sp|Q9C566|CYP40_ARATH ----> Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP40
Intron 1 GTATTCCTGT ... TCTGGGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 47.98 | 90 | 83 | 28 |
| A2 | 51.89 | 89 | 96 | 12 |
| A3 | 50.61 | 81 | 83 | 20 |
| A4 | 50.34 | 74 | 75 | 19 |
| A5 | 49.28 | 35 | 34 | 11 |
| A6 | 48.7 | 118 | 112 | 5 |
| A7 | 46.5 | 352 | 306 | 27 |
| A8 | 47.11 | 339 | 302 | 18 |
| A9 | 48.24 | 352 | 328 | 18 |
| A10 | 46.96 | 332 | 294 | 22 |
>TRINITY_DN37014_c0_g2_i2 from sample A9 / Example spliced isoformCTAAATTTGCCAAACCCCCCATGGGAGACCGTACTGTCAGTATAGGCGTTTCTAGAACAATCCAATCCCCTTCCGGTCATCCGAACATACTCCCGCCGGGCTCCGCGCTTTAAAGAAATTGAAAGATAAACTAAACCGACTCAGACATATTAATCTACGCTATAACACCAGGAATTAAGGACGAAAGCAGGCCCTAAGCC
TCACGCCTCGGCCAACCATAGTTATAACAACACAACTAGGGTTTTGGTTTTTGGCATGTTAAATCTGTTCCACTGGCTAGAGGTTCGAATCCACAGAGATGCAGAATCCAAAGTGTTACCTGGACATCACCATTGGGGAGGAACTGGAGGGGAGGATTGTAGTGGAGCTTTACAGTGATGTCGTACCCAAAACGGCTGAG
AATTTCAGGGCTCTGTGCACTGGAGAAAAGGGCATTGGTCCTCATACCGGTGTTCCCTTGCATTACAAGGGAGTTCCTTTCCATCGAGTTATCAAAGGTTTTATGATACAAGGTGGAGACACCTCAGCTCGTAACGGTACAGGGGGTGAATCAATATATGGATTAAAGTTTGATGATGAAAACTTTCAACTGAAACATGA
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CAGATTGTGGGGAGATACCAGAAGGATCAGATGATGGGATAGCTAATTTTTTCAAGGATGGAGATTTGTATCCAGACTGGCCAGCGGATCTTGATGAAAAATCTGCAGAAATTTCATGGTGGATGAATGCAGTAGATTCTGCAAAATGTTTTGGAAATGAAAATTATAAGAAAGCGGATTATAAGATGGCACTAAGAAAA
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GCGTGATGGGGAAGATAATGTAAAAGCCTTGTTCCGTCAGGGTCAGGCATACATGTCTCTGAAAGATATTGATTCTGCTGTAGCAAGCTTCAGGAGAGCATTGCAACTAGAACCTAATGATGGGGGGATTAGGAAGGAGCTTGCAGTTGCCACAAAGATGATTTCTGACAGGCGTGATCAGGAACGGAGAGCCTATGCAA
AGATGTTTCAATAGTCTATCCTATCAGTTTTGCCCGAATGTAGTTTTAGGTAAGTATATGCTTTTGTTTGTTGGCTGTAATTATTCTTGCTGCAGTGTGAAATTTGTTATGTATGTTGGAAATTGTTTCCATTTAGTTCGATGCATTTCCTGTGCCAGAACCAGCTTTGGGTTCCTGAAACAGCTTCAGGAACAATTCAG
ATCAGCCAGAATTAGCTCAGCGGTCTCTGGAAACCACTGAAGCCATCTTGCAATACTTTTTTAGTAAAAATTTTAAAACATTAGTGTTTTGTAACCCCATCTGAGCTGACTAACCCAAAGTGTAACCCCTGTAAATCATCATAAGAATAGAAACACAGAAGACACATTTCAAGAGGAGGGAAGGGCAAAACTGTCAATAA
AATGAGAAGCTTTTTCTCAGAGTAAAGATTATGGATTTTGAATGGCAGAGGAGAAATTCTCATCATTTTGAAGGGGCAACTTCTCAGAGGGCAGTGTATTTTTGAGTGGAGGGGCAGAATTTTCTCAGACGGCAGTGTCTTTTTGAGTGGAGGGCAGCATTTTCTCAATAGCACAATAGATCTCTTATATATGATCTTTT
AATGGGTGATATTTAAAGAATGAAGGTTACAGATATGACAAAATTCTCTCAGAAGTGTTGGAACATTCAATGCATCTTCAGCTCCAGCATGTTACATTAGAATCATGAATTTTGGAAATTTTCATATTTTTATTTAAAATCCTAGAAGTTGATAGTTTTGGAGGTTCTTGTTTTCCGAGACCCCTTTTCTAGCATTTCCC
TCATTTCTTCTAGTTTTGAAAGCAGCTTATCTGAATTTTCATGCTCCATCAACTCCTGTTTTTAGAAATTTGTTTTGCTATTTCCTATTGCCATTACCTATACTTGTGTACACGTTGGAAATCTGCTTTTAAATTTGACCGGAGCAAAGGAATCACTGCCAAAATGTTGAATGTGCAAAAATACTTTAGAAAATTATCAG
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ATTTTGGGACCAAGAAATTACTGGAGAGTACAGAGGTTGCACTTTTAGACATTGTTTGGATAGGTTTTGTTTGTTTGTTTTATGGTTTACCTGAATGGAGGTACACTAGGAAATAGATTTAGTATCAGAGAAGGCCCAGCACAGAATATTGAAAGCTATTTTGAAGGATGTTCACCCTATTTTCTGAGCTACTAATTCCC
TAAAATGCCAAACAATCAGGGCATATTGTCTGGGTGTTCCATAATTAATAATTTCGTCATTTATCAGTTCATGCCATGGTCATGTACGGAATAAATTTATAACTTCAACGGCATATGAGCCCTAGCATATAATATTGGAAGTATGTTGAAAAATACCTTATTTGGGAAGCATTTTAGACATTGCTTGGATAGTATTTTTT
GGAAGGTACACTGGGAATTAGATTCAGTATAAGAGAAGGCCCAGCACAGAATTTTGAAGTTATTTTGAAGGATGGTCACCCTTTTTTATGCGCTACTAATTCCCTAAAATGCCAAACAATCAGGGCTGGGTGTTCCATAATTAATAATTTCGTCATTTATCAGTTCATGCCATGGTCATGTACGGAATAAATTTATAACT
TCAACGGCATATGAGCCCTAGCATATAATATTGGAGTATGTTGAAAAATACTTTATTTGGGCATCATTTTAATATAAGGAATCACATTGGAGAATAGATTCAACATCAGAGGAGCCCTGGGCATTCTATTAGAGAAAAAACGAGTTTTTCTTGTCTTTTTATCCATTGTTTTGCCCATTGTTTTCCACTGCATGTGAGGG
TTTTTAGCGGTCAATGGATTAAGGATTATTTTGGGACCAAAGGATCAAGGATTAAGGTGGTGAAAGTTTGTCTTTTCATGATTTTTATTGTATTTTGGGACCAAGAAATTACTGGGGAGTACAGAGGTTTCACTTTTAGACATTGCTTGGATAGATTTTTTGAAAGGTACACTGGGAATTAGATTCAGTATCAGAGAAGG
CCCTGCACAGGATATTGAAGGTATTTTGAAGGATGTTCACCCTTTTTTTGAGCTACTAATTCCATAAAATGCCACACAATCGGGGCATATTGTCTGGGTGTTCCATAATTAATAATTTCGTCATTTATCAGTTTAACCATGGTCCCCAAAATAGATCAATCATGCATGGAACAAATTTATAAATTCAACAGCATAGACTA
TTGGAAGTATGTTGAAATAAACTTTATTTGGGCAGCATTTTATTGTAAGGAAGCACATTCGGAAATAGACTCAACATCTTAGGAGCCCTACCACGGAATAATGGAGGTATTTTGAAGGATCTTCACTTATTTGTTTAGGCTGCTATTTTCCTAAAATGCTGCAAGCAACCCTTAATTTTTTCTTCCCAAAACTTGAATAT
CAAATGTATTATTTATTATGTTGAAATGTTGTTTAGGTTGATGCAGAATTTTGCTGAGTTGTAAACCCCAGTTTGAGCTAGTTGTCAATGTCCAGTCCAAGTAGTGTAATATTGCTCTAATATTATATTTTTGATTATCAGAGGTGCATGTAAAATAATATTTGGCTGGAAAAAGGTTTATGATTGTGGTGCTTTTAGCA
TGTTTGTAAGTTGTTTGTTTCGAATGCTAACAGGTTATTTGGTTTTACAGGATATTAGAATCGGTTTAGGGAAAGTACAGGCCAGAGTATCAGACAGCAATTGATATCTCATTGGACTATATTGGGATTCTATATCAAAGGTACCCAATAATATAGGAACTGAGCAACACATTCAAATTAGAGTGGGAGCCACACAATTT
TATATTTATTAATAGGCAGGTAGCATTGTCTGTCAATGCAGCATCGCCAATGTCAAGTGTGAATATGAAGGATAATATTTTTTCAATTGATTGAACATGGCACGTTTTGAAATTTAATTCCCTTTTAAATGTGAACAGAGCTACTATACTATAGGAATGGAAAAATCCTTGAAGCACGACTAGTTGTTTTGGATTTAGAA
TGAATGTGAAAAACTCCTTTCTGGTAGATATTGTTGAATTGTAATGGACAAAAATAGAGGTAGGATGCAATGGTGATTTATTTTTCGTGAAAAGTTGATATTGTTGCCAGGGCATCTACTCACCTTGTGGAGGAAGCTCCTATCGATTAGTGGAACAACTTTGTGAAACGATTTGTGAGAAAACCTTATAATGTAGCTTG
TCATGTTATTTCCTCAATAATGCATTCAATTGCTTGCACCA
>TRINITY_DN37014_c0_g2_i9 from sample A9 / Example unspliced isoform:CTAAATTTGCCAAACCCCCCATGGGAGACCGTACTGTCAGTATAGGCGTTTCTAGAACAATCCAATCCCCTTCCGGTCATCCGAACATACTCCCGCCGGGCTCCGCGCTTTAAAGAAATTGAAAGATAAACTAAACCGACTCAGACATATTAATCTACGCTATAACACCAGGAATTAAGGACGAAAGCAGGCCCTAAGCC
TCACGCCTCGGCCAACCATAGTTATAACAACACAACTAGGGTTTTGGTTTTTGGCATGTTAAATCTGTTCCACTGGCTAGAGGTTCGAATCCACAGAGATGCAGAATCCAAAGTGTTACCTGGACATCACCATTGGGGAGGAACTGGAGGGGAGGATTGTAGTGGAGCTTTACAGTGATGTCGTACCCAAAACGGCTGAG
AATTTCAGGGCTCTGTGCACTGGAGAAAAGGGCATTGGTCCTCATACCGGTGTTCCCTTGCATTACAAGGGAGTTCCTTTCCATCGAGTTATCAAAGGTTTTATGATACAAGGTGGAGACACCTCAGCTCGTAACGGTACAGGGGGTGAATCAATATATGGATTAAAGTTTGATGATGAAAACTTTCAACTGAAACATGA
GCGCAAAGGAATGCTGTCAATGGCAAACTCTGGATCTAACACAAATGGCTCACAATTTTTCATCACAACAACAAGGACCTCCCATCTGGATGGGAAGCATGTTGTCTTTGGGAAAGTGATCAAAGGCATGGGAGTTGTGCGTGGCATTGAGCATACTCCCACAGAGGGTAGTGACTGTCCCGCTCTAGATGTTGTAATTT
CAGATTGTGGGGAGATACCAGAAGGATCAGATGATGGGATAGCTAATTTTTTCAAGGATGGAGATTTGTATCCAGACTGGCCAGCGGATCTTGATGAAAAATCTGCAGAAATTTCATGGTGGATGAATGCAGTAGATTCTGCAAAATGTTTTGGAAATGAAAATTATAAGAAAGCGGATTATAAGATGGCACTAAGAAAA
TACAGAAAGGCATTGCGCTATCTTGACATTTGCTGGGAAAAAGAAGAAATTGATGAGGgtattcctgttttccccggattcttgtatcctcactttccatgcttgaactctggccagatcatttcattacaaattatgtaattgtcattttattgtataacatatgtcgtggaagtaaaagtgtgaaatatcattttgtt
ttagttggtaagtttgtactgcgaagatatgaagcagataatttgtatgcttgtaatcaatttaaactccgataatgttttatgtagtctgtctttaccagcagaatgagatacttcattgaaggggcattaatagttgtaacttataaatggaattctggggcagGTCTAACAAGTTAGTGTTATGGGTTGGCAGAGAA
GAGCAATCATTTAAGGAAGACAAAGTCGCAAATCTTTACGAATAGTTCTGCTTGCAAGTTAAAATTAGGAGATTTAAAAGGTGCCTTATTGGACACAGAATTTGCAATGCGTGATGGGGAAGATAATGTAAAAGCCTTGTTCCGTCAGGGTCAGGCATACATGTCTCTGAAAGATATTGATTCTGCTGTAGCAAGCTTCA
