sp|Q9FI14|TAO1_ARATH ----> Disease resistance protein TAO1
Intron 1 GTAAGTAGTT ... GGGTTTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 14.29 | 15 | 5 | 0 |
| A2 | 16.67 | 5 | 2 | 0 |
| A3 | 26.66 | 1.5 | 0 | 1 |
| A4 | 37.5 | 2 | 0 | 2 |
| A5 | 0 | 2 | 0 | 0 |
| A6 | 26.64 | 26.5 | 6 | 13 |
| A7 | 27.88 | 29.5 | 6 | 16 |
| A8 | 24.77 | 49 | 16 | 16 |
| A9 | 32.14 | 43 | 20 | 20 |
| A10 | 33.48 | 10 | 4 | 6 |
>TRINITY_DN33225_c0_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoformAAGCCAAAGAACCTGAGAATTCTTGTGCTCAACATGTGTTTAAATCTGAGGGAACTTCCCAATTTATCAGATCACACATCTCTCTTAAGCCTCGAGCTAGAGAGATGTGAGAATCTACAGTCATTAAGAATTGAGGATTTGCCTCCTTTAGGGAGATTGTTTTCCTTGGAGAAGCTGATTCTGAGTTACTGCACTAGTTT
AACATGTTTGCCAAAAGCAGTAGGCGAATTCAAATACTTGCGATATCTGGACATGAGAGGATGCTCAAGCCTGGTTTTCCTACCAGACGAATTTGGAAAGCTTGACAGCCTCGAAGAATTGAACATGAGTGGGTGCGAGAAATTAAGTGAGCTTCCTCAGACTTTTGGAAATCTTAGGAGACTCAAAATCCTGAAAATTC
TAAAGTGTTTTGCATTGAGTCGCCTTCCCCCGAGCTTTTCTAATCTGGAATCTCTAGCCCAATTGAACGCGGGTCATTCTAATCTCATAAACGGTCTTCCAGACCAAATTGGAAATTTAAGGATGTTGGAATTTCTCAATCTTGGAGATACTTTTGCATCCAGATTGCCTCCCAGCATCAGTAATCTTGGAAAGCTGGCC
ACACTGCTCCTCAATACATGCGTGTATCTTTCAGAGTTGCCAGCTCTCCCTGAAGGTCTTGTGAAGGTGGATGTTGGAAATTGCAGGCAACTAAAGAGTATCTCCAGTATGTCGCATCTGATAAAACTGGAAACTCTCGTCCTATATCAATGTGAAGGCTTAACTGAGCTGCCACAGCTTCGTTCCTGCCAATCCTTGAG
ATTGCTCGACTTATATGGATGCAAGAATATCACAAATCTGACAGGCACAGAAGGACTAAAATCCTTACAAACGTTATATTTAAGTGGTTCTGGCATTTCTGTATTAAATCTTGGCCAATTGATGAAGGACATGTGCTGTTTACAGGTATTGAGCATTTCTGCAAAACAACTTCCACAATGCTTAGAACATAAACTGCCCA
ATGTGCATTCAGTAAAGGTCGTGTTCAATGATGTCATATGTTCTCCTCTGAAGAAGAACAGACAATGTACAGCGGTTGTAGTCTGTTTAGTCTTGAATTTATTTCATAGTGCGAATTTTAATGTTGGTGGTTCTGTGAGCATAAATATTATCAGTAAACAGTCAGACAAAGAGATTTTTGGGTCAGAAATCACGGTTGAC
ACAAAAAGAGTTGGAGGACGTAGAACCGATGGATTGTGTGTGCTCGTTTACAGAGAAAATCATCCGCTTATTATGAGTTTGGAGAGCGCAGACGCCGTCTTAGTGCAGGCATGTAGCAGCGACGACATAATAATAAAAGGAAGTGGAATGCAGCTGTTGTACAGAAAAGAAGATAATGGTAGTGGAGACGAGGATGTAAT
ATTTGCGGAATTGGAGCGAGACTTGAACTCGTTACTGCAACTATCCAGTGGGAAAGAGAAAGAAGAAGAGCCACTTAAAAGCATCTCCAGTGGGAAAGAGAAAGATGTAGAGTCACTTAAGAGCATCTCCAGTGGGAAAGAGAAAGATCTAGAGTCACTTAAGCCTACTTTCCTCAAAGGCGAAATAAAAAATGATGGCG
ATGTAGACGTGGAGGAAGACAGCAAGCCTTTCCAGGCTAGTAGCGGCAGCTTTGGGAGCTCATTCAACACACATACAGGTAATGCAAAGGGTGGTTGTGATCCAACAGAGAAGTTCATTCGGCATCGACAGCCATGGCAATCCCGTGTGATGGTTTCAAGGCGTTATGTTGCCATTTATTTAATATTATTATTAATATTA
TTTAATAATTTCAAACTATGTAAACCATAGCTTTAAGCAGTATTGAATTATACAGCATACATCAGAAGCCTGGTATACGGCAAAGAGAGCTGCAAGGAGTGTTACTGTGGGTATTTAAAATATGTGATCTGCATATTATTGACAATTTAATCACCTTTATAGCGGGGTATTTATGTGTGTTTTTTTTAATACATTTATAA
GAATATTTAATGACCCGCTTTGTAATTTTTGGGATGAAAACTTTCCGTAATTGTTAGTTATCCATTAAAATGAAA
>TRINITY_DN33225_c0_g1_i5 from sample A9 / Example unspliced isoform:AAGCCAAAGAACCTGAGAATTCTTGTGCTCAACATGTGTTTAAATCTGAGGGAACTTCCCAATTTATCAGATCACACATCTCTCTTAAGCCTCGAGCTAGAGAGATGTGAGAATCTACAGTCATTAAGAATTGAGGATTTGCCTCCTTTAGGGAGATTGTTTTCCTTGGAGAAGCTGATTCTGAGTTACTGCACTAGTTT
AACATGTTTGCCAAAAGCAGTAGGCGAATTCAAATACTTGCGATATCTGGACATGAGAGGATGCTCAAGCCTGGTTTTCCTACCAGACGAATTTGGAAAGCTTGACAGCCTCGAAGAATTGAACATGAGTGGGTGCGAGAAATTAAGTGAGCTTCCTCAGACTTTTGGAAATCTTAGGAGACTCAAAATCCTGAAAATTC
TAAAGTGTTTTGCATTGAGTCGCCTTCCCCCGAGCTTTTCTAATCTGGAATCTCTAGCCCAATTGAACGCGGGTCATTCTAATCTCATAAACGGTCTTCCAGACCAAATTGGAAATTTAAGGATGTTGGAATTTCTCAATCTTGGAGATACTTTTGCATCCAGATTGCCTCCCAGCATCAGTAATCTTGGAAAGCTGGCC
ACACTGCTCCTCAATACATGCGTGTATCTTTCAGAGTTGCCAGCTCTCCCTGAAGGTCTTGTGAAGGTGGATGTTGGAAATTGCAGGCAACTAAAGAGTATCTCCAGTATGTCGCATCTGATAAAACTGGAAACTCTCGTCCTATATCAATGTGAAGGCTTAACTGAGCTGCCACAGCTTCGTTCCTGCCAATCCTTGAG
ATTGCTCGACTTATATGGATGCAAGAATATCACAAATCTGACAGGCACAGAAGGACTAAAATCCTTACAAACGTTATATTTAAGTGGTTCTGGCATTTCTGTATTAAATCTTGGCCAATTGATGAAGGACATGTGCTGTTTACAGGTATTGAGCATTTCTGCAAAACAACTTCCACAATGCTTAGAACATAAACTGCCCA
ATGTGCATTCAGTAAAGGTCGTGTTCAATGATGTCATATGTTCTCCTCTGAAGAAGAACAGACAATGTACAGCGGTTGTAGTCTGTTTAGTCTTGAATTTATTTCATAGTGCGAATTTTAATGTTGGTGGTTCTGTGAGCATAAATATTATCAGTAAACAGTCAGACAAAGAGATTTTTGGGTCAGAAATCACGGTTGAC
