sp|Q9LUN4|CHX19_ARATH ----> Cation/H(+) antiporter 19

Intron 1 GTAATGATCT ... ATTTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.87	94.7	16.7	23.3
A2	32.34	91	13	43.3
A3	34.15	58	8.7	30.3
A4	21.29	104.3	12.7	28
A5	24.98	53.3	8.3	17.7
A6	17.15	140.3	13	29
A7	18.67	360.3	30	82.3
A8	22.7	508.5	48.3	148.7
A9	18.84	311.5	26	72
A10	16.46	267.3	21.3	52.3

>TRINITY_DN127443_c0_g2_i9 from sample A1 / Example spliced isoform

TCCTCCGTTATTTGCAAGTCTGTGGTCTGGTCTGTGTCTCTGTGGTTTGTCTGTCCGTGTCTTTGTTGTGTCTGTGTATGTGTGTCTTTGTTATGTCTGTGTCTGTGTCTGTGTTTGTGGTTTGCTTATGACAAAGGAGGTTATCTGTTCTGAATTTGAATTTGAATTTCGAAACAGCAATGAAAGAAGCAATTAAAGGA
TGCTGTGGAGCCGTAACAGAGAGCCAGGTCCATCACAGGTATGAGCTGAATTTTCGTCAGAATTAGCTGCTAAGACCGCCTTGAGTCAACAGGGAATTTTCGTCAGAATCTGGATTCGCCAAAAGGATAAGCAAACAGGAGAATAATACTAAGATTCGCAACAATCGATTGCATTGCTATATAAATATTTTGAAGCCTCT
TAATAAAGAGCGAGGAAAAGGTATCTAAGTATGTTTTAAATATTGATTCATTAAACGAAACGAATTGAATTGCAATACATATGGGTAATTTTTAAGAATCTGATTGAATAAAGAGAAAAAGGTATCAAGTATCAAGCATCCTTTGAACATTGATTCAATGTTATTTACAACAATTTGAAGTGATTTACACTGGACTTGTA
GAGTTCACAATATTTGAGAGTTTTGTAAATACGGAGACTTACAAACATATTATTTTTAATATATATAATTATATTTTTTGGGGATGGGATTAAACCCATCCAAATGCTCGAGATGATGGGGCGCCTCATCGTCTTTAGAGTAGTCTCTTATAGTGTTATGATGTAGTATGTTTTTTTCCACATTCATTTTTCACTAATTG
TTTTCACATAAACTAATTTTATAATTTCTCCAACATAACTAAACTTCCACTTAACCTTTTAAAATTTATGTAACACAAAAAAACTTTCCACTTAACCTCTTAAAATTTATGTAACACAAAAAAACTTTATTACATATATTTGAAATTTTCTAATCATTTATTTTTTTCGCATTTTTTTTTCTTTTTCCTTTTTCTTTTTT
CTCTTTTTTCTTCTTCTTCTAATTTACAC

>TRINITY_DN127443_c0_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TCCTCCGTTATTTGCAAGTCTGTGGTCTGGTCTGTGTCTCTGTGGTTTGTCTGTCCGTGTCTTTGTTGTGTCTGTGTATGTGTGTCTTTGTTATGTCTGTGTCTGTGTCTGTGTTTGTGGTTTGCTTATGACAAAGGAGGTTATCTGTTCTGAATTTGAATTTGAATTTCGAAACAGCAATGAAAGAAGCAATTAAAGGA
TGCTGTGGAGCCGTAACAGAGAGCCAGGTCCATCACAGGTATGAGCTGAATTTTCGTCAGAATTAGCTGCTAAGACCGCCTTGAGTCAACAGGGAATTTTCGTCAGAATCTGGATTCGCCAAAAGGATAAGCAAACAGGAGAATAATACTAAGATTCGCAACAATCGATTGCATTGCTATATAAATATTTTGAAGCCTCT
TAATAAAGAGCGAGGAAAAGGTATCTAAGTATGTTTTAAATATTGATTCATTAAACGAAACGAATTGAATTGCAATACATATGGGTAATTTTTAAGAATCTGATTGAATAAAGAGAAAAAGgtaatgatctttatctttttcatgtttttatttttttaagtaataagtaaatgaagatgcatcttatatttgttttggt
ttgttattttttcagGTATCAAGTATCAAGCATCCTTTGAACATTGATTCAATGTTATTTACAACAATTTGAAGTGATTTACACTGGACTTGTAGAGTTCACAATATTTGAGAGTTTTGTAAATACGGAGACTTACAAACATATTATTTTTAATATATATAATTATATTTTTTGGGGATGGGATTAAACCCATCCAAATG
CTCGAGATGATGGGGCGCCTCATCGTCTTTAGAGTAGTCTCTTATAGTGTTATGATGTAGTATGTTTTTTTCCACATTCATTTTTCACTAATTGTTTTCACATAAACTAATTTTATAATTTCTCCAACATAACTAAACTTCCACTTAACCTTTTAAAATTTATGTAACACAAAAAAACTTTCCACTTAACCTCTTAAAAT
TTATGTAACACAAAAAAACTTTATTACATATATTTGAAATTTTCTAATCATTTATTTTTTTCGCATTTTTTTTTCTTTTTCCTTTTTCTTTTTTCTCTTTTTTCTTCTTCTTCTAATTTACAC

