NA ----> NA

Intron 1 GTAAGTTTAT ... AAATTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	65.22	4	14	1
A2	66.67	1	4	0
A3	100	0	6	4
A4	50	4	7	1
A5	100	0	3	1
A6	57.89	12	23	10
A7	65.33	13	39	10
A8	74.07	7	24	16
A9	72.09	6	20	11
A10	86.21	2	22	3

>TRINITY_DN34638_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

TTAGCTCAAGGGTTAGCTCAATTTATAAGACGTGTGAACACTCTCTCCCCAGGATTACCTTAATTGAAACTTTGAGTCCTAAGAGATTAAACCAAAGCGAAATTGTAGGCAGACGGTCTTCGTTTCCAGACGGTCTTCGTTTCCGCAAGGAAAAAAGTTCCCTCCATATGAAAAATTAATATCTTGGGCTTATTCTTCAT
TTTGAGAATTCTAAGAGTGGTATACCCTATAGTTCTTCGGCTCTTATAGTTCTTCTTAGGGCCTGTAGAATCTATGCTTGTTGGGCATTTTTTATGATAGCCCCGGCTGCCGCATATTCTTTGCCTCGACCTGAGAGTCTCTGAGCGCTGACTGTGGAAACACTAATCCAGGCGCATACTTGTGCGGTCTCACTCTGTGA
CTGCAATCTGCGAGCTACCCATTCTCTACATGCTAAACCCATCACTATGTATCGGTCTGGTTTCAAGCCATCTTTTGTGATACGATCCACAGTCTCAAACCCTACAATCAGGAAGAGATCCCCGCGTCTTACAAATTCCAACCTCCCATATTACCATCTCTCGGCGACCTAAAGATTGCTTTCATCTGTCCACGACGTGA
GAGAAAATAATGATGTCGGGGTTAGGGTATGTATGACGATTTGGATGCAGGGTGTTGTTCCCAAAGAAGTAAAGCAGAGGAAACAATGGAGACTTGGTGCTTCCCCTTAACTCTGTGTAATCTCTACATGGAAACCCACAACATCTTTATAAGCTTTGTGCTTGTGGAGCTTGAGCCTCGTGGAGGATTGGCATCTGTGG
AATTCATTTTCTTCTGATCTTTTTGGTGGTTTTTGGCGGTTAAATCGTCCTCGGGGTACACCATTGCCGAGTTTTGCCACTCGGGATGCTTTTATTTTGACATTTTGAAGCTTTTTGATGAGTATATTTTGATGTCTTGAACGAGTTTCTAATATTGTAATTGAATAAATTTACAGAGTTTTGCCACTCGGGATGCTTTT
ATTTTGACATTTTGAAGCTTTTTGATGAGTATATTTTGATGTCTTGAACGAGTTTCTAAT

>TRINITY_DN34638_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TTAGCTCAAGGGTTAGCTCAATTTATAAGACGTGTGAACACTCTCTCCCCAGGATTACCTTAATTGAAACTTTGAGTCCTAAGAGATTAAACCAAAGCGAAATTGTAGGCAGACGGTCTTCGTTTCCAGACGGTCTTCGTTTCCGCAAGGAAAAAAGTTCCCTCCATATGAAAAATTAATATCTTGGGCTTATTCTTCAT
TTTGAGAATTCTAAGAGTGGTATACCCTATAGTTCTTCGGCTCTTATAGTTCTTCTTAGGGCCTGTAGAATCTATGCTTGTTGGGCATTTTTTATGATAGCCCCGGCTGCCGCATATTCTTTGCCTCGACCTGAGAGTCTCTGAGCGCTGACTGTGGAAACACTAATCCAGGCGCATACTTGTGCGGTCTCACTCTGTGA
CTGCAATCTGCGAGCTACCCATTCTCTACATGCTAAACCCATCACTATGTATCGGTCTGGTTTCAAGCCATCTTTTGTGATACGATCCACAGTCTCAAACCCTACAATCAGGAAGAGATCCCCGCGTCTTACAAATTCCAACCTCCCATATTACCATCTCTCGGCGACCTAAAGATTGCTTTCATCTGTCCACGACGTGA
GAGAAAATAATGATGTCGGGGTTAGGGTATGTATGACGATTTGGATGCAGGGTGTTGTTCCCAAAGAAGTAAAGCAGAGGAAACAATGGAGACTTGGTGCTTCCCCTTAACTCTGTGTAATCTCTACATGGAAACCCACAACATCTTTATAAGCTTTGTGCTTGTGGAGCTTGAGCCTCGTGGAGGATTGGCATCTGTGG
AATTCATTTTCTTCTGATCTTTTTGGTGGTTTTTGGCGGTTAAATCGTCCTCGGGGTACACCATTGCCGgtaagtttattgatgttatgtgcaagacttcccaagatttcattaaaagttatttttcataagtaatggcacaatctaagctatttcgaaccccaaaattcaagaaatcaaagcattcgagtttctaatct
tgtaattgaataaatttacagAGTTTTGCCACTCGGGATGCTTTTATTTTGACATTTTGAAGCTTTTTGATGAGTATATTTTGATGTCTTGAACGAGTTTCTAATATTGTAATTGAATAAATTTACAGAGTTTTGCCACTCGGGATGCTTTTATTTTGACATTTTGAAGCTTTTTGATGAGTATATTTTGATGTCTTGAA
CGAGTTTCTAAT

