sp|Q9LJE5|ECT2_ARATH ----> YTH domain-containing protein ECT2
Intron 1 GTATATTTTT ... ATCTTTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.2 | 46 | 0 | 12 |
| A2 | 22.69 | 24.5 | 0 | 7 |
| A3 | 24.39 | 28 | 6 | 9 |
| A4 | 31.75 | 33 | 0 | 15 |
| A5 | 18.13 | 14.5 | 1 | 2 |
| A6 | 17.77 | 10 | 0 | 2 |
| A7 | 22.5 | 38.5 | 0 | 11 |
| A8 | 25.7 | 32 | 1 | 11 |
| A9 | 21.51 | 34.5 | 0 | 9 |
| A10 | 25.67 | 51.5 | 1 | 17 |
>TRINITY_DN117732_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoformGGGCAATGATGCTTTGGTTGAAGATTTTGTTTCTTCAACCGGTGGGTGGGCGATGATTGTTTTTGTATGGCAATGTTTCACTTTGACTATTGACTCAGAGGCTACTGGATCACTGAAAAAGTTGACATTAGACCCTCAGTCAAAACCTGCAGAGCCCCCAGACACAAAGAACCAGCCTTTATCAACACAAGGTGGGGATG
TTGGAATTTCTGATCAAACTCCCAGTGCAGTTGTACTAGCTTCTTCAGCCGATGGGTCAAGTGGTCCTGGGGCACAAGATACAGCAATGGAGGCCAACATGTTTTATGGGCAAAACAGTTATCCTCCTCCAACATATTACTATGGAGGTTATGATGGCCCTGCCCCTGAATGGGAAGAGTATCCGCGATATGTCAACATC
GATGGGATGGAAATCCCGTCTCCTGGTGTATATAGTGAAAATGGATCTGTTATATATCATACTGGATATGCATATGCCCCTCAAATGCCATATGGTCCTTATTCACCGGCTGGGACTCCTCTTCCTTCTATTAGGGGAGATTCTCAGCTTTATGGCACTCGACAGTTCCAGTATACAGGACCTTTCTACCAGCAGGCTGC
TCCACCAGGTGTCCAGTACATCTCTTCAGCGGCTCCCCTGTCTCAGGCAGAGTTGTCAACTTCAGTGGGTACAGATCAATCTACTTTCCATGGTGATGGTTCCAATGCAAATTTTGTTAATGGGAATGCTATGTCTATGCCGCCAAGGCCTAGTTATCCCATGGCCTATGGTTCATTTGGCAGGGGTGTCTTACCTGTAA
CAATTACTAGTCCTGGATATCATGATCCAAGGCAGGGATGTGATGGAACTAGGCCTAGTGGTTCTTGGTCTGATTCAACAAATGTTTCAGAGGGTCAACAAAGGATAACAAGTATTTCTAATCCTGCTGTTATTTCTCAGCAAATTCCTGCTCTAGTATCCTTTGGGCAAAATAATCACCCGGCACCTCATGTAACGGGG
ATCCAGCAACCAAGACCGCTATCTGGCATTGCAACTGCTCCAGCAACTTTTAACAGGGTATACTCACCCAATAGGATATATCCACAGAGTAACAACTCTGGAAGGTCAAGTCCTAGTTATGGGGCAAATGGGAGGACCTGGGTAGCTGTGGACAAGAGCAAACCAAGGGGACGAGGTAATGACTCTCTCTGTGATTGCAT
TGGAACGATGGATGTCTTCAGCGAGCAAAACAGAGGGCCACGAACAAGGTTTAGGAACCAACCGACATCAGTCGGTGATGCACTTCAAGTCGAGGAGCAAACTTTAATCTCCAATGGAAACAGCGAAGCTTATAATGGAACTGTAGACAGAGAACAATATAATAGTCCTGAATTTGTCACTAATTATAAAGATGCAAAAT
TCTTTATCATTAAATCTTACAGTGAAGACAATATCCATAAAAGCATAAAATATGGTGTCTGGGCCAGTACTCCAAATGGGAACAAAAGATTGGATGCCGCCTACCGAGAAGCTCAGGAAAAGCCTGGTGGATGTCCCGTGTTTCTATTCTTCTCGGTAAACGCAAGCGGTCAATTCTGTGGAGTTGCTGAGATGATGGGC