Intron 2 GTGATGGTTA ... TTTTTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	6.55	107	12	3
A2	3.7	78	2	4
A3	6.29	82	9	2
A4	8.42	87	15	1
A5	3.28	59	1	3
A6	3.4	128	8	1
A7	0.44	342	3	0
A8	0.64	387	5	0
A9	1.78	221	2	6
A10	0	246	0	0

>TRINITY_DN45505_c0_g1_i4 from sample A6 / Example spliced isoform

TGCAAGTCTGTGGTCTGGTCTGTGTCTCTGTGGTTTGTCTGTCCGTGTCTTTGTTGTGTCTGTGTATGTGTGTCTTTGTTATGTCTGTGTCTGTGTCTGTGTTTGTGGTTTGCTTATGACAAAGGAGGTTATCTGTTCTGAATTTGAATTTGAATTTCGAAACAGCAATGAAAGAAGCAATTAAAGGATGCTGTGGAGCC
GTAACAGAGAGCCAGGTCCATCACAGGTATGAGCTGAATTTTCGTCAGAATTAGCTGCTAAGACCGCCTTGAGTCAACAGGGAATTTTCGTCAGAATCTGGATTCGCCAAAAGGATAAGCAAACAGGAGAATAATACTGTAAGTAAGGATTGAGTTCAGTTCAGAAGCCATAGCCATATTCTGAAGATACAATTAAAGTT
TCTGAAGATGAAACCTGAAACCTGATACAATTGAAAGTTTCTGAAATATTTATATGTTAATGACAATTTTTAAAAGTTGGTTGATGCAGAAGATTCGCAACAATCGATTGCATTGCTATATAAATATTTTGAAGCCTCTTAATAAAGAGCGAGGAAAAGGTATCAAGTATGTTTTAAATATTGATTCATTAAACGAAACG
AATTGAATTGCAACACACATGGGTAATTTTTAAGAATCTTATTGAATAAAGAGAAAAAGGTATCAAGTATCAAGCATCCTTTGAACATTGATTCAATGTTATTTACAAGCATCTTCTGAACATTGATTCAATGTTATTTACAACAATTTGAAGTGATTTACACTGGACTTGTAGAGTTCACAATATTTGAGAGTTTTGTA
AATACGGAGACTTACAAACATATTATTTTTAATATATATAATTATATTTTTTGGGGATGGGATTAAACCCATCCAAATGCTCGAG

