sp|P51823|ARF2_ORYSJ ----> ADP-ribosylation factor 2

Intron 1 GTATCCGGTC ... GATTGATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50.56	311	4	318
A2	51.04	283	8	295
A3	49.57	233	14	229
A4	48.25	266	10	248
A5	49.34	116	4	113
A6	47.67	562	1	512
A7	49.13	786	3	759
A8	48.64	530	0	502
A9	48.97	821	4	788
A10	49.53	759	0	745

>TRINITY_DN110211_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

GTTTGTTCACATGCAGCGCTATAACCGTAGGTGAATCATGTAACCACGGTCAACCGTTCGATGTACAAGCGCACCAAGCTATTTCTTCCCTTAATCCCCTATATCCTCCCCTCCTCTTTCTGTTCCCGGCTGCAGCGCAACGTGTTCGAGAGGCACCGGAGATCTCTTTGCGGGGAGCCATTCTTCTCCCCTCCAATCTC
AGATCTGACCCTTTAAATCGGGATCTCTAACAGGCAAGCTTATTTCTCATTATTTTTCCTTACGATTTGGTGTTTTATGGTGCCTGCAGCATAACGTGATTTACAGCAATTCAATTCTGGTGGTCAAAATGGGGCTCACTTTTACCAAGCTTTTTAGCCGTCTCTTCGCAAAGAAGGAAATGCGCATTTTGATGGTGGGT
CTTGATGCTGCTGGTAAGACTACCATCTTGTATAAGCTGAAGCTCGGAGAAATTGTTACCACCATCCCTACCATCGGATTCAATGTGGAAACCGTGGAATACAAGAACATCAGCTTCACTGTGTGGGATGTTGGGGGTCAGGACAAGATCCGTCCACTGTGGAGACACTACTTCCAAAATACTCAGGGTCTCATCTTTGT
GGTTGATAGCAACGACAGAGACCGTGTTGTAGAAGCAAGGGATGAACTACACAGGATGCTGAATGAGGATGAACTACGTGATGCTGTATTACTTGTGTTTGCAAATAAGCAGGATCTTCCAAATGCTATGAATGCTGCAGAGATCACTGACAAACTTGGGCTGCATTCCCTTAGGCAGCGTCATTGGTATATCCAAAGCA
CTTGTGCAACTTCTGGCGAGGGATTGTACGAGGGATTAGATTGGCTCTCCAACAACATTGCAAACAAGGCTTGAAGAAATATGGTGAACTGGGTTCCTGGAATTTTGTAGGATGATGTTGTCTTATTTCATTTTTGTCAGAGACAGTTTGAAGAAATAGCGTTCTAATTGTGCAGTCGAACTGACTTTTGACTACATTTA
TTCAATTTCTTCCATGGATTTGATTGTGCCAATCTGCTAGGAATGAACTAATTTATATAGCTCATTGAGCTTAAATGACAAAGCACAAATAGCTATTATTAAGGTAGGTGATGATTATGGTGTATTGCCTTTGTGTGGCGAGCATAGACATTATTAAGCATGTTTAAGCTGGTTTGAAACCTATATTCCTATTACAGGCT
TTAGTGTCTCAGATTACACTCAAATTCATTCTACTAGATAATAAATATACAGATTGGTTTGTAATTTTTTAAATTTGTAATTTTAGAATACATTAATGAAAAT

