sp|Q94BY9|GAP22_ARATH ----> Rab GTPase-activating protein 22
Intron 1 GTCCACTTAA ... GTTGTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 30.22 | 28 | 8 | 16.5 |
| A2 | 25.32 | 30 | 14 | 6.5 |
| A3 | 38.46 | 11 | 7 | 7 |
| A4 | 39.39 | 18 | 14 | 9.5 |
| A5 | 58.95 | 4 | 6 | 5.5 |
| A6 | 30.8 | 15 | 7 | 6.5 |
| A7 | 9.77 | 18 | 2 | 2 |
| A8 | 28.73 | 11 | 3 | 6 |
| A9 | 21.43 | 11 | 4 | 2 |
| A10 | 27.34 | 23 | 11 | 6.5 |
>TRINITY_DN40751_c2_g2_i2 from sample A9 / Example spliced isoformTGTAGAAAGAGGAGCAAGGGCAGAAAATCATCTATCCGTTGGAAGGAAGGATATTTATATCAAACAATTTAACATTTACCTTCTCCTTTATCCATGCTCTTCTGTGTTTGTGTGATTGGGTTTCTGGGTTTGAGTGGAATATGAATCTGTGATAACGTGTCTTAGTCTGTGTGTGGTTTAATGTCTGAGTGACTTTGTAT
GATTGGGTTTCCGTGATTGAATGGAATATGAGTCTGTGTGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAGGAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAACGAGCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAA
TGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAGGAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAA
CGAGCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAATGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCGCTATATATGGTATTTGAATTTATGGACTGTGACCTTCGAGATTTCTATCACAGATATTTAACCAACTATGAATCACTACCG
CCCATGATCGTCAAGAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAGGCACGGAGTTATACACAGAGACTTGAAACCTCGGAATATATTAGTGAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATGGGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCT
ATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAACTTTGCAATTGACATTTGGGCTATTGGGTGCATTTTTGGTACAGTACATTCCATTTCGTATAAAGTTTTCTGGTTTGTATGGTTTATTCAGTTTAAAAAAAGAGTTAATGGTAATTGTTGTAACTAATTATGCAGCTGAATTGTGTATTATGGAG
CCTTTCTTTCAAGGAGATACCCATACTAAATATCATCAAATAATTAAGATATTCCAGTGAGTTTAAGTATTTTTAATCTCAAAAAAGTGTTTACTGTAATTGTATTGTCTTTTTGGTCGAAATAAAATTACCATAGTTTTGCTTTGGTCTTTCAGGGTAATAGGAACTCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAAGTCA
GCTTAAGTATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGCCTCGGGATTTGGGACATCTCATTCCAAATTTAGATGAATGTGGTTTGGACTTGTTATCAGTAAGATACTCTGCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTTACTTATTTAAGACTAAATAAATTTGATTGCCATAAATATATCTTCTTTTAGAAATGCTT
ATGTAAATTTTAATAAAAAAAAAATTATGCAG
>TRINITY_DN40751_c2_g2_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:ATTTATGATAATCCATAAAATAACTTTTCAAACACATAAATTAATATTATACTAGTAACGGATAGGATCACTTTATAAAGGCATGGTAAGAGTTGATACAAGTGGCAAAATGGCTTAGTGGTGGATTTGATAGAGAGAATATGTTAGGATAGAGCTCAATGATTACAGAAATTGAAATTAAGTGTAAACTGCCATCTCAT
TAATTAGTTAATGATATGATTATTTAATTAGTAAAGTCTATTTGTTTCTTAATACTTGCAAACAAGTTAACAGATTTATTTGCCGCCCTCCCATCACTAACTAAGAAGATCCGTCAAATCTTATCCATAGAATACATAATCTTAATTAAAAGCATGCAATGCAGTACGTTGTATCAAAATTACACCTAATATGGTATGGT
ATGGGTTATGGGCTTAATAAGAGAAAATATTTTGAGAGACAGTGTCCGAGGATATTATGGAGTCATGAGTCACAATCATTATCATAATTACAGTTTGAAACCAAAATTCTAAGTTAGATATATATGAGGATCGTGGATTGTGCTTTATAATGTAGCGATTGATTAATATTTGCCTTAATCAATTTATAATGTATCAATCA
AGGATTGTGCTTTACAACAACGAGGGAGTCATAAACTCAACAACATCTACGAAATCTGAAGAATAGTCGTGTCTTTTCGTTTCGAGGATTTTGAGTTCAATAAATCTATGGATCATATTTTTTACAGGCAAATCATATCCACATTGTGCAGTAGATTGCATCTGTAAATATTTCTCGTATCTTCGCCTGTGAAGCCATTT
TGATTTCTCAACGATTCTGCCGATCTCCTATCTTTTGTCTAAAGTAAACATGGAGAAGTATGACCTACTAGACAAAATCGGAGAGGGATCATATGGGAAGGTTTTCAAGGGTAGAGTCAGAGCAACAGGTCAGATGGTGGCTCTCAAGAGAACATGTTCCCAGTTCAATGGCGAAGGGGTTCCTTCCAGTTCTCTCAGAG
AAATCGCAAATCTCAAGTTGCTCTCCCGTGGTGAAAACATTGTCAAGTATGTATGTTTTTATTTTTATTTTCACGTTTTTATTGCATATAAAGCAAAATTCGGTGGATTCTGATACCTGGCCCAAGTTTGTTTAATGTAATATTTAAAAAATTAAAATTAAAAATACAATGAAATGTGTAATATCCTTGGAATCAAGAAT
AGTAGGATAATCATGTAACCATCTTATCTTCCCTTATTTTAAATGGATTTCTTAGAAATCAAAGTTCAAATAAATTTGGAGTATTGATCCATTTTGCCAGCATTTGAGTTAGATTAGAAGACACTAAAACCTTTAGAACTGGTAACATTTAAAGCTAAACTGATAAGATTTTTAGTTTAATTTTTTAAATAAAATAGATT
CATTTTCTTATAAGATTATCCTATTCTTAAATCAAAATATATATAAATAATACATTTAAGAGTATAAACACTGGTTTATTCTCACGTTCAATGACCGGCTAAATTATTCCAGAGTTAATTGCTTTGCGAATTCGCTTATACTCTGCAGGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCGCTATAT
ATGGTATTTGAATTTATGGACTGTGACCTTCGAGATTTCTATCACAGATATTTAACCAACTATGAATCACTACCGCCCATGATCGTCAAGgtccacttaatatatatattttcaatgcattgcattgtgcatagtataacgctgtattgtttatatcgtacacgaattataatttttattttgttgttgagaatatcgct
gttgttgcagAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAGGCACGGAGTTATACACAGGTCACTCTTATATTTTCTTCTGTTGTGAGCTCAGCTGATATTTTAAAATATATATTTGTATTAACGTATCCGATGTTATGCATACGATTTTGGGATTGCAGAGACTTGAAACCTCGGAATATATTAGT
GAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATGGGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCTATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAACTTTGCAATTGACATTTGGGCTATTGGGTGCATTTTTGCTGAATTGTGTATTATGGAGC
CTTTCTTTCAAGGAGATACCCATACTAAATATCATCAAATAATTAAGATATTCCAGGTAATAGGAACTCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAAGTCAGCTTAAGTATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGCCTCGGGATTTGGGACATCTCATTCCAAATTTAGATGAATGTGGTTTGGACTTGTTATCAGTA
AGATACTCTGCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTTACTTATTTAAGACTAAATAAATTTGATTGCCATAAATATATCTTCTTTTAGAAATGCTTATGTAAATTTTAATAAAAAAAAAATTATGCAG
Intron 2 GTCTCTCTTC ... CCCATTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 38.24 | 21 | 16 | 10 |
| A2 | 34.61 | 38.8 | 31 | 10 |
| A3 | 42.01 | 15.3 | 17 | 5 |
| A4 | 30.55 | 18.3 | 12 | 4 |
| A5 | 43.81 | 13.5 | 15 | 6 |
| A6 | 20.95 | 5.8 | 2 | 1 |
| A7 | 66.67 | 3 | 5 | 7 |
| A8 | 16.81 | 7.5 | 2 | 1 |
| A9 | 31.16 | 15.5 | 9 | 5 |
| A10 | 35.97 | 12.5 | 10 | 4 |
>TRINITY_DN40751_c2_g2_i5 from sample A9 / Example spliced isoformTGTAGAAAGAGGAGCAAGGGCAGAAAATCATCTATCCGTTGGAAGGAAGGATATTTATATCAAACAATTTAACATTTACCTTCTCCTTTATCCATGCTCTTCTGTGTTTGTGTGATTGGGTTTCTGGGTTTGAGTGGAATATGAATCTGTGATAACGTGTCTTAGTCTGTGTGTGGTTTAATGTCTGAGTGACTTTGTAT
GATTGGGTTTCCGTGATTGAATGGAATATGAGTCTGTGTGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAGGAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAACGAGCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAA
TGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAGGAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAA
CGAGCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAATGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGTACATAAAATTATTATTCCCTCTCAGCACGTATCTTAGAAGCAATCTCATTGAATTCTGTCAATTTCTTGGGCGTTGCAATGAGGGTTGGGTTCTGTTCTTCAGCGTTGCGACTAGGGTTGGGTTT
TGTTCTAAGCAGAATGGTTTTTTATTATTTCCTCTGAGTTCTTCTAATTTGCTCTCAGAAGCAGTTATTATTTCCTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCGCTATATATGGTATTTGAATTTATGGACTGTGACCTTCGAGATTTCTATCACAGATATTTAACCAACTATGAATCACTACCG
CCCATGATCGTCAAG
>TRINITY_DN40751_c2_g2_i7 from sample A9 / Example unspliced isoform:TGTAGAAAGAGGAGCAAGGGCAGAAAATCATCTATCCGTTGGAAGGAAGGATATTTATATCAAACAATTTAACATTTACCTTCTCCTTTATCCATGCTCTTCTGTGTTTGTGTGATTGGGTTTCTGGGTTTGAGTGGAATATGAATCTGTGATAACGTGTCTTAGTCTGTGTGTGGTTTAATGTCTGAGTGACTTTGTAT
