sp|Q8L836|MA657_ARATH ----> 65-kDa microtubule-associated protein 7
Intron 1 GTGAGTCAAA ... AAAAATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 10.23 | 196.1 | 24.1 | 12.5 |
| A2 | 7.48 | 142.8 | 13.8 | 2.5 |
| A3 | 5.92 | 236.4 | 17.5 | 1 |
| A4 | 7.62 | 105.6 | 9.7 | 1 |
| A5 | 8.12 | 78.6 | 8 | 5.9 |
| A6 | 5.76 | 361.7 | 25.5 | 0.5 |
| A7 | 7.92 | 754.3 | 78.1 | 5 |
| A8 | 6.67 | 571.8 | 47.1 | 4.5 |
| A9 | 6.6 | 671.3 | 54.6 | 19.6 |
| A10 | 7.93 | 663.8 | 64.6 | 11.9 |
>TRINITY_DN114292_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoformGTCGCAGTTTCAAACCTCGTGCATTAATGCAGGCGAATAAAAGAATGTGGGCGGTTTGACTGAAAGTATACAAATTAATACGGTGTCCATCTATCCGTTAAGGTTAAAACACAGCGGCCATTTAAAGACATTTTAGTGGGGTTTTTGAGTTTTATCTCGAGGATTTAAACTTCACGGTAAAATGTTTACCTGTCAAATGA
CTTGACTTGAGTCCTCCCGTCGCTTTATCTCGTCGCTGTGCAAAGCTTTTTCCGTAACATTTTATTTCTGTATTTTCTTGTTCTGCTTTTTCCAGTGATCTGAGGTTCGAATCCCTCATCTAAGCTCAGCGAAGCAGTGAATTCGTGTCGAGAAGTTTGAAAGCTAACCAGCGGTGTGTCTCGAATGATACCCTCGGCCA
GTGAGCTGTCTGTCCGCATGGACACTACTTGCAGCTCCTTGCTGCGAGAACTTCAGCATATTTGGGATGAGATTGGAGAAAGTGATGTCGAGAGGGACAAGATGCTTTTAGAACTGGAGAAAGAGTGTTTGGAGGTTTACTGTAGGAAGGTGGACCAAGCTAGCCATGCAAGGGCACGGCTTCATCAGTCACTTGCAGAC
AAGGAAGCAGAGCTTGCATTTCTGATAGCTTCCATAGGAGACAGGAATCTTCACTCTCAGCCAGAGAAAATACCAGGAACCTTGAAAGAGCAGCTTGCAATCGTCACCCCACAATTAGAAGAGTTGCGATTAAGAAAGGAGGAGCGCATTAAGCAGTTTGCAGAAGTGAAAGCGCAAATTCAAAAAATATCTGGAGAAAT
TTCAGGTTATTCCCATCGAAGTGATGTTGTTCTGAACTCAATCAATGGGGAAGAAGATGACTTGTCACTTAGAAAGTTAGATGAGTATCATGCACATCTTCAAGCACTCCAGAAAGAGAAGAGTGACCGCCTTCGCAAGGTACTGGAATATATAAATGAGGTGCATGGACTTTGTGCGGTACTTGGTATGGACTTCTGGA
AGACTGTCAGTGAAGTACATCCAAGTTTGCCTGAGTCAGCTCCTGGACAGACAAAAAACATTAGCAACGAGACATTGGAGGGATTATCGCAGACCATTCAGACATTGAAAGATGAAAAGAAACTTAGAATTCAAAAATTGCAAGATCTTGGAACATCTTTGGTTGAACTTTGGAACCTGATGGATACTTCAATGGAAGAA
AGAGAACGATTTAGAAATGTTGTATGCAATCTTGGTGCATTAGATAATGAAGTGACAGGCTCAGGTGCTCTTGCACTGGACATCATTGAGCAGGCGGAGGTAGAAGTTGAAAGATTGAATCTGCTGAAGGCAAGCAAAATGAAAGAATTAGTGTTGAAAAAGAGGATAGAGTTGGAGGAAATATGCAGACGAGCACATAT
GGAACCAGATGCCAGCACGGCACCAGAGAAGTCCAATGCTCTGATTGATGCTGGTATGGTGGACCCTTCTGAGCTTCTAGCTAATATTGAATCACAAATATTGAAAGCAAAGGAAGATGTTGTAAGCAGGAAAGAAATTATGGATAAAATAGAAAAGTGGCTTGCAGCTTGTGAAGAGGAAAGCTGGCTTGAAGACTACA
ACAGGGATGAGAATAGATACAGTGCTAGCAAGGGAGCTCACATAAATCTCAAACGTGCAGAGCGGGCTCGAGTAACTGTGAACAAAATTCCTGCTCTTGTTGAGAATTTGAAGGCTAAAACACGTGCTTGGGAAGAAGAAAAAGGAATACCTTTTGTATATGATGGCGTACGGTTGCTGGCAATGCTCGAGGAGTATACC
TTTGTGAGACAAGAAAGGGAGGAGCAAAAGAAACGGTTTCGGGTATTTATTCCGGGATGTCTTAGCATTCTGAAATTCTAATTTACTAGAACTACTTAAACATGACTTTGCATATTAAATTGTTTATTCACAGGATCAGAAGCGGTTACAAGAACAATTTCTAACAGAGCAGGAAGCTTTGTTTGGATCCAAACCCAGTC
CAAATAAAAATCATAGCATTAAGAGAGTACAGGGTTTGCGAGCAAATGGAAGCACAACCCCCACAAATCGTCGCCTTTCACTTGGAGGTGCCATGCTTTCAGGAAATTTTGATCTTACTCCTCGGGTAAATGGGATCACTCCACGACATAATGGATTTGGCAAGGATAGCAGGAGGAGGCCTGCAGCACCATTGAATTAT
GTCGCAATATGTAAAGAAGATACAGTCTCACTTGCATCTGTGGGTGGGTCTGAGTTTGGTTCTCCCTAGGCTGGATGACTTCAATTTGTGTCAAATATGCTATGCCCCAAGTTTGTTTTGCAGATGGTTGAGCTGAACTGGAAGTAATCATTCAGAGAAGGATCAATGATGGATTTTCTGGGGCTGGTCTGTACTTTTAG
TACACTTGTACAATGTAATTTGTACCAATATTTAGAGCTGGTGAATTAATCTTAGTGCCTAGGACCTCAGTTAACACACTCAACTTTTTAAAGAGATAGTTTAATGGCCTGAACCGTCACTTAATTTCATTGCACTGGTTCATGAAATTGCCATTTGTAGTTTGTACAGTTTAGGTCATTGCTTGTGAGACCTAAGGTTG
GTTGACTTTTATGATTGGAACTTTTCTTCTGTGAATTGATGTAATGTGGAATGGAAAGATTCGAGTCAGTACTCATTGTGGAGGAAAAGGCTCAGCATGATTATTGGATAGTTTAACGATTCTCTTGTTTGGTTGGAGATCTGAAAGGCAGGTGTGAGCCTGTTTGCTGGAGCTTCACTCTTTAAGTTGGTTAATCTTGG
ATTGGCTCTACTAAAAATCTTTTCTGGTATGTTGGGCATTTGTGAGATACGTACTAGTACTGTGTTAATATATGGTCGAATATATTTTAGCATGGGACCAATGTTTTTCTACGTAGTTGATTTGGATAGTTTTCTGAAGTTGGTGGATTCTCTCTTTATAATATGAAGAAAATAGTGTAATTATTTTTCTTTCATGGTTG
GCCATGATGAACATGAGCTGCAAGCTTATCTGTGGTTTTTGTTTATCTGGGATTTTCTTGAATGTGCAGTCAGATGTTTTGACTACAGGTAAAACCATTGCTTAGTGCATCCCAAAATAAATGTTATTTTGTTTGTTTTTCCTTGTGTGGGATTAAGAGAGATTGGG
>TRINITY_DN114292_c0_g1_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTCGCAGTTTCAAACCTCGTGCATTAATGCAGGCGAATAAAAGAATGTGGGCGGTTTGACTGAAAGTATACAAATTAATACGGTGTCCATCTATCCGTTAAGGTTAAAACACAGCGGCCATTTAAAGACATTTTAGTGGGGTTTTTGAGTTTTATCTCGAGGATTTAAACTTCACGTGATCTGAGGTTCGAATCCCTCAT
CTAAGCTCAGCGAAGCAGTGAATTCGTGTCGAGAAGTTTGAAAGCTAACCAGCGGTGTGTCTCGAATGATACCCTCGGCCAGTGAGCTGTCTGTCCGCATGGACACTACTTGCAGCTCCTTGCTGCGAGAACTTCAGCATATTTGGGATGAGATTGGAGAAAGTGATGTCGAGAGGGACAAGATGCTTTTAGAACTGGAG
AAAGAGTGTTTGGAGGTTTACTGTAGGAAGGTGGACCAAGCTAGCCATGCAAGGGCACGGCTTCATCAGTCACTTGCAGACAAGGAAGCAGAGCTTGCATTTCTGATAGCTTCCATAGGAGACAGGAATCTTCACTCTCAGCCAGAGAAAATACCAGGAACCTTGAAAGAGCAGCTTGCAATCGTCACCCCACAATTAGA
AGAGTTGCGATTAAGAAAGGAGGAGCGCATTAAGCAGTTTGCAGAAGTGAAAGCGCAAATTCAAAAAATATCTGGAGAAATTTCAGGTTATTCCCATCGAAGTGATGTTGTTCTGAACTCAATCAATGGGGAAGAAGATGACTTGTCACTTAGAAAGTTAGATGAGTATCATGCACATCTTCAAGCACTCCAGAAAGAGA
AGAGTGACCGCCTTCGCAAGGTACTGGAATATATAAATGAGGTGCATGGACTTTGTGCGGTACTTGGTATGGACTTCTGGAAGACTGTCAGTGAAGTACATCCAAGTTTGCCTGAGTCAGCTCCTGGACAGACAAAAAACATTAGCAACGAGACATTGGAGGGATTATCGCAGACCATTCAGACATTGAAAGATGAAAAG
AAACTTAGAATTCAAAAATTGCAAGATCTTGGAACATCTTTGGTTGAACTTTGGAACCTGATGGATACTTCAATGGAAGAAAGAGAACGATTTAGAAATGTTGTATGCAATCTTGGTGCATTAGATAATGAAGTGACAGGCTCAGGTGCTCTTGCACTGGACATCATTGAGCAGGCGGAGGTAGAAGTTGAAAGATTGAA
TCTGCTGAAGGCAAGCAAAATGAAAGAATTAGTGTTGAAAAAGAGGATAGAGTTGGAGGAAATATGCAGACGAGCACATATGGAACCAGATGCCAGCACGGCACCAGAGAAGTCCAATGCTCTGATTGATGCTGGTATGGTGGACCCTTCTGAGCTTCTAGCTAATATTGAATCACAAATATTGAAAGCAAAGGAAGATG
TTGTAAGCAGGAAAGAAATTATGGATAAAATAGAAAAGTGGCTTGCAGCTTGTGAAGAGGAAAGCTGGCTTGAAGACTACAACAGGGTAATCAGTAAATTTTATATGGAGTTTAACAGACTGATTCTTTTCAAGCAATGGATAGTTTGTGGGGTTTGCTGATTACGAAACTGATCAAACTGATTATAGACAATTAATGAC
TTTGTAAATAGGATGAGAATAGATACAGTGCTAGCAAGGGAGCTCACATAAATCTCAAACGTGCAGAGCGGGCTCGAGTAACTGTGAACAAAATTCCTGGTATATTAGAGATCTGAACTCATCCAAAATGGTAATGTTTATTGTTCCAGGTTTTTTAGCAATTGACATTTTGCTGGTGCATTTTGGTCCAGCTCTTGTTG
AGAATTTGAAGGCTAAAACACGTGCTTGGGAAGAAGAAAAAGGAATACCTTTTGTATATGATGGCgtgagtcaaacctgttctgttaactatatatatctttcttgttgtctatatgtttttcagttttttttctatgttccaatagtggttatattatttcaaaaaatgcagGTACGGTTGCTGGCAATGCTCGAGGAG
TATACCTTTGTGAGACAAGAAAGGGAGGAGCAAAAGAAACGGTTTCGGG
Intron 2 GTATTTATTC ... TTATTCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 31.85 | 184 | 45.1 | 86 |
| A2 | 38.52 | 174 | 32 | 109 |
| A3 | 35.73 | 286 | 39.6 | 159 |
| A4 | 35.71 | 117 | 24 | 65 |
| A5 | 38.35 | 82 | 12.6 | 51 |
| A6 | 32.62 | 630 | 75.9 | 305 |
| A7 | 37.46 | 1057 | 162.4 | 633 |
| A8 | 33.88 | 802 | 109.8 | 411 |
| A9 | 35.28 | 877 | 191.4 | 478 |
| A10 | 37.12 | 1030 | 145.8 | 608 |
>TRINITY_DN114292_c0_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoformGTCGCAGTTTCAAACCTCGTGCATTAATGCAGGCGAATAAAAGAATGTGGGCGGTTTGACTGAAAGTATACAAATTAATACGGTGTCCATCTATCCGTTAAGGTTAAAACACAGCGGCCATTTAAAGACATTTTAGTGGGGTTTTTGAGTTTTATCTCGAGGATTTAAACTTCACGTGATCTGAGGTTCGAATCCCTCAT
CTAAGCTCAGCGAAGCAGTGAATTCGTGTCGAGAAGTTTGAAAGCTAACCAGCGGTGTGTCTCGAATGATACCCTCGGCCAGTGAGCTGTCTGTCCGCATGGACACTACTTGCAGCTCCTTGCTGCGAGAACTTCAGCATATTTGGGATGAGATTGGAGAAAGTGATGTCGAGAGGGACAAGATGCTTTTAGAACTGGAG
AAAGAGTGTTTGGAGGTTTACTGTAGGAAGGTGGACCAAGCTAGCCATGCAAGGGCACGGCTTCATCAGTCACTTGCAGACAAGGAAGCAGAGCTTGCATTTCTGATAGCTTCCATAGGAGACAGGAATCTTCACTCTCAGCCAGAGAAAATACCAGGAACCTTGAAAGAGCAGCTTGCAATCGTCACCCCACAATTAGA
AGAGTTGCGATTAAGAAAGGAGGAGCGCATTAAGCAGTTTGCAGAAGTGAAAGCGCAAATTCAAAAAATATCTGGAGAAATTTCAGGTTATTCCCATCGAAGTGATGTTGTTCTGAACTCAATCAATGGGGAAGAAGATGACTTGTCACTTAGAAAGTTAGATGAGTATCATGCACATCTTCAAGCACTCCAGAAAGAGA
AGAGTGACCGCCTTCGCAAGGTACTGGAATATATAAATGAGGTGCATGGACTTTGTGCGGTACTTGGTATGGACTTCTGGAAGACTGTCAGTGAAGTACATCCAAGTTTGCCTGAGTCAGCTCCTGGACAGACAAAAAACATTAGCAACGAGACATTGGAGGGATTATCGCAGACCATTCAGACATTGAAAGATGAAAAG
