NA ----> NA

Intron 1 GTTTTGATTT ... TATAGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	29	21	37
A2	54.93	16	19	20
A3	54.22	19	18	27
A4	53.57	13	12	18
A5	55.56	16	10	30
A6	43.03	47	53	18
A7	45	33	28	26
A8	47.11	32	31	26
A9	42.86	34	27	24
A10	57.65	18	21	28

>TRINITY_DN47285_c1_g1_i13 from sample A7 / Example spliced isoform

GGCCGGATTCCTGCTTTGGTTCTTGGCTGAGCGGCTTTGTGTTTGTATCTGGGTTTTGCTTTCTCTTTTGTTTTCCAGCAATGTATCGGGTTTGAATCCAGAGGTGTGATGACCACCTCCTTAAATCCGTTTCATTTGTAATATATATCAGTGGCCTTTGGTATCTGGTGTCCGGAGCTATGGCAAAGATAAGAGATCTC
GTAAATTGAGGCCAACAGTGAAAGAACGGCAGGTCTTGCGACACAGATTAGCTTCGTGTTTTTACTGTTACCATTTAACTGCCAACATTTTTCTGCCTTTATCTAAACGTGCATCTTCGAAGGGCTTTTGCAGTTGAAGATGACGAAAATGTTATATTCTGATTTAATATGATTATGTCGTATTATCACCATCTTTCGGC
TGAAACTGCTTTTCTGTTGTGATGTATGCGGAAAATGATGATGATTTGATTGTCGCCCCAGTCTTAGTAGCACATATTTTGTGCTATGTGCGGATTGACATTTTAAGATGCTGATTCCGTGTTAGTTAAAAAAAGGGAAAGAAG

>TRINITY_DN47285_c1_g1_i12 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGCCGGATTCCTGCTTTGGTTCTTGGCTGAGCGGCTTTGTGTTTGTATCTGGGTTTTGCTTTCTCTTTTGTTTTCCAGCAATGTATCGGGTTTGAATCCAGAGGTGTGATGACCACCTCCTTAAATCCGTTTCATTTGTAATATATATCAGTGGCCTTTGGTATCTGGTGTCCGGAGCTATGGCAAAGATAAGAGATCTC
GTAAATTGAGGCCAACAGTGAAAGAACGGCAGGTCTTGCGACACAGATTAGCTTCGTGTTTTTACTGTTACCATTTAACTGCCAACATTTTTCTGCCTTTATCTAAACGTGCATCTTCGAAGGGCTTTTGCAGgttttgattttgcttcttttgccattctgtttctgtcttttggtttcatgatttcgtatcttttttt
cggcatttttacggagttagggttttgattcgtttatattatagtgcagTTGAAGATGACGAAAATGTTATATTCTGATTTAATATGATTATGTCGTATTATCACCATCTTTCGGCTGAAACTGCTTTTCTGTTGTGATGTATGCGGAAAATGATGATGATTTGATTGTCGCCCCAGTCTTAGTAGCACATATTTTGTGC
TATGTGCGGATTGACATTTTAAGATGCTGATTCCGTGTTAGTTATTTTCCACGTATTTTACGAGCGCTTTATTGGGCGGAATGTTACATTCTGCTGAGGCCCATGACGAGAAACCAAGTCATGCACCACTCTGAGGGTTTCTGTGCTGAAAACGGCTACCCAAACTATTTATCTGAGGCCTTGTTACATATTGCAGCTTC
