sp|Q94HW2|POLR1_ARATH ----> Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE1

Intron 1 GTACACTTTT ... CTATCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	64.44	8	16	13
A2	63.64	6	12	9
A3	50.94	13	16	11
A4	55.56	8	10	10
A5	58.62	6	10	7
A6	60	7	12	9
A7	72.41	8	21	21
A8	68.75	5	14	8
A9	63.64	10	21	14
A10	92	1	12	11

>TRINITY_DN41726_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

CTCTGCTCCTGCTCCCTGCTCCCCGCTCCCGCTTCTCGCTCCCAACAGCATAGATCTAACCTTCTAACTTTATCACAATGAACCATGTTTCATTATAAATTTGAACCCGGTGAGACTTATTAGAGAGTATTTTAACTTATAGTTTGCATTCAATAAGAGGAATCATCATAGCAAGTGCATTTGAATAATTTTGTTGCCTT
TGTGGAGAAAACTTTGGTTAAGCAATTTGGAAAAATCTCATAGCCTTTTTTGGCCCTTAAACCAGAATAGTGAAGTTGAAAGCATTTATTTTTGTTTTTGGAATTCTCTGAAATATATGGCTGGATGCATTTTCCTTGAAAGCAGCTCAGGGTTGCGTACCATCCGAAGGGGACTTTCAGCCTCAGAGAATTCCACCACG
CTGTCAATAGCTTGTCCGCAGATCACTTTGTTCCAAGAGCTAAGGCCTTTGAATGCTCACAAATTTATGGCCAAGGAAGGTAATCATGATCAGCGGCTATTTCATGGAAAGCATTACATCCTTTCGAAAAACAGTGACGGATGCAGCTGACCATTGTGTGACAATAGAATTCATTCAGATTGAATCGGATGTTCATCCAC
ATGTGCAATGGGGAAATTTTACAGAGGCCATGCTCTCGGAAAAGAGGAAAGAGTTTACAGATAGTATATCTGAGCTTGAAAATTGTATGTTCCACAGAGTTCAGGCAGATTATTGGAGTTTTTGGAGTCTCTTCAAACGGTGGTTCCAAGATATCAAAGATGAATTGGAAGAACCTCTGCAAGCTGTCCTCATTTTCAAA
GATAACTTGGTGGAATCGACAAATAAGGTTTTTTGCAACTTATTTCCTTCAATAATGCAGATTGCAGACAAATTCAGGCCTTGCCAGACATGCAGATGCCATGGAGCAGCTATAGACACAACAGAGCCTGTGAAGCAAAGGGATAGAAAATCTGTCTGTCCAATTACAGG

>TRINITY_DN41726_c0_g1_i11 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TTTAAATATTCCGCAAACGGCTTTACAAATTGACATTCATACCCTTCTCTTCGATTTTTAAATAATCCACAAGAAACACTTCCTCTGTGTATAATTTTTCTTTATTTTTAAGAAAGGCAAATACTTTCTCTGTATATCATTTTCAAGACGCAATGCGCAAATTGGGAAACCATTTCAGTAATCCCTAGAAATCATTATTA
GGGTCCTGAAAGAATTGATATTCGAGGTTTTTGGCCTTTGATTACTTGTTCAGAGCCGTAATGGTGCTTATTTGCTTCGTCTTAGACTTGTCTTCATTTCAACCTTCTCTGCTAAGAGAACTAAAACAGTATGCAAATACAGTGCTTGCTTCAGCTTGCCAACCTTTATGCAATCAGAAAAGTTGATGACCGGGCCGAGA
CTCGCAGTTACAATGCTATCGGTTTGTGTTGCATTCAGAAGAATAACGTCTCCGGTTCGAACGAGCTCAGGGTTGCGTACCATCCGAAGGGGACTTTCAGCCTCAGAGAATTCCACCACGCTGTCAATAGCTTGTCCGCAGATCACTTTGTTCCAAGAGCTAAGGCCTTTGAATGCTCACAAATTTATGGCCAAGgtaca
cttttgacaagtgaaggattatattcctggggtcctgaaactatctgcagGAAGGTAATCATGATCAGCGGCTATTTCATGGAAAGCATTACATCCTTTCGAAAAACAGTGACGGATGCAGCTGACCATTGTGTGACAATAGAATTCATTCAGATTGAATCGGATGTTCATCCACATGTGCAATGGGGAAATTTTACAGA
GGCCATGCTCTCGGAAAAGAGGAAAGAGTTTACAGATAGTATATCTGAGCTTGAAAATTGTATGTTCCACAGAGTTCAGGCAGATTATTGGAGTTTTTGGAGTCTCTTCAAACGGTGGTTCCAAGATATCAAAGATGAATTGGAAGAACCTCTGCAAGCTGTCCTCATTTTCAAAGATAACTTGGTGGAATCGACAAATA
AGGTTTTTTGCAACTTATTTCCTTCAATAATGCAGATTGCAGACAAATTCAGGCCTTGCCAGACATGCAGATGCCATGGAGCAGCTATAGACACAACAGAGCCTGTGAAGCAAAGGGATAGAAAATCTGTCTGTCCAATTACAGG

