sp|M4IS90|CCL8_HUMLU ----> Probable CoA ligase CCL8

Intron 1 GTTACAAAGG ... ACTTTTAGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	74.55	7	22	19
A2	56.25	14	7	29
A3	74.19	12	16	53
A4	63.16	7	8	16
A5	58.97	8	12	11
A6	67.09	13	17	36
A7	65.22	32	36	84
A8	60	34	35	67
A9	66.67	16	24	40
A10	67.74	20	26	58

>TRINITY_DN120084_c2_g1_i7 from sample A2 / Example spliced isoform

AAGTTATTCAATCTATAGTTATAGTTCTTGTTGGGCAACATTAAATTCATCCTTTTTTATACCGTAGATGTTTGGTATTTTATATAGCTACGAGGTAAATACATACAGAGAATTAAATAGATACAAAGAAGGAATGCGGCTGTTTGATGAATTCGTTCTCTGTTTGCCTTTTCATATTTGATATGATGCCTTCAGAAAAC
CATGCAGAAGCAATGCTAAATCCCTGAATACCCACATGATAGAGTGGTTATATCATCTCTTCTGCTATATCTTTACTTTAATTGATGCCGAGAAGTGCAGGTTTAGAAATTGTTTATTGGCTCAAGAAATTAGTGGTATGACGTGTTCTGGAGATGTCTTAAGCTTTAAATGGTAGGCTTTCGAAGTTGTAGGTTGAGAT
TTAAGATGAATAAGATAGGAATGAAGATAATGAGCCTTTTCCGAAATCGTTTATGAAGAAATTTCTCGTCGGCTACATTCCGTTTTCGTATATAAGGCTACTTTAAAATATCATGGAGGTGCTCAGAGCAGCAATAAAGATGGGTATTGAAGCACAAAGAAGAGTGGCAGTGGCAACTGCTCAGGGGAATCACAGTTATG
GACAATTGCTTGCTTCTGCTTGGCAACTTTCAAGCACATTACTAGAAGACAATTTGCTTAAGCCTAGTGTTGATGAGTCTGTTGGAGATGTGAAATCTCAAATCACATCCCATCCTTCCATGGGTTCTAAACAGAGTGCAAATGGAGCCATATCTCAGCTGGGGAGAAAAATGAATGATATGACCAGTCTTAATGGGGCT
CGGATAGGGATTATGTCAAATCCCTCAGCAGAGTTCGTGGCTGGGATTTGGGCAACATGGATTAGTGGTGCTGTTGCAGTTCCCCTGGCTCTTAGTCACCCAGAAACAGAGATTCTTTACGTGATGAATGATGCGGATGTTTCTTTTGTAATGGGTACCAAGGAGTATCAAGGATTTTTGGAGGGCATTGCAAGAAAATG
TTCTGCACGCTTTTGTCTCATTCCTCTTGTTCCAAAGCTTCCCATGGATTTTAGAACTTCTGAGGTATTTCAATCAAGGGAAGTCGAGGGTGATTCTTCAGGCATTCTGTCTGAAGAGGTATTGGCAGCGGTTGAAAAGTTAGCTGTAGTGGATGGTGATAAACCGGCATTGATTGTGTATACAAGTGGTACCACAGGTA
AACCAAAAGGTGTTGTGCACACACATCATAGCATAGCTGCACAGGTTAAAATCTTAACGGAAGCATGGGAGTATACACCCTCTGATAGGTTTTTGCATTGCCTGCCATTACACCATGTGCATGGCCTTTACAATGCCTTGCTTGCGCCTCTCTATGCTGGTGCAGTGGTGGATTTCATCCCAAAATTCAGTGTAAGAGAA
GTATGGCAGAGATGGATTGAGTCATACCATAGTGATGGAAGCAAGGCTGAAGATGCAATAACTGTTTTCACTGGGGTCCCAACAATTTATGCCCGATTGCTTCAAGGTTATGAATTGATGGGAACAGAATCTCAGAAGGCTGCCACATCGGCTGCCCATCAACTGCGTCTCATGATGTGTGGCTCATCAGCACTTCCTTA
TCCTGTCACGGAACAATGGGAAAAGATCACAGGGCACCGACTTCTTGAGCGTTATGGCATGACTGAGTTTGCGATGGCACTTTCAAATTCTCTCCATGGTAATCGGAAAGTGGGCACTGTTGGCAAGCCACTGCCTGGTGTGCAGGTTAAAATAGTTTCACAGGATGAAAATAATTGCAACAAACCAAGCATAGGCGAAC
TCTATGTTAAAAGTCCATCCATGTTCAAGGAATATTGGAGACAACCTCAGCATCCAGACATAGCTGAGTGCTGTGTCCTTGGTTTACCAGATACAGACTACGGGGAAATCATATGTGCAGTAATCGTGCTAAAAGCTGAGGCACTGAAAGCAGTAGCTGAGTCAAAACCAGTTTTCACTATTAAGGATCTTCAAAAATGG
GCCAAGGAAAGAATTGCTCCATACAAGATTCCTCAAAGACTGCACATATGGGAATCACTGCCTCGTAATGCTATGAACAAAGTGAATAAGAAAGAACTGAAGCAATTATTACTAATTGCATGACTACTTTGATTTAATGACCATAAAGAAGATGGCTGCTTGGTTTCATGGGGAATTGGATCTTTTAGTCTCTTTGGGTA
GGCGACCTGCACCGTGCTCAGCATGTTTTTATTGTGCTCAGCATGTCTTTATTGTGCAAATTGGAAGAAAAGCTAAAGGAACATCTTGTGGGAACCCATCTCAATCAACTATATTACAAATAATCTGTTAAAAGGAAATTCCCACGAGTGAGAAATGAGAAATGACATAATGTATATAAAGAAAATCAATCAGAAGAGTA
CAAAAACAGGAAGAATGTGCATCTCACTTGGACAGCAGTTGGTTTCTTAAGTCGTTTTCAAATATAAACTAAAAGGGTTTTTACTAGAACTGTATCGGGAGATTATTGAAGATGCATATTTGCATCTCTTTATGCACACTGTAAATTGCAGAGGAC

>TRINITY_DN120084_c2_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AAGTTATTCAATCTATAGTTATAGTTCTTGTTGGGCAACATTAAATTCATCCTTTTTTATACCGTAGATGTTTGGTATTTTATATAGCTACGAGGTAAATACATACAGAGAATTAAATAGATACAAAGAAGGAATGCGGCTGTTTGATGAATTCGTTCTCTGTTTGCCTTTTCATATTTGATATGATGCCTTCAGAAAAC
CATGCAGAAGCAATGCTAAATCCCTGAATACCCACATGATAGAGTGGTTATATCATCTCTTCTGCTATATCTTTACTTTAATTGATGCCGAGAAGTGCAGGTTTAGAAATTGTTTATTGGCTCAAGAAATTAGTGGTATGACGTGTTCTGGAGATGTCTTAAGCTTTAAATGGTAGGCTTTCGAAGTTGTAGGTTGAGAT
TTAAGATGAATAAGATAGGAATGAAGATAATGAGCCTTTTCCGAAATCGTTTATGAAGAAATTTCTCGTCGGCTACATTCCGTTTTCGTATATAAGGCTACTTTAAAATATCATGGAGGTGCTCAGAGCAGCAATAAAGATGGGTATTGAAGCACAAAGAAGAGTGGCAGTGGCAACTGCTCAGGGGAATCACAGTTATG
GACAATTGCTTGCTTCTGCTTGGCAACTTTCAAGCACATTACTAGAAGACAATTTGCTTAAGCCTAGTGTTGATGAGTCTGTTGGAGATGTGAAATCTCAAATCACATCCCATCCTTCCATGGGTTCTAAACAGAGTGCAAATGGAGCCATATCTCAGCTGGGGAGAAAAATGAATGATATGACCAGTCTTAATGGGGCT
CGGATAGGGATTATGTCAAATCCCTCAGCAGAGTTCGTGGCTGGGATTTGGGCAACATGGATTAGTGGTGCTGTTGCAGTTCCCCTGGCTCTTAGTCACCCAGAAACAGAGATTCTTTACGTGATGAATGATGCGGATGTTTCTTTTGTAATGGGTACCAAGGAGTATCAAGGATTTTTGGAGGGCATTGCAAGAAAATG
TTCTGCACGCTTTTGTCTCATTCCTCTTGTTCCAAAGCTTCCCATGGATTTTAGAACTTCTGAGGTATTTCAATCAAGGGAAGTCGAGGGTGATTCTTCAGGCATTCTGTCTGAAGAGGTATTGGCAGCGGTTGAAAAGTTAGCTGTAGTGGATGGTGATAAACCGGCATTGATTGTGTATACAAGTGGTACCACAGGTA
AACCAAAAGGTGTTGTGCACACACATCATAGCATAGCTGCACAGGTTAAAATCTTAACGGAAGCATGGGAGTATACACCCTCTGATAGGTTTTTGCATTGCCTGCCATTACACCATGTGCATGGCCTTTACAATGCCTTGCTTGCGCCTCTCTATGCTGGTGCAGTGGTGGATTTCATCCCAAAATTCAGTGTAAGAGAA
GTATGGCAGAGATGGATTGAGTCATACCATAGTGATGGAAGCAAGGCTGAAGATGCAATAACTGTTTTCACTGGGGTCCCAACAATTTATGCCCGATTGCTTCAAGGTTATGAATTGATGGGAACAGAATCTCAGAAGGCTGCCACATCGGCTGCCCATCAACTGCGTCTCATGATGTGTGGCTCATCAGCACTTCCTTA
TCCTGTCACGGAACAATGGGAAAAGATCACAGGGCACCGACTTCTTGAGCGTTATGGCATGACTGAGTTTGCGATGGCACTTTCAAATTCTCTCCATGGTAATCGGAAAGTGGGCACTGTTGGCAAGCCACTGCCTGGTGTGCAGGTTAAAATAGTTTCACAGGATGAAAATAATTGCAACAAACCAAGCATAGGCGAAC
TCTATGTTAAAAGTCCATCCATGTTCAAGGAATATTGGAGACAACCTCAGgttacaaaggagtcttttggagatgatggttactttaaaacaggagatacagcaatggtggacgaggatggtttctttgtgatcttaggccgcacaagtgtcgatatcctcaaggtcagtggatataaggtgtcagcacttgaaattgaa
gctgcacttttagagCATCCAGACATAGCTGAGTGCTGTGTCCTTGGTTTACCAGATACAGACTACGGGGAAATCATATGTGCAGTAATCGTGCTAAAAGCTGAGGCACTGAAAGCAGTAGCTGAGTCAAAACCAGTTTTCACTATTAAGGATCTTCAAAAATGGGCCAAGGAAAGAATTGCTCCATACAAGATTCCTCA
AAGACTGCACATATGGGAATCACTGCCTCGTAATGCTATGAACAAAGTGAATAAGAAAGAACTGAAGCAATTATTACTAATTGCATGACTACTTTGATTTAATGACCATAAAGAAGATGGCTGCTTGGTTTCATGGGGAATTGGATCTTTTAGTCTCTTTGGGTAGGCGACCTGCACCGTGCTCAGCATGTTTTTATTGT
GCTCAGCATGTCTTTATTGTGCAAATTGGAAGAAAAGCTAAAGGAACATCTTGTGGGAACCCATCTCAATCAACTATATTACAAATAATCTGTTAAAAGGAAATTCCCACGAGTGAGAAATGAGAAATGACATAATGTATATAAAGAAAATCAATCAGAAGAGTACAAAAACAGGAAGAATGTGCATCTCACTTGGACAG
CAGTTGGTTTCTTAAGTCGTTTTCAAATATAAACTAAAAGGGTTTTTACTAGAACTGTATCGGGAGATTATTGAAGATGCATATTTGCATCTCTTTATGCACACTGTAAATTGCAGAGGAC

