sp|Q8RXA7|SCD1_ARATH ----> DENN domain and WD repeat-containing protein SCD1


Intron 1 GTATGTATAT ... GCATATTTAG

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>TRINITY_DN35896_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform
TGCAAACAACTGCCGGAGGCCTTTTCGGTGATTTCCAGAGACGGAATAACAAGTCTTGGGGGAAGCAACATGACTTGGAACTCAGATTGATATTCCTGAAGTTTTTCGCATCTATCCTTAGTGGTTATCGTAACTTTGTGGAGAATACAGCAGCGCGAGTCTTCAATACACAGGCTTTCCTGAAAAAGCGAACTCGCATG
ACCAATCAGGCACCTGAACCCATGGTAGTTCAGTTTTTAGATTCACAGGGTTTCTTTGAATTCCTGGAAAGAAGCCATGGATCAGAGGAATCTGGGCATAATCTCCTAGACAAGCTACAAGATGCAATAGCTAGAGGCCAAAGTCCTTATTCTGTGCTACCAGATACCACAAGCGAGTTAGAGATTATAACTGTAGCAGA
CCCAACTGGTGGAATTGCAGATTCAGCAGCTCCATACCATTATGATCGTTTCCCTGCCAATGCTAGGACTCAGGATCAAGAAGATAAGCGGAAAGCAATTCTGGCTGCTGCAAGTGCAGCATTGGAACATCCTACCAGGCATATTCTAAGTCCAAGATCAGCTCTAACAGGACAGAATTTTGCCAGAGCAGAAAGTCTGA
GCCCAAGGGAGAGAGCTGCAGAAAGAGAACGCATGGTTCTTGACATAAAGGTCAAGCTACAGGGACTTTGGATGCGCCTCCTTAAGCTTGGTGCAACTGATGACCCTCTTTCTTCGTTTGAGTATGGGACAATTCTTGCTCTAATTGAGTCAGATGCAGAAGGTATCGGTGGAAGTGGATTTGTTGAATGCATCAGGGAG
CATATTCACTCAGGATGGCAATGCCAGTTGACAGAGGAGCAGTTCATTGCAGTGAAGGAGTTGCTTAAGACAGCAATAAGCCGTGCCACTTCAAGAGATGACATGGTTACTGTCAGAGATGCCTTAGAAATTTCTGCTGAAATATATAAAAGAGATGCTAATAATGTAGCGGATTATGTTCAACGCCATTTGCGTACCCT
TAATGCCTGGGATGACCCGCGGTTTTGGGAAGGATATTTTGAGAGCATTATGGAGAAAGCCTCAGATAAGCTGGCCAACTATGCTACATTAATCACTGAACAACTTGTTATAATCTTGTCTCATATGGCTGGTTTAGGAATACCTGATGAAGAGGCCTGGTTCATAGTGGAATCAATTGCACGAAAGAACAATCTTGGAT
ACAAGCAACTTATTAAGCTGAGGGGCTTATTGTCTTATCTTCAACAAGCGCAACAAGGCTATTGGGGCATCCTACAAGGACGGATGCAATCATTGTCATCCTCTGTGCACAACCTACCCACTCAGCAACCACATGATGCTGCAGATGAGAGTCAGCAGCCAGCTGAAGCATCTGGTCTAGGACGGAATTGGGTACAAAGC
ATGTTCAGTCGAGATCCAGCTACCCGTAGAGTGCCTTCTGCTCGTGTACAAAGAGGAGCGTCTGATAGTGGTGTTCTAGCTGCCAATGACAACATTCAGAATGCTGCACCACCACCAAAAGTAGAGATACCCACCGTTGGGCCAAAAAGAGGCTATTCAGGTGTGCGTATACTTAGGGGTCATAAGGGTTCTATTACTGC
TCTCCATGCAGTGACAAGACGTGAAGTATGGGATCTCACGAGTGATCAAGAGGATGCTGGATATTTCATTAGTGGGAGTGCTGATTGCACAATCAAATTATGGAATCCAAGTCATCGTGGATCAGAACTTAAATCAACCTTGACAGGGCACACCAGGGCAATTCGTGCTATTAGCTCTGACAAAAGTCGAGTTGTCTCGG
GCTCTGATGATCATTGTGTGTTTGTGTGGGATAAACAAACATCTAGTCTTTTGGAAGAACTCAAGGGACATGATGCTCAGGTCAGCTGTGTAAAAATGCTTTCAGGAGAGCGTGTCCTTACTGCTTCTCATGATGGAAGTGTCAAGATGTGGGATGTTAGAACTGATACTTGTGTAGCAACAGTTGGCCGTGCTTCAAGT
GCAATATTATGTATGGAGTATGACGACACCACTGGAATTTTAGCTGCTGGTGGAAGGGATGCGGTTGGGAATATATGGGATATTCGAGCTGGAAGACAAATGCATAAGCTTTTAGGGCACACAAAATGGATCAGATCCTTGAGAATGGTTGGAGACACAGTTATTACTGGCAGCGATGATTGGACCGCTAGAGTATGGTC