>TRINITY_DN110211_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GTTTGTTCACATGCAGCGCTATAACCGTAGGTGAATCATGTAACCACGGTCAACCGTTCGATGTACAAGCGCACCAAGCTATTTCTTCCCTTAATCCCCTATATCCTCCCCTCCTCTTTCTGTTCCCGGCTGCAGCGCAACGTGTTCGAGAGGCACCGGAGATCTCTTTGCGGGGAGCCATTCTTCTCCCCTCCAATCTC
AGATCTGACCCTTTAAATCGGGATCTCTAACAGGCAAGCTTATTTCTCATTATTTTTCCTTACGATTTGGTGTTTTATGGTGCCTGCAGCATAACGTGATTTACAGCAATTCAATTCTGgtatccggtcggtgttttttcgttctcttagttttttttctttcatggaaatcccctcatataaatcgtggaatttccccg
tgtgttccaagtgggttattgcttaattttattttgtgtatgaaaaaacatcagggccagttgtaatatctgcgctcaatgtgagatccgtgtttgtgattacttgtctttatcctattggatcagattagaaatgtttgaatactatgggtttctgatctaggatttttgttatgagattccctgataatggtgctgat
ctgcatctgggattgatcagGTGGTCAAAATGGGGCTCACTTTTACCAAGCTTTTTAGCCGTCTCTTCGCAAAGAAGGAAATGCGCATTTTGATGGTGGGTCTTGATGCTGCTGGTAAGACTACCATCTTGTATAAGCTGAAGCTCGGAGAAATTGTTACCACCATCCCTACCATCGGTAAGTCGATCTCTTTCCTAAAT
ACAGCACTATTCCAATGGCAGGATTTATTTCTCCAAGTTATCTTTGATATTGTCCTAGCTCAGCCCCAACCATTTGTATATAAATCGGATCTCAGGAGTGACAAGGTAAATAGTGAAATGGGTTGATGGCTTCAGTTGAAAATTCAAACCTCACATTGACAATAATATATTAGATTTGTGTTAAAAAATCTAAGAAGTTT
AAAGTTTATACGATTCGGTCAATATACGACCAAAATGGGTCAATATTCGACCAAAATGGGTCAGATCTTATCATGATAGACAATTCCAAAAAATCTATATATTATCATTGTTATTAAATTTTTTTGTTGGGGTTGCTTGGTAAAAGTGGTTCATTGCATCCCAAATAATATTTCGATATGTATGGATCGCATTTTACAAC
AAAAATGTGGTAAATTAGAAGGCCATCACCTTCAGGTCATAAAGGGGCAAGTATAACTGTCCTCTCGAAAATCAAAATTCCCCAAATCTAAGTAGGGTATCATTAAACAAAGTTCCATGCTATCTAGCGTAATCAGCCAAAACTCATAAGCATAATTTGTTAGAAGTGAAAAAGGTGAAATTTCAGAAATTATTAGCTTT
GCAACACAAAAACCAGTGTAGGTGATCTTGAAAGCTGCACAGTAATACGGAATTCTGTCAAAAATGAAAAGTGAAATTGGAATCTTACAATTGTTTGTCCCGATTGGCTGACGTTTACTTAAGTACATTCAGTCATATCCATAAAAATGAATATAATTATTTATCGTGTTGATGGGAAGATGCTACATCTGTATTAAAAT
TTTGTTGTATATATGAATATGGTTAATTGATTGTCCATGCTTGCGGGCATGCAGCCTATGTGCAGATTTGCCATCTTAATTGGCAGTAATGATAATGGGATAACGTGGCCATGTTTCCTAATTCTCTACCCTCGTTACTGTGAACTGTCTTTGGAAGTTCCAAAATCCAGGGGATGTGTAGGAGGCACTTTGGAAACAGA
AAAGGAAAAGGATTTAGACAAAGAAATTGAGAGAACATATAATAATCCATTC

Intron 2 GCAAAGCACA ... TCTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.22	895	243	183
A2	18.22	707	177	138
A3	17.76	875	187	191
A4	19.44	580	159	121
A5	17.21	315	65	66
A6	18.48	5261	1039	1346
A7	18.35	6372	1320	1545
A8	19.2	7411	1551	1972
A9	18.76	6456	1289	1693
A10	18.03	5011	953	1251