Intron 2 GTGACAAGGA ... TCATGTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	64.04	16	32	25
A2	54.72	12	11	18
A3	54.29	16	15	23
A4	54.55	10	10	14
A5	53.49	10	16	7
A6	36.84	12	4	10
A7	26.32	21	8	7
A8	37.78	14	9	8
A9	30	21	9	9
A10	41.46	12	2	15

>TRINITY_DN136010_c3_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

CATACCCTGTGCCTTAATTTTTAAATATTCCGCAAACGGCTTTACAAATTGACATTCATACCCTTCTCTTCGAATTTTAAATAATCCACAAGAAACACTTCCTCTGTGTATAATTTTTCTTTATTTTTAAGAAAGGCAAATACTTTCTCTGTATATCATTTTCAAGACGCAATGCGCAAATTGGGAAACCATTTCAGTAA
TCCCTAGAAATCATTATTAGGGTCCTGAAAGAATTGATATTCGAGGTTTTTGGCCTTTGATTACTTGTTCAGAGCCGTAATGGTGCTTATTTGCTTCGTCTTAGACTTGTCTTCATTTCAACCTTCTCTGCTAAGAGAACTAAAACAGTGCTTGCTTCAGCTTGCCAACCTTTATGCAATCAGAAAAGTTGATGACCGGG
CCGAGACTCGCAGTTACAATGCTATCGGTTTGTGTTGCATTCAGAAGAATAACGTCTCCGGTTCGAACGAGCTCAGGGTTGCGTACCATCCGAAGGGGACTTTCAGCCTCAGAGAATTCCACCACGCTGTCAATAGCTTGTCCGCAGATCACTTTGTTCCAAGAGCTAAGGCCTTTGAATGCTCACAAATTTATGGCCAA
GGTACACTTTTGACAAGTGAAGGATTATATTCCTGGGGTCCTGAAACTATCTGCAGGAAGGTAATCATGATCAGCGGCTATTTCATGGAAAGCATTACATCCTTTCGAAAAACAGTGACGGATGCAGCTGACCATTGTGTGACAATAGAATTCATTCAGATTGAATCGGATGTTCATCCACATGTGCAATGGGGAAATTT
TACAGAGGCCATGCTCTCGGAAAAGAGGAAAGAGTTTACAGATAGTATATCTGAGCTTGAAAATTGTATGTTCCACAGAGTTCAGGCAGATTATTGGAGTTTTTGGAGTCTCTTCAAACGGTGGCTCCAAGATATCAAAGATGAATTGGAAGAACCTCTGCAAGCTGTCCTCATTTTCAAAGATAACTTGGTGGAATCGA
CAAATAAGGTTTTTTGCAACTTATTTCCTTCAATAATGCAGATTGCAGACAAATTCAGGCCTTGCCAGGTATTGAAAATTCTGCTTCTGCTTTATAGATATTTTTGTTAGCCATGCTACTTCAATACTTTGATGAATGAGAAATCTAGAGTTGAAACGGCATGGGAACCCAAATATTCCCTTAGTTGGAATGTTCAAGTC
CGAAAGAAGCTCTTTGGAATTGGTGGTTCTGCTAAATTTATAGTCTGCATTCTGAAGCTGATTTAAAGTCTGAACAATAGGTTTTATAAAATTTAAATGTTGATATTTTATATTTTGGTCATTTATAATAATCTGTGAGTTTTTTTAAATTAAAACCATTAATCTTATGGAGTTTGATTCTTGCATCCTCTCTTAATGTT
CTTTTAAATTAACACCATTAATCTTTTGGAGTTTGATTCTTTGAATCTCTCTGAATGTACTTTTCCTATTTTTATCATGAGAGACCATATCTATATCGTTTCCTATAGGATTAGATTTAATGTAAATACACCTAAATTTTACTTTTCCCATCTTTCTTTCCGTAACATCATATCCAAGTAGGGAAGACATGAAAACATAT
ATCTAGACTTTCACAATGAACTATAGGTAGTATTCCAAATTTTTATCATAAAGACCATGCACTCTCTGTTTGGCTGATAATAAACCAGCCTAGATCCAAATCCTAGGCTCTATCAAGCGCCGAGAGGGATCAAATCTCCCGAGGTGCAAACCTCTCCTTGAATAGCTCCTTGAGTGCAATACCCGAGCCACCTAATCCTA
AGCTCTAAAGTCTCTAGTTTAAGTCTCATATTTACTTTTTACTTTGTATTATTCTTTTTTGTTTATGTCCGACATAATATTTATTACTTTTTACTTTGTATTATTCTTTTTTGTTTACTTTGTATTATTTTGTTACTCGACAAACACTCGACAAACGTTACAAGATCTCCCTCATATTTACTTTTTACTTTGTATTATTC
TTTTTTGTTTATGGTCGACATAATATTTATTACTTTTTACTTTGTATTATTCTTTTTTGTTTACTTTGTATTATTTTGTTACTCGACAAACACTCACAAACTCGACAAACACTCTAAAGTCTCATATTTACTTTTTACTTTGTATTATTCTTTTTTGTTTATGGCTGACATAATATTTACCACCTAATCCGAAGCTCTAA
AGTCTCTAGTTTAAGTCTCATATTTACTTTTTACTTTGTATTATT

