NA ----> NA

Intron 1 GTATGGGGTA ... TGTAGCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	79.39	5	6.3	32.3
A2	67.17	8	7.3	25.7
A3	85.93	3	13.3	23.3
A4	79.97	2	4.7	11.3
A5	72.69	3	2.7	13.3
A6	-1	0	1.3	0
A7	87.4	1	10	4
A8	68.41	5	9	12.7
A9	70.7	2	8	1.7
A10	62.19	3	5	5

>TRINITY_DN45216_c2_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

CAAGGAAGAGGAGGGGAAAAGGTAGAGGCAAAGGGTGAGTTCTACATTTGTTGATAAAAACCCATATTGTGTATTTAGGGTTGATGCATATTTATAGGTACAATGGGCAAGGAGAAGGCGAAGGAGTAGGAGAGGCAATGTAGTGGAGGTAAAGGAAGGTGGATGGTTGTTGATGGAACTGCTGGAATGTCTTTGTGTGA
GAGAGTTAAAAGAAGGTGGATGATTGTTGATGAAACCACCATAATGTTTGTGTGGGGGAGATATGGGCTATTTAGTGAGTAAACAGAGTCATATGCGTGTCCTTGGTTGGAGATGGAAGCTTTTTGGGGTTGCAAATCGGAG

>TRINITY_DN45216_c2_g1_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CAAGGAAGAGGAGGGGAAAAGGTAGAGGCAAAGGGTGAGTTCTACATTTGTTGATAAAAACCCATATTGTGTATTTAGGGTTGATGCATATTTATAGGTACAATGGGCAAGGAGAAGGCGAAGGAGTAGGAGGTATGCATTGTTTTATGGCAGTTTAACTTAACTCATTTGTTCTTGCATTAACTCATTTGTTGTTGCAT
CATTATATCATGTGTTTGTTTAAATTTAGAGGCAATGTAGTGGAGGTAAAGGAAGGTGGATGGTTGTTGATGGAACTGCTGGAATGTCTTTGTGTGAGAGAGgtatggggtagtgagtaaacatgggccatgaagtatgcatggtttcaattttgtttctttaaattagagtcattaaattatttgtcatttctttattt
attgagtgcaagggggagtagaaggctaaggagtgggaggtatggatttaaattctaagccagttgaacttaacacttttgttgttagatcattatatcacgtgtttgtttaaatttcaatgcaatgtagcacagTTAAAAGAAGGTGGATGATTGTTGATGAAACCACCATAATGTTTGTGTGGGGGAGATATGGGCTA
TCTAGTGAGTAAACAGAGTCATATGGGGTTGGGGAAATTAGGTCTTGTCTAATTAACCCATTTTGTGGATATATACAAGCACAACAAGTGAAGGTGAAGCTTGAGGTGGTATGTATGGTTACATTTGTGTTTGTTAAATTATAGGCATCTTACATTACTTGTCTTTTATTTAATTATTGACTGCAATGCAATGCATGTAA
AGGAATGGGTTGGTTCACTATTGAAATATCTATGTAAGAGAGATTGTATTAGAGGCAGAGG

Intron 2 GTATGGGGTA ... GGGCCATGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	48.84	11	6	15
A2	66.67	2	3	5
A3	40	12	6	10
A4	100	0	2	2
A5	33.33	3	1	2
A6	100	0	2	0
A7	-1	0	0	0
A8	100	0	3	3
A9	71.43	2	4	6
A10	71.43	1	2	3

>TRINITY_DN132847_c7_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

TCTTAATTTTATCATGTATGTTTGTTTAAATTTAGAGGCAATGTAGTGGAGGTAAAGGAAGGTGGATGGTTGTTGATGGAACTGCTGGAATGTCTTTGTGTGAGAGAGGTGTGAAGGTAGAGGCAGAGGGTGAGTCCTACATTTTTTTGATAACAACCCATATTGTGGGTTTAGGGTTGATGCATATTTACAGGTAGTCA
GGTACAATGGGGGAGTAGAAGGCTAAGGAGTGGGAGGTGTGGATTTAAATTCTAAGCCAGTTGAACTTAACACTTTTGTTGTTAGATCATTATATCACGTGTTTGTTTAAATTTCAATGCAATGTAGCACAGTTAAAAGAAGGTGGATGATTGTTGTTGAAACCACCATAATGTTTGTGTGGGGGAGATATGGG

>TRINITY_DN132847_c7_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TCTTAATTTTATCATGTATGTTTGTTTAAATTTAGAGGCAATGTAGTGGAGGTAAAGGAAGGTGGATGGTTGTTGATGGAACTGCTGGAATGTCTTTGTGTGAGAGAGgtatggggtagtgagtaaacatgggccatgagGTGTGAAGGTAGAGGCAGAGGGTGAGTCCTACATTTTTTTGATAACAACCCATATTGTGG
GTTTAGGGTTGATGCATATTTACAGGTAGTCAGGTACAATGGGGGAGTAGAAGGCTAAGGAGTGGGAGGTGTGGATTTAAATTCTAAGCCAGTTGAACTTAACACTTTTGTTGTTAGATCATTATATCACGTGTTTGTTTAAATTTCAATGCAATGTAGCACAGTTAAAAGAAGGTGGATGATTGTTGTTGAAACCACCA
TAATGTTTGTGTGGGGGAGATATGGG

