sp|Q0WLR1|QKIL1_ARATH ----> KH domain-containing protein At4g26480


Intron 1 GTAGCATATT ... CATAACACAG

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>TRINITY_DN42766_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform
ACACGGTGGAAGGCAATCAATGGAAAGCTAAGTGGGCGAGATGCTGTAGGTGGATTATCCTGGATTTTATAGAACCTGAGCTGGTTATCACTTCGGTTGGAATCTTTGGTAGAAAAAAAGATTTCTTGAAGGAAGTTAAGGCTGATGGGTTTTTGTTGCAGCTCAATATTTTTGAAACCTCAGAGGTATTTTAGAATCTT
TAAAAAAATCCTTATTTTTCACTGGTCAACAGTAGTTAACTAGCAGTTGGTTAATTAGCTTTTTACTGCAACTTTTCATAGAATAGGAGATGTGCATTCCTAAGGCCTCAATGAGAAGAATGTAATGGATAAATCTCACGGTGACACAATAACTGCAATGACATGGATTGTTGTTGTGCATGAATCTACCGTAATTTTAT
TTCAGAACTAATTCAAACAGTTATTGCATTTGTCTAATCATTTCTATTTTTTCCCCAAAAATGTTTCATAAATGCAATTCAATGTGTTTTTGGCTGCTTTTGTTCATGGG


>TRINITY_DN42766_c0_g1_i7 from sample A6 / Example unspliced isoform:
ATTTCCCAAAAAATGGGTTCAAAGGAATTTAGCCCAATCGTATTTACCAAAAATTGGGGGAAAAATGATTTTAGCCTCCACAAATTCCCCTGAAATTCTCAGTTTCGCCCATTTTTTTGCTTGCAAATCGAAATACCATTGTAAATCGCCCCTCGATTTTCATTCTCGTGAATTTTTTTTAAGAAATTCATCCGTAAATC
TTGCCATCGGGGCAAAATGGACCGATTTCGTATAGTGTTTCAATTTGGGATAATTTGGGTCGAAGTTTTTTCTGGAGTTTCCCTGCTCTTGCTAATGTTATTTGGCAGTTTTCAAGCTCTGGAATTTCAGTTATTCAGCGGTTTTCAAGCTCTGGAATTTCAGCTCTTGCAGTTGCAATCATGTCCAGTCCAAACTGAAG
GTATCTTACTAAGCTTCTAGCTGAATGGCAAAAACTCAGTCCTTTTATGCAAGTCTTGCCACAGTGCTGTCGGCTGTTGAACCAGGCAGTAAAGGAAAATCGGCAACCAAGTTTTCAGACTTTGCAAATGGATGAAAGTTTTATGTGTAGCTTACCGATTGAAGTATGGGAATGGCACATATAGCAACAAATTGTTCTTT
CATATTTGTGTTCAAATGAAAGCAAAGAGAAAGATATATGCCTTTGGTGCAGTTACATCAAATGGGTGCATCCACTTCTCCGTCAAGATGTGATATTTTTCTAGGGGAATTTTTCCATATGATGTTTTAAAAGTCTTACACTTCAGCCATGCACGGTGGAAGGAAATCAATGGAAAGCTAAGTGgtagcatattaagact
tttgttttgaatttagtcagatgaaattgattcggcctattgcacaatggttattggtggacatttctactcagtcacggtattgaatcatgtaacctgacttatgttcataacacagGGCGAGATGCTGTAGGTGGATTATCCTGGATTTTATAGAACCTGAGCTGGTTATCACTTCGGTTGGAATCTTTGGTAGAAAA
AAAAGATTTCTTGAAGGAAG



Intron 2 GTAAGTTCTG ... TGTGAAACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN113922_c1_g1_i13 from sample A2 / Example spliced isoform
ATTATGTACGAGACCGACCTCTCGAGCCGGTGGAAGGAGGGGAGTGGAGTTCCCCATATATTGGCACAGGCATTTTTAAGCCGTGCCCTGTAAAAACCCCTTTGTAATACAAGGAAGGGACCGAAAACCCTCCTCACCCACTATACATACATAAACAGAAAGTTTTCTCCATTCTCCTTCGGGCAGCCGGGGCTTCTAGC
TTTTCTGGAACTCGGAGGCTTCAGACCCTTACTTAGCAGCTCGGGTTTTGCCGGATTTAGCAGCTCTAGGGCCAAATCTAAAGGCGTTTCAGCGGAAGAAATGTCGGCCAGATATATGAACTTCTCGCCATCAGCGACACACTCCCCGCAGCTCCCTGGCATGCGCTCTGCAAGCATTGCCATAGCCGAGCATGACAAGT
ATCTTACTGAGCTTCTAGCTGAACGGCAAAAACTCAGTCCTTTTATGCAAGTCTTGCCACAGTGCTGTCGGCTGCTGAACCAGGAAATAGTGCGGGTAACTGCATTGTTGGGGATGGGGAATTCATCTTTTTTAGACCACAATGGGCCTGAGCATGGTAGCCCGTTGACTCACGGAGGATTACTTTCAAATGGAGGAGTG
GACATGAATGGATGGGCTGCTCACCAATCAGAAAGGATGAACATGTTACAGGCATCCCCTCATGGTTGGCATGGAGCACCAGGTGGAGGTTCTAGTGGAATTATTGTAAAAAAGACCATCAGAGTTGAAGTTCCAGTTGACAAATATCCTAACTTTAACTTCGTTGGACGTCTCCTTGGTCCTAGAGGCAACTCCCTAAA
AAGAGTTGAAGCTGCTACTGATTGTAGAGTTCTAATCAGAGGACGGGGTTCAATTAAAGACCCTTCAAGGG


>TRINITY_DN113922_c1_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:
ATTATGTACGAGACCGACCTCTCGAGCCGGTGGAAGGAGGGGAGTGGAGTTCCCCATATATTGGCACAGGCATTTTTAAGCCGTGCCCTGTAAAAACCCCTTTGTAATACAAGGAAGGGACCGAAAACCCTCCTCACCCACTATACATACATAAACAGAAAGTTTTCTCCATTCTCCTTCGGGCAGCCGGGGCTTCTAGC
TTTTCTGGAACTCGGAGGCTTCAGACCCTTACTTAGCAGCTCGGGTTTTGCCGGATTTAGCAGCTCTAGGGCCAAATCTAAAGGCGTTTCAGCGGAAGAAATGTCGGCCAGATATATGAACTTCTCGCCATCAGCGACACACTCCCCGCAGCTCCCTGGCATGCGCTCTGCAAGCATTGCCATAGCCGAGCATGACAAGT
ATCTTACTGAGCTTCTAGCTGAACGGCAAAAACTCAGTCCTTTTATGCAAGTCTTGCCACAGTGCTGTCGGCTGCTGAACCAGGgtaagttctgggctaatttatcaatgtctgtattatgaaaaacatactgatgtcaataacagtatcaacatttttgctacatttcattgcttattacatgaattttttctgtccat
gtttcccaatgttactaacagtaaacatctttccaatttttttccttgtattatggacaatgttttcatggtgtaatttactaacatctataagctttttgaactgttttgtgaagtttatatcagcccattgaaagattgaaaatagcacgaggaagattatggcaatgtagaaggtgtcaatcgcagcaaatagttac
taactttatagccatgatgttgtggacagtttgagtattacagttagagtttcaatgaggaagtcaagttgtattgttttatttggagctttggtaaagttttgacattcagaataatacgtgcccaattcctgagtgcattgctctaattattaatatctaatttcttaaaaaaatgcaacatcctggggctatattct
ggaccaaggtggttgtagggtccaacagtgataactactagtgtctcattccattggcaacagtttaagaaatcattagtatcttattccatggataacaggtgctgatgaattagtgtacactgtagggcgttaattgtcaggaagacacatgatgtccattgttcactctccgtaagagactgcttgtaattgcctct
tgcagtccttcaaagagcagacatctattatattattcttttcagttcaaaatccattatgcaatggttgcaactgagagctaatggaaactatttaccattgtggaatcaagtatttggtcacgctaatagagaattttgatctaaaaatagtcatatatgtgtcaaattttctaaataaaactatagaagtgaacaat
atcttggtttaaatagcctaggtaccaaagaatgccttttctgaatttgtattcagtgtggcatgataataatttttgtctatgattgtggagattgacttctcataagacctttttctgttatttgtgcctataggttccaattccctcacaagatctagtcctaacacaagcaaaaaatgatgaagcattgtgaaata
tttcaacagaaaactatattgcttcttgacttcggtattgatctacaactgccatggtttgaggtcaaaatgtggagtgttgatctaaaactactattagttggtgaagaaatggctttggtctggctaagtttagaattagaacattttagcagttttgtaagcataaccatagtgggattaacagttgagagcaggat
tgaaacaggtgagatgatgtacagaagcattcgaaaagaaatacacttcaataagatatgcttatgaggggtaaagtcatgctccaaatgattgagaaaacctacagatattttataactctggtaacaaaaatgtccagactaagtaagaccccttgaaatttgtaaaaaactattactccatgaacacattactagaa
attatgcttttgaagcataggtgtgaaaagaatgcacacagagccagaaacccaaatgatcgctgttataagagctcttgtaaccatagatactgcgtgggcacaatacattgtatctatgagttgggcaatatacccagttttggaaaacgaagttaaagatattgactttctgacatgtttctgttacaagtgattta
gagatttagcagtgtacgagtgatggcttggatttgcattatccaataatcttttttacaagttcatgtgatctagcttttggagtaaagaatgtagcacagatgaaaagtgtattttgtacttgaaagcatcatctaattgatatccagcactatatggagataactcaaatagttggagattgtttgggttgctttgt
atgtacaaccatattgatgttcttttgttaacagcagtaaaggaaaatcggcaaccaagttatcagactttgcaaatggatgaaagttttctgtgtagcttaccgattgaagtatgggaatggcacatatagcaacaaattgttctttcatatatgtgttcaaatgaaagcaaagagaaagaaatatgcctttggtgcag
ttacatcaaatgggtgcaaccacttctccatcaagatgtgatatttgtctaggggaattttgccatatgatgttttaaaagtcttacacttcagccatacacggtggaaggcaatcaatggaaagctaagtggtagcatattaagacttttgttttaagttagatgaaattgattcagcctattgcacaatggttattgg
tggacatttctactcagtcacggtattgaatcatgtaacctgacttatgttcataacacagggcgagatgctgtaggtggattatcctggcttttatagaacctgagctggttatcacttcggtgtgtttttaaacttctactacaatcccttgaggcagctaggcaataaatgtattaaatagcttctgcaagtgcaga
tcatgagattgggaataaactatttggtcattgggtagtgggcaagtgcaaagccaacaaatatgcttacagttctgagttgagagaggatcgatttgtactcaggttggaatctctggtagaaaaagagatttctttaaggaagttaaggctgatgggtttttgttgcagctcaatatttttgaaacctcagaggtatt
ttagaatcttgaaaaaagtccctattttgcactggtcaacagtagttaactagcagttggttaattagctttttactgcaacttttcataggataggagctgtacattactgaggcctcatcgaaaagaatgtaatggataaagctcacggtgacacaataatgcaatgacatggaatgctgttgtgcatgaatctaccg
taattttatttcagaactaattcaaacagttattgcatttgtctaatcatttctattttttccccaaaaatgtttcataaatgcaattcaatgtgtttttggctgcttttgttcatgggtatacttatgtttacaaggaatagtataatcttggaaattcagtatgttttaagagacattgatgtgttgaagtctattca
ctgttgaattattttggtgtttgtgtggatgttatgaatgattcctggcacatgactaacatgacagaagtacaatccatagagttatgaattcagctcgtgtcttccagcccatgatatcagtttatgtggtggtagattgaaaagtttttgactcggaattttgataaaagattgtagaatgtttcgcataattgact
cgaatttggaacaattatgctgaatcataaagtatgcttgaagttgtgttatatatatgcatgcgtgtgtgtaatgcacagctattttgcactgtccataaagagtctaaacatattaccctggagattaaatgttacaaatttcattttatagcctcagctagcaaagttctcactctgcaaattctgaggttgtttgt
taaccgaccagagtttttgttattggggatattatttctggaaatttgcttattttgataagttgggagtttttcttttgtatcaatctgttttatttgcttaaagtttctatgagagataaaatatggcatgagcatttctttgttttatttgtgtgccatgggaatcagtctttgcaacaatacccatctttctcggc
aggtgagattctcctacagaattattaaaactggattgttgaaaaaactgaagtaacagttcaaaggagtggagttatttgagaaatggaatcccacaagcaggtaaactagcggaagtagtagctattggttgggaatcaatgttagatgaacatgtcttaattgcatgcaatgcatagattcttactgatttaatgga
attgaagttcaacagctgatgtgttaatggcatgcattgcatgggtcgtcgcaaattttaacaaacttgagaattggttaagttttttaaagatgtcagtatgtcttggtggtacaatccaagtcggctgtttctgtggatccagaggaaaatatgcatctggttgattttttgtggttcacatgtctaatatgctttgg
aggcttcaatagagagagtgcgaagactaaagtaacattgcaaaggaagggcaaaggaagcttttagcaatgaaagcttgcaagccagcttaagtagtagctatggattgtgaatcaacagcagatgtgttactggcatgctttctgaccgatgtaatgaatttgaaacttggataagtactgtaaagacatgcgaagac
agagactggtggtgagaacaatagtgtaaagactaaagttaggtaggacataggattctaattcacagcaagttatattttctttaaattcttagaaatgtctttggccttgtggtttgtatgtctaactgatatgctttgtagcctgatggagggctgtttgcacatttgtaagattagaattgtgtgtatgctgcaag
ttgcttcttactgcagtctgaaattgaatacctgggtgttcattttcatcaacatattttatgccatggccaggtgcacaggtgtcatgtaagctgacctctctgacatagagttccatttttttcaccggagtgagcattactttatatctataggtcatcatcttgaatgtttcgtcattaaccatatttgacgttat
aatcttgctggttccattgagttgaatttcatagtctcatcctgtagaagaaaaacatctggaagctaatcactgcatctttgttgtatccaatcattgctgccatgtttataccttttttccagttgtaattcctgtaaacatttctggagttggatctacatgtcaaagcgccttcataatgaggaataggagaaatt
gactctattagaggttctaatttaatctgttttggaggctatatattttgtaaagtgctactgtgcttgagccatagcattgccttgattggcatatgacactatcctatctcttatccatttcagactaactaatttcttagtgaatgctcgagcatctctcttatccattttagattgactaatttcttagtgaatgc
tccagcatctgatttaacaggtacacattcttatttttgaaggtgggttgtgaaacagAAATAGTGCGGGTAACTGCATTGTTGGGGATGGGGAATTCATCTTTTTTAGACCACAATGGGCCTGAGCATGGTAGCCCGTTGACTCACGGAGGATTACTTTCAAATGGAGGAGTGGACATGAATGGATGGGCTGCTCACCA
ATCAGAAAGGATGAACATGTTACAGGCATCCCCTCATGGTTGGCATGGAGCACCAGGTGGAGGTTCTAGTGGAATTATTGTAAAAAAGACCATCAGAGTTGAAGTTCCAGTTGACAAATATCCTAACTTTAACTTCGTTGGACGTCTCCTTGGTCCTAGAGGCAACTCCCTAAAAAGAGTTGAAGCTGCTACTGATTGTA
GAGTTCTAATCAGAGGACGGGGTTCAATTAAAGACCCTTCAAGGGTAATTTCGATGTCCCCGGAGGACATGATGAGGGAAAAGCCAGGGTATGAGCATCTTAATGAGCCTCTGCATATTCTTGTGGAGGCGGAGATGCCTGCAAATATTATAGATGCTCGCTTGATGCAAGCACGTGATATACTAGAAGAATTGCTGAAA
CCCGTAGATGAGTCGCAAGATTTTTTCAAGAAGCAGCAATTAAGAGAGCTGGCCATTCTGAATGGGACATTGAGAGAAGATGGTTCCTCCATGGCTGGTTCAGTATCTCCGTTCAACAGCAGTAACCTGGGAATGAAAAGGGCTAAAACCAGGGGGTAGATACCTGATGTATTGGCTTATGCCACACTCATTTTTTTGGA
CTTCCCGGTTGTCTGGAAGAATTCCATTATTTTGTTGTTAGATCCTATCCAAGTGGTCCGGTAGTATAGTTTAACGAGTATATTGATAGTCTGTCCAGATGTGTACCTCGATATAAAGATGTATGCTGCTGGTAGGTTATGAGGGGGTTTTAGGAACAGTGGTTTCTGAGGTGTGGGTTTTACCCTTTTTCCCGTACAAA
TCAAATGTGTAATATTTATTACTCTTGTATTATTATATCAAGAAGGCTGAGTGCAAGAAAATTTTTGTGATAAGCACTGGGGGAGTGGGATAGTTGACTGTACAAATTTGGGATCACAATTTTCTTGAGAAGCAGTTTCTGAACCTTACTATTGTATTTCATGCTGCATTCTCATGGCAGAAGTCCAGTATGCTTCTATG
ATGGGAAAGGATTCCAATAATGTACCGACCCATTCGACCAGTTACTCTATTTAGTTGATATGCATTTTAAATAAAATGTAAGGATAATTTATCCTAGTGTATAGATTGTATGTTTAGATTTAATATTTGATCACCTGGCATAATAATTTGGTAACTTTTGTTAGCATTGTTGTGGGTCCATCTGGTCCAGACATTCAAAG
AAGAGTTGCAATGTGTTGGTTGGCGGACTCTGAATTGTACAAGTAACTTTGTGCGTTTTATTTGTGTTCTTTCGGAATTTAAGGCAGTAGGCCGATCTCCCGTAATTTTTATGGTGTGGCTCTTTTACTAGGATGTACCTGTCATTGCTATTG



