sp|Q9LMT1|P2C08_ARATH ----> Probable protein phosphatase 2C 8

Intron 1 GTAGTACTTC ... TCTTACACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75	25	49	101
A2	68.37	34	45	102
A3	77.02	27	57	124
A4	71.43	22	31	79
A5	94.87	1	16	21
A6	72.46	23	33	88
A7	74.19	56	70	252
A8	75.51	48	93	203
A9	76.47	56	93	271
A10	70.31	57	73	197

>TRINITY_DN115128_c7_g2_i7 from sample A2 / Example spliced isoform

AGAATAATCTGAGGCTCTGAGGCCTTGATACTTCAGATTGCAGTACTATCCTAGGTCTCACTCGGACAATGAGCGAATCTGTTGACCTAAAAGCCAAAAGTGAAAATATTAATGGCACAGTGATGGAGAAAAAACGAAGCTCCGATATAATTGGAAATGAACAGACAGAGGAGAACAATAACTCAGTGGAAAATAAGCGT
AGTTCAAATAACTCAAGTGATCAAATAGATTGTTCTCATCAATTCACAGTTATTGAAGCAGATGCAGCAGAGGATAAGGGTTCACGACATACCATGGAGGATGCTTGGGTTGTTCTCCCAGATGCAAGCTCAGGGATCCCAGGAAAGTTGAGGTGTGCTCATTTTGCCATCTATGATGGACATGGAGGGCGTCTAGCTGC
AGAGTATGCTCGTGCCCATTTACATTCCAATGTTCTTTCTGCTGGGCTACCTCGTGAGTTGATGGACATAAAAGCTGCAAAAAAGGCTATTATTGAAGGTTTTCGGAAAACTGATGAGAGCTTGCTCAAGGAAAGTGTTGCAGGAGGATGGCAGGATGGAGCAACGGCTGTTTGTGTTTGGATTCTTGGGCAAATGGTTT
TGATTGCCAACATTGGAGATGCAAAGGCTGTCCTTGCAAGGTCAACTACTAATAATGATCAGAAGAGTTCAGAAAATTTCAGTTACCCTTTGAAAGCTATTGTTGTAACTAGAGAGCATAAAGCAATTTATCATCAAGAGCGTGCAAGGATTCAGAAGGCTGGAGGTTATGTTGAAGCAAATGGACGTCTGCAGGGTCGC
CTTGAAGTATCTCGTGCCTTTGGAGATCGCCAATTTAAAAAGGTTGGAGTTTCTGCAAACCCAGATGTTCATTCTTTTGAACTTACTAAAAGAGAAAATTTCATGATTCTTGGATGTGATGGCTTATGGGGGGTATATACTTTAATGCCTAGTAGGATCATGC

