NA ----> NA

Intron 1 GTTTGGTGTT ... TCTCTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50.22	5.8	3	7.6
A2	63.89	3.2	3.8	5.7
A3	57.88	9.3	10.2	12.1
A4	59.17	3.2	3.8	3.8
A5	50	0.8	0	1
A6	53.16	17.5	18.3	18.4
A7	54.36	18.6	19.7	22.2
A8	50.59	16.9	15.3	18.5
A9	54.29	20.2	21.8	21.8
A10	48.94	13.7	12.5	12.4

>TRINITY_DN39782_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

GTCCACATGTCCACGCGGGTATGAAAGTTATTTTCTTCCTGGATAAACTGCTACATATGAATGCTTATGACAGATATCATATGAAAAGGAAAATACACATCTTGAAACTTCACCATGTGTAAATTAAGGTTTAATAAAGATATCCATAAATTTTATTCCATTTATGTGATCCATGTTGTGTCTAAGAGAATCCTATTTGG
ATACATTTGGAAGGACACCCGCAGACGGAAGCTCAGCTGGCAGAGGTTACCGTGAGCCTCTGTTTCCGCAGGGAGGGGCCAATTTGTCAGGCCATGGCTCGAGGCTGTCCCTTTTGTTTGACTTTGGCGGAAGAATTAGCACTTTCAGGTGTGCAGCAGCCACGGAGTTGGGACGGCATCCACCTGACAAATTTAGCAAG
GGTTTTGAGACAAATCACAAACAATTGTCAAAGATATCGGCTAAGTTTACACGGCTGTCCTCGCCTTCCACCTTTCCAGAAGGAGACCAAGAAGAAGAGTTCGGTTTAGAGATGGATCCCAGTTTATCTTACTTCAAAGGCCTATTAATGTTGTTTGTTGGAGGCGTGCTATTTGTATGGAATTCTTGGAGAAGGCCGAT
GTTCTAGAGTATTATGACCAGACCATTTCTTCTCCTGGCGGGTCTTTTAATATTCCGGCTGTTTTGAGGGTAATGTAGTCATGCAGATAATCCATAGCTCCAACAGCACTGTTTCAGGGTTGCATATCTAGTGCATGTTCCCAAGACAAGAAGGATTAAGGTATTGTGGTTCAAATAATAGTTTGACAATTGACCATGTT
TTGCCTGTTTCTCGTGGAGGAAAATGGAGCTGGGATAATTTGGTTACTGCTTGCAGTGAATGCAACTCAAAGAAAGGCCACAAAACCCTGGAGCAGACAGAAATGAAATTGATTAGGACCCCTAAGGCACCTAAAGATTATGATGCTTGGAGTATACCTTTAAAATATTCAACTTACAAGCTGCTGAGGAATCGAGAAAG
GATGCCTAACGAGTGGAATGATTACATATCTACACCATTGTTTGGGTCATGATATTTATTACTGTTCCTGGTGTAAAAAGGTGTCCTGCTTAGTTTCTTTTCATAATATGCTAAGCTAGTAAGATATCGATTGTATAAAATAGTATAAGACGAGATCAAATCCATCAGACTTAGCACTTTTTCATCTGTATAATCGAACA
TGTAACTTAGACTACCAAATTAAAGAACCCTCAAGTCAAATTGACAGGAGATTATGAGAATTGTTTTCAAGCTCTTCTTTTGATGGAATGCTTGGTAAAACAAAGAGATCAGGATCCATCAAATATCATGTTGAGCTGTGTAGTATGATTTAATAGTGCATATAGTATATTGCCTCCC

