NA ----> NA

Intron 1 GCAACGAGGG ... TAATCTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.02	24	22	25
A2	46.51	23	19	20
A3	69.81	16	31	37
A4	26.09	17	15	6
A5	35.71	9	8	5
A6	73.52	130	76	361
A7	78.44	58	41	211
A8	75.45	68	45	209
A9	71.54	105	44	264
A10	81.29	26	28	113

>TRINITY_DN45916_c1_g1_i8 from sample A8 / Example spliced isoform

GAATTTTAGAGTACGATAAGGGGCAGGCAGGAATTTTAGAGTACGATAAGGGGTTGAAATTTGCATCGGTGGAGAAATTTAGCCTTCTTTCTATCCAGATAGCGGTTTTGAAGAGGTTTTCTGTGAAAATAGTGGCAGCGGGGGAGGAATTTGGAGTTTTTTCTATCCAAATGGTCGCTTCAGAAGGGATTTTGTGAAAA
AAGCGGTCGCGGTGGAGGAATTTGGAGTTCTTTTTGTGCTAATGGTCTTTTCAGAGATGCTTTTGTGAAAATAGCGATCGCTGACGAGGAATTTGGAGTCCCCTCTGTCCAAATGGTTGTTTCAGAGTGTTTTTTTGTAAACATGGCGGTCGCCGAGGAGGAATTTAGACTTCTTTCGGCAAAACAACGGTATATTGTTT
TTTGTAAAGGGCTAATTTTGGGGGAAGAAGGCTAAATTCCGGTTCTTTAGTAGAGCAAGTGAATTTGAGGTAAATAATCGGCGGAGCTCAGCTGAATTCGATGCGCCGTGGACAAATTAGTTTAACGAAATGTGTTTTGCTTAAAGCTTGAGGAAGGAATTTTTGCATGCAATGAGCTTAGATGATCCGTGTTTGCCAAT
AAAATTAGAGTCTCTCGAGAAAATCAGCCGTGGATACCCTGAGAAATCAGCAGTTGTAGGTTGGAGATGATGGTCGTCCGGAGAAATCAGCAGTTGTAGAGGCTCGTTAAATTTTTGGAGACTAACATATCGTGCCTGTGTCTAAAACAAAGCCATTTCCCCTTACGTGAAAGTGATCCCCACTCACATGCATACTGGGG
AAATTCCAAGCAATTTCGGTGGTGGTGGTTTAGTGGTGACTACATTTCCAACTTTTGATATAACACCCATTTACATGAAATTGAGATATGCATCCTTGAGCATGGAAACCATGAGGAGCATAACATACTCTCTTTGATATGACCATGTAATTCACTTTATTTTATTCTAATATCAAAAGTTAAGTGCAGGTCCAGTTATG
TTTTGGTTGTCCTTATTTTGATGTTTTGATGTACATTTTAGTGGATTGTTGTGTCTTTCACTAGTTTTAATTGGTTGTGATAGTCTTAATATAAGAGACTTTACTCATATGGGGTTTTATGTAAAGAAGTGAGTTGCACTTTATAATTCAGGGTACACTACTCTCTGTAAATTAAATATGTTTATGTAATATAGATCTCA
TATTGTTGACTTTC