TATGGTTCTGTTATGTACTCAGCCGTTATTTGGATATGCCTGTGGATTTTTATGGCCTTGATATTGATAGAAAAGCATGCCATAATTTGGAATGAAAGCCGGTTTGTTATAAAAGATGAATTGAAAGTGAATGTAATATAGCATGTAATTAATTAAACAGAAGTATACAGTTAATGAAAATGGTCTCTGTAGCCCTACCA
ATAGCCTCAAAAGTAAATTAAAACCAGAACGGATTGGTCGAGGCCAATTATCTTCAAAGGGCAGGAGACTCAAAACCACTGATACCTTGGGCAAAATATCAATAACCTGGGGTATTATCTGAACATCAATAACCTTGAAAGCATTACACTTCCACTAATGTATATTGTGAGCTTGATTCGTTCTGATAAATTATCTAAAG
AGGCTTTGGTCTTCCAGAGGGTACCTTGAACAAGAATTCAGGGAAGGCCCTCTCCATCCAGCTACTGTTAGTTACTAAGCAGGACCTGGGGTGGTCTGTTATTCAGTAGTTTTGGGTATCTATAGGAAGAAACCAACATAAGATTGTATTTGTGCAGAGTAGCTAGCACAAAAAGCTTTAATAGGTACTGTGTCTTGTGT
CCAGTTGGACCAAACATTGTATATTTTGACTTCTTTTTCAAAAATTTTATTCTTACCTTACCCATTGACTACCTAAAGGTTTTTACAAGATATAAAATTAGATGTCTTCGAAGTCAGGATTACCGTACCCATTGGAATGAATTGTTGATTAGTGTTGATTACCTTAATTATTGGTTAACGAGGAGTTTTCATAAGATTCT
GAAGTGATGTCTTCACATACTTGCTTCCAAGCGTTTGCTTATACGGCCACAATGTACACGGCCACAATGTTGTATTCCTCTCTTGACTTGGCAATGTTGTATTCCTCTCTTGATTTGAGTGATTGGAGTTGTCTCCTCTTCCCCATTATTGGGGTATTAATCAAGGGAACAGAGTTGGAGACGACTTTGCCTTCGTGGGA
GGTTTTTTACATGACCATGGTTAAAGTGAAGTCTGCTTATTGTGGTGCTAAAGGGAGAACAGAGTTGGAGACGACTTTGCCTTTGTGGGAAGCTGTTACATGACCATGGTTAAAGTGAAGTCTGCATTCGAAGGCAACATGTTTGTATTGAAGCTGTTGAGGCTATGGTTAAAGCCAAGCCTCCATTGGAAGGTAACATG
CTTGTATTCAAGCTATATCAAGTATTGCTGCATTGGCCATATGCCAACACAATGTGATGAGTAAAACCTTGTCTTATGTCGAAATAAATTCACATCCATAAGTATTTAGTTAAACTATAACTGCTGGTCGCTGTTCTTTATAGTATTGAAACGTTAAAGAATTGTTATGCAAAATCCAAGTATATCTCTAATTCCAAGTA
TTTTCCAAAGGAGGATTTAGCAAATTGACCAAGAGTTGCTCGGTGGGTTGAGCTTTGTATTGGTGTTAAAGTTTGGTTGTTATGGTATCTTATATAGAAGCGGGATTATTGTTAGAGCTTTTATATTGGTGTTATGTTTTGTTGCTACAGTTTCATAAATCACTATGGTTTTGGGCATATTCAAACCTTATTTATAAACC
AAGGTTGCTAATCATGGAGATTATTAATAAAGGTGAATATGTTGTTGAACTTACAAATCAAGCTGTGTGAGATTTAAATCCTTATTCGAAATATATAAAGG

