sp|Q9ZWS9|ARR3_ARATH ----> Two-component response regulator ARR3

Intron 1 GTAAGGGGTC ... ATACACGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	38.04	28.9	3	17
A2	28.36	24.1	1.4	9
A3	0	11	1.8	0
A4	41.62	10.3	4.1	7
A5	55.85	6.4	3.6	7.6
A6	30.37	33.6	2.8	14
A7	23.3	43.4	7.3	13
A8	29.92	44.5	2.8	17
A9	26.9	43.6	7	16
A10	34.86	15	1.8	8

>TRINITY_DN108025_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

AAAAGGAAGAAGGAATGAACCTTATATGTCTGCTTTATTTGGTTATGCATCTGATGGAAGAGGCTAATTAATTATTAGGCTTTGAGATTTTGTGGTAATAGATTATTTGACTGTTTTGTTTCCAAAATATTGCAGTGACCACCGTGGATAGTGGAAGAAGAGCTCTGGAGTTCCTTGGCCTAGATGAAGATCACAATTCT
GTAGATCTTGATAACCTCAATGTGAATATGATCATCACCGATTATTGTATGCCTGGGATGACGGGTTATGACTTGCTCAAAAGAATCAAGGAATCAAAAAAATTGAAGGAGATTCCTGTTGTGATAATGTCTTCTGAAAATGTTGTGCCTCGGATCAACAGATGTTTAGAAGAAGGTGCGGAGGAATTCATACTAAAGCC
TGTGAAGTTAGCAGATGTAGAACGATTTAAAGGTCACATTATCAAAGGTCTATCAAAGGAACAGCAGCAGCCTGCTTCGAATAAAAGAAAGTCCATGTCCGAGGACCTTGATGACCTTCCAGTGCAACCACCAGAAAGAAGGCCCAGACTTGGAGAATTGAGTGGTGCTTAGAAATGTGAAGCATGCAGCCAGTTTTGAT
TCTTTTCCCTTGCCCCTGGTTCTCTTTTAATGCAGCAATTTTGGTATCCACCAGGGCTTCAAACATCCCAGTGCTCTATACAAAAGGACTTGGCCGATCTCGAGAGGATGGCCACAAAATTCAAGAAAGGAGAAGATTTAATTTCTACAATCTGGTTGAGATACTTGGGTAGTGAGATTCACATATGGTTTAAAGATAAG
AAAATTGATTTCCAAGTCCCAGGAGGATGATGGATTTCATAAGAGGCGGACAAACTATCATGTGTTGGCATTGGAAATCAGGCACCAGCAATCGTCTTATTAAGCAGGGATTAGCGGTTGCAACATGAGCACTTGTTGATATCTTTTGAAGGACTTTTGTTCTAAAGAGAAATGTCACATAAAGAGAAGATAACTGATTT
GAGAGAAAGCACAAATATTTTCTGTTTTCTTTCTTTCTGAATTCATTTGGATTCTATTCATTTGTACTTAAAAAAGGTTTGCAGTGCAACCTAAAGAGCTTTAATCCTTGAGTTTCTTAAGGCTTTGGTCTTTTTTCAAGGATTTTATTATAAGGCAATTACCAAAAAAAAA

