sp|P49030|MGN2_ORYSJ ----> Protein mago nashi homolog 2

Intron 1 GTCTGCACTT ... TGCCTAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	62.57	109.3	224.3	141
A2	64.17	89	197.7	121
A3	54.91	156.3	242.3	138
A4	58.91	94.7	171.3	100
A5	55.35	81	136.7	64
A6	61.73	1359.3	2475.3	1907.3
A7	59.98	1153.7	1997.7	1458.3
A8	64.81	1037.7	1952	1865
A9	61.96	1198	2211.7	1688
A10	59.39	943	1716	1041

>TRINITY_DN109029_c0_g1_i7 from sample A5 / Example spliced isoform

CTTTTCTTAATCTGATAGCAAAATGAAGAGAAACGCAGAGATCTGTACAGCTAGATCTTGTATCTTAACTGTCCAAAAAATCTCAGAAGTTTTAAAGGTATTATCACGATAACTTTTGGGGATACTTTTCTGAGGCTGTGGTCTGTGAAGGTTAAGAACCCTTGGAGCAGCGGTACCAATCCCTTGCAAAATCCTGGCCA
GCAATCGAATTCCGGGAATGGCAGATGATCTGGGTGAGTTTTACGTCAGGTATTACGTGGGTCACAAAGGAAAATTCGGCCACGAGTTTCTCGAGTTCGAATTCCGTCCCGACGGCAAGCTCCGCTATGCAAACAATTCGAACTACAAGAACGACACCATGATCCGCAAAGAGGTTTTTCTTACTCAGGCCGTTCTCAGG
GAATGCCGACGGATCATTGCTGAAAGCGAGATAATGAAGGAAGACGATAACAACTGGCCCGAGCCGGATAGGGTTGGGCGCCAGGAGCTGGAAATAGTTATGGGGAACGAGCATATTTCCTTTACAACTTCCAAAATAGGATCTCTCGTCGATGTGCAGAGTAGCAAGGATCCCGAAGGCCTTCGTATTTTCTATTATCT
TGTTCAGGACCTCAAGTGCTTTGTGTTCTCTCTCATTGCTCCGGAACATGGATGTGAAGTCTTTTTTCCAAATATTTATTTGTGCTAAAGAGCATAACATACCCTTCATTTCAAGTTGCACCTTTTTGGTGGCGTGTTATGCTCGTGGTTCATAACATGCGGGTGGATTTATACTGGTTTTTAGCTGTTTTCTACGTGCA
AATTATATTATTTGGATCGTGTCCAATTTTCAAATAACGGCTAATTTCAGCTTTCTTAAGAAGGGAATAAATCATGGATAACCTACTCGTTAAATTGTTTTATTTAAAAGCCTATCTGCTTCATGAAGGTTCGCATTTTTTTCACAATCCGAGCGGAATATTTTCACAATCTGAGCCGAATTTGAGTGGTAATATGGATG
GATAGATGGATGTTTATGTATTATTAACGCGCGTATGATAGCCATTTAACTAGAATCTCAAAGCACAATTCTTCGGTTTTAGTGCATTCAGTACCATTCATTTGTGTCTGTTTATTGCTTGTGCACGAGAGGATGCTCCATAGTAATGTAAATGCCTAGATTTCCAAAAGGTCACCCATTTTGTAGGTGTTGTCTTGGAA
CAGGAAAAGGCCAAGCCCCGTTTTATTTTTGCTTTTTTTCTTTTTCCATGCTAGGACATAAAATTGTATTAAATTCAAAATGGATACGGTTTAATGAAAGCCAGTCGTTCCCCTTCGAATTCTTAGAAAATCCTAACATGTGAGCTGCGTATGTGATGAAGAA

>TRINITY_DN109029_c0_g1_i4 from sample A5 / Example unspliced isoform:

CTTTTCTTAATCTGATAGCAAAATGAAGAGAAACGCAGAGATCTGTACAGCTAGATCTTGTATCTTAACTGTCCAAAAAATCTCAGAAGTTTTAAAGGTATTATCACGATAACTTTTGGGGATACTTTTCTGAGGCTGTGGTCTGTGAAGGTTAAGAACCCTTGGAGCAGCGGTACCAATCCCTTGCAAAATCCTGGCCA
GCAATCGAATTCCGGGAATGGCAGATGATCTGGGTGAGTTTTACGTCAGGTATTACGTGGGTCACAAAGGAAAATTCGGCCACGAGTTTCTCGAGTTCGAATTCCGTCCCGACGGCAAGCTCCGCTATGCAAACAATTCGAACTACAAGAACGACACCATGATCCGCAAAGAGGTTTTTCTTACTCAGGCCGTTCTCAGG
GAATGCCGACGGATCATTGCTGAAAGCGAGATAATGAAGGAAGACGATAACAACTGGCCCGAGCCGGATAGGGTTGGGCGCCAGGAGCTGGAAATAGTTATGGGGAACGAGCATATTTCCTTTACAACTTCCAAAATAGGATCTCTCGTCGATGTGCAGAGTAGCAAGGATCCCGAAGGCCTTCGTATTTTCTATTATCT
TGTTCAGGACCTCAAGTGCTTTGTGTTCTCTCTCATTGgtctgcacttcaaaattaagcctatctagacatagatgattgcacatacatgcatacacatttatgatttgaagatttatattaaagagcataatggatctttttgtatgcctagcagCTCCGGAACATGGATGTGAAGTCTTTTTTCCAAATATTTATTTG
TGCTAAAGAGCATAACATACCCTTGTAAGCAAGCAGATCCTGATCGATCACGATGTGTATGTGAAGCTTGTTGCAAACATTAGAATTAATGTAGTCTGGTAATTTCCAAAGTTTTACTGTAGGCTGGTCATTTCTACAGATTTTGTCTAGTCGGTTGACGATTGTGTTCTCACATGAATTTTGTGTGACTTCTGAACTGT
TGTAATTATCCAGCATTTCAAGTTGCACCTTTTTGGTGGCGTGTTATGCTCGTGGTTCATAACATGCGGGTGGATTTATACTGGTTTTTAGCTGTTTTCTACGTGCAAATTATATTATTTGGATCGTGTCCAATTTTCAAATAACGGCTAATTTCAGCTTTCTTAAGAAGGGAATAAATCATGGATAACCTACTCGTTAA
ATTGTTTTATTTAAAAGCCTATCTGCTTCATGAAGGTTCGCATTTTTTTCACAATCCGAGCGGAATATTTTCACAATCTGAGCCGAATTTGAGTGGTAATATGGATGGATAGATGGATGTTTATGTATTATTAACGCGCGTATGATAGCCATTTAACTAGAATCTCAAAGCACAATTCTTCGGTTTTAGTGCATTCAGTA
CCATTCATTTGTGTCTGTTTATTGCTTGTGCACGAGAGGATGCTCCATAGTAATGTAAATGCCTAGATTTCCAAAAGGTCACCCATTTTGTAGGTGTTGTCTTGGAACAGGAAAAGGCCAAGCCCCGTTTTATTTTTGCTTTTTTTCTTTTTCCATGCTAGGACATAAAATTGTATTAAATTCAAAATGGATACGGTTTA
ATGAAAGCCAGTCGTTCCCCTTCGAATTCTTAGAAAATCCTAACATGTGAGCTGCGTATGTGATGAAGAA

Intron 2 GCATGTTTGT ... ATCTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.47	408	110	100
A2	23.14	362	105	113
A3	21.11	411	121	99
A4	21.66	369	117	87
A5	21.78	228	64	63
A6	23.59	3235	822	1175
A7	23.74	3026	786	1098
A8	22.74	2373	567	830
A9	23.44	2905	796	983
A10	22.77	2770	695	938