GGAGAGCATTGCAACTAGAACCTAATGATGGGGGGATTAGGAAGGAGCTTGCAGTTGCCACAAAGATGATTTCTGACAGGCGTGATCAGGAACGGAGAGCCTATGCAAAGATGTTTCAATAGTCTATCCTATCAGTTTTGCCCGAATGTAGTTTTAGGTAAGTATATGCTTTTGTTTGTTGGCTGTAATTATTCTTGCTG
CAGTGTGAAATTTGTTATGTATGTTGGAAATTGTTTCCATTTAGTTCGATGCATTTCCTGTGCCAGAACCAGCTTTGGGTTCCTGAAACAGCTTCAGGAACAATTCAGATCAGCCAGAATTAGCTCAGCGGTCTCTGGAAACCACTGAAGCCATCTTGCAATACTTTTTTAGTAAAAATTTTAAAACATTAGTGTTTTGT
AACCCCATCTGAGCTGACTAACCCAAAGTGTAACCCCTGTAAATCATCATAAGAATAGAAACACAGAAGACACATTTCAAGAGGAGGGAAGGGCAAAACTGTCAATAAAATGAGAAGCTTTTTCTCAGAGTAAAGATTATGGATTTTGAATGGCAGAGGAGAAATTCTCATCATTTTGAAGGGGCAACTTCTCAGAGGGC
AGTGTATTTTTGAGTGGAGGGGCAGAATTTTCTCAGACGGCAGTGTCTTTTTGAGTGGAGGGCAGCATTTTCTCAATAGCACAATAGATCTCTTATATATGATCTTTTAATGGGTGATATTTAAAGAATGAAGGTTACAGATATGACAAAATTCTCTCAGAAGTGTTGGAACATTCAATGCATCTTCAGCTCCAGCATGT
TACATTAGAATCATGAATTTTGGAAATTTTCATATTTTTATTTAAAATCCTAGAAGTTGATAGTTTTGGAGGTTCTTGTTTTCCGAGACCCCTTTTCTAGCATTTCCCTCATTTCTTCTAGTTTTGAAAGCAGCTTATCTGAATTTTCATGCTCCATCAACTCCTGTTTTTAGAAATTTGTTTTGCTATTTCCTATTGCC
ATTACCTATACTTGTGTACACGTTGGAAATCTGCTTTTAAATTTGACCGGAGCAAAGGAATCACTGCCAAAATGTTGAATGTGCAAAAATACTTTAGAAAATTATCAGTTTTCCTGGTTGTAATTTTGCGCTATTTCAAAATTGAATTTTACTATTCAATCTTCAATGAACGAATTTCATTCCGCTAATACAATGAAACA
GGTCTCTCCTGTTTGGCGAGCTAATTTTGAACTTTTGGTCAAATGAGATTTGGTCAAACTTATATAGTTTGGTGGGGAAAGCTTGTGTCTTTTCAAGATTTTTATAGTATTTTGGGACCAAGAAATTACTGGAGAGTACAGAGGTTGCACTTTTAGACATTGTTTGGATAGGTTTTGTTTGTTTGTTTTATGGTTTACCT
GAATGGAGGTACACTAGGAAATAGATTTAGTATCAGAGAAGGCCCAGCACAGAATATTGAAAGCTATTTTGAAGGATGTTCACCCTATTTTCTGAGCTACTAATTCCCTAAAATGCCAAACAATCAGGGCATATTGTCTGGGTGTTCCATAATTAATAATTTCGTCATTTATCAGTTCATGCCATGGTCATGTACGGAAT
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CTACTAATTCCCTAAAATGCCAAACAATCAGGGCTGGGTGTTCCATAATTAATAATTTCGTCATTTATCAGTTCATGCCATGGTCATGTACGGAATAAATTTATAACTTCAACGGCATATGAGCCCTAGCATATAATATTGGAGTATGTTGAAAAATACTTTATTTGGGCATCATTTTAATATAAGGAATCACATTGGAG
AATAGATTCAACATCAGAGGAGCCCTGGGCATTCTATTAGAGAAAAAACGAGTTTTTCTTGTCTTTTTATCCATTGTTTTGCCCATTGTTTTCCACTGCATGTGAGGGTTTTTAGCGGTCAATGGATTAAGGATTATTTTGGGACCAAAGGATCAAGGATTAAGGTGGTGAAAGTTTGTCTTTTCATGATTTTTATTGTA
TTTTGGGACCAAGAAATTACTGGGGAGTACAGAGGTTTCACTTTTAGACATTGCTTGGATAGATTTTTTGAAAGGTACACTGGGAATTAGATTCAGTATCAGAGAAGGCCCTGCACAGGATATTGAAGGTATTTTGAAGGATGTTCACCCTTTTTTTGAGCTACTAATTCCATAAAATGCCACACAATCGGGGCATATTG
TCTGGGTGTTCCATAATTAATAATTTCGTCATTTATCAGTTTAACCATGGTCCCCAAAATAGATCAATCATGCATGGAACAAATTTATAAATTCAACAGCATAGACTATTGGAAGTATGTTGAAATAAACTTTATTTGGGCAGCATTTTATTGTAAGGAAGCACATTCGGAAATAGACTCAACATCTTAGGAGCCCTACC
ACGGAATAATGGAGGTATTTTGAAGGATCTTCACTTATTTGTTTAGGCTGCTATTTTCCTAAAATGCTGCAAGCAACCCTTAATTTTTTCTTCCCAAAACTTGAATATCAAATGTATTATTTATTATGTTGAAATGTTGTTTAGGTTGATGCAGAATTTTGCTGAGTTGTAAACCCCAGTTTGAGCTAGTTGTCAATGTC
CAGTCCAAGTAGTGTAATATTGCTCTAATATTATATTTTTGATTATCAGAGGTGCATGTAAAATAATATTTGGCTGGAAAAAGGTTTATGATTGTGGTGCTTTTAGCATGTTTGTAAGTTGTTTGTTTCGAATGCTAACAGGTTATTTGGTTTTACAGGATATTAGAATCGGTTTAGGGAAAGTACAGGCCAGAGTATCA
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GAACATGGCACGTTTTGAAATTTAATTCCCTTTTAAATGTGAACAGAGCTACTATACTATAGGAATGGAAAAATCCTTGAAGCACGACTAGTTGTTTTGGATTTAGAATGAATGTGAAAAACTCCTTTCTGGTAGATATTGTTGAATTGTAATGGACAAAAATAGAGGTAGGATGCAATGGTGATTTATTTTTCGTGAAA
AGTTGATATTGTTGCCAGGGCATCTACTCACCTTGTGGAGGAAGCTCCTATCGATTAGTGGAACAACTTTGTGAAACGATTTGTGAGAAAACCTTATAATGTAGCTTGTCATGTTATTTCCTCAATAATGCATTCAATTGCTTGCACCA
Intron 2 GTAGGACTTG ... TTATTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 2.49 | 391.8 | 1 | 10 |
| A2 | 0.85 | 465.4 | 0 | 4 |
| A3 | 0.91 | 437.8 | 1 | 4 |
| A4 | 3.14 | 370.2 | 0 | 12 |
| A5 | 4.15 | 138.6 | 2 | 6 |
| A6 | 0.66 | 748.2 | 0 | 5 |
| A7 | 0.28 | 2094.6 | 0 | 6 |
| A8 | 0.29 | 1750.8 | 0 | 5 |
| A9 | 0.72 | 1799.6 | 0 | 13 |
| A10 | 0.24 | 1606 | 0 | 4 |
>TRINITY_DN118866_c2_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoformCCGAACATACTCCCGCCGGGCTCCGCGCTTTAAAGAAATTGAAAGATAAACTAAACCGACTCAGACATATTAATCTACGCTATAACACCAGGAATTAAGGACGAAAGCAGGCCCTAAGCCTCACGCCTCGGCCAACCATAGTTATAACAACACAACTAGGGTTTTGGTTTTTGGCATGTTAAATCTGTTCCACTGGCTAG
AGGTTCGAATCCACAGAGATGCAGAATCCAAAGTGTTACCTGGACATCACCATTGGGGAGGAACTGGAGGGGAGGATTGTAGTGGAGCTTTACAGTGATGTCGTACCCAAAACGGCTGAGAATTTCAGGGCTCTGTGCACTGGAGAAAAGGGCATTGGTCCTCATACCGGTGTTCCCTTGCATTACAAGGGAGTTCCTTT
CCATCGAGTTATCAAAGGTTTTATGATACAAGGTGGAGACACCTCAGCTCGTAACGGTACAGGGGGTGAATCAATATATGGATTAAAGTTTGATGATGAAAACTTTCAACTGAAACATGAGCGCAAAGGAATGCTGTCAATGGCAAACTCTGGATCTAACACAAATGGCTCACAATTTTTCATCACAACAACAAGGACCT
CCCATCTGGATGGGAAGCATGTTGTCTTTGGGAAAGTGATCAAAGGCATGGGAGTTGTGCGTGGCATTGAGCATACTCCCACAGAGGGTAGTGACTGTCCCGCTCTAGATGTTGTAATTTCAGATTGTGGGGAGATACCAGAAGGATCAGATGATGGGATAGCTAATTTTTTCAAGGATGGAGATTTGTATCCAGACTGG
CCAGCGGATCTTGATGAAAAATCTGCAGAAATTTCATGGTGGATGAATGCAGTAGATTCTGCAAAATGTTTTGGAAATGAAAATTATAAGAAAGCGGATTATAAGATGGCACTAAGAAAATACAGAAAGGCATTGCGCTATCTTGACATTTGCTGGGAAAAAGAAGAAATTGATGAGGAGAAGAGCAATCATTTAAGGAA
GACAAAGTCGCAAATCTTTACGAATAGTTCTGCTTGCAAGTTAAAATTAGGAGATTTAAAAGGTGCCTTATTGGACACAGAATTTGCAATGCGTGATGGGGAAGATAATGTAAAAGCCTTGTTCCGTCAGGGTCAGGCATACATGTCTCTGAAAGATATTGATTCTGCTGTAGCAAGCTTCAGGAGAGCATTGCAACTAG
AACCTAATGATGGGGGGATTAGGAAGGAGCTTGCAGTTGCCACAAAGATGATTTCTGACAGGCGTGATCAGGAACGGAGAGCCTATGCAAAGATGTTTCAATAGTCTATCCTATCAGTTTTGCCCGAATGTAGTTTTAGGATATTAGAATCGGTTTAGGGAAAGTACAGGCCAGAGTATCAGACAGCAATTGATATCTCA
TTGGACTATATTGGGATTCTATATCAAAGGTACCCAATAATATAGGAACTGAGCAACACATTCAAATTAGAGTGGGAGCCACACAATTTTATATTTATTAATAGGCAGGTAGCATTGTCTGTCAATGCAGCATCGCCAATGTCAAGTGTGAATATGAAGGATAATATTTTTTCAATTGATTGAACATGGCACGTTTTGAA
ATTTAATTCCCTTTTAAATGTGAACAGAGCTACTATACTATAGGAATGGAAAAATCCTTGAAGCACGACTAGTTGTTTTGGATTTAGAATGAATGTGAAAAACTCCTTTCTGGTAGATATTGTTGAATTGTAATGGACAAAAATAGAGGTAGGATGCAATGGTGATTTATTTTTCGTGAAAAGTTGATATTGTTGCCAGG
GCATCTACTCACCTTGTGGAGGAAGCTCCTATCGATTAGTGGAACAACTTTGTGAAACGATTTGTGAGAAAACCTTATAATGTAG
>TRINITY_DN118866_c2_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTTTTGGAAATGAAAATTATAAGgtaggacttgatgggatctactatttattggttgcagcaatttcatggtttgtactaagcttttcagtttcttgtggtctggactctgtacatttcatgcgtttgttggttattatgtactcaatttcatgttattctcgttaacagcttaaaatccttgcaatataacctctaaat
ttctttctaaatctcagagctaatggagaaaatagtatgactgtgaagatgtaggttccagtaaaacacagcatattttcatattcttactttgggcttgttatttgcagAAAGCGGATTATAAGATGGCACTAAGAAAATACAGAAAGGCATTGCGCTATCTTGACATTTGCTGGGAAAAAGAAGAAATTGATGAGGGT
ATTCCTGTTTTCCCCGGATTCTTGTATCCTCACTTTCCATGCTTGAACTCTGGCCAGATCATTTCATTACAAATTATGTAATTGTCATTTTATTGTATAACATATGTCGTGGAAGTAAAAGTGTGAAATATCATTTTGTTTTAGTTGGTAAGTTTGTACTGCGAAGATATGAAGCAGATAATTTGTATGCTTGTAATCAA
TTTAAACTCCGATAATGTTTTATGTAGTCTGTCTTTACCAGCAGAATGAGATACTTCATTGAAGGGGCATTAATAGTTGTAACTTATAAATGGAATTCTGGGGCAGGTCTAACAAGTTAGTGTTATGGGTTGGCAGAGAAGAGCAATCATTTAAGGAAGACAAAGTCGCAAATCTTTACGAATAGTTCTGTAAGTGATCT
GTAAGAATTTCTATTTTGTTTTGCTTCTTGTTAGTATTAACTTTGGAGTTCTGTATTTAGTGAAAATATAAATTTAAGTAACGAGTACTTTGTTAAGACATTGATAAGTTATGGATTCTTAGATAGCTTTTGTTTTAGTTTCCATTAAATACTGGTGTTAACCATATGTAGAGGTTAACCTGATGGGATTTGCTCTACAA