>TRINITY_DN115128_c7_g2_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AAACAATTGAAAAGCCCAAGGATTAACTCTCCGAGGTCTCCGGCGTTCAAAAGCCTTCGAGCGCTAACGGTTGGCCGTCGATTAGGAGCATTTTCCTCTGCTATTTATGTACACCTCTTACTGCTCGTGTGTTTGAATCCGCAGAGGCCATCTCCTCAGAAGCTACAACTTCGGCTGCAGTCTCCGAGCGCCAGAAGTTA
GTTTGGGGATCAATCTGCTAAAGAGAATAATCTGAGGCTCTGAGGCCTTGATACTTCAGATTGCAGTACTATCCTAGGTCTCACTCGGACAATGAGCGAATCTGTTGACCTAAAAGCCAAAAGTGAAAATATTAATGGCACAGTGATGGAGAAAAAACGAAGCTCCGATATAATTGgtagtacttccccagaagcaaaga
agttgaaaaatgatggaggccaaaccttaaaagaggaatcaaatgcaaacgaaggaaattttatagatgacagttctaggggggctggtgtagacacagaaaataaagataatcaagacagtgttaatttatctggaactgaagataattcaattgcaacgaagggaattacagaggttgattgtcaatttcatgttgaa
tcttacacagGAAATGAACAGACAGAGGAGAACAATAACTCAGTGGAAAATAAGCGTAGTTCAAATAACTCAAGTGATCAAATAGATTGTTCTCATCAATTCACAGTTATTGAAGCAGATGCAGCAGAGGATAAGGGTTCACGACATACCATGGAGGATGCTTGGGTTGTTCTCCCAGATGCAAGCTCAGGGATCCCAGG
AAAGTTGAGGTGTGCTCATTTTGCCATCTATGATGGACATGGAGGGCGTCTAGCTGCAGAGTATGCTCGTGCCCATTTACATTCCAATGTTCTTTCTGCTGGGCTACCTCGTGAGTTGATGGACATAAAAGCTGCAAAAAAGGCTATTATTGAAGGTTTTCGGAAAACTGATGAGAGCTTGCTCAAGGAAAGTGTTGCAG
GAGGATGGCAGGATGGAGCAACGGCTGTTTGTGTTTGGATTCTTGGGCAAATGGTTTTGATTGCCAACATTGGAGATGCAAAGGCTGTCCTTGCAAGGTCAACTACTAATAATGATCAGAAGAGTTCAGAAAATTTCAGTTACCCTTTGAAAGCTATTGTTGTAACTAGAGAGCATAAAGCAATTTATCATCAAGAGCGT
GCAAGGATTCAGAAGGCTGGAGGTTATGTTGAAGCAAATGGACGTCTGCAGGGTCGCCTTGAAGTATCTCGTGCCTTTGGAGATCGCCAATTTAAAAAGGTTGGAGTTTCTGCAAACCCAGATGTTCATTCTTTTGAACTTACTAAAAGAGAAAATTTCATGATTCTTGGATGTGATGGCTTATGGGGGGTATTTGGTCC
AGATGACGCTGTCAACTTTGTAGCAAGGCAACTAAAGGAGGGGTTATCCACAAATGCAATTTGTCGTCGTCTTGTGCGTGAAGCTATTCGTGAACGTCGTTGTAAGGACAATTGTACTGCAATACTCATTGTATTCAAGCATCAATAATTATGTACTTGAAATTGATAACCCCAAAGCAATTTAAAGATATGTCCTATAT
TTGCATGAGCGAGGTATGGATCCATTAAGAACCATCACGAATTTGTGAGATAAATCAATCCACATGAGGTATTGGACTAATTTATCAAGTTTTGTAATTTATTCAATAATTCTAAGGTATTTCCTTTCAA

Intron 2 GTTCAAAAGC ... CAGAAGTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	2	38
A2	100	0	0	70
A3	100	0	2	54
A4	92	4	6	46
A5	92	2	2	23
A6	100	0	0	20
A7	100	0	4	62
A8	100	0	10	65
A9	100	0	1	93
A10	100	0	0	96