TGTATCTCATGGAAATTGTGACGCTGTGCTTGTATGCCATGCTGGCCCAATCACTAGTGTTGAATACTGTGCATCTGACAAAGGAATAATCACAGGTTCTGAAGATGGTATGGTGCGTTTATGGGAAAGTAGAGAGGGATTATTGCAATGTGTGAAAAATGTCAGCATACATTCATCGGCTATACTGTCAATCAAGGCTG
GAGATCAGTGGTTAGCTATCGGTGCTGCAGATAATTCCATGTCTCTCTTCCATCGGCTTGAACAGCGACCAGGGATTATTGTTGGTACAGGTGACAGGATGGCTGGATGGCAACTGTATCGAACTCCACAACGCAGTGCTGCTGTGGTCCGATGTGTAGCTTCTGATATTGACAGGGGAAGAATCTGCAGTGGTGGTCGC
AATGGAATTCTTCGGCTTTGGGAGCCAATGGTGCAAACATAAAATTTGTAACATAAACTCAATTGCAATATTAGTCTGCAAACAAGCAAAAAACAACATTTTATTTATTGTAATGTTTAAGGTACATATTTTGGCATCTGCATTACATGCAGGCATTCATGCCATTTACGATTGATGTATTGTATGAAGTAAAAAGGCAC
AGCTTATTGAGTTTGCATTTGCATTTTTGAAATGTGGCTATATAATTTAACCACAGTTATATGATTCTAAAGTCTAGCACATTTTGAATGCACTTAAGCAACTGCATGCTTATTTCTTGTATGGTATTTTTGAGATGGCCGTCTTGCTGGGGAGTTTGCTTCTTTCTTGATGTAAAGTATGAGTAGTGATAACTATGAAG
TAAAAAGGCACAGCTTATTGAGTTTGCATTTGCAATTTTGAAATGTGGCGGTATAATATAACCAC


>TRINITY_DN35896_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:
TGCAAACAACTGCCGGAGGCCTTTTCGGTGATTTCCAGAGACGGAATAACAAGTCTTGGGGGAAGCAACATGACTTGGAACTCAGATTGATATTCCTGAAGTTTTTCGCATCTATCCTTAGTGGTTATCGTAACTTTGTGGAGAATACAGCAGCGCGAGTCTTCAATACACAGGCTTTCCTGAAAAAGCGAACTCGCATG
ACCAATCAGGCACCTGAACCCATGGTAGTTCAGTTTTTAGATTCACAGGGTTTCTTTGAATTCCTGGAAAGAAGCCATGGATCAGAGGAATCTGGGCATAATCTCCTAGACAAGCTACAAGATGCAATAGCTAGAGGCCAAAGTCCTTATTCTGTGCTACCAGATACCACAAGCGAGTTAGAGATTATAACTGTAGCAGA
CCCAACTGGTGGAATTGCAGATTCAGCAGCTCCATACCATTATGATCGTTTCCCTGCCAATGCTAGGACTCAGGATCAAGAAGATAAGCGGAAAGCAATTCTGGCTGCTGCAAGTGCAGCATTGGAACATCCTACCAGGCATATTCTAAGTCCAAGATCAGCTCTAACAGGACAGAATTTTGCCAGAGCAGAAAGTCTGA
GCCCAAGGGAGAGAGCTGCAGAAAGAGAACGCATGGTTCTTGACATAAAGGTCAAGCTACAGGGACTTTGGATGCGCCTCCTTAAGCTTGGTGCAACTGATGACCCTCTTTCTTCGTTTGAGTATGGGACAATTCTTGCTCTAATTGAGTCAGATGCAGAAGGTATCGGTGGAAGTGGATTTGTTGAATGCATCAGGGAG
CATATTCACTCAGGATGGCAATGCCAGTTGACAGAGGAGCAGTTCATTGCAGTGAAGGAGTTGCTTAAGACAGCAATAAGCCGTGCCACTTCAAGAGATGACATGGTTACTGTCAGAGATGCCTTAGAAATTTCTGCTGAAATATATAAAAGAGATGCTAATAATGTAGCGGATTATGTTCAACGCCATTTGCGTACCCT
TAATGCCTGGGATGACCCGCGGTTTTGGGAAGGATATTTTGAGAGCATTATGGAGAAAGCCTCAGATAAGCTGGCCAACTATGCTACATTAATCACTGAACAACTTGTTATAATCTTGTCTCATATGGCTGGTTTAGGAATACCTGATGAAGAGGCCTGGTTCATAGTGGAATCAATTGCACGAAAGAACAATCTTGGAT
ACAAGCAACTTATTAAGCTGAGGGGCTTATTGTCTTATCTTCAACAAGCGCAACAAGGCTATTGGGGCATCCTACAAGGACGGATGCAATCATTGTCATCCTCTGTGCACAACCTACCCACTCAGCAACCACATGATGCTGCAGATGAGAGTCAGCAGCCAGCTGAAGCATCTGGTCTAGGACGGAATTGGGTACAAAGC
ATGTTCAGTCGAGATCCAGCTACCCGTAGAGTGCCTTCTGCTCGTGTACAAAGAGGAGCGTCTGATAGTGGTGTTCTAGCTGCCAATGACAACATTCAGAATGCTGCACCACCACCAAAAGTAGAGATACCCACCGTTGGGCCAAAAAGAGGCTATTCAGGTGTGCGTATACTTAGGGGTCATAAGGGTTCTATTACTGC
