NA ----> NA

Intron 1 GTATTTCCTT ... TGGATGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20	48	14.3	12
A2	25.49	38	5.3	13
A3	20	28	9.3	7
A4	14.81	23	3	4
A5	31.58	13	2.3	6
A6	20.47	101	17.8	26
A7	18.83	125	28	29
A8	10.94	114	27	14
A9	18.06	118	27.5	26
A10	16.22	155	31.5	30

>TRINITY_DN102397_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

TGATCATATTGTATAATGTGAATTTGTGGTTGACAATTGGACATATTTTACTATTTCGCATATTAATAGTAAGTTATATTTTCGTGTGGAAATTACTTATAATTCCCATTCCCATTCCCATTCCCATGTCACTATACCATTACCTTACAAGCCCCCATGGAATGAGACTCTTTTCACTGGCATGACAGTCTGTATACTGC
ATCATTGACCTCCCGCTTCGATCTGGATATCGAGAGAGTACGATCTCCCAGTTCGATCTCCGTAAGGAGCAGGGAGTAGCGAGGTGAAAGGGCTAAAAAACCGAATATCCGTGTTCTTGATAGCATGGCGATGGCGTTTGCAGCGATCACACCCTGTTCTTCCCTTATAACACCAAAGCTGTATTCAAGATCACTTCAAA
TCACTTCTCGCGCTCAGACTGTCAACAATCTTGGACTTAACAGAGGCCCAGGTCCATGGGCATCGAATCTGCATTTCACAAGGCCTGCTAGCAAGTCCCGAGAGCCATGAATAAGGACTTGGAGAGCCCGCCCCCCTCCAGCTCGAAGCAAGGCTTTCAGACTATCCAGCGAGTATTGCAATGGAGAATTCTAAAGATAT
CTGCATTGTTCTCGGCTTCTTTGATGATTTTGGCTTCGCTGTTGTGTAGCAGTGCATTTGCGAGTGCAGAGTCCATAAAGGCTTCGCAGATTGGCTTGAAGATTTCGAGCTTTATGAGGAGATCTGGGTGGCCTGACGAGCTCATAGTTTTTGTGTTGGCTACGCTTCCTATTCTGGAGCTAAGAGGGGCAATTCCTGTG
GGTTACTGGATGCAGTTAGAACCCTTGAAGGTCTCCATATTGGCTGTTTTGGGAAACATGGTACCTGTACCATTTATTTTGCTCTATTTGAAACAGCTTGTAACCTATGCGGGTAAGAGGAGTTCAGTTGCTTCCAGCTTTCTGGACAGGCTGATTGAAATAACAAGGAAGAAGGCGGGTCCTATAGAGGAGTTCCAATG
GCTTGGGTTGATGTTGTTTGTTGCGGTTCCCTTCCCGGGTACTGGGGCATGGTCTGGAGCCATTGCAGCCACAATATTGGATATGCCTTTCTGGGAGGCTGTTTCGGCCAATTTCTTTGGAGTAGTCTTTGCGGGGCTGCTAGTGAATTTACTGGTTAATCTTGGCATCAAATATGCTGTTATTGTTGGAGCCATCTTAT
TTTTTGTGTCCACTGTCATGTGGAACCTCCTTAGATACATCAAAAAATCACCAAACAATTTAAACTGAGATTATCTGGTTAAGCATTCAAGCTTGACATTATTTTTCCCATAAAAATTGAACCTTGTATGAATGTGCTTATATAGAGATATTATTAGGAAGGTGAAGGGATTTTAACTATAATTGTTGAAAAGAATTATT
TTGTTCTGTTCTTGTCCTTATTTTAAATTACAGTGATTGCATCCAGTAGTGCAACCGTAAACCATGGTAGCAAAGGACAGTTCTTGGCCAAAAACAAAATTGTTTAAATGTTTCTAAGTAAAACATTTTAAACGGAGCATTTTTATGAGGCAAGGGTCGACCATGGAAAGGGCCCAATTTCGGAGAAAAGTTGCATTTTA
GCAGTCCAAATTTGAAAAGTGATTTTATTTAAATTCTGCCCTAGTCAAAAGCAGCAGAGCTTGATGTGAGAATTCTCTTCGTCATTAATTTTCTATTTTGGCTCCATTGTTTTTCTTTTATCCCCGGACACTTCTACTTTGTCTTAAATATCAAGTTGACCTCACTCCGAACTTTCCAGAATACCA

