sp|Q9FN03|UVR8_ARATH ----> Ultraviolet-B receptor UVR8
Intron 1 GTATGGGATG ... GAAATTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 32.22 | 61 | 9.5 | 29 |
| A2 | 24.39 | 62 | 7.1 | 20 |
| A3 | 26.19 | 62 | 0.6 | 22 |
| A4 | 23.08 | 50 | 3.6 | 15 |
| A5 | 23.81 | 32 | 1.6 | 10 |
| A6 | 28.57 | 10 | 0 | 4 |
| A7 | 20.51 | 31 | 3 | 8 |
| A8 | 5.26 | 18 | 4.2 | 1 |
| A9 | 18.75 | 26 | 1.5 | 6 |
| A10 | 21.05 | 30 | 1.6 | 8 |
>TRINITY_DN120743_c3_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoformATATCCTTCTCAAACCAGACTTAATACACACTTACTTTCCTCTCTCTACACACGCCATTTTTTTGGTTTATGTAGTCTTTAGCTGACCAATTCTGGCGAGCGCCACAAACGGCAAAACAAAAAGATGTTAGAAATTTTGATACGACGAGCAAACATTTTAACCGCAAGAAAGGGCCACAAAGATCTTACGCAACTACAAA
CAGAGGCAACCATGAACGGGGAAAGAGGAAAAAGAGGGGAGCAGCAGCAATAGAATCGAATATGATATGCTTTGGAATATTACTATCGGCTTTGTCTTGTTTCTCGTAAATGGCCCGGCGGAGTGACAGGTGGAGCCGGCAGATGCTCACATGAAATCCTTTGATACTTCCTCGTAGCCACTATTTCCATCAGCAATAGC
CATACCCAAGGAGGCTGTTACTTATGATGAAAACCTAGATTCCTTTTAAATGGATAATTGGCCTGAAGGCTTGTGCTTTGCATTCTCTTAGTGCAACACTTGACCTATTTTCGTGGTAAAAGATGATCAGTGTGCAGTAACGAAATATTTCAAAGAGGATCATTGGGATTGGCAGATGGCTCTTGTTAATTTTTTGTTTT
CTTAACCAAGATATCTACAAAGATGGACCTGTTATTTTATTGTGCTCGAGCAGTCAGATAACTTCAAGCTATAAATAGAAAATGCAATGGTTGCATAACAGTTATTCACGTATGGTATACCACTGTTTTCTCTGTTGAAGAGTTTGGAAAGCAGTTTTCTTCCTGAATCTGTGGTAGAAATCTGTTCAACATTTGTTATC
ATCTATGATTCATTTTTATACTGGCTGAAATTCAACAGAAGAGTACCTTTGGAAATTTGGTAAAGAGGGAGTTTATTGATTAGACTGCCTGTATTTAACGTGTTTTTACATTGTAAATGGAGAGCTCAAATTTGCTACTGGGAGGGAATTTGAAGCAAACCACCCCTCGCCGATCACCATCAAGCATTTCTCTCCAAGAT
TTATGGTCTGCTACTAGAGAAGGGTCAATCCCTGGTGTAGATTCTGCATTGGTGACATTAAAGAAAAGTGGTGGAAACATTGATGCAAAGAACACATTTGGGTCAACTGCCCTTCACATTGCAGTTTGGAGAAATCATGTGCCAATAGTGAGGAGATTGCTTGCTGCTGGCGCTGATCCAAACGTGAGGGATGGAGAATC
TGGGTGGAGTAGTTTGCATAGGGCCCTACATTTTGGGCATCTTGCAGTGGCTGGAGTGCTCATTGAAGCTGGTGCTTCTCTCACATTGGAAGATTCTAAAGCTCAAACACCAATTGATCTGCTTTCTGGTCCTGTGCAGCAGGTTGTTTCTAAAGAAAACAATGCAGGAACTACAGATCTCTTCAGCTGGGGAAATGGTG
CCAACTATCAACTTGGAACAGGAAATACTGATATACAGAAGTTACCGTACAAGGTGGAGGCACTTCAAGGGCTCCTTATAAAGGAAATTGCTGCTGCAAAGTTCCATAGTATAGCTGTGACTGCTTCGGGAGAATTGTACACCTGGGGATTTGGGAGGGGAGGTAGACTAGGCCACCCTGATTTTGATATTCACAGTGGT
CAAGCTGCTGTGATTACCCCTCGTCAAGTATTCAGTGGACTTGGACAACGGCGTGTTGTAGTCGTTGGCGCAGCAAAGCACCATTCTATTGTTGCAACTGTTGGAGGGGAGGTGTTTACTTGGGGATCAAACCGAGAGGGTCAGCTTGGATATACCTCAGTTGATACACAAGCAACACCTCGCCGGGTTAGTTCTCTCAA
GACAAGAGTCATTGCTGTGGCAGCAGCTAATAAGCATAGTGCAGCAGTAACCGAGTCTGGAGAAGTCTATACATGGGGATGCAACAGGGAAGGTCAACTTGGTTATGGAACTTCCAATTCTGCATCGAATTATGTTCCCCGTGCAGTTGAGTCTTTGAAAGGTCAATGCCTTGTGGCAGTCTCTGCAGCAAAGTATCATA
CAGTGGTTCTGAGATCAGATGGAGAGGTTTTTACATGGGGCTACAAAATGGTGAGTCCAAGGCGAGTACTGGTTCAAAGGAATACGAAAAAGTGCGGAAACATGCCTTTGAAGTTTCACCTCATGGAGCGGCTGCATGTAGTTAAAATAGCAGCAGGCATGACTCACAGCACAGTACTTTCTGATGATGGCTCTTTATTC
TACTGGGTTTCATCTGATCCAAATCTTCATTGCCAGCAGCTTTACTCCATGACTAGCAGCAATGTGGTCTCTGTTTCAGCCGGCAAATACTGGACTGCCATTGCTACTTTAACAGGTGACGTTTATGCATGGGATGGACAGAAACACAAAGGAGATGCTCCTATTCTCCATCGTATACATGGGATTAAGCATGCCACTTC
AGTGTCTGTTGGTGAAACTCACTTTCTGGCTGTTTCTACCAATTATATTCCCAAATACACCCCCAAACGTTTTGAAGAAATTCAGACAACAACAAAAGAACACTGTGAGGAAGATGATGAGATTGAAGATGATGATGCAGCATTAAATGTTTGTCAAAATGTATCCAAAGGAGGTGAATGTGATAGTGATAAACTCGAAA
AAATTGTTCCAAGTTTGAAGGATTTGTGCCAGAAGGTGGCAGCAGAGTTTCTGGTGGAACCAAAAAATGCAGTACAATTGCTTGATGTTGCGGATACACTGGAAGCTGAGGACTTGCGGATACATTGTGAGGATCTGGTGCTTCGCAACCTTGATTACATTCTTACAATATCTCCTACAGCCTTTGCTAATGTAAGTCCA
GAGTTGTTGGCTAAATTGGAGAAGTCCTTGGATGCCAAGTCTTCTGAGCCTTGGAGCTATCGTCATCTTCCAACCCCAACTGCCACATTTCCTGCCATTATTGATAGCGAGGAAGATAATGGTGAAACTGGATTTACTAAGTTACGCAACATTGCTTCTGCAGAGACTATTGATCAGTCAACGTGCAAGAGAAGATCTGG
GGATGGATTTTTGCATCAGACAAGTGCAGCTGATCAAGCTATGGCGAAAGAAGTGAGAGCTATAAGGAAGAAACTTCAGCAGATAGAGATTCTTGAGATGAAACAAAGCAATGGTTATTTCCTTGATGAGCAACAAAAAGCAAAACTGCAGACAAAAAGTTTACTTGAAAATACTCTTGCTTATCTTGAAACTGGAGTAG
CAGTGGAATCCAATGAAGAACTGGAGACAGCATGTACTAAAGCTACTTTACTGGATGGGAGGTCTTCAATGGAAAATGGATCAAGAAGCCGTCAGCGCAAGGGCAAGAAAAAAGGAAACAAATTTTCTCAGAAGCAGATTGGAGATTTGCCTGACATCTCTAAGTGCGAGGTACCTGTCAAAGGAGGTCCTAAGAAAACA
CAGGAAAGCTTAAATCCCTTGAAGGGTTTTGAGAAAGATGATTGCCCTGTTTATGATGGAGGAAAGGACGATGATGTAAAATTTGGAGATTCAAATATTTTGTCCTCAATTCAGAAAGCAAGTCCGGTAGAGTGCAATGATTATGGTTCAGGCAAGAAAGCAGGTTCAGACAAGAAAGCAGGCATGGCAACATCCAGTTA
TCATGATTCCGAGGTAAATGTGGCAACAAAGAAGTCCTTGAAAAAGAATTCTAAGAAAGGTGGTTTATCTGTTTTCTTGAGTGGTGCGTTAGATGATGCACCCAAAATTGTTGTTCAAGCACCAAGTCCACCCAAGGTAGAGGGTCCAGCTTGGGGTGGAGCAAGGATTAGCAAGGATTCCACGTCTCTCCTTGAAATTC
AGGGCGAACAAATACTCGAATCGAATATACCATCAACCCCAGAAATTAGCAGGGGCCCTTTTAAATGTGTAGGCAAAGGTAAAAGTTCAGAATGTGAACTGATAAAAAAATCTAAAGGCTTAGCTGATGTGTATGAAATGGGTATGAATGAACCTGAAACAGATCACATTCATATTCCCCTAAGTCAACATTCCCGTTTA
TCAGCTCCAATTGCTGTTATCCCAAGCAAGGTAATTAGTGCTTCAGATGCAGAAAAAAGTACCCCACCTTGGGCAGGCACCTCCCCTTTAATGTCCAGGTCTTCATTGAGAGATATTCAAATGCAGCAGGTAAAACAGAAAACCAAGCGTTCAGTTGACTTATTTGCAGCATCAGGCTCCAGTACCAAGTTAGATCCTAG
CCTTAATGTTGTGAAGGATAGCCCCTGTCGTTGGTTTAAGCCAGAGGTTAGCACACCTTCTTCAATTCGCTGTATCCAGATAGAAGAGAAGGCTATGAAAGACCTTAGGCGTTTATACAAAAATGTGAAGTTAGTGAAGAATGACCTCCCATGATTTCTAGTAGAATCAAATGTAACATTGTCAAGTTCCCCCATGATTT
CTAGTAGAATCAAATGTAACATTGTCACGTTCTTGGTTTTACTGTCTAACATTGGAGCAAAGTTTTAGGAAATGCTCTTCATTCTCATCGTTTCATAAAGAATGTACACATTGATTAATGTATTATTCACCTATCAGTTGTACAGAGTCACTACAGACTGCCCTGTGAATAAAAATTTCTGGATTGGACGTTCAATTTTT
AATATTCTCAAGACATTAGCATTTTAAAATGATTTTCCATGAGCAC
>TRINITY_DN120743_c3_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:TAGCCATACCCAAGGTACCCACTGCTAGAATTTTTAAATTTTTTTTGCTCCTCTCAATTGCACTAGATCACACAGAGAATGGCGTCCCCATCCCATAATTCGGCGAACGTGATTATCAATTCTGTATTTTCTCCGCTGATCTTGTATTCGCCTTTCTGATGTTTTTCAGTTTGTTTGCTTCTCCAAGGAGGCTGTTACTT
ATGATGAAAACCTAGATTCCTTTTAAATGGATAATTGGCCTGAAGGCTTGTGCTTTGCATTCTCTTAGTGCAACACTTGACCTATTTTCGTGGTAAAAGATGATCAGTGTGCAGTAACGAAATATTTCAAAGAGGATCATTGGGATTGGCAGATGGCTCTTGTTAATTTTTTGTTTTCTTAACCAAGATATCTACAAAGA
TGGACCTGTTATTTTATTGTGCTCGAGCAGTCAGATAACTTCAAGCTATAAATAGAAAATGCAATGGTTGCATAACAGTTATTCACGTATGGTATACCACTGTTTTCTCTGTTGAAGAGTTTGGAAAGCAGTTTTCTTCCTGAATCTGTGGTAGAAATCTGTTCAACATTTGTTATCATCTATGATTCATTTTTATACTG
GCTGAAATTCAACAGAAGAGTACCTTTGGAAATTTGGTAAAGAGGGAGTTTATTGATTAGACTGCCTGTATTTAACGTGTTTTTACATTGTAAATGGAGAGCTCAAATTTGCTACTGGGAGGGAATTTGAAGCAAACCACCCCTCGCCGATCACCATCAAGCATTTCTCTCCAAGATTTATGGTCTGCTACTAGAGAAGG
GTCAATCCCTGGTGTAGATTCTGCATTGGTGACATTAAAGAAAAGTGGTGGAAACATTGATGCAAAGAACACATTTGGGTCAACTGCCCTTCACATTGCAGTTTGGAGAAATCATGTGCCAATAGTGAGGAGATTGCTTGCTGCTGGCGCTGATCCAAACGTGAGGGATGGAGAATCTGGGTGGAGTAGTTTGCATAGGG
