sp|Q8RXV3|P2C59_ARATH ----> Probable protein phosphatase 2C 59


Intron 1 GTATGTTGCA ... TTGGATTCAG

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A924.421634444.9611
A1024.081556475.8511



>TRINITY_DN116734_c4_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform
TAGCGCAGTGGGGTGTCAGTTTTCAACTATGATTGCGCCACGCCCCTATTTTCCACAATGGTTTGGTTTGGTTTATCTACAACACTCATCTTTTGGGAAACCGGTGATCCGCATATGAGCTGGTGCACGGTTTTTCACCGCTGATCCTGCCACGTGGCTCCATCCGTATCGCTGGATACGGAATGCTGGGAAGAGTTAAT
CTGGGTCGTTGATACATCGGACGGACCGGGAGGTCCCCGGATCCCCCTCCTGCGAATGTGTGCGTCACAGCTTGCTTGGACTGGATTCCCTTTTCCCTTTACTTTTGATCCATTCTTCGTTCGCTTCTCAGAGCAGAACGACAGAACTTCATCAGAATTTGCCGGCAATTTTCGGTTTTGTGGCCGCAACAAAGAGGTGC
ATCATTGGGTATTAAGTTTCAGCTCAAGCCATCATTCGTTCTAAAAAACGGATTGGAAGTATTTAAAAACAATAGACTGCAATTTCAAGGCACTGATCTTGTGTATGGACTTCCGTACCACCTGTGGAACTTCATCCAGGGCTAAGCATATAATGAAATTGGCACTCGAAAATTTGGACTGAAATATTGATATCTTCACA
CTCGGTAGTCAGCTGGTGTTATAAAGAAACACAAATTACTGCTTGCATAAAAGCTGAAACAGTCTATGACATGCCACAAGGCTTCCATCTCATAAAAATATCATGAGTTATCTTAGTTCTATATTTTCTTCTAGGGATCCACAATCCGTCAGCAATCCTGTCAGTGGTGGAGGTGTCAGTCAGAATCAGAAGTTCAGCTA
TGGATATGCAAGCTCACCAGGGAAAAGATCTTCAATGGAAGACTTTTTTGAGACACAGATTTGTGAGGTTGATGGTCAAATAGTTGGCTTGTTTGGAGTCTTTGATGGCCATGGTGGTGCTCGAGCTGCAGAATACGTGAAACAGAAACTTTTTGCTAATTTGATAAGCCACCCAAAATTTATTAGTGATACAAAGCTGG
CAATAGCTGATGCTTACAAACAAACAGACAAGGAATTTCTCAATACAGAAAATAGTCAGCACAGAGATGCTGGGTCCACTGCATCAACTGCAGTTCTTGTAGGGGATCGATTGCTGGTTGCAAATGTTGGGGATTCAAGAGCTGTTATATGCAGGGCTGGAAAAGCTGTTGCTCTTTCTAGGGATCATAAACCAAATCAA
ACTGATGAGCGTCAACGAATTGAGGATGCTGGAGGATTTGTTATGTGGGCTGGTACATGGCGTGTTGGGGGGGTTCTTGCTGTTTCCCGTGCTTTTGGTGACAGGCTTTTAAAGCAGTATGTGGTAGCTGAGCCAGAGATTCAGGTAAAAGTTAATATATTCTTAGCCAGAAATATTGTTCAATGTCAAGTTTGACTTAT
CCTCTATACACGATGGGGATAATCATTATGCAGAATCAGTGCAGCCCAAAATCTTGTATGCAACGAAGTTTTTTTCTGCACTGCGATAAGTGTCCATGCTTTTTCCTTGTGTTGATGATAGCAATTATTCTAGGTTGTTCGTATTCTGGAATGTGAAAAGATATGTCAGTTATTAATTGATCAGGGCAATGACAAATCCA
TGCAGGCAACCTGATGAGCCTCATGGGGTTAAGTGCTCCAGTGAATCTGAGTTTCATTCTTAGTAGTTGTCTTTAATGGGTTTTGTTTTTAGTGGATTTCCTCATTTAGTGGAATGTAACTCCCATATAGGTTACATTTATAGTTTGTATCTCCTATACTGTTTCCTTTGTTGAGTACATAGGATGTTGTTTGTCTAAGA
GGCCTTCACCTATAAAATACCTCCCATTCATTCCCGCAAGCAAGTGTATAGTTCCATCAAATGGATTCACAATTTAAGAGCTTATTTTCGTACCCATCCTGAATGTATAGTTCTTGTATTGTTTTTTCTTGTTGATTCTTCATTGTTTATATTCAGCATGTTGATTCTTCTAGCATTTTTTGTGCCAATTTTTCTGTTAC
TGTAAGAATAGGTATCCCAACATTAAAATTTGGCATCTCAATATTCATTCTTTGTTGCTAAGATTTTCTGTTGACCTTTTTGGTTCATGTTTTATGGAGTTTTGCACATATCACATCTTGAAAAGTGCTATGGAAATTGTATTGAGCACTACAGCTGTTCTTTTTGGCATGCAGGCAGTTGTGGTTTAGGTTGTGTCCAA
TCCTCATGGCTGTGAAGTGCAGCTTAAGGTGTTCGTTAATTTCTCCATTGAGTGGGTATATTTCTTTCTAGGAGTTGTTTTGAACCTGCTGCCGC


