sp|Q9SIV2|PSD2A_ARATH ----> 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 2 homolog A

Intron 1 GTAAGGGGAA ... GATGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.99	28.5	10	11
A2	15.62	27	8	2
A3	12.79	46	6	7.5
A4	13.37	30.5	2	7.5
A5	35.07	11	7	5
A6	31.88	16	12	3
A7	34.76	30.5	15	17.5
A8	76.16	9	48	9.5
A9	13.73	22	6	1
A10	21.7	37	12	8.5

>TRINITY_DN46572_c1_g2_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

CAAAATATGGCAATGCAGCAATGAAGGTGCTTGAACACTTTAAGACTCTCCCAAAGGTGGAAGGATTAGTACCAATTTATATCAGAGTGTAAAGAACTGGACAAGACACCTACTGGAGGATACAACAAAGCTTTTGACTTTTCGACAGCATTGAAGAAATTCCATTGGCTCAGAGACAGCACAATGCGGAACCAGAAGCA
GTTGACCTTTTAAAGGAGGTAGAAGAGTTAGATATGTTAACTAATCATATTGATGCTACAAATTATAAGCGTACGTGTTTGTACTTGACAAGCTTTGCAAGTTATGTTCCAGGACCCGATGACATGTTAGTCCTTGACATAGCTTATTCAATTTACACAAAATTTGGAGAATACACAAATGCACTTAGAGTGGCCTTATG
TATGCATAATTTGCAGATCCTCTACAGAAGAAGCAGCTCTGCTAGATTTTGGCTCGATAGGTAGGGGAGTATTTTCCTTGCTTGGGAAATAATTGAGTTTTACTTGAGACTTGTAAGAGCTTGAATATGGAAATCTTGTTTTAAATACCACTTGTAATAAGCGATGCCCCATTAATTATCTTTTAATGCAAAGATTCTTT
GGAGAATTGAATGCTTATTTAGATGGTTTAGTTCACCCCATAAAAGGCTTTGAAATATAAAATTTGGAGAATACAGAAATGCACTTAGAGTGGCCTTATGTATGCATAATTTGCAGTCTGCTACATTTTGGCTCGACAGGGAGTGACATTGGAGCTACATGATGAAATGACAAATGGCAATGAAGAGCAACGGGAACTAC
TACAGGAAATAATTAATAACATAAAACTGAGTGAGGGTTTTCTGACTCTAGCACGTGATCTTGAGATAATGGAGTCCAAGTCCCCTGAGGATATCTATAAGGCACATTTGATTGATGGGCGTGCAAGTGCCGGTGCAAGTGTTGATTCTGCCCGACAGAACTTGGCTGCCACATTTGTGAATGCATTCGTAAATGCTGGA
TTTGGTCAAGACAAATTAATGACAGCTGCTACAGAATCATCAAGTGGCAGCAACACAGGAAATTGGCTTTTTAAGAACAAAGAACATGGAAAAGCCAGTGCTGCAGCCAGTTTGGGTTTGATTCTCCTTTGGGATGTTGATGCTGGCCTTACACAAATAGACAAGTATTTCAGTAGCAATGATAATCATGCGATTGCTGG
AGCCTTGCTTGCAGTCGGTATTGTAAATTGTGGCATCCAAAATGAATGTGATCCTGCATACGCACTTCTTGCAGAGTACGTCAGTAAGGATGAGTCAAACATCCGAATTGGGGCGATTATGGGCCTTGGGTTAGCATATGCTGGTTCTCAAAAGGACGAGGTGCTTCGACTTCTATCTCCTATTTTAACAGACTCGAAGG
TTCCAATAGATGTGATTGCATTCACTGCAATATCTCTGGGATTGATCTATGTTGGATCTTGCAATGATGAGGTGGCTCAGTCAATTATTATTGCCTTGATGGAGAGAAGTGACTCTGAGCTAGGAGAGCCACTTACTCGATTTCTCTGCTTAGGCCTTGGCCTCTTATATCTTGGAAAGCAAGAAAAAGTTGATGCAACT
TTGGAAGTAGCAAAGACATTCAATGAAAAAATATCAAGATATTGTCAAGTTACACTGGAGTCCTGTGCGTATGCTGGGACTGGAAATGTTCTTAAGGTACAAAGTCTTCTTGGTCTCTGTGCGGAACATCTTGAGAAGGGTGAGAGTCATCAGGCACCAGCTGTAATTGGAATTGCAATGGTTGCAATGGCTGAGGAGCT
TGGCCTTGAAATGGCTACACGCTCTTTGGAGCATCTCTTGCAATATGGAGAGCAAAATATCAGGAGATCTGTCCCTTTGGCTCTAGGCCTATTGTCAATATCAAATCCAAAGGTTAATGTGATGGACACTTTAAGTAGACTTAGTCATGACACCGATTCAGAAGTTGCTATGGCAGCAACGTTGGCTTTAGGATTAATTG
GTGCAGGGACGAATAATGCTCGAATAGCTGGCATGCTTCGAAATCTTTCGAGCTACTATTACAAAGATCCAAGTCTTCTTTTCTGTGTTCGTATTGCTCAAGGTTTGGTGCATTTAGGAAAGGGGTTATTAACTCTGAATCCTTATCATTCGGACCGGTTTTTGCTGTCACACTCTGCATTGGCTGGCATTGTAACATTG
CTCCATGCATGCTTGGACATGAAGTCTATTATTTTGGGGAAATACCATTATGTTCTCTACTTCCTTGTGTTGGCCATGCAGCCAAGGATGCTAATGACGGTGGACGAGAATTTAAAACCCTTGTCAATTCCTGTTCGAGTAGGGCAAGCTGTAGATGTTGTTGGTCAGGCTGGTCGGCCGAAGACTATAACTGGATTCCA
GACGCATACAACTCCTGTTCTACTTGCAACTGGCGACAGAGCAGAACTAGCAACAGAAAAGTATATCCCTCTATCTTCAGTCTTAGAAGGGTTTGTCATTTTGAAAGAAAATCCTGATTATCAGCATGACAACCGTACCAGCTAAATGAATCAAATCTGATTGATTTGAATGGATGGTTCAAAGGAAGTGACAGTTGATT
CTTGAGTTGGAAGGGATACAGAATTGTATTTTCATTTCCCCTCTTTCAATGCTTAACTCCACATTTTCCCTACAGATGGATGACGTGATAAAAGTTCCATTTGAAAGATCTTAGCAGGAGATCATTTCTTTGTGTTCCTGGTTGGGCTTTTTGTTTGCCAGATGTCAGGAATGATTTTTTTCACAGTAAAAATAGCAAAT
GAACGTATGTTCAGTCAATATGGCATTCTTCAATTCTGACTAGATGTTAGCTGTTACATTTGTCGTTATTGTCAATTGTATTGGTTCTTATGTATGTCTAGTAAGCTGCTTTTTTCTTTCGATGAATTTCATTTTTGCCCACATTACCACTTTTTATGGTCCAGACAGATACCATCGTTGCAAAAGGTAATTTAAAGTGC
CAGAATGAAGCC