Intron 2 GTTTTGATTT ... GTCGCCCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60.91	23.8	22	52
A2	44.3	44	19	51
A3	55.56	22	18	37
A4	55.1	22	12	42
A5	51.78	22	10.3	37
A6	36.07	110.8	53	72
A7	36.19	67	28	48
A8	28.98	91	30.3	44
A9	33.33	77	27	50
A10	38.34	40	20.8	29

>TRINITY_DN47285_c1_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

GGCCGGATTCCTGCTTTGGTTCTTGGCTGAGCGGCTTTGTGTTTGTATCTGGGTTTTGCTTTCTCTTTTGTTTTCCAGCAATGTATCGGGTTTGAATCCAGAGGTGTGATGACCACCTCCTTAAATCCGTTTCATTTGTAATATATATCAGTGGCCTTTGGTATCTGGTGTCCGGAGCTATGGCAAAGATAAGAGATCTC
GTAAATTGAGGCCAACAGTGAAAGAACGGCAGGTCTTGCGACACAGATTAGCTTCGTGTTTTTACTGTTACCATTTAACTGCCAACATTTTTCTGCCTTTATCTAAACGTGCATCTTCGAAGGGCTTTTGCAGTCTTAGTAGCACATATTTTGTGCTATGTGCGGATTGACATTTTAAGATGCTGATTCCGTGTTAGTTA
TTTTCCACGTATTTTACGAGCGCTTTATTGGGCGGAATGTTACATTCTGCTGAGGCCCATGACGAGAAACCAAGTCATGCACCACTCTGAGGGTTTCTGTGCTGAAAACGGCTACCCAAACTATTTATCTGAGGCCTTGTTACATATTGCAGCTTCTATGGTTCTGTTATGTACTCAGCCGTTATTTGGATATGCCTGTG
GATTTTTATGGCCTTGATATTGATAGAAAAGCATGCCATAATTTGGAATGAAAGCCGGTTTGTTATAAAAGATGAATTGAAAGTGAATGTAATATAGCATGTAATTAATTAAACAGAAGTATACAGTTAATGAAAATGGTCTCTGTAGCCCTACCAATAGCCTCAAAAGTAAATTAAAACCAGAACGGATTGGTCGAGGC
CAATTATCTTCAAAGGGCAGGAGACTCAAAACCACTGATACCTTGGGCAAAATATCAATAACCTGGGGTATTATCTGAACATCAATAACCTTGAAAGCATTACACTTCCACTAATGTATATTGTGAGCTTGATTCGTTCTGATAAATTATCTAAAGAGGCTTTGGTCTTCCAGAGGGTACCTTGAACAAGAATTCAGGGA
AGGCCCTCTCCATCCAGCTACTGTTAGTTACTAAGCAGGACCTGGGGTGGTCTGTTATTCAGTAGTTTTGGGTATCTATAGGAAGAAACCAACATAAGATTGTATTTGTGCAGAGTAGCTAGCACAAAAAGCTTTAATAGGTACTGTGTCTTGTGTCCAGTTGGACCAAACATTGTATATTTTGACTTCTTTTTCAAAAA
TTTTATTCTTACCTTACCCATTGACTACCTAAAGGTTTTTACAAGATATAAAATTAGATGTCTTCGAAGTCAGGATTACCGTACCCATTGGAATGAATTGTTGATTAGTGTTGATTACCTTAATTATTGGTTAACGAGGAGTTTTCATAAGATTCTGAAGTGATGTCTTCACATACTTGCTTCCAAGCGTTTGCTTATAC
GGCCACAATGTACACGGCCACAATGTTGTATTCCTCTCTTGACTTGGCAATGTTGTATTCCTCTCTTGATTTGAGTGATTGGAGTTGTCTCCTCTTCCCCATTATTGGGGTATTAATCAAGGGAACAGAGTTGGAGACGACTTTGCCTTCGTGGGAGGTTTTTTACATGACCATGGTTAAAGTGAAGTCTGCTTATTGTG
GTGCTAAAGGGAGAACAGAGTTGGAGACGACTTTGCCTTTGTGGGAAGCTGTTACATGACCATGGTTAAAGTGAAGTCTGCATTCGAAGGCAACATGTTTGTATTGAAGCTGTTGAGGCTATGGTTAAAGCCAAGCCTCCATTGGAAGGTAACATGCTTGTATTCAAGCTATATCAAGTATTGCTGCATTGGCCATATGC
CAACACAATGTGATGAGTAAAACCTTGTCTTATGTCGAAATAAATTCACATCCATAAGTATTTAGTTAAACTATAACTGCTGGTCGCTGTTCTTTATAGTATTGAAACGTTAAAGAATTGTTATGCAAAATCCAAGTATATCTCTAATTCCAAGTATTTTCCAAAGGAGGATTTAGCAAATTGACCAAGAGTTGCTCGGT
GGGTTGAGCTTTGTATTGGTGTTAAAGTTTGGTTGTTATGGTATCTTATATAGAAGCGGGATTATTGTTAGAGCTTTTATATTGGTGTTATGTTTTGTTGCTACAGTTTCATAAATCACTATGGTTTTGGGCATATTCAAACCTTATTTATAAACCAAGGTTGCTAATCATGGAGATTATTAATAAAGGTGAATATGTTG
TTGAACTTACAAATCAAGCTGTGTGAGATTTAAATCCTTATTCGAAATATATAAAGG