Intron 2 ATATCCACCA ... AGTATCATAC

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.36	22.3	7.2	7
A2	20.2	13.8	1.8	5.2
A3	32.26	16.5	5.8	9.9
A4	15.38	11	3	1
A5	22.29	15.1	8.5	0.1
A6	21.74	9	3	2
A7	8.08	21.6	0.8	3
A8	25.69	12.2	2.4	6
A9	22.91	23.5	7	7
A10	17.7	22.4	1.6	8

>TRINITY_DN132877_c0_g1_i14 from sample A1 / Example spliced isoform

GTTATAGTTCTTGTTGGGCAACATTAAATTCATCCTTTTTTATACCGTAGATGTTTGGTATTTTATATAGCTACGAGGTAAATACATACAGAGAATTAAATAGATACAAAGAAGGAATGCGGCTGTTTGATGAATTCGTTCTCTGTTTGCCTTTTCATATTTGATATGATGCCTTCAGAAAACCATGCAGAAGCAATGCT
AAATCCCTGAATACCCACATGATAGAGTGGTTATATCATCTCTTCTGCTATATCTTTACTTTAATTGATGCCGAGAAGTGCAGGTTTAGAAATTGTTTATTGGCTCAAGAAATTAGTGGTATGACGTGTTCTGGAGATGTCTTAAGCTTTAAATGGTAGGCTTTCGAAGTTGTAGGTTGAGATTTAAGATGAATAAGATA
GGAATGAAGATAATGAGCCTTTTCCGAAATCGTTTATGAAGAAATTTCTCGTCGGCTACATTCCGTTTTCGTATATAAGCAGGCTACTTTAAAATATCATGGAGGTGCTCAGAGCAGCAATAAAGATGGGTATTGAAGCACAAAGAAGAGTGGCAGTGGCAACTGCTCAGGGGAATCACAGTTATGGACAATTGCTTGCT
TCTGCTTGGCAACTTTCAAGCACATTACTAGAAGACAATTTGCTTAAGCCTAGTGTTGATGAGTCTGTTGGAGATGTGAAATCTCAAATCACATCCCATCCTTCCATGGGTTCTAAACAGAGTGCAAATGGAGCCATATCTCAGCTGGGGAGAAAAATGAATGATATGACCAGTCTTAATGGGGCTCGGATAGGGATTAT
GTCAAATCCCTCAGCAGAGTTCGTGGCTGGGATTTGGGCAACATGGATTAGTGGTGCTGTTGCAGTTCCCCTGGCTCTTAGTCACCCAGAAACAGAGATTCTTTACGTGATGAATGATGCGGATGTTTCTTTTGTAATGGGTACCAAGGAGTATCAAGGATTTTTGGAGGGCATTGCAAGAAAATGTTCTGCACGCTTTT
GTCTCATTCCTCTTGTTCCAAAGCTTCCCATGGATTTTAGAACTTCTGAGGTATTTCAATCAAGGGAAGTCGAGGGTGATTCTTCAGGCATTCTGTCTGAAGAGGTATTGGCAGCGGTTGAAAAGTTAGCTGTAGTGGATGGTGATAAACCGGCATTGATTGTGTATACAAGTGGTACCACAGGTAAACCAAAAGGTGTT
GTGCACACACATCATAGCATAGCTGCACAGGTTAAAATCTTAACGGAAGCATGGGAGTATACACCCTCTGATAGGTTTTTGCATTGCCTGCCATTACACCATGTGCATGGCCTTTACAATGCCTTGCTTGCGCCTCTCTATGCTGGTGCAGTGGTGGATTTCATTCCAAAATTCAGTGTAAGAGAAGTATGGCAGAGATG
GATTGAGTCATACCATAGTGATGGAAGCAAGGCTGAAGATGCAATAACTGTTTTCACTGGGGTCCCAACAATTTATGCCCGATTGCTTCAAGGTTATGAATTGATGGGAACAGAATCTCAGAAGGCTGCCACATCGGCTGCCCATCAACTGCGTCTCATGATGTGTGGCTCATCAGCACTTCCTTATCCTGTCACGGAAC
AATGGGAAAAGATCACAGGGCACCGACTTCTTGAGCGTTATGGCATGACTGAGTTTGCGATGGCACTTTCAAATTCTCTCCATGGTAATCGGAAAGTGGGCACTGTTGGCAAGCCACTGCCTGGTGTGCAGGTTAAAATAGTTTCACAGGATGAAAATAATTGCAACAAACCAAGCATAGGCGAACTCTATGTTAAAAGT
CCATCCATGTTCAAGGAATATTGGAGACAACCTCAGGGTCTGAATTCCATTTGTAGTTTGCTAGTGGAATTATTTCTTCTGTCATGACAAGAAAACATGCAAGCAAATACTACAGAATAGGAATCTTGAGGGTTATCTTAATATACAGTCTCCGCAACTCAGAAAATGTTTCTAAAGTTGCACATAGAGGAATTAATTTG
GCATTGCAAGTGGTTATGGTATTAAACGAAGATCTGAGGCTGTTGCTTTCCAGTAGACTGACATTTATTCTCCACTGATTTGGTTAGTTTCTTCTTGATCCATGTTGAATAAAATATTGTGTTTGTTTTTCTGTTTTTTTTGGAATGAATTCAAGGGGTTCATTCACAAGTGATCTGACAACAATCACAAGGTACTAACA
TGCTGTAACAAGTGTCATGTTACAAATCATATCTTGTGATGGAAATCACAAGAGTTACCCATATGTAATATTAGAGGTAACAACCACCATGCAAATATAAAAAAATATCCTGATAAACATGCTTCAAGGAACTTTAAGCCATTTGCAACTGATCATGATGTATCATGATCCAGAATCTGAAGGAAATATTCCCAATCATC
TGTTTCAGAAAGACCTGTAACTGGATTACCCTCATATAA

