sp|Q8RXN8|NRP_ARATH ----> DCD domain-containing protein NRP

Intron 1 GTAACTCTAA ... CTGGGTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.67	55	23	17
A2	28.12	23	9	9
A3	45.85	18	16.5	14
A4	28.93	43	17	18
A5	28	9	5	2
A6	33.33	3	0	3
A7	26.83	15	1	10
A8	58.33	5	9	5
A9	22.22	7	2	2
A10	7.14	13	2	0

>TRINITY_DN124375_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

GGCCTCTCTCAAGTGCGTTTTGCTGTTGAGGAGGTTAAGCCCGTTCAGAACCCCAACCCCTCGCGAACTATTTTTCTTTATCTCGCAATTGCAGAGGAAAATTGAAGAATTCTCCGTGGAACTGTCGTCAATGGCCGGCCGTGCCGCATGATCTGCTGGTGGCTTCGTTGTTCCTATTGCCTTCAAACCCGCAAATTTCT
TGCTCTATTTCTCCTTTCGGACTTTCAGAGATTCAGCCCATCGGACTCGATTGCGGATGCATTGACCTAAAAAACCCATTGCCGGTCTTCAAATCAAGGGCAGTTGTGCAATCTACGAATTTGCAAAAAGGTCCTGTAAATGCTTCATTTTCGGTTCTTGTTTTTTTTTCCATCTTCGTTTTTTAACTAAAGTCATTGAT
TTTGGACTGTTAAGGGATGGGTTTTCCTGTCAGTTGATGAATTTGGGAATTTGAGGGTTTAGATCTATAATTATATTATGGATCTTTAGTTTCATCCAAGCGTTTTCTTTTCGTGGGGTTTTGCTGATGTTTTCTTTCTCTTTGTTTTTTCCTGCTTAAATCTTTTACATGGGGGTTTTGTTAAAAATGTTTTTTTTGAA
ATGATTTGAGCCATCATTAATCAATTTATCTGGGTCCATCTTAGGGAGAGTGACATGGGAATTAAGGGTTTGCAAATAAGCTTTTTGTGATTTTCCTGGCTTGAGTCGGTCTTTTGAGATTCACACGGTTGAGAATTGATTTCTTGTTTTCATGTTTTTTCCCTTTTGTCTGAGTAACGAAATTTTCTGTGCTCCCACGT
CGTTTAAGAAGCTTAATACAACCAGCATGTTCGTTTGACTTGCTGAAGAGGTTAGTCCTTGGCACAAGGGTTTGAACTGTGATGTTTATTTAACCCAAACTCGATTGGTTTGGGATTATCTTATTGCTGCTACTGGCATGCAGCTTTAAGCAGCGTAACGTTTGTCAGAGAAGCATCTCCCTTTAGCCGCATTGAGATCT
TCGCCGCCTTATAAGCAAGGAGTTTGTTTGAGACCTGAGCCCGGAATGAAAACAAACAGTTGACCAAGCATCCTTTTTTTACAGCAAAAGACTTGCTTTATCTTATTGCTGCTATTGGCATCCAGCTTTAAGCAGCAAAACATTGTTAGAAAAGTATTTTCCCTTTAGCCGCAGTTAGTTTGAGCTCCGTGCTTCACCAG
TTCAAACTAAAAAAGTTTAGTTTGCTACATGCAGTTGCTTGTGTCTGTGAATGCCTAACTTACAGATTAAGATTGGAAGCAACCTGTGAAATAACAGGGATCTGACGACATAAGTGTTGTCAGTCACAATGTTAAGAGCTCGTCATTTACCTTCCAACTATGTTCCACTCGGTGCAGCATATGATGATGCTTTACAGAAA
TCTTCTGGTGCCGGATCCGATCTGTATGACATATTAGACAAAGTTCCAATTAGCAACAGGAGACTGGAGCAACATCCTCATATTGATCAATCGAATAAAAGGAAAATAACTTATGATGCGGGTAAAAAGACACTCATAGTCACTAAGAATGATTACGTGGATTTGGCGTTGAAGCAGAAGAAGAATGCATTGAAGCAGGA
GAATGCATTGAGGAATTTGAACAAGAAGACGGTAATAACAGATATCCACGGTTATATGCAACGTGTTTCAAAGAGGAAGCAGAATACTGGTCAGGAGTCAGTGTCGAAGCATGAAGGTGACAATGCTATACGAATGTCCCAAGAACACGCAGTCTTGAGAGATTCAGACTCTGTAGATTTACGGGAGACAGTATTATTGG
GAAATCCCAAACAAGGTAATTATAGGCAAGATTTTGATCAAAATTCAAATTCTAAGGGATATAATATGGCAACGCAAGACTGGCAACAGAATAATTACATTGAAGATTATGATGAATGTTTATCCGCTGATTGCTTGCATATGAATTCACAATTTACTTGCAACAGCGAAAGCCTTCTACCTGGAGGCTATAGAAGTGAT
