sp|A9TF79|SRK2A_PHYPA ----> Serine/threonine-protein kinase SRK2A

Intron 1 GTGAATTTAT ... TTTCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	3.8	480.7	57.8	19.3
A2	4.84	329.7	33.8	16.9
A3	1.25	511.5	50.7	7
A4	3.8	403.3	38.2	16.1
A5	0.85	228.5	22.2	2.1
A6	1.42	1425.2	138.9	21.6
A7	1.44	2161.6	219.3	32.7
A8	1.54	1423.3	143	23.3
A9	1.38	1920.2	175	28.3
A10	0.98	1809.1	164.8	18.9

>TRINITY_DN119043_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGGAAAAGGTCCGTTTTGGTGCCCAGCCTTTGTCTTTTTTGTGATGCAATGTTATTAGCATTGTAAAACAATAAATTATGAAACGAGGGATCCTTAACGTATTTGTATAATGATTTTAGTTTGGTTGCTGCAAGGGGTAAGGGGTGAGCTTATCTAGCGACGATCCGGGTGTGTCCATCTGTCTCGTTAGTTATTCACT
TCACTCATCTACTTGCCACGTATAGACAAGGCCTTCCTTGCCTTCTCCATATCTCTGGGAATGGGACACGCCGCCTGGCCTGGAGATTTGGGATTGAAGAAGGAAGGGGAGTTTCAAAAGCAGCATCGAATTGGAAACCCCGAATTGGGACTCGCAGGCAGAGGTGGACCCATATGAGAGAATGCTGGTTTATAAGAAAT
TGGTATCTGATCTAGCCCAACGTTGAGGTTTCTATAAATTAGCATAGTTGAGATCAGTCAATCACAGAGAAATGGATAGAGGAGCTTCATCCATGGACTTGCCAATTATGCACGATAATGATCGGTATGAGCTTGTCAAGGATATTGGTTCAGGTAACTTTGGCGTGGCCAGGCTTATGCGAGACAAACAGACCAAGGAA
CTTGTTGCTGTCAAATACATCGAGAGAGGGGAGAAGATTGATGAGAATGTTCAGAGAGAAATCATCAACCATCGTTCTCTGAAGCATCCGAACATTGTTCGCTTCAAAGAGGTCATTTTAACGCCGACCCATTTAGCAATTGTGATGGAATATGCAGCAGGGGGTGAGCTCTTTGAACGGATATGTAACGCCGGCCGGTT
TAGTGAAGATGAGGCCCGTTTCTTCTTCCAACAGCTTATATCTGGGGTGAGCTATTGTCATTCTATGCAAATCTGTCACCGAGATCTGAAACTGGAAAATACTCTTCTGGATGGGAGCCCTGCCCCTCGCCTCAAGATCTGTGACTTTGGGTATTCCAAGTCTGCTTTGCTTCATTCTCAGCCGAAATCCACTGTGGGAA
CCCCTGCTTACATAGCCCCGGAGATTTTGTCCAAGAAAGAATACGATGGCAAGATTGCGGATGTCTGGTCGTGTGGTGTAACACTTTATGTTATGTTAGTGGGAGCATATCCCTTCGAGGACCCGGATGATCCCAGGAATTTTAAAAAAACTATTGGGCGAATTTTGGGTGTTCAGTACGCAATTCCAGATTATGTTCAC
GTATCTGAAGAATGCTGTCACCTTCTATCAAGGATTTTTGTTGCAGATCCTGACAAGCGAATTACTATTCCTGAAATTCGGAATCATGAGTGGTTTTTAAAGAACTTACCTGCAGATTTGATAGATGCAGCTGATACTGTTAGCAATCAGTGTGATGATCCTGACCAGCCTTCTCAAAGTCTTGACGAGATTATGAGAAT
TATTGTTGAAGCCAGAATCCCTGCACCGGGGTCGGGACTAGGCCAATACTTTGGAGATAGCTTCGAATTGGATGACATGGATCTGGAAAACGATGCAGACCTTGATGAAGATAGCAGTGGGGAGTTCGTATGTGCTTTGTAATTTGATCATCTTTTATGGGGTTTTAAAGGTTTTGCAGTTGCTTCCATTGCATCACGAT
AGAAGTGTTATACTGGCTTCATTTCTGAGACTTCACTTCTTCCAAGCCACCTGCCAAACTCAATTATGGAGGCATAGTAGAAATTGGCACACATCTGAAATGGGCTAGAGATGTGCTCAGCTTAGATTAGATATACAGTGCAAGCTGATCATTGCTATGAATTTCTAGGTCCTGGGCTTTGCAGCTGATTTTAATAATCC
AATCTGTTAATGGTTCTGAAATTCTTACAATCAGAGCTGCTCGCTGTAAACTTATACATGAAGGTTAGGAAGAATTTAGTCTTCTGTTTAATTGGATTAAACTTCTGTCTATGATGTTCTCATCATATGAAACGTAGGGAATTACTACTGAATTGTATTATTTATATTCTCAATTCATGTCAAAACTTGGTGTTTGTTAG
TTTGTGCATTTTTTATTTGCAGGGAGTGATCAAATGCATCCATGGGTCCTCATTCTGTAGACAAACTATCTCCGTATTAATTGCTGTACTGTTTAAATCTTCATGCAGTCCATCTAATTCATTTTTTCTCTAAAGGAAGATTATTGATCAATGTGTCTTGCATAAAGTTTTTGGAATTCATCTTCGTCAAAGACCGTGTG
ATGTTTATGGCAAACTGGAACTTTGGAATGTATCTCT

>TRINITY_DN119043_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGGAAAAGGTCCGTTTTGGTGCCCAGCCTTTGTCTTTTTTGTGATGCAATGTTATTAGCATTGTAAAACAATAAATTATGAAACGAGGGATCCTTAACGTATTTGTATAATGATTTTAGTTTGGTTGCTGCAAGGGGTAAGGGGTGAGCTTATCTAGCGACGATCCGGGTGTGTCCATCTGTCTCGTTAGTTATTCACT
TCACTCATCTACTTGCCACGTATAGACAAGGCCTTCCTTGCCTTCTCCATATCTCTGGGAATGGGACACGCCGCCTGGCCTGGAGATTTGGGATTGAAGAAGGAAGGGGAGTTTCAAAAGCAGCATCGAATTGGAAACCCCGAATTGGGACTCGCAGGCAGAGGTGGACCCATATGAGAGAATGCTGGTTTATAAGAAAT
TGGTATCTGATCTAGCCCAACGTTGAGGTTTCTATAAATTAGCATAGTTGAGATCAGTCAATCACAGAGAAATGGATAGAGGAGCTTCATCCATGGACTTGCCAATTATGCACGATAATGATCGGTATGAGCTTGTCAAGGATATTGGTTCAGGTAACTTTGGCGTGGCCAGGCTTATGCGAGACAAACAGACCAAGGAA
CTTGTTGCTGTCAAATACATCGAGAGAGGGGAGAAGATTGATGAGAATGTTCAGAGAGAAATCATCAACCATCGTTCTCTGAAGCATCCGAACATTGTTCGCTTCAAAGAGGTCATTTTAACGCCGACCCATTTAGCAATTGTGATGGAATATGCAGCAGGGGGTGAGCTCTTTGAACGGATATGTAACGCCGGCCGGTT
TAGTGAAGATGAGGCCCGTTTCTTCTTCCAACAGCTTATATCTGGGGTGAGCTATTGTCATTCTATGCAAATCTGTCACCGAGATCTGAAACTGGAAAATACTCTTCTGGATGGGAGCCCTGCCCCTCGCCTCAAGATCTGTGACTTTGGGTATTCCAAGgtgaatttatttgacagcttgtcataattgattggcactg
aaaaataggaagacaaaaaactgcaatctggccatagtcttggaaatcaaaattgttaaattttgttaccagaatgtagtcaaattcttttataattgatggcctttttcttgcagTCTGCTTTGCTTCATTCTCAGCCGAAATCCACTGTGGGAACCCCTGCTTACATAGCCCCGGAGATTTTGTCCAAGAAAGAATAC
GATGGCAAGGCAAGGGATCAGGCTGATTTTATGTCGGAGTTTGCTTTGGGATGACTATCTGGAAAATTATAAAAAAGAAAAGAGATCATCAAAATGCAGTTTTTAAATTTGGAATCTAATGTTGTTTGAATGAGGGGAGATTAAGAAAATGCTTGCCTATTGATCTTCTGACTGTTGCTTTCATGGTATTTTTGTGATTA
GATTGCGGATGTCTGGTCGTGTGGTGTAACACTTTATGTTATGTTAGTGGGAGCATATCCCTTCGAGGACCCGGATGATCCCAGGAATTTTAAAAAAACTATTGGGGTAAGATTGATGTTTGCACCTTGAATTTTTTTATATCCCTCTTATGGATCTGGGGTTTAAGATGGATCTTGTACTTCCAGGTGTTAAACATGGA
TCTTGTACTTCTGCTAAACAGATCTGATAAGTGATTGTAACTGTGAATTTATGTGTCTTGTATTCGAACTGCAGCGAATTTTG

Intron 2 GTTGGCTTTA ... TTGTTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.07	498.5	23.9	88
A2	16.6	363.8	12.8	72
A3	17.45	390.2	12	82
A4	16.8	293.8	9.5	59
A5	14.44	173	5	29
A6	15.27	1360	39.8	244
A7	14.07	1962.1	48.5	320
A8	18.44	1691.1	44.5	381
A9	12.96	1790.3	48.7	265
A10	15.1	1583.7	45.6	280

>TRINITY_DN119043_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGGAAAAGGTCCGTTTTGGTGCCCAGCCTTTGTCTTTTTTGTGATGCAATGTTATTAGCATTGTAAAACAATAAATTATGAAACGAGGGATCCTTAACGTATTTGTATAATGATTTTAGTTTGGTTGCTGCAAGGGGTAAGGGGTGAGCTTATCTAGCGACGATCCGGGTGTGTCCATCTGTCTCGTTAGTTATTCACT
TCACTCATCTACTTGCCACGTATAGACAAGGCCTTCCTTGCCTTCTCCATATCTCTGGGAATGGGACACGCCGCCTGGCCTGGAGATTTGGGATTGAAGAAGGAAGGGGAGTTTCAAAAGCAGCATCGAATTGGAAACCCCGAATTGGGACTCGCAGGCAGAGGTGGACCCATATGAGAGAATGCTGGTTTATAAGAAAT
TGGTATCTGATCTAGCCCAACGTTGAGGTTTCTATAAATTAGCATAGTTGAGATCAGTCAATCACAGAGAAATGGATAGAGGAGCTTCATCCATGGACTTGCCAATTATGCACGATAATGATCGGTATGAGCTTGTCAAGGATATTGGTTCAGGTAACTTTGGCGTGGCCAGGCTTATGCGAGACAAACAGACCAAGGAA
CTTGTTGCTGTCAAATACATCGAGAGAGGGGAGAAGATTGATGAGAATGTTCAGAGAGAAATCATCAACCATCGTTCTCTGAAGCATCCGAACATTGTTCGCTTCAAAGAGGTCATTTTAACGCCGACCCATTTAGCAATTGTGATGGAATATGCAGCAGGGGGTGAGCTCTTTGAACGGATATGTAACGCCGGCCGGTT
TAGTGAAGATGAGGCCCGTTTCTTCTTCCAACAGCTTATATCTGGGGTGAGCTATTGTCATTCTATGCAAATCTGTCACCGAGATCTGAAACTGGAAAATACTCTTCTGGATGGGAGCCCTGCCCCTCGCCTCAAGATCTGTGACTTTGGGTATTCCAAGTCTGCTTTGCTTCATTCTCAGCCGAAATCCACTGTGGGAA
CCCCTGCTTACATAGCCCCGGAGATTTTGTCCAAGAAAGAATACGATGGCAAGATTGCGGATGTCTGGTCGTGTGGTGTAACACTTTATGTTATGTTAGTGGGAGCATATCCCTTCGAGGACCCGGATGATCCCAGGAATTTTAAAAAAACTATTGGGCGAATTTTGGGTGTTCAGTACGCAATTCCAGATTATGTTCAC
GTATCTGAAGAATGCTGTCACCTTCTATCAAGGATTTTTGTTGCAGATCCTGACAAGCGAATTACTATTCCTGAAATTCGGAATCATGAGTGGTTTTTAAAGAACTTACCTGCAGATTTGATAGATGCAGCTGATACTGTTAGCAATCAGTGTGATGATCCTGACCAGCCTTCTCAAAGTCTTGACGAGATTATGAGAAT
TATTGTTGAAGCCAGAATCCCTGCACCGGGGTCGGGACTAGGCCAATACTTTGGAGATAGCTTCGAATTGGATGACATGGATCTGGAAAACGATGCAGACCTTGATGAAGATAGCAGTGGGGAGTTCGTATGTGCTTTGTAATTTGATCATCTTTTATGGGGTTTTAAAGGTTTTGCAGTTGCTTCCATTGCATCACGAT
AGAAGTGTTATACTGGCTTCATTTCTGAGACTTCACTTCTTCCAAGCCACCTGCCAAACTCAATTATGGAGGCATAGTAGAAATTGGCACACATCTGAAATGGGCTAGAGATGTGCTCAGCTTAGATTAGATATACAGTGCAAGCTGATCATTGCTATGAATTTCTAGGTCCTGGGCTTTGCAGCTGATTTTAATAATCC
AATCTGTTAATGGTTCTGAAATTCTTACAATCAGAGCTGCTCGCTGTAAACTTATACATGAAGGTTAGGAAGAATTTAGTCTTCTGTTTAATTGGATTAAACTTCTGTCTATGATGTTCTCATCATATGAAACGTAGGGAATTACTACTGAATTGTATTATTTATATTCTCAATTCATGTCAAAACTTGGTGTTTGTTAG
TTTGTGCATTTTTTATTTGCAGGGAGTGATCAAATGCATCCATGGGTCCTCATTCTGTAGACAAACTATCTCCGTATTAATTGCTGTACTGTTTAAATCTTCATGCAGTCCATCTAATTCATTTTTTCTCTAAAGGAAGATTATTGATCAATGTGTCTTGCATAAAGTTTTTGGAATTCATCTTCGTCAAAGACCGTGTG
ATGTTTATGGCAAACTGGAACTTTGGAATGTATCTCT