>TRINITY_DN43000_c1_g2_i1 from sample A10 / Example spliced isoform

GGGTCTTGATGCTGCTGGTAAGACTACCATCTTGTATAAGCTGAAGCTCGGAGAAATTGTTACCACCATCCCTACCATTGGATTCAATGTGGAAACCGTGGAATACAAGAACATCAGCTTCACTGTGTGGGATGTTGGGGGTCAGGACAAGATCCGTCCACTGTGGAGACACTACTTCCAAAATACTCAGGGTCTCATCT
TTGTGGTTGATAGCAACGACAGAGACCGTGTTGTAGAAGCAAGGGATGAACTACACAGGATGCTGAATGAGGATGAACTACGTGATGCTGTATTACTTGTGTTTGCAAATAAGCAGGATCTTCCAAATGCTATGAATGCTGCAGAGATCACTGACAAACTTGGGCTGCATTCCCTTAGGCAGCGTCATTGGTATATCCAA
AGCACTTGTGCAACTTCTGGCGAGGGATTGTACGAGGGATTAGATTGGCTCTCCAACAACATTGCAAACAAGGCTTGAAGAAATATGGTGAACTGGGTTCCTGGAATTTTGTAGGATGATGTTGTCTTATTTCATTTTTGTCAGAGACAGTTTGAAGAAATAGCGTTCTAATTGTGCAGTCGAACTGACTTTTGACTACA
TTTATTCAATTTCTTCCATGGATTTGATTGTGCCAATCTGCTAGGAATGAACTAATTTATATAGCTCATTGAGCTTAAATGACAAAGCACAAATAGCTATTATTAAGGTAGGTGATGATTATGGTGTATTGCCTTTGTGTGGCGAGCATAGACATTATTAAGCATGTTTAAGCTGGTTTGAAACTTATATTCCTATTACA
GGCTTTAGTGTCTCAGATTACACTCAAATTCATTCTATTAGATAATAAATATACAGATTGGTTTGTAATTTTGGAATACATTAATGAAATTCGTGAAGCTGTCTTTGGAATGTTTTCAAGAATCTTCGTAGGCTAGCCATGAACATCTTGTATGTTGAATAACTTGTATGTATTCAACAAAATTCTTGAAGTTGGTTACC
CTGCGCTTTTTTAATGAATCCTATAAATTGTTGTTTTTCCATTTTTGAGCTTTGGGCAGTTGTATTGTACACTCTTCCCTTTAAAAAAATCCAAGGCTG

>TRINITY_DN43000_c1_g2_i3 from sample A10 / Example unspliced isoform:

GGGTCTTGATGCTGCTGGTAAGACTACCATCTTGTATAAGCTGAAGCTCGGAGAAATTGTTACCACCATCCCTACCATTGGATTCAATGTGGAAACCGTGGAATACAAGAACATCAGCTTCACTGTGTGGGATGTTGGGGGTCAGGACAAGATCCGTCCACTGTGGAGACACTACTTCCAAAATACTCAGGGTCTCATCT
TTGTGGTTGATAGCAACGACAGAGACCGTGTTGTAGAAGCAAGGGATGAACTACACAGGATGCTGAATGAGGATGAACTACGTGATGCTGTATTACTTGTGTTTGCAAATAAGCAGGATCTTCCAAATGCTATGAATGCTGCAGAGATCACTGACAAACTTGGGCTGCATTCCCTTAGGCAGCGTCATTGGTATATCCAA
AGCACTTGTGCAACTTCTGGCGAGGGATTGTACGAGGGATTAGATTGGCTCTCCAACAACATTGCAAACAAGgcaaagcacacatgttatcatatatttgttaggctttattaaaaacaacagtggtcacgacttctaattcgcccccctctctcttttgcagGCTTGAAGAAATATGGTGAACTGGGTTCCTGGAATTT
TGTAGGATGATGTTGTCTTATTTCATTTTTGTCAGAGACAGTTTGAAGAAATAGCGTTCTAATTGTGCAGTCGAACTGACTTTTGACTACATTTATTCAATTTCTTCCATGGATTTGATTGTGCCAATCTGCTAGGAATGAACTAATTTATATAGCTCATTGAGCTTAAATGACAAAGCACAAATAGCTATTATTAAGGT
AGGTGATGATTATGGTGTATTGCCTTTGTGTGGCGAGCATAGACATTATTAAGCATGTTTAAGCTGGTTTGAAACTTATATTCCTATTACAGGCTTTAGTGTCTCAGATTACACTCAAATTCATTCTATTAGATAATAAATATACAGATTGGTTTGTAATTTT

