sp|Q8W487|YB95_ARATH ----> Uncharacterized protein At2g39795, mitochondrial
Intron 1 GTGAAGTAAA ... GTATTCTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.53 | 387 | 76.6 | 100 |
| A2 | 20.56 | 429 | 92.8 | 111 |
| A3 | 17.87 | 510 | 122.2 | 111 |
| A4 | 21.18 | 335 | 65.4 | 90 |
| A5 | 21.88 | 195 | 42.6 | 54.6 |
| A6 | 18.15 | 2101.4 | 480 | 466 |
| A7 | 19.4 | 2393 | 567.2 | 576 |
| A8 | 20 | 1792.2 | 376.4 | 448 |
| A9 | 19.53 | 2445.6 | 555.2 | 593.6 |
| A10 | 17.11 | 2116.6 | 478.8 | 437 |
>TRINITY_DN114819_c0_g2_i1 from sample A2 / Example spliced isoformAATCCTTAAACCCTAAACCCTAGACGGGATTTCAGCTCCCTATATTGTTAGTTTTCTATATATATTTTTATGAAGTCTCGTATACTTCAAACGTTTCTGCGGTTCTGATTTATCTACGAAGTCTCAGATACCTCAAAACGTATCTGCGATTTCGATTTTTAGGTTTTATAGAAATCTCTGGAGCAATGGCTATGTTTTAT
TTTGTCCGCAGGGCTGCCTCATCTGCTGCACCGGTGGCCTTCAGAGCCTTAAAGCAGCAGAGATTCATCCATTCAGCTGTGGGGTCTGCGTTTCAAAACTGCTGTAGGAGAGAAATAGCGAAGGAAACATCATGGGTTCCAAGCCGAGCGGTTTCTTCAATAGTAGCTAGGTCGAAATACGAAGAAAACCTTCTGGCAGT
GCTCGATGAGGAGATACAGTGTGCCGTTGAATCAGACCCTCCCTCGCAGGATGTCAAACCCACTGGCACCATACCCTTCGAGATTGAAGATTTGCCAGGCATTCAGACGATTACACTCCGGAGGCAATATGGCAATGAGGAGATAAAGGTTGAAGTTCTGTCCGGGGAGGTTGATGACGATAACGATGAAGAAGCCAGTG
GCACTGATACTAATTCGGGTGGAATTCAAGTCAATTTAACGGTCTCTATTTCTAAAGGAGGAGGTCCTTTCCTCGAGTTTATTTGCACTGGGTTTTCCGACGAGATTTCAGTCGAGGGCATGGCCGTCAAGCAGAAGCAGCCAACAGAATCAGACGCAGTTGACCCAATTCCGTACGAGGGTCCTCCCTTCAAGTGAGTA
TCGTGGTGCATACTTCCTTAAATGTTTTTCATCATTTTAGTTTTCTTAGGGG
>TRINITY_DN114819_c0_g2_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:TGAATCAGACCCTCCCTCGCAGgtgaagtaaaaagagaaatccctacgaacctgtaatctcgctatgaaaagatctgcatagtcatgatttctttgttttgattgtattctcagGATGTCAAACCCACTGGCACCATACCCTTCGAGATTGAAGATTTGCCAGGCATTCAGACGATTACACTCCGGAGGCAATATGGCAA
TGAGGAGATAAAGGTTGAAGTTCTGTCCGGGGAGGTTGATGACGATAACGATGAAGAAGCCAGTGGCACTGATACTAATTCGGGTGGAATTCAAGTCAATTTAACGGTCTCTATTTCTAAAGGAGGAGGTCCTTTCCTCGAGTTTATTTGCACTGGGTTTTCCGACGAGATTTCAGTCGAGGGCATGGCCGTCAAGCAGA
AGCAGCCAACAGAATCAGACGCAGTTGACCCAATTCCGTACGAGGGGCCTCCCTTCAACGACTTGGATGAGAATTTACAGAAGGGCTTTCATAAATACCTAGAAGTGCGAGGCATCACTCCCAGTCTATCAAATTACTTGTGCGAGTACATGATAAACAAGGAGAGCAAGGAGTATACCAATTGGTTGAAAAATGTTAAG
GAATTTGTTGAGAAGTAGAACTTAGATTGCGTTTTTGTTTTGGTAGCTAATTATGCATCGGCTAAGGAAAGAGCTTGATCAATATCATAGCGTAGAGAAGAGGGAAATGGTTTCATTATTTATGGTACTGTTTAATTCATGGGTGTTGGGAACTCCCCTGCTAAAATTTCTAGAGAACTTTGTTTTATTTGAAGTTTTTT