CCCTACATTTTGGGCATCTTGCAGTGGCTGGAGTGCTCATTGAAGCTGGTGCTTCTCTCACATTGGAAGATTCTAAAGCTCAAACACCAATTGATCTGCTTTCTGGTCCTGTGCAGCAGGTTGTTTCTAAAGAAAACAATGCAGGTAGGCTTTTAGTGAATTTGTTGACAAGTAGACGGTGAATTGGAACTTTTTGACTT
GTAGAAAAGTGTTGGTTTAAAATATAAAATTAAATTTCACGTGACTAAACAAGAACTCATCAGCAATGTTTAGTATCGAGTCTTGATGCATTACTTTTTGATGTTTGTCCCTTTTCTATTCATAGGAACTACAGATCTCTTCAGCTGGGGAAATGGTGCCAACTATCAACTTGGAACAGGAAATACTGATATACAGAAGT
TACCGTACAAGGTGGAGGCACTTCAAGGGCTCCTTATAAAGGAAATTGCTGCTGCAAAGTTCCATAGTATAGCTGTGACTGCTTCGGGAGAATTGTACACCTGGGGATTTGGGAGGGGAGGTAGACTAGGCCACCCTGATTTTGATATTCACAGgtatgggatggattagatgtttaccttcaattttgaatccttttgt
actgtagtatagatatctgtgaaagggcatgtgaggtatctatttctgtttgtttttcatcctctaatgtgcaataatctacgttcaggcgttcatctcctgtaaatccagtatatgttgccccatgtacgagaaactggagttaactttagtagagaataaaaaatcagagacagttctatattgtacagttggtcaat
gcacataatttgacaggaccaagtggacagaaactgcattgcagcatgaacacagatcaaataaaattgcaccaggcatgcggaggctgccaaaataaacatttaattatgtggaaaccaattggaacagacttactgtaaattgatttcagtatctgcagtgcactacataattgaatatgttctgggcttgagtttca
ttttatattcatataaaaattgcactgtacagtcacttattaaaacttatttgttttttcattgtcaggttatttagggtagtttttggtatatatataaaagctgagtttttgattagaagtgtgaaattgtagTGGTCAAGCTGCTGTGATTACCCCTCGTCAAGTATTCAGTGGACTTGGACAACGGCGTGTTGTAG
TCGTTGGCGCAGCAAAGCACCATTCTATTGTTGCAACTGTTGGAGGGGAGGTGTTTACTTGGGGATCAAACCGAGAGGGTCAGCTTGGATATACCTCAGTTGATACACAAGCAACACCTCGCCGGGTTAGTTCTCTCAAGACAAGAGTCATTGCTGTGGCAGCAGCTAATAAGCATAGTGCAGCAGTAACCGAGTCTGGA
GAAGTCTATACATGGGGATGCAACAGGGAAGGTCAACTTGGTTATGGAACTTCCAATTCTGCATCGAATTATGTTCCCCGTGCAGTTGAGTCTTTGAAAGGTCAATGCCTTGTGGCAGTCTCTGCAGCAAAGTATCATACAGTGGTTCTGAGATCAGATGGAGAGGTTTTTACATGGGGCTACAAAATGGTGAGTCCAAG
GCGAGTACTGGTTCAAAGGAATACGAAAAAGTGCGGAAACATGCCTTTGAAGTTTCACCTCATGGAGCGGCTGCATGTAGTTAAAATAGCAGCAGGCATGACTCACAGCACAGTACTTTCTGATGATGGCTCTTTATTCTACTGGGTTTCATCTGATCCAAATCTTCATTGCCAGCAGGTTTGCATGGTTAATAATGTTT
ATTACATTAGATATTTTATTTCTTAAATTGCACACAAGAAATATTACTTTTAAAAGCTAAC
Intron 2 GTATAGTATG ... TGTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 27.27 | 32 | 6 | 12 |
| A2 | 31.25 | 33 | 9 | 15 |
| A3 | 22.95 | 47 | 10.3 | 14 |
| A4 | 18.52 | 22 | 6 | 5 |
| A5 | 37.5 | 5 | 1.3 | 3 |
| A6 | 21.5 | 157 | 15.3 | 43 |
| A7 | 20.11 | 151 | 23.7 | 38 |
| A8 | 21.76 | 169 | 21.3 | 47 |
| A9 | 22.49 | 162 | 21.7 | 47 |
| A10 | 28.32 | 81 | 10.7 | 32 |
>TRINITY_DN120743_c3_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoformATATCCTTCTCAAACCAGACTTAATACACACTTACTTTCCTCTCTCTACACACGCCATTTTTTTGGTTTATGTAGTCTTTAGCTGACCAATTCTGGCGAGCGCCACAAACGGCAAAACAAAAAGATGTTAGAAATTTTGATACGACGAGCAAACATTTTAACCGCAAGAAAGGGCCACAAAGATCTTACGCAACTACAAA
CAGAGGCAACCATGAACGGGGAAAGAGGAAAAAGAGGGGAGCAGCAGCAATAGAATCGAATATGATATGCTTTGGAATATTACTATCGGCTTTGTCTTGTTTCTCGTAAATGGCCCGGCGGAGTGACAGGTGGAGCCGGCAGATGCTCACATGAAATCCTTTGATACTTCCTCGTAGCCACTATTTCCATCAGCAATAGC
CATACCCAAGGAGGCTGTTACTTATGATGAAAACCTAGATTCCTTTTAAATGGATAATTGGCCTGAAGGCTTGTGCTTTGCATTCTCTTAGTGCAACACTTGACCTATTTTCGTGGTAAAAGATGATCAGTGTGCAGTAACGAAATATTTCAAAGAGGATCATTGGGATTGGCAGATGGCTCTTGTTAATTTTTTGTTTT
CTTAACCAAGATATCTACAAAGATGGACCTGTTATTTTATTGTGCTCGAGCAGTCAGATAACTTCAAGCTATAAATAGAAAATGCAATGGTTGCATAACAGTTATTCACGTATGGTATACCACTGTTTTCTCTGTTGAAGAGTTTGGAAAGCAGTTTTCTTCCTGAATCTGTGGTAGAAATCTGTTCAACATTTGTTATC
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TTATGGTCTGCTACTAGAGAAGGGTCAATCCCTGGTGTAGATTCTGCATTGGTGACATTAAAGAAAAGTGGTGGAAACATTGATGCAAAGAACACATTTGGGTCAACTGCCCTTCACATTGCAGTTTGGAGAAATCATGTGCCAATAGTGAGGAGATTGCTTGCTGCTGGCGCTGATCCAAACGTGAGGGATGGAGAATC
TGGGTGGAGTAGTTTGCATAGGGCCCTACATTTTGGGCATCTTGCAGTGGCTGGAGTGCTCATTGAAGCTGGTGCTTCTCTCACATTGGAAGATTCTAAAGCTCAAACACCAATTGATCTGCTTTCTGGTCCTGTGCAGCAGGTTGTTTCTAAAGAAAACAATGCAGGAACTACAGATCTCTTCAGCTGGGGAAATGGTG
CCAACTATCAACTTGGAACAGGAAATACTGATATACAGAAGTTACCGTACAAGGTGGAGGCACTTCAAGGGCTCCTTATAAAGGAAATTGCTGCTGCAAAGTTCCATAGTATAGCTGTGACTGCTTCGGGAGAATTGTACACCTGGGGATTTGGGAGGGGAGGTAGACTAGGCCACCCTGATTTTGATATTCACAGTGGT
CAAGCTGCTGTGATTACCCCTCGTCAAGTATTCAGTGGACTTGGACAACGGCGTGTTGTAGTCGTTGGCGCAGCAAAGCACCATTCTATTGTTGCAACTGTTGGAGGGGAGGTGTTTACTTGGGGATCAAACCGAGAGGGTCAGCTTGGATATACCTCAGTTGATACACAAGCAACACCTCGCCGGGTTAGTTCTCTCAA
GACAAGAGTCATTGCTGTGGCAGCAGCTAATAAGCATAGTGCAGCAGTAACCGAGTCTGGAGAAGTCTATACATGGGGATGCAACAGGGAAGGTCAACTTGGTTATGGAACTTCCAATTCTGCATCGAATTATGTTCCCCGTGCAGTTGAGTCTTTGAAAGGTCAATGCCTTGTGGCAGTCTCTGCAGCAAAGTATCATA
CAGTGGTTCTGAGATCAGATGGAGAGGTTTTTACATGGGGCTACAAAATGGTGAGTCCAAGGCGAGTACTGGTTCAAAGGAATACGAAAAAGTGCGGAAACATGCCTTTGAAGTTTCACCTCATGGAGCGGCTGCATGTAGTTAAAATAGCAGCAGGCATGACTCACAGCACAGTACTTTCTGATGATGGCTCTTTATTC
TACTGGGTTTCATCTGATCCAAATCTTCATTGCCAGCAGCTTTACTCCATGACTAGCAGCAATGTGGTCTCTGTTTCAGCCGGCAAATACTGGACTGCCATTGCTACTTTAACAGGTGACGTTTATGCATGGGATGGACAGAAACACAAAGGAGATGCTCCTATTCTCCATCGTATACATGGGATTAAGCATGCCACTTC
AGTGTCTGTTGGTGAAACTCACTTTCTGGCTGTTTCTACCAATTATATTCCCAAATACACCCCCAAACGTTTTGAAGAAATTCAGACAACAACAAAAGAACACTGTGAGGAAGATGATGAGATTGAAGATGATGATGCAGCATTAAATGTTTGTCAAAATGTATCCAAAGGAGGTGAATGTGATAGTGATAAACTCGAAA
AAATTGTTCCAAGTTTGAAGGATTTGTGCCAGAAGGTGGCAGCAGAGTTTCTGGTGGAACCAAAAAATGCAGTACAATTGCTTGATGTTGCGGATACACTGGAAGCTGAGGACTTGCGGATACATTGTGAGGATCTGGTGCTTCGCAACCTTGATTACATTCTTACAATATCTCCTACAGCCTTTGCTAATGTAAGTCCA
GAGTTGTTGGCTAAATTGGAGAAGTCCTTGGATGCCAAGTCTTCTGAGCCTTGGAGCTATCGTCATCTTCCAACCCCAACTGCCACATTTCCTGCCATTATTGATAGCGAGGAAGATAATGGTGAAACTGGATTTACTAAGTTACGCAACATTGCTTCTGCAGAGACTATTGATCAGTCAACGTGCAAGAGAAGATCTGG
GGATGGATTTTTGCATCAGACAAGTGCAGCTGATCAAGCTATGGCGAAAGAAGTGAGAGCTATAAGGAAGAAACTTCAGCAGATAGAGATTCTTGAGATGAAACAAAGCAATGGTTATTTCCTTGATGAGCAACAAAAAGCAAAACTGCAGACAAAAAGTTTACTTGAAAATACTCTTGCTTATCTTGAAACTGGAGTAG
CAGTGGAATCCAATGAAGAACTGGAGACAGCATGTACTAAAGCTACTTTACTGGATGGGAGGTCTTCAATGGAAAATGGATCAAGAAGCCGTCAGCGCAAGGGCAAGAAAAAAGGAAACAAATTTTCTCAGAAGCAGATTGGAGATTTGCCTGACATCTCTAAGTGCGAGGTACCTGTCAAAGGAGGTCCTAAGAAAACA
CAGGAAAGCTTAAATCCCTTGAAGGGTTTTGAGAAAGATGATTGCCCTGTTTATGATGGAGGAAAGGACGATGATGTAAAATTTGGAGATTCAAATATTTTGTCCTCAATTCAGAAAGCAAGTCCGGTAGAGTGCAATGATTATGGTTCAGGCAAGAAAGCAGGTTCAGACAAGAAAGCAGGCATGGCAACATCCAGTTA
TCATGATTCCGAGGTAAATGTGGCAACAAAGAAGTCCTTGAAAAAGAATTCTAAGAAAGGTGGTTTATCTGTTTTCTTGAGTGGTGCGTTAGATGATGCACCCAAAATTGTTGTTCAAGCACCAAGTCCACCCAAGGTAGAGGGTCCAGCTTGGGGTGGAGCAAGGATTAGCAAGGATTCCACGTCTCTCCTTGAAATTC
AGGGCGAACAAATACTCGAATCGAATATACCATCAACCCCAGAAATTAGCAGGGGCCCTTTTAAATGTGTAGGCAAAGGTAAAAGTTCAGAATGTGAACTGATAAAAAAATCTAAAGGCTTAGCTGATGTGTATGAAATGGGTATGAATGAACCTGAAACAGATCACATTCATATTCCCCTAAGTCAACATTCCCGTTTA
TCAGCTCCAATTGCTGTTATCCCAAGCAAGGTAATTAGTGCTTCAGATGCAGAAAAAAGTACCCCACCTTGGGCAGGCACCTCCCCTTTAATGTCCAGGTCTTCATTGAGAGATATTCAAATGCAGCAGGTAAAACAGAAAACCAAGCGTTCAGTTGACTTATTTGCAGCATCAGGCTCCAGTACCAAGTTAGATCCTAG