Intron 2 GTAAGTTTAT ... CATTTTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75.73	4.5	14	0
A2	80	1	4	0
A3	100	0	6	4
A4	63.64	4	7	1
A5	100	0	3	1
A6	85.19	4	23	9
A7	81.25	9	39	4
A8	77.42	7	24	14
A9	80	5	20	7
A10	95.84	1	22	2

>TRINITY_DN27718_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

TGGCAGACGGTCTTCGTTTCCAGACGGTCTTCGTTTCCGCAAGGAAAAAAGTTCCCTCCATATGAAAAATTAATATCTTGGGCTTATTCTTCATTTTGAGAATTCTAAGAGTGGTATACCCTATAGTTCTTCGGCTCTTATAGTTCTTCTTAGGGCCTGTAGAATCTATGCTTGTTGGGCATTTTTTATGATAGCCCCGG
CTGCCGCATATTCTTTGCCTCGACCTGAGAGTCTCTGAGCGCTGACTGTGGAAACACTAATCCAGGCGCATACTTGTGCGGTCTCACTCTGTGACTGCAATCTGCGAGCTACCCATTCTCTACATGCTAAACCCATCACTATGTATCGGTCTGGTTTCAAGCCATCTTTTGTGATACGATCCACAGTCTCAAACCCTACA
ATCAGGAAGAGATCCCCGCGTCTTACAAATTCCAACCTCCCATATTACCATCTCTCGGCGACCTAAAGATTGCTTTCATCTGTCCACGACGTGAGAGAAAATAATGATGTCGGGGTTAGGGTATGTATGACGATTTGGATGCAGGGTGTTGTTCCCAAAGAAGTAAAGCAGAGGAAACAATGGAGACTTGGTGCTTCCCC
TTAACTCTGTGTAATCTCTACATGGAAACCCACAACATCTTTATAAGCTTTGTGCTTGTGGAGCTTGAGCCTCGTGGAGGATTGGCATCTGTGGAATTCATTTTCTTCTGATCTTTTTGGTGGTTTTTGGCGGTTAAATCGTCCTCGGGGTACACCATTGCCGCTTTCTGATGAGTATATTTTGATGTCTTGAACGAGTT
TCTAATCTTGTAATTGAATAAATTTACAGAGTTTTGCCACTCGGGATGCTTTTATTTTGACATTTTGA

>TRINITY_DN27718_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TGGCAGACGGTCTTCGTTTCCAGACGGTCTTCGTTTCCGCAAGGAAAAAAGTTCCCTCCATATGAAAAATTAATATCTTGGGCTTATTCTTCATTTTGAGAATTCTAAGAGTGGTATACCCTATAGTTCTTCGGCTCTTATAGTTCTTCTTAGGGCCTGTAGAATCTATGCTTGTTGGGCATTTTTTATGATAGCCCCGG
CTGCCGCATATTCTTTGCCTCGACCTGAGAGTCTCTGAGCGCTGACTGTGGAAACACTAATCCAGGCGCATACTTGTGCGGTCTCACTCTGTGACTGCAATCTGCGAGCTACCCATTCTCTACATGCTAAACCCATCACTATGTATCGGTCTGGTTTCAAGCCATCTTTTGTGATACGATCCACAGTCTCAAACCCTACA
ATCAGGAAGAGATCCCCGCGTCTTACAAATTCCAACCTCCCATATTACCATCTCTCGGCGACCTAAAGATTGCTTTCATCTGTCCACGACGTGAGAGAAAATAATGATGTCGGGGTTAGGGTATGTATGACGATTTGGATGCAGGGTGTTGTTCCCAAAGAAGTAAAGCAGAGGAAACAATGGAGACTTGGTGCTTCCCC
TTAACTCTGTGTAATCTCTACATGGAAACCCACAACATCTTTATAAGCTTTGTGCTTGTGGAGCTTGAGCCTCGTGGAGGATTGGCATCTGTGGAATTCATTTTCTTCTGATCTTTTTGGTGGTTTTTGGCGGTTAAATCGTCCTCGGGGTACACCATTGCCGgtaagtttattgatgttatgtgcaagacttcccaaga
tttcattaaaagttatttttcataagtaatggcacaatctaagctatttcgaaccccaaaattcaagaaatcaaagcattcgagtttctaatcttgtaattgaataaatttacagagttttgccactcgggatgcttttattttgacattttgaagCTTTCTGATGAGTATATTTTGATGTCTTGAACGAGTTTCTAATC
TTGTAATTGAATAAATTTACAGAGTTTTGCCACTCGGGATGCTTTTATTTTGACATTTTGA