TATGATCAAGCACAGAAACCTACACGACCCCTTCAGATCTTAACTCAAAGGTTGCCAACTATGGCAGCTTTTCATAAAAAACTCATTGATAATCGGGTTCTGAAAAACAAATCTGATAAAGTTGTTCATCATGAAATTTACAGACAAAGCTTTGAGGATTTAAGTAATGAAAGTTATGGTCAAAGCGCTGATGAGTTGAA
TGGCTCTTCCTTTGAAGACTCTCAAGAGTGTTCCCTTGGAAACAAATTGGCAGGGCTAATTTTCATGTGTAATGATAGAGTAAGGACTAAATGCTTTCGTTACAAAGTATTTGGCATGCCATTCAAAAAGAAGAGTCTTTTAGACCATGTAAAGCCAGGCACAAAATTGTTTCTTTTCGAGTATGAAGCTAGAAAACTCT
GGGGCATATATGAGGCAGCATCGTTCCCTGGATTTGAGCTTGAAAATGAAGCTTTTAATGGATCTGAAGTGGATTTCCCCTTACAGGTTAGATTTTCAGTTTACAAACAGTTCCATCCACTTCCAGAGAGGCAATTCAAAGAGGCTATCAAAGAAAACTATTTTTCCAAGAGCAAATTTCGTTTTGAGTTGGATGCAGAA
CAGGTTTCCAAGTTGACTCAGTTATTCTGTTCGAGAGGTTTATTGAATAAGCATATCATTAAAGGTCTTCCACAGTCTTCTGTTCCAAGTACTGTTTATGCTCCGAGATATCATGAGCGGAGATTTACTGACAACGATTATGACAAAGCTAGCATCCAGGAAAGGGACTTGTTAAGGTTAATTAGAAGTGAGAACTCAAG
TGGAAATAATAGCCCAGGCCTTCATGAGTTTTCTGGATCAAGGAGCTCTAACCTTCAACAGAATGATTATGGATTAGGAAATTTATCAGATTTGAAATCTGGAGATGGACGATCTTCTATGCCAAATGCTTGCTATACGAGTATCAGGGGGCATGTGATGAAAGATTTAATCAAATTAAAGGGGGAGCATGTGATGGAGA
ATTTAAGCAAATCGAACAACGATTGGGTTGATCCTAAGATAGATTCCAATGATCGAGGAGCATGGAATGACCATTGCTGCAACAAACTAGACACATGGCATCTCAAAGAGAAGTCATCTTGTAGTTGTGGAAGGCATCTTCGTGATGATATTTTGGAAGAGCATGGGGATGCTTTGTATTCAGGTTTGAGAGGAAAGGGT
TCAAGTGGAGGAAATTCTGATACAATACCATCATTTTCTATGAAGGGTTCAATTCCATTACCATCATTTTCTAAGAAGGATTCAATTCCAATAGAAGTTCGTCTCCAAAAAAGAAATGGGAGATTTGAGAGACTCGTTCAGCATGCAACAAGACATGTTGATAGTTCTGTTGCATATGAAACTTTAAATAATTCAGAGAA
GTCCCATTCTCTAGAAAAAACGAGTAGCATACATGCGGGTCCTGTAAATTCTCATTACACCCTTCAAAAGCCTTGGAAAAATGAGACAGAACAGTTATATGACCTCAAGAAGCAGTTTGAACCTGGTGTATCTAGCCATAATGATATTGAGTCAACAATTTCTTTAAGTCGGTGCATGTTGGACAATGATTACCTCGATG
CATTGAGGACTAAGATCAGTCCCAGCGTGGTCTCAAAATGTAGCATGGAAGTCCATCCATTGTGTACCTCAAGTTATGAATTTCTGCAGTATCAACCAAGTTGTAAAGATGGAATGGATGATACAACTGCAGTTAAGAGGAATTTGTCTGCTCTTGTAAATGAGGATGAGGATTATTCATCACCCATGAATTTGTCTGCT
CTTGTAAAGGAGAATGAGGATTATTCAGCACCCAGGGTCGTTGATAACTCAGGGAACATTAGAGTTACAGTGAAGAATGATACTTCACGGATGGATACATTGCAAAATGAAGAAATTCAAAGAATACACAAGGATGACAGAGTTCACTTAAATCAGAATCTTCTTGGTTCAGTCGCCAAATTAAAAAGTCAGCGGTTTGT
GACAGTATCCAGGGTATCCAAAAAAGGCGTAAACAACATATCTGATTCAAATTCCTTGTCAAAAGCAGAAGTCAGTAAAAGCATTCAACAGAAGAAACATCCTGTGTGGTCCCGTCTTTCCAAACAGGTTTCAAGTACAAACAGCACGAAAAAATTGAGAAGCCCGAATTTAAAAGAAATGAAGCATGGTGATAGAAATA
