NA ----> NA

Intron 1 GTATGGCATC ... ATTTTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	70	6	12	16
A2	61.54	5	12	4
A3	87.5	1	7	7
A4	77.78	1	5	2
A5	85.19	2	12	11
A6	39.2	38	45	4
A7	39.13	14	17	1
A8	52.38	5	6	5
A9	51.52	16	21	13
A10	31.58	13	10	2

>TRINITY_DN41009_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

GAAAGCTTATGTGAGAGATAAAGAATATTCGCTAGGTTTTAGGGTTGTGGAGAAAAACGTTGAAAAGTACCACACAGGTGGTTAGGGTTCCGGAGATAAGCTTATATGAGGCGTGGAGAAGAGGCGAGTAAGTGTATAGGATAATCCTTTCGGCAGGTGGAGGAGGAAGGCAGAGGGGCCTAAGATTGGCAAGAGGAGAA
AGGCCTTAGGCTTGTGAGGATGGGAAAAACTCGAACAGTTTCCACTCACTGTTTTGCGGTCTTTCCTACTCCTCCCAAGCCCATGGCCTTGCCTTCCCTCAATTGGTTTGTGTAAATGTCCTGTCCTCAGATCAGCTTAATGAAGACTACCTAAATCTGCTCAGAATAAATACCCATTTCAAGGTCATAAGAGAAGTTTT
GAAATCCCAAACCCCTATCCCTGTGGCTCTAAATTCAAAAATGGTGCAGCTAGCGATCTACTCACATCTATACTGACAAAATTCGATCTACCCACATCTGTTGGTAGTTATGGTTTAACCACATCTGCTAGTAGTTATGGTTAGGTGAACAATATTCATTCTGTTGCAGGCCATTTAATGTAGTTGCAGCAGGCTTGTCG
AAATGGTGTATCTATACCGGCAAAAGTTGTATACCCACATCTCCTGGCAGTTATGATTAGGCGAACAATTCAGGCCTGCTGCAGGCTGAATATTATTGGATAATCCTCCATTGAATTTATAATAATTGATTATTAATAGATTGTGATTCATATTTTTAGATGGGAA

>TRINITY_DN41009_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GAAAGCTTATGTGAGAGATAAAGAATATTCGCTAGGTTTTAGGGTTGTGGAGAAAAACGTTGAAAAGTACCACACAGGTGGTTAGGGTTCCGGAGATAAGCTTATATGAGGCGTGGAGAAGAGGCGAGTAAGTGTATAGGATAATCCTTTCGGCAGGTGGAGGAGGAAGGCAGAGGGGCCTAAGATTGGCAAGAGGAGAA
AGGCCTTAGGCTTGTGAGGATGGGAAAAACTCGAACAGTTTCCACTCACTGTTTTGCGGTCTTTCCTACTCCTCCCAAGCCCATGGCCTTGCCTTCCCTCAATTGGTTTGTGTAAATGTCCTGTCCTCAGATCAGCTTAATGAAGACTACCTAAATCTGCTCAGgtatggcatcgatctaaatgattcagcttgtaattc
tttgtcgtcttattgtaaaggtttccacgtttgtgttatgccccgccttcagatatgctcaatgaagagtaccgaaatctgctcagttatcgcatcgaactaaatgattcagcttgttattctttgtcgttgtattataaaggtttccctggatgtctacaccatttagctgcttttagggtttaggttttttcgttttc
gcaaattattttgtgtttccagaaaaggttattttatttggacttcaccagatcgtcaggttgtattgtgttctttgaaatgccattgttgtctccgccttccagtgcttttgactttgtctaactgatttgtgtatggagtgattgatgggttggaagatgtgattttcgtgtaatggattggattccagaaccaaagt
taattttcgattaccgttgtggtttataattgctaactggggttgaaagatgatatttacccagttaactagtttctccttttatgtttagagagatggatgagatctatagagatgtgaacttgttttattttgttttttattttatgcagagatgtgaacttgttttgtttatttatatattgtaagtggatatactt
ggaaaactattgtaagtagatttacttggaaaacttgtctacaatcctcgtggatgataccaaagctaatcagatcagggattgatcttcactagatctcacccctctctgtctcttcttttgtaaagtgaggtgatcgtttttcttgttatgtaagtgggtagtcacctttatgtggaaattaaaagtattttatttct
tatttattattgagaaaagccacttctggttattttgacagAATAAATACCCATTTCAAGGTCATAAGAGAAGTTTTGAAATCCCAAACCCCTATCCCTGTGGCTCTAAATTCAAAAATGGTGCAGCTAGCGATCTACTCACATCTATACTGACAAAATTCGATCTACCCACATCTGTTGGTAGTTATGGTTTAACCACA
TCTGCTAGTAGTTATGGTTAGGTGAACAATATTCATTCTGTTGCAGGCCATTTAATGTAGTTGCAGCAGGCTTGTCGATTGTTGGATCTCAAGCAGCTTCAAGGTCAGAAGGGAAGTTTTGAAATCCCAAACCCCTATCCCTGTGGCTCTAAATTAAAAAATGGTGTATCTATACCGGCAAAAGTTGTATACCCACATCT
CCTGGCAGTTATGATTAGGCGAACAATTCAGGCCTGCTGCAGGCTGAATATTATTGGATAATCCTCCATTGAATTTATAATAATTGATTATTAATAGATTGTGATTCATATTTTTAGATGGGAA