Intron 3 GCAAGCTTAT ... GATTGATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	3.93	1338.6	56.4	283.3
A2	3.97	1272.2	54.3	262.7
A3	4.56	1206.2	59.7	203.9
A4	4.28	1095.2	50.3	220.4
A5	5.24	564.7	32.7	100.8
A6	4.01	2760.6	119.4	455.1
A7	3.95	4547.6	193.7	674.7
A8	4.61	2495	125.6	446.2
A9	4.43	4302	207.1	700.7
A10	4.24	4295	197.8	662.2

>TRINITY_DN110211_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

GTTTGTTCACATGCAGCGCTATAACCGTAGGTGAATCATGTAACCACGGTCAACCGTTCGATGTACAAGCGCACCAAGCTATTTCTTCCCTTAATCCCCTATATCCTCCCCTCCTCTTTCTGTTCCCGGCTGCAGCGCAACGTGTTCGAGAGGCACCGGAGATCTCTTTGCGGGGAGCCATTCTTCTCCCCTCCAATCTC
AGATCTGACCCTTTAAATCGGGATCTCTAACAGGTGGTCAAAATGGGGCTCACTTTTACCAAGCTTTTTAGCCGTCTCTTCGCAAAGAAGGAAATGCGCATTTTGATGGTGGGTCTTGATGCTGCTGGTAAGACTACCATCTTGTATAAGCTGAAGCTCGGAGAAATTGTTACCACCATCCCTACCATCGGATTCAATGT
GGAAACCGTGGAATACAAGAACATCAGCTTCACTGTGTGGGATGTTGGGGGTCAGGACAAGATCCGTCCACTGTGGAGACACTACTTCCAAAATACTCAGGGTCTCATCTTTGTGGTTGATAGCAACGACAGAGACCGTGTTGTAGAAGCAAGGGATGAACTACACAGGATGCTGAATGAGGATGAACTACGTGATGCTG
TATTACTTGTGTTTGCAAATAAGCAGGATCTTCCAAATGCTATGAATGCTGCAGAGATCACTGACAAACTTGGGCTGCATTCCCTTAGGCAGCGTCATTGGTATATCCAAAGCACTTGTGCAACTTCTGGCGAGGGATTGTACGAGGGATTAGATTGGCTCTCCAACAACATTGCAAACAAGGCTTGAAGAAATATGGTG
AACTGGGTTCCTGGAATTTTGTAGGATGATGTTGTCTTATTTCATTTTTGTCAGAGACAGTTTGAAGAAATAGCGTTCTAATTGTGCAGTCGAACTGACTTTTGACTACATTTATTCAATTTCTTCCATGGATTTGATTGTGCCAATCTGCTAGGAATGAACTAATTTATATAGCTCATTGAGCTTAAATGACAAAGCAC
AAATAGCTATTATTAAGGTAGGTGATGATTATGGTGTATTGCCTTTGTGTGGCGAGCATAGACATTATTAAGCATGTTTAAGCTGGTTTGAAACCTATATTCCTATTACAGGCTTTAGTGTCTCAGATTACACTCAAATTCATTCTACTAGATAATAAATATACAGATTGGTTTGTAATTTTTTAAATTTGTAATTTTAG
AATACATTAATGAAAAT