CCTTAATGTTGTGAAGGATAGCCCCTGTCGTTGGTTTAAGCCAGAGGTTAGCACACCTTCTTCAATTCGCTGTATCCAGATAGAAGAGAAGGCTATGAAAGACCTTAGGCGTTTATACAAAAATGTGAAGTTAGTGAAGAATGACCTCCCATGATTTCTAGTAGAATCAAATGTAACATTGTCAAGTTCCCCCATGATTT
CTAGTAGAATCAAATGTAACATTGTCACGTTCTTGGTTTTACTGTCTAACATTGGAGCAAAGTTTTAGGAAATGCTCTTCATTCTCATCGTTTCATAAAGAATGTACACATTGATTAATGTATTATTCACCTATCAGTTGTACAGAGTCACTACAGACTGCCCTGTGAATAAAAATTTCTGGATTGGACGTTCAATTTTT
AATATTCTCAAGACATTAGCATTTTAAAATGATTTTCCATGAGCAC
>TRINITY_DN120743_c3_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATATCCTTCTCAAACCAGACTTAATACACACTTACTTTCCTCTCTCTACACACGCCATTTTTTTGGTTTATGTAGTCTTTAGCTGACCAATTCTGGCGAGCGCCACAAACGGCAAAACAAAAAGATGTTAGAAATTTTGATACGACGAGCAAACATTTTAACCGCAAGAAAGGGCCACAAAGATCTTACGCAACTACAAA
CAGAGGCAACCATGAACGGGGAAAGAGGAAAAAGAGGGGAGCAGCAGCAATAGAATCGAATATGATATGCTTTGGAATATTACTATCGGCTTTGTCTTGTTTCTCGTAAATGGCCCGGCGGAGTGACAGGTGGAGCCGGCAGATGCTCACATGAAATCCTTTGATACTTCCTCGTAGCCACTATTTCCATCAGCAATAGC
CATACCCAAGGAGGCTGTTACTTATGATGAAAACCTAGATTCCTTTTAAATGGATAATTGGCCTGAAGGCTTGTGCTTTGCATTCTCTTAGTGCAACACTTGACCTATTTTCGTGGTAAAAGATGATCAGTGTGCAGTAACGAAATATTTCAAAGAGGATCATTGGGATTGGCAGATGGCTCTTGTTAATTTTTTGTTTT
CTTAACCAAGATATCTACAAAGATGGACCTGTTATTTTATTGTGCTCGAGCAGTCAGATAACTTCAAGCTATAAATAGAAAATGCAATGGTTGCATAACAGTTATTCACGTATGGTATACCACTGTTTTCTCTGTTGAAGAGTTTGGAAAGCAGTTTTCTTCCTGAATCTGTGGTAGAAATCTGTTCAACATTTGTTATC
ATCTATGATTCATTTTTATACTGGCTGAAATTCAACAGAAGAGTACCTTTGGAAATTTGGTAAAGAGGGAGTTTATTGATTAGACTGCCTGTATTTAACGTGTTTTTACATTGTAAATGGAGAGCTCAAATTTGCTACTGGGAGGGAATTTGAAGCAAACCACCCCTCGCCGATCACCATCAAGCATTTCTCTCCAAGAT
TTATGGTCTGCTACTAGAGAAGGGTCAATCCCTGGTGTAGATTCTGCATTGGTGACATTAAAGAAAAGTGGTGGAAACATTGATGCAAAGAACACATTTGGGTCAACTGCCCTTCACATTGCAGTTTGGAGAAATCATGTGCCAATAGTGAGGAGATTGCTTGCTGCTGGCGCTGATCCAAACGTGAGGGATGGAGAATC
TGGGTGGAGTAGTTTGCATAGGGCCCTACATTTTGGGCATCTTGCAGTGGCTGGAGTGCTCATTGAAGCTGGTGCTTCTCTCACATTGGAAGATTCTAAAGCTCAAACACCAATTGATCTGCTTTCTGGTCCTGTGCAGCAGGTTGTTTCTAAAGAAAACAATGCAGGAACTACAGATCTCTTCAGCTGGGGAAATGGTG
CCAACTATCAACTTGGAACAGGAAATACTGATATACAGAAGTTACCGTACAAGGTGGAGGCACTTCAAGGGCTCCTTATAAAGGAAATTGCTGCTGCAAAGTTCCATAGTATAGCTGTGACTGCTTCGGGAGAATTGTACACCTGGGGATTTGGGAGGGGAGGTAGACTAGGCCACCCTGATTTTGATATTCACAGTGGT
CAAGCTGCTGTGATTACCCCTCGTCAAGTATTCAGTGGACTTGGACAACGGCGTGTTGTAGTCGTTGGCGCAGCAAAGCACCATTCTATTGTTGCAACTGTTGGAGGGGAGGTGTTTACTTGGGGATCAAACCGAGAGGGTCAGCTTGGATATACCTCAGTTGATACACAAGCAACACCTCGCCGGGTTAGTTCTCTCAA
GACAAGAGTCATTGCTGTGGCAGCAGCTAATAAGCATAGTGCAGCAGTAACCGAGTCTGGAGAAGTCTATACATGGGGATGCAACAGGGAAGGTCAACTTGGTTATGGAACTTCCAATTCTGCATCGAATTATGTTCCCCGTGCAGTTGAGTCTTTGAAAGGTCAATGCCTTGTGGCAGTCTCTGCAGCAAAGTATCATA
CAGTGGTTCTGAGATCAGATGGAGAGGTTTTTACATGGGGCTACAAAATGGTGAGTCCAAGGCGAGTACTGGTTCAAAGGAATACGAAAAAGTGCGGAAACATGCCTTTGAAGTTTCACCTCATGGAGCGGCTGCATGTAGTTAAAATAGCAGCAGGCATGACTCACAGCACAGTACTTTCTGATGATGGCTCTTTATTC
TACTGGGTTTCATCTGATCCAAATCTTCATTGCCAGCAGCTTTACTCCATGACTAGCAGCAATGTGGTCTCTGTTTCAGCCGGCAAATACTGGACTGCCATTGCTACTTTAACAGGTGACGTTTATGCATGGGATGGACAGAAACACAAAGGAGATGCTCCTATTCTCCATCGTATACATGGGATTAAGCATGCCACTTC
AGTGTCTGTTGGTGAAACTCACTTTCTGGCTGTTTCTACCAATTATATTCCCAAATACACCCCCAAACGTTTTGAAGAAATTCAGACAACAACAAAAGAACACTGTGAGGAAGATGATGAGATTGAAGATGATGATGCAGCATTAAATGTTTGTCAAAATGTATCCAAAGGAGGTGAATGTGATAGTGATAAACTCGAAA
AAATTGTTCCAAGTTTGAAGGATTTGTGCCAGAAGGTGGCAGCAGAGTTTCTGGTGGAACCAAAAAATGCAGTACAATTGCTTGATGTTGCGGATACACTGGAAGCTGAGGACTTGCGGATACATTGTGAGGATCTGGTGCTTCGCAACCTTGATTACATTCTTACAATATCTCCTACAGCCTTTGCTAATGTAAGTCCA
GAGTTGTTGGCTAAATTGGAGAAGTCCTTGGATGCCAAGTCTTCTGAGCCTTGGAGCTATCGTCATCTTCCAACCCCAACTGCCACATTTCCTGCCATTATTGATAGCGAGGAAGATAATGGTGAAACTGGATTTACTAAGTTACGCAACATTGCTTCTGCAGAGACTATTGATCAGTCAACGTGCAAGAGAAGATCTGG
GGATGGATTTTTGCATCAGACAAGTGCAGCTGATCAAGCTATGGCGAAAGAAGTGAGAGCTATAAGGAAGAAACTTCAGCAGATAGAGATTCTTGAGATGAAACAAAGCAATGGTTATTTCCTTGATGAGCAACAAAAAGCAAAACTGCAGACAAAAAGTTTACTTGAAAATACTCTTGCTTATCTTGAAACTGGAGTAG
CAGTGGAATCCAATGAAGAACTGGAGACAGCATGTACTAAAGCTACTTTACTGGATGGGAGGTCTTCAATGGAAAATGGATCAAGAAGCCGTCAGCGCAAGGGCAAGAAAAAAGGAAACAAATTTTCTCAGAAGCAGATTGGAGATTTGCCTGACATCTCTAAGTGCGAGGTACCTGTCAAAGGAGGTCCTAAGAAAACA
CAGGAAAGCTTAAATCCCTTGAAGGGTTTTGAGAAAGATGATTGCCCTGTTTATGATGGAGGAAAGGACGATGATGTAAAATTTGGAGATTCAAATATTTTGTCCTCAATTCAGAAAGCAAGTCCGGTAGAGTGCAATGATTATGGTTCAGGCAAGAAAGCAGGTTCAGACAAGAAAGCAGGCATGGCAACATCCAGTTA
TCATGATTCCGAGGTAAATGTGGCAACAAAGAAGTCCTTGAAAAAGAATTCTAAGAAAGGTGGTTTATCTGTTTTCTTGAGTGGTGCGTTAGATGATGCACCCAAAATTGTTGTTCAAGCACCAAGTCCACCCAAGGTAGAGGGTCCAGCTTGGGGTGGAGCAAGGATTAGCAAGGATTCCACGTCTCTCCTTGAAATTC
AGGGCGAACAAATACTCGAATCGAATATACCATCAACCCCAGAAATTAGCAGGGGCCCTTTTAAATGTGTAGGCAAAGGTAAAAGTTCAGAATGTGAACTGATAAAAAAATCTAAAGGCTTAGCTGATGTGTATGAAATGGGTATGAATGAACCTGAAACAGATCACATTCATATTCCCCTAAGTCAACATTCCCGTTTA
TCAGCTCCAATTGCTGTTATCCCAAGCAAGGTAATTAGTGCTTCAGATGCAGAAAAAAGTACCCCACCTTGGGCAGGCACCTCCCCTTTAATGTCCAGGTCTTCATTGAGAGATATTCAAATGCAGCAGgtatagtatgggacctcagaatagaatggtttgataaatgttatttatgaagcttggattaactgttttaa
ctgactaaattgcaagtcagtgtgttttaatggttacatgttttgcagGTAAAACAGAAAACCAAGCGTTCAGTTGACTTATTTGCAGCATCAGGCTCCAGTACCAAGTTAGATCCTAGCCTTAATGTTGTGAAGGATAGCCCCTGTCGTTGGTTTAAGCCAGAGGTTAGCACACCTTCTTCAATTCGCTGTATCCAGAT
AGAAGAGAAGGCTATGAAAGACCTTAGGCGTTTATACAAAAATGTGAAGTTAGTGAAGAATGACCTCCCATGATTTCTAGTAGAATCAAATGTAACATTGTCAAGTTCCCCCATGATTTCTAGTAGAATCAAATGTAACATTGTCACGTTCTTGGTTTTACTGTCTAACATTGGAGCAAAGTTTTAGGAAATGCTCTTCA
TTCTCATCGTTTCATAAAGAATGTACACATTGATTAATGTATTATTCACCTATCAGTTGTACAGAGTCACTACAGACTGCCCTGTGAATAAAAATTTCTGGATTGGACGTTCAATTTTTAATATTCTCAAGACATTAGCATTTTAAAATGATTTTCCATGAGCAC
Intron 3 GTAGGCTTTT ... CTATTCATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.68 | 75 | 10.3 | 22 |
| A2 | 16.67 | 50 | 8 | 10 |
| A3 | 19.23 | 63 | 5 | 15 |
| A4 | 14.49 | 59 | 8.3 | 10 |
| A5 | 8.82 | 31 | 4.3 | 3 |
| A6 | 29.41 | 12 | 2 | 5 |
| A7 | 10.2 | 44 | 6.7 | 5 |
| A8 | 14.29 | 6 | 0.3 | 1 |
| A9 | 11.9 | 37 | 5.3 | 5 |
| A10 | 22.5 | 31 | 3.7 | 9 |
>TRINITY_DN120743_c3_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoformATATCCTTCTCAAACCAGACTTAATACACACTTACTTTCCTCTCTCTACACACGCCATTTTTTTGGTTTATGTAGTCTTTAGCTGACCAATTCTGGCGAGCGCCACAAACGGCAAAACAAAAAGATGTTAGAAATTTTGATACGACGAGCAAACATTTTAACCGCAAGAAAGGGCCACAAAGATCTTACGCAACTACAAA
CAGAGGCAACCATGAACGGGGAAAGAGGAAAAAGAGGGGAGCAGCAGCAATAGAATCGAATATGATATGCTTTGGAATATTACTATCGGCTTTGTCTTGTTTCTCGTAAATGGCCCGGCGGAGTGACAGGTGGAGCCGGCAGATGCTCACATGAAATCCTTTGATACTTCCTCGTAGCCACTATTTCCATCAGCAATAGC
CATACCCAAGGAGGCTGTTACTTATGATGAAAACCTAGATTCCTTTTAAATGGATAATTGGCCTGAAGGCTTGTGCTTTGCATTCTCTTAGTGCAACACTTGACCTATTTTCGTGGTAAAAGATGATCAGTGTGCAGTAACGAAATATTTCAAAGAGGATCATTGGGATTGGCAGATGGCTCTTGTTAATTTTTTGTTTT