>TRINITY_DN102397_c0_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TGATCATATTGTATAATGTGAATTTGTGGTTGACAATTGGACATATTTTACTATTTCGCATATTAATAGTAAGTTATATTTTCGTGTGGAAATTACTTATAATTCCCATTCCCATTCCCATTCCCATGTCACTATACCATTACCTTACAAGCCCCCATGGAATGAGACTCTTTTCACTGGCATGACAGTCTGTATACTGC
ATCATTGACCTCCCGCTTCGATCTGGATATCGAGAGAGTACGATCTCCCAGTTCGATCTCCGTAAGGAGCAGGGAGTAGCGAGGTGAAAGGGCTAAAAAACCGAATATCCGTGTTCTTGATAGCATGGCGATGGCGTTTGCAGCGATCACACCCTGTTCTTCCCTTATAACACCAAAGCTGTATTCAAGATCACTTCAAA
TCACTTCTCGCGCTCAGACTGTCAACAATCTTGGACTTAACAGAGGCCCAGGTCCATGGGCATCGAATCTGCATTTCACAAGGCCTGCTAGCAAGgtatttccttcattttctatgcatttcatgaattgggttcccaagattttgaccagaaaagtattctgcaagattgaaagtacagtttgaagcttactcaggttt
ggatggcagTCCCGAGAGCCATGAATAAGGACTTGGAGAGCCCGCCCCCCTCCAGCTCGAAGCAAGGCTTTCAGACTATCCAGCGAGTATTGCAATGGAGAATTCTAAAGATATCTGCATTGTTCTCGGCTTCTTTGATGATTTTGGCTTCGCTGTTGTGTAGCAGTGCATTTGCGAGTGCAGAGTCCATAAAGGCTTCG
CAGATTGGCTTGAAGATTTCGAGCTTTATGAGGAGATCTGGGTGGCCTGACGAGCTCATAGTTTTTGTGTTGGCTACGCTTCCTATTCTGGAGCTAAGAGGGGCAATTCCTGTGGGTTACTGGATGCAGTTAGAACCCTTGAAGGTCTCCATATTGGCTGTTTTGGGAAACATGGTACCTGTACCATTTATTTTGCTCTA
TTTGAAACAGCTTGTAACCTATGCGGGTAAGAGGAGTTCAGTTGCTTCCAGCTTTCTGGACAGGCTGATTGAAATAACAAGGAAGAAGGCGGGTCCTATAGAGGAGTTCCAATGGCTTGGGTTGATGTTGTTTGTTGCGGTTCCCTTCCCGGGTACTGGGGCATGGTCTGGAGCCATTGCAGCCACAATATTGGATATGC
CTTTCTGGGAGGCTGTTTCGGCCAATTTCTTTGGAGTAGTCTTTGCGGGGCTGCTAGTGAATTTACTGGTTAATCTTGGCATCAAATATGCTGTTATTGTTGGAGCCATCTTATTTTTTGTGTCCACTGTCATGTGGAACCTCCTTAGATACATCAAAAAATCACCAAACAATTTAAACTGAGATTATCTGGTTAAGCAT
TCAAGCTTGACATTATTTTTCCCATAAAAATTGAACCTTGTATGAATGTGCTTATATAGAGATATTATTAGGAAGGTGAAGGGATTTTAACTATAATTGTTGAAAAGAATTATTTTGTTCTGTTCTTGTCCTTATTTTAAATTACAGTGATTGCATCCAGTAGTGCAACCGTAAACCATGGTAGCAAAGGACAGTTCTTG
GCCAAAAACAAAATTGTTTAAATGTTTCTAAGTAAAACATTTTAAACGGAGCATTTTTATGAGGCAAGGGTCGACCATGGAAAGGGCCCAATTTCGGAGAAAAGTTGCATTTTAGCAGTCCAAATTTGAAAAGTGATTTTATTTAAATTCTGCCCTAGTCAAAAGCAGCAGAGCTTGATGTGAGAATTCTCTTCGTCATT
AATTTTCTATTTTGGCTCCATTGTTTTTCTTTTATCCCCGGACACTTCTACTTTGTCTTAAATATCAAGTTGACCTCACTCCGAACTTTCCAGAATACCA

