sp|Q9LSS7|RUBP1_ARATH ----> NEDD8-specific protease 1

Intron 1 GTAAGGCCTC ... AGATTGAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	47.01	155.4	46.1	139.2
A2	49.13	177.3	41.3	167.2
A3	43.81	198.8	85.2	162.2
A4	48.72	167.8	48.1	161.2
A5	51.32	91.6	12	92.6
A6	41	939.8	112.3	661.1
A7	46.1	1103.5	211	924.3
A8	43.56	740.1	132.7	576.6
A9	42.88	1292.8	222.8	972.8
A10	43.82	989.3	193.9	763.4

>TRINITY_DN116663_c6_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

GAAACGTGAAAGAATATTTTTTCAACATCGAGTCCAAAACAAAACTGTTCGTTGCGTCATAGAAAACAAAATATATAAAAACAAAACTGCCAACAGACTACAAAGACGGTGAATGGACAAGAAGTCAGGGTTCTTGGAACGAATTCGGATGGTTAGCACATTGCCATTCAAACTGCCATGATTTATTGCTCTGTTCAAAA
TCAAAGTTGCACGGGTGACTGCATGGAGTAGCTTGGGAAAAATAATTTTTCATTTTATAAAAAACTTGAGAAATTTTGGTGGGCAAGACTGTTATATGCTGGAAGAGAGAAATATGGATTCAGAAGGAGATGATGAAAAAGTGTTGAGCTATGGTGATGTTGTGTTAAGGAGATCTGATTTGAAGATTCTTCAAGGCCAT
TATTATCTTAATGATCGTATCATTGAGTTTTATTTTTGCTACTTGGCTTCCTTCAGCTCTCCTAAGATTCTTCTTGTTGCACCTACAGTATCATTCTGGATTCTGAATGCCCCTGATGTTAGTAGCCTCGAGCTATTTGTTGATCCCCTAAGGCTTCCAGACAAGGAGCTAGTTATCTTCCCCATAAATGATAATGATGA
TGTCAGTGTGGCAGGCGGTGGATCACATTGGAGCTTGCTTGTATACCACAGGACAAGGAATATCTTTGAGCACTATGACAGTTACTTACAATGTAACAGATTGTATGCAATGAAATTATTTGAAAACATCAAGAGTTTTATGGGTCCTCCTGCATCATCTGCCACATTCACCTTGCATTTCACACCTCAACAAAGAAATG
GCTATGACTGTGGTGTATTTGTCTTAGCCATAGTGAAAGAGCTCTGTGCATGTGAAGGAAACATTTCTGGTAAGGATTGGGAAGCTGTCTTGGAGAGTCGAGTAACAACATCTGCAGTTGAAGAGATGAGAAGCCAAATTTTAGAGATTATCGATGAGCTGTCGAGCTAGAGATGCAATGCTTCGTCTTCTTAAATCTTG
TTAGTTTTGATAATGTGGAGGAAAGATGGAAAAGGTTAACACTTTATCCCCTTTACTTTCAACTATTAATCCAAGGATATCCACGAGATTTGCATTTTTTTTGGTCCATTTTTATATTTAACTCTCTAAAAGGTATATATTGATTATGATAACTGTTTTATATCCGACTTTCTAGTTACAATGTGAAGCTCTGTACAGAT
GTAATCATGGTAACCTGCTTTAAAATAAGTGCGATCCCTTTCATTATGATGCTTATTGTTTTTTTACAAGATGTCGTGGAGAAAGGCATCATGCTAGATACTGCTAGTAAAAATTGGAACTGTGAGAATCTTTATTAAAACAGACAATTACACTATTCAATTTTGAGAATATAATGCTTAATCCTTGAATAGAAAGAACC
AGCTATATTTAATGGTCACCTATTATCTGCGAGTAGAAATACGACAGATAGAAAG