>TRINITY_DN109029_c0_g1_i5 from sample A5 / Example spliced isoform

GTTCTTAAAAAGCAATCAAAATTTCATCTCTCAGCGCTAAAAGAGACTGTAAAGGTATTTGAAAACCCTTGGAGCAGCTATCTTGCAAAATCCTGACCAGCAGTCAAATTTCGGCAATGGCAGATGATCTGGGTGAGTTTTATGTCAGGTATTACGTTGGTCACAAGGGCAAATTCGGCCACGAGTTTCTCGAGTTCGAA
TTCCGTCCCGACGGCAAGCTCCGCTATGCAAACAATTCGAACTACAAGAACGACACCATGATCCGCAAAGAGGTTTTTCTTACTCAGGCCGTTCTCAGGGAATGCCGACGGATCATTTCTGAAAGCGAGATAATGAAGGAAGACGATAACAACTGGCCCGAGCCGGATAGGGTTGGGCGCCAGGAGCTGGAAATAGTTAT
GGGGAACGAGCATATTTCCTTTACAACTTCCAAAATAGGATCTCTCGTCGATGTGCAGAGTAGCAAGGATCCCGAAGGCCTTCGTATTTTCTATTATCTTGTTCAGGACCTCAAATGCTTTGTGTTCTCTCTCATTGGTCTACACTTCAAAATCAAGCCTATCTAGACATAGATGGCTTTTTTTTTTGTAAGGCTCATAC
CCATGGAGTTTTGAACTGGTGACCTTACGCAAGGAGTGCCTTAACAGTACACCTATTCACCGCCTACTCTACGCCCTGTGGGTCTATCTAGACATAGATGGTTGCACATACATGCATATGCATTTATGATCTGAAGATTTATATTAAAGAGCATAATGGATCTTTTTGTATGCCTAGCAGCTCCAGAAGGACTGTTTAAC
ATGGATGTGAAGTCTTTTTTCCAAATATTTATTTGTGCTAAAGAGCATGTCATACCCTTGTAAGCAAGCAGATCCTGATCGATCACGATGTGTATGTGCAGCTTGTCTGCAAACATTATGAATTATTGTAGTCTGGTCATTTCTATGATTTTTAGTCTGATCGGTTGATGTTTGTGTTTCACATGTGTATTTTGTGTGAC
TTCTGAGCTGTTGTAATTATCCAGCATTTCAAGTTGCACTTTTTGGGTGGCGTGTTATGTTCGTGGGTCATAACACGTGGGTGGATTTATACTGGTTTCTAGCTATCTTCTACGAGAAAATTATATTATTTGGCTCGTTTCCAATTTTCAAATAACAGCTCATTTCGGCTTTCTTGTTGAAACAAAATAAGAAGGAATAA
ATCATGGATAACCTACAAGTTAAATTGTTTTATATTAAAGCATTTCGGCTTCAAAAAAAA

>TRINITY_DN109029_c0_g1_i1 from sample A5 / Example unspliced isoform:

