NA ----> NA
Intron 1 GTATGATGTG ... GGTGTTTTAG
Found issues: Low number of reads
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 66.67 | 1 | 2 | 0 |
| A2 | 100 | 0 | 5 | 0 |
| A3 | 50 | 1 | 1 | 0 |
| A4 | 100 | 0 | 3 | 0 |
| A5 | 100 | 0 | 1 | 2 |
| A6 | 100 | 0 | 5 | 0 |
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| A8 | 88.89 | 1 | 8 | 5 |
| A9 | 100 | 0 | 5 | 0 |
| A10 | -1 | 0 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN43829_c2_g4_i6 from sample A8 / Example spliced isoformGGTTTGCGCCGAACTTTCCAGGAGCCCTGGCCTCCTGCTGCTGCTCAGTATTGCGAAGGGCTTCCAGGCACTTGGATATGAGCTAGAGCTGTATTCTATTGAGGATGGGCCTGTTCGTGGTGCTTGGGAAAAGATTGGAACTATTGTCAATATACTCCGGAGTAATTCACATCAAGAGTTTCAAGTTGACTGGTTAAATT
TTGATGGTGTGGTTGTGAGCTCTCTTGAAGCAAAAGCCACAATTTCTAGCCTCATGCAGGAACCTTTTAGAATGGTACCTGTCGTATGGATCATCCATGAGAATACATTAGGACGGCGTCTAAGGCTTTATTCTTCAGATAAACATAGAAGAATTATCAGTGACTGGAAGTGTGCATTTGATCGAGCTGATGTGGTTGTT
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AGGCTATTCAAATAGCTGAAGACGCAGAGAGAAGGGAACAGGAAGAGTTGGAAGACAGAAGAGACTGGCTTAAGAGAACATGGGAAGAAGTTTATCGTGGTGTTAAGAGGGCTGAAAGAACAAAAAGTGAGCTACATGAAAGAGATGATGGTGAGCTGGAAAGGACTGGGCAACCATTATGCATCTATGAACCTTATTAT
GGACCAGGCACATGGCCTTTTCTACACAATCATGCACTCTACCGTGGAATAGGCTTGAGCACAAAAGGCAGAAGGCTAGGTGCTGATGATATTGATGCACCAGCTCGACTTCCTCTTCTTAGTGATTCATGGAGGGCAGCTGGGAGAAAGAGTGGAATACAAGGATATGTGGCCTGCTTCATGCGACAAATTATTTGGTA
ATTGACAATCATATACATATATATATTTTGCACTAGGTGTCACTTTCTGAGGCTGGTGAAAAGGCATTGACAGATGCAGTTGGAACAGGCAGGCATGGGAACGCCATCTACTTCTGGGCAAGAATGGACAATGACACTCGAGCTGGCACAAGAACAACAACTTTTCCAAGAGATAAAAGTTTCTGGTCATATTGTGATGC
CATAAATGCTGGAAACTGCAGGGTTGTTTTTTTAGACGCATTCAAAAGGATGTATAGTCTACCCGAGACTTGGATGGCAGTTCCACCCATGCCCATTGATGGGGACTCTTGGTCTGTCCTACATAGTTGGGCAATGCCTACAAGATCATTTTTGGAGTTTGTAATGTTTGCAAGGATGTTTATAGATGCCATGGATACAC
AGCATTACACTGAGCACCACGACAATGGCACGTGTTGTTTGAGCATTTCAAAGGATCCTCATTGTTATTGCCGGCTTCTGGAGTTGCTTGTAAATGTTTGGGCATATCACAGTGCAAGAAGAATGATATATGTCAATCCACAAACAGGACACATGCAAGAGCATCACAAACTGAAAAGTCGGAGAGGTCACATGTGGGTG
AAATGGTTTGATTTCACTCTTTTGAAGAGCATGGATGAAGACATGGCAGAAGAAGTAGATACTGAGCACCCGACAAAGAGGTGGTTGTGGCCTTCAACTGGAGAAGTGTACTGGCAAGGCGTATATGAGAGGGAAAGGCATCACCGAAACCGTTTAAGGATTGAAAAGAAGAGGAAGAGCAAGGATAAATTAGTGCGTAT
GCGACATAGATATAGACAGAAGTCCCTTGGCAAGTATGTAAAACCACCACCTGAGGAGCAGATTCCCTTGCAAATAAATGTAACGACTCTGATATGAAGACTCGTATTTCACAATCTGCACATTTCTATTTCTTAACATGTTCAAAGAGAAGGCAACAAGCTCTGTCGCATCTCCAATACCATTGTCCATACACACCCAT
GATTTTTGTACCATCCCATTGAATGAGGAGCAAGATAGCTCCTTTTGTTCATCTCTTGATTCATTTGTAGCTTTAGGTCCCATTTAAGGAATTATTTTAGAATTTAAAATTCAAATTTGTTCCCCTGTGACCTGTAATTCTTCTCAGATTTCCGAGGAAAACCATTTCAGGTGTAGAATTAAATCTCCTCCTTGAGGGAT
TATATGTTGTACGATAGATTAGACACATTATCCACAATTCTTGAATTTTGTTTATATCCTCGTGGACAAGGCTAATGATTTAGCCATTCATGTGAGATTCCAAGTTGAAATAGAATTTGTTTTTCGGAAATTTAGTTCTGGCTGTTACTTCTAGCTAATGAATTTCATTCTTTTTGGGAATGAATGGCAGATTAAGTTTT
ACAAAGAGAACCTAATGTGGCAAGGTATTGCCCAGTGAATTTCTAGTGGTTCATGAGTGATAGTAGTTATTATCTAATTGTATAGAAGAGAATTTGAAAAACAACGAGAGTTGAATAGAAGAGAATCACTAAGAATATTTGAAAATGAAGGAAAAACTGGAAAATTGTATTTGTTATTATATATTTTACAATTCGGGTTT
ATCTAATCTTCGTAATCTAC
>TRINITY_DN43829_c2_g4_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:GCCGGGTTCCGGTTCTGAGTTGTTTTTCTCTTCATGCTTGTATGACAGGTTTGCGCCGAACTTTCCAGGAGCCCTGGCCTCCTGCTGCTGCTCAGTATTGCGAAGGGCTTCCAGGCACTTGGATATGAGCTAGAGCTGTATTCTATTGAGGATGGGCCTGTTCGTGGTGCTTGGGAAAAGATTGGAACTATTGTCAATAT
ACTCCGGAGTAATTCACATCAAGAGTTTCAAGTTGACTGGTTAAATTTTGATGGTGTGGTTGTGAGCTCTCTTGAAGCAAAAGCCACAATTTCTAGCCTCATGCAGGAACCTTTTAGAATGGTACCTGTCGTATGGATCATCCATGAGAATACATTAGGACGGCGTCTAAGGCTTTATTCTTCAGATAAACATAGAAGAA
TTATCAGTGACTGGAAGTGTGCATTTGATCGAGCTGATGTGGTTGTTTTTTCAGACTATGCCATGCCGATGATGTATTCTGTATTTGATTCTGGGAACTTCTTTGTCATCCCTGGCTCCCCAAAGGAAACATGGGAGGCAGAACATTTTACCTCTTTGAACAGGAAAGAGGACTTGCTATCCAAATTAAGCTTCAAATCC
GATGATTTTGTAATTGTAGTTGTTGGAAGTCAATTTACTTACACAGGTATATGGAGAGAGCATGCACTGGTAATGCAAGCTACCCTGCATTTAATGGCAAAGTTTAAAATTAATGATTCTATCGGTACTTCTTTAAGGCTTGTCATTGTGAGCAACAACTTCAACAGCACCTATGGGGTGGCTTTGCAGACAGTTGCACT
TCAACTGGGATTTCGAACTGGAATTGTCCAACATGCTTCTCGAGATGATGATGTAAACATCTTACTGAGTACTGCAGATTTGGTGGTTTATGGATCCTTTCATGAAGAACAAGCATTTCCAGCTATTCTGATACGAGCCATGTCGTTTGAAAAGCCAATAATTGTTCCCAACCTCCCCATAATTCAAAAATATATTGAAG
ACAGAGTTCATGGGCTTTTATTTCCAGTTGGAAACGTTAAGATGATTACAGAAGCAATGTCCTTGGCAATATCAAATGGCACCTTATCAGTTTTAGCTCGCAAGATTGCACTGGCTGGTAGATTGCATGCAAGGGGATTAATGGTTCCCGATGCTATAGAAGGGTATTCCACACTACTTGAGAATGTTCTTCACTTTCCA