>TRINITY_DN45505_c0_g1_i15 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TGCAAGTCTGTGGTCTGGTCTGTGTCTCTGTGGTTTGTCTGTCCGTGTCTTTGTTGTGTCTGTGTATGTGTGTCTTTGTTATGTCTGTGTCTGTGTCTGTGTTTGTGGTTTGCTTATGACAAAGGAGGTTATCTGTTCTGAATTTGAATTTGAATTTCGAAACAGCAATGAAAGAAGCAATTAAAGGATGCTGTGGAGCC
GTAACAGAGAGCCAGGTCCATCACAGGTATGAGCTGAATTTTCGTCAGAATTAGCTGCTAAGACCGCCTTGAGTCAACAGGGAATTTTCGTCAGAATCTGGATTCGCCAAAAGGATAAGCAAACAGGAGAATAATACTGTAAGTAAGGATTGAGTTCAGTTCAGAAGCCATAGCCATATTCTGAAGATACAATTAAAGTT
TCTGAAGATGAAAACTCTAGTATTGAAACCTGAAACCTGAAACCTGATACAATTGAAAGTTTCTGAAATATTTATATGTTAATGACAATTTTTAAAAGTTGGTTGATGCAGAAGATTCGCAACAATCGATTGCATTGCTATATAAATATTTTGAAGCCTCTTAATAAAGAGCGAGGAAAAGgtgatggttattatcgtat
caagaatcttttaactatttattaaacttttgcctttttaaaataaatttagtaaaatattatttgtattttttaaattttaatatttaaaaaattgttttgagacttttttttaatcaatatattagatattttggttatgaacaggatttgcaatatacaaattgtgatttttggagaaggttaataacaaaaaagtt
gaagatcagaaaaagagatatattatttttatttttattttttaatattaaagtaacgtttaaatataagtatgttttatatatgttttgtttttgttttttttccagGTATCAAGTATGTTTTAAATATTGATTCATTAAACGAAACGAATTGAATTGCAA

Intron 3 GTAAGTAAGG ... TTTTTAAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.87	159.5	45	22.5
A2	10.14	151	24.5	11
A3	13.33	160.5	28	22.5
A4	16.8	124	31.5	20
A5	14.2	91.5	20.5	11.5
A6	12.13	163	37	12.5
A7	6.36	437.5	50.5	18
A8	8.64	490.5	68.5	31.5
A9	7.8	346.5	40.5	23
A10	6.91	365.5	46	14.5

>TRINITY_DN123537_c1_g2_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

AGCTGAATTTTCGTCAGAATTAGCTGCTAAGACCGCCTTGAGTCAACAGGGAATTTTCGTCAGAATCTGGATTCGCCAAAAGGATAAGCAAACAGGAGAATAATACTTTGGTTGATGCAGAAGATTCGCAACAATGGATTGCATTGCTATATAAATATTTTGAAGCCTCTTAATAAAGAGCGAGGAAAAGGTATCAAGTA
TGTTTTAAATATTGATTCATTAAACGAAACGAATTGAATTGCAATACATATGGGTAATTTTTAAGAATCTGATTGAATAAAGAGAAAAAGGTATCAAGTATCAAGCATCCTTTGAACATTGATTCAATGTTATTTACAAGCATCTTACAACAATTTGAAGTGATTTACACTGGACTTGTAGAGTTCACAATATTTGAGAG
TTTTGTAAATACGAAGACTTACAAACATATTATTTTTAATATATATAATTATATTTTTTGGGGATGGGATTAAACCCATCCAAATGCTCGAGATGATGGGGCGCCTCATCATCTTTAGAGTAGTCTCTTATAGTGTTATGATGTAGTATGTTTTTTTCGCATTCATTTTCCGCTAATGGTCTTTACATAAAATAATTTTA
TATTTTATCCAA

>TRINITY_DN123537_c1_g2_i5 from sample A3 / Example unspliced isoform:

AGCTGAATTTTCGTCAGAATTAGCTGCTAAGACCGCCTTGAGTCAACAGGGAATTTTCGTCAGAATCTGGATTCGCCAAAAGGATAAGCAAACAGGAGAATAATACTgtaagtaaggattgagttcagttcagaagccatagccatattctgaagatacaattaaagtttctgaagatgaaaactctagtattgaaacct
gaaacctgaaacctgatacaattgaaagtttctgaaatatttatatgttaatgacaatttttaaaagTTGGTTGATGCAGAAGATTCGCAACAATGGATTGCATTGCTATATAAATATTTTGAAGCCTCTTAATAAAGAGCGAGGAAAAGGTGATGGTTATTATCGTATCAAGG

Intron 4 GTAAGTAAGG ... GTTGATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.76	205.5	67.6	42.5
A2	16.96	175	35.8	24.3
A3	17.02	190.8	39.1	38.5
A4	21.47	163.6	44.8	31.4
A5	20.13	123	31	21.4
A6	21.72	219	60.8	30.8
A7	13.68	586.5	93	76.3
A8	15.38	623.3	113.3	84.8
A9	14.1	420.3	69	54.5
A10	14.98	457	80.5	53.9