GTTCTTAAAAAGCAATCAAAATTTCATCTCTCAGCGCTAAAAGAGACTGTAAAGGTATTTGAAAACCCTTGGAGCAGCTATCTTGCAAAATCCTGACCAGCAGTCAAATTTCGGCAATGGCAGATGATCTGGGTGAGTTTTATGTCAGGTATTACGTTGGTCACAAGGGCAAATTCGGCCACGAGTTTCTCGAGTTCGAA
TTCCGTCCCGACGGCAAGCTCCGCTATGCAAACAATTCGAACTACAAGAACGACACCATGATCCGCAAAGAGGTTTTTCTTACTCAGGCCGTTCTCAGGGAATGCCGACGGATCATTTCTGAAAGCGAGgcatgtttgtttttaatagcttatttacagtttttcaatggtgttggagcgaaaaccctggcacattaaaa
ccctaattaaattttgtcatctatgcagATAATGAAGGAAGACGATAACAACTGGCCCGAGCCGGATAGGGTTGGGCGCCAGGAGCTGGAAATAGTTATGGGGAACGAGCATATTTCCTTTACAACTTCCAAAATAGGATCTCTCGTCGATGTGCAGAGTAGCAAGGATCCCGAAGGCCTTCGTATTTTCTATTATCTTG
TTCAGGACCTCAAATGCTTTGTGTTCTCTCTCATTGGTCTACACTTCAAAATCAAGCCTATCTAGACATAGATGGCTTTTTTTTTTGTAAGGCTCATACCCATGGAGTTTTGAACTGGTGACCTTACGCAAGGAGTGCCTTAACAGTACACCTATTCACCGCCTACTCTACGCCCTGTGGGTCTATCTAGACATAGATGG
TTGCACATACATGCATATGCATTTATGATCTGAAGATTTATATTAAAGAGCATAATGGATCTTTTTGTATGCCTAGCAGCTCCAGAAGGACTGTTTAACATGGATGTGAAGTCTTTTTTCCAAATATTTATTTGTGCTAAAGAGCATGTCATACCCTTGTAAGCAAGCAGATCCTGATCGATCACGATGTGTATGTGCAG
CTTGTCTGCAAACATTATGAATTATTGTAGTCTGGTCATTTCTATGATTTTTAGTCTGATCGGTTGATGTTTGTGTTTCACATGTGTATTTTGTGTGACTTCTGAGCTGTTGTAATTATCCAGCATTTCAAGTTGCACTTTTTGGGTGGCGTGTTATGTTCGTGGGTCATAACACGTGGGTGGATTTATACTGGTTTCTA
GCTATCTTCTACGAGAAAATTATATTATTTGGCTCGTTTCCAATTTTCAAATAACAGCTCATTTCGGCTTTCTTGTTGAAACAAAATAAGAAGGAATAAATCATGGATAACCTACAAGTTAAATTGTTTTATATTAAAGCATTTCGGCTTCAAAAAAAA

Intron 3 GTAAGCAAGC ... AATTATCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	70.23	54.2	147.3	108
A2	70.46	43.7	112	95
A3	72.87	42.1	162	63
A4	71.44	33.6	96	71
A5	78.49	15.9	67	48
A6	76.48	616.9	2228.2	1777
A7	74.2	488	1600.9	1200
A8	72.56	732.3	2158.6	1706
A9	74.41	590.1	1878.9	1545
A10	72.78	321.6	967.7	748

>TRINITY_DN129499_c3_g3_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

GAAATAGTGTTAATGACGCTTGATATAGCTAAACAGGAGGCAGCAAATATATAAATGACAATGTTCTTAAAAAGCAATCAAAATTTCATCTCTCAGCGCTAAAAGAGACTGTAAAGGTATTTGAAAACCCTTGGAGCAGCTATCTTGCAAAATCCTGACCAGCAGTCAAATTTCGGCAATGGCAGATGATCTGGGTGAGT
TTTATGTCAGGTATTACGTTGGTCACAAGGGCAAATTCGGCCACGAGTTTCTCGAGTTCGAATTCCGTCCCGACGGCAAGCTCCGCTATGCAAACAATTCGAACTACAAGAACGACACCATGATCCGCAAAGAGGTTTTTCTTACTCAGGCCGTTCTCAGGGAATGCCGACGGATCATTGCTGAAAGCGAGATAATGAAG
GAAGACGATAACAACTGGCCCGAGCCGGATAGGGTTGGGCGCCAGGAGCTGGAAATAGTTATGGGGAACGAACATATTTCCTTTACAACTTCCAAAATAGGATCTCTCGTCGATGTGCAGAGTAGCAAGGATCCCGAAGGCCTTCGAATTTTCTATTATCTTGTTCAGCTCCGGAACATGGATGTGAAGTCTTTTTTCCA
AATATTTATTTGTGCTAAAGAGCATAACATACCCTTCATTTCAAGTTGCACCTTTTTGGTGGCGTGTTATGCTCGTGGTTCATAACATGCGGGTGGATTTATACTGGTTTTTAGCTGTTTTCTACGTGCAAATTATATTATTTGGATCGTGTCCAATTTTCAAATAACGGCTAATTTCAGCTTTCTTAAGAAGGGAATAA
ATCATGGATAACCTACTCGTTAAATTGTTTTATTTAAAAGCCTATCTGCTTCATGAAGGTTCGCATTTTTTTCACAATCCGAGCGGAATATTTTCACAATCTGAGCCGAATTTGAGTGGTAATATGGATGGATAGATGGATGTTTATGTATTATTAACGCGCGGATGATAGCCATTTAACTAGAATCTCAAAGCACAATT
CTTCGGTTTTAGTGCATTCAGTACCATTCATTTGTGTCTGTTTATTGCTTGTGCACGAGAGGATGCTCCATAGTAATGTAAATGCCTAGATTTCCAAAAGGTCACCCATTTTGTAGGTGTTGTCTTGGAACAGGAAAAGGCCAAGCCCCGTTTTATTTTTGCTTTTTTTCTTTTTCCATGCTAGGACATAAAATTGTATT
AAATTCAAAATGGATACGGTTTAATGAAAGCCAGTCGTTCCCCTTCGAATTCTTAGAAAATCCTAACATGTGAGCCGC