CTTCTGATAAAGAGGATGAAACAGATGCTCTCGTGGGAGTAGAAATCTACAGTCCTGATGAGCATGAAGATATTGAAGACACACCAAAAAATGACTTTATCATAGACTTCAAGCGAAGAAAGAACATTCAAAGATCTGAAGAAAAAGCAAAGACAAAGATGTTAACAGATGAACTTGCACAAGGCACCTCCATCCAAGAA
AAAGACAACACACAAAACAAATGTGATATTCAAAAAAAGAGGAGGCGCCTCATCAGACCTGAGTTTGTTTGCAGTGATGCTAAACTTGCTCCTACTAGTATCAATATGGTGGATAAGCAACAAAATACTTCTCTATGCATAGGAGAGGCTCTTGAAGTTAAGAATTAGATGCTCCATGTAGCACAATGGAGTTAAAGCCA
GAGTCAGATTCCAACCCAGCTGATGTATTTGAGAGCATTGACAAAGTTCGGCTCAATTCAGAAAAACTATTGAAATTTTGGATACTTATTTCAGTTACAAGTAATTCATCTTGCTTGTGCTCATTGTACCATTTAAAGGATACGATGGGTGCAGTATGGCGCGTTAATTTGAAGTGCATTACCAGTTATCTTCCGGTAAA
GGTTGGAATTCTCAACTGTGCTGGTGTTGGGTTTCAAATTTGCTCCTATAAAATTAGGATATCATTCTATCACATTATGATAGAATCGCAAGAGTACATCTCTCCAATTAGAATTCTGAAGATAAGACTGACGCATGCAAGTGGATTTCTTTCTTTACGAGTGCATAGACAGATCCTGGGTCCTGATCAGGCATTCTAAG
ATATGTTAACACGTGCATGCGCACTGTACAGTTTTAGCACTATCTCAGTGGTGCACTCTTTGAGTTTAACAATAACATCTCTGGCAGAGAGACTGTTTATACTCTTTACTGGATTTCATTCTTTACGAGTCCATAGACATACTAGTTCTTGATTAGGAATTCTTAGATATGTTAACACGTGCATGCGCACTGTACAGTTT
TAGCACTGCCTCAGTGGTGCACTCTTTGAGTTAGTTAACAATAACATCTCTGGCAGAGAGACTGTTTATATTCTTTACTTTTTCTTTGTAATGAGTGCTGTATGAATCGGTCTTGTATCAAAGGAGACTATTCTGATTTAATATGAAATTTCCGAGTACTCG

>TRINITY_DN124375_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGCCTCTCTCAAGTGCGTTTTGCTGTTGAGGAGGTTAAGCCCGTTCAGAACCCCAACCCCTCGCGAACTATTTTTCTTTATCTCGCAATTGCAGAGGAAAATTGAAGAATTCTCCGTGGAACTGTCGTCAATGGCCGGCCGTGCCGCATGATCTGCTGGTGGCTTCGTTGTTCCTATTGCCTTCAAACCCGCAAATTTCT
TGCTCTATTTCTCCTTTCGGACTTTCAGAGATTCAGCCCATCGGACTCGATTGCGGATGCATTGACCTAAAAAACCCATTGCCGGTCTTCAAATCAAGGGCAGTTGTGCAATCTACGAATTTGCAAAAAGGTCCTGTAAATGCTTCATTTTCGGTTCTTGTTTTTTTTTCCATCTTCGTTTTTTAACTAAAGTCATTGAT
TTTGGACTGTTAAGGGATGGGTTTTCCTGTCAGTTGATGAATTTGGGAATTTGAGGGTTTAGATCTATAATTATATTATGGATCTTTAGTTTCATCCAAGCGTTTTCTTTTCGTGGGGTTTTGCTGATGTTTTCTTTCTCTTTGTTTTTTCCTGCTTAAATCTTTTACATGGGGGTTTTGTTAAAAATGTTTTTTTTGAA
ATGATTTGAGCCATCATTAATCAATTTATCTGGGTCCATCTTAGGGAGAGTGACATGGGAATTAAGGGTTTGCAAATAAGCTTTTTGTGATTTTCCTGGCTTGAGTCGGTCTTTTGAGATTCACACGGTTGAGAATTGATTTCTTGTTTTCATGTTTTTTCCCTTTTGTCTGAGTAACGAAATTTTCTGTGCTCCCACGT
CGTTTAAGAAGCTTAATACAACCAGCATGTTCGTTTGACTTGCTGAAGAGGTTAGTCCTTGGCACAAGGGTTTGAACTGTGATGTTTATTTAACCCAAACTCGATTGGTTTGGGATTATCTTATTGCTGCTACTGGCATGCAGCTTTAAGCAGCGTAACGTTTGTCAGAGAAGCATCTCCCTTTAGCCGCATTGAGATCT