CTTAACCAAGATATCTACAAAGATGGACCTGTTATTTTATTGTGCTCGAGCAGTCAGATAACTTCAAGCTATAAATAGAAAATGCAATGGTTGCATAACAGTTATTCACGTATGGTATACCACTGTTTTCTCTGTTGAAGAGTTTGGAAAGCAGTTTTCTTCCTGAATCTGTGGTAGAAATCTGTTCAACATTTGTTATC
ATCTATGATTCATTTTTATACTGGCTGAAATTCAACAGAAGAGTACCTTTGGAAATTTGGTAAAGAGGGAGTTTATTGATTAGACTGCCTGTATTTAACGTGTTTTTACATTGTAAATGGAGAGCTCAAATTTGCTACTGGGAGGGAATTTGAAGCAAACCACCCCTCGCCGATCACCATCAAGCATTTCTCTCCAAGAT
TTATGGTCTGCTACTAGAGAAGGGTCAATCCCTGGTGTAGATTCTGCATTGGTGACATTAAAGAAAAGTGGTGGAAACATTGATGCAAAGAACACATTTGGGTCAACTGCCCTTCACATTGCAGTTTGGAGAAATCATGTGCCAATAGTGAGGAGATTGCTTGCTGCTGGCGCTGATCCAAACGTGAGGGATGGAGAATC
TGGGTGGAGTAGTTTGCATAGGGCCCTACATTTTGGGCATCTTGCAGTGGCTGGAGTGCTCATTGAAGCTGGTGCTTCTCTCACATTGGAAGATTCTAAAGCTCAAACACCAATTGATCTGCTTTCTGGTCCTGTGCAGCAGGTTGTTTCTAAAGAAAACAATGCAGGAACTACAGATCTCTTCAGCTGGGGAAATGGTG
CCAACTATCAACTTGGAACAGGAAATACTGATATACAGAAGTTACCGTACAAGGTGGAGGCACTTCAAGGGCTCCTTATAAAGGAAATTGCTGCTGCAAAGTTCCATAGTATAGCTGTGACTGCTTCGGGAGAATTGTACACCTGGGGATTTGGGAGGGGAGGTAGACTAGGCCACCCTGATTTTGATATTCACAGTGGT
CAAGCTGCTGTGATTACCCCTCGTCAAGTATTCAGTGGACTTGGACAACGGCGTGTTGTAGTCGTTGGCGCAGCAAAGCACCATTCTATTGTTGCAACTGTTGGAGGGGAGGTGTTTACTTGGGGATCAAACCGAGAGGGTCAGCTTGGATATACCTCAGTTGATACACAAGCAACACCTCGCCGGGTTAGTTCTCTCAA
GACAAGAGTCATTGCTGTGGCAGCAGCTAATAAGCATAGTGCAGCAGTAACCGAGTCTGGAGAAGTCTATACATGGGGATGCAACAGGGAAGGTCAACTTGGTTATGGAACTTCCAATTCTGCATCGAATTATGTTCCCCGTGCAGTTGAGTCTTTGAAAGGTCAATGCCTTGTGGCAGTCTCTGCAGCAAAGTATCATA
CAGTGGTTCTGAGATCAGATGGAGAGGTTTTTACATGGGGCTACAAAATGGTGAGTCCAAGGCGAGTACTGGTTCAAAGGAATACGAAAAAGTGCGGAAACATGCCTTTGAAGTTTCACCTCATGGAGCGGCTGCATGTAGTTAAAATAGCAGCAGGCATGACTCACAGCACAGTACTTTCTGATGATGGCTCTTTATTC
TACTGGGTTTCATCTGATCCAAATCTTCATTGCCAGCAGCTTTACTCCATGACTAGCAGCAATGTGGTCTCTGTTTCAGCCGGCAAATACTGGACTGCCATTGCTACTTTAACAGGTGACGTTTATGCATGGGATGGACAGAAACACAAAGGAGATGCTCCTATTCTCCATCGTATACATGGGATTAAGCATGCCACTTC
AGTGTCTGTTGGTGAAACTCACTTTCTGGCTGTTTCTACCAATTATATTCCCAAATACACCCCCAAACGTTTTGAAGAAATTCAGACAACAACAAAAGAACACTGTGAGGAAGATGATGAGATTGAAGATGATGATGCAGCATTAAATGTTTGTCAAAATGTATCCAAAGGAGGTGAATGTGATAGTGATAAACTCGAAA
AAATTGTTCCAAGTTTGAAGGATTTGTGCCAGAAGGTGGCAGCAGAGTTTCTGGTGGAACCAAAAAATGCAGTACAATTGCTTGATGTTGCGGATACACTGGAAGCTGAGGACTTGCGGATACATTGTGAGGATCTGGTGCTTCGCAACCTTGATTACATTCTTACAATATCTCCTACAGCCTTTGCTAATGTAAGTCCA
GAGTTGTTGGCTAAATTGGAGAAGTCCTTGGATGCCAAGTCTTCTGAGCCTTGGAGCTATCGTCATCTTCCAACCCCAACTGCCACATTTCCTGCCATTATTGATAGCGAGGAAGATAATGGTGAAACTGGATTTACTAAGTTACGCAACATTGCTTCTGCAGAGACTATTGATCAGTCAACGTGCAAGAGAAGATCTGG
GGATGGATTTTTGCATCAGACAAGTGCAGCTGATCAAGCTATGGCGAAAGAAGTGAGAGCTATAAGGAAGAAACTTCAGCAGATAGAGATTCTTGAGATGAAACAAAGCAATGGTTATTTCCTTGATGAGCAACAAAAAGCAAAACTGCAGACAAAAAGTTTACTTGAAAATACTCTTGCTTATCTTGAAACTGGAGTAG
CAGTGGAATCCAATGAAGAACTGGAGACAGCATGTACTAAAGCTACTTTACTGGATGGGAGGTCTTCAATGGAAAATGGATCAAGAAGCCGTCAGCGCAAGGGCAAGAAAAAAGGAAACAAATTTTCTCAGAAGCAGATTGGAGATTTGCCTGACATCTCTAAGTGCGAGGTACCTGTCAAAGGAGGTCCTAAGAAAACA
CAGGAAAGCTTAAATCCCTTGAAGGGTTTTGAGAAAGATGATTGCCCTGTTTATGATGGAGGAAAGGACGATGATGTAAAATTTGGAGATTCAAATATTTTGTCCTCAATTCAGAAAGCAAGTCCGGTAGAGTGCAATGATTATGGTTCAGGCAAGAAAGCAGGTTCAGACAAGAAAGCAGGCATGGCAACATCCAGTTA
TCATGATTCCGAGGTAAATGTGGCAACAAAGAAGTCCTTGAAAAAGAATTCTAAGAAAGGTGGTTTATCTGTTTTCTTGAGTGGTGCGTTAGATGATGCACCCAAAATTGTTGTTCAAGCACCAAGTCCACCCAAGGTAGAGGGTCCAGCTTGGGGTGGAGCAAGGATTAGCAAGGATTCCACGTCTCTCCTTGAAATTC
AGGGCGAACAAATACTCGAATCGAATATACCATCAACCCCAGAAATTAGCAGGGGCCCTTTTAAATGTGTAGGCAAAGGTAAAAGTTCAGAATGTGAACTGATAAAAAAATCTAAAGGCTTAGCTGATGTGTATGAAATGGGTATGAATGAACCTGAAACAGATCACATTCATATTCCCCTAAGTCAACATTCCCGTTTA
TCAGCTCCAATTGCTGTTATCCCAAGCAAGGTAATTAGTGCTTCAGATGCAGAAAAAAGTACCCCACCTTGGGCAGGCACCTCCCCTTTAATGTCCAGGTCTTCATTGAGAGATATTCAAATGCAGCAGGTAAAACAGAAAACCAAGCGTTCAGTTGACTTATTTGCAGCATCAGGCTCCAGTACCAAGTTAGATCCTAG
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CTAGTAGAATCAAATGTAACATTGTCACGTTCTTGGTTTTACTGTCTAACATTGGAGCAAAGTTTTAGGAAATGCTCTTCATTCTCATCGTTTCATAAAGAATGTACACATTGATTAATGTATTATTCACCTATCAGTTGTACAGAGTCACTACAGACTGCCCTGTGAATAAAAATTTCTGGATTGGACGTTCAATTTTT
AATATTCTCAAGACATTAGCATTTTAAAATGATTTTCCATGAGCAC
>TRINITY_DN120743_c3_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:TAGCCATACCCAAGGTACCCACTGCTAGAATTTTTAAATTTTTTTTGCTCCTCTCAATTGCACTAGATCACACAGAGAATGGCGTCCCCATCCCATAATTCGGCGAACGTGATTATCAATTCTGTATTTTCTCCGCTGATCTTGTATTCGCCTTTCTGATGTTTTTCAGTTTGTTTGCTTCTCCAAGGAGGCTGTTACTT
ATGATGAAAACCTAGATTCCTTTTAAATGGATAATTGGCCTGAAGGCTTGTGCTTTGCATTCTCTTAGTGCAACACTTGACCTATTTTCGTGGTAAAAGATGATCAGTGTGCAGTAACGAAATATTTCAAAGAGGATCATTGGGATTGGCAGATGGCTCTTGTTAATTTTTTGTTTTCTTAACCAAGATATCTACAAAGA
TGGACCTGTTATTTTATTGTGCTCGAGCAGTCAGATAACTTCAAGCTATAAATAGAAAATGCAATGGTTGCATAACAGTTATTCACGTATGGTATACCACTGTTTTCTCTGTTGAAGAGTTTGGAAAGCAGTTTTCTTCCTGAATCTGTGGTAGAAATCTGTTCAACATTTGTTATCATCTATGATTCATTTTTATACTG
GCTGAAATTCAACAGAAGAGTACCTTTGGAAATTTGGTAAAGAGGGAGTTTATTGATTAGACTGCCTGTATTTAACGTGTTTTTACATTGTAAATGGAGAGCTCAAATTTGCTACTGGGAGGGAATTTGAAGCAAACCACCCCTCGCCGATCACCATCAAGCATTTCTCTCCAAGATTTATGGTCTGCTACTAGAGAAGG
GTCAATCCCTGGTGTAGATTCTGCATTGGTGACATTAAAGAAAAGTGGTGGAAACATTGATGCAAAGAACACATTTGGGTCAACTGCCCTTCACATTGCAGTTTGGAGAAATCATGTGCCAATAGTGAGGAGATTGCTTGCTGCTGGCGCTGATCCAAACGTGAGGGATGGAGAATCTGGGTGGAGTAGTTTGCATAGGG
CCCTACATTTTGGGCATCTTGCAGTGGCTGGAGTGCTCATTGAAGCTGGTGCTTCTCTCACATTGGAAGATTCTAAAGCTCAAACACCAATTGATCTGCTTTCTGGTCCTGTGCAGCAGGTTGTTTCTAAAGAAAACAATGCAGgtaggcttttagtgaatttgttgacaagtagacggtgaattggaactttttgactt
gtagaaaagtgttggtttaaaatataaaattaaatttcacgtgactaaacaagaactcatcagcaatgtttagtatcgagtcttgatgcattactttttgatgtttgtcccttttctattcatagGAACTACAGATCTCTTCAGCTGGGGAAATGGTGCCAACTATCAACTTGGAACAGGAAATACTGATATACAGAAGT
TACCGTACAAGGTGGAGGCACTTCAAGGGCTCCTTATAAAGGAAATTGCTGCTGCAAAGTTCCATAGTATAGCTGTGACTGCTTCGGGAGAATTGTACACCTGGGGATTTGGGAGGGGAGGTAGACTAGGCCACCCTGATTTTGATATTCACAGGTATGGGATGGATTAGATGTTTACCTTCAATTTTGAATCCTTTTGT
ACTGTAGTATAGATATCTGTGAAAGGGCATGTGAGGTATCTATTTCTGTTTGTTTTTCATCCTCTAATGTGCAATAATCTACGTTCAGGCGTTCATCTCCTGTAAATCCAGTATATGTTGCCCCATGTACGAGAAACTGGAGTTAACTTTAGTAGAGAATAAAAAATCAGAGACAGTTCTATATTGTACAGTTGGTCAAT
GCACATAATTTGACAGGACCAAGTGGACAGAAACTGCATTGCAGCATGAACACAGATCAAATAAAATTGCACCAGGCATGCGGAGGCTGCCAAAATAAACATTTAATTATGTGGAAACCAATTGGAACAGACTTACTGTAAATTGATTTCAGTATCTGCAGTGCACTACATAATTGAATATGTTCTGGGCTTGAGTTTCA
TTTTATATTCATATAAAAATTGCACTGTACAGTCACTTATTAAAACTTATTTGTTTTTTCATTGTCAGGTTATTTAGGGTAGTTTTTGGTATATATATAAAAGCTGAGTTTTTGATTAGAAGTGTGAAATTGTAGTGGTCAAGCTGCTGTGATTACCCCTCGTCAAGTATTCAGTGGACTTGGACAACGGCGTGTTGTAG
