sp|Q9LZ20|CAAT6_ARATH ----> Cationic amino acid transporter 6, chloroplastic

Intron 1 GTTATTCCAC ... TTGTTCAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.57	10.6	2	15
A2	36.84	6	0	7
A3	40	6.8	3	6
A4	40.28	1.6	1	1
A5	100	0	1	1
A6	34.32	60.8	15.5	48
A7	32.26	68.3	19	46
A8	41.27	80.4	35	78
A9	34.72	85.7	22	69
A10	37.51	78.3	26	68

>TRINITY_DN36510_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

GGTTATTCCAAGTGTCCCAGGCTTCGCTTGGCTCATGGATGACTTGGAATGGGAAGGCGAAAGGGTCCATTTCCCTCATAATCTTGGCTCATTTCTTTCTTTCTCTTCATCAAAGAATTGCTCAATTTCAAGCGTTTTCTTTGTAGGGGAATTCCCGTATATTACCGGTGCAAATCTGATAATGGAATATTTTGTTTCCA
ATGCTCCTGTTGCGCGAAGCTTTACTTTGTATTTCAGCTATGCAATTGGTTTCAAAAATGTCAATAAATGGCTATTCAAAGTGCACAGCTTGCCCGATGGCTTCAACGAGCTAGATCTTATAGCCGCTGCCCTTATTATTGCGCTTACAATATGTATTTTGTACAGTCGACAAGGATGGTCGCTTCCACTCAGGGTTAAG
TTTCCAACCTTCATGACTTTTAAATGTTACGATGGTTGGCGTGGAGGATTTGGATGCTGACAGCGCCTAGCTTGGGGTATAATGAGAGAAGCATGTGGCTCCCTTTTGGGTAAGCACACATCCCTCGGGCTAAGACCTTCCGCCAAGATCAAAAGGGTTTGACGCTGGCATATCAGTACTATTGTAAGCATTTTAGTTCT
AGGTGAATCTGCCTGCATAACTGCTATGCATAGGCTCAGGTTGGCCAATAATGCTTGTTGAATTATCATTCTTGTTTGGGAATGAAACCTTGTTACGGTATTTGTATTTGCATATATATGTTCGTGGCCAGTCTTGAGTTTAAAACCCTGGCACTTCGATTTTTCTTTTTCTGTATTTACAGTTAACATGGTTTGGATAT
TGGATTTACAGTTAACATGGTCTGCTTATTATTATACAATACTTCTGTGCGCTTTCGTCTTCCCAAAACATGTTGGATAAAAATAATAATGGAGATGTATACAAGGGTGTTTCACTCTCTCACCGTTGCTGTTAAATGAATAGATCACTGATATATCATCTGAGCTTGGCACTTTGATTGTCT

>TRINITY_DN36510_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GGTTATTCCAAGTGTCCCAGGCTTCGCTTGGCTCATGGATGACTTGGAATGGGAAGGCGAAAGGGTCCATTTCCCTCATAATCTTGGCTCATTTCTTTCTTTCTCTTCATCAAAGAATTGCTCAATTTCAAGCGTTTTCTTTGTAGGGGAATTCCCGTATATTACCGGTGCAAATCTGATAATGGAATATTTTGTTTCCA
ATGCTCCTGTTGCGCGAAGCTTTACTTTGTATTTCAGCTATGCAATTGGTTTCAAAAATGTCAATAAATGGCTATTCAAAGTGCACAGCTTGCCCGATGGCTTCAACGAGCTAGATCTTATAGCCGCTGCCCTTATTATTGCGCTTACAATATGTATTTTGTACAGGTTTCTATCCTCCCGTCTTTCCTAAACCATTATG
CTAAGATTATTATTTTATATTTATTGGAGTTGACCTACTACCTCCATACTCTACTATGTTTTTCCTTCAGCTTCTAGACTCTTCTCATTGCCATTGCCACCATGAAGTGAGGTGTGATTTGTGATTTGAAAAAAATCTGTGCATTCTCTTTCCAGTCGACAAGGATGGTCGCTTCCACTCAGGGTTAAGTTTCCAACCTT
CATGACTTTTAAATGgttattccacttctcacacacttgaaaaaattactgtatatgaagcttgataatagtttaacatttcgttttgttttagatataatttacaaatcactgacccttatgtatattgttcaaagTTACGATGGTTGGCGTGGAGGATTTGGATGCTGACAGCGCCTAGCTTGGGGTATAATGAGAGA
AGCATGTGGCTCCCTTTTGGGTAAGCACACATCCCTCGGGCTAAGACCTTCCGCCAAGATCAAAAGGGTTTGACGCTGGCATATCAGTACTATTGTAAGCATTTTAGTTCTAGGTGAATCTGCCTGCATAACTGCTATGCATAGGCTCAGGTTGGCCAATAATGCTTGTTGAATTATCATTCTTGTTTGGGAATGAAACC
TTGTTACGGTATTTGTATTTGCATATATATGTTCGTGGCCAGTCTTGAGTTTAAAACCCTGGCACTTCGATTTTTCTTTTTCTGTATTTACAGTTAACATGGTTTGGATATTGGATTTACAGTTAACATGGTCTGCTTATTATTATACAATACTTCTGTGCGCTTTCGTCTTCCCAAAACATGTTGGATAAAAATAATAA
TGGAGATGTATACAAGGGTGTTTCACTCTCTCACCGTTGCTGTTAAATGAATAGATCACTGATATATCATCTGAGCTTGGCACTTTGATTGTCT