TCTCCATGCAGTGACAAGACGTGAAGTATGGGATCTCACGAGTGATCAAGAGGATGCTGGATATTTCATTAGTGGGAGTGCTGATTGCACAATCAAATTATGGAATCCAAGTCATCGTGGATCAGAACTTAAATCAACCTTGACAGGGCACACCAGGGCAATTCGTGCTATTAGCTCTGACAAAAGTCGAGTTGTCTCGG
GCTCTGATGATCATTGTGTGTTTGTGTGGGATAAACAAACATCTAGTCTTTTGGAAGAACTCAAGGGACATGATGCTCAGGTCAGCTGTGTAAAAATGCTTTCAGGAGAGCGTGTCCTTACTGCTTCTCATGATGGAAGTGTCAAGATGTGGGATGTTAGAACTGATACTTGTGTAGCAACAGTTGGCCGTGCTTCAAGT
GCAATATTATGTATGGAGTATGACGACACCACTGGAATTTTAGCTGCTGGTGGAAGGGATGCgtatgtatatgttgaattataattttagaacattaagctatggcattgtggttccgtaacaaattgtgacaaccatatatttgaaaatatcaaactgacatttgcatatttagGGTTGGGAATATATGGGATATTCGA
GCTGGAAGACAAATGCATAAGCTTTTAGGGCACACAAAATGGATCAGATCCTTGAGAATGGTTGGAGACACAGTTATTACTGGCAGCGATGATTGGACCGCTAGAGTATGGTCTGTATCTCATGGAAATTGTGACGCTGTGCTTGTATGCCATGCTGGCCCAATCACTAGTGTTGAATACTGTGCATCTGACAAAGGAAT
AATCACAGGTTCTGAAGATGGTATGGTGCGTTTATGGGAAAGTAGAGAGGGATTATTGCAATGTGTGAAAAATGTCAGCATACATTCATCGGCTATACTGTCAATCAAGGCTGGAGATCAGTGGTTAGCTATCGGTGCTGCAGATAATTCCATGTCTCTCTTCCATCGGCTTGAACAGCGACCAGGGATTATTGTTGGTA
CAGGTGACAGGATGGCTGGATGGCAACTGTATCGAACTCCACAACGCAGTGCTGCTGTGGTCCGATGTGTAGCTTCTGATATTGACAGGGGAAGAATCTGCAGTGGTGGTCGCAATGGAATTCTTCGGCTTTGGGAGCCAATGGTGCAAACATAAAATTTGTAACATAAACTCAATTGCAATATTAGTCTGCAAACAAGC
AAAAAACAACATTTTATTTATTGTAATGTTTAAGGTACATATTTTGGCATCTGCATTACATGCAGGCATTCATGCCATTTACGATTGATGTATTGTATGAAGTAAAAAGGCACAGCTTATTGAGTTTGCATTTGCATTTTTGAAATGTGGCTATATAATTTAACCACAGTTATATGATTCTAAAGTCTAGCACATTTTGA
ATGCACTTAAGCAACTGCATGCTTATTTCTTGTATGGTATTTTTGAGATGGCCGTCTTGCTGGGGAGTTTGCTTCTTTCTTGATGTAAAGTATGAGTAGTGATAACTATGAAGTAAAAAGGCACAGCTTATTGAGTTTGCATTTGCAATTTTGAAATGTGGCGGTATAATATAACCAC



Intron 2 GCTGGCCAAC ... GCTGGTTTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN42040_c0_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoform
TTCTTGAAAGACGAATTCTACTTCGGGCAAAAAAAGTACTCATTACTAACGCTTGTTTCGGAAGCTATTTGCCATTTAATCTATCCATTTAAGTGGCAACATGTTTACATTCCACTGCTGTTTTTTAGTGGAGTTGACTATATTGATGCTCCAACACCATATATGATGGGTCTTCCCTCAGGAGTTGACACATACGAGCT
TACAATGGATGGTGTGGTTGTTGTGGACCTTGATTACAATCGTATAACAACATCAGAAGATATTCCCCCAATACCTGACCCAGAGTTGGGTCGCTTACGAACAGACTTAATGGATTTGCTGTATCCAAATCTTATGGATTTAGATCATATGCAAACAACTGCCGGAGGCCTTTTCGGTGATTTCCAGAGACGGAATAACA
AGTCTTGGGGGAAGCAACATGACTTGGAACTCAGATTGATATTCCTGAAGTTTTTCGCATCTATCCTTAGTGGTTATCGTAACTTTGTGGAGAATACAGCAGCGCGAGTCTTCAATACACAGGCTTTCCTGAAAAAGCGAACTCGCATGACCAATCAGGCACCTGAACCCATGGTAGTTCAGTTTTTAGATTCACAGGGT