Intron 2 GTATGGCATC ... ATTTTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	70	6	12	16
A2	61.54	5	12	4
A3	87.5	1	7	7
A4	77.78	1	5	2
A5	85.19	2	12	11
A6	39.2	38	45	4
A7	39.13	14	17	1
A8	52.38	5	6	5
A9	51.52	16	21	13
A10	31.58	13	10	2

>TRINITY_DN40674_c0_g1_i6 from sample A8 / Example spliced isoform

GTTGAAAAGTACCACACAGGTGGTTAGGGTTCCGGAGATAAGCTTATATGAGGCGTGGAGAAGAGGCGAGTAAGTGTATAGGATAATCCTTTCGGCAGGTGGAGGAGGAAGGCAGAGGGGCCTAAGATTGGCAAGAGGAGAAAGGCCTTAGGCTTGTGAGGATGGGAAAAACTCGAACAGTTTCCACTCACTGTTTTGCG
GTCTTTCCTACTCCTCCCAAGCCCATGGCCTTGCCTTCCCTCAATTGGTTTGTGTAAATGTCCTGTCCTCAGATCAGCTTAATGAAGACTACCTAAATCTGCTCAGAATAAATACCCATTTCAAGGTCATAAGAGAAGTTTTGAAATCCCAAACCCCTATCCCTGTGGCTCTAAATTCAAAAATGGTGCAGCTAGCGATC
TACTCACATCTATACTGACAAAATTCGATCTACCCACATCTGTTGGTAGTTATGGTTTAACCACATCTGCTAGTAGTTATGGTTAGGTGAACAATATTCATTCTGTTGCAGGCCATTTAATGTAGTTGCAGCAGGCTTGTCGAAATGGTGTATCTATACCGGCAAAAGTTGTATACCCACATCTCCTGGCAGTTATGATT
AGGCGAACAATTCAGGCCTGCTGCAGGCTGAATATTATTGGATAATCCTCCATTGAATTTATAATAATTGATTATTAATAGATTGTGATTCATATTTTTA