TCTGAAGTGGGGATTCCACGATATGTTTCAGACATCCCATGGGCAATAAAAGGGTTGTGGCAATGGCAGTTGATGGAGAAACCATCAATGTCAAATGCTGCATACATAGAACAACAATCAAAAAAATCAAGTGTAGTTTTTCAGGTTGAGGAGTTTTGGATAAGTAGTCCTCGTATGGAGGATTCCATATTAAACAATAA
CAGCATAAATGAAGACTCTTTCTACTTCATAGACTGGGAGGAAGAAAAGGCTATTCAAATAGCTGAAGACGCAGAGAGAAGGGAACAGGAAGAGTTGGAAGACAGAAGAGACTGGCTTAAGAGAACATGGGAAGAAGTTTATCGTGGTGTTAAGAGGGCTGAAAGAACAAAAAGTGAGCTACATGAAAGAGATGATGGTG
AGCTGGAAAGGACTGGGCAACCATTATGCATCTATGAACCTTATTATGGACCAGGCACATGGCCTTTTCTACACAATCATGCACTCTACCGTGGAATAGGCTTGAGCACAAAAGGCAGAAGGCTAGGTGCTGATGATATTGATGCACCAGCTCGACTTCCTCTTCTTAGTGATGTATATTATCGAGATACTCTTTGTGAA
TATGGTGCACTTTTTGCTATTGCTAATAGAGTTGATCGTATTCACAAGAATTCTTGGATTGGTTTTCAGTCATGGAGGGCAGCTGGGAGAAAGgtatgatgtgctttactaaggtattttgtaaaaataattgagcactttccattacccatattttgtgccactttcatatttagaactttctgaatttgtcttaatgt
cattctacatgtggtcactaccactcaatgtgctacgtatatcatttatttttgtagactatgcagtgttctccgttttatcttgcatttactttttaactgctttgaagaggtagcatttaatcagttgctttgaagaggcataacttaatcagttaagtgtcggtgttttagAGTGGAATACAAGGATATGTGGCCTG
CTTCATGCGACAAATTATTTGGTAATTGACAATCATATACATATATATATTTTGCACTAGGTGTCACTTTCTGAGGCTGGTGAAAAGGCATTGACAGATGCAGTTGGAACAGGCAGGCATGGGAACGCCATCTACTTCTGGGCAAGAATGGACAATGACACTCGAGCTGGCACAAGAACAACAACTTTTCCAAGAGATAA
AAGTTTCTGGTCATATTGTGATGCCATAAATGCTGGAAACTGCAGGGTTGTTTTTTTAGACGCATTCAAAAGGATGTATAGTCTACCCGAGACTTGGATGGCAGTTCCACCCATGCCCATTGATGGGGACTCTTGGTCTGTCCTACATAGTTGGGCAATGCCTACAAGATCATTTTTGGAGTTTGTAATGTTTGCAAGGA
TGTTTATAGATGCCATGGATACACAGCATTACACTGAGCACCACGACAATGGCACGTGTTGTTTGAGCATTTCAAAGGATCCTCATTGTTATTGCCGGCTTCTGGAGTTGCTTGTAAATGTTTGGGCATATCACAGTGCAAGAAGAATGATATATGTCAATCCACAAACAGGACACATGCAAGAGCATCACAAACTGAAA
AGTCGGAGAGGTCACATGTGGGTGAAATGGTTTGATTTCACTCTTTTGAAGAGCATGGATGAAGACATGGCAGAAGAAGTAGATACTGAGCACCCGACAAAGAGGTGGTTGTGGCCTTCAACTGGAGAAGTGTACTGGCAAGGCGTATATGAGAGGGAAAGGCATCACCGAAACCGTTTAAGGATTGAAAAGAAGAGGAA
GAGCAAGGATAAATTAGTGCGTATGCGACATAGATATAGACAGAAGTCCCTTGGCAAGTATGTAAAACCACCACCTGAGGAGCAGATTCCCTTGCAAATAAATGTAACGACTCTGATATGAAGACTCGTATTTCACAATCTGCACATTTCTATTTCTTAACATGTTCAAAGAGAAGGCAACAAGCTCTGTCGCATCTCCA
ATACCATTGTCCATACACACCCATGATTTTTGTACCATCCCATTGAATGAGGAGCAAGATAGCTCCTTTTGTTCATCTCTTGATTCATTTGTAGCTTTAGGTCCCATTTAAGGAATTATTTTAGAATTTAAAATTCAAATTTGTTCCCCTGTGACCTGTAATTCTTCTCAGATTTCCGAGGAAAACCATTTCAGGTGTAG
AATTAAATCTCCTCCTTGAGGGATTATATGTTGTACGATAGATTAGACACATTATCCACAATTCTTGAATTTTGTTTATATCCTCGTGGACAAGGCTAATGATTTAGCCATTCATGTGAGATTCCAAGTTGAAATAGAATTTGTTTTTCGGAAATTTAGTTCTGGCTGTTACTTCTAGCTAATGAATTTCATTCTTTTTG
GGAATGAATGGCAGATTAAGTTTTACAAAGAGAACCTAATGTGGCAAGGTATTGCCCAGTGAATTTCTAGTGGTTCATGAGTGATAGTAGTTATTATCTAATTGTATAGAAGAGAATTTGAAAAACAACGAGAGTTGAATAGAAGAGAATCACTAAGAATATTTGAAAATGAAGGAAAAACTGGAAAATTGTATTTGTTA
TTATATATTTTACAATTCGGGTTTATCTAATCTTCGTAATCTAC
Intron 2 GTTGATTCCA ... TTATTACCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 30.3 | 23 | 0 | 10 |
| A2 | 24 | 19 | 0 | 6 |
| A3 | 28.57 | 15 | 0 | 6 |
| A4 | 11.11 | 16 | 0 | 2 |
| A5 | 0 | 7 | 0 | 0 |
| A6 | 20 | 28 | 0 | 7 |
| A7 | 15.85 | 69 | 0 | 13 |
| A8 | 17.19 | 53 | 0 | 11 |
| A9 | 25.64 | 52.2 | 0 | 18 |
| A10 | 11.86 | 52 | 0 | 7 |
>TRINITY_DN43829_c2_g4_i1 from sample A8 / Example spliced isoformGCCGGGTTCCGGTTCTGAGTTGTTTTTCTCTTCATGCTTGTATGACAGGTTTGCGCCGAACTTTCCAGGAGCCCTGGCCTCCTGCTGCTGCTCAGTATTGCGAAGGGCTTCCAGGCACTTGGATATGAGCTAGAGCTGTATTCTATTGAGGATGGGCCTGTTCGTGGTGCTTGGGAAAAGATTGGAACTATTGTCAATAT
ACTCCGGAGTAATTCACATCAAGAGTTTCAAGTTGACTGGTTAAATTTTGATGGTGTGGTTGTGAGCTCTCTTGAAGCAAAAGCCACAATTTCTAGCCTCATGCAGGAACCTTTTAGAATGGTACCTGTCGTATGGATCATCCATGAGAATACATTAGGACGGCGTCTAAGGCTTTATTCTTCAGATAAACATAGAAGAA
TTATCAGTGACTGGAAGTGTGCATTTGATCGAGCTGATGTGGTTGTTTTTTCAGACTATGCCATGCCGATGATGTATTCTGTATTTGATTCTGGGAACTTCTTTGTCATCCCTGGCTCCCCAAAGGAAACATGGGAGGCAGAACATTTTACCTCTTTGAACAGGAAAGAGGACTTGCTATCCAAATTAAGCTTCAAATCC
GATGATTTTGTAATTGTAGTTGTTGGAAGTCAATTTACTTACACAGGTATATGGAGAGAGCATGCACTGGTAATGCAAGCTACCCTGCATTTAATGGCAAAGTTTAAAATTAATGATTCTATCGGTACTTCTTTAAGGCTTGTCATTGTGAGCAACAACTTCAACAGCACCTATGGGGTGGCTTTGCAGACAGTTGCACT
TCAACTGGGATTTCGAACTGGAATTGTCCAACATGCTTCTCGAGATGATGATGTAAACATCTTACTGAGTACTGCAGATTTGGTGGTTTATGGATCCTTTCATGAAGAACAAGCATTTCCAGCTATTCTGATACGAGCCATGTCGTTTGAAAAGCCAATAATTGTTCCCAACCTCCCCATAATTCAAAAATATATTGAAG
ACAGAGTTCATGGGCTTTTATTTCCAGTTGGAAACGTTAAGATGATTACAGAAGCAATGTCCTTGGCAATATCAAATGGCACCTTATCAGTTTTAGCTCGCAAGATTGCACTGGCTGGTAGATTGCATGCAAGGGGATTAATGGTTCCCGATGCTATAGAAGGGTATTCCACACTACTTGAGAATGTTCTTCACTTTCCA
TCTGAAGTGGGGATTCCACGATATGTTTCAGACATCCCATGGGCAATAAAAGGGTTGTGGCAATGGCAGTTGATGGAGAAACCATCAATGTCAAATGCTGCATACATAGAACAACAATCAAAAAAATCAAGTGTAGTTTTTCAGGTTGAGGAGTTTTGGATAAGTAGTCCTCGTATGGAGGATTCCATATTAAACAATAA