>TRINITY_DN116734_c4_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:
TGCTTTTTATAGGAGCCATTTTAGTGCTCCCACTTTGTACCCTACAGTCCTTTTGACCTACTTCAGTGGTCATTCGTTGGACATTATTAAAGTTATCTTTATCTTATCTTATTATCTACCTTAAGGCTTGTTCTCCTAGATTCACAATAGCCTTTTGAAATTGAGAGATGTTTCCCAATATTCCTTGGGCATTGGTATTA
AGTAGGGAGGACATCTAATGGTATACCATTTGGGGACCTTGTCCTAGGTCAAGCATAACTACAACACTTATGCCAAGGAGTTCTATGTGCTATATAAGCAATGGGAACACTACATCCTTGGTAGGGAAAGCTGGGAAACTATCCTACATATTTATCATCAGCCTCTTGTATTCACAACCTAAGATTTAGGAACAAAGACA
TCTCAAATGGGTTTTGTACATTCAGTGGTTTTACTTCATCGTCAAATACAAGAAAGTTAGCTCCAATAAAGTGGTTGACCCCTTGCCATTTTAGATGTGAGACGTACATACTATGAGGAATAGAGAGATCGATACTCCACTTATCCTTACTTTGATCTTATCTTGGAATTCGTTTAACAACCCACAGTGATCAATCTGAC
CCCCTTCCTCCACTAAACAGGCAGGTACAAGCTAAATAGGCTTTGTGTACTTGGTTGTTTAACTCACTTCCTTTTTATCAAGGAGGCCCATTCTTCAACCAATGGGAGATATTTTGGTTTTCCTAAAACTTTGTTACACCCACAAAGGGTACTTCTTTTGGCCTTCCATATGGCAACATGTGGAATATTAAAATTGGAGG
TGGTTCACGTTGCAACCAAAGCAAGCATTCTAATGGGATTGGGTTGTGCCAACATTTTCTTGTCTCCTCTAGGCCTTGGGAATCCATATCCATGGATTTTTTCAGTGATCTGCCTACCTCTCAGTGGAAGCATGATGATGTCTTTGTGGTAGCTTGCAAATTCTTTAAGATGGCAAACCTCATACCCTGTAGCAAAACTA
TTGATTCCCCTTGTGCTATAGAGTTTTTTTTCCAGCATGGATGGAGCAGTAAAGTAAAGGAACTTTTGATACCCTTCAGACTTGCCGAATACAGTAAATGTGGATAAGTAAGAAGTTATATCTCAAACTTTACGTGCATATTAGATTCAGGCATATTGCTTCTCTTTGGTTACACTTAGCGGACTGACACCATAAATTCA
GAAACACTTGATGCTTGCACCTTGCTATTCATGTTGCACTCTGTTAAGATTGGATTTGGGATTATACCAAGGTGTAGGATTAAATCCCTTAGTATCCTGCAAAAGAAACCAACATGACACCAGTCAAGTATGAGTTGCTAGAAAACTCCAATTTACAACTCATTTAGTCTTTTTAGTTGGTTATTATTTATTATTTTCTG
ACCATTGGATGTTGTATATAAATATTTTCCATGAGAACAAATTTTGTTTCAAACACATTTTACTTCTAAGCTAGTCTTTTGATCTCGTGCAAGTAATATATTGTGCATTGACTTTCAGCCGAAGTAGTCTAGCATTGTGGTAAACAGTTTGCTTCCAACTTACAGTTTAAATCTTGTGCAGGTGCATCATTGGGTATTAA
GTTTCAGCTCAAGCCATCATTCGTTCTAAAAAACGGATTGGAAGTATTTAAAAACAATAGACTGCAATTTCAAGGCACTGATCTTGTGTATGGACTTCCGTACCACCTGTGGAACTTCATCCAGGGCTAAGCATATAATGAAATTGGCACTCGAAAATTTGGACTGAAATATTGATATCTTCACACTCGGTAGTCAGCTG
GTGTTATAAAGAAACACAAATTACTGCTTGCATAAAAGCTGAAACAGTCTATGACATGCCACAAGGCTTCCATCTCATAAAAATATCATGAGTTATCTTAGTTCTATATTTTCTTCTAGGGATCCACAATCCGTCAGCAATCCTGTCAGTGGTGGAGGTGTCAGGTTTTTACCATCTTTGATATCTATTTCTTTATCGTG
TATTTAGAAAATTTAGGTTGCATATTATCTCTCCAAAGAGGACCTCTTTTTCTGTATCTTGATTGAAAGATTTTGAAACTTCTATTGAAGTAGGTTCAACTACTGTTTCAAAGACATGCAATGAAAAATTAATCATTTAGTTTGGAGGTATGATATAAATTATGAGTGTAGAAACAAGTACAGCGGTGAAGGAATCTTTC
CAACCCTGTGCCATGCTTGTTTTAATTTATTCCATATCATGATTTGTCATTCATTTCAGTTAAACAATTAGGTGAAATTTCATTATTTGTTGGAGATCTGATTAGGTATCTTCCTGCAATATTTTTTAATACTTAGTTTCATTTTGGCAGTCAGAATCAGAAGTTCAGCTATGGATATGCAAGCTCACCAGGGAAAAGAT
CTTCAATGGAAGACTTTTTTGAGACACAGATTTGTGAGGTTGATGGTCAAATAGTTGGCTTGTTTGGAGTCTTTGATGgtatgttgcaaataacatgcgcctccttgtccagagagtggcattatacatttaatagcttttttcaggcttaacatctacttttttttggatgaaaaaagttatttgcttatatatataat
tctctctgaagagagttccaagtacatctaaaagtggtggtatgctgccagccactacagaatactgttcgtttagctgagaaatacaagacttggctttcatagctattacaaagactttatttaccaggaccaaaaactaaaaatcagaccatgatgataccaaattgacagaggggaaaagaagtttgcatcagtag
ttatgaaaccatcaaagtgttactttccaggcaccacattactaaactggactggagcatattcttccttgatgttgactggtgggtggtggctggaggctcggcacgtcctctaccagaatttccaaattgaggatgaccagctttgtgaagaattcatccactttccacaaataagtcatgttgaggcttataacagc
tgccagcagttggtccagggaatcgttactctctgtttaaatgctatctgccatagagacagtgcctcttctctgtccttcacatgattttcctgatcatttagtgtcaagtattctttaattggagacttggatagaaaggcaggagtatggaggccatggccttttactgctccatgaaattcttgcgtcgcgaagga
gtttgctgattgaccccctcctacagctggctggttttgtgcttctgcagtacgaatgcacattcttggtctccctcttcacctgtggatcgaggattcagccattgtgtgatactggacttgtatgtagagcagacagacaatggggcttgtgtgagaaaggtagtggaggactgggttcttcattgttaaattgacaa
tggctctacatttaattggtatggcttttgtggagaagctccagcaccagtgtatcgtactgccagctttggaatgacctttgatatctgctggcacacttgaggataaatcagggaaaaacatttatgatggaataaagagtgttggaaatgtaagaccttttgagacacttattcaaagggttctagaagatgaagcg
ggggcatcatggtccttggggggttagaattagatataaaatcccctatggggcatcatggtccttgggtggttagaataagatttaaaatcccctaccattttttttgcaaggttatccaatttcataaatttgtcttctttatgaaattagctagctggtctgcttctgatttgaggttcttttaacatgggtgaatt
tgtatccttcacaattctttaaggcatgtcatgatccatgggatgttgattacaaattcttaggatgggttttggatcttcctattgaggtagtctattataactttgagctgcactcaaagacgattctcttgaagccttgttttaagctttctttgatttggcatatcaatgtgtccaattcctcatggatgtttgat
tttttaacctaggaattggcaggttattcctactatgttcccttcatgatctctgaagactccccttgccccagcaatgcccaggttacctttggaggcaccatcaaaattgtactttatccatcctctaggggggattccatgatcttgtggccaatcttacgattgcctgtattctgtcctctaacaggaggcgataa
gcttatttgaaatgtttatttattttctttcatttttttgcatggagtcttttatggtatgttgcaaataacatatgatacctgttcggacagtagtattatagagtctagacttaatagcctttgtttgggcttaactttctgtttttcagtttcccattaggatttttatatctaaacaaaattgatgaactgagata
tcatttagttcctttgatggttacataagtttatatctaaataataattttttttgattaagatttgttgatgatgattagttttttttcttatgatgttactccattgagctgattggaggacatttggattcag
GCCATGGTGGTGCTCGAGCTGCAGAATACGTGAAACAGAAACTTTTTGCTAATTTGATAAGCCA
CCCAAAATTTATTAGTGATACAAAGCTGGCAATAGCTGATGCTTACAAACAAACAGACAAGGAATTTCTCAATACAGAAAATAGTCAGCACAGAGATGCTGGGTCCACTGCATCAACTGCAGTTCTTGTAGGGGATCGATTGCTGGTTGCAAATGTTGGGGATTCAAGAGCTGTTATATGCAGGGCTGGAAAAGCTGTTG
CTCTTTCTAGGGATCATAAACCAAATCAAACTGATGAGCGTCAACGAATTGAGGATGCTGGAGGATTTGTTATGTGGGCTGGTACATGGCGTGTTGGGGGGGTTCTTGCTGTTTCCCGTGCTTTTGGTGACAGGCTTTTAAAGCAGTATGTGGTAGCTGAGCCAGAGATTCAGGAAGAGGTTGCTGATCAAAATGTTGAA
TTTCTGATTCTTGCAAGTGATGGATTGTGGGATGTTGTTTCTAACCAGGATGCAGTTGCTATGATTCAGTCTACGGAGGATCCAGAATTAGCTGCTAAAAAGCTTACAGAGGAAGCATATCGAAAAGGAAGTGCAGATAATATTACGTGTGTTGTCGTGCGATTTAAACATGGTTAACAGAGGCAATTAAAATTTTAGTT
GATGCAAAATCCACATTGCACGAGCCTTGTATGCTACCTACATTTTGTTGCTTGACGTTTGTTGAAGGTGGCCTAGTTTCTTCATATTTGGTGAGATTGCATGCAAATTATGCGATAGAATTCTACATTATACAATTAGAATGCAGATGGAATAGGTCAAGGTAAGTTGCAGATGGTCTGCAGATTACATAAAAGGGGCA
TGCCTGTTATAATATGTGAAAGATTTTCATACTGAATAAACATGCTTTTATAAATTGTTAAGTTTGTTTACCATTTTATTATGTTCTTCAATATCAAGAAGCAATGTATGGATTCAACTTCTGTCATGTAAGTGTATGGGTTAAATGGGCTTTATATCTGGGATTTTAAATTATTTGTCACCAAATATTCATAAAAATTA
TGATCTTTGGATTGTTAAAAGTTTTTGAATTAAATGGGCTTTATATCTGGGATTTTAAATTATTTGTCACCAAATATTCATAAAAATTATGATCTTTGGATTGTTAAAAGTTTTTGAATTAAATGGGC