>TRINITY_DN136010_c3_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CATACCCTGTGCCTTAATTTTTAAATATTCCGCAAACGGCTTTACAAATTGACATTCATACCCTTCTCTTCGAATTTTAAATAATCCACAAGAAACACTTCCTCTGTGTATAATTTTTCTTTATTTTTAAGAAAGGCAAATACTTTCTCTGTATATCATTTTCAAGACGCAATGCGCAAATTGGGAAACCATTTCAGTAA
TCCCTAGAAATCATTATTAGGGTCCTGAAAGAATTGATATTCGAGGTTTTTGGCCTTTGATTACTTGTTCAGAGCCGTAATGGTGCTTATTTGCTTCGTCTTAGACTTGTCTTCATTTCAACCTTCTCTGCTAAGAGAACTAAAACAGTGCTTGCTTCAGCTTGCCAACCTTTATGCAATCAGAAAAGTTGATGACCGGG
CCGAGACTCGCAGTTACAATGCTATCGGTTTGTGTTGCATTCAGAAGAATAACGTCTCCGGTTCGAACGAGCTCAGGGTTGCGTACCATCCGAAGGGGACTTTCAGCCTCAGAGAATTCCACCACGCTGTCAATAGCTTGTCCGCAGATCACTTTGTTCCAAGAGCTAAGGCCTTTGAATGCTCACAAATTTATGGCCAA
Ggtgacaaggaacatgctagaagagttgcatcaattttatagtgcttgattttagaatctggcagccaaatgattttctatcatgaactcttaaatatacttaaaagaaaacaatatgctgtgatttatcttacttgctgtaaagagtgtcgaaagagcactttaggatggtaaatcttaattgaagcaaaagccaaagc
actattgatacttgacattggttgaatgtgaaatcgaaaagtgtcatgtttagGTACACTTTTGACAAGTGAAGGATTATATTCCTGGGGTCCTGAAACTATCTGCAGGAAGGTAATCATGATCAGCGGCTATTTCATGGAAAGCATTACATCCTTTCGAAAAACAGTGACGGATGCAGCTGACCATTGTGTGACAATAG
AATTCATTCAGATTGAATCGGATGTTCATCCACATGTGCAATGGGGAAATTTTACAGAGGCCATGCTCTCGGAAAAGAGGAAAGAGTTTACAGATAGTATATCTGAGCTTGAAAATTGTATGTTCCACAGAGTTCAGGCAGATTATTGGAGTTTTTGGAGTCTCTTCAAACGGTGGCTCCAAGATATCAAAGATGAATTG
GAAGAACCTCTGCAAGCTGTCCTCATTTTCAAAGATAACTTGGTGGAATCGACAAATAAGGTTTTTTGCAACTTATTTCCTTCAATAATGCAGATTGCAGACAAATTCAGGCCTTGCCAGGTATTGAAAATTCTGCTTCTGCTTTATAGATATTTTTGTTAGCCATGCTACTTCAATACTTTGATGAATGAGAAATCTAG
AGTTGAAACGGCATGGGAACCCAAATATTCCCTTAGTTGGAATGTTCAAGTCCGAAAGAAGCTCTTTGGAATTGGTGGTTCTGCTAAATTTATAGTCTGCATTCTGAAGCTGATTTAAAGTCTGAACAATAGGTTTTATAAAATTTAAATGTTGATATTTTATATTTTGGTCATTTATAATAATCTGTGAGTTTTTTTAA
ATTAAAACCATTAATCTTATGGAGTTTGATTCTTGCATCCTCTCTTAATGTTCTTTTAAATTAACACCATTAATCTTTTGGAGTTTGATTCTTTGAATCTCTCTGAATGTACTTTTCCTATTTTTATCATGAGAGACCATATCTATATCGTTTCCTATAGGATTAGATTTAATGTAAATACACCTAAATTTTACTTTTCC
CATCTTTCTTTCCGTAACATCATATCCAAGTAGGGAAGACATGAAAACATATATCTAGACTTTCACAATGAACTATAGGTAGTATTCCAAATTTTTATCATAAAGACCATGCACTCTCTGTTTGGCTGATAATAAACCAGCCTAGATCCAAATCCTAGGCTCTATCAAGCGCCGAGAGGGATCAAATCTCCCGAGGTGCA
AACCTCTCCTTGAATAGCTCCTTGAGTGCAATACCCGAGCCACCTAATCCTAAGCTCTAAAGTCTCTAGTTTAAGTCTCATATTTACTTTTTACTTTGTATTATTCTTTTTTGTTTATGTCCGACATAATATTTATTACTTTTTACTTTGTATTATTCTTTTTTGTTTACTTTGTATTATTTTGTTACTCGACAAACACT
CGACAAACGTTACAAGATCTCCCTCATATTTACTTTTTACTTTGTATTATTCTTTTTTGTTTATGGTCGACATAATATTTATTACTTTTTACTTTGTATTATTCTTTTTTGTTTACTTTGTATTATTTTGTTACTCGACAAACACTCACAAACTCGACAAACACTCTAAAGTCTCATATTTACTTTTTACTTTGTATTAT
TCTTTTTTGTTTATGGCTGACATAATATTTACCACCTAATCCGAAGCTCTAAAGTCTCTAGTTTAAGTCTCATATTTACTTTTTACTTTGTATTATT