GATAGCCTGTTCAGTATACGAGGTGAGAAAGGAGTATATCAATTATACGTAAATGACATTTTTCCCCATTTGGTAGCTAATTATGTATCTTCCAATAGAAGGGACTAATGAATATCAAAGTGTAGAGAATAGGAGAATGGTGTCATTATTCATGGTACACGGTTTACTTCATGGGTGTCTGCTAACTCCCTCCCTTGAAG
ATCAGAGTTTCAATGTTGTAGTCTGCACTTTTATCTGCTATATTTTCCAGAAATTGTCAGTGGCATTTTTGTTTTGGTAGCTAGTTGCATCGGAAAATAGTAGGAGCCGATCAATATTTAAATCATGGGTGTTGCGAACTTTCTTGAAGGCCAGAGTTTCTACCTTGATGATTCAGCCACATTAATTGTGTACATTTTGC
ATTTGCCTCCCATGGGCCCAGGATAGTAGCAATGGAGTTCAATCTTTTATTTCACTGTGAATATATGTAATTTTTCTTGTACTTTAGTATATACTAAACAGAGTTTTCTTCGACCAATATTAATGTGTATTGATAATGATTTTGGGCTAAAGTAATCATATTATACATTCATTAAAATGGATTTGAGAAAACGAGTTTCA
AGCATTTTTGGTTATGCTGTAGTATCTTTATAACTTAGTAAAGTTTTATCACGGTTAGTTGAGATTTGATTCTCACTGCTCTTCTATGTTCATCAAGGTTTTGTTTTTTGAATTTAAGGAAACAGATGTAGTATTTCAGAGTAGGTGGATGGTTTAATGGAAAGCTGTGATGTGATGGAACTTATTTTAATATTGAAATC
TAAAATAGGGATTCAAAGCCTCTGAGAATAAGCCCTTTCTCAATGAGTCCAGGTAAAATTTCAGACAGTTAGCTCAGCTGCTTAGTGAAAGTAGCAGTTCCTGAAAAAAGATGCCAGATCACATGAACAAAAAAACAAAAGAAAATGGAGAATGGCATATTGAAAATTTCAGAAATTGCAGATTATTGTTACATCAAAGC
TTCAGAATATATGTTGTTGGAAATTTAAGCTCGTCTTGGAAAATCTCCCTATGGGAAAGTAGAATCATGATGTCATCAGAAAAAAATTAAAACTTATCCACGACAATGCACTGACATAGATATCATGTTAATTTCTTGAAGGTGTAAGATTTAGGTTC
Intron 2 GTTTATTAGA ... TTGCTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.47 | 388 | 101 | 52 |
| A2 | 18.57 | 285 | 79 | 51 |
| A3 | 17.49 | 361 | 100 | 53 |
| A4 | 18.64 | 275 | 84 | 42 |
| A5 | 15.76 | 155 | 34 | 24 |
| A6 | 17.28 | 2350 | 644 | 338 |
| A7 | 17.4 | 2595 | 733 | 360 |
| A8 | 16.97 | 2696 | 681 | 421 |
| A9 | 16.95 | 2618 | 710 | 359 |
| A10 | 17.25 | 1938 | 575 | 233 |
>TRINITY_DN119453_c0_g4_i1 from sample A1 / Example spliced isoformATCCATATAAAAAAAATGAGTTTTCACGCATTAATTAAATTTGAATTTACACCCATATTAATTAAAATTAAATTTCAAATTCCATGACGGAGGAGCATTATATAATGAAATAATTTGTGTTTGCCAAACCTCAATATTGTAGAATCCTTAAACCCTAAACCCTAGACGGGATTTCAGCTCCCTATATTGTTAGTTTTCTA
TATATATTTTTATGAAGTCTCGTATACTTCAAACGTTTCTGCGGTTCTGATTTATCTACGAAGTCTCAGATACCTCAAAACGTATCTGCGATTTCGATTTTTAGGTTTTATAGAAATCTCTGGAGCAATGGCTATGTTTTATTTTGTCCGCAGGGCTGCCTCATCTGCTGCACCGGTGGCCTTCAGAGCCTTAAAGCAGC
AGAGATTCATCCATTCAGCTGTGGGGTCTGCGTTTCAAAACTGCTGTAGGAGAGAAATAGCGAAGGAAACATCATGGGTTCCAAGCCGAGCGGTTTCTTCAATAGTAGCTAGGTCGAAATACGAAGAAAACCTTCTGGCAGTGCTCGATGAGGAGATACAGTGTGCCGTTGAATCAGACCCTCCCTCGCAGGATGTCAAA