>TRINITY_DN39782_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GTCCACATGTCCACGCGGGTATGAAAGTTATTTTCTTCCTGGATAAACTGCTACATATGAATGCTTATGACAGATATCATATGAAAAGGAAAATACACATCTTGAAACTTCACCATGTGTAAATTAAGGTTTAATAAAGATATCCATAAATTTTATTCCATTTATGTGATCCATGTTGTGTCTAAGAGAATCCTATTTGG
ATACATTTGGAAGGACACCCGCAGACGGAAGCGTATGTATTTGCTTACATGCAAATTAAATTATGTGTGAAGCCGCTGCCCAATTGTTTCTTTCGACAGTCAGATCACCATCGGAAGCATTTGCAATAAATTAATAAAATGAAATCTTCGCACTTGCAGTCAGCTGGCAGAGGTTACCGTGAGCCTCTGTTTCCGCAGGG
AGGGGCCAATTTGTCAGGCCATGGCTCGAGGCTGTCCCTTTTGTTTGACTTTGGCGGAAGAATTAGCACTTTCAGGTGTGCAGCAGCCACGGAGTTGGGACGGCATCCACCTGACAAATTTAGCAAGGGTTTTGAGACAAATCACAAACAATTGTCAAAGATATCGGCTAAGTTTACACGGCTGTCCTCGCCTTCCACCT
TTCCAGAAGGAGACCAAGAAGAAGAGTTCGGTTTAGAGATGGATCCCAGTTTATCTTACTTCAAAGgtttggtgttagatctctcttacagGCCTATTAATGTTGTTTGTTGGAGGCGTGCTATTTGTATGGAATTCTTGGAGAAGGCCGATGTTCTAGAGTATTATGACCAGACCATTTCTTCTCCTGGCGGGTCTTTT
AATATTCCGGCTGTTTTGAGGGTAATGTAGTCATGCAGATAATCCATAGCTCCAACAGCACTGTTTCAGGGTTGCATATCTAGTGCATGTTCCCAAGACAAGAAGGATTAAGGTACAGCTTAATCGGAAAAATGTATTTGGTCGTGATTGTTTTACTTGTCAGTATTGTGGTTCAAATAATAGTTTGACAATTGACCATG
TTTTGCCTGTTTCTCGTGGAGGAAAATGGAGCTGGGATAATTTGGTTACTGCTTGCAGTGAATGCAACTCAAAGAAAGGCCACAAAACCCTGGAGCAGACAGAAATGAAATTGATTAGGACCCCTAAGGCACCTAAAGATTATGATGCTTGGAGTATACCTTTAAAATATTCAACTTACAAGCTGCTGAGGAATCGAGAA
AGGATGCCTAACGAGTGGAATGATTACATATCTACACCATTGTTTGGGTCATGATATTTATTACTGTTCCTGGTGTAAAAAGGTGTCCTGCTTAGTTTCTTTTCATAATATGCTAAGCTAGTAAGATATCGATTGTATAAAATAGTATAAGACGAGATCAAATCCATCAGACTTAGCACTTTTTCATCTGTATAATCGAA
CATGTAACTTAGACTACCAAATTAAAGAACCCTCAAGTCAAATTGACAGGAGATTATGAGAATTGTTTTCAAGCTCTTCTTTTGATGGAATGCTTGGTAAAACAAAGAGATCAGGATCCATCAAATATCATGTTGAGCTGTGTAGTATGATTTAATAGTGCATATAGTATATTGCCTCCC

Intron 2 GCCTATTAAT ... CTTGGAGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.07	3.9	8	6.4
A2	76.47	2	6	7
A3	91.07	1.4	13	14.7
A4	63.64	2	4	3
A5	71.43	0.7	1	1.9
A6	59.9	12	19	16.9
A7	62.22	12.7	23	18.9
A8	43.82	22	18	16
A9	79.25	6.9	23	28.4
A10	68.55	5.7	13	11.9

>TRINITY_DN39782_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

GTCCACATGTCCACGCGGGTATGAAAGTTATTTTCTTCCTGGATAAACTGCTACATATGAATGCTTATGACAGATATCATATGAAAAGGAAAATACACATCTTGAAACTTCACCATGTGTAAATTAAGGTTTAATAAAGATATCCATAAATTTTATTCCATTTATGTGATCCATGTTGTGTCTAAGAGAATCCTATTTGG
ATACATTTGGAAGGACACCCGCAGACGGAAGCGTATGTATTTGCTTACATGCAAATTAAATTATGTGTGAAGCCGCTGCCCAATTGTTTCTTTCGACAGTCAGATCACCATCGGAAGCATTTGCAATAAATTAATAAAATGAAATCTTCGCACTTGCAGTCAGCTGGCAGAGGTTACCGTGAGCCTCTGTTTCCGCAGGG
AGGGGCCAATTTGTCAGGCCATGGCTCGAGGCTGTCCCTTTTGTTTGACTTTGGCGGAAGAATTAGCACTTTCAGGTGTGCAGCAGCCACGGAGTTGGGACGGCATCCACCTGACAAATTTAGCAAGGGTTTTGAGACAAATCACAAACAATTGTCAAAGATATCGGCTAAGTTTACACGGCTGTCCTCGCCTTCCACCT
TTCCAGAAGGAGACCAAGAAGAAGAGTTCGGTTTAGAGATGGATCCCAGTTTATCTTACTTCAAAGGTTTGGTGTTAGATCTCTCTTACAGGCCGATGTTCTAGAGTATTATGACCAGACCATTTCTTCTCCTGGCGGGTCTTTTAATATTCCGGCTGTTTTGAGGGTAATGTAGTCATGCAGATAATCCATAGCTCCAA
CAGCACTGTTTCAGGGTTGCATATCTAGTGCATGTTCCCAAGACAAGAAGGATTAAGGTACAGCTTAATCGGAAAAATGTATTTGGTCGTGATTGTTTTACTTGTCAGTATTGTGGTTCAAATAATAGTTTGACAATTGACCATGTTTTGCCTGTTTCTCGTGGAGGAAAATGGAGCTGGGATAATTTGGTTACTGCTTG
CAGTGAATGCAACTCAAAGAAAGGCCACAAAACCCTGGAGCAGACAGAAATGAAATTGATTAGGACCCCTAAGGCACCTAAAGATTATGATGCTTGGAGTATACCTTTAAAATATTCAACTTACAAGCTGCTGAGGAATCGAGAAAGGATGCCTAACGAGTGGAATGATTACATATCTACACCATTGTTTGGGTCATGAT
ATTTATTACTGTTCCTGGTGTAAAAAGGTGTCCTGCTTAGTTTCTTTTCATAATATGCTAAGCTAGTAAGATATCGATTGTATAAAATAGTATAAGACGAGATCAAATCCATCAGACTTAGCACTTTTTCATCTGTATAATCGAACATGTAACTTAGACTACCAAATTAAAGAACCCTCAAGTCAAATTGACAGGAGATT
ATGAGAATTGTTTTCAAGCTCTTCTTTTGATGGAATGCTTGGTAAAACAAAGAGATCAGGATCCATCAAATATCATGTTGAGCTGTGTAGTATGATTTAATAGTGCATATAGTATATTGCCTCCC

