NA ----> NA

Intron 1 GTAAATGAAC ... TTTCCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	90	1	9	8
A2	100	0	6	2
A3	85	3	17	2
A4	100	0	12	0
A5	100	0	3	1
A6	78.18	12	43	18
A7	94.74	1	18	5.3
A8	95	1	19	4
A9	78.57	3	11	8
A10	88.89	1	8	2

>TRINITY_DN35994_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

GCCCTCGCCCTCGCCCCAACATGTAGGGTTTCACGTGCTCTCTGTTCCGTCCGGAGACGGCAGAAACACGGTTGAACGTAACGGTCGGCGGACAGAAAGTGCATCGGACGGCAGAAGACTCCCGGCGAGAGTGGCGAGGGGTGAGGATCAAACGGTTGGCAAAGCAGTTGTTTGAGCCCTGGATTTAGGGTTAGGGTTTG
CTCTCTCTATGAATCGCGGTTGCGGTCCGGCTCGTGAAAAGTTAAATCACGTGTGGGCGTATGATGAGTGAATGAATGAATGCATGGTCCGTCATAGGAGTACTTGGATTTCTCGTGGTCTTTTCTAGCTCCTGCTGTAATTATTGTTAATATTATTGCGATCATGATGGTTATGAATAGTTTAGACTTGGAGTTTTGAT
TGCTGCAGAGAGAGATTAACCCTGGATGCAACACCATACTTACGCCGCCGTCTATTCAGTTGCATACAGCTGTTTCTGAGGAAATTTTCCGTGGATTTTTTGTCCTGTATGGCCTTCTCTTCCGTTGCAGTGCTCCTCCTCCTCCTCCACTTATATTAAGTCTAGATCGAAGGCACCCAGAATCGATGGCAGAATAGCTT
GGGAATGGTTGGCTTTAAGGTGTTTTTGGGGCCGATAAAATCGGATTAGTAATGGAGGAAGACCTAATGTTGATTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGACTTCATCCGGATTTGGGTTCCGATGTTTGGTTGCCGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATCTGGGCTCTTCCCTGATGAAGAGATTGTGTTTTCTTTTGC
AATTATTCTCAACTCCTGATTTAATCTTTACCATATTTATATCGTTGGTCGGTTGGGCTTTGATCTGGTTTTGGGAGTTTACCACAACTAGCCCAACTTTGCTTATCAGCGTTATTCCTGTATAGGTGAGTTTTCCAGGGTTGATCCTCAGCGCATTTCTATCTATTCCTGTATGGGTTCTATCTGAAAATCTCGGAAGC
CAACGCCCCAGGAGTTTCGATCTGCCTATGGACCAGGCTAACGGTGAAGCATTTTCACATTCCATCAGTCCAATGATCAGGTTTCAGCTACAGTGTTTGTTTATACCTCGCTGCATACTTCTCTCTCCATGGCAATGAGAATTCTTTCAAAGATAATACTGATACCTTGGGATGATTATGATTATCTTCATTGTTTTGAT
CGCTGAATCCAGGCTAGGGTTTCATTTAGCTGACTCCTCTTTCAAGAAAGTAGATATGAAGGAGATGCTTGTATAGAATACAAAGCATGTTGTCAACTTTAAGGTCAGGTCATATTTTTTGTTTTCTGACTAGAGGAGTTATATTCTGACTTCAATGTGTATGAACAAGCGTCTGATCATAGGTCCATCATTCGCCGAAC
GATTCGGCTGCTAAACATGTTGATGTGATCGAGGCACGCTCCTTATATTCAGATGAGGTTCCCTTGACGAATTTGGCAGCCATGTTCAGTGTTGTGGATCTTTAATGTGCATGGGAATCTCATTACTTAGTTCACTGAAGCAATAAATTATTGTTCACCTGACGTATCGTTGCTATTGAAGATAATAAATGACACTTTAA
ATCTAGATAGATGTTGGGTGTAAAAAAGGGTTTGGAGGTGGTTTCATAGCACCTCTTCGGTGATTTAGCGTCGTTTATATGTCTTTCGATTAATTGGAACGCCTTATTTTTGTTCTCCTAGGATATGAAATTTTATGTTCAGAAACCATGTATCGATATCAATAAGAAACCCTTCTGGGTAGATTGGCGAATTTTATGTT
CA