CCCACTGGCACCATACCCTTCGAGATTGAAGATTTGCCAGGCATTCAGACGATTACACTCCGGAGGCAATATGGCAATGAGGAGATAAAGGTTGAAGTTCTGTCCGGGGAGGTTGATGACGATAACGATGAAGAAGCCAGTGGCACTGATACTAATTCGGGTGGAATTCAAGTCAATTTAACGGTCTCTATTTCTAAAGG
AGGAGGTCCTTTCCTCGAGTTTATTTGCACTGGGTTTTCCGACGAGATTTCAGTCGAGGGCATGGCCGTCAAGCAGAAGCAGCCAACAGAATCAGACGCAGTTGACCCAATTCCGTACGAGGGGCCTCCCTTCAACGACTTGGATGAGAATTTACAGAAGGGCTTTCATAAATACCTAGAAGTGCGAGGCATCACTCCCA
GTCTATCAAATTACTTGTGCGAGTACATGATAAACAAGGAGAGCAAGGAGTATACCAATTGGTTGAAAAATGTTAAGGAATTTGTTGAGAAGTAGAACTTAGATTGCGTTTTTGTTTTGGTAGCTAATTATGCATCGGCTAAGGAAAGAGCTTGATCAATATCATAGCGTAGAGAAGAGGGAAATGGTTTCATTATTTAT
GGTACTGTTTAATTCATGGGTGTTGGGAACTCCCCTGCTAAAATTTCTAGAGAACTTTGTTTTATTTGAAGTTTTTTGATAGCCTGTTCAGTATACGAGGTGAGAAAGGAGTATATCAATTATACGTAAATGACATTTTTCCCCTTTTGGTAGCTAATTATGTATCTTCCAATAGAAGGGACTGTTGAATATCAAAGTGT
AGAGAATAGGAGAATGGTGTCATTATTCATGGTACACGGTTTACTTCATGGGTGTCTGCTAACTCCCTCCCTTGAAGATCAGAGTTTCAATGTTGTAGTTTGCACTTTTATCTGCTATATTTTCCATAAATTGTCAGTGGCATTTTTGTTTTGGTAGCTAGTTGCATCGGAAAATAGTAGGAGCCGATCAATATTTAAAT
CATGGGTGTTGCGAACTTTCTTGAAGGCCAGAGTTTCTACCTTGATGATTCAGCCACATTAATTGTGTACATTTTGCATTTGCCTCCCATGGGCCCAGGATAGTAGCAATGGAGTTCAATCTTTTATTTCACTGTGAATATATGTAATTTTTCTTGTACTTTAGTATATACTAAACAGAGTTTTCTTCGACCAATATTAA
TGTGTATTGATAATGATTTTGGGCTAAAGTAATCATATTATAGTATTATACATTCATTAAAATGGATTTGAGAAAACGAGTTTCAAGCATTTTTGGTTATGCTGTAGTATCTTTATAACTTAGTAAAGTTTTATCACGGG
>TRINITY_DN119453_c0_g4_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATCCATATAAAAAAAATGAGTTTTCACGCATTAATTAAATTTGAATTTACACCCATATTAATTAAAATTAAATTTCAAATTCCATGACGGAGGAGCATTATATAATGAAATAATTTGTGTTTGCCAAACCTCAATATTGTAGAATCCTTAAACCCTAAACCCTAGACGGGATTTCAGCTCCCTATATTGTTAGTTTTCTA
TATATATTTTTATGAAGTCTCGTATACTTCAAACGTTTCTGCGGTTCTGATTTATCTACGAAGTCTCAGATACCTCAAAACGTATCTGCGATTTCGATTTTTAGGTTTTATAGAAATCTCTGGAGCAATGGCTATGTTTTATTTTGTCCGCAGGGCTGCCTCATCTGCTGCACCGGTGGCCTTCAGAGCCTTAAAGCAGC
AGAGATTCATCCATTCAGCTGTGGGGTCTGCGTTTCAAAACTGCTGTAGGAGAGAAATAGCGAAGGAAACATCATGGGTTCCAAGCCGAGCGGTTTCTTCAATAGTAGCTAGGTCGAAATACGAAGAAAACCTTCTGGCAGTGCTCGATGAGGAGATACAGTGTGCCGTTGAATCAGACCCTCCCTCGCAGGATGTCAAA
CCCACTGGCACCATACCCTTCGAGATTGAAGATTTGCCAGGCATTCAGACGATTACACTCCGGAGGCAATATGGCAATGAGGAGATAAAGGTTGAAGTTCTGTCCGGGGAGGTTGATGACGATAACGATGAAGAAGCCAGTGGCACTGATACTAATTCGGGTGGAATTCAAGTCAATTTAACGGTCTCTATTTCTAAAGG
AGGAGGTCCTTTCCTCGAGTTTATTTGCACTGGGTTTTCCGACGAGATTTCAGTCGAGGGCATGGCCGTCAAGCAGAAGCAGCCAACAGAATCAGACGCAGTTGACCCAATTCCGTACGAGGGGCCTCCCTTCAAgtttattagaattctagggtttcagggttttgattttcatacttatggggtttctagggttttac