>TRINITY_DN119043_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGGAAAAGGTCCGTTTTGGTGCCCAGCCTTTGTCTTTTTTGTGATGCAATGTTATTAGCATTGTAAAACAATAAATTATGAAACGAGGGATCCTTAACGTATTTGTATAATGATTTTAGTTTGGTTGCTGCAAGGGGTAAGGGGTGAGCTTATCTAGCGACGATCCGGGTGTGTCCATCTGTCTCGTTAGTTATTCACT
TCACTCATCTACTTGCCACGTATAGACAAGGCCTTCCTTGCCTTCTCCATATCTCTGGGAATGGGACACGCCGCCTGGCCTGGAGATTTGGGATTGAAGAAGGAAGGGGAGTTTCAAAAGCAGCATCGAATTGGAAACCCCGAATTGGGACTCGCAGGCAGAGGTGGACCCATATGAGAGAATGCTGGTTTATAAGAAAT
TGGTATCTGATCTAGCCCAACGTTGAGGTTTCTATAAATTAGCATAGTTGAGATCAGTCAATCACAGAGAAATGGATAGAGGAGCTTCATCCATGGACTTGCCAATTATGCACGATAATGATCGGTATGAGCTTGTCAAGGATATTGGTTCAGGTAACTTTGGCGTGGCCAGGCTTATGCGAGACAAACAGACCAAGGAA
CTTGTTGCTGTCAAATACATCGAGAGAGGGGAGAAGATTGATGAGAATGTTCAGAGAGAAATCATCAACCATCGTTCTCTGAAGCATCCGAACATTGTTCGCTTCAAAGAGGTCATTTTAACGCCGACCCATTTAGCAATTGTGATGGAATATGCAGCAGGGGGTGAGCTCTTTGAACGGATATGTAACGCCGGCCGGTT
TAGTGAAGATGAGGCCCGTTTCTTCTTCCAACAGCTTATATCTGGGGTGAGCTATTGTCATTCTATGCAAATCTGTCACCGAGATCTGAAACTGGAAAATACTCTTCTGGATGGGAGCCCTGCCCCTCGCCTCAAGATCTGTGACTTTGGGTATTCCAAGTCTGCTTTGCTTCATTCTCAGCCGAAATCCACTGTGGGAA
CCCCTGCTTACATAGCCCCGGAGATTTTGTCCAAGAAAGAATACGATGGCAAGGCAAGGGATCAGGCTGATTTTATGTCGGAGTTTGCTTTGGGATGACTATCTGGAAAATTATAAAAAAGAAAAGAGATCATCAAAATGCAGTTTTTAAATTTGGAATCTAATGTTGTTTGAATGAGGGGAGATTAAGAAAATGCTTGC
CTATTGATCTTCTGACTGTTGCTTTCATGGTATTTTTGTGATTAGATTGCGGATGTCTGGTCGTGTGGTGTAACACTTTATGTTATGTTAGTGGGAGCATATCCCTTCGAGGACCCGGATGATCCCAGGAATTTTAAAAAAACTATTGGGCGAATTTTGGGTGTTCAGTACGCAATTCCAGATTATGTTCACGTATCTGA
AGAATGCTGTCACCTTCTATCAAGGATTTTTGTTGCAGATCCTGACAAGgttggctttactgtttagcatatacccctgttttgtaggttttcacaacaataatttcatatttctctgcttaaaaaactctcaatgctaattgtgttgcaatgtttcttgttgttattgtttccagCGAATTACTATTCCTGAAATTCGG
AATCATGAGTGGTTTTTAAAGAACTTACCTGCAGATTTGATAGATGCAGCTGATACTGTTAGCAATCAGTGTGATGATCCTGACCAGCCTTCTCAAAGTCTTGACGAGATTATGAGAATTATTGTTGAAGCCAGAATCCCTGCACCGGGGTCGGGACTAGGCCAATACTTTGGAGATAGCTTCGAATTGGATGACATGGA
TCTGGAAAACGATGCAGACCTTGATGAAGATAGCAGTGGGGAGTTCGTATGTGCTTTGTAATTTGATCATCTTTTATGGGGTTTTAAAGGTTTTGCAGTTGCTTCCATTGCATCACGATAGAAGTGTTATACTGGCTTCATTTCTGAGACTTCACTTCTTCCAAGCCACCTGCCAAACTCAATTATGGAGGCATAGTAGA
AATTGGCACACATCTGAAATGGGCTAGAGATGTGCTCAGCTTAGATTAGATATACAGTGCAAGCTGATCATTGCTATGAATTTCTAGGTCCTGGGCTTTGCAGCTGATTTTAATAATCCAATCTGTTAATGGTTCTGAAATTCTTACAATCAGAGCTGCTCGCTGTAAACTTATACATGAAGGTTAGGAAGAATTTAGTC
TTCTGTTTAATTGGATTAAACTTCTGTCTATGATGTTCTCATCATATGAAACGTAGGGAATTACTACTGAATTGTATTATTTATATTCTCAATTCATGTCAAAACTTGGTGTTTGTTAGTTTGTGCATTTTTTATTTGCAGGGAGTGATCAAATGCATCCATGGGTCCTCATTCTGTAGACAAACTATCTCCGTATTAAT
TGCTGTACTGTTTAAATCTTCATGCAGTCCATCTAATTCATTTTTTCTCTAAAGGAAGATTATTGATCAATGTGTCTTGCATAAAGTTTTTGGAATTCATCTTCGTCAAAGACCGTGTGATGTTTATGGCAAACTGGAACTTTGGAATGTATCTCT

Intron 3 GTTCTTGCAG ... TGTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	10.77	690	89.7	176.3
A2	9.27	528	57.1	143.1
A3	9.4	701	77.7	189.7
A4	10.16	555	67.9	146.3
A5	8.76	363	37.1	105.1
A6	8.08	1999	186.9	553
A7	8.15	3029	285.1	890.6
A8	8.53	1728	171.7	479.6
A9	8.73	2530.4	260	681.3
A10	8.21	2799	266.3	812.6

>TRINITY_DN41120_c2_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

GGAAAAGGTCCGTTTTGGTGCCCAGCCTTTGTCTTTTTTGTGATGCAATGTTATTAGCATTGTAAAACAATAAATTATGAAACGAGGGATCCTTAACGTATTTGTATAATGATTTTAGTTTGGTTGCTGCAAGGGGTAAGGGGTGAGCTTATCTAGCGACGATCCGGGTGTGTCCATCTGTCTCGTTAGTTATTCACTTC
ACTCATCTACTTGCCACGTATAGACAAGGCCTTCCTTGCCTTCTCCATATCTCTGGGAATGGGACACGCCGCCTGGCCTGGAGATTTGGGATTGAAGAAGGAAGGGGAGTTTCAAAAGCAGCATCGAATTGGAAACCCCGAATTGGGACTCGCAGGCAGAGGTGGACCCATATGAGAGAATGCTGGTTTATAAGAAATTG
GTATCTGATCTAGCCCAACGTTGAGGTTTCTATAAATTAGCATAGTTGAGATCAGTCAATCACAGAGAAATGGATAGAGGAGCTTCATCCATGGACTTGCCAATTATGCACGATAATGATCGGTATGAGCTTGTCAAGGATATTGGTTCAGGTAACTTTGGCGTGGCCAGGCTTATGCGAGACAAACAGACCAAGGAACT
TGTTGCTGTCAAATACATCGAGAGAGGGGAGAAGATTGATGAGAATGTTCAGAGAGAAATCATCAACCATCGTTCTCTGAAGCATCCGAACATTGTTCGCTTCAAAGAGGTCATTTTAACGCCGACCCATTTAGCAATTGTGATGGAATATGCAGCAGGGGGTGAGCTCTTTGAACGGATATGTAACGCCGGCCGGTTTA
GTGAAGATGAGGCCCGTTTCTTCTTCCAACAGCTTATATCTGGGGTGAGCTATTGTCATTCTATGCAAATCTGTCACCGAGATCTGAAACTGGAAAATACTCTTCTGGATGGGAGCCCTGCCCCTCGCCTCAAGATCTGTGACTTTGGGTATTCCAAGTCTGCTTTGCTTCATTCTCAGCCGAAATCCACTGTGGGAACC
CCTGCTTACATAGCCCCGGAGATTTTGTCCAAGAAAGAATACGATGGCAAGATTGCGGATGTCTGGTCGTGTGGTGTAACACTTTATGTTATGTTAGTGGGAGCATATCCCTTCGAGGACCCGGATGATCCCAGGAATTTTAAAAAAACTATTGGGCGAATTTTGGGTGTTCAGTACGCAATTCCAGATTATGTTCACGT
ATCTGAAGAATGCTGTCACCTTCTATCAAGGATTTTTGTTGCAGATCCTGACAAGCGAATTACTATTCCTGAAATTCGGAATCATGAGTGGTTTTTAAAGAACTTACCTGCAGATTTGATAGATGCAGCTGATACTGTTAGCAATCAGTGTGATGATCCTGACCAGCCTTCTCAAAGTCTTGACGAGATTATGAGAATTA
TTGTTGAAGCCAGAATCCCTGCACCGGGGTCGGGACTAGGCCAATACTTTGGAGATAGCTTCGAATTGGATGACATGGATCTGGAAAACGATGCAGACCTTGATGAAGATAGCAGTGGGGAGTTCGTATGTGCTTTGTAATTTGATCATCTTTTATGGGGTTTTAAAGGTTTTGCAGTTGCTTCCATTGCATCACGATAG
AAGTGTTATACTGGCTTCATTTCTGAGACTTCACTTCTTCCAAGCCACCTGCCAAACACAATTATGGAGGCATAGTAGAAATTGGCACACATCTGAAATGGGCTAGAGATGTGCTCAGCTTAGATTAGATATACAGTGCAAGCTGATCATTGCTATGAATTTCTAGGTCCTGGGCTTTGCAGCTGATTTTAATAATCCAA
TCTGTTAATGGTTCTGAAATTCTTACAATCAGAGCTGCTCGCTGTAAACTTATACATGAAGGTTAGGAAGAATTTAGTCTTCTGTTTAATTGGATTAAACTTCTGTCTATGATGTTCTCATCATATGAAACGTAGGGAATTACTACTGAATTGTATTATTTATATTCTCAATTCATGTCAAAACTTGGTGTTTGTTAGTT
TGTGCATTTTTTATTTGCAGGGAGTGATCAAATGCATCCATGGGTCCTCATTCTGTAGACAAACTATCTCCGTATTAATTGCTGTACTGTTTAAATCTTCATGCAGTCCATCTAATTCATTTTTTCTCTAAAGGAAGATTATTGTTCAATGTGTCTTGCATAAAGTTTTTGGAATTCATCTTCGTCAAAGACCGTGTGAT
GTTTATGGCAAACTGGAACTTTGGAATGTATCTCTACTAATGGCTATATTCCTTGGACTTTGGCTATATATTCATTGGACTTGCAAGCTTTGTTTTGAATCAAAGGATGGATTTAGTTATAGTCCCATAATTTTCCTGAAATGTTGTTGTTATTATATTGCCTGCTTAGCATTTGCTGAATTGCTTGGTGGGCATTACAT
TGGAC