>TRINITY_DN132877_c0_g1_i17 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GTTATAGTTCTTGTTGGGCAACATTAAATTCATCCTTTTTTATACCGTAGATGTTTGGTATTTTATATAGCTACGAGGTAAATACATACAGAGAATTAAATAGATACAAAGAAGGAATGCGGCTGTTTGATGAATTCGTTCTCTGTTTGCCTTTTCATATTTGATATGATGCCTTCAGAAAACCATGCAGAAGCAATGCT
AAATCCCTGAATACCCACATGATAGAGTGGTTATATCATCTCTTCTGCTATATCTTTACTTTAATTGATGCCGAGAAGTGCAGGTTTAGAAATTGTTTATTGGCTCAAGAAATTAGTGGTATGACGTGTTCTGGAGATGTCTTAAGCTTTAAATGGTAGGCTTTCGAAGTTGTAGGTTGAGATTTAAGATGAATAAGATA
GGAATGAAGATAATGAGCCTTTTCCGAAATCGTTTATGAAGAAATTTCTCGTCGGCTACATTCCGTTTTCGTATATAAGCAGGCTACTTTAAAATATCATGGAGGTGCTCAGAGCAGCAATAAAGATGGGTATTGAAGCACAAAGAAGAGTGGCAGTGGCAACTGCTCAGGGGAATCACAGTTATGGACAATTGCTTGCT
TCTGCTTGGCAACTTTCAAGCACATTACTAGAAGACAATTTGCTTAAGCCTAGTGTTGATGAGTCTGTTGGAGATGTGAAATCTCAAATCACATCCCATCCTTCCATGGGTTCTAAACAGAGTGCAAATGGAGCCATATCTCAGCTGGGGAGAAAAATGAATGATATGACCAGTCTTAATGGGGCTCGGATAGGGATTAT
GTCAAATCCCTCAGCAGAGTTCGTGGCTGGGATTTGGGCAACATGGATTAGTGGTGCTGTTGCAGTTCCCCTGGCTCTTAGTCACCCAGAAACAGAGATTCTTTACGTGATGAATGATGCGGATGTTTCTTTTGTAATGGGTACCAAGGAGTATCAAGGATTTTTGGAGGGCATTGCAAGAAAATGTTCTGCACGCTTTT
GTCTCATTCCTCTTGTTCCAAAGCTTCCCATGGATTTTAGAACTTCTGAGGTATTTCAATCAAGGGAAGTCGAGGGTGATTCTTCAGGCATTCTGTCTGAAGAGGTATTGGCAGCGGTTGAAAAGTTAGCTGTAGTGGATGGTGATAAACCGGCATTGATTGTGTATACAAGTGGTACCACAGGTAAACCAAAAGGTGTT
GTGCACACACATCATAGCATAGCTGCACAGGTTAAAATCTTAACGGAAGCATGGGAGTATACACCCTCTGATAGGTTTTTGCATTGCCTGCCATTACACCatatccaccagtattgataagctagaaatggtagttgttaatgcctgcattggttccatgcatggcaggtttgaatccagttatccagtttaatggaaaa
tatagttgtcggttgttagtatgaaccatggttaaatgttcttcatagactatcaagtagacttattgtggtgcctttatgttagttcttgacagtatcatacATGTGCATGGCCTTTACAATGCCTTGCTTGCGCCTCTCTATGCTGGTGCAGTGGTGGATTTCATCCCAAAATTCAGTGTAAGAGAAGTATGGCAGAG
ATGGATTGAGTCATACCATAGTGATGGAAGCAAGGCTGAAGATGCAATAACTGTTTTCACTGGGGTCCCAACAATTTATGCCCGATTGCTTCAAGGTTATGAATTGATGGGAACAGAATCTCAGAAGGCTGCCACATCGGCTGCCCATCAACTGCGTCTCATGATGTGTGGCTCATCAGCACTTCCTTATCCTGTCACGG
AACAATGGGAAAAGATCACAGGGCACCGACTTCTTGAGCGTTATGGCATGACTGAGTTTGCGATGGCACTTTCAAATTCTCTCCATGGTAATCGGAAAGTGGGCACTGTTGGCAAGCCACTGCCTGGTGTGCAGGTTAAAATAGTTTCACAGGATGAAAATAATTGCAACAAACCAAGCATAGGCGAACTCTATGTTAAA
AGTCCATCCATGTTCAAGGAATATTGGAGACAACCTCAGGTTACAAAGGAGTCTTTTGGAGATGATGGTTACTTTAAAACAGGAGATACAGCAATGGTGGACGAGGATGGTTTCTTTGTGATCTTAGGCCGCACAAGTGTCGATATCCTCAAGGTCAGTGGATATAAGGTGTCAGCACTTGAAATTGAAGCTGCACTTTT
AGAGCATCCAGACATAGCTGAGTGCTGTGTCCTTGGTTTACCAGATACAGACTACGGGGAGATCATATGTGCAGTAATCGTGCTAAAAGCTGAGGCACTGAAAGCAGTAGCTGAGTCAAAACCAGTTTTCACTATTAAGGATCTTCAAAAATGGGCCAAGGAAAGAATTGCTCCATACAAGATTCCTCAAAGACTGCACA
TATGGGAATCACTGCCTCGTAATGCTATGAACAAAGTGAATAAGAAAGAACTGAAGCAATTATTACTAATTGCATGACTACTTTGATTTAATGACCATAAAGAAGATGGCTGCTTGGTTTCATGGGGAATTGGATCTTTTAGTCTCTTTGGGTAGGCGACCTGCACCGTGCTCAGCATGTTTTTATTGTGCTCAGCATGT
CTTTATTGTGCAAATTGGAAGAAAAGCTAAAGGAACATCTTGTGGGAACCCATCTCAATCAACTATATTACAAATAATCTGTTAAAAGGAAATTCCCACGAGTGAGAAATGAGAAATGACATAATGTATATAAAGAAAATCAATCAGAAGAGTACAAAAACAGGAAGAATGTGCATCTCACTTGGACAGCAATTGGTTTC
TTAAGTCGTTTTCAAATATAAACTAAAAGGGTTTTTACTAGAACTGTATCGGGAGATTATTGAAGATGCATATTTGCATCTCTTTATGCATACTGTAAATTGCAGAGGATACTATATATTACTTCTAGTTCTGTTAGTTTTAGAGTAAAGTTTAGTAAGTTTATTCAGGGAAGACAGCGGCCAATGATATTGCAAAATGG
GGGTTCGGTTTCCCAATTAAAGAACGGATCTAATTGTTAGGATCTTAGTCACTGCATTTGGAGATCTTTTTTCAAACAAAGCATGGAATTTGCCTACTCTCGAGTATTGGCAAATTTAATGGTGAATTTATGTGGAATTCACAAAAAAAAAATTGAGATATGCTTCTTTGTTGCAATTTAATATATGTATTACATGTTTT
TGAG

Intron 3 GTATATTATA ... TTATGTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	34.52	31.3	11.3	21.8
A2	25.09	13	3	5.7
A3	17.94	24.1	4.3	6.9
A4	38.58	8.1	5.3	5
A5	35.52	16	7	10.7
A6	7.81	7.9	1	0.3
A7	12.73	26.4	6.3	1.4
A8	16.63	12.4	2.8	2.4
A9	15.3	21.5	6	1.7
A10	6.99	23.3	1.3	2.4

>TRINITY_DN132877_c0_g1_i14 from sample A1 / Example spliced isoform

GTTATAGTTCTTGTTGGGCAACATTAAATTCATCCTTTTTTATACCGTAGATGTTTGGTATTTTATATAGCTACGAGGTAAATACATACAGAGAATTAAATAGATACAAAGAAGGAATGCGGCTGTTTGATGAATTCGTTCTCTGTTTGCCTTTTCATATTTGATATGATGCCTTCAGAAAACCATGCAGAAGCAATGCT
AAATCCCTGAATACCCACATGATAGAGTGGTTATATCATCTCTTCTGCTATATCTTTACTTTAATTGATGCCGAGAAGTGCAGGTTTAGAAATTGTTTATTGGCTCAAGAAATTAGTGGTATGACGTGTTCTGGAGATGTCTTAAGCTTTAAATGGTAGGCTTTCGAAGTTGTAGGTTGAGATTTAAGATGAATAAGATA
GGAATGAAGATAATGAGCCTTTTCCGAAATCGTTTATGAAGAAATTTCTCGTCGGCTACATTCCGTTTTCGTATATAAGCAGGCTACTTTAAAATATCATGGAGGTGCTCAGAGCAGCAATAAAGATGGGTATTGAAGCACAAAGAAGAGTGGCAGTGGCAACTGCTCAGGGGAATCACAGTTATGGACAATTGCTTGCT
TCTGCTTGGCAACTTTCAAGCACATTACTAGAAGACAATTTGCTTAAGCCTAGTGTTGATGAGTCTGTTGGAGATGTGAAATCTCAAATCACATCCCATCCTTCCATGGGTTCTAAACAGAGTGCAAATGGAGCCATATCTCAGCTGGGGAGAAAAATGAATGATATGACCAGTCTTAATGGGGCTCGGATAGGGATTAT
GTCAAATCCCTCAGCAGAGTTCGTGGCTGGGATTTGGGCAACATGGATTAGTGGTGCTGTTGCAGTTCCCCTGGCTCTTAGTCACCCAGAAACAGAGATTCTTTACGTGATGAATGATGCGGATGTTTCTTTTGTAATGGGTACCAAGGAGTATCAAGGATTTTTGGAGGGCATTGCAAGAAAATGTTCTGCACGCTTTT
GTCTCATTCCTCTTGTTCCAAAGCTTCCCATGGATTTTAGAACTTCTGAGGTATTTCAATCAAGGGAAGTCGAGGGTGATTCTTCAGGCATTCTGTCTGAAGAGGTATTGGCAGCGGTTGAAAAGTTAGCTGTAGTGGATGGTGATAAACCGGCATTGATTGTGTATACAAGTGGTACCACAGGTAAACCAAAAGGTGTT
GTGCACACACATCATAGCATAGCTGCACAGGTTAAAATCTTAACGGAAGCATGGGAGTATACACCCTCTGATAGGTTTTTGCATTGCCTGCCATTACACCATGTGCATGGCCTTTACAATGCCTTGCTTGCGCCTCTCTATGCTGGTGCAGTGGTGGATTTCATTCCAAAATTCAGTGTAAGAGAAGTATGGCAGAGATG
GATTGAGTCATACCATAGTGATGGAAGCAAGGCTGAAGATGCAATAACTGTTTTCACTGGGGTCCCAACAATTTATGCCCGATTGCTTCAAGGTTATGAATTGATGGGAACAGAATCTCAGAAGGCTGCCACATCGGCTGCCCATCAACTGCGTCTCATGATGTGTGGCTCATCAGCACTTCCTTATCCTGTCACGGAAC
AATGGGAAAAGATCACAGGGCACCGACTTCTTGAGCGTTATGGCATGACTGAGTTTGCGATGGCACTTTCAAATTCTCTCCATGGTAATCGGAAAGTGGGCACTGTTGGCAAGCCACTGCCTGGTGTGCAGGTTAAAATAGTTTCACAGGATGAAAATAATTGCAACAAACCAAGCATAGGCGAACTCTATGTTAAAAGT
CCATCCATGTTCAAGGAATATTGGAGACAACCTCAGGGTCTGAATTCCATTTGTAGTTTGCTAGTGGAATTATTTCTTCTGTCATGACAAGAAAACATGCAAGCAAATACTACAGAATAGGAATCTTGAGGGTTATCTTAATATACAGTCTCCGCAACTCAGAAAATGTTTCTAAAGTTGCACATAGAGGAATTAATTTG
GCATTGCAAGTGGTTATGGTATTAAACGAAGATCTGAGGCTGTTGCTTTCCAGTAGACTGACATTTATTCTCCACTGATTTGGTTAGTTTCTTCTTGATCCATGTTGAATAAAATATTGTGTTTGTTTTTCTGTTTTTTTTGGAATGAATTCAAGGGGTTCATTCACAAGTGATCTGACAACAATCACAAGGTACTAACA
TGCTGTAACAAGTGTCATGTTACAAATCATATCTTGTGATGGAAATCACAAGAGTTACCCATATGTAATATTAGAGGTAACAACCACCATGCAAATATAAAAAAATATCCTGATAAACATGCTTCAAGGAACTTTAAGCCATTTGCAACTGATCATGATGTATCATGATCCAGAATCTGAAGGAAATATTCCCAATCATC
TGTTTCAGAAAGACCTGTAACTGGATTACCCTCATATAA

