sp|F4JLS1|LDL3_ARATH ----> Lysine-specific histone demethylase 1 homolog 3

Intron 1 GTTTGTTTTT ... TATTTTACAG

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A8	15.77	187	34	36
A9	17.1	257	54	52
A10	16.05	204	32	46

>TRINITY_DN39532_c0_g1_i6 from sample A9 / Example spliced isoform

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TTGGATCTGCAAGCTGAAAATAATACAGGCCAGCCTCATGAATGATATCAACAGTAATGGTAGCAGTGAATTAGGTACTAAAGACACAGGTGGGGAGGTCTTCTTATCTCAGTTTCCATTGTCTGTGGATGCTCCCGAGTACAATGGTATGGAGTCTGTGACAAAAGAAGATGGTATGGGTTTGGATGGATCTGCTGAAA
TGGCTGAAAAGATTGCGACAGAGGATGGCGAAAATCTCATGGATGACAGTCAGGACAGAGAAGAAGGTGACCACTGGTTACCCAGGCCAGGAAGTGTGGATGACATACAAGTTAATCAGGATGCAGAAGACAACATTCCGTCTCCGCCCAATGCCAAAAGTACTGGGGATGGTATTCAGGATGACTCTGATGGGGAGGCG
ACTCTAGCTAAGTTCAAAAGACCTCGCCGATCTAAGAAGTCAGTGGTTAAGGATGCTTTAGAAGATGATATAGGAAATGAGGTGGAGATGCCCATAGAGAAGGATAAAAGCTTGTCAAAGTACAGAGCTGTTCAAGAATCGGATGGTGAAAATCTCATGGATGAGACTGAGGTTGACCCAGATGGAGAAGAAGGTGACCG
CTCATCACCCCAGTTCACAAGTATTGTGGATGGCATTCAAGTTATTCAGGATGATGAAGAAAGCATCCCATCTCCGCCTAAGCCCAAAAGTATCGGGGATGGTATGGCTGACCCTGATGGACAGGAAACTCGGGCCAAGTTCAAAAGGCTTCGCCGATATAAAAAGTCAATGGTTAAGGTTGCCTGGTAAAGTTCAAAAG
GCTTCGCCGATCTAAAAAGACAATGGTTAAGGTTTCTTTAGAAGATGATGTGGGAAATGAGATGGAGGTACCCATAGATAAGGATAAAGGCTTATTGAAGGACAAAACAGTTCGAGAATCTGATGGTGAAAATATCATGGATGACATTGAGGCAGATTCAGATGGAGAAGAAGGTGACCACTCATCACCCAAGTTTAGAA
ATACTGTGGATAGCACGCAAGCTATTCAGGATGCAGAAGAAAGCATCCCATCTCCACCCAAGGCCAAAAGTATCGGGGATGGTATGGCTGACGATGATGGAGAGGAAACTCCTGATGGACAGGAAACCCTGGTAAAGTTCAAAAGGCTTCGCCGATCTAAAAAGACAATGGTTAAGGTTTCTTTAGAAGATGATGTGGGA
AATGAGATGGAGGTACCCATAGACAAGGATAAAGGCTTATTGGAGGACAAAACAGTTCAAGAATCTGATGGTGAAAATCTCATGGATGACATTGAGGCAGACTTAGATGGAGAAGAAGGTGACCACTCATCACCCAAGTTTAGAAATACTGTGGATAGCACGCAAGCTATTCAGGATGCAGAAGAAAGCATCCCATCTCC
ACCCAAGGCCAAAAGTATTGGGTATGGTATGGCTGATTCCGATGGAGAGGAAACCCTAGCTAAGTTCAAAAGGCCTCGCCGATCTAAAAAGCCAGTGGCTAAGGTTGCTTTACAAGATGATGCAGCAACCGAGATGGAGGTACTCATAGATAAGAATAAAATCTTATCGAAGGACAAAGCTGTTCGAGAATCAGATGGTG
AAAATCTCATGGATAACATTCAGGCTGACCCAGATGGAAAACAAGGTGATTACTCATCACCCAAGTCCAGAATTGTAGTGGGCGGTATGCAAGTTATTCAGGATGCAGAAGAAAGCATTTGGTCTCTGCCCATCTCCACCCAAGGCCAAAAGTATCGGGGATGGTATGCAGGCTGACCCTGATGGACAGGAAACTCCAGG
TAAGTTTAAAAGGCTTCGCCGAACAAAAAAGGCAGTAGTTAAGGTTGCTTTACAAGATGATGTAGGAAGTGATATGAAGGTACCCATAGATAAGGATAAAAGCTTATTGAAGGACAAAGCTGTTCGAGAATCAGACGGTGAAAATCTCCTTGATGAAATTCAGCCTGATCCAGACGGAGAAGAAGGTGACCAGTCATCAC
GCAAGTCCAGACATTTTGTGGATAGTGTGCAAGTTCTCCAGGATGCAGAAAAAAGCATCCCATCTCTACCCAAGGAAATTTTTTTTGGGGATGGCATGCAGGATGACCCTGATGGAGAGGAAACTCTAGCTAAGTTCAAAAGGCCTCGCCGATCTAGAAAGGCAGCAGTTAAGGTTGGTTTACAAGATGTAGGAAACGAG
ATGGAGGTATCCGTAGATAAGGATAAAAGCTTATCGAAGGACAAAGCTGTTCGAGAATCGGATGGTGAAAATCTCATGGATAACACTCAGGTTGAACCAGATGGAGAAGAAGGTGACCACTCATTTCCCAAGTCCAGAACTGTAGTTGATGGTATACAAGATACTGACGATGTAGAAGAAAGCATCCAGTCTCTGCCCAA
GGCCGAAAGTATAGGGGATGGTATGCAGGATGACCCTGATGGTGAGGAAACTCTAGCTAAGTTCAGAAGGCCTCGCCGATCTAAGAAGGAAGTGGCTAAGGATGCTTTAGAAGATGTAGGAAATGAGGTGCTACCCATAGACAAGGATAAAATCTCATTGAAGGACAAAGCTATTCGAGAAACAGATGATATACCAGCCA
AGATCAAGAAGCCTCGCCGATTAAAAAAGCGCGAGGTCAAGGATGATGCTTTACAAGTGGATGTGACAAAAGCCACAGAGACATCTGGAGACAGTAATCAAAACTTGAAAGGCAACATTGCTGAAGATTCAGAGGATACTCTTACTCGTTTTAAAAAGAAAAAAAAGACTCCAAAATCTGCAAATGATTTGCCTAAAGTA
GCTTCAGCTTCAAGGCAGGCATCTGTCTCAGAGAATGATATGAAAGAAACTGCAAACACTGATCAGATTTCAAAGTGGCAGAAAACTGATGGTTCCTCACAAGGCTCACCTTCTGTTCCGACTGAGAAAACTCGTGCTAGTAAAGGTGTAAAGTCAGCAAAAGGATCATTGGAGTCCAATCCTGATGGAACAGAGAAAGT
TTCTGCAGCGAAAGCATCAGATATAAAAAAAGGTAAAAAGCAATCTGATTCACAGCGAGCTGTAAGGCATGTCAAGAAACGAAGACATGGCGATATGGCATACGAAGGAGACAGTGACTGGGATGTTTTAATGAATGGGGAAGAAGCCTTAGAAAATAAGAGCAGTGTTGAAAAAGAACGCCTGGGTAGAGGCAGGAACA
GGGCTGGACTTATCTCAAGTATGTTTTCACAAGTAGTTCCGGGTGAGGAAGCAGCTGTAGCTGCTGGATTAAAAGTTCGACAACCGGGACCAGCAGAAAAGATAAAATTCAGGGAAGTGTTAAAGCGCAGGGGAGGGCTTCAAGAATATTTGGAATGCAGGAATTCAATCTTGTGGCTTTGGGACAAAGATGTACGCCGT
ATCTTGCCTTTGTCAGACTGTGGAGTAAGTTCTATTCCGTTGCCAGATGAATCACCACGAGATGCTCTCATTCGTGATGTCTACAAATTTTTAGATTATCATGGGTATATAAACGTCGGTGTTGCAGTGAAAAAACCAAAAACAAAAGATGACTTTGAACCAAAGCTGAAGCTTTCAAAAGAAAGTATGCAGACAGAAAA
CTGTGGAGACAAAGTGGCTGATGCGGAAGAGGAGGTTGCTTTCATTCTTGGTCAGATTAAGGTTTCTGAGGAAAATCTTTCACCTGCACAGAATCAAATTCAGGTAGAAGGTGAAAACCAAATATCCTTGCTTGATGTGGAAGATGTGAAGAGAAACGAACTTGCAGAGAACTGTTCTGGTTTAACAGAATCAGATAAAA
AGGATTTTGAAGAATGTGGTATTGCTTTTATGGAAATAGATGTAACCCCAGTGGTTGCACCACACACAGCAGAGAATTCAACTGTGGAGGCTGCAAGAAGCTCTGTTGTGAAATCTGAGGTTGACATTGAATCTGCTGTGGCCCACAAAGATAATGAGGAGCTAGGAACAAGGGACACTTCTGGCTCTGGTGGGACTGAA
GATGTATTTTTAGGAAAGGATCATGGAGTAAAAATGGAAGTGGACCCACTGGTCAAAGTTCATTCTGCTTTGGAGCAGATTAAAAATTCTTATGGTGAGGATGAGTTTAGTGATATTGACAGTGCAAAAGTTTTGCATAATCTTCATAAACATGATTTGCAAGTAGACTTGCAAACTGATAATCAGGAAGCAAAGTTAAA
TGCAGTAACAGAGGCCAATGATGCAAATTCTGTTTTAGAAGGTCGGAAAAGGATAATTGTTATTGGTGGAGGTCCTGCTGGGCTAGCAGCTGCTAGGCATTTGCAACGGCTAAATTGTCATGTGACTGTTTTGGAAGCAAGAGATAGGGTAGGTGGAAGAGTTTATACAGATCGTTCAGCACTTTCAGTGCCAGTGGATC