Intron 2 GTTAAGTTTC ... TTGTTCAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	57.54	11.8	3	15
A2	49.59	7.3	1	7
A3	51.14	5.8	2	6
A4	31.25	2.5	1	1
A5	100	0	1	1
A6	51.29	45.8	14	48
A7	53.41	40.5	22	46
A8	57.69	57.5	32.5	78
A9	50.08	69	18	69
A10	56.73	52	19	68

>TRINITY_DN36510_c0_g1_i7 from sample A6 / Example spliced isoform

GGTTATTCCAAGTGTCCCAGGCTTCGCTTGGCTCATGGATGACTTGGAATGGGAAGGCGAAAGGGTCCATTTCCCTCATAATCTTGGCTCATTTCTTTCTTTCTCTTCATCAAAGAATTGCTCAATTTCAAGCGTTTTCTTTGTAGGGGAATTCCCGTATATTACCGGTGCAAATCTGATAATGGAATATTTTGTTTCCA
ATGCTCCTGTTGCGCGAAGCTTTACTTTGTATTTCAGCTATGCAATTGGTTTCAAAAATGTCAATAAATGGCTATTCAAAGTGCACAGCTTGCCCGATGGCTTCAACGAGCTAGATCTTATAGCCGCTGCCCTTATTATTGCGCTTACAATATGTATTTTGTACAGGTTTCTATCCTCCCGTCTTTCCTAAACCATTATG
CTAAGATTATTATTTTATATTTATTGGAGTTGACCTACTACCTCCATACTCTACTATGTTTTTCCTTCAGCTTCTAGACTCTTCTCATTGCCATTGCCACCATGAAGTGAGGTGTGATTTGTGATTTGAAAAAAATCTGTGCATTCTCTTTCCAGTCGACAAGGATGGTCGCTTCCACTCAGGTTACGATGGTTGGCGTG
GAGGATTTGGATGCTGACAGCGCCTAGCTTGGGGTATAATGAGAGAAGCATGTGGCTCCCTTTTGGGTAAGCACACATCCCTCGGGCTAAGACCTTCCGCCAAGATCAAAAGGGTTTGACGCTGGCATATCAGTACTATTGTAAGCATTTTAGTTCTAGGTGAATCTGCCTGCATAACTGCTATGCATAGGCTCAGGTTG
GCCAATAATGCTTGTTGAATTATCATTCTTGTTTGGGAATGAAACCTTGTTACGGTATTTGTATTTGCATATATATGTTCGTGGCCAGTCTTGAGTTTAAAACCCTGGCACTTCGATTTTTCTTTTTCTGTATTTACAGTTAACATGGTTTGGATATTGGATTTACAGTTAACATGGTCTGCTTATTATTATACAATACT
TCTGTGCGCTTTCGTCTTCCCAAAACATGTTGGATAAAAATAATAATGGAGATGTATACAAGGGTGTTTCACTCTCTCACCGTTGCTGTTAAATGAATAGATCACTGATATATCATCTGAGCTTGGCACTTTGATTGTCT