>TRINITY_DN129499_c3_g3_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCTGGTTTTTGTTATTCAAGTTGTTTAGTCTTTTCTTAATCTGATAGCAAAATGAAGAGAAACGCAGAGATCTGTACAGCTAGATCTTGTATCTTAACTGTCCAAAAATCTCAGAAGTTTTAAAGGTATTATCACGATAACTTTTGGGGATACTTTTCTGAGGCTGTGGTCTGTGAAGGTTAAGAACCCTTGGAGCAGCG
GTACCAATCCCTTGCAAAATCCTGGCCAGCAATCGAATTCCGGGAATGGCAGATGATCTGGGTGAGTTTTACGTCAGGTATTACGTGGGTCACAAAGGAAAATTCGGCCACGAGTTTCTCGAGTTCGAATTCCGTCCCGACGGCAAGCTCCGCTATGCAAACAATTCGAACTACAAGAACGACACCATGATCCGCAAAGA
GGTTTTTCTTACTCAGGCCGTTCTCAGGGAATGCCGACGGATCATTGCTGAAAGCGAGATAATGAAGGAAGACGATAACAACTGGCCCGAGCCGGATAGGGTTGGGCGCCAGGAGCTGGAAATAGTTATGGGGAACGAACATATTTCCTTTACAACTTCCAAAATAGGATCTCTCGTCGATGTGCAGAGTAGCAAGGATC
CCGAAGGCCTTCGAATTTTCTATTATCTTGTTCAGGACCTCAAGTGCTTTGTGTTCTCTCTCATTGGTCTGCACTTCAAAATTAAGCCTATCTAGACATAGATGATTGCACATACATGCATACACATTTATGATTTGAAGATTTATATTAAAGAGCATAATGGATCTTTTTGTATGCCTAGCAGCTCCGGAACATGGATG
TGAAGTCTTTTTTCCAAATATTTATTTGTGCTAAAGAGCATAACATACCCTTgtaagcaagcagatcctgatcgatcacgatgtgtatgtgaagcttgttgcaaacattagaattaatgtagtctggtaatttccaaagttttactgtaggctggtcatttctacagattttgtctagtcggttgacgattgtgttctca
catgaattttgtgtgacttctgaactgttgtaattatccagCATTTCAAGTTGCACCTTTTTGGTGGCGTGTTATGCTCGTGGTTCATAACATGCGGGTGGATTTATACTGGTTTTTAGCTGTTTTCTACGTGCAAATTATATTATTTGGATCGTGTCCAATTTTCAAATAACGGCTAATTTCAGCTTTCTTAAGAAGGG
AATAAATCATGGATAACCTACTCGTTAAATTGTTTTATTTAAAAGCCTATCTGCTTCATGAAGGTTCGCATTTTTTTCACAATCCGAGCGGAATATTTTCACAATCTGAGCCGAATTTGAGTGGTAATATGGATGGATAGATGGATGTTTATGTATTATTAACGCGCGGATGATAGCCATTTAACTAGAATCTCAAAGCA
CAATTCTTCGGTTTTAGTGCATTCAGTACCATTCATTTGTGTCTGTTTATTGCTTGTGCACGAGAGGATGCTCCATAGTAATGTAAATGCCTAGATTTCCAAAAGGTCACCCATTTTGTAGGTGTTGTCTTGGAACAGGAAAAGGCCAAGCCCCGTTTTATTTTTGCTTTTTTTCTTTTTCCATGCTAGGACATAAAATT
GTATTAAATTCAAAATGGATACGGTTTAATGAAAGCCAGTCGTTCCCCTTCGAATTCTTAGAAAATCCTAACATGTGAGCCGC