>TRINITY_DN110211_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GTTTGTTCACATGCAGCGCTATAACCGTAGGTGAATCATGTAACCACGGTCAACCGTTCGATGTACAAGCGCACCAAGCTATTTCTTCCCTTAATCCCCTATATCCTCCCCTCCTCTTTCTGTTCCCGGCTGCAGCGCAACGTGTTCGAGAGGCACCGGAGATCTCTTTGCGGGGAGCCATTCTTCTCCCCTCCAATCTC
AGATCTGACCCTTTAAATCGGGATCTCTAACAGgcaagcttatttctcattatttttccttacgatttggtgttttatggtgcctgcagcataacgtgatttacagcaattcaattctggtatccggtcggtgttttttcgttctcttagttttttttctttcatggaaatcccctcatataaatcgtggaatttccccg
tgtgttccaagtgggttattgcttaattttattttgtgtatgaaaaaacatcagggccagttgtaatatctgcgctcaatgtgagatccgtgtttgtgattacttgtctttatcctattggatcagattagaaatgtttgaatactatgggtttctgatctaggatttttgttatgagattccctgataatggtgctgat
ctgcatctgggattgatcagGTGGTCAAAATGGGGCTCACTTTTACCAAGCTTTTTAGCCGTCTCTTCGCAAAGAAGGAAATGCGCATTTTGATGGTGGGTCTTGATGCTGCTGGTAAGACTACCATCTTGTATAAGCTGAAGCTCGGAGAAATTGTTACCACCATCCCTACCATCGGTAAGTCGATCTCTTTCCTAAAT
ACAGCACTATTCCAATGGCAGGATTTATTTCTCCAAGTTATCTTTGATATTGTCCTAGCTCAGCCCCAACCATTTGTATATAAATCGGATCTCAGGAGTGACAAGGTAAATAGTGAAATGGGTTGATGGCTTCAGTTGAAAATTCAAACCTCACATTGACAATAATATATTAGATTTGTGTTAAAAAATCTAAGAAGTTT
AAAGTTTATACGATTCGGTCAATATACGACCAAAATGGGTCAATATTCGACCAAAATGGGTCAGATCTTATCATGATAGACAATTCCAAAAAATCTATATATTATCATTGTTATTAAATTTTTTTGTTGGGGTTGCTTGGTAAAAGTGGTTCATTGCATCCCAAATAATATTTCGATATGTATGGATCGCATTTTACAAC
AAAAATGTGGTAAATTAGAAGGCCATCACCTTCAGGTCATAAAGGGGCAAGTATAACTGTCCTCTCGAAAATCAAAATTCCCCAAATCTAAGTAGGGTATCATTAAACAAAGTTCCATGCTATCTAGCGTAATCAGCCAAAACTCATAAGCATAATTTGTTAGAAGTGAAAAAGGTGAAATTTCAGAAATTATTAGCTTT
GCAACACAAAAACCAGTGTAGGTGATCTTGAAAGCTGCACAGTAATACGGAATTCTGTCAAAAATGAAAAGTGAAATTGGAATCTTACAATTGTTTGTCCCGATTGGCTGACGTTTACTTAAGTACATTCAGTCATATCCATAAAAATGAATATAATTATTTATCGTGTTGATGGGAAGATGCTACATCTGTATTAAAAT
TTTGTTGTATATATGAATATGGTTAATTGATTGTCCATGCTTGCGGGCATGCAGCCTATGTGCAGATTTGCCATCTTAATTGGCAGTAATGATAATGGGATAACGTGGCCATGTTTCCTAATTCTCTACCCTCGTTACTGTGAACTGTCTTTGGAAGTTCCAAAATCCAGGGGATGTGTAGGAGGCACTTTGGAAACAGA
AAAGGAAAAGGATTTAGACAAAGAAATTGAGAGAACATATAATAATCCATTC

Intron 4 GTCGGTGTTT ... GATTGATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50.24	315	4	318
A2	50.26	292	8	295
A3	49.57	233	6	229
A4	47.88	270	10	248
A5	49.34	116	4	113
A6	46.76	583	1	512
A7	48.34	811	3	759
A8	48.22	539	0	502
A9	48.23	846	3	788
A10	48.69	785	0	745

