sp|Q7F830|CCA11_ORYSJ ----> Cyclin-A1-1
Intron 1 GTCAGTATGA ... TTCTTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 27.52 | 168.7 | 0.8 | 62 |
| A2 | 31.71 | 117.5 | 6.1 | 53 |
| A3 | 22.7 | 167.1 | 2.6 | 46 |
| A4 | 31.08 | 92.9 | 7.1 | 41 |
| A5 | 22.48 | 45.8 | 1.6 | 12 |
| A6 | 25.9 | 524.8 | 5.3 | 176 |
| A7 | 26.03 | 700.3 | 8.3 | 240 |
| A8 | 22.25 | 668.4 | 10.8 | 184 |
| A9 | 23.48 | 628.5 | 2 | 185 |
| A10 | 25.68 | 543.3 | 2 | 181 |
>TRINITY_DN104933_c0_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoformCCGTCACTGATTGAAAATTCAAAATTAGGCGGGCTCTTGAATCCGCACCAAAAATGGGAGGGAAGTTTTGGGATAACAGCCATCGCTAACTAGATTTTGTTTCCATCCATAACCTACATATCCTTCATCTCTTCCCCTTTTTGTTCCTCGCCACAGTACGCTCACCGAATTTCAGATGATCTCTCTCGACTATTATATTG
GTCGGCACTACTGGTAAGCTGGAAGCACTGCTGCATTTCTTGGCTTCAAACCCTGTTAATCTTTGCTCGACTTTCACCGTAAACATTGCTTTCCACGGAGTAGCACTGTTCTTTAGTTCAAGGGTCACCGTAAATACCCTGTCGACAGTTCGTTTTATTGACATTTCGCCTTTTTATTTTTGGAAATCTATTGGTCCAGT
GAATGACAGAAGGCCCTTGACGCCAAGAAGTTGAGAAATTACTGGGACGGATTGTAAGTGCTCTGTCTGTTAGCGGATCTTGGTTTTGGTGGGAAGATAAAGATGTCAGGGACACAGGAAAACTGCGGCCGTATTACTCGAGCTCGAGCTGCCTGTGGCTCGAAAGCTGCTGCTGCTTTGATTCAACCTCAAGCAGATGA
GAAGAAAGCCAGAAAAAGAGCTCCTAAGCGAGCCGCAGTAGATGATCTTGCTGCCAATGTGATTGGTAATCAGCCTAAAAGGCGTGCGGTTTTGGGTGACGTCACAAATCTTCATGCTCCCGCTGTCAATTGCTTGCCAACAGCGGAACAACAGGTTGCTGCTCCCAATCCTAGCAACAAAGGGCGGGGGCGTAACAAGA
AAAAGGAGGCACGGACTGTAACTAAAGTAGTTAAAGCTGAAATTCATCCGGAATCGAATCCTTCTGCGGATCATAGTTCGAGTAATTCGGAATGTCAAAAGCCTCTTGCTGCAAAATTATCAGAGCAACGATTATTACGAGGCGTACCTTCAAAGGCAAAGCAGGGGGAAAGCTCCAACACACAAAGCCATCTGAAGCAT
GCAGACATAGACAAAGACCACGCAGATCCTCAAATGTGTGCTACTTATGTCGAAGATATTTACGAGTATTTGCGAAACGCAGAGTTGAAGAACAGGCCTTCGGCAAATTTTATGGAGACTGTACAGAATGATATCACCCCAAACATGCGGGGAATTCTCGTTGATTGGCTGGTAGAGGTTAGCGAGGAGTATAAGCTTGT
CCCTGACACACTGTACTTGACAGTATCTTACATTGATCGTTATCTGTCTGCAAATCCAACTAGCAGGCACAAACTGCAACTTCTGGGAGTCTCTTGCATGCTAATTGCCTCGAAATACGAGGAAGTCTGCCCTCCTCACGTGGAAGAATTCTGTTATATCACAGATAATACATATACAAGAGAAGAGATGTTGTCAATGG
AGAGGAAAATCTTAACCTTCTTGAACTTTGAGATGACAATGCCTACAATAAAGAGTTTCCTCAGGCGCTTTGTACGGGCTTCCCAAGCAGGGAATAAGGCTCCAACTTTACATATGGAGTTTTTAGCCAATTATTTGGCAGAGTTGACACTCATGGAATGCAGTTTTCTCCAATACCTACCATCCTTGATAGCAGCCTCA
ACTGTATTTCTTTCTCGATTGACTCTTGATTTTATAACACATCCATGGAATCCAACTTTGGAGCATTATACAGGATACAAGGCATCACAACTTAAGGAGTGTGTAATGGCAATCTATAATGTACAAGTGAATCGAAAAGCTAGTACATTGGTTGCAATAAGGGAAAAATATCAACAACACAAGTTCAAATGTGTAGCAAG
CCTGCCTCCACCTCCTTTTATTGCTGAAAGGTTCTTCGCAGACATTCCAAACTAAAGCTGTACATCATTGGCGTGCATAAGCATTTTGACCAAGTTTGTTGGAAGTACAATCTCATGTAAGAGTTGTAATTGAATTTGGGTTCTTGTAGTTCTTGTTGGTCGGCTTAGTTTCAATTTCCATTTAAATGTGCCAATTTGTT
CAGGCCTTTAGTGCCCATTCATTTGGTGCTCATTTGTACTTTTAACTTGAAACCACTTACCAATTTTGGGAGCTATGGGGTGCTTGCATTACACAGCTACATAAATATTAAGTCAGCCTCAAAGGGAGGTGCCCATCTATCAAATTGTATCATATTTCTGAGAAATTATGTCTGATACTAGTTTGCAAGCTAGATAAGTC
CATGTGGTCATGGACAGATTAACATGATCTGGTACAGAAAATGTTTGTTAAGGCCAAAGCTTGGAATATGTGGATGAGTAATTGACATATTAATCTATTCATCAAAGGTATTATACAAATTTTGGTTTCTGGTTGTCTG
>TRINITY_DN104933_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:ATAATACATATACAAGAGAAGAGGTATCTGCAACTTCCTTCAGTAAATATACACTCTTTCTCTCAGGGTTACACTTACTAATTGGGCATTTAAAGAAACTGATTTTTTTTTTCCTGGCATTTAGTTAGTAAAATTTATTTCTGTCCTATCATTACTAATTCAGATAACAAAATTAGTAGGGCAATTCTTAAAGTTTATGT
TTGTTAATTAGCTCTTTTTTAATTGTAGGGATTGTAAATTTGGGAATATCCTTAACTCAATTTTCATGAGGGGAGTATATTAACCCAGGTTTGAATTTGGGTCATTATTATAACAACTATTCCAAATCATAGCAAGGTCACAGGGAAATTTAAATTAAACATAAATATTTTGCTTCACATATGTATATACACGAGTTACA
CAAAATCATTTAATATAATCTGAAATTAAACCTTCATTGCTCATGGGTACTTATTGTTAATTATCATGGCCTATCAATCATCAATAATCATAACATAACATTGAGGCAGCCATTCATCCTCAACATATTTGTTTATTCCATGGGTTTATAACTCTTCCAACAAAGAGTATGTGAACTAGTTTGTATTTTATTATCGCTGG
TCTTCTTTTTCCATGTAAGCAAAATTTGTTTTGGTGTCAAGTTGATTCCAAATTTAGGTTGTTTTGATTTTTTTTTATAATAACACAATTTGGTCACATGGATGCTGCATGATAAGGTATGCATGCATGTGTATGATTTATGAAAACTTACTTACCTTTTGAGTATCCAGCAAAGTAGATGTCAATTCTGTTGTTCTGGC
CATAACAAAAGTCATAGCATTGTCTATGACGTGTTTTTAGGGTTATTTTGCAAGAATTCTAAGCTTACTTCATTCCAACCTCGTGACAACCTGTTAATAAATTTTTATAATGACAATATTGAACAAAGCTTTGAACTTGAAAACGAACTTGGATGGAAAAGAACTTGTGCTTTTGTGATTCATTTGGTGACAGTGGTACT
TGCAGCAGTCATGTTATAGATTATTGCTTACCACTCGATTGCATTAATTGAATTTGGTTTTACTTTCTAGTATACTCCGTATCTTTGCTTATCCATGATGAAACTCTGTAGATGTTGTCAATGGAGAGGAAAATCTTAACCTTCTTGAACTTTGAGATGACAATGCCTACAATAAAGAGTTTCCTCAGGTATGTCGTTTT
CGTAGGCATCTCCCTCTAATGTGTTTTACCAGCTATATGTTATTTTAGCTATTTTGTTCTTCTCTTACTGGTATGGATGGTTTTGAACAGGCGCTTTGTACGGGCTTCCCAAGCAGGGAATAAGgtcagtatgaatgctagtaagattttaattatgtagtgtggtcttgatttgtaattattgataggaaacgagactg
aaccggtgtccttttattctgtactggtatgcttacttttttaaattgaaatacttcttggcagGCTCCAACTTTACATATGGAGTTTTTAGCCAATTATTTGGCAGAGTTGACACTCATGGAATGCAGTTTTCTCCAATACCTACCATCCTTGATAGCAGCCTCAACTGTATTTCTTTCTCGATTGACTCTTGATTTTA
TAACACATCCATGGAATCCAACTTTGGAGCATTATACAGGATACAAGGCATCACAACTTAAGGAGTGTGTAATGGCAATCTATAATGTACAAGTGAATCGAAAAGCTAGTACATTGGTTGCAATAAGGGAAAAATATCAACAACACAAGTTCAAATGTGTAGCAAGCCTGCCTCCACCTCCTTTTATTGCTGAAAGGTTC
TTCGCAGACATTCCAAACTAAAGCTGTACATCATTGGCGTGCATAAGCATTTTGACCAAGTTTGTTGGAAGTACAATCTCATGTAAGAGTTGTAATTGAATTTGGGTTCTTGTAGTTCTTGTTGGTCGGCTTAGTTTCAATTTCCATTTAAATGTGCCAATTTGTTCAGGCCTTTAGTGCCCATTCATTTGGTGCTCATT
TGTACTTTTAACTTGAAACCACTTACCAATTTTGGGAGCTATGGGGTGCTTGCATTACACAGCTACATAAATATTAAGTCAGCCTCAAAGGGAGGTGCCCATCTATCAAATTGTATCATATTTCTGAGAAATTATGTCTGATACTAGTTTGCAAGCTAGATAAGTCCATGTGGTCATGGACAGATTAACATGATCTGGTA
CAGAAAATGTTTGTTAAGGCCAAAGCTTGGAATATGTGGATGAGTAATTGACATATTAATCTATTCATCAAAGGTATTATACAAATTTTGGTTTCTGGTTGTCTG
Intron 2 GTATCTGCAA ... AACTCTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 11.21 | 199.2 | 29 | 3 |
| A2 | 11.88 | 179.3 | 27 | 6 |
| A3 | 7.64 | 199.8 | 18.5 | 6 |
| A4 | 10.21 | 187.8 | 24 | 2 |
| A5 | 9.01 | 79.3 | 8.5 | 1 |
| A6 | 8.04 | 564.2 | 56 | 13 |
| A7 | 8.15 | 787.3 | 78.5 | 15 |