>TRINITY_DN40674_c0_g1_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GTTGAAAAGTACCACACAGGTGGTTAGGGTTCCGGAGATAAGCTTATATGAGGCGTGGAGAAGAGGCGAGTAAGTGTATAGGATAATCCTTTCGGCAGGTGGAGGAGGAAGGCAGAGGGGCCTAAGATTGGCAAGAGGAGAAAGGCCTTAGGCTTGTGAGGATGGGAAAAACTCGAACAGTTTCCACTCACTGTTTTGCG
GTCTTTCCTACTCCTCCCAAGCCCATGGCCTTGCCTTCCCTCAATTGGTTTGTGTAAATGTCCTGTCCTCAGATCAGCTTAATGAAGACTACCTAAATCTGCTCAGgtatggcatcgatctaaatgattcagcttgtaattctttgtcgtcttattgtaaaggtttccacgtttgtgttatgccccgccttcagatatgc
tcaatgaagagtaccgaaatctgctcagttatcgcatcgaactaaatgattcagcttgttattctttgtcgttgtattataaaggtttccctggatgtctacaccatttagctgcttttagggtttaggttttttcgttttcgcaaattattttgtgtttccagaaaaaggtttttttatttggacttcaccagatcgtc
aggttgtattgtgttctttgaaatgccattgttgtctccgccttccagtgcttttgactttgtctaactgatttgtgtatggagtgattgatgggttggaagatgtgattttcgtgtaatggattggattccagaaccaaagttaattttcgattaccgttgtggtttataattgctaactggggttgaaagatgatatt
tacccagttaactagtttctccttttatgtttagagagatggatgagatctatagagatgtgaacttgttttattttgttttttattttatgcagagatgtgaacttgttttgtttatttatatattgtaagtggatatacttggaaaactattgtaagtagatttacttggaaaacttgtctacaatcctcgtggatgg
taccaaagctaatcagatcagggattgatcttcactagatctcacccctctctgtctcttcttttgtaaagtgaggtgatcgtttttcttgttatgtaagtgggtagtcacctttatgtggaaattaaaagtattttattttttatttattattgagaaaagccacttctggttattttgacagAATAAATACCCATTTC
AAGGTCATAAGAGAAGTTTTGAAATCCCAAACCCCTATCCCTGTGGCTCTAAATTCAAAAATGGTGCAGCTAGCGATCTACTCACACCTATACTGACAAAAGTCGATCTACCCACATCTGTTGGTAGTTATGGTTTACCCACATCTGCTAGTAGTTATGGTTAGGTGAACAATATTCATTCTGTTGCAGGCCAATTAATG
TAGTTGCAGCAGGCTTGTCGATTGTTGGATCTCAAGCAGCTTCAAGGTCAGAAGGGAAGTTTTGAAATCCCAAACCCCTATCCCTGTGGCTCTAAATTAAAAAATGGTGTATCTATACCGGCAAAAGTTGTATACCCACATCTCCTGGCAGTTTTGGTTTACCCACATCTCCTGGCAGTTATGATTAGGCGAACAATTCA
GGCCTGCTGCAGCTGCATTGAATGGCCTGCAGCAGGCTGAATATTGTTCCAAAAGTTGCAGCTGCATTAAATGACCTTAAATGCTGCTTGAGATCCAAGTGTCAACAGTCTGCTGCAGCTGCATTAAATGGCCTGCAGCAGGGTGAATATTGTTCCAAAAGTTGCAGCTGCATTAGATGACCTTAAATGGCCTGCAGAAT
ATTGTTCCAAAAGTTTTGATTCTGCCTAAGTTTTCTCAAAGAGGGTTTTGAGGGCATCAAAAGTTCTACTTCTGATCATTGATTTCCATGCTTGAGATCCAACTGTCAACAGCCTGCTGCAGCTGCATTAAATGGCCTGCAGCAGGGTGAATATTGTTCCAAAAGTTGCAGCTGCATTAAATGACCTTAAATGCTGCTTG
AGATCCAAGTGTCAACAGTCTGCTGCAGCTGCATTAAATGGC

Intron 3 GTATGGCATC ... TCTGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	58.33	5	12	2
A2	58.33	5	12	2
A3	81.82	1	7	2
A4	56.52	5	5	8
A5	66.67	3	12	0
A6	44	56	45	43
A7	60	9	17	10
A8	54.72	12	6	23
A9	47.95	19	21	14
A10	41.18	10	10	4