>TRINITY_DN108025_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AAAAGGAAGAAGGAATGAACCTTATATGTCTGCTTTATTTGGTTATGCATCTGATGGAAGAGGCTAATTAATTATTAGGCTTTGAGATTTTGTGGTAATAGATTATTTGACTGTTTTGTTTCCAAAATATTGCAGTGACCACCGTGGATAGTGGAAGAAGAGCTCTGGAGTTCCTTGGCCTAGATGAAGATCACAATTCT
GTAGATCTTGATAACCTCAATGTGAATATGATCATCACCGATTATTGTATGCCTGGGATGACGGGTTATGACTTGCTCAAAAGAATCAAGGTATCCTGTGTTTCCTTGCCCAGTGACGACAAGAAAACATCCTTTGTTCTTAAATCAGTGAAATTGTTTTCTATTGAGATAAAATTGCTGAATTTCCCTGTAAAATTTTT
CAGGAATCAAAAAAATTGAAGGAGATTCCTGTTGTGATAATGTCTTCTGAAAATGTTGTGCCTCGGATCAACAGgtaaggggtcaatactggtgcttgagtcttgataggtgaatgttcctcaggttctatggaatgttttggacttggactctgattccgaaaatgatacacgcagATGTTTAGAAGAAGGTGCGGAGG
AATTCATACTAAAGCCTGTGAAGTTAGCAGATGTAGAACGATTTAAAGGTCACATTATCAAAGGTCTATCAAAGGAACAGCAGCAGCCTGCTTCGAATAAAAGAAAGTCCATGTCCGAGGACCTTGATGACCTTCCAGTGCAACCACCAGAAAGAAGGCCCAGACTTGGAGAATTGAGTGGTGCTTAGAAATGTGAAGCA
TGCAGCCAGTTTTGATTCTTTTCCCTTGCCCCTGGTTCTCTTTTAATGCAGCAATTTTGGTATCCACCAGGGCTTCAAACATCCCAGTGCTCTATACAAAAGGACTTGGCCGATCTCGAGAGGATGGCCACAAAATTCAAGAAAGGAGAAGATTTAATTTCTACAATCTGGTTGAGATACTTGGGTAGTGAGATTCACAT
ATGGTTTAAAGATAAGAAAATTGATTTCCAAGTCCCAGGAGGATGATGGATTTCATAAGAGGCGGACAAACTATCATGTGTTGGCATTGGAAATCAGGCACCAGCAATCGTCTTATTAAGCAGGGATTAGCGGTTGCAACATGAGCACTTGTTGATATCTTTTGAAGGACTTTTGTTCTAAAGAGAAATGTCACATAAAG
AGAAGATAACTGATTTGAGAGAAAGCACAAATATTTTCTGTTTTCTTTCTTTCTGAATTCATTTGGATTCTATTCATTTGTACTTAAAAAAGGTTTGCAGTGCAACCTAAAGAGCTTTAATCCTTGAGTTTCTTAAGGCTTTGGTCTTTTTTCAAGGATTTTATTATAAGGCAATTACCAAAAAAAAA

Intron 2 GTATGCAAAC ... TTTGATGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.67	19.3	9	1
A2	20.07	22	8	3
A3	11.79	26.3	3	4
A4	0	14	0	0
A5	32.12	8.7	5	3
A6	14.32	30	8	2
A7	15.45	66	15	9
A8	22.31	42.3	14	10
A9	15.58	60.3	15	7
A10	12.04	40.3	5	6