| A8 | 8.23 | 651.5 | 67 | 23 |
| A9 | 9.72 | 836 | 104.5 | 14 |
| A10 | 8.31 | 725.8 | 74.5 | 8 |
>TRINITY_DN104933_c0_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoformCCGTCACTGATTGAAAATTCAAAATTAGGCGGGCTCTTGAATCCGCACCAAAAATGGGAGGGAAGTTTTGGGATAACAGCCATCGCTAACTAGATTTTGTTTCCATCCATAACCTACATATCCTTCATCTCTTCCCCTTTTTGTTCCTCGCCACAGTACGCTCACCGAATTTCAGATGATCTCTCTCGACTATTATATTG
GTCGGCACTACTGGTAAGCTGGAAGCACTGCTGCATTTCTTGGCTTCAAACCCTGTTAATCTTTGCTCGACTTTCACCGTAAACATTGCTTTCCACGGAGTAGCACTGTTCTTTAGTTCAAGGGTCACCGTAAATACCCTGTCGACAGTTCGTTTTATTGACATTTCGCCTTTTTATTTTTGGAAATCTATTGGTCCAGT
GAATGACAGAAGGCCCTTGACGCCAAGAAGTTGAGAAATTACTGGGACGGATTGTAAGTGCTCTGTCTGTTAGCGGATCTTGGTTTTGGTGGGAAGATAAAGATGTCAGGGACACAGGAAAACTGCGGCCGTATTACTCGAGCTCGAGCTGCCTGTGGCTCGAAAGCTGCTGCTGCTTTGATTCAACCTCAAGCAGATGA
GAAGAAAGCCAGAAAAAGAGCTCCTAAGCGAGCCGCAGTAGATGATCTTGCTGCCAATGTGATTGGTAATCAGCCTAAAAGGCGTGCGGTTTTGGGTGACGTCACAAATCTTCATGCTCCCGCTGTCAATTGCTTGCCAACAGCGGAACAACAGGTTGCTGCTCCCAATCCTAGCAACAAAGGGCGGGGGCGTAACAAGA
AAAAGGAGGCACGGACTGTAACTAAAGTAGTTAAAGCTGAAATTCATCCGGAATCGAATCCTTCTGCGGATCATAGTTCGAGTAATTCGGAATGTCAAAAGCCTCTTGCTGCAAAATTATCAGAGCAACGATTATTACGAGGCGTACCTTCAAAGGCAAAGCAGGGGGAAAGCTCCAACACACAAAGCCATCTGAAGCAT
GCAGACATAGACAAAGACCACGCAGATCCTCAAATGTGTGCTACTTATGTCGAAGATATTTACGAGTATTTGCGAAACGCAGAGTTGAAGAACAGGCCTTCGGCAAATTTTATGGAGACTGTACAGAATGATATCACCCCAAACATGCGGGGAATTCTCGTTGATTGGCTGGTAGAGGTTAGCGAGGAGTATAAGCTTGT
CCCTGACACACTGTACTTGACAGTATCTTACATTGATCGTTATCTGTCTGCAAATCCAACTAGCAGGCACAAACTGCAACTTCTGGGAGTCTCTTGCATGCTAATTGCCTCGAAATACGAGGAAGTCTGCCCTCCTCACGTGGAAGAATTCTGTTATATCACAGATAATACATATACAAGAGAAGAGATGTTGTCAATGG
AGAGGAAAATCTTAACCTTCTTGAACTTTGAGATGACAATGCCTACAATAAAGAGTTTCCTCAGGCGCTTTGTACGGGCTTCCCAAGCAGGGAATAAGGCTCCAACTTTACATATGGAGTTTTTAGCCAATTATTTGGCAGAGTTGACACTCATGGAATGCAGTTTTCTCCAATACCTACCATCCTTGATAGCAGCCTCA
ACTGTATTTCTTTCTCGATTGACTCTTGATTTTATAACACATCCATGGAATCCAACTTTGGAGCATTATACAGGATACAAGGCATCACAACTTAAGGAGTGTGTAATGGCAATCTATAATGTACAAGTGAATCGAAAAGCTAGTACATTGGTTGCAATAAGGGAAAAATATCAACAACACAAGTTCAAATGTGTAGCAAG
CCTGCCTCCACCTCCTTTTATTGCTGAAAGGTTCTTCGCAGACATTCCAAACTAAAGCTGTACATCATTGGCGTGCATAAGCATTTTGACCAAGTTTGTTGGAAGTACAATCTCATGTAAGAGTTGTAATTGAATTTGGGTTCTTGTAGTTCTTGTTGGTCGGCTTAGTTTCAATTTCCATTTAAATGTGCCAATTTGTT
CAGGCCTTTAGTGCCCATTCATTTGGTGCTCATTTGTACTTTTAACTTGAAACCACTTACCAATTTTGGGAGCTATGGGGTGCTTGCATTACACAGCTACATAAATATTAAGTCAGCCTCAAAGGGAGGTGCCCATCTATCAAATTGTATCATATTTCTGAGAAATTATGTCTGATACTAGTTTGCAAGCTAGATAAGTC
CATGTGGTCATGGACAGATTAACATGATCTGGTACAGAAAATGTTTGTTAAGGCCAAAGCTTGGAATATGTGGATGAGTAATTGACATATTAATCTATTCATCAAAGGTATTATACAAATTTTGGTTTCTGGTTGTCTG
>TRINITY_DN104933_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:ATAATACATATACAAGAGAAGAGgtatctgcaacttccttcagtaaatatacactctttctctcagggttacacttactaattgggcatttaaagaaactgattttttttttcctggcatttagttagtaaaatttatttctgtcctatcattactaattcagataacaaaattagtagggcaattcttaaagtttatgt
ttgttaattagctcttttttaattgtagggattgtaaatttgggaatatccttaactcaattttcatgaggggagtatattaacccaggtttgaatttgggtcattattataacaactattccaaatcatagcaaggtcacagggaaatttaaattaaacataaatattttgcttcacatatgtatatacacgagttaca
caaaatcatttaatataatctgaaattaaaccttcattgctcatgggtacttattgttaattatcatggcctatcaatcatcaataatcataacataacattgaggcagccattcatcctcaacatatttgtttattccatgggtttataactcttccaacaaagagtatgtgaactagtttgtattttattatcgctgg
tcttctttttccatgtaagcaaaatttgttttggtgtcaagttgattccaaatttaggttgttttgatttttttttataataacacaatttggtcacatggatgctgcatgataaggtatgcatgcatgtgtatgatttatgaaaacttacttaccttttgagtatccagcaaagtagatgtcaattctgttgttctggc
cataacaaaagtcatagcattgtctatgacgtgtttttagggttattttgcaagaattctaagcttacttcattccaacctcgtgacaacctgttaataaatttttataatgacaatattgaacaaagctttgaacttgaaaacgaacttggatggaaaagaacttgtgcttttgtgattcatttggtgacagtggtact
tgcagcagtcatgttatagattattgcttaccactcgattgcattaattgaatttggttttactttctagtatactccgtatctttgcttatccatgatgaaactctgtagATGTTGTCAATGGAGAGGAAAATCTTAACCTTCTTGAACTTTGAGATGACAATGCCTACAATAAAGAGTTTCCTCAGGTATGTCGTTTT
CGTAGGCATCTCCCTCTAATGTGTTTTACCAGCTATATGTTATTTTAGCTATTTTGTTCTTCTCTTACTGGTATGGATGGTTTTGAACAGGCGCTTTGTACGGGCTTCCCAAGCAGGGAATAAGGTCAGTATGAATGCTAGTAAGATTTTAATTATGTAGTGTGGTCTTGATTTGTAATTATTGATAGGAAACGAGACTG
AACCGGTGTCCTTTTATTCTGTACTGGTATGCTTACTTTTTTAAATTGAAATACTTCTTGGCAGGCTCCAACTTTACATATGGAGTTTTTAGCCAATTATTTGGCAGAGTTGACACTCATGGAATGCAGTTTTCTCCAATACCTACCATCCTTGATAGCAGCCTCAACTGTATTTCTTTCTCGATTGACTCTTGATTTTA
TAACACATCCATGGAATCCAACTTTGGAGCATTATACAGGATACAAGGCATCACAACTTAAGGAGTGTGTAATGGCAATCTATAATGTACAAGTGAATCGAAAAGCTAGTACATTGGTTGCAATAAGGGAAAAATATCAACAACACAAGTTCAAATGTGTAGCAAGCCTGCCTCCACCTCCTTTTATTGCTGAAAGGTTC
TTCGCAGACATTCCAAACTAAAGCTGTACATCATTGGCGTGCATAAGCATTTTGACCAAGTTTGTTGGAAGTACAATCTCATGTAAGAGTTGTAATTGAATTTGGGTTCTTGTAGTTCTTGTTGGTCGGCTTAGTTTCAATTTCCATTTAAATGTGCCAATTTGTTCAGGCCTTTAGTGCCCATTCATTTGGTGCTCATT
TGTACTTTTAACTTGAAACCACTTACCAATTTTGGGAGCTATGGGGTGCTTGCATTACACAGCTACATAAATATTAAGTCAGCCTCAAAGGGAGGTGCCCATCTATCAAATTGTATCATATTTCTGAGAAATTATGTCTGATACTAGTTTGCAAGCTAGATAAGTCCATGTGGTCATGGACAGATTAACATGATCTGGTA
CAGAAAATGTTTGTTAAGGCCAAAGCTTGGAATATGTGGATGAGTAATTGACATATTAATCTATTCATCAAAGGTATTATACAAATTTTGGTTTCTGGTTGTCTG
Intron 3 GTACGCTTTC ... ACCATAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.37 | 250 | 18 | 85 |
| A2 | 18.62 | 153 | 15.5 | 35 |
| A3 | 21.89 | 207 | 19 | 58 |
| A4 | 24.41 | 161 | 25.5 | 52 |
| A5 | 26.76 | 52 | 3 | 19 |
| A6 | 27.26 | 798 | 73 | 299 |
| A7 | 23.53 | 812.5 | 88.5 | 250 |
| A8 | 27.51 | 1048.5 | 98.5 | 398 |
| A9 | 23.51 | 986 | 100.5 | 303 |
| A10 | 22.09 | 698 | 86.5 | 198 |
>TRINITY_DN97238_c0_g1_i7 from sample A4 / Example spliced isoformCGCACCAAAAATGGGAGGGAAGTTTTGGGATAACAGCCATCGCTAACTAGATTTTGTTTCCATCCATAACCTACATATCCTTCATCTCTTCCCCTTTTTGTTCCTCGCCACAGTACGCTCACCGAATTTCAGATGATCTCTCTCGACTATTATATTGGTCGGCACTACTGGTAAGCTGGAAGCACTGCTGCATTTCTTGG