TTCTTTGAATTCCTGGAAAGAAGCCATGGATCAGAGGAATCTGGGCATAATCTCCTAGACAAGCTACAAGATGCAATAGCTAGAGGCCAAAGTCCTTATTCTGTGCTACCAGATACCACAAGCGAGTTAGAGATTATAACTGTAGCAGACCCAACTGGTGGAATTGCAGATTCAGCAGCTCCATACCATTATGATCGTTT
CCCTGCCAATGCTAGGACTCAGGATCAAGAAGATAAGCGGAAAGCAATTCTGGCTGCTGCAAGTGCAGCATTGGAACATCCTACCAGGCATATTCTAAGTCCAAGATCAGCTCTAACAGGACAGAATTTTGCCAGAGCAGAAAGTCTGAGCCCAAGGGAGAGAGCTGCAGAAAGAGAACGCATGGTTCTTGACATAAAGG
TCAAGCTACAGGGACTTTGGATGCGCCTCCTTAAGCTTGGTGCAACTGATGACCCTCTTTCTTCGTTTGAGTATGGGACAATTCTTGCTCTAATTGAGTCAGATGCAGAAGGTATCGGTGGAAGTGGATTTGTTGAATGCATCAGGGAGCATATTCACTCAGGATGGCAATGCCAGTTGACAGAGGAGCAGTTCATTGCA
GTGAAGGAGTTGCTTAAGACAGCAATAAGCCGTGCCACTTCAAGAGATGACATGGTTACTGTCAGAGATGCCTTAGAAATTTCTGCTGAAATATATAAAAGAGATGCTAATAATGTAGCGGATTATGTTCAACGCCATTTGCGTACCCTTAATGCCTGGGATGACCCGCGGTTTTGGGAAGGATATTTTGAGAGCATTAT
GGAGAAAGCCTCAGATAAGAATACCTGATGAAGAGGCCTGGTTCATAGTGGAATCAATTGCACGAAAGAACAATCTTGGATACAAGCAACTTATTAAGCTGAGGGGCTTATTGTCTTATCTTCAACAAGCGCAACAAGGCTATTGGGGCATCCTACAAGGACGGATGCAATCATTGTCATCCTCTGTGCACAACCTACCC
ACTCAGCAACCACATGATGCTGCAGATGAGAGTCAGCAGCCAGCTGAAGCATCTGGTCTAGGACGGAATTGGGTACAAAGCATGTTCAGTCGAGATCCAGCTACCCGTAGAGTGCCTTCTGCTCGTGTACAAAGAGGAGCGTCTGATAGTGGTGTTCTAGCTGCCAATGACAACATTCAGAATGCTGCACCACCACCAAA
AGTAGAGATACCCACCGTTGGGCCAAAAAGAGGCTATTCAGGTGTGCGTATACTTAGGGGTCATAAGGGTTCTATTACTGCTCTCCATGCAGTGACAAGACGTGAAGTATGGGATCTCACGAGTGATCAAGAGGATGCTGGATATTTCATTAGTGGGAGTGCTGATTGCACAATCAAATTATGGAATCCAAGTCATCGTG
GATCAGAACTTAAATCAACCTTGACAGGGCACACCAGGGCAATTCGTGCTATTAGCTCTGACAAAAGTCGAGTTGTCTCGGGCTCTGATGATCATTGTGTGTTTGTGTGGGATAAACAAACATCTAGTCTTTTGGAAGAACTCAAGGGACATGATGCTCAGGTCAGCTGTGTAAAAATGCTTTCAGGAGAGCGTGTCCTT
ACTGCTTCTCATGATGGAAGTGTCAAGATGTGGGATGTTAGAACTGATACTTGTGTAGCAACAGTTGGCCGTGCTTCAAGTGCAATATTATGTATGGAGTATGACGACACCACTGGAATTTTAGCTGCTGGTGGAAGGGATGCGGTTGGGAATATATGGGATATTCGAGCTGGAAGACAAATGCATAAGCTTTTAGGGCA
CACAAAATGGATCAGATCCTTGAGAATGGTTGGAGACACAGTTATTACTGGCAGCGATGATTGGACCGCTAGAGTATGGTCTGTATCTCATGGAAATTGTGACGCTGTGCTTGTATGCCATGCTGGCCCAATCACTAGTGTTGAATACTGTGCATCTGACAAAGGAATAATCACAGGTTCTGAAGATGGTATGGTGCGTT
TATGGGAAAGTAGAGAGGGATTATTGCAATGTGTGAAAAATGTCAGCATACATTCATCGGCTATACTGTCAATCAAGGCTGGAGATCAGTGGTTAGCTATCGGTGCTGCAGATAATTCCATGTCTCTCTTCCATCGGCTTGAACAGCGACCAGGGATTATTGTTGGTACAGGTGACAGGATGGCTGGATGGCAACTGTAT
CGAACTCCACAACGCAGTGCTGCTGTGGTCCGATGTGTAGCTTCTGATATTGACAGGGGAAGAATCTGCAGTGGTGGTCGCAATGGAATTCTTCGGCTTTGGGAGCCAATGGTGCAAACATAAAATTTGTAACATAAACTCAATTGCAATATTAGTCTGCAAACAAGCAAAAAACAACATTTTATTTATTGTAATGTTTA
AGGTACATATTTTGGCATCTGCATTACATGCAGGCATTCATGCCATTTACGATTGATGTATTGTATGAAGTAAAAAGGCACAGCTTATTGAGTTTGCATTTGCATTTTTGAAATGTGGCTATATAATTTAACCACAGTTATATGATTCTAAAGTCTAGCACATTTTGAATGCACTTAAGCAACTGCATGCTTATTTCTTG