Intron 3 GTGACAAGGA ... CTATCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	78.08	8	32	25
A2	67.57	6	11	14
A3	58.73	13	15	22
A4	61.9	8	10	16
A5	64.71	6	16	6
A6	50	7	4	10
A7	56.76	8	8	13
A8	64.29	5	9	9
A9	54.55	10	9	15
A10	88.24	1	2	13

>TRINITY_DN41726_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

CTCTGCTCCTGCTCCCTGCTCCCCGCTCCCGCTTCTCGCTCCCAACAGCATAGATCTAACCTTCTAACTTTATCACAATGAACCATGTTTCATTATAAATTTGAACCCGGTGAGACTTATTAGAGAGTATTTTAACTTATAGTTTGCATTCAATAAGAGGAATCATCATAGCAAGTGCATTTGAATAATTTTGTTGCCTT
TGTGGAGAAAACTTTGGTTAAGCAATTTGGAAAAATCTCATAGCCTTTTTTGGCCCTTAAACCAGAATAGTGAAGTTGAAAGCATTTATTTTTGTTTTTGGAATTCTCTGAAATATATGGCTGGATGCATTTTCCTTGAAAGCAGCTCAGGGTTGCGTACCATCCGAAGGGGACTTTCAGCCTCAGAGAATTCCACCACG
CTGTCAATAGCTTGTCCGCAGATCACTTTGTTCCAAGAGCTAAGGCCTTTGAATGCTCACAAATTTATGGCCAAGGAAGGTAATCATGATCAGCGGCTATTTCATGGAAAGCATTACATCCTTTCGAAAAACAGTGACGGATGCAGCTGACCATTGTGTGACAATAGAATTCATTCAGATTGAATCGGATGTTCATCCAC
ATGTGCAATGGGGAAATTTTACAGAGGCCATGCTCTCGGAAAAGAGGAAAGAGTTTACAGATAGTATATCTGAGCTTGAAAATTGTATGTTCCACAGAGTTCAGGCAGATTATTGGAGTTTTTGGAGTCTCTTCAAACGGTGGTTCCAAGATATCAAAGATGAATTGGAAGAACCTCTGCAAGCTGTCCTCATTTTCAAA
GATAACTTGGTGGAATCGACAAATAAGGTTTTTTGCAACTTATTTCCTTCAATAATGCAGATTGCAGACAAATTCAGGCCTTGCCAGACATGCAGATGCCATGGAGCAGCTATAGACACAACAGAGCCTGTGAAGCAAAGGGATAGAAAATCTGTCTGTCCAATTACAGG