Intron 3 GTGCAACCAC ... AACCTCAGAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A1035.49151.59567



>TRINITY_DN113922_c1_g1_i13 from sample A2 / Example spliced isoform
ATTATGTACGAGACCGACCTCTCGAGCCGGTGGAAGGAGGGGAGTGGAGTTCCCCATATATTGGCACAGGCATTTTTAAGCCGTGCCCTGTAAAAACCCCTTTGTAATACAAGGAAGGGACCGAAAACCCTCCTCACCCACTATACATACATAAACAGAAAGTTTTCTCCATTCTCCTTCGGGCAGCCGGGGCTTCTAGC
TTTTCTGGAACTCGGAGGCTTCAGACCCTTACTTAGCAGCTCGGGTTTTGCCGGATTTAGCAGCTCTAGGGCCAAATCTAAAGGCGTTTCAGCGGAAGAAATGTCGGCCAGATATATGAACTTCTCGCCATCAGCGACACACTCCCCGCAGCTCCCTGGCATGCGCTCTGCAAGCATTGCCATAGCCGAGCATGACAAGT
ATCTTACTGAGCTTCTAGCTGAACGGCAAAAACTCAGTCCTTTTATGCAAGTCTTGCCACAGTGCTGTCGGCTGCTGAACCAGGAAATAGTGCGGGTAACTGCATTGTTGGGGATGGGGAATTCATCTTTTTTAGACCACAATGGGCCTGAGCATGGTAGCCCGTTGACTCACGGAGGATTACTTTCAAATGGAGGAGTG
GACATGAATGGATGGGCTGCTCACCAATCAGAAAGGATGAACATGTTACAGGCATCCCCTCATGGTTGGCATGGAGCACCAGGTGGAGGTTCTAGTGGAATTATTGTAAAAAAGACCATCAGAGTTGAAGTTCCAGTTGACAAATATCCTAACTTTAACTTCGTTGGACGTCTCCTTGGTCCTAGAGGCAACTCCCTAAA
AAGAGTTGAAGCTGCTACTGATTGTAGAGTTCTAATCAGAGGACGGGGTTCAATTAAAGACCCTTCAAGGG


>TRINITY_DN113922_c1_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:
ATTATGTACGAGACCGACCTCTCGAGCCGGTGGAAGGAGGGGAGTGGAGTTCCCCATATATTGGCACAGGCATTTTTAAGCCGTGCCCTGTAAAAACCCCTTTGTAATACAAGGAAGGGACCGAAAACCCTCCTCACCCACTATACATACATAAACAGAAAGTTTTCTCCATTCTCCTTCGGGCAGCCGGGGCTTCTAGC
TTTTCTGGAACTCGGAGGCTTCAGACCCTTACTTAGCAGCTCGGGTTTTGCCGGATTTAGCAGCTCTAGGGCCAAATCTAAAGGCGTTTCAGCGGAAGAAATGTCGGCCAGATATATGAACTTCTCGCCATCAGCGACACACTCCCCGCAGCTCCCTGGCATGCGCTCTGCAAGCATTGCCATAGCCGAGCATGACAAGT
ATCTTACTGAGCTTCTAGCTGAACGGCAAAAACTCAGTCCTTTTATGCAAGTCTTGCCACAGTGCTGTCGGCTGCTGAACCAGGgtgcaaccacttctccatcaagatgtgatatttgtctaggggaattttgccatatgatgttttaaaagtcttacacttcagccatacacggtggaaggcaatcaatggaaagctaa
gtggtagcatattaagacttttgttttaagttagatgaaattgattcagcctattgcacaatggttattggtggacatttctactcagtcacggtattgaatcatgtaacctgacttatgttcataacacagggcgagatgctgtaggtggattatcctggcttttatagaacctgagctggttatcacttcggtgtgtt
tttaaacttctactacaatcccttgaggcagctaggcaataaatgtattaaatagcttctgcaagtgcagatcatgagattgggaataaactatttggtcattgggtagtgggcaagtgcaaagccaacaaatatgcttacagttctgagttgagagaggatcgatttgtactcaggttggaatctctggtagaaaaaga
gatttctttaaggaagttaaggctgatgggtttttgttgcagctcaatatttttgaaacctcagagAAATAGTGCGGGTAACTGCATTGTTGGGGATGGGGAATTCATCTTTTTTAGACCACAATGGGCCTGAGCATGGTAGCCCGTTGACTCACGGAGGATTACTTTCAAATGGAGGAGTGGACATGAATGGATGGGCT
GCTCACCAATCAGAAAGGATGAACATGTTACAGGCATCCCCTCATGGTTGGCATGGAGCACCAGGTGGAGGTTCTAGTGGAATTATTGTAAAAAAGACCATCAGAGTTGAAGTTCCAGTTGACAAATATCCTAACTTTAACTTCGTTGGACGTCTCCTTGGTCCTAGAGGCAACTCCCTAAAAAGAGTTGAAGCTGCTAC
TGATTGTAGAGTTCTAATCAGAGGACGGGGTTCAATTAAAGACCCTTCAAGGG



Intron 4 GTATGTGTTG ... GTGTGTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A125.1512541.142
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>TRINITY_DN122991_c5_g5_i5 from sample A1 / Example spliced isoform
AAAAACCCCTTTGTAATACAAGGAAGGGACCGAAAACCCTCCTCACCCACTATACATACATAAACAGAAAGTTTTCTCCATTCTCCTTCGGGCAGCCGGGGCTTCTAGCTTTTCTGGAACTCGGAGGCTTCAGACCCTTACTTAGCAGCTCGGGTTTTGCCGGATTTAGCAGCTCTAGGGCCAAATCTAAAGGCGTTTCA
GCGGAAGAAATGTCGGCCAGATATATGAACTTCTCGCCATCAGCGACACACTCCCCGCAGCTCCCTGGCATGCGCTCTGCAAGCATTGCCATAGCCGAGCATGACAAGTATCTTACTGAGCTTCTAGCTGAACGGCAAAAACTCAGTCCTTTTATGCAAGTCTTGCCACAGTGCTGTCGGCTGCTGAACCAGGAAATAGT
GCGGGTAACTGCATTGTTGGGGATGGGGAATTCATCTTTTTTAGACCACAATGGGCCTGAGCATGGTAGCCCGTTGACTCACGGAGGATTACTTTCAAATGGAGGAGTGGACATGAATGGATGGGCTGCTCACCAATCAGAAAGGATGAACATGTTACAGGCATCCCCTCATGGTTGGCATGGAGCACCAGGTGGAGGTT
CTAGTGGAATTATTGTAAAAAAGACCATCAGAGTTGAAGTTCCAGTTGACAAATATCCTAACTTTAACTTCGTTGGACGTCTCCTTGGTCCTAGAGGCAACTCCCTAAAAAGAGTTGAAGCTGCTACTGATTGTAGAGTTCTAATCAGAGGACGGGGTTCAATTAAAGACCCTTCAAGGGTAATTTCGATGTCCCCGGAG
GACATGATGAGGGAAAAGCCAGGGTATGAGCATCTTAATGAGCCTCTGCATATTCTTGTGGAGGCGGAGATGCCTGCAAATATTATAGATGCTCGCTTGATGCAAGCACGTGATATACTAGAAGAATTGCTGAAACCCGTAGATGAGTCGCAAGATTTTTTCAAGAAGCAGCAATTAAGAGAGCTGGCCATTCTGAATGG
GACATTGAGAGAAGATGGTTCCTCCATGGCTGGTTCAGTATCTCCGTTCAACAGCAGTAACCTGGGAATGAAAAGGGCTAAAACCAGGGGGTAGATACCTGATGTATTGGCTTATGCCACACTCATTTTTTTGGACTTCCCGGTTGTCTGGAAGAATTCCATTATTTTGTTGTTAGATCCTATCCAAGTGGTCCGGTAGT
ATAGTTTAACGAGTATATTGATAGTCTGTCCAGATGTGTACCTCGATATAAAGATGTATGCTGCTGGTAGGTTATGAGGGGGTTTTAGGAACAGTGGTTTCTGAGGTGTGGGTTTTACCCTTTTTCCCGTACAAATCAAATGTGTAATATTTATTACTCTTGTATTATTATATCAAGAAGGCTGAGTGCAAGAAAATTTT
TGTGATAAGCACTGGGGGAGTGGGATAGTTGACTGTACAAATTTGGGATCACAATTTTCTTGAGAAGCAGTTTCTGAACCTTACTATTGTATTTCATGCTGCATTCTCATGGCAGAAGTCCAGTATGCTTCTATGATGGGAAAGGATTCCAATAATGTACCGACCCATTCGACCAGTTACTCTATTTAGTTGATATGCAT
TTTAAATAAAATGTAAGGATAATTTATCCTAGTGTATAGATTGTATGTTTAGATTTAATATTTGATCACCTGGC


>TRINITY_DN122991_c5_g5_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:
TAATTTCGATGTCCCCGGAGGACATGATGAGGGAAAAGCCAGGGTATGAGCATCTTAATGAGCCTCTGCATATTCTTGTGGAGGCGGAGATGCCTGCAAATATTATAGATGCTCGCTTGATGCAAGCACGTGATATACTAGAAGAATTGCTGAAACCCGTAgtatgtgttgatttttgacaagcaggcaatcattttgtt
atgttttctgcagttaacttgtggtttgttagttctctcatctgagtcattttttggactcgtgtgtgcagGATGAGTCGCAAGATTTTTTCAAGAAGCAGCAATTAAGAGAGCTGGCCATTCTGAATGGGACATTGAGAGAAGATGGTTCCTCCATGGCTGGTTCAGTATCTCCGTTCAACAGCAGTAACCTGGGAATG
AAAAGGGCTAAAACCAGGGGGTAGATACCTGATGTATTGGCTTATGCCACACTCATTTTTTTGGACTTCCCGGTTGTCTGGAAGAATTCCATTATTTTGTTGTTAGATCCTATCCAAGTGGTCCGGTAGTATAGTTTAACGAGTATATTGATAGTCTGTCCAGATGTGTACCTCGATATAAAGATGTATGCTGCTGGTAG
GTTATGAGGGGGTTTTAGGAACAGTGGTTTCTGAGGTGTGGGTTTTACCCTTTTTCCCGTACAAATCAAATGTGTAATATTTATTACTCTTGTATTATTATATCAAGAAGGCTGAGTGCAAGAAAATTTTTGTGATAAGCACTGGGGGAGTGGGATAGTTGACTGTACAAATTTGGGATCACAATTTTCTTGAGAAGCAG
TTTCTGAACCTTACTATTGTATTTCATGCTGCATTCTCATGGCAGAAGTCCAGTATGCTTCTATGATGGGAAAGGATTCCAATAATGTACCGACCCATTCGACCAGTTACTCTATTTAGTTGATATGCATTTTAAATAAAATGTAAGGATAATTTATCCTAGTGTATAGATTGTATGTTTAGATTTAATATTTGATCACC
TGGC



Intron 5 GTGAGGGAGG ... TTTTCTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A154.03171722.9
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A633.1226.3917
A731.9429.7918.6
A839.5220.61115.3
A932.0832.11317.1
A1023.4637.4716