>TRINITY_DN41120_c2_g1_i6 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CAAAACGGTAACTAGGGGAAAAGGGGTAAGGGGTGAGCTTATCTAGCGACGATCCGGGTGTGTCCATCTGTCTCGTTAGTTATTCACTTCACTCATCTACTTGCCACGTATAGACAAGGCCTTCCTTGCCTTCTCCATATCTCTGGGAATGGGACACGCCGCCTGGCCTGGAGATTTGGGATTGAAGAAGGAAGGGGAGT
TTCAAAAGCAGCATCGAATTGGAAACCCCGAATTGGGACTCGCAGGCAGAGGTGGACCCATATGAGAGAATGCTGGTTTATAAGAAATTGGTATCTGATCTAGCCCAACGTTGAGGTTTCTATAAATTAGCATAGTTGAGATCAGTCAATCACAGAGAAATGGATAGAGGAGCTTCATCCATGGACTTGCCAATTATGCA
CGATAATGATCGGTATGAGCTTGTCAAGGATATTGGTTCAGGTAACTTTGGCGTGGCCAGGCTTATGCGAGACAAACAGACCAAGGAACTTGTTGCTGTCAAATACATCGAGAGAGGGGAGAAGATTGATGAGAATGTTCAGAGAGAAATCATCAACCATCGTTCTCTGAAGCATCCGAACATTGTTCGCTTCAAAGAGG
TCATTTTAACGCCGACCCATTTAGCAATTGTGATGGAATATGCAGCAGGGGGTGAGCTCTTTGAACGGATATGTAACGCCGGCCGGTTTAGTGAAGATGAGgttcttgcaggactcttaaatctgttttgtgttcacagtttttaatgattgacaccagatcaaatcatgatcccagactctgtaaacaagttttaaccc
agtgggcttagcttgattgaatgaatgtttttttcttaattgattgattgaatgcttctttcttgattgactgaatgctttgagcttcactgtctctgggtcgatcacgcagtaggtctccaggtcggtccctgggtcggttcctgggtcgatctctatctctaagcagctgcggctgcggctgcctatgttgcgtgtat
gtgttcctagtatgtggtcctcttaagtcaggtcagttcagttgtcgtaatttcattgggttacactgagtaccatcttctgtaaattgcacttgggaagtaccaggggtttctgcacagagaaaaaaaaaacaatagcaataacaagtaaattagtatagtatggaatggaattccttcttgggtttcaattgctgaat
ctgggtttgtgttttgcagGCCCGTTTCTTCTTCCAACAGCTTATATCTGGGGTGAGCTATTGTCATTCTATGCAAATCTGTCACCGAGATCTGAAACTGGAAAATACTCTTCTGGATGGGAGCCCTGCCCCTCGCCTCAAGATCTGTGACTTTGGGTATTCCAAGTCTGCTTTGCTTCATTCTCAGCCGAAATCCACTG
TGGGAACCCCTGCTTACATAGCCCCGGAGATTTTGTCCAAGAAAGAATACGATGGCAAGATTGCGGATGTCTGGTCGTGTGGTGTAACACTTTATGTTATGTTAGTGGGAGCATATCCCTTCGAGGACCCGGATGATCCCAGGAATTTTAAAAAAACTATTGGGCGAATTTTGGGTGTTCAGTACGCAATTCCAGATTAT
GTTCACGTATCTGAAGAATGCTGTCACCTTCTATCAAGGATTTTTGTTGCAGATCCTGACAAGCGAATTACTATTCCTGAAATTCGGAATCATGAGTGGTTTTTAAAGAACTTACCTGCAGATTTGATAGATGCAGCTGATACTGTTAGCAATCAGTGTGATGATCCTGACCAGCCTTCTCAAAGTCTTGACGAGATTAT
GAGAATTATTGTTGAAGCCAGAATCCCTGCACCGGGGTCGGGACTAGGCCAATACTTTGGAGATAGCTTCGAATTGGATGACATGGATCTGGAAAACGATGCAGACCTTGATGAAGATAGCAGTGGGGAGTTCGTATGTGCTTTGTAATTTGATCATCTTTTATGGGGTTTTAAAGGTTTTGCAGTTGCTTCCATTGCAT
CACGATAGAAGTGTTATACTGGCTTCATTTCTGAGACTTCACTTCTTCCAAGCCACCTGCCAAACACAATTATGGAGGCATAGTAGAAATTGGCACACATCTGAAATGGGCTAGAGATGTGCTCAGCTTAGATTAGATATACAGTGCAAGCTGATCATTGCTATGAATTTCTAGGTCCTGGGCTTTGCAGCTGATTTTAA
TAATCCAATCTGTTAATGGTTCTGAAATTCTTACAATCAGAGCTGCTCGCTGTAAACTTATACATGAAGGTTAGGAAGAATTTAGTCTTCTGTTTAATTGGATTAAACTTCTGTCTATGATGTTCTCATCATATGAAACGTAGGGAATTACTACTGAATTGTATTATTTATATTCTCAATTCATGTCAAAACTTGGTGTT
TGTTAGTTTGTGCATTTTTTATTTGCAGGGAGTGATCAAATGCATCCATGGGTCCTCATTCTGTAGACAAACTATCTCCGTATTAATTGCTGTACTGTTTAAATCTTCATGCAGTCCATCTAATTCATTTTTTCTCTAAAGGAAGATTATTGTTCAATGTGTCTTGCATAAAGTTTTTGGAATTCATCTTCGTCAAAGAC
CGTGTGATGTTTATGGCAAACTGGAACTTTGGAATGTATCTCTACTAATGGCTATATTCCTTGGACTTTGGCTATATATTCATTGGACTTGCAAGCTTTGTTTTGAATCAAAGGATGGATTTAGTTATAGTCCCATAATTTTCCTGAAATGTTGTTGTTATTATATTGCCTGCTTAGCATTTGCTGAATTGCTTGGTGGG
CATTACATTGGAC

Intron 4 GTCCGTTTTG ... AAGGGGTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	55.56	4	1	5
A2	57.14	3	0	4
A3	62.5	6	0	10
A4	50	11	0	11
A5	53.33	7	0	8
A6	62.5	9	1	15
A7	55.88	15	0	19
A8	52.63	9	2	10
A9	55.56	16	4	20
A10	63.33	11	2	19

>TRINITY_DN43940_c1_g1_i5 from sample A9 / Example spliced isoform

TGAGTGGTGAATTTCAACAACTCTGTACATGTGTTGTGCTCTGGGCAGAGCTCTGAAAACTGGAAGCACACACGTGGTGGTCTGTCCCAATCAATTATATGTTTGGCAATTCAAGAACAGGTATCGATGTTGTCGAATCTGACCCATAACTATCCTGATGAGTATGATGCTGTAACACACACCACCATAACTGACTGTGA
TTGCAATGCTTGGGCAGCAAGAAAATCCAAAACGGTAACTAGGGGAAAAGGGGTGAGCTTATCTAGCGACGATCCGGGTGTGTCCATCTGTCTCGTTAGTTATTCACTTCACTCATCTACTTGCCACGTATAGACAAGGCCTTCCTTGCCTTCTCCATATCTCTGGGAATGGGACACGCCGCCTGGCCTGGAGATTTGGG
ATTGAAGAAGGAAGGGGAGTTTCAAAAGCAGCATCGAATTGGAAACCCCGAATTGGGACTCGCAGGCAGAGGTGGACCCATATGAGAGAATGCTGGTTTATAAGAAATTGGTATCTGATCTAGCCCAACGTTGAGGTTTCTATAAATTAGCATAGTTGAGATCAGTCAATCACAGAGAAATGGATAGAGGAGCTTCATCC
ATGGACTTGCCAATTATGCACGATAATGATCGGTATGAGCTTGTCAAGGATATTGGTTCAGGTAACTTTGGCGTGGCCAGGCTTATGCGAGACAAACAGACCAAGGAACTTGTTGCTGTCAAATACATCGAGAGAGGGGAGAAGATTGATGAGAATGTTCAGAGAGAAATCATCAACCATCGTTCTCTGAAGCATCCGAA
CATTGTTCGCTTCAAAGAGGTCATTTTAACGCCGACCCATTTAGCAATTGTGATGGAATATGCAGCAGGGGGTGAGCTCTTTGAACGGATATGTAACGCCGGCCGGTTTAGTGAAGATGAGGCCCGTTTCTTCTTCCAACAGCTTATATCTGGGGTGAGCTATTGTCATTCTATGCAAATCTGTCACCGAGATCTGAAAC
TGGAAAATACTCTTCTGGATGGGAGCCCTGCCCCTCGCCTCAAGATCTGTGACTTTGGGTATTCCAAGTCTGCTTTGCTTCATTCTCAGCCGAAATCCACTGTGGGAACCCCTGCTTACATAGCCCCGGAGATTTTGTCCAAGAAAGAATACGATGGCAAGATTGCGGATGTCTGGTCGTGTGGTGTAACACTTTATGTT
ATGTTAGTGGGAGCATATCCCTTCGAGGACCCGGATGATCCCAGGAATTTTAAAAAAACTATTGGGCGAATTTTGGGTGTTCAGTACGCAATTCCAGATTATGTTCACGTATCTGAAGAATGCTGTCACCTTCTATCAAGGATTTTTGTTGCAGATCCTGACAAGCGAATTACTATTCCTGAAATTCGGAATCATGAGTG
GTTTTTAAAGAACTTACCTGCAGATTTGATAGATGCAGCTGATACTGTTAGCAATCAGTGTGATGATCCTGACCAGCCTTCTCAAAGTCTTGACGAGATTATGAGAATTATTGTTGAAGCCAGAATCCCTGCACCGGGGTCGGGACTAGGCCAATACTTTGGAGATAGCTTCGAATTGGATGACATGGATCTGGAAAACG
ATGCAGACCTTGATGAAGATAGCAGTGGGGAGTTCGTATGTGCTTTGTAATTTGATCATCTTTTATGGGGTTTTAAAGGTTTTGCAGTTGCTTCCATTGCATCACGATAGAAGTGTTATACTGGCTTCATTTCTGAGACTTCACTTCTTCCAAGCCACCTGCCAAACTCAATTATGGAGGCATAGTAGAAATTGGCACAC
ATCTGAAATGGGCTAGAGATGTGCTCAGCTTAGATTAGATATACAGTGCAAGCTGATCATTGCTATGAATTTCTAGGTCCTGGGCTTTGCAGCTGATTTTAATAATCCAATCTGTTAATGGTTCTGAAATTCTTACAATCAGAGCTGCTCGCTGTAAACTTATACATGAAGGTTAGGAAGAATTTAGTCTTCTGTTTAAT
TGGATTAAACTTCTGTCTATGATGTTCTCATCATATGAAACGTAGGGAATTACTACTGAATTGTATTATTTATATTCTCAATTCATGTCAAAACTTGGTGTTTGTTAGTTTGTGCATTTTTTATTTGCAGGGAGTGATCAAATGCATCCATGGGTCCTCATTCTGTAGACAAACTATCTCCGTATTAATTGCTGTACTGT
TTAAATCTTCATGCAGTCCATCTAATTCATTTTTTCTCTAAAGGAAGATTATTGATCAATGTGTCTTGCATAAAGTTTTTGGAATTCATCTTCGTCAAAGACCGTGTGATGTTTATGGCAAACTGGAACTTTGGAATGTATCTCTACTAATGGCTATATTCCTTGGACTTTGGCTATATATTCATTGGACTTGCAAGCTT
TGTTTTGAATCAAAGGATGGATTTAGTTATAGTCCCATAATTTTCCTGAAATGTTGTTGTTATTATATTGCCTGCTTAGCATTTGCTGAATTGCTTGGTGGGCAT