CAGCATAAATGAAGACTCTTTCTACTTCATAGACTGGGAGGAAGAAAAGGCTATTCAAATAGCTGAAGACGCAGAGAGAAGGGAACAGGAAGAGTTGGAAGACAGAAGAGACTGGCTTAAGAGAACATGGGAAGAAGTTTATCGTGGTGTTAAGAGGGCTGAAAGAACAAAAAGTGAGCTACATGAAAGAGATGATGGTG
AGCTGGAAAGGACTGGGCAACCATTATGCATCTATGAACCTTATTATGGACCAGGCACATGGCCTTTTCTACACAATCATGCACTCTACCGTGGAATAGGCTTGAGCACAAAAGGCAGAAGGCTAGGTGCTGATGATATTGATGCACCAGCTCGACTTCCTCTTCTTAGTGATGTATATTATCGAGATACTCTTTGTGAA
TATGGTGCACTTTTTGCTATTGCTAATAGAGTTGATCGTATTCACAAGAATTCTTGGATTGGTTTTCAGTCATGGAGGGCAGCTGGGAGAAAGGTATGATGTGCTTTACTAAGGTATTTTGTAAAAATAATTGAGCACTTTCCATTACCCATATTTTGTGCCACTTTCATATTTAGAACTTTCTGAATTTGTCTTAATGT
CATTCTACATGTGGTCACTACCACTCAATGTGCTACGTATATCATTTATTTTTGTAGACTATGCAGTGTTCTCCGTTTTATCTTGCATTTACTTTTTAACTGCTTTGAAGAGGTAGCATTTAATCAGTTGCTTTGAAGAGGCATAACTTAATCAGTTAAGTGTCGGTGTTTTAGAGTGGAATACAAGGATATGTGGCCTG
CTTCATGCGACAAATTATTTGGTAATTGACAATCATATACATATATATATTTTGCACTAGGTGTCACTTTCTGAGGCTGGTGAAAAGGCATTGACAGATGCAGTTGGAACAGGCAGGCATGGGAACGCCATCTACTTCTGGGCAAGAATGGACAATGACACTCGAGCTGGCACAAGAACAACAACTTTTCCAAGAGATAA
AAGTTTCTGGTCATATTGTGATGCCATAAATGCTGGAAACTGCAGGGTTGTTTTTTTAGACGCATTCAAAAGGATGTATAGTCTACCCGAGACTTGGATGGCAGTTCCACCCATGCCCATTGATGGGGACTCTTGGTCTGTCCTACATAGTTGGGCAATGCCTACAAGATCATTTTTGGAGTTTGTAATGTTTGCAAGGA
TGTTTATAGATGCCATGGATACACAGCATTACACTGAGCACCACGACAATGGCACGTGTTGTTTGAGCATTTCAAAGGATCCTCATTGTTATTGCCGGCTTCTGGAGTTGCTTGTAAATGTTTGGGCATATCACAGTGCAAGAAGAATGATATATGTCAATCCACAAACAGGACACATGCAAGAGCATCACAAACTGAAA
AGTCGGAGAGGTCACATGTGGGTGAAATGGTTTGATTTCACTCTTTTGAAGAGCATGGATGAAGACATGGCAGAAGAAGTAGATACTGAGCACCCGACAAAGAGGTGGTTGTGGCCTTCAACTGGAGAAGTGTACTGGCAAGGCGTATATGAGAGGGAAAGGCATCACCGAAACCGTTTAAGGATTGAAAAGAAGAGGAA
GAGCAAGGATAAATTAGTGCGTATGCGACATAGATATAGACAGAAGTCCCTTGGCAAGTATGTAAAACCACCACCTGAGGAGCAGATTCCCTTGCAAATAAATGTAACGACTCTGATATGAAGACTCGTATTTCACAATCTGCACATTTCTATTTCTTAACATGTTCAAAGAGAAGGCAACAAGCTCTGTCGCATCTCCA
ATACCATTGTCCATACACACCCATGATTTTTGTACCATCCCATTGAATGAGGAGCAAGATAGCTCCTTTTGTTCATCTCTTGATTCATTTGTAGCTTTAGGTCCCATTTAAGGAATTATTTTAGAATTTAAAATTCAAATTTGTTCCCCTGTGACCTGTAATTCTTCTCAGATTTCCGAGGAAAACCATTTCAGGTGTAG
AATTAAATCTCCTCCTTGAGGGATTATATGTTGTACGATAGATTAGACACATTATCCACAATTCTTGAATTTTGTTTATATCCTCGTGGACAAGGCTAATGATTTAGCCATTCATGTGAGATTCCAAGTTGAAATAGAATTTGTTTTTCGGAAATTTAGTTCTGGCTGTTACTTCTAGCTAATGAATTTCATTCTTTTTG
GGAATGAATGGCAGATTAAGTTTTACAAAGAGAACCTAATGTGGCAAGGTATTGCCCAGTGAATTTCTAGTGGTTCATGAGTGATAGTAGTTATTATCTAATTGTATAGAAGAGAATTTGAAAAACAACGAGAGTTGAATAGAAGAGAATCACTAAGAATATTTGAAAATGAAGGAAAAACTGGAAAATTGTATTTGTTA
TTATATATTTTACAATTCGGGTTTATCTAATCTTCGTAATCTAC
>TRINITY_DN43829_c2_g4_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:GTGTTGTTTGAGCATTTCAAAGgttgattccatctttcttgtcaaatcttgctttcatggccattctaatttacgtatttcttgtctgatgattgcgctcatgtaaatctgaataaaatgagccaattgttagatgctcttacatagcagcaatatatattcttgttctttggagtacaggtttaattacactgtgctaa
ccagtctgtcatagttcgatgcttatttctaagtaaagctcaacctagtgagttgttctttttattaccagGATCCTCATTGTTATTGCCGGCTTCTGGAGTTGCTTGTAAATGTTTGGGCATATCACAGTGCAAGAAGAATGATATATGTCAATCCACAAACAGGACACATGCAAGAGCATCACAAACTGAAAAGTCGG
AGAGGTCACATGTGGGTGAAATGGTTTGATTTCACTCTTTTGAAGAGCATGGATGAAGACATGGCAGAAGAAGTAGATACTGAGCACCCGACAAAGAGGTGGTTGTGGCCTTCAACTGGAGAAGTGTACTGGCAAGGCGTATATGAGAGGGAAAGGCATCACCGAAACCGTTTAAGGATTGAAAAGAAGAGGAAGAGCAA
GGATAAATTAGTGCGTATGCGACATAGATATAGACAGAAGTCCCTTGGCAAGTATGTAAAACCACCACCTGAGGAGCAGATTCCCTTGCAAATAAATGTAACGACTCTGATATGAAGACTCGTATTTCACAATCTGCACATTTCTATTTCTTAACATGTTCAAAGAGAAGGCAACAAGCTCTGTCGCATCTCCAATACCA
TTGTCCATACACACCCATGATTTTTGTACCATCCCATTGAATGAGGAGCAAGATAGCTCCTTTTGTTCATCTCTTGATTCATTTGTAGCTTTAGGTCCCATTTAAGGAATTATTTTAGAATTTAAAATTCAAATTTGTTCCCCTGTGACCTGTAATTCTTCTCAGATTTCCGAGGAAAACCATTTCAGGTGTAGAATTAA
ATCTCCTCCTTGAGGGATTATATGTTGTACGATAGATTAGACACATTATCCACAATTCTTGAATTTTGTTTATATCCTCGTGGACAAGGCTAATGATTTAGCCATTCATGTGAGATTCCAAGTTGAAATAGAATTTGTTTTTCGGAAATTTAGTTCTGGCTGTTACTTCTAGCTAATGAATTTCATTCTTTTTGGGAATG
AATGGCAGATTAAGTTTTACAAAGAGAACCTAATGTGGCAAGGTATTGCCCAGTGAATTTCTAGTGGTTCATGAGTGATAGTAGTTATTATCTAATTGTATAGAAGAGAATTTGAAAAACAACGAGAGTTGAATAGAAGAGAATCACTAAGAATATTTGAAAATGAAGGAAAAACTGGAAAATTGTATTTGTTATTATAT
ATTTTACAATTCGGGTTTATCTAATCTTCGTAATCTAC
Intron 3 GTATGGTAGA ... ATCATTGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.18 | 27 | 0 | 6 |
| A2 | 15.63 | 27 | 0 | 5 |
| A3 | 16 | 21 | 1 | 4 |
| A4 | 10.53 | 17 | 0 | 2 |
| A5 | 36.36 | 7 | 0 | 4 |
| A6 | 27.59 | 21 | 0 | 8 |
| A7 | 24.56 | 43 | 0 | 14 |
| A8 | 17.86 | 46 | 1 | 10 |
| A9 | 28.59 | 30 | 1 | 12 |
| A10 | 22.5 | 31 | 0 | 9 |