>TRINITY_DN127443_c0_g2_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

TCCTCCGTTATTTGCAAGTCTGTGGTCTGGTCTGTGTCTCTGTGGTTTGTCTGTCCGTGTCTTTGTTGTGTCTGTGTATGTGTGTCTTTGTTATGTCTGTGTCTGTGTCTGTGTTTGTGGTTTGCTTATGACAAAGGAGGTTATCTGTTCTGAATTTGAATTTGAATTTCGAAACAGCAATGAAAGAAGCAATTAAAGGA
TGCTGTGGAGCCGTAACAGAGAGCCAGGTCCATCACAGGTATGAGCTGAATTTTCGTCAGAATTAGCTGCTAAGACCGCCTTGAGTCAACAGGGAATTTTCGTCAGAATCTGGATTCGCCAAAAGGATAAGCAAACAGGAGAATAATACTAAGATTCGCAACAATCGATTGCATTGCTATATAAATATTTTGAAGCCTCT
TAATAAAGAGCGAGGAAAAGGTATCTAAGTATGTTTTAAATATTGATTCATTAAACGAAACGAATTGAATTGCAATACATATGGGTAATTTTTAAGAATCTGATTGAATAAAGAGAAAAAGGTAATGATCTTTATCTTTTTCATGTTTTTATTTTTTTAAGTAATAAGTAAATGAAGATGCATCTTATATTTGTTTTGGT
TTGTTATTTTTTCAGGTATCAAGTATCAAGCATCCTTTGAACATTGATTCAATGTTATTTACAACAATTTGAAGTGATTTACACTGGACTTGTAGAGTTCACAATATTTGAGAGTTTTGTAAATACGGAGACTTACAAACATATTATTTTTAATATATATAATTATATTTTTTGGGGATGGGATTAAACCCATCCAAATG
CTCGAGATGATGGGGCGCCTCATCGTCTTTAGAGTAGTCTCTTATAGTGTTATGATGTAGTATGTTTTTTTCCACATTCATTTTTCACTAATTGTTTTCACATAAACTAATTTTATAATTTCTCCAACATAACTAAACTTCCACTTAACCTTTTAAAATTTATGTAACACAAAAAAACTTTCCACTTAACCTCTTAAAAT
TTATGTAACACAAAAAAACTTTATTACATATATTTGAAATTTTCTAATCATTTATTTTTTTCGCATTTTTTTTTCTTTTTCCTTTTTCTTTTTTCTCTTTTTTCTTCTTCTTCTAATTTACAC

>TRINITY_DN127443_c0_g2_i18 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TCCTCCGTTATTTGCAAGTCTGTGGTCTGGTCTGTGTCTCTGTGGTTTGTCTGTCCGTGTCTTTGTTGTGTCTGTGTATGTGTGTCTTTGTTATGTCTGTGTCTGTGTCTGTGTTTGTGGTTTGCTTATGACAAAGGAGGTTATCTGTTCTGAATTTGAATTTGAATTTCGAAACAGCAATGAAAGAAGCAATTAAAGGA
TGCTGTGGAGCCGTAACAGAGAGCCAGGTCCATCACAGGTATGAGCTGAATTTTCGTCAGAATTAGCTGCTAAGACCGCCTTGAGTCAACAGGGAATTTTCGTCAGAATCTGGATTCGCCAAAAGGATAAGCAAACAGGAGAATAATACTgtaagtaaggattgagttcagttcagaagccatagccatattctgaagat
acaattaaagtttctgaagatgaaacctgaaacctgatacaattgaaagtttctgaaatatttatatgttaatgacaatttttaaaagttggttgatgcagAAGATTCGCAACAATCGATTGCATTGCTATATAAATATTTTGAAGCCTCTTAATAAAGAGCGAGGAAAAGGTAATGGTTATTATCGTATCAAGAATCTT
TTAACTATTTATTAAACTTTTGCCTTTTTAAAATAAATTTAGTAAAATATTATTTGTATTTTTTAAATTTTAATATTTAAAAAATTGTTTTGAGACTTTTTTTTAATCAATATATTAGATATTTTGGTTATGAACAGGATTTGCAATATACAAATTGTGATTTTTGGAGAAGGTTAATAACAAAAAAGTTGAAGATCAGA
AAAAGAGATATATTATTTTTATTTTTATTTTTTAATATTAAAATAATGTTTAAATATAAGTATGTTTTATATATGTTTTGTTTTTGTTTTTTTTCCAGGTATCAAGTATGTTTTAAATATTGATTCATTAAACGAAACGAATTGAATTGCAATACATATGGGTAATTTTTAAGAATCTGATTGAATAAAGAGAAAAAGGT
AATGATCTTTATCTTTTTCATGTTTTTATTTTTTTAAGTAATAAGTAAATGAAGATGCATCTTATATTTGTTTTGGTTTGTTATTTTTTCAGGTATCAAGTATCAAGCATCCTTTGAACATTGATTCAATGTTATTTACAACAATTTGAAGTGATTTACACTGGACTTGTAGAGTTCACAATATTTGAGAGTTTTGTAAA
TACGGAGACTTACAAACATATTATTTTTAATATATATAATTATATTTTTTGGGGATGGGATTAAACCCATCCAAATGCTCGAGATGATGGGGCGCCTCATCGTCTTTAGAGTAGTCTCTTATAGTGTTATGATGTAGTATGTTTTTTTCCACATTCATTTTTCACTAATTGTTTTCACATAAACTAATTTTATAATTTCT
CCAACATAACTAAACTTCCACTTAACCTTTTAAAATTTATGTAACACAAAAAAACTTTCCACTTAACCTCTTAAAATTTATGTAACACAAAAAAACTTTATTACATATATTTGAAATTTTCTAATCATTTATTTTTTTCGCATTTTTTTTTCTTTTTCCTTTTTCTTTTTTCTCTTTTTTCTTCTTCTTCTAATTTACAC