CCTGTTGACTTTCAAAAGAGTGTGGACTATTGGCAGCAAGACAAGTGGAATGGCCAGTTTCCCGTCAAATGGCACATTATCAAAGATGTTTCCAACAGTCAGTTGCGGCACATTACTCTTGAAAATAATGACAATAAACCAGTGACAAACAGCAGAGATACGCAAGAGGTGAAATTTGAGCAGGGAGTAGAAGTGTTGAC
TATATTTAAGAATTATGTTTGCAAGATGTCTATTTTAGATGATTTTCAGTTCTACGAGACTCGCCAAAGAGCAATACAAGAGAGAAAAACCAGACAACAGGAATTCTATCTATCTGGAGGTGAGCTTGTGCAAAATAAGTCTTTGAAATCAAAAGAGTGCAATGCTGGTGAAGATGGAGATGGTGATATAAAATCGGGGC
AGACAGCAGCCGATTTGACCTCTACTTCTCTCTCTTTAAGTGGTGGCCTATCCGGAGAAGGATTCTTAAACAAGCAAAGTTTAGAGGGGAGAGAGCCGTCCAGCATTGGAGATGCACTCAAAGGAGCTCAACCAGCCACTGACAAGGGAAGTGCTAATCAAGACTAGGTTGCGTTTCTTGGCTGCTCTTGAAACACTGCA
GAAAAGGAAAGTTGAATTGAGTGTACAGCATTTCATCTGTCAAAGTTTTAATGTACACGGCATGGTCTTTAAAGTTGTGGGTGGACTGTAAGGAAAATTATTCTTTCAAATTATGCCAAGAATTGCAACTTCCACCACAAATCTCTTTTCTGATTCATGGCTTATAGAGAAGTCAGCTTCTGGAATGTTAAAAATAGCGT
CGAGGTCAGCTAATTAAACAGTAAACACACAATGCCAATGTAATCTGTGGATTTTGTTTTCCTCTGTAAATTCATTCTCACGTAAATGTAGAGGTTGTATCTTAAAGAGATTTATAATCAAAGCATCGGTTTCCTGCTAACTTTTCATGGTCAGAAGTTCTGTAAAATATAGCAGACAATAGCCTGGATGAATAAAGGAG
ATCCGGATTTTTTTGGTTCAAAA
>TRINITY_DN117732_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:GGGCAATGATGCTTTGGTTGAAGATTTTGTTTCTTCAACCGGTGGGTGGGCGATGATTGTTTTTGTATGGCAATGTTTCACTTTGACTATTGACTCAGAGGCTACTGGATCACTGAAAAAGTTGACATTAGACCCTCAGTCAAAACCTGCAGAGCCCCCAGACACAAAGAACCAGgtatattttttcaaacttcatttat
ctttattctttaattttggctgactgttggcagcagtagtttttgtagaatggtttcaatggaacttatagtttggatggtttgcagtataacactgctaaatctttacttgatttgtgtgtttctgatctttttagCCTTTATCAACACAAGGTGGGGATGTTGGAATTTCTGATCAAACTCCCAGTGCAGTTGTACTA
GCTTCTTCAGCCGATGGGTCAAGTGGTCCTGGGGCACAAGATACAGCAATGGAGGCCAACATGTTTTATGGGCAAAACAGTTATCCTCCTCCAACATATTACTATGGAGGTTATGATGGCCCTGCCCCTGAATGGGAAGAGTATCCGCGATATGTCAACATCGATGGGATGGAAATCCCGTCTCCTGGTGTATATAGTGA
AAATGGATCTGTTATATATCATACTGGATATGCATATGCCCCTCAAATGCCATATGGTCCTTATTCACCGGCTGGGACTCCTCTTCCTTCTATTAGGGGAGATTCTCAGCTTTATGGCACTCGACAGTTCCAGTATACAGGACCTTTCTACCAGCAGGCTGCTCCACCAGGTGTCCAGTACATCTCTTCAGCGGCTCCCC
TGTCTCAGGCAGAGTTGTCAACTTCAGTGGGTACAGATCAATCTACTTTCCATGGTGATGGTTCCAATGCAAATTTTGTTAATGGGAATGCTATGTCTATGCCGCCAAGGCCTAGTTATCCCATGGCCTATGGTTCATTTGGCAGGGGTGTCTTACCTGTAACAATTACTAGTCCTGGATATCATGATCCAAGGCAGGGA
TGTGATGGAACTAGGCCTAGTGGTTCTTGGTCTGATTCAACAAATGTTTCAGAGGGTCAACAAAGGATAACAAGTATTTCTAATCCTGCTGTTATTTCTCAGCAAATTCCTGCTCTAGTATCCTTTGGGCAAAATAATCACCCGGCACCTCATGTAACGGGGATCCAGCAACCAAGACCGCTATCTGGCATTGCAACTGC