>TRINITY_DN46572_c1_g2_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TTATGTATGCATAATTTGCAGTATGTGAAGGTCATTTCACTGCTTGTGTATGTTAGTCCTTGACATAGCTTATTCAATTTACACAAAATTTGGAGAATACACAAATGCACTTAGAGTGGCCTTATGTATGCATAATTTGCAGATCCTCTACAGAAGAAGCAGCTCTGCTAGATTTTGGCTCGATAGGTAGGGGAGTATTT
TCCTTGCTTGGGAAATAATTGAGTTTTACTTGAGACTTGTAAGAGCTTGAATATGGAAATCTTGTTTTAAATACCACTTGTAATAAGCGATGCCCCATTAATTATCTTTTAATGCAAAGATTCTTTGGAGAATTGAATGCTTATTTAGATGGTTTAGTTCACCCCATAAAAGGCTTTGAAATATCAATAGATTGAATGGA
GGAAAGAAACAAGTAGGTGCAAGGAATTGGGACTGAAATTCCTTTGTCAAGAACCAGGATTGTACTTGACAAGCTTTGCAAGgtaaggggaaagaagtttgcaaattgttggtgtaagatatatggacaatcaagcattaaatatagtcactggtgtttgtgttttattcaattgccctcaatgtaaggtaatctattgg
caatctgtgcaaattaacaaaatctgtgtgcctgatgtctataaatagaggaaatttgagattccttgattgtggagtaattcttaacttgcatgtctatattttatggctaaacctcatatgcaatataaatcttatttaagaaagttacttttgatgttgcagTTATGTTCCAGGACCTGATGACATGTTAGTCCTTG
ACATAGCTTATTCAATTTACACGAAATTTGGAGAATACACAAATGCACTTAGAGTGGCCTTATGTATGCATAATTTGCAGGTATATCCGACTATACCCTTCAGCCTTGAGAATGTTCCTTCTATTAGATATTGTTCTTTTTTTAAGTTCTGGTCCTTTGGGGGCAGTTGTAGGATGAAGAATTACTTACTGGTCCTGTTC
ATGTACAGAAGCTGCGTGTGAAGGTCATTTCACTGCTTGTGTAGATCCTCTACAGAAGAAGCAGCTCTGCTAGATTTTGGCTCGATAGGTAGGGGAGTATTTTCCTTGCTTGGGAAATAATTGAGT

Intron 2 GTATATCCGA ... GCTTGTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.65	7	3	0
A2	33.33	1	0	1
A3	100	0	3	2
A4	52.38	5	3	8
A5	71.43	1	2	3
A6	60	1	2	1
A7	84.62	1	10	1
A8	38.46	4	3	2
A9	50	3	3	3
A10	100	0	5	1