Intron 2 GTTATTGCTT ... TCAGAAGAAG

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>TRINITY_DN116734_c4_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform
TAGCGCAGTGGGGTGTCAGTTTTCAACTATGATTGCGCCACGCCCCTATTTTCCACAATGGTTTGGTTTGGTTTATCTACAACACTCATCTTTTGGGAAACCGGTGATCCGCATATGAGCTGGTGCACGGTTTTTCACCGCTGATCCTGCCACGTGGCTCCATCCGTATCGCTGGATACGGAATGCTGGGAAGAGTTAAT
CTGGGTCGTTGATACATCGGACGGACCGGGAGGTCCCCGGATCCCCCTCCTGCGAATGTGTGCGTCACAGCTTGCTTGGACTGGATTCCCTTTTCCCTTTACTTTTGATCCATTCTTCGTTCGCTTCTCAGAGCAGAACGACAGAACTTCATCAGAATTTGCCGGCAATTTTCGGTTTTGTGGCCGCAACAAAGAGGTGC
AT
CATTGGGTATTAAGTTTCAGCTCAAGCCATCATTCGTTCTAAAAAACGGATTGGAAGTATTTAAAAACAATAGACTGCAATTTCAAGGCACTGATCTTGTGTATGGACTTCCGTACCACCTGTGGAACTTCATCCAGGGCTAAGCATATAATGAAATTGGCACTCGAAAATTTGGACTGAAATATTGATATCTTCACA
CTCGGTAGTCAGCTGGTGTTATAAAGAAACACAAATTACTGCTTGCATAAAAGCTGAAACAGTCTATGACATGCCACAAGGCTTCCATCTCATAAAAATATCATGAGTTATCTTAGTTCTATATTTTCTTCTAGGGATCCACAATCCGTCAGCAATCCTGTCAGTGGTGGAGGTGTCAGTCAGAATCAGAAGTTCAGCTA
TGGATATGCAAGCTCACCAGGGAAAAGATCTTCAATGGAAGACTTTTTTGAGACACAGATTTGTGAGGTTGATGGTCAAATAGTTGGCTTGTTTGGAGTCTTTGATGGCCATGGTGGTGCTCGAGCTGCAGAATACGTGAAACAGAAACTTTTTGCTAATTTGATAAGCCACCCAAAATTTATTAGTGATACAAAGCTGG
CAATAGCTGATGCTTACAAACAAACAGACAAGGAATTTCTCAATACAGAAAATAGTCAGCACAGAGATGCTGGGTCCACTGCATCAACTGCAGTTCTTGTAGGGGATCGATTGCTGGTTGCAAATGTTGGGGATTCAAGAGCTGTTATATGCAGGGCTGGAAAAGCTGTTGCTCTTTCTAGGGATCATAAACCAAATCAA
ACTGATGAGCGTCAACGAATTGAGGATGCTGGAGGATTTGTTATGTGGGCTGGTACATGGCGTGTTGGGGGGGTTCTTGCTGTTTCCCGTGCTTTTGGTGACAGGCTTTTAAAGCAGTATGTGGTAGCTGAGCCAGAGATTCAGGTAAAAGTTAATATATTCTTAGCCAGAAATATTGTTCAATGTCAAGTTTGACTTAT
CCTCTATACACGATGGGGATAATCATTATGCAGAATCAGTGCAGCCCAAAATCTTGTATGCAACGAAGTTTTTTTCTGCACTGCGATAAGTGTCCATGCTTTTTCCTTGTGTTGATGATAGCAATTATTCTAGGTTGTTCGTATTCTGGAATGTGAAAAGATATGTCAGTTATTAATTGATCAGGGCAATGACAAATCCA
TGCAGGCAACCTGATGAGCCTCATGGGGTTAAGTGCTCCAGTGAATCTGAGTTTCATTCTTAGTAGTTGTCTTTAATGGGTTTTGTTTTTAGTGGATTTCCTCATTTAGTGGAATGTAACTCCCATATAGGTTACATTTATAGTTTGTATCTCCTATACTGTTTCCTTTGTTGAGTACATAGGATGTTGTTTGTCTAAGA
GGCCTTCACCTATAAAATACCTCCCATTCATTCCCGCAAGCAAGTGTATAGTTCCATCAAATGGATTCACAATTTAAGAGCTTATTTTCGTACCCATCCTGAATGTATAGTTCTTGTATTGTTTTTTCTTGTTGATTCTTCATTGTTTATATTCAGCATGTTGATTCTTCTAGCATTTTTTGTGCCAATTTTTCTGTTAC
TGTAAGAATAGGTATCCCAACATTAAAATTTGGCATCTCAATATTCATTCTTTGTTGCTAAGATTTTCTGTTGACCTTTTTGGTTCATGTTTTATGGAGTTTTGCACATATCACATCTTGAAAAGTGCTATGGAAATTGTATTGAGCACTACAGCTGTTCTTTTTGGCATGCAGGCAGTTGTGGTTTAGGTTGTGTCCAA
TCCTCATGGCTGTGAAGTGCAGCTTAAGGTGTTCGTTAATTTCTCCATTGAGTGGGTATATTTCTTTCTAGGAGTTGTTTTGAACCTGCTGCCGC


>TRINITY_DN116734_c4_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:
TAGCGCAGTGGGGTGTCAGTTTTCAACTATGATTGCGCCACGCCCCTATTTTCCACAATGGTTTGGTTTGGTTTATCTACAACACTCATCTTTTGGGAAACCGGTGATCCGCATATGAGCTGGTGCACGGTTTTTCACCGCTGATCCTGCCACGTGGCTCCATCCGTATCGCTGGATACGGAATGCTGGGAAGAGTTAAT
CTGGGTCGTTGATACATCGGACGGACCGGGAGGTCCCCGGATCCCCCTCCTGCGAATGTGTGCGTCACAGCTTGCTTGGACTGGATTCCCTTTTCCCTTTACTTTTGATCCATTCTTCGTTCGCTTCTCAGAGCAGAACGACAGAACTTCATCAGAATTTGCCGGCAATTTTCGGTTTTGTGGCCGCAACAAAGAGgtta
ttgctttctttaaccctgcgatcgtcagtttgaggttttcgtcgatcaatttggttccggatgtcagtattttcgcatgcttgtcaattgaaatttgatacgatttatgtcggtttgacggtaagtatacaaatctctttttacggcaagcgaatcgcgtataataaaaggttttcccgtttgaatattctggtttccga
gcaaaatttgcgagtctttggcgggacttctgtttttcctcttacctgtgttagctgtatgggctttctcatgaatctgcaagttgctgttgtgttttgcttaatattttatgtatttattggcaagcggaagaaatcctttcaaagactggaaaatcacgttaatctcggctttctttgtaaaatactggctacaaaga
tgatattcaactccgtcgaagccacgttgatagccttgcttgctttaatacattcgagtcagggtcatattttgctggcattttgtttcaatataaataaacatttaatttcagatattattttacattacgtttaatcggttgcattgtggttgacttatcgcgctattatattcatcaggattttgcaattcggatat
ataaattttttgtaagaagcattgaagtcattgtattcaagtatcagttaaataaggatcggttgatgacgttagtaagagtatgaacattcttagatcagaagaag
GTGCATCATTGGGTATTAAGTTTCAGCTCAAGCCATCATTCGTTCTAAAAAACGGATTGGAAGTATTTAAAAACAATAGACTGCAATTTCAAG
GCACTGATCTTGTGTATGGACTTCCGTACCACCTGTGGAACTTCATCCAGGGCTAAGCATATAATGAAATTGGCACTCGAAAATTTGGACTGAAATATTGATATCTTCACACTCGGTAGTCAGCTGGTGTTATAAAGAAACACAAATTACTGCTTGCATAAAAGCTGAAACAGTCTATGACATGCCACAAGGCTTCCATC
TCATAAAAATATCATGAGTTATCTTAGTTCTATATTTTCTTCTAGGGATCCACAATCCGTCAGCAATCCTGTCAGTGGTGGAGGTGTCAGTCAGAATCAGAAGTTCAGCTATGGATATGCAAGCTCACCAGGGAAAAGATCTTCAATGGAAGACTTTTTTGAGACACAGATTTGTGAGGTTGATGGTCAAATAGTTGGCT
TGTTTGGAGTCTTTGATGGCCATGGTGGTGCTCGAGCTGCAGAATACGTGAAACAGAAACTTTTTGCTAATTTGATAAGCCACCCAAAATTTATTAGTGATACAAAGCTGGCAATAGCTGATGCTTACAAACAAACAGACAAGGAATTTCTCAATACAGAAAATAGTCAGCACAGAGATGCTGGGTCCACTGCATCAACT
GCAGTTCTTGTAGGGGATCGATTGCTGGTTGCAAATGTTGGGGATTCAAGAGCTGTTATATGCAGGGCTGGAAAAGCTGTTGCTCTTTCTAGGGATCATAAACCAAATCAAACTGATGAGCGTCAACGAATTGAGGATGCTGGAGGATTTGTTATGTGGGCTGGTACATGGCGTGTTGGGGGGGTTCTTGCTGTTTCCCG
TGCTTTTGGTGACAGGCTTTTAAAGCAGTATGTGGTAGCTGAGCCAGAGATTCAGGAAGAGGTTGCTGATCAAAATGTTGAATTTCTGATTCTTGCAAGTGATGGATTGTGGGATGTTGTTTCTAACCAGGATGCAGTTGCTATGATTCAGTCTACGGAGGATCCAGAATTAGCTGCTAAAAAGCTTACAGAGGAAGCAT
ATCGAAAAGGAAGTGCAGATAATATTACGTGTGTTGTCGTGCGATTTAAACATGGTTAACAGAGGCAATTAAAATTTTAGTTGATGCAAAATCCACATTGCACGAGCCTTGTATGCTACCTACATTTTGTTGCTTGACGTTTGTTGAAGGTGGCCTAGTTTCTTCATATTTGGTGAGATTGCATGCAAATTATGCGATAG
AATTCTACATTATACAATTAGAATGCAGATGGAATAGGTCAAGGTAAGTTGCAGATGGTCTGCAGATTACATAAAAGGGGCATGCCTGTTATAATATGTGAAAGATTTTCATACTGAATAAACATGCTTTTATAAATTGTTAAGTTTGTTTACCATTTTATTATGTTCTTCAATATCAAGAAGCAATGTATGGATTCAAC
TTCTGTCATGTAAGTGTATGGGTTAAATGGGCTTTATATCTGGGATTTTAAATTATTTGTCACCAAATATTCATAAAAATTATGATCTTTGGATTGTTAAAAGTTTTTGAATTAAATGGGCTTTATATCTGGGATTTTAAATTATTTGTCACCAAATATTCATAAAAATTATGATCTTTGGATTGTTAAAAGTTTTTGAA
TTAAATGGGC