GTTGCTGTAGGTGCAGTGTTTTTGTTTTTTATTAATCAGACAGACCAAAAATATAGGCAGTTAGGGGAAAGCATGTTGTCAAACGTTCTGTTTTGTATAGGTTGTCTGATAGTTGATAGACTCTCACGATTTTCTGTTATGCATTCACCATTATAGTGCTCATACTTATTTCTACAGTTTTATAAAATTCTTTGTTGGGC
AAATAATGGGATTCAGTACCAGCAGGACTTTAGCTTTGCATGAGACATTGGTGTTTACTACTATTTTTTTGGTTTATCCTGTCAGAATTTGTGCTAGTTAATTTCATGTTAAGTTTAACCTATTAAGATCTTCCTTTCTGGTTGTATGAGGATTTTATTTCAGTTCATCTGGTGTTAGTTTTTCATATTAGCCCGAATTG
CTGTTCTTGTAAAATGATATTCTATTTTCTTTTCCCGAAGGAAAATTTTGCAAGATTCTCCTCTCTTCCTTGGAATACCTGGATGGAGGATGATGTCAACTGCCAGCTGCAAGACTGGCTGGTAACCTGGAAGGACTTGACTGGATTGGAACCTGTGACCTCCCCAGATGAAGCATGCCTTTAGTGGATGGTCCAACCGA
TTTAGTTAACCCTTGGGCTAAATGACATTCTTGTTATTCTGATATCTTTTTGTTGAAAAGGATTGAACTTTTGAATGAATTTTGAGAAATTTGAATTTCATAAGTTGGGTCCATTTTAGTATGTTTGGCGTGAAATCTGGTCTGAGTGCTTGTATGTTTCAGTTTGTTTTTCATGTCATGTTGGCAGTTTTTTATTTCTG
TGTAATTTACCATTGGGCTATTCAGAGCCCTTTACTAGGTTAAATAATTATTTTTAAGTCAGTAGAAGGTTGCATAATGCTTAGGATTGTATCTGTTTGAAATTGGAATGGCCAGTGCTATTTTCCTTATTGTCCCCAATATCAAAACAGACTGGCTAGATTTAGGCCATGCTTATGTTGGATTGTTATATTGCATCTGA
TTTGGTCCATAACTGCCAACTGATTGGAGATACAATGCAACAACCCTGTGCCTTTGATTTTGTGAGCATGAGAATTCGAGTTATGATCATACTGATAAAATTTTATAATTGACATGAAGTGATAGGGTGAACACACTCGAGAAATATATACCCACGTATACTACTTTACAACTGTAGATGTAGGGACACAGCTCTACGTA
AAGTTATAATATTTAATAACTAAGATATATAATTATGTCAGTTTCACGTACAGTACATGCCCTTCCCAATGGAAAGGTTTTGTCCTCAAAGCATAAGAGGAAACAGAACAAAAACATTGTTGAAGCTTAGAACGATAGCGCCATATTGTAGAAGCATCAATCCATTTCAGGCTGAGGATTTTTGGATAAGACATCTCTTA
ATATGATTCCAAGCATGCCTATGGAAATGAGTCTTATTGGCATTCTTATATTTTGGAACATGCACAGATTATACAATATTGTCTTTTGTTTAAAATAAAGTGAATATTGGTAAAATTGTCTGAATAGAGTGATGAGTCTCTTGA
Intron 3 GTAAGTATAT ... GGTTTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.21 | 294 | 144 | 87 |
| A2 | 28.29 | 313 | 164 | 83 |
| A3 | 27.16 | 299 | 126 | 97 |
| A4 | 30.33 | 139 | 78 | 43 |
| A5 | 27.21 | 107 | 42 | 38 |
| A6 | 27.54 | 921 | 368 | 332 |
| A7 | 27.57 | 2129 | 1047 | 574 |
| A8 | 26.81 | 2477 | 1046 | 769 |
| A9 | 27.36 | 1950 | 860 | 609 |
| A10 | 28.04 | 1612 | 731 | 525 |
>TRINITY_DN37014_c0_g2_i6 from sample A9 / Example spliced isoformCTAAATTTGCCAAACCCCCCATGGGAGACCGTACTGTCAGTATAGGCGTTTCTAGAACAATCCAATCCCCTTCCGGTCATCCGAACATACTCCCGCCGGGCTCCGCGCTTTAAAGAAATTGAAAGATAAACTAAACCGACTCAGACATATTAATCTACGCTATAACACCAGGAATTAAGGACGAAAGCAGGCCCTAAGCC
TCACGCCTCGGCCAACCATAGTTATAACAACACAACTAGGGTTTTGGTTTTTGGCATGTTAAATCTGTTCCACTGGCTAGAGGTTCGAATCCACAGAGATGCAGAATCCAAAGTGTTACCTGGACATCACCATTGGGGAGGAACTGGAGGGGAGGATTGTAGTGGAGCTTTACAGTGATGTCGTACCCAAAACGGCTGAG
AATTTCAGGGCTCTGTGCACTGGAGAAAAGGGCATTGGTCCTCATACCGGTGTTCCCTTGCATTACAAGGGAGTTCCTTTCCATCGAGTTATCAAAGGTTTTATGATACAAGGTGGAGACACCTCAGCTCGTAACGGTACAGGGGGTGAATCAATATATGGATTAAAGTTTGATGATGAAAACTTTCAACTGAAACATGA
GCGCAAAGGAATGCTGTCAATGGCAAACTCTGGATCTAACACAAATGGCTCACAATTTTTCATCACAACAACAAGGACCTCCCATCTGGATGGGAAGCATGTTGTCTTTGGGAAAGTGATCAAAGGCATGGGAGTTGTGCGTGGCATTGAGCATACTCCCACAGAGGGTAGTGACTGTCCCGCTCTAGATGTTGTAATTT
CAGATTGTGGGGAGATACCAGAAGGATCAGATGATGGGATAGCTAATTTTTTCAAGGATGGAGATTTGTATCCAGACTGGCCAGCGGATCTTGATGAAAAATCTGCAGAAATTTCATGGTGGATGAATGCAGTAGATTCTGCAAAATGTTTTGGAAATGAAAATTATAAGAAAGCGGATTATAAGATGGCACTAAGAAAA
TACAGAAAGGCATTGCGCTATCTTGACATTTGCTGGGAAAAAGAAGAAATTGATGAGGGTATTCCTGTTTTCCCCGGATTCTTGTATCCTCACTTTCCATGCTTGAACTCTGGCCAGATCATTTCATTACAAATTATGTAATTGTCATTTTATTGTATAACATATGTCGTGGAAGTAAAAGTGTGAAATATCATTTTGTT
TTAGTTGGTAAGTTTGTACTGCGAAGATATGAAGCAGATAATTTGTATGCTTGTAATCAATTTAAACTCCGATAATGTTTTATGTAGTCTGTCTTTACCAGCAGAATGAGATACTTCATTGAAGGGGCATTAATAGTTGTAACTTATAAATGGAATTCTGGGGCAGGTCTAACAAGTTAGTGTTATGGGTTGGCAGAGAA
GAGCAATCATTTAAGGAAGACAAAGTCGCAAATCTTTACGAATAGTTCTGCTTGCAAGTTAAAATTAGGAGATTTAAAAGGTGCCTTATTGGACACAGAATTTGCAATGCGTGATGGGGAAGATAATGTAAAAGCCTTGTTCCGTCAGGGTCAGGCATACATGTCTCTGAAAGATATTGATTCTGCTGTAGCAAGCTTCA
GGAGAGCATTGCAACTAGAACCTAATGATGGGGGGATTAGGAAGGAGCTTGCAGTTGCCACAAAGATGATTTCTGACAGGCGTGATCAGGAACGGAGAGCCTATGCAAAGATGTTTCAATAGTCTATCCTATCAGTTTTGCCCGAATGTAGTTTTAGGATATTAGAATCGGTTTAGGGAAAGTACAGGCCAGAGTATCAG
ACAGCAATTGATATCTCATTGGACTATATTGGGATTCTATATCAAAGGTACCCAATAATATAGGAACTGAGCAACACATTCAAATTAGAGTGGGAGCCACACAATTTTATATTTATTAATAGGCAGGTAGCATTGTCTGTCAATGCAGCATCGCCAATGTCAAGTGTGAATATGAAGGATAATATTTTTTCAATTGATTG
AACATGGCACGTTTTGAAATTTAATTCCCTTTTAAATGTGAACAGAGCTACTATACTATAGGAATGGAAAAATCCTTGAAGCACGACTAGTTGTTTTGGATTTAGAATGAATGTGAAAAACTCCTTTCTGGTAGATATTGTTGAATTGTAATGGACAAAAATAGAGGTAGGATGCAATGGTGATTTATTTTTCGTGAAAA
GTTGATATTGTTGCCAGGGCATCTACTCACCTTGTGGAGGAAGCTCCTATCGATTAGTGGAACAACTTTGTGAAACGATTTGTGAGAAAACCTTATAATGTAGCTTGTCATGTTATTTCCTCAATAATGCATTCAATTGCTTGCACCA
>TRINITY_DN37014_c0_g2_i9 from sample A9 / Example unspliced isoform:CTAAATTTGCCAAACCCCCCATGGGAGACCGTACTGTCAGTATAGGCGTTTCTAGAACAATCCAATCCCCTTCCGGTCATCCGAACATACTCCCGCCGGGCTCCGCGCTTTAAAGAAATTGAAAGATAAACTAAACCGACTCAGACATATTAATCTACGCTATAACACCAGGAATTAAGGACGAAAGCAGGCCCTAAGCC
TCACGCCTCGGCCAACCATAGTTATAACAACACAACTAGGGTTTTGGTTTTTGGCATGTTAAATCTGTTCCACTGGCTAGAGGTTCGAATCCACAGAGATGCAGAATCCAAAGTGTTACCTGGACATCACCATTGGGGAGGAACTGGAGGGGAGGATTGTAGTGGAGCTTTACAGTGATGTCGTACCCAAAACGGCTGAG
AATTTCAGGGCTCTGTGCACTGGAGAAAAGGGCATTGGTCCTCATACCGGTGTTCCCTTGCATTACAAGGGAGTTCCTTTCCATCGAGTTATCAAAGGTTTTATGATACAAGGTGGAGACACCTCAGCTCGTAACGGTACAGGGGGTGAATCAATATATGGATTAAAGTTTGATGATGAAAACTTTCAACTGAAACATGA
GCGCAAAGGAATGCTGTCAATGGCAAACTCTGGATCTAACACAAATGGCTCACAATTTTTCATCACAACAACAAGGACCTCCCATCTGGATGGGAAGCATGTTGTCTTTGGGAAAGTGATCAAAGGCATGGGAGTTGTGCGTGGCATTGAGCATACTCCCACAGAGGGTAGTGACTGTCCCGCTCTAGATGTTGTAATTT
CAGATTGTGGGGAGATACCAGAAGGATCAGATGATGGGATAGCTAATTTTTTCAAGGATGGAGATTTGTATCCAGACTGGCCAGCGGATCTTGATGAAAAATCTGCAGAAATTTCATGGTGGATGAATGCAGTAGATTCTGCAAAATGTTTTGGAAATGAAAATTATAAGAAAGCGGATTATAAGATGGCACTAAGAAAA
TACAGAAAGGCATTGCGCTATCTTGACATTTGCTGGGAAAAAGAAGAAATTGATGAGGGTATTCCTGTTTTCCCCGGATTCTTGTATCCTCACTTTCCATGCTTGAACTCTGGCCAGATCATTTCATTACAAATTATGTAATTGTCATTTTATTGTATAACATATGTCGTGGAAGTAAAAGTGTGAAATATCATTTTGTT
TTAGTTGGTAAGTTTGTACTGCGAAGATATGAAGCAGATAATTTGTATGCTTGTAATCAATTTAAACTCCGATAATGTTTTATGTAGTCTGTCTTTACCAGCAGAATGAGATACTTCATTGAAGGGGCATTAATAGTTGTAACTTATAAATGGAATTCTGGGGCAGGTCTAACAAGTTAGTGTTATGGGTTGGCAGAGAA
GAGCAATCATTTAAGGAAGACAAAGTCGCAAATCTTTACGAATAGTTCTGCTTGCAAGTTAAAATTAGGAGATTTAAAAGGTGCCTTATTGGACACAGAATTTGCAATGCGTGATGGGGAAGATAATGTAAAAGCCTTGTTCCGTCAGGGTCAGGCATACATGTCTCTGAAAGATATTGATTCTGCTGTAGCAAGCTTCA
GGAGAGCATTGCAACTAGAACCTAATGATGGGGGGATTAGGAAGGAGCTTGCAGTTGCCACAAAGATGATTTCTGACAGGCGTGATCAGGAACGGAGAGCCTATGCAAAGATGTTTCAATAGTCTATCCTATCAGTTTTGCCCGAATGTAGTTTTAGgtaagtatatgcttttgtttgttggctgtaattattcttgctg
cagtgtgaaatttgttatgtatgttggaaattgtttccatttagttcgatgcatttcctgtgccagaaccagctttgggttcctgaaacagcttcaggaacaattcagatcagccagaattagctcagcggtctctggaaaccactgaagccatcttgcaatacttttttagtaaaaattttaaaacattagtgttttgt
aaccccatctgagctgactaacccaaagtgtaacccctgtaaatcatcataagaatagaaacacagaagacacatttcaagaggagggaagggcaaaactgtcaataaaatgagaagctttttctcagagtaaagattatggattttgaatggcagaggagaaattctcatcattttgaaggggcaacttctcagagggc
