sp|Q339D2|P2C71_ORYSJ ----> Probable protein phosphatase 2C 71
Intron 1 GTAGGACTCA ... TTGGTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 32 | 17 | 10 | 6 |
| A2 | 20 | 20 | 4 | 6 |
| A3 | 26.67 | 33 | 7 | 17 |
| A4 | 29.82 | 20 | 4 | 13 |
| A5 | 14.29 | 6 | 0 | 2 |
| A6 | 19.54 | 35 | 8 | 9 |
| A7 | 20.76 | 78.3 | 15 | 26 |
| A8 | 20.8 | 99 | 27 | 25 |
| A9 | 18.1 | 95 | 21 | 21 |
| A10 | 17.65 | 56 | 10 | 14 |
>TRINITY_DN98814_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoformGATAATTGTAGCGTATATCTTGGGTCTAATCCAAGGATAGGGTTGTTTTGTCATGTTCGCACAATTGACCAATTAAAACACGCAGTAACGCACACAAGCTGTTATTTAATCTCATTAAATTGTATTTTCATTCAGTTTCTGTTATTTTTATTTATAGTTGCAGAGCAACATCTGGTTTTAGCTACCAATACCCTGTGAGC
AGAGCATCAGGTTACTTTTTAAATAAACCGATTCCCAATAAAGAGATTGACCCGAATAAAATTAATCGGCGGGCCTAAACCTCGGCACGACGAAAGCAAATACAAAATGAAAGTCACCTCGGCGTGGATCTACTGTACTCCCCTCGACAAACCCTGGAATATATAATTCTTTAACTTCGCCAGTCAGCATTTTATTTTAA
TTCGTCCGGACAAAGAGAAAATGCAGAAAGGAATAATTTTGTGATCCATGGAACTGCAAGGAGCTTTAATTATTCTAATCGAAATTAATATCTATAGGGCTAAGAAATGGCGCATTGCGTGGTAGGAAAAATGCTGGATTGCGGTTTAATGATTTCGTGTTTACATGGATTCAGAGCTTCATTTCTCTGTGCGAAAAGCT
TTAAAAACGCTTGTCCGCTAAAGGCCGTAATTCGTCTGCCAAGGAAGCAATGCCGGCGCTTTGCCCTTCCCGTTCATTTGCGGAGAAGATCGGTTTTTGCGGTCAATTCTTCTTCTTCTGGCTCTGAATTTGAGATAATCTCCACCAGAGAGTTTTCAGATGGAAGCATTATGTTTCACTTTGGCATCCCTGAACGAACC
GCGGAGGTGGAACAGCTTTGTTCGAATCGGCAGCCGTCGCCCGCATTAGCAGAAGTTGATTTGCAAGCGGATGCTAGCGCAATTAACGGTAATTTTGTCATGGATTCAGGATCGGGGGTTTTTGAGGATTCTTGCGAGTCACAGGCGAGTAAAACTGAGGAAGCTTCTGTTAATAAAAATCAAATGTTGTTAGAGAAAGA
GGATGTCACTAGCGGCTTTAGTACTACAAAGAAAATGAAGATGTCCGAGGAAGACGTAGGCAGGGTCACAACAATTGCAGTTAAAAATTCCAGGGATGAAACGGAATTTGGTGAAATTAATGAGAAGTTAAAGGAGGATAGGGTTACTGTTGCTTTTGCAAGGTCAAAGGAAAATAATGGGGTTTCTGGTGAAATTGGAA
GTGGAGCTGTGAGCAACACGGAAACAAATTTAGGAGGTGAAACCCGTGAATTTCTATCGAGCGATGTGATAAACTCAGAGGAGAGTGGCGGATCTATCAGCAATGCAAAAGAGACTGGGGCAGTTAACACAATGCTCGAACCTGCGGACAAATTTGCAGAAAATTTGGTTGGACCTGATGCCAATGCGGAGATAAAGTTG
AATGATGCGGTGCTTGAGAGCATCGAGAAAATCGGAGGACGGTCGTGTGATGAGAACAGTGCAAAGGAAGCTTCTGAACAGAAAGCAGAAAATGGGTGTATATCTGAAATAACTTCTCAATTTCAACAAGAGAGTGAAGAAAAAAGTGAAACTGCAGCTGCTGAAGATTTTGAAACAATTCATTCAGAAGGATTAAAGGA
TGCAGTGGATTTGAAAGAGAAGGATGGAGAAGAGGTTAAACTTGAAACAGAGAGAACATTTAGTCTTCTATCTGGTGTTTTTATGCTTCCACATCCTACTAAGGCGTCTACAGGTGGTGAGGATGCTTACTTTGTAGCACGTAATAATTGGGTTGGGGTTGCTGATGGCGTTGGTCAGTGGGCACTTGAAGGAATCAATT
CGGGACTTTACGCACAGGAGCTTATGGAAAATTGTAGGAAGCTTGCATCTGAAGAAAGTTCGAGTGCTGACCCAAAGCAAGTACTCGTCATGAGTGCTATGGAGGCAAAGTCTGCAGGCTCATCAACAGTGTTGGTAGCCAGTCTGATTGGTCAGACTCTTCATGTTGTAAACCTTGGAGATTCTGGATTTATTGTCATT
CGAGGAGGATCTGTTATTGCAAAGTCATCTCCAATGACACATGGATTTAATTTTCCTTACCAGATTGAGAGAGGAGATGATCCATCATTGCTTTTGGAGAGCTATGACATTGCTCTGAATGAGGGAGATGTAATTGTTACAGCTACAGATGGCCTTTTTGATAACTTATATGATCACGAGATAGCTTCTATTATTCAGAA
CTCTTTGCAATCAGGTTTGGGACCTAAGGAAATGGCGACTTTACTGGCAGAAAAGGCACACGAGAGAGGCAAGTCGACATCAGGGAACAGCCCCTTTTCAGATGCAGCTCGAGCAGTTGGTTATAACACATACATCGGTGGGAAGCTGGATGATGTCACAGTCATTGTATCATTAGTGAAAGGTAGTAGTAAAGAGTAGG
AGGAGCTTTATACGGGTTGCCGGCAACCGATTCAGGGTATCAGGTTATCTTCGAAATCTCTCATTTTTGGGGCATATGCTTGTATGTACATTGAAAGCACATTTGCTTAAAAAATATCACGAGACTGTAACATAGAGATGGCAATGGTGTAATCTTCATGCTAAATGAGAAGGACGTTGTACCATGTGAAATGTATATTG
TTATAGGGACACCGATCATTTGAATTCAGTCAATACACAAACAGCAGGAGTTGGTCAACATTCTTGATAAAAAATGATGTAAATTTCCTTTCTTCACCCATCATTGGGTATTTTATATTGATGGGTTTGTTCCATAAACCTGCCCATCCTTTGGCTACTTTTTAGTAGCCGCGTTCGTCTACGGTGACCGTTCACCAATG
CAGACCAAAAACAGGGATTCGACACGGGAATACATTGTCTTGCCTACCCTGTTTAGATGCTTTCCTGTTATAAATGAATGCAAAAAAAAATATTTAACTTCCACATAACTTCAGAGTTGGTCTCATTATTGTATTGGTGGTTAGTAAAGATGCACCACACTCACACTTCTCTATCATTTATGAAATCACAGTCAATGTTT
GACGAGATTGTCTGTTCAGGCTGACATCTGCACATATTCTAAGTCATTAATGAATCCCATTATATTTCCTTACATTGATCCCCTGATTTCAATATGGTGGTAACCATTTTTCGCGTCTTTCTCATTAGACTTATCCATGG
>TRINITY_DN98814_c0_g1_i13 from sample A4 / Example unspliced isoform:CCGGACTTTAAAGTTTAATGTACCACTGTTTAATTTGATTCCCTAATTTATAGGACTCATTATTTTTTTCTTTTGCTTTATATTTTTATTATTTTTGTCTTTCACAAAACGGATACATCAGCTTTCCAGGAAAGTTTATCCGATCTTATGATCCGACTCTGTTACACTGTTGTGTGATGGAGGATGTCCGTCACTTGCTT
GCAATTTCCGTCTTAATTTTGATTTTATTTTACGGCAATTGCTCCTTACATGCGCAGCCTTTGAATATTTCGGCAGAGTTTTCAGATGGAAGCATTATGTTTCACTTTGGCATCCCTGAACGAACCGCGGAGGTGGAACAGCTTTGTTCGAATCGGCAGCCGTCGCCCGCATTAGCAGAAGTTGATTTGCAAGCGGATGC
TAGCGCAATTAACGGTAATTTTGTCATGGATTCAGGATCGGGGGTTTTTGAGGATTCTTGCGAGTCACAGGCGAGTAAAACTGAGGAAGCTTCTGTTAATAAAAATCAAATGTTGTTAGAGAAAGAGGATGTCACTAGCGGCTTTAGTACTACAAAGAAAATGAAGATGTCCGAGGAAGACGTAGGCAGGGTCACAACAA
TTGCAGTTAAAAATTCCAGGGATGAAACGGAATTTGGTGAAATTAATGAGAAGTTAAAGGAGGATAGGGTTACTGTTGCTTTTGCAAGGTCAAAGGAAAATAATGGGGTTTCTGGTGAAATTGGAAGTGGAGCTGTGAGCAACACGGAAACAAATTTAGGAGGTGAAACCCGTGAATTTCTATCGAGCGATGTGATAAAC
TCAGAGGAGAGTGGCGGATCTATCAGCAATGCAAAAGAGACTGGGGCAGTTAACACAATGCTCGAACCTGCGGACAAATTTGCAGAAAATTTGGTTGGACCTGATGCCAATGCGGAGATAAAGTTGAATGATGCGGTGCTTGAGAGCATCGAGAAAATCGGAGGACGGTCGTGTGATGAGAACAGTGCAAAGGAAGCTTC
TGAACAGAAAGCAGAAAATGGGTGTATATCTGAAATAACTTCTCAATTTCAACAAGAGAGTGAAGAAAAAAGTGAAACTGCAGCTGCTGAAGATTTTGAAACAATTCATTCAGAAGGATTAAAGGATGCAGTGGATTTGAAAGAGAAGGATGGAGAAGAGGTTAAACTTGAAACAGAGAGAACATTTAGTCTTCTATCTG
GTGTTTTTATGCTTCCACATCCTACTAAGGCGTCTACAGGTGGTGAGGATGCTTACTTTGTAGCACGTAATAATTGGGTTGGGGTTGCTGATGGCGTTGGTCAGTGGGCACTTGAAGGAATCAATTCGGGACTTTACGCACAGGAGCTTATGGAAAATTGTAGGAAGCTTGCATCTGAAGAAAGTTCGAGTGCTGACCCA
AAGCAAGTACTCGTCATGAGTGCTATGGAGGCAAAGTCTGCAGGCTCATCAACAGTGTTGGTAGCCAGTCTGATTGGTCAGACTCTTCATGTTGTAAACCTTGGAGATTCTGGATTTATTGTCATTCGAGGAGGATCTGTTATTGCAAAGTCATCTCCAATGACACATGGATTTAATTTTCCTTACCAGATTGAGAGAGG
AGATGATCCATCATTGCTTTTGGAGgtaggactcaagttgttgaaattatccatacctgtggtgatttatatttttttgacctaaaatctggaacaatgtttactaatggaggtttggataaaattgtctctttctgagctaactctttatttattttctggtagtcaagtgggctctcctaaagttcctgctttgagct
tatgagggaaaagagtctgaagatttatcttgataatttgttaatcattgaaaataaaattgtcactgaaatcatgttggttgcagAGCTATGACATTGCTCTGAATGAGGGAGATGTAATTGTTACAGCTACAGATGGCCTTTTTGATAACTTATATGATCACGAGATAGCTTCTATTATTCAGAACTCTTTGCAATCA
GGTTTGGGACCTAAGG
Intron 2 GTAATTTTTT ... ACCCTACCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 33.33 | 6 | 5 | 1 |
| A2 | 36.17 | 15 | 8 | 9 |
| A3 | 41.94 | 9 | 5 | 8 |
| A4 | 33.33 | 5 | 2 | 3 |
| A5 | 8.33 | 11 | 2 | 0 |
| A6 | 20.48 | 33 | 3 | 14 |
| A7 | 23.53 | 26 | 5 | 11 |
| A8 | 28.57 | 45 | 15 | 21 |
| A9 | 27.06 | 31 | 9 | 14 |
| A10 | 23.33 | 23 | 7 | 7 |
>TRINITY_DN43972_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoformAGAGGAAGCTGTGGGAGTGGGTACAGTTGGATCTTCAGAAGCGATCATGTTGGCAGGCCTTGCATTCAAACGCAAATGGAAAAAAAACGCAAGGCAGAGGGGAAGCCGCACTACCACAACAGAGGGTAGATGCAGCTGCATTTATAAACAAGCATTTAGAGGTTATGGCTGGAGAAGACAAGTACCAATACCCGGCTTGC