>TRINITY_DN43940_c1_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TGAGTGGTGAATTTCAACAACTCTGTACATGTGTTGTGCTCTGGGCAGAGCTCTGAAAACTGGAAGCACACACGTGGTGGTCTGTCCCAATCAATTATATGTTTGGCAATTCAAGAACAGGTATCGATGTTGTCGAATCTGACCCATAACTATCCTGATGAGTATGATGCTGTAACACACACCACCATAACTGACTGTGA
TTGCAATGCTTGGGCAGCAAGAAAATCCAAAACGGTAACTAGGGGAAAAGgtccgttttggtgcccagcctttgtcttttttgtgatgcaatgttattagcattgtaaaacaataaattatgaaacgagggatccttaacgtatttgtataatgattttagtttggttgctgcaaggggtaagGGGTGAGCTTATCTAGC
GACGATCCGGGTGTGTCCATCTGTCTCGTTAGTTATTCACTTCACTCATCTACTTGCCACGTATAGACAAGGCCTTCCTTGCCTTCTCCATATCTCTGGGAATGGGACACGCCGCCTGGCCTGGAGATTTGGGATTGAAGAAGGAAGGGGAGTTTCAAAAGCAGCATCGAATTGGAAACCCCGAATTGGGACTCGCAGGC
AGAGGTGGACCCATATGAGAGAATGCTGGTTTATAAGAAATTGGTATCTGATCTAGCCCAACGTTGAGGTTTCTATAAATTAGCATAGTTGAGATCAGTCAATCACAGAGAAATGGATAGAGGAGCTTCATCCATGGACTTGCCAATTATGCACGATAATGATCGGTATGAGCTTGTCAAGGATATTGGTTCAGGTAACT
TTGGCGTGGCCAGGCTTATGCGAGACAAACAGACCAAGGAACTTGTTGCTGTCAAATACATCGAGAGAGGGGAGAAGATTGATGAGAATGTTCAGAGAGAAATCATCAACCATCGTTCTCTGAAGCATCCGAACATTGTTCGCTTCAAAGAGGTCATTTTAACGCCGACCCATTTAGCAATTGTGATGGAATATGCAGCA
GGGGGTGAGCTCTTTGAACGGATATGTAACGCCGGCCGGTTTAGTGAAGATGAGGCCCGTTTCTTCTTCCAACAGCTTATATCTGGGGTGAGCTATTGTCATTCTATGCAAATCTGTCACCGAGATCTGAAACTGGAAAATACTCTTCTGGATGGGAGCCCTGCCCCTCGCCTCAAGATCTGTGACTTTGGGTATTCCAA
GTCTGCTTTGCTTCATTCTCAGCCGAAATCCACTGTGGGAACCCCTGCTTACATAGCCCCGGAGATTTTGTCCAAGAAAGAATACGATGGCAAGATTGCGGATGTCTGGTCGTGTGGTGTAACACTTTATGTTATGTTAGTGGGAGCATATCCCTTCGAGGACCCGGATGATCCCAGGAATTTTAAAAAAACTATTGGGC
GAATTTTGGGTGTTCAGTACGCAATTCCAGATTATGTTCACGTATCTGAAGAATGCTGTCACCTTCTATCAAGGATTTTTGTTGCAGATCCTGACAAGCGAATTACTATTCCTGAAATTCGGAATCATGAGTGGTTTTTAAAGAACTTACCTGCAGATTTGATAGATGCAGCTGATACTGTTAGCAATCAGTGTGATGAT
CCTGACCAGCCTTCTCAAAGTCTTGACGAGATTATGAGAATTATTGTTGAAGCCAGAATCCCTGCACCGGGGTCGGGACTAGGCCAATACTTTGGAGATAGCTTCGAATTGGATGACATGGATCTGGAAAACGATGCAGACCTTGATGAAGATAGCAGTGGGGAGTTCGTATGTGCTTTGTAATTTGATCATCTTTTATG
GGGTTTTAAAGGTTTTGCAGTTGCTTCCATTGCATCACGATAGAAGTGTTATACTGGCTTCATTTCTGAGACTTCACTTCTTCCAAGCCACCTGCCAAACTCAATTATGGAGGCATAGTAGAAATTGGCACACATCTGAAATGGGCTAGAGATGTGCTCAGCTTAGATTAGATATACAGTGCAAGCTGATCATTGCTATG
AATTTCTAGGTCCTGGGCTTTGCAGCTGATTTTAATAATCCAATCTGTTAATGGTTCTGAAATTCTTACAATCAGAGCTGCTCGCTGTAAACTTATACATGAAGGTTAGGAAGAATTTAGTCTTCTGTTTAATTGGATTAAACTTCTGTCTATGATGTTCTCATCATATGAAACGTAGGGAATTACTACTGAATTGTATT
ATTTATATTCTCAATTCATGTCAAAACTTGGTGTTTGTTAGTTTGTGCATTTTTTATTTGCAGGGAGTGATCAAATGCATCCATGGGTCCTCATTCTGTAGACAAACTATCTCCGTATTAATTGCTGTACTGTTTAAATCTTCATGCAGTCCATCTAATTCATTTTTTCTCTAAAGGAAGATTATTGATCAATGTGTCTT
GCATAAAGTTTTTGGAATTCATCTTCGTCAAAGACCGTGTGATGTTTATGGCAAACTGGAACTTTGGAATGTATCTCTACTAATGGCTATATTCCTTGGACTTTGGCTATATATTCATTGGACTTGCAAGCTTTGTTTTGAATCAAAGGATGGATTTAGTTATAGTCCCATAATTTTCCTGAAATGTTGTTGTTATTATA
TTGCCTGCTTAGCATTTGCTGAATTGCTTGGTGGGCAT

Intron 5 GTTCTTGCAG ... CTTAAGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.47	690	150	297
A2	24.73	528	94	253
A3	24.75	701	131	330
A4	25.3	555	116	260
A5	25.69	363	63	188
A6	24.44	1999	321	972
A7	25.42	3029	485	1580
A8	25.07	1728	293	863
A9	24.67	2530	451	1206
A10	25.76	2799	456	1486

>TRINITY_DN42688_c0_g1_i6 from sample A8 / Example spliced isoform

CTGACTGTGATTGCAATGCTTGGGCAGCAAGAAAATCCAAAACGGTAACTAGGGGAAAAGGTCCGTTTTGGTGCCCAGCCTTTGTCTTTTTTGTGATGCAATGTTATTAGCATTGTAAAACAATAAATTATGAAACGAGGGATCCTTAACGTATTTGTATAATGATTTTAGTTTGGTTGCTGCAAGGGGTAAGGGGTGAG
CTTATCTAGCGACGATCCGGGTGTGTCCATCTGTCTCGTTAGTTATTCACTTCACTCATCTACTTGCCACGTATAGACAAGGCCTTCCTTGCCTTCTCCATATCTCTGGGAATGGGACACGCCGCCTGGCCTGGAGATTTGGGATTGAAGAAGGAAGGGGAGTTTCAAAAGCAGCATCGAATTGGAAACCCCGAATTGGG
ACTCGCAGGCAGAGGTGGACCCATATGAGAGAATGCTGGTTTATAAGAAATTGGTATCTGATCTAGCCCAACGTTGAGGTTTCTATAAATTAGCATAGTTGAGATCAGTCAATCACAGAGAAATGGATAGAGGAGCTTCATCCATGGACTTGCCAATTATGCACGATAATGATCGGTATGAGCTTGTCAAGGATATTGGT
TCAGGTAACTTTGGCGTGGCCAGGCTTATGCGAGACAAACAGACCAAGGAACTTGTTGCTGTCAAATACATCGAGAGAGGGGAGAAGATTGATGAGAATGTTCAGAGAGAAATCATCAACCATCGTTCTCTGAAGCATCCGAACATTGTTCGCTTCAAAGAGGTCATTTTAACGCCGACCCATTTAGCAATTGTGATGGA
ATATGCAGCAGGGGGTGAGCTCTTTGAACGGATATGTAACGCCGGCCGGTTTAGTGAAGATGAGGCCCGTTTCTTCTTCCAACAGCTTATATCTGGGGTGAGCTATTGTCATTCTATGCAAATCTGTCACCGAGATCTGAAACTGGAAAATACTCTTCTGGATGGGAGCCCTGCCCCTCGCCTCAAGATCTGTGACTTTG
GGTATTCCAAGTCTGCTTTGCTTCATTCTCAGCCGAAATCCACTGTGGGAACCCCTGCTTACATAGCCCCGGAGATTTTGTCCAAGAAAGAATACGATGGCAAGATTGCGGATGTCTGGTCGTGTGGTGTAACACTTTATGTTATGTTAGTGGGAGCATATCCCTTCGAGGACCCGGATGATCCCAGGAATTTTAAAAAA
ACTATTGGGCGAATTTTGGGTGTTCAGTACGCAATTCCAGATTATGTTCACGTATCTGAAGAATGCTGTCACCTTCTATCAAGGATTTTTGTTGCAGATCCTGACAAGCGAATTACTATTCCTGAAATTCGGAATCATGAGTGGTTTTTAAAGAACTTACCTGCAGATTTGATAGATGCAGCTGATACTGTTAGCAATCA
GTGTGATGATCCTGACCAGCCTTCTCAAAGTCTTGACGAGATTATGAGAATTATTGTTGAAGCCAGAATCCCTGCACCGGGGTCGGGACTAGGCCAATACTTTGGAGATAGCTTCGAATTGGATGACATGGATCTGGAAAACGATGCAGACCTTGATGAAGATAGCAGTGGGGAGTTCGTATGTGCTTTGTAATTTGATC
ATCTTTTATGGGGTTTTAAAGGTTTTGCAGTTGCTTCCATTGCATCACGATAGAAGTGTTATACTGGCTTCATTTCTGAGACTTCACTTCTTCCAAGCCACCTGCCAAACTCAATTATGGAGGCATAGTAGAAATTGGCACACATCTGAAATGGGCTAGAGATGTGCTCAGCTTAGATTAGATATACAGTGCAAGCTGAT
CATTGCTATGAATTTCTAGGTCCTGGGCTTTGCAGCTGATTTTAATAATCCAATCTGTTAATGGTTCTGAAATTCTTACAATCAGAGCTGCTCGCTGTAAACTTATACATGAAGGTTAGGAAGAATTTAGTCTTCTGTTTAATTGGATTAAACTTCTGTCTATGATGTTCTCATCATATGAAACGTAGGGAATTACTACT
GAATTGTATTATTTATATTCTCAATTCATGTCAAAACTTGGTGTTTGTTAGTTTGTGCATTTTTTATTTGCAGGGAGTGATCAAATGCATCCATGGGTCCTCATTCTGTAGACAAACTATCTCCGTATTAATTGCTGTACTGTTTAAATCTTCATGCAGTCCATCTAATTCATTTTTTCTCTAAAGGAAGATTATTGATC
AATGTGTCTTGCATAAAGTTTTTGGAATTCATCTTCGTCAAAGACCGTGTGATGTTTATGGCAAACTGGAACTTTGGAATGTATCTCTACTAATGGCTATATTCCTTGGACTTTGGCTATATATTCATTGGACTTGCAAGCTTTGTTTTGAATCAAAGGATGGATTTAGTTATAGTCCCA

>TRINITY_DN42688_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CTGACTGTGATTGCAATGCTTGGGCAGCAAGAAAATCCAAAACGGTAACTAGGGGAAAAGGTCCGTTTTGGTGCCCAGCCTTTGTCTTTTTTGTGATGCAATGTTATTAGCATTGTAAAACAATAAATTATGAAACGAGGGATCCTTAACGTATTTGTATAATGATTTTAGTTTGGTTGCTGCAAGGGGTAAGGGGTGAG
CTTATCTAGCGACGATCCGGGTGTGTCCATCTGTCTCGTTAGTTATTCACTTCACTCATCTACTTGCCACGTATAGACAAGGCCTTCCTTGCCTTCTCCATATCTCTGGGAATGGGACACGCCGCCTGGCCTGGAGATTTGGGATTGAAGAAGGAAGGGGAGTTTCAAAAGCAGCATCGAATTGGAAACCCCGAATTGGG
ACTCGCAGGCAGAGGTGGACCCATATGAGAGAATGCTGGTTTATAAGAAATTGGTATCTGATCTAGCCCAACGTTGAGGTTTCTATAAATTAGCATAGTTGAGATCAGTCAATCACAGAGAAATGGATAGAGGAGCTTCATCCATGGACTTGCCAATTATGCACGATAATGATCGGTATGAGCTTGTCAAGGATATTGGT
TCAGGTAACTTTGGCGTGGCCAGGCTTATGCGAGACAAACAGACCAAGGAACTTGTTGCTGTCAAATACATCGAGAGAGGGGAGAAGATTGATGAGAATGTTCAGAGAGAAATCATCAACCATCGTTCTCTGAAGCATCCGAACATTGTTCGCTTCAAAGAGGTCATTTTAACGCCGACCCATTTAGCAATTGTGATGGA
ATATGCAGCAGGGGGTGAGCTCTTTGAACGGATATGTAACGCCGGCCGGTTTAGTGAAGATGAGgttcttgcaggactcttaaatctgttttgtgttcacagtttttaatgattgacaccagatcaaatcatgatcccagactctgtaaacaagttttaacccagtgggcttagcttgattgaatgaatgtttttttctt
aattgattgattgaatgcttctttcttgattgactgaatgctttgagcttcactgtctctgggtcgatcacgcagtaggtctccaggtcggtccctgggtcggttcctgggtcgatctctatctctaagcagctgcggctgcggctgcctatgttgcgtgtatgtgttcctagtatgtggtcctcttaagtcagGCCCGT

TTCTTCTTCCAACAGCTTATATCTGGGGTGAGCTATTGTCATTCTATGCAAATCTGTCACCGAGATCTGAAACTGGAAAATACTCTTCTGGATGGGAGCCCTGCCCCTCGCCTCAAGATCTGTGACTTTGGGTATTCCAAGTCTGCTTTGCTTCATTCTCAGCCGAAATCCACTGTGGGAACCCCTGCTTACATAGCCCC
GGAGATTTTGTCCAAGAAAGAATACGATGGCAAGATTGCGGATGTCTGGTCGTGTGGTGTAACACTTTATGTTATGTTAGTGGGAGCATATCCCTTCGAGGACCCGGATGATCCCAGGAATTTTAAAAAAACTATTGGGCGAATTTTGGGTGTTCAGTACGCAATTCCAGATTATGTTCACGTATCTGAAGAATGCTGTC
ACCTTCTATCAAGGATTTTTGTTGCAGATCCTGACAAGCGAATTACTATTCCTGAAATTCGGAATCATGAGTGGTTTTTAAAGAACTTACCTGCAGATTTGATAGATGCAGCTGATACTGTTAGCAATCAGTGTGATGATCCTGACCAGCCTTCTCAAAGTCTTGACGAGATTATGAGAATTATTGTTGAAGCCAGAATC
CCTGCACCGGGGTCGGGACTAGGCCAATACTTTGGAGATAGCTTCGAATTGGATGACATGGATCTGGAAAACGATGCAGACCTTGATGAAGATAGCAGTGGGGAGTTCGTATGTGCTTTGTAATTTGATCATCTTTTATGGGGTTTTAAAGGTTTTGCAGTTGCTTCCATTGCATCACGATAGAAGTGTTATACTGGCTT
CATTTCTGAGACTTCACTTCTTCCAAGCCACCTGCCAAACTCAATTATGGAGGCATAGTAGAAATTGGCACACATCTGAAATGGGCTAGAGATGTGCTCAGCTTAGATTAGATATACAGTGCAAGCTGATCATTGCTATGAATTTCTAGGTCCTGGGCTTTGCAGCTGATTTTAATAATCCAATCTGTTAATGGTTCTGA
AATTCTTACAATCAGAGCTGCTCGCTGTAAACTTATACATGAAGGTTAGGAAGAATTTAGTCTTCTGTTTAATTGGATTAAACTTCTGTCTATGATGTTCTCATCATATGAAACGTAGGGAATTACTACTGAATTGTATTATTTATATTCTCAATTCATGTCAAAACTTGGTGTTTGTTAGTTTGTGCATTTTTTATTTG
CAGGGAGTGATCAAATGCATCCATGGGTCCTCATTCTGTAGACAAACTATCTCCGTATTAATTGCTGTACTGTTTAAATCTTCATGCAGTCCATCTAATTCATTTTTTCTCTAAAGGAAGATTATTGATCAATGTGTCTTGCATAAAGTTTTTGGAATTCATCTTCGTCAAAGACCGTGTGATGTTTATGGCAAACTGGA
ACTTTGGAATGTATCTCTACTAATGGCTATATTCCTTGGACTTTGGCTATATATTCATTGGACTTGCAAGCTTTGTTTTGAATCAAAGGATGGATTTAGTTATAGTCCCA