TCGCCGCCTTATAAGCAAGGAGTTTGTTTGAGACCTGAGCCCGGAATGAAAACAAACAGTTGACCAAGCATCCTTTTTTTACAGCAAAAGACTTGCTTTATCTTATTGCTGCTATTGGCATCCAGCTTTAAGCAGCAAAACATTGTTAGAAAAGTATTTTCCCTTTAGCCGCAGTTAGTTTGAGCTCCGTGCTTCACCAG
TTCAAACTAAAAAAGTTTAGTTTGCTACATGCAGTTGCTTGTGTCTGTGAATGCCTAACTTACAGATTAAGATTGGAAGCAACCTGTGAAATAACAGGGATCTGACGACATAAGTGTTGTCAGTCACAATGTTAAGAGCTCGTCATTTACCTTCCAACTATGTTCCACTCGGTGCAGCATATGATGATGCTTTACAGAAA
TCTTCTGGTGCCGGATCCGATCTGTATGACATATTAGACAAAGTTCCAATTAGCAACAGGAGACTGGAGCAACATCCTCATATTGATCAATCGAATAAAAGGAAAATAACTTATGATGCGGGTAAAAAGACACTCATAGTCACTAAGAATGATTACGTGGATTTGGCGTTGAAGCAGAAGAAGAATGCATTGAAGCAGGA
GAATGCATTGAGGAATTTGAACAAGAAGACGGTAATAACAGATATCCACGGTTATATGCAACGTGTTTCAAAGAGGAAGCAGAATACTGGTCAGGAGTCAGTGTCGAAGCATGAAGGTGACAATGCTATACGAATGTCCCAAGAACACGCAGTCTTGAGAGATTCAGACTCTGTAGATTTACGGGAGACAGTATTATTGG
GAAATCCCAAACAAGGTAATTATAGGCAAGATTTTGATCAAAATTCAAATTCTAAGGGATATAATATGGCAACGCAAGACTGGCAACAGAATAATTACATTGAAGATTATGATGAATGTTTATCCGCTGATTGCTTGCATATGAATTCACAATTTACTTGCAACAGCGAAAGCCTTCTACCTGGAGGCTATAGAAGTGAT
TATGATCAAGCACAGAAACCTACACGACCCCTTCAGATCTTAACTCAAAGGTTGCCAACTATGGCAGCTTTTCATAAAAAACTCATTGATAATCGGGTTCTGAAAAACAAATCTGATAAAGTTGTTCATCATGAAATTTACAGACAAAGCTTTGAGGATTTAAGTAATGAAAGTTATGGTCAAAGCGCTGATGAGTTGAA
TGGCTCTTCCTTTGAAGACTCTCAAGAGTGTTCCCTTGGAAACAAATTGGCAGGGCTAATTTTCATGTGTAATGATAGAGTAAGGACTAAATGCTTTCGTTACAAAGTATTTGGCATGCCATTCAAAAAGAAGAGTCTTTTAGACCATGTAAAGCCAGGCACAAAATTGTTTCTTTTCGAGTATGAAGCTAGAAAACTCT
GGGGCATATATGAGGCAGCATCGTTCCCTGGATTTGAGCTTGAAAATGAAGCTTTTAATGGATCTGAAGTGGATTTCCCCTTACAGGTTAGATTTTCAGTTTACAAACAGTTCCATCCACTTCCAGAGAGGCAATTCAAAGAGGCTATCAAAGAAAACTATTTTTCCAAGAGCAAATTTCGTTTTGAGTTGGATGCAGAA
CAGgtaactctaaccataaaagcaccaatgcactcagactttctgttaatatttccgtcaagcttttagaaaaatctggtaaataattatcctgattttgctcctatttgagttctttatatgtaaaatttagtgacataaactgggttcagGTTTCCAAGTTGACTCAGTTATTCTGTTCGAGAGGTTTATTGAATAAG
CATATCATTAAAGGTCTTCCACAGTCTTCTGTTCCAAGTACTGTTTATGCTCCGAGATATCATGAGCGGAGATTTACTGACAACGATTATGACAAAGCTAGCATCCAGGAAAGGGACTTGTTAAGGTTAATTAGAAGTGAGAACTCAAGTGGAAATAATAGCCCAGGCCTTCATGAGTTTTCTGGATCAAGGAGCTCTAA
CCTTCAACAGAATGATTATGGATTAGGAAATTTATCAGATTTGAAATCTGGAGATGGACGATCTTCTATGCCAAATGCTTGCTATACGAGTATCAGGGGGCATGTGATGAAAGATTTAATCAAATTAAAGGGGGAGCATGTGATGGAGAATTTAAGCAAATCGAACAACGATTGGGTTGATCCTAAGATAGATTCCAATG
ATCGAGGAGCATGGAATGACCATTGCTGCAACAAACTAGACACATGGCATCTCAAAGAGAAGTCATCTTGTAGTTGTGGAAGGCATCTTCGTGATGATATTTTGGAAGAGCATGGGGATGCTTTGTATTCAGGTTTGAGAGGAAAGGGTTCAAGTGGAGGAAATTCTGATACAATACCATCATTTTCTATGAAGGGTTCA