>TRINITY_DN43829_c2_g4_i1 from sample A8 / Example spliced isoformGCCGGGTTCCGGTTCTGAGTTGTTTTTCTCTTCATGCTTGTATGACAGGTTTGCGCCGAACTTTCCAGGAGCCCTGGCCTCCTGCTGCTGCTCAGTATTGCGAAGGGCTTCCAGGCACTTGGATATGAGCTAGAGCTGTATTCTATTGAGGATGGGCCTGTTCGTGGTGCTTGGGAAAAGATTGGAACTATTGTCAATAT
ACTCCGGAGTAATTCACATCAAGAGTTTCAAGTTGACTGGTTAAATTTTGATGGTGTGGTTGTGAGCTCTCTTGAAGCAAAAGCCACAATTTCTAGCCTCATGCAGGAACCTTTTAGAATGGTACCTGTCGTATGGATCATCCATGAGAATACATTAGGACGGCGTCTAAGGCTTTATTCTTCAGATAAACATAGAAGAA
TTATCAGTGACTGGAAGTGTGCATTTGATCGAGCTGATGTGGTTGTTTTTTCAGACTATGCCATGCCGATGATGTATTCTGTATTTGATTCTGGGAACTTCTTTGTCATCCCTGGCTCCCCAAAGGAAACATGGGAGGCAGAACATTTTACCTCTTTGAACAGGAAAGAGGACTTGCTATCCAAATTAAGCTTCAAATCC
GATGATTTTGTAATTGTAGTTGTTGGAAGTCAATTTACTTACACAGGTATATGGAGAGAGCATGCACTGGTAATGCAAGCTACCCTGCATTTAATGGCAAAGTTTAAAATTAATGATTCTATCGGTACTTCTTTAAGGCTTGTCATTGTGAGCAACAACTTCAACAGCACCTATGGGGTGGCTTTGCAGACAGTTGCACT
TCAACTGGGATTTCGAACTGGAATTGTCCAACATGCTTCTCGAGATGATGATGTAAACATCTTACTGAGTACTGCAGATTTGGTGGTTTATGGATCCTTTCATGAAGAACAAGCATTTCCAGCTATTCTGATACGAGCCATGTCGTTTGAAAAGCCAATAATTGTTCCCAACCTCCCCATAATTCAAAAATATATTGAAG
ACAGAGTTCATGGGCTTTTATTTCCAGTTGGAAACGTTAAGATGATTACAGAAGCAATGTCCTTGGCAATATCAAATGGCACCTTATCAGTTTTAGCTCGCAAGATTGCACTGGCTGGTAGATTGCATGCAAGGGGATTAATGGTTCCCGATGCTATAGAAGGGTATTCCACACTACTTGAGAATGTTCTTCACTTTCCA
TCTGAAGTGGGGATTCCACGATATGTTTCAGACATCCCATGGGCAATAAAAGGGTTGTGGCAATGGCAGTTGATGGAGAAACCATCAATGTCAAATGCTGCATACATAGAACAACAATCAAAAAAATCAAGTGTAGTTTTTCAGGTTGAGGAGTTTTGGATAAGTAGTCCTCGTATGGAGGATTCCATATTAAACAATAA
CAGCATAAATGAAGACTCTTTCTACTTCATAGACTGGGAGGAAGAAAAGGCTATTCAAATAGCTGAAGACGCAGAGAGAAGGGAACAGGAAGAGTTGGAAGACAGAAGAGACTGGCTTAAGAGAACATGGGAAGAAGTTTATCGTGGTGTTAAGAGGGCTGAAAGAACAAAAAGTGAGCTACATGAAAGAGATGATGGTG
AGCTGGAAAGGACTGGGCAACCATTATGCATCTATGAACCTTATTATGGACCAGGCACATGGCCTTTTCTACACAATCATGCACTCTACCGTGGAATAGGCTTGAGCACAAAAGGCAGAAGGCTAGGTGCTGATGATATTGATGCACCAGCTCGACTTCCTCTTCTTAGTGATGTATATTATCGAGATACTCTTTGTGAA
TATGGTGCACTTTTTGCTATTGCTAATAGAGTTGATCGTATTCACAAGAATTCTTGGATTGGTTTTCAGTCATGGAGGGCAGCTGGGAGAAAGGTATGATGTGCTTTACTAAGGTATTTTGTAAAAATAATTGAGCACTTTCCATTACCCATATTTTGTGCCACTTTCATATTTAGAACTTTCTGAATTTGTCTTAATGT
CATTCTACATGTGGTCACTACCACTCAATGTGCTACGTATATCATTTATTTTTGTAGACTATGCAGTGTTCTCCGTTTTATCTTGCATTTACTTTTTAACTGCTTTGAAGAGGTAGCATTTAATCAGTTGCTTTGAAGAGGCATAACTTAATCAGTTAAGTGTCGGTGTTTTAGAGTGGAATACAAGGATATGTGGCCTG
CTTCATGCGACAAATTATTTGGTAATTGACAATCATATACATATATATATTTTGCACTAGGTGTCACTTTCTGAGGCTGGTGAAAAGGCATTGACAGATGCAGTTGGAACAGGCAGGCATGGGAACGCCATCTACTTCTGGGCAAGAATGGACAATGACACTCGAGCTGGCACAAGAACAACAACTTTTCCAAGAGATAA
AAGTTTCTGGTCATATTGTGATGCCATAAATGCTGGAAACTGCAGGGTTGTTTTTTTAGACGCATTCAAAAGGATGTATAGTCTACCCGAGACTTGGATGGCAGTTCCACCCATGCCCATTGATGGGGACTCTTGGTCTGTCCTACATAGTTGGGCAATGCCTACAAGATCATTTTTGGAGTTTGTAATGTTTGCAAGGA
TGTTTATAGATGCCATGGATACACAGCATTACACTGAGCACCACGACAATGGCACGTGTTGTTTGAGCATTTCAAAGGATCCTCATTGTTATTGCCGGCTTCTGGAGTTGCTTGTAAATGTTTGGGCATATCACAGTGCAAGAAGAATGATATATGTCAATCCACAAACAGGACACATGCAAGAGCATCACAAACTGAAA
AGTCGGAGAGGTCACATGTGGGTGAAATGGTTTGATTTCACTCTTTTGAAGAGCATGGATGAAGACATGGCAGAAGAAGTAGATACTGAGCACCCGACAAAGAGGTGGTTGTGGCCTTCAACTGGAGAAGTGTACTGGCAAGGCGTATATGAGAGGGAAAGGCATCACCGAAACCGTTTAAGGATTGAAAAGAAGAGGAA
GAGCAAGGATAAATTAGTGCGTATGCGACATAGATATAGACAGAAGTCCCTTGGCAAGTATGTAAAACCACCACCTGAGGAGCAGATTCCCTTGCAAATAAATGTAACGACTCTGATATGAAGACTCGTATTTCACAATCTGCACATTTCTATTTCTTAACATGTTCAAAGAGAAGGCAACAAGCTCTGTCGCATCTCCA
ATACCATTGTCCATACACACCCATGATTTTTGTACCATCCCATTGAATGAGGAGCAAGATAGCTCCTTTTGTTCATCTCTTGATTCATTTGTAGCTTTAGGTCCCATTTAAGGAATTATTTTAGAATTTAAAATTCAAATTTGTTCCCCTGTGACCTGTAATTCTTCTCAGATTTCCGAGGAAAACCATTTCAGGTGTAG
AATTAAATCTCCTCCTTGAGGGATTATATGTTGTACGATAGATTAGACACATTATCCACAATTCTTGAATTTTGTTTATATCCTCGTGGACAAGGCTAATGATTTAGCCATTCATGTGAGATTCCAAGTTGAAATAGAATTTGTTTTTCGGAAATTTAGTTCTGGCTGTTACTTCTAGCTAATGAATTTCATTCTTTTTG
GGAATGAATGGCAGATTAAGTTTTACAAAGAGAACCTAATGTGGCAAGGTATTGCCCAGTGAATTTCTAGTGGTTCATGAGTGATAGTAGTTATTATCTAATTGTATAGAAGAGAATTTGAAAAACAACGAGAGTTGAATAGAAGAGAATCACTAAGAATATTTGAAAATGAAGGAAAAACTGGAAAATTGTATTTGTTA
TTATATATTTTACAATTCGGGTTTATCTAATCTTCGTAATCTAC
>TRINITY_DN43829_c2_g4_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:ATAAATGCTGGAAACTGCAGgtatggtagatgccagtgcatatattgtcttgaggcaaagtagatttgggattcatctctttcatatctttttaaattttggggtctgggttttggttttctaaggttggaaaggatagtatgatgtttgtgggaaaaataatgcaactcaaaaatgagaaaacttatctaatgttctgt
ctttgataaaatcagcattaattacaattcaagcaaaccccatattttcatgtggatgagaaatgtgtgccttgtgaattaacttgaatctgttaaatcattgaagGGTTGTTTTTTTAGACGCATTCAAAAGGATGTATAGTCTACCCGAGACTTGGATGGCAGTTCCACCCATGCCCATTGATGGGGACTCTTGGTCT