GATTGGGTTTCCGTGATTGAATGGAATATGAGTCTGTGTGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAGGAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAACGAGCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAA
TGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAGGAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAA
CGAGCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAATGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGgtctctcttcgcaggtgattatttaaccacatcacatcgcactcccattccagGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCGCTATATATGGTATTTGAATTTATGGACT
GTGACCTTCGAGATTTCTATCACAGATATTTAACCAACTATGAATCACTACCGCCCATGATCGTCAAGAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAGGCACGGAGTTATACACAGGTCACTCTTATATTTTCTTCTGTTGTGAGCTCAGCTGATATTTTAAAATATATATTTGTATTAACGTATC
CGATGTTATGCATACGATTTTGGGATTGCAGAGACTTGAAACCTCGGAATATATTAGTGAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATGGGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCTATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAAC
TTTGCAATTGACATTTGGGCTATTGGGTGCATTTTTGGTACAGTACATTCCATTTCGTATAAAGTTTTCTGGTTTGTATGGTTTATTCAGTTTAAAAAAAGAGTTAATGGTAATTGTTGTAACTAATTATGCAGCTGAATTGTGTATTATGGAGCCTTTCTTTCAAGGAGATACCCATACTAAATATCATCAAATAATTA
AGATATTCCAGTGAGTTTAAGTATTTTTAATCTCAAAAAAGTGTTTACTGTAATTGTATTGTCTTTTTGGTCGAAATAAAATTACCATAGTTTTGCTTTGGTCTTTCAGGGTAATAGGAACTCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAAGTCAGCTTAAGTATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGCCTCGGGAT
TTGGGACATCTCATTCCAAATTTAGATGAATGTGGTTTGGACTTGTTATCAGTAAGATACTCTGCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTTACTTATTTAAGACTAAATAAATTTGATTGCCATAAATATATCTTCTTTTAGAAATGCTTATGTAAATTTTAATAAAAAAAAAATTATGCAG
Intron 3 GCAAATCATA ... TACTCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 40.85 | 21 | 16 | 13 |
| A2 | 36.92 | 41 | 34 | 14 |
| A3 | 43.86 | 16 | 20 | 5 |
| A4 | 37.7 | 19 | 17 | 6 |
| A5 | 40.43 | 14 | 15 | 4 |
| A6 | 17.65 | 7 | 3 | 0 |
| A7 | 64.71 | 3 | 6 | 5 |
| A8 | 28 | 9 | 4 | 3 |
| A9 | 35.85 | 17 | 14 | 5 |
| A10 | 50 | 13 | 19 | 7 |
>TRINITY_DN40751_c2_g2_i2 from sample A9 / Example spliced isoformTGTAGAAAGAGGAGCAAGGGCAGAAAATCATCTATCCGTTGGAAGGAAGGATATTTATATCAAACAATTTAACATTTACCTTCTCCTTTATCCATGCTCTTCTGTGTTTGTGTGATTGGGTTTCTGGGTTTGAGTGGAATATGAATCTGTGATAACGTGTCTTAGTCTGTGTGTGGTTTAATGTCTGAGTGACTTTGTAT
GATTGGGTTTCCGTGATTGAATGGAATATGAGTCTGTGTGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAGGAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAACGAGCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAA
TGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAGGAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAA
CGAGCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAATGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCGCTATATATGGTATTTGAATTTATGGACTGTGACCTTCGAGATTTCTATCACAGATATTTAACCAACTATGAATCACTACCG
CCCATGATCGTCAAGAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAGGCACGGAGTTATACACAGAGACTTGAAACCTCGGAATATATTAGTGAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATGGGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCT
ATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAACTTTGCAATTGACATTTGGGCTATTGGGTGCATTTTTGGTACAGTACATTCCATTTCGTATAAAGTTTTCTGGTTTGTATGGTTTATTCAGTTTAAAAAAAGAGTTAATGGTAATTGTTGTAACTAATTATGCAGCTGAATTGTGTATTATGGAG
CCTTTCTTTCAAGGAGATACCCATACTAAATATCATCAAATAATTAAGATATTCCAGTGAGTTTAAGTATTTTTAATCTCAAAAAAGTGTTTACTGTAATTGTATTGTCTTTTTGGTCGAAATAAAATTACCATAGTTTTGCTTTGGTCTTTCAGGGTAATAGGAACTCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAAGTCA
GCTTAAGTATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGCCTCGGGATTTGGGACATCTCATTCCAAATTTAGATGAATGTGGTTTGGACTTGTTATCAGTAAGATACTCTGCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTTACTTATTTAAGACTAAATAAATTTGATTGCCATAAATATATCTTCTTTTAGAAATGCTT
ATGTAAATTTTAATAAAAAAAAAATTATGCAG
>TRINITY_DN40751_c2_g2_i8 from sample A9 / Example unspliced isoform:TGTAGAAAGAGGAGCAAGGGCAGAAAATCATCTATCCGTTGGAAGGAAGGATATTTATATCAAACAATTTAACATTTACCTTCTCCTTTATCCATGCTCTTCTGTGTTTGTGTGATTGGGTTTCTGGGTTTGAGTGGAATATGAATCTGTGATAACGTGTCTTAGTCTGTGTGTGGTTTAATGTCTGAGTGACTTTGTAT
GATTGGGTTTCCGTGATTGAATGGAATATGAGTCTGTGTGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAGGAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAACGAGCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAA
TGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAGGAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAA
CGAGCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAATGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGgcaaatcatatccacattgtgcagtagattgcatctgtaaatatttctcgtatcttcgcctgtgaagccattttgatttctcaacgattctgccgatctcctatcttttgtctaaagtaaacatgga
gaagtatgacctactagacaaaatcggagagggatcatatgggaaggttttcaagggtagagtcagagcaacaggtcagatggtggctctcaagagaacatgttcccagttcaatggcgaaggggttccttccagttctctcagagaaatcgcaaatctcaagttgctctcccgtggtgaaaacattgtcaagtatgtat
gtttttatttttattttcacgtttttattgcatataaagcaaaattcggtggattctgatacctggcccaagtttgtttaatgtaatatttaaaaaattaaaattaaaaatacaatgaaatgtgtaatatccttggaatcaagaatagtaggataatcatgtaaccatcttatcttcccttattttaaatggatttctta
gaaatcaaagttcaaataaatttggagtattgatccattttgccagcatttgagttagattagaagacactaaaacctttagaactggtaacatttaaagctaaactgataagatttttagtttaattttttaaataaaatagattcattttcttataagattatcctattcttaaatcaaaatatatataaataataca
tttaagagtataaacactggtttattctcacgttcaatgaccggctaaattattccagagttaattgctttgcgaattcgcttatactctgcagGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCGCTATATATGGTATTTGAATTTATGGACTGTGACCTTCGAGATTTCTATCACAGATATTTA
ACCAACTATGAATCACTACCGCCCATGATCGTCAAGGTCCACTTAATATATATATTTTCAATGCATTGCATTGTGCATAGTATAACGCTGTATTGTTTATATCGTACACGAATTATAATTTTTATTTTGTTGTTGAGAATATCGCTGTTGTTGCAGAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAG
GCACGGAGTTATACACAGAGACTTGAAACCTCGGAATATATTAGTGAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATGGGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCTATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAACTTTGCAATTGACA
TTTGGGCTATTGGGTGCATTTTTGGTACAGTACATTCCATTTCGTATAAAGTTTTCTGGTTTGTATGGTTTATTCAGTTTAAAAAAAGAGTTAATGGTAATTGTTGTAACTAATTATGCAGCTGAATTGTGTATTATGGAGCCTTTCTTTCAAGGAGATACCCATACTAAATATCATCAAATAATTAAGATATTCCAGTG
AGTTTAAGTATTTTTAATCTCAAAAAAGTGTTTACTGTAATTGTATTGTCTTTTTGGTCGAAATAAAATTACCATAGTTTTGCTTTGGTCTTTCAGGGTAATAGGAACTCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAAGTCAGCTTAAGTATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGCCTCGGGATTTGGGACATCTCA
TTCCAAATTTAGATGAATGTGGTTTGGACTTGTTATCAGTAAGATACTCTGCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTTACTTATTTAAGACTAAATAAATTTGATTGCCATAAATATATCTTCTTTTAGAAATGCTTATGTAAATTTTAATAAAAAAAAAATTATGCAG
Intron 4 GTCTGTTGCT ... AAATGAGGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 66.27 | 28 | 67 | 43 |
| A2 | 62.96 | 20 | 48 | 20 |
| A3 | 65.75 | 25 | 58 | 38 |
| A4 | 58.23 | 33 | 47 | 45 |
| A5 | 54.89 | 30 | 38 | 35 |
