NA ----> NA

Intron 1 GTAAGTTGAT ... TTGGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.27	642	76	202.5
A2	19.59	545	77.5	142.8
A3	17.08	668	94	147.8
A4	20.99	457	54	131.3
A5	18.6	294	45.5	72.5
A6	20.49	1345	208	379
A7	19.64	2381	376.5	630.8
A8	20.59	1824	280	514.5
A9	19.3	1931	269	500
A10	20.09	1925	290.5	527.5

>TRINITY_DN107226_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

TCGTGGATATCTCTCTACTTTGCCGCTTCCCGCCCTTGGGTGATACTCAGCTGGGAGATTTTCTTCTTATTCAACAATTTGTCCTTCCCTCCACAACTTTCCCGCAAAAATCCTGAGCCCGAGCTTTTCCTCTATTTCTCTGGTTTTCAAGCCTTCACTCCGGCTCTCCAGACCCATTTTACTCGCTACCCACACACTAA
TTCGAGTTCTCTGCAATCGTTCACTTAGCCATGTCTTCACCGTCTGCAGACCCTGCGAAAACTGCCATTCCAGAGGAGCCCACCGGGGTTGAGAGTTCGGCTGCTGCCGAGGGCGAAAATGAACGCGAATCTGCTCTCCTCGTTGACAATAATAATGCTAGTGCCGCGGAACCTGGAACCCCTGACTGCCCAGAAGGCGG
AACCGACGCCGGCGAAGTTAATGAAGCCAAAGACGATGGTGACGTAGCTGCCCGAGCTTCCCCGGTTGAGGGTTTGCTCATGAATGGCAGTGCTGCTGGTAATGGAGAAGCTGCGGCTGCTGAGCAAGAGCCCATACCCTCGCCTAAAACCCTGGAGGATGCGGATACTCTGTTTCAAAAAGGTTGCGATGCATTGAAAG
CTGATGACCTTGTCGACGCCGTTGATTTTCTCAGCCGTTCACTGGAAATCAGGGTCGCACATTTTGGTGAGCTTGCTCCAGAGTGTGCTACAACTTATTATAAGTATGGATGTGCACTTCTTTACAAAGCTCAGGATGAAGCTGATCCATTTAATGAGAGTGCTGCTCTAGCAAAGAAGGCAGAGTCTTCTTCAAAGAAT
GCTACAGAAGAGACCTCTGGGAAAGCTTGCGAGGGTGAACCCTCTGCAATTCCTGTTACTGAAGTTCCTATTAGGGATGACAAGGGTAAAGCATCTGTCAGTGATCAAGATGGCGTTGAATCTATGGACGAAGGGAAAAAGGACAAAGGGGAAGGTGCTGAAGGAGAAGAAAGTGATGAGGAAGATGCTGGTGAGGATGT
TGACGTGGAAGGTGAAGACGAGGAAGATTCAGATCTAGATTTAGCATGGAAGATGCTGGAATCTGCTAGGGTGATTCTGGATAAACAGGAAGATACTATTGAAAAAGTGGATGTTATTAGTGCCTTAGGAGATGTATCCTTGGAAAGAGAGGATTTCCAGACTTCTTCAAGTGATTACTTGAGAGCTCTTTCTATATTAG
AACGCTTGGAAGAACCCAACAGTCGTCATATTTCACAACTATGTTTTAAGATATGTTTGGCTCTACAGATGCAGAACAAGATTCCAGATGCTCTAAATTACTGTCAACGGGCTCTTTCAATTTGTACATCACGTATGCAGAGTCTTACAAATGAAGCTGAGACATCCAAAGGTGAAAGCGTTGTCAAAGATGCACAGACA