>TRINITY_DN37366_c0_g1_i7 from sample A6 / Example spliced isoform

CCGGGTGTGGATGAGAACCCTAGGGAGTTGACTGGTAAGAGACCAACTTTTTTAGTTGATTAGGCAAGACCTTTCAGACAAACTTTTGAAGATAGTTCATGGCAGTAATTTTGTCCCCCTGCCCGTCAAGAATCGATCCTGCATTTAATGACCTTGTGCGGGGCTGATTGTAAGATGGGTTGACGGGATTCCGTCATAGA
TGGACAATTCAATTTCTGATTAAAGAACCCAAAATCCAAGAGGTCATCCGATTCCATGATCTTGCGTATCTTGTGGCATTCACATGAGTGGGCGAGGCTGGTTATTGGTGGCAGAATCTGGAGCAAATCCGAAGAATCCCTGCGTCTTGGGGCGTTGGGCTTGGGGGGATTGATTATTATTATCATTCTAGCTCGGTTAA
CCATGCAGCGCACGTTGCGTCTCGCTGCCCCGCAATGGGACGAATCGAAGATGATACGATGATTGTTATTAATTGATTATTGAGTGTCTGTAAATAACAACAATATTTGGGAAGCGTGTGTGAGAGAAATAATAATGATGAGCGCTTAGTGGGCAACTCAGGGAAAAAGGATTTCCGACAGATTTTCCACCCTCCGAGCT
ACCCGTCCCGAAATATCTGCTCCCACCCGGATTTCAGATTTCGGCTTGCGAGCGTTCTTTCTTGCCCTCTTTGAAACTTGTAACGTCGTCAATCCATCAGATAATACGTGGGTGCTGCAAAATCTGGTTCGTGCGTTTCTTGGGTCTTGAAATTTTCGCCCTCCAATTGGGGTCCTTATAAGGGAGGAGCTGCTTTCGAT
GTGATAAGGCTGGTTTGGGTTTCAGAGGGAAGAACAGGGAGAACGGAGCTGTTTTGGGGGGCAAATTTGGAAATGGGCAGAGATGGAGGAGTTCTCTTGCAGATGGCCTTGGAAGCAGAAAGGGGCAGTAGTTCAAGCCAGGGATCTGAGGGGCCTGTTCCTTCGTCACAATTTCATGTTCTTGCTGTGGATGATAGCAT
TGTCGATCGGAAAGTCATCGAGAGGCTGCTCAAGATTTCTGCTTACAAAGTGACCACCGTGGATAGTGGAAGAAGAGCTCTGGAGTTCCTTGGCCTAGATGAAGATCACAATTCTGTAGATCTTGATAACCTCAATGTGAATATGATCATCACCGATTATTGTATGCCTGGGATGACGGGTTATGACTTGCTCAAAAGAA
TCAAGGAATCAAAAAAATTGAAGGAGATTCCTGTTGTGATAATGTCTTCTGAAAATGTTGTGCCTCGGATCAACAGATGTTTAGAAGAAGGTGCGGAGGAATTCATACTAAAGCCTGTGAAGTTAGCAGATGTAGAACGATTTAAAGGTCACATTATCAAAGGTCTATCAAAGGAACAGCAGCAGCCTGCTTCGAATAAA
AGAAAGTCCATGTCCGAGGACCTTGATGACCTTCCAGTGCAACCACCAGAAAGAAGGCCCAGACTTGGAGAATTGAGTGGTGCTTAGAAATGTGAAGCATGCAGCCAGTTTTGATTCTTTTCCCTTGCCCCTGGTTCTCTTTTAATGCAGCAATTTTGGTATCCACCAGGGCTTCAAACATCCCAGTGCTCTATACAAAA
GGACTTGGCCGATCTCGAGAGGATGGCCACAAAATTCAAGAAAGGAGAAGATTTAATTTCTACAATCTGGTTGAGATACTTGGGTAGTGAGATTCACATATGGTTTAAAGATAAGAAAATTGATTTCCAAGTCCCAGGAGGATGATGGATTTCATAAGAGGCGGACAAACTATCATGTGTTGGCATTGGAAATCAGGCAC
CAGCAATCGTCTTATTAAGCAGGGATTAGCGGTTGCAACATGAGCACTTGTTGATATCTTTTGAAGGACTTTTGTTCTAAAGAGAAATGTCACATAAAGAGAAGATAACTGATTTGAGAGAAAGCACAAATATTTTCTGTTTTCTTTCTTTCTGAATTCATTTGGATTCTATTCATTTGTACTTAAAAAAGGTTTGCAGT
GCAACCTAAAGAGCTTTAATCCTTGAGTTTCTTAAGGCTTTGGTCTTTTTTCAAGGATTTTATTATAAGGCAATTACCAAACACCATTTGTCTTCTGCCTTTTTCATATACCTTGTTTTGGATTTCAGATAAAAGCTTATGTATAGATTGATTTTCACTTTTACATATTTCCAGTCTTGCAAGGGC