>TRINITY_DN132877_c0_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CCCCAGGATTGATACATTTCAGACATTTCAGACAACTTCATACCCAGGTATATGGTCTCTATGATGGAATGAAATATATCAATCCTGGGGTTTGTATGTTGATATGTTTATCTGTCATTGTTTTCCAGTGCTTTAACTGCTCATATTTTCTGAAGAAAACCAGAAAGTTTAATGCGGGTCTAATCTTGTACAGGATGTTT
CTTTTGTAATGGGTACCAAGGAGTATCAAGGATTTTTGGAGGGCATTGCAAGAAAATGTTCTGCACGCTTTTGTCTCATTCCTCTTGTTCCAAAGCTTCCCATGGATTTTAGAACTTCTGAGGTATTTCAATCAAGGGAAGTCGAGGGTGATTCTTCAGGCATTCTGTCTGAAGAGGTATTGGCAGCGGTTGAAAAGTTA
GCTGTAGTGGATGgtatattatacacatgcatccctcctgccatgccatatgtgattgtagtgtatgaacagtaaatttgcttacttctatctattttatgtgtagGTGATAAACCGGCATTGATTGTGTATACAAGTGGTACCACAGGTAAACCAAAAGGTGTTGTGCACACACATCATAGCATAGCTGCACAGGTTAA
AATCTTAACGGAAGCATGGGAGTATACACCCTCTGATAGGTTTTTGCATTGCCTGCCATTACACCAT

Intron 4 GTAGGTTGCC ... TACTACACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.24	48	10	1
A2	0	10	0	0
A3	25	21	7	4
A4	0	16	0	0
A5	0	6	0	2
A6	0	30	0	0
A7	13.58	70	11	1
A8	17.39	76	16	0
A9	21.33	59	16	0
A10	21.57	40	11	0

>TRINITY_DN121099_c5_g4_i7 from sample A3 / Example spliced isoform

ATTTTATATAGCTACGAGGTAAATACATACAGAGAATAAAATAGATACAAAGAAGGAATGCGGCTGTTTGATGAATTCGTTCTCTGTTTGCCTTTTCATATTTGATATGATGCCTTCAGAAAACCATGCAGAAGCAATGCTAAATCCCTGAATACCCACATGATAGAGTGGTTATATCATCTCTTCTGCTATATCTTTAC
TTTAATTGATGCCGAGAAGTGCAGGTTTAGAAATTGTTTTTTGGCTCAAGAAATTAGTGGTATGACGTGTTCTGGAGATGTCTTAAGCTTTAAATGGTAGGCTTTCGAAGTTGTAGGTTGAGATTTAAGATGAATAAGATAGGAATGAAGATAATGAGCCTTTTCCGAAATCGTTTATGAAGAAATTTCTCGTCGGCTAC
ATTCCGTTTTCGTATATAAGCAGGCTACTTTAAAATATCATGGAGGTGCTCAGAGCAGCAATAAAGATGGGTATTGAAGCACAAAGAAGAGTGGCAGTGGCAACTGCTCAGGGGAATCACAGTTATGGACAATTGCTTGCTTCTGCTTGGCAACTTTCAAGCACATTACTAGAAGACAATTTGCTTAAGCCTAGTGTTGA
TGAGTCTGTTGGAGATGTGAAATCTCAAATCACATCCCATCCTTCCATGGGTTCTAAACAGAGTGCAAATGGAGCCATATCTCAGCTGGGGAGAAAAATGAATGATATGACCAGTCTTAATGGGGCTCGGATAGGGATTATGTCAAATCCCTCAGCAGAGTTCGTGGCTGGGATTTGGGCAACATGGATTAGTGGTGCTG
TTGCAGTTCCCCTGGCTCTTAGTCACCCAGAAACAGAGATTCTTTACGTGATGAATGATGCGGATGTTTCTTTTGTAATGGGTACCAAGGAGTATCAAGGATTTTTGGAGGGCATTGCAAGAAAATGTTCTGCACGCTTTTGTCTCATTCCTCTTGTTCCAAAGCTTCCCATGGATTTTAGAACTTCTGAGGTATTTCAA
TCAAGGGAAGTTGAGGGTGATTCTTCAGGCATTCTGTCTGAAGAGGTATTGGCAGCGGTTGAAAAGTTAGCTGTAGTGGATGGTGATAAACCGGCATTGATTGTGTATACAAGTGGTACCACAGGTAAACCAAAAGGTGTTGTGCACACACATCATAGCATAGCTGCACAGGTTCAAATCTTAACGGAAGCATGGGAATA
TACACCCTCTGATAGGTTTTTGCATTGCCTGCCATTACACCATATCCACCAGTATTGATAAGCTAGAAATGGTAGTTGTTAATGCCTGCATTGGTTCCATGCATGGCAGGTTTGAATCCAGTTATCCAGTTTAATGGAAAATATAGTTGTCGGTTGTTAGTATGAACCATGGTTAAATGTTCTTCATAGACTATCAAGTA
GACTTATTGTGGTGCCTTTATGTTAGTTCTTGACAGTATCATACATGTGCATGGCCTTTACAATGCCTTGCTTGCGCCTCTCTATGCTGGTGCAGTGGTGGATTTCATTCCAAAATTCAGTGTAAGAGAAGTATGGCAGAGATGGATTGAGTCATACCATAGTGATGGAAGCAAGGCTGAAGATGCAATAACTGTTTTCA
CTGGGGTCCCAACAATTTATGCCCGATTGCTTCAAGGTTATGAATTGATGGGAACAGAATCTCAGAAGGCTGCCACATCGGCTGCCCATCAACTGCGTCTCATGATGTGTGGCTCATCAGCACTTCCTTATCCTGTCACGGAACAATGGGAAAAGATCACAGGGCACCGACTTCTTGAGCGTTATGGCATGACTGAGTTT
GCGATGGCACTTTCAAATTCTCTCCATGGTAATCGGAAAGTGGGCACTGTTGGCAAGCCACTGCCTGGTGTGCAGGTTAAAATAGTTTCACAGGATGAAAATAATTGCAACAAACCAAGCATAGGCGAACTCTATGTTAAAAGTCCATCCATGTTCAAGGAATATTGGAGACAACCTCAGGTTACAAAGGAGTCTTTTGG
AGATGATGGTTACTTTAAAACAGGAGATACAGCAATGGTGGAAGAGGATGGTTTCTTTGTGATCTTAGGCCGCACAAGTGTCGATATCCTCAAGGTCAGTGGATATAAGGTGTCAGCACTTGAAATTGAAGCTGCACTTTTAGAGCATCCAGACATAGCTGAGTGCTGTGTCCTTGGTTTACCAGATACAGACTACGGGG
AAATCATATGTGCAGTAATCGTGCTAAAAGCTGAGGCACTGAAAGCAGTAGCTGAGTCAAAACCAGTTTTCACTATTAAGGATCTTCAAAAATGGGCCAAGGAAAGAATTGCTCCATACAAGATTCCTCAAAGACTGCACATATGGGAATCACTGCCTCGTAATGCTATGAACAAAGTGAATAAGAAAGAACTGAAGCAA
TTATTACTAATTGCATGACTACTTTGATTTAATGACCATAAAGAAGATGGCTGCTTGGTTTCATGGGGAATTGGATCTTTTAGTCTCTTTGGGTAGGCGACCTGCACCGTGCTCAGCATGTTTTTATTGTGCTCAGCATGTCTTTATTGTGCAAATTGGAAGAAAAGCTAAAGGAACATCTTGTGGGAACCCATCTCAAT
CAACTATATTACAAATAATCTGTTAAAAGGAAATTCCCACGAGTGAGAAATGAGAAATGACATAATGTATATAAAGAAAATCAATCAGAAGAGTACAAAAACAGGAAGAATGTGCATCTCACTTGGACAGCAATTGGTTTCTTAAGTCGTTTTCAAATATAAACTAAAAGGGTTTTTACTAGAACTGTATCGGGAGATTA
TTGAAGATGCATATTTGCATCTCTTTATGCATACTGTAAATTGCAGAGGATACTATATATTACTTCTAGTTCTGTTAGTTTTAGAGTAAAGTTTAGTAAGTTTATTCAGGGAAGACAGCGGCCAATGATATTGCAAAATGGGGGTTCGGTTTCCCAATTAAAGAACGGATCTAATTGTTAGGATCTTAGTCACTGCATTT
GGAGATCTTTTTTCAAACAAAGCATGGAATTTGCCTACTCTCGAGTATTGGCAAATTTAATGGTGAATTTATGTGGAATTCACAAAAAAAAAATTGAGATATGCTTCTTTGTTGCAATTTAATATATGTATTACATGTTTTTGAG

