sp|F4JJE0|CCT2_ARATH ----> Choline-phosphate cytidylyltransferase 2

Intron 1 GTCAGAGGGC ... TATTATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.53	120	41	21
A2	20.69	138	55	17
A3	28.04	136	69	37
A4	26.76	78	38	19
A5	20.75	42	14	8
A6	21.36	427	113	119
A7	19.69	830	261	146
A8	21.93	680	217	165
A9	20.9	789	272	145
A10	22.29	624	237	121

>TRINITY_DN101803_c5_g3_i4 from sample A4 / Example spliced isoform

ACGAAATATAACTTTTGGCAGTGGGTATAATCCACTTTTTATAACATTCTATACAGACAAGAAAGGGGAGAATATAACGTTCCATTTGATGGATTTCAGAATATTTAATTTTGTCTGATAGACGCGACGACGGCTCTATACTTGATATAGATTGAGGCGGTTTAGCTGTAATCTCTGATTATTTCATGTAAGATTTGTCA
AGAGCAGAAAATGGCTCGTAGGCCTCGCAAGAAACAAAGGGGCGATGATGAAATAGAAGAAGAGCAAGTTAATGAAGATACAAACATCTCAGCTCCACCAGTGAGATTCGAACCGCATCCATGTCCGAAGCCCTCAGAGAACGCAGAGAATGAAAAGCCAGTGAGGGTCTATGCGGATGGAATTTACGATCTGTTTCATT
TTGGACACGCGCGCGCCTTGGAGCAGGCCAAGAAAGCGTTTCCCAATACGTATCTGCTTGTTGGTTGCTGTAGTGATGCAGTCACTCACAAGTACAAGGGGAAAACGGTGATGACAGAGGCTGAACGCTATGAATCTCTTCGCCATTGCAGATGGGTTGATGAGGTTATCCCAGATGCTCCTTGGGTGATCACTCCAGAG
TTCATTGACAAGTATCAAATTGACTATGTAGCTCATGATGCACTTCCCTATGCTGATGCAAGTGGAGCTGGCAAGGATGTATATGAGTATGTAAAATCCATAGGAAAATTCAAGGAAACAAAGCGAACGGAGGGCATCTCAACATCAGACATCATAATGCGAATACTTAAAGACTATAACCAATATGTGATGCGCAACCT
AGCACGTGGGTACACAAGGAAGGACCTTGGAGTTAGCTATGTGAAGGAAAAGCAGTTGAGAGTTAACATGGGCATAACCAAACTGCGTCAAAAAGTGAAGGAGCAGCAAGAACGTGTGGGGGAAAAGTTACAGACCGTTGCAAAAAGCGCGGATATGCAGCATCGTGTGTGGGTTGAGATTGCGGACCGATTGGTAGCTG
GCTTTCTTGAGAAGTTTGAGGAGGGGTGTCATTTAATGGAAAATGCTATTAAGATTCGAATTCAGAAAGGACTGAATCTTGATGAAGCAGAAGCAGTGAAGGCAACGGTATCCAAAAATGCAGGATAGCAGAAGCGATTCGCATCAAGGAGAAACAACTGTTTCTAATTTTAGTGTGTTCAATATCTATCTAAACTTGTG
TCGATGACATTCTGATTAAAGAAACATGTTAATGGATTAAATCTTAGGATCTCATATGTTAAAACTGTCCATCTTTATGATTTATCATAAGCACCTTTTTTGGTTTGTCTATATTTTATAACTGATGACCATGTCTGTGGGTGTACACTGCATTGTAACTGTTGTTACAATTATCTTAAAAACTCGTGTAATGTGTGAGC
CTAAACATAGTTTTGAAGTATCCCTAATTGAAGCTGTCATACAATCTTTAATGTAGTCCACGTATATCTGATTGCAAATTATGAAGCATCTATTAGCTTGGATGGCCGACATTTTTTATAACCAAGTTTCAAAG

>TRINITY_DN101803_c5_g3_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:

ACGAAATATAACTTTTGGCAGTGGGTATAATCCACTTTTTATAACATTCTATACAGACAAGAAAGGGGAGAATATAACGTTCCATTTGATGGATTTCAGAATATTTAATTTTGTCTGATAGACGCGACGACGGCTCTATACTTGATATAGATTGAGGCGGTTTAGCTGTAATCTCTGATTATTTCATAGCAGAAAATGGC
TCGTAGGCCTCGCAAGAAACAAAGGGGCGATGATGAAATAGAAGAAGAGCAAGTTAATGAAGATACAAACATCTCAGCTCCACCAGTGAGATTCGAACCGCATCCATGTCCGAAGCCCTCAGAGAACGCAGAGAATGAAAAGCCAGTGAGGGTCTATGCGGATGGAATTTACGATCTGTTTCATTTTGGACACGCGCGCG
CCTTGGAGCAGGCCAAGAAAGCGTTTCCCAATACGTATCTGCTTGTTGGTTGCTGTAGTGATGCAGTCACTCACAAGTACAAGGGGAAAACGGTGATGACAGAGGCTGAACGCTATGAATCTCTTCGCCATTGCAGATGGGTTGATGAGGTTATCCCAGATGCTCCTTGGGTGATCACTCCAGAGTTCATTGACAAGTAT
CAAATTGACTATGTAGCTCATGATGCACTTCCCTATGCTGATGCAAGTGGAGCTGGCAAGGATGTATATGAGTATGTAAAATCCATAGGAAAATTCAAGGAAACAAAGCGAACGGAGGGCATCTCAACATCAGACATCATAATGCGAATACTTAAAGACTATAACCAATATGTGATGCGCAACCTAGCACGTGGGTACAC
AAGGAAGGACCTTGGAGTTAGCTATGTGAAGgtcagagggcaattatgtgttctctgatgtgatttgcttgtttgcaagttttattattattcagGAAAAGCAGTTGAGAGTTAACATGGGCATAACCAAACTGCGTCAAAAAGTGAAGGAGCAGCAAGAACGTGTGGGGGAAAAGTTACAGACCGTTGCAAAAAGCGCG
GATATGCAGCATCGTGTGTGGGTTGAGATTGCGGACCGATTGGTAGCTGGCTTTCTTGAGAAGTTTGAGGAGGGGTGTCATTTAATGGAAAATGCTATTAAGATTCGAATTCAGAAAGGACTGAATCTTGATGAAGCAGAAGCAGTGAAGGCAACGGTATCCAAAAATGCAGGATAGCAGAAGCGATTCGCATCAAGGAG
AAACAACTGTTTCTAATTTTAGTGTGTTCAATATCTATCTAAACTTGTGTCGATGACATTCTGATTAAAGAAACATGTTAATGGATTAAATCTTAGGATCTCATATGTTAAAACTGTCCATCTTTATGATTTATCATAAGCACCTTTTTTGGTTTGTCTATATTTTATAACTGATGACCATGTCTGTGGGTGTACACTGC
ATTGTAACTGTTGTTACAATTATCTTAAAAACTCGTGTAATGTGTGAGCCTAAACATAGTTTTGAAGTATCCCTAATTGAAGCTGTCATACAATCTTTAATGTAGTCCACGTATATCTGATTGCAAATTATGAAGCATCTATTAGCTTGGATGGCCGACATTTTTTATAACCAAGTTTCAAAG