>TRINITY_DN35994_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GCCCTCGCCCTCGCCCCAACATGTAGGGTTTCACGTGCTCTCTGTTCCGTCCGGAGACGGCAGAAACACGGTTGAACGTAACGGTCGGCGGACAGAAAGTGCATCGGACGGCAGAAGACTCCCGGCGAGAGTGGCGAGGGGTGAGGATCAAACGGTTGGCAAAGCAGTTGTTTGAGCCCTGGATTTAGGGTTAGGGTTTG
CTCTCTCTATGAATCGCGGTTGCGGTCCGGCTCGTGAAAAGTTAAATCACGTGTGGGCGTATGATGAGTGAATGAATGAATGCATGGTCCGTCATAGGAGTACTTGGATTTCTCGTGGTCTTTTCTAGCTCCTGCTGTAATTATTGTTAATATTATTGCGATCATGATGGTTATGAATAGTTTAGACTTGGAGTTTTGAT
TGCTGCAGAGAGAGATTAACCCTGGATGCAACACCATACTTACGCCGCCGTCTATTCAGTTGCATACAGCTGTTTCTGAGGAAATTTTCCGTGGATTTTTTGTCCTGTATGGCCTTCTCTTCCGTTGCAGTGCTCCTCCTCCTCCTCCACTTATATTAAGTCTAGATCGAAGGCACCCAGAATCGATGGCAGAATAGCTT
GGGAATGGTTGGCTTTAAGGTGTTTTTGGGGCCGATAAAATCGGATTAGTAATGGAGGAAGACCTAATGTTGATTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGACTTCATCCGGATTTGGGTTCCGATGTTTGGTTGCCGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATCTGGGCTCTTCCCTGATGAAGAGATTGTGTTTTCTTTTGC
AATTATTCTCAACTCCTGATTTAATCTTTACCATATTTATATCGTTGGTCGGTTGGGCTTTGATCTGGTTTTGGGAGTTTACCACAACTAGCCCAACTTTGCTTATCAGCGTTATTCCTGTATAGGTGAGTTTTCCAGGGTTGATCCTCAGCGCATTTCTATCTATTCCTGTATGGGTTCTATCTGAAAATCTCGGAAGC
CAACGCCCCAGGAGTTTCGATCTGCCTATGgtaaatgaacttgttgcactttcttgttatgtacagcgcagcaccagaccgaatatggtttcgtctattctaccatcatgcccttgaattcgatttcaagatcattttgatcttgggcttcacggatagaggatatgtaatagcagctcattacagcaagggacgttggt
cccatatgaacctgcttttttaaattcttcaaatctgttacaatcatgttttatagcatcttgtagcctttttttgtatgcttggcttttcctgcagGACCAGGCTAACGGTGAAGCATTTTCACATTCCATCAGTCCAATGATCACCCAGGGTTTCAGCTACAGTGTTTGTTTATACCTCGCTGCATACTTCTCTCTCC
ATGGCAATGAGAATTCTTTCAAAGATAATACTGATACCTTGGGATGATTATGATTATCTTCATTGTTTTGATCGCTGAATCCAGGCTAGGGTTTCATTTAGCTGACTCCTCTTTCAAGAAAGTAGATATGAAGGAGATGCTTGTATAGAATACAAAGCATGTTGTCAACTTTAAGGTCAGGTCATATTTTTTGTTTTCTG
ACTAGAGGAGTTATATTCTGACTTCAATGTGTATGAACAAGCGTCTGATCATAGGTCCATCATTCGCCGAACGATTCGGCTGCTAAACATGTTGATGTGATCGAGGCACGCTCCTTATATTCAGATGAGGTTCCCTTGACGAATTTGGCAGCCATGTTCAGTGTTGTGGATCTTTAATGTGCATGGGAATCTCATTACTT
AGTTCACTGAAGCAATAAATTATTGTTCACCTGACGTATCGTTGCTATTGAAGATAATAAATGACACTTTAAATCTAGATAGATGTTGGGTGTAAAAAAGGGTTTGGAGGTGGTTTCATAGCACCTCTTCGGTGATTTAGCGTCGTTTATATGTCTTTCGATTAATTGGAACGCCTTATTTTTGTTCTCCTAGGATATGA
AATTTTATGTTCAGAAACCATGTATCGATATCAATAAGAAACCCTTCTGGGTAGATTGGCGAATTTTATGTTCA

Intron 2 GTAAGTGTCT ... CTGAATCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	47.83	6	8	3
A2	100	0	3	1
A3	76.47	2	6	7
A4	71.43	1	1	4
A5	33.33	1	1	0
A6	75	8	13	35
A7	67.74	5	5	16
A8	91.3	1	8	13
A9	45.45	9	3	12
A10	100	0	3	9

>TRINITY_DN37065_c0_g1_i5 from sample A9 / Example spliced isoform

ACCTCGCCCTCGCCCCAACATGTAGGGTTTCACGTGCTCTCTGTTCCGTCCGGAGACGGCAGAAACACGGTTGAACGTAACGGTCGGCGGACAGAAAGTGCATCGGACGGCAGAAGACTCCCGGCGAGAGTGGCGAGGGGTGAGGATCAAACGGTTGGCAAAGCAGTTGTTTGAGCCCTGGATTTAGGGTTAGGGTTTGC
TCTCTCTATGAATCGCGGTTGCGGTCCGGCTCGTGAAAAGTTAAATCACGTGTGGGCGTATGATGAGTGAATGAATGAATGCATGGTCCGTCATAGGAGTACTTGGATTTCTCGTGGTCTTTTCTAGCTCCTGCTGTAATTATTGTTAATATTATTGCGATCATGATGGTTATGAATAGTTTAGACTTGGAGTTTTGATT
GCTGCAGAGAGAGATTAACCCTGGATGCAACACCATACTTACGCCGCCGTCTATTCAGTTGCATACAGCTGTTTCTGAGGAAATTTTCCGTGGATTTTTTGTCCTGTATGGCCTTCTCTTCCGTTGCAGTGCTCCTCCTCCTCCTCCACTTATATTAAGTCTAGATCGAAGGCACCCAGAATCGATGGCAGAATAGCTTG
GGAATGGTTGGCTTTAAGGTGTTTTTGGGGCCGATAAAATCGGATTAGTAATGGAGGAAGACCTAATGTTGATTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGACTTCATCCGGATTTGGGTTCCGATGTTTGGTTGCCGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATCTGGGCTCTTCCCTGATGAAGAGATTGTGTTTTCTTTTGCA
ATTATTCTCAACTCCTGATTTAATCTTTACCATATTTATATCGTTGGTCGGTTGGGCTTTGATCTGGTTTTGGGAGTTTACCACAACTAGCCCAACTTTGCTTATCAGCGTTATTCCTGTATAGGTGAGTTTTCCAGGGTTGATCCTCAGCGCATTTCTATCTATTCCTGTATGGGTTCTATCTGAAAATCTCGGAAGCC
AACGCCCCAGGAGTTTCGATCTGCCTATGGTAAATGAACTTGTTGCACTTTCTTGTTATGTACAGCGCAGCACCAGACCGAATATGGTTTCGTCTATTCTACCATCATGCCCTTGAATTCGATTTCAAGATCATTTTGATCTTGGGCTTCACGGATAGAGGATATGTAATAGCAGCTCATTACAGCAAGGGACGTTGGTC
CCATATGAACCTGCTTTTTTAAATTCTTCAAATCTGTTACAATCATGTTTTATAGCATCTTGTAGCCTTTTTTTGTATGCTTGGCTTTTCCTGCAGGACCAGGCTAACGGTGAAGCATTTTCACATTCCATCAGTCCAATGATCAGCTAGGGTTTCATTTAGCTGACTCCTCTTTCAAGAAAGTAGATATGAAGGAGATG
CTTGTATAGAATACAAAGCATGTTGTCAACTTTAAGGTCAGGTCATATTTTTTGTTTTCTGACTAGAGGAGTTATATTCTGACTTCAATGTGTATGAACAAGCGTCTGATCATAGGTCCATCATTCGCCGAACGATTCGGCTGCTAAACATGTTGATGTGATCGAGGCACGCTCCTTATATTCAGATGAGGTTCCCTTGA
CGAATTTGGCAGCCATGTTCAGTGTTGTGGATCTTTAATGTGCATGGGAATCTCATTACTTAGTTCACTGAAGCAATAAATTATTGTTCACCTGACGTATCGTTGCTATTGAAGATAATAAATGACACTTTAAATCTAGATAGATGTTGGGTGTAAAAAAGGGTTTGGAGGTGGTTTCATAGCACCTCTTCGGTGATTTA
GCGTCGTTTATATGTCTTTCGATTAATTGGAACGCCTTATTTTTGTTCTCCTAGGATATGAAATTTTATGTTCAGAAACCATGTATCGATATCAATAAGAAACCCTTCTGGGTAGATTGGCGAATTTTATGTTCAGTTTTCTTCATTTTCTATATATATTTTCAG