ATTCCATTACCATCATTTTCTAAGAAGGATTCAATTCCAATAGAAGTTCGTCTCCAAAAAAGAAATGGGAGATTTGAGAGACTCGTTCAGCATGCAACAAGACATGTTGATAGTTCTGTTGCATATGAAACTTTAAATAATTCAGAGAAGTCCCATTCTCTAGAAAAAACGAGTAGCATACATGCGGGTCCTGTAAATTC
TCATTACACCCTTCAAAAGCCTTGGAAAAATGAGACAGAACAGTTATATGACCTCAAGAAGCAGTTTGAACCTGGTGTATCTAGCCATAATGATATTGAGTCAACAATTTCTTTAAGTCGGTGCATGTTGGACAATGATTACCTCGATGCATTGAGGACTAAGATCAGTCCCAGCGTGGTCTCAAAATGTAGCATGGAAG
TCCATCCATTGTGTACCTCAAGTTATGAATTTCTGCAGTATCAACCAAGTTGTAAAGATGGAATGGATGATACAACTGCAGTTAAGAGGAATTTGTCTGCTCTTGTAAATGAGGATGAGGATTATTCATCACCCATGAATTTGTCTGCTCTTGTAAAGGAGAATGAGGATTATTCAGCACCCAGGGTCGTTGATAACTCA
GGGAACATTAGAGTTACAGTGAAGAATGATACTTCACGGATGGATACATTGCAAAATGAAGAAATTCAAAGAATACACAAGGATGACAGAGTTCACTTAAATCAGAATCTTCTTGGTTCAGTCGCCAAATTAAAAAGTCAGCGGTTTGTGACAGTATCCAGGGTATCCAAAAAAGGCGTAAACAACATATCTGATTCAAA
TTCCTTGTCAAAAGCAGAAGTCAGTAAAAGCATTCAACAGAAGAAACATCCTGTGTGGTCCCGTCTTTCCAAACAGGTTTCAAGTACAAACAGCACGAAAAAATTGAGAAGCCCGAATTTAAAAGAAATGAAGCATGGTGATAGAAATACTTCTGATAAAGAGGATGAAACAGATGCTCTCGTGGGAGTAGAAATCTACA
GTCCTGATGAGCATGAAGATATTGAAGACACACCAAAAAATGACTTTATCATAGACTTCAAGCGAAGAAAGAACATTCAAAGATCTGAAGAAAAAGCAAAGACAAAGATGTTAACAGATGAACTTGCACAAGGCACCTCCATCCAAGAAAAAGACAACACACAAAACAAATGTGATATTCAAAAAAAGAGGAGGCGCCTC
ATCAGACCTGAGTTTGTTTGCAGTGATGCTAAACTTGCTCCTACTAGTATCAATATGGTGGATAAGCAACAAAATACTTCTCTATGCATAGGAGAGGCTCTTGAAGTTAAGAATTAGATGCTCCATGTAGCACAATGGAGTTAAAGCCAGAGTCAGATTCCAACCCAGCTGATGTATTTGAGAGCATTGACAAAGTTCGG
CTCAATTCAGAAAAACTATTGAAATTTTGGATACTTATTTCAGTTACAAGTAATTCATCTTGCTTGTGCTCATTGTACCATTTAAAGGATACGATGGGTGCAGTATGGCGCGTTAATTTGAAGTGCATTACCAGTGATCTCCGGTAAAGGTTGGAATTCTTAATTGTGCTGATGTTTTGTACAATCTGACCACAACACAT
TGAGTAGATTTCTGGATGCTAATGCTGATTCTTTGTAGTTGCTAGGATG

Intron 2 GTAATTATAG ... CTTGCAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	69.84	19	51	37
A2	64.95	17	42	21
A3	58.17	32	42	47
A4	55.37	27	48	19
A5	71.43	5	14	11
A6	66.67	2	8	0
A7	60	6	9	9
A8	71.43	1	1	4
A9	46.67	4	3	4
A10	59.18	10	15	14

>TRINITY_DN115149_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

CTCAAGTGCGTTTTGCTGTTGAGGAGGTTAAGCCCGTTCAGAACCCCAACCCCTCGCGAACTATTTTTCTTTATCTCGCAATTGCAGAGGAAAATTGAAGAATTCTCCGTGGAACTGTCGTCAATGGCCGGCCGTGCCGCATGATCTGCTGGTGGCTTCGTTGTTCCTATTGCCTTCAAACCCGCAAATTTCTTGCTCTA
