sp|Q9LUM0|FAB1B_ARATH ----> 1-phosphatidylinositol-3-phosphate 5-kinase FAB1B

Intron 1 GTGAGCGTAT ... TTGTCTCCAG

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A4	70	108	229	275
A5	74.68	59	208	140
A6	73.91	3	12	5
A7	73.05	19	69	34
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>TRINITY_DN48350_c3_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoform

GGAATTCAAGAAACTAATTAGATAGGGTTTATAGGGTTTGTGCAAAATTGGAGGGGGAGAATCCGGCGTTTTATCGCAGAGACTCGATACCAGGGTTTTAGTGGAAGCAAACGCGTAGTTCATCATGACAGTAGGGCTTTCATGGTAGATGAGAAAGACAGAAGCCGCTCTGTATGGTGTATTTAACAAGGCGAGGTCAT
GGATTCCCCAGATGGCTGAAGCGTCTACGGTTTCGAGGGACTATTGGATGCCGGATCAGAGCTGCAGGGTTTGTTATGATTGTGAGTCGCAGTTTACGATCTTCAATCGGCGGCACCATTGCCGGATTTGTGGCAAGGTTTTTTGCGGGAGGTGTACAGTGAATACAATTCCTGCTTCTGTTGTCGATGATTGGAAATAT
GATCACGAAGAGGGGATCAGTCCTTCGCCTTCTGTCACAAGTTTATCCAGTAGTAAGTCAAGCGGCAGCGATAGCGGCGTTAACGTCTTTGGCGCTATGCCTTTTTCAACCGTGCCTTATCAGCACGTCACTTACAGTTCTGCTCTTAGTAATCCAGCTCAAGGTACTGATGGATTTGGGCGAATGCCCGAGAAGAAACA
AGATATGCCTTATTCAGGAAGAAGCGCGAATTCTCCATCGATTCTGGAAGGCGGACGTTCTGTTGCCAGTATTTTTGGAACTCCCCTTAATAGGAGTGATGATGAGGATGATGACTATGGTAAGATGTCTGAGGATCCTGAATGGCAGATTTCTAGACAAACAGAAGAATACTTTCAGAACAACTTTAACTTAGCTCATG
ATCCTGGATACAATTTCAATGAGATTCATCCTGTTGGTTATAGCTCCCAAAATTCCCTGCACTCAGGGATCCTGGAAACTGGGCTGAGTTATAAAACCAAAAACTCCGATGAGCATGTCGAGGGAATGAATCTGCCTTCACAAACTGGCATACAGGAAGAAAGCCAACACTCAAGGGTGCCAGAAAGGTCTGGAGAAGAA
TCAGAGGGTACAGACAATGCTGATGAGTGCAATGATGAAGCATCTATGTTTGACACACAAGGTCCAGATTTAGAGCAGTCAGTGGACATAGAGAAAATCATTGATATATGGATTCCGCCTCAGCCAGAAGACGAACAAGATGAAAAGGAGACTGGTGTGTTTGATGATGAAGATGACGACGACGATGGTAGTTGGGGTTT
GCCCCGTTCCACTGGCAGCTTTAGTGACAGTGAATACAAGAGTAAAGAGAGATCAAGTGAGGAGTATAGGAAGGCTATGAGGTCTGTAGTAGATGGTCACTTTAGGGCTCTTGTAGCACAACTTCTCAAGGGAGAGGATGTTCCTATAGGTGAAGAGAATCACAGGGACAGCTGGCTGGAAATAGTCACTTCATTGTCGT
GGCAAGCTGCGAGTCTCGTCAAGCCAGACACTAGCAAGGGAGGAGGAATGGATCCAGGGGGGTATGTGAAGGTCAAGTGCATTGCAAGCGGTCGCTCTTATGAAAGTGAGGTGATCAAGGGAGTTGCTTGCAAGAAGAATGTAGCACATAGGCGGATGACATCAAAGTACAAGAATGCCCGACTGCTGCTTCTTGGAGGA
GCTTTAGAATATCAGCGAGTCTCAAATCAGCTGTCATCTCTTGATACTCTGCTTCAACAAGAAATGGAACATCTGAAAATGACCGTGACAAAGATAGAAGCTCATCATCCTAATGTGCTGCTGGTTGAGAAAACTGTGTCCCGTTATGCACAAGAGTATTTGCTGGCAAAAGAGATATCTTTGGTATTGAATATCAAAAG
GCCTCTATTGGAGCGTATAGCCCGTTGCACAGGGGCACAGATTGTACCTTCTGTTGATAATCTGACTGCACCAAAATTAGGACACTGTGAATTCTTTCGTGTGGAAAAGTTCTTGGAGGAGCATGGCAGTGCTGGTCAGGCAGGAAAAAAATCATTGAAAACCCTGATGTTCTTTGACGGTTGCCCAAAGCCTTTGGGTT
GCACGGTAAGTCCTTTCAATTTCCATGTTAAAGTATCGCATACATCCATCATCGCAGTCTGGCGTCCATTCTTCCATAGATTAATGGCATTAGGCAAAGTGCCATCAATTGCTTTTAGAAATTTCGTTTTGGACTTTCAAATATTTTGCAAAGGTTCAGGGATGGCTGGATAGACACCCCAATTTTCAGGGGATGGCAGG
GGACGAGATATTTCAGTGTGCAGTTTTTCATGTTTAATGGCAAGTAATTTACATTTAGGTTGCTTTAATGACTTCTGATGGGTACTTGAAAACACAAAGCAAATGTAGTTAAGTAAAAGGGTACCATCATTGAAGAAAATCACAATTTAGCTCGATAATAGCAAATATAAACACATTGTGAACACCATCATAAACACATA
TTCAGTACCCTTGGCATATAAGCA

>TRINITY_DN48350_c3_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CTTTACACAATCATTCATTTCTTATTATTCATTGATGGTTCGATGCCTACGCTCAACGAGGACCCACGGTTGCCCTGGGTTCGAATCCCCTGGACTCGCTTTCTCCACTTTCGGCCTCCCAGATTCCCTTCTCCTCTCCATCCTTCCGGGGCCTAACGTCCCACCGTCATCTGTGCGGTCTTGGAACTCATGCGCATTAT
TTGCCCGTTCGTTCGTCCGTCCGGAGTCTTTCACAGCGCGAGGCTCCTCCTTCTCTGTGCCTGCAAGAAAACATAGTTCCTGGCGCTGTCCGTTGCAGGAGACTGCGAAGTGCCACGGCAAGCGTATTTCGAATTGAAGAAATTGCTCATCTCTGAGTAGGTTTTCGGAATTCAAGAAACTAATTAGATAGGGTTTATAG
GGTTTGTGCAAAATTGGAGGGGGAGAATCCGGCGTTTTATCGCAGAGACTCGATACCAGGGTTTTAGTGGAAGCAAACGCGTAGTTCATCATGACAGTAGGGCTTTCATGGTAGATGAGAAAGACAGAAGCCGCTCTGTATGGTGTATTTAACAAGGCGAGGTCATGGATTCCCCAGATGGCTGAAGCGTCTACGGTTTC
GAGGGACTATTGGATGCCGGATCAGAGCTGCAGGGTTTGTTATGATTGTGAGTCGCAGTTTACGATCTTCAATCGGCGGCACCATTGCCGGATTTGTGGCAAGGTTTTTTGCGGGAGGTGTACAGTGAATACAATTCCTGCTTCTGTTGTCGATGATTGGAAATATGATCACGAAGAGGgtgagcgtattagggtttgca
gctattgtttcaagatacggaagaaacagatgacagcttcagaatatgatggaattcaattgttgtctccagGGATCAGTCCTTCGCCTTCTGTCACAAGTTTATCCAGTAGTAAGTCAAGCGGCAGCGATAGCGGCGTTAACGTCTTTGGCGCTATGCCTTTTTCAACCGTGCCTTATCAGCACGTCACTTACAGTTCT
GCTCTTAGTAATCCAGCTCAAGGTACTGATGGATTTGGGCGAATGCCCGAGAAGAAACAAGATATGCCTTATTCAGGAAGAAGCGCGAATTCTCCATCGATTCTGGAAGGCGGACGTTCTGTTGCCAGTATTTTTGGAACTCCCCTTAATAGGAGTGATGATGAGGATGATGACTATGGTAAGATGTCTGAGGATCCTGA
ATGGCAGATTTCTAGACAAACAGAAGAATACTTTCAGAACAACTTTAACTTAGCTCATGATCCTGGATACAATTTCAATGAGATTCATCCTGTTGGTTATAGCTCCCAAAATTCCCTGCACTCAGGGATCCTGGAAACTGGGCTGAGTTATAAAACCAAAAACTCCGATGAGCATGTCGAGGGAATGAATCTGCCTTCAC
AAACTGGCATACAGGAAGAAAGCCAACACTCAAGGGTGCCAGAAAGGTCTGGAGAAGAATCAGAGGGTACAGACAATGCTGATGAGTGCAATGATGAAGCATCTATGTTTGACACACAAGGTCCAGATTTAGAGCAGTCAGTGGACATAGAGAAAATCATTGATATATGGATTCCGCCTCAGCCAGAAGACGAACAAGAT
GAAAAGGAGACTGGTGTGTTTGATGATGAAGATGACGACGACGATGGTAGTTGGGGTTTGCCCCGTTCCACTGGCAGCTTTAGTGACAGTGAATACAAGAGTAAAGAGAGATCAAGTGAGGAGTATAGGAAGGCTATGAGGTCTGTAGTAGATGGTCACTTTAGGGCTCTTGTAGCACAACTTCTCAAGGGAGAGGATGT
TCCTATAGGTGAAGAGAATCACAGGGACAGCTGGCTGGAAATAGTCACTTCATTGTCGTGGCAAGCTGCGAGTCTCGTCAAGCCAGACACTAGCAAGGGAGGAGGAATGGATCCAGGGGGGTATGTGAAGGTCAAGTGCATTGCAAGCGGTCGCTCTTATGAAAGTGAGGTGATCAAGGGAGTTGCTTGCAAGAAGAATG
TAGCACATAGGCGGATGACATCAAAGTACAAGAATGCCCGACTGCTGCTTCTTGGAGGAGCTTTAGAATATCAGCGAGTCTCAAATCAGCTGTCATCTCTTGATACTCTGCTTCAACAAGAAATGGAACATCTGAAAATGACCGTGACAAAGATAGAAGCTCATCATCCTAATGTGCTGCTGGTTGAGAAAACTGTGTCC
CGTTATGCACAAGAGTATTTGCTGGCAAAAGAGATATCTTTGGTATTGAATATCAAAAGGCCTCTATTGGAGCGTATAGCCCGTTGCACAGGGGCACAGATTGTACCTTCTGTTGATAATCTGACTGCACCAAAATTAGGACACTGTGAATTCTTTCGTGTGGAAAAGTTCTTGGAGGAGCATGGCAGTGCTGGTCAGGC
AGGAAAAAAATCATTGAAAACCCTGATGTTCTTTGACGGTTGCCCAAAGCCTTTGGGTTGCACGGTATTGCTCAAGGGTGCAAATGGTGATGTATTAAAGAAAGTCAAACGTGTTGTTCAATATGCTATCTTTGCAGCTTATCATTTAGCTCTTGAAACTTCTTTCCTTGCAGATGAGGGTGCCACCCTTCCTGAACTTC
CCCTGAAATCTCCCATAACTGTTGCACTGCCAGACAAGCAATCGAGTTTGGATAGGTCAATTTCAATGATACCTGGATTTGTGACTCCTGCTTCAGGGCAGGCACACACAGGAGAAGTACAATGCCATAAATTCCACAAAAGTAGTATGCCAGGTATGTGCAGCCTACCATGTAACTCATCAAACTTGAACAAGGGAGGT
CCCCAACCTCCTGTTAATTCTGAGGGATTAATGGAGGGAGGGCCCCAACCTCCCATTAGCACTACTACTGGAATTGCTGGACTGCGTCAAATAACTATTGGTTCCAACCCTTCTTGTGCAAGTGGTGTATTGATTTATGATACTGGGGTCAAACAACAAGAGATAAATTCAAGTCAAAATTCTTTTCCTCCAGCTTCTTC
TGGGGGGCATTCAATATCTGGGTTATTATCTACTAAAAATCAAGTTTTGAAAGCAGCTGGAACCCATGTGGACTTGAGTTCATATGAAGCCGGTACTTGTTATTTTGGATTTGAAGATAAGATGTTAGATGGTATAGGTAAAGTTGATGGCTCAACTCTTTCAGTTCCTTCTGGATCTCCTCTTGAGAACCAAATGAGTG
CGGAGGAAAAGCCTCATGAACTGCAGTGGGAGAATGAGGAAAAAAATGATGATCAAGTCGATCCTAAGTTAATTTTGGATCATAAAGTAACACGGTGTGAGACCCAAGATTCGGTACATTGTGAGGGACAAGGACTCTCTAAAGAAGACTTTCCACCTTCCCCTTCTGATCAACAGAGTATTTTGGTTTCATTGTCGACT
CGCTGTGTGTGGAAGGGAACAATATGTGAACGTGCTCATCTCTTGCGCATAAAATACTATGGGAGCTCGGACAAGCCTTTGGGAAAGTTCTTGAGGGATGATTTATTCAACCAGAGTTATCGGTGTCGTTCCTGTGATGCACCAACAGAAGCTCATGTGCATTGTTATACTCATAAGCAAGGTAGCCTCACAATATCTGT
CAAACGTCTTAGTGAGATCATTTTACCAGGTGAAAGGGAGGGGAAAATATGGATGTGGCATCTATGTCTCAAATGTGCATGCAAATGTAAAGCTCCACAGCCAACTCGAAGAGTAGTGATGTCGGATGCTGCATGGGGTTTATCCTTTGGAAAATTTCTGGAGCTTAGTTTCTCCAACCATGCTGCAGCAAGTAGAGTGG
CCAGCTGTGGCCATTCCTTACATAGAGACTGCCTTCGCTTTTATGGGTTTGGAAGAATGGTAGCGTGCTTCCGCTATGCTTCTATACATGTCCATTCTGTGCATTTGCCACCTCCAAAATTAGAATTTAATGATCCAAACCAACAAGATTGGCTCACGAACGAGGCAGCAGTGGTTGCAGATGGGGCAGAATTGTTTTTC
GCTGAGGTATTTGATTCCCTCCGACAAATCGGTGAGAAAATTGCAAACTCTGGTTCCTTCTATGCAGGCATAAAGGTTCCAGAATTCAGGAGACGCATTGCAGAATTAGAAGGGATGTTGCAGAAAGAGAAGACTGAGTTTGAGGATTTGCTAAAAAAGGCTTCAACAAAAGATTGGCAGCCAGGACAACCTGTTGCTGA
TATTTTAGAGTTGAATCGTTTGAGGCGTCGGCTTATTTTTGAATCTTATGTATGGGACCATCGCCTCCGGTTTTTGGATTCATCTCTTAGAGTTAAAAGGTCAATTGCTGGTTCAGATTCTAGTCTAGCAGAACAGCTTAATCCACATTTGCAAAAGAACATTGATTCTAATTTATCTGAAAAACTTGTAGAGAGTAAAA
GAACAGAAAAAGATGATAGTGATCCTAGTAAAGTTGTTGTTTCAAAGGTTGGGAGCAATGGCTGTCAGCTGGATGGAAGTTCCCAGGACAGTTCTAGTAGTCCTTACATTCCACAGTTTGAGGATGTTCATATTAACAACACACAAGTTACCAATGATGGTGTCATACGGGCCTCAAGTAATCTTGAAAGCTCCCAGTAT
CCTTTGTTGGTGGATCATCTCACAAGCGTTAAGGACACAGATGAAAGATTTGGTGTAGTTGGAAAAATTACCGAGGTGATAGAAAATCAAAGGCCTCATTTAGTGGAACATATGGAAACAAATGTAAATAATTCCATTACAGTTTTGAGCACAGTTGAGAAGCCCCTCACAGATCCTGATCTCTGCAAACATGTGAATGG
AAATGGTGCCAATGGACCTTTGCCAGAAAATAAATATATAGAAACGGACATTGGTGATAAAACAGAAGTTGTTGAAGGTGATCTGGGAGTTCGTAGGACATTATCAGAGGGGAATTTCCCAATCCTGGCTGATCTATCGGAGACATTAGATGCAGCATGGACTGGCGAGGGTCAATCAGTAATAGCTCAGGCTGTTCATG
TAACATCACAGGGCCAGGAAATTGGTCCTGCAGCTCCAGCTATTGAAAATGCTCAGTGTGACACCGAACTATCTACCAAGAATAGTTCTTTGGCAGTTCAAACAAGTGTAATACCACCTGCATTAAAGACAGAGGCTACTGATAACAATTATAGTTTTCAAGATAAAAATGGACCAGAACAGTTGCAAGTGAGTACACCT
GTGTCACCAGTGAAATCCTTTGATGTTTCAGAGGAATTTGGAAGTTGGATTGGAGTACCTTTTTCTAATTTGTACAAGACCTACAGCAGGGGTTTGCAGGGCTTTTTATCAGGGTCTCCTCTCAGATTTGATTCCCTTAGTGGGTACATCCCTACTTTTGTATCATCGCTCAGTCAACTTGGTGGTCAAGGAGGAGCAAG
ATTACTGTTGCCCACAGGTGTCAATGATACAGTTATTGCTATTTATGATGATGAGCCCACCAGCATCATATCTTATGCCCTGACCTCTCATGAATATTATGCCCACGTGTCCGACAAGACAGCTGATAAGAGTAAACAAAGAGAGAAAGATAGGGATAAAGAGAAGGAAACTGGGGATTCATCTTTTACAGATGAAGCTC
TTTCATATCCACTTAAGGCCTTTGATGGTTCCGACGCATCTGATGGCATTCCTAAAGAGAAAAGTTATGGATCTGATGATAGTTTTACATCAGGCAGTAAATGGACTGGAGTGGCAGATCCATTTCTATATACAAAGGCTATGCATGTAAAGGTATCATTTAGTGATGAAAACTCACCTGGAAAAGTAAGGTACACTGTA
ACTTGTTATTATGCAAAGCAGTTTGATGCCCTTAGGAGAAAATGTTGCCCAACAGAAATGGATTTTATTCGTTCCCTATGCCGTTGTAAGAAATGGGGAGCACAAGGTGGAAAAAGCAATGTGTTTTTTGCAAAGACTTTGGATGACAGATTCATCATTAAGCAAGTTACAAAGACAGAATTGGAGTCCTTCATCAAGTT
TGCCCCAGAATACTTCAAATATCTTTCAGACTCTTTAAGTACAGGGAGCCCCACATGTCTTGCAAAGGTTCTTGGTATTTATCAGGTTACTACAAAGAATGCAAAAGGTGGAAAGGAGGTTAGGATGGATCTTATGGTAATGGAGAATCTTTTGTTTGGGAGGAATATAACAAGGCTGTATGACCTAAAAGGCTCCTCTC
GGTCACGTTACAATGCAGATTCATCAGGAAGTAACAAAGTTCTTTTAGATCAGAATCTTTTAGAAGCCATGCCAACCTCCCCAATCTTTGTGGGGAATAAGGCCAAACGACTTTTGGAGAGAGCTGTCTGGAATGACACTTCCTTTCTTCAGTCGATTGATGTAATGGATTATTCATTACTGGTTGGAGTTGATGAAGAG
CGACATGAACTGGTTTTGGGCATTATTGATTTTATGCGGCAATACACATGGGACAAACATCTTGAGACTTGGGTGAAAGCCTCTGGTATACTTGGTGGGGGAAAAAATACATCACCAACAGTCATTTCTCCAATGCAGTACAAGAAACGATTCCGAAAAGCAATGTCTACATACTTCCTAATGGTTCCAGATCAGTGGTC
TCCACCTACTATAATCCCCAGTAATTCACAGAATCAGTTGTGTGAAGATCCTGTGCCAATGTCAGCACAAGGAGATGTTGGAGAGTAGGTTGCAAAATCCTCGGCATGGTACCTTTGTTCTGCAGAGATCCTACCATGCTGGCATGATAGCTTTCTTCATCTATACAATTTCAAGGATATCCTTGATGGAAACTAAAGTC
AAGTTTTCTCAGTCTGGGACTAGACTTTGATTTATATAAGCTTGTGATTGGCTTCATTTGCATTCTTACATCGCGGATTGTCAATAATAATTAGAACTGTAAACACAGTACTATAGGCCCTCCAATATGTATCAACACCGCACGCCAATGGAGTGAGTAATATAAAGGCTACGTTATCTGCAAACTTGAGTTACCTGAGA
GAAAATTTGTTTTTAGTATTTACTGTATGATATTCCACATACTTTGGTTTGTTTCAGATCAATCTGTACAAATGGTCTGAAATATCGTGTAACATACATGTTTAAGGTATATGTATTCTTTATTTTTTACCTTATGGTCCTATGGATGTTATAAGAATTGTGGCCTTGGTAAGCACACATCTGTGCTGGGTTTCTAAATG
CACTTGCATCTTTCTGTTTTTTAATTGTGTATATGCCAACAGGTTACTAGGCCTTTTCTTTTGGCATAGTTAGATGCTCTTCTGCCACAGCTTCAACTGACAAATGTAACTGCAAAAAAGTAGGTGAAAAATATAGCATTTGGTGGTATACACTGATAAATTATTGTCATTTCCAAAGCAGATGTTGGTGATGAAGATTT
TGATTTTGTAGGGGTGCAGTGCTTGATTTATCAGGTAATGTTTGAAAGATATGGAAGGAGGTAAATGGATTCATTAAAGGTATACTCCGTGCACCTCAGATTTATTGCATGTTTCAATTCTCCCTCTCCCTTTATTCTTTTCTTTTTCCTTTCTGGCTTTTGCTTGGAGGTTATATTTTGCATCTTCGATTTATAACAAG
CTTTTGGATTTTGTTCTCACTTTTTTGCCTTGTTGTATTGCAGCGATGTATTGTAGATTGAGCTTATGGTGTTAATGAGTTGGAGATTGGACTAAAAGAGATGGTATTCTGTAGCCATTGTGTGCATGAAGTTGGCATTGCGTTATTGTCTCTCGCTTTTGGAGAAAGACAGAGCACAGTATAGATGATCTAAGTGATGC
ATTTGGGTGACTAAAAAACTCATGGGAAAGATGAGGGCTCTAAGGTTATTGATGCTTGCCATCTGAAACTATTGGATTTCCTCTACAAAGATGTTTTACATAAGATTTGAATTACCATGTATTTACATTGTTTCACAGGTTTAATGCTTCAAGTTGTCCGTGCATGCTATTTCTTTGCATGTGGACAGAAAAGTGTATTT
GATGTAAGAAAAGCATTATCATACTAAATTTAATGGGAAAATAATCTTTGTAATTAGTGCAGTAGGATTAGCTGCACATCTGCATAAGACTGTACATGTATGCTTGTCTATTTTGCCACAGTATGTGGTAATTGTATTAAGAAATTTGCCTGCACTTTCTTAAGCTGTAGCCTGTGCATGCATACTTGTTTGCATGTATA
TACTATAAAGCCTAGCTACTTGTAGTGAATGTCTTCCTCGAGGATAAACAATTTTGA

Intron 2 GTGAGTTTTT ... GTATGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.44	116	18	31
A2	15.79	144	20	34
A3	18.32	165	31	43
A4	15.24	139	21	29
A5	12.24	43	6	6
A6	14.12	225	22	52
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A8	16.54	449	61	117
A9	16.43	318	39	86
A10	17.86	223	31	66

