NA ----> NA

Intron 1 GTAAGCTTTA ... GTGTTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.65	85	6.3	32.5
A2	26.47	68	7.1	24.5
A3	17.21	95	7	19.8
A4	17.53	70	3.6	14.9
A5	14.67	64	1.8	11
A6	20.16	514	6.4	129.8
A7	18.05	539	11	118.8
A8	17.18	528.4	5.4	109.6
A9	14.72	751.6	8.9	129.8
A10	18.83	495	4.4	114.9

>TRINITY_DN123971_c8_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

CAATCTTTCTGCATTCAACGCAACAGCCCGGTTTTTGGAAATACAGCCAAGCGGTTTCATGAGATTTGTTCCATTTAACAGCATGCGCAGACACAACAGAGTTTGCAGAGTTCCCGCCATTGGAAATCTCTGCCCTCTTGAAATTTATCGAGGTCTGCAAATTTGTTGAAATCCGAGGATTTCTGGTGGTACAGAGCTGT
TTCGAATTCTTTTTCTGTGTTGTTGGTGTGTTGATTTCGAGCTCGGGAAATGAAAGGCAACGGGGGAATTTCAGACGAGGATTCAGCGAAGGAGGCGGCTGCTGGTGGTAGCGTTACGATCGAAGAGTTGCAGGGGAAAATGGCGGAGTTCACCAGAGAGAGAAACTGGGATCAGTTCCACAGCCCTCGCAATCTTCTCT
TGGCTCTTGTGGGAGAAGTGGGAGAACTGTCTGAAATATTTCAATGGAAGGGTGAGGTTCCAAAAGGTCTTCCAGACTGGAATGCTGCAGAGAAGGAGCATCTAGGTGAAGAGTTGTCAGATGTTCTACTGTATTTGGTAAGGCTTGCAGACATCTGTGAGGTGGACCTTGGTGAAGCAGCACTGAGAAAAGTTAAGAAA
AATGGTCTCAAATATCCTGTTGAACGGTGCAAGGGCTCCTCAAAAAAGTACACACACCTTACCAATGTTGTGAACGAAGAGGAGTTCAGAGTAGATAATATTTAAGTTATACACGAATACTTATGATGGTGCTGCAAAATGTGCCTTTCGTTATATAGTCATTTTTTGTTACAATGTGTAATATTTGCTGCAGAATTTGT
GAAATTGCTTTCAATTCAGCAATCTTTCACTCAGGTTTTAGCAAGAGGGGTGAGAAATGAAACGTGAATCATGAATATTAAAAGTAAACCATGCATTGTTTTCTGTGATATCATTTGATTAAGTTTTGGATAGTGTTGTAAATTGTCAACTGGAACTTTAATTGTAATTTGATGAGGATGGCCATTATACAGTGATGTGT
CTATCTTATATGACTGTGCTTAGGGTCAATTTTGATGTGAACTTAGAGTGGGATCTGCACAGGAGAAGCAAAATTGGTTGTGTGACTGAAACTTACATGGTTGGCATCCAACAGGCATCCAGCTCATGGACTGAGTTATTTGATAATGATCTGAGATATAACATTACATCTCTGGAGGGGCTGATTTCAAGCCCAGCCAG
TGCCTTTGGGTAAGGTTTTCTTGCCCTACAGGCCCATCACTCCACAAAAACAAAGTAATAGTAGTCCTTGATATAGATCTAAGGTTTAGAGTAATGTCTTAAAAACCTGAAATTATGCTGTTACGATAGTCTTCATCGATATGAGGCTTGAGCCCTTCATGGAATATCATTTGGACATGCAAATCTCAGAATCTCCAAGA
GCGCATGGGGTTGACCAACAATCACATGAAGAGGTCTTTTCGTGGTTAGGGTTTCAGTGATGGTTTGAAGATTGCATATGATAGCTTAAGCTTTAGTCTTTTTGCATTTGATTCGGCCTACCTGACCTTGGCTGGTTGCCAATGTTAGCATAAGGCTTCAGAGGGAGCCTTAGATGGCTATCCCCCCACCTTGATAACTT
TTATCATTATTTCTAGAAGTGGGAACGACAGCTTTGGTAGCATCTATTGTACCCCCCCAAAAGTGTCGAGGAAGTTCATTCCCAAAGTGTACCACAAGGTAAT