AATAATGCATCTGAGGGAGATCTCCAAAATGGTACACTAGCTGCAAGTGCTACAGAAGATGAGGTTAATGTGCTTAAAGGGCTAATGTCAGATCTTTCAGATAAGATTGAAGATCTCAAGGCAATGATGTCAGCGCCACCATTGTTTGAAGTTCTTCAGTCTATTTATGAAGAGAAGAGCATTTCTCAGGATAAAAATGC
ATTTATGAGTGGCAATTCTCATGAGGTAGCATCAACAGAAAGCAGTGGTTTTGATCAGCCTAGGTTACCTACAGTTCCTTCCAGTGGCAGTGTAACACATCTTGGTGTGGTTGGGAGAGGAGTGAAACGTGCAACACCGGTTCCAATTGATGTCTCAGAACCGGCAACCAAGAAGCTTCCTAATGGCTCAACTTCCGCAG
AGTAGCCTTATTTTTGTACTTTAGAGTCATCAGTAGCAGTTAATCAAAGCTCTGAAGCACATGCATAGGCAATTGGAATGCTTGTGTACTAGTATAGGGATGGACTTCATCGAATGTTTATTTGATTAGGTCATTCATCTTGGAGTTTAATTTCGTCTTCTGGTTCCCAACAATAATGGCTTGACCCAAAAGAGATATGC
TGTATGCGACTCCGTGTGAGTTTTAGGGTAAATATGGTTTAAACGTTTTGTGTTTGTCTCCAGAATTTATTGAAAAATATTCTGCTGGATGATGAACTCATCCAAAATTTTTGTATTAAGCAAACTGCAGGAATAGGCTAGTGTTGGATGACCAGCCAGTGATTTATAATTTTGTTTTATATTGCTTATAAAAGTCTAGG
AATGTCTGCTTTGAAATGTTAA

>TRINITY_DN107226_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AGGAGATGTATCCTTGGAAAGAGgtaagttgataaattaaaattttgagcaagcagggcatctgttatgctctttttgtaacttgtttgtttggttgcagAGGATTTCCAGACTTCTTCAAGTGATTACTTGAGAGCTCTTTCTATATTAGAACGCTTGGAAGAACCCAACAGTCGTCATATTTCACAACTATGTTTTAA
GATATGTTTGGCTCTACAGATGCAGAACAAGATTCCAGATGCTCTAAATTACTGTCAACGGGCTCTTTCAATTTGTACATCACGTATGCAGAGTCTTACAAATGAAGCTGAGACATCCAAAGGTGAAAGCGTTGTCAAAGATGCACAGACAAATAATGCATCTGAGGGAGATCTCCAAAATGGTACACTAGCTGCAAGTG
CTACAGAAGATGAGGTTAATGTGCTTAAAGGGCTAATGTCAGATCTTTCAGATAAGATTGAAGATCTCAAGGCAATGATGTCAGCGCCACCATTGTTTGAAGTTCTTCAGTCTATTTATGAAGAGAAGAGCATTTCTCAGGATAAAAATGCATTTATGAGTGGCAATTCTCATGAGGTAGCATCAACAGAAAGCAGTGGT
TTTGATCAGCCTAGGTTACCTACAGTTCCTTCCAGTGGCAGTGTAACACATCTTGGTGTGGTTGGGAGAGGAGTGAAACGTGCAACACCGGTTCCAATTGATGTCTCAGAACCGGCAACCAAGAAGCTTCCTAATGGCTCAACTTCCGCAGAGTAGCCTTATTTTTGTACTTTAGAGTCATCAGTAGCAGTTAATCAAAG
CTCTGAAGCACATGCATAGGCAATTGGAATGCTTGTGTACTAGTATAGGGATGGACTTCATCGAATGTTTATTTGATTAGGTCATTCATCTTGGAGTTTAATTTCGTCTTCTGGTTCCCAACAATAATGGCTTGACCCAAAAGAGATATGCTGTATGCGACTCCGTGTGAGTTTTAGGGTAAATATGGTTTAAACGTTTT