>TRINITY_DN113922_c1_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoform
ATTATGTACGAGACCGACCTCTCGAGCCGGTGGAAGGAGGGGAGTGGAGTTCCCCATATATTGGCACAGGCATTTTTAAGCCGTGCCCTGTAAAAACCCCTTTGTAATACAAGGAAGGGACCGAAAACCCTCCTCACCCACTATACATACATAAACAGAAAGTTTTCTCCATTCTCCTTCGGGCAGCCGGGGCTTCTAGC
TTTTCTGGAACTCGGAGGCTTCAGACCCTTACTTAGCAGCTCGGGTTTTGCCGGATTTAGCAGCTCTAGGGCCAAATCTAAAGGCGTTTCAGCGGAAGAAATGTCGGCCAGATATATGAACTTCTCGCCATCAGCGACACACTCCCCGCAGCTCCCTGGCATGCGCTCTGCAAGCATTGCCATAGCCGAGCATGACAAGT
ATCTTACTGAGCTTCTAGCTGAACGGCAAAAACTCAGTCCTTTTATGCAAGTCTTGCCACAGTGCTGTCGGCTGCTGAACCAGGGTAAGTTCTGGGCTAATTTATCAATGTCTGTATTATGAAAAACATACTGATGTCAATAACAGTATCAACATTTTTGCTACATTTCATTGCTTATTACATGAATTTTTTCTGTCCAT
GTTTCCCAATGTTACTAACAGTAAACATCTTTCCAATTTTTTTCCTTGTATTATGGACAATGTTTTCATGGTGTAATTTACTAACATCTATAAGCTTTTTGAACTGTTTTGTGAAGTTTATATCAGCCCATTGAAAGATTGAAAATAGCACGAGGAAGATTATGGCAATGTAGAAGGTGTCAATCGCAGCAAATAGTTAC
TAACTTTATAGCCATGATGTTGTGGACAGTTTGAGTATTACAGTTAGAGTTTCAATGAGGAAGTCAAGTTGTATTGTTTTATTTGGAGCTTTGGTAAAGTTTTGACATTCAGAATAATACGTGCCCAATTCCTGAGTGCATTGCTCTAATTATTAATATCTAATTTCTTAAAAAAATGCAACATCCTGGGGCTATATTCT
GGACCAAGGTGGTTGTAGGGTCCAACAGTGATAACTACTAGTGTCTCATTCCATTGGCAACAGTTTAAGAAATCATTAGTATCTTATTCCATGGATAACAGGTGCTGATGAATTAGTGTACACTGTAGGGCGTTAATTGTCAGGAAGACACATGATGTCCATTGTTCACTCTCCGTAAGAGACTGCTTGTAATTGCCTCT
TGCAGTCCTTCAAAGAGCAGACATCTATTATATTATTCTTTTCAGTTCAAAATCCATTATGCAATGGTTGCAACTGAGAGCTAATGGAAACTATTTACCATTGTGGAATCAAGTATTTGGTCACGCTAATAGAGAATTTTGATCTAAAAATAGTCATATATGTGTCAAATTTTCTAAATAAAACTATAGAAGTGAACAAT
ATCTTGGTTTAAATAGCCTAGGTACCAAAGAATGCCTTTTCTGAATTTGTATTCAGTGTGGCATGATAATAATTTTTGTCTATGATTGTGGAGATTGACTTCTCATAAGACCTTTTTCTGTTATTTGTGCCTATAGGTTCCAATTCCCTCACAAGATCTAGTCCTAACACAAGCAAAAAATGATGAAGCATTGTGAAATA
TTTCAACAGAAAACTATATTGCTTCTTGACTTCGGTATTGATCTACAACTGCCATGGTTTGAGGTCAAAATGTGGAGTGTTGATCTAAAACTACTATTAGTTGGTGAAGAAATGGCTTTGGTCTGGCTAAGTTTAGAATTAGAACATTTTAGCAGTTTTGTAAGCATAACCATAGTGGGATTAACAGTTGAGAGCAGGAT
TGAAACAGGTGAGATGATGTACAGAAGCATTCGAAAAGAAATACACTTCAATAAGATATGCTTATGAGGGGTAAAGTCATGCTCCAAATGATTGAGAAAACCTACAGATATTTTATAACTCTGGTAACAAAAATGTCCAGACTAAGTAAGACCCCTTGAAATTTGTAAAAAACTATTACTCCATGAACACATTACTAGAA
ATTATGCTTTTGAAGCATAGGTGTGAAAAGAATGCACACAGAGCCAGAAACCCAAATGATCGCTGTTATAAGAGCTCTTGTAACCATAGATACTGCGTGGGCACAATACATTGTATCTATGAGTTGGGCAATATACCCAGTTTTGGAAAACGAAGTTAAAGATATTGACTTTCTGACATGTTTCTGTTACAAGTGATTTA
GAGATTTAGCAGTGTACGAGTGATGGCTTGGATTTGCATTATCCAATAATCTTTTTTACAAGTTCATGTGATCTAGCTTTTGGAGTAAAGAATGTAGCACAGATGAAAAGTGTATTTTGTACTTGAAAGCATCATCTAATTGATATCCAGCACTATATGGAGATAACTCAAATAGTTGGAGATTGTTTGGGTTGCTTTGT
ATGTACAACCATATTGATGTTCTTTTGTTAACAGCAGTAAAGGAAAATCGGCAACCAAGTTATCAGACTTTGCAAATGGATGAAAGTTTTCTGTGTAGCTTACCGATTGAAGTATGGGAATGGCACATATAGCAACAAATTGTTCTTTCATATATGTGTTCAAATGAAAGCAAAGAGAAAGAAATATGCCTTTGGTGCAG
TTACATCAAATGGGTGCAACCACTTCTCCATCAAGATGTGATATTTGTCTAGGGGAATTTTGCCATATGATGTTTTAAAAGTCTTACACTTCAGCCATACACGGTGGAAGGCAATCAATGGAAAGCTAAGTGGTAGCATATTAAGACTTTTGTTTTAAGTTAGATGAAATTGATTCAGCCTATTGCACAATGGTTATTGG
TGGACATTTCTACTCAGTCACGGTATTGAATCATGTAACCTGACTTATGTTCATAACACAGGGCGAGATGCTGTAGGTGGATTATCCTGGCTTTTATAGAACCTGAGCTGGTTATCACTTCGGTGTGTTTTTAAACTTCTACTACAATCCCTTGAGGCAGCTAGGCAATAAATGTATTAAATAGCTTCTGCAAGTGCAGA
TCATGAGATTGGGAATAAACTATTTGGTCATTGGGTAGTGGGCAAGTGCAAAGCCAACAAATATGCTTACAGTTCTGAGTTGAGAGAGGATCGATTTGTACTCAGGTTGGAATCTCTGGTAGAAAAAGAGATTTCTTTAAGGAAGTTAAGGCTGATGGGTTTTTGTTGCAGCTCAATATTTTTGAAACCTCAGAGGTATT
TTAGAATCTTGAAAAAAGTCCCTATTTTGCACTGGTCAACAGTAGTTAACTAGCAGTTGGTTAATTAGCTTTTTACTGCAACTTTTCATAGGATAGGAGCTGTACATTACTGAGGCCTCATCGAAAAGAATGTAATGGATAAAGCTCACGGTGACACAATAATGCAATGACATGGAATGCTGTTGTGCATGAATCTACCG
TAATTTTATTTCAGAACTAATTCAAACAGTTATTGCATTTGTCTAATCATTTCTATTTTTTCCCCAAAAATGTTTCATAAATGCAATTCAATGTGTTTTTGGCTGCTTTTGTTCATGGGTATACTTATGTTTACAAGGAATAGTATAATCTTGGAAATTCAGTATGTTTTAAGAGACATTGATGTGTTGAAGTCTATTCA
CTGTTGAATTATTTTGGTGTTTGTGTGGATGTTATGAATGATTCCTGGCACATGACTAACATGACAGAAGTACAATCCATAGAGTTATGAATTCAGCTCGTGTCTTCCAGCCCATGATATCAGTTTATGTGGTGGTAGATTGAAAAGTTTTTGACTCGGAATTTTGATAAAAGATTGTAGAATGTTTCGCATAATTGACT
CGAATTTGGAACAATTATGCTGAATCATAAAGTATGCTTGAAGTTGTGTTATATATATGCATGCGTGTGTGTAATGCACAGCTATTTTGCACTGTCCATAAAGAGTCTAAACATATTACCCTGGAGATTAAATGTTACAAATTTCATTTTATAGCCTCAGCTAGCAAAGTTCTCACTCTGCAAATTCTGAGGTTGTTTGT
TAACCGACCAGAGTTTTTGTTATTGGGGATATTATTTCTGGAAATTTGCTTATTTTGATAAGTTGGGAGTTTTTCTTTTGTATCAATCTGTTTTATTTGCTTAAAGTTTCTATGAGAGATAAAATATGGCATGAGCATTTCTTTGTTTTATTTGTGTGCCATGGGAATCAGTCTTTGCAACAATACCCATCTTTCTCGGC
AGGTGAGATTCTCCTACAGAATTATTAAAACTGGATTGTTGAAAAAACTGAAGTAACAGTTCAAAGGAGTGGAGTTATTTGAGAAATGGAATCCCACAAGCAGGTAAACTAGCGGAAGTAGTAGCTATTGGTTGGGAATCAATGTTAGATGAACATGTCTTAATTGCATGCAATGCATAGATTCTTACTGATTTAATGGA
ATTGAAGTTCAACAGCTGATGTGTTAATGGCATGCATTGCATGGGTCGTCGCAAATTTTAACAAACTTGAGAATTGGTTAAGTTTTTTAAAGATGTCAGTATGTCTTGGTGGTACAATCCAAGTCGGCTGTTTCTGTGGATCCAGAGGAAAATATGCATCTGGTTGATTTTTTGTGGTTCACATGTCTAATATGCTTTGG
AGGCTTCAATAGAGAGAGTGCGAAGACTAAAGTAACATTGCAAAGGAAGGGCAAAGGAAGCTTTTAGCAATGAAAGCTTGCAAGCCAGCTTAAGTAGTAGCTATGGATTGTGAATCAACAGCAGATGTGTTACTGGCATGCTTTCTGACCGATGTAATGAATTTGAAACTTGGATAAGTACTGTAAAGACATGCGAAGAC
AGAGACTGGTGGTGAGAACAATAGTGTAAAGACTAAAGTTAGGTAGGACATAGGATTCTAATTCACAGCAAGTTATATTTTCTTTAAATTCTTAGAAATGTCTTTGGCCTTGTGGTTTGTATGTCTAACTGATATGCTTTGTAGCCTGATGGAGGGCTGTTTGCACATTTGTAAGATTAGAATTGTGTGTATGCTGCAAG
TTGCTTCTTACTGCAGTCTGAAATTGAATACCTGGGTGTTCATTTTCATCAACATATTTTATGCCATGGCCAGGTGCACAGGTGTCATGTAAGCTGACCTCTCTGACATAGAGTTCCATTTTTTTCACCGGAGTGAGCATTACTTTATATCTATAGGTCATCATCTTGAATGTTTCGTCATTAACCATATTTGACGTTAT
AATCTTGCTGGTTCCATTGAGTTGAATTTCATAGTCTCATCCTGTAGAAGAAAAACATCTGGAAGCTAATCACTGCATCTTTGTTGTATCCAATCATTGCTGCCATGTTTATACCTTTTTTCCAGTTGTAATTCCTGTAAACATTTCTGGAGTTGGATCTACATGTCAAAGCGCCTTCATAATGAGGAATAGGAGAAATT
GACTCTATTAGAGGTTCTAATTTAATCTGTTTTGGAGGCTATATATTTTGTAAAGTGCTACTGTGCTTGAGCCATAGCATTGCCTTGATTGGCATATGACACTATCCTATCTCTTATCCATTTCAGACTAACTAATTTCTTAGTGAATGCTCGAGCATCTCTCTTATCCATTTTAGATTGACTAATTTCTTAGTGAATGC
TCCAGCATCTGATTTAACAGGTACACATTCTTATTTTTGAAGGTGGGTTGTGAAACAGAAATAGTGCGGGTAACTGCATTGTTGGGGATGGGGAATTCATCTTTTTTAGACCACAATGGGCCTGAGCATGGTAGCCCGTTGACTCACGGAGGATTACTTTCAAATGGAGGAGTGGACATGAATGGATGGGCTGCTCACCA
ATCAGAAAGGATGAACATGTTACAGGCATCCCCTCATGGTTGGCATGGAGCACCAGGTGGAGGTTCTAGTGGAATTATTGTAAAAAAGACCATCAGAGTTGAAGTTCCAGTTGACAAATATCCTAACTTTAACTTCGTTGGACGTCTCCTTGGTCCTAGAGGCAACTCCCTAAAAAGAGTTGAAGCTGCTACTGATTGTA
GAGTTCTAATCAGAGGACGGGGTTCAATTAAAGACCCTTCAAGGGTAATTTCGATGTCCCCGGAGGACATGATGAGGGAAAAGCCAGGGTATGAGCATCTTAATGAGCCTCTGCATATTCTTGTGGAGGCGGAGATGCCTGCAAATATTATAGATGCTCGCTTGATGCAAGCACGTGATATACTAGAAGAATTGCTGAAA
CCCGTAGATGAGTCGCAAGATTTTTTCAAGAAGCAGCAATTAAGAGAGCTGGCCATTCTGAATGGGACATTGAGAGAAGATGGTTCCTCCATGGCTGGTTCAGTATCTCCGTTCAACAGCAGTAACCTGGGAATGAAAAGGGCTAAAACCAGGGGGTAGATACCTGATGTATTGGCTTATGCCACACTCATTTTTTTGGA
CTTCCCGGTTGTCTGGAAGAATTCCATTATTTTGTTGTTAGATCCTATCCAAGTGGTCCGGTAGTATAGTTTAACGAGTATATTGATAGTCTGTCCAGATGTGTACCTCGATATAAAGATGTATGCTGCTGGTAGGTTATGAGGGGGTTTTAGGAACAGTGGTTTCTGAGGTGTGGGTTTTACCCTTTTTCCCGTACAAA
TCAAATGTGTAATATTTATTACTCTTGTATTATTATATCAAGAAGGCTGAGTGCAAGAAAATTTTTGTGATAAGCACTGGGGGAGTGGGATAGTTGACTGTACAAATTTGGGATCACAATTTTCTTGAGAAGCAGTTTCTGAACCTTACTATTGTATTTCATGCTGCATTCTCATGGCAGAAGTCCAGTATGCTTCTATG
ATGGGAAAGGATTCCAATAATGTACCGACCCATTCGACCAGTTACTCTATTTAGTTGATATGCATTTTAAATAAAATGTAAGGATAATTTATCCTAGTGTATAGATTGTATGTTTAGATTTAATATTTGATCACCTGGCATAATAATTTGGTAACTTTTGTTAGCATTGTTGTGGGTCCATCTGGTCCAGACATTCAAAG
AAGAGTTGCAATGTGTTGGTTGGCGGACTCTGAATTGTACAAGTAACTTTGTGCGTTTTATTTGTGTTCTTTCGGAATTTAAGGCAGTAGGCCGATCTCCCGTAATTTTTATGGTGTGGCTCTTTTACTAGGATGTACCTGTCATTGCTATTG


>TRINITY_DN113922_c1_g1_i15 from sample A2 / Example unspliced isoform:
ATTATGTACGAGACCGACCTCTCGAGCCGGTGGAAGGAGGGGAGTGGAGTTCCCCATATATTGGCACAGGCATTTTTAAGCCGTGCCCTGTAAAAACCCCTTTGTAATACAAGGAAGGGACCGAAAACCCTCCTCACCCACTATACATACATAAACAGAAAGTTTTCTCCATTCTCCTTCGGGCAGCCGGGGCTTCTAGC
TTTTCTGGAACTCGGAGGCTTCAGACCCTTACTTAGCAGCTCGGGTTTTGCCGGATTTAGCAGCTCTAGGGCCAAATCTAAAGGCGTTTCAGCGGAAGAAATGTCGGCCAGATATATGAACTTCTCGCCATCAGCGACACACTCCCCGCAGCTCCCTGGCATGCGCTCTGCAAGCATTGCCATAGCCGAGCATGACAAGT
ATCTTACTGAGCTTCTAGCTGAACGGCAAAAACTCAGTCCTTTTATGCAAGTCTTGCCACAGTGCTGTCGGCTGCTGAACCAGGGTAAGTTCTGGGCTAATTTATCAATGTCTGTATTATGAAAAACATACTGATGTCAATAACAGTATCAACATTTTTGCTACATTTCATTGCTTATTACATGAATTTTTTCTGTCCAT
GTTTCCCAATGTTACTAACAGTAAACATCTTTCCAATTTTTTTCCTTGTATTATGGACAATGTTTTCATGGTGTAATTTACTAACATCTATAAGCTTTTTGAACTGTTTTGTGAAGTTTATATCAGCCCATTGAAAGATTGAAAATAGCACGAGGAAGATTATGGCAATGTAGAAGGTGTCAATCGCAGCAAATAGTTAC
TAACTTTATAGCCATGATGTTGTGGACAGTTTGAGTATTACAGTTAGAGTTTCAATGAGGAAGTCAAGTTGTATTGTTTTATTTGGAGCTTTGGTAAAGTTTTGACATTCAGAATAATACGTGCCCAATTCCTGAGTGCATTGCTCTAATTATTAATATCTAATTTCTTAAAAAAATGCAACATCCTGGGGCTATATTCT
GGACCAAGGTGGTTGTAGGGTCCAACAGTGATAACTACTAGTGTCTCATTCCATTGGCAACAGTTTAAGAAATCATTAGTATCTTATTCCATGGATAACAGGTGCTGATGAATTAGTGTACACTGTAGGGCGTTAATTGTCAGGAAGACACATGATGTCCATTGTTCACTCTCCGTAAGAGACTGCTTGTAATTGCCTCT
TGCAGTCCTTCAAAGAGCAGACATCTATTATATTATTCTTTTCAGTTCAAAATCCATTATGCAATGGTTGCAACTGAGAGCTAATGGAAACTATTTACCATTGTGGAATCAAGTATTTGGTCACGCTAATAGAGAATTTTGATCTAAAAATAGTCATATATGTGTCAAATTTTCTAAATAAAACTATAGAAGTGAACAAT
ATCTTGGTTTAAATAGCCTAGGTACCAAAGAATGCCTTTTCTGAATTTGTATTCAGTGTGGCATGATAATAATTTTTGTCTATGATTGTGGAGATTGACTTCTCATAAGACCTTTTTCTGTTATTTGTGCCTATAGGTTCCAATTCCCTCACAAGATCTAGTCCTAACACAAGCAAAAAATGATGAAGCATTGTGAAATA
TTTCAACAGAAAACTATATTGCTTCTTGACTTCGGTATTGATCTACAACTGCCATGGTTTGAGGTCAAAATGTGGAGTGTTGATCTAAAACTACTATTAGTTGGTGAAGAAATGGCTTTGGTCTGGCTAAGTTTAGAATTAGAACATTTTAGCAGTTTTGTAAGCATAACCATAGTGGGATTAACAGTTGAGAGCAGGAT
TGAAACAGGTGAGATGATGTACAGAAGCATTCGAAAAGAAATACACTTCAATAAGATATGCTTATGAGGGGTAAAGTCATGCTCCAAATGATTGAGAAAACCTACAGATATTTTATAACTCTGGTAACAAAAATGTCCAGACTAAGTAAGACCCCTTGAAATTTGTAAAAAACTATTACTCCATGAACACATTACTAGAA
ATTATGCTTTTGAAGCATAGGTGTGAAAAGAATGCACACAGAGCCAGAAACCCAAATGATCGCTGTTATAAGAGCTCTTGTAACCATAGATACTGCGTGGGCACAATACATTGTATCTATGAGTTGGGCAATATACCCAGTTTTGGAAAACGAAGTTAAAGATATTGACTTTCTGACATGTTTCTGTTACAAGTGATTTA
GAGATTTAGCAGTGTACGAGTGATGGCTTGGATTTGCATTATCCAATAATCTTTTTTACAAGTTCATGTGATCTAGCTTTTGGAGTAAAGAATGTAGCACAGATGAAAAGTGTATTTTGTACTTGAAAGCATCATCTAATTGATATCCAGCACTATATGGAGATAACTCAAATAGTTGGAGATTGTTTGGGTTGCTTTGT
ATGTACAACCATATTGATGTTCTTTTGTTAACAGCAGTAAAGGAAAATCGGCAACCAAGTTATCAGACTTTGCAAATGGATGAAAGTTTTCTGTGTAGCTTACCGATTGAAGTATGGGAATGGCACATATAGCAACAAATTGTTCTTTCATATATGTGTTCAAATGAAAGCAAAGAGAAAGAAATATGCCTTTGGTGCAG
TTACATCAAATGGgtgagggaggtgaactgagcatcatttgtcagaaactatgaacctgtgaacacattaatagtattaatcagagtgtagtctgttatgtgaaaagtgtttctatgaaaatgtatgttagatgactgtcaattattttctgcagGTGCAACCACTTCTCCATCAAGATGTGATATTTGTCTAGGGGAAT
TTTGCCATATGATGTTTTAAAAGTCTTACACTTCAGCCATACACGGTGGAAGGCAATCAATGGAAAGCTAAGTGGTAGCATATTAAGACTTTTGTTTTAAGTTAGATGAAATTGATTCAGCCTATTGCACAATGGTTATTGGTGGACATTTCTACTCAGTCACGGTATTGAATCATGTAACCTGACTTATGTTCATAACA
CAGGGCGAGATGCTGTAGGTGGATTATCCTGGCTTTTATAGAACCTGAGCTGGTTATCACTTCGGTGTGTTTTTAAACTTCTACTACAATCCCTTGAGGCAGCTAGGCAATAAATGTATTAAATAGCTTCTGCAAGTGCAGATCATGAGATTGGGAATAAACTATTTGGTCATTGGGTAGTGGGCAAGTGCAAAGCCAAC
AAATATGCTTACAGTTCTGAGTTGAGAGAGGATCGATTTGTACTCAGGTTGGAATCTCTGGTAGAAAAAGAGATTTCTTTAAGGAAGTTAAGGCTGATGGGTTTTTGTTGCAGCTCAATATTTTTGAAACCTCAGAGGTATTTTAGAATCTTGAAAAAAGTCCCTATTTTGCACTGGTCAACAGTAGTTAACTAGCAGTT
GGTTAATTAGCTTTTTACTGCAACTTTTCATAGGATAGGAGCTGTACATTACTGAGGCCTCATCGAAAAGAATGTAATGGATAAAGCTCACGGTGACACAATAATGCAATGACATGGAATGCTGTTGTGCATGAATCTACCGTAATTTTATTTCAGAACTAATTCAAACAGTTATTGCATTTGTCTAATCATTTCTATTT
TTTCCCCAAAAATGTTTCATAAATGCAATTCAATGTGTTTTTGGCTGCTTTTGTTCATGGGTATACTTATGTTTACAAGGAATAGTATAATCTTGGAAATTCAGTATGTTTTAAGAGACATTGATGTGTTGAAGTCTATTCACTGTTGAATTATTTTGGTGTTTGTGTGGATGTTATGAATGATTCCTGGCACATGACTA
ACATGACAGAAGTACAATCCATAGAGTTATGAATTCAGCTCGTGTCTTCCAGCCCATGATATCAGTTTATGTGGTGGTAGATTGAAAAGTTTTTGACTCGGAATTTTGATAAAAGATTGTAGAATGTTTCGCATAATTGACTCGAATTTGGAACAATTATGCTGAATCATAAAGTATGCTTGAAGTTGTGTTATATATAT
GCATGCGTGTGTGTAATGCACAGCTATTTTGCACTGTCCATAAAGAGTCTAAACATATTACCCTGGAGATTAAATGTTACAAATTTCATTTTATAGCCTCAGCTAGCAAAGTTCTCACTCTGCAAATTCTGAGGTTGTTTGTTAACCGACCAGAGTTTTTGTTATTGGGGATATTATTTCTGGAAATTTGCTTATTTTGA
TAAGTTGGGAGTTTTTCTTTTGTATCAATCTGTTTTATTTGCTTAAAGTTTCTATGAGAGATAAAATATGGCATGAGCATTTCTTTGTTTTATTTGTGTGCCATGGGAATCAGTCTTTGCAACAATACCCATCTTTCTCGGCAGGTGAGATTCTCCTACAGAATTATTAAAACTGGATTGTTGAAAAAACTGAAGTAACA
GTTCAAAGGAGTGGAGTTATTTGAGAAATGGAATCCCACAAGCAGGTAAACTAGCGGAAGTAGTAGCTATTGGTTGGGAATCAATGTTAGATGAACATGTCTTAATTGCATGCAATGCATAGATTCTTACTGATTTAATGGAATTGAAGTTCAACAGCTGATGTGTTAATGGCATGCATTGCATGGGTCGTCGCAAATTT
TAACAAACTTGAGAATTGGTTAAGTTTTTTAAAGATGTCAGTATGTCTTGGTGGTACAATCCAAGTCGGCTGTTTCTGTGGATCCAGAGGAAAATATGCATCTGGTTGATTTTTTGTGGTTCACATGTCTAATATGCTTTGGAGGCTTCAATAGAGAGAGTGCGAAGACTAAAGTAACATTGCAAAGGAAGGGCAAAGGA
AGCTTTTAGCAATGAAAGCTTGCAAGCCAGCTTAAGTAGTAGCTATGGATTGTGAATCAACAGCAGATGTGTTACTGGCATGCTTTCTGACCGATGTAATGAATTTGAAACTTGGATAAGTACTGTAAAGACATGCGAAGACAGAGACTGGTGGTGAGAACAATAGTGTAAAGACTAAAGTTAGGTAGGACATAGGATTC
TAATTCACAGCAAGTTATATTTTCTTTAAATTCTTAGAAATGTCTTTGGCCTTGTGGTTTGTATGTCTAACTGATATGCTTTGTAGCCTGATGGAGGGCTGTTTGCACATTTGTAAGATTAGAATTGTGTGTATGCTGCAAGTTGCTTCTTACTGCAGTCTGAAATTGAATACCTGGGTGTTCATTTTCATCAACATATT
TTATGCCATGGCCAGGTGCACAGGTGTCATGTAAGCTGACCTCTCTGACATAGAGTTCCATTTTTTTCACCGGAGTGAGCATTACTTTATATCTATAGGTCATCATCTTGAATGTTTCGTCATTAACCATATTTGACGTTATAATCTTGCTGGTTCCATTGAGTTGAATTTCATAGTCTCATCCTGTAGAAGAAAAACAT
CTGGAAGCTAATCACTGCATCTTTGTTGTATCCAATCATTGCTGCCATGTTTATACCTTTTTTCCAGTTGTAATTCCTGTAAACATTTCTGGAGTTGGATCTACATGTCAAAGCGCCTTCATAATGAGGAATAGGAGAAATTGACTCTATTAGAGGTTCTAATTTAATCTGTTTTGGAGGCTATATATTTTGTAAAGTGC
TACTGTGCTTGAGCCATAGCATTGCCTTGATTGGCATATGACACTATCCTATCTCTTATCCATTTCAGACTAACTAATTTCTTAGTGAATGCTCGAGCATCTCTCTTATCCATTTTAGATTGACTAATTTCTTAGTGAATGCTCCAGCATCTGATTTAACAGGTACACATTCTTATTTTTGAAGGTGGGTTGTGAAACAG
AAATAGTGCGGGTAACTGCATTGTTGGGGATGGGGAATTCATCTTTTTTAGACCACAATGGGCCTGAGCATGGTAGCCCGTTGACTCACGGAGGATTACTTTCAAATGGAGGAGTGGACATGAATGGATGGGCTGCTCACCAATCAGAAAGGATGAACATGTTACAGGCATCCCCTCATGGTTGGCATGGAGCACCAGGT
GGAGGTTCTAGTGGAATTATTGTAAAAAAGACCATCAGAGTTGAAGTTCCAGTTGACAAATATCCTAACTTTAACTTCGTTGGACGTCTCCTTGGTCCTAGAGGCAACTCCCTAAAAAGAGTTGAAGCTGCTACTGATTGTAGAGTTCTAATCAGAGGACGGGGTTCAATTAAAGACCCTTCAAGGGTAATTTCGATGTC
CCCGGAGGACATGATGAGGGAAAAGCCAGGGTATGAGCATCTTAATGAGCCTCTGCATATTCTTGTGGAGGCGGAGATGCCTGCAAATATTATAGATGCTCGCTTGATGCAAGCACGTGATATACTAGAAGAATTGCTGAAACCCGTAGATGAGTCGCAAGATTTTTTCAAGAAGCAGCAATTAAGAGAGCTGGCCATTC
TGAATGGGACATTGAGAGAAGATGGTTCCTCCATGGCTGGTTCAGTATCTCCGTTCAACAGCAGTAACCTGGGAATGAAAAGGGCTAAAACCAGGGGGTAGATACCTGATGTATTGGCTTATGCCACACTCATTTTTTTGGACTTCCCGGTTGTCTGGAAGAATTCCATTATTTTGTTGTTAGATCCTATCCAAGTGGTC
CGGTAGTATAGTTTAACGAGTATATTGATAGTCTGTCCAGATGTGTACCTCGATATAAAGATGTATGCTGCTGGTAGGTTATGAGGGGGTTTTAGGAACAGTGGTTTCTGAGGTGTGGGTTTTACCCTTTTTCCCGTACAAATCAAATGTGTAATATTTATTACTCTTGTATTATTATATCAAGAAGGCTGAGTGCAAGA
AAATTTTTGTGATAAGCACTGGGGGAGTGGGATAGTTGACTGTACAAATTTGGGATCACAATTTTCTTGAGAAGCAGTTTCTGAACCTTACTATTGTATTTCATGCTGCATTCTCATGGCAGAAGTCCAGTATGCTTCTATGATGGGAAAGGATTCCAATAATGTACCGACCCATTCGACCAGTTACTCTATTTAGTTGA
TATGCATTTTAAATAAAATGTAAGGATAATTTATCCTAGTGTATAGATTGTATGTTTAGATTTAATATTTGATCACCTGGCATAATAATTTGGTAACTTTTGTTAGCATTGTTGTGGGTCCATCTGGTCCAGACATTCAAAGAAGAGTTGCAATGTGTTGGTTGGCGGACTCTGAATTGTACAAGTAACTTTGTGCGTTT
TATTTGTGTTCTTTCGGAATTTAAGGCAGTAGGCCGATCTCCCGTAATTTTTATGGTGTGGCTCTTTTACTAGGATGTACCTGTCATTGCTATTG



