sp|Q43270|PLDA1_MAIZE ----> Phospholipase D alpha 1

Intron 1 GCATGTATCC ... TAATTAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	57.31	12.8	13	21.3
A2	56.37	5.6	8.6	5.8
A3	61.03	5.8	8	10
A4	72.04	3.9	1.6	18.6
A5	50.34	5	4.6	5.7
A6	25.36	10.3	6	1
A7	15.1	8.8	3	0.1
A8	47.3	4.9	4	4.8
A9	58.48	4.4	3	8.6
A10	6.53	3.9	0.6	0

>TRINITY_DN119226_c1_g3_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGGTAGTGAGCTTCCGCTTTGTGACTATGTGCCCATATGCTCTGCCCTACAAAGATCCTTGTATTCAGCTGCGGAAGCGCCGCGGTTGAGGGTGGGTTCCCAGCTTATCCTTCCTCAGATTCAGCTACTTCCTCGTCGACTTTCCCAAGTGTTTCTTCGTTTGCTCCTCTACCTTATCTTAGCGCAAGGCGGGGTAGTG
AGCTTCCGCTTTGTAACTATGTGCTCATATGCTCAGCCCTGCAAAGATCCTTGTCTTCAGCTGCAGAAGCGCCACGGTTGCTGTTTGGTTTTCTTTTAACAGTGTGAAAATTGCTGAGCTGTATGGCAGGAATTGATTTTCCTCGTATTCTTTCCACCACATCCTGAAGCTGCTTGCTTCCAAGAGGACTCTGAATTGAA
ATCGCAATTCTTTTTCCAGCGCCATGGATCGAGAAATAGATGCAAGTTCTAAAAGGTTCATTGTTAGTCAGGAGTTGCCACATTTCTTGTTTCATGCAGTATATTGCTCTAGGTTTGGGAAGAATCACGTCCAGTTGGCAACATGGTAGGCAATGGAGGAAGAAAAGAATGGAGTTGTCTCACTCAACTCTTGAGACTAT
GTGCCCATATGCTCTGCCCTACAAAGATCCTTGTATTCAGCTGCGGAAGCGCCGCGGTTGAGGGTGGGTTCCCAGCTTATCCTTCCTCAGATTCAGCTACTTCCTCGTCGACTTTCCGTAAGTTGGCCCATATTTGTATTTTTGTGTTTATATCTTGTATTACATCATTCAGACGTTGAACTTGAGCTTCCATGTTGCTG
ACAGCTCGAGGCAAAGAAATGACCATTATCACCTCTTGAATAACTTTGTTAAAATGGCTGTTCAAAACAAAGGCCAAGCTTCACCCGAATTAGAAAGCCCAATGTCTCCCAAACCAAAATAGACAAACTACTACAGAATCAGGTGTGGCAAGATTAGGATCCCTCTTTCCACAGGTAAATCACCAGCAAAATTAGGATTC
CTCTTGCTCGAGTTAGCTAAAGCTTCGCACCGTACCATGGAGTCTTGGAACTGAATACATCCTCAAACTAGCCAATCATTATTATTAATCGATTTCCCGGTTCTGGTTCATGTCTGAATGATGTTATACATGATATATACGTGGAACGTGCTTGAGAACAAAGGGGCCCTAAAAGAATAATGAAGACTTGACTGGAAAAG
GCACGCAAGGCTATAGAAAGTTCAGGATCTATTTGTGGCGATTACAGCAACAAAACTGCCTAGTTGCTGCCCTAACTACATATGCGGTTACAGAATCAGCAAAGATATTGGAGATTGGAAATGGTGTCTTAATGTTACACTCCTTAGTTGGTAGGAGTGTAACATGAAGACACATGAATTAACAGGGATGCTTTGTATTT
TCTCGAGCATGCATCTAGTAATGGAAGCAGTACAGGGCTCCACATCAATCGCTGAAATTTCATTCAAAGATTTCCTCTGTATATGTGGAGGGATCATTGTACCGGCAGCAACAGATCTTTTGGCTTCTTGCCTTCAACGCAACACTGCACCAGTGGCTGCAACAATATTACTGTTGCAAAGGATATCCGAACTTGGAGAA
GGTATGAAAGAAACCTGCTTTTACTTCTTAGAAAATTAAAAAATGTCATGCTAGTAGATTTATAATGGACATTTTTAAATGCCTGTGCAAATAAATTAGGCACTGCTTACTAGATATTTTATTTGAGCATCGCGGACAGAAAGAACGTCATTGCTTGAGCTTGAGATGGGTTCAAGGAGAACAGAATTTACAGGAAGAGG
ATTACCAGTCTAAGCAGCACTGTAGTCTTGGAGCAGTTCTGACTCCAAACAATAACGCTAATAATGACAGAAGGTGGAGCATATCCTTAATAAAGCAGAGGACACAAGACATAACATTGATCTGAACAATTGAATTTGGTAGGAAAAGTGCTTCATCGTATTTAGAAGGCCTTGAAGAGGAGCTGTGCACCGGACACAGA
TACCGAGGCTTACAATTAGCAGGGTTGGAATTTCATTTCAGATTTTTGATATTATAAACACTTTTTGGAAAAATAACTCATCTACAATGAAGTTTTGTTGTGAAGTTTTATTAAAAGGAATACCCTTCAATATGTTTTTTTAACATATTGGCTTACTGGTATAATTGAAATTGTGACCTTTTATTGTAAGGAATAAATCA
TCGACATGTAAAGGTGGTTCATTTAAAAAACACATTCCAACAAAATTGTATTTCGAGGTTGTTTCCTTTGTTAAACAAAATTTTAATACACTATTTTCAAAAAAATTGTATTACTAAGTTGTTTCCTTACTTCGTTAAACAAGACTTTAATAAAC

>TRINITY_DN119226_c1_g3_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGGTAGTGAGCTTCCGCTTTGTGACTATGTGCCCATATGCTCTGCCCTACAAAGATCCTTGTATTCAGCTGCGGAAGCGCCGCGGTTGAGGGTGGGTTCCCAGCTTATCCTTCCTCAGATTCAGCTACTTCCTCGTCGACTTTCCCAAGTGTTTCTTCGTTTGCTCCTCTACCTTATCTTAGCGCAAGGCGGGGTAGTG
AGCTTCCGCTTTGTAACTATGTGCTCATATGCTCAGCCCTGCAAAGATCCTTGTCTTCAGCTGCAGAAGCGCCACGGTTGCTGTTTGGTTTTCTTTTAACAGTGTGAAAATTGCTGAGCTGTATGGCAGGAATTGATTTTCCTCGTATTCTTTCCACCACATCCTGAAGCTGCTTGCTTCCAAGAGGACTCTGAATTGAA
ATCGCAATTCTTTTTCCAGCGCCATGGATCGAGAAATAGATGCAAGTTCTAAAAGGTTCATTGTTAGTCAGGAGTTGCCACATTTCTTGTTTCATGCAGTATATTGCTCTAGGTTTGGGAAGAATCACGTCCAGTTGGCAACATGGTAGGCAATGGAGGAAGAAAAGAATGGAGTTGTCTCACTCAACTCTTGAGACTAT
GTGCCCATATGCTCTGCCCTACAAAGATCCTTGTATTCAGCTGCGGAAGCGCCGCGGTTGAGGGTGGGTTCCCAGCTTATCCTTCCTCAGATTCAGCTACTTCCTCGTCGACTTTCCGTAAGTTGGCCCATATTTGTATTTTTGTGTTTATATCTTGTATTACATCATTCAGACGTTGAACTTGAGCTTCCATGTTGCTG
ACAGCTCGAGGCAAAGAAATGACCATTATCACCTCTTGAATAACTTTGTTAAAATGGCTGTTCAAAACAAAGGCCAAGCTTCACCCGAATTAGAAAGCCCAATGTCTCCCAAACCAAAATAGACAAACTACTACAGAATCAGGTGTGGCAAGATTAGGATCCCTCTTTCCACAGGTAAATCACCAGCAAAATTAGGATTC
CTCTTGCTCGAGTTAGCTAAAGCTTCGCACCGTACCATGGAGTCTTGGAACTGAATACATCCTCAAACTAGCCAATCATTATTATTAATCGATTTCCCGGTTCTGGTTCATGTCTGAATGATGTTATACATGATATATACGTGGAACGTGCTTGAGAACAAAGGGGCCCTAAAAGAATAATGAAGACTTGACTGGAAAAG
GCACGCAAGGCTATAGAAAGTTCAGGATCTATTTGTGGCGATTACAGCAACAAAACTGCCTAGTTGCTGCCCTAACTACATATGCGGTTACAGAATCAGCAAAGATATTGGAGATTGGAAATGGTGTCTTAATGTTACACTCCTTAGTTGGTAGGAGTGTAACATGAAGACACATGAATTAACAGgcatgtatccccacc
aaggctgtaaagcactttgcattctctaatggttgagctgttctgtgaataagtagatagattctaagatttcaatgagttttcgttatgttttgaatcttttgatgcctgtaggattttttaatgcacggtaatacatagactgtgaagactaacattaattaacagGGATGCTTTGTATTTTCTCGAGCATGCATCTA
GTAATGGAAGCAGTACAGGGCTCCACATCAATCGCTGAAATTTCATTCAAAGGTATCATGTACTGATTAAATCCATTGAATTTCTAAGTTTCTTCAGCGATTTCCTTTTGAGGTAAATCATCCAAAAAGTTACATAATATGTGCAAGTGTTTTAAAACCAAAACCTTGAAGCTTTTAGAAAGTCGAATCCATTGAATTAT
ATATATCATGAATCTGCCACACCGCACTTTTTTTTGACAATTTTGATTTTTCTAAGACCTATGTCTATTCTGGTGATCAATATAGCTCAACCAAAGGCCTTGGGTTTACAATTGATATTTTTTGTTATTGGGGCTTGAGAATTTTTTGAATGCTTACGAAGAGTTTTATCCCACACCCACC

Intron 2 GTATCATGTT ... TTGTTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	62.44	8	13.7	12
A2	65.97	4.7	12.3	3
A3	72.91	3.7	14.7	5
A4	81.48	0.7	6	0
A5	72.22	0.7	3.3	0
A6	42.86	8	3	9
A7	60.04	7.3	7	15
A8	53.7	11	10.3	15
A9	43.47	8.7	5.3	8
A10	44.62	5.7	3	6

>TRINITY_DN108338_c1_g1_i5 from sample A3 / Example spliced isoform

TTGGTAGGAGTGTAACATGAAGATGCATGAAGTAACAGACATGTTCCCTGAATGAGACTGTAAAGCACTTCACATTGTCTGAATGGCTGGACCTGTTCTGTGAAAAAGTAGAGAGAATTCTAAGATTTCAATGAATTTGTACTCTCTTTTGATGTCTGTAGGATTTTTTTCAAGGCATAGTAAAACAGACTGTGAAGACT
AACATTAATTTACAGGGAAGCCTTGTATTTCCTTGAGCATGCATCTAGTAATTGAAGCAGTACAGGGCTCCAGATCAATTGCTGAAATTTCATTCAAAGAGATTTGTCCCACACACATTGGACCAGGCAAGTTGCATCAGGCCAAAGTGTTATTTTTAAAGCTGGTGAGAGTCAGGGTTCTCTGCACTTATCAGGTACCC
TTGTTCTGGCTTGAAGTGGTGCACTGAGTGCCTAGATGTCTATATTCACACAGAGCAGTTACAGTAGCCTGGGTATTATCGATGTCATATACAGTAGTGTATGTAAGTGATTGC