>TRINITY_DN39782_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GTCCACATGTCCACGCGGGTATGAAAGTTATTTTCTTCCTGGATAAACTGCTACATATGAATGCTTATGACAGATATCATATGAAAAGGAAAATACACATCTTGAAACTTCACCATGTGTAAATTAAGGTTTAATAAAGATATCCATAAATTTTATTCCATTTATGTGATCCATGTTGTGTCTAAGAGAATCCTATTTGG
ATACATTTGGAAGGACACCCGCAGACGGAAGCGTATGTATTTGCTTACATGCAAATTAAATTATGTGTGAAGCCGCTGCCCAATTGTTTCTTTCGACAGTCAGATCACCATCGGAAGCATTTGCAATAAATTAATAAAATGAAATCTTCGCACTTGCAGTCAGCTGGCAGAGGTTACCGTGAGCCTCTGTTTCCGCAGGG
AGGGGCCAATTTGTCAGGCCATGGCTCGAGGCTGTCCCTTTTGTTTGACTTTGGCGGAAGAATTAGCACTTTCAGGTGTGCAGCAGCCACGGAGTTGGGACGGCATCCACCTGACAAATTTAGCAAGGGTTTTGAGACAAATCACAAACAATTGTCAAAGATATCGGCTAAGTTTACACGGCTGTCCTCGCCTTCCACCT
TTCCAGAAGGAGACCAAGAAGAAGAGTTCGGTTTAGAGATGGATCCCAGTTTATCTTACTTCAAAGGTTTGGTGTTAGATCTCTCTTACAGgcctattaatgttgtttgttggaggcgtgctatttgtatggaattcttggagaagGCCGATGTTCTAGAGTATTATGACCAGACCATTTCTTCTCCTGGCGGGTCTTTT
AATATTCCGGCTGTTTTGAGGGTAATGTAGTCATGCAGATAATCCATAGCTCCAACAGCACTGTTTCAGGGTTGCATATCTAGTGCATGTTCCCAAGACAAGAAGGATTAAGGTACAGCTTAATCGGAAAAATGTATTTGGTCGTGATTGTTTTACTTGTCAGTATTGTGGTTCAAATAATAGTTTGACAATTGACCATG
TTTTGCCTGTTTCTCGTGGAGGAAAATGGAGCTGGGATAATTTGGTTACTGCTTGCAGTGAATGCAACTCAAAGAAAGGCCACAAAACCCTGGAGCAGACAGAAATGAAATTGATTAGGACCCCTAAGGCACCTAAAGATTATGATGCTTGGAGTATACCTTTAAAATATTCAACTTACAAGCTGCTGAGGAATCGAGAA
AGGATGCCTAACGAGTGGAATGATTACATATCTACACCATTGTTTGGGTCATGATATTTATTACTGTTCCTGGTGTAAAAAGGTGTCCTGCTTAGTTTCTTTTCATAATATGCTAAGCTAGTAAGATATCGATTGTATAAAATAGTATAAGACGAGATCAAATCCATCAGACTTAGCACTTTTTCATCTGTATAATCGAA
CATGTAACTTAGACTACCAAATTAAAGAACCCTCAAGTCAAATTGACAGGAGATTATGAGAATTGTTTTCAAGCTCTTCTTTTGATGGAATGCTTGGTAAAACAAAGAGATCAGGATCCATCAAATATCATGTTGAGCTGTGTAGTATGATTTAATAGTGCATATAGTATATTGCCTCCC