TATGGTATTTTTGAGATGGCCGTCTTGCTGGGGAGTTTGCTTCTTTCTTGATGTAAAGTATGAGTAGTGATAACTATGAAGTAAAAAGGCACAGCTTATTGAGTTTGCATTTGCAATTTTGAAATGTGGCGGC


>TRINITY_DN42040_c0_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:
TTCTTGAAAGACGAATTCTACTTCGGGCAAAAAAAGTACTCATTACTAACGCTTGTTTCGGAAGCTATTTGCCATTTAATCTATCCATTTAAGTGGCAACATGTTTACATTCCACTGCTGTTTTTTAGTGGAGTTGACTATATTGATGCTCCAACACCATATATGATGGGTCTTCCCTCAGGAGTTGACACATACGAGCT
TACAATGGATGGTGTGGTTGTTGTGGACCTTGATTACAATCGTATAACAACATCAGAAGATATTCCCCCAATACCTGACCCAGAGTTGGGTCGCTTACGAACAGACTTAATGGATTTGCTGTATCCAAATCTTATGGATTTAGATCATATGCAAACAACTGCCGGAGGCCTTTTCGGTGATTTCCAGAGACGGAATAACA
AGTCTTGGGGGAAGCAACATGACTTGGAACTCAGATTGATATTCCTGAAGTTTTTCGCATCTATCCTTAGTGGTTATCGTAACTTTGTGGAGAATACAGCAGCGCGAGTCTTCAATACACAGGCTTTCCTGAAAAAGCGAACTCGCATGACCAATCAGGCACCTGAACCCATGGTAGTTCAGTTTTTAGATTCACAGGGT
TTCTTTGAATTCCTGGAAAGAAGCCATGGATCAGAGGAATCTGGGCATAATCTCCTAGACAAGCTACAAGATGCAATAGCTAGAGGCCAAAGTCCTTATTCTGTGCTACCAGATACCACAAGCGAGTTAGAGATTATAACTGTAGCAGACCCAACTGGTGGAATTGCAGATTCAGCAGCTCCATACCATTATGATCGTTT
CCCTGCCAATGCTAGGACTCAGGATCAAGAAGATAAGCGGAAAGCAATTCTGGCTGCTGCAAGTGCAGCATTGGAACATCCTACCAGGCATATTCTAAGTCCAAGATCAGCTCTAACAGGACAGAATTTTGCCAGAGCAGAAAGTCTGAGCCCAAGGGAGAGAGCTGCAGAAAGAGAACGCATGGTTCTTGACATAAAGG
TCAAGCTACAGGGACTTTGGATGCGCCTCCTTAAGCTTGGTGCAACTGATGACCCTCTTTCTTCGTTTGAGTATGGGACAATTCTTGCTCTAATTGAGTCAGATGCAGAAGGTATCGGTGGAAGTGGATTTGTTGAATGCATCAGGGAGCATATTCACTCAGGATGGCAATGCCAGTTGACAGAGGAGCAGTTCATTGCA
GTGAAGGAGTTGCTTAAGACAGCAATAAGCCGTGCCACTTCAAGAGATGACATGGTTACTGTCAGAGATGCCTTAGAAATTTCTGCTGAAATATATAAAAGAGATGCTAATAATGTAGCGGATTATGTTCAACGCCATTTGCGTACCCTTAATGCCTGGGATGACCCGCGGTTTTGGGAAGGATATTTTGAGAGCATTAT
GGAGAAAGCCTCAGATAAgctggccaactatgctacattaatcactgaacaacttgttataatcttgtctcatatggctggtttagGAATACCTGATGAAGAGGCCTGGTTCATAGTGGAATCAATTGCACGAAAGAACAATCTTGGATACAAGCAACTTATTAAGCTGAGGGGCTTATTGTCTTATCTTCAACAAGCGC
AACAAGGCTATTGGGGCATCCTACAAGGACGGATGCAATCATTGTCATCCTCTGTGCACAACCTACCCACTCAGCAACCACATGATGCTGCAGATGAGAGTCAGCAGCCAGCTGAAGCATCTGGTCTAGGACGGAATTGGGTACAAAGCATGTTCAGTCGAGATCCAGCTACCCGTAGAGTGCCTTCTGCTCGTGTACAA
AGAGGAGCGTCTGATAGTGGTGTTCTAGCTGCCAATGACAACATTCAGAATGCTGCACCACCACCAAAAGTAGAGATACCCACCGTTGGGCCAAAAAGAGGCTATTCAGGTGTGCGTATACTTAGGGGTCATAAGGGTTCTATTACTGCTCTCCATGCAGTGACAAGACGTGAAGTATGGGATCTCACGAGTGATCAAGA
GGATGCTGGATATTTCATTAGTGGGAGTGCTGATTGCACAATCAAATTATGGAATCCAAGTCATCGTGGATCAGAACTTAAATCAACCTTGACAGGGCACACCAGGGCAATTCGTGCTATTAGCTCTGACAAAAGTCGAGTTGTCTCGGGCTCTGATGATCATTGTGTGTTTGTGTGGGATAAACAAACATCTAGTCTTT