>TRINITY_DN47285_c1_g1_i12 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGCCGGATTCCTGCTTTGGTTCTTGGCTGAGCGGCTTTGTGTTTGTATCTGGGTTTTGCTTTCTCTTTTGTTTTCCAGCAATGTATCGGGTTTGAATCCAGAGGTGTGATGACCACCTCCTTAAATCCGTTTCATTTGTAATATATATCAGTGGCCTTTGGTATCTGGTGTCCGGAGCTATGGCAAAGATAAGAGATCTC
GTAAATTGAGGCCAACAGTGAAAGAACGGCAGGTCTTGCGACACAGATTAGCTTCGTGTTTTTACTGTTACCATTTAACTGCCAACATTTTTCTGCCTTTATCTAAACGTGCATCTTCGAAGGGCTTTTGCAGgttttgattttgcttcttttgccattctgtttctgtcttttggtttcatgatttcgtatcttttttt
cggcatttttacggagttagggttttgattcgtttatattatagtgcagttgaagatgacgaaaatgttatattctgatttaatatgattatgtcgtattatcaccatctttcggctgaaactgcttttctgttgtgatgtatgcggaaaatgatgatgatttgattgtcgccccagTCTTAGTAGCACATATTTTGTGC
TATGTGCGGATTGACATTTTAAGATGCTGATTCCGTGTTAGTTATTTTCCACGTATTTTACGAGCGCTTTATTGGGCGGAATGTTACATTCTGCTGAGGCCCATGACGAGAAACCAAGTCATGCACCACTCTGAGGGTTTCTGTGCTGAAAACGGCTACCCAAACTATTTATCTGAGGCCTTGTTACATATTGCAGCTTC
TATGGTTCTGTTATGTACTCAGCCGTTATTTGGATATGCCTGTGGATTTTTATGGCCTTGATATTGATAGAAAAGCATGCCATAATTTGGAATGAAAGCCGGTTTGTTATAAAAGATGAATTGAAAGTGAATGTAATATAGCATGTAATTAATTAAACAGAAGTATACAGTTAATGAAAATGGTCTCTGTAGCCCTACCA
ATAGCCTCAAAAGTAAATTAAAACCAGAACGGATTGGTCGAGGCCAATTATCTTCAAAGGGCAGGAGACTCAAAACCACTGATACCTTGGGCAAAATATCAATAACCTGGGGTATTATCTGAACATCAATAACCTTGAAAGCATTACACTTCCACTAATGTATATTGTGAGCTTGATTCGTTCTGATAAATTATCTAAAG
AGGCTTTGGTCTTCCAGAGGGTACCTTGAACAAGAATTCAGGGAAGGCCCTCTCCATCCAGCTACTGTTAGTTACTAAGCAGGACCTGGGGTGGTCTGTTATTCAGTAGTTTTGGGTATCTATAGGAAGAAACCAACATAAGATTGTATTTGTGCAGAGTAGCTAGCACAAAAAGCTTTAATAGGTACTGTGTCTTGTGT
CCAGTTGGACCAAACATTGTATATTTTGACTTCTTTTTCAAAAATTTTATTCTTACCTTACCCATTGACTACCTAAAGGTTTTTACAAGATATAAAATTAGATGTCTTCGAAGTCAGGATTACCGTACCCATTGGAATGAATTGTTGATTAGTGTTGATTACCTTAATTATTGGTTAACGAGGAGTTTTCATAAGATTCT
GAAGTGATGTCTTCACATACTTGCTTCCAAGCGTTTGCTTATACGGCCACAATGTACACGGCCACAATGTTGTATTCCTCTCTTGACTTGGCAATGTTGTATTCCTCTCTTGATTTGAGTGATTGGAGTTGTCTCCTCTTCCCCATTATTGGGGTATTAATCAAGGGAACAGAGTTGGAGACGACTTTGCCTTCGTGGGA
GGTTTTTTACATGACCATGGTTAAAGTGAAGTCTGCTTATTGTGGTGCTAAAGGGAGAACAGAGTTGGAGACGACTTTGCCTTTGTGGGAAGCTGTTACATGACCATGGTTAAAGTGAAGTCTGCATTCGAAGGCAACATGTTTGTATTGAAGCTGTTGAGGCTATGGTTAAAGCCAAGCCTCCATTGGAAGGTAACATG
CTTGTATTCAAGCTATATCAAGTATTGCTGCATTGGCCATATGCCAACACAATGTGATGAGTAAAACCTTGTCTTATGTCGAAATAAATTCACATCCATAAGTATTTAGTTAAACTATAACTGCTGGTCGCTGTTCTTTATAGTATTGAAACGTTAAAGAATTGTTATGCAAAATCCAAGTATATCTCTAATTCCAAGTA
TTTTCCAAAGGAGGATTTAGCAAATTGACCAAGAGTTGCTCGGTGGGTTGAGCTTTGTATTGGTGTTAAAGTTTGGTTGTTATGGTATCTTATATAGAAGCGGGATTATTGTTAGAGCTTTTATATTGGTGTTATGTTTTGTTGCTACAGTTTCATAAATCACTATGGTTTTGGGCATATTCAAACCTTATTTATAAACC
AAGGTTGCTAATCATGGAGATTATTAATAAAGGTGAATATGTTGTTGAACTTACAAATCAAGCTGTGTGAGATTTAAATCCTTATTCGAAATATATAAAGG