TCCAGCAACTTTTAACAGGGTATACTCACCCAATAGGATATATCCACAGAGTAACAACTCTGGAAGGTCAAGTCCTAGTTATGGGGCAAATGGGAGGACCTGGGTAGCTGTGGACAAGAGCAAACCAAGGGGACGAGGTAATGACTCTCTCTGTGATTGCATTGGAACGATGGATGTCTTCAGCGAGCAAAACAGAGGGC
CACGAACAAGGTTTAGGAACCAACCGACATCAGTCGGTGATGCACTTCAAGTCGAGGAGCAAACTTTAATCTCCAATGGAAACAGCGAAGCTTATAATGGAACTGTAGACAGAGAACAATATAATAGTCCTGAATTTGTCACTAATTATAAAGATGCAAAATTCTTTATCATTAAATCTTACAGTGAAGACAATATCCAT
AAAAGCATAAAATATGGTGTCTGGGCCAGTACTCCAAATGGGAACAAAAGATTGGATGCCGCCTACCGAGAAGCTCAGGAAAAGCCTGGTGGATGTCCCGTGTTTCTATTCTTCTCGGTAAACGCAAGCGGTCAATTCTGTGGAGTTGCTGAGATGATGGGCCCTGTTGACTTTCAAAAGAGTGTGGACTATTGGCAGCA
AGACAAGTGGAATGGCCAGTTTCCCGTCAAATGGCACATTATCAAAGATGTTTCCAACAGTCAGTTGCGGCACATTACTCTTGAAAATAATGACAATAAACCAGTGACAAACAGCAGAGATACGCAAGAGGTGAAATTTGAGCAGGGAGTAGAAGTGTTGACTATATTTAAGAATTATGTTTGCAAGATGTCTATTTTAG
ATGATTTTCAGTTCTACGAGACTCGCCAAAGAGCAATACAAGAGAGAAAAACCAGACAACAGGAATTCTATCTATCTGGAGGTGAGCTTGTGCAAAATAAGTCTTTGAAATCAAAAGAGTGCAATGCTGGTGAAGATGGAGATGGTGATATAAAATCGGGGCAGACAGCAGCCGATTTGACCTCTACTTCTCTCTCTTTA
AGTGGTGGCCTATCCGGAGAAGGATTCTTAAACAAGCAAAGTTTAGAGGGGAGAGAGCCGTCCAGCATTGGAGATGCACTCAAAGGAGCTCAACCAGCCACTGACAAGGGAAGTGCTAATCAAGACTAGGTTGCGTTTCTTGGCTGCTCTTGAAACACTGCAGAAAAGGAAAGTTGAATTGAGTGTACAGCATTTCATCT
GTCAAAGTTTTAATGTACACGGCATGGTCTTTAAAGTTGTGGGTGGACTGTAAGGAAAATTATTCTTTCAAATTATGCCAAGAATTGCAACTTCCACCACAAATCTCTTTTCTGATTCATGGCTTATAGAGAAGTCAGCTTCTGGAATGTTAAAAATAGCGTCGAGGTCAGCTAATTAAACAGTAAACACACAATGCCAA
TGTAATCTGTGGATTTTGTTTTCCTCTGTAAATTCATTCTCACGTAAATGTAGAGGTTGTATCTTAAAGAGATTTATAATCAAAGCATCGGTTTCCTGCTAACTTTTCATGGTCAGAAGTTCTGTAAAATATAGCAGACAATAGCCTGGATGAATAAAGGAGATCCGGATTTTTTTGGTTCAAAA
Intron 2 GTATGCTGCT ... TTTAAAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.23 | 42 | 12 | 8 |
| A2 | 19.15 | 19 | 5 | 4 |
| A3 | 15.38 | 22 | 6 | 2 |
| A4 | 23.94 | 27 | 9 | 8 |
| A5 | 9.09 | 20 | 3 | 1 |
| A6 | 31.82 | 15 | 10 | 4 |
| A7 | 27.12 | 43 | 14 | 18 |
| A8 | 23.08 | 25 | 12 | 3 |
| A9 | 21.9 | 41 | 9 | 14 |
| A10 | 18.92 | 45 | 11 | 10 |
>TRINITY_DN100236_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoformATGCCCCTCAAATGCCATATGGTCCTTATTCACCGGCTGGGACTCCTCTTCCTTCTATTAGGGGAGATTCTCAGCTTTATGGCACTCGACAGTTCCAGTATACAGGACCTTTCTACCAGCAGGCTGCTCCACCAGGTGTCCAGTACATCTCTTCAGCGGCTCCCCTGTCTCAGGCAGAGTTGTCAACTTCAGTGGGTACA