GTGTTTGTCTCCAGAATTTATTGAAAAATATTCTGCTGGATGATGAACTCATCCAAAATTTTTGTATTAAGCAAACTGCAGGAATAGGCTAGTGTTGGATGACCAGCCAGTGATTTATAATTTTGTTTTATATTGCTTATAAAAGTCTAGGAATGTCTGCTTTGAAATGTTAA

Intron 2 GTATTGTGTA ... GCACATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.6	470	100	159
A2	20.21	306	50	105
A3	22.06	318	60	120
A4	20.46	311	31	129
A5	21.79	122	23	45
A6	22.8	1107	175	479
A7	23.46	1538	242	701
A8	21.17	1657	281	609
A9	23.21	1330	243	561
A10	21.2	1074	147	431

>TRINITY_DN108470_c1_g7_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

CACAAACGTTTTCATCCGCTAAATAAACCAACGAGGTTGGAGGCCTCGAGAGTCGAACCCGAGACTTATTATATGTTTGCAAGAACTCATTGCATTTCGTGGATATCTCTCTACTTTGCCGCTTCCCGCCCTTGGGTGATACTCAGCTGGGAGATTTTCTTCTTATTCAACAATTTGTCCTTCCCTCCACAACTTTCCCG
CAAAAATCCTGAGCCCGAGCTTTTCCTCTATTTCTCTGGTTTTCAAGCCTTCACTCCGGCTCTCCAGACCCATTTTACTCGCTACCCACACACTAATTCGAGTTCTCTGCAATCGTTCACTTAGCCATGTCTTCACCGTCTGCAGACCCTGCGAAAACTGCCATTCCAGAGGAGCCCACCGGGGTTGAGAGTTCGGCTGC
TGCCGAGGGCGAAAATGAACGCGAATCTGCTCTCCTCGTTGACAATAATAATGCTAGTGCCGCGGAACCTGGAACCCCTGACTGCCCAGAAGGCGGAACCGGCGCCGGCGAAGTTAATGAAGTCAAAGACGATGGTGACGTAGCTGCCCGAGCTTCCCCGGTTGAGGGTTTGCTCATGAATGGCAGTGCTGCTGGTAATG
GAGAAGCTGCGGCTGCTGAGCAAGAGCCCATACCCTCGCCTAAAACCCTGGAGGATGCGGATACTCTGTTTCAAAAGGGTTGCGATGCATTGAAAGCTGATGACCTTGTCGACGCCGTTGATTTTCTCAGCCGTTCACTGGAAATCAGGGTCGCACATTTTGGTGAGCTTGCTCCAGAATGTGCTACAACTTATTATAAG
TATGGATGTGCACTTCTTTACAAAGCTCAGGATGAAGCTGATCCATTTAATGAGAGTGCTGCTCTAGCAAAGAAGGCAGAGTCTTCTTCAAAGAATGCTACAGAAGAGACCTCTGGGAAAGCTTGCGAGGGTGAACCCTCTGCAATTCCTGTTACTGAAGTTCCTATTAGGGATGACAAGGGTAAAGCATCTGTCAGTGA
TCAAGATGGCGTTGAATCTATGGACGAAGGGAAAAAGGACAAAGGGGAAGGTGCTGAAGGAGAAGAAAGTGATGAGGAAGATGCTGGTGAGGATGTTGACGTGGAAGGTGAAGACGAGGAAGATTCAGATCTAGATTTAGCATGGAAGATGCTGGAATCTGCTAGGGTGATTCTGGATAAACAGGAAGATACTATTGAAA