TATATTGCAGCGAGGCACTCCCAGACTGAAGATCAAGAGCACACATGGAAAAAACTGGTTTTGGAGCTGCAGATCATTGATTGGAAGGTTGTGTCTAGCAGCTTTAAAGCTCTTCTTTTGGAATGTTGGTGGCTCAAATAAGTGCGTCCGCCTGAGCAAAATTCCAGTTGATAATTAGGTAATTACTTCATGACCACTCT
TGGGTTGTAGTACCTGTCCGAGTTCTGGTCACTGCCAGGTTAAACTCTAAACCAAAGGTTCGACCTCTATGCGGCTAGAACACTTGCCAAGATGCAAGGGGCATATCCAACCATTTATATCATAATTACAGCTAGCTCCCTTATTTTTCCAGATCTCGATACTCTGCACCTTGAAAGCACAGACTTATCAGTATTTCCAG
TGGAGGGCACCTTAAAAGGGTGCTAGCTAGGACGGTATCCAGGAAAGCGCTCACATTTAACTAAGCTTCTAAATTTTTGATCCATTAGTATCTTTGCCGTTGCATTAGACGATCTCCAATCTTGATTATTCTCTTTTATCGACAATGCTATAATTCGCAAGTTTCTGCTACTAAGTGAAGGAATTTTAATTTTTGTCATT
CCAACGGTGTATTGTGTCCCATTTTATGTATCGTGAACTACGACTTTCTCAGAATAAATCAATGTATGAATCTAAATCTCTTCTTTACAGAAAAAATGAGTTTATATTTCTTAGTCAGTTATTATTTGACAGAAAAAAACTCAGCTGAGAGCTGTAAGAATAAGGAACTATCCCTCTTAGTGTTCTGTTATTGGGTGAGA
GAAGTGAATGCATTATGCTGCCACTTGAATTTCAAGTTGTGGTTATTGAAATAATCAGAGATAGGTTTCTAAGATGGATTGCTACTGTATGAGAATTTTAAGTGCGATTAAAAAAGATCCAACTTAGG
>TRINITY_DN43972_c0_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:AGAGGAAGCTGTGGGAGTGGGTACAGTTGGATCTTCAGAAGCGATCATGTTGGCAGGCCTTGCATTCAAACGCAAATGGAAAAAAAACGCAAGGCAGAGGGGAAGCCGCACTACCACAACAGAGGGgtaattttttacaaaattttagacgaaatatgactttcgtcttaaatgtatattttatttatttatttttaaag
acaaaagtaggtaaaaagagtttctacggggtctttatccatcgcgcagtggaaaactaaatatttttcgtgacctgcaacgccatcggcctccatttcgcattaattaccctaccagTAGATGCAGCTGCATTTATAAACAAGCATTTAGAGGTTATGGCTGGAGAAGACAAGTACCAATACCCGGCTTGCTATATTGC
AGCGAGGCACTCCCAGACTGAAGATCAAGAGCACACATGGAAAAAACTGGTTTTGGAGCTGCAGATCATTGATTGGAATGTTCTGTCTAGCAGCTTTAAAGCTCTTCTTTTGGAATGTTGGTGGCTCAAATAAGTGCGTCCGCCTGAGCAAAATTCCAGTTGATAATTAGGTAATTACTTCATGACCACTCTTGGGTTGT
AGTACCTGTCCGAGTTCTGGTCACTGCCAGGTTAAACTCTAAACCAAAGGTTCGACCTCTATGCGGCTAGAACACTTGCCAAGATGCAAGGGGCATATCCAACCATTTATATCATAATTACAGCTAGCTCCCTTATTTTTCCAGATCTCGATACTCTGCACCTTGAAAGCACAGACTTATCAGTATTTCCAGTGGAGGGC
ACCTTAAAAGGGTGCTAGCTAGGACGGTATCCAGGAAAGCGCTCACATTTAACTAAGCTTCTAAATTTTTGATCCATTAGTATCTTTGCCGTTGCATTAGACGATCTCCAATCTTGATTATTCTCTTTTATCGACAATGCTATAATTCGCAAGTTTCTGCTACTAAGTGAAGGAATTTTAATTTTTGTCATTCCAACGGT
GTATTGTGTCCCATTTTATGTATCGTGAACTACGACTTTCTCAGAATAAATCAATGTATGAATCTAAATCTCTTCTTTACAGAAAAAATGAGTTTATATTTCTTAGTCAGTTATTATTTGACAGAAAAAAACTCAGCTGAGAGCTGTAAGAATAAGGAACTATCCCTCTTAGTGTTCTGTTATTGGGTGAGAGAAGTGAA
TGCATTATGCTGCCACTTGAATTTCAAGTTGTGGTTATTGAAATAATCAGAGATAGGTTTCTAAGATGGATTGCTACTGTATGAGAATTTTAAGTGCGATTAAAAAAGATCCAACTTAGG
Intron 3 GTAATGGCAG ... ATGGATTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 60 | 11 | 11 | 22 |
| A2 | 45.76 | 16 | 6 | 21 |
| A3 | 44.68 | 13 | 4 | 17 |
| A4 | 47.62 | 11 | 12 | 8 |
| A5 | 54.84 | 7 | 5 | 12 |
| A6 | 46.39 | 26 | 26 | 19 |
| A7 | 45.45 | 36 | 26 | 34 |
| A8 | 44.95 | 30 | 33 | 16 |
| A9 | 41.82 | 32 | 19 | 27 |
| A10 | 41.09 | 38 | 22 | 31 |
>TRINITY_DN42029_c1_g2_i6 from sample A9 / Example spliced isoformACTGTATCATCCCATCTGTTTTTTTATAATCGTGAAACTATCCGAAATATCCCCTTTGAGCTCCGTTAACTAGCCTGCTGGAATACAAACCTTATCTTGCTGTTTAATTGCATTCTATTCTATTCTAGGGTTACACTGCTCATCGATTCGATTTTGTAGTGTTTTATTCTTCGAAGGCTGCATATATTGCTATTGCTCTT
TAAGAAAATAGAATCATGCTTGATCATGATCCTGGTTTTATCGCTGGATTCATTGGTGTGATAGTCGCCACCCTAGTGGCAAAATTTACTGAATTCATCATGATGATGTATCGCTACTCAAAACTGTTGAAAGAACTAGAGGAGGAGTCCTCTCCAGATCTAGAAAATGGGAAGAAGAAGTTCTTTCCAAATTCCAATGA
ACTGAAAGATCTTCTTGAAAAAGCAAGAAATGCCAAGGGTTTAACGTCCTTGTGGAATGTTAAGACGTTCTTGTCGAATGTTATAGATCGTTATGAAATAGCCAAGAGTATGGTCAAAATGATTTCAGATATGCCTTTGGCACGTTTACAGAAAGAGGCAACACTAACGCCGGTGCGGCAGCTGACAGAAAATGTAGAAC
GTCTACTGGAGACGCAGAAGCAGACGAGGGCACCAAAGTCTGGTGCGGTAGTTACAGATCCGGCACAGCCTGGTGTTGCGCCTGGTGCAAATCGCAAGAAGAAGAAGAAAAAGAAGCAGTGGTGCAAATGGCAAGAAGAAGAATTTTCCACTGATATTTTGCCAAGATAATGAGCCTAAGATGTTGAAAGAATCATTTTC
TTCATGATTGATCTAGTGCCGGGTCTTCGAGAGGGATGAAGAATTCCAACGATCAAATGTTTGAATTCAATCGATCTGCTGGGAGAAATTTGCTGGTGAAACACTATTGTGTAGTGCAATCCCTTTGAAGATCAGCTTCTCTACATTCGTATTTCAGACAAAATGGTTCTGAGCAGTGCTGCTCCTGTTTCCAATGGCCA
CGCACAGTCAACTTTTGGCTCCATATATGTACAGGAATGCTTGCCTCGGTTTCGAATGCCGGATAGGTCTATTCCCAAAGATGCAGCCTATCAGATCATCAGCGACAAGCTCATACTGAATGGGGTTCGATGGGAACCGCAGACTCAATTTTGCTTCTTTCGTCACCACATGGTCACCACATAGATGGAACCAGAATGCG
ATAAGCTCCTGCAGGCAATCAACAAGAATTATGTCGACATGGACGAGTATCCGGTTACCACAGAGTTGCAGAGCTTCGTTTCTCTGTGCGAAAATCTTTAAAAACGCTTGTCCGCTAAAGGCCGTAATTCGTCTGCCAAGGAAGCAATGCCGGCGCTTTGCCCTTCCCGTTCATTTGCGGAGAAGATCGGTTTTTGCGGT
CAATTCTTCTTCTTCTGGCTCTGAATTTGAGATAATCTCCACCAGTGATATGTCGATTCCCAAAGATGCAGTCTATCAGATCATCAGTGACAAGCTCATGCTGGATGCGAACTCCAGACTCAATCTTGCTTCTTTGTCACCACATGGATGGAACCAGAATGCGATAAGCTCCGGATGCAGGCAATCAACAAGAATTATGT
CGACATGAACGAGTATCCAGTTACCACAGAGTTGCGGGTAATGGCAGCCCGTGTGATAAGCTT
>TRINITY_DN42029_c1_g2_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:ACTGTATCATCCCATCTGTTTTTTTATAATCGTGAAACTATCCGAAATATCCCCTTTGAGCTCCGTTAACTAGCCTGCTGGAATACAAACCTTATCTTGCTGTTTAATTGCATTCTATTCTATTCTAGGGTTACACTGCTCATCGATTCGATTTTGTAGTGTTTTATTCTTCGAAGGCTGCATATATTGCTATTGCTCTT
TAAGAAAATAGAATCATGCTTGATCATGATCCTGGTTTTATCGCTGGATTCATTGGTGTGATAGTCGCCACCCTAGTGGCAAAATTTACTGAATTCATCATGATGATGTATCGCTACTCAAAACTGTTGAAAGAACTAGAGGAGGAGTCCTCTCCAGATCTAGAAAATGGGAAGAAGAAGTTCTTTCCAAATTCCAATGA
ACTGAAAGATCTTCTTGAAAAAGCAAGAAATGCCAAGGGTTTAACGTCCTTGTGGAATGTTAAGACGTTCTTGTCGAATGTTATAGATCGTTATGAAATAGCCAAGAGTATGGTCAAAATGATTTCAGATATGCCTTTGGCACGTTTACAGAAAGAGGCAACACTAACGCCGGTGCGGCAGCTGACAGAAAATGTAGAAC
GTCTACTGGAGACGCAGAAGCAGACGAGGGCACCAAAGTCTGGTGCGGTAGTTACAGATCCGGCACAGCCTGGTGTTGCGCCTGGTGCAAATCGCAAGAAGAAGAAGAAAAAGAAGCAGTGGTGCAAATGGCAAGAAGAAGAATTTTCCACTGATATTTTGCCAAGATAATGAGCCTAAGATGTTGAAAGAATCATTTTC
TTCATGATTGATCTAGTGCCGGGTCTTCGAGAGGGATGAAGAATTCCAACGATCAAATGTTTGAATTCAATCGATCTGCTGGGAGAAATTTGCTGGTGAAACATATTGTGAAACGCTATTGTGTAGTGCAATCCCTTTGAAGATCAGCTTCTCTACATTCGTATTTCAGACAAAATGGTTCTGAGCAGTGCTGCTCCTGT
TTCCAATGGCCACGCACAGTCAACTTTTGGCTCCATATATGTACAGGAATGCTTGCCTCGGTATGTAGAGCTTCCATTTTAGAGAAATCTGTGGAGATAGAGTAGAGATTTCATTGGATGTCGTTGTTCTGAATGTTTGTGTTGGTAGGTTTCGAATGCCGGATAGGTCTATTCCCAAAGATGCAGCCTATCAGATCATC
AGCGACAAGCTCATACTGAATGGGGTTCGATGGGAACCGCAGACTCAATCTTGCTTCTTTCGTCACCACATGGTCACCACATAGATGGAACCAGAATGCGATAAGCTCCTGCAGGCAATCAACAAGAATTATGTCGACATGGACGAGTATCCGGTTACCACAGAGTTGCAGgtaatggcagcccgtgtgataatcttcgg
cttctaatctctcaagatcatctgaaagcccctttcaaatctatttttctttaacttcaccagtcatgattttattttaatttgtccggacaaagagaaaatgcagaaaggaataattttgtgatccatggaactgcaaggagctttaattattctaatcgaaattaatatctatagggctaagaaatggcgcattgcgt
ggtaggaaaaatgctggattgcggtttaatgatttcgtgtttacatggattcagAGCTTCGTTTCTCTGTGCGAAAATCTTTAAAAACGCTTGTCCGCTAAAGGCCGTAATTCGTCTGCCAAGGAAGCAATGCCGGCGCTTTGCCCTTCCCGTTCATTTGCGGAGAAGATCGGTTTTTGCGGTCAATTCTTCTTCTTCTG