GTCCTACATAGTTGGGCAATGCCTACAAGATCATTTTTGGAGTTTGTAATGTTTGCAAGGATGTTTATAGATGCCATGGATACACAGCATTACACTGAGCACCACGACAATGGCACGTGTTGTTTGAGCATTTCAAAGGATCCTCATTGTTATTGCCGGCTTCTGGAGTTGCTTGTAAATGTTTGGGCATATCACAGTGC
AAGAAGAATGATATATGTCAATCCACAAACAGGACACATGCAAGAGCATCACAAACTGAAAAGTCGGAGAGGTCACATGTGGGTGAAATGGTTTGATTTCACTCTTTTGAAGAGCATGGATGAAGACATGGCAGAAGAAGTAGATACTGAGCACCCGACAAAGAGGTGGTTGTGGCCTTCAACTGGAGAAGTGTACTGGC
AAGGCGTATATGAGAGGGAAAGGCATCACCGAAACCGTTTAAGGATTGAAAAGAAGAGGAAGAGCAAGGATAAATTAGTGCGTATGCGACATAGATATAGACAGAAGTCCCTTGGCAAGTATGTAAAACCACCACCTGAGGAGCAGATTCCCTTGCAAATAAATGTAACGACTCTGATATGAAGACTCGTATTTCACAAT
CTGCACATTTCTATTTCTTAACATGTTCAAAGAGAAGGCAACAAGCTCTGTCGCATCTCCAATACCATTGTCCATACACACCCATGATTTTTGTACCATCCCATTGAATGAGGAGCAAGATAGCTCCTTTTGTTCATCTCTTGATTCATTTGTAGCTTTAGGTCCCATTTAAGGAATTATTTTAGAATTTAAAATTCAAA
TTTGTTCCCCTGTGACCTGTAATTCTTCTCAGATTTCCGAGGAAAACCATTTCAGGTGTAGAATTAAATCTCCTCCTTGAGGGATTATATGTTGTACGATAGATTAGACACATTATCCACAATTCTTGAATTTTGTTTATATCCTCGTGGACAAGGCTAATGATTTAGCCATTCATGTGAGATTCCAAGTTGAAATAGAA
TTTGTTTTTCGGAAATTTAGTTCTGGCTGTTACTTCTAGCTAATGAATTTCATTCTTTTTGGGAATGAATGGCAGATTAAGTTTTACAAAGAGAACCTAATGTGGCAAGGTATTGCCCAGTGAATTTCTAGTGGTTCATGAGTGATAGTAGTTATTATCTAATTGTATAGAAGAGAATTTGAAAAACAACGAGAGTTGAA
TAGAAGAGAATCACTAAGAATATTTGAAAATGAAGGAAAAACTGGAAAATTGTATTTGTTATTATATATTTTACAATTCGGGTTTATCTAATCTTCGTAATCTAC
Intron 4 GTTGTCGGTT ... CTGGCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 62.6 | 23 | 44 | 33 |
| A2 | 85 | 3 | 19 | 15 |
| A3 | 63.77 | 25 | 50 | 38 |
| A4 | 67.8 | 19 | 45 | 35 |
| A5 | 57.45 | 20 | 29 | 25 |
| A6 | 75 | 1 | 4 | 2 |
| A7 | 72.41 | 8 | 22 | 20 |
| A8 | 50 | 1 | 2 | 0 |
| A9 | 63.64 | 4 | 9 | 5 |
| A10 | 59.42 | 14 | 22 | 19 |
>TRINITY_DN101933_c0_g1_i2 from sample A5 / Example spliced isoformATTGCACGCCGCGGCCGTCTGGGGTTCGAGTCGCGTGGACATCCGCTTTGCGTTTTCCTGTAAGCGTGAATCCATCTTTTTTTCAGAAAAGCGTGAATCCATCTTTGCTTGGCTTGGGATAGCGCGGAGGCGGAGTAAATTGAATGTCCGCAGGATTCACGGAGATCCGACACGGCAGTGGTCGTATGGAGTTTTTTCCG
GTTTTATATTTTCAGTAAGCAGTGTGTGGGACCGTATATCTTAATTCCTCTGGTTCGGAAGAGAAATCCTGTCCGAAAACCGGGGTTCGAATTCCGGGATTTTACGTATTTTTGTTGAATGGAAAGGCCAGGTTCTCACTTGCAGAGTTTTGCTTTTGTCAGCAACAATGCTGGAAACGTTTAAATATTTTCAGCCGTAA
TGCAACCGGATTTTAAGCAAAAACGCAGCTGGATTTTGCGAAATGTGTACTATTTGAAAATTTTCAACCATAATATAAAATGTGGCTACAATATAAAGTGTTTCAAGTTCTTAAGCCGGAATGCAGTTAAAGCATTTGAGAACTTTGGCATTATTGTGGTTCATATGTTTCATATTTGAGGCTTTTCAGCCTTACTGCTG
TAGGAGTTGGAAATTTTTGAAGTTCTGCTTAACCGTAAGGCTGTTGAGGTCTGGATTTGATGTTCTCCAGCTATAATGAGGGTAAAATTTAAAGGATTTGAAGTTTTTGAGGCGGAATGGAGATTGCATTTGAAGGATTCGATTCTGCATAAAATTTGCCGTCCAAGTATTCAGGAATGAGTTGCTATTTGGACTTAAAA
AGTCACAATTCAAACAAAAATTGAGGCAGTTGGATTAGAATGTATAGATTTCTCTCCTTGGTCGCCATGGGAGACGGCCATCTGTTTAAACGTTCTCCTCACTACTGGGATTCCAGAGGCTTTGGCTTCTCCACCAACGGCAAGGCAAAAAACAGTCAATTGGCTTCGAAAGGGCGGTCTCACTCGGGCAAAAGGGGCTT
CATAAGAGGCAACTCTTTCGTATGTCGGATTCTAATATGCGCAGCTATTGCCTGCTTCATAGCGGACGCCATGCTACATGGTTCCATGATGATGTTCTTGAGGCACGCAGAGGTCCCTTCTGGAGATTATCGCGCTAGTTTGGAACAACAGTCAAATTTGGCGACGTTTAGCACGTCGGATATTGCGGAGGTTGTCAGAT
TCGTACCGCACAAACTTTTACAGAAATTCAGAGATAAAAATGCTGAAACGAATCTTACAGGCTTACAGAATAGAAGGCGGATTCCTATTAGGCCTCCTCGTTTGGCATTGGTTTGCGCCGAACTTTCCAGGAGCCCTGGCCTCCTGCTGCTGCTCAGTATTGCGAAGGGCTTCCAGGCACTTGGATATGAGCTAGAGCTG
TATTCTATTGAGGATGGGCCTGTTCGTGGTGCTTGGGAAAAGATTGGAACTATTGTCAATATACTCCGGAGTAATTCACATCAAGAGTTTCAAGTTGACTGGTTAA
>TRINITY_DN101933_c0_g1_i3 from sample A5 / Example unspliced isoform:ATTGCACGCCGCGGCCGTCTGGGGTTCGAGTCGCGTGGACATCCGCTTTGCGTTTTCCTGTAAGCGTGAATCCATCTTTTTTTCAGAAAAGCGTGAATCCATCTTTGCTTGGCTTGGGATAGCGCGGAGGCGGAGTAAATTGAATGTCCGCAGGATTCACGGAGATCCGgttgtcggttgctcatcgagtctcgaatcga
ctcgattgttgatctttaatatttctttattcatcttttattggaaggtaagaagatgtacgtctctcactccacttcttacactggctgcagACACGGCAGTGGTCGTATGGAGTTTTTTCCGGTTTTATATTTTCAGTAAGCAGTGTGTGGGACCGTATATCTTAATTCCTCTGGTTCGGAAGAGAAATCCTGTCCGA
AAACCGGGGTTCGAATTCCGGGATTTTACGTATTTTTGTTGAATGGAAAGGCCAGGTTCTCACTTGCAGAGTTTTGCTTTTGTCAGCAACAATGCTGGAAACGTTTAAATATTTTCAGCCGTAATGCAACCGGATTTTAAGCAAAAACGCAGCTGGATTTTGCGAAATGTGTACTATTTGAAAATTTTCAACCATAATAT
AAAATGTGGCTACAATATAAAGTGTTTCAAGTTCTTAAGCCGGAATGCAGTTAAAGCATTTGAGAACTTTGGCATTATTGTGGTTCATATGTTTCATATTTGAGGCTTTTCAGCCTTACTGCTGTAGGAGTTGGAAATTTTTGAAGTTCTGCTTAACCGTAAGGCTGTTGAGGTCTGGATTTGATGTTCTCCAGCTATAA
TGAGGGTAAAATTTAAAGGATTTGAAGTTTTTGAGGCGGAATGGAGATTGCATTTGAAGGATTCGATTCTGCATAAAATTTGCCGTCCAAGTATTCAGGAATGAGTTGCTATTTGGACTTAAAAAGTCACAATTCAAACAAAAATTGAGGCAGTTGGATTAGAATGTATAGATTTCTCTCCTTGGTCGCCATGGGAGACG