CTTCAAACCCTGTTAATCTTTGCTCGACTTTCACCGTAAACATTGCTTTCCACGGAGTAGCACTGTTCTTTAGTTCAAGGGTCACCGTAAATACCCTGTCGACAGTTCGTTTTATTGACATTTCGCCTTTTTATTTTTGGAAATCTATTGGTCCAGTGAATGACAGAAGGCCCTTGACGCCAAGAAGTTGAGAAATTACT
GGGACGGATTGTAAGTGCTCTGTCTGTTAGCGGATCTTGGTTTTGGTGGGAAGATAAAGATGTCAGGGACACAGGAAAACTGCGGCCGTATTACTCGAGCTCGAGCTGCCTGTGGCTCGAAAGCTGCTGCTGCTTTGATTCAACCTCAAGCAGATGAGAAGAAAGCCAGAAAAAGAGCTCCTAAGCGAGCCGCAGTAGAT
GATCTTGCTGCCAATGTGATTGGTAATCAGCCTAAAAGGCGTGCGGTTTTGGGTGACGTCACAAATCTTCATGCTCCCGCTGTCAATTGCTTGCCAACAGCGGAACAACAGGTTGCTGCTCCCAATCCTAGCAACAAAGGGCGGGGGCGTAACAAGAAAAAGGAGGCACGGACTGTAACTAAAGTAGTTAAAGCTGAAAT
TCATCCGGAATCGAATCCTTCTGCGGATCATAGTTCGAGTAATTCGGAATGTCAAAAGCCTCTTGCTGCAAAATTATCAGAGCAACGATTATTACGAGGCGTACCTTCAAAGGCAAAGCAGGGGGAAAGCTCCAACACACAAAGCCATCTGAAGCATGCAGACATAGACAAAGACCACGCAGATCCTCAAATGTGTGCTA
CTTATGTCGAAGATATTTACGAGTATTTGCGAAACGCAGAGTTGAAGAACAGGCCTTCGGCAAATTTTATGGAGACTGTACAGAATGATATCACCCCAAACATGCGGGGAATTCTCGTTGATTGGCTGGTAGAGGTTAGCGAGGAGTATAAGCTTGTCCCTGACACACTGTACTTGACAGTATCTTACATTGATCGTTAT
CTGTCTGCAAATCCAACTAGCAGGCACAAACTGCAACTTCTGGGAGTCTCTTGCATGCTAATTGCCTCGAAATACGAGGAAGTCTGCCCTCCTCACGTGGAAGAATTCTGTTATATCACAGATAATACATATACAAGAGAAGAGATGTTGTCAATGGAGAGGAAAATCTTAACCTTCTTGAACTTTGAGATGACAATGCC
TACAATAAAGAGTTTCCTCAGGCGCTTTGTACGGGCTTCCCAAGCAGGGAATAAGGCTCCAACTTTACATATGGAGTTTTTAGCCAATTATTTGGCAGAGTTGACACTCATGGAATGCAGTTTTCTCCAATACCTACCATCCTTGATAGCAGCCTCAACTGTATTTCTTTCTCGATTGACTCTTGATTTTATAACACATC
CATGGAATCCAACTTTGGAGCATTATACAGGATACAAGGCATCACAACTTAAGGAGTGTGTAATGGCAATCTATAATGTACAAGTGAATCGAAAAGCTAGTACATTGGTTGCAATAAGGGAAAAATATCAACAACACAAGTTCAAATGTGTAGCAAGCCTGCCTCCACCTCCTTTTATTGCTGAAAGGTTCTTCGCAGAC
ATTCCAAACTAAAGCTGTACATCATTGGCGTGCATAAGCATTTTGACCAAGTTTGTTGGAAGTACAATCTCATGTAAGAGTTGTAATTGAATTTGGGTTCTTGTAGTTCTTGTTGGTCGGCTTAGTTTCAATTTCCATTTAAATGTGCCAATTTGTTCAGGCCTTTAGTGCCCATTCATTTGGTGCTCATTTGTACTTTT
AACTTGAAACCACTTACCAATTTTGGGAGCTATGGGGTGCTTGCATTACACAGCTACATAAATATTAAGTCAGCCTCAAAGGGAGGTGCCCATCTATCAAATTGTATCATATTTCTGAGAAATTATGTCTGATACTAGTTTGCAAGCTAGATAAGTCCATGTGGTCATGGACAGATTAACATGATCTGGTACAGAAAATG
TTTGTTAAGGCCAAAGCTTGGAATATGTGGATGAGTAATTGACATATTAATCTATTCATCAAAGGTATTATACAAATTTTGGTTTCTGGTTGTCTTTAAAAATTTCCACTAAAGGAATGCCTACTTGTTACAAACGAGC
>TRINITY_DN97238_c0_g1_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:GGGAAAAATATCAACAACACAAGgtacgctttcatattgcttgtttgggaattgaatgctttcttaccaaaccctttaaagctatgttgattacatgcacgcagctggctactctgaaaaaaggttttctaattcttttattgtttaccatagcagTTCAAATGTGTAGCAAGCCTGCCTCCACCTCCTTTTATTGCTGA
AAGGTTCTTCGCAGACATTCCAAACTAAAGCTGTACATCATTGGCGTGCATAAGCATTTTGACCAAGTTTGTTGGAAGTACAATCTCATGTAAGAGTTGTAATTGAATTTGGGTTCTTGTAGTTCTTGTTGGTCGGCTTAGTTTCAATTTCCATTTAAATGTGCCAATTTGTTCAGGCCTTTAGTGCCCATTCATTTGGT
GCTCATTTGTACTTTTAACTTGAAACCACTTACCAATTTTGGGAGCTATGGGGTGCTTGCATTACACAGCTACATAAATATTAAGTCAGCCTCAAAGGGAGGTGCCCATCTATCAAATTGTATCATATTTCTGAGAAATTATGTCTGATACTAGTTTGCAAGCTAGATAAGTCCATGTGGTCATGGACAGATTAACATGA
TCTGGTACAGAAAATGTTTGTTAAGGCCAAAGCTTGGAATATGTGGATGAGTAATTGACATATTAATCTATTCATCAAAGGTATTATACAAATTTTGGTTTCTGGTTGTCTTTAAAAATTTCCACTAAAGGAATGCCTACTTGTTACAAACGAGC
Intron 4 GTATTGTCTA ... CTATATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.92 | 209 | 62.3 | 52 |
| A2 | 20.13 | 107.2 | 23.2 | 27 |
| A3 | 16.4 | 209 | 51.6 | 41 |
| A4 | 22.76 | 95 | 18.7 | 28 |
| A5 | 19.72 | 57 | 15.2 | 14 |
| A6 | 23.86 | 555.2 | 115.6 | 174 |
| A7 | 21.53 | 678 | 136.3 | 186 |
| A8 | 22.47 | 728 | 152.1 | 211 |
| A9 | 22.77 | 661.3 | 150.2 | 195 |
| A10 | 24.18 | 530 | 100.6 | 169 |
>TRINITY_DN99165_c0_g1_i2 from sample A5 / Example spliced isoformTGACATTTCGCCTTTTTATTTTTGGAAATCTATTGGTCCAGTGAATGACAGAAGGCCCTTGACGCCAAGAAGTTGAGAAATTACTGGGACGGATTGTAAGTGCTCTGTCTGTTAGCGGATCTTGGTTTTGGTGGGAAGATAAAGATGTCAGGGACACAGGAAAACTGCGGCCGTATTACTCGAGCTCGAGCTGCCTGTGG
CTCGAAAGCTGCTGCTGCTTTGATTCAACCTCAAGCAGATGAGAAGAAAGCCAGAAAAAGAGCTCCTAAGCGAGCCGCAGTAGATGATCTTGCTGCCAATGTGATTGGTAATCAGCCTAAAAGGCGTGCGGTTTTGGGTGACGTCACAAATCTTCATGCTCCCGCTGTCAATTGCTTGCCAACAGCGGAACAACAGGTTG
CTGCTCCCAATCCTAGCAACAAAGGGCGGGGGCGTAACAAGAAAAAGGAGGCACGGACTGTAACTAAAGTAGTTAAAGCTGAAATTCATCCGGAATCGAATCCTTCTGCGGATCATAGTTCGAGTAATTCGGAATGTCAAAAGCCTCTTGCTGCAAAATTATCAGAGCAACGATTATTACGAGGCGTACCTTCAAAGGCA
AAGCAGGGGGAAAGCTCCAACACACAAAGCCATCTGAAGCATGCAGACATAGACAAAGACCACGCAGATCCTCAAATGTGTGCTACTTATGTCGAAGATATTTACGAGTATTTGCGAAACGCAGAGTTGAAGAACAGGCCTTCGGCAAATTTTATGGAGACTGTACAGAATGATATCACCCCAAACATGCGGGGAATTCT
CGTTGATTGGCTGGTAGAGGTTAGCGAGGAGTATAAGCTTGTCCCTGACACACTGTACTTGACAGTATCTTACATTGATCGTTATCTGTCTGCAAATCCAACTAGCAGGCACAAACTGCAACTTCTGGGAGTCTCTTGCATGCTAATTGCCTCGAAATACGAGGAAGTCTGCCCTCCTCACGTGGAAGAATTCTGTTATA
TCACAGATAATACATATACAAGAGAAGAGATGTTGTCAATGGAGAGGAAAATCTTAACCTTCTTGAACTTTGAGATGACAATGCCTACAATAAAGAGTTTCCTCAGGCGCTTTGTACGGGCTTCCCAAGCAGGGAATAAGGCTCCAACTTTACATATGGAGTTTTTAGCCAATTATTTGGCAGAGTTGACACTCATGGAA
TGCAGTTTTCTCCAATACCTACCATCCTTGATAGCAGCCTCAACTGTATTTCTTTCTCGATTGACTCTTGATTTTATAACACATCCATGGAATCCAACTTTGGAGCATTATACAGGATACAAGGCATCACAACTTAAGGAGTGTGTAATGGCAATCTATAATGTACAAGTGAATCGAAAAGCTAGTACATTGGTTGCAAT
AAGGGAAAAATATCAACAACACAAGTTCAAATGTGTAGCAAGCCTGCCTCCACCTCCTTTTATTGCTGAAAGGTTCTTCGCAGACATTCCAAACTAAAGCTGTACATCATTGGCGTGCATAAGCATTTTGACCAAGTTTGTTGGAAGTACAATCTCATGTAAGAGTTGTAATTGAATTTGGGTTCTTGTAGTTCTTGTTG
GTCGGCTTAGTTTCAATTTCCATTTAAATGTGCCAATTTGTTCAGGCCTTTAGTGCCCATTCATTTGGTGCTCATTTGTACTTTTAACTTGAAACCACTTACCAATTTTGGGAGCTATGGGGTGCTTGCATTACACAGCTACATAAATATTAAGTCAGCCTCAAAGGGAGGTGCCCATCTATCAAATTGTATCATATTTC
TGAGAAATTATGTCTGATACTAGTTTGCAAGCTAGATAAGTCCATGTGGTCATGGACAGATTAACATGATCTGGTACAGAAAATGTTTGTTAAGGCCAAAGCTTGGAATATGTGGATGAGTAATTGACATATTAATCTATTCATCAAAGGTATTATACAAAAC