>TRINITY_DN108338_c1_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GGGGTAGTGAGCTTCCGCTTTGTGACTATGTGCCCATATGCTCTGCCCTACAAAGATCCTTGTATTCAGCTGCGGAAGCGCCGCGGTTGAGGGTGGGTTCCCAGCTTATCCTTCCTCAGATTCAGCTACTTCCTCGTCGACTTTCCCAAGTGTTTCTTCGTTTGCTCCTCTACCTTATCTTAGCGCAAGGCGGGGTAGTG
AGCTTCCGCTTTGTAACTATGTGCTCATATGCTCAGCCCTGCAAAGATCCTTGTCTTCAGCTGCAGAAGCGCCACGGTTGCTGTTTGGTTTTCTTTTAACAGTGTGAAAATTGCTGAGCTGTATGGCAGGAATTGATTTTCCTCGTATTCTTTCCACCACATCCTGAAGCTGCTTGCTTCCAAGAGGACTCTGAATTGAA
ATCGCAATTCTTTTTCCAGCGCCATGGATCGAGAAATAGATGCAAGTTCTAAAGACTATGTGCCCATATGCTCTGCCCTACAAAGATCCTTGTATTCAGCTGCGGAAGCGCCGCGGTTGAGGGTGGGTTCCCAGCTTATCCTTCCTCAGATTCAGCTACTTCCTCGTCGACTTTCCCAAGTGTTTCTTCGTTTGCTCCTC
TACCTTAGGTTCATTGTTAGTCAGGAGTTGCCACATTTCTTGTTTCATGCAGTATATTGCTCTAGGTTTGGGAAGAATCACGTCCAGTTGGCAACATGGTAGGCAATGGAGGAAGAAAAGAATGGAGTTGTCTCACTCAACTCTTGAGTAAGTTGGCCCATATTTGTATTTTTGTGTTTATATCTTGTATTACATCATTC
AGACGTTGAACTTGAGCTTCCATGTTGCTGACAGCTCGAGGCAAAGAAATGACCATTATCACCTCTTGAATAACTTTGTTAAAATGGCTGTTCAAAACAAAGGCCAAGCTTCACCCGAATTAGAAAGCCCAATGTCTCCCAAACCAAAATAGACAAACTACTACAGAATCAGGTGTGGCAAGATTAGGATCCCTCTTTCC
ACAGGTAAATCACCAGCAAAATTAGGATTCCTCTTGCTCGAGTTAGCTAAAGCTTCGCACCGTACCATGGAGTCTTGGAACTGAATACATCCTCAAACTAGCCAATCATTATTATTAATCGATTTCCCGGTTCTGGTTCATGTCTGAATGATGTTATACATGATATATACGTGGAATGTGTTTGAGAACAAAGGAACCCT
AAAAGATAGTAAATACTTGACTGGAAAAAGCAGGCAAGGCTATAGAATGTTTGGGATATATTTGGGTGATTACAGAAACACAAAAACTGCTATCATTGCTGCCCTAACTACATCTGCTGTTACAGAATCAGCATAGGGACGCCTTGTATTTCCTTGAGCATGCATCTAGTAATTGAAGCAGTACAGGGCTCCAGATCAAT
TGCTGAAATTTCATTCAAAGgtatcatgttcttattaaatccattgaatttctatgcttcttaagtcatttccttttgaggtaaatcatccaaaaatatacataatgatatgtgcaatttttctttacaacaaacccttgagcttttagaaagttgaatccattaaattatatatatcacgatttccaccacactgccct
tctttacaattttgaatttacatgacctgtgcctatttgggtgatgaacatggcccaaccaaagactcttgatttacagttgatgttttttgttattatgatctgagagtttcgtgagttgtttacagAGATTTGTCCCACACACATTGGACCAGGCAAGTTGCATCAGGCCAAAGTGTTATTTTTAAAGCTGGTGAGAG
TCAGGGTTCTCTGCACTTATCAGGTACCCTTGTTCTGGCTTGAAGTGGTGCACTGAGTGCCTAGATGTCTATATTCACACAGAGCAGTTACAGTAGCCTGGGTATTATCGATGTCATATACAGTAGTGTATGTAAGTGATTGC

Intron 3 GTATGAAAGA ... TCGCGGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.85	12	11	15
A2	44.35	11	7	10.7
A3	50.85	4	5	3.3
A4	42.86	4	3	3
A5	-1	0	0	0.7
A6	24.75	9	4	2
A7	15.04	23	5	3.3
A8	58.21	5	6	8.3
A9	27.21	10	4	3.7
A10	29.77	11	8	1.3

>TRINITY_DN42682_c1_g3_i8 from sample A6 / Example spliced isoform

GGGGTAGTGAGCTTCCGCTTTGTGACTATGTGCCCATATGCTCTGCCCTACAAAGATCCTTGTATTCAGCTGCGGAAGCGCCGCGGTTGAGGGTGGGTTCCCAGCTTATCCTTCCTCAGATTCAGCTACTTCCTCGTCGACTTTCCCAAGTGTTTCTTCGTTTGCTCCTCTACCTTATCTTAGCGCAAGGCGGGGTAGTG
AGCTTCCGCTTTGTAACTATGTGCTCATATGCTCAGCCCTGCAAAGATCCTTGTCTTCAGCTGCAGAAGCGCCACGGTTGCTGTTTGGTTTTCTTTTAACAGTGTGAAAATTGCTGAGCTGTATGGCAGGAATTGATTTTCCTCGTATTCTTTCCACCACATCCTGAAGCTGCTTGCTTCCAAGAGGACTCTGAATTGAA
ATCGCAATTCTTTTTCCAGCGCCATGGATCGAGAAATAGATGCAAGTTCTAAAAGGTTCATTGTTAGTCAGGAGTTGCCACATTTCTTGTTTCATGCAGTATATTGCTCTAGGTTTGGGAAGAATCACGTCCAGTTGGCAACATGGTAGGCAATGGAGGAAGAAAAGAATGGAGTTGTCTCACTCAACTCTTGACTCGAG
GCAAAGAAATGACCATTATCACCTCTTGAATAACTTTGTTAAAATGGCTGTTCAAAACAAAGGCCAAGCTTCACCCGAATTAGAAAGCCCAATGTCTCCCAAACCAAAATAGACAAACTACTACAGAATCAGGTGTGGCAAGATTAGGATCCCTCTTTCCACAGGTAAATCACCAGCAAAATTAGGATTCCTCTTGCTCG
AGTTAGCTAAAGCTTCGCACCGTACCATGGAGTCTTGGAACTGAATACATCCTCAAACTAGCCAATCATTATTATTAATCGATTTCCCGGTTCTGGTTCATGTCTGAATGATGTTATACATGATATATACGTGGAACGTGCTTGAGAACAAAGGGGCCCTAAAAGAATAATGAAGACTTGACTGGAAAAGGCACGCAAGG
CTATAGAAAGTTCAGGATCTATTTGTGGCGATTACAGCAACAAAACTGCCTAGTTGCTGCCCTAACTACATATGCGGTTACAGAATCAGCAAAGATATTGGAGATTGGAAATGGTGTCTTAATGTTACACTCCTTGGTTGGTAGGAGTGTAACATGAAGACACATGAATTAACAGGGATGCTTTGTATTTTCTCGAGCAT
GCATCTAGTAATGGAAGCAGTACAGGGCTCCACATCAATCGCTGAAATTTCATTCAAAGATTTCCTCTGTATATGTGGAGGGATCATTGTACCGGCAGCAACAGATCTTTTGGCTTCTTGCCTTCAACGCAACACTGCACCAGTGGCTGCAACAATATTACTGTTGCAAAGGATATCCGAACTTGGAGAAGAAAGAACGT
CATTGCTTGAGCTTGAGATGGGTTCAAGGAGAACAGAATTTACAGGAAGAGGATTACCAGTCTAAGCAGCACTGTAGTCTTGGAGCAGTTCTGACTCCAAACAATAACGCTAATAATGACAGAAGGTGGAGCATATCCTTAATAAAGCAGAGGACACAAGACATAACATTGATCTGAACAATTGAATTTGGTAGGAAAAG
TGCTTCATCGTATTTAGAAGGCCTTGAAGAGGAGCTGTGCACCGGACACAGATACCGAGGCTTACAATTAGCAGGGTTGGAATTTCATTTCAGATTTTTGATATTATAAACACTTTTTGGAAAAATAACTCATCTACAATGAAGTTTTGTTGTGAAGTTTTATTAAAAGGAATACCCTTCAATATGTTTTTTTAACATAT
TGGCTTACTGGTATAATTGAAATTGTGACCTTTTATTGTAAGGAATAAATCATCGACATGTAAAGGTGGTTCATTTAAAAAACACATTCCAACAAAATTGTATTTCGAGGTTGTTTCCTTTGTTAAACAAAATTTT

>TRINITY_DN42682_c1_g3_i6 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CTCGAGGCAAAGAAATGACCATTATCACCTCTTGAATAACTTTGTTAAAATGGCTGTTCAAAACAAAGGCCAAGCTTCACCCGAATTAGAAAGCCCAATGTCTCCCAAACCAAAATAGACAAACTACTACAGAATCAGGTGTGGCAAGATTAGGATCCCTCTTTCCACAGGTAAATCACCAGCAAAATTAGGATTCCTCT
TGCTCGAGTTAGCTAAAGCTTCGCACCGTACCATGGAGTCTTGGAACTGAATACATCCTCAAACTAGCCAATCATTATTATTAATCGATTTCCCGGTTCTGGTTCATGTCTGAATGATGTTATACATGATATATACGTGGAACGTGCTTGAGAACAAAGGGGCCCTAAAAGAATAATGAAGACTTGACTGGAAAAGGCAC
GCAAGGCTATAGAAAGTTCAGGATCTATTTGTGGCGATTACAGCAACAAAACTGCCTAGTTGCTGCCCTAACTACATATGCGGTTACAGAATCAGCAAAGATATTGGAGATTGGAAATGGTGTCTTAATGTTACACTCCTTGGTTGGTAGGAGTGTAACATGAAGACACATGAATTAACAGTAATGGAAGCAGTACAGGG
CTCCACATCAATCGCTGAAATTTCATTCAAAGATTTCCTCTGTATATGTGGAGGGATCATTGTACCGGCAGCAACAGATCTTTTGGCTTCTTGCCTTCAACGCAACACTGCACCAGTGGCTGCAACAATATTACTGTTGCAAAGGATATCCGAACTTGGAGAAGgtatgaaagaaacctgcttttacttcttagaaaatt
aaaaaatgtcatgctagtagatttataatggacatttttaaatgcctgtgcaaataaattaggcactgcttactagatattttatttgagcatcgcggacagAAAGAACGTCATTGCTTGAGCTTGAGATGGGTTCAAGGAGAACAGAATTTACAGGAAGAGGATTACCAGTCTAAGCAGCACTGTAGTCTTGGAGCAGT
TCTGACTCCAAACAATAACGCTAATAATGACAGAAGGTGGAGCATATCCTTAATAAAGCAGAGGACACAAGACATAACATTGATCTGAACAATTGAATTTGGTAGGAAAAGTGCTTCATCGTATTTAGAAGGCCTTGAAGAGGAGCTGTGCACCGGACACAGATACCGAGGCTTACAATTAGCAGGGTTGGAATTTCATT
TCAGATTTTTGATATTATAAACACTTTTTGGAAAAATAACTCATCTACAATGAAGTTTTGTTGTGAAGTTTTATTAAAAGGAATACCCTTCAATATGTTTTTTTAACATATTGGCTTACTGGTATAATTGAAATTGTGACCTTTTATTGTAAGGAATAAATCATCGACATGTAAAGGTGGTTCATTTAAAAAACACATTC
CAACAAAATTGTATTTCGAGGTTGTTTCCTT

Intron 4 GTATCATGTA ... TTTTAATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	65.38	9.7	18	18
A2	92.59	0.7	8	8.7
A3	83.16	1.7	10	6.3
A4	89.75	1.3	16	6
A5	100	0	4	2
A6	60	1.3	2	2
A7	33.33	1	0	1
A8	81.48	1.3	9	2.3
A9	59.81	4	8	4
A10	83.33	0.3	1	1