GCTCTGAATTTGAGATAATCTCCACCAGAGAGTTTTCAGATGGAAGCATTATGTTTCACTTTGGCATCCCTGAACGAACCGCGGAGGTGGAACAGCTTTGTTCGAATCGGCAGCCGTCGCCCGCATTAGCAGAAGTTGATTTGCAAGCGGATGCTAGCGCAATTAACGGTAATTTTGTCATGGATTCAGGATCGGGGGTT
TTTGAGGATTCTTGCGAGTCACAGGCGAGTAAAACTGAGGAAGCTTCTGTTAATAAAAATCAAATGTTGTTAGAGAAAGAGGATGTCACTAGCGGCTTTAGTACTACAAAGAAAATGAAGATGTCCGAGGAAGACGTAGGCAGGGTCACAACAATTGCAGTTAAAAATTCCAGGGATGAAACGGAATTTGGTGAAATTAA
TGAGAAGTTAAAGGAGGATAGGGTTACTGTTGCTTTTGCAAGGTCAAAGGAAAATAATGGGGTTTCTGGTGAAATTGGAAGTGGAGCTGTGAGCAACACGGAAACAAATTTAGGAGGTGAAACCCGTGAATTTCTATCGAGCGATGTGATAAACTCAGAGGAGAGTGGCGGATCTATCAGCAATGCAAAAGAGACTGGGG
CAGTTAACACAATGCTCGAACCTGCGGACAAATTTGCAGAAAATTTGGTTGGACCTGATGCCAATGCGGAGATAAAGTTGAATGATGCGGTGCTTGAGAGCATCGAGAAAATCGGAGGACGGTCGTGTGATGAGAACAGTGCAAAGGAAGCTTCTGAACAGAAAGCAGAAAATGGGTGTATATCTGAAATAACTTCTCAA
TTTCAACAAGAGAGTGAAGAAAAAAGTGAAACTGCAGCTGCTGAAGATTTTGAAACAATTCATTCAGAAGGATTAAAGGATGCAGTGGATTTGAAAGAGAAGGATGGAGAAGAGGTTAAACTTGAAACAGAGAGAACATTTAGTCTTCTATCTGGTGTTTTTATGCTTCCACATCCTACTAAGGCGTCTACAGGTGGTGA
GGATGCTTACTTTGTAGCACGTAATAATTGGGTTGGGGTTGCTGATGGCGTTGGTCAGTGGGCACTTGAAGGAATCAATTCGGGACTTTACGCACAGGAGCTTATGGAAAATTGTAGGAAGCTTGCATCTGAAGAAAGTTCGAGTGCTGACCCAAAGCAAGTACTCGTCATGAGTGCTATGGAGGCAAAGTCTGCAGGCT
CATCAACAGTGTTGGTAGCCAGTCTGATTGGTCAGACTCTTCATGTTGTAAACCTTGGAGATTCTGGATTTATTGTCATTCGAGGAGGATCTGTTATTGCAAAGTCATCTCCAATGACACATGGATTTAATTTTCCTTACCAGATTGAGAGAGGAGATGATCCATCATTGCTTTTGGAGAGCTATGACATTGCTCTGAAT
GAGGGAGATGTAATTGTTACAGCTACAGATGGCCTTTTTGATAACTTATATGATCACGAGATAGCTTCTATTATTCAGAACTCTTTGCAATCAGGTTTGGGACCTAAGGAAATGGCGACTTTACTGGCAGAAAAGGCACACGAGAGAGGCAAGTCGACATCAGGGAACAGCCCCTTTTCAGATGCAGCTCGAGCAGTTGG
TTATAACACATACATCGGTGGGAAGCTGGATGATGTCACAGTCATTGTATCATTAGTGAAAGGTAGTAGTAAAGAGTAGGAGGAGCTTTATACGGGTTGCCGGCAACCGATTCAGGGTATCAGGTTATCTTCGAAATCTCTCATTTTTGGGGCATATGCTTGTATGTACATTGAAAGCACATTTGCTTAAAAAATATCAC
GAGACTGTAACATAGAGATGGCAATGGTGTAATCTTCATGCTAAATGAGAAGGACGTTGTACCATGTGAAATGTATATTGTTATAGGGACACCGATCATTTGAATTCAGTCAATACACAAACAGCAGGAGTTGGTCAACATTCTTGATAAAAAATGATGTAAATTTCCTTTCTTCACCCATCATTGGGTATTTTATATTG
ATGGGTTTGTTCCATAAACCTGCCCATCCTTTGGCTACTTTTTAGTAGCCGCGTTCGTCTACGGTGACCGTTCACCAATGCAGACCAAAAACAGGGATTCGACACGGGAATACATTGTCTTGCCTACCCTGTTTAGATGCTTTCCTGTTATAAATGAATGCAAAAAAAATATTTAACTTCCACATAACTTCAGAGTTGGT
CTCATTATTGTATTGGTGGTTAGTAAAGATGCACCACACTCACACTTCTCTATCATTTATGAAATCACAGTCAATGTTTGACGAGATTGTCTGTTCAGGCTGACATCTGCACATATTCTAAGTCATTAATGAATCCCATTATATTTCCTTACATTGATCCCCTGATTTCAATATGGTGGTAACCATTTTTCGCGTCTTTC
TCATTAGACTTATCCATGGGGGCATATACTGCCTTTATTTTAGAATCACCTTTCCTGGTTTGCTGTGTACAGGAACTTTGGATTATTTGTACTTGCCATTAGTGGTTGATAACTCAAAATTGATGGCAAATCACTTTTACTACAATTAGTAATCGACGGGGTGAATGCAAAAGTTTAGATTGACATCAATGTGTTAAAAA
TCAATGATCTCTTTTTGTTTCTAATTGACATTCGTTCAGGAACTTTGGATTATTTGTACTTGCCATTAGTGGTTGATAACTCAAAATTGATGGCAAATCACTTTTACTACAATTAGTAATCGACGGGGTGAATGCAAAAGTTTAGATTGACATCAATGTGTTAAAAATCAATGATCTCTTTTTGTTTCTAATTGACATTC
GTTCAGGAACTTTGGATTATTTGTAC
Intron 4 GTACTCCCCT ... ATGGATTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 69.57 | 7 | 10 | 22 |
| A2 | 64.52 | 11 | 19 | 21 |
| A3 | 48.15 | 14 | 9 | 17 |
| A4 | 62.5 | 6 | 12 | 8 |
| A5 | 53.33 | 7 | 4 | 12 |
| A6 | 56 | 11 | 9 | 19 |
| A7 | 58.14 | 18 | 16 | 34 |
| A8 | 70.37 | 4 | 3 | 16 |
| A9 | 53.25 | 18 | 14 | 27 |
| A10 | 58.14 | 18 | 19 | 31 |
>TRINITY_DN47081_c0_g1_i5 from sample A10 / Example spliced isoformGAACAACATCTGGTTTTAGCTACCAATACCCTGTGAGCAGAGCATCAGGTTACTTTTTAAATAAACCGATTCCCAATAAAGAGATTGACCCGAATAAAATTAATCGGCGGGCCTAAACCTCGGCACGACGAAAGCAAATACAAAATGAAAGTCACCTCGGCGTGGATCTACTAGCTTCATTTCTCTGTGCGAAAAGCTTT
AAAAACGCTTGTCCGCTAAAGGCCGTAATTCGTCTGCCAAGGAAGCAATGCCGGCGCTTTGCCCTTCCCGTTCATTTGCGGAGAAGATCGGTTTTTGCGGTCAATTCTTCTTCTTCTGGCTCTGAATTTGAGATAATCTCCACCAGAGAGTTTTCAGATGGAAGCATTATGTTTCACTTTGGCATCCCTGAACGAACCGC
GGAGGTGGAACAGCTTTGTTCGAATCGGCAGCCGTCGCCCGCATTAGCAGAAGTTGATTTGCAAGCGGATGCTAGCGCAATTAACGGTAATTTTGTCATGGATTCAGGATCGGGGGTTTTTGAGGATTCTTGCGAGTCACAGGCGAGTAAAACTGAGGAAGCTTCTGTTAATAAAAATCAAATGTTGTTAGAGAAAGAGG
ATGTCACTAGCGGCTTTAGTACTACAAAGAAAATGAAGATGTCCGAGGAAGACGTAGGCAGGGTCACAACAATTGCAGTTAAAAATTCCAGGGATGAAACGGAATTTGGTGAAATTAATGAGAAGTTAAAGGAGGATAGGGTTACTGTTGCTTTTGCAAGGTCAAAGGAAAATAATGGGGTTTCTGGTGAAATTGGAAGT
GGAGCTGTGAGCAACACGGAAACAAATTTAGGAGGTGAAACCCGTGAATTTCTATCGAGCGATGTGATAAACTCAGAGGAGAGTGGCGGATCTATCAGCAATGCAAAAGAGACTGGGGCAGTTAACACAATGCTCGAACCTGCGGACAAATTTGCAGAAAATTTGGTTGGACCTGATGCCAATGCGGAGATAAAGTTGAA
TGATGCGGTGCTTGAGAGCATCGAGAAAATCGGAGGACGGTCGTGTGATGAGAACAGTGCAAAGGAAGCTTCTGAACAGAAAGCAGAAAATGGGTGTATATCTGAAATAACTTCTCAATTTCAACAAGAGAGTGAAGAAAAAAGTGAAACTGCAGCTGCTGAAGATTTTGAAACAATTCATTCAGAAGGATTAAAGGATG
CAGTGGATTTGAAAGAGAAGGATGGAGAAGAGGTTAAACTTGAAACAGAGAGAACATTTAGTCTTCTATCTGGTGTTTTTATGCTTCCACATCCTACTAAGGCGTCTACAGGTGGTGAGGATGCTTACTTTGTAGCACGTAATAATTGGGTTGGGGTTGCTGATGGCGTTGGTCAGTGGGCACTTGAAGGAATCAATTCG
GGACTTTACGCACAGGAGCTTATGGAAAATTGTAGGAAGCTTGCATCTGAAGAAAGTTCGAGTGCTGACCCAAAGCAAGTACTCGTCATGAGTGCTATGGAGGCAAAGTCTGCAGGCTCATCAACAGTGTTGGTAGCCAGTCTGATTGGTCAGACTCTTCATGTTGTAAACCTTGGAGATTCTGGATTTATTGTCATTCG
AGGAGGATCTGTTATTGCAAAGTCATCTCCAATGACACATGGATTTAATTTTCCTTACCAGATTGAGAGAGGAGATGATCCATCATTGCTTTTGGAGAGCTATGACATTGCTCTGAATGAGGGAGATGTAATTGTTACAGCTACAGATGGCCTTTTTGATAACTTATATGATCACGAGATAGCTTCTATTATTCAGAACT
CTTTGCAATCAGGTTTGGGACCTAAGGAAATGGCGACTTTACTGGCAGAAAAGGCACACGAGAGAGGCAAGTCGACATCAGGGAACAGCCCCTTTTCAGATGCAGCTCGAGCAGTTGGTTATAACACATACATCGGTGGGAAGCTGGATGATGTCACAGTCATTGTATCATTAGTGAAAGGTAGTAGTAAAGAGTAGGAG
GAGCTTTATACGGGTTGCCGGCAACCGATTCAGGGTATCAGGTTATCTTCGAAATCTCTCATTTTTGGGGCATATGCTTGTATGTACATTGAAAGCACATTTGCTTAAAAAATATCACGAGACTGTAACATAGAGATGGCAATGGTGTAATCTTCATGCTAAATGAGAAGGACGTTGTACCATGTGAAATGTATATTGTT
ATAGGGACACCGATCATTTGAATTCAGTCAATACACAAACAGCAGGAGTTGGTCAACATTCTTGATAAAAAATGATGTAAATTTCCTTTCTTCACCCATCATTGGGTATTTTATATTGATGGGTTTGTTCCATAAACCTGCCCATCCTTTGGCTACTTTTTAGTAGCCGCGTTCGTCTACGGTGACCGTTCACCAATGCA
GACCAAAAACAGGGATTCGACACGGGAATACATTGTCTTGCCTACCCTGTTTAGATGCTTTCCTGTTATAAATGAATGCAAAAAAAATATTTAACTTCCACATAACTTCAGAGTTGGTCTCATTATTGTATTGGTGGTTAGTAAAGATGCACCACACTCACACTTCTCTATCATTTATGAAATCACAGTCAATGTTTGAC
GAGATTGTCTGTTCAGGCTGACATCTGCACATATTCTAAGTCATTAATGAATCCCATTATATTTCCTTACATTGATCCCCTGATTTCAATATGGTGGTAACCATTTTTCGCGTCTTTCTCATTAGACTTATCCATGGGGGCATATACTGCCTTTATTTTAGAATCACCTTTCCTGGTTTGCTGTGTACAGGAACTTTGGA
TTATTTGTACTTGCCATTAGTGGTTGATAACTCAAAATTGATGGCAAGTCACTTTTACTACAATTAGTAATCGAC
>TRINITY_DN47081_c0_g1_i4 from sample A10 / Example unspliced isoform:GAACAACATCTGGTTTTAGCTACCAATACCCTGTGAGCAGAGCATCAGGTTACTTTTTAAATAAACCGATTCCCAATAAAGAGATTGACCCGAATAAAATTAATCGGCGGGCCTAAACCTCGGCACGACGAAAGCAAATACAAAATGAAAGTCACCTCGGCGTGGATCTACTgtactcccctcgacaaaccctggaatat