>TRINITY_DN102462_c0_g1_i2 from sample A4 / Example spliced isoform

CTCATGCATGTTTGTTAGCAAAGATGTGGAGTCATTCCATTGTGGACTGTGGCTATTGTGAGACTACTTTTGCATGTGCATGTATTTGTGAATATGTAGATCCTATGTTGTGATGCAGGTTTTGATTGCCAACATTGGAGATGCAAAGGCTGTCCTTGCAAGGTCAACTACTTTTGGGGATCAATCTGCTAAAGAAATGA
ACAGACAGAGGAGAACAATAATGATCAGAAGAGTTCAGAAAATTTCAGTTACCCTTTGAAAGCTATTGTTGTAACTAGAGAGCATAAAGCAATTTATCATCAAGAGCGTGCAAGGATTCAGAAGGCTGGAGGTTATGTTGAAGCAAATGGACGTCTGCAGGGTCGCCTTGAAGTATCTCGTGCCTTTGGAGATCGCCAAT
TTAAACTCAGTGGAAAATAAGCGTAGTTCAAATAACTCAAGTGATCAAATAGATTGTTCTCATCAATTCACAGTTATTGAAGCAGATGCAGCAGAGGATAAGGGTTCACGACATACCATGGAGGATGCTTGGGTTGTTCTCCCAGATGCAAGCTCAGGGATCCCAGGAAAGTTGAGGTGTGCTCATTTTGCCATCTATGA
TGGACATGGAGGGCGTCTAGCTGCAGAGTATGCTCGTGCCCATTTACATTCCAATGTTCTTTCTGCTGGGCTACCTCGTGAGTTGATGGACATAAAAGCTGCAAAAAAGGCTATTATTGAAGGTTTTCGGAAAACTGATGAGAGCTTGCTCAAGGAAAGTGTTGCAGGAGGATGGCAGGATGGAGCAACGGCTGTTTGTG
TTTGGATTCTTGGGCAAATGGTTTTGATTGCCAACATTGGAGATGCAAAGGCTGTCCTTGCAAGGTCAACTACTAATAATGATCAGAAGAGTTCAGAAAATTTCAGTTACCCTTTGAAAGCTATTGTTGTAACTAGAGAGCATAAAGCAATTTATCATCAAGAGCGTGCAAGGATTCAGAAGGCTGGAGGTTATGTTGAA
GCAAATGGACGTCTGCAGGGTCGCCTTGAAGTATCTCGTGCCTTTGGAGATCGCCAATTTAAAAAGGTTGGAGTTTCTGCAAACCCAGATGTTCATTCTTTTGAACTTACTAAAAGAGAAAAATTCATGATTCTTGGATGTGATGGATTATGGGGGGTATTTGGTCCAGATGACGCTGTCAACTTTGTAGCAAGGCAACT
AAAGGAGGGGTTATCCACAAATGCAATTTGTCGTCGTCTTGTGCGTGAAGCTATTCGTGAACGTCGTTGTAAGGACAATTGTACTGCAATACTCATTGTATTCAAGCATCAATAATTATGTACTTGAAATTGATAACCCCAAAGCAATTTAAAGATATGTCCTATATTTGCATGAGCGAGGTATGGATCCATTAAGAACC
ATCACGAATTTGTGAGATAAATCAATC

>TRINITY_DN102462_c0_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CTCATGCATGTTTGTTAGCAAAGATGTGGAGTCATTCCATTGTGGACTGTGGCTATTGTGAGACTACTTTTGCATGTGCATGTATTTGTGAATATGTAGATCCTATGTTGTGATGCAGGTTTTGATTGCCAACATTGGAGATGCAAAGGCTGTCCTTGCAAGGTCAACTACTgttcaaaagccttcgagcgctaacggtt