TAGGTGCTAGCATTATTACTGGTGTTGAGGCAGATGTGGCAACAGAAAGAAGACCAGATCCATCTGCATTGCTTTGTACACAGCTTGGCCTGGAGTTGACAGTGCTAAATAGTGACTGCCCTCTGTATGATTCTGTGACTGGTCAGACAGTTCCATCCACCTTAGATGAGGCACTAGAAGCAGAATATAACAGCCTGCTC
GATGACATGGTGATGCTTGTTGCTCAGAATGGAGATGTAGCAATGCGCATGTCTCTGGAAGAAGGGTTAGAGTATGCTCTGAAAAAGCGACGGATTGCTCGATCAAGCTCTACTTGTTTGGAGTTGGCAAGTAGTAAAGCTCTTCTTAATGATCCTGACAGTGGAAGCACAATTCAAGATTCCTCAGTGGGAGCATTCGA
GTCACTGAGTGCAACAGTTGATTCTAGCTTAAAGACAGTTTCTGAAAATAATGTTTCAGTAGCTGCAGGTATGGAAAATGAGATTAACATGGAACCTCAACCTGATAAACTGAATTTATTGGACAATTCTAACATGGAACAACAGAGCCTCAGTCCACTTGAGCGACGAGTTATGGATTGGCATTTTGCTAATTTGGAGT
ATGGCTGTGCAGCAGAACTTAGTCGGGTTTCACTCCCTTACTGGAACCAGGATGATGCTTATGGAGGTTTTGGAGGAGCTCACTGTATGATTAAAGGAGGTTATAGCACTGTCATGGAGGCATTAGCTGAAGGTCTTAATATTCAGTTAGGTCACATTGTAACAGAGATTTCATACTCGAGGAACCCAAAGGGAGAGGTC
AAAGTTTGGACTGAGAATTGTCAGGAATTTGTTGGTGATGCAGTTCTGATAACTGTACCCCTTGGTTGCTTGAAAGCAAACACAATCAAGTTTTCACCAGAACTTCCGGATTGGAAATTATCCTCCATTCAACAACTTGGGTTTGGTGTCCTAAACAAGGTAATCATGGAATTTCCCAATGTTTTTTGGGATGAGAATGT
GGATTATTTTGGGGCAACTGCAGAGATCACGGAGTTACGAGGTCGGTGTTTTATGTTTTGGAATCTGAAGAAAACAGTTGGTGCCCCAGTTCTGATCGCTCTTGTTGTTGGAAAGGCTGCAATAGATGGCCAGAATTTAGAAACCTCTGATCATGTTAAACATGCAGTCATGATCCTCCGAAAGCTCTTCGGAGAAACTA
CTGTACCAGACCCCATTGCATCTGTTGCTACAAACTGGGGTGGTGACCCATTTAGTAGGGGTGCTTACTCTTATGTTGCAGTTGGTGCTTCTGGAGAGGACTATGATATTTTGGGCAGGCCTGTAGAAAACTGTCTATTCTTTGCTGGGGAGGCAACCTGTAAAGAGCATCCAGATACTGTTGGTGGTGCAATGATGAGT
GGTCTTCGAGAAGCTGTTCGAATTGTTGACATTCTGGAAAATAGAGAGGACTCCATGGCAGAGGCTGAGGCTATGGCTGCTGCACAAAGGCATTCTGATAGTGAAAGAAATGAAGTGAGGGACATGGTGAAGAGACTTGATGCAGGAGAGCTTTCCAGTGTTCTTTGCAAGGGATCTCTTGATGGGGAACAGAAGCCTTT
GAGCAAAGATGCTTTGCTTCAAGACATGCTTGGAAATGCAAAGACAACAGCTGGGCGTCTATTTTTAGCAAAGAAGATGCTGCAGCTACCTGCTGCTGCTGTGAAGGCTTTTGCTGGCACAAAAGAAGGGCTTAGCATTTTCAACAAATGGATCCTGGATTCCATGGGCAAAGATGGAACACAACTCTTGCGCCACTGTG
TACGGTTGTTATTAATCGTTTCAACTGATATGATTGCAGTACGGCAATCTGGAATTGGAAGATCAGTTAAGGAGAAAGTTTGTGTGCATACAAGCCGTGATATTCGTGCTGTAGCTAGTCAGCTGGTAAAAATGTGGATTGAAGTATTTCGAAAGGAGAAAGCAAATGGAGGTTTCAAACTCCTTAAGCAGCTGCATGGA
TCTGCTTCTAACCCCAGTTCATCAGATGCGGTAAAAGCAAAATCTAAAGACCAAGGCAGTGGGAAACCTTCTGCCACTGCAGCCAATGATGCGAAGGGAAATACAGATCAGTCCCCCTCTACTCCAATCAACAAGAATGCGGCATTGCACTCTGTACATATGGAAGATGGAAGTGAGCTAAAAAAGGAAGCAAATTCTGT
GGGGGCACAAACCTTGGATCAAGGGCAACCCAAAAAGTCCGAGGATTGTGCCCTCTCTGAATTAGAAGCTGCAGCTATTGCTGCCGAAGAAGCAGCTCGAGCTGCTGCTGCAGCTGCTGCAGAGGCATATGCAACATCAGAAGCAGAATGCAGTACCTTCCGTGAACTTCCTAAGATACCATCGTTTCATAAATTTGCCA
GGCGTGAACAATATGTACAAAAGGAGGATTCCGATGTCAGAAAGAGGAAATGGTCTGGTGCAGTGCTTGGGAAGCAGGATTGTTCTTCTGAAATAGATTCTAGAAGCTGTAGAGTTAGGAATTGGTCAGTAGATTTTGCTGCTACTTGTGGTAATTTAGATAGTTCTAGATTAGCAGGTCCAGATTTTGGAATTGGAAAT
ATTTTGCCCACAACTGATTCAAACAAGAAACAGAGAAGCCACTCCAATGATGTTGATAGTCATTCCGACCTTAAGGAGCGGTCGGCAGAAACAGGGGCAGTTGACAGTAAATCGACAAAAAGTAGAGTTCAGAATTCTGGCGGCATTACTGGAGTAAAGATCCCTGACAGTAGAGCTAAACAACCTTATTCATTGGGATC
ACATTCAGAAGTTTTTGATCAAAGTATTCAGAAATTGAATGAGAAATGTTCTAGTAAGATTGAGCAAATATGTATTGGGAAGGCAAGACGTGGTAATGATGATAAAGGGGTTGCTGAAGCCGGAGCAAACAGAGGATCACCTGGTACTAGAAATGGCCATAAAGATGAAGCCAGAGGGGCAGACCATATAAAAAAGGGTA
TCTCAGATTATGTAGCATCATTGCTCATGCCATTGTACAAGACCAAGAAAATTGACAAAGATGGGTACAAATCTATCATGAAAAAGAGTACCATCAAGGTGATGGAACATAACACACCAGCAGAGAATGCCATGACTGTTTCTGAGTTCCTTGATTGCAAACGCAGAAATAAGATTCGTTCCTTGGTGGACAAGTTCATA
GAGAAACATTTGGCAAGTACTCAACTATGAGTGGCATATGTGATCTGCAGACTAGACATATTTGTTCTGCAAGCTGGTGTGCATCCACTTTTTTCCAGATCACTATGTTGTTTTGAGGTGCTGCGAATTCATTACCTTTAATACTATAATGCCAATTTATTGGTGTGCTTCTGTAACTCATTCTCATGGAACGTGAGCAG
TTCTTTATTTGTTAAAGGTTTGAGCAAATACGAGAAAATAAAGGTAAATGATGGCTCTATATTGAAGATTGTCTTGTCATTTCTGTAAAGGGTACTTGGCTAATTTCACAGCTGCCTTGGCTAATTTCACAGCCGGCCTGTGGTGAATACAAAGGTGCTGCAGCTCATGATTTTAGGGATTCTTCTCTGTGAATTTTCAA
GGGAACAACAATTTTCCTTCATTTGGTTTGCCTTTGTTTCTTTTCCTTGCCATACATTTTTAGAATGTAAATTACAGTTTTGACCTTGGAAATCTTGATTTAATGCGAAATGCATTCACAAGGTACGAAAATATGAACATATGAATAGAACCAAAGAATCAGAGTATCAATAATTCAGTGATACTGGATGGTTAGAATTT
ATTAATATTTCCGGTTCCCAACAAATAGTGGAGAGCTAATGACACATTGACAGGCATCGCTGCCTTCTTAAAGTGCCTAGCAAAATCCCAAAGGCAGCCAATTATTTTCCGACTGCTTTGTGTATAATAGAAAAAGCAATAAAATGCAATGAAATTTGGTGGCTGCTATCGAACCTTTTGTAGAGAGATATGAAAGATGG
TTGCTTGGTGATTCGGAAGAGAACAAGGTCGAGGACGAGGTGGCATATGCATATTTTTTGAGGGTTTTGTCAGTTTTTCTTTGGAAGTGGTTTCTATATTTGAAGGTCAGAGTTGCTCAATTTGTTATAATATTTGCATCATTATGTTGCAAAAATTGAACTGTATATAGAGACAAAACTGTAGTTCCAAGTTTTTTCAC
GTACTGCATGTATATTTGTGATTTTTAATTCAATGGCCTTGTGCCATTCTACATCAGGGTAGATTCTATACAGCATAAAATGCTTATTGTCAGATTCTATGCTGTGCAAAAATGTATCACTTCAGTTTAGAGGGTGCAATTTATTTGATAAAGATTGAACTCTTTGGCTCATCTCAGGGTTTTCTCTTAACAGAGGGAAG
CACGAGGCAGGAACCCATTGTGGCCAGAGTCTCTTTTTCCTGTTCTTAGCTAGTTGAGCAGTTCTGTAAATCTGTGTGAGACGAGTTCTTGGATGTACTGGGAAAGTTCTGTATTGGTGAACAATGGCTGTTGGATATCTGATCACTTGTAACAGATATTCAGTTGTAGGATTGAGATAAAGAGAGTGGCGTGCAATGTT
ATACTCTTGGGGTTGCATCATGGAAGTATAATGTAACTTGTGTATACAGAAATGATTGTGGGGAGGTAGCACATGTAATTAAAAAACTAAATTCTGAGAACATAACACAACACCTTTACAAATCCACTGGACATGCAAATGTTTTTATTAAATTCGGTTGTCCATCGGAAAATGTTTTCTATTCCAATTTAATGTATGAG
AG