>TRINITY_DN119226_c1_g3_i10 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGGTAGTGAGCTTCCGCTTTGTGACTATGTGCCCATATGCTCTGCCCTACAAAGATCCTTGTATTCAGCTGCGGAAGCGCCGCGGTTGAGGGTGGGTTCCCAGCTTATCCTTCCTCAGATTCAGCTACTTCCTCGTCGACTTTCCCAAGTGTTTCTTCGTTTGCTCCTCTACCTTATCTTAGCGCAAGGCGGGGTAGTG
AGCTTCCGCTTTGTAACTATGTGCTCATATGCTCAGCCCTGCAAAGATCCTTGTCTTCAGCTGCAGAAGCGCCACGGTTGCTGTTTGGTTTTCTTTTAACAGTGTGAAAATTGCTGAGCTGTATGGCAGGAATTGATTTTCCTCGTATTCTTTCCACCACATCCTGAAGCTGCTTGCTTCCAAGAGGACTCTGAATTGAA
ATCGCAATTCTTTTTCCAGCGCCATGGATCGAGAAATAGATGCAAGTTCTAAAAGGTTCATTGTTAGTCAGGAGTTGCCACATTTCTTGTTTCATGCAGTATATTGCTCTAGGTTTGGGAAGAATCACGTCCAGTTGGCAACATGGTAGGCAATGGAGGAAGAAAAGAATGGAGTTGTCTCACTCAACTCTTGAGACTAT
GTGCCCATATGCTCTGCCCTACAAAGATCCTTGTATTCAGCTGCGGAAGCGCCGCGGTTGAGGGTGGGTTCCCAGCTTATCCTTCCTCAGATTCAGCTACTTCCTCGTCGACTTTCCGTAAGTTGGCCCATATTTGTATTTTTGTGTTTATATCTTGTATTACATCATTCAGACGTTGAACTTGAGCTTCCATGTTGCTG
ACAGCTCGAGGCAAAGAAATGACCATTATCACCTCTTGAATAACTTTGTTAAAATGGCTGTTCAAAACAAAGGCCAAGCTTCACCCGAATTAGAAAGCCCAATGTCTCCCAAACCAAAATAGACAAACTACTACAGAATCAGGTGTGGCAAGATTAGGATCCCTCTTTCCACAGGTAAATCACCAGCAAAATTAGGATTC
CTCTTGCTCGAGTTAGCTAAAGCTTCGCACCGTACCATGGAGTCTTGGAACTGAATACATCCTCAAACTAGCCAATCATTATTATTAATCGATTTCCCGGTTCTGGTTCATGTCTGAATGATGTTATACATGATATATACGTGGAACGTGCTTGAGAACAAAGGGGCCCTAAAAGAATAATGAAGACTTGACTGGAAAAG
GCACGCAAGGCTATAGAAAGTTCAGGATCTATTTGTGGCGATTACAGCAACAAAACTGCCTAGTTGCTGCCCTAACTACATATGCGGTTACAGAATCAGCAAAGATATTGGAGATTGGAAATGGTGTCTTAATGTTACACTCCTTAGTTGGTAGGAGTGTAACATGAAGACACATGAATTAACAGGCATGTATCCCCACC
AAGGCTGTAAAGCACTTTGCATTCTCTAATGGTTGAGCTGTTCTGTGAATAAGTAGATAGATTCTAAGATTTCAATGAGTTTTCGTTATGTTTTGAATCTTTTGATGCCTGTAGGATTTTTTAATGCACGGTAATACATAGACTGTGAAGACTAACATTAATTAACAGGGATGCTTTGTATTTTCTCGAGCATGCATCTA
GTAATGGAAGCAGTACAGGGCTCCACATCAATCGCTGAAATTTCATTCAAAGGATCTGAGAGTTTTGTGAGTTGTTTACAAAGGTTTATCCCACACCCAGTGTACCAGGTAAGTCGCATCAGGCCAAATTAATTTTTTTAAAGCCGGTGAGAGTCAGGGTTCTCTGCACTTACTAGGTACACTTGTTCTGGCTTGAAGTG
GTGCACGAGTGTCTAGATGTCTATATTCACACAGCAGTTACAGTGGCCTGGGAATTATCCACGCCATATACAGTAGTGTATTTAAGTGACTGAATATATGTCTCAGCTAACAGTCTGGTTGTATTGAGGGTTTGGAACTGGGGATTGGGAGTTCGAAACTGTACAGCACATGTTCACATCAATGCTAGTGTTTCAACAGC
TTAGGTTTGTAGGATGATGAACCTTGAGAGGCGAGGATGCATATCTTTAAAATAATTGATGACTGATGACAAGTTGATACAAGTGATGAAGAAAGGGAGCCTATTGGGGGACGGGCAAAGATTTGTGCAACTGCAAATTTGCAGTATTTTGATGTTGCTGATGATTGAAACTGGGCTAGAGGTATTAGGTCTTGTAAGTT
CCCTAGGTCCCACATACCCTTTTTGCCTCACAGAAAGGTCACTCTTTAGTCTGTACCAAGATGCACACAGGCCTGATAAGTTTCTGCCCAAGATCTCTTTGGGTAGAGGGCAGTTGACACAGCTAAAAGTGGTGCAAAAGGATGTTGGATCTGCATAAAAATAAAAGCCCATTTCAGAGGCGGTGTCAGACAGAGGCCAC
AGGGAAGATATTCTGCATAAATCAGAGATCCATTGAAGAAATTTTGCTTTTCAAGGATCAACAGAGATGTATGCAGGGTTGAAATTTAAGAGAAGCAGAAACCTTTTTGAAAGTCTGGAATATAGGGCCCATATATTTATATACGGTTCTGCTTCCATGCTACAGTCTGTGAGGTAAGGACCTGCTTTGCTTTGTCAGCA
TTTAATCATTCGAGGGTTCATTTGAAACTTGTAATTGTTATATTTAATAGTATGTTAGAATTCAAATTTCCTTACAAGATGCATGGAAATCCCGTCGTAGCAGAAATTAAATTAATGCTTTGAACATCTCGCTTTTAACTGGAGTCATCTGTTTGTCGTCAAATTGTGCTTCGGAATTGTAACTTACGCATTCTCATTCT
TACATTTATGTTAGTGCTGGTTGTAGACACTGTCAAAAATTGGAATATTTTGTTAGTTGTTGTCTCAGTCTTGCATTAGTGATATTGTTATGTTTGGCAATAAGAAACACTAATGAAAAACCAAAAGACCATTTATCTAAATTTATTCCGTTATCACGAACCCCATTTTGACACACAACAAACGATGTTGACACAGTTAT
CATCAAAAGTTGAACGACTTAAGGTATAACTTATGTAAACGGTAACAGGGCTTCTTTTGCCTTAGAATTCATTTCAGATAGGCAAAACTAATAGCTTTCGAATAATCTGGCTATGTATCATATGTGAAATCTAGGCTGACACTGAAGTTCTATATTTGTTGCTTATGATGCCTAGAGGAAATTTCTGTCTTAATTTATCA
CTGAGATTATACACTGCTAAAATGACATCTTAATCAAACAATATTTTATACTGCATTATAGAGGGTTGTTGCAGACAGAGAGACTTAACAGAATTAATAGTGCTTCTGGAGTGTAAAGGCCATCTTTATATGCTAAGCTCAGAAGCATTCATAGAAATTCCTTGATACATCTTAACATTTTATAGATTTAGTTTAGTGAC
ATAAATATTTCCTTTGCTAGATTTCCTCTGTATATGTGGAGGGATCATTGTACCGGCAGCAACAGATCTTTTGGCTTCTTGCCTTCAACGCAACACTGCACCAGTGGCTGCAACAATATTACTGTTGCAAAGGATATCCGAACTTGGAGAAGGCACTGCTTACTAGATATTTT

>TRINITY_DN119226_c1_g3_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGGTAGTGAGCTTCCGCTTTGTGACTATGTGCCCATATGCTCTGCCCTACAAAGATCCTTGTATTCAGCTGCGGAAGCGCCGCGGTTGAGGGTGGGTTCCCAGCTTATCCTTCCTCAGATTCAGCTACTTCCTCGTCGACTTTCCCAAGTGTTTCTTCGTTTGCTCCTCTACCTTATCTTAGCGCAAGGCGGGGTAGTG
AGCTTCCGCTTTGTAACTATGTGCTCATATGCTCAGCCCTGCAAAGATCCTTGTCTTCAGCTGCAGAAGCGCCACGGTTGCTGTTTGGTTTTCTTTTAACAGTGTGAAAATTGCTGAGCTGTATGGCAGGAATTGATTTTCCTCGTATTCTTTCCACCACATCCTGAAGCTGCTTGCTTCCAAGAGGACTCTGAATTGAA
ATCGCAATTCTTTTTCCAGCGCCATGGATCGAGAAATAGATGCAAGTTCTAAAAGGTTCATTGTTAGTCAGGAGTTGCCACATTTCTTGTTTCATGCAGTATATTGCTCTAGGTTTGGGAAGAATCACGTCCAGTTGGCAACATGGTAGGCAATGGAGGAAGAAAAGAATGGAGTTGTCTCACTCAACTCTTGAGACTAT
GTGCCCATATGCTCTGCCCTACAAAGATCCTTGTATTCAGCTGCGGAAGCGCCGCGGTTGAGGGTGGGTTCCCAGCTTATCCTTCCTCAGATTCAGCTACTTCCTCGTCGACTTTCCGTAAGTTGGCCCATATTTGTATTTTTGTGTTTATATCTTGTATTACATCATTCAGACGTTGAACTTGAGCTTCCATGTTGCTG
ACAGCTCGAGGCAAAGAAATGACCATTATCACCTCTTGAATAACTTTGTTAAAATGGCTGTTCAAAACAAAGGCCAAGCTTCACCCGAATTAGAAAGCCCAATGTCTCCCAAACCAAAATAGACAAACTACTACAGAATCAGGTGTGGCAAGATTAGGATCCCTCTTTCCACAGGTAAATCACCAGCAAAATTAGGATTC
CTCTTGCTCGAGTTAGCTAAAGCTTCGCACCGTACCATGGAGTCTTGGAACTGAATACATCCTCAAACTAGCCAATCATTATTATTAATCGATTTCCCGGTTCTGGTTCATGTCTGAATGATGTTATACATGATATATACGTGGAACGTGCTTGAGAACAAAGGGGCCCTAAAAGAATAATGAAGACTTGACTGGAAAAG
GCACGCAAGGCTATAGAAAGTTCAGGATCTATTTGTGGCGATTACAGCAACAAAACTGCCTAGTTGCTGCCCTAACTACATATGCGGTTACAGAATCAGCAAAGATATTGGAGATTGGAAATGGTGTCTTAATGTTACACTCCTTAGTTGGTAGGAGTGTAACATGAAGACACATGAATTAACAGGCATGTATCCCCACC
AAGGCTGTAAAGCACTTTGCATTCTCTAATGGTTGAGCTGTTCTGTGAATAAGTAGATAGATTCTAAGATTTCAATGAGTTTTCGTTATGTTTTGAATCTTTTGATGCCTGTAGGATTTTTTAATGCACGGTAATACATAGACTGTGAAGACTAACATTAATTAACAGGGATGCTTTGTATTTTCTCGAGCATGCATCTA
GTAATGGAAGCAGTACAGGGCTCCACATCAATCGCTGAAATTTCATTCAAAGgtatcatgtactgattaaatccattgaatttctaagtttcttcagcgatttccttttgaggtaaatcatccaaaaagttacataatatgtgcaagtgttttaaaaccaaaaccttgaagcttttagaaagtcgaatccattgaattat
atatatcatgatttccaacacactgccttttttacaattctgaattttccatgacctgtgcctatttggttgatcaacatgacccaaccaaagacctttgatttacaattgatattttttttaattagGATCTGAGAGTTTTGTGAGTTGTTTACAAAGGTTTATCCCACACCCAGTGTACCAGGTAAGTCGCATCAGGC
CAAATTAATTTTTTTAAAGCCGGTGAGAGTCAGGGTTCTCTGCACTTACTAGGTACACTTGTTCTGGCTTGAAGTGGTGCACGAGTGTCTAGATGTCTATATTCACACAGCAGTTACAGTGGCCTGGGAATTATCCACGCCATATACAGTAGTGTATTTAAGTGACTGAATATATGTCTCAGCTAACAGTCTGGTTGTAT
TGAGGGTTTGGAACTGGGGATTGGGAGTTCGAAACTGTACAGCACATGTTCACATCAATGCTAGTGTTTCAACAGCTTAGGTTTGTAGGATGATGAACCTTGAGAGGCGAGGATGCATATCTTTAAAATAATTGATGACTGATGACAAGTTGATACAAGTGATGAAGAAAGGGAGCCTATTGGGGGACGGGCAAAGATTT
GTGCAACTGCAAATTTGCAGTATTTTGATGTTGCTGATGATTGAAACTGGGCTAGAGGTATTAGGTCTTGTAAGTTCCCTAGGTCCCACATACCCTTTTTGCCTCACAGAAAGGTCACTCTTTAGTCTGTACCAAGATGCACACAGGCCTGATAAGTTTCTGCCCAAGATCTCTTTGGGTAGAGGGCAGTTGACACAGCT
AAAAGTGGTGCAAAAGGATGTTGGATCTGCATAAAAATAAAAGCCCATTTCAGAGGCGGTGTCAGACAGAGGCCACAGGGAAGATATTCTGCATAAATCAGAGATCCATTGAAGAAATTTTGCTTTTCAAGGATCAACAGAGATGTATGCAGGGTTGAAATTTAAGAGAAGCAGAAACCTTTTTGAAAGTCTGGAATATA
GGGCCCATATATTTATATACGGTTCTGCTTCCATGCTACAGTCTGTGAGGTAAGGACCTGCTTTGCTTTGTCAGCATTTAATCATTCGAGGGTTCATTTGAAACTTGTAATTGTTATATTTAATAGTATGTTAGAATTCAAATTTCCTTACAAGATGCATGGAAATCCCGTCGTAGCAGAAATTAAATTAATGCTTTGAA
CATCTCGCTTTTAACTGGAGTCATCTGTTTGTCGTCAAATTGTGCTTCGGAATTGTAACTTACGCATTCTCATTCTTACATTTATGTTAGTGCTGGTTGTAGACACTGTCAAAAATTGGAATATTTTGTTAGTTGTTGTCTCAGTCTTGCATTAGTGATATTGTTATGTTTGGCAATAAGAAACACTAATGAAAAACCAA
AAGACCATTTATCTAAATTTATTCCGTTATCACGAACCCCATTTTGACACACAACAAACGATGTTGACACAGTTATCATCAAAAGTTGAACGACTTAAGGTATAACTTATGTAAACGGTAACAGGGCTTCTTTTGCCTTAGAATTCATTTCAGATAGGCAAAACTAATAGCTTTCGAATAATCTGGCTATGTATCATATG
TGAAATCTAGGCTGACACTGAAGTTCTATATTTGTTGCTTATGATGCCTAGAGGAAATTTCTGTCTTAATTTATCACTGAGATTATACACTGCTAAAATGACATCTTAATCAAACAATATTTTATACTGCATTATAGAGGGTTGTTGCAGACAGAGAGACTTAACAGAATTAATAGTGCTTCTGGAGTGTAAAGGCCATC
TTTATATGCTAAGCTCAGAAGCATTCATAGAAATTCCTTGATACATCTTAACATTTTATAGATTTAGTTTAGTGACATAAATATTTCCTTTGCTAGATTTCCTCTGTATATGTGGAGGGATCATTGTACCGGCAGCAACAGATCTTTTGGCTTCTTGCCTTCAACGCAACACTGCACCAGTGGCTGCAACAATATTACTG
TTGCAAAGGATATCCGAACTTGGAGAAGGCACTGCTTACTAGATATTTT

Intron 5 GTAAATTTGA ... GGATTACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A2	36	16	3	9
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A4	45.45	6	3	5
A5	66.67	2	0	4
A6	43.33	17	0	13
A7	41.51	31	3	22
A8	48.89	23	3	22
A9	33.33	22	2	11
A10	43.48	13	1	10