>TRINITY_DN103349_c2_g3_i7 from sample A4 / Example spliced isoform

TTTAAATCGGGATCTCTAACAGGCAAGCTTATTTCTCATTATTTTTCCTTACGATTTGGTGTTTTATGGTGCCTGCAGCATAACGTGATTTACAGCAATTCAATTCTGGTATCCGGTGGTCAAAATGGGGCTCACTTTTACCAAGCTTTTTAGCCGTCTCTTCGCAAAGAAGGAAATGCGCATTTTGATGGTGGGTCTTG
ATGCTGCTGGTAAGACTACCATCTTGTATAAGCTGAAGCTCGGAGAAATTGTTACCACCATCCCTACCATTGGATTCAATGTGGAAACCGTGGAATACAAGAACATCAGCTTCACTGTGTGGGATGTTGGGGGTCAGGACAAGATCCGTCCACTGTGGAGACACTACTTCCAAAATACTCAGGGTCTCATCTTTGTGGTT
GATAGCAACGACAGAGACCGTGTTGTAGAAGCAAGGGATGAACTACACAGGATGCTGAATGAGGATGAACTACGTGATGCTGTATTACTTGTGTTTGCAAATAAGCAGGATCTTCCAAATGCTATGAATGCTGCAGAGATCACTGACAAACTTGGGCTGCATTCCCTTAGGCAGCGTCATTGGTATATCCAAAGCACTTG
TGCAACTTCTGGCGAGGGATTGTACGAGGGATTAGATTGGCTCTCCAACAACATTGCAAACAAGGCTTGAAGAAATATGGTGAACTGGGTTCCTGGAATTTTGTAGGATGATGTTGTCTTATTTCATTTTTGTCAGAGACAGTTTGAAGAAATAGCGTTCTAATTGTGCAGTCGAACTGACTTTTGACTACATTTATTCA
ATTTCTTCCATGGATTTGATTGTGCCAATCTGCTAGGAATGAACTAATTTATATAGCTCATTGAGCTTAAATGACAAAGCACAAATAGCTATTATTAAGGTAGGTGATGATTATGGTGTATTGCCTTTGTGTGGCGAGCATAGACATTATTAAGCATGTTTAAGCTGGTTTGAAACCTATATTCCTATTACAGGCTTTAG
TGTCTCAGATTACACTCAAATTCATTCTATTAGATAATAAATATACAGATTGGTTTGTAATTTTTTAAATTTGTAATTTTGGAATACATTAATGAAATTCGTGAAGCTGTCTTTGGAATGTTTTCAAGAATCTTCGTAGGCTAGCCATGAACATCTTGTATGTTGAATAACTTGTATGTATTCAACAAAATTCTTGAAGT
TGGTTACCCTGCGCTTTTTTAATGAATCCTATAAATTGTTGTTTTTCCATTTTTGAGCTTTGGGCAGTTGTATTGTACACTCTTCCCTTTAAAAAAATCCAAGGCTGCCATCTTAAGATCTACTCTGTTGTGGTTTCCTTGGTTTTAGTTTTAATGAACAATATATATTGCAAGTAGGATGAACTGATGGTTTTGATCGA
AGGAAATTCTGTCTCTTTGGATTTCCAAACCTTTGTTTGGATTCTGTCAAGTAAAAAATAACATGGAAGTATTTTTTCATACATAGTATTTTTGGGTTAAAAGGAGGATATTGAAGTACACAGTTTTGCTTTGCATTTTCCGACTGACATACAATATAATGAGGATCATTATTCAAAATGTGAC