>TRINITY_DN116663_c6_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GAAACGTGAAAGAATATTTTTTCAACATCGAGTCCAAAACAAAACTGTTCGTTGCGTCATAGAAAACAAAATATATAAAAACAAAACTGCCAACAGACTACAAAGACGGTGAATGGACAAGAAGTCAGGGTTCTTGGAACGAATTCGGATGGgtaaggcctctgcaccgcggttttctatggtgaattccaagaaaccta
taaaataaatgcacatccaaatgcaaattaagcataaatcgccttttactatctcaaaatttagcctgcgaactcgtcactgtagagaaaaatcagattgaaagTTAGCACATTGCCATTCAAACTGCCATGATTTATTGCTCTGTTCAAAATTTAGCCTGCGAACTCGTCACTGTAGAGAAAAATCAGATTGA

Intron 2 GTATGTAATT ... CTGTAAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	48.21	101	5	94
A2	48.29	106	5	99
A3	49.08	111	9	107
A4	50	99	2	99
A5	50	48	2	48
A6	49.23	497	4	482
A7	48.85	622	1	594
A8	48.84	397	1	379
A9	49.28	673	5	654
A10	49.66	518	2	511

>TRINITY_DN43337_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

GGGCAATTAATGCCAGCAATGGGCATCATTAATAACGGTATATGTAGACATATATACAGCGTTGAAGACGAGCATCGAGTCCGAAACGTGAAAGAATATTTTTTCAACATCGAGTCCGAAACAAAACTGTTCGTTCCGTCATAGAAAACAAAATATATAAAAACAAAACTGCCAACAGACTACAAAGACGGTGAATGGAC
AAGAAGTCAGGGTTCTTGGAACGAATTCGGATGGGTAAGGCCTCTGCACCGCGGTTTTCTAGGGTGAATTCCAAGAAACCTATAAAATAAATGCATATCCAAATGCAAATTAAGCATAAGTCGCCTTTTACTATCTCAAAATTTAGCCTGCGAACTCGTCACTGTAGAGAAAAATCAGATTGAAAGCTGGCAGGTGCATC
CATGCGTTATCTCCCTCCCTCCATAAATCAAGAGTGATTTGCCTCCTCGAGAAATATGATGCAGTCTCTCTAGCTACTACCAGACACAATATGGTGCCTCCTCGAGAAATATGATGCACTCTCTCTAGCTACTACAAGACACAATATGGTGCCGCTGATTAGGTGCCCAGATCTGCTGCTGTAGAATTCTGTCAGAGGTA
CACTCACTAACAAGACGGGCAGTCGGTCTAATCTATTTAACATGTCAAATAGATGGGCATACCCTGGCAAGACTATAACCCTGGTAGACTGCTTATAACTTCACTAGCCTCACCAGCGACCCAGGTCATTGACATCATTTTAGCACATTGCCATTCAAACTGCCATGATTTATTGCTCTGTTCAAAATCAAAGTTGCACG
GGTGACTGCATGGAGTAGCTTGGGAAAAATAATTTTTCATTTTATAAAAAACTTGAGAAATTTTGGTGGGCAAGACTGTTATATGCTGGAAGAGAGAAATATGGATTCAGAAGGAGATGATGAAAAAGTGTTGAGCTATGGTGATGTTGTGTTAAGGAGATCTGATTTGAAGATTCTTCAAGGCCATTATTATCTTAATG
ATCGTATCATTGAGTTTTATTTTTGCTACTTGGCTTCCTTCAGCTCTCCTAAGATTCTTCTTGTTGCACCTACAGTATCATTCTGGATTCTGAATGCCCCTGATGTTAGTAGCCTCGAGCTATTTGTTGATCCCCTAAGGCTTCCAGACAAGGAGCTAGTTATCTTCCCCATAAATGATAATGATGATGTCAGTGTGGCA
GGCGGTGGATCACATTGGAGCTTGCTTGTATACCACAGGACAAGGAATATCTTTGAGCACTATGACAGTTACTTACAATGTAACAGATTGTATGCAATGAAATTATTTGAAAACATCAAGAGTTTTATGGGTCCTCCTGCATCATCTGCCACATTCACCTTGCATTTCACACCTCAACAAAGAAATGGCTATGACTGTGG
TGTATTTGTCTTAGCCATAGTGAAAGAGCTCTGTGCATGTGAAGGAAACATTTCTGGTAAGGATTGGGAAGCTGTCTTGGAGAGTCGAGTAACAACATCTGCAGTTGAAGAGATGAGAAGCCAAATTTTAGAGATTATCGATGAGCTGTCGAGCTAGAGATGCAATGCTTCGTCTTCTTAAATCTTGTTAGTTTTGATAA
TGTGGAGGAAAGATGGAAAAGG