>TRINITY_DN121099_c5_g4_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ATTTTATATAGCTACGAGGTAAATACATACAGAGAATAAAATAGATACAAAGAAGGAATGCGGCTGTTTGATGAATTCGTTCTCTGTTTGCCTTTTCATATTTGATATGATGCCTTCAGAAAACCATGCAGAAGCAATGCTAAATCCCTGAATACCCACATGATAGAGTGGTTATATCATCTCTTCTGCTATATCTTTAC
TTTAATTGATGCCGAGAAGTGCAGGTTAGAAATTGTTTTTTGGCTCAAGAAATTAGTGGTATGACGTGTTCTGGAGATGTCTTAAGCTTTAAATGGTAGGCTTTCGAAGTTGTAGGTTGAGATTTAAGATGAATAAGATAGGAATGAAGATAATGAGCCTTTTCCGAAATCGTTTATGAAGAAATTTCTCGTCGGCTACA
TTCCGTTTTCGTATATAAGCAGGCTACTTTAAAATATCATGGAGGTGCTCAGAGCAGCAATAAAGATGGGTATTGAAGCACAAAGAAGAGTGGCAGTGGCAACTGCTCAGGGGAATCACAGTTATGGACAATTGCTTGCTTCTGCTTGGCAACTTTCAAGCACATTACTAGAAGACAATTTGCTTAAGCCTAGTGTTGAT
GAGTCTGTTGGAGATGTGAAATCTCAAATCACATCCCATCCTTCCATGGGTTCTAAACAGAGTGCAAATGGAGCCATATCTCAGCTGGGGAGAAAAATGAATGATATGACCAGTCTTAATGGGGCTCGGATAGGGATTATGTCAAATCCCTCAGCAGAGTTCGTGGCTGGGATTTGGGCAACATGGATTAGTGGTGCTGT
TGCAGTTCCCCTGGCTCTTAGTCACCCAGAAACAGAGATTCTTTACGTGATGAATGATGCGGATGTTTCTTTTGTAATGGGTACCAAGGAGTATCAAGGATTTTTGGAGGGCATTGCAAGAAAATGTTCTGCACGCTTTTGTCTCATTCCTCTTGTTCCAAAGCTTCCCATGGATTTTAGAACTTCTGAGGTATTTCAAT
CAAGGGAAGTTGAGGGTGATTCTTCAGGCATTCTGTCTGAAGAGGTATTGGCAGCGGTTGAAAAGTTAGCTGTAGTGGATGGTGATAAACCGGCATTGATTGTGTATACAAGTGGTACCACAGGTAAACCAAAAGGTGTTGTGCACACACATCATAGCATAGCTGCACAGGTTCAAATCTTAACGGAAGCATGGGAATAT
ACACCCTCTGATAGGTTTTTGCATTGCCTGCCATTACACCATGTGCATGGCCTTTACAATGCCTTGCTTGCGCCTCTCTATGCTGGTGCAGTGGTGGATTTCATTCCAAAATTCAGTGTAAGAGAAGTATGGCAGAGATGGATTGAGTCATACCATAGTGATGGAAGCAAGGCTGAAGATGCAATAACTGTTTTCACTGG
GGTCCCAACAATTTATGCCCGATTGCTTCAAGGTTATGAATTGATGGGAACAGAATCTCAGAAGGCTGCCACATCGGCTGCCCATCAACTGCGTCTCATGATGTGTGGCTCATCAGCACTTCCTTATCCTGTCACGGAACAATGGGAAAAGATCACAGGGCACCGACTTCTTGAGCGTTATGGCATGACTGAGTTTGCGA
TGGCACTTTCAAATTCTCTCCATGGTAATCGGAAAGTGGGCACTGTTGGCAAGCCACTGCCTGGTGTGCAGGTTAAAATAGTTTCACAGGATGAAAATAATTGCAACAAACCAAGCATAGGCGAACTCTATGTTAAAAGTCCATCCATGTTCAAGGAATATTGGAGACAACCTCAGGTTACAAAGGAGTCTTTTGGAGAT
GATGGTTACTTTAAAACAGGAGATACAGCAATGGTGGAAGAGGATGGTTTCTTTGTGATCTTAGGCCGCACAAGTGTCGATATCCTCAAGGTCAGTGGATATAAGGTGTCAGCACTTGAAATTGAAGCTGCACTTTTAGAGCATCCAGACATAGCTGAGTGCTGTGTCCTTGGTTTACCAGATACAGACTACGGGGAAAT
CATATGTGCAGTAATCGTGCTAAAAGCTGAGGCACTGAAAGCAGTAGCTGAGTCAAAACCAGTTTTCACTATTAAGGATCTTCAAAAATGGGCCAAGGAAAGAATTGCTCCATACAAGATTCCTCAAAGACTGCACATATGGGAATCACTGCCTCGTAATGCTATGAACAAAgtaggttgcctcttccatcttactagtg
cctgctcaagtttgtatttctccttgcatttctagaaacaagattgctctttagcttgcaatcatagaaacaggattgctttttaattttatcattagaagtttaacagtcctaacaatttatggccaatactacacagGTGAATAAGAAAGAACTGAAGCAATTATTACTAATTGCATGACTACTTTGGTAATTGCAAT
CCTTTTTTTTAACTATCTTCAGCTACCATTTATTTCGGAAATTTGCCTATGCTGATTCATGGGTGATTGCTTAATTTTAACCTTATTCATTGTTTTGCTATGTTGTATAGATTTAATGACCATAAAGAAGATGGCTGCTTGGTTTCATGGGGAATTGGATCTTTTAGTCTCTTTGGGTAGGCGACCTGCACCGTGCTCAG
CATGTTTTTATTGTGCTCAGCATGTCTTTATTGTGCAAATTGGAAGAAAAGCTAAAGGAACATCTTGTGGGAACCCATCTCAATCAACTATATTACAAATAATCTGTTAAAAGGAAATTCCCACGAGTGAGAAATGAGAAATGACATAATGTATATAAAGAAAATCAATCAGAAGAGTACAAAAACAGGAAGAATGTGCA
TCTCACTTGGACAGCAATTGGTTTCTTAAGTCGTTTTCAAATATAAACTAAAAGGGTTTTTACTAGAACTGTATCGGGAGATTATTGAAGATGCATATTTGCATCTCTTTATGCATACTGTAAATTGCAGAGGATACTATATATTACTTCTAGTTCTGTTAGTTTTAGAGTAAAGTTTAGTAAGTTTATTCAGGGAAGAC
AGCGGCCAATGATATTGCAAAATGGGGGTTCGGTTTCCCAATTAAAGAACGGATCTAATTGTTAGGATCTTAGTCACTGCATTTGGAGATCTTTTTTCAAACAAAGCATGGAATTTGCCTACTCTCGAGTATTGGCAAATTTAATGGTGAATTTATGTGGAATTCACAAAAAAAAAATTGAGATATGCTTCTTTGTTGCA
ATTTAATATATGTATTACATGTTTTTGAG

Intron 5 GTATTTCAAT ... GTCTGAAGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	39.5	36	31	16
A2	40.48	25	27	7
A3	38.46	32	22	18
A4	54.29	8	14	5
A5	48.15	14	17	9
A6	30	7	5	1
A7	56.25	14	22	14
A8	45	11	7	11
A9	40	9	8	4
A10	41.46	24	22	12

>TRINITY_DN48071_c0_g1_i10 from sample A10 / Example spliced isoform

TTGGCTCAAGAAATTAGTGGTATGACGTGTTCTGGAGATGTCTTAAGCTTTAAATGGTAGGCTTTCGAAGTTGTAGGTTGAGATTTAAGATGAATAAGATAGGAATGAAGATAATGAGCCTTTTCCGAAATCGTTTATGAAGAAATTTCTCGTCGGCTACATTCCGTTTTCGTATATAAGCAGGCTACTTTAAAATATCA
TGGAGGTGCTCAGAGCAGCAATAAAGATGGGTATTGAAGCACAAAGAAGAGTGGCAGTGGCAACTGCTCAGGGGAATCACAGTTATGGACAATTGCTTGCTTCTGCTTGGCAACTTTCAAGCACATTACTAGAAGACAATTTGCTTAAGCCTAGTGTTGATGAGTCTGTTGGAGATGTGAAATCTCAAATCACATCCCAT
CCTTCCATGGGTTCTAAACAGAGTGCAAATGGAGCCATATCTCAGCTGGGGAGAAAAATGAATGATATGACCAGTCTTAATGGGGCTCGGATAGGGATTATGTCAAATCCCTCAGCAGAGTTCGTGGCTGGGATTTGGGCAACATGGATTAGTGGTGCTGTTGCAGTTCCCCTGGCTCTTAGTCACCCAGAAACAGAGAT
TCTTTACGTGATGAATGATGCGGATGTTTCTTTTGTAATGGGTACCAAGGAGTATCAAGGATTTTTGGAGGGCATTGCAAGAAAATGTTCTGCACGCTTTTGTCTCATTCCTCTTGTTCCAAAGCTTCCAATGGATTTTAGAACTTCTGAGGTGATAAACCGGCATTGATTGTGTATACAAGTGGTACCACAGGTAAACC
AAAAGGTGTTGTGCACACACATCATAGCATAGCTGCACAGGTTCAAATCTTAACGGAAGCATGGGAATATACACCCTCTGATAGGTTTTTGCATTGCCTGCCATTACACCATGTGCATGGCCTTTACAATGCCTTGCTTGCGCCTCTCTATGCTGGTGCAGTGGTGGATTTCATTCCAAAATTCAGTGTAAGAGAAGTAT
GGCAGAGATGGATTGAGTCATACCATAGTGATGGAAGCAAGGCTGAAGATGCAATAACTGTTTTCACTGGGGTCCCAACAATTTATGCCCGATTGCTTCAAGGTTATGAATTGATGGGAACAGAATCTCAGAAGGCTGCCACATCGGCTGCCCATCAACTGCGTCTCATGATGTGTGGCTCATCAGCACTTCCTTATCCT
GTCACGGAACAATGGGAAAAGATCACAGGGCACCGACTTCTTGAGCGTTATGGCATGACTGAGTTTGCGATGGCACTTTCAAATTCTCTCCATGGTAATCGGAAAGTGGGCACTGTTGGCAAGCCACTGCCTGGTGTGCAGGTTAAAATAGTTTCACAGGATGAAAATAATTGCAACAAACCAAGCATAGGCGAACTCTA
TGTTAAAAGTCCATCCATGTTCAAGGAATATTGGAGACAACCTCAGGTTACAAAGGAGTCTTTTGGAGATGATGGCTACTTTAAAACAGGAGATACAGCAATGGTGGAAGAGGATGGTTTCTTTGTGATCTTAGGCCGCACAAGTGTCGATATCCTCAAGGTCAGTGGATATAAGGTGTCAGCACTTGAAATTGAAGCTG
CACTTTTAGAGCATCCAGACATAGCTGAGTGCTGTGTCCTTGGTTTACCAGATACAGACTACGGGGAAATCATATGTGCAGTAATCGTGCTAAAAGCTGAGGCACTGAAAGCAGTAGCTGAGTCAAAACCAGTTTTCACTATTAAGGATCTTCAAAAATGGGCCAAGGAAAGAATTGCTCCATACAAGATTCCTCAAAGA
CTGCACATATGGGAATCACTGCCTCGTAATGCTATGAACAAAGTGAATAAGAAAGAACTGAAGCAATTATTACTAATTGCATGACTACTTTGATTTAATGACCATAAAGAAGATGGCTGCTTGGTTTCATGGGGAATTGGATCTTTTAGTCTCTTTGGGTAGGCGACCTGCACCGTGCTCAGCATGTTTTTATTGTGCTC
AGCATGTCTTTATTGTGCAAATTGGAAGAAAAGCTAAAGGAACATCTTGTGGGAACCCATCTCAATCAACTATATTACAAATAATCTGTTAAAAGGAAATTCCCACGAGTGAGAAATGAGAAATGACATAATGTATATAAAGAAAATCAATCAGAAGAGTACAAAAACAGGAAGAATGTGCATCTCACTTGGACAGCAAT
TGGTTTCTTAAGTCGTTTTCAAATATAAACTAAAAGGGTTTTTACTAGAACTGTATCGGGAGATTATTGAAGATGCATATTTGCATCTCTTTATGCATACTGTAAATTGCAGAGGATACTATATATTACTTCTAGTTCTGTTAGTTTTAGAGTAAAGTTTAGTAAGTTTATTCAGGGAAGACAGCGGCCAATGATATTGC
AAAATGGGGGTTCGGTTTCCCAATTAAAGAACGGATCTAATTGTTAGGATCTTAGTCACTGCATTTGGAGATCTTTTTTCAAACAAAGCATGGAATTTGCCTACTCTCGAGTATTGGCAAATTTAATGGTGAATTTATGTGGAATTCACAAAAAAAATAATTGAGATATGCTTCTTTGTTGCAATTTAATATATGTATTA
CATGTTTTTGAG