>TRINITY_DN46572_c1_g2_i6 from sample A7 / Example spliced isoform

TTATGTATGCATAATTTGCAGTATGTGAAGGTCATTTCACTGCTTGTGTATGTTAGTCCTTGACATAGCTTATTCAATTTACACAAAATTTGGAGAATACACAAATGCACTTAGAGTGGCCTTATGTATGCATAATTTGCAGATCCTCTACAGAAGAAGCAGCTCTGCTAGATTTTGGCTCGATAGGTAGGGGAGTATTT
TCCTTGCTTGGGAAATAATTGAGTTTTACTTGAGACTTGTAAGAGCTTGAATATGGAAATCTTGTTTTAAATACCACTTGTAATAAGCGATGCCCCATTAATTATCTTTTAATGCAAAGATTCTTTGGAGAATTGAATGCTTATTTAGATGGTTTAGTTCACCCCATAAAAGGCTTTGAAATATCAATAGATTGAATGGA
GGAAAGAAACAAGTAGGTGCAAGGAATTGGGACTGAAATTCCTTTGTCAAGAACCAGGATTGTACTTGACAAGCTTTGCAAGGTAAGGGGAAAGAAGTTTGCAAATTGTTGGTGTAAGATATATGGACAATCAAGCATTAAATATAGTCACTGGTGTTTGTGTTTTATTCAATTGCCCTCAATGTAAGGTAATCTATTGG
CAATCTGTGCAAATTAACAAAATCTGTGTGCCTGATGTCTATAAATAGAGGAAATTTGAGATTCCTTGATTGTGGAGTAATTCTTAACTTGCATGTCTATATTTTATGGCTAAACCTCATATGCAATATAAATCTTATTTAAGAAAGTTACTTTTGATGTTGCAGTTATGTTCCAGGACCTGATGACATGTTAGTCCTTG
ACATAGCTTATTCAATTTACACGAAATTTGGAGAATACACAAATGCACTTAGAGTGGCCTTATGTATGCATAATTTGCAGGTATATCCGACTATACCCTTCAGCCTTGAGAATGTTCCTTCTATTAGATATTGTTCTTTTTTTAAGTTCTGGTCCTTTGGGGGCAGTTGTAGGATGAAGAATTACTTACTGGTCCTGTTC
ATGTACAGAAGCTGCGTGTGAAGGTCATTTCACTGCTTGTGTAGATCCTCTACAGAAGAAGCAGCTCTGCTAGATTTTGGCTCGATAGGTAGGGGAGTATTTTCCTTGCTTGGGAAATAATTGAGT

>TRINITY_DN46572_c1_g2_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AGCACAATGCGGAACCAGAAGCAGTTGACCTTTTAATGGAGGTAGAAGAGTTGGATATGTTAACTGATCATATTGACGCTACAAATTATCAGCGTACGTGTTTGTACTTGACAAGCTTTGCAAGTTATGTTCCAGGACCTGATGATATGTTAGTCCTTGACATAGCTTATTCAATTTACACAAAATTTGGAGAATACACA
AATGCACTTAGAGTGGCCTTATGTATGCATAATTTGCAGATCCTCTACAGAAGAAGCAGCTCTGCTAGATTTTGGCTCGATAGGTAGGGGAGTATTTTCCTTGCTTGGGAAATAATTGAGTTTTACTTGAGACTTGTAAGAGCTTGAATATGGAAATCTTGTTTTAAATACCACTTGTAATAAGCGATGCCCCATTAATT
ATCTTTTAATGCAAAGATTCTTTGGAGAATTGAATGCTTATTTAGATGGTTTAGTTCACCCCATAAAAGGCTTTGAAATATAAATAGATCGAATGGAGGAAAGAAACAAGTAGGTGCAAGGAATTGGGACTGAAATTCCTTTGTCAAGAACCAGGATTGTACTTGACAAGCTTTGCAAGGTAAGGGGAAAGAAGTTTGCA
AATTGTTAGTGTAGGATATATGGACAATCAAGCATTATATATAGTCACTGGTGTTTGTGTTTTATTCAATTGCCCTCAATGTAAGGTAATCTATTGGCAATCTGTGCAAATTAACAAAATCTGTGTGCTTGGTGTCTATAAATAGAGGAAATCCGAGATTCCTTGATTGTGGAGTAATCCTTAACTTGCATGTCTATATT
TTATGGCTAAACCTCATATGCAATATAAACATTATTTAAGAAAGTTACTTTTGATGTTGCAGTTATGTTCCAGGACCTGATGACATGTTAGTCCTTGACATAGCTTATTCAATTTACACAAAATTTGGAGAATACAGGAAATTTGGAGAATACACAAATGCACTTAGAGTGGCCTTATGTATGCATAATTTGCAGgtata
tccgactatacccttcagccttgagaatgttccttctattagatcttgttcttatttttagttctggtcctttgagggcagttgtaggatgaggaattacttactggtcatgttcatgtacagaagctgcagctctgttatcttttggtttgatttgtaattttactgttagttaacctcttatggttcttcctttttta
cggtacgtgaaggccatattcactgcttgtgtagATCCTCTACAGAAGAAGCAGCTCTGCTAGATTTTGGCTCGATAGGTAGGGGAGTATTTTCCTTGCTTGGGAAATAATTGAGT

Intron 3 GTATATCCGA ... GCTTGTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.17	8.3	3	0
A2	0	1	0	0
A3	87.5	0.5	3	0
A4	30.77	7.3	3	0
A5	66.67	1	2	0
A6	62.5	2	3	0
A7	75.78	3.8	10	0
A8	40.18	4.5	3	0
A9	50	3	3	0
A10	90	1	8	0

