sp|Q9SKN1|MON1_ARATH ----> Vacuolar fusion protein MON1 homolog
Intron 1 GTTATAAGCA ... AATCTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 72.35 | 60 | 112 | 202 |
| A2 | 75.93 | 39 | 112 | 134 |
| A3 | 69.05 | 54 | 94 | 147 |
| A4 | 68.59 | 49 | 90 | 124 |
| A5 | 71.43 | 15 | 31 | 44 |
| A6 | 80.97 | 45 | 136 | 247 |
| A7 | 76.24 | 103 | 216 | 445 |
| A8 | 70.71 | 110 | 206 | 325 |
| A9 | 70.98 | 110 | 210 | 328 |
| A10 | 72.14 | 101 | 193 | 330 |
>TRINITY_DN103057_c1_g2_i8 from sample A4 / Example spliced isoformTCGATCCCAAATTCCAATTTATCAAATCACGATATTTTCATAAATCTCCCAACACCAGGACAATATTTGCCCTCCGAATCCAAAACTGATTTCGATCGCTCCCGCGATCCGGAGATTTCGGCCGATCAAATTGGGCGGTTTTGGGAGACGCAAACAGAGCCACGGTCTGGTTTTGGAAATATCCTGTAGAAAATTTCTGA
AGAATTGGATAGATCGAGTCTCAAACAATCTTCCAGAAACTGCAATGACTTTGAAATTCAATCTTCCAGAGGCCTGATGATTAATTTTCTGCAATACCTGCCATGAATTCCATGGCTCGAGAAAGCGATCTCAATCGAAAGGAATGTGTAAACCCCGAAGAATTTTACGAGTCTTACGAGGATTTATTCGAGGACGAGGA
CTTGAACTCCGGACCTTGTTATCTTCCCGAAAAAGATACTAATAATAGTAAGAAGGGCGGTGATAATGATGATGCTGCTGTTGTAATTGAGCAAGGTGTTAGGGATGAGGTCATTTCTGCAGAGAACAACGGAGACTGTAACCCTAAATTACCTTCTGATGAAAAGGAAAATTCCCTTAATGAAGGGCAGAGTGCCCTTA
GAAATGGTGGAAGATCAGAGGATAGCATAATTAAGGGCGAGGAGAATGAGATTTTGGAAACTGGGAATGGAGGCAGTCCTAGCAGCAGTGGATATGACGGTGGGACTGGTAGCAGTGGTAGCAGTGCATCCAATTTCAGCTGTGCAGTTGGGGATGGGATCGTCGAGCAATTTGGCGGGCGTGGCAGTGGAGCTGAATGG
GTGGCGGGGAAGCGGCATGCAAATGAGGATGATATGTCGATAAAATGGAGAAAGAGGAAGAAACATTTTTTTATAATCAGTAATGCTGGGAAGCCAATTTATTCCAGATATGGAGATGAGAATAAGCTGGCAGGATTCTCAGCAACCTTGCAAGCCATCATATCTTATGTGGAGAACAGTGGGGACAATGTAAGATTGGT
ACAAGCAGGTAACCATCAGATTGCTTTTATAATGAAGGGTCCAATCTATCTGGTTTGCATAAGTTGCACAGAAGAACCATTTCAAGCTTTGAAAATGCAGCTTGAACTTCTTTACGGCCAGATGTTGCTTATATTAACAAAGTCAATAGAGAAGTACTTTGGAAAAAATGCCAAGTTTGATATGAGGCCATTACTTGGTG
GGACAGATGTGGTCTTTTCGTCTCTTATACATTCTTTCAGTTGGAATCCTGCAACATTCTTACATGCCTATACATGTGTTCCTCTTTCTTGTGCAACAAGACAAGCTGCAAGTGGTATACTGCAAGACATTGTTGATTCTCGGGTTATATTTGCGATTCTTATGTGCAGGCATAAAGACTTCTGAAGCGTTCTCTCCAAT
ATGTGTTCCAAGATACAATTCGATGGCATTCCTTTATGCATATGTACACTATCTTAAAGACAACACTTTCTTAGTGCTACTTACCACGGATCATGATGGGTTCTACAATCTAAAGGATTGCAGGATTCGAATTGAGACAGTGCTGAACAAGTCAAATGTACTGAATGAGGTGAAAACATCAATGTTAAATGCTGGTTTGC
ATGTGGAGGACTTACCCAGTGACCCTATTGTGCCTTCTCCTTATGGCCGTCAAGGGCATGACAAAGAACACAAGCTAGCTGTGGCTACAAGAGAAACCAAAAAAGACATTGCAGGAGTTGGAGGTCCAGCTGGTCTCTGGCACTTTATGTACAAAAGCATTTACCTTGATCAATATGTGGCTTCAGAATTTTCTCCACCT
TTGAACAGTCATCAAACCCAGAAAAGTTTGCTCAGAGCCTATCAGAACTTGTACTCTTCAATGCACATTGAGGCTCTAGGTCCTCATAAGATGCAGTACAGAAGAGACAGAGACTACACTTTGTTGTGCTGGATAACCCAAGATTTTGAGCTATATGCAGCTTTTGATCCACTGGCTGAAAAGAGTATGGCTATTGCAAC
TTGTAATCGTGTTTGTCAATGGATAAGAGATCTGGAGAATGAGATTTTCTTCCTTGGGGCAACTCCATTTTCATGGTGATTCTAATATATGTATCCTTAATTTCATATTGATGAGTTCAAAAAGAAGGAAAGATAAAAGTTGTCATTCTTTCCATTTGATATGGTATCTTTTGTGTTCATTTGTATTTGTTTGCTGGATA
ATTTTTTCAATAAACATTCTAGAGTAGAAAATATTGTTGCCCTTTTTAATCCAGCAAATTTTATATCTGCAAAAGAGATGTTCTATTTAGAGGGTTGAAATTGATTGAATTGATATATTGATCCTGAAGACGGGTGTAGTGTCCACTCGAAACGCGTCGATCGTTTCTAAACTTCTACACAGTGAAACTTGAGAAGGCTT
CAGAAAATGGTTAAACACTGGAAACATTCATACT
>TRINITY_DN103057_c1_g2_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:TCGATCCCAAATTCCAATTTATCAAATCACGATATTTTCATAAATCTCCCAACACCAGGACAATATTTGCCCTCCGAATCCAAAACTGATTTCGATCGCTCCCGCGATCCGGAGATTTCGGCCGATCAAATTGGGCGGTTTTGGGAGACGCAAACAGAGCCACGGTCTGGTTTTGGAAATATCCTGTAGAAAATTTCTGA
AGAATTGGATAGATCGAGTCTCAAACAATCTTCCAGAAACTGCAATGACTTTGAAATTCAATCTTCCAGAGGCCTGATGATTAATTTTCTGCAATACCTGCCATGAATTCCATGGCTCGAGAAAGCGATCTCAATCGAAAGGAATGTGTAAACCCCGAAGAATTTTACGAGTCTTACGAGGATTTATTCGAGGACGAGGA
CTTGAACTCCGGACCTTGTTATCTTCCCGAAAAAGATACTAATAATAGTAAGAAGGGCGGTGATAATGATGATGCTGCTGTTGTAATTGAGCAAGGTGTTAGGGATGAGGTCATTTCTGCAGAGAACAACGGAGACTGTAACCCTAAATTACCTTCTGATGAAAAGGAAAATTCCCTTAATGAAGGGCAGAGTGCCCTTA
GAAATGGTGGAAGATCAGAGGATAGCATAATTAAGGGCGAGGAGAATGAGATTTTGGAAACTGGGAATGGAGGCAGTCCTAGCAGCAGTGGATATGACGGTGGGACTGGTAGCAGTGGTAGCAGTGCATCCAATTTCAGCTGTGCAGTTGGGGATGGGATCGTCGAGCAATTTGGCGGGCGTGGCAGTGGAGCTGAATGG
GTGGCGGGGAAGCGGCATGCAAATGAGGATGATATGTCGATAAAATGGAGAAAGAGGAAGAAACATTTTTTTATAATCAGTAATGCTGGGAAGCCAATTTATTCCAGATATGGAGATGAGAATAAGCTGGCAGGATTCTCAGCAACCTTGCAAGCCATCATATCTTATGTGGAGAACAGTGGGGACAATGTAAGATTGGT
ACAAGCAGGTAACCATCAGATTGCTTTTATAATGAAGGGTCCAATCTATCTGGTTTGCATAAGTTGCACAGAAGAACCATTTCAAGCTTTGAAAATGCAGCTTGAACTTCTTTACGGCCAGATGTTGCTTATATTAACAAAGTCAATAGAGAAGTACTTTGGAAAAAATGCCAAGTTTGATATGAGGCCATTACTTGGTG