>TRINITY_DN120081_c1_g1_i4 from sample A3 / Example spliced isoform

TGTTGCCTTTGCGTGTGGATTCCCTTTACACAATCATTCATTTCTTATTATTCATTGATGGTTCGATGCCTACGCTCAACGAGGACCCACGGTTGCCCTGGGTTCGAATCCCCTGGACTCGCTTTCTCCACTTTCGGCCTCCCAGATTCCCTTCTCCTCTCCATCCTTCCGGGGCCTAACGTCCCACCGGCATCTGTGCG
GTCTTGGAACTCATGCGCATTATTTGCCCGTTCGTTCGTCCGTCCGGAGTCTTTCACAGCGCGAGGCTCCTCCTTCTCTGTGCCTGCAAGAAAACATAGTTCCTGGCGCTGTCCGTTGCAGGAGACTGCGAAGTGCCACGGCAAGCGTATTTCGAATTGAAGAAATTGCTCATCTCTGAGTAGGTTTTCGGAATTCAAGA
AACTAATTAGATAGGGTTTATAGGGTTTGTGCAAAATTGGAGGGGGAGAATCCGGCGTTTTATCGCAGAGACTCGATACCAGGGTTTTAGTGGAAGCAAACGCGTAGTTCATCATGACAGTAGGGCTTTCATGGTAGATGAGAAAGACAGAAGCCGCTCTGTATGGTGTATTTAACAAGGCGAGGTCATGGATTCCCCAG
ATGGCTGAAGCGTCTACGGTTTCGAGGGACTATTGGATGCCGGATCAGAGCTGCAGGGTTTGTTATGATTGTGAGTCGCAGTTTACGATCTTCAATCGGCGGCACCATTGCCGGATTTGCGGCAAGGTTTTTTGCGGGAGGTGTACAGTGAATACAATTCCTGCTTCTGTTGTCGATGATTGGAAGTATGATCACGAAGA
GGGTGAGCGTATTAGGGTTTGCAGCTATTGTTTCAAGATACGGAAGAAACAGATGACAGCTTCAGAATATGATGGAATTCAATTGTTGTCTCCAGGGATCAGTCCTTCGCCTTCTGTCACAAGTTTATCCAGTAGTAAGTCAAGCGGCAGCGATAGCGGCGTTAACGTCTTTGGCGCTATGCCTTTTTCAACCGTGCCTT
ATCAGCACGTCACTTACAGTTCTGCTCTTAGTAATCCAGCTCAAGGTACTGATGGATTTGGGCGAATGCCCGAGAAGAAACAAGATATGCCTTATTCAGGAAGAAGCGCGAATTCTCCATCGATTCTGGAAGGCGGACGTTCTGTTGCCAGTATTTTTGGAACTCCCCTTAATAGGAGTGATGATGAGGATGATGACTAT
GGTAAGATGTCTGAGGATCCTGAATGGCAGATTTCTAGACAAACAGAAGAATACTTTCAGAACAACTTTAACTTAGCTCATGATCCTGGATACAATTTCAATGAGATTCATCCTGTTGGTTATAGCTCCCAAAATTCCCTGCACTCAGGGATCCTGGAAACTGGGCTGAGTTATAAAACCAAAAACTCCGATGAGCATGT
CGAGGGAATGAATCTGCCTTCACAAACTGGCATACAGGAAGAAAGCCAACACTCAAGGGTGCCAGAAAGGTCTGGAGAAGAATCAGAGGGTACAGACAATGCTGATGAGTGCAATGATGAAGCATCTATGTTTGACACACAAGGTCCAGATTTAGAGCAGTCAGTGGACATAGAGAAAATCATTGATATATGGATTCCGC
CTCAGCCAGAAGACGAACAAGATGAAAAGGAGACTGGTGTGTTTGATGATGAAGATGACGACGACGATGGTAGTTGGGGTTTGCCCCGTTCCACTGGCAGCTTTAGTGACAGTGAATACAAGAGTAAAGAGAGATCAAGTGAGGAGTATAGGAAGGCTATGAGGTCTGTAGTAGATGGTCACTTTAGGGCTCTTGTAGCA
CAACTTCTCAAGGGAGAGGATGTTCCTATAGGTGAAGAGAATCACAGGGACAGCTGGCTGGAAATAGTCACTTCATTGTCGTGGCAAGCTGCGAGTCTCGTCAAGCCAGACACTAGCAAGGGAGGAGGAATGGATCCAGGGGGGTATGTGAAGGTCAAGTGCATTGCAAGCGGTCGCTCTTATGAAAGTGAGGTGATCAA
GGGAGTTGCTTGCAAGAAGAATGTAGCACATAGGCGGATGACATCAAAGTACAAGAATGCCCGACTGCTGCTTCTTGGAGGAGCTTTAGAATATCAGCGAGTCTCAAATCAGCTGTCATCTCTTGATACTCTGCTTCAACAAGAAATGGAACATCTGAAAATGACCGTGACAAAGATAGAAGCTCATCATCCTAATGTGC
TGCTGGTTGAGAAAACTGTGTCCCGTTATGCACAAGAGTATTTGCTGGCAAAAGAGATATCTTTGGTATTGAATATCAAAAGGCCTCTATTGGAGCGTATAGCCCGTTGCACAGGGGCACAGATTGTACCTTCTGTTGATAATCTGACTGCACCAAAATTAGGACACTGTGAATTCTTTCGTGTGGAAAAGTTCTTGGAG
GAGCATGGCAGTGCTGGTCAGGCAGGAAAAAAATCATTGAAAACCCTGATGTTCTTTGACGGTTGCCCAAAGCCTTTGGGTTGCACGGTATTGCTCAAGGGTGCAAATGGTGATGTATTAAAGAAAGTCAAACGTGTTGTTCAATATGCTATCTTTGCAGCTTATCATTTAGCTCTTGAAACTTCTTTCCTTGCAGATGA
GGGTGCCACCCTTCCTGAACTTCCCCTGAAATCTCCCATAACTGTTGCACTGCCAGACAAGCAATCGAGTTTGGATAGGTCAATTTCAATGATACCTGGATTTGTGACTCCTGCTTCAGGGCAGGCACACACAGGAGAAGTACAATGCCATAAATTCCACAAAAGTAGTATGCCAGGTACGTGCAGCCTACCATGTAACT
CATCAAACTTGAACAAGGGAGGTCCCCAACCTCCTGTTAATTCTGAGGGATTAATGGAGGGAGGGCCCCAACCTCCCATTAGCACTACTACTGGAATTGCTGGACTGCGTCAAATAACTATTGGTTCCAACCCTTCTTGTGCAAGTGGTGTATTGATTTATGATACTGGGGTCAAACAACAAGAGATAAATTCAAGTCAA
AATTCTTTTCCTCCAGCTTCTTCTGGGGGGCATTCAATATCTGGGTTATTATCTACTAAAAATCAAGTTTTGAAAGCAGCTGGAACCCATGTGGACTTGAGTTCATATGAAGCCGGTACTTGTTATTTTGGATTTGAAGATAAGATGTTAGATGGTATAGGTAAAGTTGATGGCTCAACTCTTTCAGTTCCTTCTGGATC
TCCTCTTGAGAACCAAATGAGTGCGGAGGAAAAGCCTCATGAACTGCAGTGGGAGAATGAGGAAAAAAATGATGATCAAGTCGATCCTAAGTTAATTTTGGATCATAAAGTAACACGGTGTGAGACCCAAGATTCGGTACATTGTGAGGGACAAGGACTCTCTAAAGAAGACTTTCCACCTTCCCCTTCTGATCAACAGA
GTATTTTGGTTTCATTGTCGACTCGCTGTGTGTGGAAGGGAACAATATGTGAACGTGCTCATCTCTTGCGCATAAAATACTATGGGAGCTCGGACAAGCCTTTGGGAAAGTTCTTGAGGGATGATTTATTCAACCAGAGTTATCGGTGTCGTTCCTGTGATGCACCAACAGAAGCTCATGTGCATTGTTATACTCATAAG
CAAGGTAGCCTCACAATATCTGTCAAACGTCTTAGTGAGATCATTTTACCAGGTGAAAGGGAGGGGAAAATATGGATGTGGCATCTATGTCTCAAATGTGCATGCAAATGTAAAGCTCCACAGCCAACTCGAAGAGTAGTGATGTCGGATGCTGCATGGGGTTTATCCTTTGGAAAATTTCTGGAGCTTAGTTTCTCCAA
CCATGCTGCAGCAAGTAGAGTGGCCAGCTGTGGCCATTCCTTACATAGAGACTGCCTTCGCTTTTATGGGTTTGGAAGAATGGTAGCGTGCTTCCGCTATGCTTCTATACATGTCCATTCTGTGCATTTGCCACCTCCAAAATTAGAATTTAATGATCCAAACCAACAAGATTGGCTCACGAACGAGGCAGCAGTGGTTG
CAGATGGGGCAGAATTGTTTTTCGCTGAGGTATTTGATTCCCTCCGACAAATCGGTGAGAAAATTGCAAACTCTGGTTCCTTCTATGCAGGCATAAAGGTTCCAGAATTCAGGAGACGCATTGCAGAATTAGAAGGGATGTTGCAGAAAGAGAAGACTGAGTTTGAGGATTTGCTAAAAAAGGCTTCAACAAAAGATTGG
CAGCCAGGACAACCTGTTGCTGATATTTTAGAGTTGAATCGTTTGAGGCGTCGGCTTATTTTTGAATCTTATGTATGGGACCATCGCCTCCGGTTTTTGGATTCATCTCTTAGAGTTAAAAGGTCAATTGCTGGTTCAGATTCTAGTCTAGCAGAACAGCTTAATCCACATTTGCAAAAGAACATTGATTCTAATTTATC
TGAAAAACTTGTAGAGAGTAAAAGAACAGAAAAAGATGATAGTGATCCTAGTAAAGTTGTTGTTTCAAAGGTTGGGAGCAATGGCTGTCAGCTGGATGGAAGTTCCCAGGACAGTTCTAGTAGTCCTTACATTCCACAGTTTGAGGATGTTCATATTAACAACACACAAGTTACCAATGATGGTGTCATACGGGCCTCAA
GTAATCTTGAAAGCTCCCAGTATCCTTTGTTGGTGGATCATCTCACAAGCGTTAAGGACACAGATGAAAGATTTGGCGTAGTTGGAAAAATTACCGAGGTGATAGAAAATCAAAGGCCTCATTTAGTGGAACATATGGAAACAAATGTAAATAATTCCATTACAGTTTTGAGCACAGTTGAGAAGCCCCTCACAGATCCT
GATCTCTGCAAACATGTGAATGGAAATGGTGCCAATGGACCTTTGCCAGAAAATAAATATATAGAAATGGACATTGGTGATAAAACAGAAGTTGTTGAAGGTGATCTGGGAGTTCGTAGGACATTATCAGAGGGGAATTTCCCAATCCTGGCTGATCTATCGGAGACATTAGATGCAGCATGGACTGGCGAGGGTCAATC
AGTAATAGCTCAGGCTGTTCATGTAACATCACAGGGCCAGGAAATTGGTCCTGCAGCTCCAGCTATTGAAAATGCTCAGTGTGACACCGAACTATCTACCAAGAATAGTTCTTTGGCAGTTCAAACAAGTGTAATACCACCTGCATTAAAGACAGAGGCTACTGATAACAATTATAGTTTTCAAGATAAAAATGGACCAG
AACAGTTGCAAGTGAGTACACCTGTGTCACCAGTGAAATCCTTTGATGTTTCAGAGGAATTTGGAAGTTGGATTGGAGTACCTTTTTCTAATTTGTACAAGACCTACAGCAGGGGTTTGCAGGGCTTTTTATCAGGGTCTCCTCTCAGATTTGATTCCCTTAGTGGGTACATCCCTACTTTTGTATCATCGCTCAGTCAA
CTTGGTGGTCAAGGAGGAGCAAGATTACTGTTGCCCACAGGTGTCAATGATACAGTTATTGCTATTTATGATGATGAGCCCACCAGCATCATATCTTATGCCCTGACCTCTCATGAATATTATGCCCACGTGTCCGACAAGACAGCTGATAAGAGTAAACAAAGAGAGAAAGATAGGGATAAAGAGAAGGAAACTGGGGA
TTCATCTTTTACAGATGAAGCTCTTTCATATCCACTTAAGGCCTTTGATGGTTCCGACGCATCTGATGGCATTCCTAAAGAGAAAAGTTATGGATCTGATGATAGTTTTACATCAGGCAGTAAATGGACTGGAGTGGCAGATCCATTTCTATATACAAAGGCTATGCATGTAAAGGTATCATTTAGTGATGAAAACTCAC
CTGGAAAAGTAAGGTACACTGTAACTTGTTATTATGCAAAGCAGTTTGATGCCCTTAGGAGAAAATGTTGCCCAACAGAAATGGATTTTATTCGTTCCCTATGCCGTTGTAAGAAATGGGGAGCACAAGGTGGAAAAAGCAATGTGTTTTTTGCAAAGACTTTGGATGACAGATTCATCATTAAGCAAGTTACAAAGACA
GAATTGGAGTCCTTCATCAAGTTTGCCCCAGAATACTTCAAATATCTTTCAGACTCTTTAAGTACAGGGAGCCCCACATGTCTTGCAAAGGTTCTTGGTATTTATCAGGTTACTACAAAGAATGCAAAAGGTGGAAAGGAGGTTAGGATGGATCTTATGGTAATGGAGAATCTTTTGTTTGGGAGGAATATAACAAGGCT
GTATGACCTAAAAGGCTCCTCTCGGTCACGTTACAATGCAGATTCATCAGGAAGTAACAAAGTTCTTTTAGATCAGAATCTTTTAGAAGCCATGCCAACCTCCCCAATCTTTGTGGGGAATAAGGCCAAACGACTTTTGGAGAGAGCTGTCTGGAATGACACTTCCTTTCTTCAGTCGATTGATGTAATGGATTATTCAT
TACTGGTTGGAGTTGATGAAGAGCGACATGAACTGGTTTTGGGCATTATTGATTTTATGCGGCAATACACATGGGACAAACATCTTGAGACTTGGGTGAAAGCCTCTGGTATACTTGGTGGGGGAAAAAATACATCACCAACAGTCATTTCTCCAATGCAGTACAAGAAACGATTCCGAAAAGCAATGTCTACATACTTC
CTAATGGTTCCAGATCAGTGGTCTCCACCTACTATAATCCCCAGTAATTCACAGAATCAGTTGTGTGAAGATCCTGTGCCAATGTCAGCACAAGGAGATGTTGGAGAGTAGGTTGCAAAATCCTCGGCATGGTACCTTTGTTCTGCAGAGATCCTACCATGCTGGCATGATAGCTTTCTAAATCTATACAATTTCAAGGA
TATCCTTGATGGAAACTAAAGTCAAGTTTTCTCAGTCTGGGACTAGACTTTGATTTATATAAGCTTGTGATTGGCTTCATTTGCATTCTTACATCGCGGATTGTCAATAATAATTAGAACTGTAAACACAGTACTATAGGCCCTCCAATATGTATCAACACCGCACGCCAATGGAGTGAGTAATATAAAGGCTACGTTAT
CTGCAAACTTGAGTTACCTGAGAGAAAATTTGTTTTTAGTATTTACTGTATGATATTCCACATACTTTGGTTTGTTTCAGATCAATCTGTACAAATGGTCTGAAATATCGTGTAACATACATGTTTAAGGTATATGTATTCTTTATTTTTTACCTTATGGTCCTATGGATGTTATAAGAATTGTGGCCTTGGTAAGCACA
CATCTGTGCTGGGTTTCTAAATGCACTTGCATCTTTCTGTTTTTTAATTGTGTATATGCCAACAGGTTACTAGGCCTTTTCTTTTGGCATAGTTAGATGCTCTTCTGCCACAGCTTCAACTGACAAATGTAACTGCAAAAAAGGGTGCAGTGCTTGATTTATCACGTAATATTTGAAAGATATGGAAGGAGGTAAATGGA
TTCATTAAAGCGATGTATTGTAGAATGAGCTTATTGTGTCAATGAGTTGGAGATTGGACTAAAAGAGATGGTATTCTGTAGCCATTGTGTGCATGAAGTTGGCATTGCGTTATTGTCTCTCGCTTTTGGAGAAAGACAGAGCACAGTATAGATGATCTAAGTGATGCATTTGGGTGACTAAAAAACTCATGGGAAAGATG
AGGGCTCTAAGGTTATTGATGCTTGCCATCTGAAACTATTGGATTTCCTCTACAAAGATGTTTTACATAAGATTTGAATTACCATGTATTTACATTGTTTCACAGGTTTAATGCTTCAAGTTGTCCGTGCATGCTATTTCTTTGCATGTGGACAGAAAAGTGTATTTGATGTAAGAAAAGCATTATCATACTAAATTTAA
TGG

>TRINITY_DN120081_c1_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TGTTGCCTTTGCGTGTGGATTCCCTTTACACAATCATTCATTTCTTATTATTCATTGATGGTTCGATGCCTACGCTCAACGAGGACCCACGGTTGCCCTGGGTTCGAATCCCCTGGACTCGCTTTCTCCACTTTCGGCCTCCCAGATTCCCTTCTCCTCTCCATCCTTCCGGGGCCTAACGTCCCACCGGCATCTGTGCG
GTCTTGGAACTCATGCGCATTATTTGCCCGTTCGTTCGTCCGTCCGGAGTCTTTCACAGCGCGAGGCTCCTCCTTCTCTGTGCCTGCAAGAAAACATAGTTCCTGGCGCTGTCCGTTGCAGGAGACTGCGAAGTGCCACGGCAAGCGTATTTCGAATTGAAGAAATTGCTCATCTCTGAGTAGGTTTTCGGAATTCAAGA
AACTAATTAGATAGGGTTTATAGGGTTTGTGCAAAATTGGAGGGGGAGAATCCGGCGTTTTATCGCAGAGACTCGATACCAGGGTTTTAGTGGAAGCAAACGCGTAGTTCATCATGACAGTAGGGCTTTCATGGTAGATGAGAAAGACAGAAGCCGCTCTGTATGGTGTATTTAACAAGGCGAGGTCATGGATTCCCCAG
ATGGCTGAAGCGTCTACGGTTTCGAGGGACTATTGGATGCCGGATCAGAGCTGCAGGGTTTGTTATGATTGTGAGTCGCAGTTTACGATCTTCAATCGGCGGCACCATTGCCGGATTTGCGGCAAGGTTTTTTGCGGGAGGTGTACAGTGAATACAATTCCTGCTTCTGTTGTCGATGATTGGAAGTATGATCACGAAGA
GGGTGAGCGTATTAGGGTTTGCAGCTATTGTTTCAAGATACGGAAGAAACAGATGACAGCTTCAGAATATGATGGAATTCAATTGTTGTCTCCAGGGATCAGTCCTTCGCCTTCTGTCACAAGTTTATCCAGTAGTAAGTCAAGCGGCAGCGATAGCGGCGTTAACGTCTTTGGCGCTATGCCTTTTTCAACCGTGCCTT
ATCAGCACGTCACTTACAGTTCTGCTCTTAGTAATCCAGCTCAAGGTACTGATGGATTTGGGCGAATGCCCGAGAAGAAACAAGATATGCCTTATTCAGGAAGAAGCGCGAATTCTCCATCGATTCTGGAAGGCGGACGTTCTGTTGCCAGTATTTTTGGAACTCCCCTTAATAGGAGTGATGATGAGGATGATGACTAT
GGTAAGATGTCTGAGGATCCTGAATGGCAGATTTCTAGACAAACAGAAGAATACTTTCAGAACAACTTTAACTTAGCTCATGATCCTGGATACAATTTCAATGAGATTCATCCTGTTGGTTATAGCTCCCAAAATTCCCTGCACTCAGGGATCCTGGAAACTGGGCTGAGTTATAAAACCAAAAACTCCGATGAGCATGT
CGAGGGAATGAATCTGCCTTCACAAACTGGCATACAGGAAGAAAGCCAACACTCAAGGGTGCCAGAAAGGTCTGGAGAAGAATCAGAGGGTACAGACAATGCTGATGAGTGCAATGATGAAGCATCTATGTTTGACACACAAGGTCCAGATTTAGAGCAGTCAGTGGACATAGAGAAAATCATTGATATATGGATTCCGC
CTCAGCCAGAAGACGAACAAGATGAAAAGGAGACTGGTGTGTTTGATGATGAAGATGACGACGACGATGGTAGTTGGGGTTTGCCCCGTTCCACTGGCAGCTTTAGTGACAGTGAATACAAGAGTAAAGAGAGATCAAGTGAGGAGTATAGGAAGGCTATGAGGTCTGTAGTAGATGGTCACTTTAGGGCTCTTGTAGCA
CAACTTCTCAAGGGAGAGGATGTTCCTATAGGTGAAGAGAATCACAGGGACAGCTGGCTGGAAATAGTCACTTCATTGTCGTGGCAAGCTGCGAGTCTCGTCAAGCCAGACACTAGCAAGGGAGGAGGAATGGATCCAGGGGGGTATGTGAAGGTCAAGTGCATTGCAAGCGGTCGCTCTTATGAAAGTGAGGTGATCAA
GGGAGTTGCTTGCAAGAAGAATGTAGCACATAGGCGGATGACATCAAAGTACAAGAATGCCCGACTGCTGCTTCTTGGAGGAGCTTTAGAATATCAGCGAGTCTCAAATCAGCTGTCATCTCTTGATACTCTGCTTCAACAAGAAATGGAACATCTGAAAATGACCGTGACAAAGATAGAAGCTCATCATCCTAATGTGC
TGCTGGTTGAGAAAACTGTGTCCCGTTATGCACAAGAGTATTTGCTGGCAAAAGAGATATCTTTGGTATTGAATATCAAAAGGCCTCTATTGGAGCGTATAGCCCGTTGCACAGGGGCACAGATTGTACCTTCTGTTGATAATCTGACTGCACCAAAATTAGGACACTGTGAATTCTTTCGTGTGGAAAAGTTCTTGGAG
GAGCATGGCAGTGCTGGTCAGGCAGGAAAAAAATCATTGAAAACCCTGATGTTCTTTGACGGTTGCCCAAAGCCTTTGGGTTGCACGGTATTGCTCAAGGGTGCAAATGGTGATGTATTAAAGAAAGTCAAACGTGTTGTTCAATATGCTATCTTTGCAGCTTATCATTTAGCTCTTGAAACTTCTTTCCTTGCAGATGA
GGGTGCCACCCTTCCTGAACTTCCCCTGAAATCTCCCATAACTGTTGCACTGCCAGACAAGCAATCGAGTTTGGATAGGTCAATTTCAATGATACCTGGATTTGTGACTCCTGCTTCAGGGCAGGCACACACAGGAGAAGTACAATGCCATAAATTCCACAAAAGTAGTATGCCAGGTACGTGCAGCCTACCATGTAACT
CATCAAACTTGAACAAGGGAGGTCCCCAACCTCCTGTTAATTCTGAGGGATTAATGGAGGGAGGGCCCCAACCTCCCATTAGCACTACTACTGGAATTGCTGGACTGCGTCAAATAACTATTGGTTCCAACCCTTCTTGTGCAAGTGGTGTATTGATTTATGATACTGGGGTCAAACAACAAGAGATAAATTCAAGTCAA
AATTCTTTTCCTCCAGCTTCTTCTGGGGGGCATTCAATATCTGGGTTATTATCTACTAAAAATCAAGTTTTGAAAGCAGCTGGAACCCATGTGGACTTGAGTTCATATGAAGCCGGTACTTGTTATTTTGGATTTGAAGATAAGATGTTAGATGGTATAGGTAAAGTTGATGGCTCAACTCTTTCAGTTCCTTCTGGATC
TCCTCTTGAGAACCAAATGAGTGCGGAGGAAAAGCCTCATGAACTGCAGTGGGAGAATGAGGAAAAAAATGATGATCAAGTCGATCCTAAGTTAATTTTGGATCATAAAGTAACACGGTGTGAGACCCAAGATTCGGTACATTGTGAGGGACAAGGACTCTCTAAAGAAGACTTTCCACCTTCCCCTTCTGATCAACAGA
GTATTTTGGTTTCATTGTCGACTCGCTGTGTGTGGAAGGGAACAATATGTGAACGTGCTCATCTCTTGCGCATAAAATACTATGGGAGCTCGGACAAGCCTTTGGGAAAGTTCTTGAGGGATGATTTATTCAACCAGAGTTATCGGTGTCGTTCCTGTGATGCACCAACAGAAGCTCATGTGCATTGTTATACTCATAAG
CAAGGTAGCCTCACAATATCTGTCAAACGTCTTAGTGAGATCATTTTACCAGGTGAAAGGGAGGGGAAAATATGGATGTGGCATCTATGTCTCAAATGTGCATGCAAATGTAAAGCTCCACAGCCAACTCGAAGAGTAGTGATGTCGGATGCTGCATGGGGTTTATCCTTTGGAAAATTTCTGGAGCTTAGTTTCTCCAA
CCATGCTGCAGCAAGTAGAGTGGCCAGCTGTGGCCATTCCTTACATAGAGACTGCCTTCGCTTTTATGGGTTTGGAAGAATGGTAGCGTGCTTCCGCTATGCTTCTATACATGTCCATTCTGTGCATTTGCCACCTCCAAAATTAGAATTTAATGATCCAAACCAACAAGATTGGCTCACGAACGAGGCAGCAGTGGTTG
CAGATGGGGCAGAATTGTTTTTCGCTGAGGTATTTGATTCCCTCCGACAAATCGGTGAGAAAATTGCAAACTCTGGTTCCTTCTATGCAGGCATAAAGGTTCCAGAATTCAGGAGACGCATTGCAGAATTAGAAGGGATGTTGCAGAAAGAGAAGACTGAGTTTGAGGATTTGCTAAAAAAGGCTTCAACAAAAGATTGG
CAGCCAGGACAACCTGTTGCTGATATTTTAGAGTTGAATCGTTTGAGGCGTCGGCTTATTTTTGAATCTTATGTATGGGACCATCGCCTCCGGTTTTTGGATTCATCTCTTAGAGTTAAAAGGTCAATTGCTGGTTCAGATTCTAGTCTAGCAGAACAGCTTAATCCACATTTGCAAAAGAACATTGATTCTAATTTATC
TGAAAAACTTGTAGAGAGTAAAAGAACAGAAAAAGATGATAGTGATCCTAGTAAAGTTGTTGTTTCAAAGGTTGGGAGCAATGGCTGTCAGCTGGATGGAAGTTCCCAGGACAGTTCTAGTAGTCCTTACATTCCACAGTTTGAGGATGTTCATATTAACAACACACAAGTTACCAATGATGGTGTCATACGGGCCTCAA
GTAATCTTGAAAGCTCCCAGTATCCTTTGTTGGTGGATCATCTCACAAGCGTTAAGGACACAGATGAAAGATTTGGCGTAGTTGGAAAAATTACCGAGGTGATAGAAAATCAAAGGCCTCATTTAGTGGAACATATGGAAACAAATGTAAATAATTCCATTACAGTTTTGAGCACAGTTGAGAAGCCCCTCACAGATCCT
GATCTCTGCAAACATGTGAATGGAAATGGTGCCAATGGACCTTTGCCAGAAAATAAATATATAGAAATGGACATTGGTGATAAAACAGAAGTTGTTGAAGGTGATCTGGGAGTTCGTAGGACATTATCAGAGGGGAATTTCCCAATCCTGGCTGATCTATCGGAGACATTAGATGCAGCATGGACTGGCGAGGGTCAATC
AGTAATAGCTCAGGCTGTTCATGTAACATCACAGGGCCAGGAAATTGGTCCTGCAGCTCCAGCTATTGAAAATGCTCAGTGTGACACCGAACTATCTACCAAGAATAGTTCTTTGGCAGTTCAAACAAGTGTAATACCACCTGCATTAAAGACAGAGGCTACTGATAACAATTATAGTTTTCAAGATAAAAATGGACCAG
AACAGTTGCAAGTGAGTACACCTGTGTCACCAGTGAAATCCTTTGATGTTTCAGAGGAATTTGGAAGTTGGATTGGAGTACCTTTTTCTAATTTGTACAAGACCTACAGCAGGGGTTTGCAGGGCTTTTTATCAGGGTCTCCTCTCAGATTTGATTCCCTTAGTGGGTACATCCCTACTTTTGTATCATCGCTCAGTCAA
CTTGGTGGTCAAGGAGGAGCAAGATTACTGTTGCCCACAGGTGTCAATGATACAGTTATTGCTATTTATGATGATGAGCCCACCAGCATCATATCTTATGCCCTGACCTCTCATGAATATTATGCCCACGTGTCCGACAAGACAGCTGATAAGAGTAAACAAAGAGAGAAAGATAGGGATAAAGAGAAGGAAACTGGGGA
TTCATCTTTTACAGATGAAGCTCTTTCATATCCACTTAAGGCCTTTGATGGTTCCGACGCATCTGATGGCATTCCTAAAGAGAAAAGTTATGGATCTGATGATAGTTTTACATCAGGCAGTAAATGGACTGGAGTGGCAGATCCATTTCTATATACAAAGGCTATGCATGTAAAGGTATCATTTAGTGATGAAAACTCAC
CTGGAAAAGTAAGGTACACTGTAACTTGTTATTATGCAAAGCAGTTTGATGCCCTTAGGAGAAAATGTTGCCCAACAGAAATGGATTTTATTCGTTCCCTATGCCGTTGTAAGAAATGGGGAGCACAAGGTGGAAAAAGCAATGTGTTTTTTGCAAAGACTTTGGATGACAGATTCATCATTAAGCAAGTTACAAAGACA
GAATTGGAGTCCTTCATCAAGTTTGCCCCAGAATACTTCAAATATCTTTCAGACTCTTTAAGTACAGGGAGCCCCACATGTCTTGCAAAGGTTCTTGGTATTTATCAGGTTACTACAAAGAATGCAAAAGGTGGAAAGGAGGTTAGGATGGATCTTATGGTAATGGAGAATCTTTTGTTTGGGAGGAATATAACAAGGCT
GTATGACCTAAAAGGCTCCTCTCGGTCACGTTACAATGCAGATTCATCAGGAAGTAACAAAGTTCTTTTAGATCAGAATCTTTTAGAAGCCATGCCAACCTCCCCAATCTTTGTGGGGAATAAGGCCAAACGACTTTTGGAGAGAGCTGTCTGGAATGACACTTCCTTTCTTCAGgtgagttttttccactatttaaaac
atctcagataccaggtagcaattttagtttgttccattctttttgtcaaaaattctgttgttatgaactcttgggatggtatgttgtatgtgcagTCGATTGATGTAATGGATTATTCATTACTGGTTGGAGTTGATGAAGAGCGACATGAACTGGTTTTGGGCATTATTGATTTTATGCGGCAATACACATGGGACAAA
CATCTTGAGACTTGGGTGAAAGCCTCTGGTATACTTGGTGGGGGAAAAAATACATCACCAACAGTCATTTCTCCAATGCAGTACAAGAAACGATTCCGAAAAGCAATGTCTACATACTTCCTAATGGTTCCAGATCAGTGGTCTCCACCTACTATAATCCCCAGTAATTCACAGAATCAGTTGTGTGAAGATCCTGTGCC
AATGTCAGCACAAGGAGATGTTGGAGAGTAGGTTGCAAAATCCTCGGCATGGTACCTTTGTTCTGCAGAGATCCTACCATGCTGGCATGATAGCTTTCTAAATCTATACAATTTCAAGGATATCCTTGATGGAAACTAAAGTCAAGTTTTCTCAGTCTGGGACTAGACTTTGATTTATATAAGCTTGTGATTGGCTTCAT
TTGCATTCTTACATCGCGGATTGTCAATAATAATTAGAACTGTAAACACAGTACTATAGGCCCTCCAATATGTATCAACACCGCACGCCAATGGAGTGAGTAATATAAAGGCTACGTTATCTGCAAACTTGAGTTACCTGAGAGAAAATTTGTTTTTAGTATTTACTGTATGATATTCCACATACTTTGGTTTGTTTCAG
ATCAATCTGTACAAATGGTCTGAAATATCGTGTAACATACATGTTTAAGGTATATGTATTCTTTATTTTTTACCTTATGGTCCTATGGATGTTATAAGAATTGTGGCCTTGGTAAGCACACATCTGTGCTGGGTTTCTAAATGCACTTGCATCTTTCTGTTTTTTAATTGTGTATATGCCAACAGGTTACTAGGCCTTTT
CTTTTGGCATAGTTAGATGCTCTTCTGCCACAGCTTCAACTGACAAATGTAACTGCAAAAAAG

Intron 3 GTATGCTGTC ... TGTTTTGTAG

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>TRINITY_DN120081_c1_g1_i4 from sample A3 / Example spliced isoform

TGTTGCCTTTGCGTGTGGATTCCCTTTACACAATCATTCATTTCTTATTATTCATTGATGGTTCGATGCCTACGCTCAACGAGGACCCACGGTTGCCCTGGGTTCGAATCCCCTGGACTCGCTTTCTCCACTTTCGGCCTCCCAGATTCCCTTCTCCTCTCCATCCTTCCGGGGCCTAACGTCCCACCGGCATCTGTGCG
GTCTTGGAACTCATGCGCATTATTTGCCCGTTCGTTCGTCCGTCCGGAGTCTTTCACAGCGCGAGGCTCCTCCTTCTCTGTGCCTGCAAGAAAACATAGTTCCTGGCGCTGTCCGTTGCAGGAGACTGCGAAGTGCCACGGCAAGCGTATTTCGAATTGAAGAAATTGCTCATCTCTGAGTAGGTTTTCGGAATTCAAGA
AACTAATTAGATAGGGTTTATAGGGTTTGTGCAAAATTGGAGGGGGAGAATCCGGCGTTTTATCGCAGAGACTCGATACCAGGGTTTTAGTGGAAGCAAACGCGTAGTTCATCATGACAGTAGGGCTTTCATGGTAGATGAGAAAGACAGAAGCCGCTCTGTATGGTGTATTTAACAAGGCGAGGTCATGGATTCCCCAG
ATGGCTGAAGCGTCTACGGTTTCGAGGGACTATTGGATGCCGGATCAGAGCTGCAGGGTTTGTTATGATTGTGAGTCGCAGTTTACGATCTTCAATCGGCGGCACCATTGCCGGATTTGCGGCAAGGTTTTTTGCGGGAGGTGTACAGTGAATACAATTCCTGCTTCTGTTGTCGATGATTGGAAGTATGATCACGAAGA
GGGTGAGCGTATTAGGGTTTGCAGCTATTGTTTCAAGATACGGAAGAAACAGATGACAGCTTCAGAATATGATGGAATTCAATTGTTGTCTCCAGGGATCAGTCCTTCGCCTTCTGTCACAAGTTTATCCAGTAGTAAGTCAAGCGGCAGCGATAGCGGCGTTAACGTCTTTGGCGCTATGCCTTTTTCAACCGTGCCTT
ATCAGCACGTCACTTACAGTTCTGCTCTTAGTAATCCAGCTCAAGGTACTGATGGATTTGGGCGAATGCCCGAGAAGAAACAAGATATGCCTTATTCAGGAAGAAGCGCGAATTCTCCATCGATTCTGGAAGGCGGACGTTCTGTTGCCAGTATTTTTGGAACTCCCCTTAATAGGAGTGATGATGAGGATGATGACTAT
GGTAAGATGTCTGAGGATCCTGAATGGCAGATTTCTAGACAAACAGAAGAATACTTTCAGAACAACTTTAACTTAGCTCATGATCCTGGATACAATTTCAATGAGATTCATCCTGTTGGTTATAGCTCCCAAAATTCCCTGCACTCAGGGATCCTGGAAACTGGGCTGAGTTATAAAACCAAAAACTCCGATGAGCATGT
CGAGGGAATGAATCTGCCTTCACAAACTGGCATACAGGAAGAAAGCCAACACTCAAGGGTGCCAGAAAGGTCTGGAGAAGAATCAGAGGGTACAGACAATGCTGATGAGTGCAATGATGAAGCATCTATGTTTGACACACAAGGTCCAGATTTAGAGCAGTCAGTGGACATAGAGAAAATCATTGATATATGGATTCCGC
CTCAGCCAGAAGACGAACAAGATGAAAAGGAGACTGGTGTGTTTGATGATGAAGATGACGACGACGATGGTAGTTGGGGTTTGCCCCGTTCCACTGGCAGCTTTAGTGACAGTGAATACAAGAGTAAAGAGAGATCAAGTGAGGAGTATAGGAAGGCTATGAGGTCTGTAGTAGATGGTCACTTTAGGGCTCTTGTAGCA
CAACTTCTCAAGGGAGAGGATGTTCCTATAGGTGAAGAGAATCACAGGGACAGCTGGCTGGAAATAGTCACTTCATTGTCGTGGCAAGCTGCGAGTCTCGTCAAGCCAGACACTAGCAAGGGAGGAGGAATGGATCCAGGGGGGTATGTGAAGGTCAAGTGCATTGCAAGCGGTCGCTCTTATGAAAGTGAGGTGATCAA
GGGAGTTGCTTGCAAGAAGAATGTAGCACATAGGCGGATGACATCAAAGTACAAGAATGCCCGACTGCTGCTTCTTGGAGGAGCTTTAGAATATCAGCGAGTCTCAAATCAGCTGTCATCTCTTGATACTCTGCTTCAACAAGAAATGGAACATCTGAAAATGACCGTGACAAAGATAGAAGCTCATCATCCTAATGTGC
TGCTGGTTGAGAAAACTGTGTCCCGTTATGCACAAGAGTATTTGCTGGCAAAAGAGATATCTTTGGTATTGAATATCAAAAGGCCTCTATTGGAGCGTATAGCCCGTTGCACAGGGGCACAGATTGTACCTTCTGTTGATAATCTGACTGCACCAAAATTAGGACACTGTGAATTCTTTCGTGTGGAAAAGTTCTTGGAG
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GGGTGCCACCCTTCCTGAACTTCCCCTGAAATCTCCCATAACTGTTGCACTGCCAGACAAGCAATCGAGTTTGGATAGGTCAATTTCAATGATACCTGGATTTGTGACTCCTGCTTCAGGGCAGGCACACACAGGAGAAGTACAATGCCATAAATTCCACAAAAGTAGTATGCCAGGTACGTGCAGCCTACCATGTAACT
CATCAAACTTGAACAAGGGAGGTCCCCAACCTCCTGTTAATTCTGAGGGATTAATGGAGGGAGGGCCCCAACCTCCCATTAGCACTACTACTGGAATTGCTGGACTGCGTCAAATAACTATTGGTTCCAACCCTTCTTGTGCAAGTGGTGTATTGATTTATGATACTGGGGTCAAACAACAAGAGATAAATTCAAGTCAA
AATTCTTTTCCTCCAGCTTCTTCTGGGGGGCATTCAATATCTGGGTTATTATCTACTAAAAATCAAGTTTTGAAAGCAGCTGGAACCCATGTGGACTTGAGTTCATATGAAGCCGGTACTTGTTATTTTGGATTTGAAGATAAGATGTTAGATGGTATAGGTAAAGTTGATGGCTCAACTCTTTCAGTTCCTTCTGGATC
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GTATTTTGGTTTCATTGTCGACTCGCTGTGTGTGGAAGGGAACAATATGTGAACGTGCTCATCTCTTGCGCATAAAATACTATGGGAGCTCGGACAAGCCTTTGGGAAAGTTCTTGAGGGATGATTTATTCAACCAGAGTTATCGGTGTCGTTCCTGTGATGCACCAACAGAAGCTCATGTGCATTGTTATACTCATAAG
CAAGGTAGCCTCACAATATCTGTCAAACGTCTTAGTGAGATCATTTTACCAGGTGAAAGGGAGGGGAAAATATGGATGTGGCATCTATGTCTCAAATGTGCATGCAAATGTAAAGCTCCACAGCCAACTCGAAGAGTAGTGATGTCGGATGCTGCATGGGGTTTATCCTTTGGAAAATTTCTGGAGCTTAGTTTCTCCAA
CCATGCTGCAGCAAGTAGAGTGGCCAGCTGTGGCCATTCCTTACATAGAGACTGCCTTCGCTTTTATGGGTTTGGAAGAATGGTAGCGTGCTTCCGCTATGCTTCTATACATGTCCATTCTGTGCATTTGCCACCTCCAAAATTAGAATTTAATGATCCAAACCAACAAGATTGGCTCACGAACGAGGCAGCAGTGGTTG
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CAGCCAGGACAACCTGTTGCTGATATTTTAGAGTTGAATCGTTTGAGGCGTCGGCTTATTTTTGAATCTTATGTATGGGACCATCGCCTCCGGTTTTTGGATTCATCTCTTAGAGTTAAAAGGTCAATTGCTGGTTCAGATTCTAGTCTAGCAGAACAGCTTAATCCACATTTGCAAAAGAACATTGATTCTAATTTATC
TGAAAAACTTGTAGAGAGTAAAAGAACAGAAAAAGATGATAGTGATCCTAGTAAAGTTGTTGTTTCAAAGGTTGGGAGCAATGGCTGTCAGCTGGATGGAAGTTCCCAGGACAGTTCTAGTAGTCCTTACATTCCACAGTTTGAGGATGTTCATATTAACAACACACAAGTTACCAATGATGGTGTCATACGGGCCTCAA
GTAATCTTGAAAGCTCCCAGTATCCTTTGTTGGTGGATCATCTCACAAGCGTTAAGGACACAGATGAAAGATTTGGCGTAGTTGGAAAAATTACCGAGGTGATAGAAAATCAAAGGCCTCATTTAGTGGAACATATGGAAACAAATGTAAATAATTCCATTACAGTTTTGAGCACAGTTGAGAAGCCCCTCACAGATCCT
GATCTCTGCAAACATGTGAATGGAAATGGTGCCAATGGACCTTTGCCAGAAAATAAATATATAGAAATGGACATTGGTGATAAAACAGAAGTTGTTGAAGGTGATCTGGGAGTTCGTAGGACATTATCAGAGGGGAATTTCCCAATCCTGGCTGATCTATCGGAGACATTAGATGCAGCATGGACTGGCGAGGGTCAATC
AGTAATAGCTCAGGCTGTTCATGTAACATCACAGGGCCAGGAAATTGGTCCTGCAGCTCCAGCTATTGAAAATGCTCAGTGTGACACCGAACTATCTACCAAGAATAGTTCTTTGGCAGTTCAAACAAGTGTAATACCACCTGCATTAAAGACAGAGGCTACTGATAACAATTATAGTTTTCAAGATAAAAATGGACCAG
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GTATGACCTAAAAGGCTCCTCTCGGTCACGTTACAATGCAGATTCATCAGGAAGTAACAAAGTTCTTTTAGATCAGAATCTTTTAGAAGCCATGCCAACCTCCCCAATCTTTGTGGGGAATAAGGCCAAACGACTTTTGGAGAGAGCTGTCTGGAATGACACTTCCTTTCTTCAGTCGATTGATGTAATGGATTATTCAT
TACTGGTTGGAGTTGATGAAGAGCGACATGAACTGGTTTTGGGCATTATTGATTTTATGCGGCAATACACATGGGACAAACATCTTGAGACTTGGGTGAAAGCCTCTGGTATACTTGGTGGGGGAAAAAATACATCACCAACAGTCATTTCTCCAATGCAGTACAAGAAACGATTCCGAAAAGCAATGTCTACATACTTC
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TGG

