NA ----> NA

Intron 1 GTTAGCATTG ... TTTGTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	45.61	31	35	17
A2	52.38	20	22	22
A3	40.74	32	18	26
A4	43.69	29	38	7
A5	44.44	10	11	5
A6	48.28	90	88	80
A7	47.43	133	122	118
A8	43.02	204	154	154
A9	48.58	127	136	104
A10	47.17	98	96	79

>TRINITY_DN107533_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

TAGATACCGAAATTTAGTATGGGGTGTTAGTGTTCTCCGCCACCTTCTTGCTCGTCCTCCTTCCTCGTTTCTTTTTGTTTTCATGTTCGTTTAAAGCATCATGGAAACCCTTTCTTGCATAAAGGAAGGATGGACAATTATGCAAGCAAAACTAGTACAGGAAGGAGGTGGGAGATGCATTAATGGCGCCCACAACAATT
TCAGACCCATTCATTCAAAAACAACAAGGCAACCCCGCCAAGAACAGTGCTGCCGAAGTTTCGACGACCCAGAATTGGAAGACTTAGTTAAATGGCAGGTTTCACTTCTCAGAGCCACCCCTTTAAATCCTTATTCTGTCCAGCCCGAGAGGAAAAAAGATTCCAATCACCTAAATTCTTCGATTAGGTCAGAGACCAAA
CCGTATTTCAATCTTAAAGGAGAAATTGATGTGAGGGCAGCCCTAACACGGGACCATGGAACCACACGACGAAAGAAGCTCAAGGTTCGAAGGCGAATTGACAATCTCATTGATTCTGATAATTCGCAGGCCTTGATGAGTCCTCCATTTGTGAGCAATGAAGATCCTTTGGTGGTAAAATCTGCTTCCAGAATGCAACA
AGGTACTGCTACTCCCCTACCTCTTTCTCTTCATTCTGATGGCCCAATGGATTTCACCGATAGTCGTAAGGAAACCCTATTCGATAATCGTCCTCTTGCCCCTGCAATTAAGATTAACAAAATCGGCCCAGACCAGATATCAGTCAGAAATCCATGTGCTGATATGGATGAGAAGAATAAGAAGAGGCAGAGATTAGATG
TGAGTGGATCGCTTGATGTCTTAGCAGATGCCATTGGAGTCCTTGAAAAGCAAAACAATGGCGAAATTGATGACTCGTTTCCATCTGGATGGTTTGGGCATGCTGGTGTTTTCTTCAAGCAGAAGAGGGTCATGAGAAGGGCAAGAAGTGTTTATAAACGAAGGTTATACACAACACCCAATTCAAATACGGTATTGCAT
ACATTCCCTGGCGCTCCAGAGGATGAAGTGGTCAATTTTAATGAGAATCAGCAACAAGATGAATTGTATTGCCAGACTGCTAGAATTCCAGCACAACCTCTTATATGGTCCAACCGGGGAAGGTCTCGTTCTCTGCCTGCTAAATACCATGATTCTGTCCTAGTACATCCGTGGAAAAAAGGTTCCAGGAAGAATACTTC
TGAATCCCTGGTTAAGGTTCATTAAATGAAAATAGCAGCTTGTGAGGTGGGCGAAAGCTGGGCACTGCTATTGTGTCATTCCCGGGTTCAGTGACACACATTTATGTTTGTGCTCATGCTTGTGTTTGCCCTATGGGATTATGGGATTGCAGATGGGATCGGTTGTAATTCTTGGGCTACTTTTCAGTAGAATAGTTACA
GATACTTCCATTTGTTTCAGAAGGGGATCAGGTGCAAGTTCTCTGGAGGAATAGATATCTCATTCATTGTATCTCTTCTTCAGCATGACAATTTCAAGTTCCAGCCAGCAAGCTCCAGTAAAAGGACCACCTCTGAGACCAGATGAAAGTGCCCTAACTTGGACAGCCCATGTATTGCAAAAAGCAGCTCTTTTCGCCTG
GGCTAAACCCAAAAATGTTACTTGTAAAAAAATTCATTAAATTGCACCATATGAATTCTATACCAATGAACAGTTTACTGACCCAAATTTTAAACATAGATATTGAATTGAATTCGGGACCTTAGGTGCTGTTGAAGCTGTACTTTCGTTCTACG