>TRINITY_DN37065_c0_g1_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ACCTCGCCCTCGCCCCAACATGTAGGGTTTCACGTGCTCTCTGTTCCGTCCGGAGACGGCAGAAACACGGTTGAACGTAACGGTCGGCGGACAGAAAGTGCATCGGACGGCAGAAGACTCCCGGCGAGAGTGGCGAGGGGTGAGGATCAAACGGTTGGCAAAGCAGTTGTTTGAGCCCTGGATTTAGGGTTAGGGTTTGC
TCTCTCTATGAATCGCGGTTGCGGTCCGGCTCGTGAAAAGTTAAATCACGTGTGGGCGTATGATGAGTGAATGAATGAATGCATGGTCCGTCATAGGAGTACTTGGATTTCTCGTGGTCTTTTCTAGCTCCTGCTGTAATTATTGTTAATATTATTGCGATCATGATGGTTATGAATAGTTTAGACTTGGAGTTTTGATT
GCTGCAGAGAGAGATTAACCCTGGATGCAACACCATACTTACGCCGCCGTCTATTCAGTTGCATACAGCTGTTTCTGAGGAAATTTTCCGTGGATTTTTTGTCCTGTATGGCCTTCTCTTCCGTTGCAGTGCTCCTCCTCCTCCTCCACTTATATTAAGTCTAGATCGAAGGCACCCAGAATCGATGGCAGAATAGCTTG
GGAATGGTTGGCTTTAAGGTGTTTTTGGGGCCGATAAAATCGGATTAGTAATGGAGGAAGACCCAATCTGGGCTCTTCCCTGATGAAGAGATTGTGTTTTCTTTTGCAATTATTCTCAACTCCTGATTTAATCTTTACCATATTTATATCGTTGGTCGGTTGGGCTTTGATCTGGTTTTGGGAGTTTACCACAACTAGCC
CAACTTTGCTTATCAGCGTTATTCCTGTATAGGTGAGTTTTCCAGGGTTGATCCTCAGCGCATTTCTATCTATTCCTGTATGGGTTCTATCTGAAAATCTCGGAAGCCAACGCCCCAGGAGTTTCGATCTGCCTATGGTAAATGAACTTGTTGCACTTTCTTGTTATGTACAGCGCAGCACCAGACCGAATATGGTTTCG
TCTATTCTACCATCATGCCCTTGAATTCGATTTCAAGATCATTTTGATCTTGGGCTTCACGGATAGAGGATATGTAATAGCAGCTCATTACAGCAAGGGACGTTGGTCCCATATGAACCTGCTTTTTTAAATTCTTCAAATCTGTTACAATCATGTTTTATAGCATCTTGTAGCCTTTTTTTGTATGCTTGGCTTTTCCT
GCAGGACCAGGCTAACGGTGAAGCATTTTCACATTCCATCAGTCCAATGATCAgtaagtgtcttcccttttaatttatcccttcatgttcatgagaatacagcctctggatcaccttgaagcgtccctgatattattctttgtgattcaaaatcaaacatgcataaaccgttgcgccagttctattattgggatggctgt
atttttctctaatttgtttcgtagcattctatattctctacctaaagttacaaatctttgcatgttaattttagcaggctttgacatagtccattttttgtatactttgctattagcccagggtttcagctacagtgtttgtttatacctcgctgcatacttctctctccatggcaatgagaattctttcaaagataata
ctgataccttgggatgattatgattatcttcattgttttgatcgctgaatccagGCTAGGGTTTCATTTAGCTGACTCCTCTTTCAAGAAAGTAGATATGAAGGAGATGCTTGTATAGAATACAAAGCATGTTGTCAACTTTAAGGTCAGGTCATATTTTTTGTTTTCTGACTAGAGGAGTTATATTCTGACTTCAATGT
GTATGAACAAGCGTCTGATCATAGGTCCATCATTCGCCGAACGATTCGGCTGCTAAACATGTTGATGTGATCGAGGCACGCTCCTTATATTCAGATGAGGTTCCCTTGACGAATTTGGCAGCCATGTTCAGTGTTGTGGATCTTTAATGTGCATGGGAATCTCATTACTTAGTTCACTGAAGCAATAAATTATTGTTCAC
CTGACGTATCGTTGCTATTGAAGATAATAAATGACACTTTAAATCTAGATAGATGTTGGGTGTAAAAAAGGGTTTGGAGGTGGTTTCATAGCACCTCTTCGGTGATTTAGCGTCGTTTATATGTCTTTCGATTAATTGGAACGCCTTATTTTTGTTCTCCTAGGATATGAAATTTTATGTTCAGAAACCATGTATCGATA
TCAATAAGAAACCCTTCTGGGTAGATTGGCGAATTTTATGTTCAGTTTTCTTCATTTTCTATATATATTTTCAG