>TRINITY_DN48071_c0_g1_i5 from sample A10 / Example unspliced isoform:

TTGGCTCAAGAAATTAGTGGTATGACGTGTTCTGGAGATGTCTTAAGCTTTAAATGGTAGGCTTTCGAAGTTGTAGGTTGAGATTTAAGATGAATAAGATAGGAATGAAGATAATGAGCCTTTTCCGAAATCGTTTATGAAGAAATTTCTCGTCGGCTACATTCCGTTTTCGTATATAAGCAGGCTACTTTAAAATATCA
TGGAGGTGCTCAGAGCAGCAATAAAGATGGGTATTGAAGCACAAAGAAGAGTGGCAGTGGCAACTGCTCAGGGGAATCACAGTTATGGACAATTGCTTGCTTCTGCTTGGCAACTTTCAAGCACATTACTAGAAGACAATTTGCTTAAGCCTAGTGTTGATGAGTCTGTTGGAGATGTGAAATCTCAAATCACATCCCAT
CCTTCCATGGGTTCTAAACAGAGTGCAAATGGAGCCATATCTCAGCTGGGGAGAAAAATGAATGATATGACCAGTCTTAATGGGGCTCGGATAGGGATTATGTCAAATCCCTCAGCAGAGTTCGTGGCTGGGATTTGGGCAACATGGATTAGTGGTGCTGTTGCAGTTCCCCTGGCTCTTAGTCACCCAGAAACAGAGAT
TCTTTACGTGATGAATGATGCGGATGTTTCTTTTGTAATGGGTACCAAGGAGTATCAAGGATTTTTGGAGGGCATTGCAAGAAAATGTTCTGCACGCTTTTGTCTCATTCCTCTTGTTCCAAAGCTTCCAATGGATTTTAGAACTTCTGAGgtatttcaatcaagggaagttgagggtgattcttcaggcattctgtctg
aagagGTGATAAACCGGCATTGATTGTGTATACAAGTGGTACCACAGGTAAACCAAAAGGTGTTGTGCACACACATCATAGCATAGCTGCACAGGTTCAAATCTTAACGGAAGCATGGGAATATACACCCTCTGATAGGTTTTTGCATTGCCTGCCATTACACCATGTGCATGGCCTTTACAATGCCTTGCTTGCGCCTC
TCTATGCTGGTGCAGTGGTGGATTTCATTCCAAAATTCAGTGTAAGAGAAGTATGGCAGAGATGGATTGAGTCATACCATAGTGATGGAAGCAAGGCTGAAGATGCAATAACTGTTTTCACTGGGGTCCCAACAATTTATGCCCGATTGCTTCAAGGTTATGAATTGATGGGAACAGAATCTCAGAAGGCTGCCACATCG
GCTGCCCATCAACTGCGTCTCATGATGTGTGGCTCATCAGCACTTCCTTATCCTGTCACGGAACAATGGGAAAAGATCACAGGGCACCGACTTCTTGAGCGTTATGGCATGACTGAGTTTGCGATGGCACTTTCAAATTCTCTCCATGGTAATCGGAAAGTGGGCACTGTTGGCAAGCCACTGCCTGGTGTGCAGGTTAA
AATAGTTTCACAGGATGAAAATAATTGCAACAAACCAAGCATAGGCGAACTCTATGTTAAAAGTCCATCCATGTTCAAGGAATATTGGAGACAACCTCAGGTTACAAAGGAGTCTTTTGGAGATGATGGCTACTTTAAAACAGGAGATACAGCAATGGTGGAAGAGGATGGTTTCTTTGTGATCTTAGGCCGCACAAGTG
TCGATATCCTCAAGGTCAGTGGATATAAGGTGTCAGCACTTGAAATTGAAGCTGCACTTTTAGAGCATCCAGACATAGCTGAGTGCTGTGTCCTTGGTTTACCAGATACAGACTACGGGGAAATCATATGTGCAGTAATCGTGCTAAAAGCTGAGGCACTGAAAGCAGTAGCTGAGTCAAAACCAGTTTTCACTATTAAG
GATCTTCAAAAATGGGCCAAGGAAAGAATTGCTCCATACAAGATTCCTCAAAGACTGCACATATGGGAATCACTGCCTCGTAATGCTATGAACAAAGTGAATAAGAAAGAACTGAAGCAATTATTACTAATTGCATGACTACTTTGATTTAATGACCATAAAGAAGATGGCTGCTTGGTTTCATGGGGAATTGGATCTTT
TAGTCTCTTTGGGTAGGCGACCTGCACCGTGCTCAGCATGTTTTTATTGTGCTCAGCATGTCTTTATTGTGCAAATTGGAAGAAAAGCTAAAGGAACATCTTGTGGGAACCCATCTCAATCAACTATATTACAAATAATCTGTTAAAAGGAAATTCCCACGAGTGAGAAATGAGAAATGACATAATGTATATAAAGAAAA
TCAATCAGAAGAGTACAAAAACAGGAAGAATGTGCATCTCACTTGGACAGCAATTGGTTTCTTAAGTCGTTTTCAAATATAAACTAAAAGGGTTTTTACTAGAACTGTATCGGGAGATTATTGAAGATGCATATTTGCATCTCTTTATGCATACTGTAAATTGCAGAGGATACTATATATTACTTCTAGTTCTGTTAGTT
TTAGAGTAAAGTTTAGTAAGTTTATTCAGGGAAGACAGCGGCCAATGATATTGCAAAATGGGGGTTCGGTTTCCCAATTAAAGAACGGATCTAATTGTTAGGATCTTAGTCACTGCATTTGGAGATCTTTTTTCAAACAAAGCATGGAATTTGCCTACTCTCGAGTATTGGCAAATTTAATGGTGAATTTATGTGGAATT
CACAAAAAAAATAATTGAGATATGCTTCTTTGTTGCAATTTAATATATGTATTACATGTTTTTGAG

Intron 6 GTATTGGCAG ... TTATGTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	73.33	6	14	19
A2	54.55	5	7	5
A3	55.56	4	8	2
A4	61.54	5	10	6
A5	58.82	7	10	10
A6	60	1	3	0
A7	45.95	10	17	0
A8	52.94	4	9	0
A9	80	1	7	1
A10	37.5	5	6	0

>TRINITY_DN108740_c0_g2_i4 from sample A5 / Example spliced isoform

GTTTTCCAGTGCTTTAACTGCTCATATTTTCTGAAGAAAACCAGAAAGTTTAATGCGGGTCTAATCTTGTACAGGATGTTTCTTTTGTAATGGGTACCAAGGAGTATCAAGGATTTTTGGAGGGCATTGCAAGAAAATGTTCTGCACGCTTTTGTCTCATTCCTCTTGTTCCAAAGCTTCCCATGGATTTTAGAACTTCT
GAGGTATTTCAATCAAGGGAAGTTGAGGGTGATTCTTCAGGCATTCTGTCTGAAGAGGTGATAAACCGGCATTGATTGTGTATACAAGTGGTACCACAGGTAAACCAAAAGGTGTTGTGCACACACATCATAGCATAGCTGCACAGGT

>TRINITY_DN108740_c0_g2_i3 from sample A5 / Example unspliced isoform:

GCAACATTAAATTCATCCTTTTTTATACCGTAGATGTTTGGTATTTTATATAGCTACGAGGTAAATACATACAGAGAATTAAATAGATACAAAGAAGGAATGCGGCTGTTTGATGAATTCGTTCTCTGTTTGCCTTTTCATATTTGATATGATGCCTTCAGAAAACCATGCAGAAGCAATGCTAAATCCCTGAATACCCA
CATGATAGAGTGGTTATATCATCTCTTCTGCTATATCTTTACTTTAATTGATGCCGAGAAGTGCAGGTTTAGAAATTGTTTATTGGCTCAAGAAATTAGTGGTATGACGTGTTCTGGAGATGTCTTAAGCTTTAAATGGTAGGCTTTCGAAGTTGTAGGTTGAGATTTAAGATGAATAAGATAGGAATGAAGATAATGAG
CCTTTTCCGAAATCGTTTATGAAGAAATTTCTCGTCGGCTACATTCCGTTTTCGTATATAAGCAGGCTACTTTAAAATATCATGGAGGTGCTCAGAGCAGCAATAAAGATGGGTATTGAAGCACAAAGAAGAGTGGCAGTGGCAACTGCTCAGGGGAATCACAGTTATGGACAATTGCTTGCTTCTGCTTGGCAACTTTC
AAGCACATTACTAGAAGACAATTTGCTTAAGCCTAGTGTTGATGAGTCTGTTGGAGATGTGAAATCTCAAATCACATCCCATCCTTCCATGGGTTCTAAACAGAGTGCAAATGGAGCCATATCTCAGCTGGGGAGAAAAATGAATGATATGACCAGTCTTAATGGGGCTCGGATAGGGATTATGTCAAATCCCTCAGCAG
AGTTCGTGGCTGGGATTTGGGCAACATGGATTAGTGGTGCTGTTGCAGTTCCCCTGGCTCTTAGTCACCCAGAAACAGAGATTCTTTACGTGATGAATGATGCGGATGTTTCTTTTGTAATGGGTACCAAGGAGTATCAAGGATTTTTGGAGGGCATTGCAAGAAAATGTTCTGCACGCTTTTGTCTCATTCCTCTTGTT
CCAAAGCTTCCCATGGATTTTAGAACTTCTGAGGTATTTCAATCAAGGGAAGTTGAGGGTGATTCTTCAGGCATTCTGTCTGAAGAGgtattggcagcggttgaaaagttagctgtagtggatggtatattatacacatgcatccctcctgccatgtcatatgtgattgtagtgtatgaacagtaaatttgcttacttct
atctattttatgtgtagGTGATAAACCGGCATTGATTGTGTATACAAGTGGTACCACAGGTAAACCAAAAGGTGTTGTGCACACACATCATAGCATAGCTGCACAGGTATTATGATACTATTATCCATCTTGATGTCATCTGCTTGAGTTTGTGAAATTGTTTACCATTTTACATTGTGCTTGGAGTTCTATAGCCTTTT
ATGTATAGCTGCTATCCTGTAAATTTACATATTTGCTTTAAAATTAATACTATAAAACATTGAGAAGCATATACAAAAATAAAAAGAGTTAATGCGG