GGACAGATGTGGTCTTTTCGTCTCTTATACATTCTTTCAGTTGGAATCCTGCAACATTCTTACATGCCTATACATGTGTTCCTCTTTCTTGTGCAACAAGACAAGCTGCAAGTGGTATACTGCAAGACATTGTTGATTCTCGGGTTATATTTGCGATTCTTATGTGCAGGCATAAAgttataagcattgccggggctgaa
aaggcaactcttcatccagatgacatccttttactttcaaatttcatagtatcttcagaatctttcagGACTTCTGAAGCGTTCTCTCCAATATGTGTTCCAAGATACAATTCGATGGCATTCCTTTATGCATATGTACACTATCTTAAAGACAACACTTTCTTAGTGCTACTTACCACGGATCATGATGGGTTCTACAA
TCTAAAGGATTGCAGGATTCGAATTGAGACAGTGCTGAACAAGTCAAATGTACTGAATGAGGTGAAAACATCAATGTTAAATGCTGGTTTGCATGTGGAGGACTTACCCAGTGACCCTATTGTGCCTTCTCCTTATGGCCGTCAAGGGCATGACAAAGAACACAAGCTAGCTGTGGCTACAAGAGAAACCAAAAAAGACA
TTGCAGGAGTTGGAGGTCCAGCTGGTCTCTGGCACTTTATGTACAAAAGCATTTACCTTGATCAATATGTGGCTTCAGAATTTTCTCCACCTTTGAACAGTCATCAAACCCAGAAAAGTTTGCTCAGAGCCTATCAGAACTTGTACTCTTCAATGCACATTGAGGCTCTAGGTCCTCATAAGATGCAGTACAGAAGAGAC
AGAGACTACACTTTGTTGTGCTGGATAACCCAAGATTTTGAGCTATATGCAGCTTTTGATCCACTGGCTGAAAAGAGTATGGCTATTGCAACTTGTAATCGTGTTTGTCAATGGATAAGAGATCTGGAGAATGAGATTTTCTTCCTTGGGGCAACTCCATTTTCATGGTGATTCTAATATATGTATCCTTAATTTCATAT
TGATGAGTTCAAAAAGAAGGAAAGATAAAAGTTGTCATTCTTTCCATTTGATATGGTATCTTTTGTGTTCATTTGTATTTGTTTGCTGGATAATTTTTTCAATAAACATTCTAGAGTAGAAAATATTGTTGCCCTTTTTAATCCAGCAAATTTTATATCTGCAAAAGAGATGTTCTATTTAGAGGGTTGAAATTGATTGA
ATTGATATATTGATCCTGAAGACGGGTGTAGTGTCCACTCGAAACGCGTCGATCGTTTCTAAACTTCTACACAGTGAAACTTGAGAAGGCTTCAGAAAATGGTTAAACACTGGAAACATTCATACT
Intron 2 GTACTTTATT ... TTCATTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.35 | 159 | 4 | 54 |
| A2 | 33.33 | 158 | 3 | 79 |
| A3 | 25.58 | 128 | 0 | 44 |
| A4 | 21.43 | 110 | 0 | 30 |
| A5 | 25 | 33 | 0 | 11 |
| A6 | 30.21 | 201 | 0 | 87 |
| A7 | 33.15 | 367 | 0 | 182 |
| A8 | 28.37 | 308 | 0 | 122 |
| A9 | 33.39 | 289.3 | 0 | 145 |
| A10 | 33.33 | 256 | 0 | 128 |
>TRINITY_DN122029_c2_g3_i3 from sample A1 / Example spliced isoformAATCACGATATTTTCATAAATCTCCCAACACCAGGACAATATTTGCCCTCCGAATCCAAAGCTGATTTCGATCGCTCCCGCGATCCGGAGATTTCGGCCGATCAAATTGGGCGGTTTTGGGAGACGCAAACAGAGCCACGGTCTGGTTTTGGAAATATCCTGTAGAAAATTTCTGAAGAATTGGATAGATCGAGTCTCAA
ACAATCTTCCAGAAACTGCAATGACTTTGAAATTCAATCTTCCAGAGGCCTGATGATTAATTTTCTGCAATACCTGCCATGAATTCCATGGCTCGAGAAAGCGATCTCAATCGAAAGGAATGTGTAAACCCCGAAGAATTTTACGAGTCTTACGAGGATTTATTCGAGGACGAGGACTTGAACTCCGGACCTTGTTATCT
TCCCGAAAAAGATACTAATAATAGTAAGAAGGGCGGTGATAATGATGATGCTGCTGATGTAATTGAGCAAGGTGTTAGGGATGAGGTCATTTCTGCAGAGAACAACGGAGACTGTAACCCTAAATTACCTTCTGATGAAAAGGAAAATTCCCTTAATGAAGGGCAGAGTGCCCTTAGAAATGGTGGAAGATCAGAGGATA
GCATAATTAAGGGCGAGGAGAATGAGATTTTGGAAACTGGGAATGGAGGCAGTCCTAGCAGCAGTGGATATGACGGTGGGACTGGTAGCAGTGGTAGCAGTGCATCCAATTTCAGCTGTGCAGTTGGGGATGGGATCGTCGAGCAATTTGGCCAGCGTGGCAATGGAGCTGAATGGGTGGCGGGGAAGCGGCATGCAAAT
GAGGATGATATGTCGATAAAATGGAGAAAGAGGAAGAAACATTTTTTTATAATCAGTAATGCTGGGAAGCCAATTTATTCCAGATATGGAGATGAGAATAAGCTGGCAGGATTCTCAGCAACCTTGCAAGCCATCATATCTTATGTGGAGAACAGGTATAATGTCGATTCTGACACTTTATGTTGACCTTTTTTGTCTGA
TCCGTATTTGTAATAAGTCAGAACTTAGCTGAGCAGAATAATATTGAGATCCTGACATTGTTTCTCGTCATTCTGCTTTTCCTGAATAACAAAGTGGGGACAATGTAAGATTGGTACAAGCAGGTAACCATCAGATTGCTTTTATAATGAAGGGTCCAATCTATCTGGTTTGCATAAGTTGCACAGAAGAACCATTTCAA
GCTTTGAAAATGCAGCTTGAACTTCTTTACGGCCAGATGTTGCTTATATTAACAAAGTCAATAGAGAAGTACTTTGGAAAAAATGCCAAGTTTGATATGAGGCCATTACTTGGTGGGACAGATGTGGTCTTTTCGTCTCTTATACATTCTTTCAGTTGGTATGTCATTCTCAACTTTATAAAAACTGATTTAAGCTTTTT
CTTTTATACATTCTGATTGTCCTTGGAGGAACTCCTCTTTAGACAATATCTTATTGAGTAGGCGTTTAGGGTTTCTAATTCAACTTTAGCTATTTCTCCAAGCTTTCAAACTTCTCCTAGATGGATTCTTGAGATATCTACCTAAGTTTACTTTGAAAAGGTTGACTTGGAATTCAATTGATTGGAGATATGGACACTTC
TACTGAGATTGTAATTTAGCATCCTTGGACCCTGCAAAAATATTTGGAAACAGTAGCTAATGGAGAGTGAAGTTGTAGTAGATCCCAATATGATCTCATGTTTGAAGACTAAGTTGGTTTAGTTTTTCTTGTCATTAGAGTTAGTTGCAGAATATGTGCAAACTAAATGTTGAATATGGATTCGGAAATCCAATTTTGGC
TTTACTGGATATTGATACTAAAATGAAAAATCTGATTTTGGCTTACTGGATATGGACACTAAAATCTGTTTTTGGCTTACTGCTACTAATATTTTTTGAAGTTTCTACTTGGTATAGCTGTAGTAACACCTTGGTAATGCTTGGAAAGACAAAGATCAAAGCCTCTTAGACTTTAATCCCTTTGGAGGTTTATGCAAGCA
ATTGATTACATGAGTCCAGTAGGCTAGCTTGAGTGGTTGAGTGCTCTGAGCTTCATGCAGGTGGTCTCGGGGTTGATCCCCAGTCTGGCTAGCTGCCTCTGTTGCATGCCTCACTTGATGACCCTATTGGGTTAGGCCCACTGAATCAATGCTGACGGGTTTACACCGGGTAACCATTGGTGATATGCATGGATGTGCCT
AGGGGTTTTCATGCGAGCTTTTCTTTGGAAAAAAAAACAATTGATTACATGAATACAGATGTGTTGTAATTAGACAGATTTTCAAGAATACTTCCAAGTTCTCAACCAACAGATTTGTCAAAGAGTGTCTCCAGTCTGGTATTGGTGTTGACAGATTCTGTATATCATAGAATAACTACAAAAAAGAGAACAAATGAATG
AGGCATAAGTTTGTATATTTGTTTGATTCAGGAAATTGTGTAGTCTTGTGCTTTGATGAATATATCTTTCTTGGTAATGCAAGATGCTCACAAACTTTACTGTTGTGGTTTACTTTGAAGGAATCCTGCAACATTCTTACATGCCTATACATGTGTTCCTCTTTCTTGTGCAACAAGACAAGCTGCAAGTGGTATACTGC