Intron 4 GCATGTTTAT ... ATCATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.65	409	113	1
A2	22.65	362	106	2
A3	22.6	411	120	0
A4	25.75	369	128	1
A5	22.45	228	66	0
A6	20.74	3236.4	847	1
A7	21.29	3024	818	0
A8	20.17	2374	600	0
A9	21.74	2905.4	807	1
A10	20.91	2773	733	1

>TRINITY_DN114979_c7_g3_i5 from sample A2 / Example spliced isoform

GTTTTTGTTATTCAAGTTGTTTAGTCTTTTCTTAATCTGATAGCAAAATGAAGAGAAACGCAGAGATCTGTACAGCTAGATCTTGTATCTTAACTGTCCAAAAATCTCAGAAGTTTTAAAGGTATTATCACGATAACTTTTGGGGATACTTTTCTGAGGCTGTGGTCTGTGAAGGTTAAGAACCCTTGGAGCAGCGGTAC
CAATCCCTTGCAAAATCCTGGCCAGCAATCGAATTCCGGGAATGGCAGATGATCTGGGTGAGTTTTACGTCAGGTATTACGTGGGTCACAAAGGAAAATTCGGCCACGAGTTTCTCGAGTTCGAATTCCGTCCCGACGGCAAGCTCCGCTATGCAAACAATTCGAACTACAAGAACGACACCATGATCCGCAAAGAGGTT
TTTCTTACTCAGGCCGTTCTCAGGGAATGCCGACGGATCATTGCTGAAAGCGAGATAATGAAGGAAGACGATAACAACTGGCCCGAGCCGGATAGGGTTGGGCGCCAGGAGCTGGAAATAGTTATGGGGAACGAGCATATTTCCTTTACAACTTCCAAAATAGGATCTCTCGTCGATGTGCAGAGTAGCAAGGATCCCGA
AGGCCTTCGTATTTTCTATTATCTTGTTCAGGACCTCAAATGCTTTGTGTTCTCTCTCATTGGTCTACACTTCAAAATCAAGCCTATCTAGACATAGATGGCTTTTTTTTTTGTAAGGCTCATACCCATGGAGTTTTGAACTGGTGACCTTACGCAAGGAGTGCCTTAACAGTACACCTATTCACCGCCTACTCTACGCC
CTGTGGGTCTATCTAGACATAGATGGTTGCACATACATGC

>TRINITY_DN114979_c7_g3_i8 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GTTTTTGTTATTCAAGTTGTTTAGTCTTTTCTTAATCTGATAGCAAAATGAAGAGAAACGCAGAGATCTGTACAGCTAGATCTTGTATCTTAACTGTCCAAAAAATCTCAGAAGTTTTAAAGGTATTATCACGATAACTTTTGGGGATACTTTTCTGAGGCTGTGGTCTGTGAAGGTTAAGAACCCTTGGAGCAGCGGTA
CCAATCCCTTGCAAAATCCTGGCCAGCAATCGAATTCCGGGAATGGCAGATGATCTGGGTGAGTTTTACGTCAGGTATTACGTGGGTCACAAAGGAAAATTCGGCCACGAGTTTCTCGAGTTCGAATTCCGTCCCGACGGCAAGCTCCGCTATGCAAACAATTCGAACTACAAGAACGACACCATGATCCGCAAAGAGGT
TTTTCTTACTCAGGCCGTTCTCAGGGAATGCCGACGGATCATTGCTGAAAGCGAGgcatgtttatttctaaaagctattttacaagttttcaatggtgttagagcgaaaaccctggctcattaaaaccctacttaaatttgggcatcattgcagATAATGAAGGAAGACGATAAC