sp|Q8GWG0|GPAT9_ARATH ----> Glycerol-3-phosphate acyltransferase 9

Intron 1 GTAATTGCTC ... TTATTTCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	38.46	16	10	10
A2	48.39	8	5	10
A3	18.18	9	1	3
A4	46.15	7	8	4
A5	45.33	10	14.6	2
A6	41.91	6.8	5.8	4
A7	14.29	9	1	2
A8	50	5	4	6
A9	41.98	4	0.8	5
A10	49.34	10.6	8.6	12

>TRINITY_DN118237_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

CTCGAGAGTGGCACAAGGAGGCGCAACATTAGTGGCGTCCCTCCCCTAACAAGAGTATTTTGAATAACAAGGACATCATCATTTAGTTTTCCCTGAACACAAGTAGATTTAGATTAATTTTAGTAATAGGGGGATTATCATTGAGTTTTTCCGTTAGTATCGTTTGCAAGAGTGACCAGTATCTCTGAAGGTATTTCCGA
TCAGTATCTCGCTGTTCATGAAGCAGCCGCTCGCGAGTTCTTGCGAGCGAAAATCTCGGTGAGAGCGTCCGAGATTGTTGCAACAAAGGCTCAGGAGGCTCGCAGTTTTGAGTTTGTGATTCGAGACTTTGGCTTGGCTGTTCCTGAAAAAGGAGTAAATTTATTTATTCTAATTGGAGGGATCAGAAAGCCATTTTACT
TGGTCGTCTGGATTGGCTCTGCAATGTTCTGTGTCTGTGTTGTGCATCCAGAGGAATTTCATCTGCATCTGCTTTCGGAAATACGGGCGTTGTCAACTTACTATTACCCCATCTCAGAAACCCTAGGGCCTTTGTTGCATCCTCTCTAGTATCCCCGGGAGTTTCTCGGCCCTCGATTTCTCCGTTGATCAGAATCTGTG
CTATTTATTTCATACACCTCGAAACCTCCGCGCGGGTTATTTTTGCCTGTAATCCGGTGAGTTTCGGAAAATGGATTCTCCCAAATCAGAAGTTGATGTGGACCGGCCCAATGTCGAAGAGTATCTAACGGAGGCACATTTGGACGGCACTCTGCAGCCAGGGAGGAAACTTTTGCTACGGGATTTGCTTGATATTTCTC
CTGCTTTGAATGAAGCGGCAAGTGCTATAGTTGATGATTCTTTTACACGGTGCTTCAAGTCAAATCCTCCAGAGCCATGGAACTGGAACATTTATTTATTTCCTTTATGGTGCTTTGGACTATTGGTTCGATATTTGATTCTTTTTCCTGTAAGAGTCGTGCTCTTGGCAGTGGGATGGGTGATCTTTCTTTCTCTATTT
ATTCCTGTACACTTTATTTTGAAAAATCAGGATAAAATTCGGCGACAACTAGAGGTTAGTTTTACATTCAACTGGAATCTTCAATTGAAGCATGTTCC