>TRINITY_DN39532_c0_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CTTCAAACCCTTTCCCTGTTTTCCCCAAGTCTCGAATCCATTGATAATGCATGGTTTTAACCCATTTCGATCTTCTAAGCTCTCCGTACCGCTAAGGATTCTTCTATTTCTGATCAAAATGCTCGACAGCCGGAAAAATTTGAGCTGATAATCGTATTTTCCTGCCACGAAAGCCTTTCCAGGGTCACATTTGAAGGTTT
TTGGATCTGCAAGCTGAAAATAATACAGGCCAGCCTCATGAATGATATCAACAGTAATGGTAGCAGTGAATTAGGTACTAAAGACACAGGTGGGGAGGTCTTCTTATCTCAGTTTCCATTGTCTGTGGATGCTCCCGAGTACAATGGTATGGAGTCTGTGACAAAAGAAGATGGTATGGGTTTGGATGGATCTGCTGAAA
TGGCTGAAAAGATTGCGACAGAGGATGGCGAAAATCTCATGGATGACAGTCAGGACAGAGAAGAAGGTGACCACTGGTTACCCAGGCCAGGAAGTGTGGATGACATACAAGTTAATCAGGATGCAGAAGACAACATTCCGTCTCCGCCCAATGCCAAAAGTACTGGGGATGGTATTCAGGATGACTCTGATGGGGAGGCG
ACTCTAGCTAAGTTCAAAAGACCTCGCCGATCTAAGAAGTCAGTGGTTAAGGATGCTTTAGAAGATGATATAGGAAATGAGGTGGAGATGCCCATAGAGAAGGATAAAAGCTTGTCAAAGTACAGAGCTGTTCAAGAATCGGATGGTGAAAATCTCATGGATGAGACTGAGGTTGACCCAGATGGAGAAGAAGGTGACCG
CTCATCACCCCAGTTCACAAGTATTGTGGATGGCATTCAAGTTATTCAGGATGATGAAGAAAGCATCCCATCTCCGCCTAAGCCCAAAAGTATCGGGGATGGTATGGCTGACCCTGATGGACAGGAAACTCGGGCCAAGTTCAAAAGGCTTCGCCGATATAAAAAGTCAATGGTTAAGGTTGCCTGGTAAAGTTCAAAAG
GCTTCGCCGATCTAAAAAGACAATGGTTAAGGTTTCTTTAGAAGATGATGTGGGAAATGAGATGGAGGTACCCATAGATAAGGATAAAGGCTTATTGAAGGACAAAACAGTTCGAGAATCTGATGGTGAAAATATCATGGATGACATTGAGGCAGATTCAGATGGAGAAGAAGGTGACCACTCATCACCCAAGTTTAGAA
ATACTGTGGATAGCACGCAAGCTATTCAGGATGCAGAAGAAAGCATCCCATCTCCACCCAAGGCCAAAAGTATCGGGGATGGTATGGCTGACGATGATGGAGAGGAAACTCCTGATGGACAGGAAACCCTGGTAAAGTTCAAAAGGCTTCGCCGATCTAAAAAGACAATGGTTAAGGTTTCTTTAGAAGATGATGTGGGA
AATGAGATGGAGGTACCCATAGACAAGGATAAAGGCTTATTGGAGGACAAAACAGTTCAAGAATCTGATGGTGAAAATCTCATGGATGACATTGAGGCAGACTTAGATGGAGAAGAAGGTGACCACTCATCACCCAAGTTTAGAAATACTGTGGATAGCACGCAAGCTATTCAGGATGCAGAAGAAAGCATCCCATCTCC
ACCCAAGGCCAAAAGTATTGGGTATGGTATGGCTGATTCCGATGGAGAGGAAACCCTAGCTAAGTTCAAAAGGCCTCGCCGATCTAAAAAGCCAGTGGCTAAGGTTGCTTTACAAGATGATGCAGCAACCGAGATGGAGGTACTCATAGATAAGAATAAAATCTTATCGAAGGACAAAGCTGTTCGAGAATCAGATGGTG
AAAATCTCATGGATAACATTCAGGCTGACCCAGATGGAAAACAAGGTGATTACTCATCACCCAAGTCCAGAATTGTAGTGGGCGGTATGCAAGTTATTCAGGATGCAGAAGAAAGCATTTGGTCTCTGCCCATCTCCACCCAAGGCCAAAAGTATCGGGGATGGTATGCAGGCTGACCCTGATGGACAGGAAACTCCAGG
TAAGTTTAAAAGGCTTCGCCGAACAAAAAAGGCAGTAGTTAAGGTTGCTTTACAAGATGATGTAGGAAGTGATATGAAGGTACCCATAGATAAGGATAAAAGCTTATTGAAGGACAAAGCTGTTCGAGAATCAGACGGTGAAAATCTCCTTGATGAAATTCAGCCTGATCCAGACGGAGAAGAAGGTGACCAGTCATCAC
GCAAGTCCAGACATTTTGTGGATAGTGTGCAAGTTCTCCAGGATGCAGAAAAAAGCATCCCATCTCTACCCAAGGAAATTTTTTTTGGGGATGGCATGCAGGATGACCCTGATGGAGAGGAAACTCTAGCTAAGTTCAAAAGGCCTCGCCGATCTAGAAAGGCAGCAGTTAAGGTTGGTTTACAAGATGTAGGAAACGAG
ATGGAGGTATCCGTAGATAAGGATAAAAGCTTATCGAAGGACAAAGCTGTTCGAGAATCGGATGGTGAAAATCTCATGGATAACACTCAGGTTGAACCAGATGGAGAAGAAGGTGACCACTCATTTCCCAAGTCCAGAACTGTAGTTGATGGTATACAAGATACTGACGATGTAGAAGAAAGCATCCAGTCTCTGCCCAA
GGCCGAAAGTATAGGGGATGGTATGCAGGATGACCCTGATGGTGAGGAAACTCTAGCTAAGTTCAGAAGGCCTCGCCGATCTAAGAAGGAAGTGGCTAAGGATGCTTTAGAAGATGTAGGAAATGAGGTGCTACCCATAGACAAGGATAAAATCTCATTGAAGGACAAAGCTATTCGAGAAACAGATGATATACCAGCCA
AGATCAAGAAGCCTCGCCGATTAAAAAAGCGCGAGGTCAAGGATGATGCTTTACAAGTGGATGTGACAAAAGCCACAGAGACATCTGGAGACAGTAATCAAAACTTGAAAGGCAACATTGCTGAAGATTCAGAGGATACTCTTACTCGTTTTAAAAAGAAAAAAAAGACTCCAAAATCTGCAAATGATTTGCCTAAAGTA
GCTTCAGCTTCAAGGCAGGCATCTGTCTCAGAGAATGATATGAAAGAAACTGCAAACACTGATCAGATTTCAAAGTGGCAGAAAACTGATGGTTCCTCACAAGGCTCACCTTCTGTTCCGACTGAGAAAACTCGTGCTAGTAAAGGTGTAAAGTCAGCAAAAGGATCATTGGAGTCCAATCCTGATGGAACAGAGAAAGT
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GGGCTGGACTTATCTCAAGTATGTTTTCACAAGTAGTTCCGGGTGAGGAAGCAGCTGTAGCTGCTGGATTAAAAGTTCGACAACCGGGACCAGCAGAAAAGATAAAATTCAGGGAAGTGTTAAAGCGCAGGGGAGGGCTTCAAGAATATTTGGAATGCAGGAATTCAATCTTGTGGCTTTGGGACAAAGATGTACGCCGT
ATCTTGCCTTTGTCAGACTGTGGAGTAAGTTCTATTCCGTTGCCAGATGAATCACCACGAGATGCTCTCATTCGTGATGTCTACAAATTTTTAGATTATCATGGGTATATAAACGTCGGTGTTGCAGTGAAAAAACCAAAAACAAAAGATGACTTTGAACCAAAGCTGAAGCTTTCAAAAGAAAGTATGCAGACAGAAAA
CTGTGGAGACAAAGTGGCTGATGCGGAAGAGGAGGTTGCTTTCATTCTTGGTCAGATTAAGGTTTCTGAGGAAAATCTTTCACCTGCACAGAATCAAATTCAGGTAGAAGGTGAAAACCAAATATCCTTGCTTGATGTGGAAGATGTGAAGAGAAACGAACTTGCAGAGAACTGTTCTGGTTTAACAGAATCAGATAAAA
AGGATTTTGAAGAATGTGGTATTGCTTTTATGGAAATAGATGTAACCCCAGTGGTTGCACCACACACAGCAGAGAATTCAACTGTGGAGGCTGCAAGAAGCTCTGTTGTGAAATCTGAGGTTGACATTGAATCTGCTGTGGCCCACAAAGATAATGAGGAGCTAGGAACAAGGGACACTTCTGGCTCTGGTGGGACTGAA
GATGTATTTTTAGGAAAGGATCATGGAGTAAAAATGGAAGTGGACCCACTGGTCAAAGTTCATTCTGCTTTGGAGCAGATTAAAAATTCTTATGGTGAGGATGAGTTTAGTGATATTGACAGTGCAAAAGTTTTGCATAATCTTCATAAACATGATTTGCAAGTAGACTTGCAAACTGATAATCAGGAAGCAAAGTTAAA
TGCAGTAACAGAGGCCAATGATGCAAATTCTGTTTTAGAAGGTCGGAAAAGGATAATTGTTATTGGTGGAGGTCCTGCTGGGCTAGCAGCTGCTAGGCATTTGCAACGGCTAAATTGTCATGTGACTGTTTTGGAAGCAAGAGATAGGGTAGGTGGAAGAGTTTATACAGATCGTTCAGCACTTTCAGTGCCAGTGGATC
TAGGTGCTAGCATTATTACTGGTGTTGAGGCAGATGTGGCAACAGAAAGAAGACCAGATCCATCTGCATTGCTTTGTACACAGCTTGGCCTGGAGTTGACAGTGCTAAATAGTGACTGCCCTCTGTATGATTCTGTGACTGGTCAGACAGTTCCATCCACCTTAGATGAGGCACTAGAAGCAGAATATAACAGCCTGCTC
GATGACATGGTGATGCTTGTTGCTCAGAATGGAGATGTAGCAATGCGCATGTCTCTGGAAGAAGGGTTAGAGTATGCTCTGAAAAAGCGACGGATTGCTCGATCAAGCTCTACTTGTTTGGAGTTGGCAAGTAGTAAAGCTCTTCTTAATGATCCTGACAGTGGAAGCACAATTCAAGATTCCTCAGTGGGAGCATTCGA
GTCACTGAGTGCAACAGTTGATTCTAGCTTAAAGACAGTTTCTGAAAATAATGTTTCAGTAGCTGCAGGTATGGAAAATGAGATTAACATGGAACCTCAACCTGATAAACTGAATTTATTGGACAATTCTAACATGGAACAACAGAGCCTCAGTCCACTTGAGCGACGAGTTATGGATTGGCATTTTGCTAATTTGGAGT
ATGGCTGTGCAGCAGAACTTAGTCGGGTTTCACTCCCTTACTGGAACCAGGATGATGCTTATGGAGGTTTTGGAGGAGCTCACTGTATGATTAAAGGAGGTTATAGCACTGTCATGGAGGCATTAGCTGAAGGTCTTAATATTCAGTTAGGTCACATTGTAACAGAGATTTCATACTCGAGGAACCCAAAGGGAGAGGTC
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GGATTATTTTGGGGCAACTGCAGAGATCACGGAGTTACGAGGTCGGTGTTTTATGTTTTGGAATCTGAAGAAAACAGTTGGTGCCCCAGTTCTGATCGCTCTTGTTGTTGGAAAGGCTGCAATAGATGGCCAGAATTTAGAAACCTCTGATCATGTTAAACATGCAGTCATGATCCTCCGAAAGCTCTTCGGAGAAACTA
CTGTACCAGACCCCATTGCATCTGTTGCTACAAACTGGGGTGGTGACCCATTTAGTAGGGGTGCTTACTCTTATGTTGCAGTTGGTGCTTCTGGAGAGGACTATGATATTTTGGGCAGGCCTGTAGAAAACTGTCTATTCTTTGCTGGGGAGGCAACCTGTAAAGAGCATCCAGATACTGTTGGTGGTGCAATGATGAGT
GGTCTTCGAGAAGCTGTTCGAATTGTTGACATTCTGGAAAATAGAGAGGACTCCATGGCAGAGGCTGAGGCTATGGCTGCTGCACAAAGGCATTCTGATAGTGAAAGAAATGAAGTGAGGGACATGGTGAAGAGACTTGATGCAGGAGAGCTTTCCAGTGTTCTTTGCAAGGGATCTCTTGATGGGGAACAGAAGCCTTT
GAGCAAAGATGCTTTGCTTCAAGACATGCTTGGAAATGCAAAGACAACAGCTGGGCGTCTATTTTTAGCAAAGAAGATGCTGCAGCTACCTGCTGCTGCTGTGAAGGCTTTTGCTGGCACAAAAGAAGGGCTTAGCATTTTCAACAAATGGATCCTGGATTCCATGGGCAAAGATGGAACACAACTCTTGCGCCACTGTG
TACGGTTGTTATTAATCGTTTCAACTGATATGATTGCAGTACGGCAATCTGGAATTGGAAGATCAGTTAAGGAGAAAGTTTGTGTGCATACAAGCCGTGATATTCGTGCTGTAGCTAGTCAGCTGGTAAAAATGTGGATTGAAGTATTTCGAAAGGAGAAAGCAAATGGAGGTTTCAAACTCCTTAAGCAGCTGCATGGA
TCTGCTTCTAACCCCAGTTCATCAGATGCGGTAAAAGCAAAATCTAAAGACCAAGGCAGTGGGAAACCTTCTGCCACTGCAGCCAATGATGCGAAGGGAAATACAGATCAGTCCCCCTCTACTCCAATCAACAAGAATGCGGCATTGCACTCTGTACATATGGAAGATGGAAGTGAGCTAAAAAAGGAAGCAAATTCTGT
GGGGGCACAAACCTTGGATCAAGGGCAACCCAAAAAGTCCGAGGATTGTGCCCTCTCTGAATTAGAAGCTGCAGCTATTGCTGCCGAAGAAGCAGCTCGAGCTGCTGCTGCAGCTGCTGCAGAGgtttgtttttctggtctgttctcttgtacatggggagttttacatttacctccccaggaatgctttttatttttat
ttttcgagagggaattttatacactgctttataattaatatccagtcagtttccactggagtactgtattgtatttataaaattatatatattttacagGCATATGCAACATCAGAAGCAGAATGCAGTACCTTCCGTGAACTTCCTAAGATACCATCGTTTCATAAATTTGCCAGGCGTGAACAATATGTACAAAAGGA
GGATTCCGATGTCAGAAAGAGGAAATGGTCTGGTGCAGTGCTTGGGAAGCAGGATTGTTCTTCTGAAATAGATTCTAGAAGCTGTAGAGTTAGGAATTGGTCAGTAGATTTTGCTGCTACTTGTGGTAATTTAGATAGTTCTAGATTAGCAGGTCCAGATTTTGGAATTGGAAATATTTTGCCCACAACTGATTCAAACA
AGAAACAGAGAAGCCACTCCAATGATGTTGATAGTCATTCCGACCTTAAGGAGCGGTCGGCAGAAACAGGGGCAGTTGACAGTAAATCGACAAAAAGTAGAGTTCAGAATTCTGGCGGCATTACTGGAGTAAAGATCCCTGACAGTAGAGCTAAACAACCTTATTCATTGGGATCACATTCAGAAGTTTTTGATCAAAGT
ATTCAGAAATTGAATGAGAAATGTTCTAGTAAGATTGAGCAAATATGTATTGGGAAGGCAAGACGTGGTAATGATGATAAAGGGGTTGCTGAAGCCGGAGCAAACAGAGGATCACCTGGTACTAGAAATGGCCATAAAGATGAAGCCAGAGGGGCAGACCATATAAAAAAGGGTATCTCAGATTATGTAGCATCATTGCT
CATGCCATTGTACAAGACCAAGAAAATTGACAAAGATGGGTACAAATCTATCATGAAAAAGAGTACCATCAAGGTGATGGAACATAACACACCAGCAGAGAATGCCATGACTGTTTCTGAGTTCCTTGATTGCAAACGCAGAAATAAGATTCGTTCCTTGGTGGACAAGTTCATAGAGAAACATTTGGCAAGTACTCAAC
TATGAGTGGCATATGTGATCTGCAGACTAGACATATTTGTTCTGCAAGCTGGTGTGCATCCACTTTTTTCCAGATCACTATGTTGTTTTGAGGTGCTGCGAATTCATTACCTTTAATACTATAATGCCAATTTATTGGTGTGCTTCTGTAACTCATTCTCATGGAACGTGAGCAGTTCTTTATTTGTTAAAGGTTTGAGC
AAATACGAGAAAATAAAGGTAAATGATGGCTCTATATTGAAGATTGTCTTGTCATTTCTGTAAAGGGTACTTGGCTAATTTCACAGCTGCCTTGGCTAATTTCACAGCCGGCCTGTGGTGAATACAAAGGTGCTGCAGCTCATGATTTTAGGGATTCTTCTCTGTGAATTTTCAAGGGAACAACAATTTTCCTTCATTTG
GTTTGCCTTTGTTTCTTTTCCTTGCCATACATTTTTAGAATGTAAATTACAGTTTTGACCTTGGAAATCTTGATTTAATGCGAAATGCATTCACAAGGTACGAAAATATGAACATATGAATAGAACCAAAGAATCAGAGTATCAATAATTCAGTGATACTGGATGGTTAGAATTTATTAATATTTCCGGTTCCCAACAAA
TAGTGGAGAGCTAATGACACATTGACAGGCATCGCTGCCTTCTTAAAGTGCCTAGCAAAATCCCAAAGGCAGCCAATTATTTTCCGACTGCTTTGTGTATAATAGAAAAAGCAATAAAATGCAATGAAATTTGGTGGCTGCTATCGAACCTTTTGTAGAGAGATATGAAAGATGGTTGCTTGGTGATTCGGAAGAGAACA
AGGTCGAGGACGAGGTGGCATATGCATATTTTTTGAGGGTTTTGTCAGTTTTTCTTTGGAAGTGGTTTCTATATTTGAAGGTCAGAGTTGCTCAATTTGTTATAATATTTGCATCATTATGTTGCAAAAATTGAACTGTATATAGAGACAAAACTGTAGTTCCAAGTTTTTTCACGTACTGCATGTATATTTGTGATTTT
TAATTCAATGGCCTTGTGCCATTCTACATCAGGGTAGATTCTATACAGCATAAAATGCTTATTGTCAGATTCTATGCTGTGCAAAAATGTATCACTTCAGTTTAGAGGGTGCAATTTATTTGATAAAGATTGAACTCTTTGGCTCATCTCAGGGTTTTCTCTTAACAGAGGGAAGCACGAGGCAGGAACCCATTGTGGCC
AGAGTCTCTTTTTCCTGTTCTTAGCTAGTTGAGCAGTTCTGTAAATCTGTGTGAGACGAGTTCTTGGATGTACTGGGAAAGTTCTGTATTGGTGAACAATGGCTGTTGGATATCTGATCACTTGTAACAGATATTCAGTTGTAGGATTGAGATAAAGAGAGTGGCGTGCAATGTTATACTCTTGGGGTTGCATCATGGAA
GTATAATGTAACTTGTGTATACAGAAATGATTGTGGGGAGGTAGCACATGTAATTAAAAAACTAAATTCTGAGAACATAACACAACACCTTTACAAATCCACTGGACATGCAAATGTTTTTATTAAATTCGGTTGTCCATCGGAAAATGTTTTCTATTCCAATTTAATGTATGAGAG