ataattctttaacttcgccagtcagcattttattttaattcgtccggacaaagagaaaatgcagaaaggaataattttgtgatccatggaactgcaaggagctttaattattctaatcgaaattaatatctatagggctaagaaatggcgcattgcgtggtaggaaaaatgctggattgcggtttaatgatttcgtgttt
acatggattcagAGCTTCATTTCTCTGTGCGAAAAGCTTTAAAAACGCTTGTCCGCTAAAGGCCGTAATTCGTCTGCCAAGGAAGCAATGCCGGCGCTTTGCCCTTCCCGTTCATTTGCGGAGAAGATCGGTTTTTGCGGTCAATTCTTCTTCTTCTGGCTCTGAATTTGAGATAATCTCCACCAGAGAGTTTTCAGATG
GAAGCATTATGTTTCACTTTGGCATCCCTGAACGAACCGCGGAGGTGGAACAGCTTTGTTCGAATCGGCAGCCGTCGCCCGCATTAGCAGAAGTTGATTTGCAAGCGGATGCTAGCGCAATTAACGGTAATTTTGTCATGGATTCAGGATCGGGGGTTTTTGAGGATTCTTGCGAGTCACAGGCGAGTAAAACTGAGGAA
GCTTCTGTTAATAAAAATCAAATGTTGTTAGAGAAAGAGGATGTCACTAGCGGCTTTAGTACTACAAAGAAAATGAAGATGTCCGAGGAAGACGTAGGCAGGGTCACAACAATTGCAGTTAAAAATTCCAGGGATGAAACGGAATTTGGTGAAATTAATGAGAAGTTAAAGGAGGATAGGGTTACTGTTGCTTTTGCAAG
GTCAAAGGAAAATAATGGGGTTTCTGGTGAAATTGGAAGTGGAGCTGTGAGCAACACGGAAACAAATTTAGGAGGTGAAACCCGTGAATTTCTATCGAGCGATGTGATAAACTCAGAGGAGAGTGGCGGATCTATCAGCAATGCAAAAGAGACTGGGGCAGTTAACACAATGCTCGAACCTGCGGACAAATTTGCAGAAA
ATTTGGTTGGACCTGATGCCAATGCGGAGATAAAGTTGAATGATGCGGTGCTTGAGAGCATCGAGAAAATCGGAGGACGGTCGTGTGATGAGAACAGTGCAAAGGAAGCTTCTGAACAGAAAGCAGAAAATGGGTGTATATCTGAAATAACTTCTCAATTTCAACAAGAGAGTGAAGAAAAAAGTGAAACTGCAGCTGCT
GAAGATTTTGAAACAATTCATTCAGAAGGATTAAAGGATGCAGTGGATTTGAAAGAGAAGGATGGAGAAGAGGTTAAACTTGAAACAGAGAGAACATTTAGTCTTCTATCTGGTGTTTTTATGCTTCCACATCCTACTAAGGCGTCTACAGGTGGTGAGGATGCTTACTTTGTAGCACGTAATAATTGGGTTGGGGTTGC
TGATGGCGTTGGTCAGTGGGCACTTGAAGGAATCAATTCGGGACTTTACGCACAGGAGCTTATGGAAAATTGTAGGAAGCTTGCATCTGAAGAAAGTTCGAGTGCTGACCCAAAGCAAGTACTCGTCATGAGTGCTATGGAGGCAAAGTCTGCAGGCTCATCAACAGTGTTGGTAGCCAGTCTGATTGGTCAGACTCTTC
ATGTTGTAAACCTTGGAGATTCTGGATTTATTGTCATTCGAGGAGGATCTGTTATTGCAAAGTCATCTCCAATGACACATGGATTTAATTTTCCTTACCAGATTGAGAGAGGAGATGATCCATCATTGCTTTTGGAGAGCTATGACATTGCTCTGAATGAGGGAGATGTAATTGTTACAGCTACAGATGGCCTTTTTGAT
AACTTATATGATCACGAGATAGCTTCTATTATTCAGAACTCTTTGCAATCAGGTTTGGGACCTAAGGAAATGGCGACTTTACTGGCAGAAAAGGCACACGAGAGAGGCAAGTCGACATCAGGGAACAGCCCCTTTTCAGATGCAGCTCGAGCAGTTGGTTATAACACATACATCGGTGGGAAGCTGGATGATGTCACAGT
CATTGTATCATTAGTGAAAGGTAGTAGTAAAGAGTAGGAGGAGCTTTATACGGGTTGCCGGCAACCGATTCAGGGTATCAGGTTATCTTCGAAATCTCTCATTTTTGGGGCATATGCTTGTATGTACATTGAAAGCACATTTGCTTAAAAAATATCACGAGACTGTAACATAGAGATGGCAATGGTGTAATCTTCATGCT
AAATGAGAAGGACGTTGTACCATGTGAAATGTATATTGTTATAGGGACACCGATCATTTGAATTCAGTCAATACACAAACAGCAGGAGTTGGTCAACATTCTTGATAAAAAATGATGTAAATTTCCTTTCTTCACCCATCATTGGGTATTTTATATTGATGGGTTTGTTCCATAAACCTGCCCATCCTTTGGCTACTTTT
TAGTAGCCGCGTTCGTCTACGGTGACCGTTCACCAATGCAGACCAAAAACAGGGATTCGACACGGGAATACATTGTCTTGCCTACCCTGTTTAGATGCTTTCCTGTTATAAATGAATGCAAAAAAAATATTTAACTTCCACATAACTTCAGAGTTGGTCTCATTATTGTATTGGTGGTTAGTAAAGATGCACCACACTCA
CACTTCTCTATCATTTATGAAATCACAGTCAATGTTTGACGAGATTGTCTGTTCAGGCTGACATCTGCACATATTCTAAGTCATTAATGAATCCCATTATATTTCCTTACATTGATCCCCTGATTTCAATATGGTGGTAACCATTTTTCGCGTCTTTCTCATTAGACTTATCCATGGGGGCATATACTGCCTTTATTTTA
GAATCACCTTTCCTGGTTTGCTGTGTACAGGAACTTTGGATTATTTGTACTTGCCATTAGTGGTTGATAACTCAAAATTGATGGCAAGTCACTTTTACTACAATTAGTAATCGAC
Intron 5 GTTGTTAAGC ... TCTTTCATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 63.67 | 3.3 | 11 | 0.7 |
| A2 | 50 | 2.3 | 2 | 2.7 |
| A3 | 50 | 1 | 0 | 2 |
| A4 | 79.36 | 1.7 | 10 | 2 |
| A5 | 100 | 0 | 0 | 1 |
| A6 | 49.09 | 14 | 12 | 15 |
| A7 | 55.22 | 10.7 | 18 | 7 |
| A8 | 50.56 | 22.3 | 28 | 17.7 |
| A9 | 66.54 | 10 | 22 | 17 |
| A10 | 40.16 | 12.3 | 12 | 4.3 |
>TRINITY_DN41824_c0_g3_i3 from sample A8 / Example spliced isoformTGCACTACTACAACAGAGGGCGAGGCACTCCCAGACTGAAGATCAAGAGCACACATGGAAAAAACTGGTTTTGGAGCTGCAGATCATTGATTGGAATGTTCTGTCTAGCAGGTGATGCATTTGACTTATTAAGCTTTAAAGCTCTTCTTTTGGAATGTTGGTGGCTCAAATAAGTGCGTCCGCCTGAGCAAAATTCCAGT
TGATAATTAGGTAATTACTTCATGACCACTCTTGGGTTGTAGTACCTGTCCGAGTTCTGGTCACTGCCAGGTTAAACTCTAAACCAAAGGTTCGACCTCTATGCGGCTAGAACACTTGCCAAGATGCAAGGGGCATATCCAACCATTTATATCATAATTACAGCTAGCTCCCTTATTTTTCCAGATCTCGATACTCTGCA
CCTTGAAAGCACAGACTTATCAGTATTTCCAGTGGAGGGCACCTTAAAAGGGTGCTAGCTAGGACGGTATCCAGGAAAGCGCTCACATTTAACTAAGCTTCTAAATTTTTGATCCATTAGTATCTTTGCCGTTGCATTAGACGATCTCCAATCTTGATTATTCTCTTTTATCGACAATGCTATAATTCGCAAGTTTCTGC
TACTAAGTGAAGGAATTTTAATTTTTGTCATTCCAACGGTGTATTGTGTCCCATTTTATGTATCGTGAACTACGACTTTCTCAGAATAAATCAATGTATGAATCTAAATCTCTTCTTTACAGAAAAAATGAGTTTATATTTCTTAGTCAGTTATTATTTGACAGAAAAAAACTCAGCTGAGAGCTGTAAGAATAAGGAAC
TATCCCTCTTAGTGTTCTGTTATTGGGTGAGAGAAGTGAATGCATTATGCTGCCACTTGAATTTCAAGTTGTGGTTATTGAAATAATCAGAGATAGG
>TRINITY_DN41824_c0_g3_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:GATGCAGCTGCATTTATAAACAAGCATTTAGAGGTTATGGCTGGAGAAGACAAGTACCAATACCCGGCTTGCTATATTGCAGCGAGGCACTCCCAGACTGAAGATCAAGAGCACACATGGAAAAAACTGGTTTTGGAGCTGCAGATCATTGATTGGAAGGTTGTGTCTAGCAGGTGATGCATTTGACTTATTAAGgttgt
taagctctcagaagcatttgtttcataacaaattgatctggccctaccttaatgtttactaagcgtggcagctaattgctgaactttgtctttcatagCTTTAAAGCTCTTCTTTTGGAATGTTGGTGGCTCAAATAAGTGCGTCCGCCTGAGCAAAATTCCAGTTGATAATTAGGTAATTACTTCATGACCACTCTTGG
GTTGTAGTACCTGTCCGAGTTCTGGTCACTGCCAGGTTAAACTCTAAACCAAAGGTTCGACCTCTATGCGGCTAGAACACTTGCCAAGATGCAAGGGGCATATCCAACCATTTATATCATAATTACAGCTAGCTCCCTTATTTTTCCAGATCTCGATACTCTGCACCTTGAAAGCACAGACTTATCAGTATTTCCAGTGG
AGGGCACCTTAAAAGGGTGCTAGCTAGGACGGTATCCAGGAAAGCGCTCACATTTAACTAAGCTTCTAAATTTTTGATCCATTAGTATCTTTGCCGTTGCATTAGACGATCTCCAATCTTGATTATTCTCTTTTATCGACAATGCTATAATTCGCAAGTTTCTGCTACTAAGTGAAGGAATTTTAATTTTTGTCATTCCA
ACGGTGTATTGTGTCCCATTTTATGTATCGTGAACTACGACTTTCTCAGAATAAATCAATGTATGAATCTAAATCTCTTCTTTACAGAAAAAATGAGTTTATATTTCTTAGTCAGTTATTATTTGACAGAAAAAAACTCAGCTGAGAGCTGTAAGAATAAGGAACTATCCCTCTTAGTGTTCTGTTATTGGGTGAGAGAA
GTGAATGCATTATGCTGCCACTTGAATTTCAAGTTGTGGTTATTGAAATAATCAGAGATAGG
Intron 6 GTATTGTTTC ... TGCCGGATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 35.71 | 18 | 17 | 3 |
| A2 | 26.67 | 11 | 3 | 5 |
| A3 | 33.33 | 7 | 7 | 0 |
| A4 | 25.71 | 13 | 4 | 5 |
| A5 | 50 | 1 | 2 | 0 |
| A6 | 18.6 | 35 | 10 | 6 |
| A7 | 19.63 | 43 | 10 | 11 |
| A8 | 21.95 | 16 | 1 | 8 |
| A9 | 20.48 | 33 | 6 | 11 |
| A10 | 21.57 | 40 | 10 | 12 |
>TRINITY_DN42029_c1_g2_i6 from sample A9 / Example spliced isoformACTGTATCATCCCATCTGTTTTTTTATAATCGTGAAACTATCCGAAATATCCCCTTTGAGCTCCGTTAACTAGCCTGCTGGAATACAAACCTTATCTTGCTGTTTAATTGCATTCTATTCTATTCTAGGGTTACACTGCTCATCGATTCGATTTTGTAGTGTTTTATTCTTCGAAGGCTGCATATATTGCTATTGCTCTT
TAAGAAAATAGAATCATGCTTGATCATGATCCTGGTTTTATCGCTGGATTCATTGGTGTGATAGTCGCCACCCTAGTGGCAAAATTTACTGAATTCATCATGATGATGTATCGCTACTCAAAACTGTTGAAAGAACTAGAGGAGGAGTCCTCTCCAGATCTAGAAAATGGGAAGAAGAAGTTCTTTCCAAATTCCAATGA
ACTGAAAGATCTTCTTGAAAAAGCAAGAAATGCCAAGGGTTTAACGTCCTTGTGGAATGTTAAGACGTTCTTGTCGAATGTTATAGATCGTTATGAAATAGCCAAGAGTATGGTCAAAATGATTTCAGATATGCCTTTGGCACGTTTACAGAAAGAGGCAACACTAACGCCGGTGCGGCAGCTGACAGAAAATGTAGAAC