Intron 3 GTCCGTCATA ... ATTGCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	76.47	2	3	10
A2	62.5	3	1	9
A3	77.78	4	10	18
A4	77.78	3	13	8
A5	87.5	1	9	5
A6	67.06	14	23	34
A7	71.43	7	16	19
A8	88.24	1	9	6
A9	81.82	2	11	7
A10	73.33	6	15	18

>TRINITY_DN37065_c0_g1_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

ATGAGTGAATGAATGAATGCATGAGAGAGATTAACCCTGGATGCAACACCATACTTACGCCGCCGTCTATTCAGTTGCATACAGCTGTTTCTGAGGAAATTTTCCGTGGATTTTTTGTCCTGTATGGCCTTCTCTTCCGTTGCAGTGCTCCTCCTCCTCCTCCACTTATATTAAGTCTAGATCGAAGGCACCCAGAATCG
ATGGCAGAATAGCTTGGGAATGGTTGGCTTTAAGGTGTTTTTGGGGCCGATAAAATCGGATTAGTAATGGAGGAAGACCTAATGTTGATTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGACTTCATCCGGATTTGGGTTCCGATGTTTGGTTGCCGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATCTGGGCTCTTCCCTGATGAAGAGAT
TGTGTTTTCTTTTGCAATTATTCTCAACTCCTGATTTAATCTTTACCATATTTATATCGTTGGTCGGTTGGGCTTTGATCTGGTTTTGGGAGTTTACCACAACTAGCCCAACTTTGCTTATCAGCGTTATTCCTGTATAGGTGAGTTTTCCAGGGTTGATCCTCAGCGCATTTCTATCTATTCCTGTATGGGTTCTATCT
GAAAATCTCGGAAGCCAACGCCCCAGGAGTTTCGATCTGCCTATGGTAAATGAACTTGTTGCACTTTCTTGTTATGTACAGCGCAGCACCAGACCGAATATGGTTTCGTCTATTCTACCATCATGCCCTTGAATTCGATTTCAAGATCATTTTGATCTTGGGCTTCACGGATAGAGGATATGTAATAGCAGCTCATTACA
GCAAGGGACGTTGGTCCCATATGAACCTGCTTTTTTAAATTCTTCAAATCTGTTACAATCATGTTTTATAGCATCTTGTAGCCTTTTTTTGTATGCTTGGCTTTTCCTGCAGGACCAGGCTAACGGTGAAGCATTTTCACATTCCATCAGTCCAATGATCACCCAGGGTTTCAGCTACAGTGTTTGTTTATACCTCGCTG
CATACTTCTCTCTCCATGGCAATGAGAATTCTTTCAAAGATAATACTGATACCTTGGGATGATTATGATTATCTTCATTGTTTTGATCGCTGAATCCAGGCTAGGGTTTCATTTAGCTGACTCCTCTTTCAAGAAAGTAGATATGAAGGAGATGCTTGTATAGAATACAAAGCATGTTGTCAACTTTAAGGTCAGGTCAT
ATTTTTTGTTTTCTGACTAGAGGAGTTATATTCTGACTTCAATGTGTATGAACAAGCGTCTGATCATAGGTCCATCATTCGCCGAACGATTCGGCTGCTAAACATGTTGATGTGATCGAGGCACGCTCCTTATATTCAGATGAGGTTCCCTTGACGAATTTGGCAGCCATGTTCAGTGTTGTGGATCTTTAATGTGCATG
GGAATCTCATTACTTAGTTCACTGAAGCAATAAATTATTGTTCACCTGACGTATCGTTGCTATTGAAGATAATAAATGACACTTTAAATCTAGATAGATGTTGGGTGTAAAAAAGGGTTTGGAGGTGGTTTCATAGCACCTCTTCGGTGATTTAGCGTCGTTTATATGTCTTTCGATTAATTGGAACGCCTTATTTTTGT
TCTCCTAGGATATGAAATTTTATGTTCAGAAACCATGTATCGATATCAATAAGAAACCCTTCTGGGTAGATTGGCGAATTTTATGTTCAGTTTTCTTCATTTTCTATATATATTTTCAG