Intron 2 GTGGGATAAT ... TCCTGATCAG

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>TRINITY_DN108992_c0_g2_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

TATGGTGAGGATGAGTTTAGTGACATTGATAGTGCAAAATTTTTGCATAATCTTCATAAACATGATTTGCAAGTAGACTTGCAAACTGATAATCAGGAAGCAAAGTTAAATGCAGTAACAAAGGCCAATGATGCAAATTATGTTTTAGAAGGTCGGAAAAGAATAATTGTTATTGCTGTAGGTCCTGCTGGGCTAGCAGC
TGCTAGGCATTTGCAACGGCTAAATTGTCATGTGACTGTTTTGGAAGCAAGAGATAGGGTAGGTGGAAGAGTTTATACAGATCGTTCAGCACTTTCAGTGCCAGTGGATCTAGGTGCTAGCATTATTACTGGTGTTGAGGCAGATGTGGCAACAGAAAGAAGACCAGATCCATCTGCATTGCTTTGTACACAGCTTGGCC
TGGAGTTGACAGTGCTAAATAGTGACTGCCCTCTGTATGATTCTGTGACTGGTCAGACAGTTCCATCCACCTTAGATGAGGCACTAGAAGCAGAATATAACAGCCTGCTCGATGACATGGTGATGCTTGTTGCTCAGAATGGAGATGTAGCAATGCGCATGTCTCTGGAAGAAGGGTTAGAGTATGCTCTGAAAAAGCGA
CGGATTGCTCGATCAAGCTCTACTTGTTTGGAGTTGGCAAGTAGTAAAGCTCTTCTTAATGATCCTGACAGTGGAAGCACAATTCAAGATTCCTCAGTGGGAGCATTCGAGTCACTGAGTGCAACAGTTGATTCTAGCTTAAAGACAGTTTCTGAAAATAATGTTTCAGTAGCTGCAGGTATGGAAAATGAGATTAACAT
GGAACCTCAACCTGATAAACTGAATTTATTGGACAATTCTAACATGGAACAACAGAGCCTCAGTCCACTTGAGCGACGAGTTATGGATTGGCATTTTGCTAATTTGGAGTATGGCTGTGCAGCAGAACTTAGTCGGGTTTCACTCCCTTACTGGAACCAGGATGATGCTTATGGAGGTTTTGGAGGAGCTCACTGTATGA
TTAAAGGAGGTTATAGCACTGTCATGGAGGCATTAGCTGAAGGTCTTAATATTCAGTTAGGTCACATTGTAACAGAGATTTCATACTCGAGGAACCCAAAGGGAGAGGTCAAAGTTTGGACTGAGAATTGTCAGGAATTTGTTGGTGATGCAGTTCTGATAACTGTACCCCTTGGTTGCTTGAAAGCAAACACAATCAAG
TTTTCACCAGAACTTCCGGATTGGAAATTATCCTCCATTCAACAACTTGGGTTTGGTGTCCTAAACAAGGTAATCATGGAATTTCCCAATGTTTTTTGGGATGAGAATGTGGATTATTTTGGGGCAACTGCAGAGATCACGGAGTTACGAGGTCGGTGTTTTATGTTTTGGAATCTGAAGAAAACAGTTGGTGCCCCAGT
TCTGATCGCTCTTGTTGTTGGAAAGGCTGCAATAGATGGCCAGAATTTAGAAACCTCTGATCATGTTAAACATGCAGTCATGATCCTCCGAAAGCTCTTCGGAGAAACTACTGTACCAGACCCCATTGCATCTGTTGCTACAAACTGGGGTGGTGACCCATTTAGTAGGGGTGCTTACTCTTATGTTGCAGTTGGTGCTT
CTGGAGAGGACTATGATATTTTGGGCAGGCCTGTAGAAAACTGTCTATTCTTTGCTGGGGAGGCAACCTGTAAAGAGCATCCAGATACTGTTGGTGGTGCAATGATGAGTGGTCTTCGAGAAGCTGTTCGAATTGTTGACATTCTGGAAAATAGAGAGGACTCCATGGCAGAGGCTGAGGCTATGGCTGCTGCACAAAGG
CATTCTGATAGTGAAAGAAATGAAGTGAGGGACATGGTGAAGAGACTTGATGCAGGAGAGCTTTCCAGTGTTCTTTGCAAGGGATCTCTTGATGGGGAACAGAAGCCTTTGAGCAAAGATGCTTTGCTTCAAGACATGCTTGGAAATGCAAAGACAACAGCTGGGCGTCTATTTTTAGCAAAGAAGATGCTGCAGCTACC
TGCTGCTGCTGTGAAGGCTTTTGCTGGCACAAAAGAAGGGCTTAGCATTTTCAACAAATGGATCCTGGATTCCATGGGCAAAGATGGAACACAACTCTTGCGCCACTGTGTACGGTTGTTATTAATCGTTTCAACTGATATGATTGCAGTACGGCAATCTGGAATTGGAAGATCAGTTAAGGAGAAAGTTTGTGTGCATA
CAAGCCGTGATATTCGTGCTGTAGCTAGTCAGCTGGTAAAAATGTGGATTGAAGTATTTCGAAAGGAGAAAGCAAATGGAGGTTTCAAACTCCTTAAGCAGCTGCATGGATCTGCTTCTAACCCCAGTTCATCAGATGCGGTAAAAGCAAAATCTAAAGACCAAGGCAGTGGGAAACCTTCTGCCACTGCAGCCAATGAT
GCGAAGGGAAATACAGATCAGTCCCCCTCTACTCCAATCAACAAGAATGCGGCATTGCACTCTGTACATATGGAAGATGGAAGTGAGCTAAAAAAGGAAGCAAATTCTGTGGGGGCACAAACCTTGGATCAAGGGCAACCCAAAAAGTCCGAGGATTGTGCCCTCTCTGAATTAGAAGCTGCAGCTATTGCTGCCGAAGA
AGCAGCTCGAGCTGCTGCTGCAGCTGCTGCAGAGGCATATGCAACATCAGAAGCAGAATGCAGTACCTTCCGTGAACTTCCTAAGATACCATCGTTTCATAAATTTGCCAGGCGTGAACAATATGTACAAAAGGAGGATTCCGATGTCAGAAAGAGGAAATGGTCTGGTGCAGTGCTTGGGAAGCAGGATTGTTCTTCTG
AAATAGATTCTAGAAGCTGTAGAGTTAGGAATTGGTCAGTAGATTTTGCTGCTACTTGTGGTAATTTAGATAGTTCTAGATTAGCAGGTCCAGATTTTGGAATTGGAAATATTTTGCCCACAACTGATTCAAACAAGAAACAGAGAAGCCACTCCAATGATGTTGATAGTCATTCCGACCTTAAGGAGCGGTCGGCAGAA
ACAGGGGCAGTTGACAGTAAATCGACAAAAAGTAGAGTTCAGAATTCTGGCGGCATTACTGGAGTAAAGATCCCTGACAGTAGAGCTAAACAACCTTATTCATTGGGATCACATTCAGAAGTTTTTGATCAAAGTATTCAGAAATTGAATGAGAAATGTTCTAGTAAGATTGAGCAAATATGTATTGGGAAGGCAAGACG
TGGTAATGATGATAAAGGGGTTGCTGAAGCCGGAGCAAACAGAGGATCACCTGGTACTAGAAATGGCCATAAAGATGAAGCCAGAGGGGCAGACCATATAAAAAAGGGTATCTCAGATTATGTAGCATCATTGCTCATGCCATTGTACAAGACCAAGAAAATTGACAAAGATGGGTACAAATCTATCATGAAAAAGAGTA
CCATCAAGGTGATGGAACATAACACACCAGCAGAGAATGCCATGACTGTTTCTGAGTTCCTTGATTGCAAACGCAGAAATAAGATTCGTTCCTTGGTGGACAAGTTCATAGAGAAACATTTGGCAAGTACTCAACTATGAGTGGCATATGTGATCTGCAGACTAGACATATTTGTTCTGCAAGCTGGTGTGCATCCACTT
TTTTCCAGATCACTATGTTGTTTTGAGGTGCTGCGAATTCATTACCTTTAATACTATAATGCCAATTTATTGGTGTGCTTCTGTAACTCATTCTCATGGAACGTGAGCAGTTCTTTATTTGTTAAAGGTTTGAGCAAATACGAGAAAATAAAGGTAAATGATGGCTCTATATTGAAGATTGTCTTGTCATTTCTGTAAAG
GGTACTTGGCTAATTTCACAGCTGCCTTGGCTAATTTCACAGCCGGCCTGTGGTGAATACAAAGGTGCTGCAGCTCATGATTTTAGGGATTCTTCTCTGTGAATTTTCAAGGGAACAACAATTTTCCTTCATTTGGTTTGCCTTTGTTTCTTTTCCTTGCCATACATTTTTAGAATGTAAATTACAGTTTTGACCTTGGA
AATCTTGATTTAATGCGAAATGCATTCACAAGGTACGAAAATATGAACATATGAATAGAACCAAAGAATCAGAGTATCAATAATTCAGTGATACTGGATGGTTAGAATTTATTAATATTTCCGGTTCCCAACAAATAGTGGAGAGCTAATGACACATTGACAGGCATCGCTGCCTTCTTAAAGTGCCTAGCAAAATCCCA
AAGGCAGCCAATTATTTTCCGACTGCTTTGTGTATAATAGAAAAAGCAATAAAATGCAATGAAATTTGGTGGCTGCTATCGAACCTTTTGTAGAGAGATATGAAAGATGGTTGCTTGGTGATTCGGAAGAGAACAAGGTCGAGGACGAGGTGGCATATGCATATTTTTTGAGGGTTTTGTCAGTTTTTCTTTGGAAGTGG
TTTCTATATTTGAAGGGTTTTCTCTTAACAGAGGGAAGCACGAGGCAGGAACCCATTGTGGCCAGAGTCTCTTTTTCCTGTTCTTAGCTAGTTGAGCAGTTCTGTAAATCTGTGTGAGACGAGTTCTTGGATGTACTGGGAAAGTTCTGTATTGGTGAACAATGGCTGTTGGATATCTGATCACTTGTAACAGATATTCA
GTTGTAGGATTGAGATAAAGAGAGTGGCGTGCAATGTTATACTCTTGGGGTTGCATCATGGAAGTATAATGTAACTTGTGTATACAGAAATGATTGTGGGGAGGTAGCACATGTAATTAAAAAACTAAATTCTGAGAACATAACACAACACCTTTACAAATCCACTGGACATGCAAATGTTTTTATTAAATTCGGTTGTC
CATCGGAAAATGTTTTCTATTCCAATTTAATGTATGAGAGTTTAAATTAAATAAATAATAAAAAATGG

>TRINITY_DN108992_c0_g2_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TGAAAAAGAGTACCATCAAGgtgggataatattcacattttatttgcacatgttggtatactagatgtaatatataatagctaattgaacatttaaatgtgttatgttttgttaatcatttgtccaggataagacttttcttctttcttagggttttttgacatttcttaagaaattgtatcaagtgtagaagtttatac
tataatctccagaaaattttccatcctgtcaacctttgtgtacccagtagaatgccactgcatcacgtttagaagtttatactaatcattttccagcttgtcaacctttgtggatccagtagaatatcatggaatgctttatattccttgaaatactttgctcatttgtggtatgttgttgtaaatcctgatcagGTGAT
GGAACATAACACACCAGCAGAGAATGCCATGACTGTTTCTGAGTTCCTTGATTGCAAACGCAGAAATAAGATTCGTTCCTTGGTGGACAAGTTCATAGAGAAACATTTGGCAAGTACTCAACTATGAGTGGCATATGTGATCTGCAGACTAGACATATTTGTTCTGCAAGCTGGTGTGCATCCACTTTTTTCCAGATCAC
TATGTTGTTTTGAGGTGCTGCGAATTCATTACCTTTAATACTATAATGCCAATTTATTGGTGTGCTTCTGTAACTCATTCTCATGGAACGTGAGCAGTTCTTTATTTGTTAAAGGTTTGAGCAAATACGAGAAAATAAAGGTAAATGATGGCTCTATATTGAAGATTGTCTTGTCATTTCTGTAAAGGGTACTTGGCTAA
TTTCACAGCTGCCTTGGCTAATTTCACAGCCGGCCTGTGGTGAATACAAAGGTGCTGCAGCTCATGATTTTAGGGATTCTTCTCTGTGAATTTTCAAGGGAACAACAATTTTCCTTCATTTGGTTTGCCTTTGTTTCTTTTCCTTGCCATACATTTTTAGAATGTAAATTACAGTTTTGACCTTGGAAATCTTGATTTAA
TGCGAAATGCATTCACAAGGTACGAAAATATGAACATATGAATAGAACCAAAGAATCAGAGTATCAATAATTCAGTGATACTGGATGGTTAGAATTTATTAATATTTCCGGTTCCCAACAAATAGTGGAGAGCTAATGACACATTGACAGGCATCGCTGCCTTCTTAAAGTGCCTAGCAAAATCCCAAAGGCAGCCAATT
ATTTTCCGACTGCTTTGTGTATAATAGAAAAAGCAATAAAATGCAATGAAATTTGGTGGCTGCTATCGAACCTTTTGTAGAGAGATATGAAAGATGGTTGCTTGGTGATTCGGAAGAGAACAAGGTCGAGGACGAGGTGGCATATGCATATTTTTTGAGGGTTTTGTCAGTTTTTCTTTGGAAGTGGTTTCTATATTTGA
AGGTCAGAGTTGCTCAATTTGTTATAATATTTGCATCATTATGTTGCAAAAATTGAACTGTATATAGAGACAAAACTGTAGTTCCAAGTTTTTTCACGTACTGCATGTATATTTGTGATTTTTAATTCAATGGCCTTGTGCCATTCTACATCAGGGTAGATTCTATACAGCATAAAATGCTTATTGTCAGATTCTATGCT
GTGCAAAAATGTATCACTTCAGTTTAGAGGGTGCAATTTATTTGATAAAGATTGAACTCTTTGGCTCATCTCAGGGTTTTCTCTTAACAGAGGGAAGCACGAGGCAGGAACCCATTGTGGCCAGAGTCTCTTTTTCCTGTTCTTAGCTAGTTGAGCAGTTCTGTAAATCTGTGTGAGACGAGTTCTTGGATGTACTGGGA
AAGTTCTGTATTGGTGAACAATGGCTGTTGGATATCTGATCACTTGTAACAGATATTCAGTTGTAGGATTGAGATAAAGAGAGTGGCGTGCAATGTTATACTCTTGGGGTTGCATCATGGAAGTATAATGTAACTTGTGTATACAGAAATGATTGTGGGGAGGTAGCACATGTAATTAAAAAACTAAATTCTGAGAACAT
AACACAACACCTTTACAAATCCACTGGACATGCAAATGTTTTTATTAAATTCGGTTGTCCATCGGAAAATGTTTTCTATTCCAATTTAATGTATGAGAGTTTAAATTAAATAAATAATAAAAAATGG

Intron 3 GTCAGAGTTG ... CTCATCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A10	74.1	79	226	61