GTCTACTGGAGACGCAGAAGCAGACGAGGGCACCAAAGTCTGGTGCGGTAGTTACAGATCCGGCACAGCCTGGTGTTGCGCCTGGTGCAAATCGCAAGAAGAAGAAGAAAAAGAAGCAGTGGTGCAAATGGCAAGAAGAAGAATTTTCCACTGATATTTTGCCAAGATAATGAGCCTAAGATGTTGAAAGAATCATTTTC
TTCATGATTGATCTAGTGCCGGGTCTTCGAGAGGGATGAAGAATTCCAACGATCAAATGTTTGAATTCAATCGATCTGCTGGGAGAAATTTGCTGGTGAAACACTATTGTGTAGTGCAATCCCTTTGAAGATCAGCTTCTCTACATTCGTATTTCAGACAAAATGGTTCTGAGCAGTGCTGCTCCTGTTTCCAATGGCCA
CGCACAGTCAACTTTTGGCTCCATATATGTACAGGAATGCTTGCCTCGGTTTCGAATGCCGGATAGGTCTATTCCCAAAGATGCAGCCTATCAGATCATCAGCGACAAGCTCATACTGAATGGGGTTCGATGGGAACCGCAGACTCAATTTTGCTTCTTTCGTCACCACATGGTCACCACATAGATGGAACCAGAATGCG
ATAAGCTCCTGCAGGCAATCAACAAGAATTATGTCGACATGGACGAGTATCCGGTTACCACAGAGTTGCAGAGCTTCGTTTCTCTGTGCGAAAATCTTTAAAAACGCTTGTCCGCTAAAGGCCGTAATTCGTCTGCCAAGGAAGCAATGCCGGCGCTTTGCCCTTCCCGTTCATTTGCGGAGAAGATCGGTTTTTGCGGT
CAATTCTTCTTCTTCTGGCTCTGAATTTGAGATAATCTCCACCAGTGATATGTCGATTCCCAAAGATGCAGTCTATCAGATCATCAGTGACAAGCTCATGCTGGATGCGAACTCCAGACTCAATCTTGCTTCTTTGTCACCACATGGATGGAACCAGAATGCGATAAGCTCCGGATGCAGGCAATCAACAAGAATTATGT
CGACATGAACGAGTATCCAGTTACCACAGAGTTGCGGGTAATGGCAGCCCGTGTGATAAGCTT
>TRINITY_DN42029_c1_g2_i27 from sample A9 / Example unspliced isoform:CAACTACTGGTCCCTGTTCAACATTAGACATCTCTCCCCTAGCCTGCTGGAATACAAACCTTATCTTGCTGTTTAATTGCATTCTATTCTATTCTAGGGTTACACTGCTCATCGATTCGATTTTGTAGTGTTTTATTCTTCGAAGGCTGCATATATTGCTATTGCTCTTTAAGAAAATAGAATCATGCTTGATCATGATC
CTGGTTTTATCGCTGGATTCATTGGTGTGATAGTCGCCACCCTAGTGGCAAAATTTACTGAATTCATCATGATGATGTATCGCTACTCAAAACTGTTGAAAGAACTAGAGGAGGAGTCCTCTCCAGATCTAGAAAATGGGAAGAAGAAGTTCTTTCCAAATTCCAATGAACTGAAAGATCTTCTTGAAAAAGCAAGAAAT
GCCAAGGGTTTAACGTCCTTGTGGAATGTTAAGACGTTCTTGTCGAATGTTATAGATCGTTATGAAATAGCCAAGAGTATGGTCAAAATGATTTCAGATATGCCTTTGGCACGTTTACAGAAAGAGGCAACACTAACGCCGGTGCGGCAGCTGACAGAAAATGTAGAACGTCTACTGGAGACGCAGAAGCAGACGAGGGC
ACCAAAGTCTGGTGCGGTAGTTACAGATCCGGCACAGCCTGGTGTTGCGCCTGGTGCAAATCGCAAGAAGAAGAAGAAAAAGAAGCAGTGGTGCAAATGGCAAGAAGAAGAATTTTCCACTGATATTTTGCCAAGATAATGAGCCTAAGATGTTGAAAGAATCATTTTCTTCATGATTGATCTAGTGCCGGGTCTTCGAG
AGGGATGAAGAATTCCAACGATCAAATGTTTGAATTCAATCGATCTGCTGGGAGAAATTTGCTGGTGAAACACTATTGTGTAGTGCAATCCCTTTGAAGATCAGCTTCTCTACATTCGTATTTCAGACAAAATGGTTCTGAGCAGTGCTGCTCCTGTTTCCAATGGCCACGCACAGTCAACTTTTGGCTCCATATATGTA
CAGGAATGCTTGCCTCGGTTTCGAATGCCGGATAGGTCTATTCCCAAAGATGCAGCCTATCAGATCATCAGCGACAAGCTCATACTGAATGGGGTTCGATGGGAACCGCAGACTCAATTTTGCTTCTTTCGTCACCACATGGTCACCACATAGATGGAACCAGAATGCGATAAGCTCCTGCAGGCAATCAACAAGAATTA
TGTCGACATGGACGAGTATCCGGTTACCACAGAGTTGCAGAGCTTCGTTTCTCTGTGCGAAAATCTTTAAAAACGCTTGTCCGCTAAAGGCCGTAATTCGTCTGCCAAGGAAGCAATGCCGGCGCTTTGCCCTTCCCGTTCATTTGCGGAGAAGATCGGTTTTTGCGGTCAATTCTTCTTCTTCTGGCTCTGAATTTGAG
ATAATCTCCACCAGTGATATgtattgtttccgacgccatatttacaacatatctttacaatacttttgctgaattgttaaatctttagaatacttttgccaaatctttacaatactttaatatttaaaacgctgttgctgaatcttggctgcggttactgacattactgtaatttaaaggatttgttgtgtgaatcggtg
aagactggcctcctttggtttgtttctttgacttttattttgctatcgcattggtcttccggaatttaaagtttaatgtaccactgtttcgaatgccggatagGTCGATTCCCAAAGATGCAGTCTATCAGATCATCAGTGACAAGCTCATGCTGGATGCGAACTCCAGACTCAATCTTGCTTCTTTGTCACCACATGGA
TGGAACCAGAATGCGATAAGCTCCGGATGCAGGCAATCAACAAGAATTATGTCGACATGAACGAGTATCCAGTTACCACAGAGTTGCGGGTAATGGCAGCCCGTGTGATAAGCTT
Intron 7 GTGATGCATT ... ACTTATTAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.15 | 7.7 | 1.3 | 3.3 |
| A2 | 22.86 | 4.3 | 0.3 | 2.3 |
| A3 | 16.67 | 5 | 1 | 1 |
| A4 | 45.83 | 2.3 | 1.7 | 1.7 |
| A5 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A6 | 29.01 | 28 | 9 | 14 |
| A7 | 25.92 | 23.3 | 6.7 | 10.7 |
| A8 | 40.47 | 25.7 | 12.7 | 22.3 |
| A9 | 29.57 | 18.3 | 6 | 10 |
| A10 | 34.5 | 21.3 | 10.3 | 12.3 |
>TRINITY_DN41824_c0_g3_i5 from sample A8 / Example spliced isoformCTTGCTTCTTTGTCACCACATGGATGGAACCAGAATGCGATAAGCTCCGGATGCAGGCAATCAACAAGAATTATGTCGACATGAACGAGTATCCAGTTACCACAGAGTTGCGGGTAATGGCAGCCCGTGTGATAAGCTTCGTCTTCTAATCTCTCAAGATCATCTGAAAGCCCCTTTCAAATCTATTTTAGTTATTTGGG
CATTGTTTATTTAGTTTGTCTTCTTTTCTCTATTTTTTATTCTGAAAGTGCTGAGTGCTTTGATGTTTTTGGATTTGGAAAACAATTGATGTGTGAACATTATAGCCAATCTGTTTAATGCCCCCACTCGGCGATGGAGAGGAAGCTGTGGGAGTGGGTACAGTTGGATCTTCAGAAGCGATCATGTTGGCAGGCCTTGC
ATTCAAACGCAAATGGAAAAACAAACGCAAGGCAGAGGGGAAGCTGCACTACTACAACAGAGGGCGAGGCACTCCCAGACTGAAGATCAAGAGCACACATGGAAAAAACTGGTTTTGGAGCTGCAGATCATTGATTGGAATGTTCTGTCTAGCAGCTTTAAAGCTCTTCTTTTGGAATGTTGGTGGCTCAAATAAGTGCG
TCCGCCTGAGCAAAATTCCAGTTGATAATTAGGTAATTACTTCATGACCACTCTTGGGTTGTAGTACCTGTCCGAGTTCTGGTCACTGCCAGGTTAAACTCTAAACCAAAGGTTCGACCTCTATGCGGCTAGAACACTTGCCAAGATGCAAGGGGCATATCCAACCATTTATATCATAATTACAGCTAGCTCCCTTATTT
TTCCAGATCTCGATACTCTGCACCTTGAAAGCACAGACTTATCAGTATTTCCAGTGGAGGGCACCTTAAAAGGGTGCTAGCTAGGACGGTATCCAGGAAAGCGCTCACATTTAACTAAGCTTCTAAATTTTTGATCCATTAGTATCTTTGCCGTTGCATTAGACGATCTCCAATCTTGATTATTCTCTTTTATCGACAAT
GCTATAATTCGCAAGTTTCTGCTACTAAGTGAAGGAATTTTAATTTTTGTCATTCCAACGGTGTATTGTGTCCCATTTTATGTATCGTGAACTACGACTTTCTCAGAATAAATCAATGTATGAATCTAAATCTCTTCTTTACAGAAAAAATGAGTTTATATTTCTTAGTCAGTTATTATTTGACAGAAAAAAACTCAGCT
GAGAGCTGTAAGAATAAGGAACTATCCCTCTTAGTGTTCTGTTATTGGGTGAGAGAAGTGAATGCATTATGCTGCCACTTGAATTTCAAGTTGTGGTTATTGAAATAATCAGAGATAGG
>TRINITY_DN41824_c0_g3_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:TGCACTACTACAACAGAGGGCGAGGCACTCCCAGACTGAAGATCAAGAGCACACATGGAAAAAACTGGTTTTGGAGCTGCAGATCATTGATTGGAATGTTCTGTCTAGCAGgtgatgcatttgacttattaagCTTTAAAGCTCTTCTTTTGGAATGTTGGTGGCTCAAATAAGTGCGTCCGCCTGAGCAAAATTCCAGT
TGATAATTAGGTAATTACTTCATGACCACTCTTGGGTTGTAGTACCTGTCCGAGTTCTGGTCACTGCCAGGTTAAACTCTAAACCAAAGGTTCGACCTCTATGCGGCTAGAACACTTGCCAAGATGCAAGGGGCATATCCAACCATTTATATCATAATTACAGCTAGCTCCCTTATTTTTCCAGATCTCGATACTCTGCA
CCTTGAAAGCACAGACTTATCAGTATTTCCAGTGGAGGGCACCTTAAAAGGGTGCTAGCTAGGACGGTATCCAGGAAAGCGCTCACATTTAACTAAGCTTCTAAATTTTTGATCCATTAGTATCTTTGCCGTTGCATTAGACGATCTCCAATCTTGATTATTCTCTTTTATCGACAATGCTATAATTCGCAAGTTTCTGC
TACTAAGTGAAGGAATTTTAATTTTTGTCATTCCAACGGTGTATTGTGTCCCATTTTATGTATCGTGAACTACGACTTTCTCAGAATAAATCAATGTATGAATCTAAATCTCTTCTTTACAGAAAAAATGAGTTTATATTTCTTAGTCAGTTATTATTTGACAGAAAAAAACTCAGCTGAGAGCTGTAAGAATAAGGAAC
TATCCCTCTTAGTGTTCTGTTATTGGGTGAGAGAAGTGAATGCATTATGCTGCCACTTGAATTTCAAGTTGTGGTTATTGAAATAATCAGAGATAGG
Intron 8 GTATGTAGAG ... GTGTTGGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 51.9 | 5 | 4 | 6.8 |
| A2 | 46.28 | 8.2 | 3 | 11.2 |
| A3 | 50 | 4 | 4 | 4 |
| A4 | 46.67 | 1 | 0 | 1.8 |
| A5 | 33.05 | 8.2 | 2 | 6.2 |
| A6 | 32.57 | 12.8 | 4 | 8.4 |
| A7 | 17.92 | 14.6 | 2 | 4.4 |
| A8 | 13.28 | 20.8 | 2 | 4.4 |
| A9 | 26.95 | 24 | 7 | 10.8 |
| A10 | 19.45 | 10.6 | 2 | 3.2 |
