sp|Q9LY62|GMT1_ARATH ----> Glycosylinositol phosphorylceramide mannosyl transferase 1

Intron 1 GTTTGTATCA ... TGTAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	13.66	59	0	9
A2	4.59	43	0	2
A3	5.69	68.5	0	4
A4	0	43.5	0	0
A5	0	15.5	0	0
A6	0	580.5	0	0
A7	0	324.5	0	0
A8	0.78	404	0	3
A9	0.3	348.5	0	1
A10	0.78	263.5	0	2

>TRINITY_DN125743_c4_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

CTTTTAACCTAAATATTTACAAATCCATATAATAATAATATAATTTCTTTTTAACACCGTACTTCTTATTACATATTCTTAATTCTTAATCTCACATTGCATCTGTGAACAAATCCTTTCAAATACATGCTGGAAATTGTTCAGTAGAAAATGAAAACGCCAGCACCGAAAACCTGAAAAGCCAAAGCTGGGAATCTGAA
GGAAACTTGCACCTGCTTTACCGTTTCAAGGATCAATTATAGTAAGAATTTTACCAGCATCACACTTTTTTCTATCTTATCCAGATAGCAGGGTGCTGTCATGCGAGTTCATCACAGGAATCGCTCCCTCGTCAAATGGATTCGGCAGCAGCTAACAAACATTGGCTCCTTCAAGACAAAGCTACTCTTACCCTTCTGTA
TATTATTTGCGCTCATTCTAATCGTGGGCCGCCCTGGTTCCTTCATGGGATGGCACCTCCATTCCACTGAACATAAATCCCCTGCTTCCAGGGCGGGCTACACAGTACTAATTAATACATGGAGGCGGAATTCAGTTCTCAAGCGAACGGTAGCACACTATGCATCTTGTAGCAGTGTTGATGCAGTACGTGTTGTGTGG
AGCGAGAACAATCCACCATCGGAATCTCTGAAGGCCTATCTCAGGAAGACTGTGCATTCAAAAGCAAAAAGTAATCACAAACCTGACTTTAGGTTTGACCTGAACGAGGAGGACAATCTCAACAACAGATTTAAACCGATTGAGGGCTTGAGAACAGATGCAATTTTTTCTATTGATGACGATGTTGTAGTTCCATGTTC
CACCTTGGAGTTTGCATTTAGTGTGTGGCAAAGTGCTCCAGATAGCATGGTTGGGTTCGTCCCACGCATGCATTGGGTTGATACAAAGAACACTGATGCCATACGTTATAAGTATGGTGGCTGGTGGTCTGTGTGGTGGATGGGGACTTATAGCATGGTTCTTTCCAAAGCAGCCTTTTTTCATCAAAAGTATTTGGAAA
TGTATACTTATCACATGCCAGCATCAATTCAAGAATATGTAAGCAGGGAAAGGAATTGTGAAGATATTGCAATGTCTTTCCTTGTTGCAAATGCGACTGGAGCTCCTCCTGTTTGGGTTGAAGGCAAATTATTTGAAATTGGTTCAAGTGGCATTAGTAGCTTGAAAGGACACAGTCAACGGAGAAATGAATGTCTCAAT
GACTTTGTTTCTCTATATGGTTATATGCCCTTGGTTGCCAGTAATTTTAAGGCTGTTAATGCTCAATATGAATGGTTTTGGTAGCTCTACTTCATTTCCTCATTGTATTCTTGTTATGATCAGATTCTGTGGGCATTTAGTTTATGCCAGGTATTAAAGTATATTACCTGCCTGGATAAAACATTACTGCTCTTTTTGTA
CCATTGGACTTCGAGCTTTCTTTTACTTTTTCCCGAGTTCTTTTGGTGTAGTTCAACGCTATTCTAAAGATAATCAGTCAATGTTATTTCATGAAAAATGAGAGTGTCGAAGGGTTCATTTGTTTTTCTCCCTTTTGTTTAGGTTGGAGACAACCTATGTATTTAAACATGTTCATGTTTTGGAAATTATGTTTTATTCC
ATATTGCCGACATCAGTTTGCGGGGCAGGGGCTCATTAAACTGTTTAATTATCTCAAGACGAATGTATCTGGGCTAAATAGGGTAAAAAAGACGGTTCCTATTGTATGCCTATTCATAGGGAGCATCTGTTTTGATGATACATTTGAACTTAAGTGAACTGAGTGAGATCAATGGAAATGAAATGTCCTTACGGAATATT
GTAACATCTTACAGGCGATACCTATGATGCCCTTTAAATGAAAAGGGATAATGATAGGATTAGAAGGAAATTGCTTGATTTCTGTTCTTGAAGTGAAGATTTCATACCTTGAATTGTATTATGGTAATTTTCT