>TRINITY_DN116959_c1_g4_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

GTATCGGGGATGGTATGGCTGACGATGATGGAGAGGAAACTCTAGCTAAGTTCAAAAGGCCTCGCCGATCTAAAAAGCCAGTGGCTAAGGTTGCTTTACAAGATGATGCAGCAACCGAGATGGAGGTACTCATAGATAAGAATAAAATCTTATCGAAGGACAAAGCTGTTCGAGAATCAGATGGTGAAAATCTCATGGAT
AACATTCAGGCTGACCCAGATGGAAAACAAGGTGATTACTCATCACCCAAGTCCAGAATTGTAGTGGGCGGTATGCAAGTTATTCAGGATGCAGAAGAAAGCATTTGGTCTCTGCCCAAGGCCAAAAGTATCGGGGATGGTATGCAGGCTGACCCTGATGGACAGGAAACTCCAGGTAAGTTTAAAAGGCTTCGCCGAAC
AAAAAAGGCAGTAGTTAAGGTTGCTTTACAAGATGATGTAGGAAGTGATATGAAGGTACCCATAGATAAGGATAAAAGCTTATTGAAGGACAAAGCTGTTCGAGAATCAGACGGTGAAAATCTCCTTGATGAAATTCAGCCTGATCCAGACGGAGAAGAAGGTGACCAGTCATCACGCAAGTCCAGACATTTTGTGGATA
GTGTGCAAGTTCTCCAGGATGCAGAAAAAAGCATCCCATCTCTACCCAAGGAAATTTTTTTTGGGGATGGCATGCAGGATGACCCTGATGGAGAGGAAACTCTAGCTAAGTTCAAAAGGCCTCGCCGATCTAGAAAGGCAGCAGTTAAGGTTGGTTTACAAGATGTAGGAAACGAGATGGAGGTATCCGTAGATAAGGAT
AAAAGCTTATCGAAGGACAAAGCTGTTCGAGAATCAGATGGTGAAAATCTCATGGATAACACTCAGGTTGAACCAGATGGAGAAGAAGGTGACCACTCATTTCCCAAGTCCAGAACTGTAGTTGATGGTATACAAGATACTGACGATGTAGAAGAAAGCATCCAGTCTCTGCCCAAGGCCGAAAGTATAGGGGATGGTAT
GCAGGATGACCCTGATGGTGAGGAAACTCTAGCTAAGTTCAGAAGGCCTCGCCGATCTAAGAAGGAAGTGGCTAAGGATGCTTTAGAAGATGTAGGAAATGAGGTGCTACCCATAGACAAGGATAAAATCTCATTGAAGGACAAAGCTATTCGAGAAACAGATGATATACCAGCCAAGATCAAGAAGCCTCGCCGATTAA
AAAAGCGCGAGGTCAAGGATGATGCTTTACAAGTGGATGTGACAAAAGCCACAGAGACATCTGGAGACAGTAATCAAAACTTGAAAGGCAACATTGCTGAAGATTCAGAGGATACTCTTACTCGTTTTAAAAAGAAAAAAAAGACTCCAAAATCTGCAAATGATTTGCCTAAAGTAGCTTCAGCTTCAAGGCAGGCATCT
GTCTCAGAGAATGATATGAAAGAAACTGCAAACACTGATCAGATTTCAAAGTGGCAGAAAACTGATGGTTCCTCACAAGGCTCACCTTCTGTTCCGACTGAGAAAACTCGTGCTAGTAAAGGTGTAAAGTCAGCAAAAGGATCATTGGAGTCCAATCCTGATGGAACAGAGAAAGTTTCTGCAGCGAAAGCATCAGATAT
AAAAAAAGGTAAAAAGCAATCTGATTCACAGCGAGCTGTAAGGCATGTCAAGAAACGAAGACATGGCGATATGGCATACGAAGGAGACAGTGACTGGGATGTTTTAATGAATGGGGAAGAAGCCTTAGAAAATAAGAGCAGTGTTGAAAAAGAACGCCTGGGTAGAGGCAGGAACAGGGCTGGACTTATCTCAAGTATGT
TTTCACAAGTAGTTCCGGGTGAGGAAGCAGCTGTAGCTGCTGGATTAAAAGTTCGACAACCGGGACCAGCAGAAAAGATAAAATTCAGGGAAGTGTTAAAGCGCAGGGGAGGGCTTCAAGAATATTTGGAATGCAGGAATTCAATCTTGTGGCTTTGGGACAAAGATGTACGCCGTATCTTGCCTTTGTCAGACTGTGGA
GTAAGTTCTATTCCGTTGCCAGATGAATCACCACGAGATGCTCTCATTCGTGATGTCTACAAATTTTTAGATTATCATGGGTATATAAACGTCGGTGTTGCAGTGAAAAAACCAAAAACAAAAGATGACTTTGAACCAAAGCTGAAGCTTTCAAAAGAAAGTATGCAGACAGAAAACTGTGGAGACAAAGTGGCTGATGC
GGAAGAGGAGGTTGCTTTCATTCTTGGTCAGATTAAGGTTTCTGAGGAAAATCTTTCACCTGCACAGAATCAAATTCAGGTAGAAGGTGAAAACCAAATATCCTTGCTTGATGTGGAAGATGTGAAGAGAAACGAACTTGCAGAGAACTGTTCTGGTTTAACAGAATCAGATAAAAAGGATTTTGAAGAATGTGGTATTG
CTTTTATGGAAATAGATGTAACCCCAGTGGTTGCACCACACACAGCAGAGAATTCAACTGTGGAGGCTGCAAGAAGCTCTGTTGTGAAATCTGAGGTTGACATTGAATCTGCTGTGGCCCACAAAGATAATGAGGAGCTAGGAACAAGGGACACTTCTGGCTCTGGTGGGACTGAAGATGTATTTTTAGGAAAGGATCAT
GGAGTAAAAATGGAAGTGGACCCACTGGTCAAAGTTCATTCTGCTTTGGAGCAGATTAAAAATTCTTATGGTGAGGATGAGTTTAGTGATATTGACAGTGCAAAAGTTTTGCATAATCTTCATAAACATGATTTGCAAGTAGACTTGCAAACTGATAATCAGGAAGCAAAGTTAAATGCAGTAACAGAGGCCAATGATGC
AAATTCTGTTTTAGAAGGTCGGAAAAGGATAATTGTTATTGGTGGAGGTCCTGCTGGGCTAGCAGCTGCTAGGCATTTGCAACGGCTAAATTGTCATGTGACTGTTTTGGAAGCAAGAGATAGGGTAGGTGGAAGAGTTTATACAGATCGTTCAGCACTTTCAGTGCCAGTGGATCTAGGTGCTAGCATTATTACTGGTG
TTGAGGCAGATGTGGCAACAGAAAGAAGACCAGATCCATCTGCATTGCTTTGTACACAGCTTGGCCTGGAGTTGACAGTGCTAAATAGTGACTGCCCTCTGTATGATTCTGTGACTGGTCAGACAGTTCCATCCACCTTAGATGAGGCACTAGAAGCAGAATATAACAGCCTGCTCGATGACATGGTGATGCTTGTTGCT
CAGAATGGAGATGTAGCAATGCGCATGTCTCTGGAAGAAGGGTTAGAGTATGCTCTGAAAAAGCGACGGATTGCTCGATCAAGCTCTACTTGTTTGGAGTTGGCAAGTAGTAAAGCTCTTCTTAATGATCCTGACAGTGGAAGCACAATTCAAGATTCCTCAGTGGGAGCATTCGAGTCACTGAGTGCAACAGTTGATTC
TAGCTTAAAGACAGTTTCTGAAAATAATGTTTCAGTAGCTGCAGGTATGGAAAATGAGATTAACATGGAACCTCAACCTGATAAACTGAATTTATTGGACAATTCTAACATGGAACAACAGAGCCTCAGTCCACTTGAGCGACGAGTTATGGATTGGCATTTTGCTAATTTGGAGTATGGCTGTGCAGCAGAACTTAGTC
GGGTTTCACTCCCTTACTGGAACCAGGATGATGCTTATGGAGGTTTTGGAGGAGCTCACTGTATGATTAAAGGAGGTTATAGCACTGTCATGGAGGCATTAGCTGAAGGTCTTAATATTCAGTTAGGTCACATTGTAACAGAGATTTCATACTCGAGGAACCCAAAGGGAGAGGTCAAAGTTTGGACTGAGAATTGTCAG
GAATTTGTTGGTGATGCAGTTCTGATAACTGTACCCCTTGGTTGCTTGAAAGCAAACACAATCAAGTTTTCACCAGAACTTCCGGATTGGAAATTATCCTCCATTCAACAACTTGGGTTTGGTGTCCTAAACAAGGTAATCATGGAATTTCCCAATGTTTTTTGGGATGAGAATGTGGATTATTTTGGGGCAACTGCAGA
GATCACGGAGTTACGAGGTCGGTGTTTTATGTTTTGGAATCTGAAGAAAACAGTTGGTGCCCCAGTTCTGATCGCTCTTGTTGTTGGAAAGGCTGCAATAGATGGCCAGAATTTAGAAACCTCTGATCATGTTAAACATGCAGTCATGATCCTCCGAAAGCTCTTCGGAGAAACTACTGTACCAGACCCCATTGCATCTG
TTGCTACAAACTGGGGTGGTGACCCATTTAGTAGGGGTGCTTACTCTTATGTTGCAGTTGGTGCTTCTGGAGAGGACTATGATATTTTGGGCAGGCCTGTAGAAAACTGTCTATTCTTTGCTGGGGAGGCAACCTGTAAAGAGCATCCAGATACTGTTGGTGGTGCAATGATGAGTGGTCTTCGAGAAGCTGTTCGAATT
GTTGACATTCTGGAAAATAGAGAGGACTCCATGGCAGAGGCTGAGGCTATGGCTGCTGCACAAAGGCATTCTGATAGTGAAAGAAATGAAGTGAGGGACATGGTGAAGAGACTTGATGCAGGAGAGCTTTCCAGTGTTCTTTGCAAGGGATCTCTTGATGGGGAACAGAAGCCTTTGAGCAAAGATGCTTTGCTTCAAGA
CATGCTTGGAAATGCAAAGACAACAGCTGGGCGTCTATTTTTAGCAAAGAAGATGCTGCAGCTACCTGCTGCTGCTGTGAAGGCTTTTGCTGGCACAAAAGAAGGGCTTAGCATTTTCAACAAATGGATCCTGGATTCCATGGGCAAAGATGGAACACAACTCTTGCGCCACTGTGTACGGTTGTTATTAATCGTTTCAA
CTGATATGATTGCAGTACGGCAATCTGGAATTGGAAGATCAGTTAAGGAGAAAGTTTGTGTGCATACAAGCCGTGATATTCGTGCTGTAGCTAGTCAGCTGGTAAAAATGTGGATTGAAGTATTTCGAAAGGAGAAAGCAAATGGAGGTTTCAAACTCCTTAAGCAGCTGCATGGATCTGCTTCTAACCCCAGTTCATCA
GATGCGGTAAAAGCAAAATCTAAAGACCAAGGCAGTGGGAAACCTTCTGCCACTGCAGCCAATGATGCGAAGGGAAATACAGATCAGTCCCCCTCTACTCCAATCAACAAGAATGCGGCATTGCACTCTGTACATATGGAAGATGGAAGTGAGCTAAAAAAGGAAGCAAATTCTGTGGGGGCACAAACCTTGGATCAAGG
GCAACCCAAAAAGTCCGAGGATTGTGCCCTCTCTGAATTAGAAGCTGCAGCTATTGCTGCCGAAGAAGCAGCTCGAGCTGCTGCTGCAGCTGCTGCAGAGGCATATGCAACATCAGAAGCAGAATGCAGTACCTTCCGTGAACTTCCTAAGATACCATCGTTTCATAAATTTGCCAGGCGTGAACAATATGTACAAAAGG
AGGATTCCGATGTCAGAAAGAGGAAATGGTCTGGTGCAGTGCTTGGGAAGCAGGATTGTTCTTCTGAAATAGATTCTAGAAGCTGTAGAGTTAGGAATTGGTCAGTAGATTTTGCTGCTACTTGTGGTAATTTAGATAGTTCTAGATTAGCAGGTCCAGATTTTGGAATTGGAAATATTTTGCCCACAACTGATTCAAAC
AAGAAACAGAGAAGCCACTCCAATGATGTTGATAGTCATTCCGACCTTAAGGAGCGGTCGGCAGAAACAGGGGCAGTTGACAGTAAATCGACAAAAAGTAGAGTTCAGAATTCTGGCGGCATTACTGGAGTAAAGATCCCTGACAGTAGAGCTAAACAACCTTATTCATTGGGATCACATTCAGAAGTTTTTGATCAAAG
TATTCAGAAATTGAATGAGAAATGTTCTAGTAAGATTGAGCAAATATGTATTGGGAAGGCAAGACGTGGTAATGATGATAAAGGGGTTGCTGAAGCCGGAGCAAACAGAGGATCACCTGGTACTAGAAATGGCCATAAAGATGAAGCCAGAGGGGCAGACCATATAAAAAAGGGTATCTCAGATTATGTAGCATCATTGC
TCATGCCATTGTACAAGACCAAGAAAATTGACAAAGATGGGTACAAATCTATCATGAAAAAGAGTACCATCAAGGTGATGGAACATAACACACCAGCAGAGAATGCCATGACTGTTTCTGAGTTCCTTGATTGCAAACGCAGAAATAAGATTCGTTCCTTGGTGGACAAGTTCATAGAGAAACATTTGGCAAGTACTCAA
CTATGAGTGGCATATGTGATCTGCAGACTAGACATATTTGTTCTGCAAGCTGGTGTGCATCCACTTTTTTCCAGATCACTATGTTGTTTTGAGGTGCTGCGAATTCATTACCTTTAATACTATAATGCCAATTTATTGGTGTGCTTCTGTAACTCATTCTCATGGAACGTGAGCAGTTCTTTATTTGTTAAAGGTTTGAG
CAAATACGAGAAAATAAAGGTAAATGATGGCTCTATATTGAAGATTGTCTTGTCATTTCTGTAAAGGGTACTTGGCTAATTTCACAGCTGCCTTGGCTAATTTCACAGCCGGCCTGTGGTGAATACAAAGGTGCTGCAGCTCATGATTTTAGGGATTCTTCTCTGTGAATTTTCAAGGGAACAACAATTTTCCTTCATTT
GGTTTGCCTTTGTTTCTTTTCCTTGCCATACATTTTTAGAATGTAAATTACAGTTTTGACCTTGGAAATCTTGATTTAATGCGAAATGCATTCACAAGGTACGAAAATATGAACATATGAATAGAACCAAAGAATCAGAGTATCAATAATTCAGTGATACTGGATGGTTAGAATTTATTAATATTTCCGGTTCCCAACAA
ATAGTGGAGAGCTAATGACACATTGACAGGCATCGCTGCCTTCTTAAAGTGCCTAGCAAAATCCCAAAGGCAGCCAATTATTTTCCGACTGCTTTGTGTATAATAGAAAAAGCAATAAAATGCAATGAAATTTGGTGGCTGCTATCGAACCTTTTGTAGAGAGATATGAAAGATGGTTGCTTGGTGATTCGGAAGAGAAC
AAGGTCGAGGACGAGGTGGCATATGCATATTTTTTGAGGGTTTTGTCAGTTTTTCTTTGGAAGTGGTTTCTATATTTGAAGGGTTTTCTCTTAACAGAGGGAAGCACGAGGCAGGAACCCATTGTGGCCAGAGTCTCTTTTTCCTGTTCTTAGCTAGTTGAGCAGTTCTGTAAATCTGTGTGAGACGAGTTCTTGGATGT
ACTGGGAAAGTTCTGTATTGGTGAACAATGGCTGTTGGATATCTGATCACTTGTAACAGATATTCAGTTGTAGGATTGAGATAAAGAGAGTGGCGTGCAATGTTATACTCTTGGGGTTGCATCATGGAAGTATAATGTAACTTGTGTATACAGAAATGATTGTGGGGAGGTAGCACATGTAATTAAAAAACTAAATTCTG
AGAACATAACACAACACCTTTACAAATCCAC