>TRINITY_DN120081_c1_g1_i9 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TGTTGCCTTTGCGTGTGGATTCCCTTTACACAATCATTCATTTCTTATTATTCATTGATGGTTCGATGCCTACGCTCAACGAGGACCCACGGTTGCCCTGGGTTCGAATCCCCTGGACTCGCTTTCTCCACTTTCGGCCTCCCAGATTCCCTTCTCCTCTCCATCCTTCCGGGGCCTAACGTCCCACCGGCATCTGTGCG
GTCTTGGAACTCATGCGCATTATTTGCCCGTTCGTTCGTCCGTCCGGAGTCTTTCACAGCGCGAGGCTCCTCCTTCTCTGTGCCTGCAAGAAAACATAGTTCCTGGCGCTGTCCGTTGCAGGAGACTGCGAAGTGCCACGGCAAGCGTATTTCGAATTGAAGAAATTGCTCATCTCTGAGTAGGTTTTCGGAATTCAAGA
AACTAATTAGATAGGGTTTATAGGGTTTGTGCAAAATTGGAGGGGGAGAATCCGGCGTTTTATCGCAGAGACTCGATACCAGGGTTTTAGTGGAAGCAAACGCGTAGTTCATCATGACAGTAGGGCTTTCATGGTAGATGAGAAAGACAGAAGCCGCTCTGTATGGTGTATTTAACAAGGCGAGGTCATGGATTCCCCAG
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actgtatgtcatgaaactctgtcaactgctttcccagaaacttgaatagaagacctgtttctggtttcgtttccgttccagtcctcgctactattaccttctttacattaaatcagcacattgataacaattgcgagagatgggtggtttacgcagtactacattcaccgaaatctttgccaattcggaaactggctttg
agatgccggtcgttggggtgatacgatagcaccctccctcactccagtaataaatttgcacagagctgcttgtgtgctttcttggtcccaatttcctgtggtcgttgtctttgtaacgtcttctttaaatgcaagcatactagaccactgtggggttgcccttgtttagaattttttttccacattaatatgactaccac
tgctacattattaatcaatttagattccctgttcatgattcatatcccttgagatcgtctaaccctatttctcattccattactctttcctgtttacatttatggtaacatatgtcaactgcatgtactcttcagatgatgatatttgtggcaatccattgtttggtaaatattgtggcaattattaaaaaagcaaatgt
ctcaaatttttacccacgtggatttgaacttgtgaccttccatttacaacttttcatctcatttactcattaccaattgctctgctccctgtgggccaaatgtctcaaatcttgattatagcagaatatcagacataattttttggatgatgtattgttaagaactctttggagacccagttgatgcatttatgccattc
atgttttgtagGAGTGATGATGAGGATGATGACTATGGTAAGATGTCTGAGGATCCTGAATGGCAGATTTCTAGACAAACAGAAGAATACTTTCAGAACAACTTTAACTTAGCTCATGATCCTGGATACAATTTCAATGAGATTCATCCTGTTGGTTATAGCTCCCAAAATTCCCTGCACTCAGGGATCCTGGAAACTGG
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GTAGTATGCCAGGTACGTGCAGCCTACCATGTAACTCATCAAACTTGAACAAGGGAGGTCCCCAACCTCCTGTTAATTCTGAGGGATTAATGGAGGGAGGGCCCCAACCTCCCATTAGCACTACTACTGGAATTGCTGGACTGCGTCAAATAACTATTGGTTCCAACCCTTCTTGTGCAAGTGGTGTATTGATTTATGAT
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AAGAAGACTTTCCACCTTCCCCTTCTGATCAACAGAGTATTTTGGTTTCATTGTCGACTCGCTGTGTGTGGAAGGGAACAATATGTGAACGTGCTCATCTCTTGCGCATAAAATACTATGGGAGCTCGGACAAGCCTTTGGGAAAGTTCTTGAGGGATGATTTATTCAACCAGAGTTATCGGTGTCGTTCCTGTGATGCA
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ATCCTTTGGAAAATTTCTGGAGCTTAGTTTCTCCAACCATGCTGCAGCAAGTAGAGTGGCCAGCTGTGGCCATTCCTTACATAGAGACTGCCTTCGCTTTTATGGGTAGTGTAGCCTTCACTTATTCCAATTTGACTACGTATATAAATTCTGTTCTTTTATAAGTTTCTCAGTTTGATTGCATTTGCTTCTTCAAATCA
ATGGGGCAGGTTTGGAAGAATGGTAGCGTGCTTCCGCTATGCTTCTATACATGTCCATTCTGTGCATTTGCCACCTCCAAAATTAGAATTTAATGATCCAAACCAACAAGATTGGCTCACGAACGAGGCAGCAGTGGTTGCAGATGGGGCAGAATTGTTTTTCGCTGAGGTATTTGATTCCCTCCGACAAATCGGTGAGA
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ATAGAAATGGACATTGGTGATAAAACAGAAGTTGTTGAAGGTGATCTGGGAGTTCGTAGGACATTATCAGAGGGGAATTTCCCAATCCTGGCTGATCTATCGGAGACATTAGATGCAGCATGGACTGGCGAGGGTCAATCAGTAATAGCTCAGGCTGTTCATGTAACATCACAGGGCCAGGAAATTGGTCCTGCAGCTCC
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>TRINITY_DN132096_c0_g3_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTTTGCGTGTGGATTCCCTTTACACAATCATTCATTTCTTATTATTCATTGATGGTTCGATGCCTACGCTCAACGAGGACCCACGGTTGCCCTGGGTTCGAATCCCCTGGACTCGCTTTCTCCACTTTCGGCCTCCCAGATTCCCTTCTCCTCTCCATCCTTCCGGGGCCTAACGTCCCACCGGCATCTGTGCGGTCTTG
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GGGCTTTTTATCAGGGTCTCCTCTCAGATTTGATTCCCTTAGTGGGTACATCCCTACTTTTGTATCATCGCTCAGTCAACTTGGTGGTCAAGGAGGAGCAAGATTACTGTTGCCCACAGGTGTCAATGATACAGTTATTGCTATTTATGATGATGAGCCCACCAGCATCATATCTTATGCCCTGACCTCTCATGAATATT
ATGCCCACGTGTCCGACAAGACAGCTGATAAGAGTAAACAAAGAGAGAAAGATAGGGATAAAGAGAAGGAAACTGGGGATTCATCTTTTACAGATGAAGCTCTTTCATATCCACTTAAGGCCTTTGATGGTTCTGACGCATCTGATGGCATTCCTAAAGAGAAAAGTTATGGATCTGATGATAGTTTTACATCAGGCAGT
AAATGGACTGGAGTGGCAGATCCATTTCTATATACAAAGGCTATGCATGTAAAGGTATCATTTAGTGATGAAAACTCACCTGGAAAAGTAAGGTACACTGTAACTTGTTATTATGCAAAGCAGTTTGATGCCCTTAGGAGAAAATGTTGCCCAACAGAAATGGATTTTATTCGTTCCCTATGCCGTTGTAAGAAATGGGG
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TGTTTAAGGTATATGTATTCTTTATTTTTTACCTTATGGTCCTATGGATGTTATAAGAATTGTGGCCTTGGTAAGCACACATCTGTGCTGGGTTTCTAAATGCACTTGCATCTTTCTGTTTTTTAATTGTGTATATGCCAACAGGTTACTAGGCCTTTTCTTTTGGCATAGTTAGATGCTCTTCTGCCACAGCTTCAACT
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TGCAAGTGAGTACACCTGTGTCACCAGTGAAATCCTTTGATGTTTCAGAGGAATTTGGAAGTTGGATTGGAGTACCTTTTTCTAATTTGTACAAGACCTACAGCAGGGGTTTGCAGGGCTTTTTATCAGGGTCTCCTCTCAGATTTGATTCCCTTAGTGGGTACATCCCTACTTTTGTATCATCGCTCAGTCAACTTGGT
GGTCAAGGAGGAGCAAGATTACTGTTGCCCACAGGTGTCAATGATACAGTTATTGCTATTTATGATGATGAGCCCACCAGCATCATATCTTATGCCCTGACCTCTCATGAATATTATGCCCACGTGTCCGACAAGACAGCTGATAAGAGTAAACAAAGAGAGAAAGATAGGGATAAAGAGAAGGAAACTGGGGATTCATC
TTTTACAGATGAAGCTCTTTCATATCCACTTAAGGCCTTTGATGGTTCTGACGCATCTGATGGCATTCCTAAAGAGAAAAGTTATGGATCTGATGATAGTTTTACATCAGGCAGTAAATGGACTGGAGTGGCAGATCCATTTCTATATACAAAGGCTATGCATGTAAAGGTATCATTTAGTGATGAAAACTCACCTGGAA
AAGTAAGGTACACTGTAACTTGTTATTATGCAAAGCAGTTTGATGCCCTTAGGAGAAAATGTTGCCCAACAGAAATGGATTTTATTCGTTCCCTATGCCGTTGTAAGAAATGGGGAGCACAAGGTGGAAAAAGCAATGTGTTTTTTGCAAAGACTTTGGATGACAGATTCATCATTAAGCAAGTTACAAAGACAGAATTG
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CCTAAAAGGCTCCTCTCGGTCACGTTACAATGCAGATTCATCAGGAAGTAACAAAGTTCTTTTAGATCAGAATCTTTTAGAAGCCATGCCAACCTCCCCAATCTTTGTGGGGAATAAGGCCAAACGACTTTTGGAGAGAGCTGTCTGGAATGACACTTCCTTTCTTCAGTCGATTGATGTAATGGATTATTCATTACTGG
TTGGAGTTGATGAAGAGCGACATGAACTGGTTTTGGGCATTATTGATTTTATGCGGCAATACACATGGGACAAACATCTTGAGACTTGGGTGAAAGCCTCTGGTATACTTGGTGGGGGAAAAAATACATCACCAACAGTCATTTCTCCAATGCAGTACAAGAAACGATTCCGAAAAGCAATGTCTACATACTTCCTAATG
GTTCCAGATCAGTGGTCTCCACCTACTATAATCCCCAGTAATTCACAGAATCAGTTGTGTGAAGATCCTGTGCCAATGTCAGCACAAGGAGATGTTGGAGAGTAGGTTGCAAAATCCTCGGCATGGTACCTTTGTTCTGCAGAGATCCTACCATGCTGGCATGATAGCTTTCTTCATCTATACAATTTCAAGGATATCCT
TGATGGAAACTAAAATCAAGTTTTCTCAGTCTGGGACTAGACTTTGATTTATATAAGCTTGTGATTGGCTTCATTTGCATTCTTACATCGCGGATTGTCAATAATAATTAGAACTGTAAACACAGTACTATAGGCCCTCCAATATGTATCAACACCGCACGCCAATGGAGTGAGTAATATAAAGGCTACGTTATCTGCAA
ACTTGAGTTACCTGAGAGAAAATTTGTTTTTAGTATTTACTGTATGATATTCCACATACTTTGGTTTGTTTCAGATCAATCTGTACAAATGGTCTGAAATATCGTGTAACATACATGTTTAAGGTATATGTATTCTTTATTTTTTACCTTATGGTCCTATGGATGTTATAAGAATTGTGGCCTTGGTAAGCACACATCTG
TGCTGGGTTTCTAAATGCACTTGCATCTTTCTGTTTTTTAATTGTGTATATGCCAACAGGTTACTAGGCCTTTTCTTTTGGCATAGTTAGATGCTCTTCTGCCACAGCTTCAACTGACAAATGTAACTGCAAAAAAgtaggtgaaaaatatagcatttggtggtatacactgataaattattatcatttccaaagcagat
gttggtgatgaagattttgattttgtagGGGTGCAGTGCTTGATTTATCACGTAATATTTGAAAGATATGGAAGGAGGTAAATGGATTCATTAAAGGTATACTCCGTGCACCTCAGATTTATTGCATGTTTCAATTCTCCCTCTCCCTTTATTCTTTTCTTTTTCCTTTCTGGCTTTTGCTTGGAGGTTATATTTTGCAT
CTTCGATTTATAACAAGCTTTTGGATTTTGTTCTCACTTTTTTGCCTTGTTGTATTGCAGCGATGTATTGTAGATTGAGCTTATGGTGTTAATGAGTTGGAGATTGGACTAAAAGAGATGGTATTCTGTAGCCATTGTGTGCATGAAGTTGGCATTGCGTTATTGTCTCTCGCTTTTGGAGAAAGACAGAGCACAGTATA
GATGATCTAAGTGATGCATTTGGGTGACTAAAAAACTCATGGGAAAGATGAGGGCTCTAAGGTTATTGATGCTTGCCATCTGAAACTATTGGATTTCCTCTACAAAGATGTTTTACATAAGATTTGAATTACCATGTATTTACATTGTTTCACAGGTTTAATGCTTCAAGTTGTCCGTGCATGCTATTTCTTTGCATGTG
GACAGAAAAGTGTATTTGATGTAAGAAAAGCATTATCATACTAAATTTAATGGGAAAATAATCTTTGTAACTAGTGCAGTAGGATTAGCTGCACATCTGCATAAGACTGTACATGTATGCTTGTCTATTTTGCCACAGTATGTGGTAATTGTATTAAGAAATTTGCCTGC

Intron 6 GTATATGTAT ... TGCAAAAAAG

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>TRINITY_DN132096_c0_g3_i12 from sample A1 / Example spliced isoform

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TTAGATAGGGTTTATAGGGTTTGTGCAAAATTGGAGGGGGAGAATCCGGCGTTTTATCGCAGAGACTCGATACCAGGGTTTTAGTGGAAGCAAACGCGTAGTTCATCATGACAGTAGGGCTTTCATGGTAGATGAGAAAGACAGAAGCCGCTCTGTATGGTGTATTTAACAAGGCGAGGTCATGGATTCCCCAGATGGCT
GAAGCGTCTACGGTTTCGAGGGACTATTGGATGCCGGATCAGAGCTGCAGGGTTTGTTATGATTGTGAGTCGCAGTTTACGATCTTCAATCGGCGGCACCATTGCCGGATTTGTGGCAAGGTTTTTTGCGGGAGGTGTACAGTGAATACAATTCCTGCTTCTGTTGTCGATGATTGGAAATATGATCACGAAGAGGGTGA
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ACGTCACTTACAATTCTGCTCTTAGTAATCCAGCTCAAGGTACTGATGGATTTGGGCGAATGCCCGAGAAGAAACAAGATATGCCTTATTCAGGAAGAAGCGCGAATTCTCCATCGATTCTGGAAGGCGGACGTTCTGTTGCCAGTATTTTTGGAACTCCCCTTAATAGGAGTGATGATGAGGATGATGACTATGGTAAG
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AATGAATCTGCCTTCACAAACTGGCATACAGGAAGAAAGCCAACACTCAAGGGTGCCAGAAAGGTCTGGAGAAGAATCAGAGGGTACAGACAATGCTGATGAGTGCAATGATGAAGCATCTATGTTTGACACACAAGGTCCAGATTTAGAGCAGTCAGTGGACATAGAGAAAATCATTGATATATGGATTCCGCCTCAGC
CAGAAGACGAACAAGATGAAAAGGAGACTGGTGTGTTTGATGATGAAGATGACGACGACGATGGTAGTTGGGGTTTGCCCCGTTCCACTGGCAGCTTTAGTGACAGTGAATACAAGAGTAAAGAGAGATCAAGTGAGGAGTATAGGAAGGCTATGAGGTCTGTAGTAGATGGTCACTTTAGGGCTCTTGTAGCACAACTT
CTCAAGGGAGAGGATGTTCCTATAGGTGAAGAGAATCACAGGGACAGCTGGCTGGAAATAGTCACTTCATTGTCGTGGCAAGCTGCGAGTCTCGTCAAGCCAGACACTAGCAAGGGAGGAGGAATGGATCCGGGGGGGTATGTGAAGGTCAAGTGCATTGCAAGCGGTCGCTCTTATGAAAGTGAGGTGATCAAGGGAGT
TGCTTGCAAGAAGAATGTAGCACATAGGCGGATGACATCAAAGTACAAGAATGCCCGACTGCTGCTTCTTGGAGGAGCTTTAGAATATCAGCGAGTCTCAAATCAGCTGTCATCTCTTGATACTCTGCTTCAACAAGTAATATTAATCTTGCTTTTGTTTTATCACCTATAGATGAACTATAGATCTCTATACATTGATT
GTGTTTGCTCTCTTATTGTAGGAAATGGAACATCTGAAAATGACCGTGACAAAGATAGAAGCTCATCATCCTAATGTGCTGCTGGTTGAGAAAACTGTGTCCCGTTATGCACAAGAGTATTTGCTGGCAAAAGAGATATCTTTGGTATTGAATATCAAAAGGCCTCTATTGGAGCGTATAGCCCGTTGCACAGGGGCACA
GATTGTACCTTCTGTTGATAATCTGACTGCACCAAAATTAGGACACTGTGAATTCTTTCGTGTGGAAAAGTTCTTGGAGGAGCATGGCAGTGCTGGTCAGGCAGGAAAAAAATCATTGAAAACCCTGATGTTCTTTGACGGTTGCCCAAAGCCTTTGGGTTGCACGGTATTGCTCAAGGGTGCAAATGGTGATGTATTAA
AGAAAGTCAAACGTGTTGTTCAATATGCTATCTTTGCAGCTTATCATTTAGCTCTTGAAACTTCTTTCCTTGCAGATGAGGGTGCCACCCTTCCTGAACTTCCCCTGAAATCTCCCATAACTGTTGCACTGCCAGACAAGCAATCGAGTTTGGATAGGTCAATTTCAATGATACCTGGATTTGTGACTCCTGCTTCAGGG
CAGGCACACACAGGAGAAGTACAATGCCATAAATTCCACAAAAGTAGTATGCCAGGTACGTGCAGCCTACCATGTAACTCATCAAACTTGAACAAGGGAGGTCCCCAACCTCCTGTTAATTCTGAGGGATTAATGGAGGGAGGGCCCCAACCTCCCATTAGCACTACTACTGGAATTGCTGGACTGCGTCAAATAACTAT
TGGTTCCAACCCTTCTTGTGCAAGTGGTGTATTGATTTATGATACTGGGGTCAAACAACAAGAGATAAATTCAAGTCAAAATTCTTTTCCTCCAGCTTCTTCTGGGGGGCATTCAATATCTGGGTTATTATCTACTAAAAATCAAGTTTTGAAAGCAGCTGGAACCCATGTGGACTTGAGTTCATATGAAGCCGGTACTT
GTTATTTTGGATTTGAAGATAAGATGTTAGATGGTATAGGTAAAGTTGATGGCTCAACTCTTTCAGTTCCTTCTGGATCTCCTCTTGAGAACCAAATGAGTGCGGAGGAAAAGCCTCATGAACTGCAGTGGGAGAATGAGGAAAAAAATGATGATCAAGTCGATCCTAAGTTAATTTTGGATCATAAAGTAACACGGTGT
GAGACCCAAGATTCGGTACATTGTGAGGGACAAGGACTCTCTAAAGAAGACTTTCCACCTTCCCCTTCTGATCAACAGAGTATTTTGGTTTCATTGTCGACTCGCTGTGTGTGGAAGGGAACAATATGTGAACGTGCTCATCTCTTGCGCATAAAATACTATGGGAGCTCCGACAAGCCTTTGGGAAAGTTCTTGAGGGA
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AGCCAACTCGAAGAGTAGTGATGTCGGATGCTGCATGGGGTTTATCCTTTGGAAAATTTCTGGAGCTTAGTTTCTCCAACCATGCTGCAGCAAGTAGAGTGGCCAGCTGTGGCCATTCCTTACATAGAGACTGCCTTCGCTTTTATGGGTTTGGAAGAATGGTAGCGTGCTTCCGCTATGCTTCTATACATGTCCATTCT
GTGCATTTGCCACCTCCAAAATTAGAATTTAATGATCCAAACCAACAAGATTGGCTCACGAACGAGGCAGCAGTGGTTGCAGATGGGGCAGAATTGTTTTTCGCTGAGGTATTTGATTCCCTCCGACAAATCGGTGAGAAAATTGCAAACTCTGGTTCCTTCTATGCAGGCATAAAGGTTCCAGAATTCAGGAGACGCAT
TGCAGAATTAGAAGGGATGTTGCAGAAAGAGAAGACTGAGTTTGAGGATTTGCTAAAAAAGGCTTCAACAAAAGATTGGCAGCCAGGACAACCTGTTGCTGATATTTTAGAGTTGAATCGTTTGAGGCGTCGGCTTATTTTTGAATCTTATGTATGGGACCATCGCCTCCGGTTTTTGGATTCATCTCTTAGAGTTAAAA
GGTCAATTGCTGGTTCAGATTCTAGTCTAGCAGAACAGCTTAATCCACATTTGCAAAAGAACATTGATTCTAATTTATCTGAAAAACTTGTAGAGAGTAAAAGAACAGAAAAAGATGATAGTGATCCTAGTAAAGTTGTTGTTTCAAAGGTTGGGAGCAATGGCTGTCAGCTGGATGGAAGTTCCCAGGACAGTTCTAGT
AGTCCTTACATTCTACAGTTTGAGGATGTTCATATTAACAACACACAAGTTACCAATGATGGTGTCATACGGGCGTCAAGTAATCTTGAAAGCTCCCAGTATCCTTTGTTGGTGGATCATCTCACAAGCGTTAAGGACACAGATGAAAGATTTGGCGTAGTTGGAAAAATTACCGAGGTGATAGAAAATCAAAGGCCTCA
TTTAGTGGAACATATGGAAACAAATGTAAATAATTCCATTACAGTTTTGAGCACAGTTGAGAAGCCCCTCACAGATCCTGATCTCTGCAAACATGTGAATGGAAATGGTGCCAATGGACCTTTGCCAGAAAATAAATATATAGAAATGGACATTGGTGATAAAACAGAAGTTGTTGAAGGTGATCTGGGAGTTCGTAGGA
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GGGCTTTTTATCAGGGTCTCCTCTCAGATTTGATTCCCTTAGTGGGTACATCCCTACTTTTGTATCATCGCTCAGTCAACTTGGTGGTCAAGGAGGAGCAAGATTACTGTTGCCCACAGGTGTCAATGATACAGTTATTGCTATTTATGATGATGAGCCCACCAGCATCATATCTTATGCCCTGACCTCTCATGAATATT
ATGCCCACGTGTCCGACAAGACAGCTGATAAGAGTAAACAAAGAGAGAAAGATAGGGATAAAGAGAAGGAAACTGGGGATTCATCTTTTACAGATGAAGCTCTTTCATATCCACTTAAGGCCTTTGATGGTTCTGACGCATCTGATGGCATTCCTAAAGAGAAAAGTTATGGATCTGATGATAGTTTTACATCAGGCAGT
AAATGGACTGGAGTGGCAGATCCATTTCTATATACAAAGGCTATGCATGTAAAGGTATCATTTAGTGATGAAAACTCACCTGGAAAAGTAAGGTACACTGTAACTTGTTATTATGCAAAGCAGTTTGATGCCCTTAGGAGAAAATGTTGCCCAACAGAAATGGATTTTATTCGTTCCCTATGCCGTTGTAAGAAATGGGG
AGCACAAGGTGGAAAAAGCAATGTGTTTTTTGCAAAGACTTTGGATGACAGATTCATCATTAAGCAAGTTACAAAGACAGAATTGGAGTCCTTCATCAAGTTTGCCCCAGAATACTTCAAATATCTTTCAGACTCTTTAAGTACAGGGAGCCCCACATGTCTTGCAAAGGTTCTTGGTATTTATCAGGTTACTACAAAGA
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AAGGCCAAACGACTTTTGGAGAGAGCTGTCTGGAATGACACTTCCTTTCTTCAGTCGATTGATGTAATGGATTATTCATTACTGGTTGGAGTTGATGAAGAGCGACATGAACTGGTTTTGGGCATTATTGATTTTATGCGGCAATACACATGGGACAAACATCTTGAGACTTGGGTGAAAGCCTCTGGTATACTTGGTGG
GGGAAAAAATACATCACCAACAGTCATTTCTCCAATGCAGTACAAGAAACGATTCCGAAAAGCAATGTCTACATACTTCCTAATGGTTCCAGATCAGTGGTCTCCACCTACTATAATCCCCAGTAATTCACAGAATCAGTTGTGTGAAGATCCTGTGCCAATGTCAGCACAAGGAGATGTTGGAGAGTAGGTTGCAAAAT
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TGTTTAAGGGTGCAGTGCTTGATTTATCACGTAATATTTGAAAGATATGGAAGGAGGTAAATGGATTCATTAAAGCGATGTATTGTAGAATGAGCTTATTGTGTCAATGAGTTGGAGATTGGACTAAAAGAGATGGTATTCTGTAGCCATTGTGTGCATGAAGTTGGCATTGCGTTATTGTCTCTCGCTTTTGGAGAAAG
ACAGAGCACAGTATAGATGATCTAAGTGATGCATTTGGGTGACTAAAAAACTCATGGGAAAGATGAGGGCTCTAAGGTTATTGATGCTTGCCATCTGAAACTATTGGATTTCCTCTACAAAGATGTTTTACATAAGATTTGAATTACCATGTATTTACATTGTTTCACAGGTTTAATGCTTCAAGTTGTCCGTGCATGCT
ATTTCTTTGCATGTGGACAGAAAAGTGTATTTGATGTAAGAAAAGCATTATCATACTAAATTTAATGGGAAAATAATCTTTGTAACTAGTGCAGTAGGATTAGCTGCACATCTGCATAAGACTGTACATGTATGCTTGTCTATTTTGCCACAGTATGTGGTAATTGTATTAAGAAATTTGCCTGC

>TRINITY_DN132096_c0_g3_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTTTGCGTGTGGATTCCCTTTACACAATCATTCATTTCTTATTATTCATTGATGGTTCGATGCCTACGCTCAACGAGGACCCACGGTTGCCCTGGGTTCGAATCCCCTGGACTCGCTTTCTCCACTTTCGGCCTCCCAGATTCCCTTCTCCTCTCCATCCTTCCGGGGCCTAACGTCCCACCGGCATCTGTGCGGTCTTG
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TTAGATAGGGTTTATAGGGTTTGTGCAAAATTGGAGGGGGAGAATCCGGCGTTTTATCGCAGAGACTCGATACCAGGGTTTTAGTGGAAGCAAACGCGTAGTTCATCATGACAGTAGGGCTTTCATGGTAGATGAGAAAGACAGAAGCCGCTCTGTATGGTGTATTTAACAAGGCGAGGTCATGGATTCCCCAGATGGCT
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CTCAAGGGAGAGGATGTTCCTATAGGTGAAGAGAATCACAGGGACAGCTGGCTGGAAATAGTCACTTCATTGTCGTGGCAAGCTGCGAGTCTCGTCAAGCCAGACACTAGCAAGGGAGGAGGAATGGATCCGGGGGGGTATGTGAAGGTCAAGTGCATTGCAAGCGGTCGCTCTTATGAAAGTGAGGTGATCAAGGGAGT
TGCTTGCAAGAAGAATGTAGCACATAGGCGGATGACATCAAAGTACAAGAATGCCCGACTGCTGCTTCTTGGAGGAGCTTTAGAATATCAGCGAGTCTCAAATCAGCTGTCATCTCTTGATACTCTGCTTCAACAAGAAATGGAACATCTGAAAATGACCGTGACAAAGATAGAAGCTCATCATCCTAATGTGCTGCTGG
TTGAGAAAACTGTGTCCCGTTATGCACAAGAGTATTTGCTGGCAAAAGAGATATCTTTGGTATTGAATATCAAAAGGCCTCTATTGGAGCGTATAGCCCGTTGCACAGGGGCACAGATTGTACCTTCTGTTGATAATCTGACTGCACCAAAATTAGGACACTGTGAATTCTTTCGTGTGGAAAAGTTCTTGGAGGAGCAT
GGCAGTGCTGGTCAGGCAGGAAAAAAATCATTGAAAACCCTGATGTTCTTTGACGGTTGCCCAAAGCCTTTGGGTTGCACGGTATTGCTCAAGGGTGCAAATGGTGATGTATTAAAGAAAGTCAAACGTGTTGTTCAATATGCTATCTTTGCAGCTTATCATTTAGCTCTTGAAACTTCTTTCCTTGCAGATGAGGGTGC
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GGGCAGAATTGTTTTTCGCTGAGGTATTTGATTCCCTCCGACAAATCGGTGAGAAAATTGCAAACTCTGGTTCCTTCTATGCAGGCATAAAGGTTCCAGAATTCAGGAGACGCATTGCAGAATTAGAAGGGATGTTGCAGAAAGAGAAGACTGAGTTTGAGGATTTGCTAAAAAAGGCTTCAACAAAAGATTGGCAGCCA
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TGCAAACATGTGAATGGAAATGGTGCCAATGGACCTTTGCCAGAAAATAAATATATAGAAATGGACATTGGTGATAAAACAGAAGTTGTTGAAGGTGATCTGGGAGTTCGTAGGACATTATCAGAGGGGAATTTCCCAATCCTGGCTGATCTATCGGAGACATTAGATGCAGCATGGACTGGCGAGGGTCAATCAGTAAT
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TGATGGAAACTAAAATCAAGTTTTCTCAGTCTGGGACTAGACTTTGATTTATATAAGCTTGTGATTGGCTTCATTTGCATTCTTACATCGCGGATTGTCAATAATAATTAGAACTGTAAACACAGTACTATAGGCCCTCCAATATGTATCAACACCGCACGCCAATGGAGTGAGTAATATAAAGGCTACGTTATCTGCAA
ACTTGAGTTACCTGAGAGAAAATTTGTTTTTAGTATTTACTGTATGATATTCCACATACTTTGGTTTGTTTCAGATCAATCTGTACAAATGGTCTGAAATATCGTGTAACATACATGTTTAAGgtatatgtattctttattttttaccttatggtcctatggatgttataagaattgtggccttggtaagcacacatctg
tgctgggtttctaaatgcacttgcatctttctgttttttaattgtgtatatgccaacaggttactaggccttttcttttggcatagttagatgctcttctgccacagcttcaactgacaaatgtaactgcaaaaaagGGTGCAGTGCTTGATTTATCACGTAATATTTGAAAGATATGGAAGGAGGTAAATGGATTCATT
AAAGCGATGTATTGTAGAATGAGCTTATTGTGTCAATGAGTTGGAGATTGGACTAAAAGAGATGGTATTCTGTAGCCATTGTGTGCATGAAGTTGGCATTGCGTTATTGTCTCTCGCTTTTGGAGAAAGACAGAGCACAGTATAGATGATCTAAGTGATGCATTTGGGTGACTAAAAAACTCATGGGAAAGATGAGGGCT
CTAAGGTTATTGATGCTTGCCATCTGAAACTATTGGATTTCCTCTACAAAGATGTTTTACATAAGATTTGAATTACCATGTATTTACATTGTTTCACAGGTTTAATGCTTCAAGTTGTCCGTGCATGCTATTTCTTTGCATGTGGACAGAAAAGTGTATTTGATGTAAGAAAAGCATTATCATACTAAATTTAATGGGAA
AATAATCTTTGTAACTAGTGCAGTAGGATTAGCTGCACATCTGCATAAGACTGTACATGTATGCTTGTCTATTTTGCCACAGTATGTGGTAATTGTATTAAGAAATTTGCCTGC