>TRINITY_DN118237_c0_g1_i13 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTCGAGAGTGGCACAAGGAGGCGCAACATTAGTGGCGTCCCTCCCCTAACAAGAGTATTTTGAATAACAAGGACATCATCATTTAGTTTTCCCTGAACACAAGTAGATTTAGATTAATTTTAGTAATAGGGGGATTATCATTGAGTTTTTCCGTTAGTATCGTTTGCAAGAGTGACCAGTATCTCTGAAGGTATTTCCGA
TCAGTATCTCGCTGTTCATGAAGCAGCCGCTCGCGAGTTCTTGCGAGCGAAAATCTCGGTGAGAGCGTCCGAGATTGTTGCAACAAAGgtaattgctcaatcgctcattcaaattgagggtaatgaatgtgcatggatatgtcgagagtcctggaggctgctgactgttatcctatatggcaatgggtttttaaagcgaa
attgccgattcgagggaaaaaaacctgaaattgattatcatgagaagtcattagagagattgcttttgatatagccgtctaaagttttttttatttctagGCTCAGGAGGCTCGCAGTTTTGAGTTTGTGATTCGAGACTTTGGCTTGGCTGTTCCTGAAAAAGGAGTAAATTTATTTATTCTAATTGGAGGGATCAGAA
AGCCATTTTACTTGGTCGTCTGGATTGGCTCTGCAATGTTCTGTGTCTGTGTTGTGCATCCAGAGGAATTTCATCTGCATCTGCTTTCGGAAATACGGGCGTTGTCAACTTACTATTACCCCATCTCAGAAACCCTAGGGCCTTTGTTGCATCCTCTCTAGTATCCCCGGGAGTTTCTCGGCCCTCGATTTCTCCGTTGA
TCAGAATCTGTGCTATTTATTTCATACACCTCGAAACCTCCGCGCGGGTTATTTTTGCCTGTAATCCGGTGAGTTTCGGAAAATGGATTCTCCCAAATCAGAAGTTGATGTGGACCGGCCCAATGTCGAAGAGTATCTAACGGAGGCACATTTGGACGGCACTCTGCAGCCAGGGAGGAAACTTTTGCTACGGGATTTGC
TTGATATTTCTCCTGCTTTGAATGAAGCGGCAAGTGCTATAGTTGATGATTCTTTTACACGGTGCTTCAAGTCAAATCCTCCAGAGCCATGGAACTGGAACATTTATTTATTTCCTTTATGGTGCTTTGGACTATTGGTTCGATATTTGATTCTTTTTCCTGTAAGAGTCGTGCTCTTGGCAGTGGGATGGGTGATCTTT
CTTTCTCTATTTATTCCTGTACACTTTATTTTGAAAAATCAGGATAAAATTCGGCGACAACTAGAGAGGGGTTTGGTGGAGTTCATATGCAGTGTATTTGTTGCTTCATGGACTGGGGTAGTTAAGTACCATGGACCACGACCTAGTGTCCGTCCAAGGCAGGTGTTTGTAGCCAACCACACTTCCATGATTGACTTCAT
AATTTTGGAACAAATGACAGCATTTGCTGTCATTATGCAGAAGCACCCTGGATGGGTTGGCCTCTTGCAAAGTACAATTTTAGAGAGCTTGGGCTGTATTTGGTTTAATCGAACAGAAGCCAAGGATCGCCATATTGTCTCTGAAAAGATTAAACAGCACATAGAAGGTCCTGACAACAACCCGCTTCTCATATTTCCTG
AAGGCACTTGTGTGAATAATCAATATACAATTATGTTCAAAAAGGGGGCTTTTGAACTAGGATGCACTGTATGTCCGATTGCAATAAAATACAACAAGATCTTTGTGGATGCTTTTTGGAACAGTAAGAAGCAGTCATTTACAATGCATTTGGTCCGTCTTATGACCTCATGGGCTGTAGTTTGTGATGTATGGTACTTG
GAGCCACAAAGTCTGCAACCTGGCGAGACACCAATTGAATTTGCAGAGAGGGTCAGGGACATAATAAGTATGAGGGCAGGCATAAAGAAGGTTCCATGGGATGGTTATCTAAAATATTATCGTCCAAGCCCTAAGCTCACTGAATCAAAACAAAAAAGCTTTGCAGAGGCAATGCTAAGGCGATTAGAAGAGAAATAATC
TCTGAAGGTGTTGAAGAGTATGGATAACAACACAACTATTCCTCACAAACCCCCTTCAAGTCTAGAAATTTCGAGAATAATTTGCGTGTCATATTTAGTCAATTTTGAACAGGTTTTTAGTGTAATTATTGTCACATTAGTCTATGAA

Intron 2 GTAAGATTGT ... ATAAATGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	38.24	12.3	7.4	3.7
A2	12.93	17.1	2.6	0.9
A3	43.88	23.1	17.9	3.4
A4	41.04	15.7	10.9	1.6
A5	46.69	10.3	9	2.3
A6	23.11	51.7	15.7	1.7
A7	26.53	42.6	15.4	1
A8	23.81	32.6	10.3	1.3
A9	12.31	18.1	2.6	0.6
A10	24.99	30.6	10.3	1.6