AAGACATTGTTGATTCTCGGGTTATATTTGCGATTCTTATGTGCAGGCATAAAGTTATAAGCATTGCCGGGGCTGAAAAGGCAACTCTTCATCCAGATGACATCCTTTTACTTTCAAATTTCATAGTATCTTCAGAATCTTTCAGGACTTCTGAAGCGTTCTCTCCAATATGTGTTCCAAGATACAATTCGATGGCATTC
CTTTATGCATATGTACACTATCTTAAAGACAACACTTTCTTAGTGCTACTTACCACGGATCATGATGGGTTCTACAATCTAAAGGATTGCAGGATTCGAATTGAGACAGTGCTGAACAAGTCAAATGTACTGAATGAGGTGAAAACATCAATGTTAAATGCTGGTTTGCATGTGGAGGACTTACCCAGTGACCCTATTGT
GCCTTCTCCTTATGGCCGTCAAGGGCATGACAAAGAACACAAGCTAGCTGTGGCTACAAGAGAAACCAAAAAAGACATTGCAGGAGTTGGAGGTCCAGCTGGTCTCTGGCACTTTATGTACAAAAGCATTTACCTTGATCAATATGTGGCTTCAGAATTTTCTCCACCTTTGAACAGTCATCAAACCCAGAAAAGTTTGC
TCAGAGCCTATCAGAACTTGTACTCTTCAATGCACATTGAGGCTCTAGGTCCTCATAAGATGCAGTACAGAAGAGACAGAGACTACACTTTGTTGTGCTGGATAACCCAAGATTTTGAGCTATATGCAGCTTTTGATCCACTGGCTGAAAAGAGTATGGCTATTGCAACTTGTAATCGTGTTTGTCAATGGATAAGAGAT
CTGGAGAATGAGATTTTCTTCCTTGGGGCAACTCCATTTTCATGGTGATTCTAATATATGTATCCTTAATTTCATATTGATGAGTTCAAAAAGAAGGAAAGATAAAAGTTGTCATTCTTTCCATTTGATATGGTATCTTTTGTGTTCATTTGTATTTGTTTGCTGGATAATTTTTTCAATAAACATTCTAGAGTAGAAGA
TATTGTTGCCCTTTTTAATCCAGCAAATTTTATATCTGCAAAAGAGATGTTCTATTTAGAGGGTTGAAATTGATTGAATTGATATATTGATCCTGAAGACGGGTGTAGTGTCCACTCGAAACGCGTCGATCGTTTCTAAACTTCTACACAGTGAAACTTGAGAAGGCTTCAGAAAATGGTTAAACACTGGAACC
>TRINITY_DN122029_c2_g3_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:TCTACAATCTAAAGGATTGCAGgtactttattgcttgtaagaaatataggatgacccctttcaacttcaagcttgtatcaaagataattaaacttgagtatgtgcagataaattaacatttggataagactaataaattgtgtctgaagtgttgctattagctatggtgtagtgccttttatcggtggatccagttcttc
agatattgtaacagtgtaacttcataattattctgaggattgaactatgtgcaaagtaactttaaaaaaaaatgaactaataataaaatctttatttccttcattttagGATTCGAATTGAGACAGTGCTGAACAAGTCAAATGTACTGAATGAGGTGAAAACATCAATGTTAAATGCTGGTTTGCATGTGGAGGACTTA
CCCAGTGACCCTATTGTGCCTTCTCCTTATGGCCGTCAAGGGCATGACAAAGAACACAAGCTAGCTGTGGCTACAAGAGAAACCAAAAAAGACATTGCAGGAGTTGGAGGTCCAGCTGGTCTCTGGCACTTTATGTACAAAAGCATTTACCTTGATCAATATGTGGCTTCAGAATTTTCTCCACCTTTGAACAGTCATCA
AACCCAGAAAAGTTTGCTCAGAGCCTATCAGAACTTGTACTCTTCAATGCACATTGAGGCTCTAGGTCCTCATAAGATGCAGTACAGAAGAGACAGAGACTACA
Intron 3 GTTTGCTGTT ... TTCCTCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 9.66 | 140.1 | 6.4 | 15 |
| A2 | 3.74 | 127.9 | 1.2 | 4.8 |
| A3 | 6.58 | 202.3 | 8.5 | 13.9 |
| A4 | 3.55 | 104.8 | 1.2 | 3.7 |
| A5 | 2.99 | 60.2 | 0 | 1.8 |
| A6 | 1.81 | 143.6 | 0.8 | 2.8 |
| A7 | 0.41 | 408.9 | 3.9 | 1.7 |
| A8 | 0.31 | 180.4 | 1.9 | 0.6 |
| A9 | 1.31 | 358.6 | 2.6 | 4.7 |
| A10 | 0 | 299 | 1.9 | 0 |
>TRINITY_DN122029_c2_g3_i5 from sample A1 / Example spliced isoformAATCACGATATTTTCATAAATCTCCCAACACCAGGACAATATTTGCCCTCCGAATCCAAAGCTGATTTCGATCGCTCCCGCGATCCGGAGATTTCGGCCGATCAAATTGGGCGGTTTTGGGAGACGCAAACAGAGCCACGGTCTGGTTTTGGAAATATCCTGTAGAAAATTTCTGAAGAATTGGATAGATCGAGTCTCAA
ACAATCTTCCAGAAACTGCAATGACTTTGAAATTCAATCTTCCAGAGGCCTGATGATTAATTTTCTGCAATACCTGCCATGAATTCCATGGCTCGAGAAAGCGATCTCAATCGAAAGGAATGTGTAAACCCCGAAGAATTTTACGAGTCTTACGAGGATTTATTCGAGGACGAGGACTTGAACTCCGGACCTTGTTATCT
TCCCGAAAAAGATACTAATAATAGTAAGAAGGGCGGTGATAATGATGATGCTGCTGATGTAATTGAGCAAGGTGTTAGGGATGAGGTCATTTCTGCAGAGAACAACGGAGACTGTAACCCTAAATTACCTTCTGATGAAAAGGAAAATTCCCTTAATGAAGGGCAGAGTGCCCTTAGAAATGGTGGAAGATCAGAGGATA
GCATAATTAAGGGCGAGGAGAATGAGATTTTGGAAACTGGGAATGGAGGCAGTCCTAGCAGCAGTGGATATGACGGTGGGACTGGTAGCAGTGGTAGCAGTGCATCCAATTTCAGCTGTGCAGTTGGGGATGGGATCGTCGAGCAATTTGGCCAGCGTGGCAATGGAGCTGAATGGGTGGCGGGGAAGCGGCATGCAAAT
GAGGATGATATGTCGATAAAATGGAGAAAGAGGAAGAAACATTTTTTTATAATCAGTAATGCTGGGAAGCCAATTTATTCCAGATATGGAGATGAGAATAAGCTGGCAGGATTCTCAGCAACCTTGCAAGCCATCATATCTTATGTGGAGAACAGGTATAATGTCGATTCTGACACTTTATGTTGACCTTTTTTGTCTGA
TCCGTATTTGTAATAAGTCAGAACTTAGCTGAGCAGAATAATATTGAGATCCTGACATTGTTTCTCGTCATTCTGCTTTTCCTGAATAACAAAGTGGGGACAATGTAAGATTGGTACAAGCAGGTAACCATCAGATTGCTTTTATAATGAAGGGTCCAATCTATCTGGTTTGCATAAGTTGCACAGAAGAACCATTTCAA
GCTTTGAAAATGCAGCTTGAACTTCTTTACGGCCAGATGTTGCTTATATTAACAAAGTCCATCGAGAAGTACTTTGGAAAAAATGCCAAGTTTGATATGAGGCCATTACTTGGTGGGACAGATGTGGTCTTTTCGTCTCTTATACATTCTTTCAGTTGGTATGTCATTCTCAACTTTATAAAAACTGATTTAAGCTTTTT
CTTTTATACATTCTGATTGTCCTTGGAGGAACTCCTCTTTAGACAATATCTTATTGAGTAGGCGTTTAGGGTTTCTAATTCAACTTTAGCTATTTCTCCAAGCTTTCAAACTTCTCCTAGATGGATTCTTGAGATATCTACCTAAGTTTACTTTGAAAAGGTTGACTTGGAATTCAATTGATTGGAGATATGGACACTTC
TACTGAGATTGTAATTTAGCATCCTTGGACCCTGCAAAAATATTTGGAAACAGTAGCTAATGGAGAGTGAAGTTGTAGTAGATCCCAATATGATCTCATGTTTGAAGACTAAGTTGGTTTAGTTTTTCTTGTCATTAGAGTTAGTTGCAGAATATGTGCAAACTAAATGTTGAATATGGATTCGGAAATCCAATTTTGGC