>TRINITY_DN41726_c0_g1_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CTCTGCTCCTGCTCCCTGCTCCCCGCTCCCGCTTCTCGCTCCCAACAGCATAGATCTAACCTTCTAACTTTATCACAATGAACCATGTTTCATTATAAATTTGAACCCGGTGAGACTTATTAGAGAGTATTTTAACTTATAGTTTGCATTCAATAAGAGGAATCATCATAGCAAGTGCATTTGAATAATTTTGTTGCCTT
TGTGGAGAAAACTTTGGTTAAGCAATTTGGAAAAATCTCATAGCCTTTTTTGGCCCTTAAACCAGAATAGTGAAGTTGAAAGCATTTATTTTTGTTTTTGGAATTCTCTGAAATATATGGCTGGATGCATTTTCCTTGAAAGCAGCTCAGGGTTGCGTACCATCCGAAGGGGACTTTCAGCCTCAGAGAATTCCACCACG
CTGTCAATAGCTTGTCCGCAGATCACTTTGTTCCAAGAGCTAAGGCCTTTGAATGCTCACAAATTTATGGCCAAGgtgacaaggaacatgctagaagagttgcatcaattttatagtgcttgattttagaatctggcagccaaatgattttctatcatgaactcttaaatatacttaaaagaaaacaatatgctgtgatt
tatcttacttgctgtaaagagtgtcgaaagagcactttaggatggtaaatcttaattgaagcaaaagccaaagcactattgatacttgacattggttgaatgtgaaatcgaaaagtgtcatgtttaggtacacttttgacaagtgaaggattatattcctggggtcctgaaactatctgcagGAAGGTAATCATGATCAG
CGGCTATTTCATGGAAAGCATTACATCCTTTCGAAAAACAGTGACGGATGCAGCTGACCATTGTGTGACAATAGAATTCATTCAGATTGAATCGGATGTTCATCCACATGTGCAATGGGGAAATTTTACAGAGGCCATGCTCTCGGAAAAGAGGAAAGAGTTTACAGATAGTATATCTGAGCTTGAAAATTGTATGTTCC
ACAGAGTTCAGGCAGATTATTGGAGTTTTTGGAGTCTCTTCAAACGGTGGTTCCAAGATATCAAAGATGAATTGGAAGAACCTCTGCAAGCTGTCCTCATTTTCAAAGATAACTTGGTGGAATCGACAAATAAGGTTTTTTGCAACTTATTTCCTTCAATAATGCAGATTGCAGACAAATTCAGGCCTTGCCAG

Intron 4 GTGACAAGGA ... AATCGAAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75.61	9	32	21
A2	65.81	8	11	17
A3	67.94	8.5	15	19
A4	70.64	5.5	10	13
A5	65.61	6	16	6
A6	48.52	8	4	9
A7	39.69	10	8	2
A8	44.45	9	9	5
A9	41.93	12.5	9	6
A10	67.38	2.5	2	7

>TRINITY_DN101061_c0_g1_i1 from sample A5 / Example spliced isoform

CATTAATCCGACTCCTTTGATTTGATTTGAAGTTCATGAATCTTGAATCATGCAAATTTGTGAATGATTCATGCCGTTGCTGCATTATGCAAATACAGTGCTTGCTTCAGCTTGCCAACCTTTATGCAATCAGAAAAGTTGATGACCGGGCCGAGACTCGCAGTTACAATGCTATCGGTTTGTGTTGCATTCAGAAGAAT
AACGTCTCCGGTTCGAACGAGCTCAGGGTTGCGTACCATCCGAAGGGGACTTTCAGCCTCAGAGAATTCCACCACGCTGTCAATAGCTTGTCCGCAGATCACTTTGTTCCAAGAGCTAAGGCCTTTGAATGCTCACAAATTTATGGCCAAGTGTCATGTTTAGGTACA

>TRINITY_DN101061_c0_g1_i8 from sample A5 / Example unspliced isoform:

GATATAAATCCATCAAAATATATACTATATAAAAAAACGCTACCGGAACGCTCCCAAAACGGGAGCTTTTGAAAATTTCGCTTTTCGCTCCGCTCCCACTCCCCGCTCCCCGCTCCCGCTTCTCGCTCCCAACAGCATAGATCTAACCTTCTAACTTTATCACAATGAACCATGTTTCATTATAAATTTGAACCCGGTGA
GACTTATTAGAGAGTATTTTAACTTATAGTTTGCATTCAATAAGAGGAATCATCATAGCAAGTGCATTTGAATAATTTTGTTGCCTTTGTGGAGAAAACTTTGGTTAAGCAATTTGGAAAAATCTCATAGCCTTTTTTGGCCCTTAAACCAGAATAGTGAAGTTGAAAGCATTTATTTTTGTTTTTGGAATTCTCTGAAA
TATATGGCTGGATGCATTTTCCTTGAAAGCAGCTCAGGGTTGCGTACCATCCGAAGGGGACTTTCAGCCTCAGAGAATTCCACCACGCTGTCAATAGCTTGTCCGCAGATCACTTTGTTCCAAGAGCTAAGGCCTTTGAATGCTCACAAATTTATGGCCAAGgtgacaaggaacatgctagaagagttgcatcaatttta
tagtgcttgattttagaatctggcagccaaatgattttctatcatgaactcttaaatatacttaaaagaaaacaatatgctgtgatttatcttacttgctgtaaagagtgtcgaaagagcactttaggatggtaaatcttaattgaagcaaaagccaaagcactattgatacttgacattggttgaatgtgaaatcgaaa
agTGTCATGTTTAGGTACACTTTTGACAAGTGAAGGATTATATTCCTGGGGTCCTGAAACTATCTGCAGGAAGGTAATCATGATCAGCGGCTATTTCATGGAAAGCATTACATCCTTTCGAAAAACAGTGACGGATGCAGCTGACCATTGTGTGACAATAGAATTCATTCAGATTGAATCGGATGTTCATCCACATGTGC
AATGGGGAAATTTTACAGAGGCCATGCTCTCGGAAAAGAGGAAAGAGTTTACAGATAGTATATCTGAGCTTGAAAATTGTATGTTCCACAGAGTTCAGGCAGATTATTGGAGTTTTTGGAGTCTCTTCAAACGGTGGTTCCAAGATATCAAAGATGAATTGGAAGAACCTCTGCAAGCTGTCCTCATTTTCAAAGATAAC
TTGGTGGAATCGACAAATAAGGTTTTTTGCAACTTATTTCCTTCAATAATGCAGATTGCAGACAAATTCAGGCCTTGCCAGGTATTGAAAATTCTGCTTCTGCTTTATAGATATTTTTGTTAGCCATGCTACTTCAATACTTTGATGAATGAGAAATCTAGAGTTGAAACGGCATGGGAACCCAAATATTCCCTTAGTTG
GAATGTTCAAGTCCGAAAGAGGCTCTTTGGAATTGGTGGTTCTGCTAAATTTATAGTCTGCATTCTGAAGCTGATTTAAAGTCTGAACAATAGGTTTTATAAAATTTAAATGTTGATATTTTATATTTTGG

Intron 5 GTATGTTGGA ... ATTTTTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	53.59	18.3	24	18
A2	34.05	12.7	8	5
A3	35.35	17.5	9	10
A4	45.08	14.7	12	12
A5	47.9	8.8	8	8
A6	24.52	15.8	3	7.2
A7	29.76	15.5	10	3
A8	43.73	10.5	10	6
A9	35.71	12.3	8	5
A10	26.32	7	2	3