TTTCTCCTTTCGGACTTTCAGAGATTCAGCCCATCGGACTCGATTGCGGATGCATTGACCTAAAAAACCCATTGCCGGTCTTCAAATCAAGGGCAGTTGTGCAATCTACGAATTTGCAAAAAGGTCCTGTAAATGCTTCATTTTCGGTTCTTGTTTTTTTTTCCATCTTCGTTTTTTAACTAAAGTCATTGATTTTGGAC
TGTTAAGGGATGGGTTTTCCTGTCAGTTGATGAATTTGGGAATTTGAGGGTTTAGATCTATAATTATATTATGGATCTTTAGTTTCATCCAAGCGTTTTCTTTTCGTGGGGTTTTGCTGATGTTTTCTTTCTCTTTGTTTTTTCCTGCTTAAATCTTTTACATGGGGGTTTTGTTAAAAATGTTTTTTTTGAAATGATTT
GAGCCATCATTAATCAATTTATCTGGGTCCATCTTAGGGAGAGTGACATGGGAATTAAGGGTTTGCAAATAAGCTTTTTGTGATTTTCCTGGCTTGAGTCGGTCTTTTGAGATTCACACGGTTGAGAATTGATTTCTTGTTTTCATGTTTTTTCCCTTTTGTCTGAGTAACGAAATTTTCTGTGCTCCCACGTCGTTTAA
GAAGCTTAATACAACCAGCATGTTCGTTTGACTTGCTGAAGAGGTTAGTCCTTGGCACAAGGGTTTGAACTGTGATGTTTATTTAACCCAAACTCGATTGGTTTGGGATTATCTTATTGCTGCTACTGGCATGCAGCTTTAAGCAGCGTAACGTTTGTCAGAGAAGCATCTCCCTTTAGCCGCATTGAGATCTTCGCCGC
CTTATAAGCAAGGAGTTTGTTTGAGACCTGAGCCCGGAATGAAAACAAACAGTTGACCAAGCATCCTTTTTTTACAGCAAAAGACTTGCTTTATCTTATTGCTGCTATTGGCATCCAGCTTTAAGCAGCAAAACATTGTTAGAAAAGTATTTTCCCTTTAGCCGCAGTTAGTTTGAGCTCCGTGCTTCACCAGTTCAAAC
TAAAAAAGTTTAGTTTGCTACATGCAGTTGCTTGTGTCTGTGAATGCCTAACTTACAGATTAAGATTGGAAGCAACCTGTGAAATAACAGGGATCTGACGACATAAGTGTTGTTAGTCACAATGTTAAGAGCTCGTCATTTACCTTCCAACTATGTTCCACTCGGTGCAGCATATGATGATGCTTTACAGAAATCTTCTG
GTGCCGGATCCGATCTGTATGACATATTAGACAAAGTTCCAATTAGCAACAGGAGACTGGAGCAACATCCTCATATTGATCAATCGAATAAAAGGAAAATAACTTATGATGCGGGTAAAAAGACACTCATAGTCACTAAGAATGATTACGTGGATTTGGCGTTGAAGCAGAAGAAGAATGCATTGAAGCAGGAGAATGCA
TTGAGGAATTTGAACAAGAAGACGGTAATAACAGATATCCACGGTTATATGCAACGTGTTTCAAAGAGGAAGCAGAATACTGGTCAGGAGTCAGTGTCGAAGCATGAAGGTGACAATGCTATACGAATGTCCCAAGAACACGCAGTCTTGAGAGATTCAGACTCTGTAGATTTACGGGAGACAGTATTATTGGGAAATCC
CAAACAAGCGAAAGCCTTCTACCTGGAGGCTATAGAAGTGATTATGATCAAGCACAGAAACCTACACGACCCCTTCAGATCTTAACTCAAAGGTTGCCAACTATGGCAGCTTTTCATAAAAAACTCATTGATAATCGGGTTCTGAAAAACAAATCTGATAAAGTTGTTCATCATGAAATTTACAGACAAAGCTTTGAGGA
TTTAAGTAATGAAAGTTATGGTCAAAGCGCTGATGAGTTGAATGGCTCTTCCTTTGAAGACTCTCAAGAGTGTTCCCTTGGAAACAAATTGGCAGGGCTAATTTTCATGTGTAATGATAGAGTAAGGACTAAATGCTTTCGTTACAAAGTATTTGGCATGCCATTCAAAAAGAAGAGTCTTTTAGACCATGTAAAGCCAG
GCACAAAATTGTTTCTTTTCGAGTATGAAGCTAGAAAACTCTGGGGCATATATGAGGCAGCATCGTTCCCTGGATTTGAGCTTGAAAATGAAGCTTTTAATGGATCTGAAGTGGATTTCCCCTTACAGGTTAGATTTTCAGTTTACAAACAGTTCCATCCACTTCCAGAGAGGCAATTCAAAGAGGCTATCAAAGAAAAC
TATTTTTCCAAGAGCAAATTTCGTTTTGAGTTGGATGCAGAACAGGTTTCCAAGTTGACTCAGTTATTCTGTTCGAGAGGTTTATTGAATAAGCATATCATTAAAGGTCTTCCACAGTCTTCTGTTCCAAGTACTGTTTATGCTCCGAGATATCATGAGCGGAGATTTACTGACAACGATTATGACAAAGCTAGCATCCA