TGGAAGAACTCAAGGGACATGATGCTCAGGTCAGCTGTGTAAAAATGCTTTCAGGAGAGCGTGTCCTTACTGCTTCTCATGATGGAAGTGTCAAGATGTGGGATGTTAGAACTGATACTTGTGTAGCAACAGTTGGCCGTGCTTCAAGTGCAATATTATGTATGGAGTATGACGACACCACTGGAATTTTAGCTGCTGGT
GGAAGGGATGCGGTTGGGAATATATGGGATATTCGAGCTGGAAGACAAATGCATAAGCTTTTAGGGCACACAAAATGGATCAGATCCTTGAGAATGGTTGGAGACACAGTTATTACTGGCAGCGATGATTGGACCGCTAGAGTATGGTCTGTATCTCATGGAAATTGTGACGCTGTGCTTGTATGCCATGCTGGCCCAAT
CACTAGTGTTGAATACTGTGCATCTGACAAAGGAATAATCACAGGTTCTGAAGATGGTATGGTGCGTTTATGGGAAAGTAGAGAGGGATTATTGCAATGTGTGAAAAATGTCAGCATACATTCATCGGCTATACTGTCAATCAAGGCTGGAGATCAGTGGTTAGCTATCGGTGCTGCAGATAATTCCATGTCTCTCTTCC
ATCGGCTTGAACAGCGACCAGGGATTATTGTTGGTACAGGTGACAGGATGGCTGGATGGCAACTGTATCGAACTCCACAACGCAGTGCTGCTGTGGTCCGATGTGTAGCTTCTGATATTGACAGGGGAAGAATCTGCAGTGGTGGTCGCAATGGAATTCTTCGGCTTTGGGAGCCAATGGTGCAAACATAAAATTTGTAA
CATAAACTCAATTGCAATATTAGTCTGCAAACAAGCAAAAAACAACATTTTATTTATTGTAATGTTTAAGGTACATATTTTGGCATCTGCATTACATGCAGGCATTCATGCCATTTACGATTGATGTATTGTATGAAGTAAAAAGGCACAGCTTATTGAGTTTGCATTTGCATTTTTGAAATGTGGCTATATAATTTAAC
CACAGTTATATGATTCTAAAGTCTAGCACATTTTGAATGCACTTAAGCAACTGCATGCTTATTTCTTGTATGGTATTTTTGAGATGGCCGTCTTGCTGGGGAGTTTGCTTCTTTCTTGATGTAAAGTATGAGTAGTGATAACTATGAAGTAAAAAGGCACAGCTTATTGAGTTTGCATTTGCAATTTTGAAATGTGGCGG
C



Intron 3 GTTTGTTTTG ... ATGATGGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A112.21823
A2201854
A311.111622
A441.461289
A514.291523
A60600
A75.881602
A820402
A917.391917
A1012.5702



>TRINITY_DN101760_c0_g1_i6 from sample A4 / Example spliced isoform
CGACGATAAAACTAATGCTTAATTGCAAAAAGGCTTTGTGTTTTAACTCTTCTGAGTGGAGGTTTCCTCTCAAGAATCCATTAACTATTTGAGTATTTTGCAGGTACTCATTACTAACGCTTGTTTCGGAAGCTATTTGCCATTTAATCTATCCATTTAAGTGGCAACATGTTTACATTCCACTGCTGTTTTTTAGTGGA
GTTGACTATATTGATGCTCCAACACCATATATGATGGGTCTTCCCTCAGGAGTTGACACATACGAGCTTACAATGGATGGTGTGGTTGTTGTGGACCTTGATTACAATCGTATAACAACATCAGAAGATATTCCCCCAATACCTGACCCAGAGTTGGGTCGCTTACGAACAGACTTAATGGATTTGCTGTATCCAAATCT
TATGGATTTAGATCATATGCAAACAACTGCCGGAGGCCTTTTCGGTGATTTCCAGAGACGGAATAACAAGTCTTGGGGGAAGCAACATGACTTGGAACTCAGATTGATATTCCTGAAGTTTTTCGCATCTATCCTTAGTGGTTATCGTAACTTTGTGGAGAATACAGCAGCGCGAGTCTTCAATACACAGGCTTTCCTGA
AAAAGCGAACTCGCATGACCAATCAGGCACCTGAACCCATGGTAGTTCAGTTTTTAGATTCACAGGGTTTCTTTGAATTCCTGGAAAGAAGCCATGGATCAGAGGAATCTGGGCATAATCTCCTAGACAAGCTACAAGATGCAATAGCTAGAGGCCAAAGTCCTTATTCTGTGCTACCAGATACCACAAGCGAGTTAGAG
ATTATAACTGTAGCAGACCCAACTGGTGGAATTGCAGATTCAGCAGCTCCATACCATTATGATCGTTTCCCTGCCAATGCTAGGACTCAGGATCAAGAAGATAAGCGGAAAGCAATTCTGGCTGCTGCAAGTGCAGCATTGGAACATCCTACCAGGCATATTCTAAGTCCAAGATCAGCTCTAACAGGACAGAATTTTGC