>TRINITY_DN45916_c1_g1_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GAATTTTAGAGTACGATAAGGGGCAGGCAGGAATTTTAGAGTACGATAAGGGGTTGAAATTTGCATCGGTGGAGAAATTTAGCCTTCTTTCTATCCAGATAGCGGTTTTGAAGAGGTTTTCTGTGAAAATAGTGGCAGCGGGGGAGGAATTTGGAGTTTTTTCTATCCAAATGGTCGCTTCAGAAGGGATTTTGTGAAAA
AAGCGGTCGCGGTGGAGGAATTTGGAGTTCTTTTTGTGCTAATGGTCTTTTCAGAGATGCTTTTGTGAAAATAGCGATCGCTGACGAGGAATTTGGAGTCCCCTCTGTCCAAATGGTTGTTTCAGAGTGTTTTTTTGTAAACATGGCGGTCGCCGAGGAGGAATTTAGACTTCTTTCGGCAAAACAACGGTATATTGTTT
TTTGTAAAGGGCTAATTTTGGGGGAAGAAGGCTAAATTCCGGTTCTTTAGTAGAGCAAGTGAATTTGAGGTAAATAATCGGCGGAGCTCAGCTGAATTCGATGCGCCGTGGACAAATTAGTTTAACGAAATGTGTTTTGCTTAAAGCTTGAGGAAGGAATTTTTGCATGCAATGAGCTTAGATGATCCGTGTTTGCCAAT
AAAATTAGAGTCTCTCGAGAAAATCAGCCGTGGATACCCTGAGAAATCAGCAGTTGTAGGTTGGAGATGATGGTCGTCCGGAGAAATCAGCAGTTGTAGAGGCTCGTTAAATTTTTGGAGACTAACATATCGTGCCTGTGTCTAAAACAAAGCCATTTCCCCTTACGTGAAAGTGATCCCCACTCACATgcaacgaggga
gcacaaatggagtggctggaatgattaaaacacttgcacaagtggtcactaatctacagGCATACTGGGGAAATTCCAAGCAATTTCGGTGGTGGTGGTTTAGTGGTGACTACATTTCCAACTTTTGATATAACACCCATTTACATGAAATTGAGATATGCATCCTTGAGCATGGAAACCATGAGGAGCATAACATACTC
TCTTTGATATGACCATGTAATTCACTTTATTTTATTCTAATATCAAAAGTTAAGTGCAGGTCCAGTTATGTTTTGGTTGTCCTTATTTTGATGTTTTGATGTACATTTTAGTGGATTGTTGTGTCTTTCACTAGTTTTAATTGGTTGTGATAGTCTTAATATAAGAGACTTTACTCATATGGGGTTTTATGTAAAGAAGT
GAGTTGCACTTTATAATTCAGGGTACACTACTCTCTGTAAATTAAATATGTTTATGTAATATAGATCTCATATTGTTGACTTTC

Intron 2 GTATTAACTT ... TAATCTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	78.13	7	2	25
A2	74.07	7	2	20
A3	82.22	8	3	37
A4	75	2	0	6
A5	100	0	0	5
A6	75.05	120	1	361
A7	80.23	52	1	211
A8	76.84	63	0	209
A9	72.73	99	4	264
A10	81.88	25	0	113

>TRINITY_DN48002_c0_g2_i8 from sample A10 / Example spliced isoform

GCGGGAAATTCGATCACGTTAATTCTTCACCGAATGTCGTCCGATCGTATCCTTCCATCACGTGAATAATTGAGGCATACTGGGGAAATTCCAAGCAATTTCGGTGGTGGTGGTTTAGTGGTGACTACATTTCCAACTTTTGATATAACACCCATTTACATGAAATTGAGATATGCATCCTTGAGCATGGAAACCATGAG
GAGCATAACATACTCTCTTTGATATGACCATGTAATTCACTTTATTTTATTCTAATATCAAAAGTTAAGTGCAGGTCCAGTTATGTTTTGGTTGTCCTTATTTTGATGTTTTGATGTACATTTTAGTGGATTGTTGTGTCTTTCACTAGTTTTAATTGGTTGTGATAGTCTTAATATAAGAGACTTTACTCATATGGGGT
TTTATGTAAAGAAGTGAGTTGCACTTTATAATTCAG

>TRINITY_DN48002_c0_g2_i3 from sample A10 / Example unspliced isoform:

TTCCATCACGTGAATAATTGAGgtattaactttggaattttagagtacgataaggggcaggcaggaattttagagtacgataaggggttgaaatttgcatcggtggagaaatttagccttctttctatccagatagcggttttgaagaggttttctgtgaaaatagtggcagcgggggaggaatttggagttttttctat
ccaaatggtcgcttcagaagggattttgtgaaaaaagcggtcgcggtggaggaatttggagttctttttgtgctaatggtcttttcagagatgcttttgtgaaaatagcgatcgctgacgaggaatttggagtcccctctgtccaaatggttgtttcagagtgtttttttgtaaacatggcggtcgccgaggaggaattt
agacttctttcggcaaaacaacggtatattgttttttgtaaagggctaattttgggggaagaaggctaaattccggttctttagtagagcaagtgaatttgaggtaaataatcggcggagctcagctgaattcgatgcgccgtggacaaattagtttaacgaaatgtgttttgcttaaagcttgaggaaggaatttttgc
atgcaatgagcttagatgatccgtgtttgccaataaaattagagtctctcgagaaaatcagccgtggataccctgagaaatcagcagttgtaggttggagatgatggtcgtccggagaaatcagcagttgtagaggctcgttaaatttttggagactaacatatcgtgcctgtgtctaaaacaaagccatttccccttac
gtgaaagtgatccccactcacatgcaacgagggagcacaaatggagtggctggaatgattaaaacacttgcacaagtggtcactaatctacagGCATACTGGGGAAATTCCAAGCAATTTCGGTGGTGGTGGTTTAGTGGTGACTACATTTCCAACTTTTGATATAACACCCATTTACATGAAATTGAGATATGCATCCT
TGAGCATGGAAACCATGAGGAGCATAACATACTCTCTTTGATATGACCATGTAATTCACTTTATTTTATTCTAATATCAAAAGTTAAGTGCAGGTCCAGTTATGTTTTGGTTGTCCTTATTTTGATGTTTTGATGTACATTTTAGTGGATTGTTGTGTCTTTCACTAGTTTTAATTGGTTGTGATAGTCTTAATATAAGA
GACTTTACTCATATGGGGTTTTATGTAAAGAAGTGAGTTGCACTTTATAATTCAG

Intron 3 GTATGTGGCA ... CTGATGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	33	33	2
A2	42.11	22	16	12
A3	42.55	54	40	12
A4	42.86	12	9	2
A5	28.57	10	4	0
A6	-1	0	0	0
A7	0	2	0	0
A8	0	1	0	0
A9	0	3	0	0
A10	50	2	2	0

>TRINITY_DN45501_c3_g1_i13 from sample A7 / Example spliced isoform

ATTTGACAGGGAAAGGAAAGGACGGGAAAATGATGAATCCATCGTCCATTATTTGCTTGTACTAGCAGTGTCGGTCTATCTGGCAGCAGAGGAGTTTACTCCGGAACCCTGAGCAGCTATTTCAGCTTCTTCATCAACAAAACACATGGATATAAATAGATTGATCCAGTAATGAGATCCAGACTGGGTGACCGATAATA
AGGCGGAGATGATGACCGCGACAAACTTTAATTAATGAGATCCAACACAACACATCATTATAGAGATCCAGCGTTTTCTTCAGCGGATCCCTCGGAGAAATCTAATTTTGGAGTACTAATGGCGTTCATGGCCGTGCTCGAAGCCGATTTACGCGCCCTGTCTACTGAAGCAAGGCGAAAATACCCGGCTGTAAAGGACG
CAGCCGAGCACGCTATATTGAAGCTTCGATCACTTTCTGATCCCAGCGACATTGCACAGAATGATGACATAATACGCATCTTTTTGCTGGCTTGTGAAGTCAAGACTGTAAAGCTGAGTGTTCTAGGTCTGTCGTGCCTCCAAAAACTCATTGCACATGATGCAGTTGCACCTACTGCATTGAGAGAGATTCTTACTACA
CTGAAAGAACATGCAGAAATGAATGACGAAAGTGTGCAGCTGAAGACACTACAAACTATATTGATTATATTCCAGTCGCGGTTACATCCAGAAGATGAGGATGATATGGCAATAGCACTGGGTATCAGTCTGAGGCTTTTGGAAAATAGTCGATGTCCAGATAGTGTTCGCAACACTGCTGCAGCAACATTACGGCAAGC
GGTGGCCTTAATTTTTAATCGTGTTATAGCTGCCGAGTCCTTACCTGTCAGTAAGGTTGGCACAAACAGACACGTTTTTCCAACCAACTCTGTTACAGGGGATGTCAGCCGGAGTATTAGCACAACTATACCTATGGAGAGTGAAATAGGTCCTGGAGTATCACTTTCATCCAAAGAGAGTTTAACTCAAGCAGGAAAGC
TCGGCCTTCTTCTATTTGAAGACCTGACAGCTCTTGCTGCAGGTGGATCTGCTACATGGTTGCGCGTCACTACACTGCAGAGAACATTTGCCTTGGATATCCTAGAATTTGTTCTTTCAAATTATGTATCCGTTTTCAGAACCTTGTTGCCCTATGAACAGGTTTTGCGGCGTCAGGTATGCTCATTGCTAATGACTTCA
CTGCGGGCGACGGGTGAGCTTGAAGGTGAGGTAGGAGAGCCAGCTTTCCGTCGTCTGGTCTTAAGATCAGTGGCACATGTCATTAGACTTTACAGCTCAGCTCTGGTAACAGAATGCGAGGTTTTCCTTAGCATGCTGGTTAAAATCACAAGTCTTGACTTGCCGTTATGGCATCGCATAATGGTGCTTGAAGTTTTGAG
GAGTTTTTGTGTGGAAGCACGTATTCTACGTCTTCTCTTTCAAACTTTTGACATGCAACGAGGGAGCACAAATGTGGAATGATTAAAACACTTGCACAAGTGGTCACTAATCTACAGTAGTGGCTGGAATGATTAAAACACTTGCACAAGTGGTCACTAATCTACAGCTCCTCCATATGCTGTAAGTCCCTTTCCTCAGT
CACCAGATAATGGATCTGCCCATCCTGGTTCAG