TCGTTGGCGCAGCAAAGCACCATTCTATTGTTGCAACTGTTGGAGGGGAGGTGTTTACTTGGGGATCAAACCGAGAGGGTCAGCTTGGATATACCTCAGTTGATACACAAGCAACACCTCGCCGGGTTAGTTCTCTCAAGACAAGAGTCATTGCTGTGGCAGCAGCTAATAAGCATAGTGCAGCAGTAACCGAGTCTGGA
GAAGTCTATACATGGGGATGCAACAGGGAAGGTCAACTTGGTTATGGAACTTCCAATTCTGCATCGAATTATGTTCCCCGTGCAGTTGAGTCTTTGAAAGGTCAATGCCTTGTGGCAGTCTCTGCAGCAAAGTATCATACAGTGGTTCTGAGATCAGATGGAGAGGTTTTTACATGGGGCTACAAAATGGTGAGTCCAAG
GCGAGTACTGGTTCAAAGGAATACGAAAAAGTGCGGAAACATGCCTTTGAAGTTTCACCTCATGGAGCGGCTGCATGTAGTTAAAATAGCAGCAGGCATGACTCACAGCACAGTACTTTCTGATGATGGCTCTTTATTCTACTGGGTTTCATCTGATCCAAATCTTCATTGCCAGCAGGTTTGCATGGTTAATAATGTTT
ATTACATTAGATATTTTATTTCTTAAATTGCACACAAGAAATATTACTTTTAAAAGCTAAC
Intron 4 GTACCCACTG ... CTTCTCCAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.73 | 82 | 35.1 | 31 |
| A2 | 29.65 | 70 | 29 | 30 |
| A3 | 34.2 | 101 | 56 | 49 |
| A4 | 28.33 | 86 | 32 | 36 |
| A5 | 28.47 | 49 | 14 | 25 |
| A6 | 35.29 | 11 | 10 | 2 |
| A7 | 28.57 | 30 | 13 | 11 |
| A8 | 11.11 | 4 | 1 | 0 |
| A9 | 15.25 | 25 | 3 | 6 |
| A10 | 24.53 | 40 | 12 | 14 |
>TRINITY_DN111166_c3_g2_i2 from sample A2 / Example spliced isoformACACACGCCATTTTTTTGGTTTATGTAGTCTTTAGCTGACCAATTCTGGCGAGCGCCACAAACGGCAAAACAAAAAGATGTTAGAAATTTTGATACGACGAGCAAACATTTTAACCGCAAGAAAGGGCCACAAAGATCTTACGCAACTACAAACAGAGGTAACCATGAACGGGGAAAGAGGAAAAAGAGGGGAGCAGCAG
CAATAGAATCGAATATGATATGCTTTGGAATATTACTATCGGCTTTGTCTTGTTTCTCGTAAATGGCCCGGCGGAGTGACAGGTGGAGCCGGCAGATGCTCACATGAAATCCTTTGATACTTCCTCGTAGCCACTATTTCCATCAGCAATAGCCATACCCAAGGAGGCTGTTACTTATGATGAAAACCTAGATTCCTTTT
AAATGGATAATTGGCCTGAAGGCTTGTGCTTTGCATTCTCTTAGTGCAACACTTGACCTATTTTCGTGGTAAAAGATGATCAGTGTGCAGTAACGAAATATTTCAAAGAGGATCATTGGGATTGGCAGATGGCTCTTGTTAATTTTTTGTTTTCTTAACCAAGATATCTACAAAGATGGACCTGTTATTTTATTGTGCTC
GAGCAGTCAGATAACTTCAAGCTATAAATAGAAAATGCAATGGTTGCATAACAGTTATTCACGTATGGTATACCACTGTTTTCTCTGTTGAAGAGTTTGGAAAGCAGTTTTCTTCCTGAATCTGTGGTAGAAATCTGTTCAACATTTGTTATCATCTATGATTCATTTTTATACTGGCTGAAATTCAACAGAAGAGTACC
TTTGGAAATTTGGTAAAGAGGGAGTTTATTGATTAGACTGCCTGTATTTAACGTGTTTTTACATTGTAAATGGAGAGCTCAAATTTGCTACTGGGAGGGAATTTGAAGCAAACCACCCCTCGCCGATCACCATCAAGCATTTCTCTCCAAGATTTATGGTCTGCTACTAGAGAAGGGTCAATCCCTGGTGTAGATTCTGC
ATTGGTGACATTAAAGAAAAGTGGTGGAAACATTGATGCAAAGAACACATTTGGGTCAACTGCCCTTCACATTGCAGTTTGGAGAAATCATGTGCCAATAGTGAGGAGATTGCTTGCTGCTGGCGCTGATCCAAACGTGAGGGTATGTCGACTCTACCATATGTGAAATGCCTGTTAACGTTTCAGTGAAGCAAAAATGC
AATAGGATGAGTATTTTGTAGGAAACATGGTTAGGTAAGTGTTCCAGTTTTAGTGAGATTTATTTTACTCCTTCACAAGTGTGTGTTGGTCCTGACAGCTACATAAGCTTTAATTTTGGGTGTAACAAGGATTATCTCTTAATATGTGCTGTTATATAAAATTTTATATTAGCTGCTTTGCAAATAAAGTTTCCTTCCTA
GTCAGGATAAAAATGTATGTTTCATGACCTTTCGCCTTAATTTCCTTGGAGGCTTTGATTCACTTAATGCTTATAAAAATGAGAGAAAAGCTTCA
>TRINITY_DN111166_c3_g2_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:ACACACGCCATTTTTTTGGTTTATGTAGTCTTTAGCTGACCAATTCTGGCGAGCGCCACAAACGGCAAAACAAAAAGATGTTAGAAATTTTGATACGACGAGCAAACATTTTAACCGCAAGAAAGGGCCACAAAGATCTTACGCAACTACAAACAGAGGTAACCATGAACGGGGAAAGAGGAAAAAGAGGGGAGCAGCAG
CAATAGAATCGAATATGATATGCTTTGGAATATTACTATCGGCTTTGTCTTGTTTCTCGTAAATGGCCCGGCGGAGTGACAGGTGGAGCCGGCAGATGCTCACATGAAATCCTTTGATACTTCCTCGTAGCCACTATTTCCATCAGCAATAGCCATACCCAAGgtacccactgctagaatttttaaattttttttgctcc
tctcaattgcactagatcacacagagaatggcgtccccatcccataattcggcgaacgtgattatcaattctgtattttctccgctgatcttgtattcgcctttctgatgtttttcagtttgtttgcttctccaagGAGGCTGTTACTTATGATGAAAACCTAGATTCCTTTTAAATGGATAATTGGCCTGAAGGCTTGT
GCTTTGCATTCTCTTAGTGCAACACTTGACCTATTTTCGTGGTAAAAGATGATCAGTGTGCAGTAACGAAATATTTCAAAGAGGATCATTGGGATTGGCAGATGGCTCTTGTTAATTTTTTGTTTTCTTAACCAAGATATCTACAAAGATGGACCTGTTATTTTATTGTGCTCGAGCAGTCAGATAACTTCAAGCTATAA
ATAGAAAATGCAATGGTTGCATAACAGTTATTCACGTATGGTATACCACTGTTTTCTCTGTTGAAGAGTTTGGAAAGCAGTTTTCTTCCTGAATCTGTGGTAGAAATCTGTTCAACATTTGTTATCATCTATGATTCATTTTTATACTGGCTGAAATTCAACAGAAGAGTACCTTTGGAAATTTGGTAAAGAGGGAGTTT
ATTGATTAGACTGCCTGTATTTAACGTGTTTTTACATTGTAAATGGAGAGCTCAAATTTGCTACTGGGAGGGAATTTGAAGCAAACCACCCCTCGCCGATCACCATCAAGCATTTCTCTCCAAGATTTATGGTCTGCTACTAGAGAAGGGTCAATCCCTGGTGTAGATTCTGCATTGGTGACATTAAAGAAAAGTGGTGG
AAACATTGATGCAAAGAACACATTTGGGTCAACTGCCCTTCACATTGCAGTTTGGAGAAATCATGTGCCAATAGTGAGGAGATTGCTTGCTGCTGGCGCTGATCCAAACGTGAGGGTATGTCGACTCTACCATATGTGAAATGCCTGTTAACGTTTCAGTGAAGCAAAAATGCAATAGGATGAGTATTTTGTAGGAAACA
TGGTTAGGTAAGTGTTCCAGTTTTAGTGAGATTTATTTTACTCCTTCACAAGTGTGTGTTGGTCCTGACAGCTACATAAGCTTTAATTTTGGGTGTAACAAGGATTATCTCTTAATATGTGCTGTTATATAAAATTTTATATTAGCTGCTTTGCAAATAAAGTTTCCTTCCTAGTCAGGATAAAAATGTATGTTTCATGA
CCTTTCGCCTTAATTTCCTTGGAGGCTTTGATTCACTTAATGCTTATAAAAATGAGAGAAAAGCTTCA
Intron 5 GTAAGTGATA ... GGTGGATTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.95 | 81 | 14.8 | 33 |
| A2 | 30.26 | 53 | 11.7 | 23 |
| A3 | 34.65 | 83 | 6.3 | 44 |
| A4 | 30.77 | 45 | 5.3 | 20 |
| A5 | 26.92 | 19 | 2.2 | 7 |
| A6 | 18.03 | 50 | 4 | 11 |
| A7 | 36.27 | 181 | 11.6 | 103 |
| A8 | 30.67 | 113 | 9.8 | 50 |
| A9 | 28.79 | 94 | 11.6 | 38 |
| A10 | 31.22 | 141 | 8.4 | 64 |
>TRINITY_DN109433_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoformCCTGGACCGTACCAACTCTTAACATGGTTGGATTTTTTGGTATCCACGAGATTAGAACCAGCGACCTTTCCGCTTAGGGGTGTCTTAACCATACCCCGCCACCAACTATTCTACATCTCACCGATATTTGATCAATGCTTTGAAAATACGTTGCATTTACCATTTTTTTTGTTGTAATTTTCTTCTTAGTATTATTTTCT
TTCGTAATTGCTGTCTTCTTTGCATTTTTCTTTGATATTACTTTTTGATTCTCTGATAATAGATCGAACCCATACCAAAGATTATAAGGTTGGAAGCCTTGCTTGTACTTTTTATGGAAAAGTCATTCCAGTTTCTTCAAACTAGATTGTAAATTACAAATGCTTGGAACACTTCTATCTGATGAATTATTGGATGAGAG
TTTTTGCATGTCCTGTTCATATGTAGGCTAGCGATTTTCTGATTATATGTAATATATTTGAAACTGCTGCAGGAGGCTGTTACTTATGATGAAAACCTAGATTCCTTTTAAATGGATAATTGGCCTGAAGGCTTGTGCTTTGCATTCTCTTAGTGCAACACTTGACCTATTTTCGTGGTAAAAGATGATCAGTGTGCAGT
AACGAAATATTTCAAAGAGGATCATTGGGATTGGCAGATGGCTCTTGTTAATTTTTTGTTTTCTTAACCAAGATATCTACAAAGATGGACCTGTTATTTTATTGTGCTCGAGCAGTCAGATAACTTCAAGCTATAAATAGAAAATGCAATGGTTGCATAACAGTTATTCACGTATGGTATACCACTGTTTTCTCTGTTGA
AGAGTTTGGAAAGCAGTTTTCTTCCTGAATCTGTGGTAGAAATCTGTTCAACATTTGTTATCATCTATGATTCATTTTTATACTGGCTGAAATTCAACAGAAGAGTACCTTTGGAAATTTGGTAAAGAGGGAGTTTATTGATTAGACTGCCTGTATTTAACGTGTTTTTACATTGTAAATGGAGAGCTCAAATTTGCTAC
TGGGAGGGAATTTGAAGCAAACCACCCCTCGCCGATCACCATCAAGCATTTCTCTCCAAGATTTATGGTCTGCTACTAGAGAAGGGTCAATCCCTGGTGTAGATTCTGCATTGGTGACATTAAAGAAAAGTGGTGGAAACATTGATGCAAAGAACACATTTGGGTCAACTGCCCTTCACATTGCAGTTTGGAGAAATCAT
GTGCCAATAGTGAGGAGATTGCTTGCTGCTGGCGCTGATCCAAACGTGAGGGATGGAGAATCTGGGTGGAGTAGTTTGCATAGGGCCCTACATTTTGGGCATCTTGCAGTGGCTGGAGTGCTCATTGAAGCTGGTGCTTCTCTCACATTGGAAGATTCTAAAGCTCAAACACCAATTGATCTGCTTTCTGGTCCTGTGCA