>TRINITY_DN99165_c0_g1_i4 from sample A5 / Example unspliced isoform:TTGATTTTATAACACATCCATGGgtattgtctactctctgaatttactattatactattttatgctgtttattgttttatatatggccataaatttgtaagtgccttatgatactatatgcagAATCCAACTTTGGAGCATTATACAGGATACAAGGCATCACAACTTAAGGAGTGTGTAATGGCAATCTATAATGTACA
AGTGAATCGAAAAGCTAGTACATTGGTTGCAATAAGGGAAAAATATCAACAACACAAGCAGTTCAAATGTGTAGCAAGCCTGCCTCCACCTCCTTTTATTGCTGAAAGGTTCTTCGCAGACATTCCAAACTAAAGCTGTACATCATTGGCGTGCATAAGCATTTTGACCAAGTTTGTTGGAAGTACAATCTCATGTAAGA
GTTGTAATTGAATTTGGGTTCTTGTAGTTCTTGTTGGTCGGCTTAGTTTCAATTTCCATTTAAATGTGCCAATTTGTTCAGGCCTTTAGTGCCCATTCATTTGGTGCTCATTTGTACTTTTAACTTGAAACCACTTACCAATTTTGGGAGCTATGGGGTGCTTGCATTACACAGCTACATAAATATTAAGTCAGCCTCAA
AGGGAGGTGCCCATCTATCAAATTGTATCATATTTCTGAGAAATTATGTCTGATACTAGTTTGCAAGCTAGATAAGTCCATGTGGTCATGGACAGATTAACATGATCTGGTACAGAAAATGTTTGTTAAGGCCAAAGCTTGGAATATGTGGATGAGTAATTGACATATTAATCTATTCATCAAAGGTATTATACAAAAC
Intron 5 GTATCTGCAA ... AACTCTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.05 | 206 | 38.3 | 3 |
| A2 | 13.45 | 185 | 30.9 | 6 |
| A3 | 9.14 | 208 | 22.1 | 6 |
| A4 | 13.08 | 192 | 30.4 | 2 |
| A5 | 10.91 | 82 | 10.4 | 1 |
| A6 | 9.35 | 587 | 65.1 | 13 |
| A7 | 9.5 | 811 | 90.9 | 15 |
| A8 | 9.54 | 680 | 77.3 | 23 |
| A9 | 11.28 | 869 | 121.1 | 12.6 |
| A10 | 9.82 | 750 | 87.8 | 8 |
>TRINITY_DN41127_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoformGAAAATTCAAAATTAGGCGGGCTCTTGAATCCGCACCAAAAATGGGAGGGAAGTTTTGGGATAACAGCCATCGCTAACTAGATTTTGTTTCCATCCATAACCTACATATCCTTCATCTCTTCCCCTTTTTGTTCCTCGCCACAGTACGCTCACCGAATTTCAGATGATCTCTCTCGACTATTATATTGGTCGGCACTACT
GTGAATGACAGAAGGCCCTTGACGCCAAGAAGTTGAGAAATTACTGGGACGGATTGTAAGTGCTCTGTCTGTTAGCGGATCTTGGTTTTGGTGGGAAGATAAAGATGTCAGGGACACAGGAAAACTGCGGCCGTATTACTCGAGCTCGAGCTGCCTGTGGCTCGAAAGCTGCTGCTGCTTTGATTCAACCTCAAGCAGAT
GAGAAGAAAGCCAGAAAAAGAGCTCCTAAGCGAGCCGCAGTAGATGATCTTGCTGCCAATGTGATTGGTAATCAGCCTAAAAGGCGTGCGGTTTTGGGTGACGTCACAAATCTTCATGCTCCCGCTGTCAATTGCTTGCCAACAGCGGAACAACAGGTTGCTGCTCCCAATCCTAGCAACAAAGGGCGGGGGCGTAACAA
GAAAAAGGAGGCACGGACTGTAACTAAAGTAGTTAAAGCTGAAATTCATCCGGAATCGAATCCTTCTGCGGATCATAGTTCGAGTAATTCGGAATGTCAAAAGCCTCTTGCTGCAAAATTATCAGAGCAACGATTATTACGAGGCGTACCTTCAAAGGCAAAGCAGGGGGAAAGCTCCAACACACAAAGCCATCTGAAGC
ATGCAGACATAGACAAAGACCACGCAGATCCTCAAATGTGTGCTACTTATGTCGAAGATATTTACGAGTATTTGCGAAACGCAGAGTTGAAGAACAGGCCTTCGGCAAATTTTATGGAGACTGTACAGAATGATATCACCCCAAACATGCGGGGAATTCTCGTTGATTGGCTGGTAGAGGTTAGCGAGGAGTATAAGCTT
GTCCCTGACACACTGTACTTGACAGTATCTTACATTGATCGTTATCTGTCTGCAAATCCAACTAGCAGGCACAAACTGCAACTTCTGGGAGTCTCTTGCATGCTAATTGCCTCGAAATACGAGGAAGTCTGCCCTCCTCACGTGGAAGAATTCTGTTATATCACAGATAATACATATACAAGAGAAGAGATGTTGTCAAT
GGAGAGGAAAATCTTAACCTTCTTGAACTTTGAGATGACAATGCCTACAATAAAGAGTTTCCTCAGGCGCTTTGTACGGGCTTCCCAAGCAGGGAATAAGGCTCCAACTTTACATATGGAGTTTTTAGCCAATTATTTGGCAGAGTTGACACTCATGGAATGCAGTTTTCTCCAATACCTACCATCCTTGATAGCAGCCT
CAACTGTATTTCTTTCTCGATTGACTCTTGATTTTATAACACATCCATGGAATCCAACTTTGGAGCATTATACAGGATACAAGGCATCACAACTTAAGGAGTGTGTAATGGCAATCTATAATGTACAAGTGAATCGAAAAGCTAGTACATTGGTTGCAATAAGGGAAAAATATCAACAACACAAGTTCAAATGTGTAGCA
AGCCTGCCTCCACCTCCTTTTATTGCTGAAAGGTTCTTCGCAGACATTCCAAACTAAAGCTGTACATCATTGGCGTGCATAAGCATTTTGACCAAGTTTGTTGGAAGTACAATCTCATGTAAGAGTTGTAATTGAATTTGGGTTCTTGTAGTTCTTGTTGGTCGGCTTAGTTTCAATTTCCATTTAAATGTGCCAATTTG
TTCAGGCCTTTAGTGCCCATTCATTTGGTGCTCATTTGTACTTTTAACTTGAAACCACTTACCAATTTTGGGAGCTATGGGGTGCTTGCATTACACAGCTACATAAATATTAAGTCAGCCTCAAAGGGAGGTGCCCATCTATCAAATTGTATCATATTTCTGAGAAATTATGTCTGATACTAGTTTGCAAGCTAGATAAG
TCCATGTGGTCATGGACAGATTAACATGATCTGGTACAGAAAATGTTTGTTAAGGCCAAAGCTTGGAATATGTGGATGAGTAATTGACATATTAATCTATTCATCAAAGGTATTATACAAATTTTGGTTTCTGGTTGTCTTTAAAAATTTCCACTAAAGGAATGCCTACTTGTTACAAACGAGAAACTTTTCCTTTCAGG
ATCACATTGTTTTATTGACAAAGATTACAAATTGTTTATGGTTCACTGAAAATGTGTCTAAACAGAGTGTTACTTGTTAAATAGAAGGGAGATTTTTCCTTTTTAATGTGGAG
>TRINITY_DN41127_c0_g1_i9 from sample A7 / Example unspliced isoform:AGGTTGCTGCTCCCAATCCTAGCAACAAAGGGCGGGGGCGTAACAAGAAAAAGGAGGCACGGACTGTAACTAAAGTAGTTAAAGCTGAAATTCATCCGGAATCGAATCCTTCTGCGGATCATAGTTCGAGTAATTCGGAATGTCAAAAGCCTCTTGCTGCAAAATTATCAGAGCAACGATTATTACGAGGCGTACCTTCA
AAGGCAAAGCAGGGGGAAAGCTCCAACACACAAAGCCATCTGAAGCATGCAGACATAGACAAAGACCACGCAGATCCTCAAATGTGTGCTACTTATGTCGAAGATATTTACGAGTATTTGCGAAACGCAGAGTTGAAGAACAGGCCTTCGGCAAATTTTATGGAGACTGTACAGAATGATATCACCCCAAACATGCGGGG
AATTCTCGTTGATTGGCTGGTAGAGGTTAGCGAGGAGTATAAGCTTGTCCCTGACACACTGTACTTGACAGTATCTTACATTGATCGTTATCTGTCTGCAAATCCAACTAGCAGGCACAAACTGCAACTTCTGGGAGTCTCTTGCATGCTAATTGCCTCGTGAGTTTTGTCAGCTATCAATTTAGGATAGCAGAAGTAGT
GAATTTGGTTTTATGGGGAGACAATGTGGCCTAATTTACATCTATTTATGTAGGAAATACGAGGAAGTCTGCCCTCCTCACGTGGAAGAATTCTGTTATATCACAGATAATACATATACAAGAGAAGAGgtatctgcaacttccttcagtaaatatacactctttctctcagggttacacttactaattgggcatttaaa
gaaactgattttttttttcctggcatttagttagtaaaatttatttctgtcctatcattactaattcagataacaaaattagtagggcaattcttaaagtttatgtttgttaattagctcttttttaattgtagggattgtaaatttgggaatatccttaactcaattttcatgaggggagtatattaacccaggtttga
atttgggtcattattataacaactattccaaatcatagcaaggtcacagggaaatttaaattaaacataaatattttgcttcacatatgtatatacacgagttacacaaaatcatttaatataatctgaaattaaaccttcattaaaccttcattgctcatgggtacttattgttaattatcatggcctatcaatcatca
ataatcataacataacattgaggcagccattcatcctcaacatatttgtttattccatgggtttataactcttccaacaaagagtatgtgaactagtttgtattttattatcgctggtcttctttttccatgtaagcaaaatttgttttggtgtcaagttgattccaaatttaggttgttttgatttttttttataataa
cacaatttggtcacatggatgctgcatgataaggtatgcatgcatgtgtatgatttatgaaaacttacttaccttttgagtatccagcaaagtagatgtcaagtctgttgttctggccataacaaaagtcatagcattgtctatgacgtgtttttagggttattttgcaagaattctaagcttacttcattccaacctcg
tgacaacctgttaataaatttttataatgacaatattgaacaaagctttgaacttgaaaacgaacttggatggaaaagaacttgtgcttttgtgattcatttggtgacagtggtacttgcagcagtcatgttatagattattgcttaccactcgattgcattaattgaatttggttttattttctactatactccgtatc
tttgcttatccatgatgaaactctgtagATGTTGTCAATGGAGAGGAAAATCTTAACCTTCTTGAACTTTGAGATGACAATGCCTACAATAAAGAGTTTCCTCAGGTATGTCGTTTTCGTAGGCATCTCCCTCTAATGTGTTTTACCAGCTATATGTTATTTTAGCTATTTTGTTCTTCTCTTACTGGTATGGATGGTTT