>TRINITY_DN119412_c1_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

GGATTGGCTCTGCAATGTTCTGTGTCTGTGTTGTGCATCCAGAGGAATTTCATCTGCATCTGCTTTCGGAAATACGGGCGTTGTCAACTTACTATTACCCCATCTCAGAAACCCTAGGGCCTTTGTTGCATCCTCTCTAGTATCCCCGGGAGTTTCTCGGCCCTCGATTTCTCCGTTGATCAGAATCTGTGCTATTTATT
TCATACACCTCGAAACCTCCGCGCGGGTTATTTTTGCCTGTAATCCGGTGAGTTTCGGAAAATGGATTCTCCCAAATCAGAAGTTGATGTGGACCGGCCCAATGTCGAAGAGTATCTAACGGAGGCACATTTGGACGGCACTCTGCAGCCAGGGAGGAAACTTTTGCTACGGGATTTGCTTGATATTTCTCCTGCTTTGA
ATGAAGCGGCAAGTGCTATAGTTGATGATTCTTTTACACGGTGCTTCAAGTCAAATCCTCCAGAGCCATGGAACTGGAACATTTATTTATTTCCTTTATGGTGCTTTGGACTATTGGTTCGATATTTGATTCTTTTTCCTGTAAGAGTCGTGCTCTTGGCAGTGGGATGGGTGATCTTTCTTTCTCTATTTATTCCTGTA
CACTTTATTTTGAAAAATCAGGATAAAATTCGGCGACAACTAGAGAGGGGTTTGGTGGAGTTCATATGCAGTGTATTTGTTGCTTCATGGACTGGGGTAGTTAAGTACCATGGACCACGACCTAGTGTCCGTCCAAGGCAGGTGTTTGTAGCCAACCACACTTCCATGATTGACTTCATAATTTTGGAACAAATGACAGC
ATTTGCTGTCATTATGCAGAAGCACCCTGGATGGGTTGGCCTCTTGCAAAGTACAATTTTAGAGAGCTTGGGCTGTATTTGGTTTAATCGAACAGAAGCCAAGGATCGCCATATTGTCTCTGAAAAGATTAAACAGCACATAGAAGGTCCTGACAACAACCCGCTTCTCATATTTCCTGAAGGCACTTGTGTGAATAATC
AATATACAGTTATGTTCAAAAAGGGGGCTTTTGAACTAGGATGCACTGTATGTCCGATTGCAATAAAATACAACAAGATCTTTGTGGATGCTTTTTGGAACAGTAAGAAGCAGTCATTTACAATGCATTTGGTCCGTCTTATGACCTCATGGGCTGTAGTTTGTGATGTATGGTACTTGGAGCCACAAAGTCTGCAACCT
GGCGAGACACCAATTGAATTTGCAGAGAGGGTCAGGGACATAATAAGTATGAGGGCAGGCATAAAGAAGGTTCCATGGGATGGTTATCTAAAATATTATCGTCCAAGCCCTAAGCTCACTGAATCAAAACAAAAAAGCTTTGCAGAGGCAATGCTAAGGCGATTAGAAGAGAAATAATCTCTGAAGGTGTTGAAGAGTAT
GGATAACAACACAACTATTCCTCACAAACCCCCTTCAAGTCTAGAAATTTCGAGAATAATTTGCGTGTCATATTTAGTCAATTTTGAACAGGTTTTTAGTGTAATTATTGTGACATTAGTCTATGAAGGTTAAATGCTACTTGTTATCTTATTTACATTGTTGTACGATCCTTCATTCTTTCTAGTACAGAAATATATTA
TGCTTGTAAATTGTTGGTTTAAAAGAAGTCAAGCTTTTGTTTTGGG