>TRINITY_DN43337_c0_g1_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TCATATACATTTAAGCCTATCATATACATTTAAGCCCATATATGCCCTCCTTGGATCATAACATTATATATTTTGACTGAAAGTTGCTTCTCTAAAGATGTCATATGGATGCAGTAATGCATAATATATTGACTTCCTTTAATTTAGGAGGTATTAGGTGTAAAGGAAATCTATCCTACCAAAATTTGCTTGAGACTTGA
AGAAATTTTATAATTCATGGTAAACAGATTCTGCCCTATAATATAATTCCTACAAGGAACTAAGAAACAACAGAACTTAAAACCTATGAAAACAGCTTTGTAATAAATGCTAGAATCTATAACTACATGCTGTAGAAAACAATAAACACATTATCATATTAATGATTCTCAAAACCTGTCACTGTTTATATTAATTCTGA
ACATTGAAAAAAAAACTACTGCAAGAAAATACCCTTAACCTGCTAGCTGTTAGACTCAAGATTCAATTAATGAATTAGTACCTCTGCCTGCTAACTGTTAGACTCAAGATTCAATTAATGAATTAGTACCTCTGCCTGCTAGCTGTTAGAATCAAGATTCAATTAATGAATTCTCTTATAGATCTGAGAAGGGCGTACTA
GGATTTACAAATTAGGTCTGCATGTGATTTTAAATCTTTTTCTGGTGGCACATGTCTTTAAGATTTGTTGGTGGTGGTGCGTGCCTTGTCTAAGGGTAGCTGGCAGGTGCATCCATGCGTTATCTCCCTCCCTCCATAAATCAAGAGTGATTTGCCTCCTCGAGAAATATGATGCAGTCTCTCTAGCTACTACCAGACAC
AATATGGTGCCTCCTCGAGAAATATGATGCACTCTCTCTAGCTACTACAAGACACAATATGGTGCCGCTGATTAGGTGCCCAGATCTGCTGCTGTAGAATTCTGTCAGAGGTACACTCACTAACAAGACGGGCAGTCGGTCTAATCTATTTAACATGTCAAATAGATGGGCATACCCTGGCAAGACTATAACCCTGGTAG
ACTGCTTATAACTTCACTAGCCTCACCAGCGACCCAGGTCATTGACATCATgtatgtaatttgaggagatattattgaaaatttgcattctatgatcattttataccttaatattattgaaaaataactctctttttttatctgaaatttggtgtatatatatatacttaaaaaacaaaataaatttcttgatttcaaat
tccagatgtttgccaagtcctcccaagtcctccagcattgctaagtcattatttaaatcttttttatctggtcgggattctcaaaattttctgaagtccgccagcctctctaagctgttcaagtctgataactttgtttttaatttaacatgcacaatttttttctaagtttatttattttaactctcatacaggaaatt
agagaagggatattatcattttgagttaatgcagctctaataatttccttcatatgtttttgtttatttactgatatatctcaaccttggttttacttttttctgtaagcagTTTAGCACATTGCCATTCAAACTGCCATGATTTATTGCTCTGTTCAAAATCAAAGTTGCACGGGTGACTGCATGGAGTAGCTTGGGAA
AAATAATTTTTCATTTTATAAAAAACTTGAGAAATTTTGGTGGGCAAGACTGTTATATGCTGGAAGAGAGAAATATGGATTCAGAAGGAGATGATGAAAAAGTGTTGAGCTATGGTGATGTTGTGTTAAGGAGATCTGATTTGAAGATTCTTCAAGGCCATTATTATCTTAATGATCGTATCATTGAGTTTTATTTTTGC
TACTTGGCTTCCTTCAGCTCTCCTAAGATTCTTCTTGTTGCACCTACAGTATCATTCTGGATTCTGAATGCCCCTGATGTTAGTAGCCTCGAGCTATTTGTTGATCCCCTAAGGCTTCCAGACAAGGAGCTAGTTATCTTCCCCATAAATGATAATGATGATGTCAGTGTGGCAGGCGGTGGATCACATTGGAGCTTGCT
TGTATACCACAGGACAAGGAATATCTTTGAGCACTATGACAGTTACTTACAATGTAACAGATTGTATGCAATGAAATTATTTGAAAACATCAAGAGTTTTATGGGTCCTCCTGCATCATCTGCCACATTCACCTTGCATTTCACACCTCAACAAAGAAATGGCTATGACTGTGGTGTATTTGTCTTAGCCATAGTGAAAG
AGCTCTGTGCATGTGAAGGAAACATTTCTGGTAAGGATTGGGAAGCTGTCTTGGAGAGTCGAGTAACAACATCTGCAGTTGAAGAGATGAGAAGCCAAATTTTAGAGATTATCGATGAGCTGTCGAGCTAGAGATGCAATGCTTCGTCTTCTTAAATCTTGTTAGTTTTGATAATGTGGAGGAAAGATGGAAAAGG