>TRINITY_DN42029_c1_g2_i14 from sample A9 / Example spliced isoformCAACTACTGGTCCCTGTTCAACATTAGACATCTCTCCCCTAGCCTGCTGGAATACAAACCTTATCTTGCTGTTTAATTGCATTCTATTCTATTCTAGGGTTACACTGCTCATCGATTCGATTTTGTAGTGTTTTATTCTTCGAAGGCTGCATATATTGCTATTGCTCTTTAAGAAAATAGAATCATGCTTGATCATGATC
CTGGTTTTATCGCTGGATTCATTGGTGTGATAGTCGCCACCCTAGTGGCAAAATTTACTGAATTCATCATGATGATGTATCGCTACTCAAAACTGTTGAAAGAACTAGAGGAGGAGTCCTCTCCAGATCTAGAAAATGGGAAGAAGAAGTTCTTTCCAAATTCCAATGAACTGAAAGATCTTCTTGAAAAAGCAAGAAAT
GCCAAGGGTTTAACGTCCTTGTGGAATGTTAAGACGTTCTTGTCGAATGTTATAGATCGTTATGAAATAGCCAAGAGTATGGTCAAAATGATTTCAGATATGCCTTTGGCACGTTTACAGAAAGAGGCAACACTAACGCCGGTGCGGCAGCTGACAGAAAATGTAGAACGTCTACTGGAGACGCAGAAGCAGACGAGGGC
ACCAAAGTCTGGTGCGGTAGTTACAGATCCGGCACAGCCTGGTGTTGCGCCTGGTGCAAATCGCAAGAAGAAGAAGAAAAAGAAGCAGTGGTGCAAATGGCAAGAAGAAGAATTTTCCACTGATATTTTGCCAAGATAATGAGCCTAAGATGTTGAAAGAATCATTTTCTTCATGATTGATCTAGTGCCGGGTCTTCGAG
AGGGATGAAGAATTCCAACGATCAAATGTTTGAATTCAATCGATCTGCTGGGAGAAATTTGCTGGTGAAACACTATTGTGTAGTGCAATCCCTTTGAAGATCAGCTTCTCTACATTCGTATTTCAGACAAAATGGTTCTGAGCAGTGCTGCTCCTGTTTCCAATGGCCACGCACAGTCAACTTTTGGCTCCATATATGTA
CAGGAATGCTTGCCTCGGTTTCGAATGCCGGATAGGTCTATTCCCAAAGATGCAGCCTATCAGATCATCAGCGACAAGCTCATACTGAATGGGGTTCGATGGGAACCGCAGACTCAATCTTGCTTCTTTCGTCACCACATGGTCACCACATAGATGGAACCAGAATGCGATAAGCTCCTGCAGGCAATCAACAAGAATTA
TGTCGACATGGACGAGTATCCGGTTACCACAGAGTTGCAGCCAATCTGTTTAATGCCCCCACTCGGCGATGGAGAAGAAGCTGTGGGAGTGGGTACAGTTGGATCTTCAGAAGCGATCATGTTGGCAGGCCTTGCATTCAAACGCAAATGGAAAAAAAACGCAAGGCAGAGGGGAAGCCGCACTACCACAACAGAGGGCG
AGGCACTCCCAGACTGAAGATCAAGAGCACACATGGAAAAAACTGGTTTTGGAGCTGCAGATCATTGATTGGAAGGTTGTGTCTAGCAGGTGATGCATTTGACTTATTAAGGTTGTTAAGCTCTCAGAAGCATTTGTTTCATAACAAATTGATCTGGCCCTACCTTAATGTTTACTAAGCGTGGCAGCTAATTGCTGAAC
TTTGTCTTTCATAGCTTTAAAGCTCTTCTTTTGGAATGTTGGTGGTTCAAATAAGTGCGTCCACCTGAGCAAAATTCCAGTTGATAATTAGGTAATTACTTCATGACCACTCTTGGGTTGTAGTACCTGTCCGAGTTCTGGTCACTGCCAGGTTAAACTCTAAACCAAAGGTTCGACCTCTATGCGGCTAGAACACTTGC
CAAGATGCAAGGGGCATATCCAACCATTTATATCATAATTACAGCTAGCTCCCTTATTTTTCCAGATCTCGATACTCTGCACCTTGAAAGCACAGACTTATCAGTATTTCCAGTGGAGGGCACCTTAAAAGGGTGCTAGCTAGGACGGTATCCAGGAAACCGCTCACATTTAACTAAGCTTCTAAATTTTTGATCCATTA
GTATCTTTGCCGTTGCATTAGACGATCTCCAATCTTGATTATTCTCTTTTATCGACAATGCTATAATTCGCAAGTTTCTGCTACTAAGTGAAGGAATTTTAATTTTTGTCATTCCAACGGTGTATTGTGTCCCATTTTATGTATCGTGAACTACGACTTTCTCAGAATAAATCAATGTATGAATCTAAATCTCTTCTTTA
CAGAAAAAATGAGTTTATATTTCTTAGTCAGTTATTATTTGACAGAAAAAAACTCAGCTGAGAGCTGTAAGAATAAGGAACTATCCCTCTTAGTGTTCTGTTATTGGGTGAGAGAAGTGAATGCATTATGCTGCCACTTGAATTTCAAGTTGTGGTTATTGAAATAATCAGAGATAGGTTTCTAAGATGGATTGCTACTG
TATGAGAATTTTAAGTGCGATTAAAAAAGATCCAACTTAGGCA
>TRINITY_DN42029_c1_g2_i8 from sample A9 / Example unspliced isoform:CAACTACTGGTCCCTGTTCAACATTAGACATCTCTCCCCTAGCCTGCTGGAATACAAACCTTATCTTGCTGTTTAATTGCATTCTATTCTATTCTAGGGTTACACTGCTCATCGATTCGATTTTGTAGTGTTTTATTCTTCGAAGGCTGCATATATTGCTATTGCTCTTTAAGAAAATAGAATCATGCTTGATCATGATC
CTGGTTTTATCGCTGGATTCATTGGTGTGATAGTCGCCACCCTAGTGGCAAAATTTACTGAATTCATCATGATGATGTATCGCTACTCAAAACTGTTGAAAGAACTAGAGGAGGAGTCCTCTCCAGATCTAGAAAATGGGAAGAAGAAGTTCTTTCCAAATTCCAATGAACTGAAAGATCTTCTTGAAAAAGCAAGAAAT
GCCAAGGGTTTAACGTCCTTGTGGAATGTTAAGACGTTCTTGTCGAATGTTATAGATCGTTATGAAATAGCCAAGAGTATGGTCAAAATGATTTCAGATATGCCTTTGGCACGTTTACAGAAAGAGGCAACACTAACGCCGGTGCGGCAGCTGACAGAAAATGTAGAACGTCTACTGGAGACGCAGAAGCAGACGAGGGC
ACCAAAGTCTGGTGCGGTAGTTACAGATCCGGCACAGCCTGGTGTTGCGCCTGGTGCAAATCGCAAGAAGAAGAAGAAAAAGAAGCAGTGGTGCAAATGGCAAGAAGAAGAATTTTCCACTGATATTTTGCCAAGATAATGAGCCTAAGATGTTGAAAGAATCATTTTCTTCATGATTGATCTAGTGCCGGGTCTTCGAG
AGGGATGAAGAATTCCAACGATCAAATGTTTGAATTCAATCGATCTGCTGGGAGAAATTTGCTGGTGAAACATATTGTGAAACGCTATTGTGTAGTGCAATCCCTTTGAAGATCAGCTTCTCTACATTCGTATTTCAGACAAAATGGTTCTGAGCAGTGCTGCTCCTGTTTCCAATGGCCACGCACAGTCAACTTTTGGC
TCCATATATGTACAGGAATGCTTGCCTCGgtatgtagagcttccattttagagaaatctgtggagatagagtagagatttcattggatgtcgttgttctgaatgtttgtgttggtagGTTTCGAATGCCGGATAGGTCTATTCCCAAAGATGCAGCCTATCAGATCATCAGCGACAAGCTCATACTGAATGGGGTTCGAT
GGGAACCGCAGACTCAATCTTGCTTCTTTCGTCACCACATGGTCACCACATAGATGGAACCAGAATGCGATAAGCTCCTGCAGGCAATCAACAAGAATTATGTCGACATGGACGAGTATCCGGTTACCACAGAGTTGCAGGTAATGGCAGCCCGTGTGATAATCTTCGGCTTCTAATCTCTCAAGATCATCTGAAAGCCC
CTTTCAAATCTATTTTTCTTTAACTTCACCAGTCATGATTTTATTTTAATTTGTCCGGACAAAGAGAAAATGCAGAAAGGAATAATTTTGTGATCCATGGAACTGCAAGGAGCTTTAATTATTCTAATCGAAATTAATATCTATAGGGCTAAGAAATGGCGCATTGCGTGGTAGGAAAAATGCTGGATTGCGGTTTAATG
ATTTCGTGTTTACATGGATTCAGAGCTTCGTTTCTCTGTGCGAAAATCTTTAAAAACGCTTGTCCGCTAAAGGCCGTAATTCGTCTGCCAAGGAAGCAATGCCGGCGCTTTGCCCTTCCCGTTCATTTGCGGAGAAGATCGGTTTTTGCGGTCAATTCTTCTTCTTCTGGCTCTGAATTTGAGATAATCTCCACCAGAGA
GTTTTCAGATGGAAGCATTATGTTTCACTTTGGCATCCCTGAACGAACCGCGGAGGTGGAACAGCTTTGTTCGAATCGGCAGCCGTCGCCCGCATTAGCAGAAGTTGATTTGCAAGCGGATGCTAGCGCAATTAACGGTAATTTTGTCATGGATTCAGGATCGGGGGTTTTTGAGGATTCTTGCGAGTCACAGGCGAGTA
AAACTGAGGAAGCTTCTGTTAATAAAAATCAAATGTTGTTAGAGAAAGAGGATGTCACTAGCGGCTTTAGTACTACAAAGAAAATGAAGATGTCCGAGGAAGACGTAGGCAGGGTCACAACAATTGCAGTTAAAAATTCCAGGGATGAAACGGAATTTGGTGAAATTAATGAGAAGTTAAAGGAGGATAGGGTTACTGTT
GCTTTTGCAAGGTCAAAGGAAAATAATGGGGTTTCTGGTGAAATTGGAAGTGGAGCTGTGAGCAACACGGAAACAAATTTAGGAGGTGAAACCCGTGAATTTCTATCGAGCGATGTGATAAACTCAGAGGAGAGTGGCGGATCTATCAGCAATGCAAAAGAGACTGGGGCAGTTAACACAATGCTCGAACCTGCGGACAA
ATTTGCAGAAAATTTGGTTGGACCTGATGCCAATGCGGAGATAAAGTTGAATGATGCGGTGCTTGAGAGCATCGAGAAAATCGGAGGACGGTCGTGTGATGAGAACAGTGCAAAGGAAGCTTCTGAACAGAAAGCAGAAAATGGGTGTATATCTGAAATAACTTCTCAATTTCAACAAGAGAGTGAAGAAAAAAGTGAAA
CTGCAGCTGCTGAAGATTTTGAAACAATTCATTCAGAAGGATTAAAGGATGCAGTGGATTTGAAAGAGAAGGATGGAGAAGAGGTTAAACTTGAAACAGAGAGAACATTTAGTCTTCTATCTGGTGTTTTTATGCTTCCACATCCTACTAAGGCGTCTACAGGTGGTGAGGATGCTTACTTTGTAGCACGTAATAATTGG
GTTGGGGTTGCTGATGGCGTTGGTCAGTGGGCACTTGAAGGAATCAATTCGGGACTTTACGCACAGGAGCTTATGGAAAATTGTAGGAAGCTTGCATCTGAAGAAAGTTCGAGTGCTGACCCAAAGCAAGTACTCGTCATGAGTGCTATGGAGGCAAAGTCTGCAGGCTCATCAACAGTGTTGGTAGCCAGTCTGATTGG
TCAGACTCTTCATGTTGTAAACCTTGGAGATTCTGGATTTATTGTCATTCGAGGAGGATCTGTTATTGCAAAGTCATCTCCAATGACACATGGATTTAATTTTCCTTACCAGATTGAGAGAGGAGATGATCCATCATTGCTTTTGGAGAGCTATGACATTGCTCTGAATGAGGGAGATGTAATTGTTACAGCTACAGATG
GCCTTTTTGATAACTTATATGATCACGAGATAGCTTCTATTATTCAGAACTCTTTGCAATCAGGTTTGGGACCTAAGGAAATGGCGACTTTACTGGCAGAAAAGGCACACGAGAGAGGCAAGTCGACATCAGGGAACAGCCCCTTTTCAGATGCAGCTCGAGCAGTTGGTTATAACACATACATCGGTGGGAAGCTGGAT
GATGTCACAGTCATTGTATCATTAGTGAAAGGTAGTAGTAAAGAGTAGGAGGAGCTTTATACGGGTTGCCGGCAACCGATTCAGGGTATCAGGTTATCTTCGAAATCTCTCATTTTTGGGGCATATGCTTGTATGTACATTGAAAGCACATTTGCTTAAAAAATATCACGAGACTGTAACATAGAGATGGCAATGGTGTA
ATCTTCATGCTAAATGAGAAGGACGTTGTACCATGTGAAATGTATATTGTTATAGGGACACCGATCATTTGAATTCAGTCAATACACAAACAGCAGGAGTTGGTCAACATTCTTGATAAAAAATGATGTAAATTTCCTTTCTTCACCCATCATTGGGTATTTTATATTGATGGGTTTGTTCCATAAACCTGCCCATCCTT