GCAGGTTGTTTCTAAAGAAAACAATGCAGGAACTACAGATCTCTTCAGCTGGGGAAATGGTGCCAACTATCAACTTGGAACGGGAAATACTGATATACAGAAGTTACCGTACAAGGTGGAGGCACTTCAAGGGCTCCTTATAAAGGAAATTGCTGCTGCAAAGTTCCATAGTATAGCTGTGACTGCTTCGGGAGAATTGT
ACACCTGGGGATTTGGGAGGGGAGGTAGACTAGGCCACCCTGATTTTGATATTCACAGTGGTCAAGCTGCTGTGATTACCCCTCGTCAAGTATTCAGTGGACTTGGACAACGGCGTGTTGTAGTCGTTGGCGCAGCAAAGCACCATTCTATTGTTGCAACTGTTGGAGGGGAGGTGTTTACTTGGGGATCAAACCGAGAG
GGTCAGCTTGGATATACCTCAGTTGATACACAAGCAACACCTCGCCGGGTTAGTTCTCTCAAGACAAGAGTCATTGCTGTGGCAGCAGCTAATAAGCATAGTGCAGCAGTAACCGAGTCTGGAGAAGTCTATACATGGGGATGCAACAGGGAAGGTCAACTTGGTTATGGAACTTCCAATTCTGCATCGAATTATGTTCC
CCGTGCAGTTGAGTCTTTGAAAGGTCAATGCCTTGTGGCAGTCTCTGCAGCAAAGTATCATACAGTGGTTCTGAGATCAGATGGAGAGGTTTTTACATGGGGCTACAAAATGGTGAGTCCAAGGCGAGTACTGGTTCAAAGGAATACGAAAAAGTGCGGAAACATGCCTTTGAAGTTTCACCTCATGGAGCGGCTGCATG
TAGTTAAAATAGCAGCAGGCATGACTCACAGCACAGTACTTTCTGATGATGGCTCTTTATTCTACTGGGTTTCATCTGATCCAAATCTTCATTGCCAGCAGCTTTACTCCATGACTAGCAGCAATGTGGTCTCTGTTTCAGCCGGCAAATACTGGACTGCCATTGCTACTTTAACAGGTGACGTTTATGCATGGGATGGA
CAGAAACACAAAGGAGATGCTCCTATTCTCCATCGTATACATGGGATTAAGCATGCCACTTCAGTGTCTGTTGGTGAAACTCACTTTCTGGCTGTTTCTACCAATTATATTCCCAAATACACCCCCAAACGTTTTGAAGAAATTCAGACAACAACAAAAGAACACTGTGAGGAAGATGATGAGATTGAAGATGATGATGC
AGCATTAAATGTTTGTCAAAATGTATCCAAAGGAGGTGAATGTGATAGTGATAAACTCGAAAAAATTGTTCCAAGTTTGAAGGATTTGTGCCAGAAGGTGGCAGCAGAGTTTCTGGTGGAACCAAAAAATGCAGTACAATTGCTTGATGTTGCGGATACACTGGAAGCTGAGGACTTGCGGATACATTGTGAGGATCTGG
TGCTTCGCAACCTTGATTACATTCTTACAATATCTCCTACAGCCTTTGCTAATGTAAGTCCAGAGTTGTTGGCTAAATTGGAGAAGTCCTTGGATGCCAAGTCTTCTGAGCCTTGGAGCTATCGTCATCTTCCAACCCCAACTGCCACATTTCCTGCCATTATTGATAGCGAGGAAGATAATGGTGAAACTGGATTTACT
AAGTTACGCAACATTGCTTCTGCAGAGACTATTGATCAGTCAACGTGCAAGAGAAGATCTGGGGATGGATTTTTGCATCAGACAAGTGCAGCTGATCAAGCTATGGCGAAAGAAGTGAGAGCTATAAGGAAGAAACTTCAGCAGATAGAGATTCTTGAGATGAAACAAAGCAATGGTTATTTCCTTGATGAGCAACAAAA
AGCAAAACTGCAGACAAAAAGTTTACTTGAAAATACTCTTGCTTATCTTGAAACTGGAGTAGCAGTGGAATCCAATGAAGAACTGGAGACAGCATGTACTAAAGCTACTTTACTGGATGGGAGGTCTTCAATGGAAAATGGATCAAGAAGCCGTCAGCGCAAGGGCAAGAAAAAAGGAAACAAATTTTCTCAGAAGCAGA
TTGGAGATTTGCCTGACATCTCTAAGTGCGAGGTACCTGTCAAAGGAGGTCCTAAGAAAACACAGGAAAGCTTAAATCCCTTGAAGGGTTTTGAGAAAGATGATTGCCCTGTTTATGATGGAGGAAAGGACGATGATGTAAAATTTGGAGATTCAAATATTTTGTCCTCAATTCAGAAAGCAAGTCCGGTAGAGTGCAAT
GATTATGGTTCAGGCAAGAAAGCAGGTTCAGACAAGAAAGCAGGCATGGCAACATCCAGTTATCATGATTCCGAGGTAAATGTGGCAACAAAGAAGTCCTTGAAAAAGAATTCTAAGAAAGGTGGTTTATCTGTTTTCTTGAGTGGTGCGTTAGATGATGCACCCAAAATTGTTGTTCAAGCACCAAGTCCACCCAAGGT
AGAGGGTCCAGCTTGGGGTGGAGCAAGGATTAGCAAGGATTCCACGTCTCTCCTTGAAATTCAGGGCGAACAAATACTCGAATCGAATATACCATCAACCCCAGAAATTAGCAGGGGCCCTTTTAAATGTGTAGGCAAAGGTAAAAGTTCAGAATGTGAACTGATAAAAAAATCTAAAGGCTTAGCTGATGTGTATGAAA
TGGGTATGAATGAACCTGAAACAGATCACATTCATATTCCCCTAAGTCAACATTCCCGTTTATCAGCTCCAATTGCTGTTATCCCAAGCAAGGTAATTAGTGCTTCAGATGCAGAAAAAAGTACCCCACCTTGGGCAGGCACCTCCCCTTTAATGTCCAGGTCTTCATTGAGAGATATTCAAATGCAGCAGGTAAAACAG
AAAACCAAGCGTTCAGTTGACTTATTTGCAGCATCAGGCTCCAGTACCAAGTTAGATCCTAGCCTTAATGTTGTGAAGGATAGCCCCTGTCGTTGGTTTAAGCCAGAGGTTAGCACACCTTCTTCAATTCGCTGTATCCAGATAGAAGAGAAGGCTATGAAAGACCTTAGGCGTTTATACAAAAATGTGAAGTTAGTGAA
GAATGACCTCCCATGATTTCTAGTAGAATCAAATGTAACATTGTCAAGTTCCCCCATGATTTCTAGTAGAATCAAATGTAACATTGTCACGTTCTTGGTTTTACTGTCTAACATTGGAGCAAAGTTTTAGGAAATGCTCTTCATTCTCATCGTTTCATAAAGAATGTACACATTGATTAATGTATTATTCACCTATCAGT
TGTACAGAGTCACTACAGACTGCCCTGTGAATAAAAATTTCTGGATTGGACGTTCAATTTTTAATATTCTCAAGACATTAGCATTTTAAAATGATTTTCCATGAGCACAATTAAACTGGAATATTGTCAAAATTACAATGGAAATAAATGAGTGCTTAGACTGGAGGGCTAATTATGTTGGTTGCTCTATGTGACTGTCA
TAAAACAAAAT
>TRINITY_DN109433_c0_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:CTTAATACACACTTACTTTCCTCTCTCTACACACGCCATTTTTTTGGTTTATGTAGTCTTTAGCTGACCAATTCTGGCGAGCGCCACAAACGGCAAAACAAAAAGATGTTAGAAATTTTGATACGACGAGCAAACATTTTAACCGCAAGAAAGGGCCACAAAGATCTTACGCAACTACAAACAGAGGCAACCATGAACGG
GGAAAGAGGAAAAAGAGGGGAGCAGCAGCAATAGAATCGAATATGATATGCTTTGGAATATTACTATCGGCTTTGTCTTGTTTCTCGTAAATGGCCCGGCGGAGTGACAGGTGGAGCCGGCAGATGCTCACATGAAATCCTTTGATACTTCCTCGTAGCCACTATTTCCATCAGCAATAGCCATACCCAAGGTACCCACT
GCTAGAATTTTTAAATTTTTTTTGCTCCTCTCAATTGCACTAGATCACACAGAGAATGGCGTCCCCATCCCATAATTCGGCGAACGTGATTATCAATTCTGTATTTTCTCCGCTGATCTTGTATTCGCCTTTCTGATGTTTTTCAGTTTGTTTGCTTCTCCAAGGAGGCTGTTACTTATGATGAAAACCTAGATTCCTTT
TAAATGGATAATTGGCCTGAAGGCTTGTGCTTTGCATTCTCTTAGTGCAACACTTGACCTATTTTCGTGGTAAAAGATGATCAGTGTGCAGTAACGAAATATTTCAAAGAGGATCATTGGGATTGGCAGATGGCTCTTGTTAATTTTTTGTTTTCTTAACCAAGATATCTACAAAGATGGACCTGTTATTTTATTGTGCT
CGAGCAGTCAGATAACTTCAAGCTATAAATAGAAAATGCAATGGTTGCATAACAGTTATTCACGTATGGTATACCACTGTTTTCTCTGTTGAAGAGTTTGGAAAGCAGTTTTCTTCCTGAATCTGTGGTAGAAATCTGTTCAACATTTGTTATCATCTATGATTCATTTTTATACTGGCTGAAATTCAACAGAAGAGTAC
CTTTGGAAATTTGGTAAAGAGGGAGTTTATTGATTAGACTGCCTGTATTTAACGTGTTTTTACATTGTAAATGGAGAGCTCAAATTTGCTACTGGGAGGGAATTTGAAGCAAACCACCCCTCGCCGATCACCATCAAGCATTTCTCTCCAAGATTTATGGTCTGCTACTAGAGAAGGGTCAATCCCTGGTGTAGATTCTG
CATTGGTGACATTAAAGAAAAGTGGTGGAAACATTGATGCAAAGAACACATTTGGGTCAACTGCCCTTCACATTGCAGTTTGGAGAAATCATGTGCCAATAGTGAGGAGATTGCTTGCTGCTGGCGCTGATCCAAACGTGAGGGATGGAGAATCTGGGTGGAGTAGTTTGCATAGGGCCCTACATTTTGGGCATCTTGCA
GTGGCTGGAGTGCTCATTGAAGCTGGTGCTTCTCTCACATTGGAAGATTCTAAAGCTCAAACACCAATTGATCTGCTTTCTGGTCCTGTGCAGCAGGTTGTTTCTAAAGAAAACAATGCAGGAACTACAGATCTCTTCAGCTGGGGAAATGGTGCCAACTATCAACTTGGAACGGGAAATACTGATATACAGAAGTTACC
GTACAAGGTGGAGGCACTTCAAGGGCTCCTTATAAAGGAAATTGCTGCTGCAAAGTTCCATAGTATAGCTGTGACTGCTTCGGGAGAATTGTACACCTGGGGATTTGGGAGGGGAGGTAGACTAGGCCACCCTGATTTTGATATTCACAGTGGTCAAGCTGCTGTGATTACCCCTCGTCAAGTATTCAGTGGACTTGGAC
AACGGCGTGTTGTAGTCGTTGGCGCAGCAAAGCACCATTCTATTGTTGCAACTGTTGGAGGGGAGGTGTTTACTTGGGGATCAAACCGAGAGGGTCAGCTTGGATATACCTCAGTTGATACACAAGCAACACCTCGCCGGGTTAGTTCTCTCAAGACAAGAGTCATTGCTGTGGCAGCAGCTAATAAGCATAGTGCAGCA
GTAACCGAGTCTGGAGAAGTCTATACATGGGGATGCAACAGGGAAGGTCAACTTGGTTATGGAACTTCCAATTCTGCATCGAATTATGTTCCCCGTGCAGTTGAGTCTTTGAAAGGTCAATGCCTTGTGGCAGTCTCTGCAGCAAAGTATCATACAGTGGTTCTGAGATCAGATGGAGAGGTTTTTACATGGGGCTACAA
AATGGTGAGTCCAAGGCGAGTACTGGTTCAAAGGAATACGAAAAAGTGCGGAAACATGCCTTTGAAGTTTCACCTCATGGAGCGGCTGCATGTAGTTAAAATAGCAGCAGGCATGACTCACAGCACAGTACTTTCTGATGATGGCTCTTTATTCTACTGGGTTTCATCTGATCCAAATCTTCATTGCCAGCAGCTTTACT
CCATGACTAGCAGCAATGTGGTCTCTGTTTCAGCCGGCAAATACTGGACTGCCATTGCTACTTTAACAGGTGACGTTTATGCATGGGATGGACAGAAACACAAAGGAGATGCTCCTATTCTCCATCGTATACATGGGATTAAGCATGCCACTTCAGTGTCTGTTGGTGAAACTCACTTTCTGGCTGTTTCTACCAATTAT
ATTCCCAAATACACCCCCAAACGTTTTGAAGAAATTCAGACAACAACAAAAGAACACTGTGAGGAAGATGATGAGATTGAAGATGATGATGCAGCATTAAATGTTTGTCAAAATGTATCCAAAGGAGGTGAATGTGATAGTGATAAACTCGAAAAAATTGTTCCAAGTTTGAAGGATTTGTGCCAGAAGGTGGCAGCAGA