TGAACAGGCGCTTTGTACGGGCTTCCCAAGCAGGGAATAAGGTCAGTATGAATGCTAGTAAGATTTTAATTATGTAGTGTGGTCTTGATTTGTAATTATTGATAGGAAACGAGACTGAACCGGTGTCCTTTTATTCTGTACTGGTATGCTTACTTTTTTAAATTGAAATACTTCTTGGCAGGCTCCAACTTTACATATGG
AGTTTTTAGCCAATTATTTGGCAGAGTTGACACTCATGGAATGCAGTTTTCTCCAATACCTACCATCCTTGATAGCAGCCTCAACTGTATTTCTTTCTCGATTGACTCTTGATTTTATAACACATCCATGGGTATTGTCTACTCTCTGAATTTACTATTATACTATTTTATGCTGTTTATTGTTTTATATATGGCCATAA
ATTTGTAAGTGCCTTATGATACTATATGCAGAATCCAACTTTGGAGCATTATACAGGATACAAGGCATCACAACTTAAGGAGTGTGTAATGGCAATCTATAATGTACAAGTGAATCGAAAAGCTAGTACATTGGTTGCAATAAGGGAAAAATATCAACAACACAAGGTACGCTTTCATATTGCTTGTTTGGGAATTGAAT
GCTTTCTTACCAAACCCTTTAAAGCTATGTTGATTACATGCACGCAGCTGGCTACTCTGAAAAAAGGTTTTCTAATTCTTTTATTGTTTACCATAGCAGTTCAAATGTGTAGCAAGCCTGCCTCCACCTCCTTTTATTGCTGAAAGGTTCTTCGCAGACATTCCAAACTAAAGCTGTACATCATTGGCGTGCATAAGCAT
TTTGACCAAGTTTGTTGGAAGTACAATCTCATGTAAGAGTTGTAATTGAATTTGGGTTCTTGTAGTTCTTGTTGGTCGGCTTAGTTTCAATTTCCATTTAAATGTGCCAATTTGTTCAGGCCTTTAGTGCCCATTCATTTGGTGCTCATTTGTACTTTTAACTTGAAACCACTTACCAATTTTGGGAGCTATGGGGTGCT
TGCATTACACAGCTACATAAATATTAAGTCAGCCTCAAAGGGAGGTGCCCATCTATCAAATTGTATCATATTTCTGAGAAATTATGTCTGATACTAGTTTGCAAGCTAGATAAGTCCATGTGGTCATGGACAGATTAACATGATCTGGTACAGAAAATGTTTGTTAAGGCCAAAGCTTGGAATATGTGGATGAGTAATTG
ACATATTAATCTATTCATCAAAGGTATTATACAAATTTTGGTTTCTGGTTGTCTTTAAAAATTTCCACTAAAGGAATGCCTACTTGTTACAAACGAGAAACTTTTCCTTTCAGGATCACATTGTTTTATTGACAAAGATTACAAATTGTTTATGGTTCACTGAAAATGTGTCTAAACAGAGTGTTACTTGTTAAATAGAA
GGGAGATTTTTCCTTTTTAATGTGGAG
Intron 6 GTACGCGGTA ... ATGTTAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.32 | 236 | 51 | 80 |
| A2 | 24.18 | 185 | 49.3 | 59 |
| A3 | 17.03 | 190 | 40.7 | 39 |
| A4 | 27.94 | 196 | 31.3 | 76 |
| A5 | 25 | 114 | 23.3 | 38 |
| A6 | 24.42 | 557 | 86 | 180 |
| A7 | 23.74 | 906 | 132.7 | 282 |
| A8 | 24.84 | 702 | 120 | 232 |
| A9 | 23.12 | 765 | 140.7 | 230 |
| A10 | 25.88 | 762 | 119.7 | 266 |
>TRINITY_DN103842_c0_g1_i6 from sample A3 / Example spliced isoformATTCAAAATTAGGCGGGCTCTTGAATCCGCACCAAAAATGGGAGGGAAGTTTTGGGATAACAGCCATCGCTAACTAGATTTTGTTTCCATCCATAACCTACATATCCTTCATCTCTTCCCCTTTTTGTTCCTCGCCACAGTACGCTCACCGAATTTCAGATGATCTCTCTCGACTATTATATTGGTCGGCACTACTGTGA
ATGACAGAAGGCCCTTGACGCCAAGAAGTTGAGAAATTACTGGGACGGATTGTAAGTGCTCTGTCTGTTAGCGGATCTTGGTTTTGGTGGGAAGATAAAGATGTCAGGGACACAGGAAAACTGCGGCCGTATTACTCGAGCTCGAGCTGCCTGTGGCTCGAAAGCTGCTGCTGCTTTGATTCAACCTCAAGCAGATGAGA
AGAAAGCCAGAAAAAGAGCTCCTAAGCGAGCCGCAGTAGATGATCTTGCTGCCAATGTGATTGGTAATCAGCCTAAAAGGCGTGCGGTTTTGGGTGACGTCACAAATCTTCATGCTCCCGCTGTCAATTGCTTGCCAACAGCGGAACAACAGGTTGCTGCTCCCAATCCTAGCAACAAAGGGCGGGGGCGTAACAAGAAA
AAGGAGGCACGGACTGTAACTAAAGTAGTTAAAGCTGAAATTCATCCGGAATCGAATCCTTCTGCGGATCATAGTTCGAGTAATTCGGAATGTCAAAAGCCTCTTGCTGCAAAATTATCAGAGCAACGATTATTACGAGGCGTACCTTCAAAGGCAAAGCAGGGGGAAAGCTCCAACACACAAAGCCATCTGAAGCATGC
AGACATAGACAAAGACCACGCAGATCCTCAAATGTGTGCTACTTATGTCGAAGATATTTACGAGTATTTGCGAAACGCAGAGTTGAAGAACAGGCCTTCGGCAAATTTTATGGAGACTGTACAGAATGATATCACCCCAAACATGCGGGGAATTCTCGTTGATTGGCTGGTAGAGGTTAGCGAGGAGTATAAGCTTGTCC
CTGACACACTGTACTTGACAGTATCTTACATTGATCGTTATCTGTCTGCAAATCCAACTAGCAGGCACAAACTGCAACTTCTGGGAGTCTCTTGCATGCTAATTGCCTCGAAATACGAGGAAGTCTGCCCTCCTCACGTGGAAGAATTCTGTTATATCACAGATAATACATATACAAGAGAAGAGATGTTGTCAATGGAG
AGGAAAATCTTAACCTTCTTGAACTTTGAGATGACAATGCCTACAATAAAGAGTTTCCTCAGGCGCTTTGTACGGGCTTCCCAAGCAGGGAATAAGGCTCCAACTTTACATATGGAGTTTTTAGCCAATTATTTGGCAGAGTTGACACTCATGGAATGCAGTTTTCTCCAATACCTACCATCCTTGATAGCAGCCTCAAC
TGTATTTCTTTCTCGATTGACTCTTGATTTTATAACACATCCATGGAATCCAACTTTGGAGCATTATACAGGATACAAGGCATCACAACTTAAGGAGTGTGTAATGGCAATCTATAATGTACAAGTGAATCGAAAAGCTAGTACATTGGTTGCAATAAGGGAAAAATATCAACAACACAAGTTCAAATGTGTAGCAAGCC
TGCCTCCACCTCCTTTTATTGCTGAAAGGTTCTTCGCAGACATTCCAAACTAAAGCTGTACATCATTGGCGTGCATAAGCATTTTGACCAAGTTTGTTGGAAGTACAATCTCATGTAAGAGTTGTAATTGAATTTGGGTTCTTGTAGTTCTTGTTGGTCGGCTTAGTTTCAATTTCCATTTAAATGTGCCAATTTGTTCA
GGCCTTTAGTGCCCATTCATTTGGTGCTCATTTGTACTTTTAACTTGAAACCACTTACCAATTTTGGGAGCTATGGGGTGCTTGCATTACACAGCTACATAAATATTAAGTCAGCCTCAAAGGGAGGTGCCCATCTATCAAATTGTATCATATTTCTGAGAAATTATGTCTGATACTAGTTTGCAAGCTAGATAAGTCCA
TGTGGTCATGGACAGATTAACATGATCTGGTACAGAAAATGTTTGTTAAGGCCAAAGCTTGGAATATGTGGATGAGTAATTGACATATTAATCTATTCATCAAAGGTATTATACAAATTTTGGTTTCTGGTTGTCTTTAAAAATTTCCACTAAAGGAATGCCTACTTGTTACAAAC
>TRINITY_DN103842_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:CTCGTTGATTGGCTGGTAGAGgtacgcggtatagccattcggtttgcagttttagtctagaccaatcctcgtgagtactatattagggtcgatgaagattttatatgcttaaataccctactctcttatttctatgttagcagGTTAGCGAGGAGTATAAGCTTGTCCCTGACACACTGTACTTGACAGTATCTTACATT
GATCGTTATCTGTCTGCAAATCCAACTAGCAGGCACAAACTGCAACTTCTGGGAGTCTCTTGCATGCTAATTGCCTCGAAATACGAGGAAGTCTGCCCTCCTCACGTGGAAGAATTCTGTTATATCACAGATAATACATATACAAGAGAAGAGGTATCTGCAACTTCCTTCAGTAAATATACACTCTTTCTCTCAGGGTT
ACACTTACTAATTGGGCATTTAAAGAAACTGATTTTTTTTTTCCTGGCA
Intron 7 GTAAGCTGGA ... ATTGGTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 35.75 | 248 | 39 | 138 |
| A2 | 31.28 | 246 | 31 | 112 |
| A3 | 37.03 | 284 | 24 | 167 |
| A4 | 32.76 | 195 | 34 | 95 |
| A5 | 32.91 | 159 | 6 | 78 |
| A6 | 29.85 | 423 | 37 | 180 |
| A7 | 33.3 | 631 | 85 | 315 |
| A8 | 32.39 | 359 | 35 | 172 |
| A9 | 31.57 | 711 | 55 | 328 |
| A10 | 33.22 | 593 | 69 | 295 |
>TRINITY_DN112983_c0_g2_i5 from sample A1 / Example spliced isoformTCAAAATTAGGCGGGCTCTTGAATCCGCACCAAAAATGGGAGGGAAGTTTTGGGATAACAGCCATCGCTAACTAGATTTTGTTTCCATCCATAACCTACATATCCTTCATCTCTTCCCCTTTTTGTTCCTCGCCACAGTACGCTCACCGAATTTCAGATGATCTCTCTCGACTATTATATTGGTCGGCACTACTGTGAAT
GACAGAAGGCCCTTGACGCCAAGAAGTTGAGAAATTACTGGGACGGATTGTAAGTGCTCTGTCTGTTAGCGGATCTTGGTTTTGGTGGGAAGATAAAGATGTCAGGGACACAGGAAAACTGCGGCCGTATTACTCGAGCTCGAGCTGCCTGTGGCTCGAAAGCTGCTGCTGCTTTGATTCAACCTCAAGCAGATGAGAAG