>TRINITY_DN37366_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CAGGAGAAGGGAATGAACTTGATGTGTCTGCTTTATTTGGATATGCGTCTGGTGAAGGCAGATTATCTATTATTGGGTCGATTTGATTTGCAATTTTATGGTAGTAATTCGTCTCACTGATCTGGCAGGCATGCATCTTTTCATGATGTGTATCTTACCAGTTCAATAACATGGTGTGGATTGCTACCTCCAAAATGAGG
GATGTGTGTGTTAAAAGGAAGAAGGAATGAACCTTATATGTCTGCTTTATTTGGTTATGCATCTGATGGAAGAGGCTAATTAATTATTAGGCTTTGAGATTTTGTGGTAATAGATTATTTGACTGTTTTGTTTCCAAAATATTGCAGTGACCACCGTGGATAGTGGAAGAAGAGCTCTGGAGTTCCTTGGCCTAGATGAA
GATCACAATTCTGTAGATCTTGATgtatgcaaaccgagcttttattgtctcctgaaagaatacttattattttggcatttctgagttttttggtggatccccctgcccatttgaagttagcaatgatttctgttaagttactcttgaattgagacctggttataaagggctcatataaggcattaattcttggagacctt
atttggttgaaatctctcttttgatgtagAACCTCAATGTGAATATGATCATCACCGATTATTGTATGCCTGGGATGACGGGTTATGACTTGCTCAAAAGAATCAAGGAATCAAAAAAATTGAAGGAGATTCCTGTTGTGATAATGTCTTCTGAAAATGTTGTGCCTCGGATCAACAGATGTTTAGAAGAAGGTGCGGAG
GAATTCATACTAAAGCCTGTGAAGTTAGCAGATGTAGAACGATTTAAAGGTCACATTATCAAAGGTCTATCAAAGGAACAGCAGCAGCCTGCTTCGAATAAAAGAAAGTCCATGTCCGAGGACCTTGATGACCTTCCAGTGCAACCACCAGAAAGAAGGCCCAGACTTGGAGAATTGAGTGGTGCTTAGAAATGTGAAGC
ATGCAGCCAGTTTTGATTCTTTTCCCTTGCCCCTGGTTCTCTTTTAATGCAGCAATTTTGGTATCCACCAGGGCTTCAAACATCCCAGTGCTCTATACAAAAGGACTTGGCCGATCTCGAGAGGATGGCCACAAAATTCAAGAAAGGAGAAGATTTAATTTCTACAATCTGGTTGAGATACTTGGGTAGTGAGATTCACA
TATGGTTTAAAGATAAGAAAATTGATTTCCAAGTCCCAGGAGGATGATGGATTTCATAAGAGGCGGACAAACTATCATGTGTTGGCATTGGAAATCAGGCACCAGCAATCGTCTTATTAAGCAGGGATTAGCGGTTGCAACATGAGCACTTGTTGATATCTTTTGAAGGACTTTTGTTCTAAAGAGAAATGTCACATAAA
GAGAAGATAACTGATTTGAGAGAAAGCACAAATATTTTCTGTTTTCTTTCTTTCTGAATTCATTTGGATTCTATTCATTTGTACTTAAAAAAGGTTTGCAGTGCAACCTAAAGAGCTTTAATCCTTGAGTTTCTTAAGGCTTTGGTCTTTTTTCAAGGATTTTATTATAAGGCAATTACCAAACACCATTTGTCTTCTGC
CTTTTTCATATACCTTGTTTTGGATTTCAGATAAAAGCTTATGTATAGATTGATTTTCACTTTTACATATTTCCAGTCTTGCAAGGGC