TGCCCCTCAAATGCCATATGGTCCTTATTCACCGGCTGGGACTCCTCTTCCTTCTATTAGGGGAGATTCTCAGCTTTATGGCACTCGACAGTTCCAGTATACAGGACCTTTCTACCAGCAGGCTGCTCCACCAGGTGTCCAGTACATCTCTTCAGCGGCTCCCCTGTCTCAGGCAGAGTTGTCAACTTCAGTGGGTACAG
ATCAATCTACTTTCCATGGTGATGGTTCCAATGCAAATTTTGTTAATGGGAATGCTATGTCTATGCCGCCAAGGCCTAGTTATCCCATGGCCTATGGTTCATTTGGCAGGGGTGTCTTACCTGTAACAATTACTAGTCCTGGATATCATGATCCAAGGCAGGGATGTGATGGAACTAGGCCTAGTGGTTCTTGGTCTGAT
TCAACAAATGTTTCAGAGGGTCAACAAAGGATAACAAGTATTTCTAATCCTGCTGTTATTTCTCAGCAAATTCCTGCTCTAGTATCCTTTGGGCAAAATAATCACCCGGCACCTCATGTAACGGGGATCCAGCAACCAAGACCGCTATCTGGCATTGCAACTGCTCCAGCAACTTTTAACAGGGTATACTCACCCAATAG
GATATATCCACAGAGTAACAACTCTGGAAGGTCAAGTCCTAGTTATGGGGCAAATGGGAGGACCTGGGTAGCTGTGGACAAGAGCAAACCAAGGGGACGAGGTAATGACTCTCTCTGTGATTGCATTGGAACGATGGATGTCTTCAGCGAGCAAAACAGAGGGCCACGAACAAGGTTTAGGAACCAACCGACATCAGTCG
GTGATGCACTTCAAGTCGAGGAGCAAACTTTAATCTCCAATGGAAACAGCGAAGCTTATAATGGAACTGTAGACAGAGAACAATATAATAGTCCTGAATTTGTCACTAATTATAAAGATGCAAAATTCTTTATCATTAAATCTTACAGTGAAGACAATATCCATAAAAGCATAAAATATGGTGTCTGGGCCAGTACTCCA
AATGGGAACAAAAGATTGGATGCCGCCTACCGAGAAGCTCAGGAAAAGCCTGGTGGATGTCCCGTGTTTCTATTCTTCTCGGTAAACGCAAGCGGTCAATTCTGTGGAGTTGCTGAGATGATGGGCCCTGTTGACTTTCAAAAGAGTGTGGACTATTGGCAGCAAGACAAGTGGAATGGCCAGTTTCCCGTCAAATGGCA
CATTATCAAAGATGTTTCCAACAGTCAGTTGCGGCACATTACTCTTGAAAATAATGACAATAAACCAGTGACAAACAGCAGAGATACGCAAGAGGTGAAATTTGAGCAGGGAGTAGAAGTGTTGACTATATTTAAGAATTATGTTTGCAAGATGTCTATTTTAGATGATTTTCAGTTCTACGAGACTCGCCAAAGAGCAA
TACAAGAGAGAAAAACCAGACAACAGGAATTCTATCTATCTGGAGGTGAGCTTGTGCAAAATAAGTCTTTGAAATCAAAAGAGTGCAATGCTGGTGAAGATGGAGATGGTGATATAAAATCGGGGCAGACAGCAGCCGATTTGACCTCTACTTCTCTCTCTTTAAGTGGTGGCCTATCCGGAGAAGGATTCTTAAACAAG
CAAAGTTCAGAGGGGAGAGAGCCGTCCAGCATTGGAGATGCACTCAAAGGAGCTCAACCAGCCACTGACAAGGGAAGTGCTAATCAAGACTAGGTTGCGTTTCTTGGCTGCTCTTGAAACACTGCAGAAAAGGAAAGTTGAATTGAGTGTACAGCATTTCATCTGTCAAAGTTTTAATGTACACGGCATGGTCTTTAAAG
TTGTGGGTGGACTGTAAGGAAAATTATTCTTTCAAATTATGCCAAGAATTGCAACTTCCACCACAAATCTCTTTTCTGATTCATGGCTTATAGAGAAGTCAGCTTCTGGAATGTTAAAAATAGCGTCGAGGTCAGCTAATTAAACAGTAAACACACAATGCCAATGTAATCTGTGGATTTTGTTTTCCTCTGTAAATTCA
TTCTCACGTAAATGTAGAGGTTGTATCTTAAAGAGATTTATAATCAAAGCATCGGTTTCCTGCTAACTTTTCATGGTCAGAAGTTCTGTAAAATATAGCAGACAATAGCCTGGATGAATAAAGGAGATCCGGATTTTTTTGGTTCACTGTCATCTATCTTCTTGATTACAGACTCGAGGGATCAGTTATTTACTCTCCTT