>TRINITY_DN41976_c0_g2_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

AATTGCTGAAATTTCATTCAAAGGTATCATGTTCTTATTAAATCCATTGAATTTCTATGCTTCTTAAGTCATTTCCTTTTGAGGTAAATCATCCAAAAAGTTACATAATATGTGCAAGTGTTTTAAAACCAAAACCTTGAAGCTTTTAGAAAGTCGAATCCATTGAATTATATATATCATGATTTCCAACACACTGCCTT
TTTTACAATTCTGAATTTTCCATGACCTGTGCCTATTTGGTTGATCAACATGACCCAACCAAAGACCTTTGATTTACAATTGATATTTTTTTTAATTAGGATCTGAGAGTTTTGTGAGTTGTTTACAAAGGTTTATCCCACACCCAGTGTACCAGGTAAGTCGCATCAGGCCAAATTAATTTTTTTAAAGCCGGTGAGAG
TCAGGGTTCTCTGCACTTATCAGGTACCCTTGTTCTGGCTTGAAGTGGTGCACGAGTGTCTAGATGTCTATATTCACACAGCAGTTACAGTGGCCTGGGAATTATCCACGCCATATACAGTAGTGTATTTAAGTGACTGAATATATGTCTCAGCTAACAGTCTGGTTGTATTGAGGGTTTGGAACTGGGGATTGGGAGTT
CGAAACTGTACAGCACATGTTCACATCAATGCTAGTGTTTCAACAGCTTAGGTTTGTAGGATGATGAACCTTGAGAGGCGAGGATGCATATCTTTAAAATAATTGATGACTGATGACAAGTTGATACAAGTGATGAAGAAAGGGAGCCTATTGGGGGACGGGCAAAGATTTGTGCAACTGCAAATTTGCAGTATTTTGAT
GTTGCTGATGATTGAAACTGGGCTAGAGGTATTAGGTCTTGTAAGTTCCCTAGGTCCCACATACCCTTTTTGCCTCACAGAAAGGTCACTCTTTAGTCTGTACCAAGATGCACACAGGCCTGATAAGTTTCTGCCCAAGATCTCTTTGGGTAGAGGGCAGTTGACACAGCTAAAAGTGGTGCAAAAGGATGTTGGATCTG
CATAAAAATAAAAGCCCATTTCAGAGGCGGTGTCAGACAGAGGCCACAGGGAAGATATTCTGCATAAATCAGAGATCCATTGAAGAAATTTTGCTTTTCAAGGATCAACAGAGATGTATGCAGGGTTGAAATTTAAGAGAAGCAGAAACCTTTTTGAAAGTCTGGAATATAGGGCCCATATATTTATATACGGTTCTGCT
TCCATGCTACAGTCTGTGAGGTAAGGACCTGCTTTGCTTTGTCAGCATTTAATCATTCGAGGGTTCATTTGAAACTTGTAATTGTTATATTTAATAGTATGTTAGAATTCAAATTTCCTTACAAGATGCATGGAAATCCCGTCGTAGCAGAAATTAAATTAATGCTTTGAACATCTCGCTTTTAACTGGAGTCATCTGTT
TGTCGTCAAATTGTGCTTCGGAATTGTAACTTACGCATTCTCATTCTTACATTTATGTTAGTGCTGGTTGTAGACACTGTCAAAAATTGGAATATTTTGTTAGTTGTTGTCTCAGTCTTGCATTAGTGATATTGTTATGTTTGGCAATAAGAAACACTAATGAAAAACCAAAAGACCATTTATCTAAATTTATTCCGTTA
TCACGAACCCCATTTTGACACACAACAAACGATGTTGACACAGTTATCATCAAAAGTTGAACGACTTAAGGTATAACTTATGTAAACGGTAACAGGGCTTCTTTTGCCTTAGAATTCATTTCAGATAGGCAAAACTAATAGCTTTCGAATAATCTGGCTATGTATCATATGTGAAATCTAGGCTGACACTGAAGTTCTAT
ATTTGTTGCTTATGATGCCTAGAGGAAATTTCTGTCTTAATTTATCACTGAGATTATACACTGCTAAAATGACATCTTAATCAAACAATATTTTATACTGCATTATAGAGGGTTGTTGCAGACAGAGAGACTTAACAGAATTAATAGTGCTTCTGGAGTGTAAAGGCCATCTTTATATGCTAAGCTCAGAAGCATTCATA
GAAATTCCTTGATACATCTTAACATTTTATAGATTTAGTTTAGTGACATAAATATTTCCTTTGCTAGATTTCCTCTGTATATGTGGAGGGATCATTGTACCGGCAGCAACAGATCTTTTGGCTTCTTGCCTTCAACGCAACACTGCACCAGTGGCTGCAACAATATTACTGTTGCAAAGGATATCCGAACTTGGAGAAGG
TATGAAAGAAACCTGCTTTTACTTCTTAGAAAATTAAAAAATGTCATGCTAGTAGATTTATAATGGACATTTTTAAATGCCTGTGCAAATAAATTAGGCACTGCTTACTAGATATTTTATTTGAGCATCGCGGACAGAAAGAACGTCATTGCTTGAGCTTGAGATGGGTTCAAGGAGAACAGAATTTACAGGAAGAGTCT
AAGCAGCACTGTAGTCTTGGAGCAGTTCTGACTCCAAACAATAACGCTAATAATGACAGAAGGTGGAGCATATCCTTAATAAAGCAGAGGACACAAGACATAACATTGATCTGAACAATTGAATTTGGTAGGAAAAGTGCTTCATCGTATTTAGAAGGCCTTGAAGAGGAGCTGTGCACCGGACACAGATACCGAGGCTT
ACAATTAGCAGGGTTGGAATTTCATTTCAGATTTTTGATATTATAAACACTTTTTGGAAAAATAACTCATCTACAATGAAGTTTTGTTGTGAAGTTTTATTAAAAGGAATACCCTTCAATATGTTTTTTTAACATATTGGCTTACTGGTATAATTGAAATTGTGACCTTTTATTGTAAGGAATAAATCATCGACATGTAA
AGGTGGTTCATTTAAAAAACACATTCCAACAAAATTGTATTTCGAGGTTGTTTCCTTACTTTGTTAAACAAAATTTTAATACACT

>TRINITY_DN41976_c0_g2_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

AATTGCTGAAATTTCATTCAAAGGTATCATGTTCTTATTAAATCCATTGAATTTCTATGCTTCTTAAGTCATTTCCTTTTGAGGTAAATCATCCAAAAAGTTACATAATATGTGCAAGTGTTTTAAAACCAAAACCTTGAAGCTTTTAGAAAGTCGAATCCATTGAATTATATATATCATGATTTCCAACACACTGCCTT
TTTTACAATTCTGAATTTTCCATGACCTGTGCCTATTTGGTTGATCAACATGACCCAACCAAAGACCTTTGATTTACAATTGATATTTTTTTTAATTAGGATCTGAGAGTTTTGTGAGTTGTTTACAAAGGTTTATCCCACACCCAGTGTACCAGGTAAGTCGCATCAGGCCAAATTAATTTTTTTAAAGCCGGTGAGAG
TCAGGGTTCTCTGCACTTATCAGGTACCCTTGTTCTGGCTTGAAGTGGTGCACGAGTGTCTAGATGTCTATATTCACACAGCAGTTACAGTGGCCTGGGAATTATCCACGCCATATACAGTAGTGTATTTAAGTGACTGAATATATGTCTCAGCTAACAGTCTGGTTGTATTGAGGGTTTGGAACTGGGGATTGGGAGTT
CGAAACTGTACAGCACATGTTCACATCAATGCTAGTGTTTCAACAGCTTAGGTTTGTAGGATGATGAACCTTGAGAGGCGAGGATGCATATCTTTAAAATAATTGATGACTGATGACAAGTTGATACAAGTGATGAAGAAAGGGAGCCTATTGGGGGACGGGCAAAGATTTGTGCAACTGCAAATTTGCAGTATTTTGAT
GTTGCTGATGATTGAAACTGGGCTAGAGGTATTAGGTCTTGTAAGTTCCCTAGGTCCCACATACCCTTTTTGCCTCACAGAAAGGTCACTCTTTAGTCTGTACCAAGATGCACACAGGCCTGATAAGTTTCTGCCCAAGATCTCTTTGGGTAGAGGGCAGTTGACACAGCTAAAAGTGGTGCAAAAGGATGTTGGATCTG
CATAAAAATAAAAGCCCATTTCAGAGGCGGTGTCAGACAGAGGCCACAGGGAAGATATTCTGCATAAATCAGAGATCCATTGAAGAAATTTTGCTTTTCAAGGATCAACAGAGATGTATGCAGGGTTGAAATTTAAGAGAAGCAGAAACCTTTTTGAAAGTCTGGAATATAGGGCCCATATATTTATATACGGTTCTGCT
TCCATGCTACAGTCTGTGAGGTAAGGACCTGCTTTGCTTTGTCAGCATTTAATCATTCGAGGGTTCATTTGAAACTTGTAATTGTTATATTTAATAGTATGTTAGAATTCAAATTTCCTTACAAGATGCATGGAAATCCCGTCGTAGCAGAAATTAAATTAATGCTTTGAACATCTCGCTTTTAACTGGAGTCATCTGTT
TGTCGTCAAATTGTGCTTCGGAATTGTAACTTACGCATTCTCATTCTTACATTTATGTTAGTGCTGGTTGTAGACACTGTCAAAAATTGGAATATTTTGTTAGTTGTTGTCTCAGTCTTGCATTAGTGATATTGTTATGTTTGGCAATAAGAAACACTAATGAAAAACCAAAAGACCATTTATCTAAATTTATTCCGTTA
TCACGAACCCCATTTTGACACACAACAAACGATGTTGACACAGTTATCATCAAAAGTTGAACGACTTAAGGTATAACTTATGTAAACGGTAACAGGGCTTCTTTTGCCTTAGAATTCATTTCAGATAGGCAAAACTAATAGCTTTCGAATAATCTGGCTATGTATCATATGTGAAATCTAGGCTGACACTGAAGTTCTAT
ATTTGTTGCTTATGATGCCTAGAGGAAATTTCTGTCTTAATTTATCACTGAGATTATACACTGCTAAAATGACATCTTAATCAAACAATATTTTATACTGCATTATAGAGGGTTGTTGCAGACAGAGAGACTTAACAGAATTAATAGTGCTTCTGGAGTGTAAAGGCCATCTTTATATGCTAAGCTCAGAAGCATTCATA
GAAATTCCTTGATACATCTTAACATTTTATAGATTTAGTTTAGTGACATAAATATTTCCTTTGCTAGATTTCCTCTGTATATGTGGAGGGATCATTGTACCGGCAGCAACAGATCTTTTGGCTTCTTGCCTTCAACGCAACACTGCACCAGTGGCTGCAACAATATTACTGTTGCAAAGGATATCCGAACTTGGAGAAGG
TATGAAAGAAACCTGCTTTTACTTCTTAGAAAATTAAAAAATGTCATGCTAGTAGATTTATAATGGACATTTTTAAATGCCTGTGCAAATAAATTAGGCACTGCTTACTAGATATTTTATTTGAGCATCGCGGACAGAAAGAACGTCATTGCTTGAGCTTGAGATGGGTTCAAGGAGAACAGAATTTACAGGAAGAGgta
aatttgagtttgtatatttgtggtttaatttgggcgtatgatagtgcagccagagcacttagaaggccctaggcaaagactaattttgcattggctcttccctgtgatgctaggattaccagTCTAAGCAGCACTGTAGTCTTGGAGCAGTTCTGACTCCAAACAATAACGCTAATAATGACAGAAGGTGGAGCATATCC
TTAATAAAGCAGAGGACACAAGACATAACATTGATCTGAACAATTGAATTTGGTAGGAAAAGTGCTTCATCGTATTTAGAAGGCCTTGAAGAGGAGCTGTGCACCGGACACAGATACCGAGGCTTACAATTAGCAGGGTTGGAATTTCATTTCAGATTTTTGATATTATAAACACTTTTTGGAAAAATAACTCATCTACA
ATGAAGTTTTGTTGTGAAGTTTTATTAAAAGGAATACCCTTCAATATGTTTTTTTAACATATTGGCTTACTGGTATAATTGAAATTGTGACCTTTTATTGTAAGGAATAAATCATCGACATGTAAAGGTGGTTCATTTAAAAAACACATTCCAACAAAATTGTATTTCGAGGTTGTTTCCTTACTTTGTTAAACAAAATT
TTAATACACT

Intron 6 GCACTGCTTA ... TCGCGGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	64.39	11.9	23	20
A2	47.52	10.6	8	11
A3	42.86	4	5	1
A4	33.33	4	2	2
A5	100	0	3	3
A6	45.45	9	8	7
A7	28.12	23	8	10
A8	66.03	4.9	10	9
A9	39.66	9.9	7	6
A10	40.54	11	9	6