GTTTCTGGTGGAACCAAAAAATGCAGTACAATTGCTTGATGTTGCGGATACACTGGAAGCTGAGGACTTGCGGATACATTGTGAGGATCTGGTGCTTCGCAACCTTGATTACATTCTTACAATATCTCCTACAGCCTTTGCTAATGTAAGTCCAGAGTTGTTGGCTAAATTGGAGAAGTCCTTGGATGCCAAGTCTTCTG
AGCCTTGGAGCTATCGTCATCTTCCAACCCCAACTGCCACATTTCCTGCCATTATTGATAGCGAGGAAGATAATGGTGAAACTGGATTTACTAAGTTACGCAACATTGCTTCTGCAGAGACTATTGATCAGTCAACGTGCAAGAGAAGATCTGGGGATGGATTTTTGCATCAGACAAGTGCAGCTGATCAAGCTATGGCG
AAAGAAGTGAGAGCTATAAGGAAGAAACTTCAGCAGATAGAGATTCTTGAGATGAAACAAAGCAATGGTTATTTCCTTGATGAGCAACAAAAAGCAAAACTGCAGACAAAAAGTTTACTTGAAAATACTCTTGCTTATCTTGAAACTGGAGTAGCAGTGGAATCCAATGAAGAACTGGAGACAGCATGTACTAAAGCTAC
TTTACTGGATGGGAGGTCTTCAATGGAAAATGGATCAAGAAGCCGTCAGCGCAAGGGCAAGAAAAAAGGAAACAAATTTTCTCAGAAGCAGATTGGAGATTTGCCTGACATCTCTAAGTGCGAGGTACCTGTCAAAGGAGGTCCTAAGAAAACACAGGAAAGCTTAAATCCCTTGAAGGGTTTTGAGAAAGATGATTGCC
CTGTTTATGATGGAGGAAAGgtaagtgatagctgttattgttactgtccaatatttttcttgaatttcacacctttgttgacagctatttttaaacttttcggactttgtttttagcattttactcttctgtaggtattgatctaaatataagcacagatatatttaggttgtgcagtaaatgttttattatctggtgga
ttagGACGATGATGTAAAATTTGGAGATTCAAATATTTTGTCCTCAATTCAGAAAGCAAGTCCGGTAGAGTGCAATGATTATGGTTCAGGCAAGAAAGCAGGTTCAGACAAGAAAGCAGGCATGGCAACATCCAGTTATCATGATTCCGAGGTAAATGTGGCAACAAAGAAGTCCTTGAAAAAGAATTCTAAGAAAGGTG
GTTTATCTGTTTTCTTGAGTGGTGCGTTAGATGATGCACCCAAAATTGTTGTTCAAGCACCAAGTCCACCCAAGGTAGAGGGTCCAGCTTGGGGTGGAGCAAGGATTAGCAAGGATTCCACGTCTCTCCTTGAAATTCAGGGCGAACAAATACTCGAATCGAATATACCATCAACCCCAGAAATTAGCAGGGGCCCTTTT
AAATGTGTAGGCAAAGGTAAAAGTTCAGAATGTGAACTGATAAAAAAATCTAAAGGCTTAGCTGATGTGTATGAAATGGGTATGAATGAACCTGAAACAGATCACATTCATATTCCCCTAAGTCAACATTCCCGTTTATCAGCTCCAATTGCTGTTATCCCAAGCAAGGTAATTAGTGCTTCAGATGCAGAAAAAAGTAC
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CAATTCGCTGTATCCAGATAGAAGAGAAGGCTATGAAAGACCTTAGGCGTTTATACAAAAATGTGAAGTTAGTGAAGAATGACCTCCCATGATTTCTAGTAGAATCAAATGTAACATTGTCAAGTTCCCCCATGATTTCTAGTAGAATCAAATGTAACATTGTCACGTTCTTGGTTTTACTGTCTAACATTGGAGCAAAG
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TGTCAAAATTACAATGGAAATAAATGAGTGCTTAGACTGGAGGGCTAATTATGTTGGTTGCTCTATGTGACTGTCATAAAACAAAAT
Intron 6 GTTTGCATGG ... ACTTGTATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.49 | 60 | 12.1 | 11 |
| A2 | 22.22 | 49 | 5.7 | 14 |
| A3 | 20.37 | 43 | 8.9 | 11 |
| A4 | 23.4 | 36 | 4.5 | 11 |
| A5 | 25.64 | 29 | 4.8 | 10 |
| A6 | 9.09 | 10 | 3.2 | 1 |
| A7 | 12.68 | 62 | 12.8 | 9 |
| A8 | 20 | 16 | 4.8 | 4 |
| A9 | 16.33 | 41 | 12.1 | 8 |
| A10 | 22.22 | 35 | 7 | 10 |
>TRINITY_DN109433_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoformCCTGGACCGTACCAACTCTTAACATGGTTGGATTTTTTGGTATCCACGAGATTAGAACCAGCGACCTTTCCGCTTAGGGGTGTCTTAACCATACCCCGCCACCAACTATTCTACATCTCACCGATATTTGATCAATGCTTTGAAAATACGTTGCATTTACCATTTTTTTTGTTGTAATTTTCTTCTTAGTATTATTTTCT
TTCGTAATTGCTGTCTTCTTTGCATTTTTCTTTGATATTACTTTTTGATTCTCTGATAATAGATCGAACCCATACCAAAGATTATAAGGTTGGAAGCCTTGCTTGTACTTTTTATGGAAAAGTCATTCCAGTTTCTTCAAACTAGATTGTAAATTACAAATGCTTGGAACACTTCTATCTGATGAATTATTGGATGAGAG
TTTTTGCATGTCCTGTTCATATGTAGGCTAGCGATTTTCTGATTATATGTAATATATTTGAAACTGCTGCAGGAGGCTGTTACTTATGATGAAAACCTAGATTCCTTTTAAATGGATAATTGGCCTGAAGGCTTGTGCTTTGCATTCTCTTAGTGCAACACTTGACCTATTTTCGTGGTAAAAGATGATCAGTGTGCAGT
AACGAAATATTTCAAAGAGGATCATTGGGATTGGCAGATGGCTCTTGTTAATTTTTTGTTTTCTTAACCAAGATATCTACAAAGATGGACCTGTTATTTTATTGTGCTCGAGCAGTCAGATAACTTCAAGCTATAAATAGAAAATGCAATGGTTGCATAACAGTTATTCACGTATGGTATACCACTGTTTTCTCTGTTGA
AGAGTTTGGAAAGCAGTTTTCTTCCTGAATCTGTGGTAGAAATCTGTTCAACATTTGTTATCATCTATGATTCATTTTTATACTGGCTGAAATTCAACAGAAGAGTACCTTTGGAAATTTGGTAAAGAGGGAGTTTATTGATTAGACTGCCTGTATTTAACGTGTTTTTACATTGTAAATGGAGAGCTCAAATTTGCTAC
TGGGAGGGAATTTGAAGCAAACCACCCCTCGCCGATCACCATCAAGCATTTCTCTCCAAGATTTATGGTCTGCTACTAGAGAAGGGTCAATCCCTGGTGTAGATTCTGCATTGGTGACATTAAAGAAAAGTGGTGGAAACATTGATGCAAAGAACACATTTGGGTCAACTGCCCTTCACATTGCAGTTTGGAGAAATCAT
GTGCCAATAGTGAGGAGATTGCTTGCTGCTGGCGCTGATCCAAACGTGAGGGATGGAGAATCTGGGTGGAGTAGTTTGCATAGGGCCCTACATTTTGGGCATCTTGCAGTGGCTGGAGTGCTCATTGAAGCTGGTGCTTCTCTCACATTGGAAGATTCTAAAGCTCAAACACCAATTGATCTGCTTTCTGGTCCTGTGCA
GCAGGTTGTTTCTAAAGAAAACAATGCAGGAACTACAGATCTCTTCAGCTGGGGAAATGGTGCCAACTATCAACTTGGAACGGGAAATACTGATATACAGAAGTTACCGTACAAGGTGGAGGCACTTCAAGGGCTCCTTATAAAGGAAATTGCTGCTGCAAAGTTCCATAGTATAGCTGTGACTGCTTCGGGAGAATTGT
ACACCTGGGGATTTGGGAGGGGAGGTAGACTAGGCCACCCTGATTTTGATATTCACAGTGGTCAAGCTGCTGTGATTACCCCTCGTCAAGTATTCAGTGGACTTGGACAACGGCGTGTTGTAGTCGTTGGCGCAGCAAAGCACCATTCTATTGTTGCAACTGTTGGAGGGGAGGTGTTTACTTGGGGATCAAACCGAGAG
GGTCAGCTTGGATATACCTCAGTTGATACACAAGCAACACCTCGCCGGGTTAGTTCTCTCAAGACAAGAGTCATTGCTGTGGCAGCAGCTAATAAGCATAGTGCAGCAGTAACCGAGTCTGGAGAAGTCTATACATGGGGATGCAACAGGGAAGGTCAACTTGGTTATGGAACTTCCAATTCTGCATCGAATTATGTTCC
CCGTGCAGTTGAGTCTTTGAAAGGTCAATGCCTTGTGGCAGTCTCTGCAGCAAAGTATCATACAGTGGTTCTGAGATCAGATGGAGAGGTTTTTACATGGGGCTACAAAATGGTGAGTCCAAGGCGAGTACTGGTTCAAAGGAATACGAAAAAGTGCGGAAACATGCCTTTGAAGTTTCACCTCATGGAGCGGCTGCATG
TAGTTAAAATAGCAGCAGGCATGACTCACAGCACAGTACTTTCTGATGATGGCTCTTTATTCTACTGGGTTTCATCTGATCCAAATCTTCATTGCCAGCAGCTTTACTCCATGACTAGCAGCAATGTGGTCTCTGTTTCAGCCGGCAAATACTGGACTGCCATTGCTACTTTAACAGGTGACGTTTATGCATGGGATGGA
CAGAAACACAAAGGAGATGCTCCTATTCTCCATCGTATACATGGGATTAAGCATGCCACTTCAGTGTCTGTTGGTGAAACTCACTTTCTGGCTGTTTCTACCAATTATATTCCCAAATACACCCCCAAACGTTTTGAAGAAATTCAGACAACAACAAAAGAACACTGTGAGGAAGATGATGAGATTGAAGATGATGATGC
AGCATTAAATGTTTGTCAAAATGTATCCAAAGGAGGTGAATGTGATAGTGATAAACTCGAAAAAATTGTTCCAAGTTTGAAGGATTTGTGCCAGAAGGTGGCAGCAGAGTTTCTGGTGGAACCAAAAAATGCAGTACAATTGCTTGATGTTGCGGATACACTGGAAGCTGAGGACTTGCGGATACATTGTGAGGATCTGG
TGCTTCGCAACCTTGATTACATTCTTACAATATCTCCTACAGCCTTTGCTAATGTAAGTCCAGAGTTGTTGGCTAAATTGGAGAAGTCCTTGGATGCCAAGTCTTCTGAGCCTTGGAGCTATCGTCATCTTCCAACCCCAACTGCCACATTTCCTGCCATTATTGATAGCGAGGAAGATAATGGTGAAACTGGATTTACT
AAGTTACGCAACATTGCTTCTGCAGAGACTATTGATCAGTCAACGTGCAAGAGAAGATCTGGGGATGGATTTTTGCATCAGACAAGTGCAGCTGATCAAGCTATGGCGAAAGAAGTGAGAGCTATAAGGAAGAAACTTCAGCAGATAGAGATTCTTGAGATGAAACAAAGCAATGGTTATTTCCTTGATGAGCAACAAAA
AGCAAAACTGCAGACAAAAAGTTTACTTGAAAATACTCTTGCTTATCTTGAAACTGGAGTAGCAGTGGAATCCAATGAAGAACTGGAGACAGCATGTACTAAAGCTACTTTACTGGATGGGAGGTCTTCAATGGAAAATGGATCAAGAAGCCGTCAGCGCAAGGGCAAGAAAAAAGGAAACAAATTTTCTCAGAAGCAGA
TTGGAGATTTGCCTGACATCTCTAAGTGCGAGGTACCTGTCAAAGGAGGTCCTAAGAAAACACAGGAAAGCTTAAATCCCTTGAAGGGTTTTGAGAAAGATGATTGCCCTGTTTATGATGGAGGAAAGGACGATGATGTAAAATTTGGAGATTCAAATATTTTGTCCTCAATTCAGAAAGCAAGTCCGGTAGAGTGCAAT
GATTATGGTTCAGGCAAGAAAGCAGGTTCAGACAAGAAAGCAGGCATGGCAACATCCAGTTATCATGATTCCGAGGTAAATGTGGCAACAAAGAAGTCCTTGAAAAAGAATTCTAAGAAAGGTGGTTTATCTGTTTTCTTGAGTGGTGCGTTAGATGATGCACCCAAAATTGTTGTTCAAGCACCAAGTCCACCCAAGGT
AGAGGGTCCAGCTTGGGGTGGAGCAAGGATTAGCAAGGATTCCACGTCTCTCCTTGAAATTCAGGGCGAACAAATACTCGAATCGAATATACCATCAACCCCAGAAATTAGCAGGGGCCCTTTTAAATGTGTAGGCAAAGGTAAAAGTTCAGAATGTGAACTGATAAAAAAATCTAAAGGCTTAGCTGATGTGTATGAAA