Intron 7 GTAATTGCAA ... TGTTGTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	4.88	39	1	2
A2	0	11	0	0
A3	33.33	14	1	7
A4	0	16	0	0
A5	0	5	2	0
A6	17.78	37	0	8
A7	7.79	71	0	6
A8	15.91	74	0	14
A9	16.67	55	0	11
A10	18.37	40	0	9

>TRINITY_DN121099_c5_g4_i7 from sample A3 / Example spliced isoform

ATTTTATATAGCTACGAGGTAAATACATACAGAGAATAAAATAGATACAAAGAAGGAATGCGGCTGTTTGATGAATTCGTTCTCTGTTTGCCTTTTCATATTTGATATGATGCCTTCAGAAAACCATGCAGAAGCAATGCTAAATCCCTGAATACCCACATGATAGAGTGGTTATATCATCTCTTCTGCTATATCTTTAC
TTTAATTGATGCCGAGAAGTGCAGGTTTAGAAATTGTTTTTTGGCTCAAGAAATTAGTGGTATGACGTGTTCTGGAGATGTCTTAAGCTTTAAATGGTAGGCTTTCGAAGTTGTAGGTTGAGATTTAAGATGAATAAGATAGGAATGAAGATAATGAGCCTTTTCCGAAATCGTTTATGAAGAAATTTCTCGTCGGCTAC
ATTCCGTTTTCGTATATAAGCAGGCTACTTTAAAATATCATGGAGGTGCTCAGAGCAGCAATAAAGATGGGTATTGAAGCACAAAGAAGAGTGGCAGTGGCAACTGCTCAGGGGAATCACAGTTATGGACAATTGCTTGCTTCTGCTTGGCAACTTTCAAGCACATTACTAGAAGACAATTTGCTTAAGCCTAGTGTTGA
TGAGTCTGTTGGAGATGTGAAATCTCAAATCACATCCCATCCTTCCATGGGTTCTAAACAGAGTGCAAATGGAGCCATATCTCAGCTGGGGAGAAAAATGAATGATATGACCAGTCTTAATGGGGCTCGGATAGGGATTATGTCAAATCCCTCAGCAGAGTTCGTGGCTGGGATTTGGGCAACATGGATTAGTGGTGCTG
TTGCAGTTCCCCTGGCTCTTAGTCACCCAGAAACAGAGATTCTTTACGTGATGAATGATGCGGATGTTTCTTTTGTAATGGGTACCAAGGAGTATCAAGGATTTTTGGAGGGCATTGCAAGAAAATGTTCTGCACGCTTTTGTCTCATTCCTCTTGTTCCAAAGCTTCCCATGGATTTTAGAACTTCTGAGGTATTTCAA
TCAAGGGAAGTTGAGGGTGATTCTTCAGGCATTCTGTCTGAAGAGGTATTGGCAGCGGTTGAAAAGTTAGCTGTAGTGGATGGTGATAAACCGGCATTGATTGTGTATACAAGTGGTACCACAGGTAAACCAAAAGGTGTTGTGCACACACATCATAGCATAGCTGCACAGGTTCAAATCTTAACGGAAGCATGGGAATA
TACACCCTCTGATAGGTTTTTGCATTGCCTGCCATTACACCATATCCACCAGTATTGATAAGCTAGAAATGGTAGTTGTTAATGCCTGCATTGGTTCCATGCATGGCAGGTTTGAATCCAGTTATCCAGTTTAATGGAAAATATAGTTGTCGGTTGTTAGTATGAACCATGGTTAAATGTTCTTCATAGACTATCAAGTA
GACTTATTGTGGTGCCTTTATGTTAGTTCTTGACAGTATCATACATGTGCATGGCCTTTACAATGCCTTGCTTGCGCCTCTCTATGCTGGTGCAGTGGTGGATTTCATTCCAAAATTCAGTGTAAGAGAAGTATGGCAGAGATGGATTGAGTCATACCATAGTGATGGAAGCAAGGCTGAAGATGCAATAACTGTTTTCA
CTGGGGTCCCAACAATTTATGCCCGATTGCTTCAAGGTTATGAATTGATGGGAACAGAATCTCAGAAGGCTGCCACATCGGCTGCCCATCAACTGCGTCTCATGATGTGTGGCTCATCAGCACTTCCTTATCCTGTCACGGAACAATGGGAAAAGATCACAGGGCACCGACTTCTTGAGCGTTATGGCATGACTGAGTTT
GCGATGGCACTTTCAAATTCTCTCCATGGTAATCGGAAAGTGGGCACTGTTGGCAAGCCACTGCCTGGTGTGCAGGTTAAAATAGTTTCACAGGATGAAAATAATTGCAACAAACCAAGCATAGGCGAACTCTATGTTAAAAGTCCATCCATGTTCAAGGAATATTGGAGACAACCTCAGGTTACAAAGGAGTCTTTTGG
AGATGATGGTTACTTTAAAACAGGAGATACAGCAATGGTGGAAGAGGATGGTTTCTTTGTGATCTTAGGCCGCACAAGTGTCGATATCCTCAAGGTCAGTGGATATAAGGTGTCAGCACTTGAAATTGAAGCTGCACTTTTAGAGCATCCAGACATAGCTGAGTGCTGTGTCCTTGGTTTACCAGATACAGACTACGGGG
AAATCATATGTGCAGTAATCGTGCTAAAAGCTGAGGCACTGAAAGCAGTAGCTGAGTCAAAACCAGTTTTCACTATTAAGGATCTTCAAAAATGGGCCAAGGAAAGAATTGCTCCATACAAGATTCCTCAAAGACTGCACATATGGGAATCACTGCCTCGTAATGCTATGAACAAAGTGAATAAGAAAGAACTGAAGCAA
TTATTACTAATTGCATGACTACTTTGATTTAATGACCATAAAGAAGATGGCTGCTTGGTTTCATGGGGAATTGGATCTTTTAGTCTCTTTGGGTAGGCGACCTGCACCGTGCTCAGCATGTTTTTATTGTGCTCAGCATGTCTTTATTGTGCAAATTGGAAGAAAAGCTAAAGGAACATCTTGTGGGAACCCATCTCAAT
CAACTATATTACAAATAATCTGTTAAAAGGAAATTCCCACGAGTGAGAAATGAGAAATGACATAATGTATATAAAGAAAATCAATCAGAAGAGTACAAAAACAGGAAGAATGTGCATCTCACTTGGACAGCAATTGGTTTCTTAAGTCGTTTTCAAATATAAACTAAAAGGGTTTTTACTAGAACTGTATCGGGAGATTA
TTGAAGATGCATATTTGCATCTCTTTATGCATACTGTAAATTGCAGAGGATACTATATATTACTTCTAGTTCTGTTAGTTTTAGAGTAAAGTTTAGTAAGTTTATTCAGGGAAGACAGCGGCCAATGATATTGCAAAATGGGGGTTCGGTTTCCCAATTAAAGAACGGATCTAATTGTTAGGATCTTAGTCACTGCATTT
GGAGATCTTTTTTCAAACAAAGCATGGAATTTGCCTACTCTCGAGTATTGGCAAATTTAATGGTGAATTTATGTGGAATTCACAAAAAAAAAATTGAGATATGCTTCTTTGTTGCAATTTAATATATGTATTACATGTTTTTGAG