Intron 3 GTATCCTGTG ... AATTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.71	26	7.5	3.1
A2	16.85	27	5.7	1.3
A3	27.77	18	7.1	5
A4	23.38	5	1.6	1
A5	41.13	4	2.8	0.3
A6	21.43	31	9	0.7
A7	28.14	60	25.1	5.4
A8	11.49	49	6.5	2.5
A9	32.35	66	34.7	2.4
A10	27.27	24	9.8	0.3

>TRINITY_DN108025_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

AAAAGGAAGAAGGAATGAACCTTATATGTCTGCTTTATTTGGTTATGCATCTGATGGAAGAGGCTAATTAATTATTAGGCTTTGAGATTTTGTGGTAATAGATTATTTGACTGTTTTGTTTCCAAAATATTGCAGTGACCACCGTGGATAGTGGAAGAAGAGCTCTGGAGTTCCTTGGCCTAGATGAAGATCACAATTCT
GTAGATCTTGATAACCTCAATGTGAATATGATCATCACCGATTATTGTATGCCTGGGATGACGGGTTATGACTTGCTCAAAAGAATCAAGGAATCAAAAAAATTGAAGGAGATTCCTGTTGTGATAATGTCTTCTGAAAATGTTGTGCCTCGGATCAACAGATGTTTAGAAGAAGGTGCGGAGGAATTCATACTAAAGCC
TGTGAAGTTAGCAGATGTAGAACGATTTAAAGGTCACATTATCAAAGGTCTATCAAAGGAACAGCAGCAGCCTGCTTCGAATAAAAGAAAGTCCATGTCCGAGGACCTTGATGACCTTCCAGTGCAACCACCAGAAAGAAGGCCCAGACTTGGAGAATTGAGTGGTGCTTAGAAATGTGAAGCATGCAGCCAGTTTTGAT
TCTTTTCCCTTGCCCCTGGTTCTCTTTTAATGCAGCAATTTTGGTATCCACCAGGGCTTCAAACATCCCAGTGCTCTATACAAAAGGACTTGGCCGATCTCGAGAGGATGGCCACAAAATTCAAGAAAGGAGAAGATTTAATTTCTACAATCTGGTTGAGATACTTGGGTAGTGAGATTCACATATGGTTTAAAGATAAG
AAAATTGATTTCCAAGTCCCAGGAGGATGATGGATTTCATAAGAGGCGGACAAACTATCATGTGTTGGCATTGGAAATCAGGCACCAGCAATCGTCTTATTAAGCAGGGATTAGCGGTTGCAACATGAGCACTTGTTGATATCTTTTGAAGGACTTTTGTTCTAAAGAGAAATGTCACATAAAGAGAAGATAACTGATTT
GAGAGAAAGCACAAATATTTTCTGTTTTCTTTCTTTCTGAATTCATTTGGATTCTATTCATTTGTACTTAAAAAAGGTTTGCAGTGCAACCTAAAGAGCTTTAATCCTTGAGTTTCTTAAGGCTTTGGTCTTTTTTCAAGGATTTTATTATAAGGCAATTACCAAAAAAAAA