ACAAAAAGAGTTGGAGGACGTAGAACCGATGGATTGTGTGTGCTCGTTTACAGAGAAAATCATCCGCTTATTATGAGTTTGGAGAGCGCAGACGCCGTCTTAGTGCAGGCATGTAGCAGCGACGACATAATAATAAAAGGAAGTGGAATGCAGCTGTTGTACAGAAAAGAAGATAATGGTAGTGGAGACGAGGATGTAAT
ATTTGCGGAATTGGAGCGAGACTTGAACTCGTTACTGCAACTATCCAGTGGGAAAGAGAAAGAAGAAGAGCCACTTAAAAGCATCTCCAGTGGGAAAGAGAAAGATGTAGAGTCACTTAAGAGCATCTCCAGTGGGAAAGAGAAAGATCTAGAGTCACTTAAGCCTACTTTCCTCAAAGGCGAAATAAAAAATGATGGCG
ATGTAGACGTGGAGGAAGACAGCAAgtaagtagttgattttttgaaccaagtaattagagcacttctttagctgtaattctatctatttatttccattgacacaatatcggtacaagttatagaaaggagaaaatcacaaacgagactcggtaatgacttattttgtaatttatttaccaatgtttctctacttttcttt
ttcgttctcaagggtggtttgctgtagggtttccagGCCTTTCCAGGCTAGTAGCGGCAGCTTTGGGAGCTCATTCAACACACATACAGGTAATGCAAAGGGTGGTTGTGATCCAACAGAGAAGTTCATTCGGCATCGACAGCCATGGCAATCCCGTGTGATGGTTTCAAGGCGTTATGTTGCCATTTATTTAATATTAT
TATTAATATTATTTAATAATTTCAAACTATGTAAACCATAGCTTTAAGCAGTATTGAATTATACAGCATACATCAGAAGCCTGGTATACGGCAAAGAGAGCTGCAAGGAGTGTTACTGTGGGTATTTAAAATATGTGATCTGCATATTATTGACAATTTAATCACCTTTATAGCGGGGTATTTATGTGTGTTTTTTTTAA
TACATTTATAAGAATATTTAATGACCCGCTTTGTAATTTTTGGGATGAAAACTTTCCGTAATTGTTAGTTATCCATTAAAATGAAA
Intron 2 GTAAGAATAA ... ACTAATGCAG
Found issues: Low number of reads
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 27.27 | 4 | 0 | 3 |
| A2 | 60 | 1 | 3 | 0 |
| A3 | 20 | 2 | 0 | 1 |
| A4 | 17.65 | 7 | 0 | 3 |
| A5 | 33.33 | 3 | 3 | 0 |
| A6 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A7 | 57.14 | 3 | 5 | 3 |
| A8 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A9 | 33.33 | 3 | 0 | 3 |
| A10 | 33.33 | 6 | 5 | 1 |
>TRINITY_DN39917_c0_g2_i3 from sample A7 / Example spliced isoformAAAAATGAAGAATCCTTTCCCGCAGAATATTTGTTGGACTTCTCCTTGGATTAATGGCCGCCAGTTCTTATTTAGCCAGATTTCCGTGGATCTGGGAGAGGGCCAAAGGCTCAGCTTTCTTAACAAATTTGGATTCGGTTGCAGCAGGGGGTTTGCTTGAAGCGGGCTGGGACACCACAAGAAACGGAAGCGGTCATCCA
AAAACTGGCGCCTGGCTGTTGGATCTGGATCTGGAGGAAGGGGAGGATCCGTCCAACTGGGTTCTGACTGCCGCGCAGACCTGTGTCAAAGTCTGCTCTAAACCCTAGCGCTCTGCTTACTCAGTTCAACTGTTCTGCTTCTATCGGGAAAGTGAAAAAAATTTGGTAGGGTGTCATTTCTCCAGAACCCTTTTTATGTT
TTCCATTTCCTTTTCATACTTCCAGCCAGCAATCCGTTGATTGTATTCCGTCGATTGAAGGGAAGGAGATCAAACAGGATGAAATGCCGGTATCAAATAATTTTCCAAAGCCCAGCTTTTGCAATGTCATAAAACAATCGGCTTCTTAGCTTTTCAGCGAGTCCTAAAACATTCGATTTGGTTCAGCTTGCAAGGGATAA
AAATCCCATCCCACTGCATGGAGGAATTCAAGAAGTATGAGCCTCTGCCTCTCGAGCTTCCGAGCAAAAAATATGATATTTTTCTAAGCTTCCGCGGGCCAGACGTGAGGCAGACTTTCGTCGATCATCTCGCCGAAGCTCTTCGAACAGCAGCAGTCTATGTTTTCAAGGATGATGAGAAGTTGGAGGAGGGCCAGAGG
ATTGATTCCAGCTTGATACAGGCTATTGAAGACTCCAAAATTCACATCCCTATTTTCTCTAAAACATATGCGCAATCGGTTTGGTGTTTGGATGAAGTTAAATACATGTGCCAATCCAAAAGATTAATTGCCACGGAGGCTGGTGATGCTGAGGGATGGGGAGCGGTTCAGTACCCAAATGCAGGAATAATAATTCCATT
ATTTTATGATGTAGAACCATCACATGTTCGGTATCCAGACAAAGGAGAAAGCCCATATAAAGAGGCTTTCAAAAAACACATTAATAGTAAGAATACAGACAATAAAGACAGATACGACCAGAAAACAATTGCAGCCTGGAAGGATGCTCTACATCAAGTGTCAAAACTTTCTGGCTGGACTTTGCAAGCTATGGCCGGGT
TTGAAGGAAAGTTGGTGAAGCGTGTGGTAAGGGATGTTCTCAAGACATTGGACCGTGGACAGCTGGATGTTGCCGAACACCCTGTTGGTCTCGAGAGCCGTATGAATGATGTAATAAAGTTACTTGACATAGGCTTGGAGAACGTAATCGTCCTGGGCATCTGGGGCATGGGCGGTCTTGGGAAGACCACTCTTGCGAAG
GCTATCTTTAACAATATTTGTCAGAGGTTTGAAGCTTCTTGCTTTTTGGCTGACGTTCGGGTCAACAATCTAAGGGACTTGCAGGAGCAAATTTTGACAGAACTTTCAGGAGAAAATTTCCCCGTGAGAAATGTGCATCGTGGAAAGGCTACGATGAAGGCTCGCTTGGGAAACATCCGGGTTCTGGTTGTTTTGGATGA
CATCAGCCATAAAAATCAACTGGATGCACTCAATAGCGAAGGTTGTTTTGGGCCAGGAAGCAGAGTCATTGTGACCACACGGGATCAGCAAATATTAAAGCTTGGTCAAGCCAAAATTTACGAGATGAAGGAATTCGAGAATGATGAAGCTCTTCAATTGTTTAGTTGGCATGCTTTTCTTCGGCCATGCCCAGATCAAG
AATATAAAGACCTGTCCTTAGGGATAGTAGAAGCCTGCCGAGGTCTTCCACTTTCTCTGGAAGTTCTGGGAGCTTCTTTATATGGCAAAACAGATCGGATTTTGTGGATTGAAGCTTTGAAGAAGTTACAAAGTGTGAAATACGGCGACATTCGAAAAAGTCTGGAAATCAGCTATGAAGCCCTAGAAGATGATGAAAAA
GATATTTTCCTAGATATTGCTTGTTTTTGCTTATTTTTTCTTCAAGCAGGGGAACCCTTCGTTTTGAGAAACTGCACGAGTCCATGTGATTAGCTTTTGGGAATCTGTATATGCTTCCCCTAATTACGCCTTGGAGAATTTGACTCTTAAATCCCATGTAATGCCACGATATGGAGTGGACGATCTCCAAATTTCAAACA