Intron 6 GTAAGTCAAT ... TTATATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.68	617.7	4.2	86.6
A2	10.79	490.5	1.5	62.9
A3	13.45	673.4	3.2	113.5
A4	13.38	527.9	0	88.6
A5	10.52	338.4	2.5	43.1
A6	11.74	1962.6	3.1	283.1
A7	11.98	3102.7	1.6	467.9
A8	12.75	1751.6	2.1	285.3
A9	12.27	2455.1	4.6	377.8
A10	11.4	2724	1	385.7

>TRINITY_DN41120_c2_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

GGAAAAGGTCCGTTTTGGTGCCCAGCCTTTGTCTTTTTTGTGATGCAATGTTATTAGCATTGTAAAACAATAAATTATGAAACGAGGGATCCTTAACGTATTTGTATAATGATTTTAGTTTGGTTGCTGCAAGGGGTAAGGGGTGAGCTTATCTAGCGACGATCCGGGTGTGTCCATCTGTCTCGTTAGTTATTCACTTC
ACTCATCTACTTGCCACGTATAGACAAGGCCTTCCTTGCCTTCTCCATATCTCTGGGAATGGGACACGCCGCCTGGCCTGGAGATTTGGGATTGAAGAAGGAAGGGGAGTTTCAAAAGCAGCATCGAATTGGAAACCCCGAATTGGGACTCGCAGGCAGAGGTGGACCCATATGAGAGAATGCTGGTTTATAAGAAATTG
GTATCTGATCTAGCCCAACGTTGAGGTTTCTATAAATTAGCATAGTTGAGATCAGTCAATCACAGAGAAATGGATAGAGGAGCTTCATCCATGGACTTGCCAATTATGCACGATAATGATCGGTATGAGCTTGTCAAGGATATTGGTTCAGGTAACTTTGGCGTGGCCAGGCTTATGCGAGACAAACAGACCAAGGAACT
TGTTGCTGTCAAATACATCGAGAGAGGGGAGAAGATTGATGAGAATGTTCAGAGAGAAATCATCAACCATCGTTCTCTGAAGCATCCGAACATTGTTCGCTTCAAAGAGGTCATTTTAACGCCGACCCATTTAGCAATTGTGATGGAATATGCAGCAGGGGGTGAGCTCTTTGAACGGATATGTAACGCCGGCCGGTTTA
GTGAAGATGAGGCCCGTTTCTTCTTCCAACAGCTTATATCTGGGGTGAGCTATTGTCATTCTATGCAAATCTGTCACCGAGATCTGAAACTGGAAAATACTCTTCTGGATGGGAGCCCTGCCCCTCGCCTCAAGATCTGTGACTTTGGGTATTCCAAGTCTGCTTTGCTTCATTCTCAGCCGAAATCCACTGTGGGAACC
CCTGCTTACATAGCCCCGGAGATTTTGTCCAAGAAAGAATACGATGGCAAGATTGCGGATGTCTGGTCGTGTGGTGTAACACTTTATGTTATGTTAGTGGGAGCATATCCCTTCGAGGACCCGGATGATCCCAGGAATTTTAAAAAAACTATTGGGCGAATTTTGGGTGTTCAGTACGCAATTCCAGATTATGTTCACGT
ATCTGAAGAATGCTGTCACCTTCTATCAAGGATTTTTGTTGCAGATCCTGACAAGCGAATTACTATTCCTGAAATTCGGAATCATGAGTGGTTTTTAAAGAACTTACCTGCAGATTTGATAGATGCAGCTGATACTGTTAGCAATCAGTGTGATGATCCTGACCAGCCTTCTCAAAGTCTTGACGAGATTATGAGAATTA
TTGTTGAAGCCAGAATCCCTGCACCGGGGTCGGGACTAGGCCAATACTTTGGAGATAGCTTCGAATTGGATGACATGGATCTGGAAAACGATGCAGACCTTGATGAAGATAGCAGTGGGGAGTTCGTATGTGCTTTGTAATTTGATCATCTTTTATGGGGTTTTAAAGGTTTTGCAGTTGCTTCCATTGCATCACGATAG
AAGTGTTATACTGGCTTCATTTCTGAGACTTCACTTCTTCCAAGCCACCTGCCAAACACAATTATGGAGGCATAGTAGAAATTGGCACACATCTGAAATGGGCTAGAGATGTGCTCAGCTTAGATTAGATATACAGTGCAAGCTGATCATTGCTATGAATTTCTAGGTCCTGGGCTTTGCAGCTGATTTTAATAATCCAA
TCTGTTAATGGTTCTGAAATTCTTACAATCAGAGCTGCTCGCTGTAAACTTATACATGAAGGTTAGGAAGAATTTAGTCTTCTGTTTAATTGGATTAAACTTCTGTCTATGATGTTCTCATCATATGAAACGTAGGGAATTACTACTGAATTGTATTATTTATATTCTCAATTCATGTCAAAACTTGGTGTTTGTTAGTT
TGTGCATTTTTTATTTGCAGGGAGTGATCAAATGCATCCATGGGTCCTCATTCTGTAGACAAACTATCTCCGTATTAATTGCTGTACTGTTTAAATCTTCATGCAGTCCATCTAATTCATTTTTTCTCTAAAGGAAGATTATTGTTCAATGTGTCTTGCATAAAGTTTTTGGAATTCATCTTCGTCAAAGACCGTGTGAT
GTTTATGGCAAACTGGAACTTTGGAATGTATCTCTACTAATGGCTATATTCCTTGGACTTTGGCTATATATTCATTGGACTTGCAAGCTTTGTTTTGAATCAAAGGATGGATTTAGTTATAGTCCCATAATTTTCCTGAAATGTTGTTGTTATTATATTGCCTGCTTAGCATTTGCTGAATTGCTTGGTGGGCATTACAT
TGGAC

>TRINITY_DN41120_c2_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GGGTGAGCTATTGTCATTCTATGgtaagtcaatatattgacctgcatgctaatgacacgcagcctattgtaactcgttttacatgtctgattggtgtttggaaatgggatgattatttatatgcagCAAATCTGTCACCGAGATCTGAAACTGGAAAATACTCTTCTGGATGGGAGCCCTGCCCCTCGCCTCAAGATCTG
TGACTTTGGGTATTCCAAGGTGAATTTATTTGACAGCTTGTCATAATTGATTGGCACTGAAAAATAGGAAGACAAAAAACTGCAATCTGGCCATAGTCTTGGAAATCAAAATTGTTAAATTTTGTTACCAGAATGTAGTCAAATTCTTTTATAATTGATGGCCTTTTTCTTGCAGTCTGCTTTGCTTCATTCTCAGCCGA
AATCCACTGTGGGAACCCCTGCTTACATAGCCCCGGAGATTTTGTCCAAGAAAGAATACGATGGCAAGGCAAGGGATCAGGCTGATTTTATGTCGGAGTTTGCTTTGGGATGACTATCTGGAAAATTATAAAAAAGAAAAGAGATCATCAAAATGCAGTTTTTAAATTTGGAATCTAATGTTGTTTGAATGAGGGGAGAT
TAAGAAAATGCTTGCCTATTGATCTTCTGACTGTTGCTTTCATGGTATTTTTGTGATTAGATTGCGGATGTCTGGTCGTGTGGTGTAACACTTTATGTTATGTTAGTGGGAGCATATCCCTTCGAGGACCCGGATGATCCCAGGAATTTTAAAAAAACTATTGGGGTAAGATTGATGTTTGCACCTTGAGATTTTTTATA
TCTCTCTAATGGATCTTTGTACTTCCAGTTGTTAAACATGGATCTTGTACTTCTTCTAAACATATCTGATACTTAAGTGAGTGTAACTATGAATTTATATGTGTTTTGATTTTGAAATATAGTGAATTTTGGGTGTGCA

Intron 7 GTTCTTGCAG ... GATCACGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.39	61.4	65.6	8.2
A2	45.84	38	42.4	2.8
A3	41.13	60.6	56.4	8.4
A4	42.51	48	48.6	7.6
A5	42.81	25.6	26.8	2.4
A6	41.02	146.2	133.2	5.8
A7	42.26	213.2	205.2	5.2
A8	41.46	145.6	123.2	8.4
A9	40.5	200	183.6	5
A10	40.53	222	190.4	17.4

>TRINITY_DN45302_c0_g4_i7 from sample A7 / Example spliced isoform

GTTTTGGTGCCCAGCCTTTGTCTTTTTTGTGATGCAATGTTATTAGCATTGTAAAACAATAAATTATGAAACGAGGGATCCTTAACGTATTTGTATAATGATTTTAGTTTGGTTGCTGCAAGGGGTAAGGGGTGAGCTTATCTAGCGACGATCCGGGTGTGTCCATCTGTCTCGTTAGTTATTCACTTCACTCATCTACT
TGCCACGTATAGACAAGGCCTTCCTTGCCTTCTCCATATCTCTGGGAATGGGACACGCCGCCTGGCCTGGAGATTTGGGATTGAAGAAGGAAGGGGAGTTTCAAAAGCAGCATCGAATTGGAAACCCCGAATTGGGACTCGCAGGCAGAGGTGGACCCATATGAGAGAATGCTGGTTTATAAGAAATTGGTATCTGATCT
AGCCCAACGTTGAGGTTTCTATAAATTAGCATAGTTGAGATCAGTCAATCACAGAGAAATGGATAGAGGAGCTTCATCCATGGACTTGCCAATTATGCACGATAATGATCGGTATGAGCTTGTCAAGGATATTGGTTCAGGTAACTTTGGCGTGGCCAGGCTTATGCGAGACAAACAGACCAAGGAACTTGTTGCTGTCA
AATACATCGAGAGAGGGGAGAAGATTGATGAGAATGTTCAGAGAGAAATCATCAACCATCGTTCTCTGAAGCATCCGAACATTGTTCGCTTCAAAGAGGTCATTTTAACGCCGACCCATTTAGCAATTGTGATGGAATATGCAGCAGGGGGTGAGCTCTTTGAACGGATATGTAACGCCGGCCGGTTTAGTGAAGATGAG


TAGGTCTCCAGGTCGGTCCCTGGGTCGGTTCCTGGGTCGATCTCTATCTCTAAGCAGCTGCGGCTGCGGCTGCCTATGTTGCGTGTATGTGTTCCTAGTATGTGGTCCTCTTAAGTCAGGCCCGTTTCTTCTTCCAACAGCTTATATCTGGGGTGAGCTATTGTCATTCTATGCAAATCTGTCACCGAGATCTGAAACTG
GAAAATACTCTTCTGGATGGGAGCCCTGCCCCTCGCCTCAAGATCTGTGACTTTGGGTATTCCAAGTCTGCTTTGCTTCATTCTCAGCCGAAATCCACTGTGGGAACCCCTGCTTACATAGCCCCGGAGATTTTGTCCAAGAAAGAATACGATGGCAAGATTGCGGATGTCTGGTCGTGTGGTGTAACACTTTATGTTAT
GTTAGTGGGAGCATATCCCTTCGAGGACCCGGATGATCCCAGGAATTTTAAAAAAACTATTGGGCGAATTTTGGGTGTTCAGTACGCAATTCCAGATTATGTTCACGTATCTGAAGAATGCTGTCACCTTCTATCAAGGATTTTTGTTGCAGATCCTGACAAGCGAATTACTATTCCTGAAATTCGGAATCATGAGTGGT
TTTTAAAGAACTTACCTGCAGATTTGATAGATGCAGCTGATACTGTTAGCAATCAGTGTGATGATCCTGACCAGCCTTCTCAAAGTCTTGACGAGATTATGAGAATTATTGTTGAAGCCAGAATCCCTGCACCGGGGTCGGGACTAGGCCAATACTTTGGAGATAGCTTCGAATTGGATGACATGGATCTGGAAAACGAT
GCAGACCTTGATGAAGATAGCAGTGGGGAGTTCGTATGTGCTTTGTAATTTGATCATCTTTTATGGGGTTTTAAAGGTTTTGCAGTTGCTTCCATTGCATCACGATAGAAGTGTTATACTGGCTTCATTTCTGAGACTTCACTTCTTCCAAGCCACCTGCCAAACACAATTATGGAGGCATAGTAGAAATTGGCACACAT
CTGAAATGGGCTAGAGATGTGCTCAGCTTAGATTAGATATACAGTGCAAGCTGATCATTGCTATGAATTTCTAGGTCCTGGGCTTTGCAGCTGATTTTAATAATCCAATCTGTTAATGGTTCTGAAATTCTTACAATCAGAGCTGCTCGCTGTAAACTTATACATGAAGGTTAGGAAGAATTTAGTCTTCTGTTTAATTG
GATTAAACTTCTGTCTATGATGTTCTCATCATATGAAACGTAGGGAATTACTACTGAATTGTATTATTTATATTCTCAATTCATGTCAAAACTTGGTGTTTGTTAGTTTGTGCATTTTTTATTTGCAGGGAGTGATCAAATGCATCCATGGGTCCTCATTCTGTAGACAAACTATCTCCGTATTAATTGCTGTACTGTTT
AAATCTTCATGCAGTCCATCTAATTCATTTTTTCTCTAAAGGAAGATTATTGATCAATGTGTCTTGCATAAAGTTTTTGGAATTCATCTTCGTCAAAGACCGTGTGATGTTTATGGCAAACTGGAACTTTGGAATGTATCTCTACTAATGGCTATATTCCTTGGACTTTGGCTATATATTCATTGGACTTGCAAGCTTTG
TTTTGAATCAAAGGATGGATTTAGTTATAGTCCCATAATTTTCCTGAAATGTTGTTGTTATTATATTGCCTGCTTAGCATTTGCTGAATTGCTTGGTGGGCATTACATT