AAAGCCAGAAAAAGAGCTCCTAAGCGAGCCGCAGTAGATGATCTTGCTGCCAATGTGATTGGTAATCAGCCTAAAAGGCGTGCGGTTTTGGGTGACGTCACAAATCTTCATGCTCCCGCTGTCAATTGCTTGCCAACAGCGGAACAACAGGTTGCTGCTCCCAATCCTAGCAACAAAGGGCGGGGGCGTAACAAGAAAAA
GGAGGCACGGACTGTAACTAAAGTAGTTAAAGCTGAAATTCATCCGGAATCGAATCCTTCTGCGGATCATAGTTCGAGTAATTCGGAATGTCAAAAGCCTCTTGCTGCAAAATTATCAGAGCAACGATTATTACGAGGCGTACCTTCAAAGGCAAAGCAGGGGGAAAGCTCCAACACACAAAGCCATCTGAAGCATGCAG
ACATAGACAAAGACCACGCAGATCCTCAAATGTGTGCTACTTATGTCGAAGATATTTACGAGTATTTGCGAAACGCAGAGTTGAAGAACAGGCCTTCGGCAAATTTTATGGAGACTGTACAGAATGATATCACCCCAAACATGCGGGGAATTCTCGTTGATTGGCTGGTAGAGGTTAGCGAGGAGTATAAGCTTGTCCCT
GACACACTGTACTTGACAGTATCTTACATTGATCGTTATCTGTCTGCAAATCCAACTAGCAGGCACAAACTGCAACTTCTGGGAGTCTCTTGCATGCTAATTGCCTCGAAATACGAGGAAGTCTGCCCTCCTCACGTGGAAGAATTCTGTTATATCACAGATAATACATATACAAGAGAAGAGATGTTGTCAATGGAGAG
GAAAATCTTAACCTTCTTGAACTTTGAGATGACAATGCCTACAATAAAGAGTTTCCTCAGGCGCTTTGTACGGGCTTCCCAAGCAGGGAATAAGGCTCCAACTTTACATATGGAGTTTTTAGCCAATTATTTGGCAGAGTTGACACTCATGGAATGCAGTTTTCTCCAATACCTACCATCCTTGATAGCAGCCTCAACTG
TATTTCTTTCTCGATTGACTCTTGATTTTATAACACATCCATGGAATCCAACTTTGGAGCATTATACAGGATACAAGGCATCACAACTTAAGGAGTGTGTAATGGCAATCTATAATGTACAAGTGAATCGAAAAGCTAGTACATTGGTTGCAATAAGGGAAAAATATCAACAACACAAGTTCAAATGTGTAGCAAGCCTG
CCTCCACCTCCTTTTATTGCTGAAAGGTTCTTCGCAGACATTCCAAACTAAAGCTGTACATCATTGGCGTGCATAAGCATTTTGACCAAGTTTGTTGGAAGTACAATCTCATGTAAGAGTTGTAATTGAATTTGGGTTCTTGTAGTTCTTGTTGGTCGGCTTAGTTTCAATTTCCATTTAAATGTGCCAATTTGTTCAGG
CCTTTAGTGCCCATTCATTTGGTGCTCATTTGTACTTTTAACTTGAAACCACTTACCAATTTTGGGAGCTATGGGGTGCTTGCATTACACAGCTACATAAATATTAAGTCAGCCTCAAAGGGAGGTGCCCATCTATCAAATTGTATCATATTTCTGAGAAATTATGTCTGATACTAGTTTGCAAGCTAGATAAGTCCATG
TGGTCATGGACAGATTAACATGATCTGGTACAGAAAATGTTTGTTAAGGCCAAAGCTTGGAATATGTGGATGAGTAATTGACATATTAATCTATTCATCAAAGGTATTATACAAATTTTGGTTTCTGGTTGTCTTTAAAAATTTCCACTAAAGGAATGCCTACTTGTTACAAACGAGAAACTTTTCCTTTCAGGATCACA
TTGTTTTATTGACAAAGATTACAAA
>TRINITY_DN112983_c0_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:TCAAAATTAGGCGGGCTCTTGAATCCGCACCAAAAATGGGAGGGAAGTTTTGGGATAACAGCCATCGCTAACTAGATTTTGTTTCCATCCATAACCTACATATCCTTCATCTCTTCCCCTTTTTGTTCCTCGCCACAGTACGCTCACCGAATTTCAGATGATCTCTCTCGACTATTATATTGGTCGGCACTACTGgtaag
ctggaagcactgctgcatttcttggcttcaaaccctgttaatctttgctcgactttcaccgtaaacattgctttccacggagtagcactgttctttagttcaagggtcaccgtaaataccctgtcgacagttcgttttattgacatttcgcctttttatttttggaaatctattggtccagTGAATGACAGAAGGCCCTT
GACGCCAAGAAGTTGAGAAATTACTGGGACGGATTGTAAGTGCTCTGTCTGTTAGCGGATCTTGGTTTTGGTGGGAAGATAAAGATGTCAGGGACACAGGAAAACTGCGGCCGTATTACTCGAGCTCGAGCTGCCTGTGGCTCGAAAGCTGCTGCTGCTTTGATTCAACCTCAAGCAGATGAGAAGAAAGCCAGAAAAAG
AGCTCCTAAGCGAGCCGCAGTAGATGATCTTGCTGCCAATGTGATTGGTAATCAGCCTAAAAGGCGTGCGGTTTTGGGTGACGTCACAAATCTTCATGCTCCCGCTGTCAATTGCTTGCCAACAGCGGAACAACAGGTTTGGTTTTGCAATGCGATTCATCCTTATCTTATTCCAATTATTTAAGCCTTTATTTGGATTT
GATGTTTGAAGTGCACGAATCGGGCAAAGTTAGTTTTACAGAGATTTTTATACATGATGTCCT
Intron 8 GTATCTGCAA ... TTAATTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 52.83 | 50 | 56 | 3 |
| A2 | 51.04 | 47 | 49 | 4 |
| A3 | 41.38 | 51 | 36 | 8 |
| A4 | 48.94 | 48 | 46 | 8 |
| A5 | 53.57 | 13 | 15 | 3 |
| A6 | 45.87 | 131 | 111 | 0 |
| A7 | 46.69 | 177 | 155 | 11 |
| A8 | 47.02 | 151 | 134 | 3 |
| A9 | 46.22 | 242 | 208 | 4 |
| A10 | 46.54 | 170 | 148 | 7 |
>TRINITY_DN37062_c0_g1_i8 from sample A8 / Example spliced isoformACGCGGTATAGCCATTCGGTTTGCAGTTTTAGTCTAGACCAATCCTCGTGAGTACTATATTAGGGTCGATGAAGATTTTATATGCTTAAATACCCTACTCTCTTATTTCTATGTTAGCAGGTTAGCGAGGAGTATAAGCTTGTCCCTGACACACTGTACTTGACAGTATCTTACATTGATCGTTATCTGTCTGCAAATCC
AACTAGCAGGCACAAACTGCAACTTCTGGGAGTCTCTTGCATGCTAATTGCCTCGAAATACGAGGAAGTCTGCCCTCCTCACGTGGAAGAATTCTGTTATATCACAGATAATACATATACAAGAGAAGAGGGATTGTAAATTTGGGAATATCCTTAACTCAATTTTCATGAGGGGAGTATATTAACCCAGGTTTGAATTT
GGGTCATTATTATAACAACTATTCCAAATCATAGCAAGGTCACAGGGAAATTTAAATTAAACATAAATATTTTGCTTCACATATGTATATACACGAGTTACACAAAATCATTTAATATAATCTGAAATTAAACCTTCATTGCTCATGGGTACTTATTGTTAATTATCATGGCCTATCAATCATCAATAATCATAACATAA
CATTGAGGCAGCCATTCATCCTCAACATATTTGTTTATTCCATGGGTTTATAACTCTTCCAACAAAGAGTATGTGAACTAGTTTGTATTTTATTATCGCTGGTCTTCTTTTTCCATGTAAGCAAAATTTGTTTTGGTGTCAAGTTGATTCCAAATTTAGGTTGTTTTGATTTTTTTTTATAATAACACAATTTGGTCACA
TGGATGCTGCATGATAAGGTATGCATGCATGTGTATGATTTATGAAAACTTACTTACCTTTTGAGTATCCAGCAAAGTAGATGTCAAGTCTGTTGTTCTGGCCATAACAAAAGTCATAGCATTGTCTATGACGTGTTTTTAGGGTTATTTTGCAAGAATTCTAAGCTTACTTCATTCCAACCTCGTGACAACCTGTTAAT
AAATTTTTATAATGACAATATTGAACAAAGCTTTGAACTTGAAAACGAACTTGGATGGAAAAGAACTTGTGCTTTTGTGATTCATTTGGTGACAGTGGTACTTGCAGCAGTCATGTTATAGATTATTGCTTACCACTCGATTGCATTAATTGAATTTGGTTTTACTTTCTAGTATACTCCGTATCTTTGCTTATCCATGA
TGAAACTCTGTAGATGTTGTCAATGGAGAGGAAAATCTTAACCTTCTTGAACTTTGAGATGACAATGCCTACAATAAAGAGTTTCCTCAGGTATGTCGTTTTCGTAGGCATCTCCCTCTAATGTGTTTTACCAGCTATATGTTATTTTAGCTATTTTGTTCTTCTCTTACTGGTATGGATGGTTTTGAACAGGCGCTTTG
TACGGGCTTCCCAAGCAGGGAATAAGGTCAGTATGAATGCTAGTAAGATTTTAATTATGTAGTGTGGTCTTGATTTGTAATTATTGATAGGAAACGAGACTGAACCGGTGTCCTTTTATTCTGTACTGGTATGCTTACTTTTTTAAATTGAAATACTTCTTGGCAGGCTCCAACTTTACATATGGAGTTTTTAGCCAATT
ATTTGGCAGAGTTGACACTCATGGAATGCAGTTTTCTCCAATACCTACCATCCTTGATAGCAGCCTCAACTGTATTTCTTTCTCGATTGACTCTTGATTTTATAACACATCCATGGAATCCAACTTTGGAGCATTATACAGGATACAAGGCATCACAACTTAAGGAGTGTGTAATGGCAATCTATAATGTACAAGTGAAT
CGAAAAGCTAGTACATTGGTTGCAATAAGGGAAAAATATCAACAACACAAGTTCAAATGTGTAGCAAGCCTGCCTCCACCTCCTTTTATTGCTGAAAGGTTCTTCGCAGACATTCCAAACTAAAGCTGTACATCATTGGCGTGCATAAGCATTTTGACCAAGTTTGTTGGAAGTACAATCTCATGTAAGAGTTGTAATTG
AATTTGGGTTCTTGTAGTTCTTGTTGGTCGGCTTAGTTTCAATTTCCATTTAAATGTGCCAATTTGTTCAGGCCTTTAGTGCCCATTCATTTGGTGCTCATTTGTACTTTTAACTTGAAACCACTTACCAATTTTGGGAGCTATGGGGTGCTTGCATTACACAGCTACATAAATATTAAGTCAGCCTCAAAGGGAGGTGC
CCATCTATCAAATTGTATCATATTTCTGAGAAATTATGTCTGATACTAGTTTGCAAGCTAGATAAGTCCATGTGGTCATGGACAGATTAACATGATCTGGTACAGAAAATGTTTGTTAAGGCCAAAGCTTGGAATATGTGGATGAGTAATTGACATATTAATCTATTCATCAAAGGTATTATACAAATTTTGGTTTCTGG