AGGGATACTTTCATTTTGCTATGCATGATCTTATAAGGGATATGGGAAGAGCCATCGTAGCGAATGAATCTCGAGAGCTTGGAGAACGTAGTCGATTATGGAACTCAGAGGATGCCCTTGAAGTATTAAAAGGCGGCCTGGGAACTAAAAGAGTTCGAGGTCTCTCCTTCCAGACAAGCAATCGGAATAAGATTACCTTG
CCAGACGGATGCTTGTCGTGTATGACCAACTTGAACTTGTTGTGGTTAGATGGAGCGACTATTGAAGGAGATCTTGGGCAGATCTCTTCAAATTTGAGATGGCTTCGTTGGCGTTCATGCCCACTGGAACGCTTGCCATTGAATTGGAATATGAGGCATCTAGCCCTACTGGACTTGACCGGGATAGGTATTGGTGCTGC
CGATATTGGGTCTCTCACAGAGGAATTGTGGAATGAAAGAACAGTGCAAGCGAAGCCAAAGAACCTGAGAATTCTTGTGCTCAACATGTGTTTAAATCTGAGGGAACTTCCCAATTTATCAGATCACACATCTCTCTTAAGCCTCGAGCTAGAGAGATGTGAGAATCTACAGTCATTAAGAATTGAGGATTTGCCTCCTT
TAGGGAGATTGTTTTCCTTGGAGAAGCTGATTCTGAGTTACTGCACTAGTTTAACATGTTTGCCAAAAGCAGTAGGCGAATTCAAATACTTGCGATATCTGGACATGAGAGGATGCTCAAGCCTGGTTTTCCTACCAGACGAATTTGGAAAGCTTGACAGCCTCGAAGAATTGAACATGAGTGGGTGCGAGAAATTAAGT
GAGCTTCCTCAGACTTTTGGAAATCTTAGGAGACTCAAAATCCTGAAAATTCTAAAGTGTTTTGCATTGAGTCGCCTTCCCCCGAGCTTTTCTAATCTGGAATCTCTAGCCCAATTGAACGCGGGTCATTCTAATCTCATAAACGGTCTTCCAGACCAAATTGGAAATTTAAGGATGTTGGAATTTCTCAATCTTGGAGA
TACTTTTGCATCCAGATTGCCTCCCAGCATCAGTAATCTTGGAAAGCTGGCCACACTGCTCCTCAATACATGCGTGTATCTTTCAGAGTTGCCAGCTCTCCCTGAAGGTCTTGTGAAGGTGGATGTTGGAAATTGCAGGCAACTAAAGAGTATCTCCAGTATGTCGCATCTGATAAAACTGGAAACTCTCGTCCTATATC
AATGTGAAGGCTTAACTGAGCTGCCACAGCTTCGTTCCTGCCAATCCTTGAGATTGCTCGACTTATATGGATGCAAGAATATCACAAATCTGACAGGCACAGAAGGACTAAAATCCTTACAAACGTTATATTTAAGTGGTTCTGGCATTTCTGTATTAAATCTTGGCCAATTGATGAAGGACATGTGCTGTTTACAGGTA
TTGAGCATTTCTGCAAAACAACTTCCACAATGCTTAGAACATAAACTGCCCAATGTGCATTCAGTAAAGGTCGTGTTCAATGATGTCATATGTTCTCCTCTGAAGAAGAACAGACAATGTACAGCGGTTGTAGTCTGTTTAGTCTTGAATTTATTTCATAGTGCGAATTTTAATGTTGGTGGTTCTGTGAGCATAAATAT
TATCAGTAAACAGTCAGACAAAGAGATTTTTGGGTCAGAAATCACGGTTGACACAAAAAGAGTTGGAGGACGTAGAACCGATGGATTGTGTGTGCTCGTTTACAGAGAAAATCATCCGCTTATTATGAGTTTGGAGAGCGCAGACGCCGTCTTAGTGCAGGCATGTAGCAGCGACGACATAATAATAAAAGGAAGTGGAA
TGCAGCTGTTGTACAGAAAAGAAGATAATGGTAGTGGAGACGAGGATGTAATATTTGCGGAATTGGAGCGAGACTTGAACTCGTTACTGCAACTATCCAGTGGGAAAGAGAAAGAAGAAGAGCCACTTAAAAGCATCTCCAGTGGGAAAGAGAAAGATGTAGAGTCACTTAAGAGCATCTCCAGTGGGAAAGAGAAAGAT
CTAGAGTCACTTAAGCCTACTTTCCTCAAAGGCGAAATAAAAAATGATGGCGATGTAGACGTGGAGGAAGACAGCAAGGTTTCCAGGCCTTTCCAGGCTAGTAGCGGCAGCTTTGGGAGCTCATTCAACACACATACAGGTAATGCAAAGGGTGGTTGTGATCCAACAGAGAAGTTCATTCGGCATCGACAGCCATGGCA
ATCCCGTGTGATGGTTTCAAGGCGTTATGTTGCCATTTATTTAATATTATTATTAATATTATTTAATAATTTCAAACTATGTAAACCATAGCTTTAAGCAGTATTGAATTATACAGCATACATCAGAAGCCTGGTATACGGCAAAGAGAGCTGCAAGGAGTGTTACTGTGGGTATTTAAAATATGTGATCTGCATATTAT
TGACAATTTAATCACCTTTATAGCGGGGTATTTATGTGTGTTTTTTTTAATACATTTATAAGAATATTTAATGACCCGCTTTGTAATTTTTGGGATGAAAACTTCCCG
>TRINITY_DN39917_c0_g2_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:AAAAATGAAGAATCCTTTCCCGCAGAATATTTGTTGGACTTCTCCTTGGATTAATGGCCGCCAGTTCTTATTTAGCCAGATTTCCGTGGATCTGGGAGAGGGCCAAAGGCTCAGCTTTCTTAACAAATTTGGATTCGGTTGCAGCAGGGGGTTTGCTTGAAGCGGGCTGGGACACCACAAGAAACGGAAGCGGTCATCCA
AAAACTGGCGCCTGGCTGTTGGATCTGGATCTGGAGGAAGGGGAGGATCCGTCCAACTGGGTTCTGACTGCCGCGCAGACCTGTGTCAAAGTCTGCTCTAAACCCTAGCGCTCTGCTTACTCAGTTCAACTGTTCTGCTTCTATCGGGAAAGTGAAAAAAATTTGGTAGGGTGTCATTTCTCCAGAACCCTTTTTATGTT
TTCCATTTCCTTTTCATACTTCCAGCCAGCAATCCGTTGATTGTATTCCGTCGATTGAAGGGAAGGAGATCAAACAGGATGAAATGCCGGTATCAAATAATTTTCCAAAGCCCAGCTTTTGCAATGTCATAAAACAATCGGCTTCTTAGCTTTTCAGCGAGTCCTAAAACATTCGATTTGGTTCAGCTTGCAAGGGATAA
AAATCCCATCCCACTGCATGGAGGAATTCAAGAAGTATGAGCCTCTGCCTCTCGAGCTTCCGAGCAAAAAATATGATATTTTTCTAAGCTTCCGCGGGCCAGACGTGAGGCAGACTTTCGTCGATCATCTCGCCGAAGCTCTTCGAACAGCAGCAGTCTATGTTTTCAAGGATGATGAGAAGTTGGAGGAGGGCCAGAGG
ATTGATTCCAGCTTGATACAGGCTATTGAAGACTCCAAAATTCACATCCCTATTTTCTCTAAAACATATGCGCAATCGGTTTGGTGTTTGGATGAAGTTAAATACATGTGCCAATCCAAAAGATTAATTGCCACGGAGGCTGGTGATGCTGAGGGATGGGGAGCGGTTCAGTACCCAAATGCAGGAATAATAATTCCATT
ATTTTATGATGTAGAACCATCACATGTTCGGTATCCAGACAAAGGAGAAAGCCCATATAAAGAGGCTTTCAAAAAACACATTAATAGTAAGAATACAGACAATAAAGACAGATACGACCAGAAAACAATTGCAGCCTGGAAGGATGCTCTACATCAAGTGTCAAAACTTTCTGGCTGGACTTTGCAAGCTATGGCCGGgt