>TRINITY_DN123971_c8_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CAATCTTTCTGCATTCAACGCAACAGCCCGGTTTTTGGAAATACAGCCAAGCGGTTTCATGAGATTTGTTCCATTTAACAGCATGCGCAGACACAACAGAGTTTGCAGAGTTCCCGCCATTGGAAATCTCTGCCCTCTTGAAATTTATCGAGGTCTGCAAATTTGTTGAAATCCGAGGATTTCTGGTGgtaagctttatg
atatgtataaataaagtaatgattgtggaatgttcttttcttcttcagtttttggttttggtgttggcagGTACAGAGCTGTTTCGAATTCTTTTTCTGTGTTGTTGGTGTGTTGATTTCGAGCTCGGGAAATGAAAGGCAACGGGGGAATTTCAGACGAGGATTCAGCGAAGGAGGCGGCTGCTGGTGGTAGCGTTACG
ATCGAAGAGTTGCAGGGGAAAATGGCGGAGTTCACCAGAGAGAGAAACTGGGATCAGTTCCACAGCCCTCGCAATCTTCTCTTGGCTCTTGTGGGAGAAGTGGGAGAACTGTCTGAAATATTTCAATGGAAGGGTGAGGTTCCAAAAGGTCTTCCAGACTGGAATGCTGCAGAGAAGGAGCATCTAGGTGAAGAGTTGTC
AGATGTTCTACTGTATTTGGTAAGGCTTGCAGACATCTGTGAGGTGGACCTTGGTGAAGCAGCACTGAGAAAAGTTAAGAAAAATGGTCTCAAATATCCTGTTGAACGGTGCAAGGGCTCCTCAAAAAAGTACACACACCTTACCAATGTTGTGAACGAAGAGGAGTTCAGAGTAGATAATATTTAAGTTATACACGAAT
ACTTATGATGGTGCTGCAAAATGTGCCTTTCGTTATATAGTCATTTTTTGTTACAATGTGTAATATTTGCTGCAGAATTTGTGAAATTGCTTTCAATTCAGCAATCTTTCACTCAGGTTTTAGCAAGAGGGGTGAGAAATGAAACGTGAATCATGAATATTAAAAGTAAACCATGCATTGTTTTCTGTGATATCATTTGA
TTAAGTTTTGGATAGTGTTGTAAATTGTCAACTGGAACTTTAATTGTAATTTGATGAGGATGGCCATTATACAGTGATGTGTCTATCTTATATGACTGTGCTTAGGGTCAATTTTGATGTGAACTTAGAGTGGGATCTGCACAGGAGAAGCAAAATTGGTTGTGTGACTGAAACTTACATGGTTGGCATCCAACAGGCAT
CCAGCTCATGGACTGAGTTATTTGATAATGATCTGAGATATAACATTACATCTCTGGAGGGGCTGATTTCAAGCCCAGCCAGTGCCTTTGGGTAAGGTTTTCTTGCCCTACAGGCCCATCACTCCACAAAAACAAAGTAATAGTAGTCCTTGATATAGATCTAAGGTTTAGAGTAATGTCTTAAAAACCTGAAATTATGC
TGTTACGATAGTCTTCATCGATATGAGGCTTGAGCCCTTCATGGAATATCATTTGGACATGCAAATCTCAGAATCTCCAAGAGCGCATGGGGTTGACCAACAATCACATGAAGAGGTCTTTTCGTGGTTAGGGTTTCAGTGATGGTTTGAAGATTGCATATGATAGCTTAAGCTTTAGTCTTTTTGCATTTGATTCGGCC
TACCTGACCTTGGCTGGTTGCCAATGTTAGCATAAGGCTTCAGAGGGAGCCTTAGATGGCTATCCCCCCACCTTGATAACTTTTATCATTATTTCTAGAAGTGGGAACGACAGCTTTGGTAGCATCTATTGTACCCCCCCAAAAGTGTCGAGGAAGTTCATTCCCAAAGTGTACCACAAGGTAAT

Intron 2 GTAAGATTTA ... GTTTGGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	31.11	31	18	10
A2	23.97	46	20	9
A3	20.25	65	16	17
A4	27.03	27	7	13
A5	6.45	29	4	0
A6	22.17	258	69	78
A7	21.2	342	95	89
A8	20.64	173	42	48
A9	23.95	300	106	83
A10	21.59	345	93	97