>TRINITY_DN36510_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GGTTATTCCAAGTGTCCCAGGCTTCGCTTGGCTCATGGATGACTTGGAATGGGAAGGCGAAAGGGTCCATTTCCCTCATAATCTTGGCTCATTTCTTTCTTTCTCTTCATCAAAGAATTGCTCAATTTCAAGCGTTTTCTTTGTAGGGGAATTCCCGTATATTACCGGTGCAAATCTGATAATGGAATATTTTGTTTCCA
ATGCTCCTGTTGCGCGAAGCTTTACTTTGTATTTCAGCTATGCAATTGGTTTCAAAAATGTCAATAAATGGCTATTCAAAGTGCACAGCTTGCCCGATGGCTTCAACGAGCTAGATCTTATAGCCGCTGCCCTTATTATTGCGCTTACAATATGTATTTTGTACAGGTTTCTATCCTCCCGTCTTTCCTAAACCATTATG
CTAAGATTATTATTTTATATTTATTGGAGTTGACCTACTACCTCCATACTCTACTATGTTTTTCCTTCAGCTTCTAGACTCTTCTCATTGCCATTGCCACCATGAAGTGAGGTGTGATTTGTGATTTGAAAAAAATCTGTGCATTCTCTTTCCAGTCGACAAGGATGGTCGCTTCCACTCAGGgttaagtttccaacctt
catgacttttaaatggttattccacttctcacacacttgaaaaaattactgtatatgaagcttgataatagtttaacatttcgttttgttttagatataatttacaaatcactgacccttatgtatattgttcaaagTTACGATGGTTGGCGTGGAGGATTTGGATGCTGACAGCGCCTAGCTTGGGGTATAATGAGAGA
AGCATGTGGCTCCCTTTTGGGTAAGCACACATCCCTCGGGCTAAGACCTTCCGCCAAGATCAAAAGGGTTTGACGCTGGCATATCAGTACTATTGTAAGCATTTTAGTTCTAGGTGAATCTGCCTGCATAACTGCTATGCATAGGCTCAGGTTGGCCAATAATGCTTGTTGAATTATCATTCTTGTTTGGGAATGAAACC
TTGTTACGGTATTTGTATTTGCATATATATGTTCGTGGCCAGTCTTGAGTTTAAAACCCTGGCACTTCGATTTTTCTTTTTCTGTATTTACAGTTAACATGGTTTGGATATTGGATTTACAGTTAACATGGTCTGCTTATTATTATACAATACTTCTGTGCGCTTTCGTCTTCCCAAAACATGTTGGATAAAAATAATAA
TGGAGATGTATACAAGGGTGTTTCACTCTCTCACCGTTGCTGTTAAATGAATAGATCACTGATATATCATCTGAGCTTGGCACTTTGATTGTCT

Intron 3 GTTTCTATCC ... TTTCCTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.81	13.7	5	4
A2	27.27	12	6	3
A3	25	6	1	3
A4	27.27	8	1	5
A5	10	9	2	0
A6	40.16	38	32	19
A7	38.61	51.7	40	25
A8	33.71	58	41	18
A9	33.4	49.8	36	14
A10	36.54	53.8	42	20

>TRINITY_DN36510_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

GGTTATTCCAAGTGTCCCAGGCTTCGCTTGGCTCATGGATGACTTGGAATGGGAAGGCGAAAGGGTCCATTTCCCTCATAATCTTGGCTCATTTCTTTCTTTCTCTTCATCAAAGAATTGCTCAATTTCAAGCGTTTTCTTTGTAGGGGAATTCCCGTATATTACCGGTGCAAATCTGATAATGGAATATTTTGTTTCCA
ATGCTCCTGTTGCGCGAAGCTTTACTTTGTATTTCAGCTATGCAATTGGTTTCAAAAATGTCAATAAATGGCTATTCAAAGTGCACAGCTTGCCCGATGGCTTCAACGAGCTAGATCTTATAGCCGCTGCCCTTATTATTGCGCTTACAATATGTATTTTGTACAGCTTCTAGACTCTTCTCATTGCCATTGCCACCATG
AAGTGAGGTGTGATTTGTGATTTGAAAAAAATCTGTGCATTCTCTTTCCAGTCGACAAGGATGGTCGCTTCCACTCAGGGTTAAGTTTCCAACCTTCATGACTTTTAAATGTTACGATGGTTGGCGTGGAGGATTTGGATGCTGACAGCGCCTAGCTTGGGGTATAATGAGAGAAGCATGTGGCTCCCTTTTGGGTAAGC
ACACATCCCTCGGGCTAAGACCTTCCGCCAAGATCAAAAGGGTTTGACGCTGGCATATCAGTACTATTGTAAGCATTTTAGTTCTAGGTGAATCTGCCTGCATAACTGCTATGCATAGGCTCAGGTTGGCCAATAATGCTTGTTGAATTATCATTCTTGTTTGGGAATGAAACCTTGTTACGGTATTTGTATTTGCATAT
ATATGTTCGTGGCCAGTCTTGAGTTTAAAACCCTGGCACTTCGATTTTTCTTTTTCTGTATTTACAGTTAACATGGTTTGGATATTGGATTTACAGTTAACATGGTCTGCTTATTATTATACAATACTTCTGTGCGCTTTCGTCTTCCCAAAACATGTTGGATAAAAATAATAATGGAGATGTATACAAGGGTGTTTCAC
TCTCTCACCGTTGCTGTTAAATGAATAGATCACTGATATATCATCTGAGCTTGGCACTTTGATTGTCT