Intron 6 GTAAGTTCTG ... ATTTTTGAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN113922_c1_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform
ATTATGTACGAGACCGACCTCTCGAGCCGGTGGAAGGAGGGGAGTGGAGTTCCCCATATATTGGCACAGGCATTTTTAAGCCGTGCCCTGTAAAAACCCCTTTGTAATACAAGGAAGGGACCGAAAACCCTCCTCACCCACTATACATACATAAACAGAAAGTTTTCTCCATTCTCCTTCGGGCAGCCGGGGCTTCTAGC
TTTTCTGGAACTCGGAGGCTTCAGACCCTTACTTAGCAGCTCGGGTTTTGCCGGATTTAGCAGCTCTAGGGCCAAATCTAAAGGCGTTTCAGCGGAAGAAATGTCGGCCAGATATATGAACTTCTCGCCATCAGCGACACACTCCCCGCAGCTCCCTGGCATGCGCTCTGCAAGCATTGCCATAGCCGAGCATGACAAGT
ATCTTACTGAGCTTCTAGCTGAACGGCAAAAACTCAGTCCTTTTATGCAAGTCTTGCCACAGTGCTGTCGGCTGCTGAACCAGGGTGGGTTGTGAAACAGAAATAGTGCGGGTAACTGCATTGTTGGGGATGGGGAATTCATCTTTTTTAGACCACAATGGGCCTGAGCATGGTAGCCCGTTGACTCACGGAGGATTACT
TTCAAATGGAGGAGTGGACATGAATGGATGGGCTGCTCACCAATCAGAAAGGATGAACATGTTACAGGCATCCCCTCATGGTTGGCATGGAGCACCAGGTGGAGGTTCTAGTGGAATTATTGTAAAAAAGACCATCAGAGTTGAAGTTCCAGTTGACAAATATCCTAACTTTAACTTCGTTGGACGTCTCCTTGGTCCTA
GAGGCAACTCCCTAAAAAGAGTTGAAGCTGCTACTGATTGTAGAGTTCTAATCAGAGGACGGGGTTCAATTAAAGACCCTTCAAGGG


>TRINITY_DN113922_c1_g1_i15 from sample A2 / Example unspliced isoform:
ATTATGTACGAGACCGACCTCTCGAGCCGGTGGAAGGAGGGGAGTGGAGTTCCCCATATATTGGCACAGGCATTTTTAAGCCGTGCCCTGTAAAAACCCCTTTGTAATACAAGGAAGGGACCGAAAACCCTCCTCACCCACTATACATACATAAACAGAAAGTTTTCTCCATTCTCCTTCGGGCAGCCGGGGCTTCTAGC
TTTTCTGGAACTCGGAGGCTTCAGACCCTTACTTAGCAGCTCGGGTTTTGCCGGATTTAGCAGCTCTAGGGCCAAATCTAAAGGCGTTTCAGCGGAAGAAATGTCGGCCAGATATATGAACTTCTCGCCATCAGCGACACACTCCCCGCAGCTCCCTGGCATGCGCTCTGCAAGCATTGCCATAGCCGAGCATGACAAGT
ATCTTACTGAGCTTCTAGCTGAACGGCAAAAACTCAGTCCTTTTATGCAAGTCTTGCCACAGTGCTGTCGGCTGCTGAACCAGGgtaagttctgggctaatttatcaatgtctgtattatgaaaaacatactgatgtcaataacagtatcaacatttttgctacatttcattgcttattacatgaattttttctgtccat
gtttcccaatgttactaacagtaaacatctttccaatttttttccttgtattatggacaatgttttcatggtgtaatttactaacatctataagctttttgaactgttttgtgaagtttatatcagcccattgaaagattgaaaatagcacgaggaagattatggcaatgtagaaggtgtcaatcgcagcaaatagttac
taactttatagccatgatgttgtggacagtttgagtattacagttagagtttcaatgaggaagtcaagttgtattgttttatttggagctttggtaaagttttgacattcagaataatacgtgcccaattcctgagtgcattgctctaattattaatatctaatttcttaaaaaaatgcaacatcctggggctatattct
ggaccaaggtggttgtagggtccaacagtgataactactagtgtctcattccattggcaacagtttaagaaatcattagtatcttattccatggataacaggtgctgatgaattagtgtacactgtagggcgttaattgtcaggaagacacatgatgtccattgttcactctccgtaagagactgcttgtaattgcctct
tgcagtccttcaaagagcagacatctattatattattcttttcagttcaaaatccattatgcaatggttgcaactgagagctaatggaaactatttaccattgtggaatcaagtatttggtcacgctaatagagaattttgatctaaaaatagtcatatatgtgtcaaattttctaaataaaactatagaagtgaacaat
atcttggtttaaatagcctaggtaccaaagaatgccttttctgaatttgtattcagtgtggcatgataataatttttgtctatgattgtggagattgacttctcataagacctttttctgttatttgtgcctataggttccaattccctcacaagatctagtcctaacacaagcaaaaaatgatgaagcattgtgaaata
tttcaacagaaaactatattgcttcttgacttcggtattgatctacaactgccatggtttgaggtcaaaatgtggagtgttgatctaaaactactattagttggtgaagaaatggctttggtctggctaagtttagaattagaacattttagcagttttgtaagcataaccatagtgggattaacagttgagagcaggat
tgaaacaggtgagatgatgtacagaagcattcgaaaagaaatacacttcaataagatatgcttatgaggggtaaagtcatgctccaaatgattgagaaaacctacagatattttataactctggtaacaaaaatgtccagactaagtaagaccccttgaaatttgtaaaaaactattactccatgaacacattactagaa
attatgcttttgaagcataggtgtgaaaagaatgcacacagagccagaaacccaaatgatcgctgttataagagctcttgtaaccatagatactgcgtgggcacaatacattgtatctatgagttgggcaatatacccagttttggaaaacgaagttaaagatattgactttctgacatgtttctgttacaagtgattta
gagatttagcagtgtacgagtgatggcttggatttgcattatccaataatcttttttacaagttcatgtgatctagcttttggagtaaagaatgtagcacagatgaaaagtgtattttgtacttgaaagcatcatctaattgatatccagcactatatggagataactcaaatagttggagattgtttgggttgctttgt
atgtacaaccatattgatgttcttttgttaacagcagtaaaggaaaatcggcaaccaagttatcagactttgcaaatggatgaaagttttctgtgtagcttaccgattgaagtatgggaatggcacatatagcaacaaattgttctttcatatatgtgttcaaatgaaagcaaagagaaagaaatatgcctttggtgcag
ttacatcaaatgggtgagggaggtgaactgagcatcatttgtcagaaactatgaacctgtgaacacattaatagtattaatcagagtgtagtctgttatgtgaaaagtgtttctatgaaaatgtatgttagatgactgtcaattattttctgcaggtgcaaccacttctccatcaagatgtgatatttgtctaggggaat
tttgccatatgatgttttaaaagtcttacacttcagccatacacggtggaaggcaatcaatggaaagctaagtggtagcatattaagacttttgttttaagttagatgaaattgattcagcctattgcacaatggttattggtggacatttctactcagtcacggtattgaatcatgtaacctgacttatgttcataaca
cagggcgagatgctgtaggtggattatcctggcttttatagaacctgagctggttatcacttcggtgtgtttttaaacttctactacaatcccttgaggcagctaggcaataaatgtattaaatagcttctgcaagtgcagatcatgagattgggaataaactatttggtcattgggtagtgggcaagtgcaaagccaac
aaatatgcttacagttctgagttgagagaggatcgatttgtactcaggttggaatctctggtagaaaaagagatttctttaaggaagttaaggctgatgggtttttgttgcagctcaatatttttgaaacctcagaggtattttagaatcttgaaaaaagtccctattttgcactggtcaacagtagttaactagcagtt
ggttaattagctttttactgcaacttttcataggataggagctgtacattactgaggcctcatcgaaaagaatgtaatggataaagctcacggtgacacaataatgcaatgacatggaatgctgttgtgcatgaatctaccgtaattttatttcagaactaattcaaacagttattgcatttgtctaatcatttctattt
tttccccaaaaatgtttcataaatgcaattcaatgtgtttttggctgcttttgttcatgggtatacttatgtttacaaggaatagtataatcttggaaattcagtatgttttaagagacattgatgtgttgaagtctattcactgttgaattattttggtgtttgtgtggatgttatgaatgattcctggcacatgacta
acatgacagaagtacaatccatagagttatgaattcagctcgtgtcttccagcccatgatatcagtttatgtggtggtagattgaaaagtttttgactcggaattttgataaaagattgtagaatgtttcgcataattgactcgaatttggaacaattatgctgaatcataaagtatgcttgaagttgtgttatatatat
gcatgcgtgtgtgtaatgcacagctattttgcactgtccataaagagtctaaacatattaccctggagattaaatgttacaaatttcattttatagcctcagctagcaaagttctcactctgcaaattctgaggttgtttgttaaccgaccagagtttttgttattggggatattatttctggaaatttgcttattttga
taagttgggagtttttcttttgtatcaatctgttttatttgcttaaagtttctatgagagataaaatatggcatgagcatttctttgttttatttgtgtgccatgggaatcagtctttgcaacaatacccatctttctcggcaggtgagattctcctacagaattattaaaactggattgttgaaaaaactgaagtaaca
gttcaaaggagtggagttatttgagaaatggaatcccacaagcaggtaaactagcggaagtagtagctattggttgggaatcaatgttagatgaacatgtcttaattgcatgcaatgcatagattcttactgatttaatggaattgaagttcaacagctgatgtgttaatggcatgcattgcatgggtcgtcgcaaattt
taacaaacttgagaattggttaagttttttaaagatgtcagtatgtcttggtggtacaatccaagtcggctgtttctgtggatccagaggaaaatatgcatctggttgattttttgtggttcacatgtctaatatgctttggaggcttcaatagagagagtgcgaagactaaagtaacattgcaaaggaagggcaaagga
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AAATAGTGCGGGTAACTGCATTGTTGGGGATGGGGAATTCATCTTTTTTAGACCACAATGGGCCTGAGCATGGTAGCCCGTTGACTCACGGAGGATTACTTTCAAATGGAGGAGTGGACATGAATGGATGGGCTGCTCACCAATCAGAAAGGATGAACATGTTACAGGCATCCCCTCATGGTTGGCATGGAGCACCAGGT
GGAGGTTCTAGTGGAATTATTGTAAAAAAGACCATCAGAGTTGAAGTTCCAGTTGACAAATATCCTAACTTTAACTTCGTTGGACGTCTCCTTGGTCCTAGAGGCAACTCCCTAAAAAGAGTTGAAGCTGCTACTGATTGTAGAGTTCTAATCAGAGGACGGGGTTCAATTAAAGACCCTTCAAGGGTAATTTCGATGTC
CCCGGAGGACATGATGAGGGAAAAGCCAGGGTATGAGCATCTTAATGAGCCTCTGCATATTCTTGTGGAGGCGGAGATGCCTGCAAATATTATAGATGCTCGCTTGATGCAAGCACGTGATATACTAGAAGAATTGCTGAAACCCGTAGATGAGTCGCAAGATTTTTTCAAGAAGCAGCAATTAAGAGAGCTGGCCATTC
TGAATGGGACATTGAGAGAAGATGGTTCCTCCATGGCTGGTTCAGTATCTCCGTTCAACAGCAGTAACCTGGGAATGAAAAGGGCTAAAACCAGGGGGTAGATACCTGATGTATTGGCTTATGCCACACTCATTTTTTTGGACTTCCCGGTTGTCTGGAAGAATTCCATTATTTTGTTGTTAGATCCTATCCAAGTGGTC
CGGTAGTATAGTTTAACGAGTATATTGATAGTCTGTCCAGATGTGTACCTCGATATAAAGATGTATGCTGCTGGTAGGTTATGAGGGGGTTTTAGGAACAGTGGTTTCTGAGGTGTGGGTTTTACCCTTTTTCCCGTACAAATCAAATGTGTAATATTTATTACTCTTGTATTATTATATCAAGAAGGCTGAGTGCAAGA
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TATTTGTGTTCTTTCGGAATTTAAGGCAGTAGGCCGATCTCCCGTAATTTTTATGGTGTGGCTCTTTTACTAGGATGTACCTGTCATTGCTATTG