Intron 3 GTTAACACTT ... TTGCCTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	79.78	37	146	4
A2	87.18	25	170	0
A3	81.63	36	160	9
A4	89.22	11	91	1
A5	86.52	12	77	1
A6	86.26	479	3008	24
A7	84.76	413.7	2300.7	16
A8	87.11	625	4223	27
A9	87.87	422	3056	14
A10	83.75	255	1314	14

>TRINITY_DN44339_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

TAATAACGGTATATGTAGACATATATACAGCGTTGAAGACGAGCATCGAGTCCGAAACGTGAAAGAATATTTTTTCAACATCGAGTCCGAAACAAAACTGTTCGTTCCGTCATAGAAAACAAAATATATAAAAACAAAACTGCCAACAGACTACAAAGACGGTGAATGGACAAGAAGTCAGGGTTCTTGGAACGAATTCG
GATGGGTAAGGCCTCTGCACCGCGGTTTTCTATGGTGAATTCCAAGAAACCTATAAAATAAATGCACATCCAAATGCAAATTAAGCATAAATCGCCTTTTACTATCTCAAAATTTAGCCTGCGAACTCGTCACTGTAGAGAAAAATCAGATTGAGAGTTTAGCACATTGCCATTCAAACTGCCATGATTTATTGCTCTGT
TCAAAATCAAAGTTGCACGGGTGACTGCATGGAGTAGCTTGGGAAAAATAATTTTTCATTTTATAAAAAACTTGAGAAATTTTGGTGGGCAAGACTGTTATATGCTGGAAGAGAGAAATATGGATTCAGAAGGAGATGATGAAAAAGTGTTGAGCTATGGTGATGTTGTGTTAAGGAGATCTGATTTGAAGATTCTTCAA
GGCCATTATTATCTTAATGATCGTATCATTGAGTTTTATTTTTGCTACTTGGCTTCCTTCAGCTCTCCTAAGATTCTTCTTGTTGCACCTACAGTATCATTCTGGATTCTGAATGCCCCTGATGTTAGTAGCCTCGAGCTATTTGTTGATCCCCTAAGGCTTCCAGACAAGGAGCTAGTTATCTTCCCCATAAATGATAA
TGATGATGTCAGTGTGGCAGGCGGTGGATCACATTGGAGCTTGCTTGTATACCACAGGACAAGGAATATCTTTGAGCACTATGACAGTTACTTACAATGTAACAGATTGTATGCAATGAAATTATTTGAAAACATCAAGAGTTTTATGGGTCCTCCTGCATCATCTGCCACATTCACCTTGCATTTCACACCTCAACAAA
GAAATGGCTATGACTGTGGTGTATTTGTCTTAGCCATAGTGAAAGAGCTCTGTGCATGTGAAGGAAACATTTCTGGTAAGGATTGGGAAGCTGTCTTGGAGAGTCGAGTAACAACATCTGCAGTTGAAGAGATGAGAAGCCAAATTTTAGAGATTATCGATGAGCTGTCGAGCTAGAGATGCAATGCTTCGTCTTCTTAA
ATCTTGTTAGTTTTGATAATGTGGAGGAAAGATGGAAAAGGGAAGGATGGATCACTGCAAGGTGCAATGTGCGTATTGGGTCATTTGTCCATATTCAAATTCTGTTATACGCAAATTGGTACAGTTCCAGAATCAGTTGACATTGGTTACCTAATCAAATAAAGTTATGCTTTTTGGCAGATGTCATTAGGTAAATTTTT
ACAAATTCTTTCAACAATGGTTTTTTAACTAAAGTCCTCCCAGCTCATAAATTTGTGCTTTTTCATTGTTATACAAATATGGAAGGACAATGTTTAGCCTTCAACAAGTTCATATCTTTTGTATAAGTTTTCTGTTATAAAGTTTAGAGATGGTTTTTTAATTAAAGTCCTCCAAGCTCATAAATTTGTGCTTTTTCATT
GTTATACAAATATGGAAGGACAATGTTTAGCCTTCAACAAGTTCATATCTTTTGTATAAGTTTTCTTTTTCTTTAACATTTT