| A6 | 54.39 | 26 | 36 | 26 |
| A7 | 60.67 | 35 | 48 | 60 |
| A8 | 67.9 | 13 | 24 | 31 |
| A9 | 66.2 | 24 | 41 | 53 |
| A10 | 51.55 | 39 | 42 | 41 |
>TRINITY_DN127708_c6_g3_i7 from sample A1 / Example spliced isoformGGAAGAAAGCAACCTTTCCAACTGCCTTCCCAGCTCATGTGAACGGGCTCCGCTGTTGAAGATTGGATAGCATGTCATAAGAATGAATGAATTTAACGATGGAAGATGTTAGGGTTCAAATGAGAAAACCAAATACGGATGACTTTGGTGAGCAGACATGGCTGGTAATGGCCCCATTACCATGGCGGTGATGAAATCAA
TACCATTCATACCCACATACATGATTTCACCACTCTCGATTCTGTTTGGTGGAGCACCGTTGCTTTCTTTGCTTGCTTTCCATTCTACTCCATGGATTTATCCACTTTCATCCATTCTTCTTCCTACAGCTGACCCCACCCTTCCTACGAGACATCCGCGTAAGCACGTCTCCCATTTCCCGGTATAGAGACCTCACTGC
TTATTATTCGCCATCCGATCTCCTTTTTAAACTCTTCCTGGAGCTCCAATTCTTAGCTAATTCGCTGGAATTTCATACCATCGCTCTCCGCCAGTCTCGAAGCCGGAGACCTCCAGGATGAGGACGCAAAATCAGATCCGGAGGTAATATTTGAAATGTAGTGAAAATTGGCTACAACAGATATGGACTTTCTGTACAAA
GCTGATGTGTCGATTGGGTGTCAGAAATATGGACACAGAATTCCCTGGACATTTGGCACATTGATCTATTGATGCTATTGACAACTTCCAAAACTGTATTTTCTTGATTATATAATTTTATGCGCTGATACAGGACAATTGTAATATTCTCTTTCAGCTCTTGTAGAGATGCATGCTATCTGGGGTCAATGGAATGTGCA
AGTTGCATCTTGCTTGTGCCAATCATAATATTCTAATTTCTGAGTCAGCTCTTGTAGAGATGCATGCTGTTTGTGTTTAGTGGAGTGTGCAAGTTAAGGCGATCTTTCAAACCAAGTAGTATCTGGCAGGCAGAGTTGCAGCAGATGATGAAATGGACAAAAGGCGGGCTGATGCAGAGTTTGAACCTGGCCCTGTTCCC
CCCTTCCGACCAGTAGACAGATATGGGTTTATAAAATCAGATCAAGTTAACCCTCCTGTTGAAGTCTCAAGCAAATGTAGACCAAGCAGTGACCAAGAAAGGGAACAAAGGAGGGTTCGAAAGTGGAGGAAAATGATTGGTGCTGGTGGAGCTGATTGGAAGCACTATGCCAGAAGAAAGCCAAATGTTGTTACAAGGCG
TATCAGAAAGGGTATTCCAGATTGCCTGAGAGGTCTTGTTTGGCAACTGATATCAGGCAGTCGTGACCTTTTGCTGATGCATCAAGGGGTGTATGAGCAATTGGTATTGTATGAAACATCAGCATCAGAACTGGATATCATTAGAGATATTTCTCGCACTTTTCCATCCCATGTGTACTTTCAACAGAGACATGGACCTG
GACAGAGATCTCTTTACAATGTTTTGAAGGCATATTCTGTATATGATAGAGAGGTGGGGTATGTCCAGGGAATGGGGTTTCTAGCAGGCTTACTTCTTCTTTACATGAGTGAGGAGGATGCATTTTGGCTGCTGGTTGCATTGTTGAAAGGCGCAGTTAATGCACCAATGGAAGGACTATATTTGGTTGGATTGCCTCTT
GTACAGCAATACCTTTTCCAGTTTGAAAGGTTGGTCAAGGAGCAACTGCCAAAGCTAGGTGCACATTTTGATCAGGAAACAATCAACCCAAGCATGTATGCAAGCCAGTGGTTTATAACTGTTTTCTCCTATTCGTTCCCTTTCCCGTTAGCTCTTCGCATTTGGGATGTTTTTCTTTATGAGGGTGTAAAAATCATTTT
CAAAGTAGGTCTGGCACTTCTCAAGTACTGTCACGATGATTTGGTGAAATTACCTTTTGAGAAGCTAGTATATGCTTTGCGCAACTTTCCAGAGGATGCTTTGAATCCTGACACATTACTGCCACTGGCCTATTCAATCAAGGTTACAAAAAGGTTGGAGGATCTTAAGCTGGAGTATTTGCGAATGAATGATCTGCAGC
CACAATCTCCAAAGTCTGGCAATGAGGAGCGGCATCTTTCTACACAAAAACAAATTACTTTGAAGCGTTGACGATTGATGTTTCTTGGAGTGCAATTTGAAACTTAGATAATTATTTTCCGAAGGTCCAAGTTAATTTTTAGCATGACCACGATGGGCAAAATTCATGCTTTGCTGGGCCTATTCAGTGGTCTTTCTCAT
TGACAAGCTGGTCCTTGAAGTTGGGTGCTTTGCTATAAATAGATATAATAAGCAGGCAAGCAAATGATTCCAGAGAGCCTCATACTCTATGGTGCCTGTGGATGTATTATTTTGGGGATAGTATCACGCTAAAATGGCTGCTTTACAGCAATGACTGGAGTGGTCATCTAAAATTTCACCACTGCATGAGAGTCATACTT
GTTCTTTATTTTTCAGAATTCGCGAATAATGAGAGAATTGTTGTCTATGACAGCAGTCCCACTCGACAACTTAGTGTCGTATATTTAAAATTGCCTGTTCCGTGCCATAATTAATCCAATGGAGGATACCCATGTCGAGTGGGCCAGCTTTTCAATAAAATGGATTAATGCATGCCTTTGGAAAAGAACAGTTCCATATG
AAGGTTATTGCCATTGGAAATTCATTGCTAGGACATTTAAGAAAGATAGAAAATTAGATTTTCTCATGCTCTGGAGACTCACAAGTTGCTTTTCATTTGGTGAAAAACAAACTCGTTGAATGCCAGATTTTAAC
>TRINITY_DN127708_c6_g3_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGAAGAAAGCAACCTTTCCAACTGCCTTCCCAGCTCATGTGAACGGGCTCCGCTGTTGAAGATTGGATAGCATGTCATAAGAATGAATGAATTTAACGATGGAAGATGTTAGGGTTCAAATGAGAAAACCAAATACGGATGACTTTGGTGAGCAGACATGGCTGGTAATGGCCCCATTACCATGGCGGTGATGAAATCAA
TACCATTCATACCCACATACATGATTTCACCACTCTCGATTCTGTTTGGTGGAGCACCGTTGCTTTCTTTGCTTGCTTTCCATTCTACTCCATGGATTTATCCACTTTCATCCATTCTTCTTCCTACAGCTGACCCCACCCTTCCTACGAGACATCCGCGTAAGCACGTCTCCCATTTCCCGGTATAGAGACCTCACTGC
TTATTATTCGCCATCCGATCTCCTTTTTAAACTCTTCCTGGAGCTCCAATTCTTAGCTAATTCGCTGGAATTTCATACCATCGCTCTCCGCCAGTCTCGAAGCCGGAGACCTCCAGGATGAGGACGCAAAATCAGATCCGGAGGTAATATTTGAAATGTAGTGAAAATTGGCTACAACAGATATGGACTTTCTGTACAAA
GCTGATGTGTCGATTGGGTGTCAGAAATATGGACACAGAATTCCCTGGACATTTGGCACATTGATCTATTGATGCTATTGACAACTTCCAAAACTGTATTTTCTTGATTATATAATTTTATGCGCTGATACAGGACAATTGTAATATTCTCTTTCAGCTCTTGTAGAGATGCATGCTATCTGGGGTCAATGGAATGTGCA
AGTTGCATCTTGCTTGTGCCAATCATAATATTCTAATTTCTGAGTCAGCTCTTGTAGAGATGCATGCTGTTTGTGTTTAGTGGAGTGTGCAAGTTAAGGCGATCTTTCAAACCAAGTAGTATCTGGCAGGCAGgtctgttgcttggatatctgaaaatccaatagatttgtaaagaaaatccaataagtttattttgccg
aagctgctatttggtacctattgattaattgaacataataatccagagtggtttgcatgtgttcaagaacttgattgggccagtctctacttgctactgagattgttgtcattgctttctgtcaaattgtcaatcgaaatgaggagAGTTGCAGCAGATGATGAAATGGACAAAAGGCGGGCTGATGCAGAGTTTGAACC
TGGCCCTGTTCCCCCCTTCCGACCAGTAGACAGATATGGGTTTATAAAATCAGATCAAGTTAACCCTCCTGTTGAAGTCTCAAGCAAATGTAGACCAAGCAGTGACCAAGAAAGGGAACAAAGGAGGGTTCGAAAGTGGAGGAAAATGATTGGTGCTGGTGGAGCTGATTGGAAGCACTATGCCAGAAGAAAGCCAAATG
TTGTTACAAGGCGTATCAGAAAGGGTATTCCAGATTGCCTGAGAGGTCTTGTTTGGCAACTGATATCAGGCAGTCGTGACCTTTTGCTGATGCATCAAGGGGTGTATGAGCAATTGGTATTGTATGAAACATCAGCATCAGAACTGGATATCATTAGAGATATTTCTCGCACTTTTCCATCCCATGTGTACTTTCAACAG
AGACATGGACCTGGACAGAGATCTCTTTACAATGTTTTGAAGGCATATTCTGTATATGATAGAGAGGTGGGGTATGTCCAGGGAATGGGGTTTCTAGCAGGCTTACTTCTTCTTTACATGAGTGAGGAGGATGCATTTTGGCTGCTGGTTGCATTGTTGAAAGGCGCAGTTAATGCACCAATGGAAGGACTATATTTGGT
TGGATTGCCTCTTGTACAGCAATACCTTTTCCAGTTTGAAAGGTTGGTCAAGGAGCAACTGCCAAAGCTAGGTGCACATTTTGATCAGGAAACAATCAACCCAAGCATGTATGCAAGCCAGTGGTTTATAACTGTTTTCTCCTATTCGTTCCCTTTCCCGTTAGCTCTTCGCATTTGGGATGTTTTTCTTTATGAGGGTG
TAAAAATCATTTTCAAAGTAGGTCTGGCACTTCTCAAGTACTGTCACGATGATTTGGTGAAATTACCTTTTGAGAAGCTAGTATATGCTTTGCGCAACTTTCCAGAGGATGCTTTGAATCCTGACACATTACTGCCACTGGCCTATTCAATCAAGGTTACAAAAAGGTTGGAGGATCTTAAGCTGGAGTATTTGCGAATG
AATGATCTGCAGCCACAATCTCCAAAGTCTGGCAATGAGGAGCGGCATCTTTCTACACAAAAACAAATTACTTTGAAGCGTTGACGATTGATGTTTCTTGGAGTGCAATTTGAAACTTAGATAATTATTTTCCGAAGGTCCAAGTTAATTTTTAGCATGACCACGATGGGCAAAATTCATGCTTTGCTGGGCCTATTCAG
TGGTCTTTCTCATTGACAAGCTGGTCCTTGAAGTTGGGTGCTTTGCTATAAATAGATATAATAAGCAGGCAAGCAAATGATTCCAGAGAGCCTCATACTCTATGGTGCCTGTGGATGTATTATTTTGGGGATAGTATCACGCTAAAATGGCTGCTTTACAGCAATGACTGGAGTGGTCATCTAAAATTTCACCACTGCAT
GAGAGTCATACTTGTTCTTTATTTTTCAGAATTCGCGAATAATGAGAGAATTGTTGTCTATGACAGCAGTCCCACTCGACAACTTAGTGTCGTATATTTAAAATTGCCTGTTCCGTGCCATAATTAATCCAATGGAGGATACCCATGTCGAGTGGGCCAGCTTTTCAATAAAATGGATTAATGCATGCCTTTGGAAAAGA
ACAGTTCCATATGAAGGTTATTGCCATTGGAAATTCATTGCTAGGACATTTAAGAAAGATAGAAAATTAGATTTTCTCATGCTCTGGAGACTCACAAGTTGCTTTTCATTTGGTGAAAAACAAACTCGTTGAATGCCAGATTTTAAC
Intron 5 GTATGCAAGC ... TCTTTATGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 82 | 9 | 39 | 43 |
| A2 | 68.09 | 15 | 38 | 26 |
| A3 | 72.06 | 19 | 54 | 44 |
| A4 | 91.18 | 3 | 33 | 29 |
| A5 | 74.71 | 11 | 37 | 28 |
| A6 | 81 | 19 | 82 | 80 |
| A7 | 67.96 | 33 | 84 | 56 |
| A8 | 83.43 | 15 | 74 | 77 |
| A9 | 73.8 | 30 | 103 | 66 |
| A10 | 74.33 | 24 | 78 | 61 |
>TRINITY_DN102044_c0_g1_i7 from sample A5 / Example spliced isoformCTGGTTATAGGAAGAAAGCAACCTTTCCAACTGCCTTCCCAGCTCATGTGAACGGGCTCCGCTGTTGAAGATTGGATAGCATGTCATAAGAATGAATGAATTTAACGATGGAAGATGTTAGGGTTCAAATGAGAAAACCAAATACGGATGACTTTGGTGAGCAGACATGGCTGGTAATGGCCCCATTACCATGGCGGTGA