Intron 5 GTAAGTAAGG ... GTTGATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.93	205.7	68.3	53.7
A2	17.06	175	36	35.7
A3	16.91	191.7	39	53.3
A4	21.53	164	45	42
A5	20.13	123	31	30.3
A6	21.79	219	61	46.3
A7	13.76	587	93.7	134.3
A8	15.46	623.7	114	136.7
A9	14.1	420.3	69	88.3
A10	15.06	457	81	95.3

>TRINITY_DN111263_c0_g1_i7 from sample A4 / Example spliced isoform

CTCCTCCGTTATTTGCAAGTCTGTGGTCTGGTCTGTGTCTCTGTGGTTTGTCTGTCCGTGTCTTTGTTGTGTCTGTGTATGTGTGTCTTTGTTATGTCTGTGTCTGTGTCTGTGTTTGTGGTTTGCTTATGACAAAGGAGGTTATCTGTTCTGAATTTGAATTTGAATTTCGAAACAGCAATGAAAGAAGCAATTAAAGG
ATGCTGTGGAGCCGTAACAGAGAGCCAGGTCCATCACAGGTATGAGCTGAATTTTCGTCAGAATTAGCTGCTAAGACCGCCTTGAGTCAACAGGGAATTTTCGTCAGAATCTGGATTCGCCAAAAGGATAAGCAAACAGGAGAATAATACTAAGATTCGCAACAATCGATTGCATTGCTATATAAATATTTTGAAGCCTC
TTAATAAAGAGCGAGGAAAAGGTATTAAGTATGTTTTAAATATTGATTCATTAAACGAAACGAATTGAATTGCAATACATATGGGTAATTTTTAAGAATCTGATTGAATAAAGAGAAAAAGGTATCAAGTATCAAGCATCCTTTGAACATTGATTCAATGTTATTTACAACAATTTGAAGTGATTTACACTGGACTTGTA
GAGTTCACAATATTTGAGAGTTTTGTAAATACGGAGACTTACAAACATATTATTTTTAATATATATAATTATATTTTTTGGGGATGGGATTAAACCCATCCAAATGCTCGAGATGATGGGGCGCCTCATCATTTTTAGAGTAGTCTCTTATAGTGTT

