sp|A1A697|OHK5_ORYSJ ----> Probable histidine kinase 5
Intron 1 GTATTTGCCC ... AGTTTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 60.26 | 30 | 51 | 40 |
| A2 | 64.1 | 28 | 54 | 46 |
| A3 | 67.9 | 26 | 67 | 43 |
| A4 | 58.66 | 37 | 57 | 48 |
| A5 | 55.29 | 19 | 27 | 20 |
| A6 | 77.78 | 3 | 10 | 11 |
| A7 | 66.32 | 16 | 27 | 36 |
| A8 | 60.98 | 8 | 15 | 10 |
| A9 | 71.68 | 16 | 40 | 41 |
| A10 | 64.21 | 17 | 37 | 24 |
>TRINITY_DN112561_c1_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoformCCTACGCGTCGGATAGCTCCAGCGCCCGGCTCGGATTCGGGCCATCCAAGGCCCCCGGTTCGGATTAGCCTCGGCGCTCCCCAGACCGGCCAGACAAGAGCTGTCTCAGCTCGACCTTCCTTTTCCTTGTTTCATGTCACTCTTGTCTTTGTCCGGGTTTTCGATTTCAAGAACCGGAGGTTTGGCGTGACTTCTTTGAA
GTGTTTTTTTTCCTTTTTGGATTTCGATGGCGGTGGAGTCATTGAAGTCTGCAATCCTGTTTATTCAGTGCACTGAATATTAGGGTTTTGGGAGAGTCCTGGATGGATGCAATTGGTTTCCAAAGCTTTGCGCCGTTTGATTTTTAGTATATCTGCCTGAGCTGAATTTGGAGAAAAACATTGTGCATCTTTGCTTTAGG
CGACGGAGTTAAGGCGACGAAAGATAACTGAAATTTGCTTCTGGAGAAATTAGTTTGTAATATTCAAGCGCTGAGAAGCTGAATTGGCGGTGGCCAAAGAAAAATAACAGGAGCATTTGCTATTTTCGTCGCCTTCTTTACTGTGAAGCTGGTTTAGAGGTATTATAAATAAATGTTGGAGGACGGAGCCTGGTTTTCCG
ATGGTCTGTTTGAATTCGCGAGCATTCGTCTGAGGGGTGCGGAAAGAAATTTTCAACTTGCTGGAAAGGAAATTTACAATTACTGGAAATGG
>TRINITY_DN112561_c1_g1_i7 from sample A3 / Example unspliced isoform:CCTACGCGTCGGATAGCTCCAGCGCCCGGCTCGGATTCGGGCCATCCAAGGCCCCCGGTTCGGATTAGCCTCGGCGCTCCCCAGACCGGCCAGACAAGAGCTGTCTCAGCTCGACCTTCCTTTTCCTTGTTTCATGTCACTCTTGTCTTTGTCCGGGTTTTCGATTTCAAGAACCGGAGGTTTGGCGTGACTTCTTTGAA
GTGTTTTTTTTCCTTTTTGGATTTCGATGGCGGTGGAGTCATTGAAGTCTGCAATCCTGTTTATTCAGTGCACTGAATATTAGGGTTTTGGGAGAGTCCTGGATGGATGCAATTGGTTTCCAAAGCTTTGCGCCGTTTGATTTTTAGTATATCTGCCTGAGCTGAATTTGGAGAAAAACATTGTGCATCTTTGCTTTAGG
CGACGGAGTTAAGGCGACGAAAGATAACTGAAATTTGCTTCTGGAGAAATTAGTTTGTAATATTCAAGCGCTGAGAAGCTGAATTGGCGGTGGCCAAAGAAAAATAACAGGAGCATTTGCTATTTTCGTCGgtatttgccccggctttgtccttttacgagtgcttggatgtgttagtattttatttaaacagtactaac
tcggcgtccaaaagtttggcagCCTTCTTTACTGTGAAGCTGGTTTAGAGGTATTATAAATAAATGTTGGAGGACGGAGCCTGGTTTTCCGATGGTCTGTTTGAATTCGCGAGCATTCGTCTGAGGGGTGCGGAAAGAAATTTTCAACTTGCTGGAAAGGAAATTTACAATTACTGGAAATGGGAATTGCATTGAAGATT
TATTTCTTTGCCGAATTTGAGGATCTTTAGAAATCAAGATTCGATCTTCAATAACTCTGGGATTGCCCGTAAGAAGTACACAACTGAAGGCAAACATCAAACTCTATCTATTCAAGCGTTTTTAGGACAAGAGCCCTTGGGTTCGCCTTAAAAACCAAAATTCGGTCAAATTCTCCACATAACTTAGTTGTATATCTGCT
TCAGTGGAAGATTGGGCAAAGATGATGTTGCCTATGGGGAATATTTTGGGAGAATGGCAGAATGAATGGCTCTGTATATGAATCAGATTTGAAGAAAAGTAGGCTGGGAACGTCAATGGAAACAAAATATCAAGTTCCGCCAAAAAATGAGAAGAGTAATTTATATAATTCGCCATACTGGCCTTTTAGTGCACCGCATT
TTAAGTCAGGCTGCCAGAGATCCAAGGAGAAAGATCCGAAAAAGTCTGATCAATTTGGTGCCAAATGGGAGTATCACTTCCCAATGCCGTCTTGTAACTCAACCGATTTTGAATATTTCCGGTGGAAACAACGAAAGAATGTTGTACTTTCTGCCATTGGATGCTTTGGTCTTTTGGTGCTTTCTGTCCTGCTGGTTCAC
TTTGCAACAGAGGGCATGCGGCTCACATCTGCAATACCTTTGATATTGATTGCTGGTCTCTCGTTTTCGCTATTCTTTCGCCTTGTTATCTGTTATGAAACTGGTCAAACTGCTTGCAGATGTATTTCATCTATGCTTTTCTTTCTCACTTCACTTTCATGGGTTTTTGATAATTCCTTTGAGAAAGCCGGTGCAACATG
GCACAGTTCATCGAGACAGGATCTGCAGTATATCGATCTTCTCATGTTTACCAGTCTTCCATGTTTCCTATCGCATGCCCTGTTTTTGTCCTGGAAGAACTACTGTGCCTTTTTTGCACTGCCATCATTTGGCTTGTTACTACTAGCAATTCACTCGTACATGACACCGGATATTCTAGCTTTACAAGCTTTGTATACTT
TAGGGATCGCCTTGCTTATTATATTTGCTACTGTCTTCATTGGATACTGTGGGAGATGTTCAGATAAGCAATTGTACTTGACTATCAAGGCACTTGAAAAAGTCCTCTGTGAAAGCAAAGTAAAGGAAGGAACCATTTGTACTGCAGACCAAAATAAGTCTGAATACACAGAAAAAATAAACCAGATGCGACAGTTCATC
AGCTTTATTTTCCATGAAATAAGAGTCCCCTTCAATGCTGTTGTGCTTGGTATTGGGCATATGCTAGCAAGCAACCTCTTAGATGAACAGCGAGAAATTCTCAAAATGATGGATGCATCATCTTCTTCAATGATCCGCATATTAAATGATGTTCTTGACATGGGTAAAATTGAAGCTGGGAAGTTTCAGCTTGAAAAGCA
ACCTTTTAACATGGGAGAACTTGTTAGTTCTTTAATATGGGCTTTTAGGGATACTCTCGACTCCAAAGGGATTGCATTTTCTTTATGTGTTGATGAGGTAACACAAAGGATATTTTCTCATCATGATCTACTTGGAGATAAGCATCGTGTACGCCAGGTTCTGGCAAACTACCTTTCAAATGCTGCAAAGTTTACCCCTC
GCAATGGGAGTGTCAAACTTCGAGTTGTTTGTGATGGCAGATTGAGCACTGATCCTATTGGATTGAATCGGTTCGAGCCCTTTCCACGAAATGGAACTCTTTCAAAATGCCGAGTTTGCATGTGGGATGAGGAACAGGAAGAAAATGATTTTGTGAATGAAAAGCAGCCAACACTTGTCAGTGTAACACTTTCTGTTGAG
GATACTGGAATAGGTATTAGCAAAGAAGATCAGGAAAGATTGTTTGAACCCTATACTCAAATTAAGGCTGGCTCAGTACAAGGTGGAGGTGGAACAGGCCTTGGGCTGTGTTTTTCTAGGAGGTATGGATTATACTACTAGTGAAGAATTAGTGATAAATTTGTGAAACAACAGGGTGGAAAATTTTACATCGTAATCTT
GAATATGTTCAGTGC
Intron 2 GTATGCTGTG ... TTTTTAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 31.85 | 46 | 35 | 8 |
| A2 | 25.4 | 47 | 19 | 13 |
| A3 | 17.65 | 63 | 18 | 9 |
| A4 | 25.71 | 39 | 16 | 11 |
| A5 | 25.93 | 20 | 4 | 10 |
| A6 | 20.98 | 113 | 32 | 28 |
| A7 | 22.2 | 205 | 63 | 54 |
| A8 | 19.58 | 193 | 44 | 50 |
| A9 | 20.29 | 167 | 36 | 49 |
| A10 | 20.34 | 141 | 47 | 25 |
>TRINITY_DN37126_c0_g1_i5 from sample A6 / Example spliced isoformTAATTGGATTTGTCAATCTTAACTTTTGCTGTTAATAAGGTTGTTTCTTTCAACAGCGAAGAACACTTTTTTATCGTGAAGCAGAGGATGCTTAAGATTTTGTGCATTTTCTGCAGTCCCCTTCAATGCTGTTGTGCTTGGTATTGGGCATATGCTAGCAAGCAACCTCTTAGATGAACAGCGAGAAATTCTCAAAATGA
TGGATGCATCATCTTCTTCAATGATCCGCATATTAAATGATGTTCTTGACATGGGTTGGTTTTTTTCAGCACTCTAAGCTGCGTTTAAAAACTTTCGAGAATGGCAAGAAACTAATTGTTTAATTAGAATCCAAATGGCTGCCTCTTGAGATACTAGCTATGTGCAGTAGTTTCTAAATTCTTAGTTTAGTAGCACTCTA
TTTTAACATGTCCAAGGCCACCCTTAATGCAGCAGTATCTCCAAATTACAAATTATTTTGCAAGAGTTCTTATTAGTTGCACACTTTCGACATCATTTGCTCTACTGTTGTTTTGTGTTGAAAACAGGCATGTTTATATTGTCTTCTTTTTTTAATTAAACATACTAAAGTGTATATGCCCTGATCCTTGCTAGGTAAAA
TTGAAGCTGGGAAGTTTCAGCTTGAAAAGCAACCTTTTAACATGGGAGAACTTGTTAGTTCTTTAATATGGGCTTTTAGGGATACTCTCGACTCCAAAGGGATTGCATTTTCTTTATGTGTTGATGAGGTAACACAAAGGATATTTTCTCATCATGATCTACTTGGAGATAAGCATCGTGTACGCCAGGTTCTGGCAAAC
TACCTTTCAAATGCTGCAAAGTTTACCCCTCGCAATGGGAGTGTCAAACTTCGAGTTGTTTGTGATGGCAGATTGAGCACTGATCCTATTGGATTGAATCGGTTCGAGCCCTTTCCACGAAATGGAACTCTTTCAAAATGCCGAGTTTGCATGTGGGATGAGGAACAGGAAGAAAATGATTTTGTGAATGAAAAGCAGCC
AACACTTGTCAGTGTAACACTTTCTGTTGAGGATACTGGAATAGGTATTAGCAAAGAAGATCAGGAAAGATTGTTTGAACCCTATACTCAAATTAAGGCTGGCTCAGTACAAGGTGGAGGTGGAACAGGCCTTGGGCTGTGTTTTTCTAGGAGGATTGTTGAATTAGCGGGGGGTAAGATTGGGGTGCAATCTGAAGTTG
GTAAGGGGAGTACATTCTCATTCACATTGCCCTTTGAGCTAGTCACATCTTTAGCTAAAGACAGGGAAGAAGTGACATCTCAGAATCCATTTGATTTTCACAAAGTAAGTTATTCATTGGCCCGGACTACATCAGTAAGCAAATTAGCTGGATCTTCCCTAACAGGCCACAAGCCGAAGGTACTAATTGTTGAAGATAAC
CAAGTAAATAGGAAAATCTTGAAGAAACTTCTATCTAGCTTTGATGTTGACAGTGAAGATGCAGAAGATGGCAAACAAGCTTTGGATTTATGTCGTAATGGTGCCACATATGACATGATTTTGATTGACAAAGAGATGCCAGTAATGGATGGCTTGGAGGCAACACGAGAGCTCAGAGCTATGGGTGTCAAATCTCCAAT
TGTTGGATTAACTGGCAACGCCCTTGACAGTGATCGAAACCAATTTCTTGCTGCTGGTGTAGACGACTTCTTTACCAAACCTATATCAAGGCATCAATTAGTGAGGCTACTACAGGCACATAATCTGGTTATTCCGTCAAAGAAGTAGAGGGTTGCTGCTGAAAACAACAGTAAATTGTGGATCCAGGAAATGGAATTTT
GTCAGCGACTAAAATTGTACATTTGAGCCATCTCCCTTTTAATCCCCCAAGATGTATTATGCACTTAAAATGTCGCTTCCACATTTTCCAGGTTTATTATGAGCTTGTTGATTTCAGTAGCTGAGAAACAAAAATCAACTAGAAGAGCCTACACATTACATGCATGATAGAGTTGGGAATATTTATACCACTGAAGAAAG
TGGGTTCATGATTATGGTTCTCTTCAAGGGAAGCTTGTCAGCCTCTGCAACGGTTTTGATATTGGTACTATGTGCTTGTCAGCCAGTGTTTATATTTTTTCCTACAAGCCTTCCCCTTTGTGTTTAGACAGTGTAAAATACTGTAAATTAGCCATTCATTGATCTATTCTTTTTAATAATATAAAAGGTTGCCAATAAGG
CTCCTCTTCACATTATCTCCAACTATGATGTGAACATAAAATTGTACTGCTTGAGATTTATATTTCTCATCCCTTTAAATTCAAGAGTTTCATAGTTCTGTTAGATAAGGAGACACTTTTGCATGAGCTGCGAGTGTTATGTTTAGTTTTTCACCTTGATTAAGGGGTCTTGAAAATATCTGTTGTCCAAGAATTAGTTG
AGGAATAAAAGCATATTTGGAGTACGATCTATATCTTATTGTTGGTTTAAATGGAGAAGCAGATTCTTGTTTCTAAGGAACTTGCTAGTCTAAAATAGG
>TRINITY_DN37126_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:CTTTGTCCGGGTTTTCGATTTCAAGAACCGGAGGTTTGGCGTGACTTCTTTGAAGTGTTTTTTTTCCTTTTTGGATTTCGATGGCGGTGGAGTCATTGAAGTCTGCAATCCTGTTTATTCAGTGCACTGAATATTAGGGTTTTGGGAGAGTCCTGGATGGATGCAATTGGTTTCCAAAGCTTTGCGCCGTTTGATTTTTA
GTATATCTGCCTGAGCTGAATTTGGAGAAAAACATTGTGCATCTTTGCTTTAGGCGACGGAGTTAAGGCGACGAAAGATAACTGAAATTTGCTTCTGGAGAAATTAGTTTGTAATATTCAAGCGCTGAGAAGCTGAATTGGCGGTGGCCAAAGAAAAATAACAGGAGCATTTGCTATTTTCGTCGGTATTTGCCCCGGCT
TTGTCCTTTTACGAGTGCTTGGATGTGTTAGTATTTTATTTAAACAGTACTAACTCGGCGTCCAAAAGTTTGGCAGCCTTCTTTACTGTGAAGCTGGTTTAGAGGTATTATAAATAAATGTTGGAGGACGGAGCCTGGTTTTCCGATGGTCTGTTTGAATTCGCGAGCATTCGTCTGAGGGGTGCGGAAAGAAATTTTCA
ACTTGCTGGAAAGGAAATTTACAATTACTGGAAATGGGAATTGCATTGAAGATTTATTTCTTTGCCGAATTTGAGGATCTTTAGAAATCAAGATTCGATCTTCAATAACTCTGGGATTGCCCGTAAGAAGTACACAACTGAAGGCAAACATCAAACTCTATCTATTCAAGCGTTTTTAGGACAAGAGCCCTTGGGTTCGC
CTTAAAAACCAAAATTCGGTCAAATTCTCCACATAACTTAGTTGTATATCTGCTTCAGTGGAAGATTGGGCAAAGATGATGTTGCCTATGGGGAATATTTTGGGAGAATGGCAGAATGAATGGCTCTGTATATGAATCAGATTTGAAGAAAAGTAGGCTGGGAACGTCAATGGAAACAAAATATCAAGTTCCGCCAAAAA
ATGAGAAGAGTAATTTATATAATTCGCCATACTGGCCTTTTAGTGCACCGCATTTTAAGTCAGGCTGCCAGAGATCCAAGGAGAAAGATCCGAAAAAGTCTGATCAATTTGGTGCCAAATGGGAGTATCACTTCCCAATGCCGTCTTGTAACTCAACCGATTTTGAATATTTCCGGTGGAAACAACGAAAGAATGTTGTA
CTTTCTGCCATTGGATGCTTTGGTCTTTTGGTGCTTTCTGTCCTGCTGGTTCACTTTGCAACAGAGGGCATGCGGCTCACATCTGCAATACCTTTGATATTGATTGCTGGTCTCTCGTTTTCGCTATTCTTTCGCCTTGTTATCTGTTATGAAACTGGTCAAACTGCTTGCAGATGTATTTCATCTATGCTTTTCTTTCT
CACTTCACTTTCATGGGTTTTTGATAATTCCTTTGAGAAAGCCGGTGCAACATGGCACAGTTCATCGAGACAGGATCTGCAGTATATCGATCTTCTCATGTTTACCAGTCTTCCATGTTTCCTATCGCATGCCCTGTTTTTGTCCTGGAAGAACTACTGTGCCTTTTTTGCACTGCCATCATTTGGCTTGTTACTACTAG
