATGTGGAAGATGGACTATCAGAGTCACCCCGAAAGCTAGTTGTTGTAGTCGATTCGGAGCCTTCTTGTGATCGTACCAATCGAAAGAACGAGGGGGAAGAAGCTTTGAAAATCCCTCTTCTTCTATCCTTGGGAAGTTCATCCACCAAAACGGAGTGTGAGGCTATTGGGTTCATAGAGG
CCTGGAAAATCCCTGGAGTAGCCCCTTTTGCATTATGCCTCTTTTTCTCCAAGCTTGTTGCCTACACGTTTCTTTACTGGTTGCCATTCTACATCAGTCACGCAGCCATTGACGGTGAATATTTGTCAAATGAGACTGCGGGGAACCTATCGACACTATTTGATTTGGGTGGAGTAGTTGGTGGGATTCTGGCAGGACAT
ATCTCTGATAAGCTTAATGCCAGGGCTATTACTGCAGCCAGCTTTATGTACTGTTCCATTCCTGCGCTGTACTTGTATAGGATTTATGGGAGCGTTTCATTGCCTGTGAACATTGCACTGATGATGTTGGCGGGAATGCTTGTGAATGGACCCTATGCTCTTATCACAACAGCAGTTTCTGCTGATCTTGGCACACACAG
CTCACTCAAAGGAAACTCACGGGCTTTAGCTACAGTGACAGCTATAATTGATGGAACTGGCTCAGTGGGAGCGGCATTGGGTCCATTTTTGACAGGCTTTATTTCAGCCCAAGGGTGGAATGGAGTGTTCAATATGCTTATGGTTGCAGCATTCATTGCTGGGCTTCTTCTCACACGCCTGGTTATGGCGGAAATCATGG
ACAAAGTTCAGACGGCAAGGGACCATTCCCAAGAAAATTACGGAACATGATATTTCAGGTTGGACTAACAGTTAATGTTAGGCACCAAGGTACCTTCGTTGCATTAGTCCTTCCATGTGTAAGGAACTTATACCACGCGTTGAGGAGGTCGTACGCCATATAAAGGAACGACAGCCCTTTTTTGTGGTTTTGGACGCTGG
CAAAATGCCTATGAGGTTGGAAAGATTGTATAGAGTGGATAAACCAACCCTGTATTGTGGGTTGTTGTTTCTATTTTCTTGTGAACAAGTATATGAATAGATCATTGTACATTGTTACCACCCATCTAGATAAAATCGAAAATTGATCAGGTTTCAATATCGTAACTATTGCGGCGGTGTTGTCATTTGCAATGTTGGGG
GCGCTAGCGGGAGACTGGGAGTAGCTAGAGAGTTACGATGTCCTTTACATTAAGTCCCCCAGTACTTTTGTTTCTATATTTCAAGACCTTCAGGGAAAGGTGAAAGGTGTATAGGTAGCACTTGTTGGCTACGTACCATGACTAACTACTCATTTGTCCTTAACGTTTTATATTGAATGGAGAAATCTTCATTTGATCTC
CCTTTTTGGGGAGTTCACCATTGTATACAATATTGTGGAAAATAAAATTAGTTTGTAATTTGAAAATGATTGCATGGATAGTAGTAAGTTGATTACAAT

>TRINITY_DN44014_c0_g1_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CAACAAACATCAGAGAAGGCAGGGTCTATCCGTGTTTGCATCGGCTGCGTTTTTCAGGCTTATTTATTGCCGTTTTGTTTCAGTTGAGTAATTATTAAGAGAGAGCCACGGGAAAATTCAATGTCTCACGCGTTATGAAGGTAACATTTAATGATTCCTTCGATTCTTGGCGCCCCGCTGCCATTTTAGTTTAAAATCAT
TGATTCTATTGGATATAGTCAAATTGACCAGAACAAGCAGATTAGGTGCCATAAATGGCTGAAATCTTCATCAGGAAGCATTGTGTTGGAGCGAGAAAAGTGACTGCGGATTGAGGTTTCTGCGTATCTTTTTCTCGCAGTCTCAAGCTCCAGAAACCGATTCGGTGAAGAATTTGAAGAAATCTTGCTTTAAGTTGGAT
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