Intron 2 GTATTTCCTT ... GAAAGTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	29.69	45	19	11
A2	21.88	25	7	3
A3	31.58	26	12	5
A4	19.05	17	4	1
A5	30	7	3	2
A6	26.44	64	23	2
A7	29.37	89	37	10
A8	28.57	90	36	1
A9	28.13	92	36	9
A10	27.81	109	42	2

>TRINITY_DN90870_c0_g1_i4 from sample A3 / Example spliced isoform

CACTATACCATTACCTTACAAGCCCCCATGGAATGAGACTCTTTTCACTGGCATGACAGTCTGTATACTGCATCATTGACCTCCCGCTTCGATCTGGATATCGAGAGAGTACGATCTCCCAGTTCGATCTCCGTAAGGAGCAGGGAGTAGCGAGGTGAAAGGGCTAAAAAACCGAATATCCGTGTTCTTGATAGCATGGC
GATGGCGTTTGCAGCGATCACACCCTGTTCTTCCCTTATAACACCAAAGCTGTATTCAAGATCACTTCAAATCACTTCTCGCGCTCAGACTGTCAACAATCTTGGACTTAACAGAGGCCCAGGTCCATGGGCATCGAATCTGCATTTCACAAGGCCTGCTAGCAAGTTTGAAGCTTACTCAGGTTTGGATGGCAGTCCCG
AGAGCCATGAATAAGGACTTGGAGAGCCCGCCCCCCTCCAGCTCGAAGCAAGGCTTTCAGACTATCCAGCGAGTATTGCAATGGAGAATTCTAAAGATATCTGCATTGTTCTCGGCTTCTTTGATGATTTTGGCTTCGCTGTTGTGTAGCAGTGCATTTGCGAGTGCAGAGTCCATAAAGGCTTCGCAGATTGGCTTGAA
GATTTCGAGCTTTATGAGGAGATCTGGGTGGCCTGACGAGCTCATAGTTTTTGTGTTGGCTACGCTTCCTATTCTGGAGCTAAGAGGGGCAATTCCTGTGGGTTACTGGATGCAGTTAGAACCCTTGAAGGTCTCCATATTGGCTGTTTTGGGAAACATGGTACCTGTACCATTTATTTTGCTCTATTTGAAACAGCTTG
TAACCTATGCGGGTAAGAGGAGTTCAGTTGCTTCCAGCTTTCTGGACAGGCTGATTGAAATAACAAGGAAGAAGGCGGGTCCTATAGAGGAGTTCCAATGGCTTGGGTTGATGTTGTTTGTTGCGGTTCCCTTCCCGGGTACTGGGGCATGGTCTGGAGCCATTGCAGCCACAATATTGGATATGCCTTTCTGGGAGGCT
GTTTCGGCCAATTTCTTTGGAGTAGTCTTTGCGGGGCTGCTAGTGAATTTACTGGTTAATCTTGGCATCAAATATGCTGTTATTGTTGGAGCCATCTTATTTTTTGTGTCCACTGTCATGTGGAACCTCCTTAGATACATCAAAAAATCACCAAACAATTTAAACTGAGATTATCTGGTTAAGCATTCAAGCTTGACATT
ATTTTTCCCATAAAAATTGAACCTTGTATGAATGTGCTTATATAGAGATATTATTAGGAAGGTGAAGGGATTTTAACTATAATTGTTGAAAAGAATTATTTTGTTCTAAAA