>TRINITY_DN119412_c1_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CCTAGTGTCCGTCCAAGGCAGGTAAATGCACGAACTTTTGATGTCTAGGGCACTCATTTGCCTGCCCTATTTTCCTTTTTATATCCTTTAAACTTGGATATCCCTGGTTTCACTGATATAATTGTTTGTAATTGTGTATAATATCTGTTCTTTAAGCCAGGTGTTTGTAGCCAACCACACTTCCATGATTGACTTCATAA
TTTTGGAACAAATGACAGCATTTGCTGTCATTATGCAGAAGCACCCTGGATGGGTTGgtaagattgtagtatcttctgataacagctgacatattataaatgttgtgtcattatcttttacatgatgttatttgtctacaaagaatacagttctgctaatttggatattggtttggtatgctaaaaagttttatgataaa
tgtagGCCTCTTGCAAAGTACAATTTTAGAGAGCTTGGGCTGTATTTGGTTTAATCGAACAGAAGCCAAGGATCGCCATATTGTCTCTGAAAAGATTAAACAGCACATAGAAGGTCCTGACAACAACCCGCTTCTCATATTTCCTGAAGGCACTTGTGTGAATAATCAATATACAGTTATGTTCAAAAAGGGGGCTTTTG
AACTAGGATGCACTGTATGTCCGATTGCAATAAAATACAACAAGATCTTTGTGGATGCTTTTTGGAACAGTAAGAAGCAGTCATTTACAATGCATTTGGTCCGTCTTATGACCTCATGGGCTGTAGTTTGTGATGTATGGTACTTGGAGCCACAAAGTCTGCAACCTGGCGAGACACCAATTGAATTTGCAGAGAGGGTC
AGGGACATAATAAGTATGAGGGCAGGCATAAAGAAGGTTCCATGGGATGGTTATCTAAAATATTATCGTCCAAGCCCTAAGCTCACTGAATCAAAACAAAAAAGCTTTGCAGAGGCAATGCTAAGGCGATTAGAAGAGAAATAATCTCTGAAGGTGTTGAAGAGTATGGATAACAACACAACTATTCCTCACAAACCCCC
TTCAAGTCTAGAAATTTCGAGAATAATTTGCGTGTCATATTTAGTCAATTTTGAACAGGTTTTTAGTGTAATTATTGTGACATTAGTCTATGAAGGTTAAATGCTACTTGTTATCTTATTTACATTGTTGTACGATCCTTCATTCTTTCTAGTACAGAAATATATTATGCTTGTAAATTGTTGGTTTAAAAGAAGTCAAG
CTTTTGTTTTGGG

Intron 3 GTAAATGCAC ... TTTAAGCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	41.66	20	3.8	14.5
A2	11.04	28	8.8	3.5
A3	29.52	27	3.5	11.8
A4	15.96	37	3.8	7.3
A5	16.15	18	0.5	3.5
A6	16.44	57	4.5	12
A7	9.5	69	2.8	7.5
A8	14.23	47	1.3	8.3
A9	5.35	26	2	1.5
A10	9.05	51	3.5	5.3

>TRINITY_DN118237_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

CTCGAGAGTGGCACAAGGAGGCGCAACATTAGTGGCGTCCCTCCCCTAACAAGAGTATTTTGAATAACAAGGACATCATCATTTAGTTTTCCCTGAACACAAGTAGATTTAGATTAATTTTAGTAATAGGGGGATTATCATTGAGTTTTTCCGTTAGTATCGTTTGCAAGAGTGACCAGTATCTCTGAAGGTATTTCCGA
TCAGTATCTCGCTGTTCATGAAGCAGCCGCTCGCGAGTTCTTGCGAGCGAAAATCTCGGTGAGAGCGTCCGAGATTGTTGCAACAAAGGCTCAGGAGGCTCGCAGTTTTGAGTTTGTGATTCGAGACTTTGGCTTGGCTGTTCCTGAAAAAGGAGTAAATTTATTTATTCTAATTGGAGGGATCAGAAAGCCATTTTACT
TGGTCGTCTGGATTGGCTCTGCAATGTTCTGTGTCTGTGTTGTGCATCCAGAGGAATTTCATCTGCATCTGCTTTCGGAAATACGGGCGTTGTCAACTTACTATTACCCCATCTCAGAAACCCTAGGGCCTTTGTTGCATCCTCTCTAGTATCCCCGGGAGTTTCTCGGCCCTCGATTTCTCCGTTGATCAGAATCTGTG
CTATTTATTTCATACACCTCGAAACCTCCGCGCGGGTTATTTTTGCCTGTAATCCGGTGAGTTTCGGAAAATGGATTCTCCCAAATCAGAAGTTGATGTGGACCGGCCCAATGTCGAAGAGTATCTAACGGAGGCACATTTGGACGGCACTCTGCAGCCAGGGAGGAAACTTTTGCTACGGGATTTGCTTGATATTTCTC
CTGCTTTGAATGAAGCGGCAAGTGCTATAGTTGATGATTCTTTTACACGGTGCTTCAAGTCAAATCCTCCAGAGCCATGGAACTGGAACATTTATTTATTTCCTTTATGGTGCTTTGGACTATTGGTTCGATATTTGATTCTTTTTCCTGTAAGAGTCGTGCTCTTGGCAGTGGGATGGGTGATCTTTCTTTCTCTATTT
ATTCCTGTACACTTTATTTTGAAAAATCAGGATAAAATTCGGCGACAACTAGAGAGGGGTTTGGTGGAGTTCATATGCAGTGTATTTGTTGCTTCATGGACTGGGGTAGTTAAGTACCATGGACCACGACCTAGTGTCCGTCCAAGGCAGGTGTTTGTAGCCAACCACACTTCCATGATTGACTTCATAATTTTGGAACA
AATGACAGCATTTGCTGTCATTATGCAGAAGCACCCTGGATGGGTTGGCCTCTTGCAAAGTACAATTTTAGAGAGCTTGGGCTGTATTTGGTTTAATCGAACAGAAGCCAAGGATCGCCATATTGTCTCTGAAAAGATTAAACAGCACATAGAAGGTCCTGACAACAACCCGCTTCTCATATTTCCTGAAGGCACTTGTG
TGAATAATCAATATACAATTATGTTCAAAAAGGGGGCTTTTGAACTAGGATGCACTGTATGTCCGATTGCAATAAAATACAACAAGATCTTTGTGGATGCTTTTTGGAACAGTAAGAAGCAGTCATTTACAATGCATTTGGTCCGTCTTATGACCTCATGGGCTGTAGTTTGTGATGTATGGTACTTGGAGCCACAAAGT
CTGCAACCTGGCGAGACACCAATTGAATTTGCAGAGAGGGTCAGGGACATAATAAGTATGAGGGCAGGCATAAAGAAGGTTCCATGGGATGGTTATCTAAAATATTATCGTCCAAGCCCTAAGCTCACTGAATCAAAACAAAAAAGCTTTGCAGAGGCAATGCTAAGGCGATTAGAAGAGAAATAATCTCTGAAGGTGTT
GAAGAGTATGGATAACAACACAACTATTCCTCACAAACCCCCTTCAAGTCTAGAAATTTCGAGAATAATTTGCGTGTCATATTTAGTCAATTTTGAACAGGTTTTTAGTGTAATTATTGTCACATTAGTCTATGAA