AAACTTAGAATTCAAAAATTGCAAGATCTTGGAACATCTTTGGTTGAACTTTGGAACCTGATGGATACTTCAATGGAAGAAAGAGAACGATTTAGAAATGTTGTATGCAATCTTGGTGCATTAGATAATGAAGTGACAGGCTCAGGTGCTCTTGCACTGGACATCATTGAGCAGGCGGAGGTAGAAGTTGAAAGATTGAA
TCTGCTGAAGGCAAGCAAAATGAAAGAATTAGTGTTGAAAAAGAGGATAGAGTTGGAGGAAATATGCAGACGAGCACATATGGAACCAGATGCCAGCACGGCACCAGAGAAGTCCAATGCTCTGATTGATGCTGGTATGGTGGACCCTTCTGAGCTTCTAGCTAATATTGAATCACAAATATTGAAAGCAAAGGAAGATG
TTGTAAGCAGGAAAGAAATTATGGATAAAATAGAAAAGTGGCTTGCAGCTTGTGAAGAGGAAAGCTGGCTTGAAGACTACAACAGGGATGAGAATAGATACAGTGCTAGCAAGGGAGCTCACATAAATCTCAAACGTGCAGAGCGGGCTCGAGTAACTGTGAACAAAATTCCTGCTCTTGTTGAGAATTTGAAGGCTAAA
ACACGTGCTTGGGAAGAAGAAAAAGGAATACCTTTTGTATATGATGGCGTACGGTTGCTGGCAATGCTCGAGGAGTATACCTTTGTGAGACAAGAAAGGGAGGAGCAAAAGAAACGGTTTCGGGATCAGAAGCGGTTACAAGAACAATTTCTAACAGAGCAGGAAGCTTTGTTTGGATCCAAACCCAGTCCAAATAAAAA
TCATAGCATTAAGAGAGTACAGGGTTTGCGAGCAAATGGAAGCACAACCCCCACAAATCGTCGCCTTTCACTTGGAGGTGCCATGCTTTCAGGAAATTTTGATCTTACTCCTCGGGTAAATGGGATCACTCCACGACATAATGGATTTGGCAAGGATAGCAGGAGGAGGCCTGCAGCACCATTGAATTATGTCGCAATAT
GTAAAGAAGATACAGTCTCACTTGCATCTGTGGGTGGGTCTGAGTTTGGTTCTCCCTAGGCTGGATGACTTCAATTTGTGTCAAATATGCTATGCCCCAAGGTCAGCCTTTGTTTTGCGGCTAGGGACTTGTAAATATAACTTGAATGTAAACACTTTGTTTCCTGCATTTCTTTTCTTGGAGGAGTTCCATAAGAAACT
TTGTGCTATTTTCTGTAAACTATGGTGTTTTGCATTTTAATAATAAATATGCACAATCTTCAAATAATGAATCAAGTTTTGTTTGCACTCTTTAGTTTGTTTTGCAGATGGTTGAGCTGAACTGGAAGTAATCATTCAGAGAAGGATCAATGATGGATTTTCTGGGGCTGGTCTGTACTTTTAGTACACTTGTACAATGT
AATTTGTACCAATATTTAGAGCTGGTGAATTAATCTTAGTGCCTAGGACCTCAGTTAACACACTCAACTTTTTAAAGAGATAGTTTAATGGCCTGAACCGTCACTTAATTTCATTGCACTGGTTCATGAAATTGCCATTTGTAGTTTGTACAGTTTAGGTCATTGCTTGTGAGACCTAAGGTTGGTTGACTTTTATGATT
GGAACTTTTCTTCTGTGAATTGATGTAATGTGGAATGGAAAGATTCGAGTCAGTACTCATTGTGGAGGAAAAGGCTCAGCATGATTATTGGATAGTTTAACGATTCTCTTGTTTGGTTGGAGATCTGAAAGGCAGGTGTGAGCCTGTTTGCTGGAGCTTCACTCTTTAAGTTGGTTAATCTTGGATTGGCTCTACTAAAA
ATCTTTTCTGGTATGTTGGGCATTTGTGAGATACGTACTAGTACTGTGTTAATATATGGTCGAATATATTTTAGCATGGGACCAATGTTTTTCTACGTAGTTGATTTGGATAGTTTTCTGAAGTTGGTGGATTCTCTCTTTATAATATGAAGAAAATAGTGTAATTATTTTTCTTTCATGGTTGGCCATGATGAACATGA
GCTGCAAGCTTATCTGTGGTTTTTGTTTATCTGGGATTTTCTTGAATGTGCAGTCAGATGTTTTGACTACAGGTAAAACCATTGCTTAGTGCATCCCAAAATAAATGTTATTTTGTTTGTTTTTCCTTGTGTGGGATTAAGAGAGATTGGG
>TRINITY_DN114292_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTCGCAGTTTCAAACCTCGTGCATTAATGCAGGCGAATAAAAGAATGTGGGCGGTTTGACTGAAAGTATACAAATTAATACGGTGTCCATCTATCCGTTAAGGTTAAAACACAGCGGCCATTTAAAGACATTTTAGTGGGGTTTTTGAGTTTTATCTCGAGGATTTAAACTTCACGGTAAAATGTTTACCTGTCAAATGA
CTTGACTTGAGTCCTCCCGTCGCTTTATCTCGTCGCTGTGCAAAGCTTTTTCCGTAACATTTTATTTCTGTATTTTCTTGTTCTGCTTTTTCCAGTGATCTGAGGTTCGAATCCCTCATCTAAGCTCAGCGAAGCAGTGAATTCGTGTCGAGAAGTTTGAAAGCTAACCAGCGGTGTGTCTCGAATGATACCCTCGGCCA
GTGAGCTGTCTGTCCGCATGGACACTACTTGCAGCTCCTTGCTGCGAGAACTTCAGCATATTTGGGATGAGATTGGAGAAAGTGATGTCGAGAGGGACAAGATGCTTTTAGAACTGGAGAAAGAGTGTTTGGAGGTTTACTGTAGGAAGGTGGACCAAGCTAGCCATGCAAGGGCACGGCTTCATCAGTCACTTGCAGAC
AAGGAAGCAGAGCTTGCATTTCTGATAGCTTCCATAGGAGACAGGAATCTTCACTCTCAGCCAGAGAAAATACCAGGAACCTTGAAAGAGCAGCTTGCAATCGTCACCCCACAATTAGAAGAGTTGCGATTAAGAAAGGAGGAGCGCATTAAGCAGTTTGCAGAAGTGAAAGCGCAAATTCAAAAAATATCTGGAGAAAT
TTCAGGTTATTCCCATCGAAGTGATGTTGTTCTGAACTCAATCAATGGGGAAGAAGATGACTTGTCACTTAGAAAGTTAGATGAGTATCATGCACATCTTCAAGCACTCCAGAAAGAGAAGAGTGACCGCCTTCGCAAGGTACTGGAATATATAAATGAGGTGCATGGACTTTGTGCGGTACTTGGTATGGACTTCTGGA
AGACTGTCAGTGAAGTACATCCAAGTTTGCCTGAGTCAGCTCCTGGACAGACAAAAAACATTAGCAACGAGACATTGGAGGGATTATCGCAGACCATTCAGACATTGAAAGATGAAAAGAAACTTAGAATTCAAAAATTGCAAGATCTTGGAACATCTTTGGTTGAACTTTGGAACCTGATGGATACTTCAATGGAAGAA
AGAGAACGATTTAGAAATGTTGTATGCAATCTTGGTGCATTAGATAATGAAGTGACAGGCTCAGGTGCTCTTGCACTGGACATCATTGAGCAGGCGGAGGTAGAAGTTGAAAGATTGAATCTGCTGAAGGCAAGCAAAATGAAAGAATTAGTGTTGAAAAAGAGGATAGAGTTGGAGGAAATATGCAGACGAGCACATAT
GGAACCAGATGCCAGCACGGCACCAGAGAAGTCCAATGCTCTGATTGATGCTGGTATGGTGGACCCTTCTGAGCTTCTAGCTAATATTGAATCACAAATATTGAAAGCAAAGGAAGATGTTGTAAGCAGGAAAGAAATTATGGATAAAATAGAAAAGTGGCTTGCAGCTTGTGAAGAGGAAAGCTGGCTTGAAGACTACA
ACAGGGATGAGAATAGATACAGTGCTAGCAAGGGAGCTCACATAAATCTCAAACGTGCAGAGCGGGCTCGAGTAACTGTGAACAAAATTCCTGCTCTTGTTGAGAATTTGAAGGCTAAAACACGTGCTTGGGAAGAAGAAAAAGGAATACCTTTTGTATATGATGGCGTACGGTTGCTGGCAATGCTCGAGGAGTATACC
TTTGTGAGACAAGAAAGGGAGGAGCAAAAGAAACGGTTTCGGgtatttattccgggatgtcttagcattctgaaattctaatttactagaactacttaaacatgactttgcatattaaattgtttattcacagGATCAGAAGCGGTTACAAGAACAATTTCTAACAGAGCAGGAAGCTTTGTTTGGATCCAAACCCAGTC
CAAATAAAAATCATAGCATTAAGAGAGTACAGGGTTTGCGAGCAAATGGAAGCACAACCCCCACAAATCGTCGCCTTTCACTTGGAGGTGCCATGCTTTCAGGAAATTTTGATCTTACTCCTCGGGTAAATGGGATCACTCCACGACATAATGGATTTGGCAAGGATAGCAGGAGGAGGCCTGCAGCACCATTGAATTAT
GTCGCAATATGTAAAGAAGATACAGTCTCACTTGCATCTGTGGGTGGGTCTGAGTTTGGTTCTCCCTAGGCTGGATGACTTCAATTTGTGTCAAATATGCTATGCCCCAAGTTTGTTTTGCAGATGGTTGAGCTGAACTGGAAGTAATCATTCAGAGAAGGATCAATGATGGATTTTCTGGGGCTGGTCTGTACTTTTAG
TACACTTGTACAATGTAATTTGTACCAATATTTAGAGCTGGTGAATTAATCTTAGTGCCTAGGACCTCAGTTAACACACTCAACTTTTTAAAGAGATAGTTTAATGGCCTGAACCGTCACTTAATTTCATTGCACTGGTTCATGAAATTGCCATTTGTAGTTTGTACAGTTTAGGTCATTGCTTGTGAGACCTAAGGTTG
GTTGACTTTTATGATTGGAACTTTTCTTCTGTGAATTGATGTAATGTGGAATGGAAAGATTCGAGTCAGTACTCATTGTGGAGGAAAAGGCTCAGCATGATTATTGGATAGTTTAACGATTCTCTTGTTTGGTTGGAGATCTGAAAGGCAGGTGTGAGCCTGTTTGCTGGAGCTTCACTCTTTAAGTTGGTTAATCTTGG
ATTGGCTCTACTAAAAATCTTTTCTGGTATGTTGGGCATTTGTGAGATACGTACTAGTACTGTGTTAATATATGGTCGAATATATTTTAGCATGGGACCAATGTTTTTCTACGTAGTTGATTTGGATAGTTTTCTGAAGTTGGTGGATTCTCTCTTTATAATATGAAGAAAATAGTGTAATTATTTTTCTTTCATGGTTG
GCCATGATGAACATGAGCTGCAAGCTTATCTGTGGTTTTTGTTTATCTGGGATTTTCTTGAATGTGCAGTCAGATGTTTTGACTACAGGTAAAACCATTGCTTAGTGCATCCCAAAATAAATGTTATTTTGTTTGTTTTTCCTTGTGTGGGATTAAGAGAGATTGGG
Intron 3 GTAAAATGTT ... CTTTTTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 58.72 | 71 | 23.9 | 101 |
| A2 | 60.91 | 77 | 23.1 | 120 |
| A3 | 60.67 | 75.8 | 30.4 | 117 |
| A4 | 62.56 | 76 | 17.6 | 127 |
| A5 | 67.9 | 26 | 9.5 | 55 |
| A6 | 60.34 | 23 | 4.8 | 35 |
| A7 | 66.52 | 75 | 28.4 | 149 |
| A8 | 64.89 | 33 | 8 | 61 |
| A9 | 58.95 | 78 | 29.6 | 112 |
| A10 | 65.59 | 96 | 29.6 | 183 |
>TRINITY_DN114292_c0_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoformGTCGCAGTTTCAAACCTCGTGCATTAATGCAGGCGAATAAAAGAATGTGGGCGGTTTGACTGAAAGTATACAAATTAATACGGTGTCCATCTATCCGTTAAGGTTAAAACACAGCGGCCATTTAAAGACATTTTAGTGGGGTTTTTGAGTTTTATCTCGAGGATTTAAACTTCACGTGATCTGAGGTTCGAATCCCTCAT
CTAAGCTCAGCGAAGCAGTGAATTCGTGTCGAGAAGTTTGAAAGCTAACCAGCGGTGTGTCTCGAATGATACCCTCGGCCAGTGAGCTGTCTGTCCGCATGGACACTACTTGCAGCTCCTTGCTGCGAGAACTTCAGCATATTTGGGATGAGATTGGAGAAAGTGATGTCGAGAGGGACAAGATGCTTTTAGAACTGGAG
AAAGAGTGTTTGGAGGTTTACTGTAGGAAGGTGGACCAAGCTAGCCATGCAAGGGCACGGCTTCATCAGTCACTTGCAGACAAGGAAGCAGAGCTTGCATTTCTGATAGCTTCCATAGGAGACAGGAATCTTCACTCTCAGCCAGAGAAAATACCAGGAACCTTGAAAGAGCAGCTTGCAATCGTCACCCCACAATTAGA
AGAGTTGCGATTAAGAAAGGAGGAGCGCATTAAGCAGTTTGCAGAAGTGAAAGCGCAAATTCAAAAAATATCTGGAGAAATTTCAGGTTATTCCCATCGAAGTGATGTTGTTCTGAACTCAATCAATGGGGAAGAAGATGACTTGTCACTTAGAAAGTTAGATGAGTATCATGCACATCTTCAAGCACTCCAGAAAGAGA
AGAGTGACCGCCTTCGCAAGGTACTGGAATATATAAATGAGGTGCATGGACTTTGTGCGGTACTTGGTATGGACTTCTGGAAGACTGTCAGTGAAGTACATCCAAGTTTGCCTGAGTCAGCTCCTGGACAGACAAAAAACATTAGCAACGAGACATTGGAGGGATTATCGCAGACCATTCAGACATTGAAAGATGAAAAG
AAACTTAGAATTCAAAAATTGCAAGATCTTGGAACATCTTTGGTTGAACTTTGGAACCTGATGGATACTTCAATGGAAGAAAGAGAACGATTTAGAAATGTTGTATGCAATCTTGGTGCATTAGATAATGAAGTGACAGGCTCAGGTGCTCTTGCACTGGACATCATTGAGCAGGCGGAGGTAGAAGTTGAAAGATTGAA
TCTGCTGAAGGCAAGCAAAATGAAAGAATTAGTGTTGAAAAAGAGGATAGAGTTGGAGGAAATATGCAGACGAGCACATATGGAACCAGATGCCAGCACGGCACCAGAGAAGTCCAATGCTCTGATTGATGCTGGTATGGTGGACCCTTCTGAGCTTCTAGCTAATATTGAATCACAAATATTGAAAGCAAAGGAAGATG