TGGCTACTTTTTAGTAGCCGCGTTCGTCTACGGTGACCGTTCACCAATGCAGACCAAAAACAGGGATTCGACACGGGAATACATTGTCTTGCCTACCCTGTTTAGATGCTTTCCTGTTATAAATGAATGCAAAAAAAATATTTAACTTCCACATAACTTCAGAGTTGGTCTCATTATTGTATTGGTGGTTAGTAAAGATG
CACCACACTCACACTTCTCTATCATTTATGAAATCACAGTCAATGTTTGACGAGATTGTCTGTTCAGGCTGACATCTGCACATATTCTAAGTCATTAATGAATCCCATTATATTTCCTTACATTGATCCCCTGATTTCAATATGGTGGTAACCATTTTTCGCGTCTTTCTCATTAGACTTATCCATGGGGGCATATACTG
CCTTTATTTTAGAATCACCTTTCCTGGTTTGCTGTGTACAGGAACTTTGGATTATTTGTACTTGCCATTAGTGGTTGATAACTCAAAATTGATGGCAAATCACTTTTACTACAATTAGTAATCGACGGGGTGAATGCAAAAGTTTAGATTGACATCAATGTGTTAAAAATCAATGATCTCTTTTTGTTTCTAATTGACAT
TCGTTCAGGAACTTTGGATTATTTGTACTTGCCATTAGTGGTTGATAACTCAAAATTGATGGCAAATCACTTTTACTACAATTAGTAATCGACGGGGTGAATGCAAAAGTTTAGATTGACATCAATGTGTTAAAAATCAATGATCTCTTTTTGTTTCTAATTGACATTCGTTCAGGAACTTTGGATTATTTGTAC
Intron 9 GTGATGCATT ... TCTTTCATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 46.15 | 7.1 | 10.5 | 1.5 |
| A2 | 40.43 | 4.4 | 2.5 | 3.5 |
| A3 | 16.67 | 5 | 0 | 2 |
| A4 | 74.24 | 2.5 | 9.8 | 2 |
| A5 | 100 | 0 | 0 | 1 |
| A6 | 33.51 | 27.5 | 10.3 | 17.4 |
| A7 | 38.71 | 23.5 | 21.3 | 8.2 |
| A8 | 49.24 | 25 | 27 | 21.2 |
| A9 | 50.69 | 18.4 | 18.5 | 19.4 |
| A10 | 27.91 | 22.1 | 12.4 | 4.7 |
>TRINITY_DN43972_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoformAGAGGAAGCTGTGGGAGTGGGTACAGTTGGATCTTCAGAAGCGATCATGTTGGCAGGCCTTGCATTCAAACGCAAATGGAAAAAAAACGCAAGGCAGAGGGGAAGCCGCACTACCACAACAGAGGGCGAGGCACTCCCAGACTGAAGATCAAGAGCACACATGGAAAAAACTGGTTTTGGAGCTGCAGATCATTGATTGG
AAGGTTGTGTCTAGCAGCTTTAAAGCTCTTCTTTTGGAATGTTGGTGGCTCAAATAAGTGCGTCCGCCTGAGCAAAATTCCAGTTGATAATTAGGTAATTACTTCATGACCACTCTTGGGTTGTAGTACCTGTCCGAGTTCTGGTCACTGCCAGGTTAAACTCTAAACCAAAGGTTCGACCTCTATGCGGCTAGAACACT
TGCCAAGATGCAAGGGGCATATCCAACCATTTATATCATAATTACAGCTAGCTCCCTTATTTTTCCAGATCTCGATACTCTGCACCTTGAAAGCACAGACTTATCAGTATTTCCAGTGGAGGGCACCTTAAAAGGGTGCTAGCTAGGACGGTATCCAGGAAAGCGCTCACATTTAACTAAGCTTCTAAATTTTTGATCCA
TTAGTATCTTTGCCGTTGCATTAGACGATCTCCAATCTTGATTATTCTCTTTTATCGACAATGCTATAATTCGCAAGTTTCTGCTACTAAGTGAAGGAATTTTAATTTTTGTCATTCCAACGGTGTATTGTGTCCCATTTTATGTATCGTGAACTACGACTTTCTCAGAATAAATCAATGTATGAATCTAAATCTCTTCT
TTACAGAAAAAATGAGTTTATATTTCTTAGTCAGTTATTATTTGACAGAAAAAAACTCAGCTGAGAGCTGTAAGAATAAGGAACTATCCCTCTTAGTGTTCTGTTATTGGGTGAGAGAAGTGAATGCATTATGCTGCCACTTGAATTTCAAGTTGTGGTTATTGAAATAATCAGAGATAGGTTTCTAAGATGGATTGCTA
CTGTATGAGAATTTTAAGTGCGATTAAAAAAGATCCAACTTAGG
>TRINITY_DN43972_c0_g1_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:AGAGGAAGCTGTGGGAGTGGGTACAGTTGGATCTTCAGAAGCGATCATGTTGGCAGGCCTTGCATTCAAACGCAAATGGAAAAAAAACGCAAGGCAGAGGGGAAGCCGCACTACCACAACAGAGGGCGAGGCACTCCCAGACTGAAGATCAAGAGCACACATGGAAAAAACTGGTTTTGGAGCTGCAGATCATTGATTGG
AAGGTTGTGTCTAGCAGgtgatgcatttgacttattaaggttgttaagctctcagaagcatttgtttcataacaaattgatctggccctaccttaatgtttactaagcgtggcagctaattgctgaactttgtctttcatagCTTTAAAGCTCTTCTTTTGGAATGTTGGTGGCTCAAATAAGTGCGTCCGCCTGAGCAA
AATTCCAGTTGATAATTAGGTAATTACTTCATGACCACTCTTGGGTTGTAGTACCTGTCCGAGTTCTGGTCACTGCCAGGTTAAACTCTAAACCAAAGGTTCGACCTCTATGCGGCTAGAACACTTGCCAAGATGCAAGGGGCATATCCAACCATTTATATCATAATTACAGCTAGCTCCCTTATTTTTCCAGATCTCGA
TACTCTGCACCTTGAAAGCACAGACTTATCAGTATTTCCAGTGGAGGGCACCTTAAAAGGGTGCTAGCTAGGACGGTATCCAGGAAAGCGCTCACATTTAACTAAGCTTCTAAATTTTTGATCCATTAGTATCTTTGCCGTTGCATTAGACGATCTCCAATCTTGATTATTCTCTTTTATCGACAATGCTATAATTCGCA
AGTTTCTGCTACTAAGTGAAGGAATTTTAATTTTTGTCATTCCAACGGTGTATTGTGTCCCATTTTATGTATCGTGAACTACGACTTTCTCAGAATAAATCAATGTATGAATCTAAATCTCTTCTTTACAGAAAAAATGAGTTTATATTTCTTAGTCAGTTATTATTTGACAGAAAAAAACTCAGCTGAGAGCTGTAAGA
ATAAGGAACTATCCCTCTTAGTGTTCTGTTATTGGGTGAGAGAAGTGAATGCATTATGCTGCCACTTGAATTTCAAGTTGTGGTTATTGAAATAATCAGAGATAGGTTTCTAAGATGGATTGCTACTGTATGAGAATTTTAAGTGCGATTAAAAAAGATCCAACTTAGG
Intron 10 GTAATGGCAG ... TTTGGAAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.31 | 59.9 | 9.9 | 20.6 |
| A2 | 24.23 | 38.1 | 1 | 23.1 |
| A3 | 21.42 | 29.1 | 2.9 | 13 |
| A4 | 17.96 | 74 | 11.6 | 20.6 |
| A5 | 31.29 | 25.4 | 8.7 | 14.4 |
| A6 | 32.78 | 95.1 | 37.4 | 55 |
| A7 | 29.4 | 89.3 | 28 | 46.1 |
| A8 | 41.66 | 81.9 | 51.6 | 65.1 |
| A9 | 21.47 | 153.1 | 22.7 | 60.9 |
| A10 | 20.99 | 124.4 | 33.7 | 32.4 |
>TRINITY_DN41824_c0_g3_i9 from sample A8 / Example spliced isoformCTTGCTTCTTTGTCACCACATGGATGGAACCAGAATGCGATAAGCTCCGGATGCAGGCAATCAACAAGAATTATGTCGACATGAACGAGTATCCAGTTACCACAGAGTTGCGGAATCGATGTGTGAACATTATAACCAATCTGTTTAATGCCCCCACTCGGCGATGGAGAGGAAGCTGTGGGAGTGGGTACGGTTGGATC
TTCAGAAGCGATCATGTTGCCAGGCCTTGCATTCAAACGCAAATGGAAAAACAAACGCAAGGCAGAGGGGAAGCCTTATGACAAGCCAAACATTGTTACTGGTGCAAATGTGCTGGTAACTTGAGATTCTACATCTATATAAGTTGATGTGTATAAATTGGATTAGCCCAAATCCATCTAAATGTGCTTTGTATCAATTA
AATTAGTCAAATTCATCTAAATTTTGGTCTGATATGAATATAGATACTGTTTCTTAATTAGATTAAAACCCTAGACATGAAAACCGAAATATAGTCGCCTATCCGCGAAATATCAGTCATAAGTTTGATTGAAAATGCTACATCTCCAGATAGAATGATCACTCC
>TRINITY_DN41824_c0_g3_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:CTTGCTTCTTTGTCACCACATGGATGGAACCAGAATGCGATAAGCTCCGGATGCAGGCAATCAACAAGAATTATGTCGACATGAACGAGTATCCAGTTACCACAGAGTTGCGGgtaatggcagcccgtgtgataagcttcgtcttctaatctctcaagatcatctgaaagcccctttcaaatctattttagttatttggg
cattgtttatttagtttgtcttcttttctctattttttattctgaaagtgtgagtgctttgatgtttttggatttggaaaagAATCGATGTGTGAACATTATAACCAATCTGTTTAATGCCCCCACTCGGCGATGGAGAGGAAGCTGTGGGAGTGGGTACGGTTGGATCTTCAGAAGCGATCATGTTGCCAGGCCTTGCA
TTCAAACGCAAATGGAAAAACAAACGCAAGGCAGAGGGGAAGCCTTATGACAAGCCAAACATTGTTACTGGTGCAAATGTGCTGGTAACTTGAGATTCTACATCTATATAAGTTGATGTGTATAAATTGGATTAGCCCAAATCCATCTAAATGTGCTTTGTATCAATTAAATTAGTCAAATTCATCTAAATTTTGGTCTG
ATATGAATATAGATACTGTTTCTTAATTAGATTAAAACCCTAGACATGAAAACCGAAATATAGTCGCCTATCCGCGAAATATCAGTCATAAGTTTGATTGAAAATGCTACATCTCCAGATAGAATGATCACTCC
Intron 11 GTGAGGATAA ... TTTGTGGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 0 | 3 | 0 | 0 |
| A2 | 13.39 | 6.5 | 1 | 0 |
| A3 | 36.66 | 3.5 | 2 | 0 |
| A4 | 20 | 4 | 1 | 0 |
| A5 | 0 | 2 | 0 | 0 |
| A6 | 24.57 | 21.5 | 7 | 0 |
| A7 | 14.3 | 24 | 4 | 0 |
| A8 | 28.57 | 30 | 12 | 1 |
| A9 | 13.55 | 32 | 5 | 0 |
| A10 | 17.5 | 14.5 | 3 | 0 |
>TRINITY_DN41824_c0_g3_i3 from sample A8 / Example spliced isoformTGCACTACTACAACAGAGGGCGAGGCACTCCCAGACTGAAGATCAAGAGCACACATGGAAAAAACTGGTTTTGGAGCTGCAGATCATTGATTGGAATGTTCTGTCTAGCAGGTGATGCATTTGACTTATTAAGCTTTAAAGCTCTTCTTTTGGAATGTTGGTGGCTCAAATAAGTGCGTCCGCCTGAGCAAAATTCCAGT
TGATAATTAGGTAATTACTTCATGACCACTCTTGGGTTGTAGTACCTGTCCGAGTTCTGGTCACTGCCAGGTTAAACTCTAAACCAAAGGTTCGACCTCTATGCGGCTAGAACACTTGCCAAGATGCAAGGGGCATATCCAACCATTTATATCATAATTACAGCTAGCTCCCTTATTTTTCCAGATCTCGATACTCTGCA
CCTTGAAAGCACAGACTTATCAGTATTTCCAGTGGAGGGCACCTTAAAAGGGTGCTAGCTAGGACGGTATCCAGGAAAGCGCTCACATTTAACTAAGCTTCTAAATTTTTGATCCATTAGTATCTTTGCCGTTGCATTAGACGATCTCCAATCTTGATTATTCTCTTTTATCGACAATGCTATAATTCGCAAGTTTCTGC