TTGTCTTTAAAAATTTCCACTAAAGGAATGCCTACTTGTTACAAACGAGAAACTTTTCCTTTCAGGATCACATTGTTTTATTGACAAAGATTACAAATTGTTTATGGTTCACTGAAAATGTGTCTAAACAGAGTGTTACTTGTTAAATAGAAGGGAGATTTTTCCTTTTTAATGTGGAGGTTTATG
>TRINITY_DN37062_c0_g1_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:ACGCGGTATAGCCATTCGGTTTGCAGTTTTAGTCTAGACCAATCCTCGTGAGTACTATATTAGGGTCGATGAAGATTTTATATGCTTAAATACCCTACTCTCTTATTTCTATGTTAGCAGGTTAGCGAGGAGTATAAGCTTGTCCCTGACACACTGTACTTGACAGTATCTTACATTGATCGTTATCTGTCTGCAAATCC
AACTAGCAGGCACAAACTGCAACTTCTGGGAGTCTCTTGCATGCTAATTGCCTCGAAATACGAGGAAGTCTGCCCTCCTCACGTGGAAGAATTCTGTTATATCACAGATAATACATATACAAGAGAAGAGgtatctgcaacttccttcagtaaatatacactctttctctcagggttacacttactaattgggcatttaa
agaaactgattttttttttcctggcatttagttagtaaaatttatttctgtcctatcattactaattcagataacaaaattagtagggcaattcttaaagtttatgtttgttaattagctcttttttaattgtagGGATTGTAAATTTGGGAATATCCTTAACTCAATTTTCATGAGGGGAGTATATTAACCCAGGTTTG
AATTTGGGTCATTATTATAACAACTATTCCAAATCATAGCAAGGTCACAGGGAAATTTAAATTAAACATAAATATTTTGCTTCACATATGTATATACACGAGTTACACAAAATCATTTAATATAATCTGAAATTAAACCTTCATTGCTCATGGGTACTTATTGTTAATTATCATGGCCTATCAATCATCAATAATCATAA
CATAACATTGAGGCAGCCATTCATCCTCAACATATTTGTTTATTCCATGGGTTTATAACTCTTCCAACAAAGAGTATGTGAACTAGTTTGTATTTTATTATCGCTGGTCTTCTTTTTCCATGTAAGCAAAATTTGTTTTGGTGTCAAGTTGATTCCAAATTTAGGTTGTTTTGATTTTTTTTTATAATAACACAATTTGG
TCACATGGATGCTGCATGATAAGGTATGCATGCATGTGTATGATTTATGAAAACTTACTTACCTTTTGAGTATCCAGCAAAGTAGATGTCAAGTCTGTTGTTCTGGCCATAACAAAAGTCATAGCATTGTCTATGACGTGTTTTTAGGGTTATTTTGCAAGAATTCTAAGCTTACTTCATTCCAACCTCGTGACAACCTG
TTAATAAATTTTTATAATGACAATATTGAACAAAGCTTTGAACTTGAAAACGAACTTGGATGGAAAAGAACTTGTGCTTTTGTGATTCATTTGGTGACAGTGGTACTTGCAGCAGTCATGTTATAGATTATTGCTTACCACTCGATTGCATTAATTGAATTTGGTTTTACTTTCTAGTATACTCCGTATCTTTGCTTATC
CATGATGAAACTCTGTAGATGTTGTCAATGGAGAGGAAAATCTTAACCTTCTTGAACTTTGAGATGACAATGCCTACAATAAAGAGTTTCCTCAGGTATGTCGTTTTCGTAGGCATCTCCCTCTAATGTGTTTTACCAGCTATATGTTATTTTAGCTATTTTGTTCTTCTCTTACTGGTATGGATGGTTTTGAACAGGCG
CTTTGTACGGGCTTCCCAAGCAGGGAATAAGGTCAGTATGAATGCTAGTAAGATTTTAATTATGTAGTGTGGTCTTGATTTGTAATTATTGATAGGAAACGAGACTGAACCGGTGTCCTTTTATTCTGTACTGGTATGCTTACTTTTTTAAATTGAAATACTTCTTGGCAGGCTCCAACTTTACATATGGAGTTTTTAGC
CAATTATTTGGCAGAGTTGACACTCATGGAATGCAGTTTTCTCCAATACCTACCATCCTTGATAGCAGCCTCAACTGTATTTCTTTCTCGATTGACTCTTGATTTTATAACACATCCATGGAATCCAACTTTGGAGCATTATACAGGATACAAGGCATCACAACTTAAGGAGTGTGTAATGGCAATCTATAATGTACAAG
TGAATCGAAAAGCTAGTACATTGGTTGCAATAAGGGAAAAATATCAACAACACAAGTTCAAATGTGTAGCAAGCCTGCCTCCACCTCCTTTTATTGCTGAAAGGTTCTTCGCAGACATTCCAAACTAAAGCTGTACATCATTGGCGTGCATAAGCATTTTGACCAAGTTTGTTGGAAGTACAATCTCATGTAAGAGTTGT
AATTGAATTTGGGTTCTTGTAGTTCTTGTTGGTCGGCTTAGTTTCAATTTCCATTTAAATGTGCCAATTTGTTCAGGCCTTTAGTGCCCATTCATTTGGTGCTCATTTGTACTTTTAACTTGAAACCACTTACCAATTTTGGGAGCTATGGGGTGCTTGCATTACACAGCTACATAAATATTAAGTCAGCCTCAAAGGGA
GGTGCCCATCTATCAAATTGTATCATATTTCTGAGAAATTATGTCTGATACTAGTTTGCAAGCTAGATAAGTCCATGTGGTCATGGACAGATTAACATGATCTGGTACAGAAAATGTTTGTTAAGGCCAAAGCTTGGAATATGTGGATGAGTAATTGACATATTAATCTATTCATCAAAGGTATTATACAAATTTTGGTT
TCTGGTTGTCTTTAAAAATTTCCACTAAAGGAATGCCTACTTGTTACAAACGAGAAACTTTTCCTTTCAGGATCACATTGTTTTATTGACAAAGATTACAAATTGTTTATGGTTCACTGAAAATGTGTCTAAACAGAGTGTTACTTGTTAAATAGAAGGGAGATTTTTCCTTTTTAATGTGGAGGTTTATG
Intron 9 GTGAGTTTTG ... ATTTATGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 2.76 | 238.4 | 54.9 | 6.7 |
| A2 | 0.54 | 187.9 | 36 | 1 |
| A3 | 1.96 | 190.5 | 47.4 | 3.7 |
| A4 | 0.43 | 237.1 | 52 | 1 |
| A5 | 0 | 70.4 | 14.3 | 0 |
| A6 | 0.39 | 531.6 | 110.7 | 2 |
| A7 | 0.77 | 801.1 | 177.6 | 6 |
| A8 | 0.16 | 636.5 | 139.9 | 1 |
| A9 | 0.62 | 821.8 | 168.7 | 5 |
| A10 | 0.08 | 713.5 | 153.7 | 0.6 |
>TRINITY_DN112983_c0_g2_i5 from sample A1 / Example spliced isoformTCAAAATTAGGCGGGCTCTTGAATCCGCACCAAAAATGGGAGGGAAGTTTTGGGATAACAGCCATCGCTAACTAGATTTTGTTTCCATCCATAACCTACATATCCTTCATCTCTTCCCCTTTTTGTTCCTCGCCACAGTACGCTCACCGAATTTCAGATGATCTCTCTCGACTATTATATTGGTCGGCACTACTGTGAAT
GACAGAAGGCCCTTGACGCCAAGAAGTTGAGAAATTACTGGGACGGATTGTAAGTGCTCTGTCTGTTAGCGGATCTTGGTTTTGGTGGGAAGATAAAGATGTCAGGGACACAGGAAAACTGCGGCCGTATTACTCGAGCTCGAGCTGCCTGTGGCTCGAAAGCTGCTGCTGCTTTGATTCAACCTCAAGCAGATGAGAAG
AAAGCCAGAAAAAGAGCTCCTAAGCGAGCCGCAGTAGATGATCTTGCTGCCAATGTGATTGGTAATCAGCCTAAAAGGCGTGCGGTTTTGGGTGACGTCACAAATCTTCATGCTCCCGCTGTCAATTGCTTGCCAACAGCGGAACAACAGGTTGCTGCTCCCAATCCTAGCAACAAAGGGCGGGGGCGTAACAAGAAAAA
GGAGGCACGGACTGTAACTAAAGTAGTTAAAGCTGAAATTCATCCGGAATCGAATCCTTCTGCGGATCATAGTTCGAGTAATTCGGAATGTCAAAAGCCTCTTGCTGCAAAATTATCAGAGCAACGATTATTACGAGGCGTACCTTCAAAGGCAAAGCAGGGGGAAAGCTCCAACACACAAAGCCATCTGAAGCATGCAG
ACATAGACAAAGACCACGCAGATCCTCAAATGTGTGCTACTTATGTCGAAGATATTTACGAGTATTTGCGAAACGCAGAGTTGAAGAACAGGCCTTCGGCAAATTTTATGGAGACTGTACAGAATGATATCACCCCAAACATGCGGGGAATTCTCGTTGATTGGCTGGTAGAGGTTAGCGAGGAGTATAAGCTTGTCCCT
GACACACTGTACTTGACAGTATCTTACATTGATCGTTATCTGTCTGCAAATCCAACTAGCAGGCACAAACTGCAACTTCTGGGAGTCTCTTGCATGCTAATTGCCTCGAAATACGAGGAAGTCTGCCCTCCTCACGTGGAAGAATTCTGTTATATCACAGATAATACATATACAAGAGAAGAGATGTTGTCAATGGAGAG
GAAAATCTTAACCTTCTTGAACTTTGAGATGACAATGCCTACAATAAAGAGTTTCCTCAGGCGCTTTGTACGGGCTTCCCAAGCAGGGAATAAGGCTCCAACTTTACATATGGAGTTTTTAGCCAATTATTTGGCAGAGTTGACACTCATGGAATGCAGTTTTCTCCAATACCTACCATCCTTGATAGCAGCCTCAACTG
TATTTCTTTCTCGATTGACTCTTGATTTTATAACACATCCATGGAATCCAACTTTGGAGCATTATACAGGATACAAGGCATCACAACTTAAGGAGTGTGTAATGGCAATCTATAATGTACAAGTGAATCGAAAAGCTAGTACATTGGTTGCAATAAGGGAAAAATATCAACAACACAAGTTCAAATGTGTAGCAAGCCTG
CCTCCACCTCCTTTTATTGCTGAAAGGTTCTTCGCAGACATTCCAAACTAAAGCTGTACATCATTGGCGTGCATAAGCATTTTGACCAAGTTTGTTGGAAGTACAATCTCATGTAAGAGTTGTAATTGAATTTGGGTTCTTGTAGTTCTTGTTGGTCGGCTTAGTTTCAATTTCCATTTAAATGTGCCAATTTGTTCAGG
CCTTTAGTGCCCATTCATTTGGTGCTCATTTGTACTTTTAACTTGAAACCACTTACCAATTTTGGGAGCTATGGGGTGCTTGCATTACACAGCTACATAAATATTAAGTCAGCCTCAAAGGGAGGTGCCCATCTATCAAATTGTATCATATTTCTGAGAAATTATGTCTGATACTAGTTTGCAAGCTAGATAAGTCCATG