Intron 3 GTTATTTTAT ... GTTTTCCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	84.39	10.6	8.2	57
A2	83	17	2	83
A3	73.51	25.6	13.6	71
A4	84.37	10.2	8.2	55
A5	81.08	14	7	60
A6	49.26	11.4	4.6	11
A7	63.86	6.8	0.8	12
A8	47.83	6.6	0	6
A9	50	3	2	3
A10	44.61	9	0.8	7

>TRINITY_DN112329_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

GCACCGGTAGTTTGAATCCGATCACATATTGTATTATTGAAAAAGAGAAAGGAAAAAAATACAGCAATGTATCGGGTTCGAATCCAGAGGAATGATGATCACAACCCACCAAATCAATGCCGATTATTGTGTGAGGAAATTGAATCATGCATCACCAGCTGACCTCCTTAAACCCGTTTCATTTGTAATATATATCTGCG
GCCTTTGGTATCTGGTGTCTGGAGCTAAGGCAACGATAAGACATCTCGTAAATTAGGGCCAACAGCGAAAGAACGGCAGGTCTTGCGACACAGATTAGCTTCCTGTATTTTCTGTTACTATTTAACTGCCAACATTTCTCTGCCTTTATATAGGCGTGCATTTTTAAAGGGATTTTACAGGTTTTGATTTTGCTTCTTTT
GCCATTCTGTTTCTGCCTTTGTTTTTCATGATTTCATATATCTTCTTCGGTGTTTTTACAGAGTTAGGGTTTTGAATCGTTTATATTATAGTGCAGTTGAAGATGACTTGAATGTTATGTTCTGATTTAATATGATTATTTCATATTATCACCATCTTTCGGCTGAAACTGCTTTTCTGTTGTGATGTATGCGGAAAATG
ATGATGATTTGATTG

>TRINITY_DN112329_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GCACCGGTAGTTTGAATCCGATCACATATTGTATTATTGAAAAAGAGAAAGGAAAAAAATACAGgttattttatatcattaactgctaaaccctaattctaaaccctcatcttgtttgcttcatttttaaagcggctatcgtctcggcgatgttcttcgttaatgcctttggttcttggctggtctgcctgatgtttttg
tctctgttttttgctccctcttttgttttcccagCAATGTATCGGGTTCGAATCCAGAGGAATGATGATCACAACCCACCAAATCAATGCCGATTATTGTGTGAGGAAATTGAATCATGCATCACCAGCTGACCTCCTTAAACCCGTTTCATTTGTAATATATATCTGCGGCCTTTGGTATCTGGTGTCTGGAGCTAAGG
CAACGATAAGACATCTCGTAAATTAGGGCCAACAGCGAAAGAACGGCAGGTCTTGCGACACAGATTAGCTTCCTGTATTTTCTGTTACTATTTAACTGCCAACATTTCTCTGCCTTTATATAGGCGTGCATTTTTAAAGGGATTTTACAGGTTTTGATTTTGCTTCTTTTGCCATTCTGTTTCTGCCTTTGTTTTTCATG
ATTTCATATATCTTCTTCGGTGTTTTTACAGAGTTAGGGTTTTGAATCGTTTATATTATAGTGCAGTTGAAGATGACTTGAATGTTATGTTCTGATTTAATATGATTATTTCATATTATCACCATCTTTCGGCTGAAACTGCTTTTCTGTTGTGATGTATGCGGAAAATGATGATGATTTGATTG

Intron 4 GTTTGTATTT ... AAAAATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	59.09	9	4	13
A2	54.84	14	0	17
A3	52.94	24	4	27
A4	55	9	4	11
A5	50	14	4	14
A6	66.67	6	3	12
A7	63.64	4	1	7
A8	63.64	4	4	7
A9	33.33	6	0	3
A10	90.91	1	1	10