tggttggaatatcaggcatgcggggtttcaagtgtttgcacattcaggtctgagatttttggggtttaggcgtttggttttttaggcttttgggggttttatagttttcggagttggctcgaataaatgaaggttgggttattgatgggctcttttgatttgtttgcttgtagCGACTTGGATGAGAATTTACAGAAGGG
CTTTCATAAATACCTAGAAGTGCGAGGCATCACTCCCAGTCTATCAAATTACTTGTGCGAGTACATGATAAACAAGGAGAGCAAGGAGTATACCAATTGGTTGAAAAATGTTAAGGAATTTGTTGAGAAGTAGAACTTAGATTGCGTTTTTGTTTTGGTAGCTAATTATGCATCGGCTAAGGAAAGAGCTTGATCAATAT
CATAGCGTAGAGAAGAGGGAAATGGTTTCATTATTTATGGTACTGTTTAATTCATGGGTGTTGGGAACTCCCCTGCTAAAATTTCTAGAGAACTTTGTTTTATTTGAAGTTTTTTGATAGCCTGTTCAGTATACGAGGTGAGAAAGGAGTATATCAATTATACGTAAATGACATTTTTCCCCTTTTGGTAGCTAATTATG
TATCTTCCAATAGAAGGGACTGTTGAATATCAAAGTGTAGAGAATAGGAGAATGGTGTCATTATTCATGGTACACGGTTTACTTCATGGGTGTCTGCTAACTCCCTCCCTTGAAGATCAGAGTTTCAATGTTGTAGTTTGCACTTTTATCTGCTATATTTTCCATAAATTGTCAGTGGCATTTTTGTTTTGGTAGCTAGT
TGCATCGGAAAATAGTAGGAGCCGATCAATATTTAAATCATGGGTGTTGCGAACTTTCTTGAAGGCCAGAGTTTCTACCTTGATGATTCAGCCACATTAATTGTGTACATTTTGCATTTGCCTCCCATGGGCCCAGGATAGTAGCAATGGAGTTCAATCTTTTATTTCACTGTGAATATATGTAATTTTTCTTGTACTTT
AGTATATACTAAACAGAGTTTTCTTCGACCAATATTAATGTGTATTGATAATGATTTTGGGCTAAAGTAATCATATTATAGTATTATACATTCATTAAAATGGATTTGAGAAAACGAGTTTCAAGCATTTTTGGTTATGCTGTAGTATCTTTATAACTTAGTAAAGTTTTATCACGGG
Intron 3 GTTTATTAGA ... GGGTTTCTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 51.53 | 95 | 101 | 10 |
| A2 | 48.17 | 85 | 79 | 3 |
| A3 | 49.26 | 103 | 100 | 14 |
| A4 | 50.6 | 82 | 84 | 2 |
| A5 | 50 | 34 | 34 | 8 |
| A6 | 50.12 | 641 | 644 | 7 |
| A7 | 50.07 | 731 | 733 | 8 |
| A8 | 49.82 | 686 | 681 | 12 |
| A9 | 50.53 | 695 | 710 | 1 |
| A10 | 50.22 | 570 | 575 | 6 |
>TRINITY_DN119453_c0_g4_i3 from sample A1 / Example spliced isoformATCCATATAAAAAAAATGAGTTTTCACGCATTAATTAAATTTGAATTTACACCCATATTAATTAAAATTAAATTTCAAATTCCATGACGGAGGAGCATTATATAATGAAATAATTTGTGTTTGCCAAACCTCAATATTGTAGAATCCTTAAACCCTAAACCCTAGACGGGATTTCAGCTCCCTATATTGTTAGTTTTCTA
TATATATTTTTATGAAGTCTCGTATACTTCAAACGTTTCTGCGGTTCTGATTTATCTACGAAGTCTCAGATACCTCAAAACGTATCTGCGATTTCGATTTTTAGGTTTTATAGAAATCTCTGGAGCAATGGCTATGTTTTATTTTGTCCGCAGGGCTGCCTCATCTGCTGCACCGGTGGCCTTCAGAGCCTTAAAGCAGC
AGAGATTCATCCATTCAGCTGTGGGGTCTGCGTTTCAAAACTGCTGTAGGAGAGAAATAGCGAAGGAAACATCATGGGTTCCAAGCCGAGCGGTTTCTTCAATAGTAGCTAGGTCGAAATACGAAGAAAACCTTCTGGCAGTGCTCGATGAGGAGATACAGTGTGCCGTTGAATCAGACCCTCCCTCGCAGGATGTCAAA