CAATTCACTCGTACATGACACCGGATATTCTAGCTTTACAAGCTTTGTATACTTTAGGGATCGCCTTGCTTATTATATTTGCTACTGTCTTCATTGGATACTGTGGGAGATGTTCAGATAAGCAATTGTACTTGACTATCAAGGCACTTGAAAAAGTCCTCTGTGAAAGCAAAGTAAAGGAAGGAACCATTTGTACTGCA
GACCAAAATAAGTCTGAATACACAGAAAAAATAAACCAGATGCGACAGTTCATCAGCTTTATTTTCCATGAAATAAGAGTCCCCTTCAATGCTGTTGTGCTTGGTATTGGGCATATGCTAGCAAGCAACCTCTTAGATGAACAGCGAGAAATTCTCAAAATGATGGATGCATCATCTTCTTCAATGATCCGCATATTAAA
TGATGTTCTTGACATGGGTAAAATTGAAGCTGGGAAGTTTCAGCTTGAAAAGCAACCTTTTAACATGGGAGAACTTGTTAGTTCTTTAATATGGGCTTTTAGGGATACTCTCGACTCCAAAGGGATTGCATTTTCTTTATGTGTTGATGAGGTAACACAAAGGATATTTTCTCATCATGATCTACTTGGAGATAAGCATC
GTGTACGCCAGGTTCTGGCAAACTACCTTTCAAATGCTGCAAAGTTTACCCCTCGCAATGGGAGTGTCAAACTTCGAGTTGTTTGTGATGGCAGATTGAGCACTGATCCTATTGGATTGAATCGGTTCGAGCCCTTTCCACGAAATGGAACTCTTTCAAAATGCCGAGTTTGCATGTGGGATGAGGAACAGGAAGAAAAT
GATTTTGTGAATGAAAAGCAGCCAACACTTGTCAGTGTAACACTTTCTGTTGAGGATACTGGAATAGGTATTAGCAAAGAAGATCAGGAAAGATTGTTTGAACCCTATACTCAAATTAAGGCTGGCTCAGTACAAGGTGGAGGTGGAACAGGCCTTGGGCTGTGTTTTTCTAGGAGGATTGTTGAATTAGCGGGGGGTAA
GATTGGGGTGCAATCTGAAGTTGGTAAGGGGAGTACATTCTCATTCACATTGCCCTTTGAGCTAGTCACATCTTTAGCTAAAGACAGGGAAGAAGTGACATCTCAGAATCCATTTGATTTTCACAAAGTAAGTTATTCATTGGCCCGGACTACATCAGTAAGCAAATTAGCTGGATCTTCCCTAACAGGCCACAAGCCGA
AGGTACTAATTGTTGAAGATAACCAAGTAAATAGGAAAATCTTGAAGAAACTTCTATCTAGCTTTGATGTTGACAGTGAAGATGCAGAAGATGGCAAACAAGCTTTGGATTTATGTCGTAATGGTGCCACATATGACATGATTTTGATTGACAAAGAGATGCCAGTAATGGATGGCTTGGAGgtatgctgtgatctactt
atgccctttattccagttatttcttgtgaagttattacgatacatatttccatcatggtctaacttttcaagcttgaggcgatattgaggtcatgtttctaaccgtatacagtagtatgcctgattggacacaatttctgtattactgttattaaatgaaaaatactgtaaccttcagcaccattttccataatttagtg
gttgttactgtgctaaaatatcagttttctccaaatcgtagttactcaattatgtgtttacaaactacgttgttgataataaacattgttcatatacttcccattacaatatgtttcttgtaggatgactttttcttggtcctcttgtctggggaatattttaaaggccctgtgccgtgtttcagtgtccaatggtggtg
aaagtagcacatgctctaatttaaatgatgtttcttaggggtagaagtgcattgaagtctgccttatttgacagtagaatatgaaatgactttatttcttgtaagagcaaattagtgcatactatattagtatgctgaaacatgggtgtcctgctacacttttgtcatccagtaattgcacatgtgttgaggagtatgta
gggaaaatcaaagttcttttctgtttgaggtagtgtcggtggaatgttgtgggttgttttatttctttctttgattctacatgtgtaaactgttgggcattgctgttattaagcaggcaactattcaccatttttattatgccacatacttatcaagcaatgctttaatatacatgtattatgttaccgttttaaaccta
tacacattactgccactgggtgatttctgctgcagtgtacttcagattctattttcaaccccttccaaaacacaggctacgccctgttaaaattacttaattgtatcttccaaaacaggtcattttgtctcttattcttggagtctctaagttgtctaaattccatgggggtcacttgactcttgacaagatttccttca
attgatttagttttgctctagtctgatgatctgattcatagcactgggagagctgcagtaatttgatagttaaaacactgccttgagctcaattctcttaaattgattgatagatctcatctatcaactctggagaatgtgtagccttttaaattagtctctacttagcaggttcattccgttccgtgagcattcttgta
ctatatgatagggttaatgaatttttctcttaactaacagtctgatgttgttttcattttgatgtatatctgcattaacttttatgtaacaagacaatctctttccgtgaaatttttaacagGCAACACGAGAGCTCAGAGCTATGGGTGTCAAATCTCCAATTGTTGGATTAACTGGCAACGCCCTTGACAGTGATCGA
AACCAATTTCTTGCTGCTGGTGTAGACGACTTCTTTACCAAACCTATATCAAGGCATCAATTAGTGAGGCTACTACAGGCACATAATCTGGTTATTCCGTCAAAGAAGTAGAGGGTTGCTGCTGAAAACAACAGTAAATTGTGGATCCAGGAAATGGAATTTTGTCAGCGACTAAAATTGTACATTTGAGCCATCTCCCT
TTTAATCCCCCAAGATGTATTATGCACTTAAAATGTCGCTTCCACATTTTCCAGGTTTATTATGAGCTTGTTGATTTCAGTAGCTGAGAAACAAAAATCAACTAGAAGAGCCTACACATTACATGCATGATAGAGTTGGGAATATTTATACCACTGAAGAAAGTGGGTTCATGATTATGGTTCTCTTCAAGGGAAGCTTG
TCAGCCTCTGCAACGGTTTTGATATTGGTACTATGTGCTTGTCAGCCAGTGTTTATATTTTTTCCTACAAGCCTTCCCCTTTGTGTTTAGACAGTGTAAAATACTGTAAATTAGCCATTCATTGATCTATTCTTTTTAATAATATAAAAGGTTGCCAATAAGGCTCCTCTTCACATTATCTCCAACTATGATGTGAACAT
AAAATTGTACTGCTTGAGATTTATATTTCTCATCCCTTTAAATTCAAGAGTTTCATAGTTCTGTTAGATAAGGAGACACTTTTGCATGAGCTGCGAGTGTTATGTTTAGTTTTTCACCTTGATTAAGGGGTCTTGAAAATATCTGTTGTCCAAGAATTAGTTGAGGAATAAAAGCATATTTGGAGTACGATCTATATCTT
ATTGTTGGTTTAAATGGAGAAGCAGATTCTTGTTTCTAAGGAACTTGCTAGTCTAAAATAGG
Intron 3 GTATGGATTA ... CACTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.17 | 79 | 27 | 18 |
| A2 | 25.32 | 59 | 14 | 26 |
| A3 | 28.28 | 71 | 29 | 27 |
| A4 | 27.56 | 46 | 17 | 18 |
| A5 | 30.86 | 28 | 8 | 17 |
| A6 | 26.32 | 63 | 15 | 30 |
| A7 | 24.79 | 182 | 27 | 93 |
| A8 | 26.29 | 136 | 31 | 66 |
| A9 | 25.98 | 141 | 45 | 54 |
| A10 | 22.16 | 137 | 26 | 52 |
>TRINITY_DN112278_c1_g1_i8 from sample A2 / Example spliced isoformCCGTTTGATTTTTAGTATATCTGGTGAGTTTTAGCATATCTGATAAACTCATTTGTCTGCACATGTTTTTGTTTTTCTATGCAGGTTTTTAACTGCTAGTATTTTTCTGTTTTCAATGCTTCGGTCTCTTTTGTATGATTTCTGACGTTTCTGTGCCTGATTTACAGCCTGAGCTGAATTTGGAGAAAAACATTGTGCAT
CTTTGCTTTAGGCGACGGAGTTAAGGCGACGAAAGATAACTGAAATTTGCTTCTGGAGAAATTAGTTTGTAATATTCAAGCGCTGAGAAGCTGAATTGGCGGTGGCCAAAGAAAAATAACAGGAGCATTTGCTATTTTCGTCGGTATTTGCCCCGGCTTTGTCCTTTTACGAGTGCTTGGATGTGTTAGTATTTTATTTA
AACAGTACGAACTCGGCGTCCAAAAGTTTGGCAGCCTTCTTTACTGTGAAGCTGGTTTAGAGGTATTATAAATAAATGTTGGAGGACGGAGCCTGGTTTTCCGATGGTCTGTTTGAATTCGCGAGCATTCGTCTGAGGGGTGCGGAAAGAAATTTTCAACTTGCTGGAAAGGAAATTTACAATTACTGGAAATGGGAATT
GCATTGAAGATTTATTTCTTTGCCGAATTTGAGGATCTTTAGAAATCAAGATTCGATCTTCAATAACTCTGGGATTGCCCGTAAGAAGTACACAACTGAAGGCAAACATCAAACTCTATCTATTCAAGCGTTTTTAGGACAAGAGCCCTTGGGTTCGCCTTAAAAACCAAAATTCGGTCAAATTCTCCACATAACTTAGT
TGTATATCTGCTTCAGTGGAAGATTGGGCAAAGATGATGTTGCCTATGGGGAATATTTTGGGAGAATGGCAGAATGAATGGCTCTGTATATGAATCAGATTTGAAGAAAAGTAGGCTGGGAACGTCAATGGAAACAAAATATCAAGTTCCGCCAAAAAATGAGAAGAGTAATTTATATAATTCGCCATACTGGCCTTTTA
GTGCACCGCATTTTAAGTCAGGCTGCCAGAGATCCAAGGAGAAAGATCCGAAAAAGTCTGATCAATTTGGTGCCAAATGGGAGTATCACTTCCCAATGCCGTCTTGTAACTCAACCGATTTTGAATATTTCCGGTGGAAACAACGAAAGAATGTTGTACTTTCTGCCATTGGATGCTTTGGTCTTTTGGTGCTTTCTGTC
CTGCTGGTTCACTTTGCAACAGAGGGCATGCGGCTCACATCTGCAATACCTTTGATATTGATTGCTGGTCTCTCGTTTTCGCTATTCTTTCGCCTTGTTATCTGTTATGAAACTGGTCAAACTGCTTGCAGATGTATTTCATCTATGCTTTTCTTTCTCACTTCACTTTCATGGGTTTTTGATAATTCCTTTGAGAAAGC
CGGTGCAACATGGCACAGTTCATCGAGACAGGATCTGCAGTATATCGATCTTCTCATGTTTACCAGTCTTCCATGTTTCCTATCGCATGCCCTGTTTTTGTCCTGGAAGAACTACTGTGCCTTTTTTGCACTGCCATCATTTGGCTTGTTACTACTAGCAATTCACTCGTACATGACACCGGATATTCTAGCTTTACAAG
CTTTGTATACTTTAGGGATCGCCTTGCTTATTATATTTGCTACTGTCTTCATTGGATACTGTGGGAGATGTTCAGATAAGCAATTGTACTTGACTATCAAGGCACTTGAAAAAGTCCTCTGTGAAAGCAAAGTAAAGGAAGGAACCATTTGTACTGCAGACCAAAATAAGTCTGAATACACAGAAAAAATAAACCAGATG
CGACAGTTCATCAGCTTTATTTTCCATGAAATAAGAGTCCCCTTCAATGCTGTTGTGCTTGGTATTGGGCATATGCTAGCAAGCAACCTCTTAGATGAACAGCGAGAAATTCTCAAAATGATGGATGCATCATCTTCTTCAATGATCCGCATATTAAATGATGTTCTTGACATGGGTAAAATTGAAGCTGGGAAGTTTCA
GCTTGAAAAGCAACCTTTTAACATGGGAGAACTTGTTAGTTCTTTAATATGGGCTTTTAGGGATACTCTCGACTCCAAAGGGATTGCATTTTCTTTATGTGTTGATGAGGTAACACAAAGGATATTTTCTCATCATGATCTACTTGGAGATAAGCATCGTGTACGCCAGGTTCTGGCAAACTACCTTTCAAATGCTGCAA
AGTTTACCCCTCGCAATGGGAGTGTCAAACTTCGAGTTGTTTGTGATGGCAGATTGAGCACTGATCCTATTGGATTGAATCGGTTCGAGCCCTTTCCACGAAATGGAACTCTTTCAAAATGCCGAGTTTGCATGTGGGATGAGGAACAGGAAGAAAATGATTTTGTGAATGAAAAGCAGCCAACACTTGTCAGTGTAACA
CTTTCTGTTGAGGATACTGGAATAGGTATTAGCAAAGAAGATCAGGAAAGATTGTTTGAACCCTATACTCAAATTAAGGCTGGCTCAGTACAAGGTGGAGGTGGAACAGGCCTTGGGCTGTGTTTTTCTAGGAGGATTGTTGAATTAGCGGGGGGTAAGATTGGGGTGCAATCTGAAGTTGGTAAGGGGAGTACATTCTC
ATTCACATTGCCCTTTGAGCTAGTCACATCTTTAGCTAAAGACAGGGAAGAAGTGACATCTCAGAATCCATTTGATTTTCACAAAGTAAGTTATTCATTGGCCCGGACTACATCAGTAAGCAAATTAGCTGGATCTTCCCTAACAGGCCACAAGCCGAAGGTACTAATTGTTGAAGATAACCAAGTAAATAGGAAAATCT
TGAAGAAACTTCTATCTAGCTTTGATGTTGACAGTGAAGATGCAGAAGATGGCAAACAAGCTTTGGATTTATGTCGTAATGGTGCCACATATGACATGATTTTGATTGACAAAGAGATGCCAGTAATGGATGGCTTGGAGGCAACACGAGAGCTCAGAGCTATGGGTGTCAAATCTCCAATTGTTGGATTAACTGGCAAC
GCCCTTGACAGTGATCGAAACCAATTTCTTGCTGCTGGTGTAGACGACTTCTTTACCAAACCTATATCAAGGCATCAATTAGTGAGGCTACTACAGGCACATAATCTGGTTATTCCGTCAAAGAAGTAGAGGGTTGCTGCTGAAAACAACAGTAAATTGTGGATCCAGGAAATGGAATTTTGTCAGCGACTAAAATTGTA
CATTTGAGCCATCTCCCTTTTAATCCCCCAAGATGTATTATGCACTTAAAATGTCGCTTCCACATTTTCCAGGTTTATTATGAGCTTGTTGATTTCAGTAGCTGAGAAACAAAAATCAACTAGAAGAGCCTACACATTACATGCATGATAGAGTTGGGAATATTTATACCACTGAAGAAAGTGGGTTCATGATTATGGTT
CTCTTCAAGGGAAGCTTGTCAGCCTCTGCAACGGTTTTGATATTGGTACTATGTGCTTGTCAGCCAGTGTTTATATTTTTTCCTACAAGCCTTCCCCTTTGTGTTTAGACAGTGTAAAATACTGTAAATTAGCCATTCATTGATCTATTCTTTTTAATAATATAAAAGGTTGCCAATAAGGCTCCTCTTCACATTATCTC
CAACTATGATGTGAACATAAAATTGTACTGCTTGAGATTTATATTTCTCATCCCTTTAAATTCAAGAGTTTCATAGTTCTGTTAGATAAGGAGACACTTTTGCATGAGCTGCGAGTGTTATGTTTAGTTTTTCACCTTGATTAAGGGGTCTTGAAAATATCTGTTGTCCAAGAATTAGTTGAGGAATAAAAGCATATTTG
GAGTACGATCTAAAAA
>TRINITY_DN112278_c1_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:CCGGCTGCCGGCCGGCAAAGTCGCCGGGGCTTTTTTTCTTGTACAGAAACGAATTTGGTGCTGCCTACGCGTCGGATAGCTCCAGCGCCCGGCTCGGATTCGGGCCATCCAAGGCCCCCGGTTCGGATTAGCCTCGGCGCTCCCCAGACCGGCCAGACAAGAGCTGTCTCAGCTCGACCTTCCTTTTCCTTGTTTCATGT
CACTCTTGTCTTTGTCCGGGTTTTCGATTTCAAGAACCGGAGGTTTGGCGTGACTTCTTTGAAGTGTTTTTTTTCCTTTTTGGATTTCGATGGCGGTGGAGTCATTGAAGTCTGCAATCCTGTTTATTCAGTGCACTGAATATTAGGGTTTTGGGAGAGTCCTGGATGGATGCAATTGGTTTCCAAAGCTTTGCGCCGTT
TGATTTTTAGTATATCTGCCTGAGCTGAATTTGGAGAAAAACATTGTGCATCTTTGCTTTAGGCGACGGAGTTAAGGCGACGAAAGATAACTGAAATTTGCTTCTGGAGAAATTAGTTTGTAATATTCAAGCGCTGAGAAGCTGAATTGGCGGTGGCCAAAGAAAAATAACAGGAGCATTTGCTATTTTCGTCGGTATTT
GCCCCGGCTTTGTCCTTTTACGAGTGCTTGGATGTGTTAGTATTTTATTTAAACAGTACGAACTCGGCGTCCAAAAGTTTGGCAGCCTTCTTTACTGTGAAGCTGGTTTAGAGGTATTATAAATAAATGTTGGAGGACGGAGCCTGGTTTTCCGATGGTCTGTTTGAATTCGCGAGCATTCGTCTGAGGGGTGCGGAAAG