>TRINITY_DN36510_c0_g1_i6 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GGTTATTCCAAGTGTCCCAGGCTTCGCTTGGCTCATGGATGACTTGGAATGGGAAGGCGAAAGGGTCCATTTCCCTCATAATCTTGGCTCATTTCTTTCTTTCTCTTCATCAAAGAATTGCTCAATTTCAAGCGTTTTCTTTGTAGGGGAATTCCCGTATATTACCGGTGCAAATCTGATAATGGAATATTTTGTTTCCA
ATGCTCCTGTTGCGCGAAGCTTTACTTTGTATTTCAGCTATGCAATTGGTTTCAAAAATGTCAATAAATGGCTATTCAAAGTGCACAGCTTGCCCGATGGCTTCAACGAGCTAGATCTTATAGCCGCTGCCCTTATTATTGCGCTTACAATATGTATTTTGTACAGgtttctatcctcccgtctttcctaaaccattatg
ctaagattattattttatatttattggagttgacctactacctccatactctactatgtttttccttcagCTTCTAGACTCTTCTCATTGCCATTGCCACCATGAAGTGAGGTGTGATTTGTGATTTGAAAAAAATCTGTGCATTCTCTTTCCAGTCGACAAGGATGGTCGCTTCCACTCAGGGTTAAGTTTCCAACCTT
CATGACTTTTAAATGTTACGATGGTTGGCGTGGAGGATTTGGATGCTGACAGCGCCTAGCTTGGGGTATAATGAGAGAAGCATGTGGCTCCCTTTTGGGTAAGCACACATCCCTCGGGCTAAGACCTTCCGCCAAGATCAAAAGGGTTTGACGCTGGCATATCAGTACTATTGTAAGCATTTTAGTTCTAGGTGAATCTG
CCTGCATAACTGCTATGCATAGGCTCAGGTTGGCCAATAATGCTTGTTGAATTATCATTCTTGTTTGGGAATGAAACCTTGTTACGGTATTTGTATTTGCATATATATGTTCGTGGCCAGTCTTGAGTTTAAAACCCTGGCACTTCGATTTTTCTTTTTCTGTATTTACAGTTAACATGGTTTGGATATTGGATTTACAG
TTAACATGGTCTGCTTATTATTATACAATACTTCTGTGCGCTTTCGTCTTCCCAAAACATGTTGGATAAAAATAATAATGGAGATGTATACAAGGGTGTTTCACTCTCTCACCGTTGCTGTTAAATGAATAGATCACTGATATATCATCTGAGCTTGGCACTTTGATTGTCT

Intron 4 GTTTCTATCC ... CTCTTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	4	5	3
A2	42.4	5	6	1.4
A3	33.33	4	1	3
A4	100	0	1	5
A5	56.25	1	2	0.6
A6	40.55	37	32	18.5
A7	34.56	66	40	30
A8	37.84	58	41	29.8
A9	34.76	53	36	20.5
A10	38.01	56	42	27.1