aagaataagctgtaataactttttaatccgtcttctgcgtgtggcattgcgcaaaatgaatatttcaaatgccagtcaaaatatacttaagtgaaaactaatgcagGTTTGAAGGAAAGTTGGTGAAGCGTGTGGTAAGGGATGTTCTCAAGACATTGGACCGTGGACAGCTGGATGTTGCCGAACACCCTGTTGGTCTC
GAGAGCCGTATGAATGATGTAATAAAGTTACTTGACATAGGCTTGGAGAACGTAATCGTCCTGGGCATCTGGGGCATGGGCGGTCTTGGGAAGACCACTCTTGCGAAGGCTATCTTTAACAATATTTGTCAGAGGTTTGAAGCTTCTTGCTTTTTGGCTGACGTTCGGGTCAACAATCTAAGGGACTTGCAGGAGCAAAT
TTTGACAGAACTTTCAGGAGAAAATTTCCCCGTGAGAAATGTGCATCGTGGAAAGGCTACGATGAAGGCTCGCTTGGGAAACATCCGGGTTCTGGTTGTTTTGGATGACATCAGCCATAAAAATCAACTGGATGCACTCAATAGCGAAGGTTGTTTTGGGCCAGGAAGCAGAGTCATTGTGACCACACGGGATCAGCAAA
TATTAAAGCTTGGTCAAGCCAAAATTTACGAGATGAAGGAATTCGAGAATGATGAAGCTCTTCAATTGTTTAGTTGGCATGCTTTTCTTCGGCCATGCCCAGATCAAGAATATAAAGACCTGTCCTTAGGGATAGTAGAAGCCTGCCGAGGTCTTCCACTTTCTCTGGAAGTTCTGGGAGCTTCTTTATATGGCAAAACA
GATCGGATTTTGTGGATTGAAGCTTTGAAGAAGTTACAAAGTGTGAAATACGGCGACATTCGAAAAAGTCTGGAAATCAGCTATGAAGCCCTAGAAGATGATGAAAAAGATATTTTCCTAGATATTGCTTGTTTTTGCTTATTTTTTCTTCAAGCAGGGGAACCCTTCGTTTTGAGAAACTGCACGAGTCCATGTGATTA
GCTTTTGGGAATCTGTATATGCTTCCCCTAATTACGCCTTGGAGAATTTGACTCTTAAATCCCATGTAATGCCACGATATGGAGTGGACGATCTCCAAATTTCAAACAAGGGATACTTTCATTTTGCTATGCATGATCTTATAAGGGATATGGGAAGAGCCATCGTAGCGAATGAATCTCGAGAGCTTGGAGAACGTAGT
CGATTATGGAACTCAGAGGATGCCCTTGAAGTATTAAAAGGCGGCCTGGGAACTAAAAGAGTTCGAGGTCTCTCCTTCCAGACAAGCAATCGGAATAAGATTACCTTGCCAGACGGATGCTTGTCGTGTATGACCAACTTGAACTTGTTGTGGTTAGATGGAGCGACTATTGAAGGAGATCTTGGGCAGATCTCTTCAAA
TTTGAGATGGCTTCGTTGGCGTTCATGCCCACTGGAACGCTTGCCATTGAATTGGAATATGAGGCATCTAGCCCTACTGGACTTGACCGGGATAGGTATTGGTGCTGCCGATATTGGGTCTCTCACAGAGGAATTGTGGAATGAAAGAACAGTGCAAGCGAAGCCAAAGAACCTGAGAATTCTTGTGCTCAACATGTGTT
TAAATCTGAGGGAACTTCCCAATTTATCAGATCACACATCTCTCTTAAGCCTCGAGCTAGAGAGATGTGAGAATCTACAGTCATTAAGAATTGAGGATTTGCCTCCTTTAGGGAGATTGTTTTCCTTGGAGAAGCTGATTCTGAGTTACTGCACTAGTTTAACATGTTTGCCAAAAGCAGTAGGCGAATTCAAATACTTG
CGATATCTGGACATGAGAGGATGCTCAAGCCTGGTTTTCCTACCAGACGAATTTGGAAAGCTTGACAGCCTCGAAGAATTGAACATGAGTGGGTGCGAGAAATTAAGTGAGCTTCCTCAGACTTTTGGAAATCTTAGGAGACTCAAAATCCTGAAAATTCTAAAGTGTTTTGCATTGAGTCGCCTTCCCCCGAGCTTTTC
TAATCTGGAATCTCTAGCCCAATTGAACGCGGGTCATTCTAATCTCATAAACGGTCTTCCAGACCAAATTGGAAATTTAAGGATGTTGGAATTTCTCAATCTTGGAGATACTTTTGCATCCAGATTGCCTCCCAGCATCAGTAATCTTGGAAAGCTGGCCACACTGCTCCTCAATACATGCGTGTATCTTTCAGAGTTGC
CAGCTCTCCCTGAAGGTCTTGTGAAGGTGGATGTTGGAAATTGCAGGCAACTAAAGAGTATCTCCAGTATGTCGCATCTGATAAAACTGGAAACTCTCGTCCTATATCAATGTGAAGGCTTAACTGAGCTGCCACAGCTTCGTTCCTGCCAATCCTTGAGATTGCTCGACTTATATGGATGCAAGAATATCACAAATCTG
ACAGGCACAGAAGGACTAAAATCCTTACAAACGTTATATTTAAGTGGTTCTGGCATTTCTGTATTAAATCTTGGCCAATTGATGAAGGACATGTGCTGTTTACAGGTATTGAGCATTTCTGCAAAACAACTTCCACAATGCTTAGAACATAAACTGCCCAATGTGCATTCAGTAAAGGTCGTGTTCAATGATGTCATATG
TTCTCCTCTGAAGAAGAACAGACAATGTACAGCGGTTGTAGTCTGTTTAGTCTTGAATTTATTTCATAGTGCGAATTTTAATGTTGGTGGTTCTGTGAGCATAAATATTATCAGTAAACAGTCAGACAAAGAGATTTTTGGGTCAGAAATCACGGTTGACACAAAAAGAGTTGGAGGACGTAGAACCGATGGATTGTGTG
TGCTCGTTTACAGAGAAAATCATCCGCTTATTATGAGTTTGGAGAGCGCAGACGCCGTCTTAGTGCAGGCATGTAGCAGCGACGACATAATAATAAAAGGAAGTGGAATGCAGCTGTTGTACAGAAAAGAAGATAATGGTAGTGGAGACGAGGATGTAATATTTGCGGAATTGGAGCGAGACTTGAACTCGTTACTGCAA
CTATCCAGTGGGAAAGAGAAAGAAGAAGAGCCACTTAAAAGCATCTCCAGTGGGAAAGAGAAAGATGTAGAGTCACTTAAGAGCATCTCCAGTGGGAAAGAGAAAGATCTAGAGTCACTTAAGCCTACTTTCCTCAAAGGCGAAATAAAAAATGATGGCGATGTAGACGTGGAGGAAGACAGCAAGGTTTCCAGGCCTTT
CCAGGCTAGTAGCGGCAGCTTTGGGAGCTCATTCAACACACATACAGGTAATGCAAAGGGTGGTTGTGATCCAACAGAGAAGTTCATTCGGCATCGACAGCCATGGCAATCCCGTGTGATGGTTTCAAGGCGTTATGTTGCCATTTATTTAATATTATTATTAATATTATTTAATAATTTCAAACTATGTAAACCATAGC
TTTAAGCAGTATTGAATTATACAGCATACATCAGAAGCCTGGTATACGGCAAAGAGAGCTGCAAGGAGTGTTACTGTGGGTATTTAAAATATGTGATCTGCATATTATTGACAATTTAATCACCTTTATAGCGGGGTATTTATGTGTGTTTTTTTTAATACATTTATAAGAATATTTAATGACCCGCTTTGTAATTTTTG
GGATGAAAACTTCCCG
Intron 3 GTAAGTAGTT ... TTTGCTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 14.29 | 15 | 5 | 0 |
| A2 | 16.67 | 5 | 2 | 0 |
| A3 | 20 | 2 | 0 | 1 |
| A4 | 20 | 2 | 0 | 1 |