GGAAAGGGACTTGTTAAGGTTAATTAGAAGTGAGAACTCAAGTGGAAATAATAGCCCAGGCCTTCATGAGTTTTCTGGATCAAGGAGCTCTAACCTTCAACAGAATGATTATGGATTAGGAAATTTATCAGATTTGAAATCTGGAGATGGACGATCTTCTATGCCAAATGCTTGCTATACGAGTATCAGGGGGCATGTGA
TGAAAGATTTAATCAAATTAAAGGGGGAGCATGTGATGGAGAATTTAAGCAAATCGAACAACGATTGGGTTGATCCTAAGATAGATTCCAATGATCGAGGAGCATGGAATGACCATTGCTGCAACAAACTAGACACATGGCATCTCAAAGAGAAGTCATCTTGTAGTTGTGGAAGGCATCTTCGTGATGATATTTTGGAA
GAGCATGGGGATGCTTTGTATTCAGGTTTGAGAGGAAAGGGTTCAAGTGGAGGAAATTCTGATACAATACCATCATTTTCTATGAAGGGTTCAATTCCATTACCATCATTTTCTAAGAAGGATTCAATTCCAATAGAAGTTCGTCTCCAAAAAAGAAATGGGAGATTTGAGAGACTCGTTCAGCATGCAACAAGACATGT
TGATAGTTCTGTTGCATATGAAACTTTAAATAATTCAGAGAAGTCCCATTCTCTAGAAAAAACGAGTAGCATACATGCGGGTCCTGTAAATTCTCATTACACCCTTCAAAAGCCTTGGAAAAATGAGACAGAACAGTTATATGACCTCAAGAAGCAGTTTGAACCTGGTGTATCTAGCCATAATGATATTGAGTCAACAA
TTTCTTTAAGTCGGTGCATGTTGGACAATGATTACCTCGATGCATTGAGGACTAAGATCAGTCCCAGCGTGGTCTCAAAATGTAGCATGGAAGTCCATCCATTGTGTACCTCAAGTTATGAATTTCTGCAGTATCAACCAAGTTGTAAAGATGGAATGGATGATACAACTGCAGTTAAGAGGAATTTGTCTGCTCTTGTA
AATGAGGATGAGGATTATTCATCACCCATGAATTTGTCTGCTCTTGTAAAGGAGAATGAGGATTATTCAGCACCCAGGGTCGTTGATAACTCAGGGAACATTAGAGTTACAGTGAAGAATGATACTTCACGGATGGATACATTGCAAAATGAAGAAATTCAAAGAATACACAAGGATGACAGAGTTCACTTAAATCAGAA
TCTTCTTGGTTCAGTCGCCAAATTAAAAAGTCAGCGGTTTGTGACAGTATCCAGGGTATCCAAAAAAGGCGTAAACAACATATCTGATTCAAATTCCTTGTCAAAAGCAGAAGTCAGTAAAAGCATTCAACAGAAGAAACATCCTGTGTGGTCCCGTCTTTCCAAACAGGTTTCAAGTACAAACAGCACGAAAAAATTGA
GAAGCCCGAATTTAAAAGAAATGAAGCATGGTGATAGAAATACTTCTGATAAAGAGGATGAAACAGATGCTCTCGTGGGAGTAGAAATCTACAGTCCTGATGAGCATGAAGATATTGAAGACACACCAAAAAATGACTTTATCATAGACTTCAAGCGAAGAAAGAACATTCAAAGATCTGAAGAAAAAGCAAAGACAAAG
ATGTTAACAGATGAACTTGCACAAGGCACCTCCATCCAAGAAAAAGACAACACACAAAACAAATGTGATATTCAAAAAAAGAGGAGGCGCCTCATCAGACCTGAGTTTGTTTGCAGTGATGCTAAACTTGCTCCTACTAGTATCAATATGGTGGATAAGCAACAAAATACTTCTCTATGCATAGGAGAGGCTCTTGAAGT
TAAGAATTAGATGCTCCATGTAGCACAATGGAGTTAAAGCCAGAGTCAGATTCCAACCCAGCTGATGTATTTGAGAGCATTGACAAAGTTCGGCTCAATTCAGAAAAACTATTGAAATTTTGGATACTTATTTCAGTTACAAGTAATTCATCTTGCTTGTGCTCATTGTACCATTTAAAGGATACGATGGGTGCAGTATG
GCGCGTTAATTTGAAGTGCATTACCAGTTATCTTCCGGTAAAGGTTGGAATTCTCAACTGTGCTGGTGTTGGGTTTCAAATTTGCTCCTATAAAATTAGGATATCATTCTATCACATTATGATAGAATCGCAAGAGTACATCTCTCCAATTAGAATTCTGAAGATAAGACTGACGCATGCAAGTGGATTTCTTTCTTTAC