TTTACTGGATATTGATACTAAAATGAAAAATCTGATTTTGGCTTACTGGATATGGACACTAAAATCTGTTTTTGGCTTACTGCTACTAATATTTTTTGAAGTTTCTACTTGGTATAGCTGTAGTAACACCTTGGTAATGCTTGGAAAGACAAAGATCAAAGCCTCTTAGACTTTAATCCCTTTGGAGGTTTATGCAAGCA
ATTGATTACATGAGTCCAGTAGGCTAGCTTGAGTGGTTGAGTGCTCTGAGCTTCATGCAGGTGGTCTCGGGGTTGATCCCCAGTCTGGCTAGCTGCCTCTGTTGCATGCCTCACTTGATGACCCTATTGGGTTAGGCCCACTGAATCAATGCTGACGGGTTTACACCGGGTAACCATTGGTGATATGCATGGATGTGCCT
AGGGGTTTTCATGCGAGCTTTTCTTTGGAAAAAAAAAACAATTGATTACATGAATACAGATGTGTTGTAATTAGACAGATTTTCAAGAATACTTCCAAGTTCTCAACCAACAGATTTGTCAAAGAGTGTCTCCAGTCTGGTATTGGTGTTGACAGATTCTGTATATCATAGAATAACTACAAAAAAGAGAACAAATGAAT
GAGGCATAAGTTTGTATATTTGTTTGATTCAGGAAATTGTGTAGTCTTGTGCTTTGATGAATATATCTTTCTTGGTAATGCAAGATGCTCACAAACTTTACTGTTGTGGTTTACTTTGAAGGAATCCTGCAACATTCTTACATGCCTATACATGTGTTCCTCTTTCTTGTGCAACAAGACAAGCTGCAAGTGGTATACTG
CAAGACATTGTTGATTCTCGGGTTATATTTGCGATTCTTATGTGCAGGCATAAA
>TRINITY_DN122029_c2_g3_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:CAGAGATGCATACTTTTGAATTGAACAAGTTGTCTTAATGTAGTGAATACATTAAAATTAAGAATCCCAGGTGCTCAGACTACCCTTTTCAATTATATCAGCTCATGTGGTTTGATGAATTGAAGGATGCTTTTCAGCATTTGGTAAAGTTTATTCTTCAGATACTAATGATTTGCAAACTGTTCTGAATTAACTGAATG
GTGCTGGTTAACATGTTTTTGTAGACCTTTGTTTGTAGCGTTGGTTTTTGTGAGACCTCTCTATCCATACTACATTTTAATGTCTCATCTAGTGAGAGGCAACTTATTTCCTCTTTGAAGCAAGACTAGCTATTTTTTATGGCAACTGGCAAACTTAAGGTAAGCACTTCTTAAAAACAAAGAGTTATTTATGTATACTA
GTAAAGTAAGACCTATGATGCTAGCATATTAGCTTTCTCCTAGTTATTTCTACAGTTCAACTTAATGCACAATTCTCAAGAATCCTCATATATTTTTGAATCATTTTTACTCATATTCTTCTCTACTTCTGGACTGGAAATGAATTTGTCCTTTCTAAGTGTTGGTTGAACGCTTAATTTTTCTGAGGATTTGTTTTTTT
GTTTGAGTGTGCCTCTAGCAACAATGTTGTTTGAGCATGCTTCTAGCTACTAGCCTCTTAGGCTATTAGTTTACCACGGCTTGAGATGGATATTTCTGGATGTCATACATTCTTGTCACATAACCCAGTATTGAGTCACTTTCTTTGTTGGGTCTGTCAGTTCCAGATGAACACATAGTCTTCATGGTCAAATCCATATG
CAACTAAGTCTTCACGGGCAAATGCAGGATGATATGTCGATAAAATGGAGAAAGAGGAAGAAACATTTTTTTATAATCAGTAATGCTGGGAAGCCAATTTATTCCAGgtttgctgttggactctttagtcttgattgtggtcagttgatattgtttgaatcaaaacatgagatttgtttgcattcctcacagATATGGAG
ATGAGAATAAGCTGGCAGGATTCTCAGCAACCTTGCAAGCCATCATATCTTATGTGGAGAACAGGTATAATGTCGATTCTGACACTTTATGTTGACCTTTTTTGTCTGATCCGTATTTGTAATAAGTCAGAACTTAGCTGAGCAGAATAATATTGAGATCCTGACATTGTTTCTCGTCATTCTGCTTTTCCTGAATAACA
AAGTGGGGACAATGTAAGATTGGTACAAGCAGGTAACCATCAGATTGCTTTTATAATGAAGGGTCCAATCTATCTGGTTTGCATAAGTTGCACAGAAGAACCATTTCAAGCTTTGAAAATGCAGCTTGAACTTCTTTACGGCCAGATGTTGCTTATATTAACAAAGTCAATAGAGAAGTACTTTGGAAAAAATGCCAAGT
TTGATATGAGGCCATTACTTGGTGGGACAGATGTGGTCTTTTCGTCTCTTATACATTCTTTCAGTTGGAATCCTGCAACATTCTTACATGCCTATACATGTGTTCCTCTTTCTTGTGCAACAAGACAAGCTGCAAGTGGTATACTGCAAGACATTGTTGATTCTCGGGTTATATTTGCGATTCTTATGTGCAGGCATAAA
TGCAGGTTATAAGCATTGCCGGGGCTGAAAAGGCAACTCTTCATCCAGATGACATCCTTTTACTTTCAAATTTCATAGTATCTTCAGAATCTTTCAGGACTTCTGAAGCGTTCTCTCCAATATGTGTTCCAAGATACAATTCGATGGCATTCCTTTATGCATATGTACACTATCTTAAAGACAACACTTTCTTAGTGCTA
CTTACCACGGATCATGATGGGTTCTACAATCTAAAGGATTGCAGGATTCGAATTGAGACAGTGCTGAACAAGTCAAATGTACTGAATGAGGTGAAAACATCAATGTTAAATGCTGGTTTGCATGTGGAGGACTTACCCAGTGACCCTATTGTGCCTTCTCCTTATGGCCGTCAAGGGCATGACAAAGAACACAAGCTAGC
TGTGGCTACAAGAGAAACCAAAAAAGACATTGCAGGAGTTGGAGGTCCAGCTGGTCTCTGGCACTTTATGTACAAAAGCATTTACCTTGATCAATATGTGGCTTCAGAATTTTCTCCACCTTTGAACAGTCATCAAACCCAGAAAAGTTTGCTCAGAGCCTATCAGAACTTGTACTCTTCAATGCACATTGAGGCTCTAG
GTCCTCATAAGATGCAGTACAGAAGAGACAGAGACTACA
Intron 4 GTATAATGTC ... AATAACAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 27.56 | 142.6 | 54.6 | 20.3 |
| A2 | 19.05 | 151.9 | 38.8 | 27.2 |
| A3 | 24.87 | 174 | 58.4 | 17 |
| A4 | 19.83 | 133.6 | 33.4 | 18.6 |
| A5 | 19.84 | 62.6 | 17.6 | 6.2 |
| A6 | 19.41 | 130.1 | 37.6 | 14.7 |
| A7 | 20.91 | 316 | 102.1 | 24.3 |
| A8 | 20.48 | 174.3 | 54.6 | 16.6 |
| A9 | 22.16 | 334.8 | 108.4 | 33.4 |
| A10 | -1 | 232.4 | 73.8 | 24.3 |
>TRINITY_DN122029_c2_g3_i9 from sample A1 / Example spliced isoformAATCACGATATTTTCATAAATCTCCCAACACCAGGACAATATTTGCCCTCCGAATCCAAAGCTGATTTCGATCGCTCCCGCGATCCGGAGATTTCGGCCGATCAAATTGGGCGGTTTTGGGAGACGCAAACAGAGCCACGGTCTGGTTTTGGAAATATCCTGTAGAAAATTTCTGAAGAATTGGATAGATCGAGTCTCAA
ACAATCTTCCAGAAACTGCAATGACTTTGAAATTCAATCTTCCAGAGGCCTGATGATTAATTTTCTGCAATACCTGCCATGAATTCCATGGCTCGAGAAAGCGATCTCAATCGAAAGGAATGTGTAAACCCCGAAGAATTTTACGAGTCTTACGAGGATTTATTCGAGGACGAGGACTTGAACTCCGGACCTTGTTATCT