TGGGTATGAATGAACCTGAAACAGATCACATTCATATTCCCCTAAGTCAACATTCCCGTTTATCAGCTCCAATTGCTGTTATCCCAAGCAAGGTAATTAGTGCTTCAGATGCAGAAAAAAGTACCCCACCTTGGGCAGGCACCTCCCCTTTAATGTCCAGGTCTTCATTGAGAGATATTCAAATGCAGCAGGTAAAACAG
AAAACCAAGCGTTCAGTTGACTTATTTGCAGCATCAGGCTCCAGTACCAAGTTAGATCCTAGCCTTAATGTTGTGAAGGATAGCCCCTGTCGTTGGTTTAAGCCAGAGGTTAGCACACCTTCTTCAATTCGCTGTATCCAGATAGAAGAGAAGGCTATGAAAGACCTTAGGCGTTTATACAAAAATGTGAAGTTAGTGAA
GAATGACCTCCCATGATTTCTAGTAGAATCAAATGTAACATTGTCAAGTTCCCCCATGATTTCTAGTAGAATCAAATGTAACATTGTCACGTTCTTGGTTTTACTGTCTAACATTGGAGCAAAGTTTTAGGAAATGCTCTTCATTCTCATCGTTTCATAAAGAATGTACACATTGATTAATGTATTATTCACCTATCAGT
TGTACAGAGTCACTACAGACTGCCCTGTGAATAAAAATTTCTGGATTGGACGTTCAATTTTTAATATTCTCAAGACATTAGCATTTTAAAATGATTTTCCATGAGCACAATTAAACTGGAATATTGTCAAAATTACAATGGAAATAAATGAGTGCTTAGACTGGAGGGCTAATTATGTTGGTTGCTCTATGTGACTGTCA
TAAAACAAAAT
>TRINITY_DN109433_c0_g1_i5 from sample A3 / Example unspliced isoform:ATCCAAATCTTCATTGCCAGCAGgtttgcatggttaataatgtttattacattagatattttatttcttaaattgcacacaagaaatattacttttaaaagctaaccaagaacaaaaatgttgatttggaaatatctgatttttgctgttgagtagagggtgttttcttgggtgttagcaacttaatatttgctaaattc
cttgttgactaagcttatgcatagattgcaattacaaatttacatctcaaattcttgctctttggccctcttcttgacattggaattctgttacttgtatagCTTTACTCCATGACTAGCAGCAATGTGGTCTCTGTTTCAGCCGGCAAATACTGGACTGCCATTGCTACTTTAACAGGTGACGTTTATGCATGGGATGG
ACAGAAACACAAAGGAGATGCTCCTATTCTCCATCGTATACATGGGATTAAGCATGCCACTTCAGTGTCTGTTGGTGAAACTCACTTTCTGGCTGTTTCTACCAATTATATTCCCAAATACACCCCCAAACGTTTTGAAGAAATTCAGACAACAACAAAAGAACACTGTGAGGAAGATGATGAGATTGAAGATGATGATG
CAGCATTAAATGTTTGTCAAAATGTATCCAAAGGAGGTGAATGTGATAGTGATAAACTCGAAAAAATTGTTCCAAGTTTGAAGGATTTGTGCCAGAAGGTGGCAGCAGAGTTTCTGGTGGAACCAAAAAATGCAGTACAATTGCTTGATGTTGCGGATACACTGGAAGCTGAGGACTTGCGGATACATTGTGAGGATCTG
GTGCTTCGCAACCTTGATTACATTCTTACAATATCTCCTACAGCCTTTGCTAATGTAAGTCCAGAGTTGTTGGCTAAATTGGAGAAGTCCTTGGATGCCAAGTCTTCTGAGCCTTGGAGCTATCGTCATCTTCCAACCCCAACTGCCACATTTCCTGCCATTATTGATAGCGAGGAAGATAATGGTGAAACTGGATTTAC
TAAGTTACGCAACATTGCTTCTGCAGAGACTATTGATCAGTCAACGTGCAAGAGAAGATCTGGGGATGGATTTTTGCATCAGACAAGTGCAGCTGATCAAGCTATGGCGAAAGAAGTGAGAGCTATAAGGAAGAAACTTCAGCAGATAGAGATTCTTGAGATGAAACAAAGCAATGGTTATTTCCTTGATGAGCAACAAA
AAGCAAAACTGCAGACAAAAAGTTTACTTGAAAATACTCTTGCTTATCTTGAAACTGGAGTAGCAGTGGAATCCAATGAAGAACTGGAGACAGCATGTACTAAAGCTACTTTACTGGATGGGAGGTCTTCAATGGAAAATGGATCAAGAAGCCGTCAGCGCAAGGGCAAGAAAAAAGGAAACAAATTTTCTCAGAAGCAG
ATTGGAGATTTGCCTGACATCTCTAAGTGCGAGGTACCTGTCAAAGGAGGTCCTAAGAAAACACAGGAAAGCTTAAATCCCTTGAAGGGTTTTGAGAAAGATGATTGCCCTGTTTATGATGGAGGAAAGGACGATGATGTAAAATTTGGAGATTCAAATATTTTGTCCTCAATTCAGAAAGCAAGTCCGGTAGAGTGCAA
TGATTATGGTTCAGGCAAGAAAGCAGGTTCAGACAAGAAAGCAGGCATGGCAACATCCAGTTATCATGATTCCGAGGTAAATGTGGCAACAAAGAAGTCCTTGAAAAAGAATTCTAAGAAAGGTGGTTTATCTGTTTTCTTGAGTGGTGCGTTAGATGATGCACCCAAAATTGTTGTTCAAGCACCAAGTCCACCCAAGG
TAGAGGGTCCAGCTTGGGGTGGAGCAAGGATTAGCAAGGATTCCACGTCTCTCCTTGAAATTCAGGGCGAACAAATACTCGAATCGAATATACCATCAACCCCAGAAATTAGCAGGGGCCCTTTTAAATGTGTAGGCAAAGGTAAAAGTTCAGAATGTGAACTGATAAAAAAATCTAAAGGCTTAGCTGATGTGTATGAA
ATGGGTATGAATGAACCTGAAACAGATCACATTCATATTCCCCTAAGTCAACATTCCCGTTTATCAGCTCCAATTGCTGTTATCCCAAGCAAGGTAATTAGTGCTTCAGATGCAGAAAAAAGTACCCCACCTTGGGCAGGCACCTCCCCTTTAATGTCCAGGTCTTCATTGAGAGATATTCAAATGCAGCAGGTAAAACA
GAAAACCAAGCGTTCAGTTGACTTATTTGCAGCATCAGGCTCCAGTACCAAGTTAGATCCTAGCCTTAATGTTGTGAAGGATAGCCCCTGTCGTTGGTTTAAGCCAGAGGTTAGCACACCTTCTTCAATTCGCTGTATCCAGATAGAAGAGAAGGCTATGAAAGACCTTAGGCGTTTATACAAAAATGTGAAGTTAGTGA
AGAATGACCTCCCATGATTTCTAGTAGAATCAAATGTAACATTGTCAAGTTCCCCCATGATTTCTAGTAGAATCAAATGTAACATTGTCACGTTCTTGGTTTTACTGTCTAACATTGGAGCAAAGTTTTAGGAAATGCTCTTCATTCTCATCGTTTCATAAAGAATGTACACATTGATTAATGTATTATTCACCTATCAG
TTGTACAGAGTCACTACAGACTGCCCTGTGAATAAAAATTTCTGGATTGGACGTTCAATTTTTAATATTCTCAAGACATTAGCATTTTAAAATGATTTTCCATGAGCACAATTAAACTGGAATATTGTCAAAATTACAATGGAAATAAATGAGTGCTTAGACTGGAGGGCTAATTATGTTGGTTGCTCTATGTGACTGTC
ATAAAACAAAAT
Intron 7 GTACCCACAG ... TGTTTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 67.39 | 15 | 35 | 27 |
| A2 | 56.63 | 18 | 29 | 18 |
| A3 | 62.24 | 27 | 56 | 33 |
| A4 | 70.79 | 13 | 32 | 31 |
| A5 | 74.47 | 6 | 14 | 21 |
| A6 | 60 | 4 | 10 | 2 |
| A7 | 46.94 | 13 | 13 | 10 |
| A8 | 33.33 | 1 | 1 | 0 |
| A9 | 66.67 | 1 | 3 | 1 |
| A10 | 55.56 | 10 | 12 | 13 |
>TRINITY_DN44354_c0_g1_i3 from sample A10 / Example spliced isoformCACGCCATTTTTTTGGTTTATGTAGTCTTTAGCTGACCAATTCTGGCGAGCGCCACAAACGGCAAAACAAAAAGATGTTAGAAATTTTGATACGACGAGCAAACATTTTAACCGCAAGAAAGGGCCACAAAGATCTTACGCAACTACAAACAGAGGCAACCATGAACGGGGAAAGAGGAAAAAGAGGGGAGCAGCAGCAA
TAGAATCGAATATGATATGCTTTGGAATATTACTATCGGCTTTGTCTTGTTTCTCGTAAATGGCCCGGCGGAGTGACAGGTGGAGCCGGCAGATGCTCACATGAAATCCTTTGATACTTCCTCGTAGCCACTATTTCCATCAGCAATAGCCATACCCAAGTTTGTTTGCTTCTCCAAGGTGAGGGTTGAATCTGTCAGAT
CTTGGTTTCCTTATGGACTCTAATTTGCCATGTGAAAGTGTATGATGTTCCGGCAAAATCTTTTGTCTGCATTCGCATGTTTTTGGCGCAGGTCCGAATTCCTTGTAATGATAGGCTGTATGTTTTAAATACCAAATTTCTTGTAGTCGAGCAGGACTGTATAGGGTTTCGTGAAAGGGCCTTGAACCAGTCTTCGAAGG
GAAATAAACGTTTTCGGAAATTTTTATTTATATGTCCG
>TRINITY_DN44354_c0_g1_i2 from sample A10 / Example unspliced isoform:CACGCCATTTTTTTGGTTTATGTAGTCTTTAGCTGACCAATTCTGGCGAGCGCCACAAACGGCAAAACAAAAAGATGTTAGAAATTTTGATACGACGAGCAAACATTTTAACCGCAAGAAAGGGCCACAAAGATCTTACGCAACTACAAACAGAGGCAACCATGAACGGGGAAAGAGGAAAAAGAGGGGAGCAGCAGCAA
TAGAATCGAATATGATATGCTTTGGAATATTACTATCGGCTTTGTCTTGTTTCTCGTAAATGGCCCGGCGGAGTGACAGGTGGAGCCGGCAGATGCTCACATGAAATCCTTTGATACTTCCTCGTAGCCACTATTTCCATCAGCAATAGCCATACCCAAGgtacccacagctagaatttttaaattttttttgctcctct
caattgcactagatcacacagagaatggcgtccccatcccataattcggcgaacgtgattatcaattctgtattttctccgctgatcttgtattcgcctttctgatgtttttcagTTTGTTTGCTTCTCCAAGGAGGCTGTTACTTATGATGAAAACCTAGATTCCTTTTAAATGGATAATTGGCCTGAAGGCTTGTGCT
TTGCATTCTCTTAGTGCAACACTTGACCTATTTTCGTGGTAAAAGATGATCAGTGTGCAGTAACGAAATATTTCAAAGAGGATCATTGGGATTGGCAGATGGCTCTTGTTAATTTTTTGTTTTCTTAACCAAGATATCTACAAAGATGGACCTGTTATTTTATTGTGCTCGAGCAGTCAGATAACTTCAAGCTATAAATA
GAAAATGCAATGGTTGCATAACAGTTATTCACGTATGGTATACCACTGTTTTCTCTGTTGAAGAGTTTGGAAAGCAGTTTTCTTCCTGAATCTGTGGTAGAAATCTGTTCAACATTTGTTATCATCTATGATTCATTTTTATACTGGCTGAAATTCAACAGAAGAGTACCTTTGGAAATTTGGTAAAGAGGGAGTTTATT
GATTAGACTGCCTGTATTTAACGTGTTTTTACATTGTAAATGGAGAGCTCAAATTTGCTACTGGGAGGGAATTTGAAGCAAACCACCCCTCGCCGATCACCATCAAGCATTTCTCTCCAAGATTTATGGTCTGCTACTAGAGAAGGGTCAATCCCTGGTGTAGATTCTGCATTGGTGACATTAAAGAAAAGTGGTGGAAA
CATTGATGCAAAGAACACATTTGGGTCAACTGCCCTTCACATTGCAGTTTGGAGAAATCATGTGCCAATAGTGAGGAGATTGCTTGCTGCTGGCGCTGATCCAAACGTGAGGGTATGTCGACTCTACCATATGTGAAATGCCTGTTAACGTTTCAGTGAAGCAAAAATGCAATAGGATGC