>TRINITY_DN116959_c1_g4_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTTATTTAAGATGTCAGGAGTGTCTGCTTCTTACTTCAGTGTGTATGTGAGAAACTAGGTTTTAGGTGCATGACCTATTTTGCAATTATGATAGCTTTTTGTTTCTTATATCTTGTGTATTTTGTTTTATAGGAATTGGAAGATCAGTTAAGGAGAAAGTTTGTGTGCATACAAGCCGTGATATTCGTGCTGTAGCTAG
TCAGCTGGTAAAAATGTGGATTGAAGTATTTCGAAAGGAGAAAGCAAATGGAGGTTTCAAACTCCTTAAGCAGCTGCATGGATCTGCTTCTAACCCCAGTTCATCAGATGCGGTAAAAGCAAAATCTAAAGACCAAGGCAGTGGGAAACCTTCTGCCACTGCAGCCAATGATGCGAAGGGAAATACAGATCAGTCCCCCT
CTACTCCAATCAACAAGAATGCGGCATTGCACTCTGTACATATGGAAGATGGAAGTGAGCTAAAAAAGGAAGCAAATTCTGTGGGGGCACAAACCTTGGATCAAGGGCAACCCAAAAAGTCCGAGGATTGTGCCCTCTCTGAATTAGAAGCTGCAGCTATTGCTGCCGAAGAAGCAGCTCGAGCTGCTGCTGCAGCTGCT
GCAGAGGCATATGCAACATCAGAAGCAGAATGCAGTACCTTCCGTGAACTTCCTAAGATACCATCGTTTCATAAATTTGCCAGGCGTGAACAATATGTACAAAAGGAGGATTCCGATGTCAGAAAGAGGAAATGGTCTGGTGCAGTGCTTGGGAAGCAGGATTGTTCTTCTGAAATAGATTCTAGAAGCTGTAGAGTTAG
GAATTGGTCAGTAGATTTTGCTGCTACTTGTGGTAATTTAGATAGTTCTAGATTAGCAGGTCCAGATTTTGGAATTGGAAATATTTTGCCCACAACTGATTCAAACAAGAAACAGAGAAGCCACTCCAATGATGTTGATAGTCATTCCGACCTTAAGGAGCGGTCGGCAGAAACAGGGGCAGTTGACAGTAAATCGACAA
AAAGTAGAGTTCAGAATTCTGGCGGCATTACTGGAGTAAAGATCCCTGACAGTAGAGCTAAACAACCTTATTCATTGGGATCACATTCAGAAGTTTTTGATCAAAGTATTCAGAAATTGAATGAGAAATGTTCTAGTAAGATTGAGCAAATATGTATTGGGAAGGCAAGACGTGGTAATGATGATAAAGGGGTTGCTGAA
GCCGGAGCAAACAGAGGATCACCTGGTACTAGAAATGGCCATAAAGATGAAGCCAGAGGGGCAGACCATATAAAAAAGGGTATCTCAGATTATGTAGCATCATTGCTCATGCCATTGTACAAGACCAAGAAAATTGACAAAGATGGGTACAAATCTATCATGAAAAAGAGTACCATCAAGGTGATGGAACATAACACACC
AGCAGAGAATGCCATGACTGTTTCTGAGTTCCTTGATTGCAAACGCAGAAATAAGATTCGTTCCTTGGTGGACAAGTTCATAGAGAAACATTTGGCAAGTACTCAACTATGAGTGGCATATGTGATCTGCAGACTAGACATATTTGTTCTGCAAGCTGGTGTGCATCCACTTTTTTCCAGATCACTATGTTGTTTTGAGG
TGCTGCGAATTCATTACCTTTAATACTATAATGCCAATTTATTGGTGTGCTTCTGTAACTCATTCTCATGGAACGTGAGCAGTTCTTTATTTGTTAAAGGTTTGAGCAAATACGAGAAAATAAAGGTAAATGATGGCTCTATATTGAAGATTGTCTTGTCATTTCTGTAAAGGGTACTTGGCTAATTTCACAGCTGCCTT
GGCTAATTTCACAGCCGGCCTGTGGTGAATACAAAGGTGCTGCAGCTCATGATTTTAGGGATTCTTCTCTGTGAATTTTCAAGGGAACAACAATTTTCCTTCATTTGGTTTGCCTTTGTTTCTTTTCCTTGCCATACATTTTTAGAATGTAAATTACAGTTTTGACCTTGGAAATCTTGATTTAATGCGAAATGCATTCA
CAAGGTACGAAAATATGAACATATGAATAGAACCAAAGAATCAGAGTATCAATAATTCAGTGATACTGGATGGTTAGAATTTATTAATATTTCCGGTTCCCAACAAATAGTGGAGAGCTAATGACACATTGACAGGCATCGCTGCCTTCTTAAAGTGCCTAGCAAAATCCCAAAGGCAGCCAATTATTTTCCGACTGCTT
TGTGTATAATAGAAAAAGCAATAAAATGCAATGAAATTTGGTGGCTGCTATCGAACCTTTTGTAGAGAGATATGAAAGATGGTTGCTTGGTGATTCGGAAGAGAACAAGGTCGAGGACGAGGTGGCATATGCATATTTTTTGAGGGTTTTGTCAGTTTTTCTTTGGAAGTGGTTTCTATATTTGAAGgtcagagttgctc
aatttgttataatatttgcatcattatgttgcaaaaattgaactgtatatagagacaaaactgtagttccaagttttttcacgtactgcatgtatatttgtgatttttaattcaatggccttgtgccattctacatcagggtagattctatacagcataaaatgcttattgtcagattctatgctgtgcaaaaatgtatc
acttcagtttagagggtgcaatttatttgataaagattgaactctttggctcatctcagGGTTTTCTCTTAACAGAGGGAAGCACGAGGCAGGAACCCATTGTGGCCAGAGTCTCTTTTTCCTGTTCTTAGCTAGTTGAGCAGTTCTGTAAATCTGTGTGAGACGAGTTCTTGGATGTACTGGGAAAGTTCTGTATTGGT
GAACAATGGCTGTTGGATATCTGATCACTTGTAACAGATATTCAGTTGTAGGATTGAGATAAAGAGAGTGGCGTGCAATGTTATACTCTTGGGGTTGCATCATGGAAGTATAATGTAACTTGTGTATACAGAAATGATTGTGGGGAGGTAGCACATGTAATTAAAAAACTAAATTCTGAGAACATAACACAACACCTTTA
CAAATCCAC

Intron 4 GTCAGAGTTG ... CTCTTAACAG

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A4	65.79	40.1	75	19
A5	51.03	19.8	20	5
A6	74.65	114	331	69
A7	72.51	151.6	394	89
A8	70.6	251.4	595	179
A9	70.27	154	359	113
A10	75.6	73.8	226	61

>TRINITY_DN108992_c0_g2_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

TATGGTGAGGATGAGTTTAGTGACATTGATAGTGCAAAATTTTTGCATAATCTTCATAAACATGATTTGCAAGTAGACTTGCAAACTGATAATCAGGAAGCAAAGTTAAATGCAGTAACAAAGGCCAATGATGCAAATTATGTTTTAGAAGGTCGGAAAAGAATAATTGTTATTGCTGTAGGTCCTGCTGGGCTAGCAGC
TGCTAGGCATTTGCAACGGCTAAATTGTCATGTGACTGTTTTGGAAGCAAGAGATAGGGTAGGTGGAAGAGTTTATACAGATCGTTCAGCACTTTCAGTGCCAGTGGATCTAGGTGCTAGCATTATTACTGGTGTTGAGGCAGATGTGGCAACAGAAAGAAGACCAGATCCATCTGCATTGCTTTGTACACAGCTTGGCC
TGGAGTTGACAGTGCTAAATAGTGACTGCCCTCTGTATGATTCTGTGACTGGTCAGACAGTTCCATCCACCTTAGATGAGGCACTAGAAGCAGAATATAACAGCCTGCTCGATGACATGGTGATGCTTGTTGCTCAGAATGGAGATGTAGCAATGCGCATGTCTCTGGAAGAAGGGTTAGAGTATGCTCTGAAAAAGCGA
CGGATTGCTCGATCAAGCTCTACTTGTTTGGAGTTGGCAAGTAGTAAAGCTCTTCTTAATGATCCTGACAGTGGAAGCACAATTCAAGATTCCTCAGTGGGAGCATTCGAGTCACTGAGTGCAACAGTTGATTCTAGCTTAAAGACAGTTTCTGAAAATAATGTTTCAGTAGCTGCAGGTATGGAAAATGAGATTAACAT
GGAACCTCAACCTGATAAACTGAATTTATTGGACAATTCTAACATGGAACAACAGAGCCTCAGTCCACTTGAGCGACGAGTTATGGATTGGCATTTTGCTAATTTGGAGTATGGCTGTGCAGCAGAACTTAGTCGGGTTTCACTCCCTTACTGGAACCAGGATGATGCTTATGGAGGTTTTGGAGGAGCTCACTGTATGA
TTAAAGGAGGTTATAGCACTGTCATGGAGGCATTAGCTGAAGGTCTTAATATTCAGTTAGGTCACATTGTAACAGAGATTTCATACTCGAGGAACCCAAAGGGAGAGGTCAAAGTTTGGACTGAGAATTGTCAGGAATTTGTTGGTGATGCAGTTCTGATAACTGTACCCCTTGGTTGCTTGAAAGCAAACACAATCAAG
TTTTCACCAGAACTTCCGGATTGGAAATTATCCTCCATTCAACAACTTGGGTTTGGTGTCCTAAACAAGGTAATCATGGAATTTCCCAATGTTTTTTGGGATGAGAATGTGGATTATTTTGGGGCAACTGCAGAGATCACGGAGTTACGAGGTCGGTGTTTTATGTTTTGGAATCTGAAGAAAACAGTTGGTGCCCCAGT
TCTGATCGCTCTTGTTGTTGGAAAGGCTGCAATAGATGGCCAGAATTTAGAAACCTCTGATCATGTTAAACATGCAGTCATGATCCTCCGAAAGCTCTTCGGAGAAACTACTGTACCAGACCCCATTGCATCTGTTGCTACAAACTGGGGTGGTGACCCATTTAGTAGGGGTGCTTACTCTTATGTTGCAGTTGGTGCTT
CTGGAGAGGACTATGATATTTTGGGCAGGCCTGTAGAAAACTGTCTATTCTTTGCTGGGGAGGCAACCTGTAAAGAGCATCCAGATACTGTTGGTGGTGCAATGATGAGTGGTCTTCGAGAAGCTGTTCGAATTGTTGACATTCTGGAAAATAGAGAGGACTCCATGGCAGAGGCTGAGGCTATGGCTGCTGCACAAAGG
CATTCTGATAGTGAAAGAAATGAAGTGAGGGACATGGTGAAGAGACTTGATGCAGGAGAGCTTTCCAGTGTTCTTTGCAAGGGATCTCTTGATGGGGAACAGAAGCCTTTGAGCAAAGATGCTTTGCTTCAAGACATGCTTGGAAATGCAAAGACAACAGCTGGGCGTCTATTTTTAGCAAAGAAGATGCTGCAGCTACC
TGCTGCTGCTGTGAAGGCTTTTGCTGGCACAAAAGAAGGGCTTAGCATTTTCAACAAATGGATCCTGGATTCCATGGGCAAAGATGGAACACAACTCTTGCGCCACTGTGTACGGTTGTTATTAATCGTTTCAACTGATATGATTGCAGTACGGCAATCTGGAATTGGAAGATCAGTTAAGGAGAAAGTTTGTGTGCATA
CAAGCCGTGATATTCGTGCTGTAGCTAGTCAGCTGGTAAAAATGTGGATTGAAGTATTTCGAAAGGAGAAAGCAAATGGAGGTTTCAAACTCCTTAAGCAGCTGCATGGATCTGCTTCTAACCCCAGTTCATCAGATGCGGTAAAAGCAAAATCTAAAGACCAAGGCAGTGGGAAACCTTCTGCCACTGCAGCCAATGAT
GCGAAGGGAAATACAGATCAGTCCCCCTCTACTCCAATCAACAAGAATGCGGCATTGCACTCTGTACATATGGAAGATGGAAGTGAGCTAAAAAAGGAAGCAAATTCTGTGGGGGCACAAACCTTGGATCAAGGGCAACCCAAAAAGTCCGAGGATTGTGCCCTCTCTGAATTAGAAGCTGCAGCTATTGCTGCCGAAGA
AGCAGCTCGAGCTGCTGCTGCAGCTGCTGCAGAGGCATATGCAACATCAGAAGCAGAATGCAGTACCTTCCGTGAACTTCCTAAGATACCATCGTTTCATAAATTTGCCAGGCGTGAACAATATGTACAAAAGGAGGATTCCGATGTCAGAAAGAGGAAATGGTCTGGTGCAGTGCTTGGGAAGCAGGATTGTTCTTCTG
AAATAGATTCTAGAAGCTGTAGAGTTAGGAATTGGTCAGTAGATTTTGCTGCTACTTGTGGTAATTTAGATAGTTCTAGATTAGCAGGTCCAGATTTTGGAATTGGAAATATTTTGCCCACAACTGATTCAAACAAGAAACAGAGAAGCCACTCCAATGATGTTGATAGTCATTCCGACCTTAAGGAGCGGTCGGCAGAA
ACAGGGGCAGTTGACAGTAAATCGACAAAAAGTAGAGTTCAGAATTCTGGCGGCATTACTGGAGTAAAGATCCCTGACAGTAGAGCTAAACAACCTTATTCATTGGGATCACATTCAGAAGTTTTTGATCAAAGTATTCAGAAATTGAATGAGAAATGTTCTAGTAAGATTGAGCAAATATGTATTGGGAAGGCAAGACG
TGGTAATGATGATAAAGGGGTTGCTGAAGCCGGAGCAAACAGAGGATCACCTGGTACTAGAAATGGCCATAAAGATGAAGCCAGAGGGGCAGACCATATAAAAAAGGGTATCTCAGATTATGTAGCATCATTGCTCATGCCATTGTACAAGACCAAGAAAATTGACAAAGATGGGTACAAATCTATCATGAAAAAGAGTA
CCATCAAGGTGATGGAACATAACACACCAGCAGAGAATGCCATGACTGTTTCTGAGTTCCTTGATTGCAAACGCAGAAATAAGATTCGTTCCTTGGTGGACAAGTTCATAGAGAAACATTTGGCAAGTACTCAACTATGAGTGGCATATGTGATCTGCAGACTAGACATATTTGTTCTGCAAGCTGGTGTGCATCCACTT
TTTTCCAGATCACTATGTTGTTTTGAGGTGCTGCGAATTCATTACCTTTAATACTATAATGCCAATTTATTGGTGTGCTTCTGTAACTCATTCTCATGGAACGTGAGCAGTTCTTTATTTGTTAAAGGTTTGAGCAAATACGAGAAAATAAAGGTAAATGATGGCTCTATATTGAAGATTGTCTTGTCATTTCTGTAAAG
GGTACTTGGCTAATTTCACAGCTGCCTTGGCTAATTTCACAGCCGGCCTGTGGTGAATACAAAGGTGCTGCAGCTCATGATTTTAGGGATTCTTCTCTGTGAATTTTCAAGGGAACAACAATTTTCCTTCATTTGGTTTGCCTTTGTTTCTTTTCCTTGCCATACATTTTTAGAATGTAAATTACAGTTTTGACCTTGGA
AATCTTGATTTAATGCGAAATGCATTCACAAGGTACGAAAATATGAACATATGAATAGAACCAAAGAATCAGAGTATCAATAATTCAGTGATACTGGATGGTTAGAATTTATTAATATTTCCGGTTCCCAACAAATAGTGGAGAGCTAATGACACATTGACAGGCATCGCTGCCTTCTTAAAGTGCCTAGCAAAATCCCA
AAGGCAGCCAATTATTTTCCGACTGCTTTGTGTATAATAGAAAAAGCAATAAAATGCAATGAAATTTGGTGGCTGCTATCGAACCTTTTGTAGAGAGATATGAAAGATGGTTGCTTGGTGATTCGGAAGAGAACAAGGTCGAGGACGAGGTGGCATATGCATATTTTTTGAGGGTTTTGTCAGTTTTTCTTTGGAAGTGG
TTTCTATATTTGAAGAGGGAAGCACGAGGCAGGAACCCATTGTGGCCAGAGTCTCTTTTTCCTGTTCTTAGCTAGTTGAGCAGTTCTGTAAATCTGTGTGAGACGAGTTCTTGGATGTACTGGGAAAGTTCTGTATTGGTGAACAATGGCTGTTGGATATCTGATCACTTGTAACAGATATTCAGTTGTAGGATTGAGAT
AAAGAGAGTGGCGTGCAATGTTATACTCTTGGGGTTGCATCATGGAAGTATAATGTAACTTGTGTATACAGAAATGATTGTGGGGAGGTAGCACATGTAATTAAAAAACTAAATTCTGAGAACATAACACAACACCTTTACAAATCCACTGGACATGCAAATGTTTTTATTAAATTCGGTTGTCCATCGGAAAATGTTTT
CTATTCCAATTTAATGTATGAGAGTTTAAATTAAATAAATAATAAAAAATGG