CCCACTGGCACCATACCCTTCGAGATTGAAGATTTGCCAGGCATTCAGACGATTACACTCCGGAGGCAATATGGCAATGAGGAGATAAAGGTTGAAGTTCTGTCCGGGGAGGTTGATGACGATAACGATGAAGAAGCCAGTGGCACTGATACTAATTCGGGTGGAATTCAAGTCAATTTAACGGTCTCTATTTCTAAAGG
AGGAGGTCCTTTCCTCGAGTTTATTTGCACTGGGTTTTCCGACGAGATTTCAGTCGAGGGCATGGCCGTCAAGCAGAAGCAGCCAACAGAATCAGACGCAGTTGACCCAATTCCGTACGAGGGGCCTCCCTTCAAGGTTTTACTGGTTGGAATATCAGGCATGCGGGGTTTCAAGTGTTTGCACATTCAGCGACTTGGAT
GAGAATTTACAGAAGGGCTTTCATAAATACCTAGAAGTGCGAGGCATCACTCCCAGTCTATCAAATTACTTGTGCGAGTACATGATAAACAAGGAGAGCAAGGAGTATACCAATTGGTTGAAAAATGTTAAGGAATTTGTTGAGAAGTAGAACTTAGATTGCGTTTTTGTTTTGGTAGCTAATTATGCATCGGCTAAGGA
AAGAGCTTGATCAATATCATAGCGTAGAGAAGAGGGAAATGGTTTCATTATTTATGGTACTGTTTAATTCATGGGTGTTGGGAACTCCCCTGCTAAAATTTCTAGAGAACTTTGTTTTATTTGAAGTTTTTTGATAGCCTGTTCAGTATACGAGGTGAGAAAGGAGTATATCAATTATACGTAAATGACATTTTTCCCCT
TTTGGTAGCTAATTATGTATCTTCCAATAGAAGGGACTGTTGAATATCAAAGTGTAGAGAATAGGAGAATGGTGTCATTATTCATGGTACACGGTTTACTTCATGGGTGTCTGCTAACTCCCTCCCTTGAAGATCAGAGTTTCAATGTTGTAGTTTGCACTTTTATCTGCTATATTTTCCATAAATTGTCAGTGGCATTT
TTGTTTTGGTAGCTAGTTGCATCGGAAAATAGTAGGAGCCGATCAATATTTAAATCATGGGTGTTGCGAACTTTCTTGAAGGCCAGAGTTTCTACCTTGATGATTCAGCCACATTAATTGTGTACATTTTGCATTTGCCTCCCATGGGCCCAGGATAGTAGCAATGGAGTTCAATCTTTTATTTCACTGTGAATATATGT
AATTTTTCTTGTACTTTAGTATATACTAAACAGAGTTTTCTTCGACCAATATTAATGTGTATTGATAATGATTTTGGGCTAAAGTAATCATATTATAGTATTATACATTCATTAAAATGGATTTGAGAAAACGAGTTTCAAGCATTTTTGGTTATGCTGTAGTATCTTTATAACTTAGTAAAGTTTTATCACGGG
>TRINITY_DN119453_c0_g4_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATCCATATAAAAAAAATGAGTTTTCACGCATTAATTAAATTTGAATTTACACCCATATTAATTAAAATTAAATTTCAAATTCCATGACGGAGGAGCATTATATAATGAAATAATTTGTGTTTGCCAAACCTCAATATTGTAGAATCCTTAAACCCTAAACCCTAGACGGGATTTCAGCTCCCTATATTGTTAGTTTTCTA
TATATATTTTTATGAAGTCTCGTATACTTCAAACGTTTCTGCGGTTCTGATTTATCTACGAAGTCTCAGATACCTCAAAACGTATCTGCGATTTCGATTTTTAGGTTTTATAGAAATCTCTGGAGCAATGGCTATGTTTTATTTTGTCCGCAGGGCTGCCTCATCTGCTGCACCGGTGGCCTTCAGAGCCTTAAAGCAGC
AGAGATTCATCCATTCAGCTGTGGGGTCTGCGTTTCAAAACTGCTGTAGGAGAGAAATAGCGAAGGAAACATCATGGGTTCCAAGCCGAGCGGTTTCTTCAATAGTAGCTAGGTCGAAATACGAAGAAAACCTTCTGGCAGTGCTCGATGAGGAGATACAGTGTGCCGTTGAATCAGACCCTCCCTCGCAGGATGTCAAA
CCCACTGGCACCATACCCTTCGAGATTGAAGATTTGCCAGGCATTCAGACGATTACACTCCGGAGGCAATATGGCAATGAGGAGATAAAGGTTGAAGTTCTGTCCGGGGAGGTTGATGACGATAACGATGAAGAAGCCAGTGGCACTGATACTAATTCGGGTGGAATTCAAGTCAATTTAACGGTCTCTATTTCTAAAGG