TGAAATCAATACCATTCATACCCACATACATGATTTCACCACTCTCGATTCTGTTTGGTGGAGCACCGTTGCTTTCTTTGCTTGCTTTCCATTCTACTCCATGGATTTATCCACTTTCATCCATTCTTCTTCCTACAGCTGACCCCACCCTTCCTACGAGACATCCGCGTAAGCACGTCTCCCATTTCCCGGTATAGAGA
CCTCACTGCTTATTATTCGCCATCCGATCTCCTTTTTAAACTCTTCCTGGAGCTCCAATTCTTAGCTAATTCGCTGGAATTTCATACCATCGCTCTCCGCCAGTCTCGAAGCCGGAGACCTCCAGGATGAGGACGCAAAATCAGATCCGGAGGTAATATTTGAAATGTAGTGAAAATTGGCTACAACAGATATGGACTTT
CTGTACAAAGCTGATGTGTCGATTGGGTGTCAGAAATATGGACACAGAATTCCCTGGACATTTGGCACATTGATCTATTGATGCTATTGACAACTTCCAAAACTGTATTTTCTTGATTATATAATTTTATGCGCTGATACAGGACAATTGTAATATTCTCTTTCAGCTCTTGTAGAGATGCATGCTATCTGGGGTCAATG
GAATGTGCAAGTTGCATCTTGCTTGTGCCAATCATAATATTCTAATTTCTGAGTCAGCTCTTGTAGAGATGCATGCTGTTTGTGTTTAGTGGAGTGTGCAAGTTAAGGCGATCTTTCAAACCAAGTAGTATCTGGCAGGCAGGTCTGTTGCTTGGATATCTGAAAATCCAATAGATTTGTAAAGAAAATCCAATAAGTTT
ATTTTGCCGAAGCTGCTATTTGGTACCTATTGATTAATTGAACATAATAATCCAGAGTGGTTTGCATGTGTTCAAGAACTTGATTGGGCCAGTCTCTACTTGCTACTGAGATTGTTGTCATTGCTTTCTGTCAAATTGTCAATCGAAATGAGGAGAGTTGCAGCAGATGATGAAATGGACAAAAGGCGGGCTGATGCAGA
GTTTGAACCTGGCCCTGTTCCCCCCTTCCGACCAGTAGACAGATATGGGTTTATAAAATCAGATCAAGTTAACCCTCCTGTTGAAGTCTCAAGCAAATGTAGACCAAGCAGTGACCAAGAAAGGGAACAAAGGAGGGTTCGAAAGTGGAGGAAAATGATTGGTGCTGGTGGAGCTGATTGGAAGCACTATGCCAGAAGAA
AGCCAAATGTTGTTACAAGGCGTATCAGAAAGGGTATTCCAGATTGCCTGAGAGGTCTTGTTTGGCAACTGATATCAGGCAGTCGTGACCTTTTGCTGATGCATCAAGGGGTGTATGAGCAATTGGTATTGTATGAAACATCAGCATCAGAACTGGATATCATTAGAGATATTTCTCGCACTTTTCCATCCCATGTGTAC
TTTCAACAGAGACATGGACCTGGACAGAGATCTCTTTACAATGTTTTGAAGGCATATTCTGTATATGATAGAGAGGTGGGGTATGTCCAGGGAATGGGGTTTCTAGCAGGCTTACTTCTTCTTTACATGAGTGAGGAGGATGCATTTTGGCTGCTGGTTGCATTGTTGAAAGGCGCAGTTAATGCACCAATGGAAGGACT
ATATTTGGTTGGATTGCCTCTTGTACAGCAATACCTTTTCCAGTTTGAAAGGTTGGTCAAGGAGCAACTGCCAAAGCTAGGTGCACATTTTGATCAGGAAACAATCAACCCAAGCATGGTGTAAAAATCATTTTCAAAGTAGGTCTGGCACTTCTCAAGTACTGTCACGATGATTTGATGGCTTATTGAAT
>TRINITY_DN102044_c0_g1_i10 from sample A5 / Example unspliced isoform:CTGGTTATAGGAAGAAAGCAACCTTTCCAACTGCCTTCCCAGCTCATGTGAACGGGCTCCGCTGTTGAAGATTGGATAGCATGTCATAAGAATGAATGAATTTAACGATGGAAGATGTTAGGGTTCAAATGAGAAAACCAAATACGGATGACTTTGGTGAGCAGACATGGCTGGTAATGGCCCCATTACCATGGCGGTGA
TGAAATCAATACCATTCATACCCACATACATGATTTCACCACTCTCGATTCTGTTTGGTGGAGCACCGTTGCTTTCTTTGCTTGCTTTCCATTCTACTCCATGGATTTATCCACTTTCATCCATTCTTCTTCCTACAGCTGACCCCACCCTTCCTACGAGACATCCGCGTAAGCACGTCTCCCATTTCCCGGTATAGAGA
CCTCACTGCTTATTATTCGCCATCCGATCTCCTTTTTAAACTCTTCCTGGAGCTCCAATTCTTAGCTAATTCGCTGGAATTTCATACCATCGCTCTCCGCCAGTCTCGAAGCCGGAGACCTCCAGGATGAGGACGCAAAATCAGATCCGGAGGTAATATTTGAAATGTAGTGAAAATTGGCTACAACAGATATGGACTTT
CTGTACAAAGCTGATGTGTCGATTGGGTGTCAGAAATATGGACACAGAATTCCCTGGACATTTGGCACATTGATCTATTGATGCTATTGACAACTTCCAAAACTGTATTTTCTTGATTATATAATTTTATGCGCTGATACAGGACAATTGTAATATTCTCTTTCAGCTCTTGTAGAGATGCATGCTATCTGGGGTCAATG
GAATGTGCAAGTTGCATCTTGCTTGTGCCAATCATAATATTCTAATTTCTGAGTCAGCTCTTGTAGAGATGCATGCTGTTTGTGTTTAGTGGAGTGTGCAAGTTAAGGCGATCTTTCAAACCAAGTAGTATCTGGCAGGCAGGTCTGTTGCTTGGATATCTGAAAATCCAATAGATTTGTAAAGAAAATCCAATAAGTTT
ATTTTGCCGAAGCTGCTATTTGGTACCTATTGATTAATTGAACATAATAATCCAGAGTGGTTTGCATGTGTTCAAGAACTTGATTGGGCCAGTCTCTACTTGCTACTGAGATTGTTGTCATTGCTTTCTGTCAAATTGTCAATCGAAATGAGGAGAGTTGCAGCAGATGATGAAATGGACAAAAGGCGGGCTGATGCAGA
GTTTGAACCTGGCCCTGTTCCCCCCTTCCGACCAGTAGACAGATATGGGTTTATAAAATCAGATCAAGTTAACCCTCCTGTTGAAGTCTCAAGCAAATGTAGACCAAGCAGTGACCAAGAAAGGGAACAAAGGAGGGTTCGAAAGTGGAGGAAAATGATTGGTGCTGGTGGAGCTGATTGGAAGCACTATGCCAGAAGAA
AGCCAAATGTTGTTACAAGGCGTATCAGAAAGGGTATTCCAGATTGCCTGAGAGGTCTTGTTTGGCAACTGATATCAGGCAGTCGTGACCTTTTGCTGATGCATCAAGGGGTGTATGAGCAATTGGTATTGTATGAAACATCAGCATCAGAACTGGATATCATTAGAGATATTTCTCGCACTTTTCCATCCCATGTGTAC
TTTCAACAGAGACATGGACCTGGACAGAGATCTCTTTACAATGTTTTGAAGGCATATTCTGTATATGATAGAGAGGTGGGGTATGTCCAGGGAATGGGGTTTCTAGCAGGCTTACTTCTTCTTTACATGAGTGAGGAGGATGCATTTTGGCTGCTGGTTGCATTGTTGAAAGGCGCAGTTAATGCACCAATGGAAGGACT
ATATTTGGTTGGATTGCCTCTTGTACAGCAATACCTTTTCCAGTTTGAAAGGTTGGTCAAGGAGCAACTGCCAAAGCTAGGTGCACATTTTGATCAGGAAACAATCAACCCAAGCATgtatgcaagccagtggtttataactgttttctcctattcgttccctttcccgttagctcttcgcatttgggatgtttttcttt
atgagGGTGTAAAAATCATTTTCAAAGTAGGTCTGGCACTTCTCAAGTACTGTCACGATGATTTGGTGAAATTACCTTTTGAGAAGCTAGTATATGCTTTGCGCAACTTTCCAGAGGATGCTTTGAATCCTGACACATTACTGCCACTGGCCTATTCAATCAAGGTTACAAAAAGGTTGGAGGATCTTAAGCTGGAGTAT
TTGCGAATGAATGATCTGCAGCCACAATCTCCAAAGTCTGGCAATGAGGAGCGGCATCTTTCTACACAAAAACAAATTACTTTGAAGCGTTGACGATTGATGTTTCTTGGAGTGCAATTTGAAACTTAGATAATTATTTTCCGAAGGTCCAAGTTAATTTTTAGCATGACCACGATGGGCAAAATTCATGCTTTGCTGGG
CCTATTCAGTGGTCTTTCTCATTGACAAGCTGGTCCTTGAAGTTGGGTGCTTTGCTATAAATAGATATAATAAGCAGGCAAGCAAATGATTCCAGAGAGCCTCATACTCTATGGTGCCTGTGGATGTATTATTTTGGGGATAGTATCACGCTAAAATGGCTGCTTTACAGCAATGACTGGAGTGGTCATCTAAAATTTCA
CCACTGCATGAGAGTCATACTTGTTCTTTATTTTTCAGAATTCGCGAATAATGAGAGAATTGTTGTCTATGACAGCAGTCCCACTCGACAACTTAGTGTCGTATATTTAAAATTGCCTGTTCCGTGCCATAATTAATCCAATGGAGGATACCCATGTCGAGTGGGCCAGCTTTTCAATAAAATGGATTAATGCATGCCTT
TGGAAAAGAACAGTTCCATATGAAGGTTATTGCCATTGGAAATTCATTGCTAG
Intron 6 GTCTGTTGCT ... TGTGTTCAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 63.43 | 32 | 67 | 44 |
| A2 | 66.67 | 19 | 48 | 28 |
| A3 | 67.79 | 24 | 58 | 43 |
| A4 | 63.78 | 23 | 47 | 34 |
| A5 | 63.46 | 19 | 38 | 28 |
| A6 | 57.69 | 22 | 36 | 24 |
| A7 | 63.4 | 28 | 48 | 49 |
| A8 | 68.97 | 9 | 24 | 16 |
| A9 | 61.54 | 30 | 41 | 55 |
| A10 | 57.38 | 26 | 42 | 28 |
>TRINITY_DN40881_c0_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoformAAATAAAACAAAAAAACAAAATTAAAATAAAAATTAAAGCAAACAACATTTTACCTCTGGTTATAGGAAGCAAGCCACAATAACTCTTTTTTACCTCTGGTTATAGGAAGAAAGCAACCTTTCCAACTGCCTTCCCAGCTCATGTGAACGGGCTCCGCTGTTGAAGATTGGATAGCATGTCATAAGAATGAATGAATTTA
ACGATGGAAGATGTTAGGGTTCAAATGAGAAAACCAAATACGGATGACTTTGGTGAGCAGACATGGCTGGTAATGGCCCCATTACCATGGCGGTGATGAAATCAATACCATTCATACCCACATACATGATTTCACCACTCTCGATTCTGTTTGGTGGAGCACCGTTGCTTTCTTTGCTTGCTTTCCATTCTACTCCATGG
ATTTATCCACTTTCATCCATTCTTCTTCCTACAGCTGACCCCACCCTTCCTACGAGACATCCGCGTAAGCACGTCTCCCATTTCCCGGTATAGAGACCTCACTGCTTATTATTCGCCATCCGATCTCCTTTTTAAACTCTTCCTGGAGCTCCAATTCTTAGCTAATTCGCTGGAATTTCATACCATCGCTCTCCGCCAGT
CTCGAAGCCGGAGACCTCCAGGATGAGGACGCAAAATCAGATCCGGAGGTAATATTTGAAATGTAGTGAAAATTGGCTACAACAGATATGGACTTTCTGTACAAAGCTGATGTGTCGATTGGGTGTCAGAAATATGGACACAGAATTCCCTGGACATTTGGCACATTGATCTATTGATGCTATTGACAACTTCCAAAACT
GTATTTTCTTGATTATATAATTTTATGCGCTGATACAGGACAATTGTAATATTCTCTTTCAGCTCTTGTAGAGATGCATGCTATCTGGGGTCAATGGAATGTGCAAGTTGCATCTTGCTTGTGCCAATCATAATATTCTAATTTCTGAGTCAGCTCTTGTAGAGATGCATGCTGTTTGTGTTTAGTGGAGTGTGCAAGTT
AAGGCGATCTTTCAAACCAAGTAGTATCTGGCAGGCAGAACTTGATTGGGCCAGTCTCTACTTGCTACTGAGATTGTTGTCATTGCTTTCTGTCAAATTGTCAATCGAAATGAGGAGAGTTGCAGCAGATGATGAAATGGACAAAAGGCGGGCTGATGCAGAGTTTGAACCTGGCCCTGTTCCCCCCTTCCGACCAGTAG
ACAGATATGGGTTTATAAAATCAGATCAAGTTAACCCTCCTGTTGAAGTCTCAAGCAAATGTAGACCAAGCAGTGACCAAGAAAGGGAACAAAGGAGGGTTCGAAAGTGGAGGAAAATGATTGGTGCTGGTGGAGCTGATTGGAAGCACTATGCCAGAAGAAAGCCAAATGTTGTTACAAGGCGTATCAGAAAGGGTATT
CCAGATTGCCTGAGAGGTCTTGTTTGGCAACTGATATCAGGCAGTCGTGACCTTTTGCTGATGCATCAAGGGGTGTATGAGCAATTGGTATTGTATGAAACATCAGCATCAGAACTGGATATCATTAGAGATATTTCTCGCACTTTTCCATCCCATGTGTACTTTCAACAGAGACATGGACCTGGACAGAGATCTCTTTA