AAATTTTCAACTTGCTGGAAAGGAAATTTACAATTACTGGAAATGGGAATTGCATTGAAGATTTATTTCTTTGCCGAATTTGAGGATCTTTAGAAATCAAGATTCGATCTTCAATAACTCTGGGATTGCCCGTAAGAAGTACACAACTGAAGGCAAACATCAAACTCTATCTATTCAAGCGTTTTTAGGACAAGAGCCCT
TGGGTTCGCCTTAAAAACCAAAATTCGGTCAAATTCTCCACATAACTTAGTTGTATATCTGCTTCAGTGGAAGATTGGGCAAAGATGATGTTGCCTATGGGGAATATTTTGGGAGAATGGCAGAATGAATGGCTCTGTATATGAATCAGATTTGAAGAAAAGTAGGCTGGGAACGTCAATGGAAACAAAATATCAAGTTC
CGCCAAAAAATGAGAAGAGTAATTTATATAATTCGCCATACTGGCCTTTTAGTGCACCGCATTTTAAGTCAGGCTGCCAGAGATCCAAGGAGAAAGATCCGAAAAAGTCTGATCAATTTGGTGCCAAATGGGAGTATCACTTCCCAATGCCGTCTTGTAACTCAACCGATTTTGAATATTTCCGGTGGAAACAACGAAAG
AATGTTGTACTTTCTGCCATTGGATGCTTTGGTCTTTTGGTGCTTTCTGTCCTGCTGGTTCACTTTGCAACAGAGGGCATGCGGCTCACATCTGCAATACCTTTGATATTGATTGCTGGTCTCTCGTTTTCGCTATTCTTTCGCCTTGTTATCTGTTATGAAACTGGTCAAACTGCTTGCAGATGTATTTCATCTATGCT
TTTCTTTCTCACTTCACTTTCATGGGTTTTTGATAATTCCTTTGAGAAAGCCGGTGCAACATGGCACAGTTCATCGAGACAGGATCTGCAGTATATCGATCTTCTCATGTTTACCAGTCTTCCATGTTTCCTATCGCATGCCCTGTTTTTGTCCTGGAAGAACTACTGTGCCTTTTTTGCACTGCCATCATTTGGCTTGT
TACTACTAGCAATTCACTCGTACATGACACCGGATATTCTAGCTTTACAAGCTTTGTATACTTTAGGGATCGCCTTGCTTATTATATTTGCTACTGTCTTCATTGGATACTGTGGGAGATGTTCAGATAAGCAATTGTACTTGACTATCAAGGCACTTGAAAAAGTCCTCTGTGAAAGCAAAGTAAAGGAAGGAACCATT
TGTACTGCAGACCAAAATAAGTCTGAATACACAGAAAAAATAAACCAGATGCGACAGTTCATCAGCTTTATTTTCCATGAAATAAGAGTCCCCTTCAATGCTGTTGTGCTTGGTATTGGGCATATGCTAGCAAGCAACCTCTTAGATGAACAGCGAGAAATTCTCAAAATGATGGATGCATCATCTTCTTCAATGATCCG
CATATTAAATGATGTTCTTGACATGGGTAAAATTGAAGCTGGGAAGTTTCAGCTTGAAAAGCAACCTTTTAACATGGGAGAACTTGTTAGTTCTTTAATATGGGCTTTTAGGGATACTCTCGACTCCAAAGGGATTGCATTTTCTTTATGTGTTGATGAGGTAACACAAAGGATATTTTCTCATCATGATCTACTTGGAG
ATAAGCATCGTGTACGCCAGGTTCTGGCAAACTACCTTTCAAATGCTGCAAAGTTTACCCCTCGCAATGGGAGTGTCAAACTTCGAGTTGTTTGTGATGGCAGATTGAGCACTGATCCTATTGGATTGAATCGGTTCGAGCCCTTTCCACGAAATGGAACTCTTTCAAAATGCCGAGTTTGCATGTGGGATGAGGAACAG
GAAGAAAATGATTTTGTGAATGAAAAGCAGCCAACACTTGTCAGTGTAACACTTTCTGTTGAGGATACTGGAATAGGTATTAGCAAAGAAGATCAGGAAAGATTGTTTGAACCCTATACTCAAATTAAGGCTGGCTCAGTACAAGGTGGAGGTGGAACAGGCCTTGGGCTGTGTTTTTCTAGGAGgtatggattatacta
ctagtgaagaattagtgataaatttgtgaaacaacagggtggaaaattttacatcgtaatcttgaatatgttcagtgttatataggcaattaaattattgctttgagtttgaaactgtagattggaaccctatattttagcaaacagggaaaaggctggttgtgctgaattttattgttcatactgcactgtgcagGATT
GTTGAATTAGCGGGGGGTAAGATTGGGGTGCAATCTGAAGTTGGTAAGGGGAGTACATTCTCATTCACATTGCCCTTTGAGCTAGTCACATCTTTAGCTAAAGACAGGGAAGAAGTGACATCTCAGAATCCATTTGATTTTCACAAAGTAAGTTATTCATTGGCCCGGACTACATCAGTAAGCAAATTAGCTGGATCTTC
CCTAACAGGCCACAAGCCGAAGGTACTAATTGTTGAAGATAACCAAGTAAATAGGAAAATCTTGAAGAAACTTCTATCTAGCTTTGATGTTGACAGTGAAGATGCAGAAGATGGCAAACAAGCTTTGGATTTATGTCGTAATGGTGCCACATATGACATGATTTTGATTGACAAAGAGATGCCAGTAATGGATGGCTTGG
AGGCAACACGAGAGCTCAGAGCTATGGGTGTCAAATCTCCAATTGTTGGATTAACTGGCAACGCCCTTGACAGTGATCGAAACCAATTTCTTGCTGCTGGTGTAGACGACTTCTTTACCAAACCTATATCAAGGCATCAATTAGTGAGGCTACTACAGGCACATAATCTGGTTATTCCGTCAAAGAAGTAGAGGGTTGCT
GCTGAAAACAACAGTAAATTGTGGATCCAGGAAATGGAATTTTGTCAGCGACTAAAATTGTACATTTGAGCCATCTCCCTTTTAATCCCCCAAGATGTATTATGCACTTAAAATGTCGCTTCCACATTTTCCAGGTTTATTATGAGCTTGTTGATTTCAGTAGCTGAGAAACAAAAATCAACTAGAAGAGCCTACACATT
ACATGCATGATAGAGTTGGGAATATTTATACCACTGAAGAAAGTGGGTTCATGATTATGGTTCTCTTCAAGGGAAGCTTGTCAGCCTCTGCAACGGTTTTGATATTGGTACTATGTGCTTGTCAGCCAGTGTTTATATTTTTTCCTACAAGCCTTCCCCTTTGTGTTTAGACAGTGTAAAATACTGTAAATTAGCCATTC
ATTGATCTATTCTTTTTAATAATATAAAAGGTTGCCAATAAGGCTCCTCTTCACATTATCTCCAACTATGATGTGAACATAAAATTGTACTGCTTGAGATTTATATTTCTCATCCCTTTAAATTCAAGAGTTTCATAGTTCTGTTAGATAAGGAGACACTTTTGCATGAGCTGCGAGTGTTATGTTTAGTTTTTCACCTT
GATTAAGGGGTCTTGAAAATATCTGTTGTCCAAGAATTAGTTGAGGAATAAAAGCATATTTGGAGTACGATCTAAAAA
Intron 4 GTAGAAATTG ... CTTTCAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 41.18 | 15 | 14 | 7 |
| A2 | 55.56 | 8 | 13 | 7 |
| A3 | 51.22 | 10 | 15 | 6 |
| A4 | 47.17 | 14 | 18 | 7 |
| A5 | 60.71 | 11 | 17 | 17 |
| A6 | 35.48 | 10 | 9 | 2 |
| A7 | 38.78 | 15 | 11 | 8 |
| A8 | 36.84 | 12 | 11 | 3 |
| A9 | 38.89 | 11 | 12 | 2 |
| A10 | 39.29 | 17 | 19 | 3 |
>TRINITY_DN112561_c1_g1_i8 from sample A3 / Example spliced isoformCCTACGCGTCGGATAGCTCCAGCGCCCGGCTCGGATTCGGGCCATCCAAGGCCCCCGGTTCGGATTAGCCTCGGCGCTCCCCAGACCGGCCAGACAAGAGCTGTCTCAGCTCGACCTTCCTTTTCCTTGTTTCATGTCACTCTTGTCTTTGTCCGGGTTTTCGATTTCAAGAACCGGAGGTTTGGCGTGACTTCTTTGAA
GTGTTTTTTTTCCTTTTTGGATTTCGATGGCGGTGGAGTCATTGAAGTCTGCAATCCTGTTTATTCAGTGCACTGAATATTAGGGTTTTGGGAGAGTCCTGGATGGATGCAATTGGTTTCCAAAGCTTTGCGCCGTTTGATTTTTAGTATATCTGCCTGAGCTGAATTTGGAGAAAAACATTGTGCATCTTTGCTTTAGG
CGACGGAGTTAAGGCGACGAAAGATAACTGAAATTTGCTTCTGGAGAAATTAGTTTGTAATATTCAAGCGCTGAGAAGCTGAATTGGCGGTGGCCAAAGAAAAATAACAGGAGCATTTGCTATTTTCGTCGGTATTTGCCCCGGCTTTGTCCTTTTACGAGTGCTTGGATGTGTTAGTATTTTATTTAAACAGTACTAAC
TCGGCGTCCAAAAGTTTGGCAGCCTTCTTTACTGTGAAGCTGGTTTAGAGGTATTATAAATAAATGTTGGAGGACGGAGCCTGGTTTTCCGATGGTCTGTTTGAATTCGCGAGCATTCGTCTGAGGGGTGCGGAAAGAAATTTTCAACTTGCTGGAAAGGAAATTTACAATTACTGGAAATGGGAATTGCATTGAAGATT
TATTTCTTTGCCGAATTTGAGGATCTTTAGAAATCAAGATTCGATCTTCAATAACTCTGGGATTGCCCGTAAGAAGTACACAACTGAAGGCAAACATCAAACTCTATCTATTCAAGCGTTTTTAGGACAAGAGCCCTTGGGTTCGCCTTAAAAACCAAAATTCGGTCAAATTCTCCACATAACTTAGTTGTATATCTGCT
TCAGTGGAAGATTGGGCAAAGATGATGTTGCCTATGGGGAATATTTTGGGAGAATGGCAGAATGAATGGCTCTGTATATGAATCAGATTTGAAGAAAAGTAGGCTGGGAACGTCAATGGAAACAAAATATCAAGTTCCGCCAAAAAATGAGAAGAGTAATTTATATAATTCGCCATACTGGCCTTTTAGTGCACCGCATT
TTAAGTCAGGCTGCCAGAGATCCAAGGAGAAAGATCCGAAAAAGTCTGATCAATTTGGTGCCAAATGGGAGTATCACTTCCCAATGCCGTCTTGTAACTCAACCGATTTTGAATATTTCCGGTGGAAACAACGAAAGAATGTTGTACTTTCTGCCATTGGATGCTTTGGTCTTTTGGTGCTTTCTGTCCTGCTGGTTCAC
TTTGCAACAGAGGGCATGCGGCTCACATCTGCAATACCTTTGATATTGATTGCTGGTCTCTCGTTTTCGCTATTCTTTCGCCTTGTTATCTGTTATGAAACTGGTCAAACTGCTTGCAGATGTATTTCATCTATGCTTTTCTTTCTCACTTCACTTTCATGGGTTTTTGATAATTCCTTTGAGAAAGCCGGTGCAACATG
GCACAGTTCATCGAGACAGGATCTGCAGTATATCGATCTTCTCATGTTTACCAGTCTTCCATGTTTCCTATCGCATGCCCTGTTTTTGTCCTGGAAGAACTACTGTGCCTTTTTTGCACTGCCATCATTTGGCTTGTTACTACTAGCAATTCACTCGTACATGACACCGGATATTCTAGCTTTACAAGCTTTGTATACTT
TAGGGATCGCCTTGCTTATTATATTTGCTACTGTCTTCATTGGATACTGTGGGAGATGTTCAGATAAGCAATTGTACTTGACTATCAAGGCACTTGAAAAAGTCCTCTGTGAAAGCAAAGTAAAGGAAGGAACCATTTGTACTGCAGACCAAAATAAGTCTGAATACACAGAAAAAATAAACCAGATGCGACAGTTCATC
AGCTTTATTTTCCATGAAATAAGAGCGAAGAACACTTTTTTATCGTGAAGCAGAGGATGCTTAAGATTTTGTGCATTTTCTGCAGTCCCCTTCAATGCTGTTGTGCTTGGTATTGGGCATATGCTAGCAAGCAACCTCTTAGATGAACAGCGAGAAATTCTCAAAATGATGGATGCATCATCTTCTTCAATGATCCGCAT
ATTAAATGATGTTCTTGACATGGGT
>TRINITY_DN112561_c1_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:CCTACGCGTCGGATAGCTCCAGCGCCCGGCTCGGATTCGGGCCATCCAAGGCCCCCGGTTCGGATTAGCCTCGGCGCTCCCCAGACCGGCCAGACAAGAGCTGTCTCAGCTCGACCTTCCTTTTCCTTGTTTCATGTCACTCTTGTCTTTGTCCGGGTTTTCGATTTCAAGAACCGGAGGTTTGGCGTGACTTCTTTGAA
GTGTTTTTTTTCCTTTTTGGATTTCGATGGCGGTGGAGTCATTGAAGTCTGCAATCCTGTTTATTCAGTGCACTGAATATTAGGGTTTTGGGAGAGTCCTGGATGGATGCAATTGGTTTCCAAAGCTTTGCGCCGTTTGATTTTTAGTATATCTGCCTGAGCTGAATTTGGAGAAAAACATTGTGCATCTTTGCTTTAGG
CGACGGAGTTAAGGCGACGAAAGATAACTGAAATTTGCTTCTGGAGAAATTAGTTTGTAATATTCAAGCGCTGAGAAGCTGAATTGGCGGTGGCCAAAGAAAAATAACAGGAGCATTTGCTATTTTCGTCGGTATTTGCCCCGGCTTTGTCCTTTTACGAGTGCTTGGATGTGTTAGTATTTTATTTAAACAGTACTAAC
TCGGCGTCCAAAAGTTTGGCAGCCTTCTTTACTGTGAAGCTGGTTTAGAGGTATTATAAATAAATGTTGGAGGACGGAGCCTGGTTTTCCGATGGTCTGTTTGAATTCGCGAGCATTCGTCTGAGGGGTGCGGAAAGAAATTTTCAACTTGCTGGAAAGGAAATTTACAATTACTGGAAATGGGAATTGCATTGAAGATT
TATTTCTTTGCCGAATTTGAGGATCTTTAGAAATCAAGATTCGATCTTCAATAACTCTGGGATTGCCCGTAAGAAGTACACAACTGAAGGCAAACATCAAACTCTATCTATTCAAGCGTTTTTAGGACAAGAGCCCTTGGGTTCGCCTTAAAAACCAAAATTCGGTCAAATTCTCCACATAACTTAGTTGTATATCTGCT
TCAGTGGAAGATTGGGCAAAGATGATGTTGCCTATGGGGAATATTTTGGGAGAATGGCAGAATGAATGGCTCTGTATATGAATCAGATTTGAAGAAAAGTAGGCTGGGAACGTCAATGGAAACAAAATATCAAGTTCCGCCAAAAAATGAGAAGAGTAATTTATATAATTCGCCATACTGGCCTTTTAGTGCACCGCATT
TTAAGTCAGGCTGCCAGAGATCCAAGGAGAAAGATCCGAAAAAGTCTGATCAATTTGGTGCCAAATGGGAGTATCACTTCCCAATGCCGTCTTGTAACTCAACCGATTTTGAATATTTCCGGTGGAAACAACGAAAGAATGTTGTACTTTCTGCCATTGGATGCTTTGGTCTTTTGGTGCTTTCTGTCCTGCTGGTTCAC
TTTGCAACAGAGGGCATGCGGCTCACATCTGCAATACCTTTGATATTGATTGCTGGTCTCTCGTTTTCGCTATTCTTTCGCCTTGTTATCTGTTATGAAACTGGTCAAACTGCTTGCAGATGTATTTCATCTATGCTTTTCTTTCTCACTTCACTTTCATGGGTTTTTGATAATTCCTTTGAGAAAGCCGGTGCAACATG
GCACAGTTCATCGAGACAGGATCTGCAGTATATCGATCTTCTCATGTTTACCAGTCTTCCATGTTTCCTATCGCATGCCCTGTTTTTGTCCTGGAAGAACTACTGTGCCTTTTTTGCACTGCCATCATTTGGCTTGTTACTACTAGCAATTCACTCGTACATGACACCGGATATTCTAGCTTTACAAGCTTTGTATACTT
TAGGGATCGCCTTGCTTATTATATTTGCTACTGTCTTCATTGGATACTGTGGGAGATGTTCAGATAAGCAATTGTACTTGACTATCAAGGCACTTGAAAAAGTCCTCTGTGAAAGCAAAGTAAAGGAAGGAACCATTTGTACTGCAGACCAAAATAAGTCTGAATACACAGAAAAAATAAACCAGATGCGACAGTTCATC
AGCTTTATTTTCCATGAAATAAGAGgtagaaattgcggatatggtttcttttcaatctattctgatggaaaatgacactgtaattggatttgtcaatcttaacttttgctgttaataaggttgtttctttcaacagCGAAGAACACTTTTTTATCGTGAAGCAGAGGATGCTTAAGATTTTGTGCATTTTCTGCAGTCCC
CTTCAATGCTGTTGTGCTTGGTATTGGGCATATGCTAGCAAGCAACCTCTTAGATGAACAGCGAGAAATTCTCAAAATGATGGATGCATCATCTTCTTCAATGATCCGCATATTAAATGATGTTCTTGACATGGGTTGGTTTTTTTCAGCACTCTAAGCTGCGTTTAAAAACTTTCGAGAATGGCAAGAAACTAATTGTT
TAATTAGAATCCAAATGGCTGCCTCTTGAGATACTAGCTATGTGCAGTAGTTTCTAAATTCTTAGTTTAGTAGCACTCTATTTTAACATGTCCAAG