CAGAGCAGAAAGTCTGAGCCCAAGGGAGAGAGCTGCAGAAAGAGAACGCATGGTTCTTGACATAAAGGTCAAGCTACAGGGACTTTGGATGCGCCTCCTTAAGCTTGGTGCAACTGATGACCCTCTTTCTTCGTTTGAGTATGGGACAATTCTTGCTCTAATTGAGTCAGATGCAGAAGGTATCGGTGGAAGTGGATTTG
TTGAATGCATCAGGGAGCATATTCACTCAGGATGGCAATGCCAGTTGACAGAGGAGCAGTTCATTGCAGTGAAGGAGTTGCTTAAGACAGCAATAAGCCGTGCCACTTCAAGAGATGACATGGTTACTGTCAGAGATGCCTTAGAAATTTCTGCTGAAATATATAAAAGAGATGCTAATAATGTAGCGGATTATGTTCAA
CGCCATTTGCGTACCCTTAATGCCTGGGATGACCCGCGGTTTTGGGAAGGATATTTTGAGAGCATTATGGAGAAAGCCTCAGATAAGCTGGCCAACTATGCTACATTAATCACTGAACAACTTGTTATAATCTTGTCTCATATGGCTGGTTTAGGAATACCTGATGAAGAGGCCTGGTTCATAGTGGAATCAATTGCACG
AAAGAACAATCTTGGATACAAGCAACTTATTAAGCTGAGGGGCTTATTGTCTTATCTTCAACAAGCGCAACAAGGCTATTGGGGCATCCTACAAGGACGGATGCAATCATTGTCATCCTCTGTGCACAACCTACCCACTCAGCAACCACATGATGCTGCAGATGAGAGTCAGCAGCCAGCTGAAGCATCTGGTCTAGGAC
GGAATTGGGTACAAAGCATGTTCAGTCGAGATCCAGCTACCCGTAGAGTGCCTTCTGCTCGTGTACAAAGAGGAGCGTCTGATAGTGGTGTTCTAGCTGCCAATGACAACATTCAGAATGCTGCACCACCACCAAAAGTAGAGATACCCACCGTTGGGCCAAAAAGAGGCTATTCAGGTGTGCGTATACTTAGGGGTCAT
AAGGGTTCTATTACTGCTCTCCATGCAGTGACAAGACGTGAAGTATGGGATCTCACGAGTGATCAAGAGGATGCTGGATATTTCATTAGTGGGAGTGCTGATTGCACAATCAAATTATGGAATCCAAGTCATCGTGGATCAGAACTTAAATCAACCTTGACAGGGCACACCAGGGCAATTCGTGCTATTAGCTCTGACAA
AAGTCGAGTTGTCTCGGGCTCTGATGATCATTGTGTGTTTGTGTGGGATAAACAAACATCTAGTCTTTTGGAAGAACTCAAGGGACATGATGCTCAGGTCAGCTGTGTAAAAATGCTTTCAGGAGAGCGTGTCCTTACTGCTTCTCATGATGGAAGTGTCAAGATGTGGGATGTTAGAACTGATACTTGTGTAGCAACAG
TTGGCCGTGCTTCAAGTGCAATATTATGTATGGAGTATGACGACACCACTGGAATTTTAGCTGCTGGTGGAAGGGATGCGGTTGGGAATATATGGGATATTCGAGCTGGAAGACAAATGCATAAGCTTTTAGGGCACACAAAATGGATCAGATCCTTGAGAATGGTTGGAGACACAGTTATTACTGGCAGCGATGATTGG
ACCGCTAGAGTATGGTCTGTATCTCATGGAAATTGTGACGCTGTGCTTGTATGCCATGCTGGCCCAATCACTAGTGTTGAATACTGTGCATCTGACAAAGGAATAATCACAGGTTCTGAAGATGGTATGGTGCGTTTATGGGAAAGTAGAGAGGGATTATTGCAATGTGTGAAAAATGTCAGCATACATTCATCGGCTAT
ACTGTCAATCAAGGCTGGAGATCAGTGGTTAGCTATCGGTGCTGCAGATAATTCCATGTCTCTCTTCCATCGGCTTGAACAGCGACCAGGGATTATTGTTGGTACAGGTGACAGGATGGCTGGATGGCAACTGTATCGAACTCCACAACGCAGTGCTGCTGTGGTCCGATGTGTAGCTTCTGATATTGACAGGGGAAGAA
TCTGCAGTGGTGGTCGCAATGGAATTCTTCGGCTTTGGGAGCCAATGGTGCAAACATAAAATT


>TRINITY_DN101760_c0_g1_i18 from sample A4 / Example unspliced isoform:
GCCGCATTCAAAAATTTCTGCCAAATTGGTGAGTAAAATATAAGCAGAGCATGGTGCAGTGCAAAGAGGGGACAGAGATCAGATCCGGAAGGAAGCAGCTCCTCCTCCTTTCCGTCAGCAGTGGACAGTAAATAGATAAAACAGATTTTCTCAGTTTCAGCTTTGCAGAACAAAATGGGTGAGCGGCAAAGTAGAATTTT