CAATGTTTTGAAGGCATATTCTGTATATGATAGAGAGGTGGGGTATGTCCAGGGAATGGGGTTTCTAGCAGGCTTACTTCTTCTTTACATGAGTGAGGAGGATGCATTTTGGCTGCTGGTTGCATTGTTGAAAGGCGCAGTTAATGCACCAATGGAAGGACTATATTTGGTTGGATTGCCTCTTGTACAGCAATACCTTT
TCCAGTTTGAAAGGTTGGTCAAGGAGCAACTGCCAAAGCTAGGTGCACATTTTGATCAGGAAACAATCAACCCAAGCATGTATGCAAGCCAGTGGTTTATAACTGTTTTCTCCTATTCGTTCCCTTTCCCGTTAGCTCTTCGCATTTGGGATGTTTTTCTTTATGAGGGTGTAAAAATCATTTTCAAAGTAGGTCTGGCA
CTTCTCAAGTACTGTCACGATGATTTGGTGAAATTACCTTTTGAGAAGCTAGTATATGCTTTGCGCAACTTTCCAGAGGATGCTTTGAATCCTGACACATTACTGCCACTGGCCTATTCAATCAAGGTTACAAAAAGGTTGGAGGATCTTAAGCTGGAGTATTTGCGAATGAATGATCTGCAGCCACAATCTCCAAAGTC
TGGCAATGAGGAGCGGCATCTTTCTACACAAAAACAAATTACTTTGAAGCGTTGACGATTGATGTTTCTTGGAGTGCAATTTGAAACTTAGATAATTATTTTCCGAAGGTCCAAGTTAATTTTTAGCATGACCACGATGGGCAAAATTCATGCTTTGCTGGGCCTATTCAGTGGTCTTTCTCATTGACAAGCTGGTCCTT
GAAGTTGGGTGCTTTGCTATAAATAGATATAATAAGCAGGCAAGCAAATGATTCCAGAGAGCCTCATACTCTATGGTGCCTGTGGATGTATTATTTTGGGGATAGTATCACGCTAAAATGGCTGCTTTACAGCAATGACTGGAGTGGTCATCTAAAATTTCACCACTGCATGAGAGTCATACTTGTTCTTTATTTTTCAG
AATTCGCGAATAATGAGAGAATTGTTGTCTATGACAGCAGTCCCACTCGACAACTTAGTGTCGTATATTTAAAATTGCCTGTTCCGTGCCATAATTAATCCAATGGAGGATACCCATGTCGAGTGGGCCAGCTTTTCAATAAAATGGATTAATGCATGCCTTTGGAAAAGAACAGTTCCATATGAAGGTTATTGCCATTG
GAAATTCATTGCTAGGACATTTAAGAAAGATAGAAAATTAGATTTTCTCATGCTCTGGAGACTCACAAGTTGCTTTTCATTTGGTGAAAAACAAACTCGTTGAATGCCAGATTTTAACGACCTCATTTTTGTGATATCATAAACATGTAGAATGATAGTTCTATTTAATATATGTGTTGCTTTATCCTCTAAGTTCTTAC
GAAGCTCAGACAATTTACTTGCTACACACTTCACTGCCTTGCAAATGGATGTGTACAATACTAAGG
>TRINITY_DN40881_c0_g1_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:AAATAAAACAAAAAAACAAAATTAAAATAAAAATTAAAGCAAACAACATTTTACCTCTGGTTATAGGAAGCAAGCCACAATAACTCTTTTTTACCTCTGGTTATAGGAAGAAAGCAACCTTTCCAACTGCCTTCCCAGCTCATGTGAACGGGCTCCGCTGTTGAAGATTGGATAGCATGTCATAAGAATGAATGAATTTA
ACGATGGAAGATGTTAGGGTTCAAATGAGAAAACCAAATACGGATGACTTTGGTGAGCAGACATGGCTGGTAATGGCCCCATTACCATGGCGGTGATGAAATCAATACCATTCATACCCACATACATGATTTCACCACTCTCGATTCTGTTTGGTGGAGCACCGTTGCTTTCTTTGCTTGCTTTCCATTCTACTCCATGG
ATTTATCCACTTTCATCCATTCTTCTTCCTACAGCTGACCCCACCCTTCCTACGAGACATCCGCGTAAGCACGTCTCCCATTTCCCGGTATAGAGACCTCACTGCTTATTATTCGCCATCCGATCTCCTTTTTAAACTCTTCCTGGAGCTCCAATTCTTAGCTAATTCGCTGGAATTTCATACCATCGCTCTCCGCCAGT
CTCGAAGCCGGAGACCTCCAGGATGAGGACGCAAAATCAGATCCGGAGGTAATATTTGAAATGTAGTGAAAATTGGCTACAACAGATATGGACTTTCTGTACAAAGCTGATGTGTCGATTGGGTGTCAGAAATATGGACACAGAATTCCCTGGACATTTGGCACATTGATCTATTGATGCTATTGACAACTTCCAAAACT
GTATTTTCTTGATTATATAATTTTATGCGCTGATACAGGACAATTGTAATATTCTCTTTCAGCTCTTGTAGAGATGCATGCTATCTGGGGTCAATGGAATGTGCAAGTTGCATCTTGCTTGTGCCAATCATAATATTCTAATTTCTGAGTCAGCTCTTGTAGAGATGCATGCTGTTTGTGTTTAGTGGAGTGTGCAAGTT
AAGGCGATCTTTCAAACCAAGTAGTATCTGGCAGGCAGgtctgttgcttggatatctgaaaatccaatagatttgtaaagaaaatccaataagtttattttgccgaagctgctatttggtacctattgattaattgaacataataatccagagtggtttgcatgtgttcaagAACTTGATTGGGCCAGTCTCTACTTGCT
ACTGAGATTGTTGTCATTGCTTTCTGTCAAATTGTCAATCGAAATGAGGAGAGTTGCAGCAGATGATGAAATGGACAAAAGGCGGGCTGATGCAGAGTTTGAACCTGGCCCTGTTCCCCCCTTCCGACCAGTAGACAGATATGGGTTTATAAAATCAGATCAAGTTAACCCTCCTGTTGAAGTCTCAAGCAAATGTAGAC
CAAGCAGTGACCAAGAAAGGGAACAAAGGAGGGTTCGAAAGTGGAGGAAAATGATTGGTGCTGGTGGAGCTGATTGGAAGCACTATGCCAGAAGAAAGCCAAATGTTGTTACAAGGCGTATCAGAAAGGGTATTCCAGATTGCCTGAGAGGTCTTGTTTGGCAACTGATATCAGGCAGTCGTGACCTTTTGCTGATGCAT
CAAGGGGTGTATGAGCAATTGGTATTGTATGAAACATCAGCATCAGAACTGGATATCATTAGAGATATTTCTCGCACTTTTCCATCCCATGTGTACTTTCAACAGAGACATGGACCTGGACAGAGATCTCTTTACAATGTTTTGAAGGCATATTCTGTATATGATAGAGAGGTGGGGTATGTCCAGGGAATGGGGTTTCT
AGCAGGCTTACTTCTTCTTTACATGAGTGAGGAGGATGCATTTTGGCTGCTGGTTGCATTGTTGAAAGGCGCAGTTAATGCACCAATGGAAGGACTATATTTGGTTGGATTGCCTCTTGTACAGCAATACCTTTTCCAGTTTGAAAGGTTGGTCAAGGAGCAACTGCCAAAGCTAGGTGCACATTTTGATCAGGAAACAA
TCAACCCAAGCATGTATGCAAGCCAGTGGTTTATAACTGTTTTCTCCTATTCGTTCCCTTTCCCGTTAGCTCTTCGCATTTGGGATGTTTTTCTTTATGAGGGTGTAAAAATCATTTTCAAAGTAGGTCTGGCACTTCTCAAGTACTGTCACGATGATTTGATGGCTTATTGAATGTTCAGGTGAAATTACCTTTTGAGA
AGCTAGTATATGCTTTGCGCAACTTTCCAGAGGATGCTTTGAATCCTGACACATTACTGCCACTGGCCTATTCAATCAAGGTTACAAAAAGGTTGGAGGATCTTAAGCTGGAGTATTTGCGAATGAATGATCTGCAGCCACAATCTCCAAAGTCTGGCAATGAGGAGCGGCATCTTTCTACACAAAAACAAATTACTTTG
AAGCGTTGACGATTGATGTTTCTTGGAGTGCAATTTGAAACTTAGATAATTATTTTCCGAAGGTCCAAGTTAATTTTTAGCATGACCACGATGGGCAAAATTCATGCTTTGCTGGGCCTATTCAGTGGTCTTTCTCATTGACAAGCTGGTCCTTGAAGTTGGGTGCTTTGCTATAAATAGATATAATAAGCAGGCAAGCA
AATGATTCCAGAGAGCCTCATACTCTATGGTGCCTGTGGATGTATTATTTTGGGGATAGTATCACGCTAAAATGGCTGCTTTACAGCAATGACTGGAGTGGTCATCTAAAATTTCACCACTGCATGAGAGTCATACTTGTTCTTTATTTTTCAGAATTCGCGAATAATGAGAGAATTGTTGTCTATGACAGCAGTCCCAC
TCGACAACTTAGTGTCGTATATTTAAAATTGCCTGTTCCGTGCCATAATTAATCCAATGGAGGATACCCATGTCGAGTGGGCCAGCTTTTCAATAAAATGGATTAATGCATGCCTTTGGAAAAGAACAGTTCCATATGAAGGTTATTGCCATTGGAAATTCATTGCTAGGACATTTAAGAAAGATAGAAAATTAGATTTT
CTCATGCTCTGGAGACTCACAAGTTGCTTTTCATTTGGTGAAAAACAAACTCGTTGAATGCCAGATTTTAACGACCTCATTTTTGTGATATCATAAACATGTAGAATGATAGTTCTATTTAATATATGTGTTGCTTTATCCTCTAAGTTCTTACGAAGCTCAGACAATTTACTTGCTACACACTTCACTGCCTTGCAAAT
GGATGTGTACAATACTAAGG
Intron 7 GTATGTATGT ... TACTCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 41.54 | 19 | 14 | 13 |
| A2 | 35.48 | 30 | 19 | 14 |
| A3 | 53.85 | 6 | 9 | 5 |
| A4 | 35.71 | 9 | 4 | 6 |
| A5 | 40 | 9 | 8 | 4 |
| A6 | 16.67 | 5 | 2 | 0 |
| A7 | 34.55 | 18 | 14 | 5 |
| A8 | 31.03 | 10 | 6 | 3 |
| A9 | 41.18 | 5 | 2 | 5 |
| A10 | 33.33 | 9 | 2 | 7 |
>TRINITY_DN40751_c2_g2_i6 from sample A9 / Example spliced isoformTGTAGAAAGAGGAGCAAGGGCAGAAAATCATCTATCCGTTGGAAGGAAGGATATTTATATCAAACAATTTAACATTTACCTTCTCCTTTATCCATGCTCTTCTGTGTTTGTGTGATTGGGTTTCTGGGTTTGAGTGGAATATGAATCTGTGATAACGTGTCTTAGTCTGTGTGTGGTTTAATGTCTGAGTGACTTTGTAT
GATTGGGTTTCCGTGATTGAATGGAATATGAGTCTGTGTGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAGGAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAACGAGCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAA
TGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAGGAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAA
CGAGCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAATGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGCAAATCATATCCACATTGTGCAGTAGATTGCATCTGTAAATATTTCTCGTATCTTCGCCTGTGAAGCCATTTTGATTTCTCAACGATTCTGCCGATCTCCTATCTTTTGTCTAAAGTAAACATGGA
GAAGTATGACCTACTAGACAAAATCGGAGAGGGATCATATGGGAAGGTTTTCAAGGGTAGAGTCAGAGCAACAGGTCAGATGGTGGCTCTCAAGAGAACATGTTCCCAGTTCAATGGCGAAGGGGTTCCTTCCAGTTCTCTCAGAGAAATCGCAAATCTCAAGTTGCTCTCCCGTGGTGAAAACATTGTCAAGTTGATGG
CGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCGCTATATATGGTATTTGAATTTATGGACTGTGACCTTCGAGATTTCTATCACAGATATTTAACCAACTATGAATCACTACCGCCCATGATCGTCAAGAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAGGCACGGAGTTATACACAGAGAC
TTGAAACCTCGGAATATATTAGTGAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATGGGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCTATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAACTTTGCAATTGACATTTGGGCTATTGGGTGCATTTT