Intron 5 GTATGTGGCA ... GAATTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 47.37 | 5 | 5 | 4 |
| A2 | 43.59 | 11 | 12 | 5 |
| A3 | 52.94 | 4 | 5 | 4 |
| A4 | 26.32 | 7 | 5 | 0 |
| A5 | 100 | 0 | 3 | 2 |
| A6 | 0 | 19 | 0 | 0 |
| A7 | 6.98 | 20 | 3 | 0 |
| A8 | 0 | 21 | 0 | 0 |
| A9 | 8.33 | 11 | 1 | 1 |
| A10 | 0 | 13 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN112278_c1_g1_i9 from sample A2 / Example spliced isoformTTAAAATATAGTCTATTAGAAAAAATGGTGATGACTATGTTTGTACATGGGAATGGGAGACTTAAGTGATTTCAATGTTTTGGAGTTATGGTGTTTTTAAGGAAATCTCATTGCACCTTTCATTTTACATTCCACATAAAGCTTTTTAAACCGCTCTTGTGTCCAAGGAGTTAATATCTGTGTGTGTCACCTACAGAAAT
GCAGCTGATATACAATACTCATCACCAAAAAATGCATGGTTCAAATGCTGCCTAATTGCAGATTGGATAGACAAAGCTATTCAATACATTTAAGGTGGGCAATGGCAGCAACACTCACTGCAATATCCTCCATACAGTGTAAGTGCCTCAAGATTTCAGGTGTAGTATGTGTAAGAAAGTGTTGACTCTTCCACTTTCTA
CTCCTCGTGGACATAATTTTTTGTAGATGTGTTTTTTCTTTCAATAGATACATCATGTATATTGATTTATTTTCTAATTCCTTTTAGAAGTGATGTAATATTCTTTTTTACTTTGTGTAACTGCATACACATGAAACAAAAGTTGGCAGCTACTTCCTTCGTATAGAAATTCATGGTGGTGGCATGTATGCATGTGGCAC
TTGCTTAAATTGTAGCAGTTACATGAACCACAAGTAGTTATGCAGCTTGCACTTGGTAAGTAAGAATTATCGTTAAATTTAAATTATTTATTTTATTGGAGATTTGTTGCAGGAACAAAACCCCCTTTTTAGCATTCCCAGTGCCCTTTTCATTCACAAATTTCCCACAATTGGAGACCAGACGTTGCTTTCACATACAT
AATTACTTCTTTGTAGTTGTGATGTTGTTTTTACC
>TRINITY_DN112278_c1_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:TTAAAATATAGTCTATTAGAAAAAATGGTGATGACTATGTTTGTACATGGGAATGGGAGACTTAAGTGATTTCAATGTTTTGGAGTTATGGTGTTTTTAAGGAAATCTCATTGCACCTTTCATTTTACATTCCACATAAAGCTTTTTAAACCGCTCTTGTGTCCAAGGAGTTAATATCTGTGTGTGTCACCTACAGAAAT
GCAGCTGATATACAATACTCATCACCAAAAAATGCATGGTTCAAATGCTGCCTAATTGCAGgtatgtggcaaaaatttgtttccccctttacatatctaaagtttaaacataaacattctctatcaacaaagttggagctgaataattttttgttcatgaatttgcagATTGGATAGACAAAGCTATTCAATACATTTAT
GGTATGTTGTATACTAGAAATATCCTAATCACATGCAATAAAAAATGATTATTGCGTAGCTTTAGATAAATGAAGAGCAGTTATGTTTTTCATTACATCAGGAATTTAGAATGGATTATTAGTACAAATATACTGCTAACAATTGTTACATATACAAGTGAGTTGATATAGAGTGAATTTCTTTATGTGCATTCATTATC
AAGTACATACAAAAACATTTAGCATTAAGGACCAGGAATGGGATTATATATGAAGACTAGTTGATCATTTTAATACATGTATTAGTTGTAAATTGTTAATTATTACAAATTTGAAGCAGACCTCATTTATAGTATAAAAGTGACATTTAATTTATGTGGGAAATAGTTATGTCCAGAACACAATAGCTAGAAGTTGCAGT
GGTTATTCTACCCTAGTAATACTCATATATTACATAATTACATCCTTCCTATTAACCTCTATAATTAATATGCTTGCATTTATGACATCAAAATCTCTCTCTCACTAAGCTAGTAGCACTCTATAATGAGCAGCTATATCTTGTTGAAACCACAGGATAAGGTAGAGCAGAACCATGTGATCCTAGCTCTTGGCACAACT
TTGCATATGCTATATTTTTTGAGTGAATATCAAAATAAACACCAAGGTTAGCCCTTCGATGCCTCAAATCATCAAGAATAGACCCTGAATAAGTGCCCTTAGCACAACTTGGAGTATTTGATCCTTCCAATAAACTAACACCAGATAATTGAATTATTTTGCTTTGCCAAGACTTTAGGTTTTCATCCAGATTAAGGATT
GAACATCCTACCTCTAAGAGTCTAAACTAGGTTGAATTGTTGGTAAATTCATACACAAATATGTTCCAATATATTGTTCTTTATAATTTCATTTTGGAAATGTAATGGTTAATTGATTGCCATTTCTATTGTCATAGGAAGAAGTTATTGTATTACGTG
Intron 6 GTTGGTTTTT ... TCCTTGCTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.67 | 55 | 18 | 11 |
| A2 | 16.67 | 40 | 20.7 | 8 |
| A3 | 17.16 | 53.1 | 19.5 | 11 |
| A4 | 19.7 | 53 | 20.4 | 13 |
| A5 | 33.33 | 20 | 2.7 | 10 |
| A6 | 33.33 | 12 | 6.4 | 6 |
| A7 | 17.39 | 38 | 8.9 | 8 |
| A8 | 31.34 | 46 | 14.3 | 21 |
| A9 | 23.4 | 36 | 6.3 | 11 |
| A10 | 26.76 | 52 | 11.6 | 19 |
>TRINITY_DN122037_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoformCCGGGTTTTCGATTTCAAGAACCGGAGGTTTGGCGTGACTTCTTTGAAGTGTTTTTTTTCCTTTTTGGATTTCGATGGCGGTGGAGTCATTGAAGTCTGCAATCCTGTTTATTCAGTGCACTGAATATTAGGGTTTTGGGAGAGTCCTGGATGGATGCAATTGGTTTCCAAAGCTTTGCGCCGTTTGATTTTTAGTATAT
CTGCCTGAGCTGAATTTGGAGAAAAACATTGTGCATCTTTGCTTTAGGCGACGGAGTTAAGGCGACGAAAGATAACTGAAATTTGCTTCTGGAGAAATTAGTTTGTAATATTCAAGCGCTGAGAAGCTGAATTGGCGGTGGCCAAAGAAAAATAACAGGAGCATTTGCTATTTTCGTCGGTATTTGCCCCGGCTTTGTCC
TTTTACGAGTGCTTGGATGTGTTAGTATTTTATTTAAACAGTACTAACTCGGCGTCCAAAAGTTTGGCAGCCTTCTTTACTGTGAAGCTGGTTTAGAGGTATTATAAATAAATGTTGGAGGACGGAGCCTGGTTTTCCGATGGTCTGTTTGAATTCGCGAGCATTCGTCTGAGGGGTGCGGAAAGAAATTTTCAACTTGC
TGGAAAGGAAATTTACAATTACTGGAAATGGGAATTGCATTGAAGATTTATTTCTTTGCCGAATTTGAGGATCTTTAGAAATCAAGATTCGATCTTCAATAACTCTGGGATTGCCCGTAAGAAGTACACAACTGAAGGCAAACATCAAACTCTATCTATTCAAGCGTTTTTAGGACAAGAGCCCTTGGGTTCGCCTTAAA
AACCAAAATTCGGTCAAATTCTCCACATAACTTAGTTGTATATCTGCTTCAGTGGAAGATTGGGCAAAGATGATGTTGCCTATGGGGAATATTTTGGGAGAATGGCAGAATGAATGGCTCTGTATATGAATCAGATTTGAAGAAAAGTAGGCTGGGAACGTCAATGGAAACAAAATATCAAGTTCCGCCAAAAAATGAGA
AGAGTAATTTATATAATTCGCCATACTGGCCTTTTAGTGCACCGCATTTTAAGTCAGGCTGCCAGAGATCCAAGGAGAAAGATCCGAAAAAGTCTGATCAATTTGGTGCCAAATGGGAGTATCACTTCCCAATGCCGTCTTGTAACTCAACCGATTTTGAATATTTCCGGTGGAAACAACGAAAGAATGTTGTACTTTCT
GCCATTGGATGCTTTGGTCTTTTGGTGCTTTCTGTCCTGCTGGTTCACTTTGCAACAGAGGGCATGCGGCTCACATCTGCAATACCTTTGATATTGATTGCTGGTCTCTCGTTTTCGCTATTCTTTCGCCTTGTTATCTGTTATGAAACTGGTCAAACTGCTTGCAGATGTATTTCATCTATGCTTTTCTTTCTCACTTC
ACTTTCATGGGTTTTTGATAATTCCTTTGAGAAAGCCGGTGCAACATGGCACAGTTCATCGAGACAGGATCTGCAGTATATCGATCTTCTCATGTTTACCAGTCTTCCATGTTTCCTATCGCATGCCCTGTTTTTGTCCTGGAAGAACTACTGTGCCTTTTTTGCACTGCCATCATTTGGCTTGTTACTACTAGCAATTC
ACTCGTACATGACACCGGATATTCTAGCTTTACAAGCTTTGTATACTTTAGGGATCGCCTTGCTTATTATATTTGCTACTGTCTTCATTGGATACTGTGGGAGATGTTCAGATAAGCAATTGTACTTGACTATCAAGGCACTTGAAAAAGTCCTCTGTGAAAGCAAAGTAAAGGAAGGAACCATTTGTACTGCAGACCAA
AATAAGTCTGAATACACAGAAAAAATAAACCAGATGCGACAGTTCATCAGCTTTATTTTCCATGAAATAAGAGTCCCCTTCAATGCTGTTGTGCTTGGTATTGGGCATATGCTAGCAAGCAACCTCTTAGATGAACAGCGAGAAATTCTCAAAATGATGGATGCATCATCTTCTTCAATGATCCGCATATTAAATGATGT
TCTTGACATGGGTAAAATTGAAGCTGGGAAGTTTCAGCTTGAAAAGCAACCTTTTAACATGGGAGAACTTGTTAGTTCTTTAATATGGGCTTTTAGGGATACTCTCGACTCCAAAGGGATTGCATTTTCTTTATGTGTTGATGAGGTAACACAAAGGATATTTTCTCATCATGATCTACTTGGAGATAAGCATCGTGTAC
GCCAGGTTCTGGCAAACTACCTTTCAAATGCTGCAAAGTTTACCCCTCGCAATGGGAGTGTCAAACTTCGAGTTGTTTGTGATGGCAGATTGAGCACTGATCCTATTGGATTGAATCGGTTCGAGCCCTTTCCACGAAATGGAACTCTTTCAAAATGCCGAGTTTGCATGTGGGATGAGGAACAGGAAGAAAATGATTTT
GTGAATGAAAAGCAGCCAACACTTGTCAGTGTAACACTTTCTGTTGAGGATACTGGAATAGGTATTAGCAAAGAAGATCAGGAAAGATTGTTTGAACCCTATACTCAAATTAAGGCTGGCTCAGTACAAGGTGGAGGTGGAACAGGCCTTGGGCTGTGTTTTTCTAGGAGGATTGTTGAATTAGCGGGGGGTAAGATTGG
GGTGCAATCTGAAGTTGGTAAGGGGAGTACATTCTCATTCACATTGCCCTTTGAGCTAGTCACATCTTTAGCTAAAGACAGGGAAGAAGTGACATCTCAGAATCCATTTGATTTTCACAAAGTAAGTTATTCATTGGCCCGGACTACATCAGTAAGCAAATTAGCTGGATCTTCCCTAACAGGCCACAAGCCGAAGGTAC
TAATTGTTGAAGATAACCAAGTAAATAGGAAAATCTTGAAGAAACTTCTATCTAGCTTTGATGTTGACAGTGAAGATGCAGAAGATGGCAAACAAGCTTTGGATTTATGTCGTAATGGTGCCACATATGACATGATTTTGATTGACAAAGAGATGCCAGTAATGGATGGCTTGGAGGCAACACGAGAGCTCAGAGCTATG
GGTGTCAAATCTCCAATTGTTGGATTAACTGGCAACGCCCTTGACAGTGATCGAAACCAATTTCTTGCTGCTGGTGTAGACGACTTCTTTACCAAACCTATATCAAGGCATCAATTAGTGAGGCTACTACAGGCACATAATCTGGTTATTCCGTCAAAGAAGTAGAGGGTTGCTGCTGAAAACAACAGTAAATTGTGGAT
CCAGGAAATGGAATTTTGTCAGCGACTAAAATTGTACATTTGAGCCATCTCCCTTTTAATCCCCCAAGATGTATTATGCACTTAAAATGTCGCTTCCACATTTTCCAGGTTTATTATGAGCTTGTTGATTTCAGTAGCTGAGAAACAAAAATCAACTAGAAGAGCCTACACATTACATGCATGATAGAGTTGGGAATATT
TATACCACTGAAGAAAGTGGGTTCATGATTATGGTTCTCTTCAAGGGAAGCTTGTCAGCCTCTGCAACGGTTTTGATATTGGTACTATGTGCTTGTCAGCCAGTGTTTATATTTTTTCCTACAAGCCTTCCCCTTTGTGTTTAGACAGTGTAAAATACTGTAAATTAGCCATTCATTGATCTATTCTTTTTAATAATATA
AAAGGTTGCCAATAAGGCTCCTCTTCACATTATCTCCAACTATGATGTGAACATAAAATTGTACTGCTTGAGATTTATATTTCTCATCCCTTTAAATTCAAGAGTTTCATAGTTCTGTTAGATAAGGAGACACTTTTGCATGAGCTGCGAGTGTTATGTTTAGTTTTTCACCTTGATTAAGGGGTCTTGAAAATATCTGT
TGTCCAAGAATTAGTTGAGGAATAAAAGCATATTTGGAGTACGATCTATATCTTATTGTTGGTTTAAAT
>TRINITY_DN122037_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:CCGGGTTTTCGATTTCAAGAACCGGAGGTTTGGCGTGACTTCTTTGAAGTGTTTTTTTTCCTTTTTGGATTTCGATGGCGGTGGAGTCATTGAAGTCTGCAATCCTGTTTATTCAGTGCACTGAATATTAGGGTTTTGGGAGAGTCCTGGATGGATGCAATTGGTTTCCAAAGCTTTGCGCCGTTTGATTTTTAGTATAT
CTGCCTGAGCTGAATTTGGAGAAAAACATTGTGCATCTTTGCTTTAGGCGACGGAGTTAAGGCGACGAAAGATAACTGAAATTTGCTTCTGGAGAAATTAGTTTGTAATATTCAAGCGCTGAGAAGCTGAATTGGCGGTGGCCAAAGAAAAATAACAGGAGCATTTGCTATTTTCGTCGGTATTTGCCCCGGCTTTGTCC
TTTTACGAGTGCTTGGATGTGTTAGTATTTTATTTAAACAGTACTAACTCGGCGTCCAAAAGTTTGGCAGCCTTCTTTACTGTGAAGCTGGTTTAGAGGTATTATAAATAAATGTTGGAGGACGGAGCCTGGTTTTCCGATGGTCTGTTTGAATTCGCGAGCATTCGTCTGAGGGGTGCGGAAAGAAATTTTCAACTTGC
TGGAAAGGAAATTTACAATTACTGGAAATGGTAAGTGCCCGACATCATATTTTTGTTGATAATGATAAAATGGAAACGGTATATTCCGAATGTGACACGTGAAGGTGCTTTTCTTGGATTTCTATGGGATTTAAGTGATTATTTAGAGTTTTTTATCACAAAATTTCACCTTAGTATTTCACCGATTTTTCGGCAGATTG
TTGTGATAAAAGAAAGGAAATGCCATAATCTTATTTATTTGTGAATGTATCGACACTGTGCTTCAGGGAATTGCATTGAAGATTTATTTCTTTGCCGAATTTGAGGATCTTTAGAAATCAAGATTCGATCTTCAATAACTCTGGGATTGCCCGTAAGAAGTACACAACTGAAGGCAAACATCAAACTCTATCTATTCAAG
CGTTTTTAGGACAAGAGCCCTTGGGTTCGCCTTAAAAACCAAAATTCGGTCAAATTCTCCACATAACTTAGTTGTATATCTGCTTCAGTGGAAGATTGGGCAAAGATGATGTTGCCTATGGGGAATATTTTGGGAGAATGGCAGAATGAATGGCTCTGTATATGAATCAGATTTGAAGAAAAGTAGGCTGGGAACGTCAA
TGGAAACAAAATATCAAGTTCCGCCAAAAAATGAGAAGAGTAATTTATATAATTCGCCATACTGGCCTTTTAGTGCACCGCATTTTAAGTCAGGCTGCCAGAGATCCAAGGAGAAAGATCCGAAAAAGTCTGATCAATTTGGTGCCAAATGGGAGTATCACTTCCCAATGCCGTCTTGTAACTCAACCGATTTTGAATAT
TTCCGGTGGAAACAACGAAAGAATGTTGTACTTTCTGCCATTGGATGCTTTGGTCTTTTGGTGCTTTCTGTCCTGCTGGTTCACTTTGCAACAGAGGGCATGCGGCTCACATCTGCAATACCTTTGATATTGATTGCTGGTCTCTCGTTTTCGCTATTCTTTCGCCTTGTTATCTGTTATGAAACTGGTCAAACTGCTTG