>TRINITY_DN45302_c0_g4_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ACCTTGCCCTTTTTTTACACCCGCTTAATCTTTGGCCCATGAATGCACTGAGAATCGAATCTGGGAACTGTTTTTCTGAATGAAATATTGCCTTTTTCCCCATTCCCCAACAGATTGATGAGAATGTTCAGAGAGAAATCATCAACCATCGTTCTCTGAAGCATCCGAACATTGTTCGCTTCAAAGAGGCAAGAAATTCA
AATTGGGCTTGTGCATATATTGTGTTAAACTATTTGATTCATTTGAAAGAATGTCCATATCTGCAATTTGGAGTATACTGAGATTGAGTTTTTGTTTGCAGGTCATTTTAACGCCGACCCATTTAGCAATTGTGATGGAATATGCAGCAGGGGGTGAGCTCTTTGAACGGATATGTAACGCCGGCCGGTTTAGTGAAGAT
GAGgttcttgcaggactcttaaatctgttttgtgttcacagtttttaatgattgacaccagatcaaatcatgatcccagactctgtaaacaagttttaacccagtgggcttagcttgattgaatgaatgtttttttcttaattgattgattgaatgcttctttcttgattgactgaatgctttgagcttcactgtctctg
ggtcgatcacgcagTAGGTCTCCAGGTCGGTCCCTGGGTCGGTTCCTGGGTCGATCTCTATCTCTAAGCAGCTGCGGCTGCGGCTGCCTATGTTGCGTGTATGTGTTCCTAGTATGTGGTCCTCTTAAGTCAGGTCAGTTCAGTTGTCGTAATTTCATTGGGTTACACTGAGTACCATCTTCTGTAAATTGCACTTGGGA
AGTACAAGGGGTTTCTGCACAGAGAAAAAAAAAACAATAGCAATAACAAGTAAATTAGTATAGTATGGAATGGAATTCCTTCTTGGGTTTCAATTGCTGAATCTGGGTTTGTGTTTTGCAGGCCCGTTTCTTCTTCCAACAGCTTATATCTGGGGTGAGCTATTGTCATTCTATGGTAAGTCAATATATTGACCTGCATG
CTAATGACACGCAGCCTATTGTAACTCGTTTTACATGTCTGATTGGTGTTTGGAAATGGGATGATTATTTATATGCAGCAAATCTGTCACCGAGATCTGAAACTGGAAAATACTCTTCTGGATGGGAGCCCTGCCCCTCGCCTCAAGATCTGTGACTTTGGGTATTCCAAGTCTGCTTTGCTTCATTCTCAGCCGAAATC
CACTGTGGGAACCCCTGCTTACATAGCCCCGGAGATTTTGTCCAAGAAAGAATACGATGGCAAGATTGCGGATGTCTGGTCGTGTGGTGTAACACTTTATGTTATGTTAGTGGGAGCATATCCCTTCGAGGACCCGGATGATCCCAGGAATTTTAAAAAAACTATTGGGCGAATTTTGGGTGTTCAGTACGCAATTCCAG
ATTATGTTCACGTATCTGAAGAATGCTGTCACCTTCTATCAAGGATTTTTGTTGCAGATCCTGACAAGCGAATTACTATTCCTGAAATTCGGAATCATGAGTGGTTTTTAAAGAACTTACCTGCAGATTTGATAGATGCAGCTGATACTGTTAGCAATCAGTGTGATGATCCTGACCAGCCTTCTCAAAGTCTTGACGAG
ATTATGAGAATTATTGTTGAAGCCAGAATCCCTGCACCGGGGTCGGGACTAGGCCAATACTTTGGAGATAGCTTCGAATTGGATGACATGGATCTGGAAAACGATGCAGACCTTGATGAAGATAGCAGTGGGGAGTTCGTATGTGCTTTGTAATTTGATCATCTTTTATGGGGTTTTAAAGGTTTTGCAGTTGCTTCCAT
TGCATCACGATAGAAGTGTTATACTGGCTTCATTTCTGAGACTTCACTTCTTCCAAGCCACCTGCCAAACACAATTATGGAGGCATAGTAGAAATTGGCACACATCTGAAATGGGCTAGAGATGTGCTCAGCTTAGATTAGATATACAGTGCAAGCTGATCATTGCTATGAATTTCTAGGTCCTGGGCTTTGCAGCTGAT
TTTAATAATCCAATCTGTTAATGGTTCTGAAATTCTTACAATCAGAGCTGCTCGCTGTAAACTTATACATGAAGGTTAGGAAGAATTTAGTCTTCTGTTTAATTGGATTAAACTTCTGTCTATGATGTTCTCATCATATGAAACGTAGGGAATTACTACTGAATTGTATTATTTATATTCTCAATTCATGTCAAAACTTG
GTGTTTGTTAGTTTGTGCATTTTTTATTTGCAGGGAGTGATCAAATGCATCCATGGGTCCTCATTCTGTAGACAAACTATCTCCGTATTAATTGCTGTACTGTTTAAATCTTCATGCAGTCCATCTAATTCATTTTTTCTCTAAAGGAAGATTATTGATCAATGTGTCTTGCATAAAGTTTTTGGAATTCATCTTCGTCA
AAGACCGTGTGATGTTTATGGCAAACTGGAACTTTGGAATGTATCTCTACTAATGGCTATATTCCTTGGACTTTGGCTATATATTCATTGGACTTGCAAGCTTTGTTTTGAATCAAAGGATGGATTTAGTTATAGTCCCATAATTTTCCTGAAATGTTGTTGTTATTATATTGCCTGCTTAGCATTTGCTGAATTGCTTG
GTGGGCATTACATT

Intron 8 GCAAGAAATT ... TTGTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	1.59	684	8	11
A2	0	409.7	0	0
A3	0.79	627.3	2	5
A4	0.96	518.3	2	5
A5	1.46	269.3	3	4
A6	0.49	1632.3	0	8
A7	0.24	2461	4	6
A8	0.49	1418.7	1	7
A9	0.41	2215.7	2	9
A10	0.49	2430.7	0	12

>TRINITY_DN45302_c0_g4_i6 from sample A7 / Example spliced isoform

GTTTTGGTGCCCAGCCTTTGTCTTTTTTGTGATGCAATGTTATTAGCATTGTAAAACAATAAATTATGAAACGAGGGATCCTTAACGTATTTGTATAATGATTTTAGTTTGGTTGCTGCAAGGGGTAAGGGGTGAGCTTATCTAGCGACGATCCGGGTGTGTCCATCTGTCTCGTTAGTTATTCACTTCACTCATCTACT
TGCCACGTATAGACAAGGCCTTCCTTGCCTTCTCCATATCTCTGGGAATGGGACACGCCGCCTGGCCTGGAGATTTGGGATTGAAGAAGGAAGGGGAGTTTCAAAAGCAGCATCGAATTGGAAACCCCGAATTGGGACTCGCAGGCAGAGGTGGACCCATATGAGAGAATGCTGGTTTATAAGAAATTGGTATCTGATCT
AGCCCAACGTTGAGGTTTCTATAAATTAGCATAGTTGAGATCAGTCAATCACAGAGAAATGGATAGAGGAGCTTCATCCATGGACTTGCCAATTATGCACGATAATGATCGGTATGAGCTTGTCAAGGATATTGGTTCAGGTAACTTTGGCGTGGCCAGGCTTATGCGAGACAAACAGACCAAGGAACTTGTTGCTGTCA
AATACATCGAGAGAGGGGAGAAGATTGATGAGAATGTTCAGAGAGAAATCATCAACCATCGTTCTCTGAAGCATCCGAACATTGTTCGCTTCAAAGAGGTCATTTTAACGCCGACCCATTTAGCAATTGTGATGGAATATGCAGCAGGGGGTGAGCTCTTTGAACGGATATGTAACGCCGGCCGGTTTAGTGAAGATGAG
GTTCTTGCAGGACTCTTAAATCTGTTTTGTGTTCACAGTTTTTAATGATTGACACCAGATCAAATCATGATCCCAGACTCTGTAAACAAGTTTTAACCCAGTGGGCTTAGCTTGATTGAATGAATGTTTTTTTCTTAATTGATTGATTGAATGCTTCTTTCTTGATTGACTGAATGCTTTGAGCTTCACTGGGTCGATCA
CGCTCTCTATCTCTAAGCAGCTGCGGCTGCGTATGTTGCCGGATACATTTTGTTTTTCTGCCAAGGGATATGTGAACCCAAAACCTGCAAATTTATGTGTAGTGGGACACTTGCTGACGTGCTTTAGAAATATTATTATTTAGCATTTTGATTTCTTGGAGCAGAAATCAATTAAATCGAATTTGAGGCCACTTTGCCCT
CAGCGAATAGAATCTATGCCTACCATCAGGTAAGGTTAGCCATAAAACAACACCGTTATCAGATAG

>TRINITY_DN45302_c0_g4_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ACCTTGCCCTTTTTTTACACCCGCTTAATCTTTGGCCCATGAATGCACTGAGAATCGAATCTGGGAACTGTTTTTCTGAATGAAATATTGCCTTTTTCCCCATTCCCCAACAGATTGATGAGAATGTTCAGAGAGAAATCATCAACCATCGTTCTCTGAAGCATCCGAACATTGTTCGCTTCAAAGAGgcaagaaattca
aattgggcttgtgcatatattgtgttaaactatttgattcatttgaaagaatgtccatatctgcaatttggagtatactgagattgagtttttgtttgcagGTCATTTTAACGCCGACCCATTTAGCAATTGTGATGGAATATGCAGCAGGGGGTGAGCTCTTTGAACGGATATGTAACGCCGGCCGGTTTAGTGAAGAT
GAGGTTCTTGCAGGACTCTTAAATCTGTTTTGTGTTCACAGTTTTTAATGATTGACACCAGATCAAATCATGATCCCAGACTCTGTAAACAAGTTTTAACCCAGTGGGCTTAGCTTGATTGAATGAATGTTTTTTTCTTAATTGATTGATTGAATGCTTCTTTCTTGATTGACTGAATGCTTTGAGCTTCACTGTCTCTG
GGTCGATCACGCAGTAGGTCTCCAGGTCGGTCCCTGGGTCGGTTCCTGGGTCGATCTCTATCTCTAAGCAGCTGCGGCTGCGGCTGCCTATGTTGCGTGTATGTGTTCCTAGTATGTGGTCCTCTTAAGTCAGGTCAGTTCAGTTGTCGTAATTTCATTGGGTTACACTGAGTACCATCTTCTGTAAATTGCACTTGGGA
AGTACAAGGGGTTTCTGCACAGAGAAAAAAAAAACAATAGCAATAACAAGTAAATTAGTATAGTATGGAATGGAATTCCTTCTTGGGTTTCAATTGCTGAATCTGGGTTTGTGTTTTGCAGGCCCGTTTCTTCTTCCAACAGCTTATATCTGGGGTGAGCTATTGTCATTCTATGGTAAGTCAATATATTGACCTGCATG
CTAATGACACGCAGCCTATTGTAACTCGTTTTACATGTCTGATTGGTGTTTGGAAATGGGATGATTATTTATATGCAGCAAATCTGTCACCGAGATCTGAAACTGGAAAATACTCTTCTGGATGGGAGCCCTGCCCCTCGCCTCAAGATCTGTGACTTTGGGTATTCCAAGTCTGCTTTGCTTCATTCTCAGCCGAAATC
CACTGTGGGAACCCCTGCTTACATAGCCCCGGAGATTTTGTCCAAGAAAGAATACGATGGCAAGATTGCGGATGTCTGGTCGTGTGGTGTAACACTTTATGTTATGTTAGTGGGAGCATATCCCTTCGAGGACCCGGATGATCCCAGGAATTTTAAAAAAACTATTGGGCGAATTTTGGGTGTTCAGTACGCAATTCCAG
ATTATGTTCACGTATCTGAAGAATGCTGTCACCTTCTATCAAGGATTTTTGTTGCAGATCCTGACAAGCGAATTACTATTCCTGAAATTCGGAATCATGAGTGGTTTTTAAAGAACTTACCTGCAGATTTGATAGATGCAGCTGATACTGTTAGCAATCAGTGTGATGATCCTGACCAGCCTTCTCAAAGTCTTGACGAG
ATTATGAGAATTATTGTTGAAGCCAGAATCCCTGCACCGGGGTCGGGACTAGGCCAATACTTTGGAGATAGCTTCGAATTGGATGACATGGATCTGGAAAACGATGCAGACCTTGATGAAGATAGCAGTGGGGAGTTCGTATGTGCTTTGTAATTTGATCATCTTTTATGGGGTTTTAAAGGTTTTGCAGTTGCTTCCAT
TGCATCACGATAGAAGTGTTATACTGGCTTCATTTCTGAGACTTCACTTCTTCCAAGCCACCTGCCAAACACAATTATGGAGGCATAGTAGAAATTGGCACACATCTGAAATGGGCTAGAGATGTGCTCAGCTTAGATTAGATATACAGTGCAAGCTGATCATTGCTATGAATTTCTAGGTCCTGGGCTTTGCAGCTGAT
TTTAATAATCCAATCTGTTAATGGTTCTGAAATTCTTACAATCAGAGCTGCTCGCTGTAAACTTATACATGAAGGTTAGGAAGAATTTAGTCTTCTGTTTAATTGGATTAAACTTCTGTCTATGATGTTCTCATCATATGAAACGTAGGGAATTACTACTGAATTGTATTATTTATATTCTCAATTCATGTCAAAACTTG
GTGTTTGTTAGTTTGTGCATTTTTTATTTGCAGGGAGTGATCAAATGCATCCATGGGTCCTCATTCTGTAGACAAACTATCTCCGTATTAATTGCTGTACTGTTTAAATCTTCATGCAGTCCATCTAATTCATTTTTTCTCTAAAGGAAGATTATTGATCAATGTGTCTTGCATAAAGTTTTTGGAATTCATCTTCGTCA
AAGACCGTGTGATGTTTATGGCAAACTGGAACTTTGGAATGTATCTCTACTAATGGCTATATTCCTTGGACTTTGGCTATATATTCATTGGACTTGCAAGCTTTGTTTTGAATCAAAGGATGGATTTAGTTATAGTCCCATAATTTTCCTGAAATGTTGTTGTTATTATATTGCCTGCTTAGCATTTGCTGAATTGCTTG
GTGGGCATTACATT