GCCATCTGTTTAAACGTTCTCCTCACTACTGGGATTCCAGAGGCTTTGGCTTCTCCACCAACGGCAAGGCAAAAAACAGTCAATTGGCTTCGAAAGGGCGGTCTCACTCGGGCAAAAGGGGCTTCATAAGAGGCAACTCTTTCGTATGTCGGATTCTAATATGCGCAGCTATTGCCTGCTTCATAGCGGACGCCATGCTA
CATGGTTCCATGATGATGTTCTTGAGGCACGCAGAGGTCCCTTCTGGAGATTATCGCGCTAGTTTGGAACAACAGTCAAATTTGGCGACGTTTAGCACGTCGGATATTGCGGAGGTTGTCAGATTCGTACCGCACAAACTTTTACAGAAATTCAGAGATAAAAATGCTGAAACGAATCTTACAGGCTTACAGAATAGAAG
GCGGATTCCTATTAGGCCTCCTCGTTTGGCATTGGTTTGCGCCGAACTTTCCAGGAGCCCTGGCCTCCTGCTGCTGCTCAGTATTGCGAAGGGCTTCCAGGCACTTGGATATGAGCTAGAGCTGTATTCTATTGAGGATGGGCCTGTTCGTGGTGCTTGGGAAAAGATTGGAACTATTGTCAATATACTCCGGAGTAATT
CACATCAAGAGTTTCAAGTTGACTGGTTAA
Intron 5 GTATATTATC ... TGGTTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 78.05 | 4 | 12 | 14 |
| A2 | 68.2 | 4 | 9 | 6.5 |
| A3 | 58.05 | 7.5 | 11 | 9 |
| A4 | 62.52 | 4.5 | 9 | 4 |
| A5 | 94.73 | 0.5 | 7 | 7.5 |
| A6 | 65.78 | 5 | 11 | 7 |
| A7 | 73.37 | 10.5 | 31 | 26 |
| A8 | 65.17 | 10.5 | 20 | 18 |
| A9 | 63.5 | 11.5 | 20 | 19 |
| A10 | 60.57 | 12.5 | 21 | 16 |
>TRINITY_DN116276_c2_g1_i7 from sample A3 / Example spliced isoformCGGCCGTCTGGGGTTCGAGTCGCGTGGACATCCGCTTTGCGTTTTCCTGTAAGCGTGAATCCATCTTTTTTTCAGAAAAGCGTGAATCCATCTTTGCTTGGCTTGGGATAGCGCGGAGGCGGAGTAAATTGAATGTCCGCAGGATTCACGGAGATCCGGTTGTCGGTTGCTCATCGAGTCTCGAATCGACTCGATTGTTG
ATCTTTAATATTTCTTTATTCATCTTTTATTGGAAGGTAAGAAGATGTACGTCTCTCACTCCACTTCTTACACTGGCTGCAGACACGGCAGTGGTCGTATGGAGTTTTTTCCGGTTTTATATTTTCAGTAAGCAGTGTGTGGGACCGTATATCTTAATTCCTCTGGTTCGGAAGAGAAATCCTGTCCGAAAACCGGGGTT
CGAATTCCGGGATTTTACGTATTTTTGTTGAATGGAAAGGCCAGGTTCTCACTTGCAGAGTTTTGCTTTTGTCAGCAACAATGCTGGAAACGTTTAAATATTTTCAGCCGTAATGCAACCGGATTTTAAGCAAAAACGCAGCTGGATTTTGCGAAATGTGTACTATTTGAAAATTTTCAACCATAATATAAAATGTGGCT
ACAATATAAAGTGTTTCAAGTTCTTAAGCCGGAATGCAGTTAAAGCATTTGAGAACTTTGGCATTATTGTGGTTCATATGTTTCATATTTGAGGCTTTTCAGCCTTACTGCTGTAGGAGTTGGAAATTTTTGAAGTTCTGCTTAACCGTAAGGCTGTTGAGGTCTGGATTTGATGTTCTCCAGCTATAATGAGGGTAAAA
TTTAAAGGATTTGAAGTTTTTGAGGCGGAATGGAGATTGCATTTGAAGGATTCGATTCTGCATAAAATTTGCCGTCCAAGTATTCAGGAATGAGTTGCTATTTGGACTTAAAAAGTCACAATTCAAACAAAAATTGAGGCAGTTGGATTAGAATGTATAGATTTCTCTCCTTGGTCGCCATGGGAGACGGCCATCTGTTT
AAACGTTCTCCTCACTACTGGGATTCCAGAGGCTTTGGCTTCTCCACCAACGGCAAGGCAAAAAACAGTCAATTGGCTTCGAAAGGGCGGTCTCACTCGGGCAAAAGGGGCTTCATAAGAGGCAACTCTTTCGTATGTCGGATTCTAATATGCGCAGCTATTGCCTGCTTCATAGCGGACGCCATGCTACATGGTTCCAT
GATGATGTTCTTGAGGCACGCAGAGGTCCCTTCTGGAGATTATCGCGCTAGTTTGGAACAACAGTCAAATTTGGCGACGTTTAGCACGTCGGATATTGCGGAGGTTGTCAGATTCGTACCGCACAAACTTTTACAGAAATTCAGAGATAAAAATGCTGAAACGAATCTTACAGGCTTACAGAATAGAAGGCGGATTCCTA
TTAGGCCTCCTCGTTTGGCATTGGTTTGCGCCGAACTTTCCAGGAGCCCTGGCCTCCTGCTGCTGCTCAGTATTGCGAAGGGCTTCCAGGCACTTGGATATGAGCTAGAGCTGTATTCTATTGAGGATGGGCCTGTTCGTGGTGCTTGGGAAAAGATTGGAACTATTGTCAATATACTCCGGAGTAATTCACATCAAGAG
TTTCAAGTTGACTGGTTAAATTTTGATGGTGTGGTTGTGAGCTCTCTTGAAGCAAAAGCCACAATTTCTAGCCTCATGCAGGAACCTTTTAGAATGGTACCTGTCGTATGGATCATCCATGAGAATACATTAGGACGGCGTCTAAGGCTTTATTCTTCAGATAAACATAGAAGAATTATCAGTGACTGGAAGTGTGCATT
TGATCGAGCTGATGTGGTTGTTTTTTCAGACTATGCCATGCCGATGATGTATTCTGTATTTGATTCTGGGAACTTCTTTGTCATCCCTGGCTCCCCAAAGGAAACATGGGAGGCAGAACATTTTACCTCTTTGAACAGGAAAGAGGACTTGCTATCCAAATTAAGCTTCAAATCCGATGATTTTGTAATTGTAGTTGTTG
GAAGTCAATTTACTTACACAGGTATATGGAGAGAGCATGCACTGGTAATGCAAGCTACCCTGCATTTAATGGCAAAGTTTAAAATTAATGATTCTATCGGTACTTCTTTAAGGCTTGTCATTGTGAGCAACAACTTCAACAGCACCTATGGGGTGGCTTTGCAGACAGTTGCACTTCAACTGGGATTTCGAACTGGAATT
GTCCAACATGCTTCTCGAGATGATGATGTAAACATCTTACTGAGTACTGCAGATTTGGTGGTTTATGGATCCTTTCATGAAGAACAAGCATTTCCAGCTATTCTGATACGAGCCATGTCGTTTGAAAAGCCAATAATTGTTCCCAACCTCCCCATAATTCAAAAATATATTGAAGACAGAGTTCATGGGCTTTTATTTCC
AGTTGGAAACGTTAAGATGATTACAGAAGCAATGTCCTTGGCAATATCAAATGGCACCTTATCAGTTTTAGCTCGCAAGATTGCACTGGCTGGTAGATTGCATGCAAGGGGATTAATGGTTCCCGATGCTATAGAAGGGTATTCCACACTACTTGAGAATGTTCTTCACTTTCCATCTGAAGTGGGGATTCCACGATATG
TTTCAGACATCCCATGGGCAATAAAAGGGTTGTGGCAATGGCAGTTGATGGAGAAACCATCAATGTCAAATGCTGCATACATAGAACAACAATCAAAAAAATCAAGTGTAGTTTTTCAGGTTGAGGAGTTTTGGATAAGTAGTCCTCGTATGGAGGATTCCATATTAAACAATAACAGCATAAATGAAGACTCTTTCTAC
TTCATAGACTGGGAGGAAGAAAAGGCTATTCAAATAGCTGAAGACGCAGAGAGAAGGGAACAGGAAGAGTTGGAAGACAGAAGAGACTGGCTTAAGAGAACATGGGAAGAAGTTTATCGTGGTGTTAAGAGGGCTGAAAGAACAAAAAGTGAGCTACATGAAAGAGATGATGGTGAGCTGGAAAGGACTGGGCAACCATT
ATGCATCTATGAACCTTATTATGGACCAGGCACATGGCCTTTTCTACACAATCATGCACTCTACCGTGGAATAGGCTTGAGCACAAAAGGCAGAAGGCTAGGTGCTGATGATATTGATGCACCAGCTCGACTTCCTCTTCTTAGTGATTCATGGAGGGCAGCTGGGAGAAAGGTGTCACTTTCTGAGGCTGGTGAAAAGG
CATTGACAGATGCAGTTGGAACAGGCAGGCATGGGAACGCCATCTACTTCTGGGCAAGAATGGACAATGACACTCGAGCTGGCACAAGAACAACAACTTTTCCAAGAGATAAAAGTTTCTGGTCATATTGTGATGCCATAAATGCTGGAAACTGCAGGGTTGTTTTTTTAGACGCATTCAAAAGGATGTATAGTCTACCC