>TRINITY_DN136010_c3_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoform

CATACCCTGTGCCTTAATTTTTAAATATTCCGCAAACGGCTTTACAAATTGACATTCATACCCTTCTCTTCGAATTTTAAATAATCCACAAGAAACACTTCCTCTGTGTATAATTTTTCTTTATTTTTAAGAAAGGCAAATACTTTCTCTGTATATCATTTTCAAGACGCAATGCGCAAATTGGGAAACCATTTCAGTAA
TCCCTAGAAATCATTATTAGGGTCCTGAAAGAATTGATATTCGAGGTTTTTGGCCTTTGATTACTTGTTCAGAGCCGTAATGGTGCTTATTTGCTTCGTCTTAGACTTGTCTTCATTTCAACCTTCTCTGCTAAGAGAACTAAAACAGTGCTTGCTTCAGCTTGCCAACCTTTATGCAATCAGAAAAGTTGATGACCGGG
CCGAGACTCGCAGTTACAATGCTATCGGTTTGTGTTGCATTCAGAAGAATAACGTCTCCGGTTCGAACGAGCTCAGGGTTGCGTACCATCCGAAGGGGACTTTCAGCCTCAGAGAATTCCACCACGCTGTCAATAGCTTGTCCGCAGATCACTTTGTTCCAAGAGCTAAGGCCTTTGAATGCTCACAAATTTATGGCCAA
GGTGACAAGGAACATGCTAGAAGAGTTGCATCAATTTTATAGTGCTTGATTTTAGAATCTGGCAGCCAAATGATTTTCTATCATGAACTCTTAAATATACTTAAAAGAAAACAATATGCTGTGATTTATCTTACTTGCTGTAAAGAGTGTCGAAAGAGCACTTTAGGATGGTAAATCTTAATTGAAGCAAAAGCCAAAGC
ACTATTGATACTTGACATTGGTTGAATGTGAAATCGAAAAGTGTCATGTTTAGGTACACTTTTGACAAGTGAAGGATTATATTCCTGGGGTCCTGAAACTATCTGCAGGAAGGTAATCATGATCAGCGGCTATTTCATGGAAAGCATTACATCCTTTCGAAAAACAGTGACGGATGCAGCTGACCATTGTGTGACAATAG
AATTCATTCAGATTGAATCGGATGTTCATCCACATGTGCAATGGGGAAATTTTACAGAGGCCATGCTCTCGGAAAAGAGGAAAGAGTTTACAGATAGTATATCTGAGCTTGAAAATTGTATGTTCCACAGAGTTCAGGCAGATTATTGGAGTTTTTGGAGTCTCTTCAAACGGTGGCTCCAAGATATCAAAGATGAATTG
GAAGAACCTCTGCAAGCTGTCCTCATTTTCAAAGATAACTTGGTGGAATCGACAAATAAGGTTTTTTGCAACTTATTTCCTTCAATAATGCAGATTGCAGACAAATTCAGGCCTTGCCAGGTATTGAAAATTCTGCTTCTGCTTTATAGATATTTTTGTTAGCCATGCTACTTCAATACTTTGATGAATGAGAAATCTAG
AGTTGAAACGGCATGGGAACCCAAATATTCCCTTAGTTGGAATGTTCAAGTCCGAAAGAAGCTCTTTGGAATTGGTGGTTCTGCTAAATTTATAGTCTGCATTCTGAAGCTGATTTAAAGTCTGAACAATAGGTTTTATAAAATTTAAATGTTGATATTTTATATTTTGGTCATTTATAATAATCTGTGAGTTTTTTTAA
ATTAAAACCATTAATCTTATGGAGTTTGATTCTTGCATCCTCTCTTAATGTTCTTTTAAATTAACACCATTAATCTTTTGGAGTTTGATTCTTTGAATCTCTCTGAATGTACTTTTCCTATTTTTATCATGAGAGACCATATCTATATCGTTTCCTATAGGATTAGATTTAATGTAAATACACCTAAATTTTACTTTTCC
CATCTTTCTTTCCGTAACATCATATCCAAGTAGGGAAGACATGAAAACATATATCTAGACTTTCACAATGAACTATAGGTAGTATTCCAAATTTTTATCATAAAGACCATGCACTCTCTGTTTGGCTGATAATAAACCAGCCTAGATCCAAATCCTAGGCTCTATCAAGCGCCGAGAGGGATCAAATCTCCCGAGGTGCA
AACCTCTCCTTGAATAGCTCCTTGAGTGCAATACCCGAGCCACCTAATCCTAAGCTCTAAAGTCTCTAGTTTAAGTCTCATATTTACTTTTTACTTTGTATTATTCTTTTTTGTTTATGTCCGACATAATATTTATTACTTTTTACTTTGTATTATTCTTTTTTGTTTACTTTGTATTATTTTGTTACTCGACAAACACT
CGACAAACGTTACAAGATCTCCCTCATATTTACTTTTTACTTTGTATTATTCTTTTTTGTTTATGGTCGACATAATATTTATTACTTTTTACTTTGTATTATTCTTTTTTGTTTACTTTGTATTATTTTGTTACTCGACAAACACTCACAAACTCGACAAACACTCTAAAGTCTCATATTTACTTTTTACTTTGTATTAT
TCTTTTTTGTTTATGGCTGACATAATATTTACCACCTAATCCGAAGCTCTAAAGTCTCTAGTTTAAGTCTCATATTTACTTTTTACTTTGTATTATT