>TRINITY_DN44339_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TAATAACGGTATATGTAGACATATATACAGCGTTGAAGACGAGCATCGAGTCCGAAACGTGAAAGAATATTTTTTCAACATCGAGTCCGAAACAAAACTGTTCGTTCCGTCATAGAAAACAAAATATATAAAAACAAAACTGCCAACAGACTACAAAGACGGTGAATGGACAAGAAGTCAGGGTTCTTGGAACGAATTCG
GATGGGTAAGGCCTCTGCACCGCGGTTTTCTATGGTGAATTCCAAGAAACCTATAAAATAAATGCACATCCAAATGCAAATTAAGCATAAATCGCCTTTTACTATCTCAAAATTTAGCCTGCGAACTCGTCACTGTAGAGAAAAATCAGATTGAGAGTTTAGCACATTGCCATTCAAACTGCCATGATTTATTGCTCTGT
TCAAAATCAAAGTTGCACGGGTGACTGCATGGAGTAGCTTGGGAAAAATAATTTTTCATTTTATAAAAAACTTGAGAAATTTTGGTGGGCAAGACTGTTATATGCTGGAAGAGAGAAATATGGATTCAGAAGGAGATGATGAAAAAGTGTTGAGCTATGGTGATGTTGTGTTAAGGAGATCTGATTTGAAGATTCTTCAA
GGCCATTATTATCTTAATGATCGTATCATTGAGTTTTATTTTTGCTACTTGGCTTCCTTCAGCTCTCCTAAGATTCTTCTTGTTGCACCTACAGTATCATTCTGGATTCTGAATGCCCCTGATGTTAGTAGCCTCGAGCTATTTGTTGATCCCCTAAGGCTTCCAGACAAGGAGCTAGTTATCTTCCCCATAAATGATAA
TGATGATGTCAGTGTGGCAGGCGGTGGATCACATTGGAGCTTGCTTGTATACCACAGGACAAGGAATATCTTTGAGCACTATGACAGTTACTTACAATGTAACAGATTGTATGCAATGAAATTATTTGAAAACATCAAGAGTTTTATGGGTCCTCCTGCATCATCTGCCACATTCACCTTGCATTTCACACCTCAACAAA
GAAATGGCTATGACTGTGGTGTATTTGTCTTAGCCATAGTGAAAGAGCTCTGTGCATGTGAAGGAAACATTTCTGGTAAGGATTGGGAAGCTGTCTTGGAGAGTCGAGTAACAACATCTGCAGTTGAAGAGATGAGAAGCCAAATTTTAGAGATTATCGATGAGCTGTCGAGCTAGAGATGCAATGCTTCGTCTTCTTAA