>TRINITY_DN107533_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TAGATACCGAAATTTAGTATGGGGTGTTAGTGTTCTCCGCCACCTTCTTGCTCGTCCTCCTTCCTCGTTTCTTTTTGTTTTCATGTTCGTTTAAAGCATCATGGAAACCCTTTCTTGCATAAAGGAAGGATGGACAATTATGCAAGCAAAACTAGTACAGGAAGGAGGTGGGAGATGCATTAATGGCGCCCACAACAATT
TCAGACCCATTCATTCAAAAACAACAAGGCAACCCCGCCAAGAACAGTGCTGCCGAAGTTTCGACGACCCAGAATTGGAAGACTTAGTTAAATGGCAGGTTTCACTTCTCAGAGCCACCCCTTTAAATCCTTATTCTGTCCAGCCCGAGAGGAAAAAAGATTCCAATCACCTAAATTCTTCGATTAGGTCAGAGACCAAA
CCGTATTTCAATCTTAAAGGAGAAATTGATGTGAGGGCAGCCCTAACACGGGACCATGGAACCACACGACGAAAGAAGCTCAAGGTTCGAAGGCGAATTGACAATCTCATTGATTCTGATAATTCGCAGGCCTTGATGAGTCCTCCATTTGTGAGCAATGAAGATCCTTTGGTGGTAAAATCTGCTTCCAGAATGCAACA
AGGTACTGCTACTCCCCTACCTCTTTCTCTTCATTCTGATGGCCCAATGGATTTCACCGATAGTCGTAAGGAAACCCTATTCGATAATCGTCCTCTTGCCCCTGCAATTAAGATTAACAAAATCGGCCCAGACCAGATATCAGTCAGAAATCCATGTGCTGATATGGATGAGAAGAATAAGAAGAGGCAGAGATTAGATG
TGAGTGGATCGCTTGATGTCTTAGCAGATGCCATTGGAGTCCTTGAAAAGCAAAACAATGGCGAAATTGATGACTCGTTTCCATCTGGATGGTTTGGGCATGCTGGTGTTTTCTTCAAGCAGAAGAGGGTCATGAGAAGGGCAAGAAGTGTTTATAAACGAAGGTTATACACAACACCCAATTCAAATACGGTATTGCAT
ACATTCCCTGGCGCTCCAGAGGATGAAGTGGTCAATTTTAATGAGAATCAGCAACAAGATGAATTGTATTGCCAGACTGCTAGAATTCCAGCACAACCTCTTATATGGTCCAACCGGGGAAGGTCTCGTTCTCTGCCTGCTAAATACCATGATTCTGTCCTAGTACATCCGTGGAAAAAAGGTTCCAGGAAGAATACTTC
TGAATCCCTGGTTAAGGTTCATTAAATGAAAATAGCAGCTTGTGAGGTGGGCGAAAGCTGGGCACTGCTATTGTGTCATTCCCGGGTTCAGTGACACACATTTATGTTTGTGCTCATGCTTGTGTTTGCCCTATGGGATTATGGGATTGCAGATGGGATCGGTTGTAATTCTTGGGCTACTTTTCAGTAGAATAGTTACA
GATACTTCCATTTGTTTCAGAAGGGGATCAGGTGCAAGTTCTCTGGAGGAATAGATATCTCATTCATTGTATCTCTTCTTCAGgttagcattgtagtcagaaagttcaaaaattgaaatattcattgttctctattgtaaaaacaaaagttattgaattgcatcggggctgtggttaagtggcgaattggaacgcttttt
gttgtagCATGACAATTTCAAGTTCCAGCCAGCAAGCTCCAGTAAAAGGACCACCTCTGAGACCAGATGAAAGTGCCCTAACTTGGACAGCCCATGTATTGCAAAAAGCAGCTCTTTTCGCCTGGGCTAAACCCAAAAATGTTACTTGTAAAAAAATTCATTAAATTGCACCATATGAATTCTATACCAATGAACAGTTT
ACTGACCCAAATTTTAAACATAGATATTGAATTGAATTCGGGACCTTAGGTGCTGTTGAAGCTGTACTTTCGTTCTACG