Intron 3 GTATGTTGCA ... CTCTCTGAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A18.17191617
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A100.6546103



>TRINITY_DN37124_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoform
GTGCTACTCGTGACTCACAGATTGATTCATCCACAACGCTGACTGGAAACCTAACTAACCCTGTGCTTTTCAATATTTATATAAATATCTTTCCATGTCTTTTCAAAAAACTGTAAAATAGCGCAGTGGGGTGTCAGTTTTCAACTATGATTGCGCCACGCCCCTATTTTCCACAATGGTTTGGTTTGGTTTATCTACAA
CACTCATCTTTTGGGAAACCGGTGATCCGCATATGAGCTGGTGCACGGTTTTTCACCGCTGATCCTGCCACGTGGCTCCATCCGTATCGCTGGATACGGAATGCTGGGAAGAGTTAATCTGGGTCGTTGATACATCGGACGGACCGGGAGGTCCCCGGATCCCCCTCCTGCGAATGTGTGCGTCACAGCTTGCTTGGACT
GGATTCCCTTTCCCCTTTACTTTTGATCCATTCTTCGTTCGCTTCTCAGAGCAGAACGACAGAACTTCATCAGAATTTGCCGGCAATTTTCGGTTTTGTGGCCGCAACAAAGAGGTGCATCATTGGGTATTAAGTTTCAGCTCAAGCCATCATTCGTTCTAAAAAACGGATTGGAAGTATTTAAAAACAATAGACTGCAA
TTTCAAGGCACTGATCTTGTGTATGGACTTCCGTACCACCTGTGGAACTTCATCCAGGGCTAAGCATATAATGAAATTGGCACTCGAAAATTTGGACTGAAATATTGATATCTTCACACTCGGTAGTCAGCTGGTGTTATAAAGAAACACAAATTACTGCTTGCATAAAAGCTGAAACAGTCTATGACATGCCACAAGGC
TTCCATCTCATAAAAATATCATGAGTTATCTTAGTTCTATATTTTCTTCTAGGGATCCACAATCCGTCAGCAATCCTGTCAGTGGTGGAGGTGTCAGTCAGAATCAGAAGTTCAGCTATGGATATGCAAGCTCACCAGGGAAAAGATCTTCAATGGAAGACTTTTTTGAGACACAGATTTGTGAGGTTGATGGTCAAATA
GTTGGCTTGTTTGGAGTCTTTGATGAGAGTTCCAAGTACATCTAAAAGTGGTGGTATGCTGCCAGCCACTACAGAATACTGTTCGTTTAGCTGAGAAATACAAGACTTGGCTTTCATAGCTATTACAAAGACTTTATTTACCAGGACCAAAAACTAAAAATCAGACCATGATGATACCAAATTGACAGAGGGGAAAAGAA
GTTTGCATCAGTAGTTATGAAACCATCAAAGTGTTACTTTCCAGGCACCACATTACTAAACTGGACTGGAGCATATTCTTCCTTGATGTTGACTGGTGGGTGGTGGCTGGAGGCTCGGCACGTCCTCTACCAGAATTTCCAAATTGAGGATGACCAGCTTTGTGAAGAATTCATCCACTTTCCACAAATAAGTCATGTTG
AGGCTTATAACAGCTGCCAGCAGTTGGTCCAGGGAATCGTTACTCTCTGTTTAAATGCTATCTGCCATAGAGACAGTGCCTCTTCTCTGTCCTTCACATGATTTTCCTGATCATTTAGTGTCAAGTATTCTTTAATTGGAGACTTGGATAGAAAGGCAGGAGTATGGAGGCCATGGCCTTTTACTGCTCCATGAAATTCT
TGCGTCGCGAAGGAGTTTGCTGATTGACCCCCTCCTACAGCTGGCTGGTTTTGTGCTTCTGCAGTACGAATGCACATTCTTGGTCTCCCTCTTCACCTGTGGATCGAGGATTCAGCCATTGTGTGATACTGGACTTGTATGTAGAGCAGACAGACAATGGGGCTTGTGTGAGAAAGGTAGTGGAGGACTGGGTTCTTCAT
TGTTAAATTGACAATGGCTCTACATTTAATTGGTATGGCTTTTGTGGAGAAGCTCCAGCACCAGTGTATCGTACTGCCAGCTTTGGAATGACCTTTGATATCTGCTGGCACACTTGAGGATAAATCAGGGAAAAACATTTATGATGGAATAAAGAGTGTTGGAAATGTAAGACCTTTTGAGACACTTATTCAAAGGGTTC
TAGAAGATGAAGCGGGGGCATCATGGTCCTTGGGGGGTTAGAATTAGATATAAAATCCCCTATGGGGCATCATGGTCCTTGGGTGGTTAGAATAAGATTTAAAATCCCCTACCATTTTTTTTGCAAGGTTATCCAATTTCATAAATTTGTCTTCTTTATGAAATTAGCTAGCTGGTCTGCTTCTGATTTGAGGTTCTTTT
AACATGGGTGAATTTGTATCCTTCACAATTCTTTAAGGCATGTCATGATCCATGGGATGTTGATTACAAATTCTTAGGATGGGTTTTGGATCTTCCTATTGAGGTAGTCTATTATAACTTTGAGCTGCACTCAAAGACGATTCTCTTGAAGCCTTGTTTTAAGCTTTCTTTGATTTGGCATATCAATGTGTCCAATTCCT
CATGGATGTTTGATTTTTTAACCTAGGAATTGGCAGGTTATTCCTACTATGTTCCCTTCATGATCTCTGAAGACTCCCCTTGCCCCAGCAATGCCCAGGTTACCTTTGGAGGCACCATCAAAATTGTACTTTATCCATCCTCTAGGGGGGATTCCATGATCT


>TRINITY_DN37124_c0_g1_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:
GGCTTGTTTGGAGTCTTTGATGgtatgttgcaaataacatgcgcctccttgtccagagagtggcattatacatttaatagcttttttcaggcttaacatctacttttttttggatgaaaaaagttatttgcttatatatataattctctctgaagAGAGTTCCAAGTACATCTAAAAGTGGTGGTATGCTGCCAGCCACT
ACAGAATACTGTTCGTTTAGCTGAGAAATACAAGACTTGGCTTTCATAGCTATTACAAAGACTTTATTTACCAGGACCAAAAACTAAAAATCAGACCATGATGATACCAAATTGACAGAGGGGAAAAGAAGTTTGCATCAGTAGTTATGAAACCATCAAAGTGTTACTTTCCAGGCACCACATTACTAAACTGGACTGGA
GCATATTCTTCCTTGATGTTGACTGGTGGGTGGTGGCTGGAGGCTCGGCACGTCCTCTACCAGAATTTCCAAATTGAGGATGACCAGCTTTGTGAAGAATTCATCCACTTTCCACAAATAAGTCATGTTGAGGCTTATAACAGCTGCCAGCAGTTGGTCCAGGGAATCGTTACTCTCTGTTTAAATGCTATCTGCCATAG
AGACAGTGCCTCTTCTCTGTCCTTCACATGATTTTCCTGATCATTTAGTGTCAAGTATTCTTTAATTGGAGACTTGGATAGAAAGGCAGGAGTATGGAGGCCATGGCCTTTTACTGCTCCATGAAATTCTTGCGTCGCGAAGGAGTTTGCTGATTGACCCCCTCCTACAGCTGGCTGGTTTTGTGCTTCTGCAGTACGAA
TGCACATTCTTGGTCTCCCTCTTCACCTGTGGATCGAGGATTCAGCCATTGTGTGATACTGGACTTGTATGTAGAGCAGACAGACAATGGGGCTTGTGTGAGAAAGGTAGTGGAGGACTGGGTTCTTCATTGTTAAATTGACAATGGCTCTACATTTAATTGGTATGGCTTTTGTGGAGAAGCTCCAGCACCAGTGTATC
GTACTGCCAGCTTTGGAATGACCTTTGATATCTGCTGGCACACTTGAGGATAAATCAGGGAAAAACATTTATGATGGAATAAAGAGTGTTGGAAATGTAAGACCTTTTGAGACACTTATTCAAAGGGTTCTAGAAGATGAAGCGGGGGCATCATGGTCCTTGGGGGGTTAGAATTAGATATAAAATCCCCTATGGGGCAT
CATGGTCCTTGGGTGGTTAGAATAAGATTTAAAATCCCCTACCATTTTTTTTGCAAGGTTATCCAATTTCATAAATTTGTCTTCTTTATGAAATTAGCTAGCTGGTCTGCTTCTGATTTGAGGTTCTTTTAACATGGGTGAATTTGTATCCTTCACAATTCTTTAAGGCATGTCATGATCCATGGGATGTTGATTACAAA
TTCTTAGGATGGGTTTTGGATCTTCCTATTGAGGTAGTCTATTATAACTTTGAGCTGCACTCAAAGACGATTCTCTTGAAGCCTTGTTTTAAGCTTTCTTTGATTTGGCATATCAATGTGTCCAATTCCTCATGGATGTTTGATTTTTTAACCTAGGAATTGGCAGGTTATTCCTACTATGTTCCCTTCATGATCTCTGA
AGACTCCCCTTGCCCCAGCAATGCCCAGGTTACCTTTGGAGGCACCATCAAAATTGTACTTTATCCATCCTCTAGGGGGGATTCCATGATCT