>TRINITY_DN90870_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CACTATACCATTACCTTACAAGCCCCCATGGAATGAGACTCTTTTCACTGGCATGACAGTCTGTATACTGCATCATTGACCTCCCGCTTCGATCTGGATATCGAGAGAGTACGATCTCCCAGTTCGATCTCCGTAAGGAGCAGGGAGTAGCGAGGTGAAAGGGCTAAAAAACCGAATATCCGTGTTCTTGATAGCATGGC
GATGGCGTTTGCAGCGATCACACCCTGTTCTTCCCTTATAACACCAAAGCTGTATTCAAGATCACTTCAAATCACTTCTCGCGCTCAGACTGTCAACAATCTTGGACTTAACAGAGGCCCAGGTCCATGGGCATCGAATCTGCATTTCACAAGGCCTGCTAGCAAGgtatttccttcattttctatgcatttcatgaatt
gggttcccaagattttgaccagaaaagtattctgcaagattgaaagtacagTTTGAAGCTTACTCAGGTTTGGATGGCAGTCCCGAGAGCCATGAATAAGGACTTGGAGAGCCCGCCCCCCTCCAGCTCGAAGCAAGGCTTTCAGACTATCCAGCGAGTATTGCAATGGAGAATTCTAAAGATATCTGCATTGTTCTCGG
CTTCTTTGATGATTTTGGCTTCGCTGTTGTGTAGCAGTGCATTTGCGAGTGCAGAGTCCATAAAGGCTTCGCAGATTGGCTTGAAGATTTCGAGCTTTATGAGGAGATCTGGGTGGCCTGACGAGCTCATAGTTTTTGTGTTGGCTACGCTTCCTATTCTGGAGCTAAGAGGGGCAATTCCTGTGGGTTACTGGATGCAG
TTAGAACCCTTGAAGGTCTCCATATTGGCTGTTTTGGGAAACATGGTACCTGTACCATTTATTTTGCTCTATTTGAAACAGCTTGTAACCTATGCGGGTAAGAGGAGTTCAGTTGCTTCCAGCTTTCTGGACAGGCTGATTGAAATAACAAGGAAGAAGGCGGGTCCTATAGAGGAGTTCCAATGGCTTGGGTTGATGTT
GTTTGTTGCGGTTCCCTTCCCGGGTACTGGGGCATGGTCTGGAGCCATTGCAGCCACAATATTGGATATGCCTTTCTGGGAGGCTGTTTCGGCCAATTTCTTTGGAGTAGTCTTTGCGGGGCTGCTAGTGAATTTACTGGTTAATCTTGGCATCAAATATGCTGTTATTGTTGGAGCCATCTTATTTTTTGTGTCCACTG
TCATGTGGAACCTCCTTAGATACATCAAAAAATCACCAAACAATTTAAACTGAGATTATCTGGTTAAGCATTCAAGCTTGACATTATTTTTCCCATAAAAATTGAACCTTGTATGAATGTGCTTATATAGAGATATTATTAGGAAGGTGAAGGGATTTTAACTATAATTGTTGAAAAGAATTATTTTGTTCTAAAA

Intron 3 GTATTTCCTT ... GCTTACTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.46	52	15.2	11
A2	18.6	35	5.6	8
A3	15.79	32	9.8	6
A4	11.11	24	3.2	3
A5	31.58	13	2.4	6
A6	11.22	87	18.8	11
A7	12.56	117	29.8	16.8
A8	4.46	107	28.8	5
A9	14.5	112	29.2	19
A10	6.16	137	33.6	9