TTATCT
>TRINITY_DN100236_c0_g1_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:ATGCCCCTCAAATGCCATATGGTCCTTATTCACCGGCTGGGACTCCTCTTCCTTCTATTAGGGGAGATTCTCAGCTTTATGGCACTCGACAGTTCCAGTATACAGGACCTTTCTACCAGCAGGCTGCTCCACCAGGTGTCCAGTACATCTCTTCAGCGGCTCCCCTGTCTCAGGCAGAGTTGTCAACTTCAGTGGGTACA
TGCCCCTCAAATGCCATATGGTCCTTATTCACCGGCTGGGACTCCTCTTCCTTCTATTAGGGGAGATTCTCAGCTTTATGGCACTCGACAGTTCCAGTATACAGGACCTTTCTACCAGCAGGCTGCTCCACCAGGTGTCCAGTACATCTCTTCAGCGGCTCCCCTGTCTCAGGCAGAGTTGTCAACTTCAGTGGGTACAG
ATCAATCTACTTTCCATGGTGATGGTTCCAATGCAAATTTTGTTAATGGGAATGCTATGTCTATGCCGCCAAGGCCTAGTTATCCCATGGCCTATGGTTCATTTGGCAGGGGTGTCTTACCTGTAACAATTACTAGTCCTGGATATCATGATCCAAGGCAGGGATGTGATGGAACTAGGCCTAGTGGTTCTTGGTCTGAT
TCAACAAATGTTTCAGAGGGTCAACAAAGGATAACAAGTATTTCTAATCCTGCTGTTATTTCTCAGCAAATTCCTGCTCTAGTATCCTTTGGGCAAAATAATCACCCGGCACCTCATGTAACGgtatgctgctttcctatcttccattttggtttttgcttttgcttacattttgggtggtgttgctcatttaatcaaga
ttgctatttgattaaggggcagttaattggtttgattttgagtttgatgtttttattcgttgctttaaagcagGGGATCCAGCAACCAAGACCGCTATCTGGCATTGCAACTGCTCCAGCAACTTTTAACAGGGTATACTCACCCAATAGGATATATCCACAGAGTAACAACTCTGGAAGGTCAAGTCCTAGTTATGGGG
CAAATGGGAGGACCTGGGTAGCTGTGGACAAGAGCAAACCAAGGGGACGAGGTAATGACTCTCTCTGTGATTGCATTGGAACGATGGATGTCTTCAGCGAGCAAAACAGAGGGCCACGAACAAGGTTTAGGAACCAACCGACATCAGTCGGTGATGCACTTCAAGTCGAGGAGCAAACTTTAATCTCCAATGGAAACAGC
GAAGCTTATAATGGAACTGTAGACAGAGAACAATATAATAGTCCTGAATTTGTCACTAATTATAAAGATGCAAAATTCTTTATCATTAAATCTTACAGTGAAGACAATATCCATAAAAGCATAAAATATGGTGTCTGGGCCAGTACTCCAAATGGGAACAAAAGATTGGATGCCGCCTACCGAGAAGCTCAGGAAAAGCC
TGGTGGATGTCCCGTGTTTCTATTCTTCTCGGTAAACGCAAGCGGTCAATTCTGTGGAGTTGCTGAGATGATGGGCCCTGTTGACTTTCAAAAGAGTGTGGACTATTGGCAGCAAGACAAGTGGAATGGCCAGTTTCCCGTCAAATGGCACATTATCAAAGATGTTTCCAACAGTCAGTTGCGGCACATTACTCTTGAAA
ATAATGACAATAAACCAGTGACAAACAGCAGAGATACGCAAGAGGTGAAATTTGAGCAGGGAGTAGAAGTGTTGACTATATTTAAGAATTATGTTTGCAAGATGTCTATTTTAGATGATTTTCAGTTCTACGAGACTCGCCAAAGAGCAATACAAGAGAGAAAAACCAGACAACAGGAATTCTATCTATCTGGAGGTGAG
CTTGTGCAAAATAAGTCTTTGAAATCAAAAGAGTGCAATGCTGGTGAAGATGGAGATGGTGATATAAAATCGGGGCAGACAGCAGCCGATTTGACCTCTACTTCTCTCTCTTTAAGTGGTGGCCTATCCGGAGAAGGATTCTTAAACAAGCAAAGTTCAGAGGGGAGAGAGCCGTCCAGCATTGGAGATGCACTCAAAGG