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tacattagaatcatgaattttggaaattttcatatttttatttaaaatcctagaagttgatagttttggaggttcttgttttccgagaccccttttctagcatttccctcatttcttctagttttgaaagcagcttatctgaattttcatgctccatcaactcctgtttttagaaatttgttttgctatttcctattgcc
attacctatacttgtgtacacgttggaaatctgcttttaaatttgaccggagcaaaggaatcactgccaaaatgttgaatgtgcaaaaatactttagaaaattatcagttttcctggttgtaattttgcgctatttcaaaattgaattttactattcaatcttcaatgaacgaatttcattccgctaatacaatgaaaca
ggtctctcctgtttggcgagctaattttgaacttttggtcaaatgagatttggtcaaacttatatagtttggtggggaaagcttgtgtcttttcaagatttttatagtattttgggaccaagaaattactggagagtacagaggttgcacttttagacattgtttggataggttttgtttgtttgttttatggtttacct
gaatggaggtacactaggaaatagatttagtatcagagaaggcccagcacagaatattgaaagctattttgaaggatgttcaccctattttctgagctactaattccctaaaatgccaaacaatcagggcatattgtctgggtgttccataattaataatttcgtcatttatcagttcatgccatggtcatgtacggaat
aaatttataacttcaacggcatatgagccctagcatataatattggaagtatgttgaaaaataccttatttgggaagcattttagacattgcttggatagtattttttggaaggtacactgggaattagattcagtataagagaaggcccagcacagaattttgaagttattttgaaggatggtcacccttttttatgcg
ctactaattccctaaaatgccaaacaatcagggctgggtgttccataattaataatttcgtcatttatcagttcatgccatggtcatgtacggaataaatttataacttcaacggcatatgagccctagcatataatattggagtatgttgaaaaatactttatttgggcatcattttaatataaggaatcacattggag
aatagattcaacatcagaggagccctgggcattctattagagaaaaaacgagtttttcttgtctttttatccattgttttgcccattgttttccactgcatgtgagggtttttagcggtcaatggattaaggattattttgggaccaaaggatcaaggattaaggtggtgaaagtttgtcttttcatgatttttattgta
ttttgggaccaagaaattactggggagtacagaggtttcacttttagacattgcttggatagattttttgaaaggtacactgggaattagattcagtatcagagaaggccctgcacaggatattgaaggtattttgaaggatgttcaccctttttttgagctactaattccataaaatgccacacaatcggggcatattg
tctgggtgttccataattaataatttcgtcatttatcagtttaaccatggtccccaaaatagatcaatcatgcatggaacaaatttataaattcaacagcatagactattggaagtatgttgaaataaactttatttgggcagcattttattgtaaggaagcacattcggaaatagactcaacatcttaggagccctacc
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cagtccaagtagtgtaatattgctctaatattatatttttgattatcagaggtgcatgtaaaataatatttggctggaaaaaggtttatgattgtggtgcttttagcatgtttgtaagttgtttgtttcgaatgctaacaggttatttggttttacagGATATTAGAATCGGTTTAGGGAAAGTACAGGCCAGAGTATCA
GACAGCAATTGATATCTCATTGGACTATATTGGGATTCTATATCAAAGGTACCCAATAATATAGGAACTGAGCAACACATTCAAATTAGAGTGGGAGCCACACAATTTTATATTTATTAATAGGCAGGTAGCATTGTCTGTCAATGCAGCATCGCCAATGTCAAGTGTGAATATGAAGGATAATATTTTTTCAATTGATT
GAACATGGCACGTTTTGAAATTTAATTCCCTTTTAAATGTGAACAGAGCTACTATACTATAGGAATGGAAAAATCCTTGAAGCACGACTAGTTGTTTTGGATTTAGAATGAATGTGAAAAACTCCTTTCTGGTAGATATTGTTGAATTGTAATGGACAAAAATAGAGGTAGGATGCAATGGTGATTTATTTTTCGTGAAA
AGTTGATATTGTTGCCAGGGCATCTACTCACCTTGTGGAGGAAGCTCCTATCGATTAGTGGAACAACTTTGTGAAACGATTTGTGAGAAAACCTTATAATGTAGCTTGTCATGTTATTTCCTCAATAATGCATTCAATTGCTTGCACCA
Intron 4 GTCTAACAAG ... GGGTTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.19 | 456 | 90 | 268 |
| A2 | 25.65 | 384 | 89 | 176 |
| A3 | 26.75 | 345 | 81 | 171 |
| A4 | 25.63 | 267 | 74 | 110 |
| A5 | 28.33 | 148 | 35 | 82 |
| A6 | 25.04 | 702 | 118 | 351 |
| A7 | 26.36 | 1805 | 352 | 940 |
| A8 | 25.51 | 1692 | 339 | 820 |
| A9 | 25.6 | 1642 | 352 | 778 |
| A10 | 26.97 | 1565 | 332 | 824 |
>TRINITY_DN40693_c1_g1_i9 from sample A7 / Example spliced isoformGGCGTTTCTAGAACAATCCAATCCCCTTCCGGTCATCCGAACATACTCCCGCCGGGCTCCGCGCTTTAAAGAAATTGAAAGATAAACTAAACCGACTCAGACATATTAATCTACGCTATAACACCAGGAATTAAGGACGAAAGCAGGCCCTAAGCCTCACGCCTCGGCCAACCATAGTTATAACAACACAACTAGGGTTT
TGGTTTTTGGCATGTTAAATCTGTTCCACTGGCTAGAGGTTCGAATCCACAGAGATGCAGAATCCAAAGTGTTACCTGGACATCACCATTGGGGAGGAACTGGAGGGGAGGATTGTAGTGGAGCTTTACAGTGATGTCGTACCCAAAACGGCTGAGAATTTCAGGGCTCTGTGCACTGGAGAAAAGGGCATTGGTCCTCA
TACCGGTGTTCCCTTGCATTACAAGGGAGTTCCTTTCCATCGAGTTATCAAAGGTTTTATGATACAAGGTGGAGACACCTCAGCTCGTAACGGTACAGGGGGTGAATCAATATATGGATTAAAGTTTGATGATGAAAACTTTCAACTGAAACATGAGCGCAAAGGAATGCTGTCAATGGCAAACTCTGGATCTAACACAA
ATGGCTCACAATTTTTCATCACAACAACAAGGACCTCCCATCTGGATGGGAAGCATGTTGTCTTTGGGAAAGTGATCAAAGGCATGGGAGTTGTGCGTGGCATTGAGCATACTCCCACAGAGGGTAGTGACTGTCCCGCTCTAGATGTTGTAATTTCAGATTGTGGGGAGATACCAGAAGGATCAGATGATGGGATAGCT
AATTTTTTCAAGGATGGAGATTTGTATCCAGACTGGCCAGCGGATCTTGATGAAAAATCTGCAGAAATTTCATGGTGGATGAATGCAGTAGATTCTGCAAAATGTTTTGGAAATGAAAATTATAAGAAAGCGGATTATAAGATGGCACTAAGAAAATACAGAAAGGCATTGCGCTATCTTGACATTTGCTGGGAAAAAGA
AGAAATTGATGAGGAGAAGAGCAATCATTTAAGGAAGACAAAGTCGCAAATCTTTACGAATAGTTCTGCTTGCAAGTTAAAATTAGGAGATTTAAAAGGTGCCTTATTGGACACAGAATTTGCAATGCGTGATGGGGAAGATAATGTAAAAGCCTTGTTCCGTCAGGGTCAGGCATACATGTCTCTGAAAGATATTGATT
CTGCTGTAGCAAGCTTCAGGAGAGCATTGCAACTAGAACCTAATGATGGGGGGATTAGGAAGGAGCTTGCAGTTGCCACAAAGATGATTTCTGACAGGCGTGATCAGGAACGGAGAGCCTATGCAAAGATGTTTCAATAGTCTATCCTATCAGTTTTGCCCGAATGTAGTTTTAGAACCAGCTTTGGGTTCCTGAAACAG
CTTCAGGAACAATTCAGATCAGCCAGAATTAGCTCAGCGGTCTCTGGAAACCACTGAAGCCATCTTGCAATACTTTTTTAGTAAAATTTTTAAAACATTAGTGTTTTGTAACCCCATCTGAGCTGACTAACCCAAAGTGTAACCCCTGTAAATCATCATAAGAATAGAAACACAGAAGACACATTTCAAGAGGAGGGAAG
GGCAAAACTGTCAATAAAATGAGAAGCTTTTTCTCAGAGTAAAGATTATGGATTTTGAATGGCAGAGGAGAAATTCTCATCATTTTGAAGGGGCAACTTCTCAGAGGGCAGTGTATTTTTGAGTGGAGGGGCAGAATTTTCTCAGACGGCAGTGTCTTTTTGAGTGGAGGGCAGCATTTTCTCAATAGCACAATAGATCT
CTTATATATGATCTTTTAATGGGTGATATTTAAAGAATGAAGGTTACAGATATGACAAAATTCTCTCAGAAGTGTTGGAACATTCAATGCATCTTCAGCTCCAGCATGTTACATTAGAATCATGAATTTTGGAAATTTTCATATTTTTATTTAAAATCCTAGAAGTTGATAGTTTTGGAGGTTCTTGTTTTCCGAGACCC
CTTTTCTAGCATTTCCCTCATTTCTTCTAGTTTTGAAAGCAGCTTATCTGAATTTTCATGCTCCATCAACTCCTGTTTTTAGAAATTTGTTTTGCTATTTCCTATTGCCATTACCTATACTTGTGTACACGTTGGAAATCTGCTTTTAAATTTGACCGGAGCAAAGGAATCACTGCCAAAATGTTGAATGTGCAAAAATA
CTTTAGAAAATTATCAGTTTTCCTGGTTGTAATTTTGCGCTATTTCAAAATTGAATTTTACTATTCAATCTTCAATGAACGAATTTCATTCCGCTAATACAATGAAACAGGTCTCTCCTGTTTGGCGAGCTAATTTTGAACTTTTGGTCAAATGAGATTTGGTCAAACTTATATAGTTTGGTG
>TRINITY_DN40693_c1_g1_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:GGCGTTTCTAGAACAATCCAATCCCCTTCCGGTCATCCGAACATACTCCCGCCGGGCTCCGCGCTTTAAAGAAATTGAAAGATAAACTAAACCGACTCAGACATATTAATCTACGCTATAACACCAGGAATTAAGGACGAAAGCAGGCCCTAAGCCTCACGCCTCGGCCAACCATAGTTATAACAACACAACTAGGGTTT
TGGTTTTTGGCATGTTAAATCTGTTCCACTGGCTAGAGGTTCGAATCCACAGAGATGCAGAATCCAAAGTGTTACCTGGACATCACCATTGGGGAGGAACTGGAGGGGAGGATTGTAGTGGAGCTTTACAGTGATGTCGTACCCAAAACGGCTGAGAATTTCAGGGCTCTGTGCACTGGAGAAAAGGGCATTGGTCCTCA
TACCGGTGTTCCCTTGCATTACAAGGGAGTTCCTTTCCATCGAGTTATCAAAGGTTTTATGATACAAGGTGGAGACACCTCAGCTCGTAACGGTACAGGGGGTGAATCAATATATGGATTAAAGTTTGATGATGAAAACTTTCAACTGAAACATGAGCGCAAAGGAATGCTGTCAATGGCAAACTCTGGATCTAACACAA
ATGGCTCACAATTTTTCATCACAACAACAAGGACCTCCCATCTGGATGGGAAGCATGTTGTCTTTGGGAAAGTGATCAAAGGCATGGGAGTTGTGCGTGGCATTGAGCATACTCCCACAGAGGGTAGTGACTGTCCCGCTCTAGATGTTGTAATTTCAGATTGTGGGGAGATACCAGAAGGATCAGATGATGGGATAGCT
AATTTTTTCAAGGATGGAGATTTGTATCCAGACTGGCCAGCGGATCTTGATGAAAAATCTGCAGAAATTTCATGGTGGATGAATGCAGTAGATTCTGCAAAATGTTTTGGAAATGAAAATTATAAGAAAGCGGATTATAAGATGGCACTAAGAAAATACAGAAAGGCATTGCGCTATCTTGACATTTGCTGGGAAAAAGA