CGAGTATTTTGTTGTATGCGGGCTGGGCCCCGAGCTTCGATCTCTGGACGGTGCGAAGGGTTTCCAAGGGACACATGCCATGTACATGCCTTCTGTTCTGGACCAGTTACCTTCTTCCAAGGACTCCGATTGCCCACCTCCTCCTCCTCAGCTTTCAACTTGTGTGATGCCAGCGGGAGTGGCGTTCTATTCTTCAGGCT
TCAGTGCTAGCGACAAATCCAGCCATCCCCACAGTTATCCAATCGTTTTGACTGAGGGAGATGGAACTAAAATCTATGTCAGCTGTGTTGCTTTTCGGAATCCAGTCAGTGATGATATTGCTGAAGCCTATCGAATTCCTCCAAATTCTTTTGTGGACAAATGTATATGCCTGGTTTCACATTCACCTAGTTTTCGTGTC
CTTCGAGAAGCTGCAGAGGAACTGTTCCGTTTATGTTTCTCACATGCTGGTTGCAGCAAGCCATTATGGGAAATTGTGACGCATTTGGTTCTTAATGTTCCTCTGCCTAGTCCAGGAAAGAACTGCATTTTATTTTCTATAGAGAATACTCTTCTCTCCGTGGAGGTACCGCCCAAGGATGGACTTCCTCATGCTGATAT
TCCTTTTCAGCCACTGGTGCAGTGCTTGGATGTTGACAACCTAATTCAATTTTTTACTGCTGTTCTTCTTGAAAGACGAATTCTACTTCGGGCAAAAAAGTACTCATTACTAACGCTTGTTTCGGAAGCTATTTGCCATTTAATCTATCCATTTAAGTGGCAACATGTTTACATTCCACTGCTGTTTTTTAGTGGAGTTG
ACTATATTGATGCTCCAACACCATATATGATGGGTCTTCCCTCAGGAGTTGACACATACGAGCTTACAATGGATGGTGTGGTTGTTGTGGACCTTGATTACAATCGTATAACAACATCAGAAGATATTCCCCCAATACCTGACCCAGAGTTGGGTCGCTTACGAACAGACTTAATGGATTTGCTGTATCCAAATCTTATG
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ATTTGCGTACCCTTAATGCCTGGGATGACCCGCGGTTTTGGGAAGGATATTTTGAGAGCATTATGGAGAAAGCCTCAGATAAGCTGGCCAACTATGCTACATTAATCACTGAACAACTTGTTATAATCTTGTCTCATATGGCTGGTTTAGGAATACCTGATGAAGAGGCCTGGTTCATAGTGGAATCAATTGCACGAAAG
AACAATCTTGGATACAAGCAACTTATTAAGCTGAGGGGCTTATTGTCTTATCTTCAACAAGCGCAACAAGGCTATTGGGGCATCCTACAAGGACGGATGCAATCATTGTCATCCTCTGTGCACAACCTACCCACTCAGCAACCACATGATGCTGCAGATGAGAGTCAGCAGCCAGCTGAAGCATCTGGTCTAGGACGGAA
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ATCATTGTGTGTTTGTGTGGGATAAACAAACATCTAGTCTTTTGGAAGAACTCAAGGGACATGATGCTCAGGTCAGCTGTGTAAAAATGCTTTCAGGAGAGCGTGTCCTTACTGCTTCTCATGATGGAAGTGTCAAGATGTGGGATGTTAGAACTGATACTTGTGTAGCAACAGTTGGCCGTGCTTCAAGTGCAATATTA
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TGGAAATTGTGACGCTGTGCTTGTATGCCATGCTGGCCCAATCACTAGTGTTGAATACTGTGCATCTGACAAAGGAATAATCACAGGTTCTGAAGATGGTATGGTGCGTTTATGGGAAAGTAGAGAGGGATTATTGCAATGTGTGAAAAATGTCAGCATACATTCATCGGCTATACTGTCAATCAAGGCTGGAGATCAGT
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>TRINITY_DN111355_c0_g1_i8 from sample A2 / Example spliced isoform
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GTTTTTTAGTGGAGTTGACTATATTGATGCTCCAACACCATATATGATGGGTCTTCCCTCAGGAGTTGACACATACGAGCTTACAATGGATGGTGTGGTTGTTGTGGACCTTGATTACAATCGTATAACAACATCAGAAGATATTCCCCCAATACCTGACCCAGAGTTGGGTCGCTTACGAACAGACTTAATGGATTTGC
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>TRINITY_DN111355_c0_g1_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:
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