TGCTGAATTGTGTATTATGGAGCCTTTCTTTCAAGGAGATACCCATACTAAATATCATCAAATAATTAAGATATTCCAGGTAATAGGAACTCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAAGTCAGCTTAAGTATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGCCTCGGGATTTGGGACATCTCATTCCAAATTTAGATGAAT
GTGGTTTGGACTTGTTATCAGTAAGATACTCTGCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTTACTTATTTAAGACTAAATAAATTTGATTGCCATAAATATATCTTCTTTTAGAAATGCTTATGTAAATTTTAATAAAAAAAAAATTATGCAG
>TRINITY_DN40751_c2_g2_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:ATTTATGATAATCCATAAAATAACTTTTCAAACACATAAATTAATATTATACTAGTAACGGATAGGATCACTTTATAAAGGCATGGTAAGAGTTGATACAAGTGGCAAAATGGCTTAGTGGTGGATTTGATAGAGAGAATATGTTAGGATAGAGCTCAATGATTACAGAAATTGAAATTAAGTGTAAACTGCCATCTCAT
TAATTAGTTAATGATATGATTATTTAATTAGTAAAGTCTATTTGTTTCTTAATACTTGCAAACAAGTTAACAGATTTATTTGCCGCCCTCCCATCACTAACTAAGAAGATCCGTCAAATCTTATCCATAGAATACATAATCTTAATTAAAAGCATGCAATGCAGTACGTTGTATCAAAATTACACCTAATATGGTATGGT
ATGGGTTATGGGCTTAATAAGAGAAAATATTTTGAGAGACAGTGTCCGAGGATATTATGGAGTCATGAGTCACAATCATTATCATAATTACAGTTTGAAACCAAAATTCTAAGTTAGATATATATGAGGATCGTGGATTGTGCTTTATAATGTAGCGATTGATTAATATTTGCCTTAATCAATTTATAATGTATCAATCA
AGGATTGTGCTTTACAACAACGAGGGAGTCATAAACTCAACAACATCTACGAAATCTGAAGAATAGTCGTGTCTTTTCGTTTCGAGGATTTTGAGTTCAATAAATCTATGGATCATATTTTTTACAGGCAAATCATATCCACATTGTGCAGTAGATTGCATCTGTAAATATTTCTCGTATCTTCGCCTGTGAAGCCATTT
TGATTTCTCAACGATTCTGCCGATCTCCTATCTTTTGTCTAAAGTAAACATGGAGAAGTATGACCTACTAGACAAAATCGGAGAGGGATCATATGGGAAGGTTTTCAAGGGTAGAGTCAGAGCAACAGGTCAGATGGTGGCTCTCAAGAGAACATGTTCCCAGTTCAATGGCGAAGGGGTTCCTTCCAGTTCTCTCAGAG
AAATCGCAAATCTCAAGTTGCTCTCCCGTGGTGAAAACATTGTCAAgtatgtatgtttttatttttattttcacgtttttattgcatataaagcaaaattcggtggattctgatacctggcccaagtttgtttaatgtaatatttaaaaaattaaaattaaaaatacaatgaaatgtgtaatatccttggaatcaagaat
agtaggataatcatgtaaccatcttatcttcccttattttaaatggatttcttagaaatcaaagttcaaataaatttggagtattgatccattttgccagcatttgagttagattagaagacactaaaacctttagaactggtaacatttaaagctaaactgataagatttttagtttaattttttaaataaaatagatt
cattttcttataagattatcctattcttaaatcaaaatatatataaataatacatttaagagtataaacactggtttattctcacgttcaatgaccggctaaattattccagagttaattgctttgcgaattcgcttatactctgcagGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCGCTATAT
ATGGTATTTGAATTTATGGACTGTGACCTTCGAGATTTCTATCACAGATATTTAACCAACTATGAATCACTACCGCCCATGATCGTCAAGGTCCACTTAATATATATATTTTCAATGCATTGCATTGTGCATAGTATAACGCTGTATTGTTTATATCGTACACGAATTATAATTTTTATTTTGTTGTTGAGAATATCGCT
GTTGTTGCAGAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAGGCACGGAGTTATACACAGGTCACTCTTATATTTTCTTCTGTTGTGAGCTCAGCTGATATTTTAAAATATATATTTGTATTAACGTATCCGATGTTATGCATACGATTTTGGGATTGCAGAGACTTGAAACCTCGGAATATATTAGT
GAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATGGGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCTATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAACTTTGCAATTGACATTTGGGCTATTGGGTGCATTTTTGCTGAATTGTGTATTATGGAGC
CTTTCTTTCAAGGAGATACCCATACTAAATATCATCAAATAATTAAGATATTCCAGGTAATAGGAACTCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAAGTCAGCTTAAGTATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGCCTCGGGATTTGGGACATCTCATTCCAAATTTAGATGAATGTGGTTTGGACTTGTTATCAGTA
AGATACTCTGCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTTACTTATTTAAGACTAAATAAATTTGATTGCCATAAATATATCTTCTTTTAGAAATGCTTATGTAAATTTTAATAAAAAAAAAATTATGCAG
Intron 8 GTCTGTTGCT ... GTTGCAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 59.22 | 42 | 67 | 55 |
| A2 | 61.02 | 23 | 48 | 24 |
| A3 | 63.64 | 26 | 58 | 33 |
| A4 | 57.69 | 33 | 47 | 43 |
| A5 | 54.33 | 29 | 38 | 31 |
| A6 | 52.07 | 29 | 36 | 27 |
| A7 | 56.25 | 42 | 48 | 60 |
| A8 | 64.04 | 16 | 24 | 33 |
| A9 | 62.58 | 29 | 41 | 56 |
| A10 | 49.13 | 44 | 42 | 43 |
>TRINITY_DN102044_c0_g1_i8 from sample A5 / Example spliced isoformTGGGAGTTGAGAACTAATTTGGATCTGTAGGTTGCAAGATCTTTGGGATTCGAATATGGGCTTTGGCAATCGGAGTTCTTATTCTTGTGATGCAAATAGTCCTACTTTACATCATCAATTATCATAGTAAAGAAAGTTATGGTAATATTTGAAATGTAGTGAAAATTGGCTACAACAGATATGGACTTTCTGTACAAAGC
TGATGTGTCGATTGGGTGTCAGAAATATGGACACAGAATTCCCTGGACATTTGGCACATTGATCTATTGATGCTATTGACAACTTCCAAAACTGTATTTTCTTGATTATATAATTTTATGCGCTGATACAGGACAATTGTAATATTCTCTTTCAGCTCTTGTAGAGATGCATGCTATCTGGGGTCAATGGAATGTGCAAG
TTGCATCTTGCTTGTGCCAATCATAATATTCTAATTTCTGAGTCAGCTCTTGTAGAGATGCATGCTGTTTGTGTTTAGTGGAGTGTGCAAGTTAAGGCGATCTTTCAAACCAAGTAGTATCTGGCAGGCAGATGATGAAATGGACAAAAGGCGGGCTGATGCAGAGTTTGAACCTGGCCCTGTTCCCCCCTTCCGACCAG
TAGACAGATATGGGTTTATAAAATCAGATCAAGTTAACCCTCCTGTTGAAGTCTCAAGCAAATGTAGACCAAGCAGTGACCAAGAAAGG
>TRINITY_DN102044_c0_g1_i9 from sample A5 / Example unspliced isoform:CTGGTTATAGGAAGAAAGCAACCTTTCCAACTGCCTTCCCAGCTCATGTGAACGGGCTCCGCTGTTGAAGATTGGATAGCATGTCATAAGAATGAATGAATTTAACGATGGAAGATGTTAGGGTTCAAATGAGAAAACCAAATACGGATGACTTTGGTGAGCAGACATGGCTGGTAATGGCCCCATTACCATGGCGGTGA
TGAAATCAATACCATTCATACCCACATACATGATTTCACCACTCTCGATTCTGTTTGGTGGAGCACCGTTGCTTTCTTTGCTTGCTTTCCATTCTACTCCATGGATTTATCCACTTTCATCCATTCTTCTTCCTACAGCTGACCCCACCCTTCCTACGAGACATCCGCGTAAGCACGTCTCCCATTTCCCGGTATAGAGA
CCTCACTGCTTATTATTCGCCATCCGATCTCCTTTTTAAACTCTTCCTGGAGCTCCAATTCTTAGCTAATTCGCTGGAATTTCATACCATCGCTCTCCGCCAGTCTCGAAGCCGGAGACCTCCAGGATGAGGACGCAAAATCAGATCCGGAGGTAATATTTGAAATGTAGTGAAAATTGGCTACAACAGATATGGACTTT
CTGTACAAAGCTGATGTGTCGATTGGGTGTCAGAAATATGGACACAGAATTCCCTGGACATTTGGCACATTGATCTATTGATGCTATTGACAACTTCCAAAACTGTATTTTCTTGATTATATAATTTTATGCGCTGATACAGGACAATTGTAATATTCTCTTTCAGCTCTTGTAGAGATGCATGCTATCTGGGGTCAATG
GAATGTGCAAGTTGCATCTTGCTTGTGCCAATCATAATATTCTAATTTCTGAGTCAGCTCTTGTAGAGATGCATGCTGTTTGTGTTTAGTGGAGTGTGCAAGTTAAGGCGATCTTTCAAACCAAGTAGTATCTGGCAGGCAGgtctgttgcttggatatctgaaaatccaatagatttgtaaagaaaatccaataagttt
attttgccgaagctgctatttggtacctattgattaattgaacataataatccagagtggtttgcatgtgttcaagaacttgattgggccagtctctacttgctactgagattgttgtcattgctttctgtcaaattgtcaatcgaaatgaggagagttgcagcagATGATGAAATGGACAAAAGGCGGGCTGATGCAGA
GTTTGAACCTGGCCCTGTTCCCCCCTTCCGACCAGTAGACAGATATGGGTTTATAAAATCAGATCAAGTTAACCCTCCTGTTGAAGTCTCAAGCAAATGTAGACCAAGCAGTGACCAAGAAAGGTATGAAGTCACTTGAGATCTGGCTTGTTTTGATCCGTCTTGTATTGATATCCAGGTATGCATGTTTGTGAAAGTCT
GAAATATAAATATTTTAAATAATGTTAAGATTCATTATTCATATACTTTTCTTTTTCCTCAATGAATCATTTCTTGGATAGGATTTTTCATGTTCATGATAGATTCATATCTATAGTACTTATTACCACAGGAATCTGCTAAGTATTGAATTTTTGCAAAACATGCACACGAGGCCTAATATAGAA
Intron 9 GTGAGTTTAA ... GGTCTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 61.9 | 4 | 5 | 8 |
| A2 | 77.78 | 2 | 5 | 9 |
| A3 | 72.97 | 5 | 12 | 15 |
| A4 | 65.22 | 4 | 8 | 7 |
| A5 | 60 | 1 | 3 | 0 |
| A6 | 52 | 6 | 3 | 10 |
| A7 | 52.38 | 5 | 7 | 4 |
| A8 | 72.41 | 4 | 12 | 9 |
| A9 | 27.27 | 12 | 6 | 3 |
| A10 | 40 | 6 | 6 | 2 |
>TRINITY_DN40751_c2_g2_i6 from sample A9 / Example spliced isoformTGTAGAAAGAGGAGCAAGGGCAGAAAATCATCTATCCGTTGGAAGGAAGGATATTTATATCAAACAATTTAACATTTACCTTCTCCTTTATCCATGCTCTTCTGTGTTTGTGTGATTGGGTTTCTGGGTTTGAGTGGAATATGAATCTGTGATAACGTGTCTTAGTCTGTGTGTGGTTTAATGTCTGAGTGACTTTGTAT
GATTGGGTTTCCGTGATTGAATGGAATATGAGTCTGTGTGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAGGAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAACGAGCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAA
TGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAGGAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAA
CGAGCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAATGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGCAAATCATATCCACATTGTGCAGTAGATTGCATCTGTAAATATTTCTCGTATCTTCGCCTGTGAAGCCATTTTGATTTCTCAACGATTCTGCCGATCTCCTATCTTTTGTCTAAAGTAAACATGGA
GAAGTATGACCTACTAGACAAAATCGGAGAGGGATCATATGGGAAGGTTTTCAAGGGTAGAGTCAGAGCAACAGGTCAGATGGTGGCTCTCAAGAGAACATGTTCCCAGTTCAATGGCGAAGGGGTTCCTTCCAGTTCTCTCAGAGAAATCGCAAATCTCAAGTTGCTCTCCCGTGGTGAAAACATTGTCAAGTTGATGG
CGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCGCTATATATGGTATTTGAATTTATGGACTGTGACCTTCGAGATTTCTATCACAGATATTTAACCAACTATGAATCACTACCGCCCATGATCGTCAAGAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAGGCACGGAGTTATACACAGAGAC
TTGAAACCTCGGAATATATTAGTGAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATGGGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCTATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAACTTTGCAATTGACATTTGGGCTATTGGGTGCATTTT
TGCTGAATTGTGTATTATGGAGCCTTTCTTTCAAGGAGATACCCATACTAAATATCATCAAATAATTAAGATATTCCAGGTAATAGGAACTCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAAGTCAGCTTAAGTATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGCCTCGGGATTTGGGACATCTCATTCCAAATTTAGATGAAT
GTGGTTTGGACTTGTTATCAGTAAGATACTCTGCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTTACTTATTTAAGACTAAATAAATTTGATTGCCATAAATATATCTTCTTTTAGAAATGCTTATGTAAATTTTAATAAAAAAAAAATTATGCAG
>TRINITY_DN40751_c2_g2_i7 from sample A9 / Example unspliced isoform:TGTAGAAAGAGGAGCAAGGGCAGAAAATCATCTATCCGTTGGAAGGAAGGATATTTATATCAAACAATTTAACATTTACCTTCTCCTTTATCCATGCTCTTCTGTGTTTGTGTGATTGGGTTTCTGGGTTTGAGTGGAATATGAATCTGTGATAACGTGTCTTAGTCTGTGTGTGGTTTAATGTCTGAGTGACTTTGTAT
GATTGGGTTTCCGTGATTGAATGGAATATGAGTCTGTGTGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAGGAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAACGAGCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAA
TGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAGGAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAA
CGAGCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAATGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGTCTCTCTTCGCAGGTGATTATTTAACCACATCACATCGCACTCCCATTCCAGGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCGCTATATATGGTATTTGAATTTATGGACT
GTGACCTTCGAGATTTCTATCACAGATATTTAACCAACTATGAATCACTACCGCCCATGATCGTCAAGAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAGGCACGGAGTTATACACAGGTCACTCTTATATTTTCTTCTGTTGTGAGCTCAGCTGATATTTTAAAATATATATTTGTATTAACGTATC
CGATGTTATGCATACGATTTTGGGATTGCAGAGACTTGAAACCTCGGAATATATTAGTGAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATGGGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCTATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAAC
TTTGCAATTGACATTTGGGCTATTGGGTGCATTTTTGGTACAGTACATTCCATTTCGTATAAAGTTTTCTGGTTTGTATGGTTTATTCAGTTTAAAAAAAGAGTTAATGGTAATTGTTGTAACTAATTATGCAGCTGAATTGTGTATTATGGAGCCTTTCTTTCAAGGAGATACCCATACTAAATATCATCAAATAATTA
AGATATTCCAgtgagtttaagtatttttaatctcaaaaaagtgtttactgtaattgtattgtctttttggtcgaaataaaattaccatagttttgctttggtctttcagGGTAATAGGAACTCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAAGTCAGCTTAAGTATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGCCTCGGGAT
TTGGGACATCTCATTCCAAATTTAGATGAATGTGGTTTGGACTTGTTATCAGTAAGATACTCTGCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTTACTTATTTAAGACTAAATAAATTTGATTGCCATAAATATATCTTCTTTTAGAAATGCTTATGTAAATTTTAATAAAAAAAAAATTATGCAG
Intron 10 GTACAGTACA ... AATTATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 50 | 8 | 9 | 7 |
| A2 | 85.19 | 2 | 10 | 13 |
| A3 | 84 | 2 | 10 | 11 |
| A4 | 60 | 7 | 13 | 8 |
| A5 | 72.97 | 5 | 14 | 13 |
| A6 | 64 | 9 | 18 | 14 |
| A7 | 76.92 | 3 | 10 | 10 |
| A8 | 63.22 | 16 | 34 | 21 |
| A9 | 34.78 | 15 | 5 | 11 |
| A10 | 64.71 | 9 | 9 | 24 |
>TRINITY_DN40751_c2_g2_i6 from sample A9 / Example spliced isoformTGTAGAAAGAGGAGCAAGGGCAGAAAATCATCTATCCGTTGGAAGGAAGGATATTTATATCAAACAATTTAACATTTACCTTCTCCTTTATCCATGCTCTTCTGTGTTTGTGTGATTGGGTTTCTGGGTTTGAGTGGAATATGAATCTGTGATAACGTGTCTTAGTCTGTGTGTGGTTTAATGTCTGAGTGACTTTGTAT
GATTGGGTTTCCGTGATTGAATGGAATATGAGTCTGTGTGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAGGAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAACGAGCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAA
TGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAGGAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAA
CGAGCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAATGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGCAAATCATATCCACATTGTGCAGTAGATTGCATCTGTAAATATTTCTCGTATCTTCGCCTGTGAAGCCATTTTGATTTCTCAACGATTCTGCCGATCTCCTATCTTTTGTCTAAAGTAAACATGGA
GAAGTATGACCTACTAGACAAAATCGGAGAGGGATCATATGGGAAGGTTTTCAAGGGTAGAGTCAGAGCAACAGGTCAGATGGTGGCTCTCAAGAGAACATGTTCCCAGTTCAATGGCGAAGGGGTTCCTTCCAGTTCTCTCAGAGAAATCGCAAATCTCAAGTTGCTCTCCCGTGGTGAAAACATTGTCAAGTTGATGG
CGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCGCTATATATGGTATTTGAATTTATGGACTGTGACCTTCGAGATTTCTATCACAGATATTTAACCAACTATGAATCACTACCGCCCATGATCGTCAAGAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAGGCACGGAGTTATACACAGAGAC
TTGAAACCTCGGAATATATTAGTGAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATGGGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCTATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAACTTTGCAATTGACATTTGGGCTATTGGGTGCATTTT
TGCTGAATTGTGTATTATGGAGCCTTTCTTTCAAGGAGATACCCATACTAAATATCATCAAATAATTAAGATATTCCAGGTAATAGGAACTCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAAGTCAGCTTAAGTATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGCCTCGGGATTTGGGACATCTCATTCCAAATTTAGATGAAT
GTGGTTTGGACTTGTTATCAGTAAGATACTCTGCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTTACTTATTTAAGACTAAATAAATTTGATTGCCATAAATATATCTTCTTTTAGAAATGCTTATGTAAATTTTAATAAAAAAAAAATTATGCAG
>TRINITY_DN40751_c2_g2_i8 from sample A9 / Example unspliced isoform:TGTAGAAAGAGGAGCAAGGGCAGAAAATCATCTATCCGTTGGAAGGAAGGATATTTATATCAAACAATTTAACATTTACCTTCTCCTTTATCCATGCTCTTCTGTGTTTGTGTGATTGGGTTTCTGGGTTTGAGTGGAATATGAATCTGTGATAACGTGTCTTAGTCTGTGTGTGGTTTAATGTCTGAGTGACTTTGTAT
GATTGGGTTTCCGTGATTGAATGGAATATGAGTCTGTGTGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAGGAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAACGAGCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAA
TGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAGGAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAA
CGAGCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAATGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGCAAATCATATCCACATTGTGCAGTAGATTGCATCTGTAAATATTTCTCGTATCTTCGCCTGTGAAGCCATTTTGATTTCTCAACGATTCTGCCGATCTCCTATCTTTTGTCTAAAGTAAACATGGA
GAAGTATGACCTACTAGACAAAATCGGAGAGGGATCATATGGGAAGGTTTTCAAGGGTAGAGTCAGAGCAACAGGTCAGATGGTGGCTCTCAAGAGAACATGTTCCCAGTTCAATGGCGAAGGGGTTCCTTCCAGTTCTCTCAGAGAAATCGCAAATCTCAAGTTGCTCTCCCGTGGTGAAAACATTGTCAAGTATGTAT