CAGATGTATTTCATCTATGCTTTTCTTTCTCACTTCACTTTCATGGGTTTTTGATAATTCCTTTGAGAAAGCCGGTGCAACATGGCACAGTTCATCGAGACAGGATCTGCAGTATATCGATCTTCTCATGTTTACCAGTCTTCCATGTTTCCTATCGCATGCCCTGTTTTTGTCCTGGAAGAACTACTGTGCCTTTTTTG
CACTGCCATCATTTGGCTTGTTACTACTAGCAATTCACTCGTACATGACACCGGATATTCTAGCTTTACAAGCTTTGTATACTTTAGGGATCGCCTTGCTTATTATATTTGCTACTGTCTTCATTGGATACTGTGGGAGATGTTCAGATAAGCAATTGTACTTGACTATCAAGGCACTTGAAAAAGTCCTCTGTGAAAGC
AAAGTAAAGGAAGGAACCATTTGTACTGCAGACCAAAATAAGTCTGAATACACAGAAAAAATAAACCAGATGCGACAGTTCATCAGCTTTATTTTCCATGAAATAAGAGGTAGAAATTGCGGATATGGTTTCTTTTCAATCTATTCTGATGGAAAATGACACTGTAATTGGATTTGTCAATCTTAACTTTTGCTGTTAAT
AAGGTTGTTTCTTTCAACAGCGAAGAACACTTTTTTATCGTGAAGCAGAGGATGCTTAAGATTTTGTGCATTTTCTGCAGTCCCCTTCAATGCTGTTGTGCTTGGTATTGGGCATATGCTAGCAAGCAACCTCTTAGATGAACAGCGAGAAATTCTCAAAATGATGGATGCATCATCTTCTTCAATGATCCGCATATTAA
ATGATGTTCTTGACATGGgttggtttttttcagcactctaagctgcgtttaaaaactttcgagaatggcaagaaactaattgtttaattagaatccaaatggctgcctcttgagatactagctatgtgcagtagtttctaaattcttagtttagtagcactctattttaacatgtccaaggccacccttaatgcagcagt
atctccaaattacaaattattttgcaagagttcttattagttgcacactttcgacatcatttgctctactgttgttttgtgttgaaaacaggcatgtttatattgtcttctttttttaattaaacatactaaagtgtatatgccctgatccttgctagGTAAAATTGAAGCTGGGAAGTTTCAGCTTGAAAAGCAACCTT
TTAACATGGGAGAACTTGTTAGTTCTTTAATATGGGCTTTTAGGGATACTCTCGACTCCAAAGGGATTGCATTTTCTTTATGTGTTGATGAGGTAACACAAAGGATATTTTCTCATCATGATCTACTTGGAGATAAGCATCGTGTACGCCAGGTTCTGGCAAACTACCTTTCAAATGCTGCAAAGTTTACCCCTCGCAAT
GGGAGTGTCAAACTTCGAGTTGTTTGTGATGGCAGATTGAGCACTGATCCTATTGGATTGAATCGGTTCGAGCCCTTTCCACGAAATGGAACTCTTTCAAAATGCCGAGTTTGCATGTGGGATGAGGAACAGGAAGAAAATGATTTTGTGAATGAAAAGCAGCCAACACTTGTCAGTGTAACACTTTCTGTTGAGGATAC
TGGAATAGGTATTAGCAAAGAAGATCAGGAAAGATTGTTTGAACCCTATACTCAAATTAAGGCTGGCTCAGTACAAGGTGGAGGTGGAACAGGCCTTGGGCTGTGTTTTTCTAGGAGGATTGTTGAATTAGCGGGGGGTAAGATTGGGGTGCAATCTGAAGTTGGTAAGGGGAGTACATTCTCATTCACATTGCCCTTTG
AGCTAGTCACATCTTTAGCTAAAGACAGGGAAGAAGTGACATCTCAGAATCCATTTGATTTTCACAAAGTAAGTTATTCATTGGCCCGGACTACATCAGTAAGCAAATTAGCTGGATCTTCCCTAACAGGCCACAAGCCGAAGGTACTAATTGTTGAAGATAACCAAGTAAATAGGAAAATCTTGAAGAAACTTCTATCT
AGCTTTGATGTTGACAGTGAAGATGCAGAAGATGGCAAACAAGCTTTGGATTTATGTCGTAATGGTGCCACATATGACATGATTTTGATTGACAAAGAGATGCCAGTAATGGATGGCTTGGAGGCAACACGAGAGCTCAGAGCTATGGGTGTCAAATCTCCAATTGTTGGATTAACTGGCAACGCCCTTGACAGTGATCG
AAACCAATTTCTTGCTGCTGGTGTAGACGACTTCTTTACCAAACCTATATCAAGGCATCAATTAGTGAGGCTACTACAGGCACATAATCTGGTTATTCCGTCAAAGAAGTAGAGGGTTGCTGCTGAAAACAACAGTAAATTGTGGATCCAGGAAATGGAATTTTGTCAGCGACTAAAATTGTACATTTGAGCCATCTCCC
TTTTAATCCCCCAAGATGTATTATGCACTTAAAATGTCGCTTCCACATTTTCCAGGTTTATTATGAGCTTGTTGATTTCAGTAGCTGAGAAACAAAAATCAACTAGAAGAGCCTACACATTACATGCATGATAGAGTTGGGAATATTTATACCACTGAAGAAAGTGGGTTCATGATTATGGTTCTCTTCAAGGGAAGCTT
GTCAGCCTCTGCAACGGTTTTGATATTGGTACTATGTGCTTGTCAGCCAGTGTTTATATTTTTTCCTACAAGCCTTCCCCTTTGTGTTTAGACAGTGTAAAATACTGTAAATTAGCCATTCATTGATCTATTCTTTTTAATAATATAAAAGGTTGCCAATAAGGCTCCTCTTCACATTATCTCCAACTATGATGTGAACA
TAAAATTGTACTGCTTGAGATTTATATTTCTCATCCCTTTAAATTCAAGAGTTTCATAGTTCTGTTAGATAAGGAGACACTTTTGCATGAGCTGCGAGTGTTATGTTTAGTTTTTCACCTTGATTAAGGGGTCTTGAAAATATCTGTTGTCCAAGAATTAGTTGAGGAATAAAAGCATATTTGGAGTACGATCTATATCT
TATTGTTGGTTTAAAT
Intron 7 GTGAGTTTTA ... TGATTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 29.91 | 75 | 0 | 32 |
| A2 | 28.4 | 58 | 1 | 23 |
| A3 | 16.09 | 73 | 0 | 14 |
| A4 | 28.24 | 61 | 0 | 24 |
| A5 | 25.53 | 35 | 0 | 12 |
| A6 | 22.22 | 7 | 0 | 2 |
| A7 | 20 | 48 | 0 | 12 |
| A8 | 21.74 | 18 | 0 | 5 |
| A9 | 18.18 | 45 | 0 | 10 |
| A10 | 12.66 | 69 | 0 | 10 |
>TRINITY_DN112278_c1_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoformCCGGCTGCCGGCCGGCAAAGTCGCCGGGGCTTTTTTTCTTGTACAGAAACGAATTTGGTGCTGCCTACGCGTCGGATAGCTCCAGCGCCCGGCTCGGATTCGGGCCATCCAAGGCCCCCGGTTCGGATTAGCCTCGGCGCTCCCCAGACCGGCCAGACAAGAGCTGTCTCAGCTCGACCTTCCTTTTCCTTGTTTCATGT
CACTCTTGTCTTTGTCCGGGTTTTCGATTTCAAGAACCGGAGGTTTGGCGTGACTTCTTTGAAGTGTTTTTTTTCCTTTTTGGATTTCGATGGCGGTGGAGTCATTGAAGTCTGCAATCCTGTTTATTCAGTGCACTGAATATTAGGGTTTTGGGAGAGTCCTGGATGGATGCAATTGGTTTCCAAAGCTTTGCGCCGTT
TGATTTTTAGTATATCTGCCTGAGCTGAATTTGGAGAAAAACATTGTGCATCTTTGCTTTAGGCGACGGAGTTAAGGCGACGAAAGATAACTGAAATTTGCTTCTGGAGAAATTAGTTTGTAATATTCAAGCGCTGAGAAGCTGAATTGGCGGTGGCCAAAGAAAAATAACAGGAGCATTTGCTATTTTCGTCGGTATTT
GCCCCGGCTTTGTCCTTTTACGAGTGCTTGGATGTGTTAGTATTTTATTTAAACAGTACGAACTCGGCGTCCAAAAGTTTGGCAGCCTTCTTTACTGTGAAGCTGGTTTAGAGGTATTATAAATAAATGTTGGAGGACGGAGCCTGGTTTTCCGATGGTCTGTTTGAATTCGCGAGCATTCGTCTGAGGGGTGCGGAAAG
AAATTTTCAACTTGCTGGAAAGGAAATTTACAATTACTGGAAATGGGAATTGCATTGAAGATTTATTTCTTTGCCGAATTTGAGGATCTTTAGAAATCAAGATTCGATCTTCAATAACTCTGGGATTGCCCGTAAGAAGTACACAACTGAAGGCAAACATCAAACTCTATCTATTCAAGCGTTTTTAGGACAAGAGCCCT
TGGGTTCGCCTTAAAAACCAAAATTCGGTCAAATTCTCCACATAACTTAGTTGTATATCTGCTTCAGTGGAAGATTGGGCAAAGATGATGTTGCCTATGGGGAATATTTTGGGAGAATGGCAGAATGAATGGCTCTGTATATGAATCAGATTTGAAGAAAAGTAGGCTGGGAACGTCAATGGAAACAAAATATCAAGTTC
CGCCAAAAAATGAGAAGAGTAATTTATATAATTCGCCATACTGGCCTTTTAGTGCACCGCATTTTAAGTCAGGCTGCCAGAGATCCAAGGAGAAAGATCCGAAAAAGTCTGATCAATTTGGTGCCAAATGGGAGTATCACTTCCCAATGCCGTCTTGTAACTCAACCGATTTTGAATATTTCCGGTGGAAACAACGAAAG
AATGTTGTACTTTCTGCCATTGGATGCTTTGGTCTTTTGGTGCTTTCTGTCCTGCTGGTTCACTTTGCAACAGAGGGCATGCGGCTCACATCTGCAATACCTTTGATATTGATTGCTGGTCTCTCGTTTTCGCTATTCTTTCGCCTTGTTATCTGTTATGAAACTGGTCAAACTGCTTGCAGATGTATTTCATCTATGCT
TTTCTTTCTCACTTCACTTTCATGGGTTTTTGATAATTCCTTTGAGAAAGCCGGTGCAACATGGCACAGTTCATCGAGACAGGATCTGCAGTATATCGATCTTCTCATGTTTACCAGTCTTCCATGTTTCCTATCGCATGCCCTGTTTTTGTCCTGGAAGAACTACTGTGCCTTTTTTGCACTGCCATCATTTGGCTTGT
TACTACTAGCAATTCACTCGTACATGACACCGGATATTCTAGCTTTACAAGCTTTGTATACTTTAGGGATCGCCTTGCTTATTATATTTGCTACTGTCTTCATTGGATACTGTGGGAGATGTTCAGATAAGCAATTGTACTTGACTATCAAGGCACTTGAAAAAGTCCTCTGTGAAAGCAAAGTAAAGGAAGGAACCATT
TGTACTGCAGACCAAAATAAGTCTGAATACACAGAAAAAATAAACCAGATGCGACAGTTCATCAGCTTTATTTTCCATGAAATAAGAGTCCCCTTCAATGCTGTTGTGCTTGGTATTGGGCATATGCTAGCAAGCAACCTCTTAGATGAACAGCGAGAAATTCTCAAAATGATGGATGCATCATCTTCTTCAATGATCCG
CATATTAAATGATGTTCTTGACATGGGTAAAATTGAAGCTGGGAAGTTTCAGCTTGAAAAGCAACCTTTTAACATGGGAGAACTTGTTAGTTCTTTAATATGGGCTTTTAGGGATACTCTCGACTCCAAAGGGATTGCATTTTCTTTATGTGTTGATGAGGTAACACAAAGGATATTTTCTCATCATGATCTACTTGGAG
ATAAGCATCGTGTACGCCAGGTTCTGGCAAACTACCTTTCAAATGCTGCAAAGTTTACCCCTCGCAATGGGAGTGTCAAACTTCGAGTTGTTTGTGATGGCAGATTGAGCACTGATCCTATTGGATTGAATCGGTTCGAGCCCTTTCCACGAAATGGAACTCTTTCAAAATGCCGAGTTTGCATGTGGGATGAGGAACAG
GAAGAAAATGATTTTGTGAATGAAAAGCAGCCAACACTTGTCAGTGTAACACTTTCTGTTGAGGATACTGGAATAGGTATTAGCAAAGAAGATCAGGAAAGATTGTTTGAACCCTATACTCAAATTAAGGCTGGCTCAGTACAAGGTGGAGGTGGAACAGGCCTTGGGCTGTGTTTTTCTAGGAGGATTGTTGAATTAGC
GGGGGGTAAGATTGGGGTGCAATCTGAAGTTGGTAAGGGGAGTACATTCTCATTCACATTGCCCTTTGAGCTAGTCACATCTTTAGCTAAAGACAGGGAAGAAGTGACATCTCAGAATCCATTTGATTTTCACAAAGTAAGTTATTCATTGGCCCGGACTACATCAGTAAGCAAATTAGCTGGATCTTCCCTAACAGGCC
ACAAGCCGAAGGTACTAATTGTTGAAGATAACCAAGTAAATAGGAAAATCTTGAAGAAACTTCTATCTAGCTTTGATGTTGACAGTGAAGATGCAGAAGATGGCAAACAAGCTTTGGATTTATGTCGTAATGGTGCCACATATGACATGATTTTGATTGACAAAGAGATGCCAGTAATGGATGGCTTGGAGGCAACACGA
GAGCTCAGAGCTATGGGTGTCAAATCTCCAATTGTTGGATTAACTGGCAACGCCCTTGACAGTGATCGAAACCAATTTCTTGCTGCTGGTGTAGACGACTTCTTTACCAAACCTATATCAAGGCATCAATTAGTGAGGCTACTTGAGGCACACAATCTTCTTATTCCATCATAAAAGTAGATTGATGCTTTTGAAAACAA
TAGTAAATTGTGGATCTAGGAAATGGAATTGTGTTAGCTAGAAGATAAAAGGATGTTGATGTTTCAATATTTACTGTTTGGAAAAACTGATAGGTTAATTCATAATGTTTCAATTTGTGAAAATGTGGCAATGACTACAAATGAAACCAGCTCTGATTCAGTCATAACAGGTGGGCAATGGCAGCAACACTCACTGCAAT
ATCCTCCATACAGTGTAAGTGCCTCAAGGTGAGTATTTCTCAGGGGATAACCTTCTCTTGATTAGTGTCATGCATTCTAAAATGTGTTGCACTATATGCAAAGGTTACTTAATTGCAATTGTTTATGTTGTGATGCAGATTTCAGGTGTAGTATGTGTAAGAAAGTGTTGACTCTTCCACTTTCTACTCCTCGTGGACAT
AATTTTTTGTAGATGTGTTTTTTCTTTCAATAGATACATCATGTATATTGATTTATTTTCTAATTCCTTTTAGAAGTGATGTAATATTCTTTTTTACTTTGTGTAACTGCATACACATGAAACAAAAGTTGGCAGCTACTTCCTTCGTATAGAAATTCATGGTGGTGGCATGTATGCATGTGGCACTTGCTTAAATTGTA
GCAGTTACATGAACCACAAGTAGTTATGCAGCTTGCACTTGGTAAGTAAGAATTATCGTTAAATTTAAATTATTTATTTTATTGGAGATTTGTTGCAGGAACAAAACCCCCTTTTTAGCATTCCCAGTGCCCTTTTCATTCACAAATTTCCCACAATTGGAGACCAGACGTTGCTTTCACATACATAATTACTTCTTTGT
AGTTGTGATGTTGTTTTTACC
>TRINITY_DN112278_c1_g1_i8 from sample A2 / Example unspliced isoform:CCGTTTGATTTTTAGTATATCTGgtgagttttagcatatctgataaactcatttgtctgcacatgtttttgtttttctatgcaggtttttaactgctagtatttttctgttttcaatgcttcggtctcttttgtatgatttctgacgtttctgtgcctgatttacagCCTGAGCTGAATTTGGAGAAAAACATTGTGCAT
CTTTGCTTTAGGCGACGGAGTTAAGGCGACGAAAGATAACTGAAATTTGCTTCTGGAGAAATTAGTTTGTAATATTCAAGCGCTGAGAAGCTGAATTGGCGGTGGCCAAAGAAAAATAACAGGAGCATTTGCTATTTTCGTCGGTATTTGCCCCGGCTTTGTCCTTTTACGAGTGCTTGGATGTGTTAGTATTTTATTTA
AACAGTACGAACTCGGCGTCCAAAAGTTTGGCAGCCTTCTTTACTGTGAAGCTGGTTTAGAGGTATTATAAATAAATGTTGGAGGACGGAGCCTGGTTTTCCGATGGTCTGTTTGAATTCGCGAGCATTCGTCTGAGGGGTGCGGAAAGAAATTTTCAACTTGCTGGAAAGGAAATTTACAATTACTGGAAATGGGAATT
GCATTGAAGATTTATTTCTTTGCCGAATTTGAGGATCTTTAGAAATCAAGATTCGATCTTCAATAACTCTGGGATTGCCCGTAAGAAGTACACAACTGAAGGCAAACATCAAACTCTATCTATTCAAGCGTTTTTAGGACAAGAGCCCTTGGGTTCGCCTTAAAAACCAAAATTCGGTCAAATTCTCCACATAACTTAGT
TGTATATCTGCTTCAGTGGAAGATTGGGCAAAGATGATGTTGCCTATGGGGAATATTTTGGGAGAATGGCAGAATGAATGGCTCTGTATATGAATCAGATTTGAAGAAAAGTAGGCTGGGAACGTCAATGGAAACAAAATATCAAGTTCCGCCAAAAAATGAGAAGAGTAATTTATATAATTCGCCATACTGGCCTTTTA