>TRINITY_DN46572_c1_g2_i6 from sample A7 / Example spliced isoform

TTATGTATGCATAATTTGCAGTATGTGAAGGTCATTTCACTGCTTGTGTATGTTAGTCCTTGACATAGCTTATTCAATTTACACAAAATTTGGAGAATACACAAATGCACTTAGAGTGGCCTTATGTATGCATAATTTGCAGATCCTCTACAGAAGAAGCAGCTCTGCTAGATTTTGGCTCGATAGGTAGGGGAGTATTT
TCCTTGCTTGGGAAATAATTGAGTTTTACTTGAGACTTGTAAGAGCTTGAATATGGAAATCTTGTTTTAAATACCACTTGTAATAAGCGATGCCCCATTAATTATCTTTTAATGCAAAGATTCTTTGGAGAATTGAATGCTTATTTAGATGGTTTAGTTCACCCCATAAAAGGCTTTGAAATATCAATAGATTGAATGGA
GGAAAGAAACAAGTAGGTGCAAGGAATTGGGACTGAAATTCCTTTGTCAAGAACCAGGATTGTACTTGACAAGCTTTGCAAGGTAAGGGGAAAGAAGTTTGCAAATTGTTGGTGTAAGATATATGGACAATCAAGCATTAAATATAGTCACTGGTGTTTGTGTTTTATTCAATTGCCCTCAATGTAAGGTAATCTATTGG
CAATCTGTGCAAATTAACAAAATCTGTGTGCCTGATGTCTATAAATAGAGGAAATTTGAGATTCCTTGATTGTGGAGTAATTCTTAACTTGCATGTCTATATTTTATGGCTAAACCTCATATGCAATATAAATCTTATTTAAGAAAGTTACTTTTGATGTTGCAGTTATGTTCCAGGACCTGATGACATGTTAGTCCTTG
ACATAGCTTATTCAATTTACACGAAATTTGGAGAATACACAAATGCACTTAGAGTGGCCTTATGTATGCATAATTTGCAGGTATATCCGACTATACCCTTCAGCCTTGAGAATGTTCCTTCTATTAGATATTGTTCTTTTTTTAAGTTCTGGTCCTTTGGGGGCAGTTGTAGGATGAAGAATTACTTACTGGTCCTGTTC
ATGTACAGAAGCTGCGTGTGAAGGTCATTTCACTGCTTGTGTAGATCCTCTACAGAAGAAGCAGCTCTGCTAGATTTTGGCTCGATAGGTAGGGGAGTATTTTCCTTGCTTGGGAAATAATTGAGT

>TRINITY_DN46572_c1_g2_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TTATGTATGCATAATTTGCAGTATGTGAAGGTCATTTCACTGCTTGTGTATGTTAGTCCTTGACATAGCTTATTCAATTTACACAAAATTTGGAGAATACACAAATGCACTTAGAGTGGCCTTATGTATGCATAATTTGCAGATCCTCTACAGAAGAAGCAGCTCTGCTAGATTTTGGCTCGATAGGTAGGGGAGTATTT
TCCTTGCTTGGGAAATAATTGAGTTTTACTTGAGACTTGTAAGAGCTTGAATATGGAAATCTTGTTTTAAATACCACTTGTAATAAGCGATGCCCCATTAATTATCTTTTAATGCAAAGATTCTTTGGAGAATTGAATGCTTATTTAGATGGTTTAGTTCACCCCATAAAAGGCTTTGAAATATCAATAGATTGAATGGA
GGAAAGAAACAAGTAGGTGCAAGGAATTGGGACTGAAATTCCTTTGTCAAGAACCAGGATTGTACTTGACAAGCTTTGCAAGGTAAGGGGAAAGAAGTTTGCAAATTGTTGGTGTAAGATATATGGACAATCAAGCATTAAATATAGTCACTGGTGTTTGTGTTTTATTCAATTGCCCTCAATGTAAGGTAATCTATTGG
CAATCTGTGCAAATTAACAAAATCTGTGTGCCTGATGTCTATAAATAGAGGAAATTTGAGATTCCTTGATTGTGGAGTAATTCTTAACTTGCATGTCTATATTTTATGGCTAAACCTCATATGCAATATAAATCTTATTTAAGAAAGTTACTTTTGATGTTGCAGTTATGTTCCAGGACCTGATGACATGTTAGTCCTTG
ACATAGCTTATTCAATTTACACGAAATTTGGAGAATACACAAATGCACTTAGAGTGGCCTTATGTATGCATAATTTGCAGgtatatccgactatacccttcagccttgagaatgttccttctattagatattgttctttttttaagttctggtcctttgggggcagttgtaggatgaagaattacttactggtcctgttc
atgtacagaagctgcgtgtgaaggtcatttcactgcttgtgtagATCCTCTACAGAAGAAGCAGCTCTGCTAGATTTTGGCTCGATAGGTAGGGGAGTATTTTCCTTGCTTGGGAAATAATTGAGT

Intron 4 GTATTGCATA ... ACATCTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	5.71	33	2	2
A2	0	24	0	0
A3	0	38	0	0
A4	4	24	2	0
A5	25	18	5	7
A6	0	22	0	0
A7	0	15	0	0
A8	0	4	0	0
A9	0	17	0	0
A10	0	15	0	0

>TRINITY_DN103274_c0_g4_i3 from sample A5 / Example spliced isoform

CACAAACTTGCGATCTTTTCGTCGCATGTATTTAATCTGCGTGCTGTGTTAACCGAGGGTTTTCTGCTCGTCTCTCCTCTCGGTGGCTGCAAGAATTGATCCTAACCTTCTAAAAGCTCTGCAATTCTTGTCTGGTGCTCGTGGTGGCCATGGCGCCCTCTTCCACTCAGAACGGACATGTGGAGCAGCCTGCTCCTCCC
AAGGTCCCCTCCAAGGATCCCAAGAAGACCAAGGATGAGAAGAAAGAGGAAGATCTGTCCGAGGAAGATTTAGCTTTGAAACAGCAGTTAGAGCTGTACGTTGAGAGAGTTCAAGATGTAGATCCGGGAGTGCAGAAGTTGGCTCTCGAGAGTATGAGGCAAGAAATTCGAACTGCAACCAGCTCTATGACATCAGTACC
TAAACCTCTGAAATTTCTTCGGCCTCATTATGGTACATTAAAAGCATATTATGAAACAATGGCAGATTCTGATGTGAAGATGTACCTTGCAGATATCTTATCAGTTTTGGCTTTGACGATGTCGGCAGAAGGGGAAAGGGAAAGTTTAAAATTTAGGTTGCTTGGCTCCAAGGGAGATATTGGTTCCTGGGGTCATGAAT
ATGTTCGGAATCTTGCTGGAGAAATTGCACAAGAGTACCAAAAGCGGCAGACGGAAGAGGCGCAC