Intron 7 GTCAGTACTG ... CTAATAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A4	18.5	163	24.6	37
A5	21.24	89	11.4	24
A6	13.51	32	6.8	5
A7	23.39	95	16.1	29
A8	15.79	32	4.5	6
A9	24.07	85.2	9.5	27
A10	26.55	83	10.5	30

>TRINITY_DN120081_c1_g1_i10 from sample A3 / Example spliced isoform

TGTTGCCTTTGCGTGTGGATTCCCTTTACACAATCATTCATTTCTTATTATTCATTGATGGTTCGATGCCTACGCTCAACGAGGACCCACGGTTGCCCTGGGTTCGAATCCCCTGGACTCGCTTTCTCCACTTTCGGCCTCCCAGATTCCCTTCTCCTCTCCATCCTTCCGGGGCCTAACGTCCCACCGGCATCTGTGCG
GTCTTGGAACTCATGCGCATTATTTGCCCGTTCGTTCGTCCGTCCGGAGTCTTTCACAGCGCGAGGCTCCTCCTTCTCTGTGCCTGCAAGAAAACATAGTTCCTGGCGCTGTCCGTTGCAGGAGACTGCGAAGTGCCACGGCAAGCGTATTTCGAATTGAAGAAATTGCTCATCTCTGAGTAGGTTTTCGGAATTCAAGA
AACTAATTAGATAGGGTTTATAGGGTTTGTGCAAAATTGGAGGGGGAGAATCCGGCGTTTTATCGCAGAGACTCGATACCAGGGTTTTAGTGGAAGCAAACGCGTAGTTCATCATGACAGTAGGGCTTTCATGGTAGATGAGAAAGACAGAAGCCGCTCTGTATGGTGTATTTAACAAGGCGAGGTCATGGATTCCCCAG
ATGGCTGAAGCGTCTACGGTTTCGAGGGACTATTGGATGCCGGATCAGAGCTGCAGGGTTTGTTATGATTGTGAGTCGCAGTTTACGATCTTCAATCGGCGGCACCATTGCCGGATTTGCGGCAAGGTTTTTTGCGGGAGGTGTACAGTGAATACAATTCCTGCTTCTGTTGTCGATGATTGGAAGTATGATCACGAAGA
GGGTGAGCGTATTAGGGTTTGCAGCTATTGTTTCAAGATACGGAAGAAACAGATGACAGCTTCAGAATATGATGGAATTCAATTGTTGTCTCCAGGGATCAGTCCTTCGCCTTCTGTCACAAGTTTATCCAGTAGTAAGTCAAGCGGCAGCGATAGCGGCGTTAACGTCTTTGGCGCTATGCCTTTTTCAACCGTGCCTT
ATCAGCACGTCACTTACAGTTCTGCTCTTAGTAATCCAGCTCAAGGTACTGATGGATTTGGGCGAATGCCCGAGAAGAAACAAGATATGCCTTATTCAGGAAGAAGCGCGAATTCTCCATCGATTCTGGAAGGCGGACGTTCTGTTGCCAGTATTTTTGGAACTCCCCTTAATAGGTATGCTGTCATTTACTTTCCTCAA
ACTGTATGTCATGAAACTCTGTCAACTGCTTTCCCAGAAACTTGAATAGAAGACCTGTTTCTGGTTTCGTTTCCGTTCCAGTCCTCGCTACTATTACCTTCTTTACATTAAATCAGCACATTGATAACAATTGCGAGAGATGGGTGGTTTACGCAGTACTACATTCACCGAAATCTTTGCCAATTCGGAAACTGGCTTTG
AGATGCCGGTCGTTGGGGTGATACGATAGCACCCTCCCTCACTCCAGTAATAAATTTGCACAGAGCTGCTTGTGTGCTTTCTTGGTCCCAATTTCCTGTGGTCGTTGTCTTTGTAACGTCTTCTTTAAATGCAAGCATACTAGACCACTGTGGGGTTGCCCTTGTTTAGAATTTTTTTTCCACATTAATATGACTACCAC
TGCTACATTATTAATCAATTTAGATTCCCTGTTCATGATTCATATCCCTTGAGATCGTCTAACCCTATTTCTCATTCCATTACTCTTTCCTGTTTACATTTATGGTAACATATGTCAACTGCATGTACTCTTCAGATGATGATATTTGTGGCAATCCATTGTTTGGTAAATATTGTGGCAATTATTAAAAAAGCAAATGT
CTCAAATTTTTACCCACGTGGATTTGAACTTGTGACCTTCCATTTACAACTTTTCATCTCATTTACTCATTACCAATTGCTCTGCTCCCTGTGGGCCAAATGTCTCAAATCTTGATTATAGCAGAATATCAGACATAATTTTTTGGATGATGTATTGTTAAGAACTCTTTGGAGACCCAGTTGATGCATTTATGCCATTC
ATGTTTTGTAGGAGTGATGATGAGGATGATGACTATGGTAAGATGTCTGAGGATCCTGAATGGCAGATTTCTAGACAAACAGAAGAATACTTTCAGAACAACTTTAACTTAGCTCATGATCCTGGATACAATTTCAATGAGATTCATCCTGTTGGTTATAGCTCCCAAAATTCCCTGCACTCAGGGATCCTGGAAACTGG
GCTGAGTTATAAAACCAAAAACTCCGATGAGCATGTCGAGGGAATGAATCTGCCTTCACAAACTGGCATACAGGAAGAAAGCCAACACTCAAGGGTGCCAGAAAGGTCTGGAGAAGAATCAGAGGGTACAGACAATGCTGATGAGTGCAATGATGAAGCATCTATGTTTGACACACAAGGTCCAGATTTAGAGCAGTCAG
TGGACATAGAGAAAATCATTGATATATGGATTCCGCCTCAGCCAGAAGACGAACAAGATGAAAAGGAGACTGGTGTGTTTGATGATGAAGATGACGACGACGATGGTAGTTGGGGTTTGCCCCGTTCCACTGGCAGCTTTAGTGACAGTGAATACAAGAGTAAAGAGAGATCAAGTGAGGAGTATAGGAAGGCTATGAGG
TCTGTAGTAGATGGTCACTTTAGGGCTCTTGTAGCACAACTTCTCAAGGGAGAGGATGTTCCTATAGGTGAAGAGAATCACAGGGACAGCTGGCTGGAAATAGTCACTTCATTGTCGTGGCAAGCTGCGAGTCTCGTCAAGCCAGACACTAGCAAGGGAGGAGGAATGGATCCAGGGGGGTATGTGAAGGTCAAGTGCAT
TGCAAGCGGTCGCTCTTATGAAAGTGAGGTGATCAAGGGAGTTGCTTGCAAGAAGAATGTAGCACATAGGCGGATGACATCAAAGTACAAGAATGCCCGACTGCTGCTTCTTGGAGGAGCTTTAGAATATCAGCGAGTCTCAAATCAGCTGTCATCTCTTGATACTCTGCTTCAACAAGAAATGGAACATCTGAAAATGA
CCGTGACAAAGATAGAAGCTCATCATCCTAATGTGCTGCTGGTTGAGAAAACTGTGTCCCGTTATGCACAAGAGTATTTGCTGGCAAAAGAGATATCTTTGGTATTGAATATCAAAAGGCCTCTATTGGAGCGTATAGCCCGTTGCACAGGGGCACAGATTGTACCTTCTGTTGATAATCTGACTGCACCAAAATTAGGA
CACTGTGAATTCTTTCGTGTGGAAAAGTTCTTGGAGGAGCATGGCAGTGCTGGTCAGGCAGGAAAAAAATCATTGAAAACCCTGATGTTCTTTGACGGTTGCCCAAAGCCTTTGGGTTGCACGGTATTGCTCAAGGGTGCAAATGGTGATGTATTAAAGAAAGTCAAACGTGTTGTTCAATATGCTATCTTTGCAGCTTA
TCATTTAGCTCTTGAAACTTCTTTCCTTGCAGATGAGGGTGCCACCCTTCCTGAACTTCCCCTGAAATCTCCCATAACTGTTGCACTGCCAGACAAGCAATCGAGTTTGGATAGGTCAATTTCAATGATACCTGGATTTGTGACTCCTGCTTCAGGGCAGGCACACACAGGAGAAGTACAATGCCATAAATTCCACAAAA
GTAGTATGCCAGGTACGTGCAGCCTACCATGTAACTCATCAAACTTGAACAAGGGAGGTCCCCAACCTCCTGTTAATTCTGAGGGATTAATGGAGGGAGGGCCCCAACCTCCCATTAGCACTACTACTGGAATTGCTGGACTGCGTCAAATAACTATTGGTTCCAACCCTTCTTGTGCAAGTGGTGTATTGATTTATGAT
ACTGGGGTCAAACAACAAGAGATAAATTCAAGTCAAAATTCTTTTCCTCCAGCTTCTTCTGGGGGGCATTCAATATCTGGGTTATTATCTACTAAAAATCAAGTTTTGAAAGCAGCTGGAACCCATGTGGACTTGAGTTCATATGAAGCCGGTACTTGTTATTTTGGATTTGAAGATAAGATGTTAGATGGTATAGGTAA
AGTTGATGGCTCAACTCTTTCAGTTCCTTCTGGATCTCCTCTTGAGAACCAAATGAGTGCGGAGGAAAAGCCTCATGAACTGCAGTGGGAGAATGAGGAAAAAAATGATGATCAAGTCGATCCTAAGTTAATTTTGGATCATAAAGTAACACGGTGTGAGACCCAAGATTCGGTACATTGTGAGGGACAAGGACTCTCTA
AAGAAGACTTTCCACCTTCCCCTTCTGATCAACAGAGTATTTTGGTTTCATTGTCGACTCGCTGTGTGTGGAAGGGAACAATATGTGAACGTGCTCATCTCTTGCGCATAAAATACTATGGGAGCTCGGACAAGCCTTTGGGAAAGTTCTTGAGGGATGATTTATTCAACCAGAGTTATCGGTGTCGTTCCTGTGATGCA
CCAACAGAAGCTCATGTGCATTGTTATACTCATAAGCAAGGTAGCCTCACAATATCTGTCAAACGTCTTAGTGAGATCATTTTACCAGGTGAAAGGGAGGGGAAAATATGGATGTGGCATCTATGTCTCAAATGTGCATGCAAATGTAAAGCTCCACAGCCAACTCGAAGAGTAGTGATGTCGGATGCTGCATGGGGTTT
ATCCTTTGGAAAATTTCTGGAGCTTAGTTTCTCCAACCATGCTGCAGCAAGTAGAGTGGCCAGCTGTGGCCATTCCTTACATAGAGACTGCCTTCGCTTTTATGGGTTTGGAAGAATGGTAGCGTGCTTCCGCTATGCTTCTATACATGTCCATTCTGTGCATTTGCCACCTCCAAAATTAGAATTTAATGATCCAAACC
AACAAGATTGGCTCACGAACGAGGCAGCAGTGGTTGCAGATGGGGCAGAATTGTTTTTCGCTGAGGTATTTGATTCCCTCCGACAAATCGGTGAGAAAATTGCAAACTCTGGTTCCTTCTATGCAGGCATAAAGGTTCCAGAATTCAGGAGACGCATTGCAGAATTAGAAGGGATGTTGCAGAAAGAGAAGACTGAGTTT
GAGGATTTGCTAAAAAAGGCTTCAACAAAAGATTGGCAGCCAGGACAACCTGTTGCTGATATTTTAGAGTTGAATCGTTTGAGGCGTCGGCTTATTTTTGAATCTTATGTATGGGACCATCGCCTCCGGTTTTTGGATTCATCTCTTAGAGTTAAAAGGTCAATTGCTGGTTCAGATTCTAGTCTAGCAGAACAGCTTAA
TCCACATTTGCAAAAGAACATTGATTCTAATTTATCTGAAAAACTTGTAGAGAGTAAAAGAACAGAAAAAGATGATAGTGATCCTAGTAAAGTTGTTGTTTCAAAGGTTGGGAGCAATGGCTGTCAGCTGGATGGAAGTTCCCAGGACAGTTCTAGTAGTCCTTACATTCCACAGTTTGAGGATGTTCATATTAACAACA
CACAAGTTACCAATGATGGTGTCATACGGGCCTCAAGTAATCTTGAAAGCTCCCAGTATCCTTTGTTGGTGGATCATCTCACAAGCGTTAAGGACACAGATGAAAGATTTGGCGTAGTTGGAAAAATTACCGAGGTGATAGAAAATCAAAGGCCTCATTTAGTGGAACATATGGAAACAAATGTAAATAATTCCATTACA
GTTTTGAGCACAGTTGAGAAGCCCCTCACAGATCCTGATCTCTGCAAACATGTGAATGGAAATGGTGCCAATGGACCTTTGCCAGAAAATAAATATATAGAAATGGACATTGGTGATAAAACAGAAGTTGTTGAAGGTGATCTGGGAGTTCGTAGGACATTATCAGAGGGGAATTTCCCAATCCTGGCTGATCTATCGGA
GACATTAGATGCAGCATGGACTGGCGAGGGTCAATCAGTAATAGCTCAGGCTGTTCATGTAACATCACAGGGCCAGGAAATTGGTCCTGCAGCTCCAGCTATTGAAAATGCTCAGTGTGACACCGAACTATCTACCAAGAATAGTTCTTTGGCAGTTCAAACAAGTGTAATACCACCTGCATTAAAGACAGAGGCTACTG
ATAACAATTATAGTTTTCAAGATAAAAATGGACCAGAACAGTTGCAAGTGAGTACACCTGTGTCACCAGTGAAATCCTTTGATGTTTCAGAGGAATTTGGAAGTTGGATTGGAGTACCTTTTTCTAATTTGTACAAGACCTACAGCAGGGGTTTGCAGGGCTTTTTATCAGGGTCTCCTCTCAGATTTGATTCCCTTAGT
GGGTACATCCCTACTTTTGTATCATCGCTCAGTCAACTTGGTGGTCAAGGAGGAGCAAGATTACTGTTGCCCACAGGTGTCAATGATACAGTTATTGCTATTTATGATGATGAGCCCACCAGCATCATATCTTATGCCCTGACCTCTCATGAATATTATGCCCACGTGTCCGACAAGACAGCTGATAAGAGTAAACAAAG
AGAGAAAGATAGGGATAAAGAGAAGGAAACTGGGGATTCATCTTTTACAGATGAAGCTCTTTCATATCCACTTAAGGCCTTTGATGGTTCCGACGCATCTGATGGCATTCCTAAAGAGAAAAGTTATGGATCTGATGATAGTTTTACATCAGGCAGTAAATGGACTGGAGTGGCAGATCCATTTCTATATACAAAGGCTA
TGCATGTAAAGGTATCATTTAGTGATGAAAACTCACCTGGAAAAGTAAGGTACACTGTAACTTGTTATTATGCAAAGCAGTTTGATGCCCTTAGGAGAAAATGTTGCCCAACAGAAATGGATTTTATTCGTTCCCTATGCCGTTGTAAGAAATGGGGAGCACAAGGTGGAAAAAGCAATGTGTTTTTTGCAAAGACTTTG
GATGACAGATTCATCATTAAGCAAGTTACAAAGACAGAATTGGAGTCCTTCATCAAGTTTGCCCCAGAATACTTCAAATATCTTTCAGACTCTTTAAGTACAGGGAGCCCCACATGTCTTGCAAAGGTTCTTGGTATTTATCAGGTTACTACAAAGAATGCAAAAGGTGGAAAGGAGGTTAGGATGGATCTTATGGTAAT
GGAGAATCTTTTGTTTGGGAGGAATATAACAAGGCTGTATGACCTAAAAGGCTCCTCTCGGTCACGTTACAATGCAGATTCATCAGGAAGTAACAAAGTTCTTTTAGATCAGAATCTTTTAGAAGCCATGCCAACCTCCCCAATCTTTGTGGGGAATAAGGCCAAACGACTTTTGGAGAGAGCTGTCTGGAATGACACTT
CCTTTCTTCAG

>TRINITY_DN120081_c1_g1_i8 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CTCACGAACGAGGCAGCAGTGgtcagtactggttaatagatgcctattgctagttttataacaacataggcatgtagtctgctgtttggaactctggccatccagattaataaaaattgtgctaataacagGTTGCAGATGGGGCAGAATTGTTTTTCGCTGAGGTATTTGATTCCCTCCGACAAATCGGTGAGAAAATT
GCAAACTCTGGTTCCTTCTATGCAGGCATAAAGGTTCCAGAATTCAGGAGACGCATTGCAGAATTAGAAGGGATGTTGCAGAAAGAGAAGACTGAGTTTGAGGATTTGCTAAAAAAGGCTTCAACAAAAGATTGGCAGCCAGGACAACCTGTTGCTGATATTTTAGAGTTGAATCGTTTGAGGCGTCGGCTTATTTTTGA
ATCTTATGTATGGGACCATCGCCTCCGGTTTTTGGATTCATCTCTTAGAGTTAAAAGGTCAATTGCTGGTTCAGATTCTAGTCTAGCAGAACAGCTTAATCCACATTTGCAAAAGAACATTGATTCTAATTTATCTGAAAAACTTGTAGAGAGTAAAAGAACAGAAAAAGATGATAGTGATCCTAGTAAAGTTGTTGTTT
CAAAGGTTGGGAGCAATGGCTGTCAGCTGGATGGAAGTTCCCAGGACAGTTCTAGTAGTCCTTACATTCCACAGTTTGAGGATGTTCATATTAACAACACACAAGTTACCAATGATGGTGTCATACGGGCCTCAAGTAATCTTGAAAGCTCCCAGTATCCTTTGTTGGTGGATCATCTCACAAGCGTTAAGGACACAGAT
GAAAGATTTGGCGTAGTTGGAAAAATTACCGAGGTGATAGAAAATCAAAGGCCTCATTTAGTGGAACATATGGAAACAAATGTAAATAATTCCATTACAGTTTTGAGCACAGTTGAGAAGCCCCTCACAGATCCTGATCTCTGCAAACATGTGAATGGAAATGGTGCCAATGGACCTTTGCCAGAAAATAAATATATAGA
AATGGACATTGGTGATAAAACAGAAGTTGTTGAAGGTGATCTGGGAGTTCGTAGGACATTATCAGAGGGGAATTTCCCAATCCTGGCTGATCTATCGGAGACATTAGATGCAGCATGGACTGGCGAGGGTCAATCAGTAATAGCTCAGGCTGTTCATGTAACATCACAGGGCCAGGAAATTGGTCCTGCAGCTCCAGCTA
TTGAAAATGCTCAGTGTGACACCGAACTATCTACCAAGAATAGTTCTTTGGCAGTTCAAACAAGTGTAATACCACCTGCATTAAAGACAGAGGCTACTGATAACAATTATAGTTTTCAAGATAAAAATGGACCAGAACAGTTGCAAGTGAGTACACCTGTGTCACCAGTGAAATCCTTTGATGTTTCAGAGGAATTTGGA
AGTTGGATTGGAGTACCTTTTTCTAATTTGTACAAGACCTACAGCAGGGGTTTGCAGGGCTTTTTATCAGGGTCTCCTCTCAGATTTGATTCCCTTAGTGGGTACATCCCTACTTTTGTATCATCGCTCAGTCAACTTGGTGGTCAAGGAGGAGCAAGATTACTGTTGCCCACAGGTGTCAATGATACAGTTATTGCTAT
TTATGATGATGAGCCCACCAGCATCATATCTTATGCCCTGACCTCTCATGAATATTATGCCCACGTGTCCGACAAGACAGCTGATAAGAGTAAACAAAGAGAGAAAGATAGGGATAAAGAGAAGGAAACTGGGGATTCATCTTTTACAGATGAAGCTCTTTCATATCCACTTAAGGCCTTTGATGGTTCCGACGCATCTG
ATGGCATTCCTAAAGAGAAAAGTTATGGATCTGATGATAGTTTTACATCAGGCAGTAAATGGACTGGAGTGGCAGATCCATTTCTATATACAAAGGCTATGCATGTAAAGGTATCATTTAGTGATGAAAACTCACCTGGAAAAGTAAGGTACACTGTAACTTGTTATTATGCAAAGCAGTTTGATGCCCTTAGGAGAAAA
TGTTGCCCAACAGAAATGGATTTTATTCGTTCCCTATGCCGTTGTAAGAAATGGGGAGCACAAGGTGGAAAAAGCAATGTGTTTTTTGCAAAGACTTTGGATGACAGATTCATCATTAAGCAAGTTACAAAGACAGAATTGGAGTCCTTCATCAAGTTTGCCCCAGAATACTTCAAATATCTTTCAGACTCTTTAAGTAC
AGGGAGCCCCACATGTCTTGCAAAGGTTCTTGGTATTTATCAGGTTACTACAAAGAATGCAAAAGGTGGAAAGGAGGTTAGGATGGATCTTATGGTAATGGAGAATCTTTTGTTTGGGAGGAATATAACAAGGCTGTATGACCTAAAAGGCTCCTCTCGGTCACGTTACAATGCAGATTCATCAGGAAGTAACAAAGTTC
TTTTAGATCAGAATCTTTTAGAAGCCATGCCAACCTCCCCAATCTTTGTGGGGAATAAGGCCAAACGACTTTTGGAGAGAGCTGTCTGGAATGACACTTCCTTTCTTCAG

Intron 8 GTATTGCTCA ... TTCCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	76.12	64	196	212
A2	79.21	50	165	216
A3	75.99	67	225	199
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A7	78.76	12	41	48
A8	100	0	10	7
A9	82.86	6	22	36
A10	81.82	18	67	95

>TRINITY_DN46415_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

CCTACGCTCAACGAGGACCCACGGTTGCCCTGGGTTCGAATCCCCTGGACTCGCTTTCTCCACTTTCGGCCTCCCAGATTCCCTTCTCCTCTCCATCCTTCCGGGGCCTAACGTCCCACCGTCATCTGTGCGGTCTTGGAACTCATGCGCATTATTTGCCCGTTCGTTCGTCCGTCCGGAGTCTTTCACAGCGCGAGGCT
CCTCCTTCTCTTTGCCTGCAAGAAAACATAGTTCCTGGCGCTGTCCGTTGCAGGAGACTGCGAAGTGCCACGGCAAGCGTATTTCGAATTGAAGAAATTGCTCATCTCTGAGTAGGTTTTCGGAATTCAAGAAACTAATTAGATAGGGTTTATAGGGTTTGTGCAAAATTGGAGGGGGAGAATCCGGCGTTTTATCGCAG
AGACTCGATACCAGGGTTTTAGTGGAAGCAAACGCGTAGTTCATCATGACAGTAGGGCTTTCATGGTAGATGAGAAAGACAGAAGCCGCTCTGTATGGTGTATTTAACAAGGCGAGGTCATGGATTCCCCAGATGGCTGAAGCGTCTACGGTTTCGAGGGACTATTGGATGCCGGATCAGAGCTGCAGGGTTTGTTATGA
TTGTGAGTCGCAGTTTACGATCTTCAATCGGCGGCACCATTGCCGGATTTGCGGCAAGGTTTTTTGCGGGAGGTGTACAGTGAATACAATTCCTGCTTCTGTTGTCGATGATTGGAAGTATGATCACGAAGAGGGTGAGCGTATTAGGGTTTGCAGCTATTGTTTCAAGATACGGAAGAAACAGATGACAGCTTCAGAAT
ATGATGGAATTCAATTGTTGTCTCCAGGGATCAGTCCTTCGCCTTCTGTCACAAGTTTATCCAGTAGTAAGTCAAGCGGCAGCGATAGCGGCGTTAACGTCTTTGGCGCTATGCCTTTTTCAACCGTGCCTTATCAGCACGTCACTTACAGTTCTGCTCTTAGTAATCCAGCTCAAGGTACTGATGGATTTGGGCGAATG
CCCGAGAAGAAACAAGATATGCCTTATTCAGGAAGAAGCGCGAATTCTCCATCGATTCTGGAAGGCGGACGTTCTGTTGCCAGTATTTTTGGAACTCCCCTTAATAGGAGTGATGATGAGGATGATGACTATGGTAAGATGTCTGAGGATCCTGAATGGCAGATTTCTAGACAAACAGAAGAATACTTTCAGAACAACTT
TAACTTAGCTCATGATCCTGGATACAATTTCAATGAGATTCATCCTGTTGGTTATAGCTCCCAAAATTCCCTGCACTCAGGGATCCTGGAAACTGGGCTGAGTTATAAAACCAAAAACTCCGATGAGCATGTCGAGGGAATGAATCTGCCTTCACAAACTGGCATACAGGAAGAAAGCCAACACTCAAGGGTGCCAGAAA
GGTCTGGAGAAGAATCAGAGGGTACAGACAATGCTGATGAGTGCAATGATGAAGCATCTATGTTTGACACACAAGGTCCAGATTTAGAGCAGTCAGTGGACATAGAGAAAATCATTGATATATGGATTCCGCCTCAGCCAGAAGACGAACAAGATGAAAAGGAGACTGGTGTGTTTGATGATGAAGATGATGACGATGAT
GGTAGTTGGGGTTTGCCCCGTTCCACTGGCAGCTTTAGTGACAGTGAATACAAGAGTAAAGAGAGATCAAGTGAGGAGTATAGGAAGGCTATGAGGTCTGTAGTAGATGGTCACTTTAGGGCTCTTGTAGCACAACTTCTCAAGGGAGAGGATGTTCCTATAGGTGAAGAGAATCACAGGGACAGCTGGCTGGAAATAGT
CACTTCATTGTCGTGGCAAGCTGCGAGTCTCGTCAAGCCAGACACTAGCAAGGGAGGAGGAATGGATCCGGGGGGGTATGTGAAGGTCAAGTGCATTGCAAGCGGTCGCTCTTATGAAAGGAATATCAAAAGGCCTCTATTGGAGCGTATAGCCCGTTGCACAGGGGCACAGATTGTACCTTCTGTTGATAATCTGACTG
CACCAAAATTAGGACACTGTGAATTCTTTCGTGTGGAAAAGTTCTTGGAGGAGCATGGCAGTGCTGGTCAGGCAGGAAAAAAATCATTGAAAACCCTGATGTTCTTTGACGGTTGCCCAAAGCCTTTGGGTTGCACGATGAGGGTGCCACCCTTCCTGAACTTCCCCTGAAATCTCCCATAACTGTTGCACTGCCAGACA
AGCAATCGAGTTTGGATAGGTCAATTTCAATGATACCTGGATTTGTGACTCCTGCTTCAGGGCAGGCACACACAGGAGAAGTACAATGCCATAAATTCCACAAAAGTAGTATGCCAGGTATGTGCAGCCTACCATGTAACTCATCAAACTTGAACAAGGGAGGTCCCCAACCTCCTGTTAATTCTGAGGGATTAATGGAG
GGAGGGCCCCAACCTCCCATTAGCACTACTACTGGAATTGCTGGACTGCGTCAAATAGCTATTGGTTCCAACACTTCTTGTGCAAGTGGTGTATTGATTTATGATACTGGGGTCAAACAACAAGAGATAAATTCAAGTCAAAATTCTTTTCCTCCAGCTTCTTCTGGGGGGCATTCAATATCTGGGTTATCATCTCCTAA
AAATCAAGTTTTGAAAGCAGCTGGAACCCATGTGGACTTGAGTTCATATGAAGCCGGTACTTGTTATTTTGGATTTGAAGATAAGATGTTAGATGGTATAGGTAAAGTTGATGGCTCAACTCTTTCAGTTCCTTCTGGATCTCCTCTTGAGAACCAAATGAGTGCGGAGGAAAAGCCTCATGAACTGCAGTGGGAGAATG
AGGAAAAAAATGATGATCAAGTCGATCCTAAGTTAATTTTGGATCATAAAGTAACACGGTGTGAGACCCAAGATTCGGTACATTGTGAGGGACAAGGACTCTCTAAAGAAGACTTTCCACCTTCCCCTTCTGATCAACAGAGTATTTTGGTTTCATTGTCGACTCGCTGTGTGTGGAAGGGAACAATATGTGAACGTGCT
CATCTCTTGCGCATAAAATACTATGGGAGCTCGGACAAGCCTTTGGGAAAGTTCTTGAGGGATGATTTATTCAACCAGAGTTATCGGTGTCGTTCCTGTGATGCACCAACAGAAGCTCATGTGCATTGTTATACTCATAAGCAAGGTAGCCTCACAATATCTGTCAAACGTCTTAGTGAGATCATTTTACCAGGTGAAAG
GGAGGGGAAAATATGGATGTGGCATCTATGTCTCAAATGTGCATGCAAATGTAAAGCTCCACAGCCAACTCGAAGAGTAGTGATGTCGGATGCTGCATGGGGTTTATCCTTTGGAAAATTTCTGGAGCTTAGTTTCTCCAACCATGCTGCAGCAAGTAGAGTGGCCAGCTGTGGCCATTCCTTACATAGAGACTGCCTTC
GCTTTTATGGGTTTGGAAGAATGGTAGCGTGCTTCCGCTATGCTTCTATACATGTCCATTCTGTGCATTTGCCACCTCCAAAATTAGAATTTAATGATCCAAACCAACAAGATTGGCTCACGAACGAGGCAGCAGTGGTTGCAGATGGGGCAGAATTGTTTTTCGCTGAGGTATTTGATTCCCTCCGACAAATCGGTGAG
AAAATTGCAAACTCTGGTTCCTTCTATGCAGGCATAAAGGTTCCAGAATTCAGGAGACGCATTGCAGAATTAGAAGGGATGTTGCAGAAAGAGAAGACTGAGTTTGAGGATTTGCTAAAAAAGGCTTCAACAAAAGATTGGCAGCCAGGACAACCTGTTGCTGATATTTTAGAGTTGAATCGTTTGAGGCGTCGGCTTAT
TTTTGAATCTTATGTATGGGACCATCGCCTCCGGTTTTTGGATTCATCTCTTAGAGTTAAAAGGTCAATTGCTGGTTCAGATTCTAGTCTAGCAGAACAGCTTAATCCACATTTGCAAAAGAACATTGATTCTAATTTATCTGAAAAACTTGTAGAGAGTAAAAGAACAGAAAAAGATGATAGTGATCCTAGTAAAGTTG
TTGTTTCAAAGGTTGGGAGCAATGGCTGTCAGCTGGATGGAAGTTCCCAGGACAGTTCTAGTAGTCCTTACATTCCACAGTTTGAGGATGTTCATATTAACAACACACAAGTTACCAATGATGGTGTCATACGGGCCTCAAGTAATCTTGAAAGCTCCCAGTATCCTTTGTTGGTGGATCATCTCACAAGCGTTAAGGAC
ACAGATGAAAGATTTGGTGTAGTTGGAAAAATTACCGAGGTGATAGAAAATCAAAGGCCTCATTTAGTGGAACATATGGAAACAAATGTAAATAATTCCATTACAGTTTTGAGCACAGTTGAGAAGCCCCTCACAGATCCTGATCTCTGCAAACATGTGAATGGAAATGGTGCCAATGGACCTTTGCCAGAAAATAAATA
TATAGAAATGGACATTGGTGATAAAACAGAAGTTGTTGAAGGTGATCTGGGAGTTCGTAGGACATTATCAGAGGGGAATTTCCCAATCCTGGCTGATCTATCGGAGACATTAGATGCAGCATGGACTGGCGAGGGTCAATCAGTAATAGCTCAGGCTGTTCATGTAACATCACAGGGCCAGGAAATTGGTCCTGCAGCTC
CAGCTATTGAAAATGCTCAGTGTGACACCGAACTATCTACCAAGAATAGTTCTTTGGCAGTTCAAACAAGTGTAATGCCACCTGCATTAAAGACAGAGGCTACTGATAACAATTATAGTTTTCAAGATAAAAATGGACCAGAACAGTTGCAAGTGAGTACACCTGTGTCACCAGTGAAATCCTTTGATGTTTCAGAGGAA
TTTGGAAGTTGGATTGGAGTACCTTTTTCTAATTTGTACAAGACCTACAGCAGGGGTTTGCAGGGCTTTTTATCAGGGTCTCCTCTCAGATTTGATTCCCTTAGTGGGTACATCCCTACTTTTGTATCATCGCTCAGTCAACTTGGTGGTCAAGGAGGAGCAAGATTACTGTTGCCCACAGGTGTCAATGATACAGTTAT
TGCTATTTATGATGATGAGCCCACCAGCATCATATCTTATGCCCTGACCTCTCATGAATATTATGCCCACGTGTCCGACAAGACAGCTGATAAGAGTAAACAAAGAGAGAAAGATAGGGATAAAGAGAAGGAAACTGGGGATTCATCTTTTACAGATGAAGCTCTTTCATATCCACTTAAGGCCTTTGATGGTTCCGACG
CATCTGATGGCATTCCTAAAGAGAAAAGTTATGGATCTGATGATAGTTTTACATCAGGCAGTAAATGGACTGGAGTGGCAGATCCATTTCTATATACAAAGGCTATGCATGTAAAGGTATCATTTAGTGATGAAAACTCACCTGGAAAAGTAAGGTACACTGTAACTTGTTATTATGCAAAGCAGTTTGATGCCCTTAGG
AGAAAATGTTGCCCAACAGAAATGGATTTTATTCGTTCCCTATGCCGTTGTAAGAAATGGGGAGCACAAGGTGGAAAAAGCAATGTGTTTTTTGCAAAGACTTTGGATGACAGATTCATCATTAAGCAAGTTACAAAGACAGAATTGGAGTCCTTCATCAAGTTTGCCCCAGAATACTTCAAATATCTTCCAGACTCTTT
AAGTACAGGGAGCCCCACATGTCTTGCAAAGGTTCTTGGTATTTATCAGGTTACTACAAAGAATGCAAAAGGTGGAAAGGAGGTTAGGATGGATCTTATGGTAATGGAGAATCTTTTGTTTGGGAGGAATATAACAAGGCTGTATGACCTAAAAGGCTCCTCTCGGTCACGTTACAATGCAGATTCATCAGGAAGTAACA
AAGTTCTTTTAGATCAGAATCTTTTAGAAGCCATGCCAACCTCCCCAATCTTTGTGGGGAATAAGGCCAAACGACTTTTGGAGAGAGCTGTCTGGAATGACACTTCCTTTCTTCAGTCGATTGATGTAATGGATTATTCATTACTGGTTGGAGTTGATGAAGAGCGACATGAACTGGTTTTGGGCATTATTGATTTTATG
CGGCAATACACATGGGACAAACATCTTGAGACTTGGGTGAAAGCCTCTGGTATACTTGGTGGGGGAAAAAATACATCACCAACAGTCATTTCTCCAATGCAGTACAAGAAACGATTCCGAAAAGCAATGTCTACATACTTCCTAATGGTTCCAGATCAGTGGTCTCCACCTACTATAATCCCCAGTAATTCACAGAATCA
GTTGTGTGAAGATCCTGTGCCAATGTCAGCACAAGGAGATGTTGGAGAGTAGGTTGCAAAATCCTCGGCATGGTACCTTTGTTCTGCAGAGATCCTACCATGCTGGCATGATAGCTTTCTTCATCTATACAATTTCAAGGATATCCTTGATGGAAACTAAAATCAAGTTTTCTCAGTCTGGGACTAGACTTTGATTTATA
TAAGCTTGTGATTGGCTTCATTTGCATTCTTACATCGCGGATTGTCAATAATAATTAGAACTGTAAACACAGTACTATAGGCCCTCCAATATGTATCAACACCGCACGCCAATGGAGTGAGTAATATAAAGGCTACGTTATCTGCAAACTTGAGTTACCTGAGAGAAAATTTGTTTTTAGTATTTACTGTATGATATTCC
ACATACTTTGGTTTGTTTCAGATCAATCTGTACAAATGGTCTGAAATATCGTGTAACATACATGTTTAAGGTATATGTATTCTTTATTTTTTACCTTATGGTCCTATGGATGTTATAAGAATTGTGGCCTTGGTAAGCACACATCTGTGCTGGGTTTCTAAATGCACTTGCATCTTTCTGTTTTTTAATTGTGTATATGC
CAACAGGTTACTAGGCCTTTTCTTTTGGCATAGTTAGATGCTCTTCTGCCACAGCTTCAACTGACAAATGTAACTGCAAAAAAGTAGGTGAAAAATATAGCATTTGGTGGTATACACTGATAAATTATTATCATTTCCAAAGCAGATGTTGGTGATGAAGATTTTGATTTTGTAGGGGTGCAGTGCTTGATTTATCA