Intron 3 GTATGAAAGT ... CATTTGGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	80	2	3	8
A2	-1	0	1	0
A3	85.71	1	4	6
A4	100	0	0	3
A5	50	1	0	1
A6	100	0	2	7
A7	69.23	4	1	9
A8	50	2	0	2
A9	73.68	5	1	14
A10	100	0	2	6

>TRINITY_DN42135_c0_g1_i12 from sample A7 / Example spliced isoform

TCCACATGTCCACGCGGGACACCCGCAGACGGAAGCGTATGTATTTGCTTACATGCAAATTAAATTATGTGTGAAGCCGCTGCCCAATTGTTTCTTTCGACAGTCAGATCACCATCGGAAGCATTTGCAATAAATTAATAAAATGAAATCTTCGCACTTGCAGTCAGCTGACAGAGGTTACCGTGAGCCTCTGTTTCCGC
AGGGAGGGGCCAATTTGTCAGGCCATGGCTCGAGGCTGTCCCTTTTGTTTGACTTTGGCGGAAGAATTAGCACTTTCAGGTGTGCAGCAGCCACGGAGTTGGGACGGCATCCACCTGACAAATTTAGCAAGGGTTTTGAGACAAATCACAAACAATTGTCAAAGATATCGGCTAAGTTTACACGGCTGTCCTCGCCTTCC
ACCTTTCCAGAAGGAGACCAAGAAGAAGAGTTCGGTTTAGAGATGGATCCCAGTTTATCTTACTTCAAAGGTTTGGTGTTAGATCTCTCTTACAGGCCGATGTTCTAGAGTATTATGACCAGACCATTTCTTCTCCTGGCGGGTCTTTTAATATTCCGGCTGTTTTGAGGGTAATGTAGTCATGCAGATAATCCATAGCT
CCAACAGCACTGTTTCAGGGTTGCATATCTAGTGCATGTTCCCAAGACAAGAAGGATTAAGGT

>TRINITY_DN42135_c0_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATCCGTTAGTACCGTTCTGCTCAACTGAAGTAAGAGCGACCGCCACGGAACAACAGGGTCTGCACCCTGCCACTAAATTTCGTGCAGGTCGGTCCACATGTCCACGCGGgtatgaaagttattttcttcctggataaactgctacatatgaatgcttatgacagatatcatatgaaaaggaaaatacacatcttgaaact
tcaccatgtgtaaattaaggtttaataaagatatccataaattttattccatttatgtgatccatgttgtgtctaagagaatcctatttggatacatttggaagGACACCCGCAGACGGAAGCGTATGTATTTGCTTACATGCAAATTAAATTATGTGTGAAGCCGCTGCCCAATTGTTTCTTTCGACAGTCAGATCACC
ATCGGAAGCATTTGCAATAAATTAATAAAATGAAATCTTCGCACTTGCAGTCAGCTGACAGAGGTTACCGTGAGCCTCTGTTTCCGCAGGGAGGGGCCAATTTGTCAGGCCATGGCTCGAGGCTGTCCCTTTTGTTTGACTTTGGCGGAAGAATTAGCACTTTCAGGTGTGCAGCAGCCACGGAGTTGGGACGGCATCCA
CCTGACAAATTTAGCAAGGGTTTTGAGACAAATCACAAACAATTGTCAAAGATATCGGCTAAGTTTACACGGCTGTCCTCGCCTTCCACCTTTCCAGAAGGAGACCAAGAAGAAGAGTTCGGTTTAGAGATGGATCCCAGTTTATCTTACTTCAAAGGTTTGGTGTTAGATCTCTCTTACAGGCCTATTAATGTTGTTTG
TTGGAGGCGTGCTATTTGTATGGAATTCTTGGAGAAGGCCGATGTTCTAGAGTATTATGACCAGACCATTTCTTCTCCTGGCGGGTCTTTTAATATTCCGGCTGTTTTGAGGGTAATGTAGTCATGCAGATAATCCATAGCTCCAACAGCACTGTTTCAGGGTTGCATATCTAGTGCATGTTCCCAAGACAAGAAGGATT
AAGGTTACTGCTTGCAGTGAATGCAACTCAAAGAAAGGCCACAAAACCCTGGAGCAGACAGAAATGAAATTGATTAGGACCCCTAAGGCACCTAAAGATTATGATGCTTGGAGTATACCTTTAAAATATTCAACTTACAAGCTGCTGAGGAATCGAGAAAGGATGCCTAACGAGTGGAATGATTACATATCTACACCATT
GTTTGGGTCATGATATTTATTACTGTTCCTGGTGTAAAAAGGTGTCCTGCTTAGTTTCTTTTCATAATATGCTAAGCTAGTAAGATATCGATTGTATAAAATAGTATAAGACGAGATCAAATCCATCAGACTTAGCACTTTTTCATCTGTATAATCGAACATGTAACTTAGACTACCAAATTAAAGAACCCTCAAGTCAA
ATTGACAGGAGATTATGAGAATTGTTTTCAAGCTCTTCTTTTGATGGAATGCTTGGTAAAACAAAGAGATCAGGATCCATCAAATATCATGTTGAGCTGTGTAGTATGATTTAATAGTGCATATAGTATATTGCCT