>TRINITY_DN103274_c0_g4_i2 from sample A5 / Example unspliced isoform:

AAGAAACTATCTTCTGAAACACTGATTCTAAATTTCCCCCTTTATCTTTGCTTTTGTTAATAATGGTCCTGTCTTGTCTGTGTTGCTGATCTTTTAGCAAGATCTTAAATTGTGTCTTTTGTTTTGGCTTGCAGATGTACCTTGCAGATATCTTATCAGTTTTGGCTTTGACGATGTCGGCAGAAGGGGAAAGGgtattg
catacatttttatttaaccctctcttcaattctatctattcacatttctttttgcattcagcattttcgtaattctaaatgtgtttatctaaagtctaatattttatcttataacatcttcagGAAAGTTTAAAATTTAGGTTGCTTGGCTCCAAGGGAGATATTGGTTCCTGGGGTCATGAATATGTTCGGTAAGTAAG
AGCATCCTACAAACTATAATTTATAATTATATTAGATTTTGTTTTAATTTGTAATGCGATTATATTCCTGAAAATCATCATTTGACATTAGTTTGCAGCCCTTCTTTGTCTCTTACCACGAGTTCTTGAATTGTGGATTGAATACCTCAAACAACAGTCTAATTCTGTCACCGAATGTGTTGGCTGTGCTCCTCTTTTTG
ACTGAATGTTGAGG

Intron 5 GTAAGAAACT ... TGGCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.14	22	7	0
A2	35	13	7	0
A3	25.76	49	17	3
A4	24.24	25	8	0
A5	6.67	14	1	1
A6	26.67	11	4	0
A7	31.58	13	6	0
A8	25	3	1	0
A9	22.73	17	5	0
A10	20	8	2	0