>TRINITY_DN108992_c0_g2_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TGAAAAAGAGTACCATCAAGGTGGGATAATATTCACATTTTATTTGCACATGTTGGTATACTAGATGTAATATATAATAGCTAATTGAACATTTAAATGTGTTATGTTTTGTTAATCATTTGTCCAGGATAAGACTTTTCTTCTTTCTTAGGGTTTTTTGACATTTCTTAAGAAATTGTATCAAGTGTAGAAGTTTATAC
TATAATCTCCAGAAAATTTTCCATCCTGTCAACCTTTGTGTACCCAGTAGAATGCCACTGCATCACGTTTAGAAGTTTATACTAATCATTTTCCAGCTTGTCAACCTTTGTGGATCCAGTAGAATATCATGGAATGCTTTATATTCCTTGAAATACTTTGCTCATTTGTGGTATGTTGTTGTAAATCCTGATCAGGTGAT
GGAACATAACACACCAGCAGAGAATGCCATGACTGTTTCTGAGTTCCTTGATTGCAAACGCAGAAATAAGATTCGTTCCTTGGTGGACAAGTTCATAGAGAAACATTTGGCAAGTACTCAACTATGAGTGGCATATGTGATCTGCAGACTAGACATATTTGTTCTGCAAGCTGGTGTGCATCCACTTTTTTCCAGATCAC
TATGTTGTTTTGAGGTGCTGCGAATTCATTACCTTTAATACTATAATGCCAATTTATTGGTGTGCTTCTGTAACTCATTCTCATGGAACGTGAGCAGTTCTTTATTTGTTAAAGGTTTGAGCAAATACGAGAAAATAAAGGTAAATGATGGCTCTATATTGAAGATTGTCTTGTCATTTCTGTAAAGGGTACTTGGCTAA
TTTCACAGCTGCCTTGGCTAATTTCACAGCCGGCCTGTGGTGAATACAAAGGTGCTGCAGCTCATGATTTTAGGGATTCTTCTCTGTGAATTTTCAAGGGAACAACAATTTTCCTTCATTTGGTTTGCCTTTGTTTCTTTTCCTTGCCATACATTTTTAGAATGTAAATTACAGTTTTGACCTTGGAAATCTTGATTTAA
TGCGAAATGCATTCACAAGGTACGAAAATATGAACATATGAATAGAACCAAAGAATCAGAGTATCAATAATTCAGTGATACTGGATGGTTAGAATTTATTAATATTTCCGGTTCCCAACAAATAGTGGAGAGCTAATGACACATTGACAGGCATCGCTGCCTTCTTAAAGTGCCTAGCAAAATCCCAAAGGCAGCCAATT
ATTTTCCGACTGCTTTGTGTATAATAGAAAAAGCAATAAAATGCAATGAAATTTGGTGGCTGCTATCGAACCTTTTGTAGAGAGATATGAAAGATGGTTGCTTGGTGATTCGGAAGAGAACAAGGTCGAGGACGAGGTGGCATATGCATATTTTTTGAGGGTTTTGTCAGTTTTTCTTTGGAAGTGGTTTCTATATTTGA
AGgtcagagttgctcaatttgttataatatttgcatcattatgttgcaaaaattgaactgtatatagagacaaaactgtagttccaagttttttcacgtactgcatgtatatttgtgatttttaattcaatggccttgtgccattctacatcagggtagattctatacagcataaaatgcttattgtcagattctatgct
gtgcaaaaatgtatcacttcagtttagagggtgcaatttatttgataaagattgaactctttggctcatctcagggttttctcttaacagAGGGAAGCACGAGGCAGGAACCCATTGTGGCCAGAGTCTCTTTTTCCTGTTCTTAGCTAGTTGAGCAGTTCTGTAAATCTGTGTGAGACGAGTTCTTGGATGTACTGGGA
AAGTTCTGTATTGGTGAACAATGGCTGTTGGATATCTGATCACTTGTAACAGATATTCAGTTGTAGGATTGAGATAAAGAGAGTGGCGTGCAATGTTATACTCTTGGGGTTGCATCATGGAAGTATAATGTAACTTGTGTATACAGAAATGATTGTGGGGAGGTAGCACATGTAATTAAAAAACTAAATTCTGAGAACAT
AACACAACACCTTTACAAATCCACTGGACATGCAAATGTTTTTATTAAATTCGGTTGTCCATCGGAAAATGTTTTCTATTCCAATTTAATGTATGAGAGTTTAAATTAAATAAATAATAAAAAATGG

Intron 5 GTGTGTATTT ... TGCTTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.92	264	2	50
A2	22.65	181	1	53
A3	28.33	167	2	66
A4	25.1	188	3	63
A5	18.81	82	1	19
A6	22.29	359	4	103
A7	20.75	485	3	127
A8	19.84	610	1	151
A9	21.7	433	3	120
A10	20.4	281	2	72