GTGCACCGCATTTTAAGTCAGGCTGCCAGAGATCCAAGGAGAAAGATCCGAAAAAGTCTGATCAATTTGGTGCCAAATGGGAGTATCACTTCCCAATGCCGTCTTGTAACTCAACCGATTTTGAATATTTCCGGTGGAAACAACGAAAGAATGTTGTACTTTCTGCCATTGGATGCTTTGGTCTTTTGGTGCTTTCTGTC
CTGCTGGTTCACTTTGCAACAGAGGGCATGCGGCTCACATCTGCAATACCTTTGATATTGATTGCTGGTCTCTCGTTTTCGCTATTCTTTCGCCTTGTTATCTGTTATGAAACTGGTCAAACTGCTTGCAGATGTATTTCATCTATGCTTTTCTTTCTCACTTCACTTTCATGGGTTTTTGATAATTCCTTTGAGAAAGC
CGGTGCAACATGGCACAGTTCATCGAGACAGGATCTGCAGTATATCGATCTTCTCATGTTTACCAGTCTTCCATGTTTCCTATCGCATGCCCTGTTTTTGTCCTGGAAGAACTACTGTGCCTTTTTTGCACTGCCATCATTTGGCTTGTTACTACTAGCAATTCACTCGTACATGACACCGGATATTCTAGCTTTACAAG
CTTTGTATACTTTAGGGATCGCCTTGCTTATTATATTTGCTACTGTCTTCATTGGATACTGTGGGAGATGTTCAGATAAGCAATTGTACTTGACTATCAAGGCACTTGAAAAAGTCCTCTGTGAAAGCAAAGTAAAGGAAGGAACCATTTGTACTGCAGACCAAAATAAGTCTGAATACACAGAAAAAATAAACCAGATG
CGACAGTTCATCAGCTTTATTTTCCATGAAATAAGAGTCCCCTTCAATGCTGTTGTGCTTGGTATTGGGCATATGCTAGCAAGCAACCTCTTAGATGAACAGCGAGAAATTCTCAAAATGATGGATGCATCATCTTCTTCAATGATCCGCATATTAAATGATGTTCTTGACATGGGTAAAATTGAAGCTGGGAAGTTTCA
GCTTGAAAAGCAACCTTTTAACATGGGAGAACTTGTTAGTTCTTTAATATGGGCTTTTAGGGATACTCTCGACTCCAAAGGGATTGCATTTTCTTTATGTGTTGATGAGGTAACACAAAGGATATTTTCTCATCATGATCTACTTGGAGATAAGCATCGTGTACGCCAGGTTCTGGCAAACTACCTTTCAAATGCTGCAA
AGTTTACCCCTCGCAATGGGAGTGTCAAACTTCGAGTTGTTTGTGATGGCAGATTGAGCACTGATCCTATTGGATTGAATCGGTTCGAGCCCTTTCCACGAAATGGAACTCTTTCAAAATGCCGAGTTTGCATGTGGGATGAGGAACAGGAAGAAAATGATTTTGTGAATGAAAAGCAGCCAACACTTGTCAGTGTAACA
CTTTCTGTTGAGGATACTGGAATAGGTATTAGCAAAGAAGATCAGGAAAGATTGTTTGAACCCTATACTCAAATTAAGGCTGGCTCAGTACAAGGTGGAGGTGGAACAGGCCTTGGGCTGTGTTTTTCTAGGAGGATTGTTGAATTAGCGGGGGGTAAGATTGGGGTGCAATCTGAAGTTGGTAAGGGGAGTACATTCTC
ATTCACATTGCCCTTTGAGCTAGTCACATCTTTAGCTAAAGACAGGGAAGAAGTGACATCTCAGAATCCATTTGATTTTCACAAAGTAAGTTATTCATTGGCCCGGACTACATCAGTAAGCAAATTAGCTGGATCTTCCCTAACAGGCCACAAGCCGAAGGTACTAATTGTTGAAGATAACCAAGTAAATAGGAAAATCT
TGAAGAAACTTCTATCTAGCTTTGATGTTGACAGTGAAGATGCAGAAGATGGCAAACAAGCTTTGGATTTATGTCGTAATGGTGCCACATATGACATGATTTTGATTGACAAAGAGATGCCAGTAATGGATGGCTTGGAGGCAACACGAGAGCTCAGAGCTATGGGTGTCAAATCTCCAATTGTTGGATTAACTGGCAAC
GCCCTTGACAGTGATCGAAACCAATTTCTTGCTGCTGGTGTAGACGACTTCTTTACCAAACCTATATCAAGGCATCAATTAGTGAGGCTACTACAGGCACATAATCTGGTTATTCCGTCAAAGAAGTAGAGGGTTGCTGCTGAAAACAACAGTAAATTGTGGATCCAGGAAATGGAATTTTGTCAGCGACTAAAATTGTA
CATTTGAGCCATCTCCCTTTTAATCCCCCAAGATGTATTATGCACTTAAAATGTCGCTTCCACATTTTCCAGGTTTATTATGAGCTTGTTGATTTCAGTAGCTGAGAAACAAAAATCAACTAGAAGAGCCTACACATTACATGCATGATAGAGTTGGGAATATTTATACCACTGAAGAAAGTGGGTTCATGATTATGGTT
CTCTTCAAGGGAAGCTTGTCAGCCTCTGCAACGGTTTTGATATTGGTACTATGTGCTTGTCAGCCAGTGTTTATATTTTTTCCTACAAGCCTTCCCCTTTGTGTTTAGACAGTGTAAAATACTGTAAATTAGCCATTCATTGATCTATTCTTTTTAATAATATAAAAGGTTGCCAATAAGGCTCCTCTTCACATTATCTC
CAACTATGATGTGAACATAAAATTGTACTGCTTGAGATTTATATTTCTCATCCCTTTAAATTCAAGAGTTTCATAGTTCTGTTAGATAAGGAGACACTTTTGCATGAGCTGCGAGTGTTATGTTTAGTTTTTCACCTTGATTAAGGGGTCTTGAAAATATCTGTTGTCCAAGAATTAGTTGAGGAATAAAAGCATATTTG
GAGTACGATCTAAAAA
Intron 8 GTGAGTATTT ... TGTGATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 83.33 | 1 | 5 | 5 |
| A2 | 60 | 6 | 9 | 9 |
| A3 | 75 | 1 | 3 | 3 |
| A4 | 46.67 | 4 | 6 | 1 |
| A5 | 75 | 3 | 8 | 10 |
| A6 | 7.69 | 24 | 2 | 2 |
| A7 | 18.92 | 30 | 4 | 10 |
| A8 | 40 | 15 | 9 | 11 |
| A9 | 14.29 | 18 | 1 | 5 |
| A10 | 15.94 | 29 | 2 | 9 |
>TRINITY_DN112278_c1_g1_i9 from sample A2 / Example spliced isoformTTAAAATATAGTCTATTAGAAAAAATGGTGATGACTATGTTTGTACATGGGAATGGGAGACTTAAGTGATTTCAATGTTTTGGAGTTATGGTGTTTTTAAGGAAATCTCATTGCACCTTTCATTTTACATTCCACATAAAGCTTTTTAAACCGCTCTTGTGTCCAAGGAGTTAATATCTGTGTGTGTCACCTACAGAAAT
GCAGCTGATATACAATACTCATCACCAAAAAATGCATGGTTCAAATGCTGCCTAATTGCAGATTGGATAGACAAAGCTATTCAATACATTTAAGGTGGGCAATGGCAGCAACACTCACTGCAATATCCTCCATACAGTGTAAGTGCCTCAAGATTTCAGGTGTAGTATGTGTAAGAAAGTGTTGACTCTTCCACTTTCTA
CTCCTCGTGGACATAATTTTTTGTAGATGTGTTTTTTCTTTCAATAGATACATCATGTATATTGATTTATTTTCTAATTCCTTTTAGAAGTGATGTAATATTCTTTTTTACTTTGTGTAACTGCATACACATGAAACAAAAGTTGGCAGCTACTTCCTTCGTATAGAAATTCATGGTGGTGGCATGTATGCATGTGGCAC
TTGCTTAAATTGTAGCAGTTACATGAACCACAAGTAGTTATGCAGCTTGCACTTGGTAAGTAAGAATTATCGTTAAATTTAAATTATTTATTTTATTGGAGATTTGTTGCAGGAACAAAACCCCCTTTTTAGCATTCCCAGTGCCCTTTTCATTCACAAATTTCCCACAATTGGAGACCAGACGTTGCTTTCACATACAT
AATTACTTCTTTGTAGTTGTGATGTTGTTTTTACC
>TRINITY_DN112278_c1_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:CCGGCTGCCGGCCGGCAAAGTCGCCGGGGCTTTTTTTCTTGTACAGAAACGAATTTGGTGCTGCCTACGCGTCGGATAGCTCCAGCGCCCGGCTCGGATTCGGGCCATCCAAGGCCCCCGGTTCGGATTAGCCTCGGCGCTCCCCAGACCGGCCAGACAAGAGCTGTCTCAGCTCGACCTTCCTTTTCCTTGTTTCATGT
CACTCTTGTCTTTGTCCGGGTTTTCGATTTCAAGAACCGGAGGTTTGGCGTGACTTCTTTGAAGTGTTTTTTTTCCTTTTTGGATTTCGATGGCGGTGGAGTCATTGAAGTCTGCAATCCTGTTTATTCAGTGCACTGAATATTAGGGTTTTGGGAGAGTCCTGGATGGATGCAATTGGTTTCCAAAGCTTTGCGCCGTT
TGATTTTTAGTATATCTGCCTGAGCTGAATTTGGAGAAAAACATTGTGCATCTTTGCTTTAGGCGACGGAGTTAAGGCGACGAAAGATAACTGAAATTTGCTTCTGGAGAAATTAGTTTGTAATATTCAAGCGCTGAGAAGCTGAATTGGCGGTGGCCAAAGAAAAATAACAGGAGCATTTGCTATTTTCGTCGGTATTT
GCCCCGGCTTTGTCCTTTTACGAGTGCTTGGATGTGTTAGTATTTTATTTAAACAGTACGAACTCGGCGTCCAAAAGTTTGGCAGCCTTCTTTACTGTGAAGCTGGTTTAGAGGTATTATAAATAAATGTTGGAGGACGGAGCCTGGTTTTCCGATGGTCTGTTTGAATTCGCGAGCATTCGTCTGAGGGGTGCGGAAAG
AAATTTTCAACTTGCTGGAAAGGAAATTTACAATTACTGGAAATGGGAATTGCATTGAAGATTTATTTCTTTGCCGAATTTGAGGATCTTTAGAAATCAAGATTCGATCTTCAATAACTCTGGGATTGCCCGTAAGAAGTACACAACTGAAGGCAAACATCAAACTCTATCTATTCAAGCGTTTTTAGGACAAGAGCCCT
TGGGTTCGCCTTAAAAACCAAAATTCGGTCAAATTCTCCACATAACTTAGTTGTATATCTGCTTCAGTGGAAGATTGGGCAAAGATGATGTTGCCTATGGGGAATATTTTGGGAGAATGGCAGAATGAATGGCTCTGTATATGAATCAGATTTGAAGAAAAGTAGGCTGGGAACGTCAATGGAAACAAAATATCAAGTTC
CGCCAAAAAATGAGAAGAGTAATTTATATAATTCGCCATACTGGCCTTTTAGTGCACCGCATTTTAAGTCAGGCTGCCAGAGATCCAAGGAGAAAGATCCGAAAAAGTCTGATCAATTTGGTGCCAAATGGGAGTATCACTTCCCAATGCCGTCTTGTAACTCAACCGATTTTGAATATTTCCGGTGGAAACAACGAAAG
AATGTTGTACTTTCTGCCATTGGATGCTTTGGTCTTTTGGTGCTTTCTGTCCTGCTGGTTCACTTTGCAACAGAGGGCATGCGGCTCACATCTGCAATACCTTTGATATTGATTGCTGGTCTCTCGTTTTCGCTATTCTTTCGCCTTGTTATCTGTTATGAAACTGGTCAAACTGCTTGCAGATGTATTTCATCTATGCT
TTTCTTTCTCACTTCACTTTCATGGGTTTTTGATAATTCCTTTGAGAAAGCCGGTGCAACATGGCACAGTTCATCGAGACAGGATCTGCAGTATATCGATCTTCTCATGTTTACCAGTCTTCCATGTTTCCTATCGCATGCCCTGTTTTTGTCCTGGAAGAACTACTGTGCCTTTTTTGCACTGCCATCATTTGGCTTGT
TACTACTAGCAATTCACTCGTACATGACACCGGATATTCTAGCTTTACAAGCTTTGTATACTTTAGGGATCGCCTTGCTTATTATATTTGCTACTGTCTTCATTGGATACTGTGGGAGATGTTCAGATAAGCAATTGTACTTGACTATCAAGGCACTTGAAAAAGTCCTCTGTGAAAGCAAAGTAAAGGAAGGAACCATT
TGTACTGCAGACCAAAATAAGTCTGAATACACAGAAAAAATAAACCAGATGCGACAGTTCATCAGCTTTATTTTCCATGAAATAAGAGTCCCCTTCAATGCTGTTGTGCTTGGTATTGGGCATATGCTAGCAAGCAACCTCTTAGATGAACAGCGAGAAATTCTCAAAATGATGGATGCATCATCTTCTTCAATGATCCG
CATATTAAATGATGTTCTTGACATGGGTAAAATTGAAGCTGGGAAGTTTCAGCTTGAAAAGCAACCTTTTAACATGGGAGAACTTGTTAGTTCTTTAATATGGGCTTTTAGGGATACTCTCGACTCCAAAGGGATTGCATTTTCTTTATGTGTTGATGAGGTAACACAAAGGATATTTTCTCATCATGATCTACTTGGAG
ATAAGCATCGTGTACGCCAGGTTCTGGCAAACTACCTTTCAAATGCTGCAAAGTTTACCCCTCGCAATGGGAGTGTCAAACTTCGAGTTGTTTGTGATGGCAGATTGAGCACTGATCCTATTGGATTGAATCGGTTCGAGCCCTTTCCACGAAATGGAACTCTTTCAAAATGCCGAGTTTGCATGTGGGATGAGGAACAG
GAAGAAAATGATTTTGTGAATGAAAAGCAGCCAACACTTGTCAGTGTAACACTTTCTGTTGAGGATACTGGAATAGGTATTAGCAAAGAAGATCAGGAAAGATTGTTTGAACCCTATACTCAAATTAAGGCTGGCTCAGTACAAGGTGGAGGTGGAACAGGCCTTGGGCTGTGTTTTTCTAGGAGGATTGTTGAATTAGC
GGGGGGTAAGATTGGGGTGCAATCTGAAGTTGGTAAGGGGAGTACATTCTCATTCACATTGCCCTTTGAGCTAGTCACATCTTTAGCTAAAGACAGGGAAGAAGTGACATCTCAGAATCCATTTGATTTTCACAAAGTAAGTTATTCATTGGCCCGGACTACATCAGTAAGCAAATTAGCTGGATCTTCCCTAACAGGCC
ACAAGCCGAAGGTACTAATTGTTGAAGATAACCAAGTAAATAGGAAAATCTTGAAGAAACTTCTATCTAGCTTTGATGTTGACAGTGAAGATGCAGAAGATGGCAAACAAGCTTTGGATTTATGTCGTAATGGTGCCACATATGACATGATTTTGATTGACAAAGAGATGCCAGTAATGGATGGCTTGGAGGCAACACGA
GAGCTCAGAGCTATGGGTGTCAAATCTCCAATTGTTGGATTAACTGGCAACGCCCTTGACAGTGATCGAAACCAATTTCTTGCTGCTGGTGTAGACGACTTCTTTACCAAACCTATATCAAGGCATCAATTAGTGAGGCTACTTGAGGCACACAATCTTCTTATTCCATCATAAAAGTAGATTGATGCTTTTGAAAACAA
TAGTAAATTGTGGATCTAGGAAATGGAATTGTGTTAGCTAGAAGATAAAAGGATGTTGATGTTTCAATATTTACTGTTTGGAAAAACTGATAGGTTAATTCATAATGTTTCAATTTGTGAAAATGTGGCAATGACTACAAATGAAACCAGCTCTGATTCAGTCATAACAGGTGGGCAATGGCAGCAACACTCACTGCAAT
ATCCTCCATACAGTGTAAGTGCCTCAAGgtgagtatttctcaggggataaccttctcttgattagtgtcatgcattctaaaatgtgttgcactatatgcaaaggttacttaattgcaattgtttatgttgtgatgcagATTTCAGGTGTAGTATGTGTAAGAAAGTGTTGACTCTTCCACTTTCTACTCCTCGTGGACAT
AATTTTTTGTAGATGTGTTTTTTCTTTCAATAGATACATCATGTATATTGATTTATTTTCTAATTCCTTTTAGAAGTGATGTAATATTCTTTTTTACTTTGTGTAACTGCATACACATGAAACAAAAGTTGGCAGCTACTTCCTTCGTATAGAAATTCATGGTGGTGGCATGTATGCATGTGGCACTTGCTTAAATTGTA
GCAGTTACATGAACCACAAGTAGTTATGCAGCTTGCACTTGGTAAGTAAGAATTATCGTTAAATTTAAATTATTTATTTTATTGGAGATTTGTTGCAGGAACAAAACCCCCTTTTTAGCATTCCCAGTGCCCTTTTCATTCACAAATTTCCCACAATTGGAGACCAGACGTTGCTTTCACATACATAATTACTTCTTTGT
AGTTGTGATGTTGTTTTTACC
Intron 9 GTAGAAATTG ... TTTTCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25 | 60 | 14 | 26 |
| A2 | 25.35 | 50.1 | 13 | 21 |
| A3 | 25.2 | 46 | 15 | 16 |
| A4 | 29.58 | 54 | 18 | 27.3 |
| A5 | 43.28 | 19 | 17 | 12 |
| A6 | 26.67 | 22 | 9 | 7 |
| A7 | 21.8 | 52 | 11 | 18 |
| A8 | 25.53 | 35 | 11 | 13 |
| A9 | 15.87 | 53 | 12 | 8 |
| A10 | 21.13 | 56 | 19 | 11 |