>TRINITY_DN115139_c0_g1_i7 from sample A3 / Example spliced isoform

GGAAATCAAATAGTGGAAGGGTATATACAATGGTATTTACATCCTCTTCCTGGAGTAGCCTATGCGTTTATTAGTAGTGTTACTATATTTTTTGATATGATTATTTATGTTCCTGTGAAGTCTTGGTATTAATGATAGTTTTTGTTGGCTAATGCTCAATTATACTTTTGTATATGAATGATTGCTAATGATACAAGTCA
TCAGGATGTGTTTTTATGCCCCTCCATTTCTTCTTGGAGGGAAAACATATGCATAAGATACCAAACTCTTTTTATGATAATAGGCATCTGTCAACTATCTTGCTTTTTCCATAAATCATAAAGTAGCGTTTCGTTTTGGTGCTGATTTCTGGGCATATATGCCACTATTACAGGCAAGAAATTCGAACTGCAACCAGCTC
TATGACATCAGTACCTAAACCTCTGAAATTTCTTCGGCCTCATTATGGTACATTAAAAGCATATTATGAAACAATGGCAGATTCTGATGTGAAGATGTACCTTGCAGATATCTTATCAGTTTTGGCTTTGACGATGTCGGCAGAAGGGGAAAGGGAAAGTTTAAAATTTAGGTTGCTTGGCTCCAAGGGAGATATTGGTT
CCTGGGGTCATGAATATGTTCGGAATCTTGCTGGAGAAATTGCACAAGAGTACCAAAAGCGGCAGACGGAAGAGGCGCATGTTGATGATCTTATGGATCTGGTTCAACAAATTGTCTCATTTCATGTGAAGCACAATGCGGAACCAGAAGCAGTTGACCTTTTAATGGAGGTAGAAGAGTTGGATATGTTAACTGATCAT
ATTGACGCTACAAATTATAAGCGTACGTGTTTGTACTTGACAAGCTTTGCAAGTTATGTTCCAGGACCTGATGATATGTTAGTCCTTGACATAGCTTATTCAATTTACACAAAATTTGGAGAATACACAAATGCACTTAGAGTGGCCTTATGTATGCATAATTTGCAGTACGTGAAGGCCATATTCACTGCTTGTGTAGA
TCCTCTACAGAAGAAGCAGCTCTGCTACATTTTGGCTCGACAGGGAGTGACATTGGAGCTACATGATGAAATGACAAATGGCAATGAAGAGCAACGGGAACTACTACAGGAAATAATTAATAACATAAAACTGAGTGAGGGTTTTCTGACTCTAGCACGTGATCTTGAGATAATGGAGTCCAAGTCCCCTGAGGATATCT
ATAAGGCACATTTGATTGATGGGCGTGCAAGTGCCGGTGCAAGTGTTGATTCTGCCCGACAGAACTTGGCTGCCACATTTGTGAATGCATTCGTAAATGCTGGATTTGGTCAAGACAAATTAATGACAGCTGCTACAGAATCATCAAGTGGCAGCAACACAGGAAATTGGCTTTTTAAGAACAAAGAACATGGAAAAGCC
AGTGCTGCAGCCAGTTTGGGTTTGATTCTCCTTTGGGATGTTGATGCTGGCCTTACACAAATAGACAAGTATTTCAGTAGCAATGATAATCATGCGATTGCTGGAGCCTTGCTTGCAGTCGGTATTGTAAATTGTGGCATCCAAAATGAATGTGATCCTGCATACGCACTTCTTGCAGAGTACGTCAGTAAGGATGAGTC
AAACATCCGAATTGGGGCGATTATGGGCCTTGGGTTAGCATATGCTGGTTCTCAAAAGGACGAGGTGCTTCGACTTCTATCTCCTATTTTAACAGACTCGAAGGTTCCAATAGATGTGATTGCATTCACTGCAATATCTCTGGGATTGATCTATGTTGGATCTTGCAATGATGAGGTGGCTCAGTCAATTATTATTGCCT
TGATGGAGAGAAGTGACTCTGAGCTAGGAGAGCCACTTACTCGATTTCTCTGCTTAGGCCTTGGCCTCTTATATCTTGGAAAGCAAGAAAAAGTTGATGCAACTTTGGAAGTAGCAAAGACATTCAATGAAAAAATATCAAGATATTGTCAAGTTACACTGGAGTCCTGTGCGTATGCTGGGACTGGAAATGTTCTTAAG
GTACAAAGTCTTCTTGGTCTCTGTGCGGAACATCTTGAGAAGGGTGAGAGTCATCAGGCACCAGCTGTAATTGGAATTGCAATGGTTGCAATGGCTGAGGAGCTTGGCCTTGAAATGGCTACACGCTCTTTGGAGCATCTCTTGCAATATGGAGAGCAAAATATCAGGAGATCTGTCCCTTTGGCTCTAGGCCTATTGTC
AATATCAAATCCAAAGGTTAATGTGATGGACACTTTAAGTAGACTTAGTCATGACACCGATTCAGAAGTTGCTATGGCAGCAACGTTGGCTTTAGGATTAATTGGTGCAGGGACGAATAATGCTCGAATAGCTGGCATGCTTCGAAATCTTTCGAGCTACTATTACAAAGATCCAAGTCTTCTTTTCTGTGTTCGTATTG
CTCAAGGTTTGGTGCATTTAGGAAAGGGGTTATTAACTCTGAATCCTTATCATTCGGACCGGTTTTTGCTGTCACACTCTGCATTGGCTGGCATTGTAACATTGCTCCATGCATGCTTGGACATGAAGTCTATTATTTTGGGGAAATACCATTATGTTCTCTACTTCCTTGTGTTGGCCATGCAGCCAAGGATGCTAATG
ACGGTGGACGAGAATTTAAAACCCTTGTCAATTCCTGTTCGAGTAGGGCAAGCTGTAGATGTTGTTGGTCAGGCTGGTCGGCCGAAGACTATAACTGGATTCCAGACGCATACAACTCCTGTTCTACTTGCAACTGGCGACAGAGCAGAACTAGCAACAGAAAAGTATATCCCTCTATCTTCAGTCTTAGAAGGGTTTGT
CATTTTGAAAGAAAATCCTGATTATCAGCATGACAACCGTACCAGCTAAATGAATCAAATCTGATTGATTTGAATGGATGGTTCAAAGGAAGTGACAGTTGATTCTTGAGTTGGAAGGGATACAGAATTGTATTTTCATTTCCCCTCTTTCAATGCTTAACTCCACATTTTCCCTACAGATGGATGACGTGATAAAAGTT
CCATTTGAAAGATCTTAGCAGGAGATCATTTCTTTGTGTTCCTGGTTGGGCTTTTTGTTTGCCAGATGTCAGGAATGATTTTTTTCACAGTAAAAATAGCAAATGAACGTATGTTCAGTCAATATGGCATTCTTCAATTCTGAC

>TRINITY_DN115139_c0_g1_i5 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GGAAATCAAATAGTGGAAGGGTATATACAATGGTATTTACATCCTCTTCCTGGAGTAGCCTATGCGTTTATTAGTAGTGTTACTATATTTTTTGATATGATTATTTATGTTCCTGTGAAGTCTTGGTATTAATGATAGTTTTTGTTGGCTAATGCTCAATTATACTTTTGTATATGAATGATTGCTAATGATACAAGTCA
TCAGGATGTGTTTTTATGCCCCTCCATTTCTTCTTGGAGGGAAAACATATGCATAAGATACCAAACTCTTTTTATGATAATAGGCATCTGTCAACTATCTTGCTTTTTCCATAAATCATAAAGTAGCGTTTCGTTTTGGTGCTGATTTCTGGGCATATATGCCACTATTACAGGCAAGAAATTCGAACTGCAACCAGCTC
TATGACATCAGTACCTAAACCTCTGAAATTTCTTCGGCCTCATTATGGTACATTAAAAGCATATTATGAAACAATGGCAGATTCTGATGTGAAGgtaagaaactatcttctgaaacactgattctaaatttccccctttatctttgcttttgttaataatggtcctgtcttgtctgtgttgctgatcttttagcaagatc
ttaaattgtgtcttttgttttggcttgcagATGTACCTTGC

Intron 6 GTATGTTCCC ... GCTGGCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	28.44	20	11	5
A2	37.19	13	7	8.4
A3	24.44	22	7	7.8
A4	10.71	16	2	2
A5	17.27	9	3	0.8
A6	19.5	7	0	3.6
A7	11.54	13	3	0.4
A8	10	3	0	0.8
A9	5	7	0	0.8
A10	23.76	6	3	0.8