TTGTAAGCAGGAAAGAAATTATGGATAAAATAGAAAAGTGGCTTGCAGCTTGTGAAGAGGAAAGCTGGCTTGAAGACTACAACAGGGTAATCAGTAAATTTTATATGGAGTTTAACAGACTGATTCTTTTCAAGCAATGGATAGTTTGTGGGGTTTGCTGATTACGAAACTGATCAAACTGATTATAGACAATTAATGAC
TTTGTAAATAGGATGAGAATAGATACAGTGCTAGCAAGGGAGCTCACATAAATCTCAAACGTGCAGAGCGGGCTCGAGTAACTGTGAACAAAATTCCTGGTATATTAGAGATCTGAACTCATCCAAAATGGTAATGTTTATTGTTCCAGGTTTTTTAGCAATTGACATTTTGCTGGTGCATTTTGGTCCAGCTCTTGTTG
AGAATTTGAAGGCTAAAACACGTGCTTGGGAAGAAGAAAAAGGAATACCTTTTGTATATGATGGCGTGAGTCAAACCTGTTCTGTTAACTATATATATCTTTCTTGTTGTCTATATGTTTTTCAGTTTTTTTTCTATGTTCCAATAGTGGTTATATTATTTCAAAAAATGCAGGTACGGTTGCTGGCAATGCTCGAGGAG
TATACCTTTGTGAGACAAGAAAGGGAGGAGCAAAAGAAACGGTTTCGGG
>TRINITY_DN114292_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTCGCAGTTTCAAACCTCGTGCATTAATGCAGGCGAATAAAAGAATGTGGGCGGTTTGACTGAAAGTATACAAATTAATACGGTGTCCATCTATCCGTTAAGGTTAAAACACAGCGGCCATTTAAAGACATTTTAGTGGGGTTTTTGAGTTTTATCTCGAGGATTTAAACTTCACGgtaaaatgtttacctgtcaaatga
cttgacttgagtcctcccgtcgctttatctcgtcgctgtgcaaagctttttccgtaacattttatttctgtattttcttgttctgctttttccagTGATCTGAGGTTCGAATCCCTCATCTAAGCTCAGCGAAGCAGTGAATTCGTGTCGAGAAGTTTGAAAGCTAACCAGCGGTGTGTCTCGAATGATACCCTCGGCCA
GTGAGCTGTCTGTCCGCATGGACACTACTTGCAGCTCCTTGCTGCGAGAACTTCAGCATATTTGGGATGAGATTGGAGAAAGTGATGTCGAGAGGGACAAGATGCTTTTAGAACTGGAGAAAGAGTGTTTGGAGGTTTACTGTAGGAAGGTGGACCAAGCTAGCCATGCAAGGGCACGGCTTCATCAGTCACTTGCAGAC
AAGGAAGCAGAGCTTGCATTTCTGATAGCTTCCATAGGAGACAGGAATCTTCACTCTCAGCCAGAGAAAATACCAGGAACCTTGAAAGAGCAGCTTGCAATCGTCACCCCACAATTAGAAGAGTTGCGATTAAGAAAGGAGGAGCGCATTAAGCAGTTTGCAGAAGTGAAAGCGCAAATTCAAAAAATATCTGGAGAAAT
TTCAGGTTATTCCCATCGAAGTGATGTTGTTCTGAACTCAATCAATGGGGAAGAAGATGACTTGTCACTTAGAAAGTTAGATGAGTATCATGCACATCTTCAAGCACTCCAGAAAGAGAAGAGTGACCGCCTTCGCAAGGTACTGGAATATATAAATGAGGTGCATGGACTTTGTGCGGTACTTGGTATGGACTTCTGGA
AGACTGTCAGTGAAGTACATCCAAGTTTGCCTGAGTCAGCTCCTGGACAGACAAAAAACATTAGCAACGAGACATTGGAGGGATTATCGCAGACCATTCAGACATTGAAAGATGAAAAGAAACTTAGAATTCAAAAATTGCAAGATCTTGGAACATCTTTGGTTGAACTTTGGAACCTGATGGATACTTCAATGGAAGAA
AGAGAACGATTTAGAAATGTTGTATGCAATCTTGGTGCATTAGATAATGAAGTGACAGGCTCAGGTGCTCTTGCACTGGACATCATTGAGCAGGCGGAGGTAGAAGTTGAAAGATTGAATCTGCTGAAGGCAAGCAAAATGAAAGAATTAGTGTTGAAAAAGAGGATAGAGTTGGAGGAAATATGCAGACGAGCACATAT
GGAACCAGATGCCAGCACGGCACCAGAGAAGTCCAATGCTCTGATTGATGCTGGTATGGTGGACCCTTCTGAGCTTCTAGCTAATATTGAATCACAAATATTGAAAGCAAAGGAAGATGTTGTAAGCAGGAAAGAAATTATGGATAAAATAGAAAAGTGGCTTGCAGCTTGTGAAGAGGAAAGCTGGCTTGAAGACTACA
ACAGGGATGAGAATAGATACAGTGCTAGCAAGGGAGCTCACATAAATCTCAAACGTGCAGAGCGGGCTCGAGTAACTGTGAACAAAATTCCTGCTCTTGTTGAGAATTTGAAGGCTAAAACACGTGCTTGGGAAGAAGAAAAAGGAATACCTTTTGTATATGATGGCGTACGGTTGCTGGCAATGCTCGAGGAGTATACC
TTTGTGAGACAAGAAAGGGAGGAGCAAAAGAAACGGTTTCGGGATCAGAAGCGGTTACAAGAACAATTTCTAACAGAGCAGGAAGCTTTGTTTGGATCCAAACCCAGTCCAAATAAAAATCATAGCATTAAGAGAGTACAGGGTTTGCGAGCAAATGGAAGCACAACCCCCACAAATCGTCGCCTTTCACTTGGAGGTGC
CATGCTTTCAGGAAATTTTGATCTTACTCCTCGGGTAAATGGGATCACTCCACGACATAATGGATTTGGCAAGGATAGCAGGAGGAGGCCTGCAGCACCATTGAATTATGTCGCAATATGTAAAGAAGATACAGTCTCACTTGCATCTGTGGGTGGGTCTGAGTTTGGTTCTCCCTAGGCTGGATGACTTCAATTTGTGT
CAAATATGCTATGCCCCAAGGTCAGCCTTTGTTTTGCGGCTAGGGACTTGTAAATATAACTTGAATGTAAACACTTTGTTTCCTGCATTTCTTTTCTTGGAGGAGTTCCATAAGAAACTTTGTGCTATTTTCTGTAAACTATGGTGTTTTGCATTTTAATAATAAATATGCACAATCTTCAAATAATGAATCAAGTTTTG
TTTGCACTCTTTAGTTTGTTTTGCAGATGGTTGAGCTGAACTGGAAGTAATCATTCAGAGAAGGATCAATGATGGATTTTCTGGGGCTGGTCTGTACTTTTAGTACACTTGTACAATGTAATTTGTACCAATATTTAGAGCTGGTGAATTAATCTTAGTGCCTAGGACCTCAGTTAACACACTCAACTTTTTAAAGAGAT
AGTTTAATGGCCTGAACCGTCACTTAATTTCATTGCACTGGTTCATGAAATTGCCATTTGTAGTTTGTACAGTTTAGGTCATTGCTTGTGAGACCTAAGGTTGGTTGACTTTTATGATTGGAACTTTTCTTCTGTGAATTGATGTAATGTGGAATGGAAAGATTCGAGTCAGTACTCATTGTGGAGGAAAAGGCTCAGCA
TGATTATTGGATAGTTTAACGATTCTCTTGTTTGGTTGGAGATCTGAAAGGCAGGTGTGAGCCTGTTTGCTGGAGCTTCACTCTTTAAGTTGGTTAATCTTGGATTGGCTCTACTAAAAATCTTTTCTGGTATGTTGGGCATTTGTGAGATACGTACTAGTACTGTGTTAATATATGGTCGAATATATTTTAGCATGGGA
CCAATGTTTTTCTACGTAGTTGATTTGGATAGTTTTCTGAAGTTGGTGGATTCTCTCTTTATAATATGAAGAAAATAGTGTAATTATTTTTCTTTCATGGTTGGCCATGATGAACATGAGCTGCAAGCTTATCTGTGGTTTTTGTTTATCTGGGATTTTCTTGAATGTGCAGTCAGATGTTTTGACTACAGGTAAAACCA
TTGCTTAGTGCATCCCAAAATAAATGTTATTTTGTTTGTTTTTCCTTGTGTGGGATTAAGAGAGATTGGG
Intron 4 GTTTGCTGTG ... ATGGTGCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.15 | 161 | 13.8 | 31 |
| A2 | 19.21 | 143 | 28 | 34 |
| A3 | 17.98 | 146 | 20.4 | 32 |
| A4 | 17.39 | 76 | 13.8 | 16 |
| A5 | 6.45 | 58 | 8 | 4 |
| A6 | 15.57 | 141 | 8 | 26 |
| A7 | 15.04 | 361.4 | 53 | 64 |
| A8 | 9.38 | 241.5 | 28.2 | 25 |
| A9 | 16.59 | 352.1 | 62.9 | 70 |
| A10 | 16.29 | 406 | 53.1 | 79 |
>TRINITY_DN107406_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoformCGTGCATTAATGCAGGCGAATAAAAGAATGTGGGCGGTTTGACTGAAAGTATACAAATTAATACGGTGTCCATCTATCCGTTAAGGTTAAAACACAGCGGCCATTTAAAGACATTTTAGTGGGGTTTTTGAGTTTTATCTCGAGGATTTAAACTTCACGGTAAAATGTTTACCTGTCAAATGACTTGACTTGAGTCCTCC
CGTCGCTTTATCTCGTCGCTGTGCAAAGCTTTTTCCGTAACATTTTATTTCTGTATTTTCTTGTTCTGCTTTTTCCAGTGATCTGAGGTTCGAATCCCTCATCTAAGCTCAGCGAAGCAGTGAATTCGTGTCGAGAAGTTTGAAAGCTAACCAGCGGTGTGTCTCGAATGATACCCTCGGCCAGTGAGCTGTCTGTCCGC
ATGGACACTACTTGCAGCTCCTTGCTGCGAGAACTTCAGCATATTTGGGATGAGATTGGAGAAAGTGATGTCGAGAGGGACAAGATGCTTTTAGAACTGGAGAAAGAGTGTTTGGAGGTTTACTGTAGGAAGGTGGACCAAGCTAGCCATGCAAGGGCACGGCTTCATCAGTCACTTGCAGACAAGGAAGCAGAGCTTGC
ATTTCTGATAGCTTCCATAGGAGACAGGAATCTTCACTCTCAGCCAGAGAAAATACCAGGAACCTTGAAAGAGCAGCTTGCAATCGTCACCCCACAATTAGAAGAGTTGCGATTAAGAAAGGAGGAGCGCATTAAGCAGTTTGCAGAAGTGAAAGCGCAAATTCAAAAAATATCTGGAGAAATTTCAGGTTATTCCCATC
GAAGTGATGTTGTTCTGAACTCAATCAATGGGGAAGAAGATGACTTGTCACTTAGAAAGTTAGATGAGTATCATGCACATCTTCAAGCACTCCAGAAAGAGAAGAGTGACCGCCTTCGCAAGGTACTGGAATATATAAATGAGGTGCATGGACTTTGTGCGGTACTTGGTATGGACTTCTGGAAGACTGTCAGTGAAGTA
CATCCAAGTTTGCCTGAGTCAGCTCCTGGACAGACAAAAAACATTAGCAACGAGACATTGGAGGGATTATCGCAGACCATTCAGACATTGAAAGATGAAAAGAAACTTAGAATTCAAAAATTGCAAGATCTTGGAACATCTTTGGTTGAACTTTGGAACCTGATGGATACTTCAATGGAAGAAAGAGAACGATTTAGAAA
TGTTGTATGCAATCTTGGTGCATTAGATAATGAAGTGACAGGCTCAGGTGCTCTTGCACTGGACATCATTGAGCAGGCGGAGGTAGAAGTTGAAAGATTGAATCTGCTGAAGGCAAGCAAAATGAAAGAATTAGTGTTGAAAAAGAGGATAGAGTTGGAGGAAATATGCAGACGAGCACATATGGAACCAGATGCCAGCA
CGGCACCAGAGAAGTCCAATGCTCTGATTGATGCTGGTATGGTGGACCCTTCTGAGCTTCTAGCTAATATTGAATCACAAATATTGAAAGCAAAGGAAGATGTTGTAAGCAGGAAAGAAATTATGGATAAAATAGAAAAGTGGCTTGCAGCTTGTGAAGAGGAAAGCTGGCTTGAAGACTACAACAGGGATGAGAATAGA
TACAGTGCTAGCAAGGGAGCTCACATAAATCTCAAACGTGCAGAGCGGGCTCGAGTAACTGTGAACAAAATTCCTGCTCTTGTTGAGAATTTGAAGGCTAAAACACGTGCTTGGGAAGAAGAAAAAGGAATACCTTTTGTATATGATGGCGTACGGTTGCTGGCAATGCTCGAGGAGTATACCTTTGTGAGACAAGAAAG
GGAGGAGCAAAAGAAACGGTTTCGGGATCAGAAGCGGTTACAAGAACAATTTCTAACAGAGCAGGAAGCTTTGTTTGGATCCAAACCCAGTCCAAATAAAAATCATAGCATTAAGAGAGTACAGGGTTTGCGAGCAAATGGAAGCACAACCCCCACAAATCGTCGCCTTTCACTTGGAGGTGCCATGCTTTCAGGAAATT
TTGATCTTACTCCTCGGGTAAATGGGATCACTCCACGACATAATGGATTTGGCAAGGATAGCAGGAGGAGGCCTGCAGCACCATTGAATTATGTCGCAATATGTAAAGAAGATACAGTCTCACTTGCATCTGTGGGTGGGTCTGAGTTTGGTTCTCCCTAGGCTGGATGACTTCAATTTGTGTCAAATATGCTATGCCCC
AAGTTTGTTTTGCAGATGGTTGAGCTGAACTGGAAGTAATCATTCAGAGAAGGATCAATGATGGATTTTCTGGGGCTGGTCTGTACTTTTAGTACACTTGTACAATGTAATTTGTACCAATATTTAGAGCTGGTGAATTAATCTTAGTGCCTAGGACCTCAGTTAACACACTCAACTTTTTAAAGAGATAGTTTAATGGC
CTGAACCGTCACTTAATTTCATTGCACTGGTTCATGAAATTGCCATTTGTAGTTTGTACAGTTTAGGTCATTGCTTGTGAGACCTAAGGTTGGTTGACTTTTATGATTGGAACTTTTCTTCTGTGAATTGATGTAATGTGGAATGGAAAGATTCGAGTCAGTACTCATTGTGGAGGAAAAGGCTCAGCATGATTATTGGA
TAGTTTAACGATTCTCTTGTTTGGTTGGAGATCTGAAAGGCAGGTGTGAGCCTGTTTGCTGGAGCTTCACTCTTTAAGTTGGTTAATCTTGGATTGGCTCTACTAAAAATCTTTTCTGGTATGTTGGGCATTTGTGAGATACGTACTAGTACTGTGTTAATATATGGTCGAATATATTTTAGCATGGGACCAATGTTTTT
CTACGTAGTTGATTTGGATAGTTTTCTGAAGTTGGTGGATTCTCTCTTTATAATATGAAGAAAATAGTGTAATG