AGGAGGTCCTTTCCTCGAGTTTATTTGCACTGGGTTTTCCGACGAGATTTCAGTCGAGGGCATGGCCGTCAAGCAGAAGCAGCCAACAGAATCAGACGCAGTTGACCCAATTCCGTACGAGGGGCCTCCCTTCAAgtttattagaattctagggtttcagggttttgattttcatacttatggggtttctagGGTTTTAC
TGGTTGGAATATCAGGCATGCGGGGTTTCAAGTGTTTGCACATTCAGGTCTGAGATTTTTGGGGTTTAGGCGTTTGGTTTTTTAGGCTTTTGGGGGTTTTATAGTTTTCGGAGTTGGCTCGAATAAATGAAGGTTGGGTTATTGATGGGCTCTTTTGATTTGTTTGCTTGTAGCGACTTGGATGAGAATTTACAGAAGGG
CTTTCATAAATACCTAGAAGTGCGAGGCATCACTCCCAGTCTATCAAATTACTTGTGCGAGTACATGATAAACAAGGAGAGCAAGGAGTATACCAATTGGTTGAAAAATGTTAAGGAATTTGTTGAGAAGTAGAACTTAGATTGCGTTTTTGTTTTGGTAGCTAATTATGCATCGGCTAAGGAAAGAGCTTGATCAATAT
CATAGCGTAGAGAAGAGGGAAATGGTTTCATTATTTATGGTACTGTTTAATTCATGGGTGTTGGGAACTCCCCTGCTAAAATTTCTAGAGAACTTTGTTTTATTTGAAGTTTTTTGATAGCCTGTTCAGTATACGAGGTGAGAAAGGAGTATATCAATTATACGTAAATGACATTTTTCCCCTTTTGGTAGCTAATTATG
TATCTTCCAATAGAAGGGACTGTTGAATATCAAAGTGTAGAGAATAGGAGAATGGTGTCATTATTCATGGTACACGGTTTACTTCATGGGTGTCTGCTAACTCCCTCCCTTGAAGATCAGAGTTTCAATGTTGTAGTTTGCACTTTTATCTGCTATATTTTCCATAAATTGTCAGTGGCATTTTTGTTTTGGTAGCTAGT
TGCATCGGAAAATAGTAGGAGCCGATCAATATTTAAATCATGGGTGTTGCGAACTTTCTTGAAGGCCAGAGTTTCTACCTTGATGATTCAGCCACATTAATTGTGTACATTTTGCATTTGCCTCCCATGGGCCCAGGATAGTAGCAATGGAGTTCAATCTTTTATTTCACTGTGAATATATGTAATTTTTCTTGTACTTT
AGTATATACTAAACAGAGTTTTCTTCGACCAATATTAATGTGTATTGATAATGATTTTGGGCTAAAGTAATCATATTATAGTATTATACATTCATTAAAATGGATTTGAGAAAACGAGTTTCAAGCATTTTTGGTTATGCTGTAGTATCTTTATAACTTAGTAAAGTTTTATCACGGG
Intron 4 GTGAGTATCG ... GGGTTTCTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 51.53 | 95 | 101 | 15 |
| A2 | 47.2 | 85 | 76 | 3 |
| A3 | 47.45 | 103 | 93 | 16 |
| A4 | 49.38 | 82 | 80 | 3 |
| A5 | 50 | 34 | 34 | 8 |
| A6 | 48.47 | 640 | 602 | 13 |
| A7 | 48.77 | 731 | 696 | 7 |
| A8 | 47.67 | 686 | 625 | 12 |
| A9 | 48.67 | 695 | 659 | 1 |
| A10 | 48.97 | 570 | 547 | 6 |
>TRINITY_DN40657_c0_g4_i3 from sample A8 / Example spliced isoformTGTAGAATCCTTAAACCCTAAACCCTAGACGGGATTTCAGCTCCCTATATTGTTAGTTTTCTATATATATTTTTATGAAGTCTCGTATACTTCAAACGTTTCTGCGGTTCTGATTTATCTACGAAGTCTCAGATACCTCAAAACGTATCTGCGATTTCGATTTTTAGGTTTTATAGAAATCTCTGGAGCAATGGCTATGT
TTTATTTTGTCCGCAGGGCTGCCTCATCTGCTGCACCGGTGGCCTTCAGAGCCTTAAAGCAGCAGAGATTCATCCATTCAGCTGTGGGGTCTGCGTTTCAAAACTGCTGTAGGAGAGAAATAGCGAAGGGAACATCATGGGTTCCAAGCCGAGCGGTTTCTTCAATAGTAGCTAGGTCGAAATACGAAGAAAACCTTCTG
GCAGTGCTCGATGAGGAGATACAGTGTGCCGTTGAATCAGACCCTCCCTCGCAGGATGTCAAACCCACTGGCACCATACCCTTCGAGATTGAAGATTTGCCAGGCATTCAGACGATTACACTCCGGAGGCAATATGGCAATGAGGAGATAAAGGTTGAAGTTCTGTCCGGGGAGGTTGCTGACGATAACGATGAAGAAGC