AGCTCAACCAGCCACTGACAAGGGAAGTGCTAATCAAGACTAGGTTGCGTTTCTTGGCTGCTCTTGAAACACTGCAGAAAAGGAAAGTTGAATTGAGTGTACAGCATTTCATCTGTCAAAGTTTTAATGTACACGGCATGGTCTTTAAAGTTGTGGGTGGACTGTAAGGAAAATTATTCTTTCAAATTATGCCAAGAATT
GCAACTTCCACCACAAATCTCTTTTCTGATTCATGGCTTATAGAGAAGTCAGCTTCTGGAATGTTAAAAATAGCGTCGAGGTCAGCTAATTAAACAGTAAACACACAATGCCAATGTAATCTGTGGATTTTGTTTTCCTCTGTAAATTCATTCTCACGTAAATGTAGAGGTTGTATCTTAAAGAGATTTATAATCAAAGC
ATCGGTTTCCTGCTAACTTTTCATGGTCAGAAGTTCTGTAAAATATAGCAGACAATAGCCTGGATGAATAAAGGAGATCCGGATTTTTTTGGTTCACTGTCATCTATCTTCTTGATTACAGACTCGAGGGATCAGTTATTTACTCTCCTTTTATCT
Intron 3 GTAAGTTGTT ... GTCAATTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.7 | 100 | 11.1 | 23 |
| A2 | 17.64 | 54 | 10.7 | 11.6 |
| A3 | 24.55 | 83 | 9 | 27 |
| A4 | 36.9 | 53 | 7.6 | 31 |
| A5 | 15.63 | 27 | 4.3 | 5 |
| A6 | 18.39 | 147 | 18.1 | 33.1 |
| A7 | 14.9 | 257 | 33.7 | 45 |
| A8 | 15.02 | 228 | 29.7 | 40.3 |
| A9 | 19.92 | 213 | 27 | 53 |
| A10 | 15.91 | 148 | 16.9 | 28 |
>TRINITY_DN117732_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoformGGGCAATGATGCTTTGGTTGAAGATTTTGTTTCTTCAACCGGTGGGTGGGCGATGATTGTTTTTGTATGGCAATGTTTCACTTTGACTATTGACTCAGAGGCTACTGGATCACTGAAAAAGTTGACATTAGACCCTCAGTCAAAACCTGCAGAGCCCCCAGACACAAAGAACCAGCCTTTATCAACACAAGGTGGGGATG
TTGGAATTTCTGATCAAACTCCCAGTGCAGTTGTACTAGCTTCTTCAGCCGATGGGTCAAGTGGTCCTGGGGCACAAGATACAGCAATGGAGGCCAACATGTTTTATGGGCAAAACAGTTATCCTCCTCCAACATATTACTATGGAGGTTATGATGGCCCTGCCCCTGAATGGGAAGAGTATCCGCGATATGTCAACATC
GATGGGATGGAAATCCCGTCTCCTGGTGTATATAGTGAAAATGGATCTGTTATATATCATACTGGATATGCATATGCCCCTCAAATGCCATATGGTCCTTATTCACCGGCTGGGACTCCTCTTCCTTCTATTAGGGGAGATTCTCAGCTTTATGGCACTCGACAGTTCCAGTATACAGGACCTTTCTACCAGCAGGCTGC
TCCACCAGGTGTCCAGTACATCTCTTCAGCGGCTCCCCTGTCTCAGGCAGAGTTGTCAACTTCAGTGGGTACAGATCAATCTACTTTCCATGGTGATGGTTCCAATGCAAATTTTGTTAATGGGAATGCTATGTCTATGCCGCCAAGGCCTAGTTATCCCATGGCCTATGGTTCATTTGGCAGGGGTGTCTTACCTGTAA
CAATTACTAGTCCTGGATATCATGATCCAAGGCAGGGATGTGATGGAACTAGGCCTAGTGGTTCTTGGTCTGATTCAACAAATGTTTCAGAGGGTCAACAAAGGATAACAAGTATTTCTAATCCTGCTGTTATTTCTCAGCAAATTCCTGCTCTAGTATCCTTTGGGCAAAATAATCACCCGGCACCTCATGTAACGGGG
ATCCAGCAACCAAGACCGCTATCTGGCATTGCAACTGCTCCAGCAACTTTTAACAGGGTATACTCACCCAATAGGATATATCCACAGAGTAACAACTCTGGAAGGTCAAGTCCTAGTTATGGGGCAAATGGGAGGACCTGGGTAGCTGTGGACAAGAGCAAACCAAGGGGACGAGGTAATGACTCTCTCTGTGATTGCAT