>TRINITY_DN107406_c0_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:CGTGCATTAATGCAGGCGAATAAAAGAATGTGGGCGGTTTGACTGAAAGTATACAAATTAATACGGTGTCCATCTATCCGTTAAGGTTAAAACACAGCGGCCATTTAAAGACATTTTAGTGGGGTTTTTGAGTTTTATCTCGAGGATTTAAACTTCACGGTAAAATGTTTACCTGTCAAATGACTTGACTTGAGTCCTCC
CGTCGCTTTATCTCGTCGCTGTGCAAAGCTTTTTCCGTAACATTTTATTTCTGTATTTTCTTGTTCTGCTTTTTCCAGTGATCTGAGGTTCGAATCCCTCATCTAAGCTCAGCGAAGCAGTGAATTCGTGTCGAGAAGTTTGAAAGCTAACCAGCGGTGTGTCTCGAATGATACCCTCGGCCAGTGAGCTGTCTGTCCGC
ATGGACACTACTTGCAGCTCCTTGCTGCGAGAACTTCAGCATATTTGGGATGAGATTGGAGAAAGTGATGTCGAGAGGGACAAGATGCTTTTAGAACTGGAGAAAGAGTGTTTGGAGGTTTACTGTAGGAAGGTGGACCAAGCTAGCCATGCAAGGGCACGGCTTCATCAGTCACTTGCAGACAAGGAAGCAGAGCTTGC
ATTTCTGATAGCTTCCATAGGAGACAGGAATCTTCACTCTCAGCCAGAGAAAATACCAGGAACCTTGAAAGAGCAGCTTGCAATCGTCACCCCACAATTAGAAGAGTTGCGATTAAGAAAGGAGGAGCGCATTAAGCAGTTTGCAGAAGTGAAAGCGCAAATTCAAAAAATATCTGGAGAAATTTCAGGTTATTCCCATC
GAAGTGATGTTGTTCTGAACTCAATCAATGGGGAAGAAGATGACTTGTCACTTAGAAAGTTAGATGAGTATCATGCACATCTTCAAGCACTCCAGAAAGAGAAGAGTGACCGCCTTCGCAAGGTACTGGAATATATAAATGAGGTGCATGGACTTTGTGCGGTACTTGGTATGGACTTCTGGAAGACTGTCAGTGAAGTA
CATCCAAGTTTGCCTGAGTCAGCTCCTGGACAGACAAAAAACATTAGCAACGAGACATTGGAGGGATTATCGCAGACCATTCAGACATTGAAAGATGAAAAGAAACTTAGAATTCAAAAATTGCAAGATCTTGGAACATCTTTGGTTGAACTTTGGAACCTGATGGATACTTCAATGGAAGAAAGAGAACGATTTAGAAA
TGTTGTATGCAATCTTGGTGCATTAGATAATGAAGTGACAGGCTCAGGTGCTCTTGCACTGGACATCATTGAGCAGgtttgctgtgtctttgcttgttgtcgttagaacttatttgaaaagagaaacacaccaactaaatggaaattgacacatattaaaccttgttgtaatggtgccagGCGGAGGTAGAAGTTGAAAG
ATTGAATCTGCTGAAGGCAAGCAAAATGAAAGAATTAGTGTTGAAAAAGAGGATAGAGTTGGAGGAAATATGCAGACGAGCACATATGGAACCAGATGCCAGCACGGCACCAGAGAAGTCCAATGCTCTGATTGATGCTGGTATTGGCCTTTACTTGCTCTAGTTAAAATGTATGAGTTCTATGTGGATTAAATTTATTG
TATAAGTTTGTTCCTGTCTAATTAATT
Intron 5 GTAATCAGTA ... TTGTAAATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 11.58 | 173.3 | 26.5 | 11.3 |
| A2 | 9.87 | 180.8 | 22.4 | 9.2 |
| A3 | 11.14 | 205.6 | 30.7 | 11.7 |
| A4 | 14.41 | 79.9 | 15.5 | 3.3 |
| A5 | 10.73 | 70.7 | 9.6 | 6.9 |
| A6 | 9.77 | 289 | 36.3 | 10.3 |
| A7 | 10.82 | 643.6 | 91.1 | 25.4 |
| A8 | 10.24 | 450.1 | 60 | 19.1 |
| A9 | 10.74 | 527 | 74.4 | 24.9 |
| A10 | 9.58 | 567 | 69.5 | 30.3 |
>TRINITY_DN114292_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoformGTCGCAGTTTCAAACCTCGTGCATTAATGCAGGCGAATAAAAGAATGTGGGCGGTTTGACTGAAAGTATACAAATTAATACGGTGTCCATCTATCCGTTAAGGTTAAAACACAGCGGCCATTTAAAGACATTTTAGTGGGGTTTTTGAGTTTTATCTCGAGGATTTAAACTTCACGGTAAAATGTTTACCTGTCAAATGA
CTTGACTTGAGTCCTCCCGTCGCTTTATCTCGTCGCTGTGCAAAGCTTTTTCCGTAACATTTTATTTCTGTATTTTCTTGTTCTGCTTTTTCCAGTGATCTGAGGTTCGAATCCCTCATCTAAGCTCAGCGAAGCAGTGAATTCGTGTCGAGAAGTTTGAAAGCTAACCAGCGGTGTGTCTCGAATGATACCCTCGGCCA
GTGAGCTGTCTGTCCGCATGGACACTACTTGCAGCTCCTTGCTGCGAGAACTTCAGCATATTTGGGATGAGATTGGAGAAAGTGATGTCGAGAGGGACAAGATGCTTTTAGAACTGGAGAAAGAGTGTTTGGAGGTTTACTGTAGGAAGGTGGACCAAGCTAGCCATGCAAGGGCACGGCTTCATCAGTCACTTGCAGAC
AAGGAAGCAGAGCTTGCATTTCTGATAGCTTCCATAGGAGACAGGAATCTTCACTCTCAGCCAGAGAAAATACCAGGAACCTTGAAAGAGCAGCTTGCAATCGTCACCCCACAATTAGAAGAGTTGCGATTAAGAAAGGAGGAGCGCATTAAGCAGTTTGCAGAAGTGAAAGCGCAAATTCAAAAAATATCTGGAGAAAT
TTCAGGTTATTCCCATCGAAGTGATGTTGTTCTGAACTCAATCAATGGGGAAGAAGATGACTTGTCACTTAGAAAGTTAGATGAGTATCATGCACATCTTCAAGCACTCCAGAAAGAGAAGAGTGACCGCCTTCGCAAGGTACTGGAATATATAAATGAGGTGCATGGACTTTGTGCGGTACTTGGTATGGACTTCTGGA
AGACTGTCAGTGAAGTACATCCAAGTTTGCCTGAGTCAGCTCCTGGACAGACAAAAAACATTAGCAACGAGACATTGGAGGGATTATCGCAGACCATTCAGACATTGAAAGATGAAAAGAAACTTAGAATTCAAAAATTGCAAGATCTTGGAACATCTTTGGTTGAACTTTGGAACCTGATGGATACTTCAATGGAAGAA
AGAGAACGATTTAGAAATGTTGTATGCAATCTTGGTGCATTAGATAATGAAGTGACAGGCTCAGGTGCTCTTGCACTGGACATCATTGAGCAGGCGGAGGTAGAAGTTGAAAGATTGAATCTGCTGAAGGCAAGCAAAATGAAAGAATTAGTGTTGAAAAAGAGGATAGAGTTGGAGGAAATATGCAGACGAGCACATAT
GGAACCAGATGCCAGCACGGCACCAGAGAAGTCCAATGCTCTGATTGATGCTGGTATGGTGGACCCTTCTGAGCTTCTAGCTAATATTGAATCACAAATATTGAAAGCAAAGGAAGATGTTGTAAGCAGGAAAGAAATTATGGATAAAATAGAAAAGTGGCTTGCAGCTTGTGAAGAGGAAAGCTGGCTTGAAGACTACA
ACAGGGATGAGAATAGATACAGTGCTAGCAAGGGAGCTCACATAAATCTCAAACGTGCAGAGCGGGCTCGAGTAACTGTGAACAAAATTCCTGCTCTTGTTGAGAATTTGAAGGCTAAAACACGTGCTTGGGAAGAAGAAAAAGGAATACCTTTTGTATATGATGGCGTACGGTTGCTGGCAATGCTCGAGGAGTATACC
TTTGTGAGACAAGAAAGGGAGGAGCAAAAGAAACGGTTTCGGGTATTTATTCCGGGATGTCTTAGCATTCTGAAATTCTAATTTACTAGAACTACTTAAACATGACTTTGCATATTAAATTGTTTATTCACAGGATCAGAAGCGGTTACAAGAACAATTTCTAACAGAGCAGGAAGCTTTGTTTGGATCCAAACCCAGTC
CAAATAAAAATCATAGCATTAAGAGAGTACAGGGTTTGCGAGCAAATGGAAGCACAACCCCCACAAATCGTCGCCTTTCACTTGGAGGTGCCATGCTTTCAGGAAATTTTGATCTTACTCCTCGGGTAAATGGGATCACTCCACGACATAATGGATTTGGCAAGGATAGCAGGAGGAGGCCTGCAGCACCATTGAATTAT
GTCGCAATATGTAAAGAAGATACAGTCTCACTTGCATCTGTGGGTGGGTCTGAGTTTGGTTCTCCCTAGGCTGGATGACTTCAATTTGTGTCAAATATGCTATGCCCCAAGTTTGTTTTGCAGATGGTTGAGCTGAACTGGAAGTAATCATTCAGAGAAGGATCAATGATGGATTTTCTGGGGCTGGTCTGTACTTTTAG
TACACTTGTACAATGTAATTTGTACCAATATTTAGAGCTGGTGAATTAATCTTAGTGCCTAGGACCTCAGTTAACACACTCAACTTTTTAAAGAGATAGTTTAATGGCCTGAACCGTCACTTAATTTCATTGCACTGGTTCATGAAATTGCCATTTGTAGTTTGTACAGTTTAGGTCATTGCTTGTGAGACCTAAGGTTG
GTTGACTTTTATGATTGGAACTTTTCTTCTGTGAATTGATGTAATGTGGAATGGAAAGATTCGAGTCAGTACTCATTGTGGAGGAAAAGGCTCAGCATGATTATTGGATAGTTTAACGATTCTCTTGTTTGGTTGGAGATCTGAAAGGCAGGTGTGAGCCTGTTTGCTGGAGCTTCACTCTTTAAGTTGGTTAATCTTGG
ATTGGCTCTACTAAAAATCTTTTCTGGTATGTTGGGCATTTGTGAGATACGTACTAGTACTGTGTTAATATATGGTCGAATATATTTTAGCATGGGACCAATGTTTTTCTACGTAGTTGATTTGGATAGTTTTCTGAAGTTGGTGGATTCTCTCTTTATAATATGAAGAAAATAGTGTAATTATTTTTCTTTCATGGTTG
GCCATGATGAACATGAGCTGCAAGCTTATCTGTGGTTTTTGTTTATCTGGGATTTTCTTGAATGTGCAGTCAGATGTTTTGACTACAGGTAAAACCATTGCTTAGTGCATCCCAAAATAAATGTTATTTTGTTTGTTTTTCCTTGTGTGGGATTAAGAGAGATTGGG
>TRINITY_DN114292_c0_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTCGCAGTTTCAAACCTCGTGCATTAATGCAGGCGAATAAAAGAATGTGGGCGGTTTGACTGAAAGTATACAAATTAATACGGTGTCCATCTATCCGTTAAGGTTAAAACACAGCGGCCATTTAAAGACATTTTAGTGGGGTTTTTGAGTTTTATCTCGAGGATTTAAACTTCACGGTAAAATGTTTACCTGTCAAATGA
CTTGACTTGAGTCCTCCCGTCGCTTTATCTCGTCGCTGTGCAAAGCTTTTTCCGTAACATTTTATTTCTGTATTTTCTTGTTCTGCTTTTTCCAGTGATCTGAGGTTCGAATCCCTCATCTAAGCTCAGCGAAGCAGTGAATTCGTGTCGAGAAGTTTGAAAGCTAACCAGCGGTGTGTCTCGAATGATACCCTCGGCCA
GTGAGCTGTCTGTCCGCATGGACACTACTTGCAGCTCCTTGCTGCGAGAACTTCAGCATATTTGGGATGAGATTGGAGAAAGTGATGTCGAGAGGGACAAGATGCTTTTAGAACTGGAGAAAGAGTGTTTGGAGGTTTACTGTAGGAAGGTGGACCAAGCTAGCCATGCAAGGGCACGGCTTCATCAGTCACTTGCAGAC
AAGGAAGCAGAGCTTGCATTTCTGATAGCTTCCATAGGAGACAGGAATCTTCACTCTCAGCCAGAGAAAATACCAGGAACCTTGAAAGAGCAGCTTGCAATCGTCACCCCACAATTAGAAGAGTTGCGATTAAGAAAGGAGGAGCGCATTAAGCAGTTTGCAGAAGTGAAAGCGCAAATTCAAAAAATATCTGGAGAAAT
TTCAGGTTATTCCCATCGAAGTGATGTTGTTCTGAACTCAATCAATGGGGAAGAAGATGACTTGTCACTTAGAAAGTTAGATGAGTATCATGCACATCTTCAAGCACTCCAGAAAGAGAAGAGTGACCGCCTTCGCAAGGTACTGGAATATATAAATGAGGTGCATGGACTTTGTGCGGTACTTGGTATGGACTTCTGGA
AGACTGTCAGTGAAGTACATCCAAGTTTGCCTGAGTCAGCTCCTGGACAGACAAAAAACATTAGCAACGAGACATTGGAGGGATTATCGCAGACCATTCAGACATTGAAAGATGAAAAGAAACTTAGAATTCAAAAATTGCAAGATCTTGGAACATCTTTGGTTGAACTTTGGAACCTGATGGATACTTCAATGGAAGAA
AGAGAACGATTTAGAAATGTTGTATGCAATCTTGGTGCATTAGATAATGAAGTGACAGGCTCAGGTGCTCTTGCACTGGACATCATTGAGCAGGCGGAGGTAGAAGTTGAAAGATTGAATCTGCTGAAGGCAAGCAAAATGAAAGAATTAGTGTTGAAAAAGAGGATAGAGTTGGAGGAAATATGCAGACGAGCACATAT
GGAACCAGATGCCAGCACGGCACCAGAGAAGTCCAATGCTCTGATTGATGCTGGTATGGTGGACCCTTCTGAGCTTCTAGCTAATATTGAATCACAAATATTGAAAGCAAAGGAAGATGTTGTAAGCAGGAAAGAAATTATGGATAAAATAGAAAAGTGGCTTGCAGCTTGTGAAGAGGAAAGCTGGCTTGAAGACTACA
ACAGGgtaatcagtaaattttatatggagtttaacagactgattcttttcaagcaatggatagtttgtggggtttgctgattacgaaactgatcaaactgattatagacaattaatgactttgtaaatagGATGAGAATAGATACAGTGCTAGCAAGGGAGCTCACATAAATCTCAAACGTGCAGAGCGGGCTCGAGTAA