| A5 | 0 | 2 | 0 | 0 |
| A6 | 21.88 | 25 | 6 | 8 |
| A7 | 21.35 | 35 | 6 | 13 |
| A8 | 21.88 | 50 | 16 | 12 |
| A9 | 27.54 | 50 | 20 | 18 |
| A10 | 31.25 | 11 | 4 | 6 |
>TRINITY_DN39887_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoformATTTCCCCGTGAGAAATGTGCATCGTGGAAAGGCTACGATGAAGGCTCGCTTGGGAAACATCCGGGTTCTGGTTGTTTTGGATGACATCAGCCATAAAAATCAACTGGATGCACTCAATAGCGAAGGTTGTTTTGGGCCAGGAAGCAGAGTCATTGTGACCACACGGGATCAGCAAATATTAAAGCTTGGTCAAGCCAAA
ATTTACGAGATGAAGGAATTCGAGAATGATGAAGCTCTTCAATTGTTTAGTTGGCATGCTTTTCTTCGGCCATGCCCAGATCAAGAATATAAAGACCTGTCCTTAGGGATAGTAGAAGCCTGCCGAGGTCTTCCACTTTCTCTGGAAGTTCTGGGAGCTTCTTTATATGGCAAAACAGATCGGATTTTGTGGATTGAAGC
TTTGAAGAAGTTACAAAGTGTGAAATACGGCGACATTCGAAAAAGTCTGGAAATCAGCTATGAAGCCCTAGAAGATGATGAAAAAGATATTTTTCTAGATATTGCTTGTTTTTTCTTGAAGCAGGGGAACCCTTGGTTTTTGGAAACTGCACGAGTCCATGTGATTAGCTTTTGGGAATCTTTATATGCCGCGCCTAATG
ACGCCTTGGAGAATTTGATTCTTAAATCCCTTGTGAGGGTAAGGCATGTCATGCCACGATATGGAGTGGACGGGCTCCAAATTTCAAACAAGGGATACTTTCATTTTGCTATGCATGATCTTATAAGGGATATGGGAAGAGCCATCGTAGCGAATGAATCTCGAGAGCTTGGAGAACGTAGTCGATTATGGAACTCAGAG
GATGCCCTTGAAGTATTAAAAGGCGGCCTGGGAACTAAAAGAGTTCGAGGTCTCTCCTTCCAGACAAGCAATCGGAATAAGATTACCTTGCCAGACGGATGCTTGTCGTGTATGACCAACTTGAACTTGTTGTGGTTAGATGGAGCGACTATTGAAGGAGATCTTGGGCAGATCTCTTCAAATTTGAGATGGCTTCGTTG
GCGTTCATGCCCACTGGAACGCTTGCCATTGAATTGGAATATGAGGCATCTAGCCCTACTGGACTTGACCGGGATAGGTATTGGTGCTGCCGATATTGGGTCTCTCACAGAGGAATTGTGGAATGAAAGAACAGTGCAAGCGGTAAAATTTTCTCTCATCGGACTGGCATATTCTTTCCTCTTTTTCAAATAATTCATGA
CCTTTTGACTTAATGTTGTGATGACAGAAGCCAAAGAACCTGAGAATTCTTGTGCTCAACATGTGTTTAAATCTGAGGGAACTTCCCAATTTATCAGATCACACATCTCTCTTAAGCCTCGAGCTAGAGAGATGTGAGAATCTACAGTCATTAAGAATTGAGGATTTGCCTCCTTTAGGGAGATTGTTTTCCTTGGAGAA
GCTGATTCTGAGTTACTGCACTAGTTTAACATGTTTGCCAAAAGCAGTAGGCGAATTCAAATACTTGCGATATCTGGACATGAGAGGATGCTCAAGCCTGGTTTTCCTACCAGACGAATTTGGAAAGCTTGACAGCCTCGAAGAATTGAACATGAGTGGGTGCGAGAAATTAAGTGAGCTTCCTCAGACTTTTGGAAATC
TTAGGAGACTCAAAATCCTGAAAATTCTAAAGTGTTTTGCATTGAGTCGCCTTCCCCCGAGCTTTTCTAATCTGGAATCTCTAGCCCAATTGAACGCGGGTCATTCTAATCTCATAAACGGTCTTCCAGACCAAATTGGAAATTTAAGGATGTTGGAATTTCTCAATCTTGGAGATACTTTTGCATCCAGATTGCCTCCC
AGCATCAGTAATCTTGGAAAGCTGGCCACACTGCTCCTCAATACATGCGTGTATCTTTCAGAGTTGCCAGCTCTCCCTGAAGGTCTTGTGAAGGTGGATGTTGGAAATTGCAGGCAACTAAAGAGTATCTCCAGTATGTCGCATCTGATAAAACTGGAAACTCTCGTCCTATATCAATGTGAAGGCTTAACTGAGCTGCC
ACAGCTTCGTTCCTGCCAATCCTTGAGATTGCTCGACTTATATGGATGCAAGAATATCACAAATCTGACAGGCACAGAAGGACTAAAATCCTTACAAACGTTATATTTAAGTGGTTCTGGCATTTCTGTATTAAATCTTGGCCAATTGATGAAGGACATGTGCTGTTTACAGGTATTGAGCATTTCTGCAAAACAACTTC
CACAATGCTTAGAACATAAACTGCCCAATGTGCATTCAGTAAAGGTCGTGTTCAATGATGTCATATGTTCTCCTCTGAAGAAGAACAGACAATGTACAGCGGTTGTAGTCTGTTTAGTCTTGAATTTATTTCATAGTGCGAATTTTAATGTTGGTGGTTCTGTGAGCATAAATATTATCAGTAAACAGTCAGACAAAGAG
ATTTTTGGGTCAGAAATCACGGTTGACACAAAAAGAGTTGGAGGACGTAGAACCGATGGATTGTGTGTGCTCGTTTACAGAGAAAATCATCCGCTTATTATGAGTTTGGAGAGCGCAGACGCCGTCTTAGTGCAGGCATGTAGCAGCGACGACATAATAATAAAAGGAAGTGGAATGCAGCTGTTGTACAGAAAAGAAGA
TAATGGTAGTGGAGACGAGGATGTAATATTTGCGGAATTGGAGCGAGACTTGAACTCGTTACTGCAACTATCCAGTGGGAAAGAGAAAGAAGAAGAGCCACTTAAAAGCATCTCCAGTGGGAAAGAGAAAGATGTAGAGTCACTTAAGAGCATCTCCAGTGGGAAAGAGAAAGATCTAGAGTCACTTAAGCCTACTTTCC
TCAAAGGCGAAATAAAAAATGATGGCGATGTAGACGTGGAGGAAGACAGCAAGGTTTCCAGGCCTTTCCAGGCTAGTAGCGGCAGCTTTGGGAGCTCATTCAACACACATACAGGTAATGCAAAGGGTGGTTGTGATCCAACAGAGAAGTTCATTCGGCATCGACAGCCATGGCAATCCCGTGTGATGGTTTCAAGGCGT
TATGTTGCCATTTATTTAATATTATTATTAATATTATTTAATAATTTCAAACTATGTAAACCATAGCTTTAAGCAGTATTGAATTATACAGCATACATCAGAAGCCTGGTATACGGCAAAGAGAGCTGCAAGGAGTGTTACTGTGGGTATTTAAAATATGTGATCTGCATATTATTGACAATTTAATCACCTTTATAGCG
GGGTATTTATGTGTGTTTTTTTTAATACATTTATAAGAATATTTAATGACCCGCTTTGTAATTTTTGGGATGAAAACTTTCCGTAATTGTTAGTTATCCATTAAAATGAAAATAAGATAG
>TRINITY_DN39887_c0_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:ATTTCCCCGTGAGAAATGTGCATCGTGGAAAGGCTACGATGAAGGCTCGCTTGGGAAACATCCGGGTTCTGGTTGTTTTGGATGACATCAGCCATAAAAATCAACTGGATGCACTCAATAGCGAAGGTTGTTTTGGGCCAGGAAGCAGAGTCATTGTGACCACACGGGATCAGCAAATATTAAAGCTTGGTCAAGCCAAA