>TRINITY_DN37065_c0_g1_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ACCTCGCCCTCGCCCCAACATGTAGGGTTTCACGTGCTCTCTGTTCCGTCCGGAGACGGCAGAAACACGGTTGAACGTAACGGTCGGCGGACAGAAAGTGCATCGGACGGCAGAAGACTCCCGGCGAGAGTGGCGAGGGGTGAGGATCAAACGGTTGGCAAAGCAGTTGTTTGAGCCCTGGATTTAGGGTTAGGGTTTGC
TCTCTCTATGAATCGCGGTTGCGGTCCGGCTCGTGAAAAGTTAAATCACGTGTGGGCGTATGATGAGTGAATGAATGAATGCATGgtccgtcataggagtacttggatttctcgtggtcttttctagctcctgctgtaattattgttaatattattgcgatcatgatggttatgaatagtttagacttggagttttgatt
gctgcagAGAGAGATTAACCCTGGATGCAACACCATACTTACGCCGCCGTCTATTCAGTTGCATACAGCTGTTTCTGAGGAAATTTTCCGTGGATTTTTTGTCCTGTATGGCCTTCTCTTCCGTTGCAGTGCTCCTCCTCCTCCTCCACTTATATTAAGTCTAGATCGAAGGCACCCAGAATCGATGGCAGAATAGCTTG
GGAATGGTTGGCTTTAAGGTGTTTTTGGGGCCGATAAAATCGGATTAGTAATGGAGGAAGACCTAATGTTGATTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGACTTCATCCGGATTTGGGTTCCGATGTTTGGTTGCCGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATCTGGGCTCTTCCCTGATGAAGAGATTGTGTTTTCTTTTGCA
ATTATTCTCAACTCCTGATTTAATCTTTACCATATTTATATCGTTGGTCGGTTGGGCTTTGATCTGGTTTTGGGAGTTTACCACAACTAGCCCAACTTTGCTTATCAGCGTTATTCCTGTATAGGTGAGTTTTCCAGGGTTGATCCTCAGCGCATTTCTATCTATTCCTGTATGGGTTCTATCTGAAAATCTCGGAAGCC
AACGCCCCAGGAGTTTCGATCTGCCTATGGTAAATGAACTTGTTGCACTTTCTTGTTATGTACAGCGCAGCACCAGACCGAATATGGTTTCGTCTATTCTACCATCATGCCCTTGAATTCGATTTCAAGATCATTTTGATCTTGGGCTTCACGGATAGAGGATATGTAATAGCAGCTCATTACAGCAAGGGACGTTGGTC
CCATATGAACCTGCTTTTTTAAATTCTTCAAATCTGTTACAATCATGTTTTATAGCATCTTGTAGCCTTTTTTTGTATGCTTGGCTTTTCCTGCAGGACCAGGCTAACGGTGAAGCATTTTCACATTCCATCAGTCCAATGATCACCCAGGGTTTCAGCTACAGTGTTTGTTTATACCTCGCTGCATACTTCTCTCTCCA
TGGCAATGAGAATTCTTTCAAAGATAATACTGATACCTTGGGATGATTATGATTATCTTCATTGTTTTGATCGCTGAATCCAGGCTAGGGTTTCATTTAGCTGACTCCTCTTTCAAGAAAGTAGATATGAAGGAGATGCTTGTATAGAATACAAAGCATGTTGTCAACTTTAAGGTCAGGTCATATTTTTTGTTTTCTGA
CTAGAGGAGTTATATTCTGACTTCAATGTGTATGAACAAGCGTCTGATCATAGGTCCATCATTCGCCGAACGATTCGGCTGCTAAACATGTTGATGTGATCGAGGCACGCTCCTTATATTCAGATGAGGTTCCCTTGACGAATTTGGCAGCCATGTTCAGTGTTGTGGATCTTTAATGTGCATGGGAATCTCATTACTTA
GTTCACTGAAGCAATAAATTATTGTTCACCTGACGTATCGTTGCTATTGAAGATAATAAATGACACTTTAAATCTAGATAGATGTTGGGTGTAAAAAAGGGTTTGGAGGTGGTTTCATAGCACCTCTTCGGTGATTTAGCGTCGTTTATATGTCTTTCGATTAATTGGAACGCCTTATTTTTGTTCTCCTAGGATATGAA
ATTTTATGTTCAGAAACCATGTATCGATATCAATAAGAAACCCTTCTGGGTAGATTGGCGAATTTTATGTTCAGTTTTCTTCATTTTCTATATATATTTTCAG

Intron 4 GTAAGTGTCT ... TTGCTATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.83	8	8	5
A2	80	1	3	5
A3	60	2	6	0
A4	47.37	5	1	8
A5	33.33	3	1	2
A6	45.45	18	13	17
A7	51.35	9	5	14
A8	54.29	8	8	11
A9	23.08	10	3	3
A10	53.85	3	3	4