AAGTGGATGTTATTAGTGCCTTAGGAGATGTATCCTTGGAAAGAGAGGATTTCCAGACTTCTTCAAGTGATTACTTGAGAGCTCTTTCTATATTAGAACGCTTGGAAGAACCCAACAGTCGTCATATTTCACAACTATGTTTTAAGATATGTTTGGCTCTACAGATGCAGAACAAGATTCCAGATGCTCTAAATTACTGT
CAACGGGCTCTTTCAATTTGTACATCACGTATGCAGAGTCTTACAAATGAAGCTGAGACATCCAAAGGTGAAAGCGTTGTCAAAGATGCACAGACAAATAATGCATCTGAGGGAGATCTCCAAAATGGTACACTAGCTGCAAGTGCTACAGAAGATGAGGTTAATGTGCTTAAAGGGCTAATGTCAGATCTTTCAGATAA
GATTGAAGATCTCAAGGCAATGATGTCAGCGCCACCATTGTTTGAAGTTCTTCAGTCTATTTATGAAGAGAAGAGCATTTCTCAGGATAAAAATGCATTTATGAGTGGCAATTCTCATGAGGTAGCATCAACAGAAAGCAGTGGTTTTGATCAGCCTAGGTTACCTACAGTTCCTTCCAGTGGCAGTGTAACACATCTTG
GTGTGGTTGGGAGAGGAGTGAAACGTGCAACACCGGTTCCAATTGATGTCTCAGAACCGGCAACCAAGAAGCTTCCTAATGGCTCAACTTCCGCAGAGTAGCCTTATTTTTGTACTTTAGAGTCATCAGTAGCAGTTAATCAAAGCTCTGAAGCACATGCATAGGCAATTGGAATGCTTGTGTACTAGTATAGGGATGGA
CTTCATCGAATGTTTATTTGATTAGGTCATTCATCTTGGAGTTTAATTTCGTCTTCTGGTTCCCAACAATAATGGCTTGACCCAAAAGAGATATGCTGTATGCGACTCCGTGTGAGTTTTAGGGTAAATATGGTTTAAACGTTTTGTGTTTGTCTCCAGAATTTATTGAAAAATATTCTGCTGGATGATGAACTCATCCA
AAATTTTTGTATTAAGCAAACTGCAGGAATAGGCTAGTGTTGGATGACCAGCCAGTGATTTATAATTTTGTTTTATATTGCTTATAAAAGTCTAGGAATGTCTGCTTTGAAATGTTTCTGTATTTGTTTTTAAGATTGAAGTAAATGTTCTCTTTAAATCCAATTAATAAAAAATGGAAAGAACCAAA

>TRINITY_DN108470_c1_g7_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CACAAACGTTTTCATCCGCTAAATAAACCAACGAGGTTGGAGGCCTCGAGAGTCGAACCCGAGACTTATTATATGTTTGCAAGAACTCATTGCATTTCGTGGATATCTCTCTACTTTGCCGCTTCCCGCCCTTGGGTGATACTCAGCTGGGAGATTTTCTTCTTATTCAACAATTTGTCCTTCCCTCCACAACTTTCCCG
CAAAAATCCTGAGCCCGAGCTTTTCCTCTATTTCTCTGGTTTTCAAGCCTTCACTCCGGCTCTCCAGACCCATTTTACTCGCTACCCACACACTAATTCGAGTTCTCTGCAATCGTTCACTTAGCCATGTCTTCACCGTCTGCAGACCCTGCGAAAACTGCCATTCCAGAGGAGCCCACCGGGGTTGAGAGTTCGGCTGC
TGCCGAGGGCGAAAATGAACGCGAATCTGCTCTCCTCGTTGACAATAATAATGCTAGTGCCGCGGAACCTGGAACCCCTGACTGCCCAGAAGGCGGAACCGGCGCCGGCGAAGTTAATGAAGTCAAAGACGATGGTGACGTAGCTGCCCGAGCTTCCCCGGTTGAGGGTTTGCTCATGAATGGCAGTGCTGCTGGTAATG