TCCCGAAAAAGATACTAATAATAGTAAGAAGGGCGGTGATAATGATGATGCTGCTGATGTAATTGAGCAAGGTGTTAGGGATGAGGTCATTTCTGCAGAGAACAACGGAGACTGTAACCCTAAATTACCTTCTGATGAAAAGGAAAATTCCCTTAATGAAGGGCAGAGTGCCCTTAGAAATGGTGGAAGATCAGAGGATA
GCATAATTAAGGGCGAGGAGAATGAGATTTTGGAAACTGGGAATGGAGGCAGTCCTAGCAGCAGTGGATATGACGGTGGGACTGGTAGCAGTGGTAGCAGTGCATCCAATTTCAGCTGTGCAGTTGGGGATGGGATCGTCGAGCAATTTGGCGGGCGTGGCAGTGGAGCTGAATGGGTGGCGGGGAAGCGGCATGCAAAT
GAGGATGATATGTCGATAAAATGGAGAAAGAGGAAGAAACATTTTTTTATAATCAGTAATGCTGGGAAGCCAATTTATTCCAGATATGGAGATGAGAATAAGCTGGCAGGATTCTCAGCAACCTTGCAAGCCATCATATCTTATGTGGAGAACAGTGGGGACAATGTAAGATTGGTACAAGCAGGTAACCATCAGATTGC
TTTTATAATGAAGGGTCCAATCTATCTGGTTTGCATAAGTTGCACAGAAGAACCATTTCAAGCTTTGAAAATGCAGCTTGAACTTCTTTACGGCCAGATGTTGCTTATATTAACAAAGTCAATAGAGAAGTACTTTGGAAAAAATGCCAAGTTTGATATGAGGCCATTACTTGGTGGGACAGATGTGGTCTTTTCGTCTC
TTATACATTCTTTCAGTTGGTATGTCATTCTCAACTTTATAAAAACTGATTTAAGCTTTTTCTTTTATACATTCTGATTGTCCTTGGAGGAACTCCTCTTTAGACAATATCTTATTGAGTAGGCGTTTAGGGTTTCTAATTCAACTTTAGCTATTTCTCCAAGCTTTCAAACTTCTCCTAGATGGATTCTTGAGATATCT
ACCTAAGTTTACTTTGAAAAGGTTGACTTGGAATTCAATTGATTGGAGATATGGACACTTCTACTGAGATTGTAATTTAGCATCCTTGGACCCTGCAAAAATATTTGGAAACAGTAGCTAATGGAGAGTGAAGTTGTAGTAGATCCCAATATGATCTCATGTTTGAAGACTAAGTTGGTTTAGTTTTTCTTGTCATTAGA
GTTAGTTGCAGAATATGTGCAAACTAAATGTTGAATATGGATTCGGAAATCCAATTTTGGCTTTACTGGATATTGATACTAAAATGAAAAATCTGATTTTGGCTTACTGGATATGGACACTAAAATCTGTTTTTGGCTTACTGCTACTAATATTTTTTGAAGTTTCTACTTGGTATAGCTGTAGTAACACCTTGGTAATG
CTTGGAAAGACAAAGATCAAAGCCTCTTAGACTTTAATCCCTTTGGAGGTTTATGCAAGCAATTGATTACATGAGTCCAGTAGGCTAGCTTGAGTGGTTGAGTGCTCTGAGCTTCATGCAGGTGGTCTCGGGGTTGATCCCCAGTCTGGCTAGCTGCCTCTGTTGCATGCCTCACTTGATGACCCTATTGGGTTAGGCCC
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TATTGGTGTTGACAGATTCTGTATATCATAGAATAACTACAAAAAAGAGAACAAATGAATGAGGCATAAGTTTGTATATTTGTTTGATTCAGGAAATTGTGTAGTCTTGTGCTTTGATGAATATATCTTTCTTGGTAATGCAAGATGCTCACAAACTTTACTGTTGTGGTTTACTTTGAAGGAATCCTGCAACATTCTTA
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TTTCAGGACTTCTGAAGCGTTCTCTCCAATATGTGTTCCAAGATACAATTCGATGGCATTCCTTTATGCATATGTACACTATCTTAAAGACAACACTTTCTTAGTGCTACTTACCACGGATCATGATGGGTTCTACAATCTAAAGGATTGCAGGATTCGAATTGAGACAGTGCTGAACAAGTCAAATGTACTGAATGAGG
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CAATATGTGGCTTCAGAATTTTCTCCACCTTTGAACAGTCATCAAACCCAGAAAAGTTTGCTCAGAGCCTATCAGAACTTGTACTCTTCAATGCACATTGAGGCTCTAGGTCCTCATAAGATGCAGTACAGAAGAGACAGAGACTACACTTTGTTGTGCTGGATAACCCAAGATTTTGAGCTATATGCAGCTTTTGATCC
ACTGGCTGAAAAGAGTATGGCTATTGCAACTTGTAATCGTGTTTGTCAATGGATAAGAGATCTGGAGAATGAGATTTTCTTCCTTGGGGCAACTCCATTTTCATGGTGATTCTAATATATGTATCCTTAATTTCATATTGATGAGTTCAAAAAGAAGGAAAGATAAAAGTTGTCATTCTTTCCATTTGATATGGTATCTT
TTGTGTTCATTTGTATTTGTTTGCTGGATAATTTTTTCAATAAACATTCTAGAGTAGAAGATATTGTTGCCCTTTTTAATCCAGCAAATTTTATATCTGCAAAAGAGATGTTCTATTTAGAGGGTTGAAATTGATTGAATTGATATATTGATCCTGAAGACGGGTGTAGTGTCCACTCGAAACGCGTCGATCGTTTCTAA
ACTTCTACACAGTGAAACTTGAGAAGGCTTCAGAAAATGGTTAAACACTGGAACC
>TRINITY_DN122029_c2_g3_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:AATCACGATATTTTCATAAATCTCCCAACACCAGGACAATATTTGCCCTCCGAATCCAAAGCTGATTTCGATCGCTCCCGCGATCCGGAGATTTCGGCCGATCAAATTGGGCGGTTTTGGGAGACGCAAACAGAGCCACGGTCTGGTTTTGGAAATATCCTGTAGAAAATTTCTGAAGAATTGGATAGATCGAGTCTCAA
ACAATCTTCCAGAAACTGCAATGACTTTGAAATTCAATCTTCCAGAGGCCTGATGATTAATTTTCTGCAATACCTGCCATGAATTCCATGGCTCGAGAAAGCGATCTCAATCGAAAGGAATGTGTAAACCCCGAAGAATTTTACGAGTCTTACGAGGATTTATTCGAGGACGAGGACTTGAACTCCGGACCTTGTTATCT
TCCCGAAAAAGATACTAATAATAGTAAGAAGGGCGGTGATAATGATGATGCTGCTGATGTAATTGAGCAAGGTGTTAGGGATGAGGTCATTTCTGCAGAGAACAACGGAGACTGTAACCCTAAATTACCTTCTGATGAAAAGGAAAATTCCCTTAATGAAGGGCAGAGTGCCCTTAGAAATGGTGGAAGATCAGAGGATA
GCATAATTAAGGGCGAGGAGAATGAGATTTTGGAAACTGGGAATGGAGGCAGTCCTAGCAGCAGTGGATATGACGGTGGGACTGGTAGCAGTGGTAGCAGTGCATCCAATTTCAGCTGTGCAGTTGGGGATGGGATCGTCGAGCAATTTGGCCAGCGTGGCAATGGAGCTGAATGGGTGGCGGGGAAGCGGCATGCAAAT
GAGGATGATATGTCGATAAAATGGAGAAAGAGGAAGAAACATTTTTTTATAATCAGTAATGCTGGGAAGCCAATTTATTCCAGATATGGAGATGAGAATAAGCTGGCAGGATTCTCAGCAACCTTGCAAGCCATCATATCTTATGTGGAGAACAGgtataatgtcgattctgacactttatgttgaccttttttgtctga
tccgtatttgtaataagtcagaacttagctgagcagaataatattgagatcctgacattgtttctcgtcattctgcttttcctgaataacaaagTGGGGACAATGTAAGATTGGTACAAGCAGGTAACCATCAGATTGCTTTTATAATGAAGGGTCCAATCTATCTGGTTTGCATAAGTTGCACAGAAGAACCATTTCAA
GCTTTGAAAATGCAGCTTGAACTTCTTTACGGCCAGATGTTGCTTATATTAACAAAGTCCATCGAGAAGTACTTTGGAAAAAATGCCAAGTTTGATATGAGGCCATTACTTGGTGGGACAGATGTGGTCTTTTCGTCTCTTATACATTCTTTCAGTTGGTATGTCATTCTCAACTTTATAAAAACTGATTTAAGCTTTTT