>TRINITY_DN122037_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoformCCGGGTTTTCGATTTCAAGAACCGGAGGTTTGGCGTGACTTCTTTGAAGTGTTTTTTTTCCTTTTTGGATTTCGATGGCGGTGGAGTCATTGAAGTCTGCAATCCTGTTTATTCAGTGCACTGAATATTAGGGTTTTGGGAGAGTCCTGGATGGATGCAATTGGTTTCCAAAGCTTTGCGCCGTTTGATTTTTAGTATAT
CTGCCTGAGCTGAATTTGGAGAAAAACATTGTGCATCTTTGCTTTAGGCGACGGAGTTAAGGCGACGAAAGATAACTGAAATTTGCTTCTGGAGAAATTAGTTTGTAATATTCAAGCGCTGAGAAGCTGAATTGGCGGTGGCCAAAGAAAAATAACAGGAGCATTTGCTATTTTCGTCGGTATTTGCCCCGGCTTTGTCC
TTTTACGAGTGCTTGGATGTGTTAGTATTTTATTTAAACAGTACTAACTCGGCGTCCAAAAGTTTGGCAGCCTTCTTTACTGTGAAGCTGGTTTAGAGGTATTATAAATAAATGTTGGAGGACGGAGCCTGGTTTTCCGATGGTCTGTTTGAATTCGCGAGCATTCGTCTGAGGGGTGCGGAAAGAAATTTTCAACTTGC
TGGAAAGGAAATTTACAATTACTGGAAATGGGAATTGCATTGAAGATTTATTTCTTTGCCGAATTTGAGGATCTTTAGAAATCAAGATTCGATCTTCAATAACTCTGGGATTGCCCGTAAGAAGTACACAACTGAAGGCAAACATCAAACTCTATCTATTCAAGCGTTTTTAGGACAAGAGCCCTTGGGTTCGCCTTAAA
AACCAAAATTCGGTCAAATTCTCCACATAACTTAGTTGTATATCTGCTTCAGTGGAAGATTGGGCAAAGATGATGTTGCCTATGGGGAATATTTTGGGAGAATGGCAGAATGAATGGCTCTGTATATGAATCAGATTTGAAGAAAAGTAGGCTGGGAACGTCAATGGAAACAAAATATCAAGTTCCGCCAAAAAATGAGA
AGAGTAATTTATATAATTCGCCATACTGGCCTTTTAGTGCACCGCATTTTAAGTCAGGCTGCCAGAGATCCAAGGAGAAAGATCCGAAAAAGTCTGATCAATTTGGTGCCAAATGGGAGTATCACTTCCCAATGCCGTCTTGTAACTCAACCGATTTTGAATATTTCCGGTGGAAACAACGAAAGAATGTTGTACTTTCT
GCCATTGGATGCTTTGGTCTTTTGGTGCTTTCTGTCCTGCTGGTTCACTTTGCAACAGAGGGCATGCGGCTCACATCTGCAATACCTTTGATATTGATTGCTGGTCTCTCGTTTTCGCTATTCTTTCGCCTTGTTATCTGTTATGAAACTGGTCAAACTGCTTGCAGATGTATTTCATCTATGCTTTTCTTTCTCACTTC
ACTTTCATGGGTTTTTGATAATTCCTTTGAGAAAGCCGGTGCAACATGGCACAGTTCATCGAGACAGGATCTGCAGTATATCGATCTTCTCATGTTTACCAGTCTTCCATGTTTCCTATCGCATGCCCTGTTTTTGTCCTGGAAGAACTACTGTGCCTTTTTTGCACTGCCATCATTTGGCTTGTTACTACTAGCAATTC
ACTCGTACATGACACCGGATATTCTAGCTTTACAAGCTTTGTATACTTTAGGGATCGCCTTGCTTATTATATTTGCTACTGTCTTCATTGGATACTGTGGGAGATGTTCAGATAAGCAATTGTACTTGACTATCAAGGCACTTGAAAAAGTCCTCTGTGAAAGCAAAGTAAAGGAAGGAACCATTTGTACTGCAGACCAA
AATAAGTCTGAATACACAGAAAAAATAAACCAGATGCGACAGTTCATCAGCTTTATTTTCCATGAAATAAGAGTCCCCTTCAATGCTGTTGTGCTTGGTATTGGGCATATGCTAGCAAGCAACCTCTTAGATGAACAGCGAGAAATTCTCAAAATGATGGATGCATCATCTTCTTCAATGATCCGCATATTAAATGATGT
TCTTGACATGGGTAAAATTGAAGCTGGGAAGTTTCAGCTTGAAAAGCAACCTTTTAACATGGGAGAACTTGTTAGTTCTTTAATATGGGCTTTTAGGGATACTCTCGACTCCAAAGGGATTGCATTTTCTTTATGTGTTGATGAGGTAACACAAAGGATATTTTCTCATCATGATCTACTTGGAGATAAGCATCGTGTAC
GCCAGGTTCTGGCAAACTACCTTTCAAATGCTGCAAAGTTTACCCCTCGCAATGGGAGTGTCAAACTTCGAGTTGTTTGTGATGGCAGATTGAGCACTGATCCTATTGGATTGAATCGGTTCGAGCCCTTTCCACGAAATGGAACTCTTTCAAAATGCCGAGTTTGCATGTGGGATGAGGAACAGGAAGAAAATGATTTT
GTGAATGAAAAGCAGCCAACACTTGTCAGTGTAACACTTTCTGTTGAGGATACTGGAATAGGTATTAGCAAAGAAGATCAGGAAAGATTGTTTGAACCCTATACTCAAATTAAGGCTGGCTCAGTACAAGGTGGAGGTGGAACAGGCCTTGGGCTGTGTTTTTCTAGGAGGATTGTTGAATTAGCGGGGGGTAAGATTGG
GGTGCAATCTGAAGTTGGTAAGGGGAGTACATTCTCATTCACATTGCCCTTTGAGCTAGTCACATCTTTAGCTAAAGACAGGGAAGAAGTGACATCTCAGAATCCATTTGATTTTCACAAAGTAAGTTATTCATTGGCCCGGACTACATCAGTAAGCAAATTAGCTGGATCTTCCCTAACAGGCCACAAGCCGAAGGTAC
TAATTGTTGAAGATAACCAAGTAAATAGGAAAATCTTGAAGAAACTTCTATCTAGCTTTGATGTTGACAGTGAAGATGCAGAAGATGGCAAACAAGCTTTGGATTTATGTCGTAATGGTGCCACATATGACATGATTTTGATTGACAAAGAGATGCCAGTAATGGATGGCTTGGAGGCAACACGAGAGCTCAGAGCTATG
GGTGTCAAATCTCCAATTGTTGGATTAACTGGCAACGCCCTTGACAGTGATCGAAACCAATTTCTTGCTGCTGGTGTAGACGACTTCTTTACCAAACCTATATCAAGGCATCAATTAGTGAGGCTACTACAGGCACATAATCTGGTTATTCCGTCAAAGAAGTAGAGGGTTGCTGCTGAAAACAACAGTAAATTGTGGAT
CCAGGAAATGGAATTTTGTCAGCGACTAAAATTGTACATTTGAGCCATCTCCCTTTTAATCCCCCAAGATGTATTATGCACTTAAAATGTCGCTTCCACATTTTCCAGGTTTATTATGAGCTTGTTGATTTCAGTAGCTGAGAAACAAAAATCAACTAGAAGAGCCTACACATTACATGCATGATAGAGTTGGGAATATT
TATACCACTGAAGAAAGTGGGTTCATGATTATGGTTCTCTTCAAGGGAAGCTTGTCAGCCTCTGCAACGGTTTTGATATTGGTACTATGTGCTTGTCAGCCAGTGTTTATATTTTTTCCTACAAGCCTTCCCCTTTGTGTTTAGACAGTGTAAAATACTGTAAATTAGCCATTCATTGATCTATTCTTTTTAATAATATA
AAAGGTTGCCAATAAGGCTCCTCTTCACATTATCTCCAACTATGATGTGAACATAAAATTGTACTGCTTGAGATTTATATTTCTCATCCCTTTAAATTCAAGAGTTTCATAGTTCTGTTAGATAAGGAGACACTTTTGCATGAGCTGCGAGTGTTATGTTTAGTTTTTCACCTTGATTAAGGGGTCTTGAAAATATCTGT
TGTCCAAGAATTAGTTGAGGAATAAAAGCATATTTGGAGTACGATCTATATCTTATTGTTGGTTTAAAT
>TRINITY_DN122037_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:CCGGGTTTTCGATTTCAAGAACCGGAGGTTTGGCGTGACTTCTTTGAAGTGTTTTTTTTCCTTTTTGGATTTCGATGGCGGTGGAGTCATTGAAGTCTGCAATCCTGTTTATTCAGTGCACTGAATATTAGGGTTTTGGGAGAGTCCTGGATGGATGCAATTGGTTTCCAAAGCTTTGCGCCGTTTGATTTTTAGTATAT
CTGCCTGAGCTGAATTTGGAGAAAAACATTGTGCATCTTTGCTTTAGGCGACGGAGTTAAGGCGACGAAAGATAACTGAAATTTGCTTCTGGAGAAATTAGTTTGTAATATTCAAGCGCTGAGAAGCTGAATTGGCGGTGGCCAAAGAAAAATAACAGGAGCATTTGCTATTTTCGTCGGTATTTGCCCCGGCTTTGTCC
TTTTACGAGTGCTTGGATGTGTTAGTATTTTATTTAAACAGTACTAACTCGGCGTCCAAAAGTTTGGCAGCCTTCTTTACTGTGAAGCTGGTTTAGAGGTATTATAAATAAATGTTGGAGGACGGAGCCTGGTTTTCCGATGGTCTGTTTGAATTCGCGAGCATTCGTCTGAGGGGTGCGGAAAGAAATTTTCAACTTGC
TGGAAAGGAAATTTACAATTACTGGAAATGGTAAGTGCCCGACATCATATTTTTGTTGATAATGATAAAATGGAAACGGTATATTCCGAATGTGACACGTGAAGGTGCTTTTCTTGGATTTCTATGGGATTTAAGTGATTATTTAGAGTTTTTTATCACAAAATTTCACCTTAGTATTTCACCGATTTTTCGGCAGATTG
TTGTGATAAAAGAAAGGAAATGCCATAATCTTATTTATTTGTGAATGTATCGACACTGTGCTTCAGGGAATTGCATTGAAGATTTATTTCTTTGCCGAATTTGAGGATCTTTAGAAATCAAGATTCGATCTTCAATAACTCTGGGATTGCCCGTAAGAAGTACACAACTGAAGGCAAACATCAAACTCTATCTATTCAAG
CGTTTTTAGGACAAGAGCCCTTGGGTTCGCCTTAAAAACCAAAATTCGGTCAAATTCTCCACATAACTTAGTTGTATATCTGCTTCAGTGGAAGATTGGGCAAAGATGATGTTGCCTATGGGGAATATTTTGGGAGAATGGCAGAATGAATGGCTCTGTATATGAATCAGATTTGAAGAAAAGTAGGCTGGGAACGTCAA
TGGAAACAAAATATCAAGTTCCGCCAAAAAATGAGAAGAGTAATTTATATAATTCGCCATACTGGCCTTTTAGTGCACCGCATTTTAAGTCAGGCTGCCAGAGATCCAAGGAGAAAGATCCGAAAAAGTCTGATCAATTTGGTGCCAAATGGGAGTATCACTTCCCAATGCCGTCTTGTAACTCAACCGATTTTGAATAT
TTCCGGTGGAAACAACGAAAGAATGTTGTACTTTCTGCCATTGGATGCTTTGGTCTTTTGGTGCTTTCTGTCCTGCTGGTTCACTTTGCAACAGAGGGCATGCGGCTCACATCTGCAATACCTTTGATATTGATTGCTGGTCTCTCGTTTTCGCTATTCTTTCGCCTTGTTATCTGTTATGAAACTGGTCAAACTGCTTG
CAGATGTATTTCATCTATGCTTTTCTTTCTCACTTCACTTTCATGGGTTTTTGATAATTCCTTTGAGAAAGCCGGTGCAACATGGCACAGTTCATCGAGACAGGATCTGCAGTATATCGATCTTCTCATGTTTACCAGTCTTCCATGTTTCCTATCGCATGCCCTGTTTTTGTCCTGGAAGAACTACTGTGCCTTTTTTG
CACTGCCATCATTTGGCTTGTTACTACTAGCAATTCACTCGTACATGACACCGGATATTCTAGCTTTACAAGCTTTGTATACTTTAGGGATCGCCTTGCTTATTATATTTGCTACTGTCTTCATTGGATACTGTGGGAGATGTTCAGATAAGCAATTGTACTTGACTATCAAGGCACTTGAAAAAGTCCTCTGTGAAAGC
AAAGTAAAGGAAGGAACCATTTGTACTGCAGACCAAAATAAGTCTGAATACACAGAAAAAATAAACCAGATGCGACAGTTCATCAGCTTTATTTTCCATGAAATAAGAGgtagaaattgcggatatggtttcttttcaatctattctgatggaaaatgacactgtaattggatttgtcaatcttaacttttgctgttaat
aaggttgtttctttcaacagcgaagaacacttttttatcgtgaagcagaggatgcttaagattttgtgcattttctgcagTCCCCTTCAATGCTGTTGTGCTTGGTATTGGGCATATGCTAGCAAGCAACCTCTTAGATGAACAGCGAGAAATTCTCAAAATGATGGATGCATCATCTTCTTCAATGATCCGCATATTAA
ATGATGTTCTTGACATGGGTTGGTTTTTTTCAGCACTCTAAGCTGCGTTTAAAAACTTTCGAGAATGGCAAGAAACTAATTGTTTAATTAGAATCCAAATGGCTGCCTCTTGAGATACTAGCTATGTGCAGTAGTTTCTAAATTCTTAGTTTAGTAGCACTCTATTTTAACATGTCCAAGGCCACCCTTAATGCAGCAGT
ATCTCCAAATTACAAATTATTTTGCAAGAGTTCTTATTAGTTGCACACTTTCGACATCATTTGCTCTACTGTTGTTTTGTGTTGAAAACAGGCATGTTTATATTGTCTTCTTTTTTTAATTAAACATACTAAAGTGTATATGCCCTGATCCTTGCTAGGTAAAATTGAAGCTGGGAAGTTTCAGCTTGAAAAGCAACCTT
TTAACATGGGAGAACTTGTTAGTTCTTTAATATGGGCTTTTAGGGATACTCTCGACTCCAAAGGGATTGCATTTTCTTTATGTGTTGATGAGGTAACACAAAGGATATTTTCTCATCATGATCTACTTGGAGATAAGCATCGTGTACGCCAGGTTCTGGCAAACTACCTTTCAAATGCTGCAAAGTTTACCCCTCGCAAT
GGGAGTGTCAAACTTCGAGTTGTTTGTGATGGCAGATTGAGCACTGATCCTATTGGATTGAATCGGTTCGAGCCCTTTCCACGAAATGGAACTCTTTCAAAATGCCGAGTTTGCATGTGGGATGAGGAACAGGAAGAAAATGATTTTGTGAATGAAAAGCAGCCAACACTTGTCAGTGTAACACTTTCTGTTGAGGATAC
TGGAATAGGTATTAGCAAAGAAGATCAGGAAAGATTGTTTGAACCCTATACTCAAATTAAGGCTGGCTCAGTACAAGGTGGAGGTGGAACAGGCCTTGGGCTGTGTTTTTCTAGGAGGATTGTTGAATTAGCGGGGGGTAAGATTGGGGTGCAATCTGAAGTTGGTAAGGGGAGTACATTCTCATTCACATTGCCCTTTG
AGCTAGTCACATCTTTAGCTAAAGACAGGGAAGAAGTGACATCTCAGAATCCATTTGATTTTCACAAAGTAAGTTATTCATTGGCCCGGACTACATCAGTAAGCAAATTAGCTGGATCTTCCCTAACAGGCCACAAGCCGAAGGTACTAATTGTTGAAGATAACCAAGTAAATAGGAAAATCTTGAAGAAACTTCTATCT
AGCTTTGATGTTGACAGTGAAGATGCAGAAGATGGCAAACAAGCTTTGGATTTATGTCGTAATGGTGCCACATATGACATGATTTTGATTGACAAAGAGATGCCAGTAATGGATGGCTTGGAGGCAACACGAGAGCTCAGAGCTATGGGTGTCAAATCTCCAATTGTTGGATTAACTGGCAACGCCCTTGACAGTGATCG
AAACCAATTTCTTGCTGCTGGTGTAGACGACTTCTTTACCAAACCTATATCAAGGCATCAATTAGTGAGGCTACTACAGGCACATAATCTGGTTATTCCGTCAAAGAAGTAGAGGGTTGCTGCTGAAAACAACAGTAAATTGTGGATCCAGGAAATGGAATTTTGTCAGCGACTAAAATTGTACATTTGAGCCATCTCCC
TTTTAATCCCCCAAGATGTATTATGCACTTAAAATGTCGCTTCCACATTTTCCAGGTTTATTATGAGCTTGTTGATTTCAGTAGCTGAGAAACAAAAATCAACTAGAAGAGCCTACACATTACATGCATGATAGAGTTGGGAATATTTATACCACTGAAGAAAGTGGGTTCATGATTATGGTTCTCTTCAAGGGAAGCTT
GTCAGCCTCTGCAACGGTTTTGATATTGGTACTATGTGCTTGTCAGCCAGTGTTTATATTTTTTCCTACAAGCCTTCCCCTTTGTGTTTAGACAGTGTAAAATACTGTAAATTAGCCATTCATTGATCTATTCTTTTTAATAATATAAAAGGTTGCCAATAAGGCTCCTCTTCACATTATCTCCAACTATGATGTGAACA
TAAAATTGTACTGCTTGAGATTTATATTTCTCATCCCTTTAAATTCAAGAGTTTCATAGTTCTGTTAGATAAGGAGACACTTTTGCATGAGCTGCGAGTGTTATGTTTAGTTTTTCACCTTGATTAAGGGGTCTTGAAAATATCTGTTGTCCAAGAATTAGTTGAGGAATAAAAGCATATTTGGAGTACGATCTATATCT
TATTGTTGGTTTAAAT
Intron 10 GTAAGTGCCC ... TGTGCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.49 | 130 | 36.1 | 35.6 |
| A2 | 20.83 | 76 | 23.7 | 20 |