>TRINITY_DN108025_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AAAAGGAAGAAGGAATGAACCTTATATGTCTGCTTTATTTGGTTATGCATCTGATGGAAGAGGCTAATTAATTATTAGGCTTTGAGATTTTGTGGTAATAGATTATTTGACTGTTTTGTTTCCAAAATATTGCAGTGACCACCGTGGATAGTGGAAGAAGAGCTCTGGAGTTCCTTGGCCTAGATGAAGATCACAATTCT
GTAGATCTTGATAACCTCAATGTGAATATGATCATCACCGATTATTGTATGCCTGGGATGACGGGTTATGACTTGCTCAAAAGAATCAAGgtatcctgtgtttccttgcccagtgacgacaagaaaacatcctttgttcttaaatcagtgaaattgttttctattgagataaaattgctgaatttccctgtaaaattttt
cagGAATCAAAAAAATTGAAGGAGATTCCTGTTGTGATAATGTCTTCTGAAAATGTTGTGCCTCGGATCAACAGGTAAGGGGTCAATACTGGTGCTTGAGTCTTGATAGGTGAATGTTCCTCAGGTTCTATGGAATGTTTTGGACTTGGACTCTGATTCCGAAAATGATACACGCAGATGTTTAGAAGAAGGTGCGGAGG
AATTCATACTAAAGCCTGTGAAGTTAGCAGATGTAGAACGATTTAAAGGTCACATTATCAAAGGTCTATCAAAGGAACAGCAGCAGCCTGCTTCGAATAAAAGAAAGTCCATGTCCGAGGACCTTGATGACCTTCCAGTGCAACCACCAGAAAGAAGGCCCAGACTTGGAGAATTGAGTGGTGCTTAGAAATGTGAAGCA
TGCAGCCAGTTTTGATTCTTTTCCCTTGCCCCTGGTTCTCTTTTAATGCAGCAATTTTGGTATCCACCAGGGCTTCAAACATCCCAGTGCTCTATACAAAAGGACTTGGCCGATCTCGAGAGGATGGCCACAAAATTCAAGAAAGGAGAAGATTTAATTTCTACAATCTGGTTGAGATACTTGGGTAGTGAGATTCACAT
ATGGTTTAAAGATAAGAAAATTGATTTCCAAGTCCCAGGAGGATGATGGATTTCATAAGAGGCGGACAAACTATCATGTGTTGGCATTGGAAATCAGGCACCAGCAATCGTCTTATTAAGCAGGGATTAGCGGTTGCAACATGAGCACTTGTTGATATCTTTTGAAGGACTTTTGTTCTAAAGAGAAATGTCACATAAAG
AGAAGATAACTGATTTGAGAGAAAGCACAAATATTTTCTGTTTTCTTTCTTTCTGAATTCATTTGGATTCTATTCATTTGTACTTAAAAAAGGTTTGCAGTGCAACCTAAAGAGCTTTAATCCTTGAGTTTCTTAAGGCTTTGGTCTTTTTTCAAGGATTTTATTATAAGGCAATTACCAAAAAAAAA

Intron 4 GTATCCTGTG ... ATACACGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	68	8	1	17
A2	56.25	7	0	9
A3	0	4	3	0
A4	77.78	2	0	7
A5	100	0	2	8
A6	56	11	0	14
A7	34.21	25	3	13
A8	70.83	7	0	17
A9	32	34	2	16
A10	44.44	10	0	8

>TRINITY_DN39044_c0_g1_i6 from sample A8 / Example spliced isoform

TGGGGATTGCTACCTCCAACGGTCTTGGCAGGAAAAGGGAATGAACTTGATGTGTCTGCTTTATTTGGATATGCGTCTGGTGAAGGCAGATTATCTATTATTGGGTCGATTTGATTTGCAATTTTATGGTAGTAATTCGTCTCACTGATCTGGCAGGCATGCATCTTTTCATGATGTGTATCTTACCAGTTCAATAACAT
GGTGTGGATTGCTACCTCCAAAATGAGGGATGTGTGTGTTAAAAGGAAGAAGGAATGAACCTTATATGTCTGCTTTATTTGGTTATGCATCTGATGGAAGAGGCTAATTAATTATTAGGCTTTGAGATTTTGTGGTAATAGATTATTTGACTGTTTTGTTTCCAAAATATTGCAGTGACCACCGTGGATAGTGGAAGAAG
AGCTCTGGAGTTCCTTGGCCTAGATGAAGATCACAATTCTGTAGATCTTGATAACCTCAATGTGAATATGATCATCACCGATTATTGTATGCCTGGGATGACGGGTTATGACTTGCTCAAAAGAATCAAGATGTTTAGAAGAAGGTGCG