>TRINITY_DN46415_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CCTACGCTCAACGAGGACCCACGGTTGCCCTGGGTTCGAATCCCCTGGACTCGCTTTCTCCACTTTCGGCCTCCCAGATTCCCTTCTCCTCTCCATCCTTCCGGGGCCTAACGTCCCACCGTCATCTGTGCGGTCTTGGAACTCATGCGCATTATTTGCCCGTTCGTTCGTCCGTCCGGAGTCTTTCACAGCGCGAGGCT
CCTCCTTCTCTTTGCCTGCAAGAAAACATAGTTCCTGGCGCTGTCCGTTGCAGGAGACTGCGAAGTGCCACGGCAAGCGTATTTCGAATTGAAGAAATTGCTCATCTCTGAGTAGGTTTTCGGAATTCAAGAAACTAATTAGATAGGGTTTATAGGGTTTGTGCAAAATTGGAGGGGGAGAATCCGGCGTTTTATCGCAG
AGACTCGATACCAGGGTTTTAGTGGAAGCAAACGCGTAGTTCATCATGACAGTAGGGCTTTCATGGTAGATGAGAAAGACAGAAGCCGCTCTGTATGGTGTATTTAACAAGGCGAGGTCATGGATTCCCCAGATGGCTGAAGCGTCTACGGTTTCGAGGGACTATTGGATGCCGGATCAGAGCTGCAGGGTTTGTTATGA
TTGTGAGTCGCAGTTTACGATCTTCAATCGGCGGCACCATTGCCGGATTTGCGGCAAGGTTTTTTGCGGGAGGTGTACAGTGAATACAATTCCTGCTTCTGTTGTCGATGATTGGAAGTATGATCACGAAGAGGGTGAGCGTATTAGGGTTTGCAGCTATTGTTTCAAGATACGGAAGAAACAGATGACAGCTTCAGAAT
ATGATGGAATTCAATTGTTGTCTCCAGGGATCAGTCCTTCGCCTTCTGTCACAAGTTTATCCAGTAGTAAGTCAAGCGGCAGCGATAGCGGCGTTAACGTCTTTGGCGCTATGCCTTTTTCAACCGTGCCTTATCAGCACGTCACTTACAGTTCTGCTCTTAGTAATCCAGCTCAAGGTACTGATGGATTTGGGCGAATG
CCCGAGAAGAAACAAGATATGCCTTATTCAGGAAGAAGCGCGAATTCTCCATCGATTCTGGAAGGCGGACGTTCTGTTGCCAGTATTTTTGGAACTCCCCTTAATAGGAGTGATGATGAGGATGATGACTATGGTAAGATGTCTGAGGATCCTGAATGGCAGATTTCTAGACAAACAGAAGAATACTTTCAGAACAACTT
TAACTTAGCTCATGATCCTGGATACAATTTCAATGAGATTCATCCTGTTGGTTATAGCTCCCAAAATTCCCTGCACTCAGGGATCCTGGAAACTGGGCTGAGTTATAAAACCAAAAACTCCGATGAGCATGTCGAGGGAATGAATCTGCCTTCACAAACTGGCATACAGGAAGAAAGCCAACACTCAAGGGTGCCAGAAA
GGTCTGGAGAAGAATCAGAGGGTACAGACAATGCTGATGAGTGCAATGATGAAGCATCTATGTTTGACACACAAGGTCCAGATTTAGAGCAGTCAGTGGACATAGAGAAAATCATTGATATATGGATTCCGCCTCAGCCAGAAGACGAACAAGATGAAAAGGAGACTGGTGTGTTTGATGATGAAGATGATGACGATGAT
GGTAGTTGGGGTTTGCCCCGTTCCACTGGCAGCTTTAGTGACAGTGAATACAAGAGTAAAGAGAGATCAAGTGAGGAGTATAGGAAGGCTATGAGGTCTGTAGTAGATGGTCACTTTAGGGCTCTTGTAGCACAACTTCTCAAGGGAGAGGATGTTCCTATAGGTGAAGAGAATCACAGGGACAGCTGGCTGGAAATAGT
CACTTCATTGTCGTGGCAAGCTGCGAGTCTCGTCAAGCCAGACACTAGCAAGGGAGGAGGAATGGATCCGGGGGGGTATGTGAAGGTCAAGTGCATTGCAAGCGGTCGCTCTTATGAAAGTGAGGTGATCAAGGGAGTTGCTTGCAAGAAGAATGTAGCACATAGGCGTATGACATCAAAGTACAAGAATGCCCGACTGC
TGCTTCTTGGAGGAGCTTTAGAATATCAGCGAGTCTCAAATCAGCTGTCATCTCTTGATACTCTGCTTCAACAAGAAATGGAACATCTGAAAATGACCGTGACAAAGATAGAAGCTCATCATCCTAATGTGCTGCTGGTTGAGAAAACTGTGTCCCGTTATGCACAAGAGTATTTGCTGGCAAAAGAGATATCTTTGGTA
TTGAATATCAAAAGGCCTCTATTGGAGCGTATAGCCCGTTGCACAGGGGCACAGATTGTACCTTCTGTTGATAATCTGACTGCACCAAAATTAGGACACTGTGAATTCTTTCGTGTGGAAAAGTTCTTGGAGGAGCATGGCAGTGCTGGTCAGGCAGGAAAAAAATCATTGAAAACCCTGATGTTCTTTGACGGTTGCCC
AAAGCCTTTGGGTTGCACGgtattgctcaagggtgcaaatggtgatgtattaaagaaagtcaaacgtgttgttcaatatgctatctttgcagcttatcatttagctcttgaaacttctttccttgcagATGAGGGTGCCACCCTTCCTGAACTTCCCCTGAAATCTCCCATAACTGTTGCACTGCCAGACAAGCAATCGA
GTTTGGATAGGTCAATTTCAATGATACCTGGATTTGTGACTCCTGCTTCAGGGCAGGCACACACAGGAGAAGTACAATGCCATAAATTCCACAAAAGTAGTATGCCAGGTATGTGCAGCCTACCATGTAACTCATCAAACTTGAACAAGGGAGGTCCCCAACCTCCTGTTAATTCTGAGGGATTAATGGAGGGAGGGCCC
CAACCTCCCATTAGCACTACTACTGGAATTGCTGGACTGCGTCAAATAGCTATTGGTTCCAACACTTCTTGTGCAAGTGGTGTATTGATTTATGATACTGGGGTCAAACAACAAGAGATAAATTCAAGTCAAAATTCTTTTCCTCCAGCTTCTTCTGGGGGGCATTCAATATCTGGGTTATCATCTCCTAAAAATCAAGT
TTTGAAAGCAGCTGGAACCCATGTGGACTTGAGTTCATATGAAGCCGGTACTTGTTATTTTGGATTTGAAGATAAGATGTTAGATGGTATAGGTAAAGTTGATGGCTCAACTCTTTCAGTTCCTTCTGGATCTCCTCTTGAGAACCAAATGAGTGCGGAGGAAAAGCCTCATGAACTGCAGTGGGAGAATGAGGAAAAAA
ATGATGATCAAGTCGATCCTAAGTTAATTTTGGATCATAAAGTAACACGGTGTGAGACCCAAGATTCGGTACATTGTGAGGGACAAGGACTCTCTAAAGAAGACTTTCCACCTTCCCCTTCTGATCAACAGAGTATTTTGGTTTCATTGTCGACTCGCTGTGTGTGGAAGGGAACAATATGTGAACGTGCTCATCTCTTG
CGCATAAAATACTATGGGAGCTCGGACAAGCCTTTGGGAAAGTTCTTGAGGGATGATTTATTCAACCAGAGTTATCGGTGTCGTTCCTGTGATGCACCAACAGAAGCTCATGTGCATTGTTATACTCATAAGCAAGGTAGCCTCACAATATCTGTCAAACGTCTTAGTGAGATCATTTTACCAGGTGAAAGGGAGGGGAA
AATATGGATGTGGCATCTATGTCTCAAATGTGCATGCAAATGTAAAGCTCCACAGCCAACTCGAAGAGTAGTGATGTCGGATGCTGCATGGGGTTTATCCTTTGGAAAATTTCTGGAGCTTAGTTTCTCCAACCATGCTGCAGCAAGTAGAGTGGCCAGCTGTGGCCATTCCTTACATAGAGACTGCCTTCGCTTTTATG
GGTTTGGAAGAATGGTAGCGTGCTTCCGCTATGCTTCTATACATGTCCATTCTGTGCATTTGCCACCTCCAAAATTAGAATTTAATGATCCAAACCAACAAGATTGGCTCACGAACGAGGCAGCAGTGGTTGCAGATGGGGCAGAATTGTTTTTCGCTGAGGTATTTGATTCCCTCCGACAAATCGGTGAGAAAATTGCA
AACTCTGGTTCCTTCTATGCAGGCATAAAGGTTCCAGAATTCAGGAGACGCATTGCAGAATTAGAAGGGATGTTGCAGAAAGAGAAGACTGAGTTTGAGGATTTGCTAAAAAAGGCTTCAACAAAAGATTGGCAGCCAGGACAACCTGTTGCTGATATTTTAGAGTTGAATCGTTTGAGGCGTCGGCTTATTTTTGAATC
TTATGTATGGGACCATCGCCTCCGGTTTTTGGATTCATCTCTTAGAGTTAAAAGGTCAATTGCTGGTTCAGATTCTAGTCTAGCAGAACAGCTTAATCCACATTTGCAAAAGAACATTGATTCTAATTTATCTGAAAAACTTGTAGAGAGTAAAAGAACAGAAAAAGATGATAGTGATCCTAGTAAAGTTGTTGTTTCAA
AGGTTGGGAGCAATGGCTGTCAGCTGGATGGAAGTTCCCAGGACAGTTCTAGTAGTCCTTACATTCCACAGTTTGAGGATGTTCATATTAACAACACACAAGTTACCAATGATGGTGTCATACGGGCCTCAAGTAATCTTGAAAGCTCCCAGTATCCTTTGTTGGTGGATCATCTCACAAGCGTTAAGGACACAGATGAA
AGATTTGGTGTAGTTGGAAAAATTACCGAGGTGATAGAAAATCAAAGGCCTCATTTAGTGGAACATATGGAAACAAATGTAAATAATTCCATTACAGTTTTGAGCACAGTTGAGAAGCCCCTCACAGATCCTGATCTCTGCAAACATGTGAATGGAAATGGTGCCAATGGACCTTTGCCAGAAAATAAATATATAGAAAT
GGACATTGGTGATAAAACAGAAGTTGTTGAAGGTGATCTGGGAGTTCGTAGGACATTATCAGAGGGGAATTTCCCAATCCTGGCTGATCTATCGGAGACATTAGATGCAGCATGGACTGGCGAGGGTCAATCAGTAATAGCTCAGGCTGTTCATGTAACATCACAGGGCCAGGAAATTGGTCCTGCAGCTCCAGCTATTG
AAAATGCTCAGTGTGACACCGAACTATCTACCAAGAATAGTTCTTTGGCAGTTCAAACAAGTGTAATGCCACCTGCATTAAAGACAGAGGCTACTGATAACAATTATAGTTTTCAAGATAAAAATGGACCAGAACAGTTGCAAGTGAGTACACCTGTGTCACCAGTGAAATCCTTTGATGTTTCAGAGGAATTTGGAAGT
TGGATTGGAGTACCTTTTTCTAATTTGTACAAGACCTACAGCAGGGGTTTGCAGGGCTTTTTATCAGGGTCTCCTCTCAGATTTGATTCCCTTAGTGGGTACATCCCTACTTTTGTATCATCGCTCAGTCAACTTGGTGGTCAAGGAGGAGCAAGATTACTGTTGCCCACAGGTGTCAATGATACAGTTATTGCTATTTA
TGATGATGAGCCCACCAGCATCATATCTTATGCCCTGACCTCTCATGAATATTATGCCCACGTGTCCGACAAGACAGCTGATAAGAGTAAACAAAGAGAGAAAGATAGGGATAAAGAGAAGGAAACTGGGGATTCATCTTTTACAGATGAAGCTCTTTCATATCCACTTAAGGCCTTTGATGGTTCCGACGCATCTGATG
GCATTCCTAAAGAGAAAAGTTATGGATCTGATGATAGTTTTACATCAGGCAGTAAATGGACTGGAGTGGCAGATCCATTTCTATATACAAAGGCTATGCATGTAAAGGTATCATTTAGTGATGAAAACTCACCTGGAAAAGTAAGGTACACTGTAACTTGTTATTATGCAAAGCAGTTTGATGCCCTTAGGAGAAAATGT
TGCCCAACAGAAATGGATTTTATTCGTTCCCTATGCCGTTGTAAGAAATGGGGAGCACAAGGTGGAAAAAGCAATGTGTTTTTTGCAAAGACTTTGGATGACAGATTCATCATTAAGCAAGTTACAAAGACAGAATTGGAGTCCTTCATCAAGTTTGCCCCAGAATACTTCAAATATCTTCCAGACTCTTTAAGTACAGG
GAGCCCCACATGTCTTGCAAAGGTTCTTGGTATTTATCAGGTTACTACAAAGAATGCAAAAGGTGGAAAGGAGGTTAGGATGGATCTTATGGTAATGGAGAATCTTTTGTTTGGGAGGAATATAACAAGGCTGTATGACCTAAAAGGCTCCTCTCGGTCACGTTACAATGCAGATTCATCAGGAAGTAACAAAGTTCTTT
TAGATCAGAATCTTTTAGAAGCCATGCCAACCTCCCCAATCTTTGTGGGGAATAAGGCCAAACGACTTTTGGAGAGAGCTGTCTGGAATGACACTTCCTTTCTTCAGTCGATTGATGTAATGGATTATTCATTACTGGTTGGAGTTGATGAAGAGCGACATGAACTGGTTTTGGGCATTATTGATTTTATGCGGCAATAC
ACATGGGACAAACATCTTGAGACTTGGGTGAAAGCCTCTGGTATACTTGGTGGGGGAAAAAATACATCACCAACAGTCATTTCTCCAATGCAGTACAAGAAACGATTCCGAAAAGCAATGTCTACATACTTCCTAATGGTTCCAGATCAGTGGTCTCCACCTACTATAATCCCCAGTAATTCACAGAATCAGTTGTGTGA
AGATCCTGTGCCAATGTCAGCACAAGGAGATGTTGGAGAGTAGGTTGCAAAATCCTCGGCATGGTACCTTTGTTCTGCAGAGATCCTACCATGCTGGCATGATAGCTTTCTTCATCTATACAATTTCAAGGATATCCTTGATGGAAACTAAAATCAAGTTTTCTCAGTCTGGGACTAGACTTTGATTTATATAAGCTTGT
GATTGGCTTCATTTGCATTCTTACATCGCGGATTGTCAATAATAATTAGAACTGTAAACACAGTACTATAGGCCCTCCAATATGTATCAACACCGCACGCCAATGGAGTGAGTAATATAAAGGCTACGTTATCTGCAAACTTGAGTTACCTGAGAGAAAATTTGTTTTTAGTATTTACTGTATGATATTCCACATACTTT
GGTTTGTTTCAGATCAATCTGTACAAATGGTCTGAAATATCGTGTAACATACATGTTTAAGGTATATGTATTCTTTATTTTTTACCTTATGGTCCTATGGATGTTATAAGAATTGTGGCCTTGGTAAGCACACATCTGTGCTGGGTTTCTAAATGCACTTGCATCTTTCTGTTTTTTAATTGTGTATATGCCAACAGGTT
ACTAGGCCTTTTCTTTTGGCATAGTTAGATGCTCTTCTGCCACAGCTTCAACTGACAAATGTAACTGCAAAAAAGTAGGTGAAAAATATAGCATTTGGTGGTATACACTGATAAATTATTATCATTTCCAAAGCAGATGTTGGTGATGAAGATTTTGATTTTGTAGGGGTGCAGTGCTTGATTTATCACGTAATATTTGA
AAGATATGGAAGGAGGTAAATGGATTCATTAAAGCGATGTATTGTAGAATGAGCTTATTGTGTCAATGAGTTGGAGATTGGACTAAAAGAGATGGTATTCTGTAGCCATTGTGTGCATGAAGTTGGCATTGCGTTATTGTCTCTCGCTTTTGGAGAAAGACAGAGCACAGTATAGATGATCTAAGTGATGCATTTGGGTG
ACTAAAAAACTCATGGGAAAGATGAGGGCTCTAAGGTTATTGATGCTTGCCATCTGAAACTATTGGATTTCCTCTACAAAGATGTTTTACATAAGATTTGAATTACCATGTATTTACATTGTTTCACAGGTTTAATGCTTCAAGTTGTCCGTGCATGCTATTTCTTTGCATGTGGACAGAAAAGTGTATTTGATGTAAGA
AAAGCATTATCATACTAAATTTAATGGGAAAATAATCTTTGTAACTAGTGCAGTAGGATTAGCTGCACATCTGCATAAGACTGTACATGTATGCTTGTCTATTTTGCCACAGTATGTGGTAATTGTATTAAGAAATTTGCCTGCACTTTCTTAAGCTATAGCCTGTGCATGCATACTTGTTTGCATGTATATACTATAAA
GCCTAGCTACTTGTAGTGAATGTCTTCCTCGAGGATAAACAATTTTGATGCATAAAATGAATTTTCAAATTGTCCTGCGACTCTGTCATGTTTTGATCTTGTTGGGAGATCCGGAAACATTTTACCCA

Intron 9 GTGAGTAATA ... TTTGTTTCAG

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>TRINITY_DN48425_c0_g2_i4 from sample A10 / Example spliced isoform