ggccgtcgattaggagcattttcctctgttatttatgtacacctcttactgctcgtgtgtttgaatccgcagaggccatctcctcagaagctacaacttcggctgcagtctccgagcgccagaagttagTTTGGGGATCAATCTGCTAAAGAGAATAATCTGAGGCTCTGAGGCCTTGATACTTCAGATTGCAGTACTAT
CCTAGGTCTCACTCGGACAATGAGCGAATCTGTTGACCTAAAAGCCAAAAGTGAAAATATTAATGGCACAGTGATGGAGAAAAAACGAAGCTCCGATATAATTGGTAGTACTTCCCCAGAAGCAAAGAAGTTGAAAAATGATGGAGGCCAAACCTTAAAAGAGGAATCAAATGCAAACGAAGGAAATTTTATAGATGACA
GTTCTAGGGGGGCTGGTGTAGACACAGAAAATAAAGATAATCAAGACAGTGTTAATTTATCTGGAACTGAAGATAATTCAATTGCAACGAAGGGAATTACAGAGGTTGATTGTCAATTTCATGTTGAATCTTACACAGGAAATGAACAGACAGAGGAGAACAATAATGATCAGAAGAGTTCAGAAAATTTCAGTTACCCT
TTGAAAGCTATTGTTGTAACTAGAGAGCATAAAGCAATTTATCATCAAGAGCGTGCAAGGATTCAGAAGGCTGGAGGTTATGTTGAAGCAAATGGACGTCTGCAGGGTCGCCTTGAAGTATCTCGTGCCTTTGGAGATCGCCAATTTAAACTCAGTGGAAAATAAGCGTAGTTCAAATAACTCAAGTGATCAAATAGATT
GTTCTCATCAATTCACAGTTATTGAAGCAGATGCAGCAGAGGATAAGGGTTCACGACATACCATGGAGGATGCTTGGGTTGTTCTCCCAGATGCAAGCTCAGGGATCCCAGGAAAGTTGAGGTGTGCTCATTTTGCCATCTATGATGGACATGGAGGGCGTCTAGCTGCAGAGTATGCTCGTGCCCATTTACATTCCAAT
GTTCTTTCTGCTGGGCTACCTCGTGAGTTGATGGACATAAAAGCTGCAAAAAAGGCTATTATTGAAGGTTTTCGGAAAACTGATGAGAGCTTGCTCAAGGAAAGTGTTGCAGGAGGATGGCAGGATGGAGCAACGGCTGTTTGTGTTTGGATTCTTGGGCAAATGGTTTTGATTGCCAACATTGGAGATGCAAAGGCTGT
CCTTGCAAGGTCAACTACTAATAATGATCAGAAGAGTTCAGAAAATTTCAGTTACCCTTTGAAAGCTATTGTTGTAACTAGAGAGCATAAAGCAATTTATCATCAAGAGCGTGCAAGGATTCAGAAGGCTGGAGGTTATGTTGAAGCAAATGGACGTCTGCAGGGTCGCCTTGAAGTATCTCGTGCCTTTGGAGATCGCC
AATTTAAAAAGGTTGGAGTTTCTGCAAACCCAGATGTTCATTCTTTTGAACTTACTAAAAGAGAAAAATTCATGATTCTTGGATGTGATGGATTATGGGGGGTATTTGGTCCAGATGACGCTGTCAACTTTGTAGCAAGGCAACTAAAGGAGGGGTTATCCACAAATGCAATTTGTCGTCGTCTTGTGCGTGAAGCTATT
CGTGAACGTCGTTGTAAGGACAATTGTACTGCAATACTCATTGTATTCAAGCATCAATAATTATGTACTTGAAATTGATAACCCCAAAGCAATTTAAAGATATGTCCTATATTTGCATGAGCGAGGTATGGATCCATTAAGAACCATCACGAATTTGTGAGATAAATCAATC