>TRINITY_DN113547_c3_g1_i10 from sample A2 / Example spliced isoform

GGGGTAGTGAGCTTCCGCTTTGTGACTATGTGCCCATATGCTCTGCCCTACAAAGATCCTTGTATTCAGCTGCGGAAGCGCCGCGGTTGAGGGTGGGTTCCCAGCTTATCCTTCCTCAGATTCAGCTACTTCCTCGTCGACTTTCCCAAGTGTTTCTTCGTTTGCTCCTCTACCTTATCTTAGCGCAAGGCGGGGTAGTG
AGCTTCCGCTTTGTAACTATGTGCTCATATGCTCAGCCCTGCAAAGATCCTTGTCTTCAGCTGCAGAAGCGCCACGGTTGCTGTTTGGTTTTCTTTTAACAGTGTGAAAATTGCTGAGCTGTATGGCAGGAATTGATTTTCCTCGTATTCTTTCCACCACATCCTGAAGCTGCTTGCTTCCAAGAGGACTCTGAATTGAA
ATCGCAATTCTTTTTCCAGCGCCATGGATCGAGAAATAGATGCAAGTTCTAAAAGGTTCATTGTTAGTCAGGAGTTGCCACATTTCTTGTTTCATGCAGTATATTGCTCTAGGTTTGGGAAGAATCACGTCCAGTTGGCAACATGGTAGGCAATGGAGGAAGAAAAGAATGGAGTTGTCTCACTCAACTCTTGAGTAAGT
TGGCCCATATTTGTATTTTTGTGTTTATATCTTGTATTACATCATTCAGACGTTGAACTTGAGCTTCCATGTTGCTGACAGCTCGAGGCAAAGAAATGACCATTATCACCTCTTGAATAACTTTGTTAAAATGGCTGTTCAAAACAAAGGCCAAGCTTCACCCGAATTAGAAAGCCCAATGTCTCCCAAACCAAAATAGA
CAAACTACTACAGAATCAGGTGTGGCAAGATTAGGATCCCTCTTTCCACAGGTAAATCACCAGCAAAATTAGGATTCCTCTTGCTCGAGTTAGCTAAAGCTTCGCACCGTACCATGGAGTCTTGGAACTGAATACATCCTCAAACTAGCCAATCATTATTATTAATCGATTTCCCGGTTCTGGTTCATGTCTGAATGATG
TTATACATGATATATACGTGGAACGTGCTTGAGAACAAAGGGGCCCTAAAAGAATAATGAAGACTTGACTGGAAAAGGCACGCAAGGCTATAGAAAGTTCAGGATCTATTTGTGGCGATTACAGCAACAAAACTGCCTAGTTGCTGCCCTAACTACATATGCGGTTACAGAATCAGCAAAGATATTGGAGATTGGAAATG
GTGTCTTAATGTTACACTCCTTGGTTGGTAGGAGTGTAACATGAAGACACATGAATTAACAGGCATGTATCCCCACCAAGGCTGTAAAGCACTTTGCATTCTCTAATGGTTGAGCTGTTCTGTGAATAAGTAGATAGATTCTAAGATTTCAATGAGTTTTCGTTATGTTTTGAATCTTTTGATGCCTGTAGGATTTTTTA
ATGCACGGTAATACATAGACTGTGAAGACTAACATTAATTAACAGGGATGCTTTGTATTTTCTCGAGCATGCATCTAGTAATGGAAGCAGTACAGGGCTCCACATCAATCGCTGAAATTTCATTCAAAGATTTCCTCTGTATATGTGGAGGGATCATTGTACCGGCAGCAACAGATCTTTTGGCTTCTTGCCTTCAACGC
AACACTGCACCAGTGGCTGCAACAATATTACTGTTGCAAAGGATATCCGAACTTGGAGAAGAAAGAACGTCATTGCTTGAGCTTGAGATGGGTTCAAGGAGAACAGAATTTACAGGAAGAGGATTACCAGTCTAAGCAGCACTGTAGTCTTGGAGCAGTTCTGACTCCAAACAATAACGCTAATAATGACAGAAGGTGGA
GCATATCCTTAATAAAGCAGAGGACACAAGACATAACATTGATCTGAACAATTGAATTTGGTAGGAAAAGTGCTTCATCGTATTTAGAAGGCCTTGAAGAGGAGCTGTGCACCGGACACAGATACCGAGGCTTACAATTAGCAG

>TRINITY_DN113547_c3_g1_i9 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GGGGTAGTGAGCTTCCGCTTTGTGACTATGTGCCCATATGCTCTGCCCTACAAAGATCCTTGTATTCAGCTGCGGAAGCGCCGCGGTTGAGGGTGGGTTCCCAGCTTATCCTTCCTCAGATTCAGCTACTTCCTCGTCGACTTTCCCAAGTGTTTCTTCGTTTGCTCCTCTACCTTATCTTAGCGCAAGGCGGGGTAGTG
AGCTTCCGCTTTGTAACTATGTGCTCATATGCTCAGCCCTGCAAAGATCCTTGTCTTCAGCTGCAGAAGCGCCACGGTTGCTGTTTGGTTTTCTTTTAACAGTGTGAAAATTGCTGAGCTGTATGGCAGGAATTGATTTTCCTCGTATTCTTTCCACCACATCCTGAAGCTGCTTGCTTCCAAGAGGACTCTGAATTGAA
ATCGCAATTCTTTTTCCAGCGCCATGGATCGAGAAATAGATGCAAGTTCTAAAAGGTTCATTGTTAGTCAGGAGTTGCCACATTTCTTGTTTCATGCAGTATATTGCTCTAGGTTTGGGAAGAATCACGTCCAGTTGGCAACATGGTAGGCAATGGAGGAAGAAAAGAATGGAGTTGTCTCACTCAACTCTTGAGTAAGT
TGGCCCATATTTGTATTTTTGTGTTTATATCTTGTATTACATCATTCAGACGTTGAACTTGAGCTTCCATGTTGCTGACAGCTCGAGGCAAAGAAATGACCATTATCACCTCTTGAATAACTTTGTTAAAATGGCTGTTCAAAACAAAGGCCAAGCTTCACCCGAATTAGAAAGCCCAATGTCTCCCAAACCAAAATAGA
CAAACTACTACAGAATCAGGTGTGGCAAGATTAGGATCCCTCTTTCCACAGGTAAATCACCAGCAAAATTAGGATTCCTCTTGCTCGAGTTAGCTAAAGCTTCGCACCGTACCATGGAGTCTTGGAACTGAATACATCCTCAAACTAGCCAATCATTATTATTAATCGATTTCCCGGTTCTGGTTCATGTCTGAATGATG
TTATACATGATATATACGTGGAACGTGCTTGAGAACAAAGGGGCCCTAAAAGAATAATGAAGACTTGACTGGAAAAGGCACGCAAGGCTATAGAAAGTTCAGGATCTATTTGTGGCGATTACAGCAACAAAACTGCCTAGTTGCTGCCCTAACTACATATGCGGTTACAGAATCAGCAAAGATATTGGAGATTGGAAATG
GTGTCTTAATGTTACACTCCTTGGTTGGTAGGAGTGTAACATGAAGACACATGAATTAACAGGCATGTATCCCCACCAAGGCTGTAAAGCACTTTGCATTCTCTAATGGTTGAGCTGTTCTGTGAATAAGTAGATAGATTCTAAGATTTCAATGAGTTTTCGTTATGTTTTGAATCTTTTGATGCCTGTAGGATTTTTTA
ATGCACGGTAATACATAGACTGTGAAGACTAACATTAATTAACAGGGATGCTTTGTATTTTCTCGAGCATGCATCTAGTAATGGAAGCAGTACAGGGCTCCACATCAATCGCTGAAATTTCATTCAAAGATTTCCTCTGTATATGTGGAGGGATCATTGTACCGGCAGCAACAGATCTTTTGGCTTCTTGCCTTCAACGC
AACACTGCACCAGTGGCTGCAACAATATTACTGTTGCAAAGGATATCCGAACTTGGAGAAGgcactgcttactagatattttatttgagcatcgcggacagAAAGAACGTCATTGCTTGAGCTTGAGATGGGTTCAAGGAGAACAGAATTTACAGGAAGAGGATTACCAGTCTAAGCAGCACTGTAGTCTTGGAGCAGTT
CTGACTCCAAACAATAACGCTAATAATGACAGAAGGTGGAGCATATCCTTAATAAAGCAGAGGACACAAGACATAACATTGATCTGAACAATTGAATTTGGTAGGAAAAGTGCTTCATCGTATTTAGAAGGCCTTGAAGAGGAGCTGTGCACCGGACACAGATACCGAGGCTTACAATTAGCAG

Intron 7 GTATCATGTA ... CCTTTGCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	57.89	12	18	15
A2	73.91	3	8	9
A3	70	3	10	4
A4	75	6	16	20
A5	57.14	3	4	4
A6	27.27	12	2	7
A7	33.33	12	0	12
A8	67.74	5	9	12
A9	49.02	13	8	17
A10	25	3	1	1

>TRINITY_DN119226_c1_g3_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGGTAGTGAGCTTCCGCTTTGTGACTATGTGCCCATATGCTCTGCCCTACAAAGATCCTTGTATTCAGCTGCGGAAGCGCCGCGGTTGAGGGTGGGTTCCCAGCTTATCCTTCCTCAGATTCAGCTACTTCCTCGTCGACTTTCCCAAGTGTTTCTTCGTTTGCTCCTCTACCTTATCTTAGCGCAAGGCGGGGTAGTG
AGCTTCCGCTTTGTAACTATGTGCTCATATGCTCAGCCCTGCAAAGATCCTTGTCTTCAGCTGCAGAAGCGCCACGGTTGCTGTTTGGTTTTCTTTTAACAGTGTGAAAATTGCTGAGCTGTATGGCAGGAATTGATTTTCCTCGTATTCTTTCCACCACATCCTGAAGCTGCTTGCTTCCAAGAGGACTCTGAATTGAA
ATCGCAATTCTTTTTCCAGCGCCATGGATCGAGAAATAGATGCAAGTTCTAAAAGGTTCATTGTTAGTCAGGAGTTGCCACATTTCTTGTTTCATGCAGTATATTGCTCTAGGTTTGGGAAGAATCACGTCCAGTTGGCAACATGGTAGGCAATGGAGGAAGAAAAGAATGGAGTTGTCTCACTCAACTCTTGAGACTAT
GTGCCCATATGCTCTGCCCTACAAAGATCCTTGTATTCAGCTGCGGAAGCGCCGCGGTTGAGGGTGGGTTCCCAGCTTATCCTTCCTCAGATTCAGCTACTTCCTCGTCGACTTTCCGTAAGTTGGCCCATATTTGTATTTTTGTGTTTATATCTTGTATTACATCATTCAGACGTTGAACTTGAGCTTCCATGTTGCTG
ACAGCTCGAGGCAAAGAAATGACCATTATCACCTCTTGAATAACTTTGTTAAAATGGCTGTTCAAAACAAAGGCCAAGCTTCACCCGAATTAGAAAGCCCAATGTCTCCCAAACCAAAATAGACAAACTACTACAGAATCAGGTGTGGCAAGATTAGGATCCCTCTTTCCACAGGTAAATCACCAGCAAAATTAGGATTC
CTCTTGCTCGAGTTAGCTAAAGCTTCGCACCGTACCATGGAGTCTTGGAACTGAATACATCCTCAAACTAGCCAATCATTATTATTAATCGATTTCCCGGTTCTGGTTCATGTCTGAATGATGTTATACATGATATATACGTGGAACGTGCTTGAGAACAAAGGGGCCCTAAAAGAATAATGAAGACTTGACTGGAAAAG
GCACGCAAGGCTATAGAAAGTTCAGGATCTATTTGTGGCGATTACAGCAACAAAACTGCCTAGTTGCTGCCCTAACTACATATGCGGTTACAGAATCAGCAAAGATATTGGAGATTGGAAATGGTGTCTTAATGTTACACTCCTTAGTTGGTAGGAGTGTAACATGAAGACACATGAATTAACAGGGATGCTTTGTATTT
TCTCGAGCATGCATCTAGTAATGGAAGCAGTACAGGGCTCCACATCAATCGCTGAAATTTCATTCAAAGATTTCCTCTGTATATGTGGAGGGATCATTGTACCGGCAGCAACAGATCTTTTGGCTTCTTGCCTTCAACGCAACACTGCACCAGTGGCTGCAACAATATTACTGTTGCAAAGGATATCCGAACTTGGAGAA
GGTATGAAAGAAACCTGCTTTTACTTCTTAGAAAATTAAAAAATGTCATGCTAGTAGATTTATAATGGACATTTTTAAATGCCTGTGCAAATAAATTAGGCACTGCTTACTAGATATTTTATTTGAGCATCGCGGACAGAAAGAACGTCATTGCTTGAGCTTGAGATGGGTTCAAGGAGAACAGAATTTACAGGAAGAGG
ATTACCAGTCTAAGCAGCACTGTAGTCTTGGAGCAGTTCTGACTCCAAACAATAACGCTAATAATGACAGAAGGTGGAGCATATCCTTAATAAAGCAGAGGACACAAGACATAACATTGATCTGAACAATTGAATTTGGTAGGAAAAGTGCTTCATCGTATTTAGAAGGCCTTGAAGAGGAGCTGTGCACCGGACACAGA
TACCGAGGCTTACAATTAGCAGGGTTGGAATTTCATTTCAGATTTTTGATATTATAAACACTTTTTGGAAAAATAACTCATCTACAATGAAGTTTTGTTGTGAAGTTTTATTAAAAGGAATACCCTTCAATATGTTTTTTTAACATATTGGCTTACTGGTATAATTGAAATTGTGACCTTTTATTGTAAGGAATAAATCA
TCGACATGTAAAGGTGGTTCATTTAAAAAACACATTCCAACAAAATTGTATTTCGAGGTTGTTTCCTTTGTTAAACAAAATTTTAATACACTATTTTCAAAAAAATTGTATTACTAAGTTGTTTCCTTACTTCGTTAAACAAGACTTTAATAAAC