ATTTACGAGATGAAGGAATTCGAGAATGATGAAGCTCTTCAATTGTTTAGTTGGCATGCTTTTCTTCGGCCATGCCCAGATCAAGAATATAAAGACCTGTCCTTAGGGATAGTAGAAGCCTGCCGAGGTCTTCCACTTTCTCTGGAAGTTCTGGGAGCTTCTTTATATGGCAAAACAGATCGGATTTTGTGGATTGAAGC
TTTGAAGAAGTTACAAAGTGTGAAATACGGCGACATTCGAAAAAGTCTGGAAATCAGCTATGAAGCCCTAGAAGATGATGAAAAAGATATTTTTCTAGATATTGCTTGTTTTTTCTTGAAGCAGGGGAACCCTTGGTTTTTGGAAACTGCACGAGTCCATGTGATTAGCTTTTGGGAATCTTTATATGCCGCGCCTAATG
ACGCCTTGGAGAATTTGATTCTTAAATCCCTTGTGAGGGTAAGGCATGTCATGCCACGATATGGAGTGGACGGGCTCCAAATTTCAAACAAGGGATACTTTCATTTTGCTATGCATGATCTTATAAGGGATATGGGAAGAGCCATCGTAGCGAATGAATCTCGAGAGCTTGGAGAACGTAGTCGATTATGGAACTCAGAG
GATGCCCTTGAAGTATTAAAAGGCGGCCTGGGAACTAAAAGAGTTCGAGGTCTCTCCTTCCAGACAAGCAATCGGAATAAGATTACCTTGCCAGACGGATGCTTGTCGTGTATGACCAACTTGAACTTGTTGTGGTTAGATGGAGCGACTATTGAAGGAGATCTTGGGCAGATCTCTTCAAATTTGAGATGGCTTCGTTG
GCGTTCATGCCCACTGGAACGCTTGCCATTGAATTGGAATATGAGGCATCTAGCCCTACTGGACTTGACCGGGATAGGTATTGGTGCTGCCGATATTGGGTCTCTCACAGAGGAATTGTGGAATGAAAGAACAGTGCAAGCGGTAAAATTTTCTCTCATCGGACTGGCATATTCTTTCCTCTTTTTCAAATAATTCATGA
CCTTTTGACTTAATGTTGTGATGACAGAAGCCAAAGAACCTGAGAATTCTTGTGCTCAACATGTGTTTAAATCTGAGGGAACTTCCCAATTTATCAGATCACACATCTCTCTTAAGCCTCGAGCTAGAGAGATGTGAGAATCTACAGTCATTAAGAATTGAGGATTTGCCTCCTTTAGGGAGATTGTTTTCCTTGGAGAA
GCTGATTCTGAGTTACTGCACTAGTTTAACATGTTTGCCAAAAGCAGTAGGCGAATTCAAATACTTGCGATATCTGGACATGAGAGGATGCTCAAGCCTGGTTTTCCTACCAGACGAATTTGGAAAGCTTGACAGCCTCGAAGAATTGAACATGAGTGGGTGCGAGAAATTAAGTGAGCTTCCTCAGACTTTTGGAAATC
TTAGGAGACTCAAAATCCTGAAAATTCTAAAGTGTTTTGCATTGAGTCGCCTTCCCCCGAGCTTTTCTAATCTGGAATCTCTAGCCCAATTGAACGCGGGTCATTCTAATCTCATAAACGGTCTTCCAGACCAAATTGGAAATTTAAGGATGTTGGAATTTCTCAATCTTGGAGATACTTTTGCATCCAGATTGCCTCCC
AGCATCAGTAATCTTGGAAAGCTGGCCACACTGCTCCTCAATACATGCGTGTATCTTTCAGAGTTGCCAGCTCTCCCTGAAGGTCTTGTGAAGGTGGATGTTGGAAATTGCAGGCAACTAAAGAGTATCTCCAGTATGTCGCATCTGATAAAACTGGAAACTCTCGTCCTATATCAATGTGAAGGCTTAACTGAGCTGCC
ACAGCTTCGTTCCTGCCAATCCTTGAGATTGCTCGACTTATATGGATGCAAGAATATCACAAATCTGACAGGCACAGAAGGACTAAAATCCTTACAAACGTTATATTTAAGTGGTTCTGGCATTTCTGTATTAAATCTTGGCCAATTGATGAAGGACATGTGCTGTTTACAGGTATTGAGCATTTCTGCAAAACAACTTC
CACAATGCTTAGAACATAAACTGCCCAATGTGCATTCAGTAAAGGTCGTGTTCAATGATGTCATATGTTCTCCTCTGAAGAAGAACAGACAATGTACAGCGGTTGTAGTCTGTTTAGTCTTGAATTTATTTCATAGTGCGAATTTTAATGTTGGTGGTTCTGTGAGCATAAATATTATCAGTAAACAGTCAGACAAAGAG
ATTTTTGGGTCAGAAATCACGGTTGACACAAAAAGAGTTGGAGGACGTAGAACCGATGGATTGTGTGTGCTCGTTTACAGAGAAAATCATCCGCTTATTATGAGTTTGGAGAGCGCAGACGCCGTCTTAGTGCAGGCATGTAGCAGCGACGACATAATAATAAAAGGAAGTGGAATGCAGCTGTTGTACAGAAAAGAAGA
TAATGGTAGTGGAGACGAGGATGTAATATTTGCGGAATTGGAGCGAGACTTGAACTCGTTACTGCAACTATCCAGTGGGAAAGAGAAAGAAGAAGAGCCACTTAAAAGCATCTCCAGTGGGAAAGAGAAAGATGTAGAGTCACTTAAGAGCATCTCCAGTGGGAAAGAGAAAGATCTAGAGTCACTTAAGCCTACTTTCC
TCAAAGGCGAAATAAAAAATGATGGCGATGTAGACGTGGAGGAAGACAGCAAgtaagtagttgattttttgaaccaagtaattagagcacttctttagctgtaattctatctatttatttccattgacacaatatcggtacaagttatagaaaggagaaaatcacaaacgagactcggtaatgacttattttgtaattta
tttaccaatgtttctctacttttctttttcgttctcaagggtggtttgctgtagGGTTTCCAGGCCTTTCCAGGCTAGTAGCGGCAGCTTTGGGAGCTCATTCAACACACATACAGGTAATGCAAAGGGTGGTTGTGATCCAACAGAGAAGTTCATTCGGCATCGACAGCCATGGCAATCCCGTGTGATGGTTTCAAGGC
GTTATGTTGCCATTTATTTAATATTATTATTAATATTATTTAATAATTTCAAACTATGTAAACCATAGCTTTAAGCAGTATTGAATTATACAGCATACATCAGAAGCCTGGTATACGGCAAAGAGAGCTGCAAGGAGTGTTACTGTGGGTATTTAAAATATGTGATCTGCATATTATTGACAATTTAATCACCTTTATAG
CGGGGTATTTATGTGTGTTTTTTTTAATACATTTATAAGAATATTTAATGACCCGCTTTGTAATTTTTGGGATGAAAACTTTCCGTAATTGTTAGTTATCCATTAAAATGAAAATAAGATAG
Intron 4 GTAAAATTTT ... GTGATGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 42.86 | 8 | 9 | 3 |
| A2 | 10.34 | 13 | 0 | 3 |
| A3 | 44.83 | 8 | 6 | 7 |
| A4 | 100 | 0 | 6 | 3 |
| A5 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| A6 | 20 | 2 | 0 | 1 |
| A7 | 33.33 | 6 | 5 | 1 |
| A8 | 61.29 | 6 | 13 | 6 |
| A9 | 42.86 | 4 | 3 | 3 |
| A10 | 41.67 | 7 | 7 | 3 |