CAGTGGCACTGATACTAATTCGGGTGGAATTCAAGTCAATTTAACGGTCTCTATTTCTAAAGGAGGAGGTCCTTTCCTCGAGTTTATTTGCACTGGGTTTTCCGACGAGATTTCAGTCGAGGGCATGGCCGTCAAGCAGAAGCAGCCAACAGAATCAGACGCAGTTGACCCAATTCCGTACGAGGGGCCTCCCTTCAAGG
TTTTACTGGTTGGAATATCAGGCATGCGGGGTTTCAAGTGTTTGCACATTCAGCGACTTGGATGAGAATTTACAGAAGGGCTTTCATAAATACCTAGAAGTGCGAGGCATCACTCCCAGTCTATCAAATTACTTGTGCGAGTACATGATAAACAAGGAGAGCAAGGAGTATACCAATTGGTTGAAAAATGTTAAGGAATT
TGTTGAGAAGTAGAACTTAGATTGCGTTTTTGTTTTGGTAGCTAATTATGCATCGGCTAAGGAAAGAGCTTGATCAATATCATAGCGTAGAGAAGAGGGAAATGGTTTCATTATTTATGGTACTGTTTAATTCATGGGTGTTGGAAACTCCCCTGCTAAAATTTCTAGAGAACTTTGTTTTATTTGAAGTTTTTTGATAG
CCTGTTCAGTATACGAGGTGAGAAAGGAGTATATCAATTATACGTAAATGACATTTTTCCCCATTTGGTAGCTAATTATGTATCTTCCAATAGAAGGGACTAATGAATATCAAAGTGTAGAGAATAGGAGAATGGTGTCATTATTCATGGTACACGGTTTACTTCATGGGTGTCTGCTAACTCCCTCCCTTGAAGATCAG
AGTTTCAATGTTGTAGTCTGCACTTTTATCTGCTATATTTTCCAGAAATTGTCAGTGGCATTTTTGTTTTGGTAGCTAGTTGCATCGGAAAATAGTAGGAGCCGATCAATATTTAAATCATGGGTGTTGCGAACTTTCTTGAAGGCCAGAGTTTCTACCTTGATGATTCAGCCACATTAATTGTGTACATTTTGCATTTG
CCTCCCATGGGCCCAGGATAGTAGCAATGGAGTTCAATCTTTTATTTCACTGTGAATATATGTAATTTTTCTTGTACTTTAGTATATACTAAACAGAGTTTTCTTCGACCAATATTAATGTGTATTGATAATGATTTTGGGCTAAAGTAATCATATTATACATTCATTAAAATGGATTTGAGAAAACGAGTTTCAAGCAT
TTTTGGTTATGCTGTAGTATCTTTATAACTTAGTAAAGTTTTATCACGGTTAGTTGAGATTTGATTCTCACTGCTC
>TRINITY_DN40657_c0_g4_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:TGTAGAATCCTTAAACCCTAAACCCTAGACGGGATTTCAGCTCCCTATATTGTTAGTTTTCTATATATATTTTTATGAAGTCTCGTATACTTCAAACGTTTCTGCGGTTCTGATTTATCTACGAAGTCTCAGATACCTCAAAACGTATCTGCGATTTCGATTTTTAGGTTTTATAGAAATCTCTGGAGCAATGGCTATGT
TTTATTTTGTCCGCAGGGCTGCCTCATCTGCTGCACCGGTGGCCTTCAGAGCCTTAAAGCAGCAGAGATTCATCCATTCAGCTGTGGGGTCTGCGTTTCAAAACTGCTGTAGGAGAGAAATAGCGAAGGGAACATCATGGGTTCCAAGCCGAGCGGTTTCTTCAATAGTAGCTAGGTCGAAATACGAAGAAAACCTTCTG
GCAGTGCTCGATGAGGAGATACAGTGTGCCGTTGAATCAGACCCTCCCTCGCAGGATGTCAAACCCACTGGCACCATACCCTTCGAGATTGAAGATTTGCCAGGCATTCAGACGATTACACTCCGGAGGCAATATGGCAATGAGGAGATAAAGGTTGAAGTTCTGTCCGGGGAGGTTGCTGACGATAACGATGAAGAAGC
CAGTGGCACTGATACTAATTCGGGTGGAATTCAAGTCAATTTAACGGTCTCTATTTCTAAAGGAGGAGGTCCTTTCCTCGAGTTTATTTGCACTGGGTTTTCCGACGAGATTTCAGTCGAGGGCATGGCCGTCAAGCAGAAGCAGCCAACAGAATCAGACGCAGTTGACCCAATTCCGTACGAGGGGCCTCCCTTCAAgt
gagtatcgtggtgcatacttccttaaatgtttttcatcattttagttttcttagggtttaaagggattttaatgtccggggcttcatctttctgcgtctcttagggtttcatggcttgtatttcaggtttattagaattctagggttttagggttttggttttcatacttatggggtttctagGGTTTTACTGGTTGGAA