GAGACTTGGATGGCAGTTCCACCCATGCCCATTGATGGGGACTCTTGGTCTGTCCTACATAGTTGGGCAATGCCTACAAGATCATTTTTGGAGTTTGTAATGTTTGCAAGGATGTTTATAGATGCCATGGATACACAGCATTACACTGAGCACCACGACAATGGCACGTGTTGTTTGAGCATTTCAAAGGATCCTCATTG
TTATTGCCGGCTTCTGGAGTTGCTTGTAAATGTTTGGGCATATCACAGTGCAAGAAGAATGATATATGTCAATCCACAAACAGGACACATGCAAGAGCATCACAAACTGAAAAGTCGAAG
>TRINITY_DN116276_c2_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:CGGCCGTCTGGGGTTCGAGTCGCGTGGACATCCGCTTTGCGTTTTCCTGTAAGCGTGAATCCATCTTTTTTTCAGAAAAGCGTGAATCCATCTTTGCTTGGCTTGGGATAGCGCGGAGGCGGAGTAAATTGAATGTCCGCAGGATTCACGGAGATCCGGTTGTCGGTTGCTCATCGAGTCTCGAATCGACTCGATTGTTG
ATCTTTAATATTTCTTTATTCATCTTTTATTGGAAGGTAAGAAGATGTACGTCTCTCACTCCACTTCTTACACTGGCTGCAGACACGGCAGTGGTCGTATGGAGTTTTTTCCGGTTTTATATTTTCAGTAAGCAGTGTGTGGGACCGTATATCTTAATTCCTCTGGTTCGGAAGAGAAATCCTGTCCGAAAACCGGGGTT
CGAATTCCGGGATTTTACGTATTTTTGTTGAATGGAAAGGCCAGGTTCTCACTTGCAGAGTTTTGCTTTTGTCAGCAACAATGCTGGAAACGTTTAAATATTTTCAGCCGTAATGCAACCGGATTTTAAGCAAAAACGCAGCTGGATTTTGCGAAATGTGTACTATTTGAAAATTTTCAACCATAATATAAAATGTGGCT
ACAATATAAAGTGTTTCAAGTTCTTAAGCCGGAATGCAGTTAAAGCATTTGAGAACTTTGGCATTATTGTGGTTCATATGTTTCATATTTGAGGCTTTTCAGCCTTACTGCTGTAGGAGTTGGAAATTTTTGAAGTTCTGCTTAACCGTAAGGCTGTTGAGGTCTGGATTTGATGTTCTCCAGCTATAATGAGGGTAAAA
TTTAAAGGATTTGAAGTTTTTGAGGCGGAATGGAGATTGCATTTGAAGGATTCGATTCTGCATAAAATTTGCCGTCCAAGTATTCAGGAATGAGTTGCTATTTGGACTTAAAAAGTCACAATTCAAACAAAAATTGAGGCAGTTGGATTAGAATGTATAGATTTCTCTCCTTGGTCGCCATGGGAGACGGCCATCTGTTT
AAACGTTCTCCTCACTACTGGGATTCCAGAGGCTTTGGCTTCTCCACCAACGGCAAGGCAAAAAACAGTCAATTGGCTTCGAAAGGGCGGTCTCACTCGGGCAAAAGGGGCTTCATAAGAGGCAACTCTTTCGTATGTCGGATTCTAATATGCGCAGCTATTGCCTGCTTCATAGCGGACGCCATGCTACATGGTTCCAT
GATGATGTTCTTGAGGCACGCAGAGGTCCCTTCTGGAGATTATCGCGCTAGTTTGGAACAACAGTCAAATTTGGCGACGTTTAGCACGTCGGATATTGCGGAGGTTGTCAGATTCGTACCGCACAAACTTTTACAGAAATTCAGAGATAAAAATGCTGAAACGAATCTTACAGGCTTACAGAATAGAAGGCGGATTCCTA
TTAGGCCTCCTCGTTTGGCATTGGTTTGCGCCGAACTTTCCAGGAGCCCTGGCCTCCTGCTGCTGCTCAGTATTGCGAAGGGCTTCCAGGCACTTGGATATGAGCTAGAGCTGTATTCTATTGAGGATGGGCCTGTTCGTGGTGCTTGGGAAAAGATTGGAACTATTGTCAATATACTCCGGAGTAATTCACATCAAGAG
TTTCAAGTTGACTGGTTAAATTTTGATGGTGTGGTTGTGAGCTCTCTTGAAGCAAAAGCCACAATTTCTAGCCTCATGCAGGAACCTTTTAGAATGGTACCTGTCGTATGGATCATCCATGAGAATACATTAGGACGGCGTCTAAGGCTTTATTCTTCAGATAAACATAGAAGAATTATCAGTGACTGGAAGTGTGCATT
TGATCGAGCTGATGTGGTTGTTTTTTCAGACTATGCCATGCCGATGATGTATTCTGTATTTGATTCTGGGAACTTCTTTGTCATCCCTGGCTCCCCAAAGGAAACATGGGAGGCAGAACATTTTACCTCTTTGAACAGGAAAGAGGACTTGCTATCCAAATTAAGCTTCAAATCCGATGATTTTGTAATTGTAGTTGTTG
GAAGTCAATTTACTTACACAGGTATATGGAGAGAGCATGCACTGGTAATGCAAGCTACCCTGCATTTAATGGCAAAGTTTAAAATTAATGATTCTATCGGTACTTCTTTAAGGCTTGTCATTGTGAGCAACAACTTCAACAGCACCTATGGGGTGGCTTTGCAGACAGTTGCACTTCAACTGGGATTTCGAACTGGAATT
GTCCAACATGCTTCTCGAGATGATGATGTAAACATCTTACTGAGTACTGCAGATTTGGTGGTTTATGGATCCTTTCATGAAGAACAAGCATTTCCAGCTATTCTGATACGAGCCATGTCGTTTGAAAAGCCAATAATTGTTCCCAACCTCCCCATAATTCAAAAATATATTGAAGACAGAGTTCATGGGCTTTTATTTCC
AGTTGGAAACGTTAAGATGATTACAGAAGCAATGTCCTTGGCAATATCAAATGGCACCTTATCAGTTTTAGCTCGCAAGATTGCACTGGCTGGTAGATTGCATGCAAGGGGATTAATGGTTCCCGATGCTATAGAAGGGTATTCCACACTACTTGAGAATGTTCTTCACTTTCCATCTGAAGTGGGGATTCCACGATATG
TTTCAGACATCCCATGGGCAATAAAAGGGTTGTGGCAATGGCAGTTGATGGAGAAACCATCAATGTCAAATGCTGCATACATAGAACAACAATCAAAAAAATCAAGTGTAGTTTTTCAGGTTGAGGAGTTTTGGATAAGTAGTCCTCGTATGGAGGATTCCATATTAAACAATAACAGCATAAATGAAGACTCTTTCTAC
TTCATAGACTGGGAGGAAGAAAAGGCTATTCAAATAGCTGAAGACGCAGAGAGAAGGGAACAGGAAGAGTTGGAAGACAGAAGAGACTGGCTTAAGAGAACATGGGAAGAAGTTTATCGTGGTGTTAAGAGGGCTGAAAGAACAAAAAGTGAGCTACATGAAAGAGATGATGGTGAGCTGGAAAGGACTGGGCAACCATT
ATGCATCTATGAACCTTATTATGGACCAGGCACATGGCCTTTTCTACACAATCATGCACTCTACCGTGGAATAGGCTTGAGCACAAAAGGCAGAAGGCTAGGTGCTGATGATATTGATGCACCAGCTCGACTTCCTCTTCTTAGTGATgtatattatcgagatactctttgtgaatatggtgcactttttgctattgcta
atagagttgatcgtattcacaagaattcttggattggttttcagTCATGGAGGGCAGCTGGGAGAAAGGTGTCACTTTCTGAGGCTGGTGAAAAGGCATTGACAGATGCAGTTGGAACAGGCAGGCATGGGAACGCCATCTACTTCTGGGCAAGAATGGACAATGACACTCGAGCTGGCACAAGAACAACAACTTTTCCA
AGAGATAAAAGTTTCTGGTCATATTGTGATGCCATAAATGCTGGAAACTGCAGGGTTGTTTTTTTAGACGCATTCAAAAGGATGTATAGTCTACCCGAGACTTGGATGGCAGTTCCACCCATGCCCATTGATGGGGACTCTTGGTCTGTCCTACATAGTTGGGCAATGCCTACAAGATCATTTTTGGAGTTTGTAATGTT
TGCAAGGATGTTTATAGATGCCATGGATACACAGCATTACACTGAGCACCACGACAATGGCACGTGTTGTTTGAGCATTTCAAAGGATCCTCATTGTTATTGCCGGCTTCTGGAGTTGCTTGTAAATGTTTGGGCATATCACAGTGCAAGAAGAATGATATATGTCAATCCACAAACAGGACACATGCAAGAGCATCACA
AACTGAAAAGTCGAAG
Intron 6 GTATGATGTG ... TTTGCACTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26.67 | 22 | 2 | 14 |