>TRINITY_DN111263_c0_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CTCCTCCGTTATTTGCAAGTCTGTGGTCTGGTCTGTGTCTCTGTGGTTTGTCTGTCCGTGTCTTTGTTGTGTCTGTGTATGTGTGTCTTTGTTATGTCTGTGTCTGTGTCTGTGTTTGTGGTTTGCTTATGACAAAGGAGGTTATCTGTTCTGAATTTGAATTTGAATTTCGAAACAGCAATGAAAGAAGCAATTAAAGG
ATGCTGTGGAGCCGTAACAGAGAGCCAGGTCCATCACAGGTATGAGCTGAATTTTCGTCAGAATTAGCTGCTAAGACCGCCTTGAGTCAACAGGGAATTTTCGTCAGAATCTGGATTCGCCAAAAGGATAAGCAAACAGGAGAATAATACTgtaagtaaggattgagttcagttcagaagccatagccatattctgaaga
tacaattaaagtttctgaagatgaaaactctagtattgaaacctgaaacctgaaacctgatacaattgaaagtttctgaaatatttatatgttaatgacaatttttaaaagttggttgatgcagAAGATTCGCAACAATCGATTGCATTGCTATATAAATATTTTGAAGCCTCTTAATAAAGAGCGAGGAAAAGGTATTA
AGTATGTTTTAAATATTGATTCATTAAACGAAACGAATTGAATTGCAATACATATGGGTAATTTTTAAGAATCTGATTGAATAAAGAGAAAAAGGTATCAAGTATCAAGCATCCTTTGAACATTGATTCAATGTTATTTACAACAATTTGAAGTGATTTACACTGGACTTGTAGAGTTCACAATATTTGAGAGTTTTGTA
AATACGGAGACTTACAAACATATTATTTTTAATATATATAATTATATTTTTTGGGGATGGGATTAAACCCATCCAAATGCTCGAGATGATGGGGCGCCTCATCATTTTTAGAGTAGTCTCTTATAGTGTT

Intron 6 GTAATGGTTA ... TTTTTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	5.85	134	12	4
A2	3.25	92.5	2	4
A3	5.28	102	9	2
A4	7.93	107	14	4
A5	4.77	73.5	1	6
A6	3.71	147.5	8	3
A7	0.63	405.5	3	2
A8	0.88	467.5	5	3
A9	2.15	286	2	10
A10	0	302	0	0

>TRINITY_DN111263_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoform

CTCCTCCGTTATTTGCAAGTCTGTGGTCTGGTCTGTGTCTCTGTGGTTTGTCTGTCCGTGTCTTTGTTGTGTCTGTGTATGTGTGTCTTTGTTATGTCTGTGTCTGTGTCTGTGTTTGTGGTTTGCTTATGACAAAGGAGGTTATCTGTTCTGAATTTGAATTTGAATTTCGAAACAGCAATGAAAGAAGCAATTAAAGG
ATGCTGTGGAGCCGTAACAGAGAGCCAGGTCCATCACAGGTATGAGCTGAATTTTCGTCAGAATTAGCTGCTAAGACCGCCTTGAGTCAACAGGGAATTTTCGTCAGAATCTGGATTCGCCAAAAGGATAAGCAAACAGGAGAATAATACTGTAAGTAAGGATTGAGTTCAGTTCAGAAGCCATAGCCATATTCTGAAGA
TACAATTAAAGTTTCTGAAGATGAAAACTCTAGTATTGAAACCTGAAACCTGAAACCTGATACAATTGAAAGTTTCTGAAATATTTATATGTTAATGACAATTTTTAAAAGTTGGTTGATGCAGAAGATTCGCAACAATCGATTGCATTGCTATATAAATATTTTGAAGCCTCTTAATAAAGAGCGAGGAAAAGGTATTA

AGTATGTTTTAAATATTGATTCATTAAACGAAACGAATTGAATTGCAATACATATGGGTAATTTTTAAGAATCTGATTGAATAAAGAGAAAAAGGTATCAAGTATCAAGCATCCTTTGAACATTGATTCAATGTTATTTACAACAATTTGAAGTGATTTACACTGGACTTGTAGAGTTCACAATATTTGAGAGTTTTGTA
AATACGGAGACTTACAAACATATTATTTTTAATATATATAATTATATTTTTTGGGGATGGGATTAAACCCATCCAAATGCTCGAGATGATGGGGCGCCTCATCATTTTTAGAGTAGTCTCTTATAGTGTT