CTTTTATACATTCTGATTGTCCTTGGAGGAACTCCTCTTTAGACAATATCTTATTGAGTAGGCGTTTAGGGTTTCTAATTCAACTTTAGCTATTTCTCCAAGCTTTCAAACTTCTCCTAGATGGATTCTTGAGATATCTACCTAAGTTTACTTTGAAAAGGTTGACTTGGAATTCAATTGATTGGAGATATGGACACTTC
TACTGAGATTGTAATTTAGCATCCTTGGACCCTGCAAAAATATTTGGAAACAGTAGCTAATGGAGAGTGAAGTTGTAGTAGATCCCAATATGATCTCATGTTTGAAGACTAAGTTGGTTTAGTTTTTCTTGTCATTAGAGTTAGTTGCAGAATATGTGCAAACTAAATGTTGAATATGGATTCGGAAATCCAATTTTGGC
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AGGGGTTTTCATGCGAGCTTTTCTTTGGAAAAAAAAAACAATTGATTACATGAATACAGATGTGTTGTAATTAGACAGATTTTCAAGAATACTTCCAAGTTCTCAACCAACAGATTTGTCAAAGAGTGTCTCCAGTCTGGTATTGGTGTTGACAGATTCTGTATATCATAGAATAACTACAAAAAAGAGAACAAATGAAT
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CAAGACATTGTTGATTCTCGGGTTATATTTGCGATTCTTATGTGCAGGCATAAA
Intron 5 GTATGTCATT ... TACTTTGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.15 | 192 | 45 | 58 |
| A2 | 21.01 | 109 | 24 | 34 |
| A3 | 20 | 138 | 36 | 33 |
| A4 | 19.66 | 141 | 31 | 38 |
| A5 | 21.8 | 52 | 13 | 16 |
| A6 | 17.28 | 134 | 24 | 32 |
| A7 | 18.32 | 330 | 80 | 68 |
| A8 | 20.43 | 222 | 40 | 74 |
| A9 | 17.54 | 228 | 45 | 52 |
| A10 | 20.84 | 198.5 | 55.5 | 49 |
>TRINITY_DN122029_c2_g3_i8 from sample A1 / Example spliced isoformAATCACGATATTTTCATAAATCTCCCAACACCAGGACAATATTTGCCCTCCGAATCCAAAGCTGATTTCGATCGCTCCCGCGATCCGGAGATTTCGGCCGATCAAATTGGGCGGTTTTGGGAGACGCAAACAGAGCCACGGTCTGGTTTTGGAAATATCCTGTAGAAAATTTCTGAAGAATTGGATAGATCGAGTCTCAA
ACAATCTTCCAGAAACTGCAATGACTTTGAAATTCAATCTTCCAGAGGCCTGATGATTAATTTTCTGCAATACCTGCCATGAATTCCATGGCTCGAGAAAGCGATCTCAATCGAAAGGAATGTGTAAACCCCGAAGAATTTTACGAGTCTTACGAGGATTTATTCGAGGACGAGGACTTGAACTCCGGACCTTGTTATCT
TCCCGAAAAAGATACTAATAATAGTAAGAAGGGCGGTGATAATGATGATGCTGCTGATGTAATTGAGCAAGGTGTTAGGGATGAGGTCATTTCTGCAGAGAACAACGGAGACTGTAACCCTAAATTACCTTCTGATGAAAAGGAAAATTCCCTTAATGAAGGGCAGAGTGCCCTTAGAAATGGTGGAAGATCAGAGGATA
GCATAATTAAGGGCGAGGAGAATGAGATTTTGGAAACTGGGAATGGAGGCAGTCCTAGCAGCAGTGGATATGACGGTGGGACTGGTAGCAGTGGTAGCAGTGCATCCAATTTCAGCTGTGCAGTTGGGGATGGGATCGTCGAGCAATTTGGCGGGCGTGGCAGTGGAGCTGAATGGGTGGCGGGGAAGCGGCATGCAAAT
GAGTTCCAGATGAACACATAGTCTTCATGGTCAAATCCATATGCAACTAAGTCTTCACGGGCAAATGCAGGATGATATGTCGATAAAATGGAGAAAGAGGAAGAAACATTTTTTTATAATCAGTAATGCTGGGAAGCCAATTTATTCCAGATATGGAGATGAGAATAAGCTGGCAGGATTCTCAGCAACCTTGCAAGCCA
TCATATCTTATGTGGAGAACAGTGGGGACAATGTAAGATTGGTACAAGCAGGTAACCATCAGATTGCTTTTATAATGAAGGGTCCAATCTATCTGGTTTGCATAAGTTGCACAGAAGAACCATTTCAAGCTTTGAAAATGCAGCTTGAACTTCTTTACGGCCAGATGTTGCTTATATTAACAAAGTCAATAGAGAAGTAC
TTTGGAAAAAATGCCAAGTTTGATATGAGGCCATTACTTGGTGGGACAGATGTGGTCTTTTCGTCTCTTATACATTCTTTCAGTTGGAATCCTGCAACATTCTTACATGCCTATACATGTGTTCCTCTTTCTTGTGCAACAAGACAAGCTGCAAGTGGTATACTGCAAGACATTGTTGATTCTCGGGTTATATTTGCGAT
TCTTATGTGCAGGCATAAATGCAGGTTATAAGCATTGCCGGGGCTGAAAAGGCAACTCTTCATCCAGATGACATCCTTTTACTTTCAAATTTCATAGTATCTTCAGAATCTTTCAGGACTTCTGAAGCGTTCTCTCCAATATGTGTTCCAAGATACAATTCGATGGCATTCCTTTATGCATATGTACACTATCTTAAAGA
CAACACTTTCTTAGTGCTACTTACCACGGATCATGATGGGTTCTACAATCTAAAGGATTGCAGGATTCGAATTGAGACAGTGCTGAACAAGTCAAATGTACTGAATGAGGTGAAAACATCAATGTTAAATGCTGGTTTGCATGTGGAGGACTTACCCAGTGACCCTATTGTGCCTTCTCCTTATGGCCGTCAAGGGCATG
ACAAAGAACACAAGCTAGCTGTGGCTACAAGAGAAACCAAAAAAGACATTGCAGGAGTTGGAGGTCCAGCTGGTCTCTGGCACTTTATGTACAAAAGCATTTACCTTGATCAATATGTGGCTTCAGAATTTTCTCCACCTTTGAACAGTCATCAAACCCAGAAAAGTTTGCTCAGAGCCTATCAGAACTTGTACTCTTCA
ATGCACATTGAGGCTCTAGGTCCTCATAAGATGCAGTACAGAAGAGACAGAGACTACACTTTGTTGTGCTGGATAACCCAAGATTTTGAGCTATATGCAGCTTTTGATCCACTGGCTGAAAAGAGTATGGCTATTGCAACTTGTAATCGTGTTTGTCAATGGATAAGAGATCTGGAGAATGAGATTTTCTTCCTTGGGGC
AACTCCATTTTCATGGTGATTCTAATATATGTATCCTTAATTTCATATTGATGAGTTCAAAAAGAAGGAAAGATAAAAGTTGTCATTCTTTCCATTTGATATGGTATCTTTTGTGTTCATTTGTATTTGTTTGCTGGATAATTTTTTCAATAAACATTCTAGAGTAGAAGATATTGTTGCCCTTTTTAATCCAGCAAATT
TTATATCTGCAAAAGAGATGTTCTATTTAGAGGGTTGAAATTGATTGAATTGATATATTGATCCTGAAGACGGGTGTAGTGTCCACTCGAAACGCGTCGATCGTTTCTAAACTTCTACACAGTGAAACTTGAGAAGGCTTCAGAAAATGGTTAAACACTGGAACC
>TRINITY_DN122029_c2_g3_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:AATCACGATATTTTCATAAATCTCCCAACACCAGGACAATATTTGCCCTCCGAATCCAAAGCTGATTTCGATCGCTCCCGCGATCCGGAGATTTCGGCCGATCAAATTGGGCGGTTTTGGGAGACGCAAACAGAGCCACGGTCTGGTTTTGGAAATATCCTGTAGAAAATTTCTGAAGAATTGGATAGATCGAGTCTCAA
ACAATCTTCCAGAAACTGCAATGACTTTGAAATTCAATCTTCCAGAGGCCTGATGATTAATTTTCTGCAATACCTGCCATGAATTCCATGGCTCGAGAAAGCGATCTCAATCGAAAGGAATGTGTAAACCCCGAAGAATTTTACGAGTCTTACGAGGATTTATTCGAGGACGAGGACTTGAACTCCGGACCTTGTTATCT
