NA ----> NA

Intron 1 GCACTAATTG ... ATTCTCGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	70.59	5	12	14.5
A2	52.17	11	12	2
A3	44.44	10	8	4.5
A4	88.89	1	8	8.5
A5	52.94	8	9	4
A6	49.42	87	85	16
A7	57.78	38	52	7.5
A8	53.92	47	55	11.5
A9	51.65	44	47	10.5
A10	53.57	26	30	8

>TRINITY_DN102777_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

TTGTGGGTCGGTTGTATGAGGGTAGTTTTGATAAGAATTTGTATATTGTTGCTAGGGTTTATTAAGCGATGTAATTTCTTGTGCTTATAATTGTTAGGGATTTATGACAGTTGACTTATATTAGGGTTTAGGGTTTTAGGGACAATGAGGCTCTGTGTTAGTTAAAGATGCCGGGGATGACTACTGTTGAAAGAATTTGT
TGCGTGTCATCTGAACCTTTCTGGTTTTGAAGAAGCAACTCTTCTGAGTGGAGGGAGCATGGAGGCCGAATACTCACATATTCGGCAGGAATGCCAAGTGCATGAGGAATGCTGTGAGCTTTCATTTTTGAGGACCTACTCACTTGTAACAAAGGTTATTGCTGACGTGCATTCTCTGATTGAATTTAGTGTGTTTTTTC
TGCCATGTAATATCCTTGTATTGAAGGACAAAAGGCATCCGAATGCATGTTTACGTGTGCTTTCACACATAGGAAAAATTGTATTTGATTGCAGCTTCAAGCTGAATAGTCTTTCTTCACTGG

>TRINITY_DN102777_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TTGTGGGTCGGTTGTATGAGGGTAGTTTTGATAAGAATTTGTATATTGTTGCTAGGGTTTATTAAGCGATGTAATTTCTTGTGCTTATAATTGTTAGGGATTTATGACAGTTGACTTATATTAGGGTTTAGGGTTTTAGGGACAATGAGGCTCTGTGTTAGTTAAAGATGCCGGGGATGACTACTGTTGAAAGAATTTGT
TGCGTGTCATCTGAACCTTTCTGGTTTTGAAGAAGCAACTCTTCTGAGgcactaattgaacaagggttacaagggccgattattgcattgtttatcctttttgtttttgttggaatgtggtatttcgatctgctattaaacttatgttgtggtttaattctcgtagTGGAGGGAGCATGGAGGCCGAATACTCACATATT
CGGCAGGAATGCCAAGTGCATGAGGAATGCTGTGAGCTTTCATTTTTGAGGACCTACTCACTTGTAACAAAGGTTATTGCTGACGTGCATTCTCTGATTGAATTTAGTGTGTTTTTTCTGCCATGTAATATCCTTGTATTGAAGGACAAAAGGCATCCGAATGCATGTTTACGTGTGCTTTCACACATAGGAAAAATTGT
ATTTGATTGCAGCTTCAAGCTGAATAGTCTTTCTTCACTGG

Intron 2 GTAATTTTGA ... ATTCTCGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75	4	12	13
A2	73.91	6	17	2
A3	81.25	3	13	4
A4	80	3	12	9
A5	59.09	9	13	4
A6	75.74	33	103	8
A7	70.59	20	48	5
A8	77.78	12	42	7
A9	73.68	15	42	6
A10	60.66	24	37	7

>TRINITY_DN112430_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

GAATCCTAACCCTAGTCCGACACCCAATCTATCTTGCGAGTTGAAGTGAGGTTTTTATTTCGGCCTCAACACGAAGTGATTGGTCTGGATACGGGGCAAGTTTATCCAATTCAACATATAATTACAGAGGCAGAGAAGTTTGAGCTGAGCCTTTGCTAAACGATTACACCCTATGATTTCCAGAAAGCCACTGTTGTTTT
GTGGGTCGGTTGTATGAGGTGGAGGGAGCATGGAGGCCGAATACTCACATATTCGGCAGGAATGCCAAGTGCATGAGGAATGCTGTGAGCTTTCATTT