ATCTTGTTAGTTTTGATAATGTGGAGGAAAGATGGAAAAGgttaacactttatcccctttactttcaactattaatccaaggatatccacgagatttgcattttttttggtccatttttatatttaactctctaaaaggtatatattgattatgataactgttttatatccgactttctagttacaatgtgaagctctgt
acagatgtaatcatggtaacctgctttaaaataagtgcgatccctttcattatgatgcttattgtttttttacaagatgtcgtggagaaaggcatcatgctagatactgctagtaaaaattggaactgtgagaatctttattaaaacagacaattacactattcaattttgagaatataatgcttgatacttgaatagaa
agaactagctatatttaatggtcacctattatctctgagtagaaatacgacagatagaaagacaacaagataacgctgaatatcttttcaggggcatctatctttactctttgctatcaaaatagtaaatgcattctcaggggcatctacctttttctttgctataagtggagttggaatccaatacccagagacttcga
gaaaactctgagatgatttcttgacatgatacggacttattatttaatggaatatgagatgattacacgagatattgttcaaatcaaaatagtaaatgcattttaaggggcatctaccttttttctgtgctataagtggagttagaatccaatacccagagacttcgagaaaactctcaggtgatttgttaacgtgataa
gggcttactatttcacgtaataggagatgattacaacgagactttgtgaaagtaaggaatatgaaagaaaaggctgccgctgggttttaataattaataaatttttattgcctacagGGAAGGATGGATCACTGCAAGGTGCAATGTGCGTATTGGGTCATTTGTCCATATTCAAATTCTGTTATACGCAAATTGGTACA
GTTCCAGAATCAGTTGACATTGGTTACCTAATCAAATAAAGTTATGCTTTTTGGCAGATGTCATTAGGTAAATTTTTACAAATTCTTTCAACAATGGTTTTTTAACTAAAGTCCTCCCAGCTCATAAATTTGTGCTTTTTCATTGTTATACAAATATGGAAGGACAATGTTTAGCCTTCAACAAGTTCATATCTTTTGTA
TAAGTTTTCTGTTATAAAGTTTAGAGATGGTTTTTTAATTAAAGTCCTCCAAGCTCATAAATTTGTGCTTTTTCATTGTTATACAAATATGGAAGGACAATGTTTAGCCTTCAACAAGTTCATATCTTTTGTATAAGTTTTCTTTTTCTTTAACATTTT