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>TRINITY_DN113922_c1_g1_i9 from sample A2 / Example spliced isoform
ATTATGTACGAGACCGACCTCTCGAGCCGGTGGAAGGAGGGGAGTGGAGTTCCCCATATATTGGCACAGGCATTTTTAAGCCGTGCCCTGTAAAAACCCCTTTGTAATACAAGGAAGGGACCGAAAACCCTCCTCACCCACTATACATACATAAACAGAAAGTTTTCTCCATTCTCCTTCGGGCAGCCGGGGCTTCTAGC
TTTTCTGGAACTCGGAGGCTTCAGACCCTTACTTAGCAGCTCGGGTTTTGCCGGATTTAGCAGCTCTAGGGCCAAATCTAAAGGCGTTTCAGCGGAAGAAATGTCGGCCAGATATATGAACTTCTCGCCATCAGCGACACACTCCCCGCAGCTCCCTGGCATGCGCTCTGCAAGCATTGCCATAGCCGAGCATGACAAGT
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TGTTTTAAGTTAGATGAAATTGATTCAGCCTATTGCACAATGGTTATTGGTGGACATTTCTACTCAGTCACGGTATTGAATCATGTAACCTGACTTATGTTCATAACACAGGGCGAGATGCTGTAGGTGGATTATCCTGGCTTTTATAGAACCTGAGCTGGTTATCACTTCGGTGTGTTTTTAAACTTCTACTACAATCC
CTTGAGGCAGCTAGGCAATAAATGTATTAAATAGCTTCTGCAAGTGCAGATCATGAGATTGGGAATAAACTATTTGGTCATTGGGTAGTGGGCAAGTGCAAAGCCAACAAATATGCTTACAGTTCTGAGTTGAGAGAGGATCGATTTGTACTCAGGTTGGAATCTCTGGTAGAAAAAGAGATTTCTTTAAGGAAGTTAAG
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AACATGTTACAGGCATCCCCTCATGGTTGGCATGGAGCACCAGGTGGAGGTTCTAGTGGAATTATTGTAAAAAAGACCATCAGAGTTGAAGTTCCAGTTGACAAATATCCTAACTTTAACTTCGTTGGACGTCTCCTTGGTCCTAGAGGCAACTCCCTAAAAAGAGTTGAAGCTGCTACTGATTGTAGAGTTCTAATCAG
AGGACGGGGTTCAATTAAAGACCCTTCAAGGG


>TRINITY_DN113922_c1_g1_i15 from sample A2 / Example unspliced isoform:
ATTATGTACGAGACCGACCTCTCGAGCCGGTGGAAGGAGGGGAGTGGAGTTCCCCATATATTGGCACAGGCATTTTTAAGCCGTGCCCTGTAAAAACCCCTTTGTAATACAAGGAAGGGACCGAAAACCCTCCTCACCCACTATACATACATAAACAGAAAGTTTTCTCCATTCTCCTTCGGGCAGCCGGGGCTTCTAGC
TTTTCTGGAACTCGGAGGCTTCAGACCCTTACTTAGCAGCTCGGGTTTTGCCGGATTTAGCAGCTCTAGGGCCAAATCTAAAGGCGTTTCAGCGGAAGAAATGTCGGCCAGATATATGAACTTCTCGCCATCAGCGACACACTCCCCGCAGCTCCCTGGCATGCGCTCTGCAAGCATTGCCATAGCCGAGCATGACAAGT
ATCTTACTGAGCTTCTAGCTGAACGGCAAAAACTCAGTCCTTTTATGCAAGTCTTGCCACAGTGCTGTCGGCTGCTGAACCAGGgtaagttctgggctaatttatcaatgtctgtattatgaaaaacatactgatgtcaataacagtatcaacatttttgctacatttcattgcttattacatgaattttttctgtccat
gtttcccaatgttactaacagtaaacatctttccaatttttttccttgtattatggacaatgttttcatggtgtaatttactaacatctataagctttttgaactgttttgtgaagtttatatcagcccattgaaagattgaaaatagcacgaggaagattatggcaatgtagaaggtgtcaatcgcagcaaatagttac
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gagatttagcagtgtacgagtgatggcttggatttgcattatccaataatcttttttacaagttcatgtgatctagcttttggagtaaagaatgtagcacagatgaaaagtgtattttgtacttgaaagcatcatctaattgatatccagcactatatggagataactcaaatagttggagattgtttgggttgctttgt
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TTACATCAAATGGGTGAGGGAGGTGAACTGAGCATCATTTGTCAGAAACTATGAACCTGTGAACACATTAATAGTATTAATCAGAGTGTAGTCTGTTATGTGAAAAGTGTTTCTATGAAAATGTATGTTAGATGACTGTCAATTATTTTCTGCAGGTGCAACCACTTCTCCATCAAGATGTGATATTTGTCTAGGGGAAT
TTTGCCATATGATGTTTTAAAAGTCTTACACTTCAGCCATACACGGTGGAAGGCAATCAATGGAAAGCTAAGTGGTAGCATATTAAGACTTTTGTTTTAAGTTAGATGAAATTGATTCAGCCTATTGCACAATGGTTATTGGTGGACATTTCTACTCAGTCACGGTATTGAATCATGTAACCTGACTTATGTTCATAACA
CAGGGCGAGATGCTGTAGGTGGATTATCCTGGCTTTTATAGAACCTGAGCTGGTTATCACTTCGGTGTGTTTTTAAACTTCTACTACAATCCCTTGAGGCAGCTAGGCAATAAATGTATTAAATAGCTTCTGCAAGTGCAGATCATGAGATTGGGAATAAACTATTTGGTCATTGGGTAGTGGGCAAGTGCAAAGCCAAC
AAATATGCTTACAGTTCTGAGTTGAGAGAGGATCGATTTGTACTCAGGTTGGAATCTCTGGTAGAAAAAGAGATTTCTTTAAGGAAGTTAAGGCTGATGGGTTTTTGTTGCAGCTCAATATTTTTGAAACCTCAGAGGTATTTTAGAATCTTGAAAAAAGTCCCTATTTTGCACTGGTCAACAGTAGTTAACTAGCAGTT
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TTTCCCCAAAAATGTTTCATAAATGCAATTCAATGTGTTTTTGGCTGCTTTTGTTCATGGGTATACTTATGTTTACAAGGAATAGTATAATCTTGGAAATTCAGTATGTTTTAAGAGACATTGATGTGTTGAAGTCTATTCACTGTTGAATTATTTTGGTGTTTGTGTGGATGTTATGAATGATTCCTGGCACATGACTA
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TAAGTTGGGAGTTTTTCTTTTGTATCAATCTGTTTTATTTGCTTAAAGTTTCTATGAGAGATAAAATATGGCATGAGCATTTCTTTGTTTTATTTGTGTGCCATGGGAATCAGTCTTTGCAACAATACCCATCTTTCTCGGCAGGTGAGATTCTCCTACAGAATTATTAAAACTGGATTGTTGAAAAAACTGAAGTAACA
GTTCAAAGGAGTGGAGTTATTTGAGAAATGGAATCCCACAAGCAGGTAAACTAGCGGAAGTAGTAGCTATTGGTTGGGAATCAATGTTAGATGAACATGTCTTAATTGCATGCAATGCATAGATTCTTACTGATTTAATGGAATTGAAGTTCAACAGCTGATGTGTTAATGGCATGCATTGCATGGGTCGTCGCAAATTT
TAACAAACTTGAGAATTGGTTAAGTTTTTTAAAGATGTCAGTATGTCTTGGTGGTACAATCCAAGTCGGCTGTTTCTGTGGATCCAGAGGAAAATATGCATCTGGTTGATTTTTTGTGGTTCACATGTCTAATATGCTTTGGAGGCTTCAATAGAGAGAGTGCGAAGACTAAAGTAACATTGCAAAGGAAGGGCAAAGGA
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TAATTCACAGCAAGTTATATTTTCTTTAAATTCTTAGAAATGTCTTTGGCCTTGTGGTTTGTATGTCTAACTGATATGCTTTGTAGCCTGATGGAGGGCTGTTTGCACATTTGTAAGATTAGAATTGTGTGTATGCTGCAAGTTGCTTCTTACTGCAGTCTGAAATTGAATACCTGGGTGTTCATTTTCATCAACATATT
TTATGCCATGGCCAGGTGCACAGGTGTCATGTAAGCTGACCTCTCTGACATAGAGTTCCATTTTTTTCACCGGAGTGAGCATTACTTTATATCTATAGGTCATCATCTTGAATGTTTCGTCATTAACCATATTTGACGTTATAATCTTGCTGGTTCCATTGAGTTGAATTTCATAGTCTCATCCTGTAGAAGAAAAACAT
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TACTGTGCTTGAGCCATAGCATTGCCTTGATTGGCATATGACACTATCCTATCTCTTATCCATTTCAGACTAACTAATTTCTTAGTGAATGCTCGAGCATCTCTCTTATCCATTTTAGATTGACTAATTTCTTAGTGAATGCTCCAGCATCTGATTTAACAGGTACACATTCTTATTTTTGAAGGTGGGTTGTGAAACAG
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GGAGGTTCTAGTGGAATTATTGTAAAAAAGACCATCAGAGTTGAAGTTCCAGTTGACAAATATCCTAACTTTAACTTCGTTGGACGTCTCCTTGGTCCTAGAGGCAACTCCCTAAAAAGAGTTGAAGCTGCTACTGATTGTAGAGTTCTAATCAGAGGACGGGGTTCAATTAAAGACCCTTCAAGGGTAATTTCGATGTC
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TGAATGGGACATTGAGAGAAGATGGTTCCTCCATGGCTGGTTCAGTATCTCCGTTCAACAGCAGTAACCTGGGAATGAAAAGGGCTAAAACCAGGGGGTAGATACCTGATGTATTGGCTTATGCCACACTCATTTTTTTGGACTTCCCGGTTGTCTGGAAGAATTCCATTATTTTGTTGTTAGATCCTATCCAAGTGGTC
CGGTAGTATAGTTTAACGAGTATATTGATAGTCTGTCCAGATGTGTACCTCGATATAAAGATGTATGCTGCTGGTAGGTTATGAGGGGGTTTTAGGAACAGTGGTTTCTGAGGTGTGGGTTTTACCCTTTTTCCCGTACAAATCAAATGTGTAATATTTATTACTCTTGTATTATTATATCAAGAAGGCTGAGTGCAAGA
AAATTTTTGTGATAAGCACTGGGGGAGTGGGATAGTTGACTGTACAAATTTGGGATCACAATTTTCTTGAGAAGCAGTTTCTGAACCTTACTATTGTATTTCATGCTGCATTCTCATGGCAGAAGTCCAGTATGCTTCTATGATGGGAAAGGATTCCAATAATGTACCGACCCATTCGACCAGTTACTCTATTTAGTTGA
TATGCATTTTAAATAAAATGTAAGGATAATTTATCCTAGTGTATAGATTGTATGTTTAGATTTAATATTTGATCACCTGGCATAATAATTTGGTAACTTTTGTTAGCATTGTTGTGGGTCCATCTGGTCCAGACATTCAAAGAAGAGTTGCAATGTGTTGGTTGGCGGACTCTGAATTGTACAAGTAACTTTGTGCGTTT
TATTTGTGTTCTTTCGGAATTTAAGGCAGTAGGCCGATCTCCCGTAATTTTTATGGTGTGGCTCTTTTACTAGGATGTACCTGTCATTGCTATTG



Intron 8 GTATTTTAGA ... TGTGAAACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A159.09182616
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A1065.466712741



>TRINITY_DN113922_c1_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform
ATTATGTACGAGACCGACCTCTCGAGCCGGTGGAAGGAGGGGAGTGGAGTTCCCCATATATTGGCACAGGCATTTTTAAGCCGTGCCCTGTAAAAACCCCTTTGTAATACAAGGAAGGGACCGAAAACCCTCCTCACCCACTATACATACATAAACAGAAAGTTTTCTCCATTCTCCTTCGGGCAGCCGGGGCTTCTAGC
TTTTCTGGAACTCGGAGGCTTCAGACCCTTACTTAGCAGCTCGGGTTTTGCCGGATTTAGCAGCTCTAGGGCCAAATCTAAAGGCGTTTCAGCGGAAGAAATGTCGGCCAGATATATGAACTTCTCGCCATCAGCGACACACTCCCCGCAGCTCCCTGGCATGCGCTCTGCAAGCATTGCCATAGCCGAGCATGACAAGT
ATCTTACTGAGCTTCTAGCTGAACGGCAAAAACTCAGTCCTTTTATGCAAGTCTTGCCACAGTGCTGTCGGCTGCTGAACCAGGGTGCAACCACTTCTCCATCAAGATGTGATATTTGTCTAGGGGAATTTTGCCATATGATGTTTTAAAAGTCTTACACTTCAGCCATACACGGTGGAAGGCAATCAATGGAAAGCTAA
GTGGTAGCATATTAAGACTTTTGTTTTAAGTTAGATGAAATTGATTCAGCCTATTGCACAATGGTTATTGGTGGACATTTCTACTCAGTCACGGTATTGAATCATGTAACCTGACTTATGTTCATAACACAGGGCGAGATGCTGTAGGTGGATTATCCTGGCTTTTATAGAACCTGAGCTGGTTATCACTTCGGTGTGTT
TTTAAACTTCTACTACAATCCCTTGAGGCAGCTAGGCAATAAATGTATTAAATAGCTTCTGCAAGTGCAGATCATGAGATTGGGAATAAACTATTTGGTCATTGGGTAGTGGGCAAGTGCAAAGCCAACAAATATGCTTACAGTTCTGAGTTGAGAGAGGATCGATTTGTACTCAGGTTGGAATCTCTGGTAGAAAAAGA
GATTTCTTTAAGGAAGTTAAGGCTGATGGGTTTTTGTTGCAGCTCAATATTTTTGAAACCTCAGAGAAATAGTGCGGGTAACTGCATTGTTGGGGATGGGGAATTCATCTTTTTTAGACCACAATGGGCCTGAGCATGGTAGCCCGTTGACTCACGGAGGATTACTTTCAAATGGAGGAGTGGACATGAATGGATGGGCT
GCTCACCAATCAGAAAGGATGAACATGTTACAGGCATCCCCTCATGGTTGGCATGGAGCACCAGGTGGAGGTTCTAGTGGAATTATTGTAAAAAAGACCATCAGAGTTGAAGTTCCAGTTGACAAATATCCTAACTTTAACTTCGTTGGACGTCTCCTTGGTCCTAGAGGCAACTCCCTAAAAAGAGTTGAAGCTGCTAC
TGATTGTAGAGTTCTAATCAGAGGACGGGGTTCAATTAAAGACCCTTCAAGGG