CTGTGAACAAAATTCCTGGTATATTAGAGATCTGAACTCATCCAAAATGGTAATGTTTATTGTTCCAGGTTTTTTAGCAATTGACATTTTGCTGGTGCATTTTGGTCCAGCTCTTGTTGAGAATTTGAAGGCTAAAACACGTGCTTGGGAAGAAGAAAAAGGAATACCTTTTGTATATGATGGCGTGAGTCAAACCTGTT
CTGTTAACTATATATATCTTTCTTGTTGTCTATATGTTTTTCAGTTTTTTTTCTATGTTCCAATAGTGGTTATATTATTTCAAAAAATGCAGGTACGGTTGCTGGCAATGCTCGAGGAGTATACCTTTGTGAGACAAGAAAGGGAGGAGCAAAAGAAACGGTTTCGGG
Intron 6 GTCAGCCTTT ... CACTCTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.21 | 208 | 56 | 33.1 |
| A2 | 19.57 | 148 | 36 | 31.5 |
| A3 | 22.08 | 240 | 68 | 30.5 |
| A4 | 21.26 | 163 | 44 | 34.7 |
| A5 | 12.5 | 70 | 10 | 12.3 |
| A6 | 17.98 | 748 | 164 | 167.6 |
| A7 | 18 | 879 | 193 | 171.2 |
| A8 | 18.78 | 917 | 212 | 196.4 |
| A9 | 22.23 | 745 | 213 | 180.6 |
| A10 | 16.93 | 790 | 161 | 153 |
>TRINITY_DN114292_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoformGTCGCAGTTTCAAACCTCGTGCATTAATGCAGGCGAATAAAAGAATGTGGGCGGTTTGACTGAAAGTATACAAATTAATACGGTGTCCATCTATCCGTTAAGGTTAAAACACAGCGGCCATTTAAAGACATTTTAGTGGGGTTTTTGAGTTTTATCTCGAGGATTTAAACTTCACGGTAAAATGTTTACCTGTCAAATGA
CTTGACTTGAGTCCTCCCGTCGCTTTATCTCGTCGCTGTGCAAAGCTTTTTCCGTAACATTTTATTTCTGTATTTTCTTGTTCTGCTTTTTCCAGTGATCTGAGGTTCGAATCCCTCATCTAAGCTCAGCGAAGCAGTGAATTCGTGTCGAGAAGTTTGAAAGCTAACCAGCGGTGTGTCTCGAATGATACCCTCGGCCA
GTGAGCTGTCTGTCCGCATGGACACTACTTGCAGCTCCTTGCTGCGAGAACTTCAGCATATTTGGGATGAGATTGGAGAAAGTGATGTCGAGAGGGACAAGATGCTTTTAGAACTGGAGAAAGAGTGTTTGGAGGTTTACTGTAGGAAGGTGGACCAAGCTAGCCATGCAAGGGCACGGCTTCATCAGTCACTTGCAGAC
AAGGAAGCAGAGCTTGCATTTCTGATAGCTTCCATAGGAGACAGGAATCTTCACTCTCAGCCAGAGAAAATACCAGGAACCTTGAAAGAGCAGCTTGCAATCGTCACCCCACAATTAGAAGAGTTGCGATTAAGAAAGGAGGAGCGCATTAAGCAGTTTGCAGAAGTGAAAGCGCAAATTCAAAAAATATCTGGAGAAAT
TTCAGGTTATTCCCATCGAAGTGATGTTGTTCTGAACTCAATCAATGGGGAAGAAGATGACTTGTCACTTAGAAAGTTAGATGAGTATCATGCACATCTTCAAGCACTCCAGAAAGAGAAGAGTGACCGCCTTCGCAAGGTACTGGAATATATAAATGAGGTGCATGGACTTTGTGCGGTACTTGGTATGGACTTCTGGA
AGACTGTCAGTGAAGTACATCCAAGTTTGCCTGAGTCAGCTCCTGGACAGACAAAAAACATTAGCAACGAGACATTGGAGGGATTATCGCAGACCATTCAGACATTGAAAGATGAAAAGAAACTTAGAATTCAAAAATTGCAAGATCTTGGAACATCTTTGGTTGAACTTTGGAACCTGATGGATACTTCAATGGAAGAA
AGAGAACGATTTAGAAATGTTGTATGCAATCTTGGTGCATTAGATAATGAAGTGACAGGCTCAGGTGCTCTTGCACTGGACATCATTGAGCAGGCGGAGGTAGAAGTTGAAAGATTGAATCTGCTGAAGGCAAGCAAAATGAAAGAATTAGTGTTGAAAAAGAGGATAGAGTTGGAGGAAATATGCAGACGAGCACATAT
GGAACCAGATGCCAGCACGGCACCAGAGAAGTCCAATGCTCTGATTGATGCTGGTATGGTGGACCCTTCTGAGCTTCTAGCTAATATTGAATCACAAATATTGAAAGCAAAGGAAGATGTTGTAAGCAGGAAAGAAATTATGGATAAAATAGAAAAGTGGCTTGCAGCTTGTGAAGAGGAAAGCTGGCTTGAAGACTACA
ACAGGGATGAGAATAGATACAGTGCTAGCAAGGGAGCTCACATAAATCTCAAACGTGCAGAGCGGGCTCGAGTAACTGTGAACAAAATTCCTGCTCTTGTTGAGAATTTGAAGGCTAAAACACGTGCTTGGGAAGAAGAAAAAGGAATACCTTTTGTATATGATGGCGTACGGTTGCTGGCAATGCTCGAGGAGTATACC
TTTGTGAGACAAGAAAGGGAGGAGCAAAAGAAACGGTTTCGGGTATTTATTCCGGGATGTCTTAGCATTCTGAAATTCTAATTTACTAGAACTACTTAAACATGACTTTGCATATTAAATTGTTTATTCACAGGATCAGAAGCGGTTACAAGAACAATTTCTAACAGAGCAGGAAGCTTTGTTTGGATCCAAACCCAGTC
CAAATAAAAATCATAGCATTAAGAGAGTACAGGGTTTGCGAGCAAATGGAAGCACAACCCCCACAAATCGTCGCCTTTCACTTGGAGGTGCCATGCTTTCAGGAAATTTTGATCTTACTCCTCGGGTAAATGGGATCACTCCACGACATAATGGATTTGGCAAGGATAGCAGGAGGAGGCCTGCAGCACCATTGAATTAT
GTCGCAATATGTAAAGAAGATACAGTCTCACTTGCATCTGTGGGTGGGTCTGAGTTTGGTTCTCCCTAGGCTGGATGACTTCAATTTGTGTCAAATATGCTATGCCCCAAGTTTGTTTTGCAGATGGTTGAGCTGAACTGGAAGTAATCATTCAGAGAAGGATCAATGATGGATTTTCTGGGGCTGGTCTGTACTTTTAG
TACACTTGTACAATGTAATTTGTACCAATATTTAGAGCTGGTGAATTAATCTTAGTGCCTAGGACCTCAGTTAACACACTCAACTTTTTAAAGAGATAGTTTAATGGCCTGAACCGTCACTTAATTTCATTGCACTGGTTCATGAAATTGCCATTTGTAGTTTGTACAGTTTAGGTCATTGCTTGTGAGACCTAAGGTTG
GTTGACTTTTATGATTGGAACTTTTCTTCTGTGAATTGATGTAATGTGGAATGGAAAGATTCGAGTCAGTACTCATTGTGGAGGAAAAGGCTCAGCATGATTATTGGATAGTTTAACGATTCTCTTGTTTGGTTGGAGATCTGAAAGGCAGGTGTGAGCCTGTTTGCTGGAGCTTCACTCTTTAAGTTGGTTAATCTTGG
ATTGGCTCTACTAAAAATCTTTTCTGGTATGTTGGGCATTTGTGAGATACGTACTAGTACTGTGTTAATATATGGTCGAATATATTTTAGCATGGGACCAATGTTTTTCTACGTAGTTGATTTGGATAGTTTTCTGAAGTTGGTGGATTCTCTCTTTATAATATGAAGAAAATAGTGTAATTATTTTTCTTTCATGGTTG
GCCATGATGAACATGAGCTGCAAGCTTATCTGTGGTTTTTGTTTATCTGGGATTTTCTTGAATGTGCAGTCAGATGTTTTGACTACAGGTAAAACCATTGCTTAGTGCATCCCAAAATAAATGTTATTTTGTTTGTTTTTCCTTGTGTGGGATTAAGAGAGATTGGG
>TRINITY_DN114292_c0_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTCGCAGTTTCAAACCTCGTGCATTAATGCAGGCGAATAAAAGAATGTGGGCGGTTTGACTGAAAGTATACAAATTAATACGGTGTCCATCTATCCGTTAAGGTTAAAACACAGCGGCCATTTAAAGACATTTTAGTGGGGTTTTTGAGTTTTATCTCGAGGATTTAAACTTCACGTGATCTGAGGTTCGAATCCCTCAT
CTAAGCTCAGCGAAGCAGTGAATTCGTGTCGAGAAGTTTGAAAGCTAACCAGCGGTGTGTCTCGAATGATACCCTCGGCCAGTGAGCTGTCTGTCCGCATGGACACTACTTGCAGCTCCTTGCTGCGAGAACTTCAGCATATTTGGGATGAGATTGGAGAAAGTGATGTCGAGAGGGACAAGATGCTTTTAGAACTGGAG
AAAGAGTGTTTGGAGGTTTACTGTAGGAAGGTGGACCAAGCTAGCCATGCAAGGGCACGGCTTCATCAGTCACTTGCAGACAAGGAAGCAGAGCTTGCATTTCTGATAGCTTCCATAGGAGACAGGAATCTTCACTCTCAGCCAGAGAAAATACCAGGAACCTTGAAAGAGCAGCTTGCAATCGTCACCCCACAATTAGA
AGAGTTGCGATTAAGAAAGGAGGAGCGCATTAAGCAGTTTGCAGAAGTGAAAGCGCAAATTCAAAAAATATCTGGAGAAATTTCAGGTTATTCCCATCGAAGTGATGTTGTTCTGAACTCAATCAATGGGGAAGAAGATGACTTGTCACTTAGAAAGTTAGATGAGTATCATGCACATCTTCAAGCACTCCAGAAAGAGA
AGAGTGACCGCCTTCGCAAGGTACTGGAATATATAAATGAGGTGCATGGACTTTGTGCGGTACTTGGTATGGACTTCTGGAAGACTGTCAGTGAAGTACATCCAAGTTTGCCTGAGTCAGCTCCTGGACAGACAAAAAACATTAGCAACGAGACATTGGAGGGATTATCGCAGACCATTCAGACATTGAAAGATGAAAAG
AAACTTAGAATTCAAAAATTGCAAGATCTTGGAACATCTTTGGTTGAACTTTGGAACCTGATGGATACTTCAATGGAAGAAAGAGAACGATTTAGAAATGTTGTATGCAATCTTGGTGCATTAGATAATGAAGTGACAGGCTCAGGTGCTCTTGCACTGGACATCATTGAGCAGGCGGAGGTAGAAGTTGAAAGATTGAA
TCTGCTGAAGGCAAGCAAAATGAAAGAATTAGTGTTGAAAAAGAGGATAGAGTTGGAGGAAATATGCAGACGAGCACATATGGAACCAGATGCCAGCACGGCACCAGAGAAGTCCAATGCTCTGATTGATGCTGGTATGGTGGACCCTTCTGAGCTTCTAGCTAATATTGAATCACAAATATTGAAAGCAAAGGAAGATG
TTGTAAGCAGGAAAGAAATTATGGATAAAATAGAAAAGTGGCTTGCAGCTTGTGAAGAGGAAAGCTGGCTTGAAGACTACAACAGGGATGAGAATAGATACAGTGCTAGCAAGGGAGCTCACATAAATCTCAAACGTGCAGAGCGGGCTCGAGTAACTGTGAACAAAATTCCTGCTCTTGTTGAGAATTTGAAGGCTAAA
ACACGTGCTTGGGAAGAAGAAAAAGGAATACCTTTTGTATATGATGGCGTACGGTTGCTGGCAATGCTCGAGGAGTATACCTTTGTGAGACAAGAAAGGGAGGAGCAAAAGAAACGGTTTCGGGATCAGAAGCGGTTACAAGAACAATTTCTAACAGAGCAGGAAGCTTTGTTTGGATCCAAACCCAGTCCAAATAAAAA
TCATAGCATTAAGAGAGTACAGGGTTTGCGAGCAAATGGAAGCACAACCCCCACAAATCGTCGCCTTTCACTTGGAGGTGCCATGCTTTCAGGAAATTTTGATCTTACTCCTCGGGTAAATGGGATCACTCCACGACATAATGGATTTGGCAAGGATAGCAGGAGGAGGCCTGCAGCACCATTGAATTATGTCGCAATAT
GTAAAGAAGATACAGTCTCACTTGCATCTGTGGGTGGGTCTGAGTTTGGTTCTCCCTAGGCTGGATGACTTCAATTTGTGTCAAATATGCTATGCCCCAAGgtcagcctttgttttgcggctagggacttgtaaatataacttgaatgtaaacactttgtttcctgcatttcttttcttggaggagttccataagaaact
ttgtgctattttctgtaaactatggtgttttgcattttaataataaatatgcacaatcttcaaataatgaatcaagttttgtttgcactctttagTTTGTTTTGCAGATGGTTGAGCTGAACTGGAAGTAATCATTCAGAGAAGGATCAATGATGGATTTTCTGGGGCTGGTCTGTACTTTTAGTACACTTGTACAATGT
AATTTGTACCAATATTTAGAGCTGGTGAATTAATCTTAGTGCCTAGGACCTCAGTTAACACACTCAACTTTTTAAAGAGATAGTTTAATGGCCTGAACCGTCACTTAATTTCATTGCACTGGTTCATGAAATTGCCATTTGTAGTTTGTACAGTTTAGGTCATTGCTTGTGAGACCTAAGGTTGGTTGACTTTTATGATT
GGAACTTTTCTTCTGTGAATTGATGTAATGTGGAATGGAAAGATTCGAGTCAGTACTCATTGTGGAGGAAAAGGCTCAGCATGATTATTGGATAGTTTAACGATTCTCTTGTTTGGTTGGAGATCTGAAAGGCAGGTGTGAGCCTGTTTGCTGGAGCTTCACTCTTTAAGTTGGTTAATCTTGGATTGGCTCTACTAAAA
ATCTTTTCTGGTATGTTGGGCATTTGTGAGATACGTACTAGTACTGTGTTAATATATGGTCGAATATATTTTAGCATGGGACCAATGTTTTTCTACGTAGTTGATTTGGATAGTTTTCTGAAGTTGGTGGATTCTCTCTTTATAATATGAAGAAAATAGTGTAATTATTTTTCTTTCATGGTTGGCCATGATGAACATGA
GCTGCAAGCTTATCTGTGGTTTTTGTTTATCTGGGATTTTCTTGAATGTGCAGTCAGATGTTTTGACTACAGGTAAAACCATTGCTTAGTGCATCCCAAAATAAATGTTATTTTGTTTGTTTTTCCTTGTGTGGGATTAAGAGAGATTGGG
Intron 7 GTATATTAGA ... TTTGGTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 4.99 | 203.4 | 10.8 | 15.8 |