Intron 4 GTTAACACTT ... ATCTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	80.66	35	146	0
A2	80.95	40	170	2
A3	79.21	42	160	4
A4	85.85	15	91	4
A5	82.8	16	77	4
A6	85.26	520	3008	3
A7	83.04	469.8	2300.8	6
A8	85.52	715	4223	6
A9	85.75	508	3056	5
A10	82.85	272	1314	3

>TRINITY_DN46405_c1_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

TATTTTTTCAACATCGAGTCCGAAACAAAACTGTTCGTTCCGTCATAGAAAACAAAATATATAAAAACAAAACTGCCAACAGACTACAAAGACGGTGAATGGACAAGAAGTCAGGGTTCTTGGAACGAATTCGGATGGGTAAGGCCTCTGCACCGCGGTTTTCTAGGGTGAATTCCAAGAAACCTATAAAATAAATGCAT
ATCCAAATGCAAATTAAGCATAAGTCGCCTTTTACTATCTCAAAATTTAGCCTGCGAACTCGTCACTGTAGAGAAAAATCAGATTGAAAGTTAGCACATTGCCATTCAAACTGCCATGATTTATTGCTCTGTTCAAAATCAAAGTTGCACGGGTGACTGCATGGAGTAGCTTGGGAAAAATAATTTTTCATTTTATAAAA
AACTTGAGAAATTTTGGTGGGCAAGACTGTTATATGCTGGAAGAGAGAAATATGGATTCAGAAGGAGATGATGAAAAAGTGTTGAGCTATGGTGATGTTGTGTTAAGGAGATCTGATTTGAAGATTCTTCAAGGCCATTATTATCTTAATGATCGTATCATTGAGTTTTATTTTTGCTACTTGGCTTCCTTCAGCTCTCC
TAAGATTCTTCTTGTTGCACCTACAGTATCATTCTGGATTCTGAATGCCCCTGATGTTAGTAGCCTCGAGCTATTTGTTGATCCCCTAAGGCTTCCAGACAAGGAGCTAGTTATCTTCCCCATAAATGATAATGATGATGTCAGTGTGGCAGGCGGTGGATCACATTGGAGCTTGCTTGTATACCACAGGACAAGGAATA
TCTTTGAGCACTATGACAGTTACTTACAATGTAACAGATTGTATGCAATGAAATTATTTGAAAACATCAAGAGTTTTATGGGTCCTCCTGCATCATCTGCCACATTCACCTTGCATTTCACACCTCAACAAAGAAATGGCTATGACTGTGGTGTATTTGTCTTAGCCATAGTGAAAGAGCTGTGTGCATGTGAAGGAAAC
ATTTCTGGTAAGGATTGGGAAGCTGTCTTGGAGAGTCGAGTAACAACATCTGCAGTTGAAGAGATGAGAAGCCAAATTTTAGAGATTATCGATGAGCTGTCGAGCTAGAGATGCAATGCTTCGTCTTCTTAAATCTTGTTAGTTTTGATAATGTGGAGGAAAGATGGAAAAGGGGCATCTATCTTTACTCTTTGCTATCA
AAATAGTAAATGCATTCTCAGGGGCATCTACCTTTTTCTTTGCTATAAGTGGAGTTGGAATCCAATACCCAGAGACTTCGAGAAAACTCTGAGATGATTTCTTGACATGATACGGACTTATTATTTAATGGAATATGAGATGCTTACACGAGACATTGTTCAAATCAAAATAGTAAATGCATTTTAAGGGGCATCTACCT
TTTTTCTGTGCTATAAGTGGAGTTAGAATCCAATACCCAGAGACTTCGAGAAAACTCTCAGGTGATTTGTTAACGTGATAAGGGCTTACTATTTCACGTAATAGGAGATGATTACAACGAGACTTTGTGAAAGTAAGGAATATGAAAGAAAAGGCTGCCGCTGGGTTTTAATAATTAATAAATTTTTATTGCCTACAGGG
AAGGATGGATCACTGCAAGGTGCAATGTGCGTATTGGGTCATTTGTCCATATTCAAATTCTGTTATACGCAAATTGGTACAGTTCCAGAATCAGTTGACATTGGTTACCTAATCAAATAAAGTTATGCTTTTTGGCAGATGTCATTAGGTAAATTTTTACAAATTCTTTCAACAATGGTTTTTTAACTAAAGTCCTCCCA
GCTCATAAATTTGTGCTTTTTCATTGTTATACAAATATGGAAGGACAATGTTTAGCCTTCAACAAGTTCATATCTTTTGTATAAGTTTTCTGTTATAAAGTTTAGAGATGGTTTTTTTAACTAAAGTCCTCCCAG