CCCTTTACACAATCATTCATTTCTTATTATTCATTGATGGTTCGATGCCTACGCTCAACGAGGACCCACGGTTGCCCTGGGTTCGAATCCCCTGGACTCGCTTTCTCCACTTTCGGCCTCCCAGATTCCCTTCTCCTCTCCATCCTTCCGGGGCCTAACGTCCCACCGGCATCTGTGCGGTCTTGGAACTCATGCGCATT
ATTTGCCCGTTCGTTCGTCCGTCCGGAGTCTTTCACAGCGCGAGGCTCCTCCTTCTCTGTGCCTGCAAGAAAACATAGTTCCTGGCGCTGTCCGTTGCAGGAGACTGCGAAGTGCCACGGCAAGCGTATTTCGAATTGAAGAAATTGCTCATCTCTGAGTAGGTTTTCGGAATTCAAGAAACTAATTAGATAGGGTTTAT
AGGGTTTGTGCAAAATTGGAGGGGGAGAATCCGGCGTTTTATCGCAGAGACTCGATACCAGGGTTTTAGTGGAAGCAAACGCGTAGTTCATCATGACAGTAGGGCTTTCATGGTAGATGAGAAAGACAGAAGCCGCTCTGTATGGTGTATTTAACAAGGCGAGGTCATGGATTCCCCAGATGGCTGAAGCGTCTACGGTT
TCGAGGGACTATTGGATGCCGGATCAGAGCTGCAGGGTTTGTTATGATTGTGAGTCGCAGTTTACGATCTTCAATCGGCGGCACCATTGCCGGATTTGCGGCAAGGTTTTTTGCGGGAGGTGTACAGTGAATACAATTCCTGCTTCTGTTGTCGATGATTGGAAATATGATCACGAAGAGGGTGAGCGTATTAGGGTTTG
CAGCTATTGTTTCAAGATACGGAAGAAACAGATGACAGCTTCAGAATATGATGGAATTCAATTGTTGTCTCCAGGGATCAGTCCTTCGCCTTCTGTCACAAGTTTATCCAGTAGTAAGTCAAGCGGCAGCGATAGCGGCGTTAACGTCTTTGGCGCTATGCCTTTTTCAACCGTGCCTTATCAGCACGTCACTTACAGTT
CTGCTCTTAGTAATCCAGCTCAAGGTACTGATGGATTTGGGCGAATGCCCGAGAAGAAACAAGATATGCCTTATTCAGGAAGAAGCGCGAATTCTCCATCGATTCTGGAAGGCGGACGTTCTGTTGCCAGTATTTTTGGAACTCCCCTTAATAGGAGTGATGATGAGGATGATGACTATGGTAAGATGTCTGAGGATCCT
GAATGGCAGATTTCTAGACAAACAGAAGAATACTTTCAGAACAACTTTAACTTAGCTCATGATCCTGGATACAATTTCAATGAGATTCATCCTGTTGGTTATAGCTCCCAAAATTCCCTGCACTCAGGGATCCTGGAAACTGGGCTGAGTTATAAAACCAAAAACTCCGATGAGCATGTCGAGGGAATGAATCTGCCTTC
ACAAACTGGCATACAGGAAGAAAGCCAACACTCAAGGGTGCCAGAAAGGTCTGGAGAAGAATCAGAGGGTACAGACAATGCTGATGAGTGCAATGATGAAGCATCTATGTTTGACACACAAGGTCCAGATTTAGAGCAGTCAGTGGACATAGAGAAAATCATTGATATATGGATTCCGCCTCAGCCAGAAGACGAACAAG
ATGAAAAGGAGACTGGTGTGTTTGATGATGAAGATGACGACGACGATGGTAGTTGGGGTTTGCCCCGTTCCACTGGCAGCTTTAGTGACAGTGAATACAAGAGTAAAGAGAGATCAAGTGAGGAGTATAGGAAGGCTATGAGGTCTGTAGTAGATGGTCACTTTAGGGCTCTTGTAGCACAACTTCTCAAGGGAGAGGAT
GTTCCTATAGGTGAAGAGAATCACAGGGACAGCTGGCTGGAAATAGTCACTTCATTGTCGTGGCAAGCTGCGAGTCTCGTCAAGCCAGACACTAGCAAGGGAGGAGGAATGGATCCGGGGGGGTATGTGAAGGTCAAGTGCATTGCAAGCGGTCGCTCTTATGAAAGTGAGGTGATCAAGGGAGTTGCTTGCAAGAAGAA
TGTAGCACATAGGCGGATGACATCAAAGTACAAGAATGCCCGACTGCTGCTTCTTGGAGGAGCTTTAGAATATCAGCGAGTCTCAAATCAGCTGTCATCTCTTGATACTCTGCTTCAACAAGAAATGGAACATCTGAAAATGACCGTGACAAAGATAGAAGCTCATCATCCTAATGTGCTGCTGGTTGAGAAAACTGTGT
CCCGTTATGCACAAGAGTATTTGCTGGCAAAAGAGATATCTTTGGTATTGAATATCAAAAGGCCTCTATTGGAGCGTATAGCCCGTTGCACAGGGGCACAGATTGTACCTTCTGTTGATAATCTGACTGCACCAAAATTAGGACACTGTGAATTCTTTCGTGTGGAAAAGTTCTTGGAGGAGCATGGCAGTGCTGGTCAG
GCAGGAAAAAAATCATTGAAAACCCTGATGTTCTTTGACGGTTGCCCAAAGCCTTTGGGTTGCACGGTATTGCTCAAGGGTGCAAATGGTGATGTATTAAAGAAAGTCAAACGTGTTGTTCAATATGCTATCTTTGCAGCTTATCATTTAGCTCTTGAAACTTCTTTCCTTGCAGATGAGGGTGCCACCCTTCCTGAACT
TCCCCTGAAATCTCCCATAACTGTTGCACTGCCAGACAAGCAATCGAGTTTGGATAGGTCAATTTCAATGATACCTGGATTTGTGACTCCTGCTTCAGGGCAGGCACACACAGGAGAAGTACAATGCCATAAATTCCACAAAAGTAGTATGCCAGGTACGTGCAGCCTACCATGTAACTCATCAAACTTGAACAAGGGAG
GTCCCCAACCTCCTGTTAATTCTGAGGGATTAATGGAGGGAGGGCCCCAACCTCCCATTAGCACTACTACTGGAATTGCTGGACTGCGTCAAATAACTATTGGTTCCAACCCTTCTTGTGCAAGTGGTGTATTGATTTATGATACTGGGGTCAAACAACAAGAGATAAATTCAAGTCAAAATTCTTTTCCTCCAGCTTCT
TCTGGGGGGCATTCAATATCTGGGTTATTATCTACTAAAAATCAAGTTTTGAAAGCAGCTGGAACCCATGTGGACTTGAGTTCATATGAAGCCGGTACTTGTTATTTTGGATTTGAAGATAAGATGTTAGATGGTATAGGTAAAGTTGATGGCTCAACTCTTTCAGTTCCTTCTGGATCTCCTCTTGAGAACCAAATGAG
TGCGGAGGAAAAGCCTCATGAACTGCAGTGGGAGAATGAGGAAAAAAATGATGATCAAGTCGATCCTAAGTTAATTTTGGATCATAAAGTAACACGGTGTGAGACCCAAGATTCGGTACATTGTGAGGGACAAGGACTCTCTAAAGAAGACTTTCCACCTTCCCCTTCTGATCAACAGAGTATTTTGGTTTCATTGTCGA
CTCGCTGTGTGTGGAAGGGAACAATATGTGAACGTGCTCATCTCTTGCGCATAAAATACTATGGGAGCTCGGACAAGCCTTTGGGAAAGTTCTTGAGGGATGATTTATTCAACCAGAGTTATCGGTGTCGTTCCTGTGATGCACCAACAGAAGCTCATGTGCATTGTTATACTCATAAGCAAGGTAGCCTCACAATATCT
GTCAAACGTCTTAGTGAGATCATTTTACCAGGTGAAAGGGAGGGGAAAATATGGATGTGGCATCTATGTCTCAAATGTGCATGCAAATGTAAAGCTCCACAGCCAACTCGAAGAGTAGTGATGTCGGATGCTGCATGGGGTTTATCCTTTGGAAAATTTCTGGAGCTTAGTTTCTCCAACCATGCTGCAGCAAGTAGAGT
GGCCAGCTGTGGCCATTCCTTACATAGAGACTGCCTTCGCTTTTATGGGTTTGGAAGAATGGTAGCGTGCTTCCGCTATGCTTCTATACATGTCCATTCTGTGCATTTGCCACCTCCAAAATTAGAATTTAATGATCCAAACCAACAAGATTGGCTCACGAACGAGGCAGCAGTGGTTGCAGATGGGGCAGAATTGTTTT
TCGCTGAGGTATTTGATTCCCTCCGACAAATCGGTGAGAAAATTGCAAACTCTGGTTCCTTCTATGCAGGCATAAAGGTTCCAGAATTCAGGAGACGCATTGCAGAATTAGAAGGGATGTTGCAGAAAGAGAAGACTGAGTTTGAGGATTTGCTAAAAAAGGCTTCAACAAAAGATTGGCAGCCAGGACAACCTGTTGCT
GATATTTTAGAGTTGAATCGTTTGAGGCGTCGGCTTATTTTTGAATCTTATGTATGGGACCATCGCCTCCGGTTTTTGGATTCATCTCTTAGAGTTAAAAGGTCAATTGCTGGTTCAGATTCTAGTCTAGCAGAACAGCTTAATCCACATTTGCAAAAGAACATTGATTCTAATTTATCTGAAAAACTTGTAGAGAGTAA
AAGAACAGAAAAAGATGATAGTGATCCTAGTAAAGTTGTTGTTTCAAAGGTTGGGAGCAATGGCTGTCAGCTGGATGGAAGTTCCCAGGACAGTTCTAGTAGTCCTTACATTCCACAGTTTGAGGATGTTCATATTAACAACACACAAGTTACCAATGATGGTGTCATACGGGCCTCAAGTAATCTTGAAAGCTCCCAGT
ATCCTTTGTTGGTGGATCATCTCACAAGCGTTAAGGACACAGATGAAAGATTTGGTGTAGTTGGAAAAATTACCGAGGTGATAGAAAATCAAAGGCCTCATTTAGTGGAACATATGGAAAAAAATGTAAATAATTCCATTACAGTTTTGAGCACAGTTGAGAAGCCCCTCACAGATCCTGATCTCTGCAAACATGTGAAT
GGAAATGGTGCCAATGGACCTTTGCCAGAAAATAAATATATAGAAATGGACATTGGTGATAAAACAGAAGTTGTTGAAGGTGATCTGGGAGTTCGTAGGACATTATCAGAGGGGAATTTCCCAATCCTGGCTGATCTATCGGAGACATTAGATGCAGCATGGACTGGCGAGGGTCAATCAGTAATAGCTCAGGCTGTTCA
TGTAACATCACAGGGCCAGGAAATTGGTCCTGCAGCTCCAGCTATTGAAAATGCTCAGTGTGACACCGAACTATCTACCAAGAATAGTTCTTTGGCAGTTCAAACAAGTGTAATGCCACCTGCATTAAAGACAGAGGCTACTGATAACAATTATAGTTTTCAAGATAAAAATGGACCAGAACAGTTGCAAGTGAGTACAC
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AGATTACTGTTGCCCACAGGTGTCAATGATACAGTTATTGCTATTTATGATGATGAGCCCACCAGCATCATATCTTATGCCCTGACCTCTCATGAATATTATGCCCACGTGTCCGACAAGACAGCTGATAAGAGTAAACAAAGAGAGAAAGATAGGGATAAAGAGAAGGAAACTGGGGATTCATCTTTTACAGATGAAGC
TCTTTCATATCCACTTAAGGCCTTTGATGGTTCCGACGCATCTGATGGCATTCCTAAAGAGAAAAGTTATGGATCTGATGATAGTTTTACATCAGGCAGTAAATGGACTGGAGTGGCAGATCCATTTCTATATACAAAGGCTATGCATGTAAAGGTATCATTTAGTGATGAAAACTCACCTGGAAAAGTAAGGTACACTG
TAACTTGTTATTATGCAAAGCAGTTTGATGCCCTTAGGAGAAAATGTTGCCCAACAGAAATGGATTTTATTCGTTCCCTATGCCGTTGTAAGAAATGGGGAGCACAAGGTGGAAAAAGCAATGTGTTTTTTGCAAAGACTTTGGATGACAGATTCATCATTAAGCAAGTTACAAAGACAGAATTGGAGTCCTTCATCAAG
TTTGCCCCAGAATACTTCAAATATCTTTCAGACTCTTTAAGTACAGGGAGCCCCACATGTCTTGCAAAGGTTCTTGGTATTTATCAGGTTACTACAAAGAATGCAAAAGGTGGAAAGGAGGTTAGGATGGATCTTATGGTAATGGAGAATCTTTTGTTTGGGAGGAATATAACAAGGCTGTATGACCTAAAAGGCTCCTC
TCGGTCACGTTACAATGCAGATTCATCAGGAAGTAACAAAGTTCTTTTAGATCAGAATCTTTTAGAAGCCATGCCAACCTCCCCAATCTTTGTGGGGAATAAGGCCAAACGACTTTTGGAGAGAGCTGTCTGGAATGACACTTCCTTTCTTCAGTCGATTGATGTAATGGATTATTCATTACTGGTTGGAGTTGATGAAG
AGCGACATGAACTGGTTTTGGGCATTATTGATTTTATGCGGCAATACACATGGGACAAACATCTTGAGACTTGGGTGAAAGCCTCTGGTATACTTGGTGGGGGAAAAAATACATCACCAACAGTCATTTCTCCAATGCAGTACAAGAAACGATTCCGAAAAGCAATGTCTACATACTTCCTAATGGTTCCAGATCAGTGG
TCTCCACCTACTATAATCCCCAGTAATTCACAGAATCAGTTGTGTGAAGATCCTGTGCCAATGTCAGCACAAGGAGATGTTGGAGAGTAGGTTGCAAAATCCTCGGCATGGTACCTTTGTTCTGCAGAGATCCTACCATGCTGGCATGATAGCTTTCTAAATCTATACAATTTCAAGGATATCCTTGATGGAAACTAAAG
TCAAGTTTTCTCAGTCTGGGACTAGACTTTGATTTATATAAGCTTGTGATTGGCTTCATTTGCATTCTTACATCGCGGATTGTCAATAATAATTAGAACTGTAAACACAGTACTATAGGCCCTCCAATATGTATCAACACCGCACGCCAATGGAATCAATCTGTACAAATGGTCTGAAATATCGTGTAACATACATGTTT
AAGGTATATGTATTCTTTATTTTTTACCTTATGGTCCTATGGATGTTATAAGAATTGTGGCCTTGGTAAGCACACATCTGTGCTGGGTTTCTAAATGCACTTGCATCTTTCTGTTTTTTAATTGTGTATATGCCAACAGGTTACTAGGCCTTTTCTTTTGGCATAGTTAGATGCTCTTCTTCCACAGCTTCAACTGACAA
ATGTAACTGCAAAAAAGTAGGTGAAAAATATAGCATTTGGTGGTATACACTGATAAATTATTGTCATTTCCAAAGCAGATGTTGGTGATGAAGATTTTGATTTTGTAGGGGTGCAGTGCTTGATTTATCACGTAATATTTGAAAGATATGGAAGGAGGTAAATGGATTCATTAAAG

>TRINITY_DN48425_c0_g2_i1 from sample A10 / Example unspliced isoform:

CCCTTTACACAATCATTCATTTCTTATTATTCATTGATGGTTCGATGCCTACGCTCAACGAGGACCCACGGTTGCCCTGGGTTCGAATCCCCTGGACTCGCTTTCTCCACTTTCGGCCTCCCAGATTCCCTTCTCCTCTCCATCCTTCCGGGGCCTAACGTCCCACCGGCATCTGTGCGGTCTTGGAACTCATGCGCATT
ATTTGCCCGTTCGTTCGTCCGTCCGGAGTCTTTCACAGCGCGAGGCTCCTCCTTCTCTGTGCCTGCAAGAAAACATAGTTCCTGGCGCTGTCCGTTGCAGGAGACTGCGAAGTGCCACGGCAAGCGTATTTCGAATTGAAGAAATTGCTCATCTCTGAGTAGGTTTTCGGAATTCAAGAAACTAATTAGATAGGGTTTAT
AGGGTTTGTGCAAAATTGGAGGGGGAGAATCCGGCGTTTTATCGCAGAGACTCGATACCAGGGTTTTAGTGGAAGCAAACGCGTAGTTCATCATGACAGTAGGGCTTTCATGGTAGATGAGAAAGACAGAAGCCGCTCTGTATGGTGTATTTAACAAGGCGAGGTCATGGATTCCCCAGATGGCTGAAGCGTCTACGGTT
TCGAGGGACTATTGGATGCCGGATCAGAGCTGCAGGGTTTGTTATGATTGTGAGTCGCAGTTTACGATCTTCAATCGGCGGCACCATTGCCGGATTTGCGGCAAGGTTTTTTGCGGGAGGTGTACAGTGAATACAATTCCTGCTTCTGTTGTCGATGATTGGAAATATGATCACGAAGAGGGTGAGCGTATTAGGGTTTG
CAGCTATTGTTTCAAGATACGGAAGAAACAGATGACAGCTTCAGAATATGATGGAATTCAATTGTTGTCTCCAGGGATCAGTCCTTCGCCTTCTGTCACAAGTTTATCCAGTAGTAAGTCAAGCGGCAGCGATAGCGGCGTTAACGTCTTTGGCGCTATGCCTTTTTCAACCGTGCCTTATCAGCACGTCACTTACAGTT
CTGCTCTTAGTAATCCAGCTCAAGGTACTGATGGATTTGGGCGAATGCCCGAGAAGAAACAAGATATGCCTTATTCAGGAAGAAGCGCGAATTCTCCATCGATTCTGGAAGGCGGACGTTCTGTTGCCAGTATTTTTGGAACTCCCCTTAATAGGAGTGATGATGAGGATGATGACTATGGTAAGATGTCTGAGGATCCT
GAATGGCAGATTTCTAGACAAACAGAAGAATACTTTCAGAACAACTTTAACTTAGCTCATGATCCTGGATACAATTTCAATGAGATTCATCCTGTTGGTTATAGCTCCCAAAATTCCCTGCACTCAGGGATCCTGGAAACTGGGCTGAGTTATAAAACCAAAAACTCCGATGAGCATGTCGAGGGAATGAATCTGCCTTC
ACAAACTGGCATACAGGAAGAAAGCCAACACTCAAGGGTGCCAGAAAGGTCTGGAGAAGAATCAGAGGGTACAGACAATGCTGATGAGTGCAATGATGAAGCATCTATGTTTGACACACAAGGTCCAGATTTAGAGCAGTCAGTGGACATAGAGAAAATCATTGATATATGGATTCCGCCTCAGCCAGAAGACGAACAAG
ATGAAAAGGAGACTGGTGTGTTTGATGATGAAGATGACGACGACGATGGTAGTTGGGGTTTGCCCCGTTCCACTGGCAGCTTTAGTGACAGTGAATACAAGAGTAAAGAGAGATCAAGTGAGGAGTATAGGAAGGCTATGAGGTCTGTAGTAGATGGTCACTTTAGGGCTCTTGTAGCACAACTTCTCAAGGGAGAGGAT
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GCAGGAAAAAAATCATTGAAAACCCTGATGTTCTTTGACGGTTGCCCAAAGCCTTTGGGTTGCACGGTATTGCTCAAGGGTGCAAATGGTGATGTATTAAAGAAAGTCAAACGTGTTGTTCAATATGCTATCTTTGCAGCTTATCATTTAGCTCTTGAAACTTCTTTCCTTGCAGATGAGGGTGCCACCCTTCCTGAACT
TCCCCTGAAATCTCCCATAACTGTTGCACTGCCAGACAAGCAATCGAGTTTGGATAGGTCAATTTCAATGATACCTGGATTTGTGACTCCTGCTTCAGGGCAGGCACACACAGGAGAAGTACAATGCCATAAATTCCACAAAAGTAGTATGCCAGGTACGTGCAGCCTACCATGTAACTCATCAAACTTGAACAAGGGAG
GTCCCCAACCTCCTGTTAATTCTGAGGGATTAATGGAGGGAGGGCCCCAACCTCCCATTAGCACTACTACTGGAATTGCTGGACTGCGTCAAATAACTATTGGTTCCAACCCTTCTTGTGCAAGTGGTGTATTGATTTATGATACTGGGGTCAAACAACAAGAGATAAATTCAAGTCAAAATTCTTTTCCTCCAGCTTCT
TCTGGGGGGCATTCAATATCTGGGTTATTATCTACTAAAAATCAAGTTTTGAAAGCAGCTGGAACCCATGTGGACTTGAGTTCATATGAAGCCGGTACTTGTTATTTTGGATTTGAAGATAAGATGTTAGATGGTATAGGTAAAGTTGATGGCTCAACTCTTTCAGTTCCTTCTGGATCTCCTCTTGAGAACCAAATGAG
TGCGGAGGAAAAGCCTCATGAACTGCAGTGGGAGAATGAGGAAAAAAATGATGATCAAGTCGATCCTAAGTTAATTTTGGATCATAAAGTAACACGGTGTGAGACCCAAGATTCGGTACATTGTGAGGGACAAGGACTCTCTAAAGAAGACTTTCCACCTTCCCCTTCTGATCAACAGAGTATTTTGGTTTCATTGTCGA
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GTCAAACGTCTTAGTGAGATCATTTTACCAGGTGAAAGGGAGGGGAAAATATGGATGTGGCATCTATGTCTCAAATGTGCATGCAAATGTAAAGCTCCACAGCCAACTCGAAGAGTAGTGATGTCGGATGCTGCATGGGGTTTATCCTTTGGAAAATTTCTGGAGCTTAGTTTCTCCAACCATGCTGCAGCAAGTAGAGT
GGCCAGCTGTGGCCATTCCTTACATAGAGACTGCCTTCGCTTTTATGGGTTTGGAAGAATGGTAGCGTGCTTCCGCTATGCTTCTATACATGTCCATTCTGTGCATTTGCCACCTCCAAAATTAGAATTTAATGATCCAAACCAACAAGATTGGCTCACGAACGAGGCAGCAGTGGTTGCAGATGGGGCAGAATTGTTTT
TCGCTGAGGTATTTGATTCCCTCCGACAAATCGGTGAGAAAATTGCAAACTCTGGTTCCTTCTATGCAGGCATAAAGGTTCCAGAATTCAGGAGACGCATTGCAGAATTAGAAGGGATGTTGCAGAAAGAGAAGACTGAGTTTGAGGATTTGCTAAAAAAGGCTTCAACAAAAGATTGGCAGCCAGGACAACCTGTTGCT
GATATTTTAGAGTTGAATCGTTTGAGGCGTCGGCTTATTTTTGAATCTTATGTATGGGACCATCGCCTCCGGTTTTTGGATTCATCTCTTAGAGTTAAAAGGTCAATTGCTGGTTCAGATTCTAGTCTAGCAGAACAGCTTAATCCACATTTGCAAAAGAACATTGATTCTAATTTATCTGAAAAACTTGTAGAGAGTAA
AAGAACAGAAAAAGATGATAGTGATCCTAGTAAAGTTGTTGTTTCAAAGGTTGGGAGCAATGGCTGTCAGCTGGATGGAAGTTCCCAGGACAGTTCTAGTAGTCCTTACATTCCACAGTTTGAGGATGTTCATATTAACAACACACAAGTTACCAATGATGGTGTCATACGGGCCTCAAGTAATCTTGAAAGCTCCCAGT
ATCCTTTGTTGGTGGATCATCTCACAAGCGTTAAGGACACAGATGAAAGATTTGGTGTAGTTGGAAAAATTACCGAGGTGATAGAAAATCAAAGGCCTCATTTAGTGGAACATATGGAAAAAAATGTAAATAATTCCATTACAGTTTTGAGCACAGTTGAGAAGCCCCTCACAGATCCTGATCTCTGCAAACATGTGAAT
GGAAATGGTGCCAATGGACCTTTGCCAGAAAATAAATATATAGAAATGGACATTGGTGATAAAACAGAAGTTGTTGAAGGTGATCTGGGAGTTCGTAGGACATTATCAGAGGGGAATTTCCCAATCCTGGCTGATCTATCGGAGACATTAGATGCAGCATGGACTGGCGAGGGTCAATCAGTAATAGCTCAGGCTGTTCA
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CTGTGTCACCAGTGAAATCCTTTGATGTTTCAGAGGAATTTGGAAGTTGGATTGGAGTACCTTTTTCTAATTTGTACAAGACCTACAGCAGGGGTTTGCAGGGCTTTTTATCAGGGTCTCCTCTCAGATTTGATTCCCTTAGTGGGTACATCCCTACTTTTGTATCATCGCTCAGTCAACTTGGTGGTCAAGGAGGAGCA
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TCGGTCACGTTACAATGCAGATTCATCAGGAAGTAACAAAGTTCTTTTAGATCAGAATCTTTTAGAAGCCATGCCAACCTCCCCAATCTTTGTGGGGAATAAGGCCAAACGACTTTTGGAGAGAGCTGTCTGGAATGACACTTCCTTTCTTCAGTCGATTGATGTAATGGATTATTCATTACTGGTTGGAGTTGATGAAG
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TCTCCACCTACTATAATCCCCAGTAATTCACAGAATCAGTTGTGTGAAGATCCTGTGCCAATGTCAGCACAAGGAGATGTTGGAGAGTAGGTTGCAAAATCCTCGGCATGGTACCTTTGTTCTGCAGAGATCCTACCATGCTGGCATGATAGCTTTCTAAATCTATACAATTTCAAGGATATCCTTGATGGAAACTAAAG
TCAAGTTTTCTCAGTCTGGGACTAGACTTTGATTTATATAAGCTTGTGATTGGCTTCATTTGCATTCTTACATCGCGGATTGTCAATAATAATTAGAACTGTAAACACAGTACTATAGGCCCTCCAATATGTATCAACACCGCACGCCAATGGAgtgagtaatataaaggctacgttatctgcaaacttgagttacctga
gagaaaatttgtttttagtatttactgtatgatattccacatactttggtttgtttcagATCAATCTGTACAAATGGTCTGAAATATCGTGTAACATACATGTTTAAGGTATATGTATTCTTTATTTTTTACCTTATGGTCCTATGGATGTTATAAGAATTGTGGCCTTGGTAAGCACACATCTGTGCTGGGTTTCTAAA
TGCACTTGCATCTTTCTGTTTTTTAATTGTGTATATGCCAACAGGTTACTAGGCCTTTTCTTTTGGCATAGTTAGATGCTCTTCTTCCACAGCTTCAACTGACAAATGTAACTGCAAAAAAGTAGGTGAAAAATATAGCATTTGGTGGTATACACTGATAAATTATTGTCATTTCCAAAGCAGATGTTGGTGATGAAGAT
TTTGATTTTGTAGGGGTGCAGTGCTTGATTTATCACGTAATATTTGAAAGATATGGAAGGAGGTAAATGGATTCATTAAAGGTATACTCCGTGCACCTCAGATTTATTGCATGTTTCAATTCTCCCTCTCCCTTTATTCTTTTCTTTTTCCTTTCTGGCTTTTGCTTGGAGGTTATATTTTGCATCTTCGATTTATAACA
AGCTTTTGGATTTTGTTCTCACTTTTTTGCCTTGTTGTATTGCAGCGATGTATTGTAGATTGAGCTTATGGTGTTAATGAGTTGGAGATTGGACTAAAAGAGATGGTATTCTGTAGCCATTGTGTGCATGAAGTTGGCATTGCGTTATTGTCTCTCGCTTTTGGAGAAAGACAGAGCACAGTATAGATGATCTAAGTGAT
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Intron 10 GTAGTGTAGC ... AATGGGGCAG

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>TRINITY_DN121817_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

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ACGTCACTTACAGTTCTGCTCTTAGTAATCCAGCTCAAGGTACTGATGGATTTGGGCGAATGCCCGAGAAGAAACAAGATATGCCTTATTCAGGAAGAAGCGCGAATTCTCCATCGATTCTGGAAGGCGGACGTTCTGTTGCCAGTATTTTTGGAACTCCCCTTAATAGGAGTGATGATGAGGATGATGACTATGGTAAG
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AATGAATCTGCCTTCACAAACTGGCATACAGGAAGAAAGCCAACACTCAAGGGTGCCAGAAAGGTCTGGAGAAGAATCAGAGGGTACAGACAATGCTGATGAGTGCAATGATGAAGCATCTATGTTTGACACACAAGGTCCAGATTTAGAGCAGTCAGTGGACATAGAGAAAATCATTGATATATGGATTCCGCCTCAGC
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>TRINITY_DN121817_c0_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

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GGAAATTGGTCCTGCAGCTCCAGCTATTGAAAATGCTCAGTGTGACACCGAACTATCTACCAAGAATAGTTCTTTGGCAGTTCAAACAAGTGTAATGCCACCTGCATTAAAGACAGAGGCTACTGATAACAATTATAGTTTTCAAGATAAAAATGGACCAGAACAGTTGCAAGTGAGTACACCTGTGTCACCAGTGAAAT
CCTTTGATGTTTCAGAGGAATTTGGAAGTTGGATTGGAGTACCTTTTTCTAATTTGTACAAGACCTACAGCAGGGGTTTGCAGGGCTTTTTATCAGGGTCTCCTCTCAGATTTGATTCCCTTAGTGGGTACATCCCTACTTTTGTATCATCGCTCAGTCAACTTGGTGGTCAAGGAGGAGCAAGATTACTGTTGCCCACA
GGTGTCAATGATACAGTTATTGCTATTTATGATGATGAGCCCACCAGCATCATATCTTATGCCCTGACCTCTCATGAATATTATGCCCACGTGTCCGACAAGACAGCTGATAAGAGTAAACAAAGAGAGAAAGATAGGGATAAAGAGAAGGAAACTGGGGATTCATCTTTTACAGATGAAGCTCTTTCATATCCACTTAA
GGCCTTTGATGGTTCCGACGCATCTGATGGCATTCCTAAAGAGAAAAGTTATGGATCTGATGATAGTTTTACATCAGGCAGTAAATGGACTGGAGTGGCAGATCCATTTCTATATACAAAGGCTATGCATGTAAAGGTATCATTTAGTGATGAAAACTCACCTGGAAAAGTAAGGTACACTGTAACTTGTTATTATGCAA
AGCAGTTTGATGCCCTTAGGAGAAAATGTTGCCCAACAGAAATGGATTTTATTCGTTCCCTATGCCGTTGTAAGAAATGGGGAGCACAAGGTGGAAAAAGCAATGTGTTTTTTGCAAAGACTTTGGATGACAGATTCATCATTAAGCAAGTTACAAAGACAGAATTGGAGTCCTTCATCAAGTTTGCCCCAGAATACTTC
AAATATCTTTCAGACTCTTTAAGTACAGGGAGCCCCACATGTCTTGCAAAGGTTCTTGGTATTTATCAGGTTACTACAAAGAATGCAAAAGGTGGAAAGGAGGTTAGGATGGATCTTATGGTAATGGAGAATCTTTTGTTTGGGAGGAATATAACAAGGCTGTATGACCTAAAAGGCTCCTCTCGGTCACGTTACAATGC
AGATTCATCAGGAAGTAACAAAGTTCTTTTAGATCAGAATCTTTTAGAAGCCATGCCAACCTCCCCAATCTTTGTGGGGAATAAGGCCAAACGACTTTTGGAGAGAGCTGTCTGGAATGACACTTCCTTTCTTCAGTCGATTGATGTAATGGATTATTCATTACTGGTTGGAGTTGATGAAGAGCGACATGAACTGGTTT
TGGGCATTATTGATTTTATGCGGCAATACACATGGGACAAACATCTTGAGACTTGGGTGAAAGCCTCTGGTATACTTGGTGGGGGAAAAAATACATCACCAACAGTCATTTCTCCAATGCAGTACAAGAAACGATTCCGAAAAGCAATGTCTACATACTTCCTAATGGTTCCAGATCAGTGGTCTCCACCTACTATAATC
CCCAGTAATTCACAGAATCAGTTGTGTGAAGATCCTGTGCCAATGTCAGCACAAGGAGATGTTGGAGAGTAGGTTGCAAAATCCTCGGCATGGTACCTTTGTTCTGCAGAGATCCTACCATGCTGGCATGATAGCTTTCTAAATCTATACAATTTCAAGGATATCCTTGATGGAAACTAAAGTCAAGTTTTCTCAGTCTG
GGACTAGACTTTGATTTATATAAGCTTGTGATTGGCTTCATTTGCATTCTTACATCGCGGATTGTCAATAATAATTAGAACTGTAAACACAGTACTATAGGCCCTCCAATATGTATCAACACCGCACGCCAATGGAGTGAGTAATATAAAGGCTACGTTATCTGCAAACTTGAGTTACCTGAGAGAAAATTTGTTTTTAG
TATTTACTGTATGATATTCCACATACTTTGGTTTGTTTCAGATCAATCTGTACAAATGGTCTGAAATATCGTGTAACATACATGTTTAAGGTATATGTATTCTTTATTTTTTACCTTATGGTCCTATGGATGTTATAAGAATTGTGGCCTTGGTAAGCACACATCTGTGCTGGGTTTCTAAATGCACTTGCATCTTTCTG
TTTTTTAATTGTGTATATGCCAACAGGTTACTAGGCCTTTTCTTTTGGCATAGTTAGATGCTCTTCTGCCACAGCTTCAACTGACAAATGTAACTGCAAAAAAGTAGGTGAAAAATATAGCATTTGGTGGTATACACTGATAAATTATTATCATTTCCAAAGCAGATGTTGGTGATGAAGATTTTGATTTTGTAGGGGTG
CAGTGCTTGATTTATCACGTAATATTTGAAAGATATGGAAGGAGGTAAATGGATTCATTAAAGCGATGTATTGTAGAATGAGCTTATTGTGTCAATGAGTTGGAGATTGGACTAAAAGAGATGGTATTCTGTAGCCATTGTGTGCATGAAGTTGGCATTGCGTTATTGTCTCTCGCTTTTGGAGAAAGACAGAGCACAGT
ATAGATGATCTAAGTGATGCATTTGGGTGACTAAAAAACTCATGGGAAAGATGAGGGCTCTAAGGTTATTGATGCTTGCCATCTGAAACTATTGGATTTCCTCTACAAAGATGTTTTACATAAGATTTGAATTACCATGTATTTACATTGTTTCACAGGTTTAATGCTTCAAGTTGTCCGTGCATGCTATTTCTTTGCAT
GTGGACAGAAAAGTGTATTTGATGTAAGAAAAGCATTATCATACTAAATTTAATGGGAAA

Intron 11 GTTGGCCATA ... TTGATGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A9	16.96	333	72.2	68
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>TRINITY_DN111115_c3_g1_i14 from sample A5 / Example spliced isoform