>TRINITY_DN102397_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

TGATCATATTGTATAATGTGAATTTGTGGTTGACAATTGGACATATTTTACTATTTCGCATATTAATAGTAAGTTATATTTTCGTGTGGAAATTACTTATAATTCCCATTCCCATTCCCATTCCCATGTCACTATACCATTACCTTACAAGCCCCCATGGAATGAGACTCTTTTCACTGGCATGACAGTCTGTATACTGC
ATCATTGACCTCCCGCTTCGATCTGGATATCGAGAGAGTACGATCTCCCAGTTCGATCTCCGTAAGGAGCAGGGAGTAGCGAGGTGAAAGGGCTAAAAAACCGAATATCCGTGTTCTTGATAGCATGGCGATGGCGTTTGCAGCGATCACACCCTGTTCTTCCCTTATAACACCAAAGCTGTATTCAAGATCACTTCAAA
TCACTTCTCGCGCTCAGACTGTCAACAATCTTGGACTTAACAGAGGCCCAGGTCCATGGGCATCGAATCTGCATTTCACAAGGCCTGCTAGCAAGGTTTGGATGGCAGTCCCGAGAGCCATGAATAAGGACTTGGAGAGCCCGCCCCCCTCCAGCTCGAAGCAAGGCTTTCAGACTATCCAGCGAGTATTGCAATGGAGA
ATTCTAAAGATATCTGCATTGTTCTCGGCTTCTTTGATGATTTTGGCTTCGCTGTTGTGTAGCAGTGCATTTGCGAGTGCAGAGTCCATAAAGGCTTCGCAGATTGGCTTGAAGATTTCGAGCTTTATGAGGAGATCTGGGTGGCCTGACGAGCTCATAGTTTTTGTGTTGGCTACGCTTCCTATTCTGGAGCTAAGAGG
GGCAATTCCTGTGGGTTACTGGATGCAGTTAGAACCCTTGAAGGTCTCCATATTGGCTGTTTTGGGAAACATGGTACCTGTACCATTTATTTTGCTCTATTTGAAACAGCTTGTAACCTATGCGGGTAAGAGGAGTTCAGTTGCTTCCAGCTTTCTGGACAGGCTGATTGAAATAACAAGGAAGAAGGCGGGTCCTATAG
AGGAGTTCCAATGGCTTGGGTTGATGTTGTTTGTTGCGGTTCCCTTCCCGGGTACTGGGGCATGGTCTGGAGCCATTGCAGCCACAATATTGGATATGCCTTTCTGGGAGGCTGTTTCGGCCAATTTCTTTGGAGTAGTCTTTGCGGGGCTGCTAGTGAATTTACTGGTTAATCTTGGCATCAAATATGCTGTTATTGTT
GGAGCCATCTTATTTTTTGTGTCCACTGTCATGTGGAACCTCCTTAGATACATCAAAAAATCACCAAACAATTTAAACTGAGATTATCTGGTTAAGCATTCAAGCTTGACATTATTTTTCCCATAAAAATTGAACCTTGTATGAATGTGCTTATATAGAGATATTATTAGGAAGGTGAAGGGATTTTAACTATAATTGTT
GAAAAGAATTATTTTGTTCTGTTCTTGTCCTTATTTTAAATTACAGTGATTGCATCCAGTAGTGCAACCGTAAACCATGGTAGCAAAGGACAGTTCTTGGCCAAAAACAAAATTGTTTAAATGTTTCTAAGTAAAACATTTTAAACGGAGCATTTTTATGAGGCAAGGGTCGACCATGGAAAGGGCCCAATTTCGGAGAA
AAGTTGCATTTTAGCAGTCCAAATTTGAAAAGTGATTTTATTTAAATTCTGCCCTAGTCAAAAGCAGCAGAGCTTGATGTGAGAATTCTCTTCGTCATTAATTTTCTATTTTGGCTCCATTGTTTTTCTTTTATCCCCGGACACTTCTACTTTGTCTTAAATATCAAGTTGACCTCACTCCGAACTTTCCAGAATACCA