| A2 | 2.45 | 202.5 | 5.2 | 11.7 |
| A3 | 2.51 | 289.1 | 7.6 | 19.6 |
| A4 | 4.08 | 109.3 | 4.7 | 9.2 |
| A5 | 4.64 | 109.4 | 5.3 | 9.3 |
| A6 | 2.16 | 361.8 | 8.2 | 19 |
| A7 | 2.62 | 902.6 | 25 | 49.9 |
| A8 | 2.62 | 615.1 | 17.1 | 39.2 |
| A9 | 2.13 | 781 | 17.7 | 56.1 |
| A10 | 4.09 | 761.4 | 33 | 47 |
>TRINITY_DN114292_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoformGTCGCAGTTTCAAACCTCGTGCATTAATGCAGGCGAATAAAAGAATGTGGGCGGTTTGACTGAAAGTATACAAATTAATACGGTGTCCATCTATCCGTTAAGGTTAAAACACAGCGGCCATTTAAAGACATTTTAGTGGGGTTTTTGAGTTTTATCTCGAGGATTTAAACTTCACGGTAAAATGTTTACCTGTCAAATGA
CTTGACTTGAGTCCTCCCGTCGCTTTATCTCGTCGCTGTGCAAAGCTTTTTCCGTAACATTTTATTTCTGTATTTTCTTGTTCTGCTTTTTCCAGTGATCTGAGGTTCGAATCCCTCATCTAAGCTCAGCGAAGCAGTGAATTCGTGTCGAGAAGTTTGAAAGCTAACCAGCGGTGTGTCTCGAATGATACCCTCGGCCA
GTGAGCTGTCTGTCCGCATGGACACTACTTGCAGCTCCTTGCTGCGAGAACTTCAGCATATTTGGGATGAGATTGGAGAAAGTGATGTCGAGAGGGACAAGATGCTTTTAGAACTGGAGAAAGAGTGTTTGGAGGTTTACTGTAGGAAGGTGGACCAAGCTAGCCATGCAAGGGCACGGCTTCATCAGTCACTTGCAGAC
AAGGAAGCAGAGCTTGCATTTCTGATAGCTTCCATAGGAGACAGGAATCTTCACTCTCAGCCAGAGAAAATACCAGGAACCTTGAAAGAGCAGCTTGCAATCGTCACCCCACAATTAGAAGAGTTGCGATTAAGAAAGGAGGAGCGCATTAAGCAGTTTGCAGAAGTGAAAGCGCAAATTCAAAAAATATCTGGAGAAAT
TTCAGGTTATTCCCATCGAAGTGATGTTGTTCTGAACTCAATCAATGGGGAAGAAGATGACTTGTCACTTAGAAAGTTAGATGAGTATCATGCACATCTTCAAGCACTCCAGAAAGAGAAGAGTGACCGCCTTCGCAAGGTACTGGAATATATAAATGAGGTGCATGGACTTTGTGCGGTACTTGGTATGGACTTCTGGA
AGACTGTCAGTGAAGTACATCCAAGTTTGCCTGAGTCAGCTCCTGGACAGACAAAAAACATTAGCAACGAGACATTGGAGGGATTATCGCAGACCATTCAGACATTGAAAGATGAAAAGAAACTTAGAATTCAAAAATTGCAAGATCTTGGAACATCTTTGGTTGAACTTTGGAACCTGATGGATACTTCAATGGAAGAA
AGAGAACGATTTAGAAATGTTGTATGCAATCTTGGTGCATTAGATAATGAAGTGACAGGCTCAGGTGCTCTTGCACTGGACATCATTGAGCAGGCGGAGGTAGAAGTTGAAAGATTGAATCTGCTGAAGGCAAGCAAAATGAAAGAATTAGTGTTGAAAAAGAGGATAGAGTTGGAGGAAATATGCAGACGAGCACATAT
GGAACCAGATGCCAGCACGGCACCAGAGAAGTCCAATGCTCTGATTGATGCTGGTATGGTGGACCCTTCTGAGCTTCTAGCTAATATTGAATCACAAATATTGAAAGCAAAGGAAGATGTTGTAAGCAGGAAAGAAATTATGGATAAAATAGAAAAGTGGCTTGCAGCTTGTGAAGAGGAAAGCTGGCTTGAAGACTACA
ACAGGGATGAGAATAGATACAGTGCTAGCAAGGGAGCTCACATAAATCTCAAACGTGCAGAGCGGGCTCGAGTAACTGTGAACAAAATTCCTGCTCTTGTTGAGAATTTGAAGGCTAAAACACGTGCTTGGGAAGAAGAAAAAGGAATACCTTTTGTATATGATGGCGTACGGTTGCTGGCAATGCTCGAGGAGTATACC
TTTGTGAGACAAGAAAGGGAGGAGCAAAAGAAACGGTTTCGGGTATTTATTCCGGGATGTCTTAGCATTCTGAAATTCTAATTTACTAGAACTACTTAAACATGACTTTGCATATTAAATTGTTTATTCACAGGATCAGAAGCGGTTACAAGAACAATTTCTAACAGAGCAGGAAGCTTTGTTTGGATCCAAACCCAGTC
CAAATAAAAATCATAGCATTAAGAGAGTACAGGGTTTGCGAGCAAATGGAAGCACAACCCCCACAAATCGTCGCCTTTCACTTGGAGGTGCCATGCTTTCAGGAAATTTTGATCTTACTCCTCGGGTAAATGGGATCACTCCACGACATAATGGATTTGGCAAGGATAGCAGGAGGAGGCCTGCAGCACCATTGAATTAT
GTCGCAATATGTAAAGAAGATACAGTCTCACTTGCATCTGTGGGTGGGTCTGAGTTTGGTTCTCCCTAGGCTGGATGACTTCAATTTGTGTCAAATATGCTATGCCCCAAGTTTGTTTTGCAGATGGTTGAGCTGAACTGGAAGTAATCATTCAGAGAAGGATCAATGATGGATTTTCTGGGGCTGGTCTGTACTTTTAG
TACACTTGTACAATGTAATTTGTACCAATATTTAGAGCTGGTGAATTAATCTTAGTGCCTAGGACCTCAGTTAACACACTCAACTTTTTAAAGAGATAGTTTAATGGCCTGAACCGTCACTTAATTTCATTGCACTGGTTCATGAAATTGCCATTTGTAGTTTGTACAGTTTAGGTCATTGCTTGTGAGACCTAAGGTTG
GTTGACTTTTATGATTGGAACTTTTCTTCTGTGAATTGATGTAATGTGGAATGGAAAGATTCGAGTCAGTACTCATTGTGGAGGAAAAGGCTCAGCATGATTATTGGATAGTTTAACGATTCTCTTGTTTGGTTGGAGATCTGAAAGGCAGGTGTGAGCCTGTTTGCTGGAGCTTCACTCTTTAAGTTGGTTAATCTTGG
ATTGGCTCTACTAAAAATCTTTTCTGGTATGTTGGGCATTTGTGAGATACGTACTAGTACTGTGTTAATATATGGTCGAATATATTTTAGCATGGGACCAATGTTTTTCTACGTAGTTGATTTGGATAGTTTTCTGAAGTTGGTGGATTCTCTCTTTATAATATGAAGAAAATAGTGTAATTATTTTTCTTTCATGGTTG
GCCATGATGAACATGAGCTGCAAGCTTATCTGTGGTTTTTGTTTATCTGGGATTTTCTTGAATGTGCAGTCAGATGTTTTGACTACAGGTAAAACCATTGCTTAGTGCATCCCAAAATAAATGTTATTTTGTTTGTTTTTCCTTGTGTGGGATTAAGAGAGATTGGG
>TRINITY_DN114292_c0_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTCGCAGTTTCAAACCTCGTGCATTAATGCAGGCGAATAAAAGAATGTGGGCGGTTTGACTGAAAGTATACAAATTAATACGGTGTCCATCTATCCGTTAAGGTTAAAACACAGCGGCCATTTAAAGACATTTTAGTGGGGTTTTTGAGTTTTATCTCGAGGATTTAAACTTCACGGTAAAATGTTTACCTGTCAAATGA
CTTGACTTGAGTCCTCCCGTCGCTTTATCTCGTCGCTGTGCAAAGCTTTTTCCGTAACATTTTATTTCTGTATTTTCTTGTTCTGCTTTTTCCAGTGATCTGAGGTTCGAATCCCTCATCTAAGCTCAGCGAAGCAGTGAATTCGTGTCGAGAAGTTTGAAAGCTAACCAGCGGTGTGTCTCGAATGATACCCTCGGCCA
GTGAGCTGTCTGTCCGCATGGACACTACTTGCAGCTCCTTGCTGCGAGAACTTCAGCATATTTGGGATGAGATTGGAGAAAGTGATGTCGAGAGGGACAAGATGCTTTTAGAACTGGAGAAAGAGTGTTTGGAGGTTTACTGTAGGAAGGTGGACCAAGCTAGCCATGCAAGGGCACGGCTTCATCAGTCACTTGCAGAC
AAGGAAGCAGAGCTTGCATTTCTGATAGCTTCCATAGGAGACAGGAATCTTCACTCTCAGCCAGAGAAAATACCAGGAACCTTGAAAGAGCAGCTTGCAATCGTCACCCCACAATTAGAAGAGTTGCGATTAAGAAAGGAGGAGCGCATTAAGCAGTTTGCAGAAGTGAAAGCGCAAATTCAAAAAATATCTGGAGAAAT
TTCAGGTTATTCCCATCGAAGTGATGTTGTTCTGAACTCAATCAATGGGGAAGAAGATGACTTGTCACTTAGAAAGTTAGATGAGTATCATGCACATCTTCAAGCACTCCAGAAAGAGAAGAGTGACCGCCTTCGCAAGGTACTGGAATATATAAATGAGGTGCATGGACTTTGTGCGGTACTTGGTATGGACTTCTGGA
AGACTGTCAGTGAAGTACATCCAAGTTTGCCTGAGTCAGCTCCTGGACAGACAAAAAACATTAGCAACGAGACATTGGAGGGATTATCGCAGACCATTCAGACATTGAAAGATGAAAAGAAACTTAGAATTCAAAAATTGCAAGATCTTGGAACATCTTTGGTTGAACTTTGGAACCTGATGGATACTTCAATGGAAGAA
AGAGAACGATTTAGAAATGTTGTATGCAATCTTGGTGCATTAGATAATGAAGTGACAGGCTCAGGTGCTCTTGCACTGGACATCATTGAGCAGGCGGAGGTAGAAGTTGAAAGATTGAATCTGCTGAAGGCAAGCAAAATGAAAGAATTAGTGTTGAAAAAGAGGATAGAGTTGGAGGAAATATGCAGACGAGCACATAT
GGAACCAGATGCCAGCACGGCACCAGAGAAGTCCAATGCTCTGATTGATGCTGGTATGGTGGACCCTTCTGAGCTTCTAGCTAATATTGAATCACAAATATTGAAAGCAAAGGAAGATGTTGTAAGCAGGAAAGAAATTATGGATAAAATAGAAAAGTGGCTTGCAGCTTGTGAAGAGGAAAGCTGGCTTGAAGACTACA
ACAGGGTAATCAGTAAATTTTATATGGAGTTTAACAGACTGATTCTTTTCAAGCAATGGATAGTTTGTGGGGTTTGCTGATTACGAAACTGATCAAACTGATTATAGACAATTAATGACTTTGTAAATAGGATGAGAATAGATACAGTGCTAGCAAGGGAGCTCACATAAATCTCAAACGTGCAGAGCGGGCTCGAGTAA
CTGTGAACAAAATTCCTGgtatattagagatctgaactcatccaaaatggtaatgtttattgttccaggttttttagcaattgacattttgctggtgcattttggtccagCTCTTGTTGAGAATTTGAAGGCTAAAACACGTGCTTGGGAAGAAGAAAAAGGAATACCTTTTGTATATGATGGCGTGAGTCAAACCTGTT
CTGTTAACTATATATATCTTTCTTGTTGTCTATATGTTTTTCAGTTTTTTTTCTATGTTCCAATAGTGGTTATATTATTTCAAAAAATGCAGGTACGGTTGCTGGCAATGCTCGAGGAGTATACCTTTGTGAGACAAGAAAGGGAGGAGCAAAAGAAACGGTTTCGGG
Intron 8 GTATTGGCCT ... GGAAGTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.21 | 288 | 92 | 45 |
| A2 | 18.83 | 250 | 75 | 41 |
| A3 | 16.57 | 282 | 74 | 38 |
| A4 | 16.23 | 129 | 36 | 14 |
| A5 | 19.59 | 117 | 36 | 21 |
| A6 | 16 | 326 | 78.2 | 46 |
| A7 | 17.61 | 885 | 227.2 | 151 |
| A8 | 19.19 | 661 | 198 | 116 |
| A9 | 18.46 | 769 | 202.2 | 146 |
| A10 | 16.24 | 843 | 214 | 113 |
>TRINITY_DN41806_c0_g1_i10 from sample A8 / Example spliced isoformGGCGGTTTGACTGAAAGTATACAAATTAATACGGTGTCCATCTATCCGTTAAGGTTAAAACACAGCGGCCATTTAAAGACATTTTAGTGGGGTTTTTGAGTTTTATCTCGAGGATTTAAACTTCACGGTAAAATGTTTACCTGTCAAATGACTTGACTTGAGTCCTCCCGTCGCTTTATCTCGTCGCTGTGCAAAGCTTT
TTCCGTAACATTTTATTTCTGTATTTTCTTGTTCTGCTTTTTCCAGTGATCTGAGGTTCGAATCCCTCATCTAAGCTCAGCGAAGCAGTGAATTCGTGTCGAGAAGTTTGAAAGCTAACCAGCGGTGTGTCTCGAATGATACCCTCGGCCAGTGAGCTGTCTGTCCGCATGGACACTACTTGCAGCTCCTTGCTGCGAGA
ACTTCAGCATATTTGGGATGAGATTGGAGAAAGTGATGTCGAGAGGGACAAGATGCTTTTAGAACTGGAGAAAGAGTGTTTGGAGGTTTACTGTAGGAAGGTGGACCAAGCTAGCCATGCAAGGGCACGGCTTCATCAGTCACTTGCAGACAAGGAAGCAGAGCTTGCATTTCTGATAGCTTCCATAGGAGACAGGAATC
TTCACTCTCAGCCAGAGAAAATACCAGGAACCTTGAAAGAGCAGCTTGCAATCGTCACCCCACAATTAGAAGAGTTGCGATTAAGAAAGGAGGAGCGCATTAAGCAGTTTGCAGAAGTGAAAGCGCAAATTCAAAAAATATCTGGAGAAATTTCAGGTTATTCCCATCGAAGTGATGTTGTTCTGAACTCAATCAATGGG
GAAGAAGATGACTTGTCACTTAGAAAGTTAGATGAGTATCATGCACATCTTCAAGCACTCCAGAAAGAGAAGAGTGACCGCCTTCGCAAGGTACTGGAATATATAAATGAGGTGCATGGACTTTGTGCGGTACTTGGTATGGACTTCTGGAAGACTGTCAGTGAAGTACATCCAAGTTTGCCTGAGTCAGCTCCTGGACA