>TRINITY_DN35994_c0_g1_i4 from sample A6 / Example spliced isoform

GCCCTCGCCCTCGCCCCAACATGTAGGGTTTCACGTGCTCTCTGTTCCGTCCGGAGACGGCAGAAACACGGTTGAACGTAACGGTCGGCGGACAGAAAGTGCATCGGACGGCAGAAGACTCCCGGCGAGAGTGGCGAGGGGTGAGGATCAAACGGTTGGCAAAGCAGTTGTTTGAGCCCTGGATTTAGGGTTAGGGTTTG
CTCTCTCTATGAATCGCGGTTGCGGTCCGGCTCGTGAAAAGTTAAATCACGTGTGGGCGTATGATGAGTGAATGAATGAATGCATGGTCCGTCATAGGAGTACTTGGATTTCTCGTGGTCTTTTCTAGCTCCTGCTGTAATTATTGTTAATATTATTGCGATCATGATGGTTATGAATAGTTTAGACTTGGAGTTTTGAT
TGCTGCAGAGAGAGATTAACCCTGGATGCAACACCATACTTACGCCGCCGTCTATTCAGTTGCATACAGCTGTTTCTGAGGAAATTTTCCGTGGATTTTTTGTCCTGTATGGCCTTCTCTTCCGTTGCAGTGCTCCTCCTCCTCCTCCACTTATATTAAGTCTAGATCGAAGGCACCCAGAATCGATGGCAGAATAGCTT
GGGAATGGTTGGCTTTAAGGTGTTTTTGGGGCCGATAAAATCGGATTAGTAATGGAGGAAGACCTAATGTTGATTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGACTTCATCCGGATTTGGGTTCCGATGTTTGGTTGCCGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATCTGGGCTCTTCCCTGATGAAGAGATTGTGTTTTCTTTTGC
AATTATTCTCAACTCCTGATTTAATCTTTACCATATTTATATCGTTGGTCGGTTGGGCTTTGATCTGGTTTTGGGAGTTTACCACAACTAGCCCAACTTTGCTTATCAGCGTTATTCCTGTATAGGTGAGTTTTCCAGGGTTGATCCTCAGCGCATTTCTATCTATTCCTGTATGGGTTCTATCTGAAAATCTCGGAAGC
CAACGCCCCAGGAGTTTCGATCTGCCTATGGTAAATGAACTTGTTGCACTTTCTTGTTATGTACAGCGCAGCACCAGACCGAATATGGTTTCGTCTATTCTACCATCATGCCCTTGAATTCGATTTCAAGATCATTTTGATCTTGGGCTTCACGGATAGAGGATATGTAATAGCAGCTCATTACAGCAAGGGACGTTGGT
CCCATATGAACCTGCTTTTTTAAATTCTTCAAATCTGTTACAATCATGTTTTATAGCATCTTGTAGCCTTTTTTTGTATGCTTGGCTTTTCCTGCAGGACCAGGCTAACGGTGAAGCATTTTCACATTCCATCAGTCCAATGATCACCCAGGGTTTCAGCTACAGTGTTTGTTTATACCTCGCTGCATACTTCTCTCTCC
ATGGCAATGAGAATTCTTTCAAAGATAATACTGATACCTTGGGATGATTATGATTATCTTCATTGTTTTGATCGCTGAATCCAGGCTAGGGTTTCATTTAGCTGACTCCTCTTTCAAGAAAGTAGATATGAAGGAGATGCTTGTATAGAATACAAAGCATGTTGTCAACTTTAAGGTCAGGTCATATTTTTTGTTTTCTG
ACTAGAGGAGTTATATTCTGACTTCAATGTGTATGAACAAGCGTCTGATCATAGGTCCATCATTCGCCGAACGATTCGGCTGCTAAACATGTTGATGTGATCGAGGCACGCTCCTTATATTCAGATGAGGTTCCCTTGACGAATTTGGCAGCCATGTTCAGTGTTGTGGATCTTTAATGTGCATGGGAATCTCATTACTT
AGTTCACTGAAGCAATAAATTATTGTTCACCTGACGTATCGTTGCTATTGAAGATAATAAATGACACTTTAAATCTAGATAGATGTTGGGTGTAAAAAAGGGTTTGGAGGTGGTTTCATAGCACCTCTTCGGTGATTTAGCGTCGTTTATATGTCTTTCGATTAATTGGAACGCCTTATTTTTGTTCTCCTAGGATATGA
AATTTTATGTTCAGAAACCATGTATCGATATCAATAAGAAACCCTTCTGGGTAGATTGGCGAATTTTATGTTCA

>TRINITY_DN35994_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GCCCTCGCCCTCGCCCCAACATGTAGGGTTTCACGTGCTCTCTGTTCCGTCCGGAGACGGCAGAAACACGGTTGAACGTAACGGTCGGCGGACAGAAAGTGCATCGGACGGCAGAAGACTCCCGGCGAGAGTGGCGAGGGGTGAGGATCAAACGGTTGGCAAAGCAGTTGTTTGAGCCCTGGATTTAGGGTTAGGGTTTG
CTCTCTCTATGAATCGCGGTTGCGGTCCGGCTCGTGAAAAGTTAAATCACGTGTGGGCGTATGATGAGTGAATGAATGAATGCATGGTCCGTCATAGGAGTACTTGGATTTCTCGTGGTCTTTTCTAGCTCCTGCTGTAATTATTGTTAATATTATTGCGATCATGATGGTTATGAATAGTTTAGACTTGGAGTTTTGAT
TGCTGCAGAGAGAGATTAACCCTGGATGCAACACCATACTTACGCCGCCGTCTATTCAGTTGCATACAGCTGTTTCTGAGGAAATTTTCCGTGGATTTTTTGTCCTGTATGGCCTTCTCTTCCGTTGCAGTGCTCCTCCTCCTCCTCCACTTATATTAAGTCTAGATCGAAGGCACCCAGAATCGATGGCAGAATAGCTT
GGGAATGGTTGGCTTTAAGGTGTTTTTGGGGCCGATAAAATCGGATTAGTAATGGAGGAAGACCTAATGTTGATTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGACTTCATCCGGATTTGGGTTCCGATGTTTGGTTGCCGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATCTGGGCTCTTCCCTGATGAAGAGATTGTGTTTTCTTTTGC
AATTATTCTCAACTCCTGATTTAATCTTTACCATATTTATATCGTTGGTCGGTTGGGCTTTGATCTGGTTTTGGGAGTTTACCACAACTAGCCCAACTTTGCTTATCAGCGTTATTCCTGTATAGGTGAGTTTTCCAGGGTTGATCCTCAGCGCATTTCTATCTATTCCTGTATGGGTTCTATCTGAAAATCTCGGAAGC
CAACGCCCCAGGAGTTTCGATCTGCCTATGGTAAATGAACTTGTTGCACTTTCTTGTTATGTACAGCGCAGCACCAGACCGAATATGGTTTCGTCTATTCTACCATCATGCCCTTGAATTCGATTTCAAGATCATTTTGATCTTGGGCTTCACGGATAGAGGATATGTAATAGCAGCTCATTACAGCAAGGGACGTTGGT
CCCATATGAACCTGCTTTTTTAAATTCTTCAAATCTGTTACAATCATGTTTTATAGCATCTTGTAGCCTTTTTTTGTATGCTTGGCTTTTCCTGCAGGACCAGGCTAACGGTGAAGCATTTTCACATTCCATCAGTCCAATGATCAgtaagtgtcttcccttttaatttatcccttcatgttcatgagaatacagcctct
ggatcaccttgaagcgtccctgatattattctttgtgattcaaaatcaaacatgcataaaccgttgcgccagttctattattgggatggctgtatttttctctaatttgtttcgtagcattctatattctctacctaaagttacaaatctttgcatgttaattttagcaggctttgacatagtccattttttgtatactt
tgctattagCCCAGGGTTTCAGCTACAGTGTTTGTTTATACCTCGCTGCATACTTCTCTCTCCATGGCAATGAGAATTCTTTCAAAGATAATACTGATACCTTGGGATGATTATGATTATCTTCATTGTTTTGATCGCTGAATCCAGGCTAGGGTTTCATTTAGCTGACTCCTCTTTCAAGAAAGTAGATATGAAGGAGA
TGCTTGTATAGAATACAAAGCATGTTGTCAACTTTAAGGTCAGGTCATATTTTTTGTTTTCTGACTAGAGGAGTTATATTCTGACTTCAATGTGTATGAACAAGCGTCTGATCATAGGTCCATCATTCGCCGAACGATTCGGCTGCTAAACATGTTGATGTGATCGAGGCACGCTCCTTATATTCAGATGAGGTTCCCTT
GACGAATTTGGCAGCCATGTTCAGTGTTGTGGATCTTTAATGTGCATGGGAATCTCATTACTTAGTTCACTGAAGCAATAAATTATTGTTCACCTGACGTATCGTTGCTATTGAAGATAATAAATGACACTTTAAATCTAGATAGATGTTGGGTGTAAAAAAGGGTTTGGAGGTGGTTTCATAGCACCTCTTCGGTGATT
TAGCGTCGTTTATATGTCTTTCGATTAATTGGAACGCCTTATTTTTGTTCTCCTAGGATATGAAATTTTATGTTCAGAAACCATGTATCGATATCAATAAGAAACCCTTCTGGGTAGATTGGCGAATTTTATGTTCA