Intron 4 GTAAGTATAC ... TCAGAAGAAG

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>TRINITY_DN116734_c4_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoform
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CTGGGTCGTTGATACATCGGACGGACCGGGAGGTCCCCGGATCCCCCTCCTGCGAATGTGTGCGTCACAGCTTGCTTGGACTGGATTCCCTTTTCCCTTTACTTTTGATCCATTCTTCGTTCGCTTCTCAGAGCAGAACGACAGAACTTCATCAGAATTTGCCGGCAATTTTCGGTTTTGTGGCCGCAACAAAGAGGTTA
TTGCTTTCTTTAACCCTGCGATCGTCAGTTTGAGGTTTTCGTCGATCAATTTGGTTCCGGATGTCAGTATTTTCGCATGCTTGTCAATTGAAATTTGATACGATTTATGTCGGTTTGACGGTGCATCATTGGGTATTAAGTTTCAGCTCAAGCCATCATTCGTTCTAAAAAACGGATTGGAAGTATTTAAAAACAATAGA
CTGCAATTTCAAGGCACTGATCTTGTGTATGGACTTCCGTACCACCTGTGGAACTTCATCCAGGGCTAAGCATATAATGAAATTGGCACTCGAAAATTTGGACTGAAATATTGATATCTTCACACTCGGTAGTCAGCTGGTGTTATAAAGAAACACAAATTACTGCTTGCATAAAAGCTGAAACAGTCTATGACATGCCA
CAAGGCTTCCATCTCATAAAAATATCATGAGTTATCTTAGTTCTATATTTTCTTCTAGGGATCCACAATCCGTCAGCAATCCTGTCAGTGGTGGAGGTGTCAG


>TRINITY_DN116734_c4_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:
TAGCGCAGTGGGGTGTCAGTTTTCAACTATGATTGCGCCACGCCCCTATTTTCCACAATGGTTTGGTTTGGTTTATCTACAACACTCATCTTTTGGGAAACCGGTGATCCGCATATGAGCTGGTGCACGGTTTTTCACCGCTGATCCTGCCACGTGGCTCCATCCGTATCGCTGGATACGGAATGCTGGGAAGAGTTAAT
CTGGGTCGTTGATACATCGGACGGACCGGGAGGTCCCCGGATCCCCCTCCTGCGAATGTGTGCGTCACAGCTTGCTTGGACTGGATTCCCTTTTCCCTTTACTTTTGATCCATTCTTCGTTCGCTTCTCAGAGCAGAACGACAGAACTTCATCAGAATTTGCCGGCAATTTTCGGTTTTGTGGCCGCAACAAAGAGGTTA
TTGCTTTCTTTAACCCTGCGATCGTCAGTTTGAGGTTTTCGTCGATCAATTTGGTTCCGGATGTCAGTATTTTCGCATGCTTGTCAATTGAAATTTGATACGATTTATGTCGGTTTGACGgtaagtatacaaatctctttttacggcaagcgaatcgcgtataataaaaggttttcccgtttgaatattctggtttccga
gcaaaatttgcgagtctttggcgggacttctgtttttcctcttacctgtgttagctgtatgggctttctcatgaatctgcaagttgctgttgtgttttgcttaatattttatgtatttattggcaagcggaagaaatcctttcaaagactggaaaatcacgttaatctcggctttctttgtaaaatactggctacaaaga
tgatattcaactccgtcgaagccacgttgatagccttgcttgctttaatacattcgagtcagggtcatattttgctggcattttgtttcaatataaataaacatttaatttcagatattattttacattacgtttaatcggttgcattgtggttgacttatcgcgctattatattcatcaggattttgcaattcggatat
ataaattttttgtaagaagcattgaagtcattgtattcaagtatcagttaaataaggatcggttgatgacgttagtaagagtatgaacattcttagatcagaagaag
GTGCATCATTGGGTATTAAGTTTCAGCTCAAGCCATCATTCGTTCTAAAAAACGGATTGGAAGTATTTAAAAACAATAGACTGCAATTTCAAG
GCACTGATCTTGTGTATGGACTTCCGTACCACCTGTGGAACTTCATCCAGGGCTAAGCATATAATGAAATTGGCACTCGAAAATTTGGACTGAAATATTGATATCTTCACACTCGGTAGTCAGCTGGTGTTATAAAGAAACACAAATTACTGCTTGCATAAAAGCTGAAACAGTCTATGACATGCCACAAGGCTTCCATC
TCATAAAAATATCATGAGTTATCTTAGTTCTATATTTTCTTCTAGGGATCCACAATCCGTCAGCAATCCTGTCAGTGGTGGAGGTGTCAGTCAGAATCAGAAGTTCAGCTATGGATATGCAAGCTCACCAGGGAAAAGATCTTCAATGGAAGACTTTTTTGAGACACAGATTTGTGAGGTTGATGGTCAAATAGTTGGCT
TGTTTGGAGTCTTTGATGGCCATGGTGGTGCTCGAGCTGCAGAATACGTGAAACAGAAACTTTTTGCTAATTTGATAAGCCACCCAAAATTTATTAGTGATACAAAGCTGGCAATAGCTGATGCTTACAAACAAACAGACAAGGAATTTCTCAATACAGAAAATAGTCAGCACAGAGATGCTGGGTCCACTGCATCAACT
GCAGTTCTTGTAGGGGATCGATTGCTGGTTGCAAATGTTGGGGATTCAAGAGCTGTTATATGCAGGGCTGGAAAAGCTGTTGCTCTTTCTAGGGATCATAAACCAAATCAAACTGATGAGCGTCAACGAATTGAGGATGCTGGAGGATTTGTTATGTGGGCTGGTACATGGCGTGTTGGGGGGGTTCTTGCTGTTTCCCG
TGCTTTTGGTGACAGGCTTTTAAAGCAGTATGTGGTAGCTGAGCCAGAGATTCAGGAAGAGGTTGCTGATCAAAATGTTGAATTTCTGATTCTTGCAAGTGATGGATTGTGGGATGTTGTTTCTAACCAGGATGCAGTTGCTATGATTCAGTCTACGGAGGATCCAGAATTAGCTGCTAAAAAGCTTACAGAGGAAGCAT
ATCGAAAAGGAAGTGCAGATAATATTACGTGTGTTGTCGTGCGATTTAAACATGGTTAACAGAGGCAATTAAAATTTTAGTTGATGCAAAATCCACATTGCACGAGCCTTGTATGCTACCTACATTTTGTTGCTTGACGTTTGTTGAAGGTGGCCTAGTTTCTTCATATTTGGTGAGATTGCATGCAAATTATGCGATAG
AATTCTACATTATACAATTAGAATGCAGATGGAATAGGTCAAGGTAAGTTGCAGATGGTCTGCAGATTACATAAAAGGGGCATGCCTGTTATAATATGTGAAAGATTTTCATACTGAATAAACATGCTTTTATAAATTGTTAAGTTTGTTTACCATTTTATTATGTTCTTCAATATCAAGAAGCAATGTATGGATTCAAC
TTCTGTCATGTAAGTGTATGGGTTAAATGGGCTTTATATCTGGGATTTTAAATTATTTGTCACCAAATATTCATAAAAATTATGATCTTTGGATTGTTAAAAGTTTTTGAATTAAATGGGCTTTATATCTGGGATTTTAAATTATTTGTCACCAAATATTCATAAAAATTATGATCTTTGGATTGTTAAAAGTTTTTGAA
TTAAATGGGC