AGAAATTGATGAGGgtctaacaagttagtgttatgggttggcagAGAAGAGCAATCATTTAAGGAAGACAAAGTCGCAAATCTTTACGAATAGTTCTGCTTGCAAGTTAAAATTAGGAGATTTAAAAGGTGCCTTATTGGACACAGAATTTGCAATGCGTGATGGGGAAGATAATGTAAAAGCCTTGTTCCGTCAGGGTC
AGGCATACATGTCTCTGAAAGATATTGATTCTGCTGTAGCAAGCTTCAGGAGAGCATTGCAACTAGAACCTAATGATGGGGGGATTAGGAAGGAGCTTGCAGTTGCCACAAAGATGATTTCTGACAGGCGTGATCAGGAACGGAGAGCCTATGCAAAGATGTTTCAATAGTCTATCCTATCAGTTTTGCCCGAATGTAGT
TTTAGGATATTAGAATCGGTTTAGGGAAAGTACAGGCCAGAGTATCAGACAGCAATTGATATCTCATTGGACTATATTGGGATTCTATATCAAAGGTACCCAATAATATAGGAACTGAGCAACACATTCAAATTAGAGTGGGAGCCACACAATTTTATATTTATTAATAGGCAGGTAGCATTGTCTGTCAATGCAGCATC
GCCAATGTCAAGTGTGAATATGAAGGATAATATTTTTTCAATTGATTGAACATGGCACGTTTTGAAATTTAATTCCCTTTTAAATGTGAACAGAGCTACTATACTATAGGAATGGAAAAATCCTTGAAGCACGACTAGTTGTTTTGGATTTAGAATGAATGTGAAAAACTCCTTTCTGGTAGATATTGTTGAATTGTAAT
GGACAAAAATAGAGGTAGGATGCAATGGTGATTTATTTTTCGTGAAAAGTTGATATTGTTGCCAGGGCATCTACTCACCTTGTGGAGGAAGCTCCTATCGATTAGTGGAACAACTTTGTGAAACGATTTGTGAGAAAACCTTATAATGTAGCTTGTCATGTTATTTCCTCAATAATGCATTCAATTGCTTGCACCTAAAC
TTTGGAATATTAAAAAAAGCTTTGTTTTCTTGT
Intron 5 GTATTCCTGT ... GGGTTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 12.03 | 456 | 64.3 | 120.8 |
| A2 | 15.86 | 384 | 75.2 | 77.2 |
| A3 | 14.97 | 345 | 63.5 | 80.6 |
| A4 | 17.32 | 267 | 58.5 | 59 |
| A5 | 14.9 | 148 | 26.8 | 42.2 |
| A6 | 10.24 | 702 | 83.2 | 140.8 |
| A7 | 10.74 | 1805 | 226.3 | 371.6 |
| A8 | 11.19 | 1692 | 222.8 | 325.2 |
| A9 | 12.44 | 1642 | 244.3 | 314.6 |
| A10 | 11.66 | 1565 | 216.7 | 329.6 |
>TRINITY_DN118866_c2_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoformCCGAACATACTCCCGCCGGGCTCCGCGCTTTAAAGAAATTGAAAGATAAACTAAACCGACTCAGACATATTAATCTACGCTATAACACCAGGAATTAAGGACGAAAGCAGGCCCTAAGCCTCACGCCTCGGCCAACCATAGTTATAACAACACAACTAGGGTTTTGGTTTTTGGCATGTTAAATCTGTTCCACTGGCTAG
AGGTTCGAATCCACAGAGATGCAGAATCCAAAGTGTTACCTGGACATCACCATTGGGGAGGAACTGGAGGGGAGGATTGTAGTGGAGCTTTACAGTGATGTCGTACCCAAAACGGCTGAGAATTTCAGGGCTCTGTGCACTGGAGAAAAGGGCATTGGTCCTCATACCGGTGTTCCCTTGCATTACAAGGGAGTTCCTTT
CCATCGAGTTATCAAAGGTTTTATGATACAAGGTGGAGACACCTCAGCTCGTAACGGTACAGGGGGTGAATCAATATATGGATTAAAGTTTGATGATGAAAACTTTCAACTGAAACATGAGCGCAAAGGAATGCTGTCAATGGCAAACTCTGGATCTAACACAAATGGCTCACAATTTTTCATCACAACAACAAGGACCT
CCCATCTGGATGGGAAGCATGTTGTCTTTGGGAAAGTGATCAAAGGCATGGGAGTTGTGCGTGGCATTGAGCATACTCCCACAGAGGGTAGTGACTGTCCCGCTCTAGATGTTGTAATTTCAGATTGTGGGGAGATACCAGAAGGATCAGATGATGGGATAGCTAATTTTTTCAAGGATGGAGATTTGTATCCAGACTGG
CCAGCGGATCTTGATGAAAAATCTGCAGAAATTTCATGGTGGATGAATGCAGTAGATTCTGCAAAATGTTTTGGAAATGAAAATTATAAGAAAGCGGATTATAAGATGGCACTAAGAAAATACAGAAAGGCATTGCGCTATCTTGACATTTGCTGGGAAAAAGAAGAAATTGATGAGGAGAAGAGCAATCATTTAAGGAA
GACAAAGTCGCAAATCTTTACGAATAGTTCTGCTTGCAAGTTAAAATTAGGAGATTTAAAAGGTGCCTTATTGGACACAGAATTTGCAATGCGTGATGGGGAAGATAATGTAAAAGCCTTGTTCCGTCAGGGTCAGGCATACATGTCTCTGAAAGATATTGATTCTGCTGTAGCAAGCTTCAGGAGAGCATTGCAACTAG
AACCTAATGATGGGGGGATTAGGAAGGAGCTTGCAGTTGCCACAAAGATGATTTCTGACAGGCGTGATCAGGAACGGAGAGCCTATGCAAAGATGTTTCAATAGTCTATCCTATCAGTTTTGCCCGAATGTAGTTTTAGGATATTAGAATCGGTTTAGGGAAAGTACAGGCCAGAGTATCAGACAGCAATTGATATCTCA
TTGGACTATATTGGGATTCTATATCAAAGGTACCCAATAATATAGGAACTGAGCAACACATTCAAATTAGAGTGGGAGCCACACAATTTTATATTTATTAATAGGCAGGTAGCATTGTCTGTCAATGCAGCATCGCCAATGTCAAGTGTGAATATGAAGGATAATATTTTTTCAATTGATTGAACATGGCACGTTTTGAA
ATTTAATTCCCTTTTAAATGTGAACAGAGCTACTATACTATAGGAATGGAAAAATCCTTGAAGCACGACTAGTTGTTTTGGATTTAGAATGAATGTGAAAAACTCCTTTCTGGTAGATATTGTTGAATTGTAATGGACAAAAATAGAGGTAGGATGCAATGGTGATTTATTTTTCGTGAAAAGTTGATATTGTTGCCAGG
GCATCTACTCACCTTGTGGAGGAAGCTCCTATCGATTAGTGGAACAACTTTGTGAAACGATTTGTGAGAAAACCTTATAATGTAG
>TRINITY_DN118866_c2_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:CCGAACATACTCCCGCCGGGCTCCGCGCTTTAAAGAAATTGAAAGATAAACTAAACCGACTCAGACATATTAATCTACGCTATAACACCAGGAATTAAGGACGAAAGCAGGCCCTAAGCCTCACGCCTCGGCCAACCATAGTTATAACAACACAACTAGGGTTTTGGTTTTTGGCATGTTAAATCTGTTCCACTGGCTAG
AGGTTCGAATCCACAGAGATGCAGAATCCAAAGTGTTACCTGGACATCACCATTGGGGAGGAACTGGAGGGGAGGATTGTAGTGGAGCTTTACAGTGATGTCGTACCCAAAACGGCTGAGAATTTCAGGGCTCTGTGCACTGGAGAAAAGGGCATTGGTCCTCATACCGGTGTTCCCTTGCATTACAAGGGAGTTCCTTT
CCATCGAGTTATCAAAGGTTTTATGATACAAGGTGGAGACACCTCAGCTCGTAACGGTACAGGGGGTGAATCAATATATGGATTAAAGTTTGATGATGAAAACTTTCAACTGAAACATGAGCGCAAAGGAATGCTGTCAATGGCAAACTCTGGATCTAACACAAATGGCTCACAATTTTTCATCACAACAACAAGGACCT
CCCATCTGGATGGGAAGCATGTTGTCTTTGGGAAAGTGATCAAAGGCATGGGAGTTGTGCGTGGCATTGAGCATACTCCCACAGAGGGTAGTGACTGTCCCGCTCTAGATGTTGTAATTTCAGATTGTGGGGAGATACCAGAAGGATCAGATGATGGGATAGCTAATTTTTTCAAGGATGGAGATTTGTATCCAGACTGG
CCAGCGGATCTTGATGAAAAATCTGCAGAAATTTCATGGTGGATGAATGCAGTAGATTCTGCAAAATGTTTTGGAAATGAAAATTATAAGAAAGCGGATTATAAGATGGCACTAAGAAAATACAGAAAGGCATTGCGCTATCTTGACATTTGCTGGGAAAAAGAAGAAATTGATGAGGgtattcctgttttccccggatt
cttgtatcctcactttccatgcttgaactctggccagatcatttcattacaaattatgtaattgtcattttattgtataacatatgtcgtggaagtaaaagtgtgaaatatcattttgttttagttggtaagtttgtactgcgaagatatgaagcagataatttgtatgcttgtaatcaatttaaactccgataatgttt
tatgtagtctgtctttaccagcagaatgagatacttcattgaaggggcattaatagttgtaacttataaatggaattctggggcaggtctaacaagttagtgttatgggttggcagAGAAGAGCAATCATTTAAGGAAGACAAAGTCGCAAATCTTTACGAATAGTTCTGTAAGTGATCTGTAAGAATTTCTATTTTGTT
TTGCTTCTTGTTAGTATTAACTTTGGAGTTCTGTATTTAGTGAAAATATAAATTTAAGTAACGAGTACTTTGTTAAGACATTGATAAGTTATGGATTCTTAGATAGCTTTTGTTTTAGTTTCCATTAAATACTGGTGTTAACCATATGTAGAGGTTAACCTGATGGGATTTGCTCTACAAGTTGCTGTAGGTGCAGTGTT
TTTGTTTTTTATTAATCAGACAGACCAAAAATATAGGCAGTTAGGGGAAAGCATGTTGTCAAACGTTCTGTTTTGTATAGGTTGTCTGATAGTTGATAGACTCTCACGATTTTCTGTTATGCATTCACCATTATAGTGCTCATACTTATTTCTACAGTTTTATAAAATTCTTTGTTGGGCAAATAATGGGATTCAGTACC
AGCAGGACTTTAGCTTTGCATGAGACATTGGTGTTTACTACTATTTTTTTGGTTTATCCTGTCAGAATTTGTGCTAGTTAATTTCATGTTAAGTTTAACCTATTAAGATCTTCCTTTCTGGTTGTATGAGGATTTTATTTCAGTTCATCTGGTGTTAGTTTTTCATATTAGCCCGAATTGCTGTTCTTGTAAAATGATAT
TCTATTTTCTTTTCCCGAAGGAAAATTTTGCAAGATTCTCCTCTCTTCCTTGGAATACCTGGATGGAGGATGATGTCAACTGCCAGCTGCAAGACTGGCTGGTAACCTGGAAGGACTTGACTGGATTGGAACCTGTGACCTCCCCAGATGAAGCATGCCTTTAGTGGATGGTCCAACCGATTTAGTTAACCCTTGGGCTA
AATGACATTCTTGTTATTCTGATATCTTTTTGTTGAAAAGGATTGAACTTTTGAATGAATTTTGAGAAATTTGAATTTCATAAGTTGGGTCCATTTTAGTATGTTTGGCGTGAAATCTGGTCTGAGTGCTTGTATGTTTCAGTTTGTTTTTCATGTCATGTTGGCAGTTTTTTATTTCTGTGTAATTTACCATTGGGCTA
TTCAGAGCCCTTTACTAGGTTAAATAATTATTTTTAAGTCAGTAGAAGGTTGCATAATGCTTAGGATTGTATCTGTTTGAAATTGGAATGGCCAGTGCTATTTTCCTTATTGTCCCCAATATCAAAACAGACTGGCTAGATTTAGGCCATGCTTATGTTGGATTGTTATATTGCATCTGATTTGGTCCATAACTGCCAAC
TGATTGGAGATACAATGCAACAACCCTGTGCCTTTGATTTTGTGAGCATGAGAATTCGAGTTATGATCATACTGATAAAATTTTATAATTGACATGAAGTGATAGGGTGAACACACTCGAGAAATATATACCCACGTATACTACTTTACAACTGTAGATGTAGGGACACAGCTCTACGTAAAGTTATAATATTTAATAAC
TAAGATATATAATTATGTCAGTTTCACGTACAGTACATGCCCTTCCCAATGGAAAGGTTTTGTCCTCAAAGCATAAGAGGAAACAGAACAAAAACATTGTTGAAGCTTAGAACGATAGCGCCATATTGTAGAAGCATCAATCCATTTCAGGCTGAGGATTTTTGGATAAGACATCTCTTAATATGATTCCAAGCATGCCT
ATGGAAATGAGTCTTATTGGCATTCTTATATTTTGGAACATGCACAGATTATACAATATTGTCTTTTGTTTAAAATAAAGTGAATATTGGTAAAATTGTCTGAATAGAGTGATGAGTCTCTTGA