CTTGCCTTTGCGTGTGGATTCCCTTTACACAATCATTCATTTCTTATTATTCATTGATGGTTCGATGCCTACGCTCAACGAGGACCCACGGTTGCCCTGGGTTCGAATCCCCTGGACTCGCTTTCTCCACTTTCGGCCTCCCAGATTCCCTTCTCCTCTCCATCCTTCCGGGGCCTAACGTCCCACCGTCATCTGTGCGG
TCTTGGAACTCATGCGCATTATTTGCCCGTTCGTTCGTCCGTCCGGAGTCTTTCACAGCGCGAGGCTCCTCCTTCTCTTTGCCTGCAAGAAAACATAGTTCCTGGCGCTGTCCGTTGCAGGAGACTGCGAAGTGCCACGGCAAGCGTATTTCGAATTGAAGAAATTGCTCATCTCTGAGTAGGTTTTCGGAATTCAAGAA
ACTAATTAGATAGGGTTTATAGGGTTTGTGCAAAATTGGAGGGGGAGAATCCGGCGTTTTATCGCAGAGACTCGATACCAGGGTTTTAGTGGAAGCAAACGCGTAGTTCATCATGACAGTAGGGCTTTCATGGTAGATGAGAAAGACAGAAGCCGCTCTGTATGGTGTATTTAACAAGGCGAGGTCATGGATTCCCCAGA
TGGCTGAAGCGTCTACGGTTTCGAGGGACTATTGGATGCCGGATCAGAGCTGCAGGGTTTGTTATGATTGTGAGTCGCAGTTTACGATCTTCAATCGGCGGCACCATTGCCGGATTTGTGGCAAGGTTTTTTGCGGGAGGTGTACAGTGAATACAATTCCTGCTTCTGTTGTCGATGATTGGAAATATGATCACGAAGAG
GGTGAGCGTATTAGGGTTTGCAGCTATTGTTTCAAGATACGGAAGAAACAGATGACAGCTTCAGAATATGATGGAATTCAATTGTTGTCTCCAGGGATCAGTCCTTCGCCTTCTGTCACAAGTTTATCCAGTAGTAAGTCAAGCGGCAGCGATAGCGGCGTTAACGTCTTTGGCGCTATGCCTTTTTCAACCGTGCCTTA
TCAGCACGTCACTTACAATTCTGCTCTTAGTAATCCAGCTCAAGGTACTGATGGATTTGGGCGAATGCCCGAGAAGAAACAAGATATGCCTTATTCAGGAAGAAGCGCGAATTCTCCATCGATTCTGGAAGGCGGACGTTCTGTTGCCAGTATTTTTGGAACTCCCCTTAATAGGAGTGATGATGAGGATGATGACTATG
GTAAGATGTCTGAGGATCCTGAATGGCAGATTTCTAGACAAACAGAAGAATACTTTCAGAACAACTTTAACTTAGCTCATGATCCTGGATACAATTTCAATGAGATTCATCCTGTTGGTTATAGCTCCCAAAATTCCCTGCACTCAGGGATCCTGGAAACTGGGCTGAGTTATAAAACCAAAAACTCCGATGAGCATGTC
GAGGGAATGAATCTGCCTTCACAAACTGGCATACAGGAAGAAAGCCAACACTCAAGGGTGCCAGAAAGGTCTGGAGAAGAATCAGAGGGTACAGACAATGCTGATGAGTGCAATGATGAAGCATCTATGTTTGACACACAAGGTCCAGATTTAGAGCAGTCAGTGGACATAGAGAAAATCATTGATATATGGATTCCGCC
TCAGCCAGAAGACGAACAAGATGAAAAGGAGACTGGTGTGTTTGATGATGAAGATGACGACGACGATGGTAGTTGGGGTTTGCCCCGTTCCACTGGCAGCTTTAGTGACAGTGAATACAAGAGTAAAGAGAGATCAAGTGAGGAGTATAGGAAGGCTATGAGGTCTGTAGTAGATGGTCACTTTAGGGCTCTTGTAGCAC
AACTTCTCAAGGGAGAGGATGTTCCTATAGGTGAAGAGAATCACAGGGACAGCTGGCTGGAAATAGTCACTTCATTGTCGTGGCAAGCTGCGAGTCTCGTCAAGCCAGACACTAGCAAGGGAGGAGGAATGGATCCGGGGGGGTATGTGAAGGTCAAGTGCATTGCAAGCGGTCGCTCTTATGAAAGTGAGGTGATCAAG
GGAGTTGCTTGCAAGAAGAATGTAGCACATAGGCGTATGACATCAAAGTACAAGAATGCCCGACTGCTGCTTCTTGGAGGAGCTTTAGAATATCAGCGAGTCTCAAATCAGCTGTCATCTCTTGATACTCTGCTTCAACAAGTAATATTAATCTTGCTTTTGTTTTATCACCTATAGATGAACTATAGATCTCTATACAT
TGATTGTGTTTGCTCTCTTATTGTAGGAAATGGAACATCTGAAAATGACCGTGACAAAGATAGAAGCTCATCATCCTAATGTGCTGCTGGTTGAGAAAACTGTGTCCCGTTATGCACAAGAGTATTTGCTGGCAAAAGAGATATCTTTGGTATTGAATATCAAAAGGCCTCTATTGGAGCGTATAGCCCGTTGCACAGGG
GCACAGATTGTACCTTCTGTTGATAATCTGACTGCACCAAAATTAGGACACTGTGAATTCTTTCGTGTGGAAAAGTTCTTGGAGGAGCATGGCAGTGCTGGTCAGGCAGGAAAAAAATCATTGAAAACCCTGATGTTCTTTGACGGTTGCCCAAAGCCTTTGGGTTGCACGGTATTGCTCAAGGGTGCAAATGGTGATGT
ATTAAAGAAAGTCAAACGTGTTGTTCAATATGCTATCTTTGCAGCTTATCATTTAGCTCTTGAAACTTCTTTCCTTGCAGATGAGGGTGCCACCCTTCCTGAACTTCCCCTGAAATCTCCCATAACTGTTGCACTGCCAGACAAGCAATCGAGTTTGGATAGGTCAATTTCAATGATACCTGGATTTGTGACTCCTGCTT
CAGGGCAGGCACACACAGGAGAAGTACAATGCCATAAATTCCACAAAAGTAGTATGCCAGGTACGTGCAGCCTACCATGTAACTCATCAAACTTGAACAAGGGAGGTCCCCAACCTCCTGTTAATTCTGAGGGATTAATGGAGGGAGGGCCCCAACCTCCCATTAGCACTACTACTGGAATTGCTGGACTGCGTCAAATA
ACTATTGGTTCCAACCCTTCTTGTGCAAGTGGTGTATTGATTTATGATACTGGGGTCAAACAACAAGAGATAAATTCAAGTCAAAATTCTTTTCCTCCAGCTTCTTCTGGGGGGCATTCAATATCTGGGTTATTATCTACTAAAAATCAAGTTTTGAAAGCAGCTGGAACCCATGTGGACTTGAGTTCATATGAAGCCGG
TACTTGTTATTTTGGATTTGAAGATAAGATGTTAGATGGTATAGGTAAAGTTGATGGCTCAACTCTTTCAGTTCCTTCTGGATCTCCTCTTGAGAACCAAATGAGTGCGGAGGAAAAGCCTCATGAACTGCAGTGGGAGAATGAGGAAAAAAATGATGATCAAGTCGATCCTAAGTTAATTTTGGATCATAAAGTAACAC
GGTGTGAGACCCAAGATTCGGTACATTGTGAGGGACAAGGACTCTCTAAAGAAGACTTTCCACCTTCCCCTTCTGATCAACAGAGTATTTTGGTTTCATTGTCGACTCGCTGTGTGTGGAAGGGAACAATATGTGAACGTGCTCATCTCTTGCGCATAAAATACTATGGGAGCTCGGACAAGCCTTTGGGAAAGTTCTTG
AGGGATGATTTATTCAACCAGAGTTATCGGTGTCGTTCCTGTGATGCACCAACAGAAGCTCATGTGCATTGTTATACTCATAAGCAAGGTAGCCTCACAATATCTGTCAAACGTCTTAGTGAGATCATTTTACCAGGTGAAAGGGAGGGGAAAATATGGATGTGGCATCTATGTCTCAAATGTGCATGCAAATGTAAAGC
TCCACAGCCAACTCGAAGAGTAGTGATGTCGGATGCTGCATGGGGTTTATCCTTTGGAAAATTTCTGGAGCTTAGTTTCTCCAACCATGCTGCAGCAAGTAGAGTGGCCAGCTGTGGCCATTCCTTACATAGAGACTGCCTTCGCTTTTATGGGTTTGGAAGAATGGTAGCGTGCTTCCGCTATGCTTCTATACATGTCC
ATTCTGTGCATTTGCCACCTCCAAAATTAGAATTTAATGATCCAAACCAACAAGATTGGCTCACGAACGAGGCAGCAGTGGTTGCAGATGGGGCAGAATTGTTTTTCGCTGAGGTATTTGATTCCCTCCGACAAATCGGTGAGAAAATTGCAAACTCTGGTTCCTTCTATGCAGGCATAAAGGTTCCAGAATTCAGGAGA
CGCATTGCAGAATTAGAAGGGATGTTGCAGAAAGAGAAGACTGAGTTTGAGGATTTGCTAAAAAAGGCTTCAACAAAAGATTGGCAGCCAGGACAACCTGTTGCTGATATTTTAGAGTTGAATCGTTTGAGGCGTCGGCTTATTTTTGAATCTTATGTATGGGACCATCGCCTCCGGTTTTTGGATTCATCTCTTAGAGT
TAAAAGGTCAATTGCTGGTTCAGATTCTAGTCTAGCAGAACAGCTTAATCCACATTTGCAAAAGAACATTGATTCTAATTTATCTGAAAAACTTGTAGAGAGTAAAAGAACAGAAAAAGATGATAGTGATCCTAGTAAAGTTGTTGTTTCAAAGGTTGGGAGCAATGGCTGTCAGCTGGATGGAAGTTCCCAGGACAGTT
CTAGTAGTCCTTACATTCTACAGTTTGAGGATGTTCATATTAACAACACACAAGTTACCAATGATGGTGTCATACGGGCCTCAAGTAATCTTGAAAGCTCCCAGTATCCTTTGTTGGTGGATCATCTCACAAGCGTTAAGGACACAGATGAAAGATTTGGCGTAGTTGGAAAAATTACCGAGGTGATAGAAAATCAAAGG
CCTCATTTAGTGGAACATATGGAAACAAATGTAAATAATTCCATTACAGTTTTGAGCACAGTTGAGAAGCCCCTCACAGATCCTGATCTCTGCAAACATGTGAATGGAAATGGTGCCAATGGACCTTTGCCAGAAAATAAATATATAGAAACGGACATTGGTGATAAAACAGAAGTTGTTGAAGGTGATCTGGGAGTTCG
TAGGACATTATCAGAGGGGAATTTCCCAATCCTGGCTGATCTATCGGAGACATTAGATGCAGCATGGACTGGCGAGGGTCAATCAGTAATAGCTCAGGCTGTTCATGTAACATCACAGGGCCAGGAAATTGGTCCTGCAGCTCCAGCTATTGAAAATGCTCAGTGTGACACCGAACTATCTACCAAGAATAGTTCTTTGG
CAGTTCAAACAAGTGTAATGCCACCTGCATTAAAGACAGAGGCTACTGATAACAATTATAGTTTTCAAGATAAAAATGGACCAGAACAGTTGCAAGTGAGTACACCCGTGTCACCAGTGAAATCCTTTGATGTTTCAGAGGAATTTGGAAGTTGGATTGGAGTACCTTTTTCTAATTTGTACAAGACCTACAGCAGGGGT
TTGCAGGGCTTTTTATCAGGGTCTCCTCTCAGATTTGATTCCCTTAGTGGGTACATCCCTACTTTTGTATCATCGCTCAGTCAACTTGGTGGTCAAGGAGGAGCAAGATTACTGTTGCCCACAGGTGTCAATGATACAGTTATTGCTATTTATGATGATGAGCCCACCAGCATCATATCTTATGCCCTGACCTCTCATGA
ATATTATGCCCACGTGTCCGACAAGACAGCTGATAAGAGTAAACAAAGAGAGAAAGATAGGGATAAAGAGAAGGAAACTGGGGATTCATCTTTTACAGATGAAGCTCTTTCATATCCACTTAAGGCCTTTGATGGTTCTGACGCATCTGATGGCATTCCTAAAGAGAAAAGTTATGGATCTGATGATAGTTTTACATCAG
GCAGTAAATGGACTGGAGTGGCAGATCCATTTCTATATACAAAGGCTATGCATGTAAAGGTATCATTTAGTGATGAAAACTCACCTGGAAAAGTAAGGTACACTGTAACTTGTTATTATGCAAAGCAGTTTGATGCCCTTAGGAGAAAATGTTGCCCAACAGAAATGGATTTTATTCGTTCCCTATGCCGTTGTAAGAAA
TGGGGAGCACAAGGTGGAAAAAGCAATGTGTTTTTTGCAAAGACTTTGGATGACAGATTCATCATTAAGCAAGTTACAAAGACAGAATTGGAGTCCTTCATCAAGTTTGCCCCAGAATACTTCAAATATCTTCCAGACTCTTTAAGTACAGGGAGCCCCACATGTCTTGCAAAGGTTCTTGGTATTTATCAGGTTACTAC
AAAGAATGCAAAAGGTGGAAAGGAGGTTAGGATGGATCTTATGGTAATGGAGAATCTTTTGTTTGGGAGGAATATAACAAGGCTGTATGACCTAAAAGGCTCCTCTCGGTCACGTTACAATGCAGATTCATCAGGAAGTAACAAAGTTCTTTTAGATCAGAATCTTTTAGAAGCCATGCCAACCTCCCCAATCTTTGTGG
GGAATAAGGCCAAACGACTTTTGGAGAGAGCTGTCTGGAATGACACTTCCTTTCTTCAGTCGATTGATGTAATGGATTATTCATTACTGGTTGGAGTTGATGAAGAGCGACATGAACTGGTTTTGGGCATTATTGATTTTATGCGGCAATACACATGGGACAAACATCTTGAGACTTGGGTGAAAGCCTCTGGTATACTT
GGTGGGGGAAAAAATACATCACCAACAGTCATTTCTCCAATGCAGTACAAGAAACGATTCCGAAAAGCAATGTCTACATACTTCCTAATGGTTCCAGATCAGTGGTCTCCACCTACTATAATCCCCAGTAATTCACAGAATCAGTTGTGTGAAGATCCTGTGCCAATGTCAGCACAAGGAGATGTTGGAGAGTAGGTTGC
AAAATCCTCGGCATGGTACCTTTGTTCTGCAGAGATCCTACCATGCTGGCATGATAGCTTTCTAAATCTATACAATTTCAAGGATATCCTTGATGGAAACTAAAATCAAGTTTTCTCAGTCTGGGACTAGACTTTGATTTATATAAGCTTGTGATTGGCTTCATTTGCATTCTTACATCGCGGATTGTCAATAATAATTA
GAACTGTAAACACAGTACTATAGGCCCTCCAATATGTATCAACACCGCACGCCAATGGAGTGAGTAATATAAAGGCTACGTTATCTGCAAACTTGAGTTACCTGAGAGAAAATTTGTTTTTAGTATTTACTGTATGATATTCCACATACTTTGGTTTGTTTCAGATCAATCTGTACAAATGGTCTGAAATATCGTGTAAC
ATACATGTTTAAGGTATATGTATTCTTTATTTTTTACCTTATGGTCCTATGGATGTTATAAGAATTGTG

>TRINITY_DN111115_c3_g1_i16 from sample A5 / Example unspliced isoform:

AGGTTCTTGGTATTTATCAGgttggccataggtcttcatttaattttgcttctccttgttgaattggttttcagagataatttgatttagtatctgattgctgtactgggtttgcaatctttattctggggttctgctgtttcttcatggtgaactgtttagatgcttcataatatgcttgttgatggcagGTTACTACA
AAGAATGCAAAAGGTGGAAAGGAGGTTAGGATGGATCTTATGGTAATGGAGAATCTTTTGTTTGGGAGGAATATAACAAGGCTGTATGACCTAAAAGGCTCCTCTCGGTCACGTTACAATGCAGATTCATCAGGAAGTAACAAAGTTCTTTTAGATCAGAATCTTTTAGAAGCCATGCCAACCTCCCCAATCTTTGTGGG
GAATAAGGCCAAACGACTTTTGGAGAGAGCTGTCTGGAATGACACTTCCTTTCTTCAGTCGATTGATGTAATGGATTATTCATTACTGGTTGGAGTTGATGAAGAGCGACATGAACTGGTTTTGGGCATTATTGATTTTATGCGGCAATACACATGGGACAAACATCTTGAGACTTGGGTGAAAGCCTCTGGTATACTTG
GTGGGGGAAAAAATACATCACCAACAGTCATTTCTCCAATGCAGTACAAGAAACGATTCCGAAAAGCAATGTCTACATACTTCCTAATGGTTCCAGATCAGTGGTCTCCACCTACTATAATCCCCAGTAATTCACAGAATCAGTTGTGTGAAGATCCTGTGCCAATGTCAGCACAAGGAGATGTTGGAGAGTAGGTTGCA
AAATCCTCGGCATGGTACCTTTGTTCTGCAGAGATCCTACCATGCTGGCATGATAGCTTTCTAAATCTATACAATTTCAAGGATATCCTTGATGGAAACTAAAATCAAGTTTTCTCAGTCTGGGACTAGACTTTGATTTATATAAGCTTGTGATTGGCTTCATTTGCATTCTTACATCGCGGATTGTCAATAATAATTAG
AACTGTAAACACAGTACTATAGGCCCTCCAATATGTATCAACACCGCACGCCAATGGAGTGAGTAATATAAAGGCTACGTTATCTGCAAACTTGAGTTACCTGAGAGAAAATTTGTTTTTAGTATTTACTGTATGATATTCCACATACTTTGGTTTGTTTCAGATCAATCTGTACAAATGGTCTGAAATATCGTGTAACA
TACATGTTTAAGGTATATGTATTCTTTATTTTTTACCTTATGGTCCTATGGATGTTATAAGAATTGTG

Intron 12 GTATGCTGTC ... TGTTTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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>TRINITY_DN109105_c2_g1_i5 from sample A4 / Example spliced isoform

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GCGGTCTTGGAACTCATGCGCATTATTTGCCCGTTCGTTCGTCCGTCCGGAGTCTTTCACAGCGCGAGGCTCCTCCTTCTCTGTGCCTGCAAGAAAACATAGTTCCTGGCGCTGTCCGTTGCAGGAGACTGCGAAGTGCCACGGCAAGCGTATTTCGAATTGAAGAAATTGCTCATCTCTGAGTAGGTTTTCGGAATTCA
AGAAACTAATTAGATAGGGTTTATAGGGTTTGTGCAAAATTGGAGGGGGAGAATCCGGCGTTTTATCGCAGAGACTCGATACCAGGGTTTTAGTGGAAGCAAACGCGTAGTTCATCATGACAGTAGGGCTTTCATGGTAGATGAGAAAGACAGAAGCCGCTCTGTATGGTGTATTTAACAAGGCGAGGTCATGGATTCCC
CAGATGGCTGAAGCGTCTACGGTTTCGAGGGACTATTGGATGCCGGATCAGAGCTGCAGGGTTTGTTATGATTGTGAGTCGCAGTTTACGATCTTCAATCGGCGGCACCATTGCCGGATTTGCGGCAAGGTTTTTTGCGGGAGGTGTACAGTGAATACAATTCCTGCTTCTGTTGTCGATGATTGGAAGTATGATCACGA
AGAGGGTGAGCGTATTAGGGTTTGCAGCTATTGTTTCAAGATACGGAAGAAACAGATGACAGCTTCAGAATATGATGGAATTCAATTGTTGTCTCCAGGGATCAGTCCTTCGCCTTCTGTCACAAGTTTATCCAGTAGTAAGTCAAGCGGCAGCGATAGCGGCGTTAACGTCTTTGGCGCTATGCCTTTTTCAACCGTGC
CTTATCAGCACGTCACTTACAGTTCTGCTCTTAGTAATCCAGCTCAAGGTACTGATGGATTTGGGCGAATGCCCGAGAAGAAACAAGATATGCCTTATTCAGGAAGAAGCGCGAATTCTCCATCGATTCTGGAAGGCGGACGTTCTGTTGCCAGTATTTTTGGAACTCCCCTTAATAGGAGTGATGATGAGGATGATGAC
TATGGTAAGATGTCTGAGGATCCTGAATGGCAGATTTCTAGACAAACAGAAGAATACTTTCAGAACAACTTTAACTTAGCTCATGATCCTGGATACAATTTCAATGAGATTCATCCTGTTGGTTATAGCTCCCAAAATTCCCTGCACTCAGGGATCCTGGAAACTGGGCTGAGTTATAAAACCAAAAACTCCGATGAGCA
TGTCGAGGGAATGAATCTGCCTTCACAAACTGGCATACAGGAAGAAAGCCAACACTCAAGGGTGCCAGAAAGGTCTGGAGAAGAATCAGAGGGTACAGACAATGCTGATGAGTGCAATGATGAAGCATCTATGTTTGACACACAAGGTCCAGATTTAGAGCAGTCAGTGGACATAGAGAAAATCATTGATATATGGATTC
CGCCTCAGCCAGAAGACGAACAAGATGAAAAGGAGACTGGTGTGTTTGATGATGAAGATGATGACGATGATGGTAGTTGGGGTTTGCCCCGTTCCACTGGCAGCTTTAGTGACAGTGAATACAAGAGTAAAGAGAGATCAAGTGAGGAGTATAGGAAGGCTATGAGGTCTGTAGTAGATGGTCACTTTAGGGCTCTTGTA
GCACAACTTCTCAAGGGAGAGGATGTTCCTATAGGTGAAGAGAATCACAGGGACAGCTGGCTGGAAATAGTCACTTCATTGTCGTGGCAAGCTGCGAGTCTCGTCAAGCCAGACACTAGCAAGGGAGGAGGAATGGATCCGGGGGGGTATGTGAAGGTCAAGTGCATTGCAAGCGGTCGCTCTTATGAAAGTGAGGTGAT
CAAGGGAGTTGCTTGCAAGAAGAATGTAGCACATAGGCGGATGACATCAAAGTACAAGAATGCCCGACTGCTGCTTCTTGGAGGAGCTTTAGAATATCAGCGAGTCTCAAATCAGCTGTCATCTCTTGATACTCTGCTTCAACAAGAAATGGAACATCTGAAAATGACCGTGACAAAGATAGAAGCTCATCATCCTAATG
TGCTGCTGGTTGAGAAAACTGTGTCCCGTTATGCACAAGAGTATTTGCTGGCAAAAGAGATATCTTTGGTATTGAATATCAAAAGGCCTCTATTGGAGCGTATAGCCCGTTGCACAGGGGCACAGATTGTACCTTCTGTTGATAATCTGACTGCACCAAAATTAGGACACTGTGAATTCTTTCGTGTGGAAAAGTTCTTG
GAGGAGCATGGCAGTGCTGGTCAGGCAGGAAAAAAATCATTGAAAACCCTGATGTTCTTTGACGGTTGCCCAAAGCCTTTGGGTTGCACGGTATTGCTCAAGGGTGCAAATGGTGATGTATTAAAGAAAGTCAAACGTGTTGTTCAATATGCTATCTTTGCAGCTTATCATTTAGCTCTTGAAACTTCTTTCCTTGCAGA
TGAGGGTGCCACCCTTCCTGAACTTCCCCTGAAATCTCCCATAACTGTTGCACTGCCAGACAAGCAATCGAGTTTGGATAGGTCAATTTCAATGATACCTGGATTTGTGACTCCTGCTTCAGGGCAGGCACACACAGGAGAAGTACAATGCCATAAATTCCACAAAAGTAGTATGCCAGGTATGTGCAGCCTACCATGTA
ACTCATCAAACTTGAACAAGGGAGGTCCCCAACCTCCTGTTAATTCTGAGGGATTAATGGAGGGAGGGCCCCAACCTCCCATTAGCACTACTACTGGAATTGCTGGACTGCGTCAAATAACTATTGGTTCCAACCCTTCTTGTGCAAGTGGTGTATTGATTTATGATACTGGGGTCAAACAACAAGAGATAAATTCAAGT
CAAAATTCTTTTCCTCCAGCTTCTTCTGGGGGGCATTCAATATCTGGGTTATTATCTACTAAAAATCAAGTTTTGAAAGCAGCTGGAACCCATGTGGACTTGAGTTCATATGAAGCCGGTACTTGTTATTTTGGATTTGAAGATAAGATGTTAGATGGTATAGGTAAAGTTGATGGCTCAACTCTTTCAGTTCCTTCTGG
ATCTCCTCTTGAGAACCAAATGAGTGCGGAGGAAAAGCCTCATGAACTGCAGTGGGAGAATGAGGAAAAAAATGATGATCAAGTCGATCCTAAGTTAATTTTGGATCATAAAGTAACACGGTGTGAGACCCAAGATTCGGTACATTGTGAGGGACAAGGACTCTCTAAAGAAGACTTTCCACCTTCCCCTTCTGATCAAC
AGAGTATTTTGGTTTCATTGTCGACTCGCTGTGTGTGGAAGGGAACAATATGTGAACGTGCTCATCTCTTGCGCATAAAATACTATGGGAGCTCGGACAAGCCTTTGGGAAAGTTCTTGAGGGATGATTTATTCAACCAGAGTTATCGGTGTCGTTCCTGTGATGCACCAACAGAAGCTCATGTGCATTGTTATACTCAT
AAGCAAGGTAGCCTCACAATATCTGTCAAACGTCTTAGTGAGATCATTTTACCAGGTGAAAGGGAGGGGAAAATATGGATGTGGCATCTATGTCTCAAATGTGCATGCAAATGTAAAGCTCCACAGCCAACTCGAAGAGTAGTGATGTCGGATGCTGCATGGGGTTTATCCTTTGGAAAATTTCTGGAGCTTAGTTTCTC
CAACCATGCTGCAGCAAGTAGAGTGGCCAGCTGTGGCCATTCCTTACATAGAGACTGCCTTCGCTTTTATGGGTTTGGAAGAATGGTAGCGTGCTTCCGCTATGCTTCTATACATGTCCATTCTGTGCATTTGCCACCTCCAAAATTAGAATTTAATGATCCAAACCAACAAGATTGGCTCACGAACGAGGCAGCAGTGG
TTGCAGATGGGGCAGAATTGTTTTTCGCTGAGGTATTTGATTCCCTCCGACAAATCGGTGAGAAAATTGCAAACTCTGGTTCCTTCTATGCAGGCATAAAGGTTCCAGAATTCAGGAGACGCATTGCAGAATTAGAAGGGATGTTGCAGAAAGAGAAGACTGAGTTTGAGGATTTGCTAAAAAAGGCTTCAACAAAAGAT
TGGCAGCCAGGACAACCTGTTGCTGATATTTTAGAGTTGAATCGTTTGAGGCGTCGGCTTATTTTTGAATCTTATGTATGGGACCATCGCCTCCGGTTTTTGGATTCATCTCTTAGAGTTAAAAGGTCAATTGCTGGTTCAGATTCTAGTCTAGCAGAACAGCTTAATCCACATTTGCAAAAGAACATTGATTCTAATTT
ATCTGAAAAACTTGTAGAGAGTAAAAGAACAGAAAAAGATGATAGTGATCCTAGTAAAGTTGTTGTTTCAAAGGTTGGGAGCAATGGCTGTCAGCTGGATGGAAGTTCCCAGGACAGTTCTAGTAGTCCTTACATTCCACAGTTTGAGGATGTTCATATTAACAACACACAAGTTACCAATGATGGTGTCATACGGGCCT
CAAGTAATCTTGAAAGCTCCCAGTATCCTTTGTTGGTGGATCATCTCACAAGCGTTAAGGACACAGATGAAAGATTTGGTGTAGTTGGAAAAATTACCGAGGTGATAGAAAATCAAAGGCCTCATTTAGTGGAACATATGGAAAAAAATGTAAATAATTCCATTACAGTTTTGAGCACAGTTGAGAAGCCCCTCACAGAT
CCTGATCTCTGCAAACATGTGAATGGAAATGGTGCCAATGGACCTTTGCCAGAAAATAAATATATAGAAATGGACATTGGTGATAAAACAGAAGTTGTTGAAGGTGATCTGGGAGTTCGTAGGACATTATCAGAGGGGAATTTCCCAATCCTGGCTGATCTATCGGAGACATTAGATGCAGCATGGACTGGCGAGGGTCA
ATCAGTAATAGCTCAGGCTGTTCATGTAACATCACAGGGCCAGGAAATTGGTCCTGCAGCTCCAGCTATTGAAAATGCTCAGTGTGACACCGAACTATCTACCAAGAATAGTTCTTTGGCAGTTCAAACAAGTGTAATGCCACCTGCATTAAAGACAGAGGCTACTGATAACAATTATAGTTTTCAAGATAAAAATGGAC
CAGAACAGTTGCAAGTGAGTACACCTGTGTCACCAGTGAAATCCTTTGATGTTTCAGAGGAATTTGGAAGTTGGATTGGAGTACCTTTTTCTAATTTGTACAAGACCTACAGCAGGGGTTTGCAGGGCTTTTTATCAGGGTCTCCTCTCAGATTTGATTCCCTTAGTGGGTACATCCCTACTTTTGTATCATCGCTCAGT
CAACTTGGTGGTCAAGGAGGAGCAAGATTACTGTTGCCCACAGGTGTCAATGATACAGTTATTGCTATTTATGATGATGAGCCCACCAGCATCATATCTTATGCCCTGACCTCTCATGAATATTATGCCCACGTGTCCGACAAGACAGCTGATAAGAGTAAACAAAGAGAGAAAGATAGGGATAAAGAGAAGGAAACTGG
GGATTCATCTTTTACAGATGAAGCTCTTTCATATCCACTTAAGGCCTTTGATGGTTCTGACGCATCTGATGGCATTCCTAAAGAGAAAAGTTATGGATCTGATGATAGTTTTACATCAGGCAGTAAATGGACTGGAGTGGCAGATCCATTTCTATATACAAAGGCTATGCATGTAAAGGTATCATTTAGTGATGAAAACT
CACCTGGAAAAGTAAGGTACACTGTAACTTGTTATTATGCAAAGCAGTTTGATGCCCTTAGGAGAAAATGTTGCCCAACAGAAATGGATTTTATTCGTTCCCTATGCCGTTGTAAGAAATGGGGAGCACAAGGTGGAAAAAGCAATGTGTTTTTTGCAAAGACTTTGGATGACAGATTCATCATTAAGCAAGTTACAAAG
ACAGAATTGGAGTCCTTCATCAAGTTTGCCCCAGAATACTTCAAATATCTTCCAGACTCTTTAAGTACAGGGAGCCCCACATGTCTTGCAAAGGTTCTTGGTATTTATCAGGTTACTACAAAGAATGCAAAAGGTGGAAAGGAGGTTAGGATGGATCTTATGGTAATGGAGAATCTTTTGTTTGGGAGGAATATAACAAG
GCTGTATGACCTAAAAGGCTCCTCTCGGTCACGTTACAATGCAGATTCATCAGGAAGTAACAAAGTTCTTTTAGATCAGAATCTTTTAGAAGCCATGCCAACCTCCCCAATCTTTGTGGGGAATAAGGCCAAACGACTTTTGGAGAGAGCTGTCTGGAATGACACTTCCTTTCTTCAGTCGATTGATGTAATGGATTATT
CATTACTGGTTGGAGTTGATGAAGAGCGACATGAACTGGTTTTGGGCATTATTGATTTTATGCGGCAATACACATGGGACAAACATCTTGAGACTTGGGTGAAAGCCTCTGGTATACTTGGTGGGGGAAAAAATACATCACCAACAGTCATTTCTCCAATGCAGTACAAGAAACGATTCCGAAAAGCAATGTCTACATAC
TTCCTAATGGTTCCAGATCAGTGGTCTCCACCTACTATAATCCCCAGTAATTCACAGAATCAGTTGTGTGAAGATCCTGTGCCAATGTCAGCACAAGGAGATGTTGGAGAGTAGGTTGCAAAATCCTCGGCATGGTACCTTTGTTCTGCAGAGATCCTACCATGCTGGCATGATAGCTTTCTAAATCTATACAATTTCAA
GGATATCCTTGATGGAAACTAAAGTCAAGTTTTCTCAGTCTGGGACTAGACTTTGATTTATATAAGCTTGTGATTGGCTTCATTTGCATTCTTACATCGCGGATTGTCAATAATAATTAGAACTGTAAACACAGTACTATAGGCCCTCCAATATGTATCAACACCGCACGCCAATGGAGTGAGTAATATAAAGGCTACGT
TATCTGCAAACTTGAGTTACCTGAGAGAAAATTTGTTTTTAGTATTTACTGTATGATATTCCACATACTTTGGTTTGTTTCAGATCAATCTGTACAAATGGTCTGAAATATCGTGTAACATACATGTTTAAGGTATATGTATTCTTTATTTTTTACCTTATGGTCCTATGGATGTTATAAGAATTGTGGCCTTGGTAAGC
ACACATCTGTGCTGGGTTTCTAAATGCACTTGCATCTTTCTGTTTTTTAATTGTGTATATGCCAACAGGTTACTAGGCCTTTTCTTTTGGCATAGTTAGATGCTCTTCTTCCACAGCTTCAACTGACAAATGTAACTGCAAAAAAGTAGGTGAAAAATATAGCATTTGGTGGTATACACTGATAAATTATTATCATTTCC
AAAGCAGATGTT

>TRINITY_DN109105_c2_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:

AAACGTTGCCTTTGCGTGTGGATTCCCTTTACACAATCATTCATTTCTTATTATTCATTGATGGTTCGATGCCTACGCTCAACGAGGACCCACGGTTGCCCTGGGTTCGAATCCCCTGGACTCGCTTTCTCCACTTTCGGCCTCCCAGATTCCCTTCTCCTCTCCATCCTTCCGGGGCCTAACGTCCCACCGTCATCTGT
GCGGTCTTGGAACTCATGCGCATTATTTGCCCGTTCGTTCGTCCGTCCGGAGTCTTTCACAGCGCGAGGCTCCTCCTTCTCTGTGCCTGCAAGAAAACATAGTTCCTGGCGCTGTCCGTTGCAGGAGACTGCGAAGTGCCACGGCAAGCGTATTTCGAATTGAAGAAATTGCTCATCTCTGAGTAGGTTTTCGGAATTCA
AGAAACTAATTAGATAGGGTTTATAGGGTTTGTGCAAAATTGGAGGGGGAGAATCCGGCGTTTTATCGCAGAGACTCGATACCAGGGTTTTAGTGGAAGCAAACGCGTAGTTCATCATGACAGTAGGGCTTTCATGGTAGATGAGAAAGACAGAAGCCGCTCTGTATGGTGTATTTAACAAGGCGAGGTCATGGATTCCC
CAGATGGCTGAAGCGTCTACGGTTTCGAGGGACTATTGGATGCCGGATCAGAGCTGCAGGGTTTGTTATGATTGTGAGTCGCAGTTTACGATCTTCAATCGGCGGCACCATTGCCGGATTTGCGGCAAGGTTTTTTGCGGGAGGTGTACAGTGAATACAATTCCTGCTTCTGTTGTCGATGATTGGAAGTATGATCACGA
AGAGGGTGAGCGTATTAGGGTTTGCAGCTATTGTTTCAAGATACGGAAGAAACAGATGACAGCTTCAGAATATGATGGAATTCAATTGTTGTCTCCAGGGATCAGTCCTTCGCCTTCTGTCACAAGTTTATCCAGTAGTAAGTCAAGCGGCAGCGATAGCGGCGTTAACGTCTTTGGCGCTATGCCTTTTTCAACCGTGC
CTTATCAGCACGTCACTTACAGTTCTGCTCTTAGTAATCCAGCTCAAGGTACTGATGGATTTGGGCGAATGCCCGAGAAGAAACAAGATATGCCTTATTCAGGAAGAAGCGCGAATTCTCCATCGATTCTGGAAGGCGGACGTTCTGTTGCCAGTATTTTTGGAACTCCCCTTAATAGgtatgctgtcatttactttcct
caaactgtatgtcatgaactctgtcaactgctttcccagaaacttgaatagaagacctgtttctggtttcgtttccgttccagtcctcgctactattaccttctttacattaaatcagcacattgataacaattgcgagagatgggtggtttacgcagtactacattcaccgaaatctttgccaattcggaaactggctt
tgggatgccggtcgttggggtgatacgatagcaccctccctcactccagtaataaatttgcacagagctgcttgtgtgctttcttggtcccaatttcctgtggtcgttgtctttgtaacgtcttctttaaatgcaagcatactagaccactgtggggttgcccttgtttagaattttttttccacattaatatgactacc
actgctacattattaatcaatttagattccctgttcatgattcatatcccttgagatcgtctaaccctatttctcattccattactctttcctgtttacatttatggtaacatatgtcaactgcatgtactcttcagatgatgatatttgtggcaatccattgtttggtaaatattgtggcaattattaaaaaagcaaat
gtctcaaatttttacccacgtggatttgaacttgtgaccttccatttacaacttttcatctcatttactcattaccaattgctctgctccctgtgggccaaatgtctcaaatcttgattatagcagaatatcagacataattttttggatgatgtattgttaagaactctttggagacccagttgatgcatttatgccat
tcatgttttgtagGAGTGATGATGAGGATGATGACTATGGTAAGATGTCTGAGGATCCTGAATGGCAGATTTCTAGACAAACAGAAGAATACTTTCAGAACAACTTTAACTTAGCTCATGATCCTGGATACAATTTCAATGAGATTCATCCTGTTGGTTATAGCTCCCAAAATTCCCTGCACTCAGGGATCCTGGAAACT
GGGCTGAGTTATAAAACCAAAAACTCCGATGAGCATGTCGAGGGAATGAATCTGCCTTCACAAACTGGCATACAGGAAGAAAGCCAACACTCAAGGGTGCCAGAAAGGTCTGGAGAAGAATCAGAGGGTACAGACAATGCTGATGAGTGCAATGATGAAGCATCTATGTTTGACACACAAGGTCCAGATTTAGAGCAGTC
AGTGGACATAGAGAAAATCATTGATATATGGATTCCGCCTCAGCCAGAAGACGAACAAGATGAAAAGGAGACTGGTGTGTTTGATGATGAAGATGACGACGACGATGGTAGTTGGGGTTTGCCCCGTTCCACTGGCAGCTTTAGTGACAGTGAATACAAGAGTAAAGAGAGATCAAGTGAGGAGTATAGGAAGGCTATGA
GGTCTGTAGTAGATGGTCACTTTAGGGCTCTTGTAGCACAACTTCTCAAGGGAGAGGATGTTCCTATAGGTGAAGAGAATCACAGGGACAGCTGGCTGGAAATAGTCACTTCATTGTCGTGGCAAGCTGCGAGTCTCGTCAAGCCAGACACTAGCAAGGGAGGAGGAATGGATCCGGGGGGGTATGTGAAGGTCAAGTGC
ATTGCAAGCGGTCGCTCTTATGAAAGTGAGGTGATCAAGGGAGTTGCTTGCAAGAAGAATGTAGCACATAGGCGGATGACATCAAAGTACAAGAATGCCCGACTGCTGCTTCTTGGAGGAGCTTTAGAATATCAGCGAGTCTCAAATCAGCTGTCATCTCTTGATACTCTGCTTCAACAAGAAATGGAACATCTGAAAAT
GACCGTGACAAAGATAGAAGCTCATCATCCTAATGTGCTGCTGGTTGAGAAAACTGTGTCCCGTTATGCACAAGAGTATTTGCTGGCAAAAGAGATATCTTTGGTATTGAATATCAAAAGGCCTCTATTGGAGCGTATAGCCCGTTGCACAGGGGCACAGATTGTACCTTCTGTTGATAATCTGACTGCACCAAAATTAG
GACACTGTGAATTCTTTCGTGTGGAAAAGTTCTTGGAGGAGCATGGCAGTGCTGGTCAGGCAGGAAAAAAATCATTGAAAACCCTGATGTTCTTTGACGGTTGCCCAAAGCCTTTGGGTTGCACGGTATTGCTCAAGGGTGCAAATGGTGATGTATTAAAGAAAGTCAAACGTGTTGTTCAATATGCTATCTTTGCAGCT
TATCATTTAGCTCTTGAAACTTCTTTCCTTGCAGATGAGGGTGCCACCCTTCCTGAACTTCCCCTGAAATCTCCCATAACTGTTGCACTGCCAGACAAGCAATCGAGTTTGGATAGGTCAATTTCAATGATACCTGGATTTGTGACTCCTGCTTCAGGGCAGGCACACACAGGAGAAGTACAATGCCATAAATTCCACAA
AAGTAGTATGCCAGGTATGTGCAGCCTACCATGTAACTCATCAAACTTGAACAAGGGAGGTCCCCAACCTCCTGTTAATTCTGAGGGATTAATGGAGGGAGGGCCCCAACCTCCCATTAGCACTACTACTGGAATTGCTGGACTGCGTCAAATAACTATTGGTTCCAACCCTTCTTGTGCAAGTGGTGTATTGATTTATG
ATACTGGGGTCAAACAACAAGAGATAAATTCAAGTCAAAATTCTTTTCCTCCAGCTTCTTCTGGGGGGCATTCAATATCTGGGTTATTATCTACTAAAAATCAAGTTTTGAAAGCAGCTGGAACCCATGTGGACTTGAGTTCATATGAAGCCGGTACTTGTTATTTTGGATTTGAAGATAAGATGTTAGATGGTATAGGT
AAAGTTGATGGCTCAACTCTTTCAGTTCCTTCTGGATCTCCTCTTGAGAACCAAATGAGTGCGGAGGAAAAGCCTCATGAACTGCAGTGGGAGAATGAGGAAAAAAATGATGATCAAGTCGATCCTAAGTTAATTTTGGATCATAAAGTAACACGGTGTGAGACCCAAGATTCGGTACATTGTGAGGGACAAGGACTCTC
TAAAGAAGACTTTCCACCTTCCCCTTCTGATCAACAGAGTATTTTGGTTTCATTGTCGACTCGCTGTGTGTGGAAGGGAACAATATGTGAACGTGCTCATCTCTTGCGCATAAAATACTATGGGAGCTCGGACAAGCCTTTGGGAAAGTTCTTGAGGGATGATTTATTCAACCAGAGTTATCGGTGTCGTTCCTGTGATG
CACCAACAGAAGCTCATGTGCATTGTTATACTCATAAGCAAGGTAGCCTCACAATATCTGTCAAACGTCTTAGTGAGATCATTTTACCAGGTGAAAGGGAGGGGAAAATATGGATGTGGCATCTATGTCTCAAATGTGCATGCAAATGTAAAGCTCCACAGCCAACTCGAAGAGTAGTGATGTCGGATGCTGCATGGGGT
TTATCCTTTGGAAAATTTCTGGAGCTTAGTTTCTCCAACCATGCTGCAGCAAGTAGAGTGGCCAGCTGTGGCCATTCCTTACATAGAGACTGCCTTCGCTTTTATGGGTTTGGAAGAATGGTAGCGTGCTTCCGCTATGCTTCTATACATGTCCATTCTGTGCATTTGCCACCTCCAAAATTAGAATTTAATGATCCAAA
CCAACAAGATTGGCTCACGAACGAGGCAGCAGTGGTTGCAGATGGGGCAGAATTGTTTTTCGCTGAGGTATTTGATTCCCTCCGACAAATCGGTGAGAAAATTGCAAACTCTGGTTCCTTCTATGCAGGCATAAAGGTTCCAGAATTCAGGAGACGCATTGCAGAATTAGAAGGGATGTTGCAGAAAGAGAAGACTGAGT
TTGAGGATTTGCTAAAAAAGGCTTCAACAAAAGATTGGCAGCCAGGACAACCTGTTGCTGATATTTTAGAGTTGAATCGTTTGAGGCGTCGGCTTATTTTTGAATCTTATGTATGGGACCATCGCCTCCGGTTTTTGGATTCATCTCTTAGAGTTAAAAGGTCAATTGCTGGTTCAGATTCTAGTCTAGCAGAACAGCTT
AATCCACATTTGCAAAAGAACATTGATTCTAATTTATCTGAAAAACTTGTAGAGAGTAAAAGAACAGAAAAAGATGATAGTGATCCTAGTAAAGTTGTTGTTTCAAAGGTTGGGAGCAATGGCTGTCAGCTGGATGGAAGTTCCCAGGACAGTTCTAGTAGTCCTTACATTCCACAGTTTGAGGATGTTCATATTAACAA
CACACAAGTTACCAATGATGGTGTCATACGGGCCTCAAGTAATCTTGAAAGCTCCCAGTATCCTTTGTTGGTGGATCATCTCACAAGCGTTAAGGACACAGATGAAAGATTTGGTGTAGTTGGAAAAATTACCGAGGTGATAGAAAATCAAAGGCCTCATTTAGTGGAACATATGGAAAAAAATGTAAATAATTCCATTA
CAGTTTTGAGCACAGTTGAGAAGCCCCTCACAGATCCTGATCTCTGCAAACATGTGAATGGAAATGGTGCCAATGGACCTTTGCCAGAAAATAAATATATAGAAATGGACATTGGTGATAAAACAGAAGTTGTTGAAGGTGATCTGGGAGTTCGTAGGACATTATCAGAGGGGAATTTCCCAATCCTGGCTGATCTATCG
GAGACATTAGATGCAGCATGGACTGGCGAGGGTCAATCAGTAATAGCTCAGGCTGTTCATGTAACATCACAGGGCCAGGAAATTGGTCCTGCAGCTCCAGCTATTGAAAATGCTCAGTGTGACACCGAACTATCTACCAAGAATAGTTCTTTGGCAGTTCAAACAAGTGTAATGCCACCTGCATTAAAGACAGAGGCTAC
TGATAACAATTATAGTTTTCAAGATAAAAATGGACCAGAACAGTTGCAAGTGAGTACACCTGTGTCACCAGTGAAATCCTTTGATGTTTCAGAGGAATTTGGAAGTTGGATTGGAGTACCTTTTTCTAATTTGTACAAGACCTACAGCAGGGGTTTGCAGGGCTTTTTATCAGGGTCTCCTCTCAGATTTGATTCCCTTA
GTGGGTACATCCCTACTTTTGTATCATCGCTCAGTCAACTTGGTGGTCAAGGAGGAGCAAGATTACTGTTGCCCACAGGTGTCAATGATACAGTTATTGCTATTTATGATGATGAGCCCACCAGCATCATATCTTATGCCCTGACCTCTCATGAATATTATGCCCACGTGTCCGACAAGACAGCTGATAAGAGTAAACAA
AGAGAGAAAGATAGGGATAAAGAGAAGGAAACTGGGGATTCATCTTTTACAGATGAAGCTCTTTCATATCCACTTAAGGCCTTTGATGGTTCTGACGCATCTGATGGCATTCCTAAAGAGAAAAGTTATGGATCTGATGATAGTTTTACATCAGGCAGTAAATGGACTGGAGTGGCAGATCCATTTCTATATACAAAGGC
TATGCATGTAAAGGTATCATTTAGTGATGAAAACTCACCTGGAAAAGTAAGGTACACTGTAACTTGTTATTATGCAAAGCAGTTTGATGCCCTTAGGAGAAAATGTTGCCCAACAGAAATGGATTTTATTCGTTCCCTATGCCGTTGTAAGAAATGGGGAGCACAAGGTGGAAAAAGCAATGTGTTTTTTGCAAAGACTT
TGGATGACAGATTCATCATTAAGCAAGTTACAAAGACAGAATTGGAGTCCTTCATCAAGTTTGCCCCAGAATACTTCAAATATCTTCCAGACTCTTTAAGTACAGGGAGCCCCACATGTCTTGCAAAGGTTCTTGGTATTTATCAGGTTACTACAAAGAATGCAAAAGGTGGAAAGGAGGTTAGGATGGATCTTATGGTA
ATGGAGAATCTTTTGTTTGGGAGGAATATAACAAGGCTGTATGACCTAAAAGGCTCCTCTCGGTCACGTTACAATGCAGATTCATCAGGAAGTAACAAAGTTCTTTTAGATCAGAATCTTTTAGAAGCCATGCCAACCTCCCCAATCTTTGTGGGGAATAAGGCCAAACGACTTTTGGAGAGAGCTGTCTGGAATGACAC
TTCCTTTCTTCAGTCGATTGATGTAATGGATTATTCATTACTGGTTGGAGTTGATGAAGAGCGACATGAACTGGTTTTGGGCATTATTGATTTTATGCGGCAATACACATGGGACAAACATCTTGAGACTTGGGTGAAAGCCTCTGGTATACTTGGTGGGGGAAAAAATACATCACCAACAGTCATTTCTCCAATGCAGT
ACAAGAAACGATTCCGAAAAGCAATGTCTACATACTTCCTAATGGTTCCAGATCAGTGGTCTCCACCTACTATAATCCCCAGTAATTCACAGAATCAGTTGTGTGAAGATCCTGTGCCAATGTCAGCACAAGGAGATGTTGGAGAGTAGGTTGCAAAATCCTCGGCATGGTACCTTTGTTCTGCAGAGATCCTACCATGC
TGGCATGATAGCTTTCTAAATCTATACAATTTCAAGGATATCCTTGATGGAAACTAAAGTCAAGTTTTCTCAGTCTGGGACTAGACTTTGATTTATATAAGCTTGTGATTGGCTTCATTTGCATTCTTACATCGCGGATTGTCAATAATAATTAGAACTGTAAACACAGTACTATAGGCCCTCCAATATGTATCAACACC
GCACGCCAATGGAGTGAGTAATATAAAGGCTACGTTATCTGCAAACTTGAGTTACCTGAGAGAAAATTTGTTTTTAGTATTTACTGTATGATATTCCACATACTTTGGTTTGTTTCAGATCAATCTGTACAAATGGTCTGAAATATCGTGTAACATACATGTTTAAGGTATATGTATTCTTTATTTTTTACCTTATGGTC
CTATGGATGTTATAAGAATTGTGGCCTTGGTAAGCACACATCTGTGCTGGGTTTCTAAATGCACTTGCATCTTTCTGTTTTTTAATTGTGTATATGCCAACAGGTTACTAGGCCTTTTCTTTTGGCATAGTTAGATGCTCTTCTTCCACAGCTTCAACTGACAAATGTAACTGCAAAAAAGTAGGTGAAAAATATAGCAT
TTGGTGGTATACACTGATAAATTATTATCATTTCCAAAGCAGATGTT

Intron 13 GTATACTCCG ... TGTATTGCAG

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A10	41.03	46	3	32

>TRINITY_DN121817_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

CTTTGCGTGTGGATTCCCTTTACACAATCATTCATTTCTTATTATTCATTGATGGTTCGATGCCTACGCTCAACGAGGACCCACGGTTGCCCTGGGTTCGAATCCCCTGGACTCGCTTTCTCCACTTTCGGCCTCCCAGATTCCCTTCTCCTCTCCATCCTTCCGGGGCCTAACGTCCCACCGTCATCTGTGCGGTCTTG
GAACTCATGCGCATTATTTGCCCGTTCGTTCGTCCGTCCGGAGTCTTTCACAGCGCGAGGCTCCTCCTTCTCTTTGCCTGCAAGAAAACATAGTTCCTGGCGCTGTCCGTTGCAGGAGACTGCGAAGTGCCACGGCAAGCGTATTTCGAATTGAAGAAATTGCTCATCTCTGAGTAGGTTTTCGGAATTCAAGAAACTAA
TTAGATAGGGTTTATAGGGTTTGTGCAAAATTGGAGGGGGAGAATCCGGCGTTTTATCGCAGAGACTCGATACCAGGGTTTTAGTGGAAGCAAACGCGTAGTTCATCATGACAGTAGGGCTTTCATGGTAGATGAGAAAGACAGAAGCCGCTCTGTATGGTGTATTTAACAAGGCGAGGTCATGGATTCCCCAGATGGCT
GAAGCGTCTACGGTTTCGAGGGACTATTGGATGCCGGATCAGAGCTGCAGGGTTTGTTATGATTGTGAGTCGCAGTTTACGATCTTCAATCGGCGGCACCATTGCCGGATTTGCGGCAAGGTTTTTTGCGGGAGGTGTACAGTGAATACAATTCCTGCTTCTGTTGTCGATGATTGGAAATATGATCACGAAGAGGGTGA
GCGTATTAGGGTTTGCAGCTATTGTTTCAAGATACGGAAGAAACAGATGACAGCTTCAGAATATGATGGAATTCAATTGTTGTCTCCAGGGATCAGTCCTTCGCCTTCTGTCACAAGTTTATCCAGTAGTAAGTCAAGCGGCAGCGATAGCGGCGTTAACGTCTTTGGCGCTATGCCTTTTTCAACCGTGCCTTATCAGC
ACGTCACTTACAGTTCTGCTCTTAGTAATCCAGCTCAAGGTACTGATGGATTTGGGCGAATGCCCGAGAAGAAACAAGATATGCCTTATTCAGGAAGAAGCGCGAATTCTCCATCGATTCTGGAAGGCGGACGTTCTGTTGCCAGTATTTTTGGAACTCCCCTTAATAGGAGTGATGATGAGGATGATGACTATGGTAAG
ATGTCTGAGGATCCTGAATGGCAGATTTCTAGACAAACAGAAGAATACTTTCAGAACAACTTTAACTTAGCTCATGATCCTGGATACAATTTCAATGAGATTCATCCTGTTGGTTATAGCTCCCAAAATTCCCTGCACTCAGGGATCCTGGAAACTGGGCTGAGTTATAAAACCAAAAACTCCGATGAGCATGTCGAGGG
AATGAATCTGCCTTCACAAACTGGCATACAGGAAGAAAGCCAACACTCAAGGGTGCCAGAAAGGTCTGGAGAAGAATCAGAGGGTACAGACAATGCTGATGAGTGCAATGATGAAGCATCTATGTTTGACACACAAGGTCCAGATTTAGAGCAGTCAGTGGACATAGAGAAAATCATTGATATATGGATTCCGCCTCAGC
CAGAAGACGAACAAGATGAAAAGGAGACTGGTGTGTTTGATGATGAAGATGACGACGACGATGGTAGTTGGGGTTTGCCCCGTTCCACTGGCAGCTTTAGTGACAGTGAATACAAGAGTAAAGAGAGATCAAGTGAGGAGTATAGGAAGGCTATGAGGTCTGTAGTAGATGGTCACTTTAGGGCTCTTGTAGCACAACTT
CTCAAGGGAGAGGATGTTCCTATAGGTGAAGAGAATCACAGGGACAGCTGGCTGGAAATAGTCACTTCATTGTCGTGGCAAGCTGCGAGTCTCGTCAAGCCAGACACTAGCAAGGGAGGAGGAATGGATCCAGGGGGGTATGTGAAGGTCAAGTGCATTGCAAGCGGTCGCTCTTATGAAAGTGAGGTGATCAAGGGAGT
TGCTTGCAAGAAGAATGTAGCACATAGGCGTATGACATCAAAGTACAAGAATGCCCGACTGCTGCTTCTTGGAGGAGCTTTAGAATATCAGCGAGTCTCAAATCAGCTGTCATCTCTTGATACTCTGCTTCAACAAGAAATGGAACATCTGAAAATGACCGTGACAAAGATAGAAGCTCATCATCCTAATGTGCTGCTGG
TTGAGAAAACTGTGTCCCGTTATGCACAAGAGTATTTGCTGGCAAAAGAGATATCTTTGGTATTGAATATCAAAAGGCCTCTATTGGAGCGTATAGCCCGTTGCACAGGGGCACAGATTGTACCTTCTGTTGATAATCTGACTGCACCAAAATTAGGACACTGTGAATTCTTTCGTGTGGAAAAGTTCTTGGAGGAGCAT
GGCAGTGCTGGTCAGGCAGGAAAAAAATCATTGAAAACCCTGATGTTCTTTGACGGTTGCCCAAAGCCTTTGGGTTGCACGGTATTGCTCAAGGGTGCAAATGGTGATGTATTAAAGAAAGTCAAACGTGTTGTTCAATATGCTATCTTTGCAGCTTATCATTTAGCTCTTGAAACTTCTTTCCTTGCAGATGAGGGTGC
CACCCTTCCTGAACTTCCCCTGAAATCTCCCATAACTGTTGCACTGCCAGACAAGCAATCGAGTTTGGATAGGTCAATTTCAATGATACCTGGATTTGTGACTCCTGCTTCAGGGCAGGCACACACAGGAGAAGTACAATGCCATAAATTCCACAAAAGTAGTATGCCAGGTACGTGCAGCCTACCATGTAACTCATCAA
ACTTGAACAAGGGAGGTCCCCAACCTCCTGTTAATTCTGAGGGATTAATGGAGGGAGGGCCCCAACCTCCCATTAGCACTACTACTGGAATTGCTGGACTGCGTCAAATAGCTATTGGTTCCAACACTTCTTGTGCAAGTGGTGTATTGATTTATGATACTGGGGTCAAACAACAAGAGATAAATTCAAGTCAAAATTCT
TTTCCTCCAGCTTCTTCTGGGGGGCATTCAATATCTGGGTTATCATCTCCTAAAAATCAAGTTTTGAAAGCAGCTGGAACCCATGTGGACTTGAGTTCATATGAAGCCGGTACTTGTTATTTTGGATTTGAAGATAAGATGTTAGATGGTATAGGTAAAGTTGATGGCTCAACTCTTTCAGTTCCTTCTGGATCTCCTCT
TGAGAACCAAATGAGTGCGGAGGAAAAGCCTCATGAACTGCAGTGGGAGAATGAGGAAAAAAATGATGATCAAGTCGATCCTAAGTTAATTTTGGATCATAAAGTAACACGGTGTGAGACCCAAGATTCGGTACATTGTGAGGGACAAGGACTCTCTAAAGAAGACTTTCCACCTTCCCCTTCTGATCAACAGAGTATTT
TGGTTTCATTGTCGACTCGCTGTGTGTGGAAGGGAACAATATGTGAACGTGCTCATCTCTTGCGCATAAAATACTATGGGAGCTCGGACAAGCCTTTGGGAAAGTTCTTGAGGGATGATTTATTCAACCAGAGTTATCGGTGTCGTTCCTGTGATGCACCAACAGAAGCTCATGTGCATTGTTATACTCATAAGCAAGGT
AGCCTCACAATATCTGTCAAACGTCTTAGTGAGATCATTTTACCAGGTGAAAGGGAGGGGAAAATATGGATGTGGCATCTATGTCTCAAATGTGCATGCAAATGTAAAGCTCCACAGCCAACTCGAAGAGTAGTGATGTCGGATGCTGCATGGGGTTTATCCTTTGGAAAATTTCTGGAGCTTAGTTTCTCCAACCATGC
TGCAGCAAGTAGAGTGGCCAGCTGTGGCCATTCCTTACATAGAGACTGCCTTCGCTTTTATGGGTTTGGAAGAATGGTAGCGTGCTTCCGCTATGCTTCTATACATGTCCATTCTGTGCATTTGCCACCTCCAAAATTAGAATTTAATGATCCAAACCAACAAGATTGGCTCACGAACGAGGCAGCAGTGGTTGCAGATG
GGGCAGAATTGTTTTTCGCTGAGGTATTTGATTCCCTCCGACAAATCGGTGAGAAAATTGCAAACTCTGGTTCCTTCTATGCAGGCATAAAGGTTCCAGAATTCAGGAGACGCATTGCAGAATTAGAAGGGATGTTGCAGAAAGAGAAGACTGAGTTTGAGGATTTGCTAAAAAAGGCTTCAACAAAAGATTGGCAGCCA
GGACAACCTGTTGCTGATATTTTAGAGTTGAATCGTTTGAGGCGTCGGCTTATTTTTGAATCTTATGTATGGGACCATCGCCTCCGGTTTTTGGATTCATCTCTTAGAGTTAAAAGGTCAATTGCTGGTTCAGATTCTAGTCTAGCAGAACAGCTTAATCCACATTTGCAAAAGAACATTGATTCTAATTTATCTGAAAA
ACTTGTAGAGAGTAAAAGAACAGAAAAAGATGATAGTGATCCTAGTAAAGTTGTTGTTTCAAAGGTTGGGAGCAATGGCTGTCAGCTGGATGGAAGTTCCCAGGACAGTTCTAGTAGTCCTTACATTCTACAGTTTGAGGATGTTCATATTAACAACACACAAGTTACCAATGATGGTGTCATACGGGCCTCAAGTAATC
TTGAAAGCTCCCAGTATCCTTTGTTGGTGGATCATCTCACAAGCGTTAAGGACACAGATGAAAGATTTGGCGTAGTTGGAAAAATTACCGAGGTGATAGAAAATCAAAGGCCTCATTTAGTGGAACATATGGAAACAAATGTAAATAATTCCATTACAGTTTTGAGCACAGTTGAGAAGCCCCTCACAGATCCTGATCTC
TGCAAACATGTGAATGGAAATGGTGCCAATGGACCTTTGCCAGAAAATAAATATATAGAAATGGACATTGGTGATAAAACAGAAGTTGTTGAAGGTGATCTGGGAGTTCGTAGGACATTATCAGAGGGGAATTTCCCAATCCTGGCTGATCTATCGGAGACATTAGATGCAGCATGGACTGGCGAGGGTCAATCAGTAAT
AGCTCAGGCTGTTCATGTAACATCACAGGGCCAGGAAATTGGTCCTGCAGCTCCAGCTATTGAAAATGCTCAGTGTGACACCGAACTATCTACCAAGAATAGTTCTTTGGCAGTTCAAACAAGTGTAATGCCACCTGCATTAAAGACAGAGGCTACTGATAACAATTATAGTTTTCAAGATAAAAATGGACCAGAACAGT
TGCAAGTGAGTACACCTGTGTCACCAGTGAAATCCTTTGATGTTTCAGAGGAATTTGGAAGTTGGATTGGAGTACCTTTTTCTAATTTGTACAAGACCTACAGCAGGGGTTTGCAGGGCTTTTTATCAGGGTCTCCTCTCAGATTTGATTCCCTTAGTGGGTACATCCCTACTTTTGTATCATCGCTCAGTCAACTTGGT
GGTCAAGGAGGAGCAAGATTACTGTTGCCCACAGGTGTCAATGATACAGTTATTGCTATTTATGATGATGAGCCCACCAGCATCATATCTTATGCCCTGACCTCTCATGAATATTATGCCCACGTGTCCGACAAGACAGCTGATAAGAGTAAACAAAGAGAGAAAGATAGGGATAAAGAGAAGGAAACTGGGGATTCATC
TTTTACAGATGAAGCTCTTTCATATCCACTTAAGGCCTTTGATGGTTCCGACGCATCTGATGGCATTCCTAAAGAGAAAAGTTATGGATCTGATGATAGTTTTACATCAGGCAGTAAATGGACTGGAGTGGCAGATCCATTTCTATATACAAAGGCTATGCATGTAAAGGTATCATTTAGTGATGAAAACTCACCTGGAA
AAGTAAGGTACACTGTAACTTGTTATTATGCAAAGCAGTTTGATGCCCTTAGGAGAAAATGTTGCCCAACAGAAATGGATTTTATTCGTTCCCTATGCCGTTGTAAGAAATGGGGAGCACAAGGTGGAAAAAGCAATGTGTTTTTTGCAAAGACTTTGGATGACAGATTCATCATTAAGCAAGTTACAAAGACAGAATTG
GAGTCCTTCATCAAGTTTGCCCCAGAATACTTCAAATATCTTTCAGACTCTTTAAGTACAGGGAGCCCCACATGTCTTGCAAAGGTTCTTGGTATTTATCAGGTTACTACAAAGAATGCAAAAGGTGGAAAGGAGGTTAGGATGGATCTTATGGTAATGGAGAATCTTTTGTTTGGGAGGAATATAACAAGGCTGTATGA
CCTAAAAGGCTCCTCTCGGTCACGTTACAATGCAGATTCATCAGGAAGTAACAAAGTTCTTTTAGATCAGAATCTTTTAGAAGCCATGCCAACCTCCCCAATCTTTGTGGGGAATAAGGCCAAACGACTTTTGGAGAGAGCTGTCTGGAATGACACTTCCTTTCTTCAGTCGATTGATGTAATGGATTATTCATTACTGG
TTGGAGTTGATGAAGAGCGACATGAACTGGTTTTGGGCATTATTGATTTTATGCGGCAATACACATGGGACAAACATCTTGAGACTTGGGTGAAAGCCTCTGGTATACTTGGTGGGGGAAAAAATACATCACCAACAGTCATTTCTCCAATGCAGTACAAGAAACGATTCCGAAAAGCAATGTCTACATACTTCCTAATG
GTTCCAGATCAGTGGTCTCCACCTACTATAATCCCCAGTAATTCACAGAATCAGTTGTGTGAAGATCCTGTGCCAATGTCAGCACAAGGAGATGTTGGAGAGTAGGTTGCAAAATCCTCGGCATGGTACCTTTGTTCTGCAGAGATCCTACCATGCTGGCATGATAGCTTTCTAAATCTATACAATTTCAAGGATATCCT
TGATGGAAACTAAAGTCAAGTTTTCTCAGTCTGGGACTAGACTTTGATTTATATAAGCTTGTGATTGGCTTCATTTGCATTCTTACATCGCGGATTGTCAATAATAATTAGAACTGTAAACACAGTACTATAGGCCCTCCAATATGTATCAACACCGCACGCCAATGGAGTGAGTAATATAAAGGCTACGTTATCTGCAA
ACTTGAGTTACCTGAGAGAAAATTTGTTTTTAGTATTTACTGTATGATATTCCACATACTTTGGTTTGTTTCAGATCAATCTGTACAAATGGTCTGAAATATCGTGTAACATACATGTTTAAGGTATATGTATTCTTTATTTTTTACCTTATGGTCCTATGGATGTTATAAGAATTGTGGCCTTGGTAAGCACACATCTG
TGCTGGGTTTCTAAATGCACTTGCATCTTTCTGTTTTTTAATTGTGTATATGCCAACAGGTTACTAGGCCTTTTCTTTTGGCATAGTTAGATGCTCTTCTGCCACAGCTTCAACTGACAAATGTAACTGCAAAAAAGTAGGTGAAAAATATAGCATTTGGTGGTATACACTGATAAATTATTATCATTTCCAAAGCAGAT
GTTGGTGATGAAGATTTTGATTTTGTAGGGGTGCAGTGCTTGATTTATCACGTAATATTTGAAAGATATGGAAGGAGGTAAATGGATTCATTAAAGCGATGTATTGTAGAATGAGCTTATTGTGTCAATGAGTTGGAGATTGGACTAAAAGAGATGGTATTCTGTAGCCATTGTGTGCATGAAGTTGGCATTGCGTTATT
GTCTCTCGCTTTTGGAGAAAGACAGAGCACAGTATAGATGATCTAAGTGATGCATTTGGGTGACTAAAAAACTCATGGGAAAGATGAGGGCTCTAAGGTTATTGATGCTTGCCATCTGAAACTATTGGATTTCCTCTACAAAGATGTTTTACATAAGATTTGAATTACCATGTATTTACATTGTTTCACAGGTTTAATGC
TTCAAGTTGTCCGTGCATGCTATTTCTTTGCATGTGGACAGAAAAGTGTATTTGATGTAAGAAAAGCATTATCATACTAAATTTAATGGGAAA

>TRINITY_DN121817_c0_g1_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:

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