Intron 3 GTATGGGGTA ... TTGTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	42.11	11	4	12
A2	55.56	2	3	2
A3	41.46	12	10	7
A4	100	0	6	4
A5	33.33	3	2	1
A6	100	0	2	0
A7	100	0	7	0
A8	100	0	9	1
A9	75	2	8	4
A10	75	1	5	1

>TRINITY_DN132847_c7_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

TCTTAATTTTATCATGTATGTTTGTTTAAATTTAGAGGCAATGTAGTGGAGGTAAAGGAAGGTGGATGGTTGTTGATGGAACTGCTGGAATGTCTTTGTGTGAGAGAGGTGTGAAGGTAGAGGCAGAGGGTGAGTCCTACATTTTTTTGATAACAACCCATATTGTGGGTTTAGGGTTGATGCATATTTACAGGTAGTCA
GGTACAATGGGGGAGTAGAAGGCTAAGGAGTGGGAGGTGTGGATTTAAATTCTAAGCCAGTTGAACTTAACACTTTTGTTGTTAGATCATTATATCACGTGTTTGTTTAAATTTCAATGCAATGTAGCACAGTTAAAAGAAGGTGGATGATTGTTGTTGAAACCACCATAATGTTTGTGTGGGGGAGATATGGG

>TRINITY_DN132847_c7_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TCTTAATTTTATCATGTATGTTTGTTTAAATTTAGAGGCAATGTAGTGGAGGTAAAGGAAGGTGGATGGTTGTTGATGGAACTGCTGGAATGTCTTTGTGTGAGAGAGgtatggggtagtgagtaaacatgggccatgaagtatgcatggtttcaattttgtttgtttaaattagagtcattaaattatttgtcatttct
ttatttattgagtgcaagggggtaagggaaggtgggggatctctaatggcattgttgatatatccttgtgtgcagGTGTGAAGGTAGAGGCAGAGGGTGAGTCCTACATTTTTTTGATAACAACCCATATTGTGGGTTTAGGGTTGATGCATATTTACAGGTAGTCAGGTACAATGGGGGAGTAGAAGGCTAAGGAGTGG
GAGGTGTGGATTTAAATTCTAAGCCAGTTGAACTTAACACTTTTGTTGTTAGATCATTATATCACGTGTTTGTTTAAATTTCAATGCAATGTAGCACAGTTAAAAGAAGGTGGATGATTGTTGTTGAAACCACCATAATGTTTGTGTGGGGGAGATATGGG

Intron 4 GTATGCATTG ... TTAAATTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	61.3	3.5	3	8
A2	80	2.5	6	9
A3	55.06	8.5	7	13
A4	47.76	11.5	16	5
A5	60.61	4	7	5
A6	73.33	2	6	5
A7	77.78	3	14	7
A8	50.11	5.5	4	7
A9	58.55	4	5	6
A10	57.28	4.5	7	5

>TRINITY_DN45216_c2_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

CAAGGAAGAGGAGGGGAAAAGGTAGAGGCAAAGGGTGAGTTCTACATTTGTTGATAAAAACCCATATTGTGTATTTAGGGTTGATGCATATTTATAGGTACAATGGGCAAGGAGAAGGCGAAGGAGTAGGAGAGGCAATGTAGTGGAGGTAAAGGAAGGTGGATGGTTGTTGATGGAACTGCTGGAATGTCTTTGTGTGA
GAGAGTTAAAAGAAGGTGGATGATTGTTGATGAAACCACCATAATGTTTGTGTGGGGGAGATATGGGCTATTTAGTGAGTAAACAGAGTCATATGCGTGTCCTTGGTTGGAGATGGAAGCTTTTTGGGGTTGCAAATCGGAG

>TRINITY_DN45216_c2_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CAAGGAAGAGGAGGGGAAAAGGTAGAGGCAAAGGGTGAGTTCTACATTTGTTGATAAAAACCCATATTGTGTATTTAGGGTTGATGCATATTTATAGGTACAATGGGCAAGGAGAAGGCGAAGGAGTAGGAGgtatgcattgttttatggcagtttaacttaactcatttgttcttgcattaactcatttgttgttgcat
cattatatcatgtgtttgtttaaatttagAGGCAATGTAGTGGAGGTAAAGGAAGGTGGATGGTTGTTGATGGAACTGCTGGAATGTCTTTGTGTGAGAGAGGTATGGGGTAGTGAGTAAACATGGGCCATGAAGTATGCATGGTTTCAATTTTGTTTCTTTAAATTAGAGTCATTAAATTATTTGTCATTTCTTTATTT
ATTGAGTGCAAGGGGGAGTAGAAGGCTAAGGAGTGGGAGGTATGGATTTAAATTCTAAGCCAGTTGAACTTAACACTTTTGTTGTTAGATCATTATATCACGTGTTTGTTTAAATTTCAATGCAATGTAGTGCAGTTAAAAGAAGGTGGATGATTGTTGATGAAACCACCATAATGTTTGTGTGGGGGAGATATGGGCTA
TTTAGTGAGTAAACAGAGTCATATGCGTGTCCTTGGTTGGAGATGGAAGCTTTTTGGGGTTGCAAATCGGAG