>TRINITY_DN46405_c1_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TATTTTTTCAACATCGAGTCCGAAACAAAACTGTTCGTTCCGTCATAGAAAACAAAATATATAAAAACAAAACTGCCAACAGACTACAAAGACGGTGAATGGACAAGAAGTCAGGGTTCTTGGAACGAATTCGGATGGGTAAGGCCTCTGCACCGCGGTTTTCTAGGGTGAATTCCAAGAAACCTATAAAATAAATGCAT
ATCCAAATGCAAATTAAGCATAAGTCGCCTTTTACTATCTCAAAATTTAGCCTGCGAACTCGTCACTGTAGAGAAAAATCAGATTGAAAGTTAGCACATTGCCATTCAAACTGCCATGATTTATTGCTCTGTTCAAAATCAAAGTTGCACGGGTGACTGCATGGAGTAGCTTGGGAAAAATAATTTTTCATTTTATAAAA
AACTTGAGAAATTTTGGTGGGCAAGACTGTTATATGCTGGAAGAGAGAAATATGGATTCAGAAGGAGATGATGAAAAAGTGTTGAGCTATGGTGATGTTGTGTTAAGGAGATCTGATTTGAAGATTCTTCAAGGCCATTATTATCTTAATGATCGTATCATTGAGTTTTATTTTTGCTACTTGGCTTCCTTCAGCTCTCC
TAAGATTCTTCTTGTTGCACCTACAGTATCATTCTGGATTCTGAATGCCCCTGATGTTAGTAGCCTCGAGCTATTTGTTGATCCCCTAAGGCTTCCAGACAAGGAGCTAGTTATCTTCCCCATAAATGATAATGATGATGTCAGTGTGGCAGGCGGTGGATCACATTGGAGCTTGCTTGTATACCACAGGACAAGGAATA
TCTTTGAGCACTATGACAGTTACTTACAATGTAACAGATTGTATGCAATGAAATTATTTGAAAACATCAAGAGTTTTATGGGTCCTCCTGCATCATCTGCCACATTCACCTTGCATTTCACACCTCAACAAAGAAATGGCTATGACTGTGGTGTATTTGTCTTAGCCATAGTGAAAGAGCTGTGTGCATGTGAAGGAAAC
ATTTCTGGTAAGGATTGGGAAGCTGTCTTGGAGAGTCGAGTAACAACATCTGCAGTTGAAGAGATGAGAAGCCAAATTTTAGAGATTATCGATGAGCTGTCGAGCTAGAGATGCAATGCTTCGTCTTCTTAAATCTTGTTAGTTTTGATAATGTGGAGGAAAGATGGAAAAGgttaacactttatcccctttactttcaa
ctattaatccaaggatatccacgagatttgcattttttttggtccatttttatatttaactctctaaaaggtatatattgattatgataactgttttatatccgactttctagttacaatgtgaagctctgtacagatgtaatcatggtaacctgctttaaaataagtgcgatccctttcattatgatgcttattgtttt
tttacaagatgtcgtggagaaaggcatcatgctagatactgctagtaaaaattggaactgtgagaatctttattaaaacagacaattacactattcaattttgagaatataatgcttgatacttgaatagaaagaactagctatatttaatggtcacctattatctctgagtagaaatacgacagatagaaagacaacaa
gataacgctgaatatcttttcagGGGCATCTATCTTTACTCTTTGCTATCAAAATAGTAAATGCATTCTCAGGGGCATCTACCTTTTTCTTTGCTATAAGTGGAGTTGGAATCCAATACCCAGAGACTTCGAGAAAACTCTGAGATGATTTCTTGACATGATACGGACTTATTATTTAATGGAATATGAGATGATTACAC
GAGATATTGTTCAAATCAAAATAGTAAATGCATTTTAAGGGGCATCTACCTTTTTTCTGTGCTATAAGTGGAGTTAGAATCCAATACCCAGAGACTTCGAGAAAACTCTCAGGTGATTTGTTAACGTGATAAGGGCTTACTATTTCACGTAATAGGAGATGATTACAACGAGACTTTGTGAAAGTAAGGAATATGAAAGA
AAAGGCTGCCGCTGGGTTTTAATAATTAATAAATTTTTATTGCCTACAGGGAAGGATGGATCACTGCAAGGTGCAATGTGCGTATTGGGTCATTTGTCCATATTCAAATTCTGTTATACGCAAATTGGTACAGTTCCAGAATCAGTTGACATTGGTTACCTAATCAAATAAAGTTATGCTTTTTGGCAGATGTCATTAGG
TAAATTTTTACAAATTCTTTCAACAATGGTTTTTTAACTAAAGTCCTCCCAGCTCATAAATTTGTGCTTTTTCATTGTTATACAAATATGGAAGGACAATGTTTAGCCTTCAACAAGTTCATATCTTTTGTATAAGTTTTCTGTTATAAAGTTTAGAGATGGTTTTTTTAACTAAAGTCCTCCCAG