>TRINITY_DN39044_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TGACTTGCTCAAAAGAATCAAGgtatcctgtgtttccttgcccagtgacgacaagaaaacatcctttgttcttaaatcagtgaaattgttttctattgagataaaattgctgaatttccctgtaaaatttttcaggaatcaaaaaaattgaaggagattcctgttgtgataatgtcttctgaaaatgttgtgcctcggat
caacaggtaaggggtcaatactggtgcttgagtcttgataggtgaatgttcctcaggttctatggaatgttttggacttggactctgattccgaaaatgatacacgcagATGTTTAGAAGAAGGTGCGGAGGAATTCATACTAAAGCCTGTGAAGTTAGCAGATGTAGAACGATTTAAAGGTCACATTATCAAAGGTCTA
TCAAAGGAACAGCAGCAGCCTGCTTCGAATAAAAGAAAGTCCATGTCCGAGGACCTTGATGACCTTCCAGTGCAACCACCAGAAAGAAGGCCCAGACTTGGAGAATTGAGTGGTGCTTAGAAATGTGAAGCATGCAGCCAGTTTTGATTCTTTTCCCTTGCCCCTGGTTCTCTTTTAATGCAGCAATTTTGGTATCCACC
AGGGCTTCAAACATCCCAGTGCTCTATACAAAAGGACTTGGCCGATCTCGAGAGGATGGCCACAAAATTCAAGAAAGGAGAAGATTTAATTTCTACAATCTGGTTGAGATACTTGGGTAGTGAGATTCACATATGGTTTAAAGATAAGAAAATTGATTTCCAAGTCCCAGGAGGATGATGGATTTCATAAGAGGCGGACA
AACTATCATGTGTTGGCATTGGAAATCAGGCACCAGCAATCGTCTTATTAAGCAGGGATTAGCGGTTGCAACATGAGCACTTGTTGATATCTTTTGAAGGACTTTTGTTCTAAAGAGAAATGTCACATAAAGAGAAGATAACTGATTTGAGAGAAAGCACAAATATTTTCTGTTTTCTTTCTTTCTGAATTCATTTGGAT
TCTATTCATTTGTACTTAAAAAAGGTTTGCAGTGCAACCTAAAGAGCTTTAATCCTTGAGTTTCTTAAGGCTTTGGTCTTTTTTCAAGGATTTTATTATAAGGCAATTACCAAACACCATTTGTCTTCTGCCTTTTTCATATACCTTGTTTTGGATTTCAGATAAAAGCTTATGTATAGATTGATTTTCACTTTTACATA
TTTCCAGTCTTGCAAGGGCAATTCGATATGGCTTTGACAGATAATTCATTGTGGCTCAGGCCATAGTCCTAAATACAAAATAGTATAGTGAAAAAAACCTAG

Intron 5 GCATGCATCT ... AATATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	65	7	0	13
A2	66.67	10	14	20
A3	61.7	18	5	29
A4	57.69	11	6	15
A5	65	7	2	13
A6	63.04	17	4	29
A7	69	31	19	69
A8	68.49	23	8	50
A9	73.68	15	12	42
A10	56.92	28	12	37

>TRINITY_DN48078_c0_g5_i3 from sample A10 / Example spliced isoform

GCCCCTTTTATGACAGGCATCCTTACCGGGTTGATAACAAGGTGTGGATTGCTACCTCCAACGGTCTTGGCAGGAAAAGGGAATGAACTTGATGTGTCTGCTTTATTTGGATATGCGTCTGGTGAAGGCAGATTATCTATTATTGGGTCGATTTGATTTGCAATTTTATGGTAGTAATTCGTCTCACTGATCTGGCAGTG
ACCACCGTGGATAGTGGAAGAAGAGCTCTGGAGTTCCTTGGCCTAGATGAAGATCACAATTCTGTAGATCTTGATAACCTCAATGTGAATATGATCATCACCGATTATTGTATGCCTGGGATGACGGGTTATGACTTGCTCAAAAGAATCAAGGAATCAAAAAAATTGAAGGAGATTCCTGTTGTGATAATGTCTTCTGA
AAATGTTGTGCCTCGGATCAACAGATGTTTAGAAGAAGGTGCGGAGGAATTCATACTAAAGCCTGTGAAGTTAGCAGATGTAGAACGATTTAAAGGTCACATTATCAAAGGTCTATCAAAGGAACAGCAGCAGCCTGCTTCGAATAAAAGAA