| A3 | 18.64 | 106 | 20 | 24.3 |
| A4 | 21.95 | 96 | 18.9 | 27 |
| A5 | 25.3 | 62 | 32.2 | 21 |
| A6 | 11.94 | 23 | 2.8 | 3.2 |
| A7 | 22.31 | 103 | 13.4 | 29.6 |
| A8 | 17.24 | 24 | 2.8 | 5 |
| A9 | 10.64 | 84 | 17.1 | 10 |
| A10 | 16.35 | 133 | 20.8 | 26 |
>TRINITY_DN122037_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoformCCGGGTTTTCGATTTCAAGAACCGGAGGTTTGGCGTGACTTCTTTGAAGTGTTTTTTTTCCTTTTTGGATTTCGATGGCGGTGGAGTCATTGAAGTCTGCAATCCTGTTTATTCAGTGCACTGAATATTAGGGTTTTGGGAGAGTCCTGGATGGATGCAATTGGTTTCCAAAGCTTTGCGCCGTTTGATTTTTAGTATAT
CTGCCTGAGCTGAATTTGGAGAAAAACATTGTGCATCTTTGCTTTAGGCGACGGAGTTAAGGCGACGAAAGATAACTGAAATTTGCTTCTGGAGAAATTAGTTTGTAATATTCAAGCGCTGAGAAGCTGAATTGGCGGTGGCCAAAGAAAAATAACAGGAGCATTTGCTATTTTCGTCGGTATTTGCCCCGGCTTTGTCC
TTTTACGAGTGCTTGGATGTGTTAGTATTTTATTTAAACAGTACTAACTCGGCGTCCAAAAGTTTGGCAGCCTTCTTTACTGTGAAGCTGGTTTAGAGGTATTATAAATAAATGTTGGAGGACGGAGCCTGGTTTTCCGATGGTCTGTTTGAATTCGCGAGCATTCGTCTGAGGGGTGCGGAAAGAAATTTTCAACTTGC
TGGAAAGGAAATTTACAATTACTGGAAATGGGAATTGCATTGAAGATTTATTTCTTTGCCGAATTTGAGGATCTTTAGAAATCAAGATTCGATCTTCAATAACTCTGGGATTGCCCGTAAGAAGTACACAACTGAAGGCAAACATCAAACTCTATCTATTCAAGCGTTTTTAGGACAAGAGCCCTTGGGTTCGCCTTAAA
AACCAAAATTCGGTCAAATTCTCCACATAACTTAGTTGTATATCTGCTTCAGTGGAAGATTGGGCAAAGATGATGTTGCCTATGGGGAATATTTTGGGAGAATGGCAGAATGAATGGCTCTGTATATGAATCAGATTTGAAGAAAAGTAGGCTGGGAACGTCAATGGAAACAAAATATCAAGTTCCGCCAAAAAATGAGA
AGAGTAATTTATATAATTCGCCATACTGGCCTTTTAGTGCACCGCATTTTAAGTCAGGCTGCCAGAGATCCAAGGAGAAAGATCCGAAAAAGTCTGATCAATTTGGTGCCAAATGGGAGTATCACTTCCCAATGCCGTCTTGTAACTCAACCGATTTTGAATATTTCCGGTGGAAACAACGAAAGAATGTTGTACTTTCT
GCCATTGGATGCTTTGGTCTTTTGGTGCTTTCTGTCCTGCTGGTTCACTTTGCAACAGAGGGCATGCGGCTCACATCTGCAATACCTTTGATATTGATTGCTGGTCTCTCGTTTTCGCTATTCTTTCGCCTTGTTATCTGTTATGAAACTGGTCAAACTGCTTGCAGATGTATTTCATCTATGCTTTTCTTTCTCACTTC
ACTTTCATGGGTTTTTGATAATTCCTTTGAGAAAGCCGGTGCAACATGGCACAGTTCATCGAGACAGGATCTGCAGTATATCGATCTTCTCATGTTTACCAGTCTTCCATGTTTCCTATCGCATGCCCTGTTTTTGTCCTGGAAGAACTACTGTGCCTTTTTTGCACTGCCATCATTTGGCTTGTTACTACTAGCAATTC
ACTCGTACATGACACCGGATATTCTAGCTTTACAAGCTTTGTATACTTTAGGGATCGCCTTGCTTATTATATTTGCTACTGTCTTCATTGGATACTGTGGGAGATGTTCAGATAAGCAATTGTACTTGACTATCAAGGCACTTGAAAAAGTCCTCTGTGAAAGCAAAGTAAAGGAAGGAACCATTTGTACTGCAGACCAA
AATAAGTCTGAATACACAGAAAAAATAAACCAGATGCGACAGTTCATCAGCTTTATTTTCCATGAAATAAGAGTCCCCTTCAATGCTGTTGTGCTTGGTATTGGGCATATGCTAGCAAGCAACCTCTTAGATGAACAGCGAGAAATTCTCAAAATGATGGATGCATCATCTTCTTCAATGATCCGCATATTAAATGATGT
TCTTGACATGGGTAAAATTGAAGCTGGGAAGTTTCAGCTTGAAAAGCAACCTTTTAACATGGGAGAACTTGTTAGTTCTTTAATATGGGCTTTTAGGGATACTCTCGACTCCAAAGGGATTGCATTTTCTTTATGTGTTGATGAGGTAACACAAAGGATATTTTCTCATCATGATCTACTTGGAGATAAGCATCGTGTAC
GCCAGGTTCTGGCAAACTACCTTTCAAATGCTGCAAAGTTTACCCCTCGCAATGGGAGTGTCAAACTTCGAGTTGTTTGTGATGGCAGATTGAGCACTGATCCTATTGGATTGAATCGGTTCGAGCCCTTTCCACGAAATGGAACTCTTTCAAAATGCCGAGTTTGCATGTGGGATGAGGAACAGGAAGAAAATGATTTT
GTGAATGAAAAGCAGCCAACACTTGTCAGTGTAACACTTTCTGTTGAGGATACTGGAATAGGTATTAGCAAAGAAGATCAGGAAAGATTGTTTGAACCCTATACTCAAATTAAGGCTGGCTCAGTACAAGGTGGAGGTGGAACAGGCCTTGGGCTGTGTTTTTCTAGGAGGATTGTTGAATTAGCGGGGGGTAAGATTGG
GGTGCAATCTGAAGTTGGTAAGGGGAGTACATTCTCATTCACATTGCCCTTTGAGCTAGTCACATCTTTAGCTAAAGACAGGGAAGAAGTGACATCTCAGAATCCATTTGATTTTCACAAAGTAAGTTATTCATTGGCCCGGACTACATCAGTAAGCAAATTAGCTGGATCTTCCCTAACAGGCCACAAGCCGAAGGTAC
TAATTGTTGAAGATAACCAAGTAAATAGGAAAATCTTGAAGAAACTTCTATCTAGCTTTGATGTTGACAGTGAAGATGCAGAAGATGGCAAACAAGCTTTGGATTTATGTCGTAATGGTGCCACATATGACATGATTTTGATTGACAAAGAGATGCCAGTAATGGATGGCTTGGAGGCAACACGAGAGCTCAGAGCTATG
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CCAGGAAATGGAATTTTGTCAGCGACTAAAATTGTACATTTGAGCCATCTCCCTTTTAATCCCCCAAGATGTATTATGCACTTAAAATGTCGCTTCCACATTTTCCAGGTTTATTATGAGCTTGTTGATTTCAGTAGCTGAGAAACAAAAATCAACTAGAAGAGCCTACACATTACATGCATGATAGAGTTGGGAATATT
TATACCACTGAAGAAAGTGGGTTCATGATTATGGTTCTCTTCAAGGGAAGCTTGTCAGCCTCTGCAACGGTTTTGATATTGGTACTATGTGCTTGTCAGCCAGTGTTTATATTTTTTCCTACAAGCCTTCCCCTTTGTGTTTAGACAGTGTAAAATACTGTAAATTAGCCATTCATTGATCTATTCTTTTTAATAATATA
AAAGGTTGCCAATAAGGCTCCTCTTCACATTATCTCCAACTATGATGTGAACATAAAATTGTACTGCTTGAGATTTATATTTCTCATCCCTTTAAATTCAAGAGTTTCATAGTTCTGTTAGATAAGGAGACACTTTTGCATGAGCTGCGAGTGTTATGTTTAGTTTTTCACCTTGATTAAGGGGTCTTGAAAATATCTGT
TGTCCAAGAATTAGTTGAGGAATAAAAGCATATTTGGAGTACGATCTATATCTTATTGTTGGTTTAAAT
>TRINITY_DN122037_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:CCGGGTTTTCGATTTCAAGAACCGGAGGTTTGGCGTGACTTCTTTGAAGTGTTTTTTTTCCTTTTTGGATTTCGATGGCGGTGGAGTCATTGAAGTCTGCAATCCTGTTTATTCAGTGCACTGAATATTAGGGTTTTGGGAGAGTCCTGGATGGATGCAATTGGTTTCCAAAGCTTTGCGCCGTTTGATTTTTAGTATAT
CTGCCTGAGCTGAATTTGGAGAAAAACATTGTGCATCTTTGCTTTAGGCGACGGAGTTAAGGCGACGAAAGATAACTGAAATTTGCTTCTGGAGAAATTAGTTTGTAATATTCAAGCGCTGAGAAGCTGAATTGGCGGTGGCCAAAGAAAAATAACAGGAGCATTTGCTATTTTCGTCGGTATTTGCCCCGGCTTTGTCC
TTTTACGAGTGCTTGGATGTGTTAGTATTTTATTTAAACAGTACTAACTCGGCGTCCAAAAGTTTGGCAGCCTTCTTTACTGTGAAGCTGGTTTAGAGGTATTATAAATAAATGTTGGAGGACGGAGCCTGGTTTTCCGATGGTCTGTTTGAATTCGCGAGCATTCGTCTGAGGGGTGCGGAAAGAAATTTTCAACTTGC
TGGAAAGGAAATTTACAATTACTGGAAATGgtaagtgcccgacatcatatttttgttgataatgataaaatggaaacggtatattccgaatgtgacacgtgaaggtgcttttcttggatttctatgggatttaagtgattatttagagttttttatcacaaaatttcaccttagtatttcaccgatttttcggcagattg
ttgtgataaaagaaaggaaatgccataatcttatttatttgtgaatgtatcgacactgtgcttcagGGAATTGCATTGAAGATTTATTTCTTTGCCGAATTTGAGGATCTTTAGAAATCAAGATTCGATCTTCAATAACTCTGGGATTGCCCGTAAGAAGTACACAACTGAAGGCAAACATCAAACTCTATCTATTCAAG
CGTTTTTAGGACAAGAGCCCTTGGGTTCGCCTTAAAAACCAAAATTCGGTCAAATTCTCCACATAACTTAGTTGTATATCTGCTTCAGTGGAAGATTGGGCAAAGATGATGTTGCCTATGGGGAATATTTTGGGAGAATGGCAGAATGAATGGCTCTGTATATGAATCAGATTTGAAGAAAAGTAGGCTGGGAACGTCAA
TGGAAACAAAATATCAAGTTCCGCCAAAAAATGAGAAGAGTAATTTATATAATTCGCCATACTGGCCTTTTAGTGCACCGCATTTTAAGTCAGGCTGCCAGAGATCCAAGGAGAAAGATCCGAAAAAGTCTGATCAATTTGGTGCCAAATGGGAGTATCACTTCCCAATGCCGTCTTGTAACTCAACCGATTTTGAATAT
TTCCGGTGGAAACAACGAAAGAATGTTGTACTTTCTGCCATTGGATGCTTTGGTCTTTTGGTGCTTTCTGTCCTGCTGGTTCACTTTGCAACAGAGGGCATGCGGCTCACATCTGCAATACCTTTGATATTGATTGCTGGTCTCTCGTTTTCGCTATTCTTTCGCCTTGTTATCTGTTATGAAACTGGTCAAACTGCTTG
CAGATGTATTTCATCTATGCTTTTCTTTCTCACTTCACTTTCATGGGTTTTTGATAATTCCTTTGAGAAAGCCGGTGCAACATGGCACAGTTCATCGAGACAGGATCTGCAGTATATCGATCTTCTCATGTTTACCAGTCTTCCATGTTTCCTATCGCATGCCCTGTTTTTGTCCTGGAAGAACTACTGTGCCTTTTTTG
CACTGCCATCATTTGGCTTGTTACTACTAGCAATTCACTCGTACATGACACCGGATATTCTAGCTTTACAAGCTTTGTATACTTTAGGGATCGCCTTGCTTATTATATTTGCTACTGTCTTCATTGGATACTGTGGGAGATGTTCAGATAAGCAATTGTACTTGACTATCAAGGCACTTGAAAAAGTCCTCTGTGAAAGC
AAAGTAAAGGAAGGAACCATTTGTACTGCAGACCAAAATAAGTCTGAATACACAGAAAAAATAAACCAGATGCGACAGTTCATCAGCTTTATTTTCCATGAAATAAGAGGTAGAAATTGCGGATATGGTTTCTTTTCAATCTATTCTGATGGAAAATGACACTGTAATTGGATTTGTCAATCTTAACTTTTGCTGTTAAT
AAGGTTGTTTCTTTCAACAGCGAAGAACACTTTTTTATCGTGAAGCAGAGGATGCTTAAGATTTTGTGCATTTTCTGCAGTCCCCTTCAATGCTGTTGTGCTTGGTATTGGGCATATGCTAGCAAGCAACCTCTTAGATGAACAGCGAGAAATTCTCAAAATGATGGATGCATCATCTTCTTCAATGATCCGCATATTAA
ATGATGTTCTTGACATGGGTTGGTTTTTTTCAGCACTCTAAGCTGCGTTTAAAAACTTTCGAGAATGGCAAGAAACTAATTGTTTAATTAGAATCCAAATGGCTGCCTCTTGAGATACTAGCTATGTGCAGTAGTTTCTAAATTCTTAGTTTAGTAGCACTCTATTTTAACATGTCCAAGGCCACCCTTAATGCAGCAGT
ATCTCCAAATTACAAATTATTTTGCAAGAGTTCTTATTAGTTGCACACTTTCGACATCATTTGCTCTACTGTTGTTTTGTGTTGAAAACAGGCATGTTTATATTGTCTTCTTTTTTTAATTAAACATACTAAAGTGTATATGCCCTGATCCTTGCTAGGTAAAATTGAAGCTGGGAAGTTTCAGCTTGAAAAGCAACCTT
TTAACATGGGAGAACTTGTTAGTTCTTTAATATGGGCTTTTAGGGATACTCTCGACTCCAAAGGGATTGCATTTTCTTTATGTGTTGATGAGGTAACACAAAGGATATTTTCTCATCATGATCTACTTGGAGATAAGCATCGTGTACGCCAGGTTCTGGCAAACTACCTTTCAAATGCTGCAAAGTTTACCCCTCGCAAT
GGGAGTGTCAAACTTCGAGTTGTTTGTGATGGCAGATTGAGCACTGATCCTATTGGATTGAATCGGTTCGAGCCCTTTCCACGAAATGGAACTCTTTCAAAATGCCGAGTTTGCATGTGGGATGAGGAACAGGAAGAAAATGATTTTGTGAATGAAAAGCAGCCAACACTTGTCAGTGTAACACTTTCTGTTGAGGATAC
TGGAATAGGTATTAGCAAAGAAGATCAGGAAAGATTGTTTGAACCCTATACTCAAATTAAGGCTGGCTCAGTACAAGGTGGAGGTGGAACAGGCCTTGGGCTGTGTTTTTCTAGGAGGATTGTTGAATTAGCGGGGGGTAAGATTGGGGTGCAATCTGAAGTTGGTAAGGGGAGTACATTCTCATTCACATTGCCCTTTG
AGCTAGTCACATCTTTAGCTAAAGACAGGGAAGAAGTGACATCTCAGAATCCATTTGATTTTCACAAAGTAAGTTATTCATTGGCCCGGACTACATCAGTAAGCAAATTAGCTGGATCTTCCCTAACAGGCCACAAGCCGAAGGTACTAATTGTTGAAGATAACCAAGTAAATAGGAAAATCTTGAAGAAACTTCTATCT
AGCTTTGATGTTGACAGTGAAGATGCAGAAGATGGCAAACAAGCTTTGGATTTATGTCGTAATGGTGCCACATATGACATGATTTTGATTGACAAAGAGATGCCAGTAATGGATGGCTTGGAGGCAACACGAGAGCTCAGAGCTATGGGTGTCAAATCTCCAATTGTTGGATTAACTGGCAACGCCCTTGACAGTGATCG
AAACCAATTTCTTGCTGCTGGTGTAGACGACTTCTTTACCAAACCTATATCAAGGCATCAATTAGTGAGGCTACTACAGGCACATAATCTGGTTATTCCGTCAAAGAAGTAGAGGGTTGCTGCTGAAAACAACAGTAAATTGTGGATCCAGGAAATGGAATTTTGTCAGCGACTAAAATTGTACATTTGAGCCATCTCCC
TTTTAATCCCCCAAGATGTATTATGCACTTAAAATGTCGCTTCCACATTTTCCAGGTTTATTATGAGCTTGTTGATTTCAGTAGCTGAGAAACAAAAATCAACTAGAAGAGCCTACACATTACATGCATGATAGAGTTGGGAATATTTATACCACTGAAGAAAGTGGGTTCATGATTATGGTTCTCTTCAAGGGAAGCTT
GTCAGCCTCTGCAACGGTTTTGATATTGGTACTATGTGCTTGTCAGCCAGTGTTTATATTTTTTCCTACAAGCCTTCCCCTTTGTGTTTAGACAGTGTAAAATACTGTAAATTAGCCATTCATTGATCTATTCTTTTTAATAATATAAAAGGTTGCCAATAAGGCTCCTCTTCACATTATCTCCAACTATGATGTGAACA
TAAAATTGTACTGCTTGAGATTTATATTTCTCATCCCTTTAAATTCAAGAGTTTCATAGTTCTGTTAGATAAGGAGACACTTTTGCATGAGCTGCGAGTGTTATGTTTAGTTTTTCACCTTGATTAAGGGGTCTTGAAAATATCTGTTGTCCAAGAATTAGTTGAGGAATAAAAGCATATTTGGAGTACGATCTATATCT
TATTGTTGGTTTAAAT