GTTTTTATTTTTATTTTCACGTTTTTATTGCATATAAAGCAAAATTCGGTGGATTCTGATACCTGGCCCAAGTTTGTTTAATGTAATATTTAAAAAATTAAAATTAAAAATACAATGAAATGTGTAATATCCTTGGAATCAAGAATAGTAGGATAATCATGTAACCATCTTATCTTCCCTTATTTTAAATGGATTTCTTA
GAAATCAAAGTTCAAATAAATTTGGAGTATTGATCCATTTTGCCAGCATTTGAGTTAGATTAGAAGACACTAAAACCTTTAGAACTGGTAACATTTAAAGCTAAACTGATAAGATTTTTAGTTTAATTTTTTAAATAAAATAGATTCATTTTCTTATAAGATTATCCTATTCTTAAATCAAAATATATATAAATAATACA
TTTAAGAGTATAAACACTGGTTTATTCTCACGTTCAATGACCGGCTAAATTATTCCAGAGTTAATTGCTTTGCGAATTCGCTTATACTCTGCAGGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCGCTATATATGGTATTTGAATTTATGGACTGTGACCTTCGAGATTTCTATCACAGATATTTA
ACCAACTATGAATCACTACCGCCCATGATCGTCAAGGTCCACTTAATATATATATTTTCAATGCATTGCATTGTGCATAGTATAACGCTGTATTGTTTATATCGTACACGAATTATAATTTTTATTTTGTTGTTGAGAATATCGCTGTTGTTGCAGAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAG
GCACGGAGTTATACACAGAGACTTGAAACCTCGGAATATATTAGTGAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATGGGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCTATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAACTTTGCAATTGACA
TTTGGGCTATTGGGTGCATTTTTGgtacagtacattccatttcgtataaagttttctggtttgtatggtttattcagtttaaaaaaagagttaatggtaattgttgtaactaattatgcagCTGAATTGTGTATTATGGAGCCTTTCTTTCAAGGAGATACCCATACTAAATATCATCAAATAATTAAGATATTCCAGTG
AGTTTAAGTATTTTTAATCTCAAAAAAGTGTTTACTGTAATTGTATTGTCTTTTTGGTCGAAATAAAATTACCATAGTTTTGCTTTGGTCTTTCAGGGTAATAGGAACTCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAAGTCAGCTTAAGTATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGCCTCGGGATTTGGGACATCTCA
TTCCAAATTTAGATGAATGTGGTTTGGACTTGTTATCAGTAAGATACTCTGCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTTACTTATTTAAGACTAAATAAATTTGATTGCCATAAATATATCTTCTTTTAGAAATGCTTATGTAAATTTTAATAAAAAAAAAATTATGCAG
Intron 11 GTCACTCTTA ... GGGATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.44 | 15 | 4.8 | 3 |
| A2 | 28.96 | 23.3 | 8.3 | 10 |
| A3 | 65.89 | 3.3 | 7.3 | 5 |
| A4 | 28.41 | 11.3 | 3 | 6 |
| A5 | 39.59 | 10.5 | 3.8 | 10 |
| A6 | 28.93 | 14.8 | 4 | 8 |
| A7 | 14.83 | 9.5 | 3 | 0 |
| A8 | 42.93 | 11.5 | 7.3 | 10 |
| A9 | 48.66 | 12 | 5.5 | 17 |
| A10 | 18.1 | 15.8 | 5.5 | 1 |
>TRINITY_DN40751_c2_g2_i8 from sample A9 / Example spliced isoformTGTAGAAAGAGGAGCAAGGGCAGAAAATCATCTATCCGTTGGAAGGAAGGATATTTATATCAAACAATTTAACATTTACCTTCTCCTTTATCCATGCTCTTCTGTGTTTGTGTGATTGGGTTTCTGGGTTTGAGTGGAATATGAATCTGTGATAACGTGTCTTAGTCTGTGTGTGGTTTAATGTCTGAGTGACTTTGTAT
GATTGGGTTTCCGTGATTGAATGGAATATGAGTCTGTGTGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAGGAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAACGAGCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAA
TGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAGGAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAA
CGAGCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAATGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGCAAATCATATCCACATTGTGCAGTAGATTGCATCTGTAAATATTTCTCGTATCTTCGCCTGTGAAGCCATTTTGATTTCTCAACGATTCTGCCGATCTCCTATCTTTTGTCTAAAGTAAACATGGA
GAAGTATGACCTACTAGACAAAATCGGAGAGGGATCATATGGGAAGGTTTTCAAGGGTAGAGTCAGAGCAACAGGTCAGATGGTGGCTCTCAAGAGAACATGTTCCCAGTTCAATGGCGAAGGGGTTCCTTCCAGTTCTCTCAGAGAAATCGCAAATCTCAAGTTGCTCTCCCGTGGTGAAAACATTGTCAAGTATGTAT
GTTTTTATTTTTATTTTCACGTTTTTATTGCATATAAAGCAAAATTCGGTGGATTCTGATACCTGGCCCAAGTTTGTTTAATGTAATATTTAAAAAATTAAAATTAAAAATACAATGAAATGTGTAATATCCTTGGAATCAAGAATAGTAGGATAATCATGTAACCATCTTATCTTCCCTTATTTTAAATGGATTTCTTA
GAAATCAAAGTTCAAATAAATTTGGAGTATTGATCCATTTTGCCAGCATTTGAGTTAGATTAGAAGACACTAAAACCTTTAGAACTGGTAACATTTAAAGCTAAACTGATAAGATTTTTAGTTTAATTTTTTAAATAAAATAGATTCATTTTCTTATAAGATTATCCTATTCTTAAATCAAAATATATATAAATAATACA
TTTAAGAGTATAAACACTGGTTTATTCTCACGTTCAATGACCGGCTAAATTATTCCAGAGTTAATTGCTTTGCGAATTCGCTTATACTCTGCAGGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCGCTATATATGGTATTTGAATTTATGGACTGTGACCTTCGAGATTTCTATCACAGATATTTA
ACCAACTATGAATCACTACCGCCCATGATCGTCAAGGTCCACTTAATATATATATTTTCAATGCATTGCATTGTGCATAGTATAACGCTGTATTGTTTATATCGTACACGAATTATAATTTTTATTTTGTTGTTGAGAATATCGCTGTTGTTGCAGAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAG
GCACGGAGTTATACACAGAGACTTGAAACCTCGGAATATATTAGTGAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATGGGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCTATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAACTTTGCAATTGACA
TTTGGGCTATTGGGTGCATTTTTGGTACAGTACATTCCATTTCGTATAAAGTTTTCTGGTTTGTATGGTTTATTCAGTTTAAAAAAAGAGTTAATGGTAATTGTTGTAACTAATTATGCAGCTGAATTGTGTATTATGGAGCCTTTCTTTCAAGGAGATACCCATACTAAATATCATCAAATAATTAAGATATTCCAGTG
AGTTTAAGTATTTTTAATCTCAAAAAAGTGTTTACTGTAATTGTATTGTCTTTTTGGTCGAAATAAAATTACCATAGTTTTGCTTTGGTCTTTCAGGGTAATAGGAACTCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAAGTCAGCTTAAGTATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGCCTCGGGATTTGGGACATCTCA
TTCCAAATTTAGATGAATGTGGTTTGGACTTGTTATCAGTAAGATACTCTGCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTTACTTATTTAAGACTAAATAAATTTGATTGCCATAAATATATCTTCTTTTAGAAATGCTTATGTAAATTTTAATAAAAAAAAAATTATGCAG
>TRINITY_DN40751_c2_g2_i7 from sample A9 / Example unspliced isoform:TGTAGAAAGAGGAGCAAGGGCAGAAAATCATCTATCCGTTGGAAGGAAGGATATTTATATCAAACAATTTAACATTTACCTTCTCCTTTATCCATGCTCTTCTGTGTTTGTGTGATTGGGTTTCTGGGTTTGAGTGGAATATGAATCTGTGATAACGTGTCTTAGTCTGTGTGTGGTTTAATGTCTGAGTGACTTTGTAT
GATTGGGTTTCCGTGATTGAATGGAATATGAGTCTGTGTGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAGGAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAACGAGCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAA
TGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAGGAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAA
CGAGCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAATGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGTCTCTCTTCGCAGGTGATTATTTAACCACATCACATCGCACTCCCATTCCAGGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCGCTATATATGGTATTTGAATTTATGGACT
GTGACCTTCGAGATTTCTATCACAGATATTTAACCAACTATGAATCACTACCGCCCATGATCGTCAAGAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAGGCACGGAGTTATACACAGgtcactcttatattttcttctgttgtgagctcagctgatattttaaaatatatatttgtattaacgtatc
cgatgttatgcatacgattttgggattgcagAGACTTGAAACCTCGGAATATATTAGTGAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATGGGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCTATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAAC
TTTGCAATTGACATTTGGGCTATTGGGTGCATTTTTGGTACAGTACATTCCATTTCGTATAAAGTTTTCTGGTTTGTATGGTTTATTCAGTTTAAAAAAAGAGTTAATGGTAATTGTTGTAACTAATTATGCAGCTGAATTGTGTATTATGGAGCCTTTCTTTCAAGGAGATACCCATACTAAATATCATCAAATAATTA
AGATATTCCAGTGAGTTTAAGTATTTTTAATCTCAAAAAAGTGTTTACTGTAATTGTATTGTCTTTTTGGTCGAAATAAAATTACCATAGTTTTGCTTTGGTCTTTCAGGGTAATAGGAACTCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAAGTCAGCTTAAGTATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGCCTCGGGAT
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