>TRINITY_DN136010_c3_g1_i13 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CATACCCTGTGCCTTAATTTTTAAATATTCCGCAAACGGCTTTACAAATTGACATTCATACCCTTCTCTTCGAATTTTAAATAATCCACAAGAAACACTTCCTCTGTGTATAATTTTTCTTTATTTTTAAGAAAGGCAAATACTTTCTCTGTATATCATTTTCAAGACGCAATGCGCAAATTGGGAAACCATTTCAGTAA
TCCCTAGAAATCATTATTAGGGTCCTGAAAGAATTGATATTCGAGGTTTTTGGCCTTTGATTACTTGTTCAGAGCCGTAATGGTGCTTATTTGCTTCGTCTTAGACTTGTCTTCATTTCAACCTTCTCTGCTAAGAGAACTAAAACAGTGCTTGCTTCAGCTTGCCAACCTTTATGCAATCAGAAAAGTTGATGACCGGG
CCGAGACTCGCAGTTACAATGCTATCGGTTTGTGTTGCATTCAGAAGAATAACGTCTCCGGTTCGAACGAGCTCAGGGTTGCGTACCATCCGAAGGGGACTTTCAGCCTCAGAGAATTCCACCACGCTGTCAATAGCTTGTCCGCAGATCACTTTGTTCCAAGAGCTAAGGCCTTTGAATGCTCACAAATTTATGGCCAA
GGTGACAAGGAACATGCTAGAAGAGTTGCATCAATTTTATAGTGCTTGATTTTAGAATCTGGCAGCCAAATGATTTTCTATCATGAACTCTTAAATATACTTAAAAGAAAACAATATGCTGTGATTTATCTTACTTGCTGTAAAGAGTGTCGAAAGAGCACTTTAGGATGGTAAATCTTAATTGAAGCAAAAGCCAAAGC
ACTATTGATACTTGACATTGGTTGAATGTGAAATCGAAAAGTGTCATGTTTAGGTACACTTTTGACAAGTGAAGGATTATATTCCTGGGGTCCTGAAACTATCTGCAGGAAGGTAATCATGATCAGCGGCTATTTCATGGAAAGCATTACATCCTTTCGAAAAACAGTGACGgtatgttggaaaaaataaatggaagcta
ttttctgttcagccaaacttccaagggttggagtaggcagtgctgcgttttggctgccagttactccaccaattgcttggtgctaactccctgattggaacaccatttttatagGATGCAGCTGACCATTGTGTGACAATAGAATTCATTCAGATTGAATCGGATGTTCATCCACATGTGCAATGGGGAAATTTTACAGA
GGCCATGCTCTCGGAAAAGAGGAAAGAGTTTACAGATAGTATATCTGAGCTTGAAAATTGTATGTTCCACAGAGTTCAGGCAGATTATTGGAGTTTTTGGAGTCTCTTCAAACGGTGGCTCCAAGATATCAAAGATGAATTGGAAGAACCTCTGCAAGCTGTCCTCATTTTCAAAGATAACTTGGTGGAATCGACAAATA
AGGTTTTTTGCAACTTATTTCCTTCAATAATGCAGATTGCAGACAAATTCAGGCCTTGCCAGGTATTGAAAATTCTGCTTCTGCTTTATAGATATTTTTGTTAGCCATGCTACTTCAATACTTTGATGAATGAGAAATCTAGAGTTGAAACGGCATGGGAACCCAAATATTCCCTTAGTTGGAATGTTCAAGTCCGAAAG
AAGCTCTTTGGAATTGGTGGTTCTGCTAAATTTATAGTCTGCATTCTGAAGCTGATTTAAAGTCTGAACAATAGGTTTTATAAAATTTAAATGTTGATATTTTATATTTTGGTCATTTATAATAATCTGTGAGTTTTTTTAAATTAAAACCATTAATCTTATGGAGTTTGATTCTTGCATCCTCTCTTAATGTTCTTTTA
AATTAACACCATTAATCTTTTGGAGTTTGATTCTTTGAATCTCTCTGAATGTACTTTTCCTATTTTTATCATGAGAGACCATATCTATATCGTTTCCTATAGGATTAGATTTAATGTAAATACACCTAAATTTTACTTTTCCCATCTTTCTTTCCGTAACATCATATCCAAGTAGGGAAGACATGAAAACATATATCTAG
ACTTTCACAATGAACTATAGGTAGTATTCCAAATTTTTATCATAAAGACCATGCACTCTCTGTTTGGCTGATAATAAACCAGCCTAGATCCAAATCCTAGGCTCTATCAAGCGCCGAGAGGGATCAAATCTCCCGAGGTGCAAACCTCTCCTTGAATAGCTCCTTGAGTGCAATACCCGAGCCACCTAATCCTAAGCTCT
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