>TRINITY_DN45501_c3_g1_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATTTGACAGGGAAAGGAAAGGACGGGAAAATGATGAATCCATCGTCCATTATTTGCTTGTACTAGCAGTGTCGGTCTATCTGGCAGCAGAGGAGTTTACTCCGGAACCCTGAGCAGCTATTTCAGCTTCTTCATCAACAAAACACATGGATATAAATAGATTGATCCAGTAATGAGATCCAGACTGGGTGACCGATAATA
AGGCGGAGATGATGACCGCGACAAACTTTAATTAATGAGATCCAACACAACACATCATTATAGAGATCCAGCGTTTTCTTCAGCGGATCCCTCGGAGAAATCTAATTTTGGAGTACTAATGGCGTTCATGGCCGTGCTCGAAGCCGATTTACGCGCCCTGTCTACTGAAGCAAGGCGAAAATACCCGGCTGTAAAGGACG
CAGCCGAGCACGCTATATTGAAGCTTCGATCACTTTCTGATCCCAGCGACATTGCACAGAATGATGACATAATACGCATCTTTTTGCTGGCTTGTGAAGTCAAGACTGTAAAGCTGAGTGTTCTAGGTCTGTCGTGCCTCCAAAAACTCATTGCACATGATGCAGTTGCACCTACTGCATTGAGAGAGATTCTTACTACA
CTGAAAGAACATGCAGAAATGAATGACGAAAGTGTGCAGCTGAAGACACTACAAACTATATTGATTATATTCCAGTCGCGGTTACATCCAGAAGATGAGGATGATATGGCAATAGCACTGGGTATCAGTCTGAGGCTTTTGGAAAATAGTCGATGTCCAGATAGTGTTCGCAACACTGCTGCAGCAACATTACGGCAAGC
GGTGGCCTTGATTTTTAATTGTGTTATAGCTGCCGAGTCCTTACCTGTCAGTAAGGTTGGCACAAACAGACACGTTTTTCCAACCAACTCTGTTACAGGGGATGTCAGCCGGAGTATTAGCACAACTATACCTATGGAGAGTGAAATAGGTCCTGGAGTATCACTTTCATCCAAAGAGAGTTTAACTCAAGCAGGAAAGC
TCGGCCTTCTTCTATTTGAAGACCTGACAGCTCTTGCTGCAGGTGGATCTgtatgtggcaaatacaatcttctagtttttaaattgcaagcttcttcatgttttatccatttaaagttgttgcatgtagtttgttcattttcaaatgacaggataaagcctttcttgggatgtttatttgctgatgtttaaaccttggag
ggttagtttaggggatttgtatttgtaaaattcttgattgcattctgatggcagGCTACATGGTTGCGCGTCA