GACAAAAAACATTAGCAACGAGACATTGGAGGGATTATCGCAGACCATTCAGACATTGAAAGATGAAAAGAAACTTAGAATTCAAAAATTGCAAGATCTTGGAACATCTTTGGTTGAACTTTGGAACCTGATGGATACTTCAATGGAAGAAAGAGAACGATTTAGAAATGTTGTATGCAATCTTGGTGCATTAGATAATG
AAGTGACAGGCTCAGGTGCTCTTGCACTGGACATCATTGAGCAGGCGGAGGTAGAAGTTGAAAGATTGAATCTGCTGAAGGCAAGCAAAATGAAAGAATTAGTGTTGAAAAAGAGGATAGAGTTGGAGGAAATATGCAGACGAGCACATATGGAACCAGATGCCAGCACGGCACCAGAGAAGTCCAATGCTCTGATTGAT
GCTGGTATGGTGGACCCTTCTGAGCTTCTAGCTAATATTGAATCACAAATATTGAAAGCAAAGGAAGATGTTGTAAGCAGGAAAGAAATTATGGATAAAATAGAAAAGTGGCTTGCAGCTTGTGAAGAGGAAAGCTGGCTTGAAGACTACAACAGGGATGAGAATAGATACAGTGCTAGCAAGGGAGCTCACATAAATCT
CAAACGTGCAGAGCGGGCTCGAGTAACTGTGAACAAAATTCCTGCTCTTGTTGAGAATTTGAAGGCTAAAACACGTGCTTGGGAAGAAGAAAAAGGAATACCTTTTGTATATGATGGCGTGAGTCAAACCTGTTCTGTTAACTATATATATCTTTCTTGTTGTCTATATGTTTTTCAGTTTTTTTTCTATGTTCCAATAG
TGGTTATATTATTTCAAAAAATGCAGGTACGGTTGCTGGCAATGCTCGAGGAGTATACCTTTGTGAGACAAGAAAGGGAGGAGCAAAAGAAACGGTTTCGGGTATTTATTCCGGGATGTCTTAGCATTCTGAAATTCTAATTTACTAGAACTACTTAAACATGACTTTGCATATTAAATTGTTTATTCACAGGATCAGAA
GCGGTTACAAGAACAATTTCTAACAGAGCAGGAAGCTTTGTTTGGATCCAAACCCAGTCCAAATAAAAATCATAGCATTAAGAGAGTACAGGGTTTGCGAGCAAATGGAAGCACAACCCCCACAAATCGTCGCCTTTCACTTGGAGGTGCCATGCTTTCAGGAAATTTTGATCTTACTCCTCGGGTAAATGGGATCACTC
CACGACATAATGGATTTGGCAAGGATAGCAGGAGGAGGCCTGCAGCACCATTGAATTATGTCGCAATATGTAAAGAAGATACAGTCTCACTTGCATCTGTGGGTGGGTCTGAGTTTGGTTCTCCCTAGGCTGGATGACTTCAATTTGTGTCAAATATGCTATGCCCCAAGTTTGTTTTGCAGATGGTTGAGCTGAACTGG
AAGTAATCATTCAGAGAAGGATCAATGATGGATTTTCTGGGGCTGGTCTGTACTTTTAGTACACTTGTACAATGTAATTTGTACCAATATTTAGAGCTGGTGAATTAATCTTAGTGCCTAGGACCTCAGTTAACACACTCAACTTTTTAAAGAGATAGTTTAATGGCCTGAACCGTCACTTAATTTCATTGCACTGGTTC
ATGAAATTGCCATTTGTAGTTTGTACAGTTTAGGTCATTGCTTGTGAGACCTAAGGTTGGTTGACTTTTATGATTGGAACTTTTCTTCTGTGAATTGATGTAATGTGGAATGGAAAGATTCGAGTCAGTACTCATTGTGGAGGAAAAGGCTCAGCATGATTATTGGATAGTTTAACGATTCTCTTGTTTGGTTGGAGATC
TGAAAGGCAGGTGTGAGCCTGTTTGCTGGAGCTTCACTCTTTAAGTTGGTTAATCTTGGATTGGCTCTACTAAAAATCTTTTCTGGTATGTTGGGCATTTGTGAGATACGTACTAGTACTGTGTTAATATATGGTCGAATATATTTTAGCATGGGACCAATGTTTTTCTACGTAGTTGATTTGGATAGTTTTCTGAAGTT
GGTGGATTCTCTCTTTATAATATGAAGAAAATAGTGTAATTATTTTTCTTTCATGGTTGGCCATGATGAACATGAGCTGCAAGCTTATCTGTGGTTTTTGTTTATCTGGGATTTTCTTGAATGTGCAGTCAGATGTTTTGACTACAGGTAAAACCATTGCTTAGTGCATCCCAAAATAAATGTTATTTTGTTTGTTTTTC
CTTGTGTGGGATTAAGAGAGATTGGGGGGTCAGGGTTGGGGCGGGGGTTCAAAGTCCACTTCGAATGCACTCCCACGGTTGTCATTCTGTTCCAATAAGCTGGTCAACTTAACATGCGCAATTAGCTAGTTTAGAATTTAAAGTTGTTTAGTGTCTCGTGATGGCAATGTGGAAATCCATTAGACTGTGGGTAGTGAAGT
GATTGATGCAAGTTGTTTTTCTTCTGTAAGTAATGCAACTTTGATGATGACATTATTGGACGACAGAAAATTCCATATTCGATGGTATTGCTACTTTATACAAGCTTAGGTAACTCTGCATGTTTAACGAATGTAAAAGTTTGTGCACATGATTTCCAAATAAAAATTGGCTTTTTAATTGTGTTGCAGGTTAATTGATG
AGTCTAGTGAATATTGTTATTGGCAAACATAAATGTAACATTAGATTTGTACATTTATATGTATATTGTTTCCAAGCATTGGAAATTGGAAACGGGAAACAGGAAATATGTTTTGAGAAACGGCAACAGGAAGGATCGAAGTGTATCAGATCCTTTGGTATAGTTTGTGATTGGAAACATGAATAATTTATTTTACATGG
TTTTGCTATAAAATTTCCAAACAAATCACTGTTGCTCTGTTGAAAACTTCAGAACTTGGAAGAGGGAGTTCTATCTCTTCAAATGGATTTTACGTTATGTGCTAGAGCTTGTGGACATGACGTTTTTTGGGGTGACAAGGAAAAGGTGAAACTCTGTTGGGAACTGCTGGCAGTGTCCAGATATGCTTGGGAAACTGCTA
TAGATGTTTCTGGAAACTGTAGGAAATTTGAGCAATTTCCCGAATGGTTTTGGCGATTGGAAGCATTTTAGACTTGAAAAATGGGTTTATTGCTTGTCACAGATGGTATTTAAGTGATTCACTGTATCTATATTTCCAGAAACTTTAAAAAATAGTTTTTAGTATGGACGGTTGCACATAGCTTTCCACATGCTTATGAA
TTGTTGGTAGA
>TRINITY_DN41806_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:GGCGGTTTGACTGAAAGTATACAAATTAATACGGTGTCCATCTATCCGTTAAGGTTAAAACACAGCGGCCATTTAAAGACATTTTAGTGGGGTTTTTGAGTTTTATCTCGAGGATTTAAACTTCACGGTAAAATGTTTACCTGTCAAATGACTTGACTTGAGTCCTCCCGTCGCTTTATCTCGTCGCTGTGCAAAGCTTT
TTCCGTAACATTTTATTTCTGTATTTTCTTGTTCTGCTTTTTCCAGTGATCTGAGGTTCGAATCCCTCATCTAAGCTCAGCGAAGCAGTGAATTCGTGTCGAGAAGTTTGAAAGCTAACCAGCGGTGTGTCTCGAATGATACCCTCGGCCAGTGAGCTGTCTGTCCGCATGGACACTACTTGCAGCTCCTTGCTGCGAGA
ACTTCAGCATATTTGGGATGAGATTGGAGAAAGTGATGTCGAGAGGGACAAGATGCTTTTAGAACTGGAGAAAGAGTGTTTGGAGGTTTACTGTAGGAAGGTGGACCAAGCTAGCCATGCAAGGGCACGGCTTCATCAGTCACTTGCAGACAAGGAAGCAGAGCTTGCATTTCTGATAGCTTCCATAGGAGACAGGAATC
TTCACTCTCAGCCAGAGAAAATACCAGGAACCTTGAAAGAGCAGCTTGCAATCGTCACCCCACAATTAGAAGAGTTGCGATTAAGAAAGGAGGAGCGCATTAAGCAGTTTGCAGAAGTGAAAGCGCAAATTCAAAAAATATCTGGAGAAATTTCAGGTTATTCCCATCGAAGTGATGTTGTTCTGAACTCAATCAATGGG
GAAGAAGATGACTTGTCACTTAGAAAGTTAGATGAGTATCATGCACATCTTCAAGCACTCCAGAAAGAGAAGAGTGACCGCCTTCGCAAGGTACTGGAATATATAAATGAGGTGCATGGACTTTGTGCGGTACTTGGTATGGACTTCTGGAAGACTGTCAGTGAAGTACATCCAAGTTTGCCTGAGTCAGCTCCTGGACA
GACAAAAAACATTAGCAACGAGACATTGGAGGGATTATCGCAGACCATTCAGACATTGAAAGATGAAAAGAAACTTAGAATTCAAAAATTGCAAGATCTTGGAACATCTTTGGTTGAACTTTGGAACCTGATGGATACTTCAATGGAAGAAAGAGAACGATTTAGAAATGTTGTATGCAATCTTGGTGCATTAGATAATG
AAGTGACAGGCTCAGGTGCTCTTGCACTGGACATCATTGAGCAGGCGGAGGTAGAAGTTGAAAGATTGAATCTGCTGAAGGCAAGCAAAATGAAAGAATTAGTGTTGAAAAAGAGGATAGAGTTGGAGGAAATATGCAGACGAGCACATATGGAACCAGATGCCAGCACGGCACCAGAGAAGTCCAATGCTCTGATTGAT
GCTGgtattggcctttacttgctctagttaaaatgtatgagttctatgtggattaaatttattgtataagtttgttcctgtctaattaatttttggaagtgtagGTATGGTGGACCCTTCTGAGCTTCTAGCTAATATTGAATCACAAATATTGAAAGCAAAGGAAGATGTTGTAAGCAGGAAAGAAATTATGGATAAAA
TAGAAAAGTGGCTTGCAGCTTGTGAAGAGGAAAGCTGGCTTGAAGACTACAACAGGGATGAGAATAGATACAGTGCTAGCAAGGGAGCTCACATAAATCTCAAACGTGCAGAGCGGGCTCGAGTAACTGTGAACAAAATTCCTGCTCTTGTTGAGAATTTGAAGGCTAAAACACGTGCTTGGGAAGAAGAAAAAGGAATA
CCTTTTGTATATGATGGCGTGAGTCAAACCTGTTCTGTTAACTATATATATCTTTCTTGTTGTCTATATGTTTTTCAGTTTTTTTTCTATGTTCCAATAGTGGTTATATTATTTCAAAAAATGCAGGTACGGTTGCTGGCAATGCTCGAGGAGTATACCTTTGTGAGACAAGAAAGGGAGGAGCAAAAGAAACGGTTTCG
GGTATTTATTCCGGGATGTCTTAGCATTCTGAAATTCTAATTTACTAGAACTACTTAAACATGACTTTGCATATTAAATTGTTTATTCACAGGATCAGAAGCGGTTACAAGAACAATTTCTAACAGAGCAGGAAGCTTTGTTTGGATCCAAACCCAGTCCAAATAAAAATCATAGCATTAAGAGAGTACAGGGTTTGCGA
GCAAATGGAAGCACAACCCCCACAAATCGTCGCCTTTCACTTGGAGGTGCCATGCTTTCAGGAAATTTTGATCTTACTCCTCGGGTAAATGGGATCACTCCACGACATAATGGATTTGGCAAGGATAGCAGGAGGAGGCCTGCAGCACCATTGAATTATGTCGCAATATGTAAAGAAGATACAGTCTCACTTGCATCTGT
GGGTGGGTCTGAGTTTGGTTCTCCCTAGGCTGGATGACTTCAATTTGTGTCAAATATGCTATGCCCCAAGGTCAGCCTTTGTTTTGCGGCTAGGGACTTGTAAATATAACTTGAATGTAAACACTTTGTTTCCTGCATTTCTTTTCTTGGAGGAGTTCCATAAGAAACTTTGTGCTATTTTCTGTAAACTATGGTGTTTT
GCATTTTAATAATAAATATGCACAATCTTCAAATAATGAATCAAGTTTTGTTTGCACTCTTTAGTTTGTTTTGCAGATGGTTGAGCTGAACTGGAAGTAATCATTCAGAGAAGGATCAATGATGGATTTTCTGGGGCTGGTCTGTACTTTTAGTACACTTGTACAATGTAATTTGTACCAATATTTAGAGCTGGTGAATT
AATCTTAGTGCCTAGGACCTCAGTTAACACACTCAACTTTTTAAAGAGATAGTTTAATGGCCTGAACCGTCACTTAATTTCATTGCACTGGTTCATGAAATTGCCATTTGTAGTTTGTACAGTTTAGGTCATTGCTTGTGAGACCTAAGGTTGGTTGACTTTTATGATTGGAACTTTTCTTCTGTGAATTGATGTAATGT
GGAATGGAAAGATTCGAGTCAGTACTCATTGTGGAGGAAAAGGCTCAGCATGATTATTGGATAGTTTAACGATTCTCTTGTTTGGTTGGAGATCTGAAAGGCAGGTGTGAGCCTGTTTGCTGGAGCTTCACTCTTTAAGTTGGTTAATCTTGGATTGGCTCTACTAAAAATCTTTTCTGGTATGTTGGGCATTTGTGAGA
TACGTACTAGTACTGTGTTAATATATGGTCGAATATATTTTAGCATGGGACCAATGTTTTTCTACGTAGTTGATTTGGATAGTTTTCTGAAGTTGGTGGATTCTCTCTTTATAATATGAAGAAAATAGTGTAATTATTTTTCTTTCATGGTTGGCCATGATGAACATGAGCTGCAAGCTTATCTGTGGTTTTTGTTTATC
TGGGATTTTCTTGAATGTGCAGTCAGATGTTTTGACTACAGGTAAAACCATTGCTTAGTGCATCCCAAAATAAATGTTATTTTGTTTGTTTTTCCTTGTGTGGGATTAAGAGAGATTGGGGGGTCAGGGTTGGGGCGGGGGTTCAAAGTCCACTTCGAATGCACTCCCACGGTTGTCATTCTGTTCCAATAAGCTGGTCA
ACTTAACATGCGCAATTAGCTAGTTTAGAATTTAAAGTTGTTTAGTGTCTCGTGATGGCAATGTGGAAATCCATTAGACTGTGGGTAGTGAAGTGATTGATGCAAGTTGTTTTTCTTCTGTAAGTAATGCAACTTTGATGATGACATTATTGGACGACAGAAAATTCCATATTCGATGGTATTGCTACTTTATACAAGCT
TAGGTAACTCTGCATGTTTAACGAATGTAAAAGTTTGTGCACATGATTTCCAAATAAAAATTGGCTTTTTAATTGTGTTGCAGGTTAATTGATGAGTCTAGTGAATATTGTTATTGGCAAACATAAATGTAACATTAGATTTGTACATTTATATGTATATTGTTTCCAAGCATTGGAAATTGGAAACGGGAAACAGGAAA
TATGTTTTGAGAAACGGCAACAGGAAGGATCGAAGTGTATCAGATCCTTTGGTATAGTTTGTGATTGGAAACATGAATAATTTATTTTACATGGTTTTGCTATAAAATTTCCAAACAAATCACTGTTGCTCTGTTGAAAACTTCAGAACTTGGAAGAGGGAGTTCTATCTCTTCAAATGGATTTTACGTTATGTGCTAGA