Intron 9 GTAAGATTGA ... CGAACTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.84	553.2	30	112
A2	19.11	381.1	28	90
A3	17.25	499	22	104
A4	14.29	384.1	22	64
A5	18.29	210	9	47
A6	19.58	1663.3	45	405
A7	19.84	2344.5	81	580
A8	19.94	1771.3	60	441
A9	18.79	2105.3	47	487
A10	16.45	2229.1	103	439

>TRINITY_DN105035_c1_g3_i1 from sample A4 / Example spliced isoform

CTGGCCTGGAGATTTGGGATTGAAGAAGGAAGGGGAGTTTCAAAAGCAGCATCGAATTGGAAACCCCGAATTGGGACTCGCAGGCAGAGGTGGACCCATATGAGAGAATGCTGGTTTATAAGAAATTGGTATCTGATCTAGCCCAACGTTGAGGTTTCTATAAATTAGCATAGTTGAGATCAGTCAATCACAGAGAAATG
GATAGAGGAGCTTCATCCATGGACTTGCCAATTATGCACGATAATGATCGGTATGAGCTTGTCAAGGATATTGGTTCAGGTAACTTTGGCGTGGCCAGGCTTATGCGAGACAAACAGACCAAGGAACTTGTTGCTGTCAAATACATCGAGAGAGGGGAGAAGATTGATGAGAATGTTCAGAGAGAAATCATCAACCATCG
TTCTCTGAAGCATCCGAACATTGTTCGCTTCAAAGAGGTCATTTTAACGCCGACCCATTTAGCAATTGTGATGGAATATGCAGCAGGGGGTGAGCTCTTTGAACGGATATGTAACGCCGGCCGGTTTAGTGAAGATGAGGCCCGTTTCTTCTTCCAACAGCTTATATCTGGGGTGAGCTATTGTCATTCTATGCAAATCT
GTCACCGAGATCTGAAACTGGAAAATACTCTTCTGGATGGGAGCCCTGCCCCTCGCCTCAAGATCTGTGACTTTGGGTATTCCAAGTCTGCTTTGCTTCATTCTCAGCCGAAATCCACTGTGGGAACCCCTGCTTACATAGCCCCGGAGATTTTGTCCAAGAAAGAATACGATGGCAAGATTGCGGATGTCTGGTCGTGT
GGTGTAACACTTTATGTTATGTTAGTGGGAGCATATCCCTTCGAGGACCCGGATGATCCCAGGAATTTTAAAAAAACTATTGGGCGAATTTTGGGTGTTCAGTACGCAATTCCAGATTATGTTCACGTATCTGAAGAATGCTGTCACCTTCTATCAAGGATTTTTGTTGCAGATCCTGACAAGCGAATTACTATTCCTGA
AATTCGGAATCATGAGTGGTTTTTAAAGAACTTACCTGCAGATTTGATAGATGCAGCTGATACTGTTAGCAATCAGTGTGATGATCCTGACCAGCCTTCTCAAAGTCTTGACGAGATTATGAGAATTATTGTTGAAGCCAGAATCCCTGCACCGGGGTCGGGACTAGGCCAATACTTTGGAGATAGCTTCGAATTGGATG
ACATGGATCTGGAAAACGATGCAGACCTTGATGAAGATAGCAGTGGGGAGTTCGTATGTGCTTTGTAATTTGATCATCTTTTATGGGGTTTTAAAGGTTTTGCAGTTGCTTCCATTGCATCACGATAGAAGTGTTATACTGGCTTCATTTCTGAGACTTCACTTCTTCCAAGCCACCTGCCAAACACAATTATGGAGGCA
TAGTAGAAATTGGCACACATCTGAAATGGGCTAGAGATGTGCTCAGCTTAGATTAGATATACAGTGCAAGCTGATCATTGCTATGAATTTCTAGGTCCTGGGCTTTGCAGCTGATTTTAATAATCCAATCTGTTAATGGTTCTGAAATTCTTACAATCAGAGCTGCTCGCTGTAAACTTATACATGAAGGTTAGGAAGAA
TTTAGTCTTCTGTTTAATTGGATTAAACTTCTGTCTATGATGTTCTCATCATATGAAACGTAGGGAATTACTACTGAATTGTATTATTTATATTCTCAATTCATGTCAAAACTTGGTGTTTGTTAGTTTGTGCATTTTTTATTTGCAGGGAGTGATCAAATGCATCCATGGGTCCTCATTCTGTAGACAAACTATCTCCG
TATTAATTGCTGTACTGTTTAAATCTTCATGCAGTCCATCTAATTCATTTTTTCTCTAAAGGAAGATTATTGATCAATGTGTCTTGCATAAAGTTTTTGGAATTCATCTTCGTCAAAGACCGTGTGATGTTTATGGCAAACTGGAACTTTGGAATGTATCTCTACTAATGGCTAT

>TRINITY_DN105035_c1_g3_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CCAAGAAAGAATACGATGGCAAGGCAAGGGATCAGGCTGATTTTATGTCGGAGTTTGCTTTGGGATGACTATCTGGAAAATTATAAAAAAGAAAAGAGATCATCAAAATGCAGTTTTTAAATTTGGAATCTAATGTTGTTTGAATGAGGGGAGATTAAGAAAATGCTTGCCTATTGATCTTCTGACTGTTGCTTTCATGG
TATTTTTGTGATTAGATTGCGGATGTCTGGTCGTGTGGTGTAACACTTTATGTTATGTTAGTGGGAGCATATCCCTTCGAGGACCCGGATGATCCCAGGAATTTTAAAAAAACTATTGGGgtaagattgatgtttgcaccttgaatttttttatatccctcttatggatctggggtttaagatggatcttgtacttccag
gtgttaaacatggatcttgtacttctgctaaacagatctgataagtgattgtaactgtgaatttatgtgtcttgtattcgaactgcagCGAATTTTGGGTGTTCAGTACGCAATTCCAGATTATGTTCACGTATCTGAAGAATGCTGTCACCTTCTATCAAGGATTTTTGTTGCAGATCCTGACAAGCGAATTACTATTC
CTGAAATTCGGAATCATGAGTGGTTTTTAAAGAACTTACCTGCAGATTTGATAGATGCAGCTGATACTGTTAGCAATCAGTGTGATGATCCTGACCAGCCTTCTCAAAGTCTTGACGAGATTATGAGAATTATTGTTGAAGCCAGAATCCCTGCACCGGGGTCGGGACTAGGCCAATACTTTGGAGATAGCTTCGAATTG
GATGACATGGATCTGGAAAACGATGCAGACCTTGATGAAGATAGCAGTGGGGAGTTCGTATGTGCTTTGTAATTTGATCATCTTTTATGGGGTTTTAAAGGTTTTGCAGTTGCTTCCATTGCATCACGATAGAAGTGTTATACTGGCTTCATTTCTGAGACTTCACTTCTTCCAAGCCACCTGCCAAACACAATTATGGA
GGCATAGTAGAAATTGGCACACATCTGAAATGGGCTAGAGATGTGCTCAGCTTAGATTAGATATACAGTGCAAGCTGATCATTGCTATGAATTTCTAGGTCCTGGGCTTTGCAGCTGATTTTAATAATCCAATCTGTTAATGGTTCTGAAATTCTTACAATCAGAGCTGCTCGCTGTAAACTTATACATGAAGGTTAGGA
AGAATTTAGTCTTCTGTTTAATTGGATTAAACTTCTGTCTATGATGTTCTCATCATATGAAACGTAGGGAATTACTACTGAATTGTATTATTTATATTCTCAATTCATGTCAAAACTTGGTGTTTGTTAGTTTGTGCATTTTTTATTTGCAGGGAGTGATCAAATGCATCCATGGGTCCTCATTCTGTAGACAAACTATC
TCCGTATTAATTGCTGTACTGTTTAAATCTTCATGCAGTCCATCTAATTCATTTTTTCTCTAAAGGAAGATTATTGATCAATGTGTCTTGCATAAAGTTTTTGGAATTCATCTTCGTCAAAGACCGTGTGATGTTTATGGCAAACTGGAACTTTGGAATGTATCTCTACTAATGGCTAT

Intron 10 GCAAGGGATC ... TTGTGATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	7.86	373.8	45.1	32.7
A2	8.14	218.3	34.9	19.8
A3	6.99	347.9	40.4	27.2
A4	11.03	286.1	33	36.2
A5	4.15	147.2	16	6.6
A6	4.62	1018.2	107.7	51.4
A7	6.35	1439.1	165.2	101.3
A8	6.53	993.5	115.9	71.4
A9	4.1	1342.4	153.2	60.3
A10	7.11	1301.6	123.7	102