Intron 5 GTAAGTGTCT ... ATTAGCCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A5	42.86	2	1	2
A6	47.06	18	13	19
A7	53.33	7	5	11
A8	57.58	7	8	11
A9	27.27	8	3	3
A10	53.85	3	3	4

>TRINITY_DN35994_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

GCCCTCGCCCTCGCCCCAACATGTAGGGTTTCACGTGCTCTCTGTTCCGTCCGGAGACGGCAGAAACACGGTTGAACGTAACGGTCGGCGGACAGAAAGTGCATCGGACGGCAGAAGACTCCCGGCGAGAGTGGCGAGGGGTGAGGATCAAACGGTTGGCAAAGCAGTTGTTTGAGCCCTGGATTTAGGGTTAGGGTTTG
CTCTCTCTATGAATCGCGGTTGCGGTCCGGCTCGTGAAAAGTTAAATCACGTGTGGGCGTATGATGAGTGAATGAATGAATGCATGGTCCGTCATAGGAGTACTTGGATTTCTCGTGGTCTTTTCTAGCTCCTGCTGTAATTATTGTTAATATTATTGCGATCATGATGGTTATGAATAGTTTAGACTTGGAGTTTTGAT
TGCTGCAGAGAGAGATTAACCCTGGATGCAACACCATACTTACGCCGCCGTCTATTCAGTTGCATACAGCTGTTTCTGAGGAAATTTTCCGTGGATTTTTTGTCCTGTATGGCCTTCTCTTCCGTTGCAGTGCTCCTCCTCCTCCTCCACTTATATTAAGTCTAGATCGAAGGCACCCAGAATCGATGGCAGAATAGCTT
GGGAATGGTTGGCTTTAAGGTGTTTTTGGGGCCGATAAAATCGGATTAGTAATGGAGGAAGACCTAATGTTGATTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGACTTCATCCGGATTTGGGTTCCGATGTTTGGTTGCCGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATCTGGGCTCTTCCCTGATGAAGAGATTGTGTTTTCTTTTGC
AATTATTCTCAACTCCTGATTTAATCTTTACCATATTTATATCGTTGGTCGGTTGGGCTTTGATCTGGTTTTGGGAGTTTACCACAACTAGCCCAACTTTGCTTATCAGCGTTATTCCTGTATAGGTGAGTTTTCCAGGGTTGATCCTCAGCGCATTTCTATCTATTCCTGTATGGGTTCTATCTGAAAATCTCGGAAGC
CAACGCCCCAGGAGTTTCGATCTGCCTATGGACCAGGCTAACGGTGAAGCATTTTCACATTCCATCAGTCCAATGATCAGGTTTCAGCTACAGTGTTTGTTTATACCTCGCTGCATACTTCTCTCTCCATGGCAATGAGAATTCTTTCAAAGATAATACTGATACCTTGGGATGATTATGATTATCTTCATTGTTTTGAT
CGCTGAATCCAGGCTAGGGTTTCATTTAGCTGACTCCTCTTTCAAGAAAGTAGATATGAAGGAGATGCTTGTATAGAATACAAAGCATGTTGTCAACTTTAAGGTCAGGTCATATTTTTTGTTTTCTGACTAGAGGAGTTATATTCTGACTTCAATGTGTATGAACAAGCGTCTGATCATAGGTCCATCATTCGCCGAAC
GATTCGGCTGCTAAACATGTTGATGTGATCGAGGCACGCTCCTTATATTCAGATGAGGTTCCCTTGACGAATTTGGCAGCCATGTTCAGTGTTGTGGATCTTTAATGTGCATGGGAATCTCATTACTTAGTTCACTGAAGCAATAAATTATTGTTCACCTGACGTATCGTTGCTATTGAAGATAATAAATGACACTTTAA
ATCTAGATAGATGTTGGGTGTAAAAAAGGGTTTGGAGGTGGTTTCATAGCACCTCTTCGGTGATTTAGCGTCGTTTATATGTCTTTCGATTAATTGGAACGCCTTATTTTTGTTCTCCTAGGATATGAAATTTTATGTTCAGAAACCATGTATCGATATCAATAAGAAACCCTTCTGGGTAGATTGGCGAATTTTATGTT
CA