>TRINITY_DN48078_c0_g5_i4 from sample A10 / Example unspliced isoform:

GCCCCTTTTATGACAGGCATCCTTACCGGGTTGATAACAAGGTGTGGATTGCTACCTCCAACGGTCTTGGCAGGAAAAGGGAATGAACTTGATGTGTCTGCTTTATTTGGATATGCGTCTGGTGAAGGCAGATTATCTATTATTGGGTCGATTTGATTTGCAATTTTATGGTAGTAATTCGTCTCACTGATCTGGCAGgc
atgcatcttttcatgatgtgtatcttaccagttcaataacatggtgtggattgctacctccaaaatgagggatgtgtgtgttaaaaggaagaaggaatgaaccttatatgtctgctttatttggttatgcatctgatggaagaggctaattaattattaggctttgagattttgtggtaatagattatttgactgttttg
tttccaaaatattgcagTGACCACCGTGGATAGTGGAAGAAGAGCTCTGGAGTTCCTTGGCCTAGATGAAGATCACAATTCTGTAGATCTTGATAACCTCAATGTGAATATGATCATCACCGATTATTGTATGCCTGGGATGACGGGTTATGACTTGCTCAAAAGAATCAAGGAATCAAAAAAATTGAAGGAGATTCCTG
TTGTGATAATGTCTTCTGAAAATGTTGTGCCTCGGATCAACAGATGTTTAGAAGAAGGTGCGGAGGAATTCATACTAAAGCCTGTGAAGTTAGCAGATGTAGAACGATTTAAAGGTCACATTATCAAAGGTCTATCAAAGGAACAGCAGCAGCCTGCTTCGAATAAAAGAAAGTCCATGTCCGAGGACCTTGATGACCTT
CCAGTGCAACCACCAGAAAGAAGGCCCAGACTTGGAGAATTGAGTGGTGCTTAGAAATGTGAAGCATGCAGCCAGTTTTGATTCTTTTCCCTTGCCCCTGGTTCTCTTTTAATGCAGCAATTTTGGTATCCACCAGGGCTTCAAACATCCCAGTGCTCTATACAAAAGGACTTGGCCGATCTCGAGAGGATGGCCACAAA
ATTCAAGAAAGGAGAAGATTTAATTTCTACAATCTGGTTGAGATACTTGGGTAGTGAGATTCACATATGGTTTAAAGATAAGAAAATTGATTTCCAAGTCCCAGGAGGATGATGGATTTCATAAGAGGCGGACAAACTATCATGTGTTGGCATTGGAAATCAGGCACCAGCAATCGTCTTATTAAGCAGGGATTAGCGGT
TGCAACATGAGCACTTGTTGATATCTTTTGAAGGACTTTTGTTCTAAAGAGAAATGTCACATAAAGAGAAGATAACTGATTTGAGAGAAAGCACAAATATTTTCTGTTTTCTTTCTTTCTGAATTCATTTGGATTCTATTCATTTGTACTTAAAAAAGGTTTGCAGTGCAACCTAAAGAGCTTTAATCCTTGAGTTTCTT
AAGGCTTTGGTCTTTTTTCAAGGATTTTATTATAAGGCAATTACCAAACACCATTTGTCTTCTGCCTTTTTCATATACCTTGTTTTGGATTTCAGATAAAAGCTTATGTATAGATTGATTTTCACTTTTACATATTTCCAGTCTTGCAAGG