>TRINITY_DN118237_c0_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GTACAATTCATGTCATTATATTTCATATTGTGTGTTCTTGGCAAGCATGCATTGATTTTGATTTTCATGCTTTCTCTTTAGAGGGGTTTGGTGGAGTTCATATGCAGTGTATTTGTTGCTTCATGGACTGGGGTAGTTAAGTACCATGGACCACGACCTAGTGTCCGTCCAAGGCAGgtaaatgcacgaacttttgatgt
ctagggcactcatctgcctgccctattttcttttttatatcctttaaacttggatatccctggtttcactgatataattgtttgtaattgtgtataatatctgttctttaagccagGTGTTTGTAGCCAACCACACTTCCATGATTGACTTCATAATTTTGGAACAAATGACAGCATTTGCTGTCATTATGCAGAAGCAC
CCTGGATGGGTTGGCCTCTTGCAAAGTACAATTTTAGAGAGCTTGGGCTGTATTTGGTTTAATCGAACAGAAGCCAAGGATCGCCATATTGTCTCTGAAAAGATTAAACAGCACATAGAAGGTCCTGACAACAACCCGCTTCTCATATTTCCTGAAGGCACTTGTGTGAATAATCAATATACAATTATGTTCAAAAAGGG
GGCTTTTGAACTAGGATGCACTGTATGTCCGATTGCAATAAAATACAACAAGATCTTTGTGGATGCTTTTTGGAACAGTAAGAAGCAGTCATTTACAATGCATTTGGTCCGTCTTATGACCTCATGGGCTGTAGTTTGTGATGTATGGTACTTGGAGCCACAAAGTCTGCAACCTGGCGAGACACCAATTGAATTTGCAG
AGAGGGTCAGGGACATAATAAGTATGAGGGCAGGCATAAAGAAGGTTCCATGGGATGGTTATCTAAAATATTATCGTCCAAGCCCTAAGCTCACTGAATCAAAACAAAAAAGCTTTGCAGAGGCAATGCTAAGGCGATTAGAAGAGAAATAATCTCTGAAGGTGTTGAAGAGTATGGATAACAACACAACTATTCCTCAC
AAACCCCCTTCAAGTCTAGAAATTTCGAGAATAATTTGCGTGTCATATTTAGTCAATTTTGAACAGGTTTTTAGTGTAATTATTGTCACATTAGTCTATGAA