>TRINITY_DN121099_c5_g4_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ATTTTATATAGCTACGAGGTAAATACATACAGAGAATAAAATAGATACAAAGAAGGAATGCGGCTGTTTGATGAATTCGTTCTCTGTTTGCCTTTTCATATTTGATATGATGCCTTCAGAAAACCATGCAGAAGCAATGCTAAATCCCTGAATACCCACATGATAGAGTGGTTATATCATCTCTTCTGCTATATCTTTAC
TTTAATTGATGCCGAGAAGTGCAGGTTAGAAATTGTTTTTTGGCTCAAGAAATTAGTGGTATGACGTGTTCTGGAGATGTCTTAAGCTTTAAATGGTAGGCTTTCGAAGTTGTAGGTTGAGATTTAAGATGAATAAGATAGGAATGAAGATAATGAGCCTTTTCCGAAATCGTTTATGAAGAAATTTCTCGTCGGCTACA
TTCCGTTTTCGTATATAAGCAGGCTACTTTAAAATATCATGGAGGTGCTCAGAGCAGCAATAAAGATGGGTATTGAAGCACAAAGAAGAGTGGCAGTGGCAACTGCTCAGGGGAATCACAGTTATGGACAATTGCTTGCTTCTGCTTGGCAACTTTCAAGCACATTACTAGAAGACAATTTGCTTAAGCCTAGTGTTGAT
GAGTCTGTTGGAGATGTGAAATCTCAAATCACATCCCATCCTTCCATGGGTTCTAAACAGAGTGCAAATGGAGCCATATCTCAGCTGGGGAGAAAAATGAATGATATGACCAGTCTTAATGGGGCTCGGATAGGGATTATGTCAAATCCCTCAGCAGAGTTCGTGGCTGGGATTTGGGCAACATGGATTAGTGGTGCTGT
TGCAGTTCCCCTGGCTCTTAGTCACCCAGAAACAGAGATTCTTTACGTGATGAATGATGCGGATGTTTCTTTTGTAATGGGTACCAAGGAGTATCAAGGATTTTTGGAGGGCATTGCAAGAAAATGTTCTGCACGCTTTTGTCTCATTCCTCTTGTTCCAAAGCTTCCCATGGATTTTAGAACTTCTGAGGTATTTCAAT
CAAGGGAAGTTGAGGGTGATTCTTCAGGCATTCTGTCTGAAGAGGTATTGGCAGCGGTTGAAAAGTTAGCTGTAGTGGATGGTGATAAACCGGCATTGATTGTGTATACAAGTGGTACCACAGGTAAACCAAAAGGTGTTGTGCACACACATCATAGCATAGCTGCACAGGTTCAAATCTTAACGGAAGCATGGGAATAT
ACACCCTCTGATAGGTTTTTGCATTGCCTGCCATTACACCATGTGCATGGCCTTTACAATGCCTTGCTTGCGCCTCTCTATGCTGGTGCAGTGGTGGATTTCATTCCAAAATTCAGTGTAAGAGAAGTATGGCAGAGATGGATTGAGTCATACCATAGTGATGGAAGCAAGGCTGAAGATGCAATAACTGTTTTCACTGG
GGTCCCAACAATTTATGCCCGATTGCTTCAAGGTTATGAATTGATGGGAACAGAATCTCAGAAGGCTGCCACATCGGCTGCCCATCAACTGCGTCTCATGATGTGTGGCTCATCAGCACTTCCTTATCCTGTCACGGAACAATGGGAAAAGATCACAGGGCACCGACTTCTTGAGCGTTATGGCATGACTGAGTTTGCGA
TGGCACTTTCAAATTCTCTCCATGGTAATCGGAAAGTGGGCACTGTTGGCAAGCCACTGCCTGGTGTGCAGGTTAAAATAGTTTCACAGGATGAAAATAATTGCAACAAACCAAGCATAGGCGAACTCTATGTTAAAAGTCCATCCATGTTCAAGGAATATTGGAGACAACCTCAGGTTACAAAGGAGTCTTTTGGAGAT
GATGGTTACTTTAAAACAGGAGATACAGCAATGGTGGAAGAGGATGGTTTCTTTGTGATCTTAGGCCGCACAAGTGTCGATATCCTCAAGGTCAGTGGATATAAGGTGTCAGCACTTGAAATTGAAGCTGCACTTTTAGAGCATCCAGACATAGCTGAGTGCTGTGTCCTTGGTTTACCAGATACAGACTACGGGGAAAT
CATATGTGCAGTAATCGTGCTAAAAGCTGAGGCACTGAAAGCAGTAGCTGAGTCAAAACCAGTTTTCACTATTAAGGATCTTCAAAAATGGGCCAAGGAAAGAATTGCTCCATACAAGATTCCTCAAAGACTGCACATATGGGAATCACTGCCTCGTAATGCTATGAACAAAGTAGGTTGCCTCTTCCATCTTACTAGTG
CCTGCTCAAGTTTGTATTTCTCCTTGCATTTCTAGAAACAAGATTGCTCTTTAGCTTGCAATCATAGAAACAGGATTGCTTTTTAATTTTATCATTAGAAGTTTAACAGTCCTAACAATTTATGGCCAATACTACACAGGTGAATAAGAAAGAACTGAAGCAATTATTACTAATTGCATGACTACTTTGgtaattgcaat
ccttttttttaactatcttcagctaccatttatttcggaaatttgcctatgctgattcatgggtgattgcttaattttaaccttattcattgttttgctatgttgtatagATTTAATGACCATAAAGAAGATGGCTGCTTGGTTTCATGGGGAATTGGATCTTTTAGTCTCTTTGGGTAGGCGACCTGCACCGTGCTCAG
CATGTTTTTATTGTGCTCAGCATGTCTTTATTGTGCAAATTGGAAGAAAAGCTAAAGGAACATCTTGTGGGAACCCATCTCAATCAACTATATTACAAATAATCTGTTAAAAGGAAATTCCCACGAGTGAGAAATGAGAAATGACATAATGTATATAAAGAAAATCAATCAGAAGAGTACAAAAACAGGAAGAATGTGCA
TCTCACTTGGACAGCAATTGGTTTCTTAAGTCGTTTTCAAATATAAACTAAAAGGGTTTTTACTAGAACTGTATCGGGAGATTATTGAAGATGCATATTTGCATCTCTTTATGCATACTGTAAATTGCAGAGGATACTATATATTACTTCTAGTTCTGTTAGTTTTAGAGTAAAGTTTAGTAAGTTTATTCAGGGAAGAC
AGCGGCCAATGATATTGCAAAATGGGGGTTCGGTTTCCCAATTAAAGAACGGATCTAATTGTTAGGATCTTAGTCACTGCATTTGGAGATCTTTTTTCAAACAAAGCATGGAATTTGCCTACTCTCGAGTATTGGCAAATTTAATGGTGAATTTATGTGGAATTCACAAAAAAAAAATTGAGATATGCTTCTTTGTTGCA
ATTTAATATATGTATTACATGTTTTTGAG

Intron 8 GTATTTCAAT ... TTATGTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A8	55.83	8.5	10.3	3.5
A9	61.42	8.3	13	2
A10	51.08	22.3	23	3.5

>TRINITY_DN132877_c0_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoform

GTTATAGTTCTTGTTGGGCAACATTAAATTCATCCTTTTTTATACCGTAGATGTTTGGTATTTTATATAGCTACGAGGTAAATACATACAGAGAATTAAATAGATACAAAGAAGGAATGCGGCTGTTTGATGAATTCGTTCTCTGTTTGCCTTTTCATATTTGATATGATGCCTTCAGAAAACCATGCAGAAGCAATGCT
AAATCCCTGAATACCCACATGATAGAGTGGTTATATCATCTCTTCTGCTATATCTTTACTTTAATTGATGCCGAGAAGTGCAGGTTTAGAAATTGTTTATTGGCTCAAGAAATTAGTGGTATGACGTGTTCTGGAGATGTCTTAAGCTTTAAATGGTAGGCTTTCGAAGTTGTAGGTTGAGATTTAAGATGAATAAGATA
GGAATGAAGATAATGAGCCTTTTCCGAAATCGTTTATGAAGAAATTTCTCGTCGGCTACATTCCGTTTTCGTATATAAGCAGGCTACTTTAAAATATCATGGAGGTGCTCAGAGCAGCAATAAAGATGGGTATTGAAGCACAAAGAAGAGTGGCAGTGGCAACTGCTCAGGGGAATCACAGTTATGGACAATTGCTTGCT
TCTGCTTGGCAACTTTCAAGCACATTACTAGAAGACAATTTGCTTAAGCCTAGTGTTGATGAGTCTGTTGGAGATGTGAAATCTCAAATCACATCCCATCCTTCCATGGGTTCTAAACAGAGTGCAAATGGAGCCATATCTCAGCTGGGGAGAAAAATGAATGATATGACCAGTCTTAATGGGGCTCGGATAGGGATTAT
GTCAAATCCCTCAGCAGAGTTCGTGGCTGGGATTTGGGCAACATGGATTAGTGGTGCTGTTGCAGTTCCCCTGGCTCTTAGTCACCCAGAAACAGAGATTCTTTACGTGATGAATGATGCGGATGTTTCTTTTGTAATGGGTACCAAGGAGTATCAAGGATTTTTGGAGGGCATTGCAAGAAAATGTTCTGCACGCTTTT
GTCTCATTCCTCTTGTTCCAAAGCTTCCCATGGATTTTAGAACTTCTGAGGTGATAAACCGGCATTGATTGTGTATACAAGTGGTACCACAGGTAAACCAAAAGGTGTTGTGCACACACATCATAGCATAGCTGCACAGGTTAAAATCTTAACGGAAGCATGGGAGTATACACCCTCTGATAGGTTTTTGCATTGCCTGC
CATTACACCATGTGCATGGCCTTTACAATGCCTTGCTTGCGCCTCTCTATGCTGGTGCAGTGGTGGATTTCATCCCAAAATTCAGTGTAAGAGAAGTATGGCAGAGATGGATTAAGTCATACCATAGTAATGGAAGCAAGGCTGAAGATGCAATAACTGTTTTCACTGGGGTCCCAACAATTTATGCCCGATTGCTTCAA
GGTTATGAATTGATGGGAACAGAATCTCAGAAGGCTGCCGCGTCGGCTGCCCATCAACTACGTCTCATAATGTGTGGCTCATCAACACTTCCTTATCCTGTCATGGAACAATGGGAAAAGATCACAGGGCACCGACTTCTTGAGCGTTATGGCATGACTGAGTTTGCGATGGCACTTTCAAATTCTCTCCATGGTAATCG
GAAAGTGGGCACTGTTGGCAAGCCACTGCCTGGTGTGCAGGTT

>TRINITY_DN132877_c0_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CCCCAGGATTGATACATTTCAGACATTTCAGACAACTTCATACCCAGGTATATGGTCTCTATGATGGAATGAAATATATCAATCCTGGGGTTTGTATGTTGATATGTTTATCTGTCATTGTTTTCCAGTGCTTTAACTGCTCATATTTTCTGAAGAAAACCAGAAAGTTTAATGCGGGTCTAATCTTGTACAGGATGTTT
CTTTTGTAATGGGTACCAAGGAGTATCAAGGATTTTTGGAGGGCATTGCAAGAAAATGTTCTGCACGCTTTTGTCTCATTCCTCTTGTTCCAAAGCTTCCCATGGATTTTAGAACTTCTGAGgtatttcaatcaagggaagtcgagggtgattcttcaggcattctgtctgaagaggtattggcagcggttgaaaagtta
gctgtagtggatggtatattatacacatgcatccctcctgccatgccatatgtgattgtagtgtatgaacagtaaatttgcttacttctatctattttatgtgtagGTGATAAACCGGCATTGATTGTGTATACAAGTGGTACCACAGGTAAACCAAAAGGTGTTGTGCACACACATCATAGCATAGCTGCACAGGTTAA
AATCTTAACGGAAGCATGGGAGTATACACCCTCTGATAGGTTTTTGCATTGCCTGCCATTACACCAT