>TRINITY_DN114623_c1_g1_i17 from sample A2 / Example spliced isoform

CGGCGCATGTATTTAATCTGCGTGCTGTGTTAACCGAGGGTTTTCTGCTCGTCTCTCCTCTCGGTGGCTGCAAGAATTGATCCTAACCTTCTAAAAGCTCTGCAATTCTTGTCTGGTGCTCGTGGTGGCCATGGCGCCCTCTTCCACTCAGAACGGACATGTGGAGCAGCCTGCTCCTCCCAAGGTCCCCTCCAAGGATC
CCAAGAAGACCAAGGATGAGAAGAAAGAGGAAGATCTGTCCGAGGAAGATTTAGCTTTGAAACAGCAGTTAGAGCTGTACGTTGAGAGAGTTCAAGATGTAGATCCGGGAGTGCAGAAGTTGGCTCTCGAGAGTATGAGGCAAGAAATTCGAACTGCAACCAGCTCTATGACATCAGTACCTAAACCTCTGAAATTTCTT
CGGCCTCATTATGGTACATTAAAAGCATATTATGAAACAATGGCAGATTCTGATGTGAAGATGTACCTTGCAGATATCTTATCAGTTTTGGCTTTGACGATGTCGGCAGAAGGGGAAAGGGAAAGTTTAAAATTTAGGTTGCTTGGCTCCAAGGGAGATATTGGTTCCTGGGGTCATGAATATGTTCGGAATCTTGCTGG
AGAAATTGCACAAGAGTACCAAAAGCGGCAGACGGAAGAGGCGCATGTTGATGATCTTATGGATCTGGTTCAACAAATTGTCTCATTTCATGTGAAGCACAATGCGGAACCAGAAGCAGTTGACCTTTTAATGGAGGTAGAAGAGTTGGATATGTTAACTGATCATATTGACGCTACAAATTATAAGCGTACGTGTTTGT
ACTTGACAAGCTTTGCAAGTTATGTTCCAGGACCTGATGATATGTTAGTCCTTGACATAGCTTATTCAATTTACACAAAATTTGGAGAATACACAAATGCACTTAGAGTGGCCTTATGTATGCATAATTTGCAGTACGTGAAGGCCATATTCACTGCTTGTGTAGATCCTCTACAGAAGAAGCAGCTCTGCTACATTTTG
GCTCGACAGGTAGGGGAGTATTTGCCTTGCTTGGGAAATAATTGAGTTTTACTTGAGACTTGTAAGAGCTTGAACATGGAAATCTTGTTTTAAATACCACTTGTAATAAGTGATGCCCCATTAATTATCTTTTAATGCAAAGATTCTTTGGAGAATTGAATGCTTATTTAGATGGTTTAGTTCACCCCATAAAAGGCTTT
GAAATATCAATATATGTTAGTCCTTGACATAGCTTATTCAATTTACACAAAATTTGGAGAATACACAAATGCACTTAGAGTGGCCTTATGTATGCATAATTTGCAGTACGTGAAGGCCATATTCACTGCTTGTGTAGATCCTCTACAGAAGAAGCAGCTCTGCTACATTTTGGCTCGACAGGGAGTGACATTGGAGCTAC
ATGATGAAATGACAAATGGCAATGAAGAGCAACGGGAACTACTACAGGAAATAATTAATAACATAAAACTGAGTGAGGGTTTTCTGACTCTAGCACGTGATCTTGAGATGATGGAGTCCAAGTCCCTTGAGGATATCTATAAGGTGACACTGCTCTGGACAATTTTTAGATTCTCTTTTTATGTTATCTTTGTTTATCAT
GTTCTGAACTTGCTAGAAATACCAGAAGGACACCATGAACTTATGGTTAGTAGCTTATTTCATTTAATAAAAATTAAAACCAACAGTGTTTTATTTTATTAGCAATAGAACTTGTTTATGTCCTTGTTTTCCAACTTATGGTTTACTAAAGTCGTTTTGCA

>TRINITY_DN114623_c1_g1_i8 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CGGCGCATGTATTTAATCTGCGTGCTGTGTTAACCGAGGGTTTTCTGCTCGTCTCTCCTCTCGGTGGCTGCAAGAATTGATCCTAACCTTCTAAAAGCTCTGCAATTCTTGTCTGGTGCTCGTGGTGGCCATGGCGCCCTCTTCCACTCAGAACGGACATGTGGAGCAGCCTGCTCCTCCCAAGGTCCCCTCCAAGGATC
CCAAGAAGACCAAGGATGAGAAGAAAGAGGAAGATCTGgtatgttccctccaacatttttccccaaaatttattttttctttgaatgtcttttcatttgctccatcgttcaccgtgccttcatgtgtgatgatgatctgtggcttttttttgcaaaaacgatggggattttaatttatctgcaatgttcggctggcacag