>TRINITY_DN100664_c0_g1_i11 from sample A4 / Example spliced isoform

CTGCTTGAAAAAAAAGAATTAATATGAACAATATTCAATCTCAACATGAAAAAGTTGAAGAGTAGTAACAAAAATAATTTATTGCAATGGGCTTAGAAAAGTTCTTATGATGCTCTACATGGGATGCTCCCCATAGAAAGAGTGATGATGATGATATGGGACCTGAAGGTATGTCGTGATGGTGTTGATGATGATGGGAT
GCATGTGTATTCGCTTCTATTCATCCATCCTTCAAACCCTTTCCCTGTTTTCCCCAAGTCTCGAATCCATTGATAATGCATGGTTTTAACCCATTTCGATCTTCTAAGCTCTCCGTACCGCTAAGGATTCTTCTATTTCTGATCAAAATGCTCGACAGCCGGAAAAATTTGAGCTGATAATCGTATTTTCCTGCCACGAA
AGCCTTTCCAGGGTCACATTTGAAGGTTTTTGGATCTGCAAGCTGAAAATAATACAGGCCAGCCTCATGAATGATATCAACAGTAATGGTAGCAGTGAATTAGGTACTAAAGACACAGGTGGGGAGGTCTTCTTATCTCAGTTTCCATTGTCTGTGGATGCTCCCGAGTACAATGGTATGGAGTCTGTGACAAAAGAAGA
TGGTATGGGTTTGGATGGATCTGCTGAAATGGCTGAAAAGATTGCGACAGAGGATGGCGAAAATCTCATGGATGACAGTCAGGACAGAGAAGAAGGTGACCACTGGTTACCCAGGCCAGGAAGTGTGGATGACATACAAGTTAATCAGGATGCAGAAGACAACATTCCGTCTCCGCCCAATGCCAAAAGTACTGGGGATG
GTATTCAGGATGACTCTGATGGGGAGGCGACTCTAGCTAAGTTCAAAAGACCTCGCCGATCTAAGAAGTCAGTGGTTAAGGATGCTTTAGAAGATGATATAGGAAATGAGGTGGAGATGCCCATAGAGAAGGATAAAAGCTTGTCAAAGTACAGAGCTGTTCAAGAATCGGATGGTGAAAATCTCATGGATGAGACTGAG
GTTGACCCAGATGGAGAAGAAGGTGACCGCTCATCACCCCAGTTCACAAGTATTGTGGATGGCATTCAAGTTATTCAGGATGATGAAGAAAGCATCCCATCTCCGCCTAAGCCCAAAAGTATCGGGGATGGTATGGCTGACCCTGATGGACAGGAAACCCTGGTAAAGTTCAAAAGGCTTCGCCGATCTAAAAAGACAAT
GGTTAAGGTTTCTTTAGAAGATGATGTGGGAAATGAGATGGAGGTACCCATAGACAAGGATAAAGGCTTATTGGAGGACAAAACAGTTCAAGAATCTGATGGTGAAAATCTCATGGATGACATTGAGGCAGACTTAGATGGAGAAGAAGGTGACCACTCATCACCCAAGTTTAGAAATACTGTGGATAGCATGCAAGCTA
TTCAGGATGCAGAAGAAAGCATCCCATCTCCACCCAAGGCCAAAAGTATTGGGTATGGTATGGCTGATTCCGATGGAGAGGAAACCCTAGCTAAGTTCAAAAGGCCTCGCCGATCTAAAAGGCCAGTGGCTAAGGTTGCTTCACAAGATGATATAGGAAACGAGATGGAGGTACTCATAGATAAGGGTAAAAGCTTGTCA
AAGTACAAATCTGTTCAAGAATCGGATGGTGAAACTCTCATGGATGAGACTGAGGGTGACCCAAATGGAGAAGAAGGTGACCGCTCATTACCCCAGTCCACAAGTGTTGTGGATGATATTCAGGTTATTCAGGATGCAGAAGAAAGCATCCCATCTCCGCCTAAGTCCAAAAGTATTGGGGATGGTGTGGCTGACCCTGA
TGGACAGGAAACTCGGGCCAAGTTCAAAAGGCTTCGCCGATATAAAAAGTCAATGGTTAAGGTTGCTTTAGAAGATGATGTGGGAAATGAGATGGAGGTACCCATAGATAAGGATAAAGGCTTATTGAAGGACAAAACAGTTCGAGAATCTGATGGTGAAAATATCATGGATGACATTGAGGCAGATTCAGATGGAGAAG
AAGGTGACCACTCATCACCCAAGTTTAGAAATACTGTGGATAGCATGCAAGCTATTCAGGATGCAGAAGAAAGCATCCCATCTCCGCCTAAGCCCAAAAGTATCGGGGATGGTATGGCTGACGATGATGGAGAGGAAACTCTAGCTAAGTTCAAAAGGCCTCGCCGATCTAAAAAGCCAGTGGCTAAGGTTGCTTTACAA
GATGATGCAGCAACCGAGATGGAGGTACTCATAGATAAGAATAAAATCTTATCGAAGGACAAAGCTGTTCGAGAATCAGATGGTGAAAATCTCATGGATAACATTCAGGCTGACCCAGATGGAAAACAAGGTGATTACTCATCACCCAAGTCCAGAATTGTAGTGGGCGGTATGCAAGTTATTCAGGATGCAGAAGAAAG
CATTTGGTCTCTGCCCAAGGCCAAAAGTATCGGGGATGGTATGCAGGCTGACCCTGATGGACAGGAAACTCCAGGTAAGTTTAAAAGGCTTCGCCGAACAAAAAAGGCAGTAGTTAAGGTTGCTTTACAAGATGATGTAGGAAGTGATATGAAGGTACCCATAGATAAGGATAAAAGCTTATTGAAGGACAAAGCTGTTC
GAGAATCAGACGGTGAAAATCTCCTTGATGAAATTCAGCCTGATCCAGACGGAGAAGAAGGTGACCAGTCATCACGCAAGTCCAGACATTTTGTGGATAGTGTGCAAGTTCTCCAGGATGCAGAAAAAAGCATCCCATCTCTACCCAAGGAAATTTTTTTTGGGGATGGCATGCAGGATGACCCTGATGGAGAGGAAACT
CTAGCTAAGTTCAAAAGGCCTCGCCGATCTAGAAAGGCAGCAGTTAAGGTTGGTTTACAAGATGTAGGAAACGAGATGGAGGTATCCGTAGATAAGGATAAAAGCTTATCGAAGGACAAAGCTGTTCGAGAATCAGATGGTGAAAATCTCATGGATAACACTCAGGTTGAACCAGATGGAGAAGAAGGTGACCACTCATT
TCCCAAGTCCAGAACTGTAGTTGATGGTATACAAGATACTGACGATGTAGAAGAAAGCATCCAGTCTCTGCCCAAGGCCGAAAGTATAGGGGATGGTATGCAGGATGACCCTGATGGTGAGGAAACTCTAGCTAAGTTCAGAAGGCCTCGCCGATCTAAGAAGGAAGTGGCTAAGGATGCTTTAGAAGATGTAGGAAATG
AGGTGCTACCCATAGACAAGGATAAAATCTCATTGAAGGACAAAGCTATTCGAGAAACAGATGATATACCAGCCAAGATCAAGAAGCCTCGCCGATTAAAAAAGCGCGAGGTCAAGGATGATGCTTTACAAGTGGATGTGACAAAAGCCACAGAGACATCTGGAGACAGTAATCAAAACTTGAAAGGCAACATTGCTGAA
GATTCAGAGGATACTCTTACTCGTTTTAAAAAGAAAAAAAAGACTCCAAAATCTGCAAATGATTTGCCTAAAGTAGCTTCAGCTTCAAGGCAGGCATCTGTCTCAGAGAATGATATGAAAGAAACTGCAAACACTGATCAGATTTCAAAGTGGCAGAAAACTGATGGTTCCTCACAAGGCTCACCTTCTGTTCCGACTGA
GAAAACTCGTGCTAGTAAAGGTGTAAAGTCAGCAAAAGGATCATTGGAGTCCAATCCTGATGGAACAGAGAAAGTTTCTGCAGCGAAAGCATCAGATATAAAAAAAGGTAAAAAGCAATCTGATTCACAGCGAGCTGTAAGGCATGTCAAGAAACGAAGACATGGCGATATGGCATACGAAGGAGACAGTGACTGGGATG
TTTTAATGAATGGGGAAGAAGCCTTAGAAAATAAGAGCAGTGTTGAAAAAGAACGCCTGGGTAGAGGCAGGAACAGGGCTGGACTTATCTCAAGTATGTTTTCACAAGTAGTTCCGGGTGAGGAAGCAGCTGTAGCTGCTGGATTAAAAGTTCGACAACCGGGACCAGCAGAAAAGATAAAATTCAGGGAAGTGTTAAAG
CGCAGGGGAGGGCTTCAAGAATATTTGGAATGCAGGAATTCAATCTTGTGGCTTTGGGACAAAGATGTACGCCGTATCTTGCCTTTGTCAGACTGTGGAGTAAGTTCTATTCCGTTGCCAGATGAATCACCACGAGATGCTCTCATTCGTGATGTCTACAAATTTTTAGATTATCATGGGTATATAAACGTCGGTGTTGC
AGTGAAAAAACCAAAAACAAAAGATGACTTTGAACCAAAGCTGAAGCTTTCAAAAGAAAGTATGCAGACAGAAAACTGTGGAGACAAAGTGGCTGATGCGGAAGAGGAGGTTGCTTTCATTCTTGGTCAGATTAAGGTTTCTGAGGAAAATCTTTCACCTGCACAGAATCAAATTCAGGTAGAAGGTGAAAACCAAATAT
CCTTGCTTGATGTGGAAGATGTGAAGAGAAACGAACTTGCAGAGAACTGTTCTGGTTTAACAGAATCAGATAAAAAGGATTTTGAAGAATGTGGTATTGCTTTTATGGAAATAGATGTAACCCCAGTGGTTGCACCACACACAGCAGAGAATTCAACTGTGGAGGCTGCAAGAAGCTCTGTTGTGAAATCTGAGGTTGAC
ATTGAATCTGCTGTGGCCCACAAAGATAATGAGGAGCTAGGAACAAGGGACACTTCTGGCTCTGGTGGGACTGAAGATGTATTTTTAGGAAAGGATCATGGAGTAAAAATGGAAGTGGACCCACTGGTCAAAGTTCATTCTGCTTTGGAGCAGATTAAAAATTCTTATGGTGAGGATGAGTTTAGTGATATTGACAGTGC
AAAAGTTTTGCATAATCTTCATAAACATGATTTGCAAGTAGACTTGCAAACTGATAATCAGGAAGCAAAGTTAAATGCAGTAACAGAGGCCAATGATGCAAATTCTGTTTTAGAAGGTCGGAAAAGGATAATTGTTATTGGTGGAGGTCCTGCTGGGCTAGCAGCTGCTAGGCATTTGCAACGGCTAAATTGTCATGTGA
CTGTTTTGGAAGCAAGAGATAGGGTAGGTGGAAGAGTTTATACAGATCGTTCAGCACTTTCAGTGCCAGTGGATCTAGGTGCTAGCATTATTACTGGTGTTGAGGCAGATGTGGCAACAGAAAGAAGACCAGATCCATCTGCATTGCTTTGTACACAGCTTGGCCTGGAGTTGACAGTGCTAAATAGTGACTGCCCTCTG
TATGATTCTGTGACTGGTCAGAAAGTTCCATCCACCTTAGATGAGGCACTAGAAGCAGAATATAACAGCCTGCTCGATGACATGGTGATGCTTGTTGCTCAGAATGGAGATGTAGCAATGCGCATGTCTCTGGAAGAAGGGTTAGAGTATGCTCTGAAAAAGCGACGGATTGCTCGATCAAGCTCTACTTGTTTGGAGTT
GGCAAGTAGTAAAGCTCTTCTTAATGATCCTGACAGTGGAAGCACAATTCAAGATTCCTCAGTGGGAGCATTCGAGTCACTGAGTGCAACAGTTGATTCTAGCTTAAAGACAGTTTCTGAAAATAATGTTTCAGTAGCTGCAGGTATGGAAAATGAGATTAACATGGAACCTCAACCTGATAAACTGAATTTATTGGACA
ATTCTAACATGGAACAACAGAGCCTCAGTCCACTTGAGCGACGAGTTATGGATTGGCATTTTGCTAATTTGGAGTATGGCTGTGCAGCAGAACTTAGTCGGGTTTCACTCCCTTACTGGAACCAGGATGATGCTTATGGAGGTTTTGGAGGAGCTCACTGTATGATTAAAGGAGGTTATAGCACTGTCATGGAGGCATTA
GCTGAAGGTCTTAATATTCAGTTAGGTCACATTGTAACAGAGATTTCATACTCGAGGAACCCAAAGGGAGAGGTCAAAGTTTGGACTGAGAATTGTCAGGAATTTGTTGGTGATGCAGTTCTGATAACTGTACCCCTTGGTTGCTTGAAAGCAAACACAATCAAGTTTTCACCAGAACTTCCGGATTGGAAATTATCCTC
CATTCAACAACTTGGGTTTGGTGTCCTAAACAAGGTAATCATGGAATTTCCCAATGTTTTTTGGGATGAGAATGTGGATTATTTTGGGGCAACTGCAGAGATCACGGAGTTACGAGGTCGGTGTTTTATGTTTTGGAATCTGAAGAAAACAGTTGGTGCCCCAGTTCTGATCGCTCTTGTTGTTGGAAAGGCTGCAATAG
ATGGCCAGAATTTAGAAACCTCTGATCATGTTAAACATGCAGTCATGATCCTCCGAAAGCTCTTCGGAGAAACTACTGTACCAGACCCCATTGCATCTGTTGCTACAAACTGGGGTGGTGACCCATTTAGTAGGGGTGCTTACTCTTATGTTGCAGTTGGTGCTTCTGGAGAGGACTATGATATTTTGGGCAGGCCTGTA
GAAAACTGTCTATTCTTTGCTGGGGAGGCAACCTGTAAAGAGCATCCAGATACTGTTGGTGGTGCAATGATGAGTGGTCTTCGAGAAGCTGTTCGAATTGTTGACATTCTGGAAAATAGAGAGGACTCCATGGCAGAGGCTGAGGCTATGGCTGCTGCACAAAGGCATTCTGATAGTGAAAGAAATGAAGTGAGGGACAT
GGTGAAGAGACTTGATGCAGGAGAGCTTTCCAGTGTTCTTTGCAAGGGATCTCTTGATGGGGAACAGAAGCCTTTGAGCAAAGATGCTTTGCTTCAAGACATGCTTGGAAATGCAAAGACAACAGCTGGGCGTCTATTTTTAGCAAAGAAGATGCTGCAGCTACCTGCTGCTGCTGTGAAGGCTTTTGCTGGCACAAAAG
AAGGGCTTAGCATTTTCAACAAATGGATCCTGGATTCCATGGGCAAAGATGGAACACAACTCTTGCGCCACTGTGTACGGTTGTTATTAATCGTTTCAACTGATATGATTGCAGTACGGCAATCTGGAATTGGAAGATCAGTTAAGGAGAAAGTTTGTGTGCATACAAGCCGTGATATTCGTGCTGTAGCTAGTCAGCTG
GTAAAAATGTGGATTGAAGTATTTCGAAAGGAGAAAGCAAATGGAGGTTTCAAACTCCTTAAGCAGCTGCATGGATCTGCTTCTAACCCCAGTTCATCAGATGCGGTAAAAGCAAAATCTAAAGACCAAGGCAGTGGGAAACCTTCTGCCACTGCAGCCAATGATGCGAAGGGAAATACAGATCAGTCCCCCTCTACTCC
AATCAACAAGAATGCGGCATTGCACTCTGTACATATGGAAGATGGAAGTGAGCTAAAAAAGGAAGCAAATTCTGTGGGGGCACAAACCTTGGATCAAGGGCAACCCAAAAAGTCCGAGGATTGTGCCCTCTCTGAATTAGAAGCTGCAGCTATTGCTGCCGAAGAAGCAGCTCGAGCTGCTGCTGCAGCTGCTGCAGAGG
CATATGCAACATCAGAAGCAGAATGCAGTACCTTCCGTGAACTTCCTAAGATACCATCGTTTCATAAATTTGCCAGGCGTGAACAATATGTACAAAAGGAGGATTCCGATGTCAGAAAGAGGAAATGGTCTGGTGCAGTGCTTGGGAAGCAGGATTGTTCTTCTGAAATAGATTCTAGAAGCTGTAGAGTTAGGAATTGG
TCAGTAGATTTTGCTGCTACTTGTGGTAATTTAGATAGTTCTAGATTAGCAGGTCCAGATTTTGGAATTGGAAATATTTTGCCCACAACTGATTCAAACAAGAAACAGAGAAGCCACTCCAATGATGTTGATAGTCATTCCGACCTTAAGGAGCGGTCGGCAGAAACAGGGGCAGTTGACAGTAAATCGACAAAAAGTAG
AGTTCAGAATTCTGGCGGCATTACTGGAGTAAAGATCCCTGACAGTAGAGCTAAACAACCTTATTCATTGGGATCACATTCAGAAGTTTTTGATCAAAGTATTCAGAAATTGAATGAGAAATGTTCTAGTAAGATTGAGCAAATATGTATTGGGAAGGCAAGACGTGGTAATGATGATAAAGGGGTTGCTGAAGCCGGAG
CAAACAGAGGATCACCTGGTACTAGAAATGGCCATAAAGATGAAGCCAGAGGGGCAGACCATATAAAAAAGGGTATCTCAGATTATGTAGCATCATTGCTCATGCCATTGTACAAGACCAAGAAAATTGACAAAGATGGGTACAAATCTATCATGAAAAAGAGTACCATCAAGGTGATGGAACATAACACACCAGCAGAG
AATGCCATGACTGTTTCTGAGTTCCTTGATTGCAAACGCAGAAATAAGATTCGTTCCTTGGTGGACAAGTTCATAGAGAAACATTTGGCAAGTACTCAACTATGAGTGGCATATGTGATCTGCAGACTAGACATATTTGTTCTGCAAGCTGGTGTGCATCCACTTTTTTCCAGATCACTATGTTGTTTTGAGGTGCTGCG
AATTCATTACCTTTAATACTATAATGCCAATTTATTGGTGTGCTTCTGTAACTCATTCTCATGGAACGTGAGCAGTTCTTTATTTGTTAAAGGTTTGAGCAAATACGAGAAAATAAAGGTAAATGATGGCTCTATATTGAAGATTGTCTTGTCATTTCTGTAAAGGGTACTTGGCTAATTTCACAGCTGCCTTGGCTAAT
TTCACAGCCGGCCTGTGGTGAATACAAAGGTGCTGCAGCTCATGATTTTAGGGATTCTTCTCTGTGAATTTTCAAGGGAACAACAATTTTCCTTCATTTGGTTTGCCTTTGTTTCTTTTCCTTGCCATACATTTTTAGAATGTAAATTACAGTTTTGACCTTGGAAATCTTGATTTAATGCGAAATGCATTCACAAGGTA
CGAAAATATGAACATATGAATAGAACCAAAGAATCAGAGTATCAATAATTCAGTGATACTGGATGGTTAGAATTTATTAATATTTCCGGTTCCCAACAAATAGTGGAGAGCTAATGACACATTGACAGGCATCGCTGCCTTCTTAAAGTGCCTAGCAAAATCCCAAAGGCAGCCAATTATTTTCCGACTGCTTTGTGTAT
AATAGAAAAAGCAATAAAATGCAATGAAATTTGGTGGCTGCTATCGAACCTTTTGTAGAGAGATATGAAAGATGGTTGCTTGGTGATTCGGAAGAGAACAAGGTCGAGGACGAGGTGGCATATGCATATTTTTTGAGGGTTTTGTCAGTTTTTCTTTGGAAGTGGTTTCTATATTTGAAGGTCAGAGTTGCTCAATTTGT
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>TRINITY_DN100664_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:

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