TGGTCATGGACAGATTAACATGATCTGGTACAGAAAATGTTTGTTAAGGCCAAAGCTTGGAATATGTGGATGAGTAATTGACATATTAATCTATTCATCAAAGGTATTATACAAATTTTGGTTTCTGGTTGTCTTTAAAAATTTCCACTAAAGGAATGCCTACTTGTTACAAACGAGAAACTTTTCCTTTCAGGATCACA
TTGTTTTATTGACAAAGATTACAAA
>TRINITY_DN112983_c0_g2_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:TCTCTTGCATGCTAATTGCCTCgtgagttttgtcagctatcaatttaggatagcagaagtagtgaatttggttttatggggagacaatgtggcctaatttacatctatttatgtagGAAATACGAGGAAGTCTGCCCTCCTCACGTGGAAGAATTCTGTTATATCACAGATAATACATATACAAGAGAAGAGGTATCTGC
AACTTCCTTCAGTAAATATACACTCTTTCTCTCAGGGTTACACTTACTAATTGGGCATTTAAAGAAACTGATTTTTTTTTTCCTGGCATTTAGTTAGTAAAATTTATTTCTGTCCTATCATTACTAATTCAGATAACAAAATTAGTAG
Intron 10 GTATGTCGTT ... TTTTGAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 13.89 | 198 | 4 | 35.3 |
| A2 | 14.65 | 143 | 12 | 26 |
| A3 | 12.61 | 213 | 7 | 32.8 |
| A4 | 15.4 | 128 | 11 | 24.1 |
| A5 | 10.18 | 72.1 | 2 | 8.5 |
| A6 | 14.52 | 578 | 16 | 108.2 |
| A7 | 15.66 | 777 | 27 | 161.6 |
| A8 | 17.08 | 747 | 33 | 171.6 |
| A9 | 14.1 | 781.1 | 8 | 143.7 |
| A10 | 13.51 | 661.2 | 13 | 115.3 |
>TRINITY_DN112983_c0_g2_i5 from sample A1 / Example spliced isoformTCAAAATTAGGCGGGCTCTTGAATCCGCACCAAAAATGGGAGGGAAGTTTTGGGATAACAGCCATCGCTAACTAGATTTTGTTTCCATCCATAACCTACATATCCTTCATCTCTTCCCCTTTTTGTTCCTCGCCACAGTACGCTCACCGAATTTCAGATGATCTCTCTCGACTATTATATTGGTCGGCACTACTGTGAAT
GACAGAAGGCCCTTGACGCCAAGAAGTTGAGAAATTACTGGGACGGATTGTAAGTGCTCTGTCTGTTAGCGGATCTTGGTTTTGGTGGGAAGATAAAGATGTCAGGGACACAGGAAAACTGCGGCCGTATTACTCGAGCTCGAGCTGCCTGTGGCTCGAAAGCTGCTGCTGCTTTGATTCAACCTCAAGCAGATGAGAAG
AAAGCCAGAAAAAGAGCTCCTAAGCGAGCCGCAGTAGATGATCTTGCTGCCAATGTGATTGGTAATCAGCCTAAAAGGCGTGCGGTTTTGGGTGACGTCACAAATCTTCATGCTCCCGCTGTCAATTGCTTGCCAACAGCGGAACAACAGGTTGCTGCTCCCAATCCTAGCAACAAAGGGCGGGGGCGTAACAAGAAAAA
GGAGGCACGGACTGTAACTAAAGTAGTTAAAGCTGAAATTCATCCGGAATCGAATCCTTCTGCGGATCATAGTTCGAGTAATTCGGAATGTCAAAAGCCTCTTGCTGCAAAATTATCAGAGCAACGATTATTACGAGGCGTACCTTCAAAGGCAAAGCAGGGGGAAAGCTCCAACACACAAAGCCATCTGAAGCATGCAG
ACATAGACAAAGACCACGCAGATCCTCAAATGTGTGCTACTTATGTCGAAGATATTTACGAGTATTTGCGAAACGCAGAGTTGAAGAACAGGCCTTCGGCAAATTTTATGGAGACTGTACAGAATGATATCACCCCAAACATGCGGGGAATTCTCGTTGATTGGCTGGTAGAGGTTAGCGAGGAGTATAAGCTTGTCCCT
GACACACTGTACTTGACAGTATCTTACATTGATCGTTATCTGTCTGCAAATCCAACTAGCAGGCACAAACTGCAACTTCTGGGAGTCTCTTGCATGCTAATTGCCTCGAAATACGAGGAAGTCTGCCCTCCTCACGTGGAAGAATTCTGTTATATCACAGATAATACATATACAAGAGAAGAGATGTTGTCAATGGAGAG
GAAAATCTTAACCTTCTTGAACTTTGAGATGACAATGCCTACAATAAAGAGTTTCCTCAGGCGCTTTGTACGGGCTTCCCAAGCAGGGAATAAGGCTCCAACTTTACATATGGAGTTTTTAGCCAATTATTTGGCAGAGTTGACACTCATGGAATGCAGTTTTCTCCAATACCTACCATCCTTGATAGCAGCCTCAACTG
TATTTCTTTCTCGATTGACTCTTGATTTTATAACACATCCATGGAATCCAACTTTGGAGCATTATACAGGATACAAGGCATCACAACTTAAGGAGTGTGTAATGGCAATCTATAATGTACAAGTGAATCGAAAAGCTAGTACATTGGTTGCAATAAGGGAAAAATATCAACAACACAAGTTCAAATGTGTAGCAAGCCTG
CCTCCACCTCCTTTTATTGCTGAAAGGTTCTTCGCAGACATTCCAAACTAAAGCTGTACATCATTGGCGTGCATAAGCATTTTGACCAAGTTTGTTGGAAGTACAATCTCATGTAAGAGTTGTAATTGAATTTGGGTTCTTGTAGTTCTTGTTGGTCGGCTTAGTTTCAATTTCCATTTAAATGTGCCAATTTGTTCAGG
CCTTTAGTGCCCATTCATTTGGTGCTCATTTGTACTTTTAACTTGAAACCACTTACCAATTTTGGGAGCTATGGGGTGCTTGCATTACACAGCTACATAAATATTAAGTCAGCCTCAAAGGGAGGTGCCCATCTATCAAATTGTATCATATTTCTGAGAAATTATGTCTGATACTAGTTTGCAAGCTAGATAAGTCCATG
TGGTCATGGACAGATTAACATGATCTGGTACAGAAAATGTTTGTTAAGGCCAAAGCTTGGAATATGTGGATGAGTAATTGACATATTAATCTATTCATCAAAGGTATTATACAAATTTTGGTTTCTGGTTGTCTTTAAAAATTTCCACTAAAGGAATGCCTACTTGTTACAAACGAGAAACTTTTCCTTTCAGGATCACA
TTGTTTTATTGACAAAGATTACAAA
>TRINITY_DN112983_c0_g2_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGTAGGGCAATTCTTAAAGTTTATGTTTGTTAATTAGCTCTTTTTTAATTGTAGGGATTGTAAATTTGGGAATATCCTTAACTCAATTTTCATGAGGGGAGTATATTAACCCAGGTTTGAATTTGGGTCATTATTATAACAACTATTCCAAATCATAGCAAGGTCACAGGGAAATTTAAATTAAACATAAATATTTTGCT
TCACATATGTATATACACGAGTTACACAAAATCATTTAATATAATCTGAAATTAAACCTTCATTGCTCATGGGTACTTATTGTTAATTATCATGGCCTATCAATCATCAATAATCATAACATAACATTGAGGCAGCCATTCATCCTCAACATATTTGTTTATTCCATGGGTTTATAACTCTTCCAACAAAGAGTATGTGA
ACTAGTTTGTATTTTATTATCGCTGGTCTTCTTTTTCCATGTAAGCAAAATTTGTTTTGGTGTCAAGTTGATTCCAAATTTAGGTTGTTTTGATTTTTTTTTATAATAACACAATTTGGTCACATGGATGCTGCATGATAAGGTATGCATGCATGTGTATGATTTATGAAAACTTACTTACCTTTTGAGTATCCAGCAAA
GTAGATGTCAAGTCTGTTGTTCTGGCCATAACAAAAGTCATAGCATTGTCTATGACGTGTTTTTAGGGTTATTTTGCAAGAATTCTAAGCTTACTTCATTCCAACCTCGTGACAACCTGTTAATAAATTTTTATAATGACAATATTGAACAAAGCTTTGAACTTGAAAACGAACTTGGATGGAAAAGAACTTGTGCTTTT
GTGATTCATTTGGTGACAGTGGTACTTGCAGCAGTCATGTTATAGATTATTGCTTACCACTCGATTGCATTAATTGAATTTGGTTTTATTTTCTACTATACTCCGTATCTTTGCTTATCCATGATGAAACTCTGTAGATGTTGTCAATGGAGAGGAAAATCTTAACCTTCTTGAACTTTGAGATGACAATGCCTACAATA
AAGAGTTTCCTCAGgtatgtcgttttcgtaggcatctccctctaatgtgttttaccagctatatgttattttagctattttgttcttctcttactggtatggatggttttgaacagGCGCTTTGTACGGGCTTCCCAAGCAGGGAATAAGGCTCCAACTTTACATATGGAGTTTTTAGCCAATTATTTGGCAGAGTTGAC
ACTCATGGAATGCAGTTTTCTCCAATACCTACCATCCTTGATAGCAGCCTCAACTGTATTTCTTTCTCGATTGACTCTTGATTTTATAACACATCCATGGAATCCAACTTTGGAGCATTATACAGGATACAAGGCATCACAACTTAAGGAGTGTGTAATGGCAATCTATAATGTACAAGTGAATCGAAAAGCTAGTACAT
TGGTTGCAATAAGGGAAAAATATCAACAACACAAGTTCAAATGTGTAGCAAGCCTGCCTCCACCTCCTTTTATTGCTGAAAGGTTCTTCGCAGACATTCCAAACTAAAGCTGTACATCATTGGCGTGCATAAGCATTTTGACCAAGTTTGTTGGAAGTACAATCTCATGTAAGAGTTGTAATTGAATTTGGGTTCTTGTA
GTTCTTGTTGGTCGGCTTAGTTTCAATTTCCATTTAAATGTGCCAATTTGTTCAGGCCTTTAGTGCCCATTCATTTGGTGCTCATTTGTACTTTTAACTTGAAACCACTTACCAATTTTGGGAGCTATGGGGTGCTTGCATTACACAGCTACATAAATATTAAGTCAGCCTCAAAGGGAGGTGCCCATCTATCAAATTGT
ATCATATTTCTGAGAAATTATGTCTGATACTAGTTTGCAAGCTAGATAAGTCCATGTGGTCATGGACAGATTAACATGATCTGGTACAGAAAATGTTTGTTAAGGCCAAAGCTTGGAATATGTGGATGAGTAATTGACATATTAATCTATTCATCAAAGGTATTATACAAATTTTGGTTTCTGGTTGTCTTTAAAAATTT
CCACTAAAGGAATGCCTACTTGTTACAAACGAGAAACTTTTCCTTTCAGGATCACATTGTTTTATTGACAAAGATTACAAA