Intron 4 GTATGTATTT ... GCACTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	81.82	1	8	1
A2	100	0	2	1
A3	100	0	5	3
A4	60	1	3	0
A5	71.43	1	1	4
A6	26.32	7	2	3
A7	80.95	2	9	8
A8	76.47	2	3	10
A9	69.97	3.7	7	10
A10	77.78	1	5	2

>TRINITY_DN39782_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

GTCCACATGTCCACGCGGGTATGAAAGTTATTTTCTTCCTGGATAAACTGCTACATATGAATGCTTATGACAGATATCATATGAAAAGGAAAATACACATCTTGAAACTTCACCATGTGTAAATTAAGGTTTAATAAAGATATCCATAAATTTTATTCCATTTATGTGATCCATGTTGTGTCTAAGAGAATCCTATTTGG
ATACATTTGGAAGGACACCCGCAGACGGAAGCTCAGCTGGCAGAGGTTACCGTGAGCCTCTGTTTCCGCAGGGAGGGGCCAATTTGTCAGGCCATGGCTCGAGGCTGTCCCTTTTGTTTGACTTTGGCGGAAGAATTAGCACTTTCAGGTGTGCAGCAGCCACGGAGTTGGGACGGCATCCACCTGACAAATTTAGCAAG
GGTTTTGAGACAAATCACAAACAATTGTCAAAGATATCGGCTAAGTTTACACGGCTGTCCTCGCCTTCCACCTTTCCAGAAGGAGACCAAGAAGAAGAGTTCGGTTTAGAGATGGATCCCAGTTTATCTTACTTCAAAGGCCTATTAATGTTGTTTGTTGGAGGCGTGCTATTTGTATGGAATTCTTGGAGAAGGCCGAT
GTTCTAGAGTATTATGACCAGACCATTTCTTCTCCTGGCGGGTCTTTTAATATTCCGGCTGTTTTGAGGGTAATGTAGTCATGCAGATAATCCATAGCTCCAACAGCACTGTTTCAGGGTTGCATATCTAGTGCATGTTCCCAAGACAAGAAGGATTAAGGTATTGTGGTTCAAATAATAGTTTGACAATTGACCATGTT
TTGCCTGTTTCTCGTGGAGGAAAATGGAGCTGGGATAATTTGGTTACTGCTTGCAGTGAATGCAACTCAAAGAAAGGCCACAAAACCCTGGAGCAGACAGAAATGAAATTGATTAGGACCCCTAAGGCACCTAAAGATTATGATGCTTGGAGTATACCTTTAAAATATTCAACTTACAAGCTGCTGAGGAATCGAGAAAG
GATGCCTAACGAGTGGAATGATTACATATCTACACCATTGTTTGGGTCATGATATTTATTACTGTTCCTGGTGTAAAAAGGTGTCCTGCTTAGTTTCTTTTCATAATATGCTAAGCTAGTAAGATATCGATTGTATAAAATAGTATAAGACGAGATCAAATCCATCAGACTTAGCACTTTTTCATCTGTATAATCGAACA
TGTAACTTAGACTACCAAATTAAAGAACCCTCAAGTCAAATTGACAGGAGATTATGAGAATTGTTTTCAAGCTCTTCTTTTGATGGAATGCTTGGTAAAACAAAGAGATCAGGATCCATCAAATATCATGTTGAGCTGTGTAGTATGATTTAATAGTGCATATAGTATATTGCCTCCC