>TRINITY_DN102397_c0_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TGATCATATTGTATAATGTGAATTTGTGGTTGACAATTGGACATATTTTACTATTTCGCATATTAATAGTAAGTTATATTTTCGTGTGGAAATTACTTATAATTCCCATTCCCATTCCCATTCCCATGTCACTATACCATTACCTTACAAGCCCCCATGGAATGAGACTCTTTTCACTGGCATGACAGTCTGTATACTGC
ATCATTGACCTCCCGCTTCGATCTGGATATCGAGAGAGTACGATCTCCCAGTTCGATCTCCGTAAGGAGCAGGGAGTAGCGAGGTGAAAGGGCTAAAAAACCGAATATCCGTGTTCTTGATAGCATGGCGATGGCGTTTGCAGCGATCACACCCTGTTCTTCCCTTATAACACCAAAGCTGTATTCAAGATCACTTCAAA
TCACTTCTCGCGCTCAGACTGTCAACAATCTTGGACTTAACAGAGGCCCAGGTCCATGGGCATCGAATCTGCATTTCACAAGGCCTGCTAGCAAGgtatttccttcattttctatgcatttcatgaattgggttcccaagattttgaccagaaaagtattctgcaagattgaaagtacagtttgaagcttactcagGTTT
GGATGGCAGTCCCGAGAGCCATGAATAAGGACTTGGAGAGCCCGCCCCCCTCCAGCTCGAAGCAAGGCTTTCAGACTATCCAGCGAGTATTGCAATGGAGAATTCTAAAGATATCTGCATTGTTCTCGGCTTCTTTGATGATTTTGGCTTCGCTGTTGTGTAGCAGTGCATTTGCGAGTGCAGAGTCCATAAAGGCTTCG
CAGATTGGCTTGAAGATTTCGAGCTTTATGAGGAGATCTGGGTGGCCTGACGAGCTCATAGTTTTTGTGTTGGCTACGCTTCCTATTCTGGAGCTAAGAGGGGCAATTCCTGTGGGTTACTGGATGCAGTTAGAACCCTTGAAGGTCTCCATATTGGCTGTTTTGGGAAACATGGTACCTGTACCATTTATTTTGCTCTA
TTTGAAACAGCTTGTAACCTATGCGGGTAAGAGGAGTTCAGTTGCTTCCAGCTTTCTGGACAGGCTGATTGAAATAACAAGGAAGAAGGCGGGTCCTATAGAGGAGTTCCAATGGCTTGGGTTGATGTTGTTTGTTGCGGTTCCCTTCCCGGGTACTGGGGCATGGTCTGGAGCCATTGCAGCCACAATATTGGATATGC
CTTTCTGGGAGGCTGTTTCGGCCAATTTCTTTGGAGTAGTCTTTGCGGGGCTGCTAGTGAATTTACTGGTTAATCTTGGCATCAAATATGCTGTTATTGTTGGAGCCATCTTATTTTTTGTGTCCACTGTCATGTGGAACCTCCTTAGATACATCAAAAAATCACCAAACAATTTAAACTGAGATTATCTGGTTAAGCAT
TCAAGCTTGACATTATTTTTCCCATAAAAATTGAACCTTGTATGAATGTGCTTATATAGAGATATTATTAGGAAGGTGAAGGGATTTTAACTATAATTGTTGAAAAGAATTATTTTGTTCTGTTCTTGTCCTTATTTTAAATTACAGTGATTGCATCCAGTAGTGCAACCGTAAACCATGGTAGCAAAGGACAGTTCTTG
GCCAAAAACAAAATTGTTTAAATGTTTCTAAGTAAAACATTTTAAACGGAGCATTTTTATGAGGCAAGGGTCGACCATGGAAAGGGCCCAATTTCGGAGAAAAGTTGCATTTTAGCAGTCCAAATTTGAAAAGTGATTTTATTTAAATTCTGCCCTAGTCAAAAGCAGCAGAGCTTGATGTGAGAATTCTCTTCGTCATT
AATTTTCTATTTTGGCTCCATTGTTTTTCTTTTATCCCCGGACACTTCTACTTTGTCTTAAATATCAAGTTGACCTCACTCCGAACTTTCCAGAATACCA