TCCGAGGAAGATTTAGCTTTGAAACAGCAGTTAGAGCTGTACGTTGAGAGAGTTCAAGATGTAGATCCGGGAGTGCAGAAGTTGGCTCTCGAGAGTATGAGGTACTTACTGTATCTAGTTTTTTGCATTTAACCTAAAGCTATCTAGTGCATTAATTTATTCCATCTTTTGATAATGTGCTTCTTCAGTCTTAAAAAATG
CACTTTTCAAATGTCGGTGTTCAACACCGTAATTATATACCTGCGACTTTCGTTTATTCTGGAGTCTGACTGTCTCTTGTTTAGGTTTCTAGTGTTTTAACCTGCCTATTAATAGTAATTGTATTTGATACCGTATGCTCGATGAACACCAACTATGGACTGAAGTGGGGAGCTCCCATCCAAAATATTGTTTAGCTGAA
GAAGAAGAGGTTTTGCAATTTCACACATGGTATTTTGGATTTTTGTCAAGAGAAAAAAAACGGTCTGTAAAACATCTTTTCTGAATTAAGAAAAAAAC

Intron 7 GTAACGTTAA ... GATTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	32.24	31	19	10.5
A2	16.92	27	9	2
A3	17.49	46	12	7.5
A4	16.69	31	4	8.5
A5	37.14	11	8	5
A6	14.94	17	3	3
A7	25.83	29.5	3	17.5
A8	43.59	11	9	8
A9	18.52	22	9	1
A10	16.32	41	7	9

>TRINITY_DN120296_c0_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoform

GTTTTTATGCCCCTCCATTTCTTCTTGGAGGGAAAACATATGCATAAGATACCAAACTCTTTTTATGATAATAGGCATCTGTCAACTATCTTGCTTTTTCCATAAATCATAAAGTAGCGTTTCGTTTTGGTGCTGATTTCTGGGCATATATGCCACTATTACAGGCAAGAAATTCGAACTGCAACCAGCTCTATGACATC
AGTACCTAAACCTCTGAAATTTCTTCGGCCTCATTATGGTACATTAAAAGCATATTATGAAACAATGGCAGATTCTGATGTGAAGATGTACCTTGCAGATATCTTATCAGTTTTGGCTTTGACGATGTCGGCAGAAGGGGAAAGGGAAAGTTTAAAATTTAGGTTGCTTGGCTCCAAGGGAGATATTGGTTCCTGGGGTC
ATGAATATGTTCGGAATCTTGCTGGAGAAATTGCACAAGAGTACCAAAAGCGGCAGACGGAAGAGGCGCATGTTGATGATCTTATGGATCTGGTTCAACAAATTGTCTCATTTCATGTGAAGCACAATGCGGAACCAGAAGCAGTTGACCTTTTAATGGAGGTAGAAGAGTTGGATATGTTAACTGATCATATTGACGCT
ACAAATTATAAGCGTACGTGTTTGTACTTGACAAGCTTTGCAAGTTATGTTCCAGGACCTGATGACATGTTAGTCCTTGACATAGCTTATTCAATTTACACAAAATTTGGAGAATACACAAATGCACTTAGAGTGGCCTTATGTATGCATAATTTGCAGTACGTGAAGGCCATATTCACTGCTTGTGTAGATCCTCTACA
GAAGAAGCAGCTCTGCTACATTTTGGCTCGACAGGGAGTGACATTGGAGCTACATGATGAAATGACAAATGGCAATGAAGAGCAACAGGAACTACTAAAAGAAATAATTAATAACACAAAACTGAGTGAGGGTTGTCTGACTCTAGCATGTGATCTTGAGATAATGGAGTCCAAGTCCC

>TRINITY_DN120296_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ACTCAACAGGAAAATAACTGATTTGCTATTTGCAAAGTGAATTAGATAGTAATTAGTATTTGAATGGTGAGGATGGTCATAGGTAGATTCCAAAGAAAGCCTCAGTAATTTTATCTTGCCCAAGACTCCAAGAGATTTTTTTTTTCTGAAATATGGAACTGCTGCTGTTGCTTTAATGTTTGGGAAGGATTTATATTTTA
TTAATTACTTTGATATTGTTTCTATCTCTTATTATGCCTTAATTGTAAACTTTTAAAACTAAGCAAAAAATATGGAAGCTGTGTTTCTTATCAATTGAACTAATAGGTATGCTTTATCACATCAGGTTTCTCTATTTTTGAGGTGATTTATATTCAATTTCTGTTTCAGCGTTCCATCCTTTTGTTCTCATAATACATAG
TGTTTCAAAGGATTGTGCTGTAGAGTGATCTAATTTTCCTTTTGTGCAGCACAATGCGGAACCAGAAGCAGTTGACCTTTTAATGGAGGTAGAAGAGTTGGATATGTTAACTGATCATATTGACGCTACAAATTATAAGCGTACGTGTTTGTACTTGACAAGCTTTGCAAGgtaacgttaaagaagttggcaaattgtta
gtgtaggatatatggacaatcaagcattatatatagtcactggtgtttgtgttctattcaattaccctccatgtaaggtaatctattggcaatctgtgcaaattaataaaatctgtgtgctcgatgtctataaatagaggaaatccgagattcctttattgtggagtaattcttaacttgcatgtctatattttatgact
aaaccttatatgcaatataaatcttatttaagaaagttacttttgatgttgcagTTATGTTCCAGGACCTGATGACATGTTAGTCCTTGACATAGCTTATTCAATTTACACAAAATTTGGAGAATACACAAATGCACTTAGAGTGGCCTTATGTATGCATAATTTGCAGATCCTCTACAGAAGAAGCAGCTCTGCTACAT
TTTGGCTCGACAGCGAGGGGAGTATTTGCCTTGCTTGGGAAATAATTGAGTTTTACTTGAGACTTGTAAGAGCTTGAATATGGAAATCTTGTTTTAAATACCACTTGTAATAAGCGATGCCCCA