Intron 6 GTAAGTATAT ... CCTGTGCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 87.94 | 23.5 | 132.6 | 6 |
| A2 | 87.52 | 27.7 | 151.2 | 3 |
| A3 | 85.27 | 24.2 | 115.9 | 8 |
| A4 | 88.9 | 11.5 | 72.4 | 11 |
| A5 | 83.97 | 9 | 38.7 | 5 |
| A6 | 87.16 | 63.2 | 337.8 | 3 |
| A7 | 87.22 | 179.7 | 960.3 | 9 |
| A8 | 86.96 | 181 | 959 | 15 |
| A9 | 86.42 | 154.3 | 789.1 | 15 |
| A10 | 87.12 | 125.7 | 670.7 | 5 |
>TRINITY_DN40693_c1_g1_i9 from sample A7 / Example spliced isoformGGCGTTTCTAGAACAATCCAATCCCCTTCCGGTCATCCGAACATACTCCCGCCGGGCTCCGCGCTTTAAAGAAATTGAAAGATAAACTAAACCGACTCAGACATATTAATCTACGCTATAACACCAGGAATTAAGGACGAAAGCAGGCCCTAAGCCTCACGCCTCGGCCAACCATAGTTATAACAACACAACTAGGGTTT
TGGTTTTTGGCATGTTAAATCTGTTCCACTGGCTAGAGGTTCGAATCCACAGAGATGCAGAATCCAAAGTGTTACCTGGACATCACCATTGGGGAGGAACTGGAGGGGAGGATTGTAGTGGAGCTTTACAGTGATGTCGTACCCAAAACGGCTGAGAATTTCAGGGCTCTGTGCACTGGAGAAAAGGGCATTGGTCCTCA
TACCGGTGTTCCCTTGCATTACAAGGGAGTTCCTTTCCATCGAGTTATCAAAGGTTTTATGATACAAGGTGGAGACACCTCAGCTCGTAACGGTACAGGGGGTGAATCAATATATGGATTAAAGTTTGATGATGAAAACTTTCAACTGAAACATGAGCGCAAAGGAATGCTGTCAATGGCAAACTCTGGATCTAACACAA
ATGGCTCACAATTTTTCATCACAACAACAAGGACCTCCCATCTGGATGGGAAGCATGTTGTCTTTGGGAAAGTGATCAAAGGCATGGGAGTTGTGCGTGGCATTGAGCATACTCCCACAGAGGGTAGTGACTGTCCCGCTCTAGATGTTGTAATTTCAGATTGTGGGGAGATACCAGAAGGATCAGATGATGGGATAGCT
AATTTTTTCAAGGATGGAGATTTGTATCCAGACTGGCCAGCGGATCTTGATGAAAAATCTGCAGAAATTTCATGGTGGATGAATGCAGTAGATTCTGCAAAATGTTTTGGAAATGAAAATTATAAGAAAGCGGATTATAAGATGGCACTAAGAAAATACAGAAAGGCATTGCGCTATCTTGACATTTGCTGGGAAAAAGA
AGAAATTGATGAGGAGAAGAGCAATCATTTAAGGAAGACAAAGTCGCAAATCTTTACGAATAGTTCTGCTTGCAAGTTAAAATTAGGAGATTTAAAAGGTGCCTTATTGGACACAGAATTTGCAATGCGTGATGGGGAAGATAATGTAAAAGCCTTGTTCCGTCAGGGTCAGGCATACATGTCTCTGAAAGATATTGATT
CTGCTGTAGCAAGCTTCAGGAGAGCATTGCAACTAGAACCTAATGATGGGGGGATTAGGAAGGAGCTTGCAGTTGCCACAAAGATGATTTCTGACAGGCGTGATCAGGAACGGAGAGCCTATGCAAAGATGTTTCAATAGTCTATCCTATCAGTTTTGCCCGAATGTAGTTTTAGAACCAGCTTTGGGTTCCTGAAACAG
CTTCAGGAACAATTCAGATCAGCCAGAATTAGCTCAGCGGTCTCTGGAAACCACTGAAGCCATCTTGCAATACTTTTTTAGTAAAATTTTTAAAACATTAGTGTTTTGTAACCCCATCTGAGCTGACTAACCCAAAGTGTAACCCCTGTAAATCATCATAAGAATAGAAACACAGAAGACACATTTCAAGAGGAGGGAAG
GGCAAAACTGTCAATAAAATGAGAAGCTTTTTCTCAGAGTAAAGATTATGGATTTTGAATGGCAGAGGAGAAATTCTCATCATTTTGAAGGGGCAACTTCTCAGAGGGCAGTGTATTTTTGAGTGGAGGGGCAGAATTTTCTCAGACGGCAGTGTCTTTTTGAGTGGAGGGCAGCATTTTCTCAATAGCACAATAGATCT
CTTATATATGATCTTTTAATGGGTGATATTTAAAGAATGAAGGTTACAGATATGACAAAATTCTCTCAGAAGTGTTGGAACATTCAATGCATCTTCAGCTCCAGCATGTTACATTAGAATCATGAATTTTGGAAATTTTCATATTTTTATTTAAAATCCTAGAAGTTGATAGTTTTGGAGGTTCTTGTTTTCCGAGACCC
CTTTTCTAGCATTTCCCTCATTTCTTCTAGTTTTGAAAGCAGCTTATCTGAATTTTCATGCTCCATCAACTCCTGTTTTTAGAAATTTGTTTTGCTATTTCCTATTGCCATTACCTATACTTGTGTACACGTTGGAAATCTGCTTTTAAATTTGACCGGAGCAAAGGAATCACTGCCAAAATGTTGAATGTGCAAAAATA
CTTTAGAAAATTATCAGTTTTCCTGGTTGTAATTTTGCGCTATTTCAAAATTGAATTTTACTATTCAATCTTCAATGAACGAATTTCATTCCGCTAATACAATGAAACAGGTCTCTCCTGTTTGGCGAGCTAATTTTGAACTTTTGGTCAAATGAGATTTGGTCAAACTTATATAGTTTGGTG
>TRINITY_DN40693_c1_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:GGCGTTTCTAGAACAATCCAATCCCCTTCCGGTCATCCGAACATACTCCCGCCGGGCTCCGCGCTTTAAAGAAATTGAAAGATAAACTAAACCGACTCAGACATATTAATCTACGCTATAACACCAGGAATTAAGGACGAAAGCAGGCCCTAAGCCTCACGCCTCGGCCAACCATAGTTATAACAACACAACTAGGGTTT
TGGTTTTTGGCATGTTAAATCTGTTCCACTGGCTAGAGGTTCGAATCCACAGAGATGCAGAATCCAAAGTGTTACCTGGACATCACCATTGGGGAGGAACTGGAGGGGAGGATTGTAGTGGAGCTTTACAGTGATGTCGTACCCAAAACGGCTGAGAATTTCAGGGCTCTGTGCACTGGAGAAAAGGGCATTGGTCCTCA
TACCGGTGTTCCCTTGCATTACAAGGGAGTTCCTTTCCATCGAGTTATCAAAGGTTTTATGATACAAGGTGGAGACACCTCAGCTCGTAACGGTACAGGGGGTGAATCAATATATGGATTAAAGTTTGATGATGAAAACTTTCAACTGAAACATGAGCGCAAAGGAATGCTGTCAATGGCAAACTCTGGATCTAACACAA
ATGGCTCACAATTTTTCATCACAACAACAAGGACCTCCCATCTGGATGGGAAGCATGTTGTCTTTGGGAAAGTGATCAAAGGCATGGGAGTTGTGCGTGGCATTGAGCATACTCCCACAGAGGGTAGTGACTGTCCCGCTCTAGATGTTGTAATTTCAGATTGTGGGGAGATACCAGAAGGATCAGATGATGGGATAGCT
AATTTTTTCAAGGATGGAGATTTGTATCCAGACTGGCCAGCGGATCTTGATGAAAAATCTGCAGAAATTTCATGGTGGATGAATGCAGTAGATTCTGCAAAATGTTTTGGAAATGAAAATTATAAGAAAGCGGATTATAAGATGGCACTAAGAAAATACAGAAAGGCATTGCGCTATCTTGACATTTGCTGGGAAAAAGA
AGAAATTGATGAGGAGAAGAGCAATCATTTAAGGAAGACAAAGTCGCAAATCTTTACGAATAGTTCTGCTTGCAAGTTAAAATTAGGAGATTTAAAAGGTGCCTTATTGGACACAGAATTTGCAATGCGTGATGGGGAAGATAATGTAAAAGCCTTGTTCCGTCAGGGTCAGGCATACATGTCTCTGAAAGATATTGATT
CTGCTGTAGCAAGCTTCAGGAGAGCATTGCAACTAGAACCTAATGATGGGGGGATTAGGAAGGAGCTTGCAGTTGCCACAAAGATGATTTCTGACAGGCGTGATCAGGAACGGAGAGCCTATGCAAAGATGTTTCAATAGTCTATCCTATCAGTTTTGCCCGAATGTAGTTTTAGgtaagtatatgcttttgtttgttgg
ctgtaattattcttgctgcagtgtgaaatttgttatgtatgttggaaattgtttccatttagttcgatgcatttcctgtgccagAACCAGCTTTGGGTTCCTGAAACAGCTTCAGGAACAATTCAGATCAGCCAGAATTAGCTCAGCGGTCTCTGGAAACCACTGAAGCCATCTTGCAATACTTTTTTAGTAAAATTTTT
AAAACATTAGTGTTTTGTAACCCCATCTGAGCTGACTAACCCAAAGTGTAACCCCTGTAAATCATCATAAGAATAGAAACACAGAAGACACATTTCAAGAGGAGGGAAGGGCAAAACTGTCAATAAAATGAGAAGCTTTTTCTCAGAGTAAAGATTATGGATTTTGAATGGCAGAGGAGAAATTCTCATCATTTTGAAGG
GGCAACTTCTCAGAGGGCAGTGTATTTTTGAGTGGAGGGGCAGAATTTTCTCAGACGGCAGTGTCTTTTTGAGTGGAGGGCAGCATTTTCTCAATAGCACAATAGATCTCTTATATATGATCTTTTAATGGGTGATATTTAAAGAATGAAGGTTACAGATATGACAAAATTCTCTCAGAAGTGTTGGAACATTCAATGCA
TCTTCAGCTCCAGCATGTTACATTAGAATCATGAATTTTGGAAATTTTCATATTTTTATTTAAAATCCTAGAAGTTGATAGTTTTGGAGGTTCTTGTTTTCCGAGACCCCTTTTCTAGCATTTCCCTCATTTCTTCTAGTTTTGAAAGCAGCTTATCTGAATTTTCATGCTCCATCAACTCCTGTTTTTAGAAATTTGTT
TTGCTATTTCCTATTGCCATTACCTATACTTGTGTACACGTTGGAAATCTGCTTTTAAATTTGACCGGAGCAAAGGAATCACTGCCAAAATGTTGAATGTGCAAAAATACTTTAGAAAATTATCAGTTTTCCTGGTTGTAATTTTGCGCTATTTCAAAATTGAATTTTACTATTCAATCTTCAATGAACGAATTTCATTC
CGCTAATACAATGAAACAGGTCTCTCCTGTTTGGCGAGCTAATTTTGAACTTTTGGTCAAATGAGATTTGGTCAAACTTATATAGTTTGGTG
Intron 7 GTACTATTAT ... TTGTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 10.26 | 326.4 | 39.1 | 17.8 |
| A2 | 8.31 | 350.9 | 34.1 | 19.1 |
| A3 | 7.41 | 310.3 | 27.3 | 8.6 |
| A4 | 13.13 | 184.4 | 29.2 | 7.8 |
| A5 | 9.77 | 108.1 | 12.9 | 4.4 |
| A6 | 9.06 | 773.8 | 86.7 | 19.9 |
| A7 | 7.13 | 2030.8 | 173.4 | 58.5 |
| A8 | 7.42 | 2236.6 | 199.5 | 58.3 |
| A9 | 7.59 | 1862.3 | 171.8 | 50.6 |
| A10 | 7.95 | 1541.9 | 146.6 | 42.4 |
>TRINITY_DN118866_c2_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoformCCGAACATACTCCCGCCGGGCTCCGCGCTTTAAAGAAATTGAAAGATAAACTAAACCGACTCAGACATATTAATCTACGCTATAACACCAGGAATTAAGGACGAAAGCAGGCCCTAAGCCTCACGCCTCGGCCAACCATAGTTATAACAACACAACTAGGGTTTTGGTTTTTGGCATGTTAAATCTGTTCCACTGGCTAG
AGGTTCGAATCCACAGAGATGCAGAATCCAAAGTGTTACCTGGACATCACCATTGGGGAGGAACTGGAGGGGAGGATTGTAGTGGAGCTTTACAGTGATGTCGTACCCAAAACGGCTGAGAATTTCAGGGCTCTGTGCACTGGAGAAAAGGGCATTGGTCCTCATACCGGTGTTCCCTTGCATTACAAGGGAGTTCCTTT
CCATCGAGTTATCAAAGGTTTTATGATACAAGGTGGAGACACCTCAGCTCGTAACGGTACAGGGGGTGAATCAATATATGGATTAAAGTTTGATGATGAAAACTTTCAACTGAAACATGAGCGCAAAGGAATGCTGTCAATGGCAAACTCTGGATCTAACACAAATGGCTCACAATTTTTCATCACAACAACAAGGACCT
CCCATCTGGATGGGAAGCATGTTGTCTTTGGGAAAGTGATCAAAGGCATGGGAGTTGTGCGTGGCATTGAGCATACTCCCACAGAGGGTAGTGACTGTCCCGCTCTAGATGTTGTAATTTCAGATTGTGGGGAGATACCAGAAGGATCAGATGATGGGATAGCTAATTTTTTCAAGGATGGAGATTTGTATCCAGACTGG