>TRINITY_DN36510_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

GGTTATTCCAAGTGTCCCAGGCTTCGCTTGGCTCATGGATGACTTGGAATGGGAAGGCGAAAGGGTCCATTTCCCTCATAATCTTGGCTCATTTCTTTCTTTCTCTTCATCAAAGAATTGCTCAATTTCAAGCGTTTTCTTTGTAGGGGAATTCCCGTATATTACCGGTGCAAATCTGATAATGGAATATTTTGTTTCCA
ATGCTCCTGTTGCGCGAAGCTTTACTTTGTATTTCAGCTATGCAATTGGTTTCAAAAATGTCAATAAATGGCTATTCAAAGTGCACAGCTTGCCCGATGGCTTCAACGAGCTAGATCTTATAGCCGCTGCCCTTATTATTGCGCTTACAATATGTATTTTGTACAGTCGACAAGGATGGTCGCTTCCACTCAGGGTTAAG
TTTCCAACCTTCATGACTTTTAAATGTTACGATGGTTGGCGTGGAGGATTTGGATGCTGACAGCGCCTAGCTTGGGGTATAATGAGAGAAGCATGTGGCTCCCTTTTGGGTAAGCACACATCCCTCGGGCTAAGACCTTCCGCCAAGATCAAAAGGGTTTGACGCTGGCATATCAGTACTATTGTAAGCATTTTAGTTCT
AGGTGAATCTGCCTGCATAACTGCTATGCATAGGCTCAGGTTGGCCAATAATGCTTGTTGAATTATCATTCTTGTTTGGGAATGAAACCTTGTTACGGTATTTGTATTTGCATATATATGTTCGTGGCCAGTCTTGAGTTTAAAACCCTGGCACTTCGATTTTTCTTTTTCTGTATTTACAGTTAACATGGTTTGGATAT
TGGATTTACAGTTAACATGGTCTGCTTATTATTATACAATACTTCTGTGCGCTTTCGTCTTCCCAAAACATGTTGGATAAAAATAATAATGGAGATGTATACAAGGGTGTTTCACTCTCTCACCGTTGCTGTTAAATGAATAGATCACTGATATATCATCTGAGCTTGGCACTTTGATTGTCT

>TRINITY_DN36510_c0_g1_i6 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GGTTATTCCAAGTGTCCCAGGCTTCGCTTGGCTCATGGATGACTTGGAATGGGAAGGCGAAAGGGTCCATTTCCCTCATAATCTTGGCTCATTTCTTTCTTTCTCTTCATCAAAGAATTGCTCAATTTCAAGCGTTTTCTTTGTAGGGGAATTCCCGTATATTACCGGTGCAAATCTGATAATGGAATATTTTGTTTCCA
ATGCTCCTGTTGCGCGAAGCTTTACTTTGTATTTCAGCTATGCAATTGGTTTCAAAAATGTCAATAAATGGCTATTCAAAGTGCACAGCTTGCCCGATGGCTTCAACGAGCTAGATCTTATAGCCGCTGCCCTTATTATTGCGCTTACAATATGTATTTTGTACAGgtttctatcctcccgtctttcctaaaccattatg
ctaagattattattttatatttattggagttgacctactacctccatactctactatgtttttccttcagcttctagactcttctcattgccattgccaccatgaagtgaggtgtgatttgtgatttgaaaaaaatctgtgcattctctttccagTCGACAAGGATGGTCGCTTCCACTCAGGGTTAAGTTTCCAACCTT
CATGACTTTTAAATGTTACGATGGTTGGCGTGGAGGATTTGGATGCTGACAGCGCCTAGCTTGGGGTATAATGAGAGAAGCATGTGGCTCCCTTTTGGGTAAGCACACATCCCTCGGGCTAAGACCTTCCGCCAAGATCAAAAGGGTTTGACGCTGGCATATCAGTACTATTGTAAGCATTTTAGTTCTAGGTGAATCTG
CCTGCATAACTGCTATGCATAGGCTCAGGTTGGCCAATAATGCTTGTTGAATTATCATTCTTGTTTGGGAATGAAACCTTGTTACGGTATTTGTATTTGCATATATATGTTCGTGGCCAGTCTTGAGTTTAAAACCCTGGCACTTCGATTTTTCTTTTTCTGTATTTACAGTTAACATGGTTTGGATATTGGATTTACAG
TTAACATGGTCTGCTTATTATTATACAATACTTCTGTGCGCTTTCGTCTTCCCAAAACATGTTGGATAAAAATAATAATGGAGATGTATACAAGGGTGTTTCACTCTCTCACCGTTGCTGTTAAATGAATAGATCACTGATATATCATCTGAGCTTGGCACTTTGATTGTCT