| A2 | 40 | 9 | 5 | 7 |
| A3 | 23.53 | 13 | 1 | 7 |
| A4 | 30 | 7 | 3 | 3 |
| A5 | 20 | 8 | 1 | 3 |
| A6 | 27.27 | 8 | 5 | 1 |
| A7 | 24.05 | 30 | 4 | 15 |
| A8 | 31.58 | 26 | 8 | 16 |
| A9 | 20.55 | 29 | 5 | 10 |
| A10 | 15.15 | 28 | 0 | 10 |
>TRINITY_DN43829_c2_g4_i2 from sample A8 / Example spliced isoformGCCGGGTTCCGGTTCTGAGTTGTTTTTCTCTTCATGCTTGTATGACAGGTTTGCGCCGAACTTTCCAGGAGCCCTGGCCTCCTGCTGCTGCTCAGTATTGCGAAGGGCTTCCAGGCACTTGGATATGAGCTAGAGCTGTATTCTATTGAGGATGGGCCTGTTCGTGGTGCTTGGGAAAAGATTGGAACTATTGTCAATAT
ACTCCGGAGTAATTCACATCAAGAGTTTCAAGTTGACTGGTTAAATTTTGATGGTGTGGTTGTGAGCTCTCTTGAAGCAAAAGCCACAATTTCTAGCCTCATGCAGGAACCTTTTAGAATGGTACCTGTCGTATGGATCATCCATGAGAATACATTAGGACGGCGTCTAAGGCTTTATTCTTCAGATAAACATAGAAGAA
TTATCAGTGACTGGAAGTGTGCATTTGATCGAGCTGATGTGGTTGTTTTTTCAGACTATGCCATGCCGATGATGTATTCTGTATTTGATTCTGGGAACTTCTTTGTCATCCCTGGCTCCCCAAAGGAAACATGGGAGGCAGAACATTTTACCTCTTTGAACAGGAAAGAGGACTTGCTATCCAAATTAAGCTTCAAATCC
GATGATTTTGTAATTGTAGTTGTTGGAAGTCAATTTACTTACACAGGTATATGGAGAGAGCATGCACTGGTAATGCAAGCTACCCTGCATTTAATGGCAAAGTTTAAAATTAATGATTCTATCGGTACTTCTTTAAGGCTTGTCATTGTGAGCAACAACTTCAACAGCACCTATGGGGTGGCTTTGCAGACAGTTGCACT
TCAACTGGGATTTCGAACTGGAATTGTCCAACATGCTTCTCGAGATGATGATGTAAACATCTTACTGAGTACTGCAGATTTGGTGGTTTATGGATCCTTTCATGAAGAACAAGCATTTCCAGCTATTCTGATACGAGCCATGTCGTTTGAAAAGCCAATAATTGTTCCCAACCTCCCCATAATTCAAAAATATATTGAAG
ACAGAGTTCATGGGCTTTTATTTCCAGTTGGAAACGTTAAGATGATTACAGAAGCAATGTCCTTGGCAATATCAAATGGCACCTTATCAGTTTTAGCTCGCAAGATTGCACTGGCTGGTAGATTGCATGCAAGGGGATTAATGGTTCCCGATGCTATAGAAGGGTATTCCACACTACTTGAGAATGTTCTTCACTTTCCA
TCTGAAGTGGGGATTCCACGATATGTTTCAGACATCCCATGGGCAATAAAAGGGTTGTGGCAATGGCAGTTGATGGAGAAACCATCAATGTCAAATGCTGCATACATAGAACAACAATCAAAAAAATCAAGTGTAGTTTTTCAGGTTGAGGAGTTTTGGATAAGTAGTCCTCGTATGGAGGATTCCATATTAAACAATAA
CAGCATAAATGAAGACTCTTTCTACTTCATAGACTGGGAGGAAGAAAAGGCTATTCAAATAGCTGAAGACGCAGAGAGAAGGGAACAGGAAGAGTTGGAAGACAGAAGAGACTGGCTTAAGAGAACATGGGAAGAAGTTTATCGTGGTGTTAAGAGGGCTGAAAGAACAAAAAGTGAGCTACATGAAAGAGATGATGGTG
AGCTGGAAAGGACTGGGCAACCATTATGCATCTATGAACCTTATTATGGACCAGGCACATGGCCTTTTCTACACAATCATGCACTCTACCGTGGAATAGGCTTGAGCACAAAAGGCAGAAGGCTAGGTGCTGATGATATTGATGCACCAGCTCGACTTCCTCTTCTTAGTGATGTATATTATCGAGATACTCTTTGTGAA
TATGGTGCACTTTTTGCTATTGCTAATAGAGTTGATCGTATTCACAAGAATTCTTGGATTGGTTTTCAGTCATGGAGGGCAGCTGGGAGAAAGGTGTCACTTTCTGAGGCTGGTGAAAAGGCATTGACAGATGCAGTTGGAACAGGCAGGCATGGGAACGCCATCTACTTCTGGGCAAGAATGGACAATGACACTCGAGC
TGGCACAAGAACAACAACTTTTCCAAGAGATAAAAGTTTCTGGTCATATTGTGATGCCATAAATGCTGGAAACTGCAGGGTTGTTTTTTTAGACGCATTCAAAAGGATGTATAGTCTACCCGAGACTTGGATGGCAGTTCCACCCATGCCCATTGATGGGGACTCTTGGTCTGTCCTACATAGTTGGGCAATGCCTACAA
GATCATTTTTGGAGTTTGTAATGTTTGCAAGGATGTTTATAGATGCCATGGATACACAGCATTACACTGAGCACCACGACAATGGCACGTGTTGTTTGAGCATTTCAAAGGATCCTCATTGTTATTGCCGGCTTCTGGAGTTGCTTGTAAATGTTTGGGCATATCACAGTGCAAGAAGAATGATATATGTCAATCCACAA
ACAGGACACATGCAAGAGCATCACAAACTGAAAAGTCGGAGAGGTCACATGTGGGTGAAATGGTTTGATTTCACTCTTTTGAAGAGCATGGATGAAGACATGGCAGAAGAAGTAGATACTGAGCACCCGACAAAGAGGTGGTTGTGGCCTTCAACTGGAGAAGTGTACTGGCAAGGCGTATATGAGAGGGAAAGGCATCA
CCGAAACCGTTTAAGGATTGAAAAGAAGAGGAAGAGCAAGGATAAATTAGTGCGTATGCGACATAGATATAGACAGAAGTCCCTTGGCAAGTATGTAAAACCACCACCTGAGGAGCAGATTCCCTTGCAAATAAATGTAACGACTCTGATATGAAGACTCGTATTTCACAATCTGCACATTTCTATTTCTTAACATGTTC
AAAGAGAAGGCAACAAGCTCTGTCGCATCTCCAATACCATTGTCCATACACACCCATGATTTTTGTACCATCCCATTGAATGAGGAGCAAGATAGCTCCTTTTGTTCATCTCTTGATTCATTTGTAGCTTTAGGTCCCATTTAAGGAATTATTTTAGAATTTAAAATTCAAATTTGTTCCCCTGTGACCTGTAATTCTTC
TCAGATTTCCGAGGAAAACCATTTCAGGTGTAGAATTAAATCTCCTCCTTGAGGGATTATATGTTGTACGATAGATTAGACACATTATCCACAATTCTTGAATTTTGTTTATATCCTCGTGGACAAGGCTAATGATTTAGCCATTCATGTGAGATTCCAAGTTGAAATAGAATTTGTTTTTCGGAAATTTAGTTCTGGCT
GTTACTTCTAGCTAATGAATTTCATTCTTTTTGGGAATGAATGGCAGATTAAGTTTTACAAAGAGAACCTAATGTGGCAAGGTATTGCCCAGTGAATTTCTAGTGGTTCATGAGTGATAGTAGTTATTATCTAATTGTATAGAAGAGAATTTGAAAAACAACGAGAGTTGAATAGAAGAGAATCACTAAGAATATTTGAA
AATGAAGGAAAAACTGGAAAATTGTATTTGTTATTATATATTTTACAATTCGGGTTTATCTAATCTTCGTAATCTAC
>TRINITY_DN43829_c2_g4_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:GCCGGGTTCCGGTTCTGAGTTGTTTTTCTCTTCATGCTTGTATGACAGGTTTGCGCCGAACTTTCCAGGAGCCCTGGCCTCCTGCTGCTGCTCAGTATTGCGAAGGGCTTCCAGGCACTTGGATATGAGCTAGAGCTGTATTCTATTGAGGATGGGCCTGTTCGTGGTGCTTGGGAAAAGATTGGAACTATTGTCAATAT
ACTCCGGAGTAATTCACATCAAGAGTTTCAAGTTGACTGGTTAAATTTTGATGGTGTGGTTGTGAGCTCTCTTGAAGCAAAAGCCACAATTTCTAGCCTCATGCAGGAACCTTTTAGAATGGTACCTGTCGTATGGATCATCCATGAGAATACATTAGGACGGCGTCTAAGGCTTTATTCTTCAGATAAACATAGAAGAA
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