>TRINITY_DN42377_c0_g6_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

GTAAATATAAAAAGACTAGCATGATGTCTCGAGAAATACCCCGTGCCCTTGGGTTCGGTTACCTTGGATGATCCATCAAAACCACGTAAAAGCAATGTATCGGGTTCGAATCCAGAGGAATGATGATCACAACCCACCAAATCAATGCCGATTATTGTGTGAGGAAATTGAATCATGCATCACCAGCTGACCTCCTTAAA
CCCGTTTCATTTGTAATATATATCTGCGGCCTTTGGTATCTGGTGTCTGGAGCTAAGGCAACGATAAGACATCTCGTAAATTAGGGCCAACAGCGAAAGAACGGCAGGTCTTGCGACACAGATTAGCTTCCTGTATTTTCTGTTACTATTTAACTGCCAACATTTCTCTGCCTTTATATAGGCGTGCATTTTTAAAGGGA
TTTTACAGATGATGATGATTTGATTGTCGCCCCAGTTTTAGTAGCACTTATTTTGTGCTATGTGCGGATTGACACTTTAACATGCTGATTCCGGCATAGATACTTGATATCTTTTCCATGTATTCCACGAGCGCTTTGTTGGTCTGAATGTTACATACTGATTATGCCCATGACGAGAAACCAAGTCATGCACCACTCTG
AGGGTTTCTGTGCTGAAAACGGCTACCCAAACTACTGATCTGAGGCGATGTTACATATTCAGCTTATATGGTTCTGTTATGTATTCTCTCGTTATTTGGATATTATATGTGAATGTTTATGGCCTTGATAGATTTTTAGTGGATAAAAGAGCACCCGCATTCTTAACCCTTTTACTGGATTACTGGCAATAAGAGTTTTC
AGAAGAAACGGGTGAGTCACTCAGCCCGTGGATGCAAGTTATGTTTTCGCACGATGGAATTTTGTACTTGAATGCGCTTCTCTTATTAATAAAGAATATGTTTTCTCTCATTGAAAAGACATAAATGGAAAATTCGTGAATTGGAAGTAGAGGGAACAACACACTACCGAATCAAGACCAAATAAAAATCC

>TRINITY_DN42377_c0_g6_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GTAAATATAAAAAGACTAGCATGATGTCTCGAGAAATACCCCGTGCCCTTGGGTTCGGTTACCTTGGATGATCCATCAAAACCACGTAAAAGgtttgtatttgagggaagaacaaaacatcggcgcagcaccggtagtttgaatccgatcacatattgtattattgaaaaagagaaaggaaaaaaatacagCAATGTATC
GGGTTCGAATCCAGAGGAATGATGATCACAACCCACCAAATCAATGCCGATTATTGTGTGAGGAAATTGAATCATGCATCACCAGCTGACCTCCTTAAACCCGTTTCATTTGTAATATATATCTGCGGCCTTTGGTATCTGGTGTCTGGAGCTAAGGCAACGATAAGACATCTCGTAAATTAGGGCCAACAGCGAAAGAA
CGGCAGGTCTTGCGACACAGATTAGCTTCCTGTATTTTCTGTTACTATTTAACTGCCAACATTTCTCTGCCTTTATATAGGCGTGCATTTTTAAAGGGATTTTACAGATGATGATGATTTGATTGTCGCCCCAGTTTTAGTAGCACTTATTTTGTGCTATGTGCGGATTGACACTTTAACATGCTGATTCCGGCATAGAT
ACTTGATATCTTTTCCATGTATTCCACGAGCGCTTTGTTGGTCTGAATGTTACATACTGATTATGCCCATGACGAGAAACCAAGTCATGCACCACTCTGAGGGTTTCTGTGCTGAAAACGGCTACCCAAACTACTGATCTGAGGCGATGTTACATATTCAGCTTATATGGTTCTGTTATGTATTCTCTCGTTATTTGGAT
ATTATATGTGAATGTTTATGGCCTTGATAGATTTTTAGTGGATAAAAGAGCACCCGCATTCTTAACCCTTTTACTGGATTACTGGCAATAAGAGTTTTCAGAAGAAACGGGTGAGTCACTCAGCCCGTGGATGCAAGTTATGTTTTCGCACGATGGAATTTTGTACTTGAATGCGCTTCTCTTATTAATAAAGAATATGT
TTTCTCTCATTGAAAAGACATAAATGGAAAATTCGTGAATTGGAAGTAGAGGGAACAACACACTACCGAATCAAGACCAAATAAAAATCC

Intron 5 GTTTTGATTT ... TATATTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	48.33	31	22	36
A2	53.25	18	19	22
A3	53.49	20	18	28
A4	51.72	14	12	18
A5	53.25	18	10	31
A6	43.03	47	53	18
A7	42.86	36	28	26
A8	45.6	34	30	27
A9	42.86	34	27	24
A10	55.06	20	21	28