>TRINITY_DN103349_c2_g3_i6 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TTTAAATCGGGATCTCTAACAGGCAAGCTTATTTCTCATTATTTTTCCTTACGATTTGGTGTTTTATGGTGCCTGCAGCATAACGTGATTTACAGCAATTCAATTCTGGTATCCGgtcggtgttttttcgttctcttagttttttttctttcatggaaatcccctcatataaatcgtggaatttccccgtgtgttccaag
tgggttattgcttaattttattttgtgtatgaaaaaacatcagggccagttgtaatatctgcgctcaatgtgagatccgtgtttgtgattacttgtctttatcctattggatcagattagaaatgtttgaatactatgggtttctgatctaggatttttgttatgagattccctgataatggtgctgatctgcatctggg
attgatcagGTGGTCAAAATGGGGCTCACTTTTACCAAGCTTTTTAGCCGTCTCTTCGCAAAGAAGGAAATGCGCATTTTGATGGTGGGTCTTGATGCTGCTGGTAAGACTACCATCTTGTATAAGCTGAAGCTCGGAGAAATTGTTACCACCATCCCTACCATCGGTAAGTCGATCTCTTTCCTAAATACAGCACTATT
CCAATGGCAGGATTTATTTCTCCAAGTTATCTTTGATATTGTCCTAGCTCAGCCCCAACCATTTGTATATAAATCGGATCTCAGGAGTGACAAGGTAAATAGTGAAATGGGTTGATGGCTTCAGTTGAAAATTCAAACCTCACATTGACAATAATATATTAGATTTGTGTTAAAAAATCTAAGAAGTTTAAAGTTTATAC
GATTCGGTCAATATACGACCAAAATGGGTCAATATTCGACCAAAATGGGTCAGATCTTATCATGATAGACAATTCCAAAAAATCTATATATTATCATTGTTATTAAATTTTTTTGTTGGGGTTGCTTGGTAAAAGTGGTTCATTGCATCCCAAATAATATTTCGATATGTATGGATCGCATTTTACAACAAAAATGTGGT
AAATTAGAAGGCCATCACCTTCAGGTCATAAAGGGGCAAGTATAACTGTCCTCTCGAAAATCAAAATTCCGCAAATCTAAGTAGGGTATCATTAAACAAAGTTCCATGCTATCTAGCGTAATCAGCCAAAACTCATAAGCATAATTTGTTAGAAGTGAAAAAGGTGAAATTTCAGAAATTATTAGCTTTGCAACACAAAA
ACCAGTGTAGGTGATCTTGAAAGCTGCACAGTAATACGGAATTCTGTCAAAAATGAAAAGTGAAATTGGAATCTTACAATTGTTTGTCCCGATTGGCTGACGTTTACTTAAGTACATTCAGTCATATCCATAAAAATGAATATAATTATTTATCGTGTTGATGGGAAGATGCTACATCTGTATTAAAATTTTGTTGTATA
TATGAATATGGTTAATTGATTGTCCATGCTTGCGTGCATGCAGCCTATGTGCAGATTTGCCATCTTAATTGGCAGTAATGATAATGGGATAACGTGGCCATGTTTCCTAATTCTCTACCCTCGTTACTGTGAACTGTCTTTGGAAGTTCCAAAATCCAGGGGATGTGTAGGAGGCACTTTGGAAACAGAAAAGGAAAAGG
ATTTAGACAAAGAAATTGAGAGAACATATAATAATCCATTCTGTGCATAATTCTTATCACATTTCAACTGATTAGGATGTTGTCTAGGTGTGTTCTTAAAATTGG

Intron 5 GTAGGGATTG ... TAAAGACGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.18	1029	2	260
A2	21.7	1042.5	0	289
A3	25.95	1107.5	0	388
A4	25.66	817	2	282
A5	25.96	462	0	162
A6	25.68	3696	1	1277
A7	26.01	5373.5	2	1889
A8	28.95	4084.5	3	1664
A9	26.1	5010.5	0	1770
A10	27.29	4570.5	0	1715