TGGAACGATGGATGTCTTCAGCGAGCAAAACAGAGGGCCACGAACAAGGTTTAGGAACCAACCGACATCAGTCGGTGATGCACTTCAAGTCGAGGAGCAAACTTTAATCTCCAATGGAAACAGCGAAGCTTATAATGGAACTGTAGACAGAGAACAATATAATAGTCCTGAATTTGTCACTAATTATAAAGATGCAAAAT
TCTTTATCATTAAATCTTACAGTGAAGACAATATCCATAAAAGCATAAAATATGGTGTCTGGGCCAGTACTCCAAATGGGAACAAAAGATTGGATGCCGCCTACCGAGAAGCTCAGGAAAAGCCTGGTGGATGTCCCGTGTTTCTATTCTTCTCGGTAAACGCAAGCGGTCAATTCTGTGGAGTTGCTGAGATGATGGGC
CCTGTTGACTTTCAAAAGAGTGTGGACTATTGGCAGCAAGACAAGTGGAATGGCCAGTTTCCCGTCAAATGGCACATTATCAAAGATGTTTCCAACAGTCAGTTGCGGCACATTACTCTTGAAAATAATGACAATAAACCAGTGACAAACAGCAGAGATACGCAAGAGGTGAAATTTGAGCAGGGAGTAGAAGTGTTGAC
TATATTTAAGAATTATGTTTGCAAGATGTCTATTTTAGATGATTTTCAGTTCTACGAGACTCGCCAAAGAGCAATACAAGAGAGAAAAACCAGACAACAGGAATTCTATCTATCTGGAGGTGAGCTTGTGCAAAATAAGTCTTTGAAATCAAAAGAGTGCAATGCTGGTGAAGATGGAGATGGTGATATAAAATCGGGGC
AGACAGCAGCCGATTTGACCTCTACTTCTCTCTCTTTAAGTGGTGGCCTATCCGGAGAAGGATTCTTAAACAAGCAAAGTTTAGAGGGGAGAGAGCCGTCCAGCATTGGAGATGCACTCAAAGGAGCTCAACCAGCCACTGACAAGGGAAGTGCTAATCAAGACTAGGTTGCGTTTCTTGGCTGCTCTTGAAACACTGCA
GAAAAGGAAAGTTGAATTGAGTGTACAGCATTTCATCTGTCAAAGTTTTAATGTACACGGCATGGTCTTTAAAGTTGTGGGTGGACTGTAAGGAAAATTATTCTTTCAAATTATGCCAAGAATTGCAACTTCCACCACAAATCTCTTTTCTGATTCATGGCTTATAGAGAAGTCAGCTTCTGGAATGTTAAAAATAGCGT
CGAGGTCAGCTAATTAAACAGTAAACACACAATGCCAATGTAATCTGTGGATTTTGTTTTCCTCTGTAAATTCATTCTCACGTAAATGTAGAGGTTGTATCTTAAAGAGATTTATAATCAAAGCATCGGTTTCCTGCTAACTTTTCATGGTCAGAAGTTCTGTAAAATATAGCAGACAATAGCCTGGATGAATAAAGGAG
ATCCGGATTTTTTTGGTTCAAAA
>TRINITY_DN117732_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:AGAAAAACCAGACAACAGgtaagttgtttctttcatggaaattaagaatttagatttgtctaaattcatggtgctcataacgtaagacggtataatgtcaattcagGAATTCTATCTATCTGGAGGTGAGCTTGTGCAAAATAAGTCTTTGAAATCAAAAGAGTGCAATGCTGGTGAAGATGGAGATGGTGATATAAAAT
CGGGGCAGACAGCAGCCGATTTGACCTCTACTTCTCTCTCTTTAAGTGGTGGCCTATCCGGAGAAGGATTCTTAAACAAGCAAAGTTTAGAGGGGAGAGAGCCGTCCAGCATTGGAGATGCACTCAAAGGAGCTCAACCAGCCACTGACAAGGGAAGTGCTAATCAAGACTAGGTTGCGTTTCTTGGCTGCTCTTGAAAC
ACTGCAGAAAAGGAAAGTTGAATTGAGTGTACAGCATTTCATCTGTCAAAGTTTTAATGTACACGGCATGGTCTTTAAAGTTGTGGGTGGACTGTAAGGAAAATTATTCTTTCAAATTATGCCAAGAATTGCAACTTCCACCACAAATCTCTTTTCTGATTCATGGCTTATAGAGAAGTCAGCTTCTGGAATGTTAAAAA
TAGCGTCGAGGTCAGCTAATTAAACAGTAAACACACAATGCCAATGTAATCTGTGGATTTTGTTTTCCTCTGTAAATTCATTCTCACGTAAATGTAGAGGTTGTATCTTAAAGAGATTTATAATCAAAGCATCGGTTTCCTGCTAACTTTTCATGGTCAGAAGTTCTGTAAAATATAGCAGACAATAGCCTGGATGAATA