>TRINITY_DN119226_c1_g3_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGGTAGTGAGCTTCCGCTTTGTGACTATGTGCCCATATGCTCTGCCCTACAAAGATCCTTGTATTCAGCTGCGGAAGCGCCGCGGTTGAGGGTGGGTTCCCAGCTTATCCTTCCTCAGATTCAGCTACTTCCTCGTCGACTTTCCCAAGTGTTTCTTCGTTTGCTCCTCTACCTTATCTTAGCGCAAGGCGGGGTAGTG
AGCTTCCGCTTTGTAACTATGTGCTCATATGCTCAGCCCTGCAAAGATCCTTGTCTTCAGCTGCAGAAGCGCCACGGTTGCTGTTTGGTTTTCTTTTAACAGTGTGAAAATTGCTGAGCTGTATGGCAGGAATTGATTTTCCTCGTATTCTTTCCACCACATCCTGAAGCTGCTTGCTTCCAAGAGGACTCTGAATTGAA
ATCGCAATTCTTTTTCCAGCGCCATGGATCGAGAAATAGATGCAAGTTCTAAAAGGTTCATTGTTAGTCAGGAGTTGCCACATTTCTTGTTTCATGCAGTATATTGCTCTAGGTTTGGGAAGAATCACGTCCAGTTGGCAACATGGTAGGCAATGGAGGAAGAAAAGAATGGAGTTGTCTCACTCAACTCTTGAGACTAT
GTGCCCATATGCTCTGCCCTACAAAGATCCTTGTATTCAGCTGCGGAAGCGCCGCGGTTGAGGGTGGGTTCCCAGCTTATCCTTCCTCAGATTCAGCTACTTCCTCGTCGACTTTCCGTAAGTTGGCCCATATTTGTATTTTTGTGTTTATATCTTGTATTACATCATTCAGACGTTGAACTTGAGCTTCCATGTTGCTG
ACAGCTCGAGGCAAAGAAATGACCATTATCACCTCTTGAATAACTTTGTTAAAATGGCTGTTCAAAACAAAGGCCAAGCTTCACCCGAATTAGAAAGCCCAATGTCTCCCAAACCAAAATAGACAAACTACTACAGAATCAGGTGTGGCAAGATTAGGATCCCTCTTTCCACAGGTAAATCACCAGCAAAATTAGGATTC
CTCTTGCTCGAGTTAGCTAAAGCTTCGCACCGTACCATGGAGTCTTGGAACTGAATACATCCTCAAACTAGCCAATCATTATTATTAATCGATTTCCCGGTTCTGGTTCATGTCTGAATGATGTTATACATGATATATACGTGGAACGTGCTTGAGAACAAAGGGGCCCTAAAAGAATAATGAAGACTTGACTGGAAAAG
GCACGCAAGGCTATAGAAAGTTCAGGATCTATTTGTGGCGATTACAGCAACAAAACTGCCTAGTTGCTGCCCTAACTACATATGCGGTTACAGAATCAGCAAAGATATTGGAGATTGGAAATGGTGTCTTAATGTTACACTCCTTAGTTGGTAGGAGTGTAACATGAAGACACATGAATTAACAGGCATGTATCCCCACC
AAGGCTGTAAAGCACTTTGCATTCTCTAATGGTTGAGCTGTTCTGTGAATAAGTAGATAGATTCTAAGATTTCAATGAGTTTTCGTTATGTTTTGAATCTTTTGATGCCTGTAGGATTTTTTAATGCACGGTAATACATAGACTGTGAAGACTAACATTAATTAACAGGGATGCTTTGTATTTTCTCGAGCATGCATCTA
GTAATGGAAGCAGTACAGGGCTCCACATCAATCGCTGAAATTTCATTCAAAGgtatcatgtactgattaaatccattgaatttctaagtttcttcagcgatttccttttgaggtaaatcatccaaaaagttacataatatgtgcaagtgttttaaaaccaaaaccttgaagcttttagaaagtcgaatccattgaattat
atatatcatgatttccaacacactgccttttttacaattctgaattttccatgacctgtgcctatttggttgatcaacatgacccaaccaaagacctttgatttacaattgatattttttttaattaggatctgagagttttgtgagttgtttacaaaggtttatcccacacccagtgtaccaggtaagtcgcatcaggc
caaattaatttttttaaagccggtgagagtcagggttctctgcacttactaggtacacttgttctggcttgaagtggtgcacgagtgtctagatgtctatattcacacagcagttacagtggcctgggaattatccacgccatatacagtagtgtatttaagtgactgaatatatgtctcagctaacagtctggttgtat
tgagggtttggaactggggattgggagttcgaaactgtacagcacatgttcacatcaatgctagtgtttcaacagcttaggtttgtaggatgatgaaccttgagaggcgaggatgcatatctttaaaataattgatgactgatgacaagttgatacaagtgatgaagaaagggagcctattgggggacgggcaaagattt
gtgcaactgcaaatttgcagtattttgatgttgctgatgattgaaactgggctagaggtattaggtcttgtaagttccctaggtcccacataccctttttgcctcacagaaaggtcactctttagtctgtaccaagatgcacacaggcctgataagtttctgcccaagatctctttgggtagagggcagttgacacagct
aaaagtggtgcaaaaggatgttggatctgcataaaaataaaagcccatttcagaggcggtgtcagacagaggccacagggaagatattctgcataaatcagagatccattgaagaaattttgcttttcaaggatcaacagagatgtatgcagggttgaaatttaagagaagcagaaacctttttgaaagtctggaatata
gggcccatatatttatatacggttctgcttccatgctacagtctgtgaggtaaggacctgctttgctttgtcagcatttaatcattcgagggttcatttgaaacttgtaattgttatatttaatagtatgttagaattcaaatttccttacaagatgcatggaaatcccgtcgtagcagaaattaaattaatgctttgaa
catctcgcttttaactggagtcatctgtttgtcgtcaaattgtgcttcggaattgtaacttacgcattctcattcttacatttatgttagtgctggttgtagacactgtcaaaaattggaatattttgttagttgttgtctcagtcttgcattagtgatattgttatgtttggcaataagaaacactaatgaaaaaccaa
aagaccatttatctaaatttattccgttatcacgaaccccattttgacacacaacaaacgatgttgacacagttatcatcaaaagttgaacgacttaaggtataacttatgtaaacggtaacagggcttcttttgccttagaattcatttcagataggcaaaactaatagctttcgaataatctggctatgtatcatatg
tgaaatctaggctgacactgaagttctatatttgttgcttatgatgcctagaggaaatttctgtcttaatttatcactgagattatacactgctaaaatgacatcttaatcaaacaatattttatactgcattatagagggttgttgcagacagagagacttaacagaattaatagtgcttctggagtgtaaaggccatc
tttatatgctaagctcagaagcattcatagaaattccttgatacatcttaacattttatagatttagtttagtgacataaatatttcctttgctagATTTCCTCTGTATATGTGGAGGGATCATTGTACCGGCAGCAACAGATCTTTTGGCTTCTTGCCTTCAACGCAACACTGCACCAGTGGCTGCAACAATATTACTG
TTGCAAAGGATATCCGAACTTGGAGAAGGCACTGCTTACTAGATATTTT

Intron 8 GTAAGTTGGC ... TAATTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	90.7	2	20	19
A2	85.19	2	13	10
A3	68.75	5	15	7
A4	84.62	2	13	9
A5	100	0	13	3
A6	80	3	12	12
A7	42.86	6	8	1
A8	78.95	2	5	10
A9	66.67	2	2	6
A10	64.71	3	4	7

>TRINITY_DN43108_c0_g2_i13 from sample A7 / Example spliced isoform

CTCGAAGGCAATTTATTAGAAGTTGTGAACCCACCTTACTCCTTGTTCAGCAGCACTCTTATCTTTTCCCACAAGGTTGGACTTCATGCTGGTCCTCTTGTGGGTGGGTTTTCAGATTATCCTCCCCCACATCCAGCTCTTCCCTCGACAATCTTCCCTAGAGAGTTTCTTCGTTTGCTCCTCTTCTCTTTCTTAGAGCA
TGGCCGGGTAGCGAGCTACCGTTTTGTTACTAATACCTCTTTGCTCAGCCCCACAAATCCTTGTATTCAGCTACGGAGTTGCTGCGGTTGCTCTGTTTTCTTTTCTTTTAACAGTGGGAAAAATGTTGAGCTGCACGGCAGGAATTAATTTTCCTCTCAATCTTTCCACCACATCCTGAAGCTGCTTGCTTCCAAGAGGA
CTTTGAATTAAAAGTCGCAATTCTTCTTCCAGCGCCATGGCTCGAGAAATACATGCAAGTGTAAGAGGTTCATTGTTGTACAGAAGATTGCTGCTTTTCTTGGTTCATGCAGTATATTGCCTTGGTTTGGAAGGAGTCACATCCAGTTGGTAACATGGTGAGAGCTACATGGTAGGACTAGGCAATTGAAGAAGAAAAGA
ATGGAGTCTCACTCAAACTTTTGAGGAAGCCTTGTATTTCCTTGAGCATGCATCTAGTAATTGAAGCAGTACAGGGCTCCAGATCAATTGCTGAAATTTCATTCAAAGAGATTTGTCCCACACACATTGGACCAGGCAAGTTGCATCAGGCCAAAGTGTTATTTTTAAAGCTGGTGAGAGTCAGGGTTCTCTGCACTTAT
CAGGTACCCTTGTTCTGGCTTGAAGTGGTGCACTGAGTGCCTAGATGTCTATATTCACACAGAGCAGTTACAGTAGCCTGGGTATTATCGATGTCATATACAGTAGTGTATGTAAGTGATTGCAAATACTTCTTAGCTAACAGTCTTGTTGCATTTGAGGGTTTGGAACAGGGGATTAGGATTCTGAAACTGTATTGTGC
ATGTTCACATCAATGCAAAATTTTCAACAGCTTAGGTTTTAGAGGCAGTTGACATGGCCAAAAGTGGTGGTAAAAGATGTTGGATCTGCATACAAAAAAGCCTATCTTGGAGGTGGAATCAGAAAGAGGCTACAGGGAAGATTCTCTGCATAAATCAGAGATCCAATAAAATTAAATTCTCTTTTTATGGCTTGTCCTCA
TCTTTAAACTCCATTTAAAGATGAAATGCTTTTTATGGCTTGTTCTCCAAAATAAGCTCAAGACTTGGGACAATCTTATGGAGCGTGGATGGATTGGACCAAACAGATGCAGTCTATGTTTAAATGTTGCTGAAACTTCCCAACATCTATTTGTGGATTGCATTTTTACAAATAAAGTTTGGACTTTTTGTTCTTCAAAG
CTGAATATAAATAGAATTTGGGATGTAGGAG