>TRINITY_DN39917_c0_g2_i8 from sample A7 / Example spliced isoformAAAAATGAAGAATCCTTTCCCGCAGAATATTTGTTGGACTTCTCCTTGGATTAATGGCCGCCAGTTCTTATTTAGCCAGATTTCCGTGGATCTGGGAGAGGGCCAAAGGCTCAGCTTTCTTAACAAATTTGGATTCGGTTGCAGCAGGGGGTTTGCTTGAAGCGGGCTGGGACACCACAAGAAACGGAAGCGGTCATCCA
AAAACTGGCGCCTGGCTGTTGGATCTGGATCTGGAGGAAGGGGAGGATCCGTCCAACTGGGTTCTGACTGCCGCGCAGACCTGTGTCAAAGTCTGCTCTAAACCCTAGCGCTCTGCTTACTCAGTTCAACTGTTCTGCTTCTATCGGGAAAGTGAAAAAAATTTGGTAGGGTGTCATTTCTCCAGAACCCTTTTTATGTT
TTCCATTTCCTTTTCATACTTCCAGCCAGCAATCCGTTGATTGTATTCCGTCGATTGAAGGGAAGGAGATCAAACAGGATGAAATGCCGGTATCAAATAATTTTCCAAAGCCCAGCTTTTGCAATGTCATAAAACAATCGGCTTCTTAGCTTTTCAGCGAGTCCTAAAACATTCGATTTGGTTCAGCTTGCAAGGGATAA
AAATCCCATCCCACTGCATGGAGGAATTCAAGAAGTATGAGCCTCTGCCTCTCGAGCTTCCGAGCAAAAAATATGATATTTTTCTAAGCTTCCGCGGGCCAGACGTGAGGCAGACTTTCGTCGATCATCTCGCCGAAGCTCTTCGAACAGCAGCAGTCTATGTTTTCAAGGATGATGAGAAGTTGGAGGAGGGCCAGAGG
ATTGATTCCAGCTTGATACAGGCTATTGAAGACTCCAAAATTCACATCCCTATTTTCTCTAAAACATATGCGCAATCGGTTTGGTGTTTGGATGAAGTTAAATACATGTGCCAATCCAAAAGATTAATTGCCACGGAGGCTGGTGATGCTGAGGGATGGGGAGCGGTTCAGTACCCAAATGCAGGAATAATAATTCCATT
ATTTTATGATGTAGAACCATCACATGTTCGGTATCCAGACAAAGGAGAAAGCCCATATAAAGAGGCTTTCAAAAAACACATTAATAGTAAGAATACAGACAATAAAGACAGATACGACCAGAAAACAATTGCAGCCTGGAAGGATGCTCTACATCAAGTGTCAAAACTTTCTGGCTGGACTTTGCAAGCTATGGCCGGGT
AAGAATAAGCTGTAATAACTTTTTAATCCGTCTTCTGCGTGTGGCATTGCGCAAAATGAATATTTCAAATGCCAGTCAAAATATACTTAAGTGAAAACTAATGCAGGTTTGAAGGAAAGTTGGTGAAGCGTGTGGTAAGGGATGTTCTCAAGACATTGGACCGTGGACAGCTGGATGTTGCCGAACACCCTGTTGGTCTC
GAGAGCCGTATGAATGATGTAATAAAGTTACTTGACATAGGCTTGGAGAACGTAATCGTCCTGGGCATCTGGGGCATGGGCGGTCTTGGGAAGACCACTCTTGCGAAGGCTATCTTTAACAATATTTGTCAGAGGTTTGAAGCTTCTTGCTTTTTGGCTGACGTTCGGGTCAACAATCTAAGGGACTTGCAGGAGCAAAT
TTTGACAGAACTTTCAGGAGAAAATTTCCCCGTGAGAAATGTGCATCGTGGAAAGGCTACGATGAAGGCTCGCTTGGGAAACATCCGGGTTCTGGTTGTTTTGGATGACATCAGCCATAAAAATCAACTGGATGCACTCAATAGCGAAGGTTGTTTTGGGCCAGGAAGCAGAGTCATTGTGACCACACGGGATCAGCAAA
TATTAAAGCTTGGTCAAGCCAAAATTTACGAGATGAAGGAATTCGAGAATGATGAAGCTCTTCAATTGTTTAGTTGGCATGCTTTTCTTCGGCCATGCCCAGATCAAGAATATAAAGACCTGTCCTTAGGGATAGTAGAAGCCTGCCGAGGTCTTCCACTTTCTCTGGAAGTTCTGGGAGCTTCTTTATATGGCAAAACA
GATCGGATTTTGTGGATTGAAGCTTTGAAGAAGTTACAAAGTGTGAAATACGGCGACATTCGAAAAAGTCTGGAAATCAGCTATGAAGCCCTAGAAGATGATGAAAAAGATATTTTCCTAGATATTGCTTGTTTTTGCTTATTTTTTCTTCAAGCAGGGGAACCCTTCGTTTTGAGAAACTGCACGAGTCCATGTGATTA
GCTTTTGGGAATCTGTATATGCTTCCCCTAATTACGCCTTGGAGAATTTGACTCTTAAATCCCATGTAATGCCACGATATGGAGTGGACGATCTCCAAATTTCAAACAAGGGATACTTTCATTTTGCTATGCATGATCTTATAAGGGATATGGGAAGAGCCATCGTAGCGAATGAATCTCGAGAGCTTGGAGAACGTAGT
CGATTATGGAACTCAGAGGATGCCCTTGAAGTATTAAAAGGCGGCCTGGGAACTAAAAGAGTTCGAGGTCTCTCCTTCCAGACAAGCAATCGGAATAAGATTACCTTGCCAGACGGATGCTTGTCGTGTATGACCAACTTGAACTTGTTGTGGTTAGATGGAGCGACTATTGAAGGAGATCTTGGGCAGATCTCTTCAAA
TTTGAGATGGCTTCGTTGGCGTTCATGCCCACTGGAACGCTTGCCATTGAATTGGAATATGAGGCATCTAGCCCTACTGGACTTGACCGGGATAGGTATTGGTGCTGCCGATATTGGGTCTCTCACAGAGGAATTGTGGAATGAAAGAACAGTGCAAGCGAAGCCAAAGAACCTGAGAATTCTTGTGCTCAACATGTGTT
TAAATCTGAGGGAACTTCCCAATTTATCAGATCACACATCTCTCTTAAGCCTCGAGCTAGAGAGATGTGAGAATCTACAGTCATTAAGAATTGAGGATTTGCCTCCTTTAGGGAGATTGTTTTCCTTGGAGAAGCTGATTCTGAGTTACTGCACTAGTTTAACATGTTTGCCAAAAGCAGTAGGCGAATTCAAATACTTG
CGATATCTGGACATGAGAGGATGCTCAAGCCTGGTTTTCCTACCAGACGAATTTGGAAAGCTTGACAGCCTCGAAGAATTGAACATGAGTGGGTGCGAGAAATTAAGTGAGCTTCCTCAGACTTTTGGAAATCTTAGGAGACTCAAAATCCTGAAAATTCTAAAGTGTTTTGCATTGAGTCGCCTTCCCCCGAGCTTTTC
TAATCTGGAATCTCTAGCCCAATTGAACGCGGGTCATTCTAATCTCATAAACGGTCTTCCAGACCAAATTGGAAATTTAAGGATGTTGGAATTTCTCAATCTTGGAGATACTTTTGCATCCAGATTGCCTCCCAGCATCAGTAATCTTGGAAAGCTGGCCACACTGCTCCTCAATACATGCGTGTATCTTTCAGAGTTGC
CAGCTCTCCCTGAAGGTCTTGTGAAGGTGGATGTTGGAAATTGCAGGCAACTAAAGAGTATCTCCAGTATGTCGCATCTGATAAAACTGGAAACTCTCGTCCTATATCAATGTGAAGGCTTAACTGAGCTGCCACAGCTTCGTTCCTGCCAATCCTTGAGATTGCTCGACTTATATGGATGCAAGAATATCACAAATCTG
ACAGGCACAGAAGGACTAAAATCCTTACAAACGTTATATTTAAGTGGTTCTGGCATTTCTGTATTAAATCTTGGCCAATTGATGAAGGACATGTGCTGTTTACAGGTATTGAGCATTTCTGCAAAACAACTTCCACAATGCTTAGAACATAAACTGCCCAATGTGCATTCAGTAAAGGTCGTGTTCAATGATGTCATATG