CCAGCGGATCTTGATGAAAAATCTGCAGAAATTTCATGGTGGATGAATGCAGTAGATTCTGCAAAATGTTTTGGAAATGAAAATTATAAGAAAGCGGATTATAAGATGGCACTAAGAAAATACAGAAAGGCATTGCGCTATCTTGACATTTGCTGGGAAAAAGAAGAAATTGATGAGGAGAAGAGCAATCATTTAAGGAA
GACAAAGTCGCAAATCTTTACGAATAGTTCTGCTTGCAAGTTAAAATTAGGAGATTTAAAAGGTGCCTTATTGGACACAGAATTTGCAATGCGTGATGGGGAAGATAATGTAAAAGCCTTGTTCCGTCAGGGTCAGGCATACATGTCTCTGAAAGATATTGATTCTGCTGTAGCAAGCTTCAGGAGAGCATTGCAACTAG
AACCTAATGATGGGGGGATTAGGAAGGAGCTTGCAGTTGCCACAAAGATGATTTCTGACAGGCGTGATCAGGAACGGAGAGCCTATGCAAAGATGTTTCAATAGTCTATCCTATCAGTTTTGCCCGAATGTAGTTTTAGGATATTAGAATCGGTTTAGGGAAAGTACAGGCCAGAGTATCAGACAGCAATTGATATCTCA
TTGGACTATATTGGGATTCTATATCAAAGGTACCCAATAATATAGGAACTGAGCAACACATTCAAATTAGAGTGGGAGCCACACAATTTTATATTTATTAATAGGCAGGTAGCATTGTCTGTCAATGCAGCATCGCCAATGTCAAGTGTGAATATGAAGGATAATATTTTTTCAATTGATTGAACATGGCACGTTTTGAA
ATTTAATTCCCTTTTAAATGTGAACAGAGCTACTATACTATAGGAATGGAAAAATCCTTGAAGCACGACTAGTTGTTTTGGATTTAGAATGAATGTGAAAAACTCCTTTCTGGTAGATATTGTTGAATTGTAATGGACAAAAATAGAGGTAGGATGCAATGGTGATTTATTTTTCGTGAAAAGTTGATATTGTTGCCAGG
GCATCTACTCACCTTGTGGAGGAAGCTCCTATCGATTAGTGGAACAACTTTGTGAAACGATTTGTGAGAAAACCTTATAATGTAG
>TRINITY_DN118866_c2_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:CAACATGTTTTCTTTTTTGTTCCTTGGGTTCGAGAGGATAGAGCTTTATAGGACTTTTTTATTCTCACAGTGAATTTTAAAACAAATGGATGATTGTGCTCTTTAAAGGATGAAATCTTATTGGCTGTTTTCAGGCATACATGTCTCTGAAAGATATTGATTCTGCTGTAGCAAGCTTCAGGAGAGCATTGCAACTAGAA
CCTAATGATGGGGGGATTAGGAAGGAGCTTGCAGTTGCCACAAAGATGgtactattatataaaaagtttacagtggcttaatttgggagtgacaaatatactagtttcttggccttctttactataaaatattttttagaaaaaacataaaacaggcatgtttatccaaatattttgtttgcagATTTCTGACAGGCGTG
ATCAGGAACGGAGAGCCTATGCAAAGATGTTTCAATAGTCTATCCTATCAGTTTTGCCCGAATGTAGTTTTAGGTAAGTATATGCTTTTGTTTGTTGGCTGTAATTATTCTTGCTGCAGTGTGAAATTTGTTATGTATGTTGGAAATTGTTTCCATTTAGTTCGATGCATTTCCTGTGCCAGAACCAGCTTTGGGTTCCT
GAAACAGCTTCAGGAACAATTCAGATCAGCCAGAATTAGCTCAGCGGTCTCTGGAAACCACTGAAGCCATCTTGCAATACTTTTTTAGTAAAATTTTTAAAACATTAGTGTTTTGTAACCCCATCTGAGCTGACTAACCCAAAGTGTAACCCCTGTAAATCATCATAAGAATAGAAACACAGAAGACACATTTCAAGAGG
AGGGAAGGGCAAAACTGTCAATAAAATGAGAAGCTTTTTCTCAGAGTAAAGATTATGGATTTTGAATGGCAGAGGAGAAATTCTCATCATTTTGAAGGGGCAACTTCTCAGAGGGCAGTGTATTTTTGAGTGGAGGGGCAGAATTTTCTCAGACGGCAGTGTCTTTTTGAGTGGAGGGCAGCATTTTCTCAATAGCACAA
TAGATCTCTTATATATGATCTTTTAATGGGTGATATTTAAAGAATGAAGGTTACAGATATGACAAAATTCTCTCAGAAGTGTTGGAACATTCAATGCATCTTCAGCTCCAGCATGTTACATTAGAATCATGAATTTTGGAAATTTTCATATTTTTATTTAAAATCCTAGAAGTTGATAGTTTTGGAGGTTCTTGTTTTCC
GAGACCCCTTTTCTAGCATTTCCCTCATTTCTTCTAGTTTTGAAAGCAGCTTATCTGAATTTTCATGCTCCATCAACTCCTGTTTTTAGAAATTTGTTTTGCTATTTCCTATTGCCATTACCTATACTTGTGTACACGTTGGAAATCTGCTTTTAAATTTGACCGGAGCAAAGGAATCACTGCCAAAATGTTGAATGTGC
AAAAATACTTTAGAAAATTATCAGTTTTCCTGGTTGTAATTTTGCGCTATTTCAAAATTGAATTTTACTATTCAATCTTCAATGAACGAATTTCATTCCGCTAATACAATGAAACAGGTCTCTCCTGTTTGGCGAGCTAATTTTGAACTTTTGGTCAAATGAGATTTGGTCAAACTTATATAGTTTGGTGGGGAAAGCTT
GTGTCTTTTCAAGATTTTTATAGTATTTTGGGACCAAGAAATTACTGGAGAGTACAGAGGTTGCACTTTTAGACATTGTTTGGATAGGTTTTGTTTGTTTGTTTTATGGTTTACCTGAATGGAGGTACACTAGGAAATAGATTTAGTATCAGAGAAGGCCCAGCACAGAATATTGAAAGCTATTTTGAAGGATGTTCACC
CTATTTTCTGAGCTACTAATTCCCTAAAATGCCAAACAATCAGGGCATATTGTCTGGGTGTTCCATAATTAATAATTTCGTCATTTATCAGTTCATGCCATGATCATGTACGGAATAAATTTATAAATTCAACGGCAAATGAGCCCTAGCATATAATATTGGAAGTATGTTGAAAAATACCTTATTTGGGAAGCATTTTA
GACATTGCTTGGATAGTATTTTTTGGAAGGTACACTGGGAATTAGATTCAGTATAAGAGAAGGCCCAGCACAGAATTTTGAAGTTATTTTGAAGGATGGTCACCCTTTTTTATGCGCTACTAATTCCCTAAAATGCCAAACAATCAGGGCTGGGTGTTCCATAATTAATAATTTCGTCATTTATCAGTTCATGCCATGGT
CATGTACGGAATAAATTTATAACTTCAACGGCATATGAGCCCTAGCATATAATATTGGAGTATGTTGAAAAATACTTTATTTGGGCATCATTTTAATATAAGGAATCACATTGGAGAATAGATTCAACATCAGAGGAGCCCTGGGCATTAACCTGGACGGACAGTCTATTAGAGAAAAAACGAGTTTTTCTTGTCTTTTT
ATCCATTGTTTTGCCCATTGTTTTCCACTGCATGTGAGGGTTTTTAGCGGTCAATGGATTAAGGATTATTTTGGGACCAAAGGATCAAGGATTAAGGTGGTGAAAGTTTGTCTTTTCATGATTTTTATTGTATTTTGGGACCAAGAAATTAC
Intron 8 GTAACCTACA ... TCTCTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 0 | 248.5 | 0 | 0 |
| A2 | 0.81 | 262 | 2 | 2 |
| A3 | 0 | 255.5 | 0 | 0 |
| A4 | 2.84 | 144.5 | 4 | 0 |
| A5 | 0 | 94 | 0 | 0 |
| A6 | 1.01 | 615 | 6 | 0 |
| A7 | 0.42 | 1502.5 | 6 | 0 |
| A8 | 0.7 | 1669.5 | 11 | 0 |
| A9 | 0.4 | 1572.5 | 6 | 0 |
| A10 | 0.74 | 1383.5 | 10 | 2 |
>TRINITY_DN38658_c0_g2_i1 from sample A8 / Example spliced isoformCATTTGCTGGGAAAAAGAAGAAAATGATGAGGGTATTCCTGTTTTCCCCGGATTCTTGTATCCTCACTTTCCATGCTTGAACTCTGGCCAGATCATTTCATTACAAATTATGTAATTGTCATTTTATTGTATAACATATGTCGTGGAAGTAAAAGTGTGAAATATCATTTTGTTTTAGTTGGTAAGTTTGTACTGCGAAG
ATATGAAGCAGATAATTTGTATGCTTGTAATCAATTTAAACTCCGATAATGTTTTATGTAGTCTGTCTTTACCAGCAGAATGAGATACTTCATTGAAGGGGCATTAATAGTTGTAACTTATAAATGGAATTCTGGGGCAGGTCTAACAAGTTAGTGTTATGGGTTGGCAGAGAAGAGCAATCATTTAAGGAAGACAAAGT
CGCAAATCTTTACGAATAGTTCTGCTTGCAAGTTAAAATTAGGAGATTTAAAAGGTGCCTTATTGGACACAGAATTTGCAATGCGTGATGGGGAAGATAATGTAAAAGCCTTGTTCCGTCAGGGTCAGGCATACATGTCTCTGAAAGATATTGATTCTGCTGTAGCAAGCTTCAGGAGAGCATTGCAACTAGAACCTAAT
GATGGGGGGATTAGGAAGGAGCTTGCAGTTGCCACAAAGATGGTACTATTATATAAAAAGTTTACAGTGGCTTAATTTGGGAGTGACAAATATACTAGTTTCTTGGCCTTCTTTACTATAAAATATTTTTTAGAAAAAACATAAAACAGGCATGTTTATCCAAATATTTTGTTTGCAGATTTCTGACAGGCGTGATCAGG
AACGGAGAGCCTATGCAAAGATGTTTCAATAGTCTATCCTATCAGTTTTGCCCGAATGTAGTTTTAGGATATTAGAATCGGTTTAGGGAAAGTACAGGCCAGAGTATCAGACAGCAATTGATATCTCATTGGACTATATTGGGATTCTATATCAAAGGTACCCAATAATATAGGAACTGAGCAACACATTCAAATTAGAG
TGGGAGCCACACAATTTTATATTTATTAATAGGCAGGTAGCATTGTCTGTCAATGCAGCATCGCCAATGTCAAGTGTGAATATGAAGGATAATATTTTTTCAATTGATTGAACATGGCACGTTTTGAAATTTAATTCCCTTTTAAATGTGAACAGAGCTACTATACTATAGGAATGGAAAAATCCTTGAAGCACGACTAG
TTGTTTTGGATTTAGAATGAATGTGAAAAACTCCTTTCTGGTAGATATTGTTGAATTGTAATGGACAAAAATAGAGGTAGGATGCAATGGTGATTTATTTTTCGTGAAAAGTTGATATTGTTGCCAGGGCATCTACTCACCTTGTGGAGGAAGCTCCTATCGATTAGTGGAACAACTTTGTGAAACGATTTGTGAGAAAA
CCTTATAATGTAGCTTGTCATGTTATTTCCTCAATAATGCATTCAATTGCTTGCACCTAAACTTTGGAATATTAAAAAAAGCTTTGTTTTCTTGTCATCTATTTATGGTCATGTCCCTTCCAAGGTTT
>TRINITY_DN38658_c0_g2_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:TGTTCCTTGGGTTCGAGAGGATAGAGCTTTATAGGACTTTTTTATTCTCACAGTGAATTTTAAAACAAATGGATGATTGTGCTCTTTAAAGGATGAAATCTTATTGGCTGTTTTCAGGCATACATGTCTCTGAAAGATATTGATTCTGCTGTAGCAAGCTTCAGGAGAGCATTGCAACTAGAACCTAATGATGgtaacct
acattttgtctgctgaactacattgctcatcacaacacagcagtggtcttgttggaacaaattatctgttaataatggccaatgttcatcttatatttttttctcttgcagGGGGGATTAGGAAGGAGCTTGCAGTTGCCACAAAGATG
Intron 9 GTAAGTATAT ... GGTTTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.83 | 294 | 75.5 | 87 |
| A2 | 20.96 | 313 | 87 | 83 |
| A3 | 24.49 | 299 | 65.5 | 97 |
| A4 | 23.63 | 139 | 44.5 | 43 |
| A5 | 26.21 | 107 | 22 | 38 |
| A6 | 26.5 | 921 | 186.5 | 332 |
| A7 | 21.24 | 2129 | 527 | 574 |
| A8 | 23.69 | 2477 | 524 | 769 |
| A9 | 23.8 | 1950 | 434.5 | 609 |
| A10 | 24.57 | 1612 | 369 | 525 |