GAGAAGCTGCGGCTGCTGAGCAAGAGCCCATACCCTCGCCTAAAACCCTGGAGGATGCGGATACTCTGTTTCAAAAGGGTTGCGATGCATTGAAAGCTGATGACCTTGTCGACGCCGTTGATTTTCTCAGCCGTTCACTGGAAATCAGGGTCGCACATTTTGGTGAGCTTGCTCCAGAATGTGCTACAACTTATTATAAG
TATGGATGTGCACTTCTTTACAAAGCTCAGGATGAAGCTGATCCATTTAATGAGAGTGCTGCTCTAGCAAAGAAGGCAGAGTCTTCTTCAAAGAATGCTACAGAAGAGACCTCTGGGAAAGCTTGCGAGGGTGAACCCTCTGCAATTCCTGTTACTGAAGTTCCTATTAGGGATGACAAGGGTAAAGCATCTGTCAGTGA
TCAAGATGGCGTTGAATCTATGGACGAAGGGAAAAAGGACAAAGGGGAAGGTGCTGAAGGAGAAGAAAGTGATGAGGAAGATGCTGGTGAGGATGTTGACGTGGAAGGTGAAGACGAGGAAGATTCAGATCTAGATTTAGCATGGAAGATGCTGGAATCTGCTAGGGTGATTCTGGATAAACAGGAAGATACTATTGAAA
AAGTGGATGTTATTAGTGCCTTAGGAGATGTATCCTTGGAAAGAGAGGATTTCCAGACTTCTTCAAGTGATTACTTGAGAGCTCTTTCTATATTAGAACGCTTGGAAGAACCCAACAGTCGTCATATTTCACAACTATGTTTTAAGATATGTTTGGCTCTACAGATGCAGAACAAGATTCCAGATGCTCTAAATTACTGT
CAACGGGCTCTTTCAATTTGTACATCACGTATGCAGAGTCTTACAAATGAAGCTGAGACATCCAAAGGTGAAAGCGTTGTCAAAGATGCACAGACAAATAATGCATCTGAGGGAGATCTCCAAAATGGTACACTAGCTGCAAGTGCTACAGAAGATGAGGTTAATGTGCTTAAAGGGCTAATGTCAGATCTTTCAGATAA
GgtattgtgtatttaagttaaacttgtttgttaggtctgttgctgttgtgaatattgggcttgctaacttgtttggcacatgcagATTGAAGATCTCAAGGCAATGATGTCAGCGCCACCATTGTTTGAAGTTCTTCAGTCTATTTATGAAGAGAAGAGCATTTCTCAGGATAAAAATGCATTTATGAGTGGCAATTCTC
ATGAGGTAGCATCAACAGAAAGCAGTGGTTTTGATCAGCCTAGGTTACCTACAGTTCCTTCCAGTGGCAGTGTAACACATCTTGGTGTGGTTGGGAGAGGAGTGAAACGTGCAACACCGGTTCCAATTGATGTCTCAGAACCGGCAACCAAGAAGCTTCCTAATGGCTCAACTTCCGCAGAGTAGCCTTATTTTTGTACT
TTAGAGTCATCAGTAGCAGTTAATCAAAGCTCTGAAGCACATGCATAGGCAATTGGAATGCTTGTGTACTAGTATAGGGATGGACTTCATCGAATGTTTATTTGATTAGGTCATTCATCTTGGAGTTTAATTTCGTCTTCTGGTTCCCAACAATAATGGCTTGACCCAAAAGAGATATGCTGTATGCGACTCCGTGTGAG
TTTTAGGGTAAATATGGTTTAAACGTTTTGTGTTTGTCTCCAGAATTTATTGAAAAATATTCTGCTGGATGATGAACTCATCCAAAATTTTTGTATTAAGCAAACTGCAGGAATAGGCTAGTGTTGGATGACCAGCCAGTGATTTATAATTTTGTTTTATATTGCTTATAAAAGTCTAGGAATGTCTGCTTTGAAATGTT
TCTGTATTTGTTTTTAAGATTGAAGTAAATGTTCTCTTTAAATCCAATTAATAAAAAATGGAAAGAACCAAA