>TRINITY_DN119043_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGGAAAAGGTCCGTTTTGGTGCCCAGCCTTTGTCTTTTTTGTGATGCAATGTTATTAGCATTGTAAAACAATAAATTATGAAACGAGGGATCCTTAACGTATTTGTATAATGATTTTAGTTTGGTTGCTGCAAGGGGTAAGGGGTGAGCTTATCTAGCGACGATCCGGGTGTGTCCATCTGTCTCGTTAGTTATTCACT
TCACTCATCTACTTGCCACGTATAGACAAGGCCTTCCTTGCCTTCTCCATATCTCTGGGAATGGGACACGCCGCCTGGCCTGGAGATTTGGGATTGAAGAAGGAAGGGGAGTTTCAAAAGCAGCATCGAATTGGAAACCCCGAATTGGGACTCGCAGGCAGAGGTGGACCCATATGAGAGAATGCTGGTTTATAAGAAAT
TGGTATCTGATCTAGCCCAACGTTGAGGTTTCTATAAATTAGCATAGTTGAGATCAGTCAATCACAGAGAAATGGATAGAGGAGCTTCATCCATGGACTTGCCAATTATGCACGATAATGATCGGTATGAGCTTGTCAAGGATATTGGTTCAGGTAACTTTGGCGTGGCCAGGCTTATGCGAGACAAACAGACCAAGGAA
CTTGTTGCTGTCAAATACATCGAGAGAGGGGAGAAGATTGATGAGAATGTTCAGAGAGAAATCATCAACCATCGTTCTCTGAAGCATCCGAACATTGTTCGCTTCAAAGAGGTCATTTTAACGCCGACCCATTTAGCAATTGTGATGGAATATGCAGCAGGGGGTGAGCTCTTTGAACGGATATGTAACGCCGGCCGGTT
TAGTGAAGATGAGGCCCGTTTCTTCTTCCAACAGCTTATATCTGGGGTGAGCTATTGTCATTCTATGCAAATCTGTCACCGAGATCTGAAACTGGAAAATACTCTTCTGGATGGGAGCCCTGCCCCTCGCCTCAAGATCTGTGACTTTGGGTATTCCAAGTCTGCTTTGCTTCATTCTCAGCCGAAATCCACTGTGGGAA
CCCCTGCTTACATAGCCCCGGAGATTTTGTCCAAGAAAGAATACGATGGCAAGATTGCGGATGTCTGGTCGTGTGGTGTAACACTTTATGTTATGTTAGTGGGAGCATATCCCTTCGAGGACCCGGATGATCCCAGGAATTTTAAAAAAACTATTGGGCGAATTTTGGGTGTTCAGTACGCAATTCCAGATTATGTTCAC
GTATCTGAAGAATGCTGTCACCTTCTATCAAGGATTTTTGTTGCAGATCCTGACAAGCGAATTACTATTCCTGAAATTCGGAATCATGAGTGGTTTTTAAAGAACTTACCTGCAGATTTGATAGATGCAGCTGATACTGTTAGCAATCAGTGTGATGATCCTGACCAGCCTTCTCAAAGTCTTGACGAGATTATGAGAAT
TATTGTTGAAGCCAGAATCCCTGCACCGGGGTCGGGACTAGGCCAATACTTTGGAGATAGCTTCGAATTGGATGACATGGATCTGGAAAACGATGCAGACCTTGATGAAGATAGCAGTGGGGAGTTCGTATGTGCTTTGTAATTTGATCATCTTTTATGGGGTTTTAAAGGTTTTGCAGTTGCTTCCATTGCATCACGAT
AGAAGTGTTATACTGGCTTCATTTCTGAGACTTCACTTCTTCCAAGCCACCTGCCAAACTCAATTATGGAGGCATAGTAGAAATTGGCACACATCTGAAATGGGCTAGAGATGTGCTCAGCTTAGATTAGATATACAGTGCAAGCTGATCATTGCTATGAATTTCTAGGTCCTGGGCTTTGCAGCTGATTTTAATAATCC
AATCTGTTAATGGTTCTGAAATTCTTACAATCAGAGCTGCTCGCTGTAAACTTATACATGAAGGTTAGGAAGAATTTAGTCTTCTGTTTAATTGGATTAAACTTCTGTCTATGATGTTCTCATCATATGAAACGTAGGGAATTACTACTGAATTGTATTATTTATATTCTCAATTCATGTCAAAACTTGGTGTTTGTTAG
TTTGTGCATTTTTTATTTGCAGGGAGTGATCAAATGCATCCATGGGTCCTCATTCTGTAGACAAACTATCTCCGTATTAATTGCTGTACTGTTTAAATCTTCATGCAGTCCATCTAATTCATTTTTTCTCTAAAGGAAGATTATTGATCAATGTGTCTTGCATAAAGTTTTTGGAATTCATCTTCGTCAAAGACCGTGTG
ATGTTTATGGCAAACTGGAACTTTGGAATGTATCTCT

>TRINITY_DN119043_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGGAAAAGGTCCGTTTTGGTGCCCAGCCTTTGTCTTTTTTGTGATGCAATGTTATTAGCATTGTAAAACAATAAATTATGAAACGAGGGATCCTTAACGTATTTGTATAATGATTTTAGTTTGGTTGCTGCAAGGGGTAAGGGGTGAGCTTATCTAGCGACGATCCGGGTGTGTCCATCTGTCTCGTTAGTTATTCACT
TCACTCATCTACTTGCCACGTATAGACAAGGCCTTCCTTGCCTTCTCCATATCTCTGGGAATGGGACACGCCGCCTGGCCTGGAGATTTGGGATTGAAGAAGGAAGGGGAGTTTCAAAAGCAGCATCGAATTGGAAACCCCGAATTGGGACTCGCAGGCAGAGGTGGACCCATATGAGAGAATGCTGGTTTATAAGAAAT
TGGTATCTGATCTAGCCCAACGTTGAGGTTTCTATAAATTAGCATAGTTGAGATCAGTCAATCACAGAGAAATGGATAGAGGAGCTTCATCCATGGACTTGCCAATTATGCACGATAATGATCGGTATGAGCTTGTCAAGGATATTGGTTCAGGTAACTTTGGCGTGGCCAGGCTTATGCGAGACAAACAGACCAAGGAA
CTTGTTGCTGTCAAATACATCGAGAGAGGGGAGAAGATTGATGAGAATGTTCAGAGAGAAATCATCAACCATCGTTCTCTGAAGCATCCGAACATTGTTCGCTTCAAAGAGGTCATTTTAACGCCGACCCATTTGCAGCAGGGGGTGAGCTCTTTGAACGGATATGTAACGCCGGCCGGTTTAGTGAAGATGAGGCCCGT
TTCTTCTTCCAACAGCTTATATCTGGGGTGAGCTATTGTCATTCTATGCAAATCTGTCACCGAGATCTGAAACTGGAAAATACTCTTCTGGATGGGAGCCCTGCCCCTCGCCTCAAGATCTGTGACTTTGGGTATTCCAAGGTGAATTTATTTGACAGCTTGTCATAATTGATTGGCACTGAAAAATAGGAAGACAAAAA
ACTGCAATCTGGCCATAGTCTTGGAAATCAAAATTGTTAAATTTTGTTACCAGAATGTAGTCAAATTCTTTTATAATTGATGGCCTTTTTCTTGCAGTCTGCTTTGCTTCATTCTCAGCCGAAATCCACTGTGGGAACCCCTGCTTACATAGCCCCGGAGATTTTGTCCAAGAAAGAATACGATGGCAAGgcaagggatc
aggctgattttatgtcggagtttgctttgggatgactatctggaaaattataaaaaagaaaagagatcatcaaaatgcagtttttaaatttggaatctaatgttgtttgaatgaggggagattaagaaaatgcttgcctattgatcttctgactgttgctttcatggtatttttgtgattagATTGCGGATGTCTGGTCG
TGTGGTGTAACACTTTATGTTATGTTAGTGGGAGCATATCCCTTCGAGGACCCGGATGATCCCAGGAATTTTAAAAAAACTATTGGGGTAAGATTGATGTTTGCACCTTGAATTTTTTTATATCCCTCTTATGGATCTGGGGTTTAAGATGGATCTTGTACTTCCAGGTGTTAAACATGGATCTTGTACTTCTGCTAAAC
AGATCTGATAAGTGATTGTAACTGTGAATTTATGTGTCTTGTATTCGAACTGCAGCGAATTTTG

Intron 11 GTCAGTTCAG ... TGTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.03	297	12	82.8
A2	12.99	253	7	63.8
A3	14.2	330	17	87.5
A4	12.4	260	3	64
A5	12.37	188	5	46
A6	12.83	972	8	244.8
A7	12.68	1580	14	393
A8	12.89	863	26	213.8
A9	12.61	1206	8	299.8
A10	12.22	1486	20	355.5

>TRINITY_DN45302_c0_g4_i7 from sample A7 / Example spliced isoform

GTTTTGGTGCCCAGCCTTTGTCTTTTTTGTGATGCAATGTTATTAGCATTGTAAAACAATAAATTATGAAACGAGGGATCCTTAACGTATTTGTATAATGATTTTAGTTTGGTTGCTGCAAGGGGTAAGGGGTGAGCTTATCTAGCGACGATCCGGGTGTGTCCATCTGTCTCGTTAGTTATTCACTTCACTCATCTACT
TGCCACGTATAGACAAGGCCTTCCTTGCCTTCTCCATATCTCTGGGAATGGGACACGCCGCCTGGCCTGGAGATTTGGGATTGAAGAAGGAAGGGGAGTTTCAAAAGCAGCATCGAATTGGAAACCCCGAATTGGGACTCGCAGGCAGAGGTGGACCCATATGAGAGAATGCTGGTTTATAAGAAATTGGTATCTGATCT
AGCCCAACGTTGAGGTTTCTATAAATTAGCATAGTTGAGATCAGTCAATCACAGAGAAATGGATAGAGGAGCTTCATCCATGGACTTGCCAATTATGCACGATAATGATCGGTATGAGCTTGTCAAGGATATTGGTTCAGGTAACTTTGGCGTGGCCAGGCTTATGCGAGACAAACAGACCAAGGAACTTGTTGCTGTCA
AATACATCGAGAGAGGGGAGAAGATTGATGAGAATGTTCAGAGAGAAATCATCAACCATCGTTCTCTGAAGCATCCGAACATTGTTCGCTTCAAAGAGGTCATTTTAACGCCGACCCATTTAGCAATTGTGATGGAATATGCAGCAGGGGGTGAGCTCTTTGAACGGATATGTAACGCCGGCCGGTTTAGTGAAGATGAG
TAGGTCTCCAGGTCGGTCCCTGGGTCGGTTCCTGGGTCGATCTCTATCTCTAAGCAGCTGCGGCTGCGGCTGCCTATGTTGCGTGTATGTGTTCCTAGTATGTGGTCCTCTTAAGTCAGGCCCGTTTCTTCTTCCAACAGCTTATATCTGGGGTGAGCTATTGTCATTCTATGCAAATCTGTCACCGAGATCTGAAACTG
GAAAATACTCTTCTGGATGGGAGCCCTGCCCCTCGCCTCAAGATCTGTGACTTTGGGTATTCCAAGTCTGCTTTGCTTCATTCTCAGCCGAAATCCACTGTGGGAACCCCTGCTTACATAGCCCCGGAGATTTTGTCCAAGAAAGAATACGATGGCAAGATTGCGGATGTCTGGTCGTGTGGTGTAACACTTTATGTTAT
GTTAGTGGGAGCATATCCCTTCGAGGACCCGGATGATCCCAGGAATTTTAAAAAAACTATTGGGCGAATTTTGGGTGTTCAGTACGCAATTCCAGATTATGTTCACGTATCTGAAGAATGCTGTCACCTTCTATCAAGGATTTTTGTTGCAGATCCTGACAAGCGAATTACTATTCCTGAAATTCGGAATCATGAGTGGT
TTTTAAAGAACTTACCTGCAGATTTGATAGATGCAGCTGATACTGTTAGCAATCAGTGTGATGATCCTGACCAGCCTTCTCAAAGTCTTGACGAGATTATGAGAATTATTGTTGAAGCCAGAATCCCTGCACCGGGGTCGGGACTAGGCCAATACTTTGGAGATAGCTTCGAATTGGATGACATGGATCTGGAAAACGAT
GCAGACCTTGATGAAGATAGCAGTGGGGAGTTCGTATGTGCTTTGTAATTTGATCATCTTTTATGGGGTTTTAAAGGTTTTGCAGTTGCTTCCATTGCATCACGATAGAAGTGTTATACTGGCTTCATTTCTGAGACTTCACTTCTTCCAAGCCACCTGCCAAACACAATTATGGAGGCATAGTAGAAATTGGCACACAT
CTGAAATGGGCTAGAGATGTGCTCAGCTTAGATTAGATATACAGTGCAAGCTGATCATTGCTATGAATTTCTAGGTCCTGGGCTTTGCAGCTGATTTTAATAATCCAATCTGTTAATGGTTCTGAAATTCTTACAATCAGAGCTGCTCGCTGTAAACTTATACATGAAGGTTAGGAAGAATTTAGTCTTCTGTTTAATTG
GATTAAACTTCTGTCTATGATGTTCTCATCATATGAAACGTAGGGAATTACTACTGAATTGTATTATTTATATTCTCAATTCATGTCAAAACTTGGTGTTTGTTAGTTTGTGCATTTTTTATTTGCAGGGAGTGATCAAATGCATCCATGGGTCCTCATTCTGTAGACAAACTATCTCCGTATTAATTGCTGTACTGTTT
AAATCTTCATGCAGTCCATCTAATTCATTTTTTCTCTAAAGGAAGATTATTGATCAATGTGTCTTGCATAAAGTTTTTGGAATTCATCTTCGTCAAAGACCGTGTGATGTTTATGGCAAACTGGAACTTTGGAATGTATCTCTACTAATGGCTATATTCCTTGGACTTTGGCTATATATTCATTGGACTTGCAAGCTTTG
TTTTGAATCAAAGGATGGATTTAGTTATAGTCCCATAATTTTCCTGAAATGTTGTTGTTATTATATTGCCTGCTTAGCATTTGCTGAATTGCTTGGTGGGCATTACATT

>TRINITY_DN45302_c0_g4_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ACCTTGCCCTTTTTTTACACCCGCTTAATCTTTGGCCCATGAATGCACTGAGAATCGAATCTGGGAACTGTTTTTCTGAATGAAATATTGCCTTTTTCCCCATTCCCCAACAGATTGATGAGAATGTTCAGAGAGAAATCATCAACCATCGTTCTCTGAAGCATCCGAACATTGTTCGCTTCAAAGAGGCAAGAAATTCA
AATTGGGCTTGTGCATATATTGTGTTAAACTATTTGATTCATTTGAAAGAATGTCCATATCTGCAATTTGGAGTATACTGAGATTGAGTTTTTGTTTGCAGGTCATTTTAACGCCGACCCATTTAGCAATTGTGATGGAATATGCAGCAGGGGGTGAGCTCTTTGAACGGATATGTAACGCCGGCCGGTTTAGTGAAGAT
GAGGTTCTTGCAGGACTCTTAAATCTGTTTTGTGTTCACAGTTTTTAATGATTGACACCAGATCAAATCATGATCCCAGACTCTGTAAACAAGTTTTAACCCAGTGGGCTTAGCTTGATTGAATGAATGTTTTTTTCTTAATTGATTGATTGAATGCTTCTTTCTTGATTGACTGAATGCTTTGAGCTTCACTGTCTCTG
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