>TRINITY_DN43108_c0_g2_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CTCGAAGGCAATTTATTAGAAGTTGTGAACCCACCTTACTCCTTGTTCAGCAGCACTCTTATCTTTTCCCACAAGGTTGGACTTCATGCTGGTCCTCTTGTGGGTGGGTTTTCAGATTATCCTCCCCCACATCCAGCTCTTCCCTCGACAATCTTCCCTAGAGAGTTTCTTCGTTTGCTCCTCTTCTCTTTCTTAGAGCA
TGGCCGGGTAGCGAGCTACCGTTTTGTTACTAATACCTCTTTGCTCAGCCCCACAAATCCTTGTATTCAGCTACGGAGTTGCTGCGGTTGCTCTGTTTTCTTTTCTTTTAACAGTGGGAAAAATGTTGAGCTGCACGGCAGGAATTAATTTTCCTCTCAATCTTTCCACCACATCCTGAAGCTGCTTGCTTCCAAGAGGA
CTTTGAATTAAAAGTCGCAATTCTTCTTCCAGCGCCATGGCTCGAGAAATACATGCAAGTGTAAGAGGTTCATTGTTGTACAGAAGATTGCTGCTTTTCTTGGTTCATGCAGTATATTGCCTTGGTTTGGAAGGAGTCACATCCAGTTGGTAACATGGTGAGAGCTACATGGTAGGACTAGGCAATTGAAGAAGAAAAGA
ATGGAGTCTCACTCAAACTTTTGAgtaagttggcccattgtgtttttgtgtttatatcttgtattacatcattcagacgttgaacttgaacttccatgttgctgacagcttgaggcaatgaaatgaccattgtaacctctttaaaaacattgttaaaatggctgctcaaagcattggctaagctttgcctgtgttagaaa
gtcaggtgtctcccgaaccaagatagacaaactactactgaatcaagcatggcaagattagggtccctcatcccactggtaaggcttcctactgaatcaaaatacacaaactactactgaatcaagcgtggcaagattaggatccctcatcccaagattaggattcctcttgctcaagttggctaaggctttgctttgtt
acttggagtcttggaactgaatgcatccccaaactagccaactgtgattattaattaattttctggttttggttcacgtctgaatgatgttatacatgatatatacgtggaatgtgtttgagaacaaaggaaccctaaaagatagtaaatacttgactggaaaaagcaggcaaggctatagaatgtttgggatatatttg
ggtgattacagaaacacaaaaactgctatcattgctgccctaactacatctgctgttacagaatcagcataggtattggagattggaaatggtgtcttaatgttacactccttagttggtaggagtgtaacatgaagatgcatgaagtaacagacatgttccctgaatgagactgtaaagcacttcacattgtctgaatg
gctggacctgttctgtgaaaaagtagagagaattctaagatttcaatgaatttgtactctcttttgatgtctgtaggatttttttcaaggcatagtaaaacagactgtgaagactaacattaatttacagGGAAGCCTTGTATTTCCTTGAGCATGCATCTAGTAATTGAAGCAGTACAGGGCTCCAGATCAATTGCTGA
AATTTCATTCAAAGGTATCATGTTCTTATTAAATCCATTGAATTTCTATGCTTCTTAAGTCATTTCCTTTTGAGGTAAATCATCCAAAAATATACATAATGATATGTGCAATTTTTCTTTACAACAAACCCTTGAGCTTTTAGAAAGTTGAATCCATTAAATTATATATATCACGATTTCCACCACACTGCCCTTCTTTA
CAATTTTGAATTTACATGACCTGTGCCTATTTGGGTGATGAACATGGCCCAACCAAAGACTCTTGATTTACAGTTGATGTTTTTTGTTATTATGATCTGAGAGTTTCGTGAGTTGTTTACAGAGATTTGTCCCACACACATTGGACCAGGCAAGTTGCATCAGGCCAAAGTGTTATTTTTAAAGCTGGTGAGAGTCAGGG
TTCTCTGCACTTATCAGGTACCCTTGTTCTGGCTTGAAGTGGTGCACTGAGTGCCTAGATGTCTATATTCACACAGAGCAGTTACAGTAGCCTGGGTATTATCGATGTCATATACAGTAGTGTATGTAAGTGATTGCAAATACTTCTTAGCTAACAGTCTTGTTGCATTTGAGGGTTTGGAACAGGGGATTAGGATTCTG
AAACTGTATTGTGCATGTTCACATCAATGCAAAATTTTCAACAGCTTAGGTTTTAGAGGCAGTTGACATGGCCAAAAGTGGTGGTAAAAGATGTTGGATCTGCATACAAAAAAGCCTATCTTGGAGGTGGAATCAGAAAGAGGCTACAGGGAAGATTCTCTGCATAAATCAGAGATCCAATAAAATTAAATTCTCTTTTT
ATGGCTTGTCCTCATCTTTAAACTCCATTTAAAGATGAAATGCTTTTTATGGCTTGTTCTCCAAAATAAGCTCAAGACTTGGGACAATCTTATGGAGCGTGGATGGATTGGACCAAACAGATGCAGTCTATGTTTAAATGTTGCTGAAACTTCCCAACATCTATTTGTGGATTGCATTTTTACAAATAAAGTTTGGACTT
TTTGTTCTTCAAAGCTGAATATAAATAGAATTTGGGATGTAGGAG

Intron 9 GTAAATTTGA ... GTGATGCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17	16.1	9.3	3
A2	32.13	16.9	2.7	8
A3	59.09	9	4.5	13
A4	45.45	6	2.7	5
A5	70	1.2	0	2
A6	36.02	17.8	0	10
A7	37.06	29	2.9	17
A8	40.01	19.6	2.7	13
A9	31.03	20	1.9	9
A10	40.51	11.8	0.8	8

>TRINITY_DN42682_c1_g3_i6 from sample A6 / Example spliced isoform

CTCGAGGCAAAGAAATGACCATTATCACCTCTTGAATAACTTTGTTAAAATGGCTGTTCAAAACAAAGGCCAAGCTTCACCCGAATTAGAAAGCCCAATGTCTCCCAAACCAAAATAGACAAACTACTACAGAATCAGGTGTGGCAAGATTAGGATCCCTCTTTCCACAGGTAAATCACCAGCAAAATTAGGATTCCTCT
TGCTCGAGTTAGCTAAAGCTTCGCACCGTACCATGGAGTCTTGGAACTGAATACATCCTCAAACTAGCCAATCATTATTATTAATCGATTTCCCGGTTCTGGTTCATGTCTGAATGATGTTATACATGATATATACGTGGAACGTGCTTGAGAACAAAGGGGCCCTAAAAGAATAATGAAGACTTGACTGGAAAAGGCAC
GCAAGGCTATAGAAAGTTCAGGATCTATTTGTGGCGATTACAGCAACAAAACTGCCTAGTTGCTGCCCTAACTACATATGCGGTTACAGAATCAGCAAAGATATTGGAGATTGGAAATGGTGTCTTAATGTTACACTCCTTGGTTGGTAGGAGTGTAACATGAAGACACATGAATTAACAGTAATGGAAGCAGTACAGGG
CTCCACATCAATCGCTGAAATTTCATTCAAAGATTTCCTCTGTATATGTGGAGGGATCATTGTACCGGCAGCAACAGATCTTTTGGCTTCTTGCCTTCAACGCAACACTGCACCAGTGGCTGCAACAATATTACTGTTGCAAAGGATATCCGAACTTGGAGAAGGTATGAAAGAAACCTGCTTTTACTTCTTAGAAAATT
AAAAAATGTCATGCTAGTAGATTTATAATGGACATTTTTAAATGCCTGTGCAAATAAATTAGGCACTGCTTACTAGATATTTTATTTGAGCATCGCGGACAGAAAGAACGTCATTGCTTGAGCTTGAGATGGGTTCAAGGAGAACAGAATTTACAGGAAGAGGATTACCAGTCTAAGCAGCACTGTAGTCTTGGAGCAGT
TCTGACTCCAAACAATAACGCTAATAATGACAGAAGGTGGAGCATATCCTTAATAAAGCAGAGGACACAAGACATAACATTGATCTGAACAATTGAATTTGGTAGGAAAAGTGCTTCATCGTATTTAGAAGGCCTTGAAGAGGAGCTGTGCACCGGACACAGATACCGAGGCTTACAATTAGCAGGGTTGGAATTTCATT
TCAGATTTTTGATATTATAAACACTTTTTGGAAAAATAACTCATCTACAATGAAGTTTTGTTGTGAAGTTTTATTAAAAGGAATACCCTTCAATATGTTTTTTTAACATATTGGCTTACTGGTATAATTGAAATTGTGACCTTTTATTGTAAGGAATAAATCATCGACATGTAAAGGTGGTTCATTTAAAAAACACATTC
CAACAAAATTGTATTTCGAGGTTGTTTCCTT

>TRINITY_DN42682_c1_g3_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AGAACAGAATTTACAGGAAGAGgtaaatttgagtttgtatatttgtggtttaatttgggcgtatgatagtgcagccagagcacttagaaggccctaggcaaagactaattttgcattggctcttccctgtgatgctagGATTACCAGTCTAAGCAGCACTGTAGTCTTGGAGCAGTTCTGACTCCAAACAATAACGCTAA
TAATGACAGAAGGTGGAGCATATCCTTAATAAAGCAGAGGACACAAGACATAACATTGATCTGAACAATTGAATTTGGTAGGAAAAGTGCTTCATCGTATTTAGAAGGCCTTGAAGAGGAGCTGTGCACCGGACACAGATACCGAGGCTTACAATTAGCAGGGTTGGAATTTCATTTCAGATTTTTGATATTATAAACAC
TTTTTGGAAAAATAACTCATCTACAATGAAGTTTTGTTGTGAAGTTTTATTAAAAGGAATACCCTTCAATATGTTTTTTTAACATATTGGCTTACTGGTATAATTGAAATTGTGACCTTTTATTGTAAGGAATAAATCATCGACATGTAAAGGTGGTTCATTTAAAAAACACATTCCAACAAAATTGTATTTCGAGGTTG
TTTCCTTTGTTAAACAAAATTTT

Intron 10 GTAAGTTGGC ... TTGCTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	57.55	10.4	19.1	13.3
A2	63.78	11.3	13.1	27.3
A3	70.31	6.6	13.3	17.7
A4	73.7	3.3	9.1	9.5
A5	78.69	2.7	13.9	12.2
A6	73.27	5	10.6	12.3
A7	28.24	8.4	5.1	2
A8	89.75	0.7	4	5.7
A9	51.85	7.7	5.7	6
A10	45.18	12.2	8.5	10.7

>TRINITY_DN119226_c1_g3_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGGTAGTGAGCTTCCGCTTTGTGACTATGTGCCCATATGCTCTGCCCTACAAAGATCCTTGTATTCAGCTGCGGAAGCGCCGCGGTTGAGGGTGGGTTCCCAGCTTATCCTTCCTCAGATTCAGCTACTTCCTCGTCGACTTTCCCAAGTGTTTCTTCGTTTGCTCCTCTACCTTATCTTAGCGCAAGGCGGGGTAGTG
AGCTTCCGCTTTGTAACTATGTGCTCATATGCTCAGCCCTGCAAAGATCCTTGTCTTCAGCTGCAGAAGCGCCACGGTTGCTGTTTGGTTTTCTTTTAACAGTGTGAAAATTGCTGAGCTGTATGGCAGGAATTGATTTTCCTCGTATTCTTTCCACCACATCCTGAAGCTGCTTGCTTCCAAGAGGACTCTGAATTGAA
ATCGCAATTCTTTTTCCAGCGCCATGGATCGAGAAATAGATGCAAGTTCTAAAAGGTTCATTGTTAGTCAGGAGTTGCCACATTTCTTGTTTCATGCAGTATATTGCTCTAGGTTTGGGAAGAATCACGTCCAGTTGGCAACATGGTAGGCAATGGAGGAAGAAAAGAATGGAGTTGTCTCACTCAACTCTTGAGACTAT
GTGCCCATATGCTCTGCCCTACAAAGATCCTTGTATTCAGCTGCGGAAGCGCCGCGGTTGAGGGTGGGTTCCCAGCTTATCCTTCCTCAGATTCAGCTACTTCCTCGTCGACTTTCCCTCGAGGCAAAGAAATGACCATTATCACCTCTTGAATAACTTTGTTAAAATGGCTGTTCAAAACAAAGGCCAAGCTTCACCCG
AATTAGAAAGCCCAATGTCTCCCAAACCAAAATAGACAAACTACTACAGAATCAGGTGTGGCAAGATTAGGATCCCTCTTTCCACAGGTAAATCACCAGCAAAATTAGGATTCCTCTTGCTCGAGTTAGCTAAAGCTTCGCACCGTACCATGGAGTCTTGGAACTGAATACATCCTCAAACTAGCCAATCATTATTATTA
ATCGATTTCCCGGTTCTGGTTCATGTCTGAATGATGTTATACATGATATATACGTGGAACGTGCTTGAGAACAAAGGGGCCCTAAAAGAATAATGAAGACTTGACTGGAAAAGGCACGCAAGGCTATAGAAAGTTCAGGATCTATTTGTGGCGATTACAGCAACAAAACTGCCTAGTTGCTGCCCTAACTACATATGCGG
TTACAGAATCAGCAAAGATATTGGAGATTGGAAATGGTGTCTTAATGTTACACTCCTTAGTTGGTAGGAGTGTAACATGAAGACACATGAATTAACAGGCATGTATCCCCACCAAGGCTGTAAAGCACTTTGCATTCTCTAATGGTTGAGCTGTTCTGTGAATAAGTAGATAGATTCTAAGATTTCAATGAGTTTTCGTT
ATGTTTTGAATCTTTTGATGCCTGTAGGATTTTTTAATGCACGGTAATACATAGACTGTGAAGACTAACATTAATTAACAGGGATGCTTTGTATTTTCTCGAGCATGCATCTAGTAATGGAAGCAGTACAGGGCTCCACATCAATCGCTGAAATTTCATTCAAAGGTATCATGTACTGATTAAATCCATTGAATTTCTAA
GTTTCTTCAGCGATTTCCTTTTGAGGTAAATCATCCAAAAAGTTACATAATATGTGCAAGTGTTTTAAAACCAAAACCTTGAAGCTTTTAGAAAGTCGAATCCATTGAATTATATATATCATGATTTCCAACACACTGCCTTTTTTACAATTCTGAATTTTCCATGACCTGTGCCTATTTGGTTGATCAACATGACCCAA
CCAAAGACCTTTGATTTACAATTGATATTTTTTTTAATTAGGATCTGAGAGTTTTGTGAGTTGTTTACAAAGGTTTATCCCACACCCAGTGTACCAGGTAAGTCGCATCAGGCCAAATTAATTTTTTTAAAGCCGGTGAGAGTCAGGGTTCTCTGCACTTACTAGGTACACTTGTTCTGGCTTGAAGTGGTGCACGAGTG
TCTAGATGTCTATATTCACACAGCAGTTACAGTGGCCTGGGAATTATCCACGCCATATACAGTAGTGTATTTAAGTGACTGAATATATGTCTCAGCTAACAGTCTGGTTGTATTGAGGGTTTGGAACTGGGGATTGGGAGTTCGAAACTGTACAGCACATGTTCACATCAATGCTAGTGTTTCAACAGCTTAGGTTTGTA
GGATGATGAACCTTGAGAGGCGAGGATGCATATCTTTAAAATAATTGATGACTGATGACAAGTTGATACAAGTGATGAAGAAAGGGAGCCTATTGGGGGACGGGCAAAGATTTGTGCAACTGCAAATTTGCAGTATTTTGATGTTGCTGATGATTGAAACTGGGCTAGAGGTATTAGGTCTTGTAAGTTCCCTAGGTCCC
ACATACCCTTTTTGCCTCACAGAAAGGTCACTCTTTAGTCTGTACCAAGATGCACACAGGCCTGATAAGTTTCTGCCCAAGATCTCTTTGGGTAGAGGGCAGTTGACACAGCTAAAAGTGGTGCAAAAGGATGTTGGATCTGCATAAAAATAAAAGCCCATTTCAGAGGCGGTGTCAGACAGAGGCCACAGGGAAGATAT
TCTGCATAAATCAGAGATCCATTGAAGAAATTTTGCTTTTCAAGGATCAACAGAGATGTATGCAGGGTTGAAATTTAAGAGAAGCAGAAACCTTTTTGAAAGTCTGGAATATAGGGCCCATATATTTATATACGGTTCTGCTTCCATGCTACAGTCTGTGAGGTAAGGACCTGCTTTGCTTTGTCAGCATTTAATCATTC
GAGGGTTCATTTGAAACTTGTAATTGTTATATTTAATAGTATGTTAGAATTCAAATTTCCTTACAAGATGCATGGAAATCCCGTCGTAGCAGAAATTAAATTAATGCTTTGAACATCTCGCTTTTAACTGGAGTCATCTGTTTGTCGTCAAATTGTGCTTCGGAATTGTAACTTACGCATTCTCATTCTTACATTTATGT
TAGTGCTGGTTGTAGACACTGTCAAAAATTGGAATATTTTGTTAGTTGTTGTCTCAGTCTTGCATTAGTGATATTGTTATGTTTGGCAATAAGAAACACTAATGAAAAACCAAAAGACCATTTATCTAAATTTATTCCGTTATCACGAACCCCATTTTGACACACAACAAACGATGTTGACACAGTTATCATCAAAAGTT
GAACGACTTAAGGTATAACTTATGTAAACGGTAACAGGGCTTCTTTTGCCTTAGAATTCATTTCAGATAGGCAAAACTAATAGCTTTCGAATAATCTGGCTATGTATCATATGTGAAATCTAGGCTGACACTGAAGTTCTATATTTGTTGCTTATGATGCCTAGAGGAAATTTCTGTCTTAATTTATCACTGAGATTATA
CACTGCTAAAATGACATCTTAATCAAACAATATTTTATACTGCATTATAGAGGGTTGTTGCAGACAGAGAGACTTAACAGAATTAATAGTGCTTCTGGAGTGTAAAGGCCATCTTTATATGCTAAGCTCAGAAGCATTCATAGAAATTCCTTGATACATCTTAACATTTTATAGATTTAGTTTAGTGACATAAATATTTC
CTTTGCTAGATTTCCTCTGTATATGTGGAGGGATCATTGTACCGGCAGCAACAGATCTTTTGGCTTCTTGCCTTCAACGCAACACTGCACCAGTGGCTGCAACAATATTACTGTTGCAAAGGATATCCGAACTTGGAGAAGGCACTGCTTACTAGATATTTT