>TRINITY_DN39782_c0_g1_i14 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GTCCACATGTCCACGCGGGTATGAAAGTTATTTTCTTCCTGGATAAACTGCTACATATGAATGCTTATGACAGATATCATATGAAAAGGAAAATACACATCTTGAAACTTCACCATGTGTAAATTAAGGTTTAATAAAGATATCCATAAATTTTATTCCATTTATGTGATCCATGTTGTGTCTAAGAGAATCCTATTTGG
ATACATTTGGAAGGACACCCGCAGACGGAAGCgtatgtatttgcttacatgcaaattaaattatgtgtgaagccgctgcccaattgtttctttcgacagtcagatcaccatcggaagcatttgcaataaattaataaaatgaaatcttcgcacttgcagTCAGCTGGCAGAGGTTACCGTGAGCCTCTGTTTCCGCAGGG
AGGGGCCAATTTGTCAGGCCATGGCTCGAGGCTGTCCCTTTTGTTTGACTTTGGCGGAAGAATTAGCACTTTCAGGTGTGCAGCAGCCACGGAGTTGGGACGGCATCCACCTGACAAATTTAGCAAGGGTTTTGAGACAAATCACAAACAATTGTCAAAGATATCGGCTAAGTTTACACGGCTGTCCTCGCCTTCCACCT
TTCCAGAAGGAGACCAAGAAGAAGAGTTCGGTTTAGAGATGGATCCCAGTTTATCTTACTTCAAAGGTTTGGTGTTAGATCTCTCTTACAGGCCTATTAATGTTGTTTGTTGGAGGCGTGCTATTTGTATGGAATTCTTGGAGAAGGCCGATGTTCTAGAGTATTATGACCAGACCATTTCTTCTCCTGGCGGGTCTTTT
AATATTCCGGCTGTTTTGAGGGTAATGTAGTCATGCAGATAATCCATAGCTCCAACAGCACTGTTTCAGGGTTGCATATCTAGTGCATGTTCCCAAGACAAGAAGGATTAAGGTACAGCTTAATCGGAAAAATGTATTTGGTCGTGATTGTTTTACTTGTCAGTTACTGCTTGCAGTGAATGCAACTCAAAGAAAGGCCA
CAAAACCCTGGAGCAGACAGAAATGAAATTGATTAGGACCCCTAAGGCACCTAAAGATTATGATGCTTGGAGTATACCTTTAAAATATTCAACTTACAAGCTGCTGAGGAATCGAGAAAGGATGCCTAACGAGTGGAATGATTACATATCTACACCATTGTTTGGGTCATGATATTTATTACTGTTCCTGGTGTAAAAAG
GTGTCCTGCTTAGTTTCTTTTCATAATATGCTAAGCTAGTAAGATATCGATTGTATAAAATAGTATAAGACGAGATCAAATCCATCAGACTTAGCACTTTTTCATCTGTATAATCGAACATGTAACTTAGACTACCAAATTAAAGAACCCTCAAGTCAAATTGACAGGAGATTATGAGAATTGTTTTCAAGCTCTTCTTT
TGATGGAATGCTTGGTAAAACAAAGAGATCAGGATCCATCAAATATCATGTTGAGCTGTGTAGTATGATTTAATAGTGCATATAGTATATTGCCTCCC

Intron 5 GTATGAAAGT ... ACACCCGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	80	2	3	8
A2	50	2	1	2
A3	83.33	1	4	5
A4	100	0	0	3
A5	50	1	0	1
A6	100	0	2	4
A7	60	6	1	9
A8	50	3	0	3
A9	68.75	5	1	11
A10	100	0	2	5

>TRINITY_DN38836_c0_g1_i7 from sample A9 / Example spliced isoform

GGTCGGTCCACATGTCCACGCGGACGGAAGCGTATGTATTTGCTTACATGCAAATTAAATTATGTGTGAAGCCGCTGCCCAATTGTTTCTTTCGACAGTCAGATCACCATCGGAAGCATTTGCAATAAATTAATAAAATGAAATCTTCGCACTTGCAGTCAGCTGGCAGAGGTTACCGTGAGCCTCTGTTTCCGCAGGGA
GGGGCCAATTTGTCAGGCCATGGCTCGAGGCTGTCCCTTTTGTTTGACTTTGGCGGAAGAATTAGCACTTTCAGGTGTGCAGCAGCCACGGAGTTGGGACGGCATCCACCTGACAAATTTAGCAAGGGTTTTGAGACAAATCACAAACAATTGTCAAAGATATCGGCTAAGTTTACACGGCTGTCCTCGCCTTCCACCTT
TCCAGAAGGAGACCAAGAAGAAGAGTTCGGTTTAGAGATGGATCCCAGTTTATCTTACTTCAAAGGTTTGGTGTTAGATCTCTCTTACAGGCCGATGTTCTAGAGTATTATGACCAGACCATTTCTTCTCCTGGCGGGTCTTTTAATATTCCGGCTGTTTTGAGGGTAATGTAGTCATGCAGATAATCCATAGCTCCAAC
AGCACTGTTTCAGGGTTGCATATCTAGTGCATGTTCCCAAGACAAGAAGGATTAAGGTACAGCTTAATCGGAAAAATGTATTTGGTCGTGATTGTTTTACTTGTCAGTATTGTGGTTCAAATAATAGTTTGACAATTGACCATGTTTTGCCTGTTTCTCGTGGAGGAAAATGGAGCTGGGATAATTTGGTTACTGCTTGC
AGTGAATGCAACTCAAAGAAAGGCCACAAAACCCTGGAGCAGACAGAAATGAAATTGATTAGGACCCCTAAGGCACCTAAAGATTATGATGCTTGGAGTATACCTTTAAAATATTCAACTTACAAGCTGCTGAGGAATCGAGAAAGGATGCCTAACGAGTGGAATGATTACATATCTACACCATTGTTTGGGTCATGATA
TTTATTACTGTTCCTGGTGTAAAAAGGTGTCCTGCTTAGTTTCTTTTCATAATATGCTAAGCTAGTAAGATATCGATTGTATAAAATAGTATAAGACGAGATCAAATCCATCAGACTTAGCACTTTTTCATCTGTATAATCGAACATGTAACTTAGACTACCAAATTAAAGAACCCTCAAGTCAAATTGACAGGAGATTA
TGAGAATTGTTTTCAAGCTCTTCTTTTGATGGAATGCTTGGTAAAACAAAGAGATCAGGATCCATCAAATATCATGTTGAGCTGTGTAGTATGATTTAATAGTGCATATAGTATATTGCCTCCCATTTTTATGTTAAATAAAAAGAATAAAACATAAAAGATAAAAATATAAAATATAAAAATAAAAAATAAAAAATAAA
AAATAAAAGATAAAAATAAAATAAAAAATAAAAAGATAAAATAAGGAAATATAAACAATGGTCATAAATCAAGAGTAGGG