Intron 3 GTATGCTTTT ... GTGCTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.05	39	1	8
A2	13.34	29	0	4
A3	25.28	30.2	1	9
A4	3.4	31.2	6	1
A5	0	7.7	2	0
A6	19.13	25.8	0	6
A7	11.34	75.2	4	9
A8	22.41	106	0	29
A9	9.99	104.7	0	11
A10	14.83	60.3	0	10

>TRINITY_DN45301_c3_g2_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

GCCCAAGGCTGACAAATATTTGCAAGAAAAGCTTCGTTTATGATTCCTCCACTCTTCATTTTATTGCATTGTATTTTCCATCCAAATTCAAAATCCTTATAAATACATTTAATTCATGTAGAAGCTACAACTTCGGCTGCAGTCTCCGAGCGCCAGAAGTTAGTTTGGGGATCAATCTGCTAAAGAGAATAATCTGAGGC
TCTGAGGCCTTGATACTTCAGATTGCAGTACTATCCTAGGTCTCACTCGGACAATGAGCGAATCTGTTGACCTAAAAGCCAAAAGTGAAAATATTAATGGCACAGTGATGGAGAAAAAACGAAGCTCCGATATAATTGGTAGTACTTCCCCAGAAGCAAAGAAGTTGAAAAATGATGGAGGCCAAACCTTAAAAGAGGAA
TCAAATGCAAACGAAGGAAATTTTATAGATGACAGTTCTAGGGGGGCTGGTGTAGACACAGAAAATAAAGATAATCAAGACAGTGTTAATTTATCTGGAACTGAAGATAATTCAATTGCAACGAAGGGAATTACAGAGGTTGATTGTCAATTTCATGTTGAATCTTACACAGGAAATGAACAGACAGAGGAGAACAATAA
CTCAGTGGAAAATAAGCGTAGTTCAAATAACTCAAGTGATCAAATAGATTGTTCTCATCAATTCACAGTTATTGAAGCAGATGCAGCAGAGGATAAGGGTTCACGACATACCATGGAGGATGCTTGGGTTGTTCTCCCAGATGCAAGCTCAGGGATCCCAGGAAAGTTGAGGTGTGCTCATTTTGCCATCTATGATGGAC
ATGGAGGGCGTCTAGCTGCAGAGTATGCTCGTGCCCATTTACATTCCAATGTTCTTTCTGCTGGGCTACCTCGTGAGTTGATGGACATAAAAGCTGCAAAAAAGGCTATTATTGAAGGTTTTCGGAAAACTGATGAGAGCTTGCTCAAGGAAAGTGTTGCAGGAGGATGGCAGGATGGAGCAACGGCTGTTTGTGTTTGG
ATTCTTGGGCAAATGGTATGGGAAACATGATTCTTCCATTTTCTAGACTTGGTCTTCTGGTTGTCCCTGTTATTCATCAGCACTTTTGTACTCAGCACTGAGCAGTCCCATTGACCTATTTTTGTGGTCATTTGTGGGATAGTATTAATATTATCTTATGGTATCATCTATATTTCGACAAGAATAACACCAAGGGCTTC
CTTGTCAATTCTCCATGTTGCTAGGTACTGTGGTTTTTGTAAAATTATTAATGCATGGACAGTGCTGCTCATTTTAAAAATCTCTGCGATTTAAGAGGGTTTACCATACTTTTTGTGTTCAAGCTCTAGGTTAGAGCGTCAAATGAATATTTCACATCTTGTTTATCGTAGTTTGTTGGACAAAGCCTTGTTAAAGGGTT
TGTGTATGTCTGATGACATTTGTCTTCTTGTTTACTTTGGACATCTGTTAGGCTTGTTTTAGGTCGACCAAGGAAAAAAGTTTATGAAACTGTCATTGGCTGTTCGGTTGATCATGGTCTTTAT

>TRINITY_DN45301_c3_g2_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATGGACATAAAAGCTGCAAAAAAGGCTATTATTGAAGgtatgcttttagtttgattatatagaagcggtcagtatatctgttttgtttggttggatatatttcaaaatcataatgcttgcatgttcttgttttccaactactcatctacagacaaagcactttatgaaatgcccattaaagctaatgtgaagacacaaca
cttcaccagcacattgcatatttgttcactccaaaatgtcatgcacgtagcttcacactttaagtcatctgcatcctgtgcttacagGTTTTCGGAAAACTGATGAGAACTTGCTCAAGGAAAGTGTTGCAGGAGGATGGCAGGATGGAGCAACGGCTGTTTGTGTTTGGATTCTTGGGCAAATGGTTTTGATTGCCAAC
ATTGGAGATGCAAAGGCTGTCCTTGCAAGGTCAACTACTAATAATGATCAGAAGAGTTCAGAAAATTTCAGTTACCCTTTGAAAGCTATTGTTGTAACTAGAGAGCATAAAGCAATTTATCATCAAGAGCGTGCAAGGATTCAGAAGGCTGGAGGTTATGTTGAAGCAAATGGACGTCTGCAGGGTCGCCTTGAAGTATC
TCGTGCCTTTGGAGATCGCCAATTTAAAAAGGTATTTGGTCCAGATGACGCTGTCAACTTTGTAGCAAGGCAACTAAAGGAGGGGTTATCCACAAATGCAATTTGTCGTCGTCTTGTGCGTGAAGCTATTCGTGAACGTCGTTGTAAGGACAATTGTACTGCAATACTCATTGTATTCAAGCATCAATAATTATGTACTT
GAAATTGATAACCCCAAAGCAATTTAAAGATATGTCCTATATTTGCATGAGCGAGGTATGGATCCATTAAGAACCATCACGAATTTGTGAGATAAATCAATCCACATGAGGTATTGGACTAATTTATCAAGTTTTGTAATTTATTCAATAATTCTAAGGTATTTCTTTTCAATACAATGTATTTATAAATGATAAGGTTT
CATTTTTTTTTGGCACATTGTTAAAGTGATATAAACATAAATTCAAAATAGGAAGTTAG