Intron 5 GTTTTTACCA ... ATTTTGGCAG

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>TRINITY_DN116734_c4_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform
TAGCGCAGTGGGGTGTCAGTTTTCAACTATGATTGCGCCACGCCCCTATTTTCCACAATGGTTTGGTTTGGTTTATCTACAACACTCATCTTTTGGGAAACCGGTGATCCGCATATGAGCTGGTGCACGGTTTTTCACCGCTGATCCTGCCACGTGGCTCCATCCGTATCGCTGGATACGGAATGCTGGGAAGAGTTAAT
CTGGGTCGTTGATACATCGGACGGACCGGGAGGTCCCCGGATCCCCCTCCTGCGAATGTGTGCGTCACAGCTTGCTTGGACTGGATTCCCTTTTCCCTTTACTTTTGATCCATTCTTCGTTCGCTTCTCAGAGCAGAACGACAGAACTTCATCAGAATTTGCCGGCAATTTTCGGTTTTGTGGCCGCAACAAAGAGGTGC
ATCATTGGGTATTAAGTTTCAGCTCAAGCCATCATTCGTTCTAAAAAACGGATTGGAAGTATTTAAAAACAATAGACTGCAATTTCAAGGCACTGATCTTGTGTATGGACTTCCGTACCACCTGTGGAACTTCATCCAGGGCTAAGCATATAATGAAATTGGCACTCGAAAATTTGGACTGAAATATTGATATCTTCACA
CTCGGTAGTCAGCTGGTGTTATAAAGAAACACAAATTACTGCTTGCATAAAAGCTGAAACAGTCTATGACATGCCACAAGGCTTCCATCTCATAAAAATATCATGAGTTATCTTAGTTCTATATTTTCTTCTAGGGATCCACAATCCGTCAGCAATCCTGTCAGTGGTGGAGGTGTCAGTCAGAATCAGAAGTTCAGCTA
TGGATATGCAAGCTCACCAGGGAAAAGATCTTCAATGGAAGACTTTTTTGAGACACAGATTTGTGAGGTTGATGGTCAAATAGTTGGCTTGTTTGGAGTCTTTGATGGCCATGGTGGTGCTCGAGCTGCAGAATACGTGAAACAGAAACTTTTTGCTAATTTGATAAGCCACCCAAAATTTATTAGTGATACAAAGCTGG
CAATAGCTGATGCTTACAAACAAACAGACAAGGAATTTCTCAATACAGAAAATAGTCAGCACAGAGATGCTGGGTCCACTGCATCAACTGCAGTTCTTGTAGGGGATCGATTGCTGGTTGCAAATGTTGGGGATTCAAGAGCTGTTATATGCAGGGCTGGAAAAGCTGTTGCTCTTTCTAGGGATCATAAACCAAATCAA
ACTGATGAGCGTCAACGAATTGAGGATGCTGGAGGATTTGTTATGTGGGCTGGTACATGGCGTGTTGGGGGGGTTCTTGCTGTTTCCCGTGCTTTTGGTGACAGGCTTTTAAAGCAGTATGTGGTAGCTGAGCCAGAGATTCAGGTAAAAGTTAATATATTCTTAGCCAGAAATATTGTTCAATGTCAAGTTTGACTTAT
CCTCTATACACGATGGGGATAATCATTATGCAGAATCAGTGCAGCCCAAAATCTTGTATGCAACGAAGTTTTTTTCTGCACTGCGATAAGTGTCCATGCTTTTTCCTTGTGTTGATGATAGCAATTATTCTAGGTTGTTCGTATTCTGGAATGTGAAAAGATATGTCAGTTATTAATTGATCAGGGCAATGACAAATCCA
TGCAGGCAACCTGATGAGCCTCATGGGGTTAAGTGCTCCAGTGAATCTGAGTTTCATTCTTAGTAGTTGTCTTTAATGGGTTTTGTTTTTAGTGGATTTCCTCATTTAGTGGAATGTAACTCCCATATAGGTTACATTTATAGTTTGTATCTCCTATACTGTTTCCTTTGTTGAGTACATAGGATGTTGTTTGTCTAAGA
GGCCTTCACCTATAAAATACCTCCCATTCATTCCCGCAAGCAAGTGTATAGTTCCATCAAATGGATTCACAATTTAAGAGCTTATTTTCGTACCCATCCTGAATGTATAGTTCTTGTATTGTTTTTTCTTGTTGATTCTTCATTGTTTATATTCAGCATGTTGATTCTTCTAGCATTTTTTGTGCCAATTTTTCTGTTAC
TGTAAGAATAGGTATCCCAACATTAAAATTTGGCATCTCAATATTCATTCTTTGTTGCTAAGATTTTCTGTTGACCTTTTTGGTTCATGTTTTATGGAGTTTTGCACATATCACATCTTGAAAAGTGCTATGGAAATTGTATTGAGCACTACAGCTGTTCTTTTTGGCATGCAGGCAGTTGTGGTTTAGGTTGTGTCCAA
TCCTCATGGCTGTGAAGTGCAGCTTAAGGTGTTCGTTAATTTCTCCATTGAGTGGGTATATTTCTTTCTAGGAGTTGTTTTGAACCTGCTGCCGC