>TRINITY_DN111263_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CTCCTCCGTTATTTGCAAGTCTGTGGTCTGGTCTGTGTCTCTGTGGTTTGTCTGTCCGTGTCTTTGTTGTGTCTGTGTATGTGTGTCTTTGTTATGTCTGTGTCTGTGTCTGTGTTTGTGGTTTGCTTATGACAAAGGAGGTTATCTGTTCTGAATTTGAATTTGAATTTCGAAACAGCAATGAAAGAAGCAATTAAAGG
ATGCTGTGGAGCCGTAACAGAGAGCCAGGTCCATCACAGGTATGAGCTGAATTTTCGTCAGAATTAGCTGCTAAGACCGCCTTGAGTCAACAGGGAATTTTCGTCAGAATCTGGATTCGCCAAAAGGATAAGCAAACAGGAGAATAATACTGTAAGTAAGGATTGAGTTCAGTTCAGAAGCCATAGCCATATTCTGAAGA
TACAATTAAAGTTTCTGAAGATGAAACCTGAAACCTGATACAATTGAAAGTTTCTGAAATATTTATATGTTAATGACAATTTTTAAAAGTTGGTTGATGCAGAAGATTCGCAACAATCGATTGCATTGCTATATAAATATTTTGAAGCCTCTTAATAAAGAGCGAGGAAAAGgtaatggttattatcgtatcaagaatct
tttaactatttattaaacttttgcctttttaaaataaatttagtaaaatattatttgtatttttaaaattttaatatttaaaaaattgtttgatacttttttttaatcaatatattagatattttggttatgaacaggatttgcaatatacaaattgtgatttttggagaaggttaataacaaaaaagttgaagatcaga
aagagagatatattatttttatttttattttttaatattaaaataatgtttaaatataagtatgttttatatatgttttgtttttgttttttttccagGTATTAAGTATGTTTTAAATATTGATTCATTAAACGAAACGAATTGAATTGCAACACACATGGGTAATTTTTAAGAATCTTATTGAATAAAGAGAAAAAGGT
AATGATCTTTATCTTTTTCATGTTTTTATTTTTTTAAGTAATAAGTAAATGAAGATGCATCTTATATTTGTTTTGGTTTGTTATCTTTTCAGGTATCAAGTATCAAGCATCCTTTGAACATTGATTCAATGTTATTTACAACAATTTGAAGTGATTTACACTGGACTTGTAGAGTTCACAATATTTGAGAGTTTTGTAAA
TACGGAGACTTACAAACATATTATTTTTAATATATATAATTATATTTTTTGGGGATGGGATTAAACCCATCCAAATGCTCGAGATGATGGGGCGCCTCATCATTTTTAGAGTAGTCTCTTATAGTGTT

Intron 7 ATTGATTCAA ... TCTTCTGAAC

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25	6	2	0
A2	0	2	0	0
A3	0	1	0	0
A4	0	6	0	0
A5	50	1	1	0
A6	39.39	20	13	6
A7	25.58	32	11	3
A8	25.68	55	19	1
A9	20.93	34	9	2
A10	18.18	18	4	0

>TRINITY_DN45505_c0_g1_i17 from sample A6 / Example spliced isoform

CGAAAGCCTGCCCTACGCCTCTACATTATGCACCTGGTCGAGCTGTTAGAGAGGTTGTCTGCGATCATGATGGTTCACAAGGCCAGGAAAAACGGCCTCCCCTTCTGGAACCGCAGCCATTCTCAACAAGATCAGATAGTAGTTGCTTTGGAGGCAGAAGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAAAGGCAGAGATACC
ACTTGACAGATTGAGCCGGGCACTCTGCATCACGCCGTGTTTGATTCAAACAGAGCCCCACGCTGTGTTATACCAAATTCTCCACCATGTGGATGTGTTATACCAATATTGATGCTCTGTGCTATGGTCCCGAATGACGAAGTTTTTGCGATGCTGTTGCTCCTAGCTCTATTGACTACATTCATTACAACCCCATTGGT
AACAGCCATATACATACCAGCAAGAAAAGTAGCTCCGTACAGAGAGAAGCCGGAAGACAAGCTCAAAATCTTGTCCTGTCTGCACAGTTTAAGGAACATACCAGCGATGATAAACCCGGTAGAGGCCTCCAGGAAGATTCGAAAGCCTGCCCTACGCCTCTACATTATGCACCTGGTCGAGCTGTTAGAGAGGTCTGTCT
GCGATCATGATGGTTCACAAGGCCAGGAAAAACGGCAACCGTTCTCAACAAGATCAGATGCTCCCCTTCTGGAACCGCAGCCATTCTCAACAAGATCAGATAGTAGTTGCTTTGGAGGCGTATGGGCAATCTGTTACTCTGGTTCATGTTTACGCACAAGTAAAATCGATACCAACACCAAGTATCAAGCATTTTTTGAA
CATTGATTCAATGTTATTTACAAGCATCTTCTGAACATTGATTCAATGTTATTTACAATGTGATGTACAATGGACTTGTATAGTTTAATGTTTTTGAGAATTTGTAAAGAGAGAGACTAAC