>TRINITY_DN113922_c1_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:
ATTATGTACGAGACCGACCTCTCGAGCCGGTGGAAGGAGGGGAGTGGAGTTCCCCATATATTGGCACAGGCATTTTTAAGCCGTGCCCTGTAAAAACCCCTTTGTAATACAAGGAAGGGACCGAAAACCCTCCTCACCCACTATACATACATAAACAGAAAGTTTTCTCCATTCTCCTTCGGGCAGCCGGGGCTTCTAGC
TTTTCTGGAACTCGGAGGCTTCAGACCCTTACTTAGCAGCTCGGGTTTTGCCGGATTTAGCAGCTCTAGGGCCAAATCTAAAGGCGTTTCAGCGGAAGAAATGTCGGCCAGATATATGAACTTCTCGCCATCAGCGACACACTCCCCGCAGCTCCCTGGCATGCGCTCTGCAAGCATTGCCATAGCCGAGCATGACAAGT
ATCTTACTGAGCTTCTAGCTGAACGGCAAAAACTCAGTCCTTTTATGCAAGTCTTGCCACAGTGCTGTCGGCTGCTGAACCAGGGTAAGTTCTGGGCTAATTTATCAATGTCTGTATTATGAAAAACATACTGATGTCAATAACAGTATCAACATTTTTGCTACATTTCATTGCTTATTACATGAATTTTTTCTGTCCAT
GTTTCCCAATGTTACTAACAGTAAACATCTTTCCAATTTTTTTCCTTGTATTATGGACAATGTTTTCATGGTGTAATTTACTAACATCTATAAGCTTTTTGAACTGTTTTGTGAAGTTTATATCAGCCCATTGAAAGATTGAAAATAGCACGAGGAAGATTATGGCAATGTAGAAGGTGTCAATCGCAGCAAATAGTTAC
TAACTTTATAGCCATGATGTTGTGGACAGTTTGAGTATTACAGTTAGAGTTTCAATGAGGAAGTCAAGTTGTATTGTTTTATTTGGAGCTTTGGTAAAGTTTTGACATTCAGAATAATACGTGCCCAATTCCTGAGTGCATTGCTCTAATTATTAATATCTAATTTCTTAAAAAAATGCAACATCCTGGGGCTATATTCT
GGACCAAGGTGGTTGTAGGGTCCAACAGTGATAACTACTAGTGTCTCATTCCATTGGCAACAGTTTAAGAAATCATTAGTATCTTATTCCATGGATAACAGGTGCTGATGAATTAGTGTACACTGTAGGGCGTTAATTGTCAGGAAGACACATGATGTCCATTGTTCACTCTCCGTAAGAGACTGCTTGTAATTGCCTCT
TGCAGTCCTTCAAAGAGCAGACATCTATTATATTATTCTTTTCAGTTCAAAATCCATTATGCAATGGTTGCAACTGAGAGCTAATGGAAACTATTTACCATTGTGGAATCAAGTATTTGGTCACGCTAATAGAGAATTTTGATCTAAAAATAGTCATATATGTGTCAAATTTTCTAAATAAAACTATAGAAGTGAACAAT
ATCTTGGTTTAAATAGCCTAGGTACCAAAGAATGCCTTTTCTGAATTTGTATTCAGTGTGGCATGATAATAATTTTTGTCTATGATTGTGGAGATTGACTTCTCATAAGACCTTTTTCTGTTATTTGTGCCTATAGGTTCCAATTCCCTCACAAGATCTAGTCCTAACACAAGCAAAAAATGATGAAGCATTGTGAAATA
TTTCAACAGAAAACTATATTGCTTCTTGACTTCGGTATTGATCTACAACTGCCATGGTTTGAGGTCAAAATGTGGAGTGTTGATCTAAAACTACTATTAGTTGGTGAAGAAATGGCTTTGGTCTGGCTAAGTTTAGAATTAGAACATTTTAGCAGTTTTGTAAGCATAACCATAGTGGGATTAACAGTTGAGAGCAGGAT
TGAAACAGGTGAGATGATGTACAGAAGCATTCGAAAAGAAATACACTTCAATAAGATATGCTTATGAGGGGTAAAGTCATGCTCCAAATGATTGAGAAAACCTACAGATATTTTATAACTCTGGTAACAAAAATGTCCAGACTAAGTAAGACCCCTTGAAATTTGTAAAAAACTATTACTCCATGAACACATTACTAGAA
ATTATGCTTTTGAAGCATAGGTGTGAAAAGAATGCACACAGAGCCAGAAACCCAAATGATCGCTGTTATAAGAGCTCTTGTAACCATAGATACTGCGTGGGCACAATACATTGTATCTATGAGTTGGGCAATATACCCAGTTTTGGAAAACGAAGTTAAAGATATTGACTTTCTGACATGTTTCTGTTACAAGTGATTTA
GAGATTTAGCAGTGTACGAGTGATGGCTTGGATTTGCATTATCCAATAATCTTTTTTACAAGTTCATGTGATCTAGCTTTTGGAGTAAAGAATGTAGCACAGATGAAAAGTGTATTTTGTACTTGAAAGCATCATCTAATTGATATCCAGCACTATATGGAGATAACTCAAATAGTTGGAGATTGTTTGGGTTGCTTTGT
ATGTACAACCATATTGATGTTCTTTTGTTAACAGCAGTAAAGGAAAATCGGCAACCAAGTTATCAGACTTTGCAAATGGATGAAAGTTTTCTGTGTAGCTTACCGATTGAAGTATGGGAATGGCACATATAGCAACAAATTGTTCTTTCATATATGTGTTCAAATGAAAGCAAAGAGAAAGAAATATGCCTTTGGTGCAG
TTACATCAAATGGGTGCAACCACTTCTCCATCAAGATGTGATATTTGTCTAGGGGAATTTTGCCATATGATGTTTTAAAAGTCTTACACTTCAGCCATACACGGTGGAAGGCAATCAATGGAAAGCTAAGTGGTAGCATATTAAGACTTTTGTTTTAAGTTAGATGAAATTGATTCAGCCTATTGCACAATGGTTATTGG
TGGACATTTCTACTCAGTCACGGTATTGAATCATGTAACCTGACTTATGTTCATAACACAGGGCGAGATGCTGTAGGTGGATTATCCTGGCTTTTATAGAACCTGAGCTGGTTATCACTTCGGTGTGTTTTTAAACTTCTACTACAATCCCTTGAGGCAGCTAGGCAATAAATGTATTAAATAGCTTCTGCAAGTGCAGA
TCATGAGATTGGGAATAAACTATTTGGTCATTGGGTAGTGGGCAAGTGCAAAGCCAACAAATATGCTTACAGTTCTGAGTTGAGAGAGGATCGATTTGTACTCAGGTTGGAATCTCTGGTAGAAAAAGAGATTTCTTTAAGGAAGTTAAGGCTGATGGGTTTTTGTTGCAGCTCAATATTTTTGAAACCTCAGAGgtatt
ttagaatcttgaaaaaagtccctattttgcactggtcaacagtagttaactagcagttggttaattagctttttactgcaacttttcataggataggagctgtacattactgaggcctcatcgaaaagaatgtaatggataaagctcacggtgacacaataatgcaatgacatggaatgctgttgtgcatgaatctaccg
taattttatttcagaactaattcaaacagttattgcatttgtctaatcatttctattttttccccaaaaatgtttcataaatgcaattcaatgtgtttttggctgcttttgttcatgggtatacttatgtttacaaggaatagtataatcttggaaattcagtatgttttaagagacattgatgtgttgaagtctattca
ctgttgaattattttggtgtttgtgtggatgttatgaatgattcctggcacatgactaacatgacagaagtacaatccatagagttatgaattcagctcgtgtcttccagcccatgatatcagtttatgtggtggtagattgaaaagtttttgactcggaattttgataaaagattgtagaatgtttcgcataattgact
cgaatttggaacaattatgctgaatcataaagtatgcttgaagttgtgttatatatatgcatgcgtgtgtgtaatgcacagctattttgcactgtccataaagagtctaaacatattaccctggagattaaatgttacaaatttcattttatagcctcagctagcaaagttctcactctgcaaattctgaggttgtttgt
taaccgaccagagtttttgttattggggatattatttctggaaatttgcttattttgataagttgggagtttttcttttgtatcaatctgttttatttgcttaaagtttctatgagagataaaatatggcatgagcatttctttgttttatttgtgtgccatgggaatcagtctttgcaacaatacccatctttctcggc
aggtgagattctcctacagaattattaaaactggattgttgaaaaaactgaagtaacagttcaaaggagtggagttatttgagaaatggaatcccacaagcaggtaaactagcggaagtagtagctattggttgggaatcaatgttagatgaacatgtcttaattgcatgcaatgcatagattcttactgatttaatgga
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agagactggtggtgagaacaatagtgtaaagactaaagttaggtaggacataggattctaattcacagcaagttatattttctttaaattcttagaaatgtctttggccttgtggtttgtatgtctaactgatatgctttgtagcctgatggagggctgtttgcacatttgtaagattagaattgtgtgtatgctgcaag
ttgcttcttactgcagtctgaaattgaatacctgggtgttcattttcatcaacatattttatgccatggccaggtgcacaggtgtcatgtaagctgacctctctgacatagagttccatttttttcaccggagtgagcattactttatatctataggtcatcatcttgaatgtttcgtcattaaccatatttgacgttat
aatcttgctggttccattgagttgaatttcatagtctcatcctgtagaagaaaaacatctggaagctaatcactgcatctttgttgtatccaatcattgctgccatgtttataccttttttccagttgtaattcctgtaaacatttctggagttggatctacatgtcaaagcgccttcataatgaggaataggagaaatt
gactctattagaggttctaatttaatctgttttggaggctatatattttgtaaagtgctactgtgcttgagccatagcattgccttgattggcatatgacactatcctatctcttatccatttcagactaactaatttcttagtgaatgctcgagcatctctcttatccattttagattgactaatttcttagtgaatgc
tccagcatctgatttaacaggtacacattcttatttttgaaggtgggttgtgaaacagAAATAGTGCGGGTAACTGCATTGTTGGGGATGGGGAATTCATCTTTTTTAGACCACAATGGGCCTGAGCATGGTAGCCCGTTGACTCACGGAGGATTACTTTCAAATGGAGGAGTGGACATGAATGGATGGGCTGCTCACCA
ATCAGAAAGGATGAACATGTTACAGGCATCCCCTCATGGTTGGCATGGAGCACCAGGTGGAGGTTCTAGTGGAATTATTGTAAAAAAGACCATCAGAGTTGAAGTTCCAGTTGACAAATATCCTAACTTTAACTTCGTTGGACGTCTCCTTGGTCCTAGAGGCAACTCCCTAAAAAGAGTTGAAGCTGCTACTGATTGTA
GAGTTCTAATCAGAGGACGGGGTTCAATTAAAGACCCTTCAAGGGTAATTTCGATGTCCCCGGAGGACATGATGAGGGAAAAGCCAGGGTATGAGCATCTTAATGAGCCTCTGCATATTCTTGTGGAGGCGGAGATGCCTGCAAATATTATAGATGCTCGCTTGATGCAAGCACGTGATATACTAGAAGAATTGCTGAAA
CCCGTAGATGAGTCGCAAGATTTTTTCAAGAAGCAGCAATTAAGAGAGCTGGCCATTCTGAATGGGACATTGAGAGAAGATGGTTCCTCCATGGCTGGTTCAGTATCTCCGTTCAACAGCAGTAACCTGGGAATGAAAAGGGCTAAAACCAGGGGGTAGATACCTGATGTATTGGCTTATGCCACACTCATTTTTTTGGA
CTTCCCGGTTGTCTGGAAGAATTCCATTATTTTGTTGTTAGATCCTATCCAAGTGGTCCGGTAGTATAGTTTAACGAGTATATTGATAGTCTGTCCAGATGTGTACCTCGATATAAAGATGTATGCTGCTGGTAGGTTATGAGGGGGTTTTAGGAACAGTGGTTTCTGAGGTGTGGGTTTTACCCTTTTTCCCGTACAAA
TCAAATGTGTAATATTTATTACTCTTGTATTATTATATCAAGAAGGCTGAGTGCAAGAAAATTTTTGTGATAAGCACTGGGGGAGTGGGATAGTTGACTGTACAAATTTGGGATCACAATTTTCTTGAGAAGCAGTTTCTGAACCTTACTATTGTATTTCATGCTGCATTCTCATGGCAGAAGTCCAGTATGCTTCTATG
ATGGGAAAGGATTCCAATAATGTACCGACCCATTCGACCAGTTACTCTATTTAGTTGATATGCATTTTAAATAAAATGTAAGGATAATTTATCCTAGTGTATAGATTGTATGTTTAGATTTAATATTTGATCACCTGGCATAATAATTTGGTAACTTTTGTTAGCATTGTTGTGGGTCCATCTGGTCCAGACATTCAAAG
AAGAGTTGCAATGTGTTGGTTGGCGGACTCTGAATTGTACAAGTAACTTTGTGCGTTTTATTTGTGTTCTTTCGGAATTTAAGGCAGTAGGCCGATCTCCCGTAATTTTTATGGTGTGGCTCTTTTACTAGGATGTACCTGTCATTGCTATTG



Intron 9 GTGTGTTTTT ... TTGTACTCAG

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>TRINITY_DN42766_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform
ACACGGTGGAAGGCAATCAATGGAAAGCTAAGTGGGCGAGATGCTGTAGGTGGATTATCCTGGATTTTATAGAACCTGAGCTGGTTATCACTTCGGTTGGAATCTTTGGTAGAAAAAAAGATTTCTTGAAGGAAGTTAAGGCTGATGGGTTTTTGTTGCAGCTCAATATTTTTGAAACCTCAGAGGTATTTTAGAATCTT
TAAAAAAATCCTTATTTTTCACTGGTCAACAGTAGTTAACTAGCAGTTGGTTAATTAGCTTTTTACTGCAACTTTTCATAGAATAGGAGATGTGCATTCCTAAGGCCTCAATGAGAAGAATGTAATGGATAAATCTCACGGTGACACAATAACTGCAATGACATGGATTGTTGTTGTGCATGAATCTACCGTAATTTTAT
TTCAGAACTAATTCAAACAGTTATTGCATTTGTCTAATCATTTCTATTTTTTCCCCAAAAATGTTTCATAAATGCAATTCAATGTGTTTTTGGCTGCTTTTGTTCATGGG


>TRINITY_DN42766_c0_g1_i10 from sample A6 / Example unspliced isoform:
ATTTCCCAAAAAATGGGTTCAAAGGAATTTAGCCCAATCGTATTTACCAAAAATTGGGGGAAAAATGATTTTAGCCTCCACAAATTCCCCTGAAATTCTCAGTTTCGCCCATTTTTTTGCTTGCAAATCGAAATACCATTGTAAATCGCCCCTCGATTTTCATTCTCGTGAATTTTTTTTAAGAAATTCATCCGTAAATC
TTGCCATCGGGGCAAAATGGACCGATTTCGTATAGTGTTTCAATTTGGGATAATTTGGGTCGAAGTTTTTTCTGGAGTTTCCCTGCTCTTGCTAATGTTATTTGGCAGTTTTCAAGCTCTGGAATTTCAGTTATTCAGCGGTTTTCAAGCTCTGGAATTTCAGCTCTTGCAGTTGCAATCATGTCCAGTCCAAACTGAAG
GTATCTTACTAAGCTTCTAGCTGAATGGCAAAAACTCAGTCCTTTTATGCAAGTCTTGCCACAGTGCTGTCGGCTGTTGAACCAGGCAGTAAAGGAAAATCGGCAACCAAGTTTTCAGACTTTGCAAATGGATGAAAGTTTTATGTGTAGCTTACCGATTGAAGTATGGGAATGGCACATATAGCAACAAATTGTTCTTT
CATATTTGTGTTCAAATGAAAGCAAAGAGAAAGATATATGCCTTTGGTGCAGTTACATCAAATGGGTGCAACCACTTCTCCATCAAGATGTGATATTTGTCTAGGGGAATTTTGCCATATGATGTTTTAAAAGTCTTACACTTCAGCCATACACGGTGGAAGGCAATCAATGGAAAGCTAAGTGGTAGCATATTAAGACT
TTTGTTTTAAGTTAGATGAAATTGATTCAGCCTATTGCACAATGGTTATTGGTGGACATTTCTACTCAGTCACGGTATTGAATCATGTAACCTGACTTATGTTCATAACACAGGGCGAGATGCTGTAGGTGGATTATCCTGGATTTTATAGAACCTGAGCTGGTTATCACTTCGgtgtgtttttaaacttctactacgat
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AGGCTGATGGGTTTTTGTTGCAGCTCAATATTTTTGAAACCTCAGAGGTATTTTAGAATCTTTAAAAAAATCCTTATTTTTCACTGGTCAACAGTAGTTAACTAGCAGTTGGTTAATTAGCTTTTTACTGCAACTTTTCATAGAATAGGAGATGTGCATTCCTAAGGCCTCAATGAGAAGAATGTAATGGATAAATCTCA
CGGTGACACAATAACTGCAATGACATGGATTGTTGTTGTGCATGAATCTACCGTAATTTTATTTCAGAACTAATTCAAACAGTTATTGCATTTGTCTAATCATTTCTATTTTTTCCCCAAAAATGTTTCATAAATGCAATTCAATGTGTTTTTGGCTGCTTTTGTTCATGGG



Intron 10 GTAAGTTCTG ... ATTTTTGAAG

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>TRINITY_DN113922_c1_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform
ATTATGTACGAGACCGACCTCTCGAGCCGGTGGAAGGAGGGGAGTGGAGTTCCCCATATATTGGCACAGGCATTTTTAAGCCGTGCCCTGTAAAAACCCCTTTGTAATACAAGGAAGGGACCGAAAACCCTCCTCACCCACTATACATACATAAACAGAAAGTTTTCTCCATTCTCCTTCGGGCAGCCGGGGCTTCTAGC
TTTTCTGGAACTCGGAGGCTTCAGACCCTTACTTAGCAGCTCGGGTTTTGCCGGATTTAGCAGCTCTAGGGCCAAATCTAAAGGCGTTTCAGCGGAAGAAATGTCGGCCAGATATATGAACTTCTCGCCATCAGCGACACACTCCCCGCAGCTCCCTGGCATGCGCTCTGCAAGCATTGCCATAGCCGAGCATGACAAGT
ATCTTACTGAGCTTCTAGCTGAACGGCAAAAACTCAGTCCTTTTATGCAAGTCTTGCCACAGTGCTGTCGGCTGCTGAACCAGGGTGGGTTGTGAAACAGAAATAGTGCGGGTAACTGCATTGTTGGGGATGGGGAATTCATCTTTTTTAGACCACAATGGGCCTGAGCATGGTAGCCCGTTGACTCACGGAGGATTACT
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GAGGCAACTCCCTAAAAAGAGTTGAAGCTGCTACTGATTGTAGAGTTCTAATCAGAGGACGGGGTTCAATTAAAGACCCTTCAAGGG