>TRINITY_DN116734_c4_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:
TGCTTTTTATAGGAGCCATTTTAGTGCTCCCACTTTGTACCCTACAGTCCTTTTGACCTACTTCAGTGGTCATTCGTTGGACATTATTAAAGTTATCTTTATCTTATCTTATTATCTACCTTAAGGCTTGTTCTCCTAGATTCACAATAGCCTTTTGAAATTGAGAGATGTTTCCCAATATTCCTTGGGCATTGGTATTA
AGTAGGGAGGACATCTAATGGTATACCATTTGGGGACCTTGTCCTAGGTCAAGCATAACTACAACACTTATGCCAAGGAGTTCTATGTGCTATATAAGCAATGGGAACACTACATCCTTGGTAGGGAAAGCTGGGAAACTATCCTACATATTTATCATCAGCCTCTTGTATTCACAACCTAAGATTTAGGAACAAAGACA
TCTCAAATGGGTTTTGTACATTCAGTGGTTTTACTTCATCGTCAAATACAAGAAAGTTAGCTCCAATAAAGTGGTTGACCCCTTGCCATTTTAGATGTGAGACGTACATACTATGAGGAATAGAGAGATCGATACTCCACTTATCCTTACTTTGATCTTATCTTGGAATTCGTTTAACAACCCACAGTGATCAATCTGAC
CCCCTTCCTCCACTAAACAGGCAGGTACAAGCTAAATAGGCTTTGTGTACTTGGTTGTTTAACTCACTTCCTTTTTATCAAGGAGGCCCATTCTTCAACCAATGGGAGATATTTTGGTTTTCCTAAAACTTTGTTACACCCACAAAGGGTACTTCTTTTGGCCTTCCATATGGCAACATGTGGAATATTAAAATTGGAGG
TGGTTCACGTTGCAACCAAAGCAAGCATTCTAATGGGATTGGGTTGTGCCAACATTTTCTTGTCTCCTCTAGGCCTTGGGAATCCATATCCATGGATTTTTTCAGTGATCTGCCTACCTCTCAGTGGAAGCATGATGATGTCTTTGTGGTAGCTTGCAAATTCTTTAAGATGGCAAACCTCATACCCTGTAGCAAAACTA
TTGATTCCCCTTGTGCTATAGAGTTTTTTTTCCAGCATGGATGGAGCAGTAAAGTAAAGGAACTTTTGATACCCTTCAGACTTGCCGAATACAGTAAATGTGGATAAGTAAGAAGTTATATCTCAAACTTTACGTGCATATTAGATTCAGGCATATTGCTTCTCTTTGGTTACACTTAGCGGACTGACACCATAAATTCA
GAAACACTTGATGCTTGCACCTTGCTATTCATGTTGCACTCTGTTAAGATTGGATTTGGGATTATACCAAGGTGTAGGATTAAATCCCTTAGTATCCTGCAAAAGAAACCAACATGACACCAGTCAAGTATGAGTTGCTAGAAAACTCCAATTTACAACTCATTTAGTCTTTTTAGTTGGTTATTATTTATTATTTTCTG
ACCATTGGATGTTGTATATAAATATTTTCCATGAGAACAAATTTTGTTTCAAACACATTTTACTTCTAAGCTAGTCTTTTGATCTCGTGCAAGTAATATATTGTGCATTGACTTTCAGCCGAAGTAGTCTAGCATTGTGGTAAACAGTTTGCTTCCAACTTACAGTTTAAATCTTGTGCAGGTGCATCATTGGGTATTAA
GTTTCAGCTCAAGCCATCATTCGTTCTAAAAAACGGATTGGAAGTATTTAAAAACAATAGACTGCAATTTCAAGGCACTGATCTTGTGTATGGACTTCCGTACCACCTGTGGAACTTCATCCAGGGCTAAGCATATAATGAAATTGGCACTCGAAAATTTGGACTGAAATATTGATATCTTCACACTCGGTAGTCAGCTG
GTGTTATAAAGAAACACAAATTACTGCTTGCATAAAAGCTGAAACAGTCTATGACATGCCACAAGGCTTCCATCTCATAAAAATATCATGAGTTATCTTAGTTCTATATTTTCTTCTAGGGATCCACAATCCGTCAGCAATCCTGTCAGTGGTGGAGGTGTCAGgtttttaccatctttgatatctatttctttatcgtg
tatttagaaaatttaggttgcatattatctctccaaagaggacctctttttctgtatcttgattgaaagattttgaaacttctattgaagtaggttcaactactgtttcaaagacatgcaatgaaaaattaatcatttagtttggaggtatgatataaattatgagtgtagaaacaagtacagcggtgaaggaatctttc
caaccctgtgccatgcttgttttaatttattccatatcatgatttgtcattcatttcagttaaacaattaggtgaaatttcattatttgttggagatctgattaggtatcttcctgcaatattttttaatacttagtttcattttggcag
TCAGAATCAGAAGTTCAGCTATGGATATGCAAGCTCACCAGGGAAAAGAT
CTTCAATGGAAGACTTTTTTGAGACACAGATTTGTGAGGTTGATGGTCAAATAGTTGGCTTGTTTGGAGTCTTTGATGGTATGTTGCAAATAACATGCGCCTCCTTGTCCAGAGAGTGGCATTATACATTTAATAGCTTTTTTCAGGCTTAACATCTACTTTTTTTTGGATGAAAAAAGTTATTTGCTTATATATATAAT
TCTCTCTGAAGAGAGTTCCAAGTACATCTAAAAGTGGTGGTATGCTGCCAGCCACTACAGAATACTGTTCGTTTAGCTGAGAAATACAAGACTTGGCTTTCATAGCTATTACAAAGACTTTATTTACCAGGACCAAAAACTAAAAATCAGACCATGATGATACCAAATTGACAGAGGGGAAAAGAAGTTTGCATCAGTAG
TTATGAAACCATCAAAGTGTTACTTTCCAGGCACCACATTACTAAACTGGACTGGAGCATATTCTTCCTTGATGTTGACTGGTGGGTGGTGGCTGGAGGCTCGGCACGTCCTCTACCAGAATTTCCAAATTGAGGATGACCAGCTTTGTGAAGAATTCATCCACTTTCCACAAATAAGTCATGTTGAGGCTTATAACAGC
TGCCAGCAGTTGGTCCAGGGAATCGTTACTCTCTGTTTAAATGCTATCTGCCATAGAGACAGTGCCTCTTCTCTGTCCTTCACATGATTTTCCTGATCATTTAGTGTCAAGTATTCTTTAATTGGAGACTTGGATAGAAAGGCAGGAGTATGGAGGCCATGGCCTTTTACTGCTCCATGAAATTCTTGCGTCGCGAAGGA
GTTTGCTGATTGACCCCCTCCTACAGCTGGCTGGTTTTGTGCTTCTGCAGTACGAATGCACATTCTTGGTCTCCCTCTTCACCTGTGGATCGAGGATTCAGCCATTGTGTGATACTGGACTTGTATGTAGAGCAGACAGACAATGGGGCTTGTGTGAGAAAGGTAGTGGAGGACTGGGTTCTTCATTGTTAAATTGACAA
TGGCTCTACATTTAATTGGTATGGCTTTTGTGGAGAAGCTCCAGCACCAGTGTATCGTACTGCCAGCTTTGGAATGACCTTTGATATCTGCTGGCACACTTGAGGATAAATCAGGGAAAAACATTTATGATGGAATAAAGAGTGTTGGAAATGTAAGACCTTTTGAGACACTTATTCAAAGGGTTCTAGAAGATGAAGCG
GGGGCATCATGGTCCTTGGGGGGTTAGAATTAGATATAAAATCCCCTATGGGGCATCATGGTCCTTGGGTGGTTAGAATAAGATTTAAAATCCCCTACCATTTTTTTTGCAAGGTTATCCAATTTCATAAATTTGTCTTCTTTATGAAATTAGCTAGCTGGTCTGCTTCTGATTTGAGGTTCTTTTAACATGGGTGAATT
TGTATCCTTCACAATTCTTTAAGGCATGTCATGATCCATGGGATGTTGATTACAAATTCTTAGGATGGGTTTTGGATCTTCCTATTGAGGTAGTCTATTATAACTTTGAGCTGCACTCAAAGACGATTCTCTTGAAGCCTTGTTTTAAGCTTTCTTTGATTTGGCATATCAATGTGTCCAATTCCTCATGGATGTTTGAT
TTTTTAACCTAGGAATTGGCAGGTTATTCCTACTATGTTCCCTTCATGATCTCTGAAGACTCCCCTTGCCCCAGCAATGCCCAGGTTACCTTTGGAGGCACCATCAAAATTGTACTTTATCCATCCTCTAGGGGGGATTCCATGATCTTGTGGCCAATCTTACGATTGCCTGTATTCTGTCCTCTAACAGGAGGCGATAA
GCTTATTTGAAATGTTTATTTATTTTCTTTCATTTTTTTGCATGGAGTCTTTTATGGTATGTTGCAAATAACATATGATACCTGTTCGGACAGTAGTATTATAGAGTCTAGACTTAATAGCCTTTGTTTGGGCTTAACTTTCTGTTTTTCAGTTTCCCATTAGGATTTTTATATCTAAACAAAATTGATGAACTGAGATA
TCATTTAGTTCCTTTGATGGTTACATAAGTTTATATCTAAATAATAATTTTTTTTGATTAAGATTTGTTGATGATGATTAGTTTTTTTTCTTATGATGTTACTCCATTGAGCTGATTGGAGGACATTTGGATTCAGGCCATGGTGGTGCTCGAGCTGCAGAATACGTGAAACAGAAACTTTTTGCTAATTTGATAAGCCA
CCCAAAATTTATTAGTGATACAAAGCTGGCAATAGCTGATGCTTACAAACAAACAGACAAGGAATTTCTCAATACAGAAAATAGTCAGCACAGAGATGCTGGGTCCACTGCATCAACTGCAGTTCTTGTAGGGGATCGATTGCTGGTTGCAAATGTTGGGGATTCAAGAGCTGTTATATGCAGGGCTGGAAAAGCTGTTG
CTCTTTCTAGGGATCATAAACCAAATCAAACTGATGAGCGTCAACGAATTGAGGATGCTGGAGGATTTGTTATGTGGGCTGGTACATGGCGTGTTGGGGGGGTTCTTGCTGTTTCCCGTGCTTTTGGTGACAGGCTTTTAAAGCAGTATGTGGTAGCTGAGCCAGAGATTCAGGAAGAGGTTGCTGATCAAAATGTTGAA
TTTCTGATTCTTGCAAGTGATGGATTGTGGGATGTTGTTTCTAACCAGGATGCAGTTGCTATGATTCAGTCTACGGAGGATCCAGAATTAGCTGCTAAAAAGCTTACAGAGGAAGCATATCGAAAAGGAAGTGCAGATAATATTACGTGTGTTGTCGTGCGATTTAAACATGGTTAACAGAGGCAATTAAAATTTTAGTT
GATGCAAAATCCACATTGCACGAGCCTTGTATGCTACCTACATTTTGTTGCTTGACGTTTGTTGAAGGTGGCCTAGTTTCTTCATATTTGGTGAGATTGCATGCAAATTATGCGATAGAATTCTACATTATACAATTAGAATGCAGATGGAATAGGTCAAGGTAAGTTGCAGATGGTCTGCAGATTACATAAAAGGGGCA
TGCCTGTTATAATATGTGAAAGATTTTCATACTGAATAAACATGCTTTTATAAATTGTTAAGTTTGTTTACCATTTTATTATGTTCTTCAATATCAAGAAGCAATGTATGGATTCAACTTCTGTCATGTAAGTGTATGGGTTAAATGGGCTTTATATCTGGGATTTTAAATTATTTGTCACCAAATATTCATAAAAATTA
TGATCTTTGGATTGTTAAAAGTTTTTGAATTAAATGGGCTTTATATCTGGGATTTTAAATTATTTGTCACCAAATATTCATAAAAATTATGATCTTTGGATTGTTAAAAGTTTTTGAATTAAATGGGC