AAGGAGATCCGGATTTTTTTGGTTCAAAA
Intron 4 GTGGGTCCCT ... TTGAGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 6.85 | 68 | 5 | 0 |
| A2 | 26.67 | 44 | 16 | 7 |
| A3 | 0 | 30 | 0 | 0 |
| A4 | 10.64 | 42 | 5 | 0 |
| A5 | 33.33 | 10 | 5 | 0 |
| A6 | 12.82 | 68 | 10 | 0 |
| A7 | 16.1 | 99 | 19 | 0 |
| A8 | 12.2 | 108 | 15 | 5 |
| A9 | 6.14 | 107 | 7 | 0 |
| A10 | 5.95 | 79 | 5 | 0 |
>TRINITY_DN42344_c0_g3_i2 from sample A8 / Example spliced isoformGCCCTTGTTGCAAACCGTTACTCGCCTTGAAAACAAAGCTGTTTTGCACAACCCGCATGTTAAACAGAGGCTGCTTTGACCCAAGTGTTGCATACTATGCCCTTCACTACCAAATCCAGAAAACCCAGGCTCCATATGTGTTTTTCTCGTTCGATAAGAGAAAGTCTCCATCGCTTACCTGTCCTCTGCTACGCACTTGA
TCGTCTTCCGTTTCAGTTCGGTAAAAAAAAGAAGAGTTCAAATTTCTGATCGAAGGCTGAAGCTACAAGACACACAGAGACGGAGAGAGAAAGGGCTACTCACTCACTGAGAAAGAGGGGGAGGAATAAATGGCAGCCGCTACAGCACAGTCAGTCGAGCAGGCTACTGGATCACTGAAAAAGTTGACATTAGACCCTCA
GTCAAAACCTGCAGAGCCCCCAGACACAAAGAACCAGCCTTTATCAACACAAGGTGGGGATGTTGGAATTTCTGATCAAACTCCCAGTGCAGTTGTACTAGCTTCTTCAGCCGATGGGTCAAGTGGTCCTGGGGCACAAGATACAGCAATGGAGGCCAACATGTTTTATGGGCAAAACAGTTATCCTCCTCCAACATATT
ACTATGGAGGTTATGATGGCCCTGCCCCTGAATGGGAAGAGTATCCGCGATATGTCAACATTGATGGGATGGAAATCCCGTCTCCTGGTGTATATAGTGAAAATGGATCTGTTATATATCATACTGGATATGCATATGCCCCTCAAATGCCATATGGTCCTTATTCACCGGCTGGGACTCCTCTTCCTTCTATTAGGGGA
GATTCTCAGCTTTATGGCACTCGACAGTTCCAGTATACAGGACCTTTCTACCAGCAGGCTGCTCCACCAGGTGTCCAGTACATCTCTTCAGCGGCTCCCCTGTCTCAGGCAGAGTTGTCAACTTCAGTGGGTACAGATCAATCTACTTTCCATGGTGATGGTTCCAATGCAAATTTTGTTAATGGGAATGCTATGTCTAT
GCCGCCAAGGCCTAGTTATCCCATGGCCTATGGTTCATTTGGCAGGGGTGTCTTACCTGTAACAATTACTAGTCCTGGATATCATGATCCAAGGCAGGGATGTGATGGAACTAGGCCTAGTGGTTCTTGGTCTGATTCAACAAATGTTTCAGAGGGTCAACAAAGGATAACAAGTATTTCTAATCCTGCTGTTATTTCTC
AGCAAATTCCTGCTCTAGTATCCTTTGGGCAAAATAATCACCCGGCACCTCATGTAACGGGGATCCAGCAACCAAGACCGCTATCTGGCATTGCAACTGCTCCAGCAACTTTTAACAGGGTATACTCACCCAATAGGATATATCCACAGAGTAACAACTCTGGAAGGTCAAGTCCTAGTTATGGGGCAAATGGGAGGACC
TGGGTAGCTGTGGACAAGAGCAAACCAAGGGGACGAGGTAATGACTCTCTCTGTGATTGCATTGGAACGATGGATGTCTTCAGCGAGCAAAACAGAGGGCCACGAACAAGGTTTAGGAACCAACCGACATCAGTCGGTGATGCACTTCAAGTCGAGGAGCAAACTTTAATCGCCAATGGAAACAGCGAAGCTTATAGTGG
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