>TRINITY_DN123971_c8_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

CTCGTTTTACATTTTTATATTTTCAACGTGGCATTTTGGATCTCGGAACAGTCAGCCGGCCAGGCACGATCTTCCACCCTTCCACGCAAGATGGCCCGGTTTCAGGAATACCACTAAGCGGTTTCTCATGAGATTTGTCCTTTTTAAACAGACGAGACAGACACTTGGGAAGACAGAGTGACAGAGTTCCCGCCGCTGGA
AATTCGTGTCTCTGTGTGTGTTCTTGCTTGTCCAGATGAGTGATTTGATACTAGACACAGGTGTCCTCTCCTGTTGAAATTGATCGTCTTCTTGATTTGTGCTGGTGCAGATCTGTTTCAATTCTTGTCTCTGCTCTTGGTGTTTGATTTCAAGCTCGGAAAATGAATGGCAAGGGGGAAATTTCAGATGGGGATTCTGT
GAAGGAGGCCGGCAGCAACGTCACGATTGAAGAGTTGCAGAGCAAAATGGCAGAGTTCACCAGGGAGAGAGACTGGGATCGGTTCCACAGTCCCCGGAACCTTCTCTTGGCTCTCGTGGGAGAAGTGGGTGAACTGTCTGAGATATTTCAGTGGAAGGGTGAAGTTCCAAAAGGTCTTCCAGATTGGAATGCCGCAGAGA
AGGAGCATCTTGGTGAAGAGTTGTCAGATGTTCTACTCTATTTGGTAAGACTTGCAGACATCTGTGAGGTGGACCTTGGTGAAGCAGCACTGAGAAAACTTAAGAAAAATTGTCTCAAATATCCTGTTGAGACATGCAAGGGTTCCTCGAAGAAGTACACACACTATGCCAATGGTGTGAATGAAGAGGAGTTCAGAGTA
GATAATCTTTAAGTTAAACACGAATACTTGTGATGCTACTTCAAAATGTGCCTTTGGTTATACAGTCTTAAAATGTTACGGTGTACAGTTCATATGTTGTGCTGAAGAATTTTGTGATATTGCTTTCAGTTCAGCAATCTTTCACTCGGTTTTTAACAAGGGGTGAGAAATGAAAGAACCATGGATATCAAAAGAAATCA
TGCAGTTTTCTTTGTGAAATGACGTTGTTTAAGTTTAGAATAGTTTTGTAAGTTGCCAAATGGAACCTTAATAATTTGAAGAAGTCATTGTGCAACAAGGTGTATATCTTATATGATATGTTCAGTACCAATTTTTGAGAGCGATCTTATAAATGGGCTATGTATGGGAGAAACAAAATTGGTTGTGTGACTGAAACTTA
CATGGTTGGCATCCAACAGGCATCCAGCTCATGGACTGAGTTATTTGATAATGATCTGAGATATAACATTACATCTCTGGAGGGGCTGATTTCAAGCCCAGCCAGTGCCTTTGGGTAAGGTTTTCTTGCCCTACAGGCCCATCACTCCACAAAAACAAAGTAATAGTAGTCCTTGATATAGATCTAAGGTTTAGAGTAAT
GTCTTAAAAACCTGAAATTATGCTGTTACGATAGTCTTCATCGATATGAGGCTTGAGCCCTTCATGGAATATCATTTGGACATGCAAATCTCAGAATCTCCAAGAGCGCATGGGGTTGACCAACAATCACATGAAGAGGTCTTTTCGTGGTTAGGGTTTCAGTGATGGTTTGAAGATTGCATATGATAGCTTAAGCTTTA
GTCTTTTTGCATTTGATTCGGCCTACCTGACCTTGGCTGGTTGCCAATGTTAGCATAAGGCTTCAGAGGGAGCCTTAGATGGCTATCCCCCCACCTTGATAACTTTTATCATTATTTCTAGAAGTGGGAACGACAGCTTTGGTAGCATCTATTGTACCCCCCCAAAAGTGTCGAGGAAGTTCATTCCCAAAGTGTACCAC
AAGGTAAT