>TRINITY_DN113922_c1_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:
ATTATGTACGAGACCGACCTCTCGAGCCGGTGGAAGGAGGGGAGTGGAGTTCCCCATATATTGGCACAGGCATTTTTAAGCCGTGCCCTGTAAAAACCCCTTTGTAATACAAGGAAGGGACCGAAAACCCTCCTCACCCACTATACATACATAAACAGAAAGTTTTCTCCATTCTCCTTCGGGCAGCCGGGGCTTCTAGC
TTTTCTGGAACTCGGAGGCTTCAGACCCTTACTTAGCAGCTCGGGTTTTGCCGGATTTAGCAGCTCTAGGGCCAAATCTAAAGGCGTTTCAGCGGAAGAAATGTCGGCCAGATATATGAACTTCTCGCCATCAGCGACACACTCCCCGCAGCTCCCTGGCATGCGCTCTGCAAGCATTGCCATAGCCGAGCATGACAAGT
ATCTTACTGAGCTTCTAGCTGAACGGCAAAAACTCAGTCCTTTTATGCAAGTCTTGCCACAGTGCTGTCGGCTGCTGAACCAGGgtaagttctgggctaatttatcaatgtctgtattatgaaaaacatactgatgtcaataacagtatcaacatttttgctacatttcattgcttattacatgaattttttctgtccat
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tccagcatctgatttaacaggtacacattcttatttttgaagGTGGGTTGTGAAACAGAAATAGTGCGGGTAACTGCATTGTTGGGGATGGGGAATTCATCTTTTTTAGACCACAATGGGCCTGAGCATGGTAGCCCGTTGACTCACGGAGGATTACTTTCAAATGGAGGAGTGGACATGAATGGATGGGCTGCTCACCA
ATCAGAAAGGATGAACATGTTACAGGCATCCCCTCATGGTTGGCATGGAGCACCAGGTGGAGGTTCTAGTGGAATTATTGTAAAAAAGACCATCAGAGTTGAAGTTCCAGTTGACAAATATCCTAACTTTAACTTCGTTGGACGTCTCCTTGGTCCTAGAGGCAACTCCCTAAAAAGAGTTGAAGCTGCTACTGATTGTA
GAGTTCTAATCAGAGGACGGGGTTCAATTAAAGACCCTTCAAGGGTAATTTCGATGTCCCCGGAGGACATGATGAGGGAAAAGCCAGGGTATGAGCATCTTAATGAGCCTCTGCATATTCTTGTGGAGGCGGAGATGCCTGCAAATATTATAGATGCTCGCTTGATGCAAGCACGTGATATACTAGAAGAATTGCTGAAA
CCCGTAGATGAGTCGCAAGATTTTTTCAAGAAGCAGCAATTAAGAGAGCTGGCCATTCTGAATGGGACATTGAGAGAAGATGGTTCCTCCATGGCTGGTTCAGTATCTCCGTTCAACAGCAGTAACCTGGGAATGAAAAGGGCTAAAACCAGGGGGTAGATACCTGATGTATTGGCTTATGCCACACTCATTTTTTTGGA
CTTCCCGGTTGTCTGGAAGAATTCCATTATTTTGTTGTTAGATCCTATCCAAGTGGTCCGGTAGTATAGTTTAACGAGTATATTGATAGTCTGTCCAGATGTGTACCTCGATATAAAGATGTATGCTGCTGGTAGGTTATGAGGGGGTTTTAGGAACAGTGGTTTCTGAGGTGTGGGTTTTACCCTTTTTCCCGTACAAA
TCAAATGTGTAATATTTATTACTCTTGTATTATTATATCAAGAAGGCTGAGTGCAAGAAAATTTTTGTGATAAGCACTGGGGGAGTGGGATAGTTGACTGTACAAATTTGGGATCACAATTTTCTTGAGAAGCAGTTTCTGAACCTTACTATTGTATTTCATGCTGCATTCTCATGGCAGAAGTCCAGTATGCTTCTATG
ATGGGAAAGGATTCCAATAATGTACCGACCCATTCGACCAGTTACTCTATTTAGTTGATATGCATTTTAAATAAAATGTAAGGATAATTTATCCTAGTGTATAGATTGTATGTTTAGATTTAATATTTGATCACCTGGCATAATAATTTGGTAACTTTTGTTAGCATTGTTGTGGGTCCATCTGGTCCAGACATTCAAAG
AAGAGTTGCAATGTGTTGGTTGGCGGACTCTGAATTGTACAAGTAACTTTGTGCGTTTTATTTGTGTTCTTTCGGAATTTAAGGCAGTAGGCCGATCTCCCGTAATTTTTATGGTGTGGCTCTTTTACTAGGATGTACCTGTCATTGCTATTG



Intron 11 GTAAGTTCTG ... TGTGAAACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN113922_c1_g1_i13 from sample A2 / Example spliced isoform
ATTATGTACGAGACCGACCTCTCGAGCCGGTGGAAGGAGGGGAGTGGAGTTCCCCATATATTGGCACAGGCATTTTTAAGCCGTGCCCTGTAAAAACCCCTTTGTAATACAAGGAAGGGACCGAAAACCCTCCTCACCCACTATACATACATAAACAGAAAGTTTTCTCCATTCTCCTTCGGGCAGCCGGGGCTTCTAGC
TTTTCTGGAACTCGGAGGCTTCAGACCCTTACTTAGCAGCTCGGGTTTTGCCGGATTTAGCAGCTCTAGGGCCAAATCTAAAGGCGTTTCAGCGGAAGAAATGTCGGCCAGATATATGAACTTCTCGCCATCAGCGACACACTCCCCGCAGCTCCCTGGCATGCGCTCTGCAAGCATTGCCATAGCCGAGCATGACAAGT
ATCTTACTGAGCTTCTAGCTGAACGGCAAAAACTCAGTCCTTTTATGCAAGTCTTGCCACAGTGCTGTCGGCTGCTGAACCAGGAAATAGTGCGGGTAACTGCATTGTTGGGGATGGGGAATTCATCTTTTTTAGACCACAATGGGCCTGAGCATGGTAGCCCGTTGACTCACGGAGGATTACTTTCAAATGGAGGAGTG
GACATGAATGGATGGGCTGCTCACCAATCAGAAAGGATGAACATGTTACAGGCATCCCCTCATGGTTGGCATGGAGCACCAGGTGGAGGTTCTAGTGGAATTATTGTAAAAAAGACCATCAGAGTTGAAGTTCCAGTTGACAAATATCCTAACTTTAACTTCGTTGGACGTCTCCTTGGTCCTAGAGGCAACTCCCTAAA
AAGAGTTGAAGCTGCTACTGATTGTAGAGTTCTAATCAGAGGACGGGGTTCAATTAAAGACCCTTCAAGGG


>TRINITY_DN113922_c1_g1_i15 from sample A2 / Example unspliced isoform:
ATTATGTACGAGACCGACCTCTCGAGCCGGTGGAAGGAGGGGAGTGGAGTTCCCCATATATTGGCACAGGCATTTTTAAGCCGTGCCCTGTAAAAACCCCTTTGTAATACAAGGAAGGGACCGAAAACCCTCCTCACCCACTATACATACATAAACAGAAAGTTTTCTCCATTCTCCTTCGGGCAGCCGGGGCTTCTAGC
TTTTCTGGAACTCGGAGGCTTCAGACCCTTACTTAGCAGCTCGGGTTTTGCCGGATTTAGCAGCTCTAGGGCCAAATCTAAAGGCGTTTCAGCGGAAGAAATGTCGGCCAGATATATGAACTTCTCGCCATCAGCGACACACTCCCCGCAGCTCCCTGGCATGCGCTCTGCAAGCATTGCCATAGCCGAGCATGACAAGT
ATCTTACTGAGCTTCTAGCTGAACGGCAAAAACTCAGTCCTTTTATGCAAGTCTTGCCACAGTGCTGTCGGCTGCTGAACCAGGgtaagttctgggctaatttatcaatgtctgtattatgaaaaacatactgatgtcaataacagtatcaacatttttgctacatttcattgcttattacatgaattttttctgtccat
gtttcccaatgttactaacagtaaacatctttccaatttttttccttgtattatggacaatgttttcatggtgtaatttactaacatctataagctttttgaactgttttgtgaagtttatatcagcccattgaaagattgaaaatagcacgaggaagattatggcaatgtagaaggtgtcaatcgcagcaaatagttac
taactttatagccatgatgttgtggacagtttgagtattacagttagagtttcaatgaggaagtcaagttgtattgttttatttggagctttggtaaagttttgacattcagaataatacgtgcccaattcctgagtgcattgctctaattattaatatctaatttcttaaaaaaatgcaacatcctggggctatattct
ggaccaaggtggttgtagggtccaacagtgataactactagtgtctcattccattggcaacagtttaagaaatcattagtatcttattccatggataacaggtgctgatgaattagtgtacactgtagggcgttaattgtcaggaagacacatgatgtccattgttcactctccgtaagagactgcttgtaattgcctct
tgcagtccttcaaagagcagacatctattatattattcttttcagttcaaaatccattatgcaatggttgcaactgagagctaatggaaactatttaccattgtggaatcaagtatttggtcacgctaatagagaattttgatctaaaaatagtcatatatgtgtcaaattttctaaataaaactatagaagtgaacaat
atcttggtttaaatagcctaggtaccaaagaatgccttttctgaatttgtattcagtgtggcatgataataatttttgtctatgattgtggagattgacttctcataagacctttttctgttatttgtgcctataggttccaattccctcacaagatctagtcctaacacaagcaaaaaatgatgaagcattgtgaaata
tttcaacagaaaactatattgcttcttgacttcggtattgatctacaactgccatggtttgaggtcaaaatgtggagtgttgatctaaaactactattagttggtgaagaaatggctttggtctggctaagtttagaattagaacattttagcagttttgtaagcataaccatagtgggattaacagttgagagcaggat
tgaaacaggtgagatgatgtacagaagcattcgaaaagaaatacacttcaataagatatgcttatgaggggtaaagtcatgctccaaatgattgagaaaacctacagatattttataactctggtaacaaaaatgtccagactaagtaagaccccttgaaatttgtaaaaaactattactccatgaacacattactagaa
attatgcttttgaagcataggtgtgaaaagaatgcacacagagccagaaacccaaatgatcgctgttataagagctcttgtaaccatagatactgcgtgggcacaatacattgtatctatgagttgggcaatatacccagttttggaaaacgaagttaaagatattgactttctgacatgtttctgttacaagtgattta
gagatttagcagtgtacgagtgatggcttggatttgcattatccaataatcttttttacaagttcatgtgatctagcttttggagtaaagaatgtagcacagatgaaaagtgtattttgtacttgaaagcatcatctaattgatatccagcactatatggagataactcaaatagttggagattgtttgggttgctttgt
atgtacaaccatattgatgttcttttgttaacagcagtaaaggaaaatcggcaaccaagttatcagactttgcaaatggatgaaagttttctgtgtagcttaccgattgaagtatgggaatggcacatatagcaacaaattgttctttcatatatgtgttcaaatgaaagcaaagagaaagaaatatgcctttggtgcag
ttacatcaaatgggtgagggaggtgaactgagcatcatttgtcagaaactatgaacctgtgaacacattaatagtattaatcagagtgtagtctgttatgtgaaaagtgtttctatgaaaatgtatgttagatgactgtcaattattttctgcaggtgcaaccacttctccatcaagatgtgatatttgtctaggggaat
tttgccatatgatgttttaaaagtcttacacttcagccatacacggtggaaggcaatcaatggaaagctaagtggtagcatattaagacttttgttttaagttagatgaaattgattcagcctattgcacaatggttattggtggacatttctactcagtcacggtattgaatcatgtaacctgacttatgttcataaca
cagggcgagatgctgtaggtggattatcctggcttttatagaacctgagctggttatcacttcggtgtgtttttaaacttctactacaatcccttgaggcagctaggcaataaatgtattaaatagcttctgcaagtgcagatcatgagattgggaataaactatttggtcattgggtagtgggcaagtgcaaagccaac
aaatatgcttacagttctgagttgagagaggatcgatttgtactcaggttggaatctctggtagaaaaagagatttctttaaggaagttaaggctgatgggtttttgttgcagctcaatatttttgaaacctcagaggtattttagaatcttgaaaaaagtccctattttgcactggtcaacagtagttaactagcagtt
ggttaattagctttttactgcaacttttcataggataggagctgtacattactgaggcctcatcgaaaagaatgtaatggataaagctcacggtgacacaataatgcaatgacatggaatgctgttgtgcatgaatctaccgtaattttatttcagaactaattcaaacagttattgcatttgtctaatcatttctattt
tttccccaaaaatgtttcataaatgcaattcaatgtgtttttggctgcttttgttcatgggtatacttatgtttacaaggaatagtataatcttggaaattcagtatgttttaagagacattgatgtgttgaagtctattcactgttgaattattttggtgtttgtgtggatgttatgaatgattcctggcacatgacta
acatgacagaagtacaatccatagagttatgaattcagctcgtgtcttccagcccatgatatcagtttatgtggtggtagattgaaaagtttttgactcggaattttgataaaagattgtagaatgtttcgcataattgactcgaatttggaacaattatgctgaatcataaagtatgcttgaagttgtgttatatatat
gcatgcgtgtgtgtaatgcacagctattttgcactgtccataaagagtctaaacatattaccctggagattaaatgttacaaatttcattttatagcctcagctagcaaagttctcactctgcaaattctgaggttgtttgttaaccgaccagagtttttgttattggggatattatttctggaaatttgcttattttga
taagttgggagtttttcttttgtatcaatctgttttatttgcttaaagtttctatgagagataaaatatggcatgagcatttctttgttttatttgtgtgccatgggaatcagtctttgcaacaatacccatctttctcggcaggtgagattctcctacagaattattaaaactggattgttgaaaaaactgaagtaaca
gttcaaaggagtggagttatttgagaaatggaatcccacaagcaggtaaactagcggaagtagtagctattggttgggaatcaatgttagatgaacatgtcttaattgcatgcaatgcatagattcttactgatttaatggaattgaagttcaacagctgatgtgttaatggcatgcattgcatgggtcgtcgcaaattt
taacaaacttgagaattggttaagttttttaaagatgtcagtatgtcttggtggtacaatccaagtcggctgtttctgtggatccagaggaaaatatgcatctggttgattttttgtggttcacatgtctaatatgctttggaggcttcaatagagagagtgcgaagactaaagtaacattgcaaaggaagggcaaagga
agcttttagcaatgaaagcttgcaagccagcttaagtagtagctatggattgtgaatcaacagcagatgtgttactggcatgctttctgaccgatgtaatgaatttgaaacttggataagtactgtaaagacatgcgaagacagagactggtggtgagaacaatagtgtaaagactaaagttaggtaggacataggattc
taattcacagcaagttatattttctttaaattcttagaaatgtctttggccttgtggtttgtatgtctaactgatatgctttgtagcctgatggagggctgtttgcacatttgtaagattagaattgtgtgtatgctgcaagttgcttcttactgcagtctgaaattgaatacctgggtgttcattttcatcaacatatt
ttatgccatggccaggtgcacaggtgtcatgtaagctgacctctctgacatagagttccatttttttcaccggagtgagcattactttatatctataggtcatcatcttgaatgtttcgtcattaaccatatttgacgttataatcttgctggttccattgagttgaatttcatagtctcatcctgtagaagaaaaacat
ctggaagctaatcactgcatctttgttgtatccaatcattgctgccatgtttataccttttttccagttgtaattcctgtaaacatttctggagttggatctacatgtcaaagcgccttcataatgaggaataggagaaattgactctattagaggttctaatttaatctgttttggaggctatatattttgtaaagtgc
tactgtgcttgagccatagcattgccttgattggcatatgacactatcctatctcttatccatttcagactaactaatttcttagtgaatgctcgagcatctctcttatccattttagattgactaatttcttagtgaatgctccagcatctgatttaacaggtacacattcttatttttgaaggtgggttgtgaaacag


AAATAGTGCGGGTAACTGCATTGTTGGGGATGGGGAATTCATCTTTTTTAGACCACAATGGGCCTGAGCATGGTAGCCCGTTGACTCACGGAGGATTACTTTCAAATGGAGGAGTGGACATGAATGGATGGGCTGCTCACCAATCAGAAAGGATGAACATGTTACAGGCATCCCCTCATGGTTGGCATGGAGCACCAGGT
GGAGGTTCTAGTGGAATTATTGTAAAAAAGACCATCAGAGTTGAAGTTCCAGTTGACAAATATCCTAACTTTAACTTCGTTGGACGTCTCCTTGGTCCTAGAGGCAACTCCCTAAAAAGAGTTGAAGCTGCTACTGATTGTAGAGTTCTAATCAGAGGACGGGGTTCAATTAAAGACCCTTCAAGGGTAATTTCGATGTC
CCCGGAGGACATGATGAGGGAAAAGCCAGGGTATGAGCATCTTAATGAGCCTCTGCATATTCTTGTGGAGGCGGAGATGCCTGCAAATATTATAGATGCTCGCTTGATGCAAGCACGTGATATACTAGAAGAATTGCTGAAACCCGTAGATGAGTCGCAAGATTTTTTCAAGAAGCAGCAATTAAGAGAGCTGGCCATTC
TGAATGGGACATTGAGAGAAGATGGTTCCTCCATGGCTGGTTCAGTATCTCCGTTCAACAGCAGTAACCTGGGAATGAAAAGGGCTAAAACCAGGGGGTAGATACCTGATGTATTGGCTTATGCCACACTCATTTTTTTGGACTTCCCGGTTGTCTGGAAGAATTCCATTATTTTGTTGTTAGATCCTATCCAAGTGGTC
CGGTAGTATAGTTTAACGAGTATATTGATAGTCTGTCCAGATGTGTACCTCGATATAAAGATGTATGCTGCTGGTAGGTTATGAGGGGGTTTTAGGAACAGTGGTTTCTGAGGTGTGGGTTTTACCCTTTTTCCCGTACAAATCAAATGTGTAATATTTATTACTCTTGTATTATTATATCAAGAAGGCTGAGTGCAAGA
AAATTTTTGTGATAAGCACTGGGGGAGTGGGATAGTTGACTGTACAAATTTGGGATCACAATTTTCTTGAGAAGCAGTTTCTGAACCTTACTATTGTATTTCATGCTGCATTCTCATGGCAGAAGTCCAGTATGCTTCTATGATGGGAAAGGATTCCAATAATGTACCGACCCATTCGACCAGTTACTCTATTTAGTTGA
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TATTTGTGTTCTTTCGGAATTTAAGGCAGTAGGCCGATCTCCCGTAATTTTTATGGTGTGGCTCTTTTACTAGGATGTACCTGTCATTGCTATTG