TTCTCCTCTGAAGAAGAACAGACAATGTACAGCGGTTGTAGTCTGTTTAGTCTTGAATTTATTTCATAGTGCGAATTTTAATGTTGGTGGTTCTGTGAGCATAAATATTATCAGTAAACAGTCAGACAAAGAGATTTTTGGGTCAGAAATCACGGTTGACACAAAAAGAGTTGGAGGACGTAGAACCGATGGATTGTGTG
TGCTCGTTTACAGAGAAAATCATCCGCTTATTATGAGTTTGGAGAGCGCAGACGCCGTCTTAGTGCAGGCATGTAGCAGCGACGACATAATAATAAAAGGAAGTGGAATGCAGCTGTTGTACAGAAAAGAAGATAATGGTAGTGGAGACGAGGATGTAATATTTGCGGAATTGGAGCGAGACTTGAACTCGTTACTGCAA
CTATCCAGTGGGAAAGAGAAAGAAGAAGAGCCACTTAAAAGCATCTCCAGTGGGAAAGAGAAAGATGTAGAGTCACTTAAGAGCATCTCCAGTGGGAAAGAGAAAGATCTAGAGTCACTTAAGCCTACTTTCCTCAAAGGCGAAATAAAAAATGATGGCGATGTAGACGTGGAGGAAGACAGCAAGGTTTCCAGGCCTTT
CCAGGCTAGTAGCGGCAGCTTTGGGAGCTCATTCAACACACATACAGGTAATGCAAAGGGTGGTTGTGATCCAACAGAGAAGTTCATTCGGCATCGACAGCCATGGCAATCCCGTGTGATGGTTTCAAGGCGTTATGTTGCCATTTATTTAATATTATTATTAATATTATTTAATAATTTCAAACTATGTAAACCATAGC
TTTAAGCAGTATTGAATTATACAGCATACATCAGAAGCCTGGTATACGGCAAAGAGAGCTGCAAGGAGTGTTACTGTGGGTATTTAAAATATGTGATCTGCATATTATTGACAATTTAATCACCTTTATAGCGGGGTATTTATGTGTGTTTTTTTTAATACATTTATAAGAATATTTAATGACCCGCTTTGTAATTTTTG
GGATGAAAACTTCCCG
>TRINITY_DN39917_c0_g2_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:TTTTGGGAATCTTTATATGCCGCGCCTAATGACGCCTTGGAGAATTTGATTCTTAAATCCCTTGTGAGGGTAAGGCATGTCATGCCACGATATGGAGTGGACGGGCTCCAAATTTCAAACAAGGGATACTTTCATTTTGCTATGCATGATCTTATAAGGGATATGGGAAGAGCCATCGTAGCGAATGAATCTCGAGAGCT
TGGAGAACGTAGTCGATTATGGAACTCAGAGGATGCCCTTGAAGTATTAAAAGGCGGCCTGGGAACTAAAAGAGTTCGAGGTCTCTCCTTCCAGACAAGCAATCGGAATAAGATTACCTTGCCAGACGGATGCTTGTCGTGTATGACCAACTTGAACTTGTTGTGGTTAGATGGAGCGACTATTGAAGGAGATCTTGGGC
AGATCTCTTCAAATTTGAGATGGCTTCGTTGGCGTTCATGCCCACTGGAACGCTTGCCATTGAATTGGAATATGAGGCATCTAGCCCTACTGGACTTGACCGGGATAGGTATTGGTGCTGCCGATATTGGGTCTCTCACAGAGGAATTGTGGAATGAAAGAACAGTGCAAGCGgtaaaattttctctcatcggactggca
tattctttcctctttttcaaataattcatgaccttttgacttaatgttgtgatgacagAAGCCAAAGAACCTGAGAATTCTTGTGCTCAACATGTGTTTAAATCTGAGGGAACTTCCCAATTTATCAGATCACACATCTCTCTTAAGCCTCGAGCTAGAGAGATGTGAGAATCTACAGTCATTAAGAATTGAGGATTTGC
CTCCTTTAGGGAGATTGTTTTCCTTGGAGAAGCTGATTCTGAGTTACTGCACTAGTTTAACATGTTTGCCAAAAGCAGTAGGCGAATTCAAATACTTGCGATATCTGGACATGAGAGGATGCTCAAGCCTGGTTTTCCTACCAGACGAATTTGGAAAGCTTGACAGCCTCGAAGAATTGAACATGAGTGGGTGCGAGAAA
TTAAGTGAGCTTCCTCAGACTTTTGGAAATCTTAGGAGACTCAAAATCCTGAAAATTCTAAAGTGTTTTGCATTGAGTCGCCTTCCCCCGAGCTTTTCTAATCTGGAATCTCTAGCCCAATTGAACGCGGGTCATTCTAATCTCATAAACGGTCTTCCAGACCAAATTGGAAATTTAAGGATGTTGGAATTTCTCAATCT
TGGAGATACTTTTGCATCCAGATTGCCTCCCAGCATCAGTAATCTTGGAAAGCTGGCCACACTGCTCCTCAATACATGCGTGTATCTTTCAGAGTTGCCAGCTCTCCCTGAAGGTCTTGTGAAGGTGGATGTTGGAAATTGCAGGCAACTAAAGAGTATCTCCAGTATGTCGCATCTGATAAAACTGGAAACTCTCGTCC
TATATCAATGTGAAGGCTTAACTGAGCTGCCACAGCTTCGTTCCTGCCAATCCTTGAGATTGCTCGACTTATATGGATGCAAGAATATCACAAATCTGACAGGCACAGAAGGACTAAAATCCTTACAAACGTTATATTTAAGTGGTTCTGGCATTTCTGTATTAAATCTTGGCCAATTGATGAAGGACATGTGCTGTTTA
CAGGTATTGAGCATTTCTGCAAAACAACTTCCACAATGCTTAGAACATAAACTGCCCAATGTGCATTCAGTAAAGGTCGTGTTCAATGATGTCATATGTTCTCCTCTGAAGAAGAACAGACAATGTACAGCGGTTGTAGTCTGTTTAGTCTTGAATTTATTTCATAGTGCGAATTTTAATGTTGGTGGTTCTGTGAGCAT
AAATATTATCAGTAAACAGTCAGACAAAGAGATTTTTGGGTCAGAAATCACGGTTGACACAAAAAGAGTTGGAGGACGTAGAACCGATGGATTGTGTGTGCTCGTTTACAGAGAAAATCATCCGCTTATTATGAGTTTGGAGAGCGCAGACGCCGTCTTAGTGCAGGCATGTAGCAGCGACGACATAATAATAAAAGGAA
GTGGAATGCAGCTGTTGTACAGAAAAGAAGATAATGGTAGTGGAGACGAGGATGTAATATTTGCGGAATTGGAGCGAGACTTGAACTCGTTACTGCAACTATCCAGTGGGAAAGAGAAAGAAGAAGAGCCACTTAAAAGCATCTCCAGTGGGAAAGAGAAAGATGTAGAGTCACTTAAGAGCATCTCCAGTGGGAAAGAG
AAAGATCTAGAGTCACTTAAGCCTACTTTCCTCAAAGGCGAAATAAAAAATGATGGCGATGTAGACGTGGAGGAAGACAGCAAGGTTTCCAGGCCTTTCCAGGCTAGTAGCGGCAGCTTTGGGAGCTCATTCAACACACATACAGGTAATGCAAAGGGTGGTTGTGATCCAACAGAGAAGTTCATTCGGCATCGACAGCC
ATGGCAATCCCGTGTGATGGTTTCAAGGCGTTATGTTGCCATTTATTTAATATTATTATTAATATTATTTAATAATTTCAAACTATGTAAACCATAGCTTTAAGCAGTATTGAATTATACAGCATACATCAGAAGCCTGGTATACGGCAAAGAGAGCTGCAAGGAGTGTTACTGTGGGTATTTAAAATATGTGATCTGCA
TATTATTGACAATTTAATCACCTTTATAGCGGGGTATTTATGTGTGTTTTTTTTAATACATTTATAAGAATATTTAATGACCCGCTTTGTAATTTTTGGGATGAAAACTTCCCG