>TRINITY_DN38836_c0_g1_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GGTCCACATGTCCACGCGGgtatgaaagttattttcttcctggataaactgctacatatgaatgcttatgacagatatcatatgaaaaggaaaatacacatcttgaaacttcaccatgtgtaaattaaggtttaataaagatatccataaattttattccatttatgtgatccatgttgtgtctaagagaatcctatttg
gatacatttggaaggacacccgcagACGGAAGCGTATGTATTTGCTTACATGCAAATTAAATTATGTGTGAAGCCGCTGCCCAATTGTTTCTTTCGACAGTCAGATCACCATCGGAAGCATTTGCAATAAATTAATAAAATGAAATCTTCGCACTTGCAGTCAGCTGGCAGAGGTTACCGTGAGCCTCTGTTTCCGCAGG
GAGGGGCCAATTTGTCAGGCCATGGCTCGAGGCTGTCCCTTTTGTTTGACTTTGGCGGAAGAATTAGCACTTTCAGGTGTGCAGCAGCCACGGAGTTGGGACGGCATCCACCTGACAAATTTAGCAAGGGTTTTGAGACAAATCACAAACAATTGTCAAAGATATCGGCTAAGTTTACACGGCTGTCCTCGCCTTCCACC
TTTCCAGAAGGAGACCAAGAAGAAGAGTTCGGTTTAGAGATGGATCCCAGTTTATCTTACTTCAAAGGTTTGGTGTTAGATCTCTCTTACAGGCCGATGTTCTAGAGTATTATGACCAGACCATTTCTTCTCCTGGCGGGTCTTTTAATATTCCGGCTGTTTTGAGGGTAATGTAGTCATGCAGATAATCCATAGCTCCA
ACAGCACTGTTTCAGGGTTGCATATCTAGTGCATGTTCCCAAGACAAGAAGGATTAAGGTACAGCTTAATCGGAAAAATGTATTTGGTCGTGATTGTTTTACTTGTCAGTATTGTGGTTCAAATAATAGTTTGACAATTGACCATGTTTTGCCTGTTTCTCGTGGAGGAAAATGGAGCTGGGATAATTTGGTTACTGCTT
GCAGTGAATGCAACTCAAAGAAAGGCCACAAAACCCTGGAGCAGACAGAAATGAAATTGATTAGGACCCCTAAGGCACCTAAAGATTATGATGCTTGGAGTATACCTTTAAAATATTCAACTTACAAGCTGCTGAGGAATCGAGAAAGGATGCCTAACGAGTGGAATGATTACATATCTACACCATTGTTTGGGTCATGA
TATTTATTACTGTTCCTGGTGTAAAAAGGTGTCCTGCTTAGTTTCTTTTCATAATATGCTAAGCTAGTAAGATATCGATTGTATAAAATAGTATAAGACGAGATCAAATCCATCAGACTTAGCACTTTTTCATCTGTATAATCGAACATGTAACTTAGACTACCAAATTAAAGAACCCTCAAGTCAAATTGACAGGAGAT
TATGAGAATTGTTTTCAAGCTCTTCTTTTGATGGAATGCTTGGTAAAACAAAGAGATCAGGATCCATCAAATATCATGTTGAGCTGTGTAGTATGATTTAATAGTGCATATAGTATATTGCCTCCCATTTTTATGTTAAATAAAAAGAATAAAACATAAAAGATAAAAATATAAAATATAAAAATAAAAAATAAAAAATA
AAAAATAAAAGATAAAAATAAAATAAAAAATAAAAAGATAAAATAAGGAAATATAAACAATGGTCATAAATCAAGAGTAGGG