Intron 12 GTAGCATATT ... CATAACACAG

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>TRINITY_DN113922_c1_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoform
AGGGAGGTGAACTGAGCATCATTTGTCAGAAACTATGAACCTGTGAACACATTAATAGTATTAATCAGAGTGTAGTCTGTTATGTGAAAAGTGTTTCTATGAAAATGTATGTTAGATGACTGTCAATTATTTTCTGCAGGTGCAACCACTTCTCCATCAAGATGTGATATTTGTCTAGGGGAATTTTGCCATATGATGTT
TTAAAAGTCTTACACTTCAGCCATACACGGTGGAAGGCAATCAATGGAAAGCTAAGTGGGCGAGATGCTGTAGGTGGATTATCCTGGCTTTTATAGAACCTGAGCTGGTTATCACTTCGGTGTGTTTTTAAACTTCTACTACAATCCCTTGAGGCAGCTAGGCAATAAATGTATTAAATAGCTTCTGCAAGTGCAGATCA
TGAGATTGGGAATAAACTATTTGGTCATTGGGTAGTGGGCAAGTGCAAAGCCAACAAATATGCTTACAGTTCTGAGTTGAGAGAGGATCGATTTGTACTCAGGTTGGAATCTCTGGTAGAAAAAGAGATTTCTTTAAGGAAGTTAAGGCTGATGGGTTTTTGTTGCAGCTCAATATTTTTGAAACCTCAGAG


>TRINITY_DN113922_c1_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:
ATTATGTACGAGACCGACCTCTCGAGCCGGTGGAAGGAGGGGAGTGGAGTTCCCCATATATTGGCACAGGCATTTTTAAGCCGTGCCCTGTAAAAACCCCTTTGTAATACAAGGAAGGGACCGAAAACCCTCCTCACCCACTATACATACATAAACAGAAAGTTTTCTCCATTCTCCTTCGGGCAGCCGGGGCTTCTAGC
TTTTCTGGAACTCGGAGGCTTCAGACCCTTACTTAGCAGCTCGGGTTTTGCCGGATTTAGCAGCTCTAGGGCCAAATCTAAAGGCGTTTCAGCGGAAGAAATGTCGGCCAGATATATGAACTTCTCGCCATCAGCGACACACTCCCCGCAGCTCCCTGGCATGCGCTCTGCAAGCATTGCCATAGCCGAGCATGACAAGT
ATCTTACTGAGCTTCTAGCTGAACGGCAAAAACTCAGTCCTTTTATGCAAGTCTTGCCACAGTGCTGTCGGCTGCTGAACCAGGGTGCAACCACTTCTCCATCAAGATGTGATATTTGTCTAGGGGAATTTTGCCATATGATGTTTTAAAAGTCTTACACTTCAGCCATACACGGTGGAAGGCAATCAATGGAAAGCTAA
GTGgtagcatattaagacttttgttttaagttagatgaaattgattcagcctattgcacaatggttattggtggacatttctactcagtcacggtattgaatcatgtaacctgacttatgttcataacacagGGCGAGATGCTGTAGGTGGATTATCCTGGCTTTTATAGAACCTGAGCTGGTTATCACTTCGGTGTGTT
TTTAAACTTCTACTACAATCCCTTGAGGCAGCTAGGCAATAAATGTATTAAATAGCTTCTGCAAGTGCAGATCATGAGATTGGGAATAAACTATTTGGTCATTGGGTAGTGGGCAAGTGCAAAGCCAACAAATATGCTTACAGTTCTGAGTTGAGAGAGGATCGATTTGTACTCAGGTTGGAATCTCTGGTAGAAAAAGA
GATTTCTTTAAGGAAGTTAAGGCTGATGGGTTTTTGTTGCAGCTCAATATTTTTGAAACCTCAGAGAAATAGTGCGGGTAACTGCATTGTTGGGGATGGGGAATTCATCTTTTTTAGACCACAATGGGCCTGAGCATGGTAGCCCGTTGACTCACGGAGGATTACTTTCAAATGGAGGAGTGGACATGAATGGATGGGCT
GCTCACCAATCAGAAAGGATGAACATGTTACAGGCATCCCCTCATGGTTGGCATGGAGCACCAGGTGGAGGTTCTAGTGGAATTATTGTAAAAAAGACCATCAGAGTTGAAGTTCCAGTTGACAAATATCCTAACTTTAACTTCGTTGGACGTCTCCTTGGTCCTAGAGGCAACTCCCTAAAAAGAGTTGAAGCTGCTAC
TGATTGTAGAGTTCTAATCAGAGGACGGGGTTCAATTAAAGACCCTTCAAGGG



Intron 13 GTAAGTTCTG ... TTTTCTGCAG

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>TRINITY_DN113922_c1_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform
ATTATGTACGAGACCGACCTCTCGAGCCGGTGGAAGGAGGGGAGTGGAGTTCCCCATATATTGGCACAGGCATTTTTAAGCCGTGCCCTGTAAAAACCCCTTTGTAATACAAGGAAGGGACCGAAAACCCTCCTCACCCACTATACATACATAAACAGAAAGTTTTCTCCATTCTCCTTCGGGCAGCCGGGGCTTCTAGC
TTTTCTGGAACTCGGAGGCTTCAGACCCTTACTTAGCAGCTCGGGTTTTGCCGGATTTAGCAGCTCTAGGGCCAAATCTAAAGGCGTTTCAGCGGAAGAAATGTCGGCCAGATATATGAACTTCTCGCCATCAGCGACACACTCCCCGCAGCTCCCTGGCATGCGCTCTGCAAGCATTGCCATAGCCGAGCATGACAAGT
ATCTTACTGAGCTTCTAGCTGAACGGCAAAAACTCAGTCCTTTTATGCAAGTCTTGCCACAGTGCTGTCGGCTGCTGAACCAGGGTGCAACCACTTCTCCATCAAGATGTGATATTTGTCTAGGGGAATTTTGCCATATGATGTTTTAAAAGTCTTACACTTCAGCCATACACGGTGGAAGGCAATCAATGGAAAGCTAA
GTGGTAGCATATTAAGACTTTTGTTTTAAGTTAGATGAAATTGATTCAGCCTATTGCACAATGGTTATTGGTGGACATTTCTACTCAGTCACGGTATTGAATCATGTAACCTGACTTATGTTCATAACACAGGGCGAGATGCTGTAGGTGGATTATCCTGGCTTTTATAGAACCTGAGCTGGTTATCACTTCGGTGTGTT
TTTAAACTTCTACTACAATCCCTTGAGGCAGCTAGGCAATAAATGTATTAAATAGCTTCTGCAAGTGCAGATCATGAGATTGGGAATAAACTATTTGGTCATTGGGTAGTGGGCAAGTGCAAAGCCAACAAATATGCTTACAGTTCTGAGTTGAGAGAGGATCGATTTGTACTCAGGTTGGAATCTCTGGTAGAAAAAGA
GATTTCTTTAAGGAAGTTAAGGCTGATGGGTTTTTGTTGCAGCTCAATATTTTTGAAACCTCAGAGAAATAGTGCGGGTAACTGCATTGTTGGGGATGGGGAATTCATCTTTTTTAGACCACAATGGGCCTGAGCATGGTAGCCCGTTGACTCACGGAGGATTACTTTCAAATGGAGGAGTGGACATGAATGGATGGGCT
GCTCACCAATCAGAAAGGATGAACATGTTACAGGCATCCCCTCATGGTTGGCATGGAGCACCAGGTGGAGGTTCTAGTGGAATTATTGTAAAAAAGACCATCAGAGTTGAAGTTCCAGTTGACAAATATCCTAACTTTAACTTCGTTGGACGTCTCCTTGGTCCTAGAGGCAACTCCCTAAAAAGAGTTGAAGCTGCTAC
TGATTGTAGAGTTCTAATCAGAGGACGGGGTTCAATTAAAGACCCTTCAAGGG


>TRINITY_DN113922_c1_g1_i15 from sample A2 / Example unspliced isoform:
ATTATGTACGAGACCGACCTCTCGAGCCGGTGGAAGGAGGGGAGTGGAGTTCCCCATATATTGGCACAGGCATTTTTAAGCCGTGCCCTGTAAAAACCCCTTTGTAATACAAGGAAGGGACCGAAAACCCTCCTCACCCACTATACATACATAAACAGAAAGTTTTCTCCATTCTCCTTCGGGCAGCCGGGGCTTCTAGC
TTTTCTGGAACTCGGAGGCTTCAGACCCTTACTTAGCAGCTCGGGTTTTGCCGGATTTAGCAGCTCTAGGGCCAAATCTAAAGGCGTTTCAGCGGAAGAAATGTCGGCCAGATATATGAACTTCTCGCCATCAGCGACACACTCCCCGCAGCTCCCTGGCATGCGCTCTGCAAGCATTGCCATAGCCGAGCATGACAAGT
ATCTTACTGAGCTTCTAGCTGAACGGCAAAAACTCAGTCCTTTTATGCAAGTCTTGCCACAGTGCTGTCGGCTGCTGAACCAGGgtaagttctgggctaatttatcaatgtctgtattatgaaaaacatactgatgtcaataacagtatcaacatttttgctacatttcattgcttattacatgaattttttctgtccat
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ggaccaaggtggttgtagggtccaacagtgataactactagtgtctcattccattggcaacagtttaagaaatcattagtatcttattccatggataacaggtgctgatgaattagtgtacactgtagggcgttaattgtcaggaagacacatgatgtccattgttcactctccgtaagagactgcttgtaattgcctct
tgcagtccttcaaagagcagacatctattatattattcttttcagttcaaaatccattatgcaatggttgcaactgagagctaatggaaactatttaccattgtggaatcaagtatttggtcacgctaatagagaattttgatctaaaaatagtcatatatgtgtcaaattttctaaataaaactatagaagtgaacaat
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tgaaacaggtgagatgatgtacagaagcattcgaaaagaaatacacttcaataagatatgcttatgaggggtaaagtcatgctccaaatgattgagaaaacctacagatattttataactctggtaacaaaaatgtccagactaagtaagaccccttgaaatttgtaaaaaactattactccatgaacacattactagaa
attatgcttttgaagcataggtgtgaaaagaatgcacacagagccagaaacccaaatgatcgctgttataagagctcttgtaaccatagatactgcgtgggcacaatacattgtatctatgagttgggcaatatacccagttttggaaaacgaagttaaagatattgactttctgacatgtttctgttacaagtgattta
gagatttagcagtgtacgagtgatggcttggatttgcattatccaataatcttttttacaagttcatgtgatctagcttttggagtaaagaatgtagcacagatgaaaagtgtattttgtacttgaaagcatcatctaattgatatccagcactatatggagataactcaaatagttggagattgtttgggttgctttgt
atgtacaaccatattgatgttcttttgttaacagcagtaaaggaaaatcggcaaccaagttatcagactttgcaaatggatgaaagttttctgtgtagcttaccgattgaagtatgggaatggcacatatagcaacaaattgttctttcatatatgtgttcaaatgaaagcaaagagaaagaaatatgcctttggtgcag
ttacatcaaatgggtgagggaggtgaactgagcatcatttgtcagaaactatgaacctgtgaacacattaatagtattaatcagagtgtagtctgttatgtgaaaagtgtttctatgaaaatgtatgttagatgactgtcaattattttctgcagGTGCAACCACTTCTCCATCAAGATGTGATATTTGTCTAGGGGAAT
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CAGGGCGAGATGCTGTAGGTGGATTATCCTGGCTTTTATAGAACCTGAGCTGGTTATCACTTCGGTGTGTTTTTAAACTTCTACTACAATCCCTTGAGGCAGCTAGGCAATAAATGTATTAAATAGCTTCTGCAAGTGCAGATCATGAGATTGGGAATAAACTATTTGGTCATTGGGTAGTGGGCAAGTGCAAAGCCAAC
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GGTTAATTAGCTTTTTACTGCAACTTTTCATAGGATAGGAGCTGTACATTACTGAGGCCTCATCGAAAAGAATGTAATGGATAAAGCTCACGGTGACACAATAATGCAATGACATGGAATGCTGTTGTGCATGAATCTACCGTAATTTTATTTCAGAACTAATTCAAACAGTTATTGCATTTGTCTAATCATTTCTATTT
TTTCCCCAAAAATGTTTCATAAATGCAATTCAATGTGTTTTTGGCTGCTTTTGTTCATGGGTATACTTATGTTTACAAGGAATAGTATAATCTTGGAAATTCAGTATGTTTTAAGAGACATTGATGTGTTGAAGTCTATTCACTGTTGAATTATTTTGGTGTTTGTGTGGATGTTATGAATGATTCCTGGCACATGACTA
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GCATGCGTGTGTGTAATGCACAGCTATTTTGCACTGTCCATAAAGAGTCTAAACATATTACCCTGGAGATTAAATGTTACAAATTTCATTTTATAGCCTCAGCTAGCAAAGTTCTCACTCTGCAAATTCTGAGGTTGTTTGTTAACCGACCAGAGTTTTTGTTATTGGGGATATTATTTCTGGAAATTTGCTTATTTTGA
TAAGTTGGGAGTTTTTCTTTTGTATCAATCTGTTTTATTTGCTTAAAGTTTCTATGAGAGATAAAATATGGCATGAGCATTTCTTTGTTTTATTTGTGTGCCATGGGAATCAGTCTTTGCAACAATACCCATCTTTCTCGGCAGGTGAGATTCTCCTACAGAATTATTAAAACTGGATTGTTGAAAAAACTGAAGTAACA
GTTCAAAGGAGTGGAGTTATTTGAGAAATGGAATCCCACAAGCAGGTAAACTAGCGGAAGTAGTAGCTATTGGTTGGGAATCAATGTTAGATGAACATGTCTTAATTGCATGCAATGCATAGATTCTTACTGATTTAATGGAATTGAAGTTCAACAGCTGATGTGTTAATGGCATGCATTGCATGGGTCGTCGCAAATTT
TAACAAACTTGAGAATTGGTTAAGTTTTTTAAAGATGTCAGTATGTCTTGGTGGTACAATCCAAGTCGGCTGTTTCTGTGGATCCAGAGGAAAATATGCATCTGGTTGATTTTTTGTGGTTCACATGTCTAATATGCTTTGGAGGCTTCAATAGAGAGAGTGCGAAGACTAAAGTAACATTGCAAAGGAAGGGCAAAGGA
AGCTTTTAGCAATGAAAGCTTGCAAGCCAGCTTAAGTAGTAGCTATGGATTGTGAATCAACAGCAGATGTGTTACTGGCATGCTTTCTGACCGATGTAATGAATTTGAAACTTGGATAAGTACTGTAAAGACATGCGAAGACAGAGACTGGTGGTGAGAACAATAGTGTAAAGACTAAAGTTAGGTAGGACATAGGATTC
TAATTCACAGCAAGTTATATTTTCTTTAAATTCTTAGAAATGTCTTTGGCCTTGTGGTTTGTATGTCTAACTGATATGCTTTGTAGCCTGATGGAGGGCTGTTTGCACATTTGTAAGATTAGAATTGTGTGTATGCTGCAAGTTGCTTCTTACTGCAGTCTGAAATTGAATACCTGGGTGTTCATTTTCATCAACATATT
TTATGCCATGGCCAGGTGCACAGGTGTCATGTAAGCTGACCTCTCTGACATAGAGTTCCATTTTTTTCACCGGAGTGAGCATTACTTTATATCTATAGGTCATCATCTTGAATGTTTCGTCATTAACCATATTTGACGTTATAATCTTGCTGGTTCCATTGAGTTGAATTTCATAGTCTCATCCTGTAGAAGAAAAACAT
CTGGAAGCTAATCACTGCATCTTTGTTGTATCCAATCATTGCTGCCATGTTTATACCTTTTTTCCAGTTGTAATTCCTGTAAACATTTCTGGAGTTGGATCTACATGTCAAAGCGCCTTCATAATGAGGAATAGGAGAAATTGACTCTATTAGAGGTTCTAATTTAATCTGTTTTGGAGGCTATATATTTTGTAAAGTGC
TACTGTGCTTGAGCCATAGCATTGCCTTGATTGGCATATGACACTATCCTATCTCTTATCCATTTCAGACTAACTAATTTCTTAGTGAATGCTCGAGCATCTCTCTTATCCATTTTAGATTGACTAATTTCTTAGTGAATGCTCCAGCATCTGATTTAACAGGTACACATTCTTATTTTTGAAGGTGGGTTGTGAAACAG
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CCCGGAGGACATGATGAGGGAAAAGCCAGGGTATGAGCATCTTAATGAGCCTCTGCATATTCTTGTGGAGGCGGAGATGCCTGCAAATATTATAGATGCTCGCTTGATGCAAGCACGTGATATACTAGAAGAATTGCTGAAACCCGTAGATGAGTCGCAAGATTTTTTCAAGAAGCAGCAATTAAGAGAGCTGGCCATTC
TGAATGGGACATTGAGAGAAGATGGTTCCTCCATGGCTGGTTCAGTATCTCCGTTCAACAGCAGTAACCTGGGAATGAAAAGGGCTAAAACCAGGGGGTAGATACCTGATGTATTGGCTTATGCCACACTCATTTTTTTGGACTTCCCGGTTGTCTGGAAGAATTCCATTATTTTGTTGTTAGATCCTATCCAAGTGGTC
CGGTAGTATAGTTTAACGAGTATATTGATAGTCTGTCCAGATGTGTACCTCGATATAAAGATGTATGCTGCTGGTAGGTTATGAGGGGGTTTTAGGAACAGTGGTTTCTGAGGTGTGGGTTTTACCCTTTTTCCCGTACAAATCAAATGTGTAATATTTATTACTCTTGTATTATTATATCAAGAAGGCTGAGTGCAAGA
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TATGCATTTTAAATAAAATGTAAGGATAATTTATCCTAGTGTATAGATTGTATGTTTAGATTTAATATTTGATCACCTGGCATAATAATTTGGTAACTTTTGTTAGCATTGTTGTGGGTCCATCTGGTCCAGACATTCAAAGAAGAGTTGCAATGTGTTGGTTGGCGGACTCTGAATTGTACAAGTAACTTTGTGCGTTT
TATTTGTGTTCTTTCGGAATTTAAGGCAGTAGGCCGATCTCCCGTAATTTTTATGGTGTGGCTCTTTTACTAGGATGTACCTGTCATTGCTATTG