>TRINITY_DN43381_c6_g5_i11 from sample A8 / Example spliced isoform

TTTAAAGCGGCGATGGTATCAAAAATGCAATTCATTCCTGCTTTGGTTCTTGGCTGAGCGGCTTTGTGTTTGTATCTGGGTTTTGCTTTCTCTTTTGTTTTCCAGCAATGTATCGGGTTTGAATCCAGAGGTGTGATGACCACCTCCTTAAATCCGTTTCATTTGTAATATATATCAGTGGCCTTTGGTATCTGGTGTCC
GGAGCTATGGCAAAGATAAGAGATCTCGTAAATTGAGGCCAACAGTGAAAGAACGGCAGGTCTTGCGACACAGATTAGCTTCGTGTTTTTACTGTTACCATTTAACTGCCAACATTTTTCTGCCTTTATCTAAACGTGCATCTTCGAAGGGCTTTTGCAGTGCAGTTGAAGATGACGAAAATGTTATATTCTGATTTAAT
ATGATTATGTCGTATTATCACCATCTTTCGGCTGAAACTGCTTTTCTGTTGTGATGTATGCGGAAAATGATGATGATTTGATTGTCGCCCCAGTCTTAGTAGCACATATTTTGTGCTATGTGCGGATTGACATTTTAAGATGCTGATTCCGTGTTAGTTATTTTCCACGTATTTTACGAGCGCTTTATTGGGCGGAATGT
TACATTCTGCTGAGGCCCATGACGAGAAACCAAGTCATGCACCACTCTGAGGGTTTCTGTGCTGAAAACGGCTACCCAAACTATTTATCTGAGGCCTTGTTACATATTGCAGCTTCTATGGTTCTGTTATGTACTCAGCCGTTATTTGGATATGCCTGTGGATTTTTATGGCCTTGATATTGATAGAAAAGCATGCCATA
ATTTGGAATGAAAGCCGGTTTGTTATAAAAGATGAATTGAAAGTGAATGTAATATAGCATGTAATTAATTAAACAGAAGTATACAGTTAATGAAAATGGTCTCTGTAGCCCTACCAATAGCCTCAAAAGTAAATTAAAACCAGAACGGATTGGTCGAGGCCAATTATCTTCAAAGGGTAGGAGACTCAAAACCACTGATA
CCTTGGGCAAAATATCAATAACCTGGGGTATTATCTGAACATCAATAACCTTGAAAGCATTACACTTCCACTAATGTATATTGTGAGCTTGATTCGTTCTGATAAATTATCTAAAGAGGCTTTGGTCTTCCAGAGGGTACCTTGAACAAGAATTCAGGGAAGGCCCTCTCCATCCAGCTACTGTTAGTTACTAAGCAGGA
CCTGGGGTGGTCTGTTATTCAGTAGTTTTGGGTATCTATAGGAAGAAACCAACATAAGATTGTATTTGTGCAGAGTAGCTAGCACAAAAAGCTTTAATAGGTACTGTGTCTTGTGTCCAGTTGGACCAAACATTGTATATTTTGACTTCTTTTTCAAAATTTTTATTCTTACCTTACCCATTGACTACCTAAAGGTTTTT
ACAAGATATAAAATTAGATGTCTTCGAAGTCAGGATTACCGTACCCATTGGAATGAATTGTTGATTAGTGTTGATTACCTTAATTATTGGTTAACGAGGAGTTTTCATAAGATTCTGAAGTGATGTCTTCACATATTTGCTTCCAAGCGTTTGCTTATACGGCCACAATGTACACGGCCACAATGTTGTATTCCTCTCTT
GACTTGGCAATGTTGTATTCCTCTCTTGATTTGAGTGATTGGAGTTGTCTCCTCTTCCCCATTATTGGGGTATTAATCAAGGGAACAGAGTTGGAGACGACTTTGCCTTCGTGGGAGGTTTTTTACATGACCATGGTTAAAGTGAAGTCTGCTTATTGTGGTGCTAAAGGGAGAACAGAGTTGGAGACGACTTTGCCTTT
GTGGGAAGCTGTTACATGACCATGGTTAAAGTGAAGTCTGCATTCGAAGGCAACATGTTTGTATTGAAGCTGTTGAGGCTATGGTTAAAGCCAAGCCTCCATTGGAAGGTAACATGCTTGTATTCAAGCTATATCAAGTATTGCTGCATTGGCCATATGCCAACACAATGTGATGAGTAAAACCTTGTCTTATGTCGAAA
TAAATTCACATCCATAAGTATTTAGTTAAACTATAACTGCTGGTCGCTGTTCTTTATAGTATTGAAACGTTAAAGAATTGTTATGCAAAATCCAAGTATATCTCTAATTCCAAGTATTTTCCAAAGGAGGATTTAGCAAATTGACCAAGAGTTGCTCGGTGGGTTGAGCTTTGTATTGGTGTTAAAGTTTGGTTGTTATG
GTATCTTATATAGAAGCGGGATTATTGTTAGAGCTTTTATATTGGTGTTATGTTTTGTTGCTACAGTTTCATAAATCACTATGGTTTTGGGCATATTCAAACCTTATTTATAAACCAAGGTTGCTAATCATGGAGCTTATGTTGTTAATCCTACAAATCAAACTCCGTGCGATTCAAATCCTTAATATCTTTCTCCACAT
AAGAAGCTGAACGGGGGTTTTTAGCATCTTGGGAGAATCGGGGAAGATGTGAGTTGCCCTAAGCTTTCTTGGGGCGGGAGAGATTTTTTGGAGGAGGGAGCCATTATTTCCTTGACTACTCAACTTACAATTATTTTTATGGAGGACGTGAGGAGGAACTTACCCCTTGGTTCTTAGCGTCTTCATGCAAGCGAAGCACT
CAACTGTAAAGTGGGCTCCTTGTGAATGTTGCTCTTATCCAATAGACAACTGATATTTAACTCTTTAACAGAGAAGTCACAATGGTAATCTCCTGAATTCTC