>TRINITY_DN106478_c1_g3_i5 from sample A2 / Example spliced isoformCCGACTCAGACATATTAATCTACGCTATAACACCAGGAATTAAGGACGAAAGCAGGCCCTAAGCCTCACGCCTCGGCCAACCATAGTTATAACAACACAACTAGGGTTTTGGTTTTTGGCATGTTAAATCTGTTCCACTGGCTAGAGGTTCGAATCCACAGAGATGCAGAATCCAAAGTGTTACCTGGACATCACCATTG
GGGAGGAACTGGAGGGGAGGATTGTAGTGGAGCTTTACAGTGATGTCGTACCCAAAACGGCTGAGAATTTCAGGGCTCTGTGCACTGGAGAAAAGGGCATTGGTCCTCATACCGGTGTTCCCTTGCATTACAAGGGAGTTCCTTTCCATCGAGTTATCAAAGGTTTTATGATACAAGGTGGAGACACCTCAGCTCGTAAC
GGTACAGGGGGTGAATCAATATATGGATTAAAGTTTGATGATGAAAACTTTCAACTGAAACATGAGCGCAAAGGAATGCTGTCAATGGCAAACTCTGGATCTAACACAAATGGCTCACAATTTTTCATCACAACAACAAGGACCTCCCATCTGGATGGGAAGCATGTTGTCTTTGGGAAAGTGATCAAAGGCATGGGAGT
TGTGCGTGGCATTGAGCATACTCCCACAGAGGGTAGTGACTGTCCCGCTCTAGATGTTGTAATTTCAGATTGTGGGGAGATACCAGAAGGATCAGATGATGGGATAGCTAATTTTTTCAAGGATGGAGATTTGTATCCAGACTGGCCAGCGGATCTTGATGAAAAATCTGCAGAAATTTCATGGTGGATGAATGCAGTAG
ATTCTGCAAAATGTTTTGGAAATGAAAATTATAAGAAAGCGGATTATAAGATGGCACTAAGAAAATACAGAAAGGCATTGCGCTATCTTGACATTTGCTGGGAAAAAGAAGAAATTGATGAGGAGAAGAGCAATCATTTAAGGAAGACAAAGTCGCAAATCTTTACGAATAGTTCTGCTTGCAAGTTAAAATTAGGAGAT
TTAAAAGGTGCCTTATTGGACACAGAATTTGCAATGCGTGATGGGGAAGATAATGTAAAAGCCTTGTTCCGTCAGGGTCAGGCATACATGTCTCTGAAAGATATTGATTCTGCTGTAGCAAGCTTCAGGAGAGCATTGCAACTAGAACCTAATGATGGGGGGATTAGGAAGGAGCTTGCAGTTGCCACAAAGATGATTTC
TGACAGGCGTGATCAGGAACGGAGAGCCTATGCAAAGATGTTTCAATAGTCTATCCTATCAGTTTTGCCCGAATGTAGTTTTAGGATATTAGAATCGGTTTAGGGAAAGTACAGGCCAGAGTATCAGACAGCAATTGATATCTCATTGGACTATATTGGGATTCTATATCAAAGGTACCCAATAATATAGGAACTGAGCA
ACACATTCAAATTAGAGTGGGAGCCACACAATTTTATATTTATTAATAGGCAGGTAGCATTGTCTGTCAATGCAGCATCGCCAATGTCAAGTGTGAATATGAAGGATAATATTTTTTCAATTGATTGAACATGGCACGTTTTGAAATTTAATTCCCTTTTAAATGTGAACAGAGCTACTATACTATAGGAATGGAAAAAT
CCTTGAAGCACGACTAGTTGTTTTGGATTTAGAATGAATGTGAAAAACTCCTTTCTGGTAGATATTGTTGAATTGTAATGGACAAAAATAGAGGTAGGATGCAATGGTGATTTATTTTTCGTGAAAAGTTGATATTGTTGCCAGGGCATCTACTCACCTTGTGGAGGAAGCTCCTATCGATTAGTGGAACAACTTTGTGA
AACGATTTGTGAGAAAACCTTATAATGT
>TRINITY_DN106478_c1_g3_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:CCGACTCAGACATATTAATCTACGCTATAACACCAGGAATTAAGGACGAAAGCAGGCCCTAAGCCTCACGCCTCGGCCAACCATAGTTATAACAACACAACTAGGGTTTTGGTTTTTGGCATGTTAAATCTGTTCCACTGGCTAGAGGTTCGAATCCACAGAGATGCAGAATCCAAAGTGTTACCTGGACATCACCATTG
GGGAGGAACTGGAGGGGAGGATTGTAGTGGAGCTTTACAGTGATGTCGTACCCAAAACGGCTGAGAATTTCAGGGCTCTGTGCACTGGAGAAAAGGGCATTGGTCCTCATACCGGTGTTCCCTTGCATTACAAGGGAGTTCCTTTCCATCGAGTTATCAAAGGTTTTATGATACAAGGTGGAGACACCTCAGCTCGTAAC
GGTACAGGGGGTGAATCAATATATGGATTAAAGTTTGATGATGAAAACTTTCAACTGAAACATGAGCGCAAAGGAATGCTGTCAATGGCAAACTCTGGATCTAACACAAATGGCTCACAATTTTTCATCACAACAACAAGGACCTCCCATCTGGATGGGAAGCATGTTGTCTTTGGGAAAGTGATCAAAGGCATGGGAGT
TGTGCGTGGCATTGAGCATACTCCCACAGAGGGTAGTGACTGTCCCGCTCTAGATGTTGTAATTTCAGATTGTGGGGAGATACCAGAAGGATCAGATGATGGGATAGCTAATTTTTTCAAGGATGGAGATTTGTATCCAGACTGGCCAGCGGATCTTGATGAAAAATCTGCAGAAATTTCATGGTGGATGAATGCAGTAG
ATTCTGCAAAATGTTTTGGAAATGAAAATTATAAGAAAGCGGATTATAAGATGGCACTAAGAAAATACAGAAAGGCATTGCGCTATCTTGACATTTGCTGGGAAAAAGAAGAAATTGATGAGGAGAAGAGCAATCATTTAAGGAAGACAAAGTCGCAAATCTTTACGAATAGTTCTGCTTGCAAGTTAAAATTAGGAGAT
TTAAAAGGTGCCTTATTGGACACAGAATTTGCAATGCGTGATGGGGAAGATAATGTAAAAGCCTTGTTCCGTCAGGGTCAGGCATACATGTCTCTGAAAGATATTGATTCTGCTGTAGCAAGCTTCAGGAGAGCATTGCAACTAGAACCTAATGATGGGGGGATTAGGAAGGAGCTTGCAGTTGCCACAAAGATGATTTC
TGACAGGCGTGATCAGGAACGGAGAGCCTATGCAAAGATGTTTCAATAGTCTATCCTATCAGTTTTGCCCGAATGTAGTTTTAGgtaagtatatgcttttgtttgttggctgtaattattcttgctgcagtgtgaaatttgttatgtatgttggaaattgtttccatttagttcgatgcatttcctgtgccagaaccagc
tttgggttcctgaaacagcttcaggaacaattcagatcagccagaattagctcagcggtctctggaaaccactgaagccatcttgcaatacttttttagtaaaaattttaaaacattagtgttttgtaaccccatctgagctgactaacccaaagtgtaacccctgtaaatcatcataagaatagaaacacagaagacac
atttcaagaggagggaagggcaaaactgtcaataaaatgagaagctttttctcagagtaaagattatggattttgaatggcagaggagaaattctcatcattttgaaggggcaacttctcagagggcagtgtatttttgagtggaggggcagaattttctcagacggcagtgtctttttgagtggagggcagcattttct
caatagcacaatagatctcttatatatgatcttttaatgggtgatatttaaagaatgaaggttacagatatgacaaaattctctcagaagtgttggaacattcaatgcatcttcagctccagcatgttacattagaatcatgaattttggaaattttcatatttttatttaaaatcctagaagttgatagttttggaggt
tcttgttttccgagaccccttttctagcatttccctcatttcttctagttttgaaagcagcttatctgaattttcatgctccatcaactcctgtttttagaaatttgttttgctatttcctattgccattacctatacttgtgtacacgttggaaatctgcttttaaatttgaccggagcaaaggaatcactgccaaaat
gttgaatgtgcaaaaatactttagaaaattatcagttttcctggttgtaattttgcgctatttcaaaattgaattttactattcaatcttcaatgaacgaatttcattccgctaatacaatgaaacaggtctctcctgtttggcgagctaattttgaacttttggtcaaatgagatttggtcaaacttatatagtttggt
ggggaaagcttgtgtcttttcaagatttttatagtattttgggaccaagaaattactggagagtacagaggttgcacttttagacattgtttggataggttttgtttgtttgttttatggtttacctgaatggaggtacactaggaaatagatttagtatcagagaaggcccagcacagaatattgaaagctattttgaa
ggatgttcaccctattttctgagctactaattccctaaaatgccaaacaatcagggcatattgtctgggtgttccataattaataatttcgtcatttatcagttcatgccatgatcatgtacggaataaatttataaattcaacggcaaatgagccctagcatataatattggaagtatgttgaaaaataccttatttgg
gaagcattttagacattgcttggatagtattttttggaaggtacactgggaattagattcagtataagagaaggcccagcacagaattttgaagttattttgaaggatggtcacccttttttatgcgctactaattccctaaaatgccaaacaatcagggctgggtgttccataattaataatttcgtcatttatcagtt
catgccatggtcatgtacggaataaatttataacttcaacggcatatgagccctagcatataatattggagtatgttgaaaaatactttatttgggcatcattttaatataaggaatcacattggagaatagattcaacatcagaggagccctgggcattctattagagaaaaaacgagtttttcttgtctttttatcca
ttgttttgcccattgttttccactgcatgtgagggtttttagcggtcaatggattaaggattattttgggaccaaaggatcaaggattaaggtggtgaaagtttgtcttttcatgatttttattgtattttgggaccaagaaattactggggagtacagaggtttcacttttagacattgcttggatagattttttgaaa
ggtacactgggaattagattcagtatcagagaaggccctgcacaggatattgaaggtattttgaaggatgttcaccctttttttgagctactaattccataaaatgccacacaatcggggcatattgtctgggtgttccataattaataatttcgtcatttatcagtttaaccatggtccccaaaatagatcaatcatgc
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AACGATTTGTGAGAAAACCTTATAATGT
Intron 10 GTAAGTATAT ... GGTTTTACAG
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| A2 | 28.29 | 313 | 164 | 83 |
| A3 | 27.16 | 299 | 126 | 97 |
| A4 | 30.33 | 139 | 78 | 43 |
| A5 | 27.21 | 107 | 42 | 38 |
| A6 | 27.54 | 921 | 368 | 332 |
| A7 | 27.57 | 2129 | 1047 | 574 |
| A8 | 26.81 | 2477 | 1046 | 769 |
| A9 | 27.36 | 1950 | 860 | 609 |
| A10 | 28.04 | 1612 | 731 | 525 |
>TRINITY_DN37014_c0_g2_i6 from sample A9 / Example spliced isoformCTAAATTTGCCAAACCCCCCATGGGAGACCGTACTGTCAGTATAGGCGTTTCTAGAACAATCCAATCCCCTTCCGGTCATCCGAACATACTCCCGCCGGGCTCCGCGCTTTAAAGAAATTGAAAGATAAACTAAACCGACTCAGACATATTAATCTACGCTATAACACCAGGAATTAAGGACGAAAGCAGGCCCTAAGCC
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>TRINITY_DN37014_c0_g2_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:CTAAATTTGCCAAACCCCCCATGGGAGACCGTACTGTCAGTATAGGCGTTTCTAGAACAATCCAATCCCCTTCCGGTCATCCGAACATACTCCCGCCGGGCTCCGCGCTTTAAAGAAATTGAAAGATAAACTAAACCGACTCAGACATATTAATCTACGCTATAACACCAGGAATTAAGGACGAAAGCAGGCCCTAAGCC
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