TACTAAGTGAAGGAATTTTAATTTTTGTCATTCCAACGGTGTATTGTGTCCCATTTTATGTATCGTGAACTACGACTTTCTCAGAATAAATCAATGTATGAATCTAAATCTCTTCTTTACAGAAAAAATGAGTTTATATTTCTTAGTCAGTTATTATTTGACAGAAAAAAACTCAGCTGAGAGCTGTAAGAATAAGGAAC
TATCCCTCTTAGTGTTCTGTTATTGGGTGAGAGAAGTGAATGCATTATGCTGCCACTTGAATTTCAAGTTGTGGTTATTGAAATAATCAGAGATAGG
>TRINITY_DN41824_c0_g3_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:GATGCAGCTGCATTTATAAACAAGCATTTAGAGGTTATGGCTGGAGAAGACAAGTACCAATACCCGGCTTGCTATATTGCAGCGAGGCACTCCCAGACTGAAGATCAAGAGCACACATGGAAAAAACTGGTTTTGGAGCTGCAGATCATTGATTGGAAGGTTGTGTCTAGCAGGTGATGCATTTGACTTATTAAGGTTGT
TAAGCTCTCAGAAGCATTTGTTTCATAACAAATTGATCTGGCCCTACCTTAATGTTTACTAAGCGTGGCAGCTAATTGCTGAACTTTGTCTTTCATAGCTTTAAAGCTCTTCTTTTGGAATGTTGGTGGCTCAAATAAGTGCGTCCGCCTGAGCAAAATTCCAGTTGATAATTAGgtgaggataaatataagttgattaa
aatataagttgattaacttatttcgttatttttttggccaattaatacccactctatagtctattaatctgtgatgaacatttgtggtagGTAATTACTTCATGA
Intron 12 GTAATTTTTT ... TATATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 56.52 | 5 | 5 | 8 |
| A2 | 68.75 | 5 | 8 | 14 |
| A3 | 41.18 | 5 | 5 | 2 |
| A4 | 81.82 | 1 | 2 | 7 |
| A5 | 16.67 | 5 | 2 | 0 |
| A6 | 66.67 | 7 | 3 | 25 |
| A7 | 58.33 | 10 | 5 | 23 |
| A8 | 51.22 | 20 | 15 | 27 |
| A9 | 47.69 | 17 | 9 | 22 |
| A10 | 49.21 | 16 | 7 | 24 |
>TRINITY_DN43972_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoformAGAGGAAGCTGTGGGAGTGGGTACAGTTGGATCTTCAGAAGCGATCATGTTGGCAGGCCTTGCATTCAAACGCAAATGGAAAAAAAACGCAAGGCAGAGGGGAAGCCGCACTACCACAACAGAGGGCGAGGCACTCCCAGACTGAAGATCAAGAGCACACATGGAAAAAACTGGTTTTGGAGCTGCAGATCATTGATTGG
AAGGTTGTGTCTAGCAGCTTTAAAGCTCTTCTTTTGGAATGTTGGTGGCTCAAATAAGTGCGTCCGCCTGAGCAAAATTCCAGTTGATAATTAGGTAATTACTTCATGACCACTCTTGGGTTGTAGTACCTGTCCGAGTTCTGGTCACTGCCAGGTTAAACTCTAAACCAAAGGTTCGACCTCTATGCGGCTAGAACACT
TGCCAAGATGCAAGGGGCATATCCAACCATTTATATCATAATTACAGCTAGCTCCCTTATTTTTCCAGATCTCGATACTCTGCACCTTGAAAGCACAGACTTATCAGTATTTCCAGTGGAGGGCACCTTAAAAGGGTGCTAGCTAGGACGGTATCCAGGAAAGCGCTCACATTTAACTAAGCTTCTAAATTTTTGATCCA
TTAGTATCTTTGCCGTTGCATTAGACGATCTCCAATCTTGATTATTCTCTTTTATCGACAATGCTATAATTCGCAAGTTTCTGCTACTAAGTGAAGGAATTTTAATTTTTGTCATTCCAACGGTGTATTGTGTCCCATTTTATGTATCGTGAACTACGACTTTCTCAGAATAAATCAATGTATGAATCTAAATCTCTTCT
TTACAGAAAAAATGAGTTTATATTTCTTAGTCAGTTATTATTTGACAGAAAAAAACTCAGCTGAGAGCTGTAAGAATAAGGAACTATCCCTCTTAGTGTTCTGTTATTGGGTGAGAGAAGTGAATGCATTATGCTGCCACTTGAATTTCAAGTTGTGGTTATTGAAATAATCAGAGATAGGTTTCTAAGATGGATTGCTA
CTGTATGAGAATTTTAAGTGCGATTAAAAAAGATCCAACTTAGG
>TRINITY_DN43972_c0_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:AGAGGAAGCTGTGGGAGTGGGTACAGTTGGATCTTCAGAAGCGATCATGTTGGCAGGCCTTGCATTCAAACGCAAATGGAAAAAAAACGCAAGGCAGAGGGGAAGCCGCACTACCACAACAGAGGGgtaattttttacaaaattttagacgaaatatgactttcgtcttaaatgtatattttatttatttatttttaaag
acaaaagtaggtaaaaagagtttctacggggtctttatccatcgcgcagtggaaaactaaatatttttcgtgacctgcaacgccatcggcctccatttcgcattaattaccctaccagtagatgcagctgcatttataaacaagcatttagaggttatggctggagaagacaagtaccaatacccggcttgctatattgc
agCGAGGCACTCCCAGACTGAAGATCAAGAGCACACATGGAAAAAACTGGTTTTGGAGCTGCAGATCATTGATTGGAATGTTCTGTCTAGCAGCTTTAAAGCTCTTCTTTTGGAATGTTGGTGGCTCAAATAAGTGCGTCCGCCTGAGCAAAATTCCAGTTGATAATTAGGTAATTACTTCATGACCACTCTTGGGTTGT
AGTACCTGTCCGAGTTCTGGTCACTGCCAGGTTAAACTCTAAACCAAAGGTTCGACCTCTATGCGGCTAGAACACTTGCCAAGATGCAAGGGGCATATCCAACCATTTATATCATAATTACAGCTAGCTCCCTTATTTTTCCAGATCTCGATACTCTGCACCTTGAAAGCACAGACTTATCAGTATTTCCAGTGGAGGGC
ACCTTAAAAGGGTGCTAGCTAGGACGGTATCCAGGAAAGCGCTCACATTTAACTAAGCTTCTAAATTTTTGATCCATTAGTATCTTTGCCGTTGCATTAGACGATCTCCAATCTTGATTATTCTCTTTTATCGACAATGCTATAATTCGCAAGTTTCTGCTACTAAGTGAAGGAATTTTAATTTTTGTCATTCCAACGGT
GTATTGTGTCCCATTTTATGTATCGTGAACTACGACTTTCTCAGAATAAATCAATGTATGAATCTAAATCTCTTCTTTACAGAAAAAATGAGTTTATATTTCTTAGTCAGTTATTATTTGACAGAAAAAAACTCAGCTGAGAGCTGTAAGAATAAGGAACTATCCCTCTTAGTGTTCTGTTATTGGGTGAGAGAAGTGAA
TGCATTATGCTGCCACTTGAATTTCAAGTTGTGGTTATTGAAATAATCAGAGATAGGTTTCTAAGATGGATTGCTACTGTATGAGAATTTTAAGTGCGATTAAAAAAGATCCAACTTAGG
Intron 13 GTGAGGATAA ... TTTGTGGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 14.29 | 3 | 0 | 1 |
| A2 | 19.15 | 6.4 | 1 | 2 |
| A3 | 31.13 | 3.4 | 2 | 1 |
| A4 | 11.11 | 4 | 1 | 0 |
| A5 | 60 | 2 | 0 | 6 |
| A6 | 21.55 | 23.7 | 7 | 6 |
| A7 | 26.75 | 26.2 | 6 | 13 |
| A8 | 25.01 | 30 | 12 | 8 |
| A9 | 24 | 33.3 | 5 | 16 |
| A10 | 26.32 | 15.8 | 3 | 8 |
>TRINITY_DN40015_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoformACGCAAATGGAAAAAAAACGCAAGGCAGAGGGGAAGCCGCACTACCACAACAGAGGGCGAGGCACTCCCAGACTGAAGATCAAGAGCACACATGGAAAAAACTGGTTTTGGAGCTGCAGATCATTGATTGGAAGGTTGTGTCTAGCAGGTGATGCATTTGACTTATTAAGGTTGTTAAGCTCTCAGAAGCATTTGTTTCA
TAACAAATTGATCTGGCCCTACCTTAATGTTTACTAAGCGTGGCAGCTAATTGCTGAACTTTGTCTTTCATAGCTTTAAAGCTCTTCTTTTGGAATGTTGGTGGTTCAAATAAGTGCGTCCACCTGAGCAAAATTCCAGTTGATAATTAGGTAATTACTTCATGACCACTCTTGGGTTGTAGTACCTGTCCGAGTTCTGG
TCACTGCCAGGTTAAACTCTAAACCAAAGGTTCGACCTCTATGCGGCTAGAACACTTGCCAAGATGCAAGGGGCATATCCAACCATTTATATCATAATTACAGCTAGCTCCCTTATTTTTCCAGATCTCGATACTCTGCACCTTGAAAGCACAGACTTATCAGTATTTCCAGTGGAGGGCACCTTAAAAGGGTGCTAGCT
AGGACGGTATCCAGGAAAGCGCTCACATTTAACTAAGCTTCTAAATTTTTGATCCATTAGTATCTTTGCCGTTGCATTAGACGATCTCCAATCTTGATTATTCTCTTTTATCGACAATGCTATAATTCGCAAGTTTCTGCTACTAAGTGAAGGAATTTTAATTTTTGTCATTCCAACGGTGTATTGTGTCCCATTTTATG
TATCGTGAACTACGACTTTCTCAGAATAAATCAATGTATGAATCTAAATCTCTTCTTTAAAGAAAATATGAGTTTAT
>TRINITY_DN40015_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:GGGAGTGGGTACAGTTGGATCTTCAGAAGCGATCATGTTGGCAGGCCTTGCATTCAAACGCAAATGGAAAAACAAACGCAAGGCAGAGGGGAAGCTGCACTACTACAACAGAGGGATGCAGCTGCATTTATAAACAAGCATTTAGAGGTTATGGCTGGAGAAGACAAGTACCAATACCCGGCTTGCTATATTGCAGCGAG
GCACTCCCAGACTGAAGATCAAGAGCACACATGGAAAAAACTGGTTTTGGAGCTGCAGATCATTGATTGGAAGGTTGTGTCTAGCAGGTGATGCATTTGACTTATTAAGGTTGTTAAGCTCTCAGAAGCATTTGTTTCATAACAAATTGATCTGGCCCTACCTTAATGTTTACTAAGCGTGGCAGCTAATTGCTGAACTT
TGTCTTTCATAGCTTTAAAGCTCTTCTTTTGGAATGTTGGTGGTTCAAATAAGTGCGTCCACCTGAGCAAAATTCCAGTTGATAATTAGgtgaggataaatataagttgattaacttatttcgttatttttttggccaattaatacctactctatagtctattaatctgtgatgaacatttgtggtagGTAATTACTTCA
TGACCACTCTTGGGTTGTAGTACCTGTCCGAGTTCTGGTCACTGCCAGGTTAAACTCTAAACCAAAGGTTCGACCTCTATGCGGCTAGAACACTTGCCAAGATGCAAGGGGCATATCCAACCATTTATATCATAATTACAGCTAGCTCCCTTATTTTTCCAGATCTCGATACTCTGCACCTTGAAAGCACAGACTTATCA
GTATTTCCAGTGGAGGGCACCTTAAAAGGGTGCTAGCTAGGACGGTATCCAGGAAAGCGCTCACATTTAACTAAGCTTCTAAATTTTTGATCCATTAGTATCTTTGCCGTTGCATTAGACGATCTCCAATCTTGATTATTCTCTTTTATCGACAATGCTATAATTCGCAAGTTTCTGCTACTAAGTGAAGGAATTTTAAT
TTTTGTCATTCCAACGGTGTATTGTGTCCCATTTTATGTATCGTGAACTACGACTTTCTCAGAATAAATCAATGTATGAATCTAAATCTCTTCTTTAAAGAAAATATGAGTTTAT