>TRINITY_DN112430_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GAATCCTAACCCTAGTCCGACACCCAATCTATCTTGCGAGTTGAAGTGAGGTTTTTATTTCGGCCTCAACACGAAGTGATTGGTCTGGATACGGGGCAAGTTTATCCAATTCAACATATAATTACAGAGGCAGAGAAGTTTGAGCTGAGCCTTTGCTAAACGATTACACCCTATGATTTCCAGAAAGCCACTGTTGTTTT
GTGGGTCGGTTGTATGAGGgtaattttgataagaatttgtatgttattttgtgggtcggttgtatgagggtagttttgataagaatttgtatattgttgctagggtttattaagcgatgtaatttcttgtgcttataattgttagggatttatgacagttgacttatattagggtttagggttttagggacaatgaggct
ctgtgttagttaaagatgccggggatgactactgttgaaagaatttgttgcgtgtcatctgaacctttctggttttgaagaagcaactcttctgaggcactaattgaacaagggttacaagggccgattattgcattgtttatcctttttgtttttgttggaatgtggtatttcgatctgctattaaacttatgttgtgg
tttaattctcgtagTGGAGGGAGCATGGAGGCCGAATACTCACATATTCGGCAGGAATGCCAAGTGCATGAGGTAATGTTTCTAAGGCCTTATGTTTGCTAGGGTAATATTAGTATTTTGTGCCAAGTGTATGAGGTAATGTTTCTCAGGCCTTATGCTTGCTAGGGTAATATTGGTATTCTGTTTTATCCATAATGGTT
GTGGGGGTAGTTTGGAAAATTAATACTTGCACAAACCCATTCAAATCTATGTTTGATATGCACCTTCACGTTGCAAAGCTATGAGGTTATCTATGTGAGTTTGAGATGTGCATCCTTGAGCTTCTTCGCTATATGGAGGTGCATAGCAAACCTGGGTTTAGATGCTAGTATCCATATTTATTGAACTTAATACACCATTT
AGATCCTATGCACTGTTTCACACATAAATATTGGTTTCATAATAGATATACACCTCCAG

Intron 3 GTAGTTTTGA ... ATTCTCGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	84.62	2	11	13
A2	90	2	18	2
A3	64.71	6	11	4
A4	94.44	1	17	9
A5	75	2	6	4
A6	82.14	20	92	8
A7	80.7	11	46	5
A8	82.81	11	53	7
A9	88.46	6	46	6
A10	74.42	11	32	7

>TRINITY_DN108409_c4_g6_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

AATCCTAACCCTAGTCCGACACCCAATCTATCTTGCGAGTTGAAGTGAGGTTTTTATTTCGGCCTCAACACGAAGTGATTGGTCTGGATACGGGGCAAGTTTATCCAATTCAACATATAATTACAGAGGCAGAGAAGTTTGAGCTGAGCCTTTGCTAAACGATTACACCCTATGATTTCCAGAAAGCCACTGTTGTTTTG
TGGGTCGGTTGTATGAGGGTAATTTTGATAAGAATTTGTATGTTGTTTTGTGGGTCGGTTGTATGAGGTGGAGGGAGCATGGAGGCCGAATACTCACATATTCGGCAGGAATGCCAAGTGCATGAGGTAATGTTTCTAAGGCCTTATGTTTGCTAGGGTAATATTAGTATTTTGTGCCAAGTGTATGAGGTAATGTTTCT
CAGGCCTTATGCTTGCTAGGGTAATATTGGTATTCTGTTTTATCCATAATGGTTGTGGGGGTAGTTTGGAAAATTAATACTTGCACAAACCCATTCAAATCTATGTTTGATATGCACCTTCACGTTGCAAAGCTATGAGGTTATCTATGTGAGTTTGAGATGTGCATCCTTGAGCTTCTTCGCTATATGGAGGTGCATAG
CAAACCTGGGTTTAGATGCTAGTATCCATATTTATTGAACTTAATACACCATTTAGATCCTATGCACTGTTTCACACATAAATATTGGTTTCATAATAGATATACACCTCCAGGTCTTAAAGCGGAATTAATTTCTGTGAACTTGAGATATGCATACAGTTTTGCAACTTGGAGGTGTATTATCAAACCTGGGTTTGGAT
TTGTTTGTGCTCGTTGGAATGTTCATTGGACCCAATACGCCATTTATCTTGAATCCACCGTTTCCCTTACAAATATTCGTTTGATATATATCCACTACCTCAAAGCTCGAAGGTAATTTCTATGAAGAACTTGAGATATGTATCCTTGAGCTTTGCAGCTTGGAGGTGCATATCAAGCCGGGGTTTAGATGTGTTTGTGC
TAGTGTCTATGTATAATTGACTCA