>TRINITY_DN125743_c4_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CACATGCCAGCATCAATTCAAGATTATGTAAGCAGGGAAAGgtttgtatcattgtcactttgtctgtccagtgaactagctatttaaatgttgatttctcaaataagtatttggattttcagtcaagtaggatactgtcatatttaatttttttggaatgtcagatattcaggagttattctttttatttgcgtccatgt
aatgcagGAATTGTGAAGATATTGCAATGTCTTTCCTTGTTGCAAATGCGACTGGAGCTCCTCCTGTTTGGGTTGAAGGTAACATATAATATGAAATGAAGTGGATGTGACATAATCATGAATCTCTATATAGGGTTGAGGCACATAACCAAACATAAGGAATAAACACAATATGATATTATGAATAACTGAACTGCATA
TTACAATGTGATTCACCTCTCTTATATAGAGTTT

Intron 2 GTTTGTATCA ... GGAATGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	84.62	2	0	11
A2	50	1	0	1
A3	50	4	0	4
A4	-1	0	0	0
A5	-1	0	0	0
A6	-1	0	0	0
A7	-1	0	0	0
A8	50	2	0	2
A9	0	2	0	0
A10	-1	0	0	0

>TRINITY_DN125743_c4_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

CAAGAATATGTAAGCAGGGAAAGATATTCAGGAGTTATTCTTTTTATTTGCGTCCATGTAATGCAGGAATTGTGAAGATATTGCAATGTCTTTCCTTGTTGCAAATGCGACTGGAGCTCCTCCTGTTTGGGTTGAAGGCAAATTATTTGAAATTGGTTCAAGTGGCATTAGTAGCTTGAAAGGACACAGTCAACGGAGAA
ATGAATGTCTCAATGACTTTGTTTCTCTATATGGTTATATGCCCTTGGTTGCCAGTAATTTTAAGGCTGTTAATGCTCAATATGAATGGTTTTGGTAGCTCTACTTCATTTCCTCATTGTATTCTTGTTATGATCAGATTCTGTGGGCATTTAGTTTATGCCAGGTATTAAAGTATATTACCTGCCTGGATAAAACATTA
CTGCTCTTTTTGTACCATTGGACTTCGAGCTTTCTTTTACTTTTTCCCGAGTTCTTTTGGTGTAGTTCAACGCTATTCTAAAGATAATCAGTCAATGTTATTTCATGAAAAATGAGAGTGTCGAAGGGTTCATTTGTTTTTCTCCCTTTTGTTTAGGTTGGAGACAACCTATGTATTTAAACATGTTCATGTTTTGGAAA
TTATGTTTTATTCCATATTGCCGACATCAGTTTGCGGGGCAGGGGCTCATTAAACTGTTTAATTATCTCAAGACGAATGTATCTGGGCTAAATAGGGTAAAAAAGACGGTTCCTATTGTATGCCTATTCATAGGGAGCATCTGTTTTGATGATACATTTGAACTTAAGTGAACTGAGTGAGATCAATGGAAATGAAATGT
CCTTACGGAATATTGTAACATCTTACAGGCGATACCTATGATGCCCTTTAAATGAAAAGGGATAATGATAGGATTAGAAGGAAATTGCTTGATTTCTGTTCTTGAAGTGAAGATTTCATACCTTGAATTGTATTATGGTAATTTTCT

>TRINITY_DN125743_c4_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CACATGCCAGCATCAATTCAAGATTATGTAAGCAGGGAAAGgtttgtatcattgtcactttgtctgtccagtgaactagctatttaaatgttgatttctcaaataagtatttggattttcagtcaagtaggatactgtcatatttaatttttttggaatgtcagATATTCAGGAGTTATTCTTTTTATTTGCGTCCATGT
AATGCAGGAATTGTGAAGATATTGCAATGTCTTTCCTTGTTGCAAATGCGACTGGAGCTCCTCCTGTTTGGGTTGAAGGTAACATATAATATGAAATGAAGTGGATGTGACATAATCATGAATCTCTATATAGGGTTGAGGCACATAACCAAACATAAGGAATAAACACAATATGATATTATGAATAACTGAACTGCATA
TTACAATGTGATTCACCTCTCTTATATAGAGTTT