TCCCGAAAAAGATACTAATAATAGTAAGAAGGGCGGTGATAATGATGATGCTGCTGATGTAATTGAGCAAGGTGTTAGGGATGAGGTCATTTCTGCAGAGAACAACGGAGACTGTAACCCTAAATTACCTTCTGATGAAAAGGAAAATTCCCTTAATGAAGGGCAGAGTGCCCTTAGAAATGGTGGAAGATCAGAGGATA
GCATAATTAAGGGCGAGGAGAATGAGATTTTGGAAACTGGGAATGGAGGCAGTCCTAGCAGCAGTGGATATGACGGTGGGACTGGTAGCAGTGGTAGCAGTGCATCCAATTTCAGCTGTGCAGTTGGGGATGGGATCGTCGAGCAATTTGGCCAGCGTGGCAATGGAGCTGAATGGGTGGCGGGGAAGCGGCATGCAAAT
GAGGATGATATGTCGATAAAATGGAGAAAGAGGAAGAAACATTTTTTTATAATCAGTAATGCTGGGAAGCCAATTTATTCCAGATATGGAGATGAGAATAAGCTGGCAGGATTCTCAGCAACCTTGCAAGCCATCATATCTTATGTGGAGAACAGGTATAATGTCGATTCTGACACTTTATGTTGACCTTTTTTGTCTGA
TCCGTATTTGTAATAAGTCAGAACTTAGCTGAGCAGAATAATATTGAGATCCTGACATTGTTTCTCGTCATTCTGCTTTTCCTGAATAACAAAGTGGGGACAATGTAAGATTGGTACAAGCAGGTAACCATCAGATTGCTTTTATAATGAAGGGTCCAATCTATCTGGTTTGCATAAGTTGCACAGAAGAACCATTTCAA
GCTTTGAAAATGCAGCTTGAACTTCTTTACGGCCAGATGTTGCTTATATTAACAAAGTCAATAGAGAAGTACTTTGGAAAAAATGCCAAGTTTGATATGAGGCCATTACTTGGTGGGACAGATGTGGTCTTTTCGTCTCTTATACATTCTTTCAGTTGgtatgtcattctcaactttataaaaactgatttaagcttttt
cttttatacattctgattgtccttggaggaactcctctttagacaatatcttattgagtaggcgtttagggtttctaattcaactttagctatttctccaagctttcaaacttctcctagatggattcttgagatatctacctaagtttactttgaaaaggttgacttggaattcaattgattggagatatggacacttc
tactgagattgtaatttagcatccttggaccctgcaaaaatatttggaaacagtagctaatggagagtgaagttgtagtagatcccaatatgatctcatgtttgaagactaagttggtttagtttttcttgtcattagagttagttgcagaatatgtgcaaactaaatgttgaatatggattcggaaatccaattttggc
tttactggatattgatactaaaatgaaaaatctgattttggcttactggatatggacactaaaatctgtttttggcttactgctactaatattttttgaagtttctacttggtatagctgtagtaacaccttggtaatgcttggaaagacaaagatcaaagcctcttagactttaatccctttggaggtttatgcaagca
attgattacatgagtccagtaggctagcttgagtggttgagtgctctgagcttcatgcaggtggtctcggggttgatccccagtctggctagctgcctctgttgcatgcctcacttgatgaccctattgggttaggcccactgaatcaatgctgacgggtttacaccgggtaaccattggtgatatgcatggatgtgcct
aggggttttcatgcgagcttttctttggaaaaaaaaacaattgattacatgaatacagatgtgttgtaattagacagattttcaagaatacttccaagttctcaaccaacagatttgtcaaagagtgtctccagtctggtattggtgttgacagattctgtatatcatagaataactacaaaaaagagaacaaatgaatg
aggcataagtttgtatatttgtttgattcaggaaattgtgtagtcttgtgctttgatgaatatatctttcttggtaatgcaagatgctcacaaactttactgttgtggtttactttgaagGAATCCTGCAACATTCTTACATGCCTATACATGTGTTCCTCTTTCTTGTGCAACAAGACAAGCTGCAAGTGGTATACTGC
AAGACATTGTTGATTCTCGGGTTATATTTGCGATTCTTATGTGCAGGCATAAAGTTATAAGCATTGCCGGGGCTGAAAAGGCAACTCTTCATCCAGATGACATCCTTTTACTTTCAAATTTCATAGTATCTTCAGAATCTTTCAGGACTTCTGAAGCGTTCTCTCCAATATGTGTTCCAAGATACAATTCGATGGCATTC
CTTTATGCATATGTACACTATCTTAAAGACAACACTTTCTTAGTGCTACTTACCACGGATCATGATGGGTTCTACAATCTAAAGGATTGCAGGATTCGAATTGAGACAGTGCTGAACAAGTCAAATGTACTGAATGAGGTGAAAACATCAATGTTAAATGCTGGTTTGCATGTGGAGGACTTACCCAGTGACCCTATTGT
GCCTTCTCCTTATGGCCGTCAAGGGCATGACAAAGAACACAAGCTAGCTGTGGCTACAAGAGAAACCAAAAAAGACATTGCAGGAGTTGGAGGTCCAGCTGGTCTCTGGCACTTTATGTACAAAAGCATTTACCTTGATCAATATGTGGCTTCAGAATTTTCTCCACCTTTGAACAGTCATCAAACCCAGAAAAGTTTGC
TCAGAGCCTATCAGAACTTGTACTCTTCAATGCACATTGAGGCTCTAGGTCCTCATAAGATGCAGTACAGAAGAGACAGAGACTACACTTTGTTGTGCTGGATAACCCAAGATTTTGAGCTATATGCAGCTTTTGATCCACTGGCTGAAAAGAGTATGGCTATTGCAACTTGTAATCGTGTTTGTCAATGGATAAGAGAT
CTGGAGAATGAGATTTTCTTCCTTGGGGCAACTCCATTTTCATGGTGATTCTAATATATGTATCCTTAATTTCATATTGATGAGTTCAAAAAGAAGGAAAGATAAAAGTTGTCATTCTTTCCATTTGATATGGTATCTTTTGTGTTCATTTGTATTTGTTTGCTGGATAATTTTTTCAATAAACATTCTAGAGTAGAAGA
TATTGTTGCCCTTTTTAATCCAGCAAATTTTATATCTGCAAAAGAGATGTTCTATTTAGAGGGTTGAAATTGATTGAATTGATATATTGATCCTGAAGACGGGTGTAGTGTCCACTCGAAACGCGTCGATCGTTTCTAAACTTCTACACAGTGAAACTTGAGAAGGCTTCAGAAAATGGTTAAACACTGGAACC
Intron 6 GTATGTCATT ... TACTTTGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.82 | 192 | 43 | 58 |
| A2 | 21.3 | 109 | 25 | 34 |
| A3 | 20 | 138 | 36 | 33 |
| A4 | 19.89 | 141 | 32 | 38 |
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| A6 | 17.03 | 134 | 23 | 32 |
| A7 | 17.5 | 330 | 72 | 68 |
| A8 | 20.29 | 222 | 39 | 74 |
| A9 | 17.39 | 228 | 44 | 52 |
| A10 | 20.91 | 198.5 | 56 | 49 |
>TRINITY_DN122029_c2_g3_i8 from sample A1 / Example spliced isoformAATCACGATATTTTCATAAATCTCCCAACACCAGGACAATATTTGCCCTCCGAATCCAAAGCTGATTTCGATCGCTCCCGCGATCCGGAGATTTCGGCCGATCAAATTGGGCGGTTTTGGGAGACGCAAACAGAGCCACGGTCTGGTTTTGGAAATATCCTGTAGAAAATTTCTGAAGAATTGGATAGATCGAGTCTCAA
ACAATCTTCCAGAAACTGCAATGACTTTGAAATTCAATCTTCCAGAGGCCTGATGATTAATTTTCTGCAATACCTGCCATGAATTCCATGGCTCGAGAAAGCGATCTCAATCGAAAGGAATGTGTAAACCCCGAAGAATTTTACGAGTCTTACGAGGATTTATTCGAGGACGAGGACTTGAACTCCGGACCTTGTTATCT