>TRINITY_DN108409_c4_g6_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AATCCTAACCCTAGTCCGACACCCAATCTATCTTGCGAGTTGAAGTGAGGTTTTTATTTCGGCCTCAACACGAAGTGATTGGTCTGGATACGGGGCAAGTTTATCCAATTCAACATATAATTACAGAGGCAGAGAAGTTTGAGCTGAGCCTTTGCTAAACGATTACACCCTATGATTTCCAGAAAGCCACTGTTGTTTTG
TGGGTCGGTTGTATGAGGGTAATTTTGATAAGAATTTGTATGTTGTTTTGTGGGTCGGTTGTATGAGGgtagttttgataagaatttgtatattgttgctagggtttattaagcgatgtaatttcttgtgcttataattgttagggatttatgacagttgacttatattagggtttagggttttagggacaatgaggctc
tgtgttagttaaagatgccggggatgactactgttgaaagaatttgttgcgtgtcatctgaacctttctggttttgaagaagcaactcttctgaggcactaattgaacaagggttacaagggccgattattgcattgtttatcctttttgtttttgttggaatgtggtatttcgatctgctattaaacttatgttgtggt
ttaattctcgtagTGGAGGGAGCATGGAGGCCGAATACTCACATATTCGGCAGGAATGCCAAGTGCATGAGGTAATGTTTCTAAGGCCTTATGTTTGCTAGGGTAATATTAGTATTTTGTGCCAAGTGTATGAGGTAATGTTTCTCAGGCCTTATGCTTGCTAGGGTAATATTGGTATTCTGTTTTATCCATAATGGTTG
TGGGGGTAGTTTGGAAAATTAATACTTGCACAAACCCATTCAAATCTATGTTTGATATGCACCTTCACGTTGCAAAGCTATGAGGTTATCTATGTGAGTTTGAGATGTGCATCCTTGAGCTTCTTCGCTATATGGAGGTGCATAGCAAACCTGGGTTTAGATGCTAGTATCCATATTTATTGAACTTAATACACCATTTA
GATCCTATGCACTGTTTCACACATAAATATTGGTTTCATAATAGATATACACCTCCAGGTCTTAAAGCGGAATTAATTTCTGTGAACTTGAGATATGCATACAGTTTTGCAACTTGGAGGTGTATTATCAAACCTGGGTTTGGATTTGTTTGTGCTCGTTGGAATGTTCATTGGACCCAATACGCCATTTATCTTGAATC
CACCGTTTCCCTTACAAATATTCGTTTGATATATATCCACTACCTCAAAGCTCGAAGGTAATTTCTATGAAGAACTTGAGATATGTATCCTTGAGCTTTGCAGCTTGGAGGTGCATATCAAGCCGGGGTTTAGATGTGTTTGTGCTAGTGTCTATGTATAATTGACTCA