>TRINITY_DN119226_c1_g3_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGGTAGTGAGCTTCCGCTTTGTGACTATGTGCCCATATGCTCTGCCCTACAAAGATCCTTGTATTCAGCTGCGGAAGCGCCGCGGTTGAGGGTGGGTTCCCAGCTTATCCTTCCTCAGATTCAGCTACTTCCTCGTCGACTTTCCCAAGTGTTTCTTCGTTTGCTCCTCTACCTTATCTTAGCGCAAGGCGGGGTAGTG
AGCTTCCGCTTTGTAACTATGTGCTCATATGCTCAGCCCTGCAAAGATCCTTGTCTTCAGCTGCAGAAGCGCCACGGTTGCTGTTTGGTTTTCTTTTAACAGTGTGAAAATTGCTGAGCTGTATGGCAGGAATTGATTTTCCTCGTATTCTTTCCACCACATCCTGAAGCTGCTTGCTTCCAAGAGGACTCTGAATTGAA
ATCGCAATTCTTTTTCCAGCGCCATGGATCGAGAAATAGATGCAAGTTCTAAAAGGTTCATTGTTAGTCAGGAGTTGCCACATTTCTTGTTTCATGCAGTATATTGCTCTAGGTTTGGGAAGAATCACGTCCAGTTGGCAACATGGTAGGCAATGGAGGAAGAAAAGAATGGAGTTGTCTCACTCAACTCTTGAGACTAT
GTGCCCATATGCTCTGCCCTACAAAGATCCTTGTATTCAGCTGCGGAAGCGCCGCGGTTGAGGGTGGGTTCCCAGCTTATCCTTCCTCAGATTCAGCTACTTCCTCGTCGACTTTCCgtaagttggcccatatttgtatttttgtgtttatatcttgtattacatcattcagacgttgaacttgagcttccatgttgctg
acagCTCGAGGCAAAGAAATGACCATTATCACCTCTTGAATAACTTTGTTAAAATGGCTGTTCAAAACAAAGGCCAAGCTTCACCCGAATTAGAAAGCCCAATGTCTCCCAAACCAAAATAGACAAACTACTACAGAATCAGGTGTGGCAAGATTAGGATCCCTCTTTCCACAGGTAAATCACCAGCAAAATTAGGATTC
CTCTTGCTCGAGTTAGCTAAAGCTTCGCACCGTACCATGGAGTCTTGGAACTGAATACATCCTCAAACTAGCCAATCATTATTATTAATCGATTTCCCGGTTCTGGTTCATGTCTGAATGATGTTATACATGATATATACGTGGAACGTGCTTGAGAACAAAGGGGCCCTAAAAGAATAATGAAGACTTGACTGGAAAAG
GCACGCAAGGCTATAGAAAGTTCAGGATCTATTTGTGGCGATTACAGCAACAAAACTGCCTAGTTGCTGCCCTAACTACATATGCGGTTACAGAATCAGCAAAGATATTGGAGATTGGAAATGGTGTCTTAATGTTACACTCCTTAGTTGGTAGGAGTGTAACATGAAGACACATGAATTAACAGGCATGTATCCCCACC
AAGGCTGTAAAGCACTTTGCATTCTCTAATGGTTGAGCTGTTCTGTGAATAAGTAGATAGATTCTAAGATTTCAATGAGTTTTCGTTATGTTTTGAATCTTTTGATGCCTGTAGGATTTTTTAATGCACGGTAATACATAGACTGTGAAGACTAACATTAATTAACAGGGATGCTTTGTATTTTCTCGAGCATGCATCTA
GTAATGGAAGCAGTACAGGGCTCCACATCAATCGCTGAAATTTCATTCAAAGGATCTGAGAGTTTTGTGAGTTGTTTACAAAGGTTTATCCCACACCCAGTGTACCAGGTAAGTCGCATCAGGCCAAATTAATTTTTTTAAAGCCGGTGAGAGTCAGGGTTCTCTGCACTTACTAGGTACACTTGTTCTGGCTTGAAGTG
GTGCACGAGTGTCTAGATGTCTATATTCACACAGCAGTTACAGTGGCCTGGGAATTATCCACGCCATATACAGTAGTGTATTTAAGTGACTGAATATATGTCTCAGCTAACAGTCTGGTTGTATTGAGGGTTTGGAACTGGGGATTGGGAGTTCGAAACTGTACAGCACATGTTCACATCAATGCTAGTGTTTCAACAGC
TTAGGTTTGTAGGATGATGAACCTTGAGAGGCGAGGATGCATATCTTTAAAATAATTGATGACTGATGACAAGTTGATACAAGTGATGAAGAAAGGGAGCCTATTGGGGGACGGGCAAAGATTTGTGCAACTGCAAATTTGCAGTATTTTGATGTTGCTGATGATTGAAACTGGGCTAGAGGTATTAGGTCTTGTAAGTT
CCCTAGGTCCCACATACCCTTTTTGCCTCACAGAAAGGTCACTCTTTAGTCTGTACCAAGATGCACACAGGCCTGATAAGTTTCTGCCCAAGATCTCTTTGGGTAGAGGGCAGTTGACACAGCTAAAAGTGGTGCAAAAGGATGTTGGATCTGCATAAAAATAAAAGCCCATTTCAGAGGCGGTGTCAGACAGAGGCCAC
AGGGAAGATATTCTGCATAAATCAGAGATCCATTGAAGAAATTTTGCTTTTCAAGGATCAACAGAGATGTATGCAGGGTTGAAATTTAAGAGAAGCAGAAACCTTTTTGAAAGTCTGGAATATAGGGCCCATATATTTATATACGGTTCTGCTTCCATGCTACAGTCTGTGAGGTAAGGACCTGCTTTGCTTTGTCAGCA
TTTAATCATTCGAGGGTTCATTTGAAACTTGTAATTGTTATATTTAATAGTATGTTAGAATTCAAATTTCCTTACAAGATGCATGGAAATCCCGTCGTAGCAGAAATTAAATTAATGCTTTGAACATCTCGCTTTTAACTGGAGTCATCTGTTTGTCGTCAAATTGTGCTTCGGAATTGTAACTTACGCATTCTCATTCT
TACATTTATGTTAGTGCTGGTTGTAGACACTGTCAAAAATTGGAATATTTTGTTAGTTGTTGTCTCAGTCTTGCATTAGTGATATTGTTATGTTTGGCAATAAGAAACACTAATGAAAAACCAAAAGACCATTTATCTAAATTTATTCCGTTATCACGAACCCCATTTTGACACACAACAAACGATGTTGACACAGTTAT
CATCAAAAGTTGAACGACTTAAGGTATAACTTATGTAAACGGTAACAGGGCTTCTTTTGCCTTAGAATTCATTTCAGATAGGCAAAACTAATAGCTTTCGAATAATCTGGCTATGTATCATATGTGAAATCTAGGCTGACACTGAAGTTCTATATTTGTTGCTTATGATGCCTAGAGGAAATTTCTGTCTTAATTTATCA
CTGAGATTATACACTGCTAAAATGACATCTTAATCAAACAATATTTTATACTGCATTATAGAGGGTTGTTGCAGACAGAGAGACTTAACAGAATTAATAGTGCTTCTGGAGTGTAAAGGCCATCTTTATATGCTAAGCTCAGAAGCATTCATAGAAATTCCTTGATACATCTTAACATTTTATAGATTTAGTTTAGTGAC
ATAAATATTTCCTTTGCTAGATTTCCTCTGTATATGTGGAGGGATCATTGTACCGGCAGCAACAGATCTTTTGGCTTCTTGCCTTCAACGCAACACTGCACCAGTGGCTGCAACAATATTACTGTTGCAAAGGATATCCGAACTTGGAGAAGGCACTGCTTACTAGATATTTT

Intron 11 GTATGAAAGA ... AATAAATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	39.75	20	11	13.3
A2	54.84	6.6	7	7
A3	38.57	4.8	5	1
A4	55.56	2	3	2
A5	23.33	2.4	0	0.7
A6	38.93	6.8	4	3.7
A7	37.09	7	5	2.7
A8	47.58	8.6	6	8.7
A9	32.39	6.4	4	2
A10	40.82	8.2	8	3

>TRINITY_DN119226_c1_g3_i10 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGGTAGTGAGCTTCCGCTTTGTGACTATGTGCCCATATGCTCTGCCCTACAAAGATCCTTGTATTCAGCTGCGGAAGCGCCGCGGTTGAGGGTGGGTTCCCAGCTTATCCTTCCTCAGATTCAGCTACTTCCTCGTCGACTTTCCCAAGTGTTTCTTCGTTTGCTCCTCTACCTTATCTTAGCGCAAGGCGGGGTAGTG
AGCTTCCGCTTTGTAACTATGTGCTCATATGCTCAGCCCTGCAAAGATCCTTGTCTTCAGCTGCAGAAGCGCCACGGTTGCTGTTTGGTTTTCTTTTAACAGTGTGAAAATTGCTGAGCTGTATGGCAGGAATTGATTTTCCTCGTATTCTTTCCACCACATCCTGAAGCTGCTTGCTTCCAAGAGGACTCTGAATTGAA
ATCGCAATTCTTTTTCCAGCGCCATGGATCGAGAAATAGATGCAAGTTCTAAAAGGTTCATTGTTAGTCAGGAGTTGCCACATTTCTTGTTTCATGCAGTATATTGCTCTAGGTTTGGGAAGAATCACGTCCAGTTGGCAACATGGTAGGCAATGGAGGAAGAAAAGAATGGAGTTGTCTCACTCAACTCTTGAGACTAT
GTGCCCATATGCTCTGCCCTACAAAGATCCTTGTATTCAGCTGCGGAAGCGCCGCGGTTGAGGGTGGGTTCCCAGCTTATCCTTCCTCAGATTCAGCTACTTCCTCGTCGACTTTCCGTAAGTTGGCCCATATTTGTATTTTTGTGTTTATATCTTGTATTACATCATTCAGACGTTGAACTTGAGCTTCCATGTTGCTG
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>TRINITY_DN119226_c1_g3_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

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