>TRINITY_DN35994_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GCCCTCGCCCTCGCCCCAACATGTAGGGTTTCACGTGCTCTCTGTTCCGTCCGGAGACGGCAGAAACACGGTTGAACGTAACGGTCGGCGGACAGAAAGTGCATCGGACGGCAGAAGACTCCCGGCGAGAGTGGCGAGGGGTGAGGATCAAACGGTTGGCAAAGCAGTTGTTTGAGCCCTGGATTTAGGGTTAGGGTTTG
CTCTCTCTATGAATCGCGGTTGCGGTCCGGCTCGTGAAAAGTTAAATCACGTGTGGGCGTATGATGAGTGAATGAATGAATGCATGGTCCGTCATAGGAGTACTTGGATTTCTCGTGGTCTTTTCTAGCTCCTGCTGTAATTATTGTTAATATTATTGCGATCATGATGGTTATGAATAGTTTAGACTTGGAGTTTTGAT
TGCTGCAGAGAGAGATTAACCCTGGATGCAACACCATACTTACGCCGCCGTCTATTCAGTTGCATACAGCTGTTTCTGAGGAAATTTTCCGTGGATTTTTTGTCCTGTATGGCCTTCTCTTCCGTTGCAGTGCTCCTCCTCCTCCTCCACTTATATTAAGTCTAGATCGAAGGCACCCAGAATCGATGGCAGAATAGCTT
GGGAATGGTTGGCTTTAAGGTGTTTTTGGGGCCGATAAAATCGGATTAGTAATGGAGGAAGACCTAATGTTGATTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGACTTCATCCGGATTTGGGTTCCGATGTTTGGTTGCCGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATCTGGGCTCTTCCCTGATGAAGAGATTGTGTTTTCTTTTGC
AATTATTCTCAACTCCTGATTTAATCTTTACCATATTTATATCGTTGGTCGGTTGGGCTTTGATCTGGTTTTGGGAGTTTACCACAACTAGCCCAACTTTGCTTATCAGCGTTATTCCTGTATAGGTGAGTTTTCCAGGGTTGATCCTCAGCGCATTTCTATCTATTCCTGTATGGGTTCTATCTGAAAATCTCGGAAGC
CAACGCCCCAGGAGTTTCGATCTGCCTATGGTAAATGAACTTGTTGCACTTTCTTGTTATGTACAGCGCAGCACCAGACCGAATATGGTTTCGTCTATTCTACCATCATGCCCTTGAATTCGATTTCAAGATCATTTTGATCTTGGGCTTCACGGATAGAGGATATGTAATAGCAGCTCATTACAGCAAGGGACGTTGGT
CCCATATGAACCTGCTTTTTTAAATTCTTCAAATCTGTTACAATCATGTTTTATAGCATCTTGTAGCCTTTTTTTGTATGCTTGGCTTTTCCTGCAGGACCAGGCTAACGGTGAAGCATTTTCACATTCCATCAGTCCAATGATCAgtaagtgtcttcccttttaatttatcccttcatgttcatgagaatacagcctct
ggatcaccttgaagcgtccctgatattattctttgtgattcaaaatcaaacatgcataaaccgttgcgccagttctattattgggatggctgtatttttctctaatttgtttcgtagcattctatattctctacctaaagttacaaatctttgcatgttaattttagcaggctttgacatagtccattttttgtatactt
tgctattagcccagGGTTTCAGCTACAGTGTTTGTTTATACCTCGCTGCATACTTCTCTCTCCATGGCAATGAGAATTCTTTCAAAGATAATACTGATACCTTGGGATGATTATGATTATCTTCATTGTTTTGATCGCTGAATCCAGGCTAGGGTTTCATTTAGCTGACTCCTCTTTCAAGAAAGTAGATATGAAGGAGA
TGCTTGTATAGAATACAAAGCATGTTGTCAACTTTAAGGTCAGGTCATATTTTTTGTTTTCTGACTAGAGGAGTTATATTCTGACTTCAATGTGTATGAACAAGCGTCTGATCATAGGTCCATCATTCGCCGAACGATTCGGCTGCTAAACATGTTGATGTGATCGAGGCACGCTCCTTATATTCAGATGAGGTTCCCTT
GACGAATTTGGCAGCCATGTTCAGTGTTGTGGATCTTTAATGTGCATGGGAATCTCATTACTTAGTTCACTGAAGCAATAAATTATTGTTCACCTGACGTATCGTTGCTATTGAAGATAATAAATGACACTTTAAATCTAGATAGATGTTGGGTGTAAAAAAGGGTTTGGAGGTGGTTTCATAGCACCTCTTCGGTGATT
TAGCGTCGTTTATATGTCTTTCGATTAATTGGAACGCCTTATTTTTGTTCTCCTAGGATATGAAATTTTATGTTCAGAAACCATGTATCGATATCAATAAGAAACCCTTCTGGGTAGATTGGCGAATTTTATGTTCA