GAGTGCATAGACAGATCCTGGGTCCTGATCAGGCATTCTAAGATATGTTAACACGTGCATGCGCACTGTACAGTTTTAGCACTATCTCAGTGGTGCACTCTTTGAGTTTAACAATAACATCTCTGGCAGAGAGACTGTTTATACTCTTTACTGGATTTCATTCTTTACGAGTCCATAGACATACTAGTTCTTGATTAGGA
ATTCTTAGATATGTTAACACGTGCATGCGCACTGTACAGTTTTAGCACTGCCTCAGTGGTGCACTCTTTGAGTTAGTTAACAATAACATCTCTGGCAGAGAGACTGTTTATATTCTTTACTTTTTCTTTGTAATGAGTGCTGTATGAATCGGTCTTGTATCAAAGGAGACTATTCTGATTTAATATGAAATTTCCGAGTA
CTCGTAGATAAAAAAAA

>TRINITY_DN115149_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CTCAAGTGCGTTTTGCTGTTGAGGAGGTTAAGCCCGTTCAGAACCCCAACCCCTCGCGAACTATTTTTCTTTATCTCGCAATTGCAGAGGAAAATTGAAGAATTCTCCGTGGAACTGTCGTCAATGGCCGGCCGTGCCGCATGATCTGCTGGTGGCTTCGTTGTTCCTATTGCCTTCAAACCCGCAAATTTCTTGCTCTA
TTTCTCCTTTCGGACTTTCAGAGATTCAGCCCATCGGACTCGATTGCGGATGCATTGACCTAAAAAACCCATTGCCGGTCTTCAAATCAAGGGCAGTTGTGCAATCTACGAATTTGCAAAAAGGTCCTGTAAATGCTTCATTTTCGGTTCTTGTTTTTTTTTCCATCTTCGTTTTTTAACTAAAGTCATTGATTTTGGAC
TGTTAAGGGATGGGTTTTCCTGTCAGTTGATGAATTTGGGAATTTGAGGGTTTAGATCTATAATTATATTATGGATCTTTAGTTTCATCCAAGCGTTTTCTTTTCGTGGGGTTTTGCTGATGTTTTCTTTCTCTTTGTTTTTTCCTGCTTAAATCTTTTACATGGGGGTTTTGTTAAAAATGTTTTTTTTGAAATGATTT
GAGCCATCATTAATCAATTTATCTGGGTCCATCTTAGGGAGAGTGACATGGGAATTAAGGGTTTGCAAATAAGCTTTTTGTGATTTTCCTGGCTTGAGTCGGTCTTTTGAGATTCACACGGTTGAGAATTGATTTCTTGTTTTCATGTTTTTTCCCTTTTGTCTGAGTAACGAAATTTTCTGTGCTCCCACGTCGTTTAA
GAAGCTTAATACAACCAGCATGTTCGTTTGACTTGCTGAAGAGGTTAGTCCTTGGCACAAGGGTTTGAACTGTGATGTTTATTTAACCCAAACTCGATTGGTTTGGGATTATCTTATTGCTGCTACTGGCATGCAGCTTTAAGCAGCGTAACGTTTGTCAGAGAAGCATCTCCCTTTAGCCGCATTGAGATCTTCGCCGC
CTTATAAGCAAGGAGTTTGTTTGAGACCTGAGCCCGGAATGAAAACAAACAGTTGACCAAGCATCCTTTTTTTACAGCAAAAGACTTGCTTTATCTTATTGCTGCTATTGGCATCCAGCTTTAAGCAGCAAAACATTGTTAGAAAAGTATTTTCCCTTTAGCCGCAGTTAGTTTGAGCTCCGTGCTTCACCAGTTCAAAC
TAAAAAAGTTTAGTTTGCTACATGCAGTTGCTTGTGTCTGTGAATGCCTAACTTACAGATTAAGATTGGAAGCAACCTGTGAAATAACAGGGATCTGACGACATAAGTGTTGTTAGTCACAATGTTAAGAGCTCGTCATTTACCTTCCAACTATGTTCCACTCGGTGCAGCATATGATGATGCTTTACAGAAATCTTCTG
GTGCCGGATCCGATCTGTATGACATATTAGACAAAGTTCCAATTAGCAACAGGAGACTGGAGCAACATCCTCATATTGATCAATCGAATAAAAGGAAAATAACTTATGATGCGGGTAAAAAGACACTCATAGTCACTAAGAATGATTACGTGGATTTGGCGTTGAAGCAGAAGAAGAATGCATTGAAGCAGGAGAATGCA
TTGAGGAATTTGAACAAGAAGACGGTAATAACAGATATCCACGGTTATATGCAACGTGTTTCAAAGAGGAAGCAGAATACTGGTCAGGAGTCAGTGTCGAAGCATGAAGGTGACAATGCTATACGAATGTCCCAAGAACACGCAGTCTTGAGAGATTCAGACTCTGTAGATTTACGGGAGACAGTATTATTGGGAAATCC
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