GCTTGTGGACATGACGTTTTTTGGGGTGACAAGGAAAAGGTGAAACTCTGTTGGGAACTGCTGGCAGTGTCCAGATATGCTTGGGAAACTGCTATAGATGTTTCTGGAAACTGTAGGAAATTTGAGCAATTTCCCGAATGGTTTTGGCGATTGGAAGCATTTTAGACTTGAAAAATGGGTTTATTGCTTGTCACAGATGG
TATTTAAGTGATTCACTGTATCTATATTTCCAGAAACTTTAAAAAATAGTTTTTAGTATGGACGGTTGCACATAGCTTTCCACATGCTTATGAATTGTTGGTAGA
Intron 9 GTAAACACTT ... CACTCTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 47.5 | 42 | 13 | 38 |
| A2 | 48.65 | 38 | 12 | 36 |
| A3 | 48.61 | 37 | 6 | 35 |
| A4 | 51.32 | 37 | 6 | 39 |
| A5 | 51.85 | 13 | 6 | 14 |
| A6 | 48.98 | 200 | 47 | 192 |
| A7 | 48.88 | 205 | 45 | 196 |
| A8 | 48.08 | 243 | 57 | 225 |
| A9 | 48.7 | 217 | 79 | 206 |
| A10 | 48.75 | 184 | 21 | 175 |
>TRINITY_DN114292_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformGTCGCAGTTTCAAACCTCGTGCATTAATGCAGGCGAATAAAAGAATGTGGGCGGTTTGACTGAAAGTATACAAATTAATACGGTGTCCATCTATCCGTTAAGGTTAAAACACAGCGGCCATTTAAAGACATTTTAGTGGGGTTTTTGAGTTTTATCTCGAGGATTTAAACTTCACGGTAAAATGTTTACCTGTCAAATGA
CTTGACTTGAGTCCTCCCGTCGCTTTATCTCGTCGCTGTGCAAAGCTTTTTCCGTAACATTTTATTTCTGTATTTTCTTGTTCTGCTTTTTCCAGTGATCTGAGGTTCGAATCCCTCATCTAAGCTCAGCGAAGCAGTGAATTCGTGTCGAGAAGTTTGAAAGCTAACCAGCGGTGTGTCTCGAATGATACCCTCGGCCA
GTGAGCTGTCTGTCCGCATGGACACTACTTGCAGCTCCTTGCTGCGAGAACTTCAGCATATTTGGGATGAGATTGGAGAAAGTGATGTCGAGAGGGACAAGATGCTTTTAGAACTGGAGAAAGAGTGTTTGGAGGTTTACTGTAGGAAGGTGGACCAAGCTAGCCATGCAAGGGCACGGCTTCATCAGTCACTTGCAGAC
AAGGAAGCAGAGCTTGCATTTCTGATAGCTTCCATAGGAGACAGGAATCTTCACTCTCAGCCAGAGAAAATACCAGGAACCTTGAAAGAGCAGCTTGCAATCGTCACCCCACAATTAGAAGAGTTGCGATTAAGAAAGGAGGAGCGCATTAAGCAGTTTGCAGAAGTGAAAGCGCAAATTCAAAAAATATCTGGAGAAAT
TTCAGGTTATTCCCATCGAAGTGATGTTGTTCTGAACTCAATCAATGGGGAAGAAGATGACTTGTCACTTAGAAAGTTAGATGAGTATCATGCACATCTTCAAGCACTCCAGAAAGAGAAGAGTGACCGCCTTCGCAAGGTACTGGAATATATAAATGAGGTGCATGGACTTTGTGCGGTACTTGGTATGGACTTCTGGA
AGACTGTCAGTGAAGTACATCCAAGTTTGCCTGAGTCAGCTCCTGGACAGACAAAAAACATTAGCAACGAGACATTGGAGGGATTATCGCAGACCATTCAGACATTGAAAGATGAAAAGAAACTTAGAATTCAAAAATTGCAAGATCTTGGAACATCTTTGGTTGAACTTTGGAACCTGATGGATACTTCAATGGAAGAA
AGAGAACGATTTAGAAATGTTGTATGCAATCTTGGTGCATTAGATAATGAAGTGACAGGCTCAGGTGCTCTTGCACTGGACATCATTGAGCAGGCGGAGGTAGAAGTTGAAAGATTGAATCTGCTGAAGGCAAGCAAAATGAAAGAATTAGTGTTGAAAAAGAGGATAGAGTTGGAGGAAATATGCAGACGAGCACATAT
GGAACCAGATGCCAGCACGGCACCAGAGAAGTCCAATGCTCTGATTGATGCTGGTATGGTGGACCCTTCTGAGCTTCTAGCTAATATTGAATCACAAATATTGAAAGCAAAGGAAGATGTTGTAAGCAGGAAAGAAATTATGGATAAAATAGAAAAGTGGCTTGCAGCTTGTGAAGAGGAAAGCTGGCTTGAAGACTACA
ACAGGGATGAGAATAGATACAGTGCTAGCAAGGGAGCTCACATAAATCTCAAACGTGCAGAGCGGGCTCGAGTAACTGTGAACAAAATTCCTGCTCTTGTTGAGAATTTGAAGGCTAAAACACGTGCTTGGGAAGAAGAAAAAGGAATACCTTTTGTATATGATGGCGTACGGTTGCTGGCAATGCTCGAGGAGTATACC
TTTGTGAGACAAGAAAGGGAGGAGCAAAAGAAACGGTTTCGGGATCAGAAGCGGTTACAAGAACAATTTCTAACAGAGCAGGAAGCTTTGTTTGGATCCAAACCCAGTCCAAATAAAAATCATAGCATTAAGAGAGTACAGGGTTTGCGAGCAAATGGAAGCACAACCCCCACAAATCGTCGCCTTTCACTTGGAGGTGC
CATGCTTTCAGGAAATTTTGATCTTACTCCTCGGGTAAATGGGATCACTCCACGACATAATGGATTTGGCAAGGATAGCAGGAGGAGGCCTGCAGCACCATTGAATTATGTCGCAATATGTAAAGAAGATACAGTCTCACTTGCATCTGTGGGTGGGTCTGAGTTTGGTTCTCCCTAGGCTGGATGACTTCAATTTGTGT
CAAATATGCTATGCCCCAAGGTCAGCCTTTGTTTTGCGGCTAGGGACTTGTAAATATAACTTGAATTTTGTTTTGCAGATGGTTGAGCTGAACTGGAAGTAATCATTCAGAGAAGGATCAATGATGGATTTTCTGGGGCTGGTCTGTACTTTTAGTACACTTGTACAATGTAATTTGTACCAATATTTAGAGCTGGTGAA
TTAATCTTAGTGCCTAGGACCTCAGTTAACACACTCAACTTTTTAAAGAGATAGTTTAATGGCCTGAACCGTCACTTAATTTCATTGCACTGGTTCATGAAATTGCCATTTGTAGTTTGTACAGTTTAGGTCATTGCTTGTGAGACCTAAGGTTGGTTGACTTTTATGATTGGAACTTTTCTTCTGTGAATTGATGTAAT
GTGGAATGGAAAGATTCGAGTCAGTACTCATTGTGGAGGAAAAGGCTCAGCATGATTATTGGATAGTTTAACGATTCTCTTGTTTGGTTGGAGATCTGAAAGGCAGGTGTGAGCCTGTTTGCTGGAGCTTCACTCTTTAAGTTGGTTAATCTTGGATTGGCTCTACTAAAAATCTTTTCTGGTATGTTGGGCATTTGTGA
GATACGTACTAGTACTGTGTTAATATATGGTCGAATATATTTTAGCATGGGACCAATGTTTTTCTACGTAGTTGATTTGGATAGTTTTCTGAAGTTGGTGGATTCTCTCTTTATAATATGAAGAAAATAGTGTAATTATTTTTCTTTCATGGTTGGCCATGATGAACATGAGCTGCAAGCTTATCTGTGGTTTTTGTTTA
TCTGGGATTTTCTTGAATGTGCAGTCAGATGTTTTGACTACAGGTAAAACCATTGCTTAGTGCATCCCAAAATAAATGTTATTTTGTTTGTTTTTCCTTGTGTGGGATTAAGAGAGATTGGG
>TRINITY_DN114292_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTCGCAGTTTCAAACCTCGTGCATTAATGCAGGCGAATAAAAGAATGTGGGCGGTTTGACTGAAAGTATACAAATTAATACGGTGTCCATCTATCCGTTAAGGTTAAAACACAGCGGCCATTTAAAGACATTTTAGTGGGGTTTTTGAGTTTTATCTCGAGGATTTAAACTTCACGGTAAAATGTTTACCTGTCAAATGA
CTTGACTTGAGTCCTCCCGTCGCTTTATCTCGTCGCTGTGCAAAGCTTTTTCCGTAACATTTTATTTCTGTATTTTCTTGTTCTGCTTTTTCCAGTGATCTGAGGTTCGAATCCCTCATCTAAGCTCAGCGAAGCAGTGAATTCGTGTCGAGAAGTTTGAAAGCTAACCAGCGGTGTGTCTCGAATGATACCCTCGGCCA
GTGAGCTGTCTGTCCGCATGGACACTACTTGCAGCTCCTTGCTGCGAGAACTTCAGCATATTTGGGATGAGATTGGAGAAAGTGATGTCGAGAGGGACAAGATGCTTTTAGAACTGGAGAAAGAGTGTTTGGAGGTTTACTGTAGGAAGGTGGACCAAGCTAGCCATGCAAGGGCACGGCTTCATCAGTCACTTGCAGAC
AAGGAAGCAGAGCTTGCATTTCTGATAGCTTCCATAGGAGACAGGAATCTTCACTCTCAGCCAGAGAAAATACCAGGAACCTTGAAAGAGCAGCTTGCAATCGTCACCCCACAATTAGAAGAGTTGCGATTAAGAAAGGAGGAGCGCATTAAGCAGTTTGCAGAAGTGAAAGCGCAAATTCAAAAAATATCTGGAGAAAT
TTCAGGTTATTCCCATCGAAGTGATGTTGTTCTGAACTCAATCAATGGGGAAGAAGATGACTTGTCACTTAGAAAGTTAGATGAGTATCATGCACATCTTCAAGCACTCCAGAAAGAGAAGAGTGACCGCCTTCGCAAGGTACTGGAATATATAAATGAGGTGCATGGACTTTGTGCGGTACTTGGTATGGACTTCTGGA
AGACTGTCAGTGAAGTACATCCAAGTTTGCCTGAGTCAGCTCCTGGACAGACAAAAAACATTAGCAACGAGACATTGGAGGGATTATCGCAGACCATTCAGACATTGAAAGATGAAAAGAAACTTAGAATTCAAAAATTGCAAGATCTTGGAACATCTTTGGTTGAACTTTGGAACCTGATGGATACTTCAATGGAAGAA
AGAGAACGATTTAGAAATGTTGTATGCAATCTTGGTGCATTAGATAATGAAGTGACAGGCTCAGGTGCTCTTGCACTGGACATCATTGAGCAGGCGGAGGTAGAAGTTGAAAGATTGAATCTGCTGAAGGCAAGCAAAATGAAAGAATTAGTGTTGAAAAAGAGGATAGAGTTGGAGGAAATATGCAGACGAGCACATAT
GGAACCAGATGCCAGCACGGCACCAGAGAAGTCCAATGCTCTGATTGATGCTGGTATGGTGGACCCTTCTGAGCTTCTAGCTAATATTGAATCACAAATATTGAAAGCAAAGGAAGATGTTGTAAGCAGGAAAGAAATTATGGATAAAATAGAAAAGTGGCTTGCAGCTTGTGAAGAGGAAAGCTGGCTTGAAGACTACA
ACAGGGATGAGAATAGATACAGTGCTAGCAAGGGAGCTCACATAAATCTCAAACGTGCAGAGCGGGCTCGAGTAACTGTGAACAAAATTCCTGCTCTTGTTGAGAATTTGAAGGCTAAAACACGTGCTTGGGAAGAAGAAAAAGGAATACCTTTTGTATATGATGGCGTACGGTTGCTGGCAATGCTCGAGGAGTATACC
TTTGTGAGACAAGAAAGGGAGGAGCAAAAGAAACGGTTTCGGGATCAGAAGCGGTTACAAGAACAATTTCTAACAGAGCAGGAAGCTTTGTTTGGATCCAAACCCAGTCCAAATAAAAATCATAGCATTAAGAGAGTACAGGGTTTGCGAGCAAATGGAAGCACAACCCCCACAAATCGTCGCCTTTCACTTGGAGGTGC
CATGCTTTCAGGAAATTTTGATCTTACTCCTCGGGTAAATGGGATCACTCCACGACATAATGGATTTGGCAAGGATAGCAGGAGGAGGCCTGCAGCACCATTGAATTATGTCGCAATATGTAAAGAAGATACAGTCTCACTTGCATCTGTGGGTGGGTCTGAGTTTGGTTCTCCCTAGGCTGGATGACTTCAATTTGTGT
CAAATATGCTATGCCCCAAGGTCAGCCTTTGTTTTGCGGCTAGGGACTTGTAAATATAACTTGAATgtaaacactttgtttcctgcatttcttttcttggaggagttccataagaaactttgtgctattttctgtaaactatggtgttttgcattttaataataaatatgcacaatcttcaaataatgaatcaagttttg
tttgcactctttagTTTGTTTTGCAGATGGTTGAGCTGAACTGGAAGTAATCATTCAGAGAAGGATCAATGATGGATTTTCTGGGGCTGGTCTGTACTTTTAGTACACTTGTACAATGTAATTTGTACCAATATTTAGAGCTGGTGAATTAATCTTAGTGCCTAGGACCTCAGTTAACACACTCAACTTTTTAAAGAGAT
AGTTTAATGGCCTGAACCGTCACTTAATTTCATTGCACTGGTTCATGAAATTGCCATTTGTAGTTTGTACAGTTTAGGTCATTGCTTGTGAGACCTAAGGTTGGTTGACTTTTATGATTGGAACTTTTCTTCTGTGAATTGATGTAATGTGGAATGGAAAGATTCGAGTCAGTACTCATTGTGGAGGAAAAGGCTCAGCA
TGATTATTGGATAGTTTAACGATTCTCTTGTTTGGTTGGAGATCTGAAAGGCAGGTGTGAGCCTGTTTGCTGGAGCTTCACTCTTTAAGTTGGTTAATCTTGGATTGGCTCTACTAAAAATCTTTTCTGGTATGTTGGGCATTTGTGAGATACGTACTAGTACTGTGTTAATATATGGTCGAATATATTTTAGCATGGGA
CCAATGTTTTTCTACGTAGTTGATTTGGATAGTTTTCTGAAGTTGGTGGATTCTCTCTTTATAATATGAAGAAAATAGTGTAATTATTTTTCTTTCATGGTTGGCCATGATGAACATGAGCTGCAAGCTTATCTGTGGTTTTTGTTTATCTGGGATTTTCTTGAATGTGCAGTCAGATGTTTTGACTACAGGTAAAACCA
TTGCTTAGTGCATCCCAAAATAAATGTTATTTTGTTTGTTTTTCCTTGTGTGGGATTAAGAGAGATTGGG