>TRINITY_DN123971_c8_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTCGTTTTACATTTTTATATTTTCAACGTGGCATTTTGGATCTCGGAACAGTCAGCCGGCCAGGCACGATCTTCCACCCTTCCACGCAAGATGGCCCGGTTTCAGGAATACCACTAAGCGGTTTCTCATGAGATTTGTCCTTTTTAAACAGACGAGACAGACACTTGGGAAGACAGAGTGACAGAGTTCCCGCCGCTGGA
AATTCGTGTCTCTGTGTGTGTTCTTGCTTGTCCAGATGAGTGATTTGATACTAGACACAGGTGTCCTCTCCTGTTGAAATTGATCGTCTTCTTGATTTGTGCTGgtaagatttatgatatgcatgtctgtataagctgattatgatcatgattgttggatgttcttctgttgagctttagattttggtttcttggtgttt
gggcagGTGCAGATCTGTTTCAATTCTTGTCTCTGCTCTTGGTGTTTGATTTCAAGCTCGGAAAATGAATGGCAAGGGGGAAATTTCAGATGGGGATTCTGTGAAGGAGGCCGGCAGCAACGTCACGATTGAAGAGTTGCAGAGCAAAATGGCAGAGTTCACCAGGGAGAGAGACTGGGATCGGTTCCACAGTCCCCGGA
ACCTTCTCTTGGCTCTCGTGGGAGAAGTGGGTGAACTGTCTGAGATATTTCAGTGGAAGGGTGAAGTTCCAAAAGGTCTTCCAGATTGGAATGCCGCAGAGAAGGAGCATCTTGGTGAAGAGTTGTCAGATGTTCTACTCTATTTGGTAAGACTTGCAGACATCTGTGAGGTGGACCTTGGTGAAGCAGCACTGAGAAAA
CTTAAGAAAAATTGTCTCAAATATCCTGTTGAGACATGCAAGGGTTCCTCGAAGAAGTACACACACTATGCCAATGGTGTGAATGAAGAGGAGTTCAGAGTAGATAATCTTTAAGTTAAACACGAATACTTGTGATGCTACTTCAAAATGTGCCTTTGGTTATACAGTCTTAAAATGTTACGGTGTACAGTTCATATGTT
GTGCTGAAGAATTTTGTGATATTGCTTTCAGTTCAGCAATCTTTCACTCGGTTTTTAACAAGGGGTGAGAAATGAAAGAACCATGGATATCAAAAGAAATCATGCAGTTTTCTTTGTGAAATGACGTTGTTTAAGTTTAGAATAGTTTTGTAAGTTGCCAAATGGAACCTTAATAATTTGAAGAAGTCATTGTGCAACAA
GGTGTATATCTTATATGATATGTTCAGTACCAATTTTTGAGAGCGATCTTATAAATGGGCTATGTATGGGAGAAACAAAATTGGTTGTGTGACTGAAACTTACATGGTTGGCATCCAACAGGCATCCAGCTCATGGACTGAGTTATTTGATAATGATCTGAGATATAACATTACATCTCTGGAGGGGCTGATTTCAAGCC
CAGCCAGTGCCTTTGGGTAAGGTTTTCTTGCCCTACAGGCCCATCACTCCACAAAAACAAAGTAATAGTAGTCCTTGATATAGATCTAAGGTTTAGAGTAATGTCTTAAAAACCTGAAATTATGCTGTTACGATAGTCTTCATCGATATGAGGCTTGAGCCCTTCATGGAATATCATTTGGACATGCAAATCTCAGAATC
TCCAAGAGCGCATGGGGTTGACCAACAATCACATGAAGAGGTCTTTTCGTGGTTAGGGTTTCAGTGATGGTTTGAAGATTGCATATGATAGCTTAAGCTTTAGTCTTTTTGCATTTGATTCGGCCTACCTGACCTTGGCTGGTTGCCAATGTTAGCATAAGGCTTCAGAGGGAGCCTTAGATGGCTATCCCCCCACCTTG
ATAACTTTTATCATTATTTCTAGAAGTGGGAACGACAGCTTTGGTAGCATCTATTGTACCCCCCCAAAAGTGTCGAGGAAGTTCATTCCCAAAGTGTACCACAAGGTAAT