TATCAGGCATGAGGGGTTTCAAGTGTTTGCATATTCAGGTCTGAGATTTTTGGGGTTTAGGCGTTTGGTTTTTTAGGCTTTTGGGGGTTTTATAGTTTTCGGAGTTGGCTCGAATAAATGAAGGTTGGGTTATTGATGGGCTCTTTTGATTTGTTTGCTTGTAGCGACTTGGATGAGAATTTACAGAAGGGCTTTCATAA
ATACCTAGAAGTGCGAGGCATCACTCCCAGTCTATCAAATTACTTGTGCGAGTACATGATAAACAAGGAGAGCAAGGAGTATACCAATTGGTTGAAAAATGTTAAGGAATTTGTTGAGAAGTAGAACTTAGATTGCGTTTTTGTTTTGGTAGCTAATTATGCATCGGCTAAGGAAAGAGCTTGATCAATATCATAGCGTA
GAGAAGAGGGAAATGGTTTCATTATTTATGGTACTGTTTAATTCATGGGTGTTGGAAACTCCCCTGCTAAAATTTCTAGAGAACTTTGTTTTATTTGAAGTTTTTTGATAGCCTGTTCAGTATACGAGGTGAGAAAGGAGTATATCAATTATACGTAAATGACATTTTTCCCCATTTGGTAGCTAATTATGTATCTTCCA
ATAGAAGGGACTAATGAATATCAAAGTGTAGAGAATAGGAGAATGGTGTCATTATTCATGGTACACGGTTTACTTCATGGGTGTCTGCTAACTCCCTCCCTTGAAGATCAGAGTTTCAATGTTGTAGTCTGCACTTTTATCTGCTATATTTTCCAGAAATTGTCAGTGGCATTTTTGTTTTGGTAGCTAGTTGCATCGGA
AAATAGTAGGAGCCGATCAATATTTAAATCATGGGTGTTGCGAACTTTCTTGAAGGCCAGAGTTTCTACCTTGATGATTCAGCCACATTAATTGTGTACATTTTGCATTTGCCTCCCATGGGCCCAGGATAGTAGCAATGGAGTTCAATCTTTTATTTCACTGTGAATATATGTAATTTTTCTTGTACTTTAGTATATAC
TAAACAGAGTTTTCTTCGACCAATATTAATGTGTATTGATAATGATTTTGGGCTAAAGTAATCATATTATACATTCATTAAAATGGATTTGAGAAAACGAGTTTCAAGCATTTTTGGTTATGCTGTAGTATCTTTATAACTTAGTAAAGTTTTATCACGGTTAGTTGAGATTTGATTCTCACTGCTC
Intron 5 GTCTGAGATT ... TTGCTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 46.85 | 59 | 15.5 | 52 |
| A2 | 48.57 | 54 | 5.5 | 51 |
| A3 | 48.62 | 56 | 16.3 | 53 |
| A4 | 50 | 42 | 4 | 42 |
| A5 | 58.54 | 17 | 11 | 24 |
| A6 | 43.22 | 444 | 6.8 | 338 |
| A7 | 43.69 | 464 | 10.3 | 360 |
| A8 | 44.18 | 532 | 13.5 | 421 |
| A9 | 43.94 | 458 | 3.3 | 359 |
| A10 | 43.23 | 306 | 6 | 233 |
>TRINITY_DN119453_c0_g4_i3 from sample A1 / Example spliced isoformATCCATATAAAAAAAATGAGTTTTCACGCATTAATTAAATTTGAATTTACACCCATATTAATTAAAATTAAATTTCAAATTCCATGACGGAGGAGCATTATATAATGAAATAATTTGTGTTTGCCAAACCTCAATATTGTAGAATCCTTAAACCCTAAACCCTAGACGGGATTTCAGCTCCCTATATTGTTAGTTTTCTA
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>TRINITY_DN119453_c0_g4_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATCCATATAAAAAAAATGAGTTTTCACGCATTAATTAAATTTGAATTTACACCCATATTAATTAAAATTAAATTTCAAATTCCATGACGGAGGAGCATTATATAATGAAATAATTTGTGTTTGCCAAACCTCAATATTGTAGAATCCTTAAACCCTAAACCCTAGACGGGATTTCAGCTCCCTATATTGTTAGTTTTCTA
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