>TRINITY_DN41041_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

GAATCATGTAACCACGGTCAACCGTTCGATGTACAAGCGCACCAAGCTATTTCTTCCCTTAATCCCCTATATCCTCCCCTCCTCTTTCTGTTCCCGGCTGCAGCGCAACGTGTTCGAGAGGCACCGGAGATCTCTTTGCGGGGAGCCATTCTTCTCCCCTCCAATCTCAGATCTGACCCTTTAAATCGGGATCTCTAACA
GGTGGTCAAAATGGGGCTCACTTTTACCAAGCTTTTTAGCCGTCTCTTCGCAAAGAAGGAAATGCGCATTTTGATGGTGGGTCTTGATGCTGCTGGTAAGACTACCATCTTGTATAAGCTGAAGCTCGGAGAAATTGTTACCACCATCCCTACCATCGGATTCAATGTGGAAACCGTGGAATACAAGAACATCAGCTTCA
CTGTGTGGGATGTTGGGGGTCAGGACAAGATCCGTCCACTGTGGAGACACTACTTCCAAAATACTCAGGGTCTCATCTTTGTGGTTGATAGCAACGACAGAGACCGTGTTGTAGAAGCAAGGGATGAACTACACAGGATGCTGAATGAGGATGAACTACGTGATGCTGTATTACTTGTGTTTGCAAATAAGCAGGATCTT
CCAAATGCTATGAATGCTGCAGAGATCACTGACAAACTTGGGCTGCATTCCCTTAGGCAGCGTCATTGGTATATCCAAAGCACTTGTGCAACTTCTGGCGAGGGATTGTACGAGGGATTAGATTGGCTCTCCAACAACATTGCAAACAAGGCTTGAAGAAATATGGTGAACTGGGTTCCTGGAATTTTGTAGGATGATGT
TGTCTTATTTCATTTTTGTCAGAGACAGTTTGAAGAAATAGCGTTCTAATTGTGCAGTCGAACTGACTTTTGACTACATTTATTCAATTTCTTCCATGGATTTGATTGTGCCAATCTGCTAGGAATGAACTAATTTATATAGCTCATTGAGCTTAAATGACAAAGCACAAATAGCTATTGTTAAGGTAGGTGATGATTAT
GGTGTATTGCCTTTGTGTGGCGAGCATAGACATTATTAAGCATGTTTAAGCTGGTTTGAAACCTATATTCCTATTACAGGCTTTAGTGTCTCAGATTACACTCAAATTCATTCTATTAGATAATAAATATACAGATTGGTTTGTAATTTTGGAATACATTAATGAAATTCGTGAAGCTGTCTTTGGAATGTTTTCAAGAA
TCTTCGTAGGCTAGCCATGAACATCTTGTATGTTGAATAACTTGTATGTTGATATTCAACAAAATTCTTGAAGTTGGTTACCCTACGCTTTTTTAACGAATCCTATAAATTGTTGTTTTTCCATTTTTGAGCTTTGGGCAGTTGTATTGTACACTCTTCCCTTTAAAAAAATCCAAGGCTGCCATCTTAAG

>TRINITY_DN41041_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GGGATGTTGGGGGTCAGGACAAGgtagggattgcataaagaaggcaggatgtaggatgttgctcttgatgacaaataaacatactttcatcttttttaaagcaatgaatctgctgggtgggattgcataaagacgagATCCGTCCACTGTGGAGACACTACTTCCAAAATACTCAGGGTCTCATCTTTGTGGTTGATAGC
AACGACAGAGACCGTGTTGTAGAAGCAAGGGATGAACTACACAGGATGCTGAATGAGGATGAACTACGTGATGCTGTATTACTTGTGTTTGCAAATAAGCAGGATCTTCCAAATGCTATGAATGCTGCAGAGATCACTGACAAACTTGGGCTGCATTCCCTTAGGCAGCGTCATTGGTATATCCAAAGCACTTGTGCAAC
TTCTGGCGAGGGATTGTACGAGGGATTAGATTGGCTCTCCAACAACATTGCAAACAAGGCTTGAAGAAATATGGTGAACTGGGTTCCTGGAATTTTGTAGGATGATGTTGTCTTATTTCATTTTTGTCAGAGACAGTTTGAAGAAATAGCGTTCTAATTGTGCAGTCGAACTGACTTTTGACTACATTTATTCAATTTCT
TCCATGGATTTGATTGTGCCAATCTGCTAGGAATGAACTAATTTATATAGCTCATTGAGCTTAAATGACAAAGCACAAATAGCTATTGTTAAGGTAGGTGATGATTATGGTGTATTGCCTTTGTGTGGCGAGCATAGACATTATTAAGCATGTTTAAGCTGGTTTGAAACCTATATTCCTATTACAGGCTTTAGTGTCTC
AGATTACACTCAAATTCATTCTATTAGATAATAAATATACAGATTGGTTTGTAATTTTGGAATACATTAATGAAATTCGTGAAGCTGTCTTTGGAATGTTTTCAAGAATCTTCGTAGGCTAGCCATGAACATCTTGTATGTTGAATAACTTGTATGTTGATATTCAACAAAATTCTTGAAGTTGGTTACCCTACGCTTTT
TTAACGAATCCTATAAATTGTTGTTTTTCCATTTTTGAGCTTTGGGCAGTTGTATTGTACACTCTTCCCTTTAAAAAAATCCAAGGCTGCCATCTTAAG