TCCCGAAAAAGATACTAATAATAGTAAGAAGGGCGGTGATAATGATGATGCTGCTGATGTAATTGAGCAAGGTGTTAGGGATGAGGTCATTTCTGCAGAGAACAACGGAGACTGTAACCCTAAATTACCTTCTGATGAAAAGGAAAATTCCCTTAATGAAGGGCAGAGTGCCCTTAGAAATGGTGGAAGATCAGAGGATA
GCATAATTAAGGGCGAGGAGAATGAGATTTTGGAAACTGGGAATGGAGGCAGTCCTAGCAGCAGTGGATATGACGGTGGGACTGGTAGCAGTGGTAGCAGTGCATCCAATTTCAGCTGTGCAGTTGGGGATGGGATCGTCGAGCAATTTGGCGGGCGTGGCAGTGGAGCTGAATGGGTGGCGGGGAAGCGGCATGCAAAT
GAGTTCCAGATGAACACATAGTCTTCATGGTCAAATCCATATGCAACTAAGTCTTCACGGGCAAATGCAGGATGATATGTCGATAAAATGGAGAAAGAGGAAGAAACATTTTTTTATAATCAGTAATGCTGGGAAGCCAATTTATTCCAGATATGGAGATGAGAATAAGCTGGCAGGATTCTCAGCAACCTTGCAAGCCA
TCATATCTTATGTGGAGAACAGTGGGGACAATGTAAGATTGGTACAAGCAGGTAACCATCAGATTGCTTTTATAATGAAGGGTCCAATCTATCTGGTTTGCATAAGTTGCACAGAAGAACCATTTCAAGCTTTGAAAATGCAGCTTGAACTTCTTTACGGCCAGATGTTGCTTATATTAACAAAGTCAATAGAGAAGTAC
TTTGGAAAAAATGCCAAGTTTGATATGAGGCCATTACTTGGTGGGACAGATGTGGTCTTTTCGTCTCTTATACATTCTTTCAGTTGGAATCCTGCAACATTCTTACATGCCTATACATGTGTTCCTCTTTCTTGTGCAACAAGACAAGCTGCAAGTGGTATACTGCAAGACATTGTTGATTCTCGGGTTATATTTGCGAT
TCTTATGTGCAGGCATAAATGCAGGTTATAAGCATTGCCGGGGCTGAAAAGGCAACTCTTCATCCAGATGACATCCTTTTACTTTCAAATTTCATAGTATCTTCAGAATCTTTCAGGACTTCTGAAGCGTTCTCTCCAATATGTGTTCCAAGATACAATTCGATGGCATTCCTTTATGCATATGTACACTATCTTAAAGA
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ACAAAGAACACAAGCTAGCTGTGGCTACAAGAGAAACCAAAAAAGACATTGCAGGAGTTGGAGGTCCAGCTGGTCTCTGGCACTTTATGTACAAAAGCATTTACCTTGATCAATATGTGGCTTCAGAATTTTCTCCACCTTTGAACAGTCATCAAACCCAGAAAAGTTTGCTCAGAGCCTATCAGAACTTGTACTCTTCA
ATGCACATTGAGGCTCTAGGTCCTCATAAGATGCAGTACAGAAGAGACAGAGACTACACTTTGTTGTGCTGGATAACCCAAGATTTTGAGCTATATGCAGCTTTTGATCCACTGGCTGAAAAGAGTATGGCTATTGCAACTTGTAATCGTGTTTGTCAATGGATAAGAGATCTGGAGAATGAGATTTTCTTCCTTGGGGC
AACTCCATTTTCATGGTGATTCTAATATATGTATCCTTAATTTCATATTGATGAGTTCAAAAAGAAGGAAAGATAAAAGTTGTCATTCTTTCCATTTGATATGGTATCTTTTGTGTTCATTTGTATTTGTTTGCTGGATAATTTTTTCAATAAACATTCTAGAGTAGAAGATATTGTTGCCCTTTTTAATCCAGCAAATT
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>TRINITY_DN122029_c2_g3_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:AATCACGATATTTTCATAAATCTCCCAACACCAGGACAATATTTGCCCTCCGAATCCAAAGCTGATTTCGATCGCTCCCGCGATCCGGAGATTTCGGCCGATCAAATTGGGCGGTTTTGGGAGACGCAAACAGAGCCACGGTCTGGTTTTGGAAATATCCTGTAGAAAATTTCTGAAGAATTGGATAGATCGAGTCTCAA
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GCATAATTAAGGGCGAGGAGAATGAGATTTTGGAAACTGGGAATGGAGGCAGTCCTAGCAGCAGTGGATATGACGGTGGGACTGGTAGCAGTGGTAGCAGTGCATCCAATTTCAGCTGTGCAGTTGGGGATGGGATCGTCGAGCAATTTGGCCAGCGTGGCAATGGAGCTGAATGGGTGGCGGGGAAGCGGCATGCAAAT
GAGGATGATATGTCGATAAAATGGAGAAAGAGGAAGAAACATTTTTTTATAATCAGTAATGCTGGGAAGCCAATTTATTCCAGATATGGAGATGAGAATAAGCTGGCAGGATTCTCAGCAACCTTGCAAGCCATCATATCTTATGTGGAGAACAGGTATAATGTCGATTCTGACACTTTATGTTGACCTTTTTTGTCTGA
TCCGTATTTGTAATAAGTCAGAACTTAGCTGAGCAGAATAATATTGAGATCCTGACATTGTTTCTCGTCATTCTGCTTTTCCTGAATAACAAAGTGGGGACAATGTAAGATTGGTACAAGCAGGTAACCATCAGATTGCTTTTATAATGAAGGGTCCAATCTATCTGGTTTGCATAAGTTGCACAGAAGAACCATTTCAA
GCTTTGAAAATGCAGCTTGAACTTCTTTACGGCCAGATGTTGCTTATATTAACAAAGTCCATCGAGAAGTACTTTGGAAAAAATGCCAAGTTTGATATGAGGCCATTACTTGGTGGGACAGATGTGGTCTTTTCGTCTCTTATACATTCTTTCAGTTGgtatgtcattctcaactttataaaaactgatttaagcttttt
cttttatacattctgattgtccttggaggaactcctctttagacaatatcttattgagtaggcgtttagggtttctaattcaactttagctatttctccaagctttcaaacttctcctagatggattcttgagatatctacctaagtttactttgaaaaggttgacttggaattcaattgattggagatatggacacttc
tactgagattgtaatttagcatccttggaccctgcaaaaatatttggaaacagtagctaatggagagtgaagttgtagtagatcccaatatgatctcatgtttgaagactaagttggtttagtttttcttgtcattagagttagttgcagaatatgtgcaaactaaatgttgaatatggattcggaaatccaattttggc
tttactggatattgatactaaaatgaaaaatctgattttggcttactggatatggacactaaaatctgtttttggcttactgctactaatattttttgaagtttctacttggtatagctgtagtaacaccttggtaatgcttggaaagacaaagatcaaagcctcttagactttaatccctttggaggtttatgcaagca
attgattacatgagtccagtaggctagcttgagtggttgagtgctctgagcttcatgcaggtggtctcggggttgatccccagtctggctagctgcctctgttgcatgcctcacttgatgaccctattgggttaggcccactgaatcaatgctgacgggtttacaccgggtaaccattggtgatatgcatggatgtgcct
aggggttttcatgcgagcttttctttggaaaaaaaaaacaattgattacatgaatacagatgtgttgtaattagacagattttcaagaatacttccaagttctcaaccaacagatttgtcaaagagtgtctccagtctggtattggtgttgacagattctgtatatcatagaataactacaaaaaagagaacaaatgaat
gaggcataagtttgtatatttgtttgattcaggaaattgtgtagtcttgtgctttgatgaatatatctttcttggtaatgcaagatgctcacaaactttactgttgtggtttactttgaagGAATCCTGCAACATTCTTACATGCCTATACATGTGTTCCTCTTTCTTGTGCAACAAGACAAGCTGCAAGTGGTATACTG
CAAGACATTGTTGATTCTCGGGTTATATTTGCGATTCTTATGTGCAGGCATAAA