>TRINITY_DN45505_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CGAAAGCCTGCCCTACGCCTCTACATTATGCACCTGGTCGAGCTGTTAGAGAGGTTGTCTGCGATCATGATGGTTCACAAGGCCAGGAAAAACGGCCTCCCCTTCTGGAACCGCAGCCATTCTCAACAAGATCAGATAGTAGTTGCTTTGGAGGCAGAAGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAAAGGCAGAGATACC
ACTTGACAGATTGAGCCGGGCACTCTGCATCACGCCGTGTTTGATTCAAACAGAGCCCCACGCTGTGTTATACCAAATTCTCCACCATGTGGATGTGTTATACCAATATTGATGCTCTGTGCTATGGTCCCGAATGACGAAGTTTTTGCGATGCTGTTGCTCCTAGCTCTATTGACTACATTCATTACAACCCCATTGGT
AACAGCCATATACATACCAGCAAGAAAAGTAGCTCCGTACAGAGAGAAGCCGGAAGACAAGCTCAAAATCTTGTCCTGTCTGCACAGTTTAAGGAACATACCAGCGATGATAAACCCGGTAGAGGCCTCCAGGAAGATTCGAAAGCCTGCCCTACGCCTCTACATTATGCACCTGGTCGAGCTGTTAGAGAGGTTGTCTG
CGATCATGATGGTTCACAAGGCCAGGAAAAACGGCCTCCCCTTCTGGAACCGCAGCCATTCTCAACAAGATCAGATAACCGTTCTCAACAAGATTAGATAGTAGTTGCTTTGGAGTAGTTGCTTTGGAGGCGTATGGGCAATCTGTTACTCTGGTTCATGTTTACGCACAAGTAAAATCGATCCCAACACCAAGTATCAA
GCATTTTTTGAACattgattcaatgttatttacaagcatcttctgaacATTGATTCAATGTTATTT

Intron 8 GTAAGTAAGG ... TTTTTAAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.87	159.5	45	22.5
A2	10.14	151	24.5	11
A3	13.33	160.5	28	22.5
A4	16.8	124	31.5	20
A5	14.2	91.5	20.5	11.5
A6	12.13	163	37	12.5
A7	6.36	437.5	50.5	18
A8	8.64	490.5	68.5	31.5
A9	7.8	346.5	40.5	23
A10	6.91	365.5	46	14.5

>TRINITY_DN123537_c1_g2_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

AGCTGAATTTTCGTCAGAATTAGCTGCTAAGACCGCCTTGAGTCAACAGGGAATTTTCGTCAGAATCTGGATTCGCCAAAAGGATAAGCAAACAGGAGAATAATACTTTGGTTGATGCAGAAGATTCGCAACAATGGATTGCATTGCTATATAAATATTTTGAAGCCTCTTAATAAAGAGCGAGGAAAAGGTATCAAGTA
TGTTTTAAATATTGATTCATTAAACGAAACGAATTGAATTGCAATACATATGGGTAATTTTTAAGAATCTGATTGAATAAAGAGAAAAAGGTATCAAGTATCAAGCATCCTTTGAACATTGATTCAATGTTATTTACAAGCATCTTACAACAATTTGAAGTGATTTACACTGGACTTGTAGAGTTCACAATATTTGAGAG
TTTTGTAAATACGAAGACTTACAAACATATTATTTTTAATATATATAATTATATTTTTTGGGGATGGGATTAAACCCATCCAAATGCTCGAGATGATGGGGCGCCTCATCATCTTTAGAGTAGTCTCTTATAGTGTTATGATGTAGTATGTTTTTTTCGCATTCATTTTCCGCTAATGGTCTTTACATAAAATAATTTTA
TATTTTATCCAA

>TRINITY_DN123537_c1_g2_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:

AGCTGAATTTTCGTCAGAATTAGCTGCTAAGACCGCCTTGAGTCAACAGGGAATTTTCGTCAGAATCTGGATTCGCCAAAAGGATAAGCAAACAGGAGAATAATACTgtaagtaaggattgagttcagttcagaagccatagccatattctgaagatacaattaaagtttctgaagatgaaacctgaaacctgatacaat
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