Intron 6 GTAAGACCTT ... TTGGATTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN109962_c5_g3_i1 from sample A2 / Example spliced isoform
TGCAAATAACATGCGCCTCCTTGTCCAGAGAGTGGCATTATACATTTAATAGCTTTTTTCAGGCTTAACATCTACTTTTTTTGGATGAAAAAAGTTATTTGCTTATATATATAATTCTCTCTGAAGAGAGTTCCAAGTACATCTAAAAGTGGTGGTATGCTGCCAGCCACTACAGAATACTGTTCGTTTAGCTGAGAAAT
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GTGGTGGCTGGAGGCTCGGCACGTCCTCTACCAGAATTTCCAAATTGAGGATGACCAGCTTTGTGAAGAATTCATCCACTTTCCACAAATAAGTCATGTTGAGGCTTATAACAGCTGCCAGCAGTTGGTCCAGGGAATCGTTACTCTCTGTTTAAATGCTATCTGCCATAGAGACAGTGCCTCTTCTCTGTCCTTCACAT
GATTTTCCTGATCATTTAGTGTCAAGTATTCTTTAATTGGAGACTTGGATAGAAAGGCAGGAGTATGGAGGCCATGGCCTTTTACTGCTCCATGAAATTCTTGCGTCGCGAAGGAGTTTGCTGATTGACCCCCTCCTACAGCTGGCTGGTTTTGTGCTTCTGCGGTACGAATGCACATTCTTGGTCTCCCTCTTCACCTG
TGGATCGAGGATTCAGCCATTGTGTGATACTGGACTTGTATGTAGAGCAGACAGACAATGGGGCTTGTGTGAGAAAGGTAGTGGAGGACTGGGTTCTTCATTGTTAAATTGACAATGGCTCTACATTTAATTGGTATGGCTTTTGTGGAGAAGCTCCAGCACCAGTGTATCGTACTGCCAGCTTTGGAATGACCTTTGAT
ATCTGCTGGCACACTTGAGGATAAATCAGGGAAAAACATTTATGATGGAATAAAGAGTGTTGGAAATGCCATGGTGGTGCTCGAGCTGCAGAATACGTGAAACAGAAACTTTTTGCTAATTTGATAAGCCACCCAAAATTTATTAGTGATACAAAGCTGGCAATAGCTGATGCTTACAAACAAACAGACAAGGAATTTCT
CAATACAGAAAATAGTCAGCACAGAGATGCTGGGTCCACTGCATCAACTGCAGTTCTTGTAGGGGATCGATTGCTGGTTGCAAATGTTGGGGATTCAAGAGCTGTTATATGCAGGGCTGGAAAAGCTGTTGCTCTTTCTAGGGATCATAAACCAAATCAAACTGATGAGCGTCAACGAATTGAGGATGCTGGAGGATTTG
TTATGTGGGCTGGTACATGGCGTGTTGGGGGGGTTCTTGCTGTTTCCCGTGCTTTTGGTGACAGGCTTTTAAAGCAGTATGTGGTAGCTGAGCCAGAGATTCAGGAAGAGGTTGCTGATCAAAATGTTGAATTTCTGATTCTTGCAAGTGATGGATTGTGGGATGTTGTTTCTAACCAGGATGCAGTTGCTATGATTCAG
TCTACGGAGGATCCAGAATTAGCTGCTAAAAAGCTTACAGAGGAAGCATATCGAAAAGGAAGTGCAGATAATATTACGTGTGTTGTCGTGCGATTTAAACATGGTTAACAGAGGCAATTAAAATTTTAGTTGATGCAAAATCCACATTGCACGAGCCTTGTATGCTACCTACATTTTGTTGCTTGACGTTTGTTGAAGGT
GGCCTAGTTTCTTCATATTTGGTGAGATTGCATGCAAATTATGCGATAGAATTCTACATTATACAATTAGAATGCAGATGGAATAGGTCAAGGTAAGTTGCAGATGGTCTGCAGATTACATAAAAGGGGCATGCCTGTTATAATATGTGAAAGATTTTCATACTGAATAAACATGCTTTTATAAATTGTTAAGTTTGTTT
ACCATTTTATTATGTTCTTCAATATCAAGAAGCAATGTATGGATTCAACTTCTGTCATGTAAGTGTATGGGTTAAATGGGCTTTATATCTGGGATTTTAAATTATTTGTCACCAAATATTCATAAAAATTATGATCTTTGGATTGTTAAAAGTTTTTGAATTAAATGGGCCG


>TRINITY_DN109962_c5_g3_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:
TGCAAATAACATGCGCCTCCTTGTCCAGAGAGTGGCATTATACATTTAATAGCTTTTTTCAGGCTTAACATCTACTTTTTTTTGGATGAAAAAAGTTATTTGCTTATATATATAATTCTCTCTGAAGAGAGTTCCAAGTACATCTAAAAGTGGTGGTATGCTGCCAGCCACTACAGAATACTGTTCGTTTAGCTGAGAAA
TACAAGACTTGGCTTTCATAGCTATTACAAAGACTTTATTTACCAGGACCAAAAACTAAAAATCAGACCATGATGATACCAAATTGACAGAGGGGAAAAGAAGTTTGCATCAGTAGTTATGAAACCATCAAAGTGTTACTTTCCAGGCACCACATTACTAAACTGGACTGGAGCATATTCTTCCTTGATGTTGACTGGTG
GGTGGTGGCTGGAGGCTCGGCACGTCCTCTACCAGAATTTCCAAATTGAGGATGACCAGCTTTGTGAAGAATTCATCCACTTTCCACAAATAAGTCATGTTGAGGCTTATAACAGCTGCCAGCAGTTGGTCCAGGGAATCGTTACTCTCTGTTTAAATGCTATCTGCCATAGAGACAGTGCCTCTTCTCTGTCCTTCACA
TGATTTTCCTGATCATTTAGTGTCAAGTATTCTTTAATTGGAGACTTGGATAGAAAGGCAGGAGTATGGAGGCCATGGCCTTTTACTGCTCCATGAAATTCTTGCGTCGCGAAGGAGTTTGCTGATTGACCCCCTCCTACAGCTGGCTGGTTTTGTGCTTCTGCGGTACGAATGCACATTCTTGGTCTCCCTCTTCACCT
GTGGATCGAGGATTCAGCCATTGTGTGATACTGGACTTGTATGTAGAGCAGACAGACAATGGGGCTTGTGTGAGAAAGGTAGTGGAGGACTGGGTTCTTCATTGTTAAATTGACAATGGCTCTACATTTAATTGGTATGGCTTTTGTGGAGAAGCTCCAGCACCAGTGTATCGTACTGCCAGCTTTGGAATGACCTTTGA
TATCTGCTGGCACACTTGAGGATAAATCAGGGAAAAACATTTATGATGGAATAAAGAGTGTTGGAAATgtaagaccttttgagacacttattcaaagggttctagaagatgaagcgggggcatcatggtccttggggggttagaattagatataaaatcccctatggggcatcatggtccttgggtggttagaataagat
ttaaaatcccctaccattttttttgcaaggttatccaatttcataaatttgtcttctttatgaaattagctagctggtctgcttctgatttgaggttcttttaacatgggtgaatttgtatccttcacaattctttaaggcatgtcatgatccatgggatgttgattacaaattcttaggatgggttttggatcttccta
ttgaggtagtctattataactttgagctgcactcaaagacgattctcttgaagccttgttttaagctttctttgatttggcatatcaatgtgtccaattcctcatggatgtttgattttttaacctaggaattggcaggttattcctactatgttcccttcatgatctctgaagactccccttgccccagcaatgcccag
gttacctttggaggcaccatcaaaattgtactttatccatcctctaggggggattccatgatcttgtggccaatcttacgattgcctgtattctgtcctctaacaggaggcgataagcttatttgaaatgtttatttattttctttcatttttttgcatggagtcttttatggtatgttgcaaataacatatgatacctg
ttcggacagtagtattatagagtctagacttaatagcctttgtttgggcttaactttctgtttttcagtttcccattaggatttttatatctgaacaaaattgatgaactgagatatcatttagttcctttgatggttacataagtttatatctaaataataattttttttgattaagatttgttgatgatgattagttt
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