Intron 6 GTTTGGTGTT ... CTTGGAGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	71.15	2	3	7
A2	97.44	0.2	4	7
A3	90.74	1.3	11	14.3
A4	100	0	4	3
A5	91.67	0.2	0	1.7
A6	75.77	5.8	19	16.7
A7	67.15	9.5	20	18.7
A8	53.19	13.2	15	14.7
A9	81.56	5.8	23	27.7
A10	54.83	10.2	13	11.7

>TRINITY_DN38997_c0_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoform

GGAAGGACACCCGCAGACGGAAGCGTATGTATTTGCTTACATGCAAATTAAATTATGTGTGAAGCCGCTGCCCAATTGTTTCTTTCGACAGTCAGATCACCATCGGAAGCATTTGCAATAAATTAATAAAATGAAATCTTCGCACTTGCAGTCAGCTGGCAGAGGTTACCGTGAGCCTCTGTTTCCGCAGGGAGGGGCCA
ATTTGTCAGGCCATGGCTCGAGGCTGTCCCTTTTGTTTGACTTTGGCGGAAGAATTAGCACTTTCAGGTGTGCAGCAGCCACGGAGTTGGGACGGCATCCACCTGACAAATTTAGCAAGGGTTTTGAGACAAATCACAAACAATTGTCAAAGATATCGGCTAAGTTTACACGGCTGTCCTCGCCTTCCACCTTTCCAGAA
GGAGACCAAGAAGAAGAGTTCGGTTTAGAGATGGATCCCAGTTTATCTTACTTCAAAGGCCGATGTTCTAGAGTATTATGACCAGACCATTTCTTCTCCTGGCGGGTCTTTTAATATTCCGGCTGTTTTGAGGGT

>TRINITY_DN38997_c0_g1_i8 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGAAGGACACCCGCAGACGGAAGCGTATGTATTTGCTTACATGCAAATTAAATTATGTGTGAAGCCGCTGCCCAATTGTTTCTTTCGACAGTCAGATCACCATCGGAAGCATTTGCAATAAATTAATAAAATGAAATCTTCGCACTTGCAGTCAGCTGGCAGAGGTTACCGTGAGCCTCTGTTTCCGCAGGGAGGGGCCA
ATTTGTCAGGCCATGGCTCGAGGCTGTCCCTTTTGTTTGACTTTGGCGGAAGAATTAGCACTTTCAGGTGTGCAGCAGCCACGGAGTTGGGACGGCATCCACCTGACAAATTTAGCAAGGGTTTTGAGACAAATCACAAACAATTGTCAAAGATATCGGCTAAGTTTACACGGCTGTCCTCGCCTTCCACCTTTCCAGAA
GGAGACCAAGAAGAAGAGTTCGGTTTAGAGATGGATCCCAGTTTATCTTACTTCAAAGgtttggtgttagatctctcttacaggcctattaatgttgtttgttggaggcgtgctatttgtatggaattcttggagaagGCCGATGTTCTAGAGTATTATGACCAGACCATTTCTTCTCCTGGCGGGTCTTTTAATATTCC
GGCTGTTTTGAGGGTTGCATATCTAGTGCATGTTCCCAAGACAAGAAGGATTAAGGTACAGCTTAATCGGAAAAATGTATTTGGTCGTGATTGTTTTACTTGTCAGTATTGTGGTTCAAATAATAGTTTGACAATTGACCATGTTTTGCCTGTTTCTCGTGGAGGAAAATGGAGCTGGGATAATTTGGTTACTGCTTGCA
GTGAATGCAACTCAAAGAAAGGCCACAAAACCCTGGAGCAGACAGAAATGAAATTGATTAGGACCCCTAAGGCACCTAAAGATTATGATGCTTGGAGTATACCTTTAAAATATTCAACTTACAAGCTGCTGAGGAATCGAGAAAGGATGCCTAACGAGTGGAATGATTACATATCTACACCATTGTTTGGGTCATGATAT
TTATTACTGTTCCTGGTGTAAAAAGGTGTCCTGCTTAGTTTCTTTTCATAATATGCTAAGCTAGTAAGATATCGATTGTATAAAATAGTATAAGACGAGATCAAATCCATCAGACTTAGCACTTTTTCATCTGTATAATCGAACATGTAACTTAGACTACCAAATTAAAGAACCCTCAAGTCAAATTGACAGGAGATTAT
GAGAATTGTTTTCAAGCTCTTCTTTTGATGGAATGCTTGGTAAAACAAAGAGATCAGGATCCATCAAATATCATGTTGAGCTGTGTAGTATGATTTAATAGTGCATATAGTATATTGCCTCCCG