>TRINITY_DN40674_c0_g1_i7 from sample A8 / Example spliced isoform

GTTGAAAAGTACCACACAGGTGGTTAGGGTTCCGGAGATAAGCTTATATGAGGCGTGGAGAAGAGGCGAGTAAGTGTATAGGATAATCCTTTCGGCAGGTGGAGGAGGAAGGCAGAGGGGCCTAAGATTGGCAAGAGGAGAAAGGCCTTAGGCTTGTGAGGATGGGAAAAACTCGAACAGTTTCCACTCACTGTTTTGCG
GTCTTTCCTACTCCTCCCAAGCCCATGGCCTTGCCTTCCCTCAATTGGTTTGTGTAAATGTCCTGTCCTCAGATCAGCTTAATGAAGACTACCTAAATCTGCTCAGGCCATTTAATGTAGTTGCAGCAGGCTTGTCGAAATGGTGTATCTATACCGGCAAAAGTTGTATACCCACATCTCCTGGCAGTTATGATTAGGCG
AACAATTCAGGCCTGCTGCAGGCTGAATATTATTGGATAATCCTCCATTGAATTTATAATAATTGATTATTAATAGATTGTGATTCATATTTTTA

>TRINITY_DN40674_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GTTGAAAAGTACCACACAGGTGGTTAGGGTTCCGGAGATAAGCTTATATGAGGCGTGGAGAAGAGGCGAGTAAGTGTATAGGATAATCCTTTCGGCAGGTGGAGGAGGAAGGCAGAGGGGCCTAAGATTGGCAAGAGGAGAAAGGCCTTAGGCTTGTGAGGATGGGAAAAACTCGAACAGTTTCCACTCACTGTTTTGCG
GTCTTTCCTACTCCTCCCAAGCCCATGGCCTTGCCTTCCCTCAATTGGTTTGTGTAAATGTCCTGTCCTCAGATCAGCTTAATGAAGACTACCTAAATCTGCTCAGgtatggcatcgatctaaatgattcagcttgtaattctttgtcgtcttattgtaaaggtttccacgtttgtgttatgccccgccttcagatatgc
tcaatgaagagtaccgaaatctgctcagttatcgcatcgaactaaatgattcagcttgttattctttgtcgttgtattataaaggtttccctggatgtctacaccatttagctgcttttagggtttaggttttttcgttttcgcaaattattttgtgtttccagaaaaaggtttttttatttggacttcaccagatcgtc
aggttgtattgtgttctttgaaatgccattgttgtctccgccttccagtgcttttgactttgtctaactgatttgtgtatggagtgattgatgggttggaagatgtgattttcgtgtaatggattggattccagaaccaaagttaattttcgattaccgttgtggtttataattgctaactggggttgaaagatgatatt
tacccagttaactagtttctccttttatgtttagagagatggatgagatctatagagatgtgaacttgttttattttgttttttattttatgcagagatgtgaacttgttttgtttatttatatattgtaagtggatatacttggaaaactattgtaagtagatttacttggaaaacttgtctacaatcctcgtggatgg
taccaaagctaatcagatcagggattgatcttcactagatctcacccctctctgtctcttcttttgtaaagtgaggtgatcgtttttcttgttatgtaagtgggtagtcacctttatgtggaaattaaaagtattttattttttatttattattgagaaaagccacttctggttattttgacagaataaatacccatttc
aaggtcataagagaagttttgaaatcccaaacccctatccctgtggctctaaattcaaaaatggtgcagctagcgatctactcacacctatactgacaaaagtcgatctacccacatctgttggtagttatggtttacccacatctgctagtagttatggttaggtgaacaatattcattctgttgcagGCCATTTAATG
TAGTTGCAGCAGGCTTGTCGAAATGGTGTATCTATACCGGCAAAAGTTGTATACCCACATCTCCTGGCAGTTATGATTAGGCGAACAATTCAGGCCTGCTGCAGGCTGAATATTATTGGATAATCCTCCATTGAATTTATAATAATTGATTATTAATAGATTGTGATTCATATTTTTA