>TRINITY_DN43381_c6_g5_i9 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TTTAAAGCGGCGATGGTATCAAAAATGCAATTCATTCCTGCTTTGGTTCTTGGCTGAGCGGCTTTGTGTTTGTATCTGGGTTTTGCTTTCTCTTTTGTTTTCCAGCAATGTATCGGGTTTGAATCCAGAGGTGTGATGACCACCTCCTTAAATCCGTTTCATTTGTAATATATATCAGTGGCCTTTGGTATCTGGTGTCC
GGAGCTATGGCAAAGATAAGAGATCTCGTAAATTGAGGCCAACAGTGAAAGAACGGCAGGTCTTGCGACACAGATTAGCTTCGTGTTTTTACTGTTACCATTTAACTGCCAACATTTTTCTGCCTTTATCTAAACGTGCATCTTCGAAGGGCTTTTGCAGgttttgattttgcttcttttgccattctgtttctgtcttt
tggtttcatgatttcgtatctttttttcggcatttttacggagttagggttttgattcgtttatattatagTGCAGTTGAAGATGACGAAAATGTTATATTCTGATTTAATATGATTATGTCGTATTATCACCATCTTTCGGCTGAAACTGCTTTTCTGTTGTGATGTATGCGGAAAATGATGATGATTTGATTGTCGCC
CCAGTCTTAGTAGCACATATTTTGTGCTATGTGCGGATTGACATTTTAAGATGCTGATTCCGTGTTAGTTATTTTCCACGTATTTTACGAGCGCTTTATTGGGCGGAATGTTACATTCTGCTGAGGCCCATGACGAGAAACCAAGTCATGCACCACTCTGAGGGTTTCTGTGCTGAAAACGGCTACCCAAACTATTTATC
TGAGGCCTTGTTACATATTGCAGCTTCTATGGTTCTGTTATGTACTCAGCCGTTATTTGGATATGCCTGTGGATTTTTATGGCCTTGATATTGATAGAAAAGCATGCCATAATTTGGAATGAAAGCCGGTTTGTTATAAAAGATGAATTGAAAGTGAATGTAATATAGCATGTAATTAATTAAACAGAAGTATACAGTTA
ATGAAAATGGTCTCTGTAGCCCTACCAATAGCCTCAAAAGTAAATTAAAACCAGAACGGATTGGTCGAGGCCAATTATCTTCAAAGGGTAGGAGACTCAAAACCACTGATACCTTGGGCAAAATATCAATAACCTGGGGTATTATCTGAACATCAATAACCTTGAAAGCATTACACTTCCACTAATGTATATTGTGAGCT
TGATTCGTTCTGATAAATTATCTAAAGAGGCTTTGGTCTTCCAGAGGGTACCTTGAACAAGAATTCAGGGAAGGCCCTCTCCATCCAGCTACTGTTAGTTACTAAGCAGGACCTGGGGTGGTCTGTTATTCAGTAGTTTTGGGTATCTATAGGAAGAAACCAACATAAGATTGTATTTGTGCAGAGTAGCTAGCACAAAA
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